Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
HOXC5
Ідентифікатори
Символи
HOXC5 , CP11, HOX3, HOX3D, homeobox C5
Зовнішні ІД
OMIM : 142973 MGI: 96196 HomoloGene: 41296 GeneCards: HOXC5
Онтологія гена
Молекулярна функція
• GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • sequence-specific DNA binding • DNA binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • transcription factor activity, RNA polymerase II distal enhancer sequence-specific binding
Клітинна компонента
• міжклітинні контакти • клітинне ядро • нуклеоплазма
Біологічний процес
• GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • multicellular organism development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • transcription, DNA-templated • anterior/posterior pattern specification • embryonic skeletal system development • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II
Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види
Людина
Миша
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (мРНК)
RefSeq (білок)
Локус (UCSC)
Хр. 12: 54.03 – 54.04 Mb
Хр. 15: 102.88 – 102.93 Mb
PubMed search
[ 1]
[ 2] Вікідані
HOXC5 (англ. Homeobox C5 ) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 12-ї хромосоми.[ 3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 222 амінокислот , а молекулярна маса — 24 976[ 4] .
Послідовність амінокислот
10 20 30 40 50
MSSYVANSFY KQSPNIPAYN MQTCGNYGSA SEVQASRYCY GGLDLSITFP
PPAPSNSLHG VDMAANPRAH PDRPACSAAA APGHAPGRDE AAPLNPGMYS
QKAARPALEE RAKSSGEIKE EQAQTGQPAG LSQPPAPPQI YPWMTKLHMS
HETDGKRSRT SYTRYQTLEL EKEFHFNRYL TRRRRIEIAN NLCLNERQIK
IWFQNRRMKW KKDSKMKSKE AL
Кодований геном білок за функцією належить до білків розвитку .
Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція , регуляція транскрипції .
Білок має сайт для зв'язування з ДНК .
Локалізований у ядрі .
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)(1.4) NF-1 (1.5) RF-X (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1) Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4 )
підродина 1 підродина 2 підродина 3 підродина 4 підродина 5 підродина 6 підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 (2.3) Cys2 His2 з доменом цинкових пальців(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер(2.5) Цинкові пальці іншого складу (2.6) WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс (3.2) Парний бокс (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль(3.4) Фактори теплового шоку(3.5) Триптофановий кластер (3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR(4.2) STAT(4.3) p53 (4.4) MADS(4.6) TATA(4.7) Високомобільна група (4.9) Grainyhead (4.10) Домен холодового шоку (4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y) (0.3) Pocket домен (0.5) AP2/EREBP-подібні(0.6) Інші