Chapitre 2
Chapitre 2
Chapitre 2
bactériologie spéciale
I. Les staphylocoques
1. Introduction
Le Staphylocoque figure parmi les bactéries les plus importantes
en
microbiologie médicale, que ce soit en termes de prévalence de virulence, de
pouvoir pathogène ou de résistance aux antibiotiques.
La capacité de distinguer les staphylocoques et de différencier entre leurs
différentes espèces dans une culture bactérienne est une
compétence
fondamentale en microbiologie
Les bactérie du genre Staphylococcus sont des microorganismes qui sont
souvent impliqués dans un processus de colonisation mucocutanée.
Ils sont à l‟origine de diverses infections nosocomiales et communautaires.
ceux qui sont résistants à la méthicilline occupent une place particulière en
pathologie.
S. aureus S. epidermidis
I. Les staphylocoques
2. Caractères généraux des stapylococcus
Extrêmement répandus dans la nature: eau, sol, air, aliment, surface, objets
de culture.
I. Les staphylocoques
2. Identification du genre Stapylococcus
Le premier trait caractéristique qui permet de distinguer le staphylocoque
est qu'il s'agit d'une cocci Gram positif = coloration de Gram. Cependant, il
est important de noter que d'autres bactéries telles que les streptocoques,
les enterocoques partagent également cette caractéristique.
Le deuxième caractère recherché chez les staphylocoques est qu'ils sont
catalase positifs. Cette caractéristique permet de distinguer les
staphylocoques, des entérocoques et des streptocoques qui sont catalase
négatifs
I. Les staphylocoques
2. Identification du genre Stapylococcus
Test catalase
l‟inoculum bactérien
Observer immédiatement.
souches de S. aureus
3. Identification de l’espèce S. aureus
Test coagulase
Test de coagulase sur lame
La coagulase liée (facteur d'agglutination) est détectée
par un test d'agglutination sur lame, impliquant l'émulsion
d'une suspension de l'organisme sur une lame avec une
goutte de plasma de lapin, provoquant l'agglutination en
présence de coagulase liée.
Pour une interprétation correcte, un contrôle utilisant
une solution saline à la
place du plasma est nécessaire pour vérifier l'auto-
agglutination.
Parmi les SCN, S. lugdunensis et S. schleiferi peuvent également
tester positif pour la coagulase liée.
Moins sensible et moins spécifique que la coagulation en tube
I. Les staphylocoques
4. Culture et Milieux de Culture
Pendant une incubation à 35- 37°C sur une période de 24 à 48 heures,
les staphylocoques présentent une croissance rapide sur divers milieux. Les
colonies varient de 1 à 3 mm de diamètre en 24 heures et de 3 à 8
mm après 72 heures d'incubation.
Sur gélose au sang, S.aureus forme des colonies
typiques pigmentées, présentant une teinte
jaunâtre allant du jaune à l'orange. Ces colonies
sont lisses, légèrement surélevées.
Bactéries cultivant en présence de NaCl 7,5%
(milieu de Chapman).
I. Les staphylocoques
5. Habitat et mode de transmission
Bactérie ubiquitaire, il appartient à la flore commensale normale de la peau et
5. Pouvoir pathogène
S aureus : un germe (très) virulent lourdement armé en enzymes et toxines
Facteurs d’adhésion
-Protéines de surface (adhésines): Capacité a adhérer
aux épithéliums et structures inertes (corps étranger,
prothèse), et former biofilm sur matériaux.
-Colonisation et invasion des tissus.
Capsule
• résistance à la phagocytose
• Adhérence
5. Pouvoir pathogène
Enzymes
• Coagulase: rôle dans la formation de thrombus (caillot protégeant ainsi la
bactérie de la phagocytose).
• Lipase et Estérases : métabolisent les graisses cutanées.
5. Pouvoir pathogène
Toxines
abcès
a. Staphylococcus aureus
Les infections des muqueuses : les otites, les sinusites, les pneumonies.
Les infections du tissu osseux et articulaire: les ostéomyélites,
les
arthrites septiques.
Les infections génito-urinaires: les infections urinaires, métrites
(utérus)…
Les infections du SNC: les méningites, les abcès cérébraux
Les infections bactériémiques, septicémiques et métastatiques: les
staphylococcémies évoluent fréquemment avec des métastases septiques
secondaires (pleuropulmonaires, endocardiques, rénales etc.) en réalisant le
tableau d‟une septicémie.
a. Staphylococcus aureus
a.2. Par la libération des toxines
Le syndrome de la peau ébouillantée (le syndrome
Le syndrome du choc toxique (Toxic Shock Sindrome –TSS) produit par les
souches du S. aureus productrices de TSST1 (la toxine 1 du syndrome du choc
toxique) ou par les toxines apparentées. Le syndrome a été décrit chez les
femmes qui utilisent des tampons vaginaux hyperabsorbants pendant la
menstruation. Ultérieurement TSS a été identifié dans des infections
staphylococciques postpartum (après accouchement), des plaies et des brulures.
La toxiinfection alimentaire: est l‟une des plus communes gastroentérites.
I. Les staphylocoques
6. La pathogénicité et la signification clinique
b. Les staphylocoques coagulase – négatifs (SCN)
SCN sont différents du S. aureus par l‟absence de la coagulase, ainsi que des
facteurs de virulence. Les espèces plus fréquemment impliquées dans la
pathologie sont: S. epidermidis, S. haemolyticus, S. lugdunensis, S.
saprophyticus, S. schleiferi.
La fréquence des infections avec SCN a accru à cause du nombre élevé des
patients avec résistance anti-infectieuse et à cause de l‟utilisation fréquente
des valves artificielles, des cathéters et des sondes en matériel plastique. La
source de contamination est représentée par la flore normale tégumentaire.
SCN peuvent produire :
8. Traitement et prophylaxie
Streptocoque
pneumocoques non hémolytique: pas d'hémolyse
II. Les streptocoques
2. Classification des Streptococcus
2.2. Classification antigénique Lancefield
Les streptocoques ont été divisés en base de la structure antigénique,
en fonction de la présence ou non de polysaccharide C de la paroi
cellulaire. De
point de vue antigénique les streptocoques sont divisés en:
• Les streptocoques groupables: notés
avec les lettres A-H et K-W,
• Les streptocoques non-groupables:
Ceux sans antigène de groupe:
Streptococcus pneumoniae et les
streptocoques viridans.
3. Habitat
de Lancefield)
non groupables)
scarlatine
A. Streptocoque du groupe A (Streptococcus pyogenes)
A.2. Pouvoir pathogène
Le Streptococcus pyogenes est une bactérie invasive et toxinogène. La
gravité des infections dépend de la porte d‟entrée, des facteurs de virulence
de la souche infectante, ainsi que de la réponse immunitaire.
Cette espèce est responsable d‟une part d‟infections courantes généralement
bénignes (angines, impétigo) et d‟autre part d‟affections pouvant être graves
a. Les infections localisées
• La scarlatine: est une maladie infantile qui apparait sous l‟âge de 10 ans.
• Le syndrome toxico-septique
A. Streptocoque du groupe A (Streptococcus pyogenes)
A.2. Pouvoir pathogène
d. Les complications post-streptococciques
a. Le diagnostic bactériologique
4. Le traitement, la prophylaxie
La prophylaxie des infections aigues est réalisée par des mesures non-
spécifiques.
B. Streptocoques de groupe B - Streptococcus agalactiae
Ce groupe de streptocoques comprend plusieurs espèces parmi lesquelles le
streptococcus agalactiae présente un intérêt médical.
Il fait partie de la flore commensale de l‟Homme.
Il est isolé fréquemment du vagin, du rectum, de l‟urètre, plus rarement du
pharynx de l‟homme sain et des téguments.
Il se retrouve dans 30-40% de la flore périnéale de l‟homme sain.
Il attaque en spécial le nouveau-né et la femme enceinte.
B. 1. Facteurs de virulence
vaginales.
L’acide sialique
La protéine C
B. Streptocoques de groupe B - Streptococcus agalactiae
B. 2. Pouvoir pathogène
Les souches de S. agalactiae sont responsables chez l‟Homme d‟infections
aigues et invasives.
4. Traitement et prophylaxie
Le traitement
Prophylaxie
b. L’habitat
Famille : Pasteurellaceae
Genre : Haemophilus. Constitué de 13 à 16 espèces dont l‟espèce type est
‟l H. influenzae.
bronchopulmonaires et ORL.
La plupart des souches sont non capsulées. Mais, il existe de rares porteurs
6. Diagnostic de laboratoire
Il s‟agit du
‟ n diagnostic direct par mise en évidence de la bactérie
bronchiques …)
La recherche dA
‟ g solubles dans les liquides biologique (LCR, sérum,
urines) est peu sensible et peu spécifique. Elle ne concerne que les
l‟Homme.
Pyorubrine (jaune-vert)
Pyocyanine (vert-bleu)
fluorescentes
V. Le genre Pseudomonas
2. Habitat
de l‟odeur caractéristique….
V. Le genre Pseudomonas
4.Traitement, prophylaxie
2. Habitat
2.Classification
4. Signification clinique
Les entérobactéries sont des germes responsables de la production des
infections intestinales et extraintestinales. Très rarement, il peut
apparaitre des infections généralisées sur un fond de résistance réduite de
l‟organisme.
Les entérobactéries représentent 80% de la totalité des bacilles à gram-
isolés et plus de 50% du total de germes isolés. En outre, elles sont
impliquées dans l‟étiologie de 30-35% des septicémies, dans plus de 70%
des infections urinaires et dans la plupart des toxiinfections alimentaires.
Elles sont la cause fréquente de IAAM (infection associée à l'assistance
médicale).
La source de germes est représentée par un réservoir animal (les infections
avec Salmonella), un porteur humain (Shigella, Salmonella Typhi) ou la flore
opportuniste de l‟organisme (E. coli ...).
VI. La famille des entérobactéries (Enterobacteriaceae)
4. Signification clinique
6. Traitement et prophylaxie
1.2. Habitat
Les spores se multiplient dans les plaies profondes, qui fournissent des
conditions d'anaérobiose, sales de terre et contenant des corps
étrangers. La maladie causée par C. tetani est tétanos.
Les spores germent à la porte d'entrée où elles produisent la toxine
tétanique qui se diffuse dans le corps, le bacille restant cantonné à la
porte d'entrée.
VII. Les bactéries strictement anaérobies
1. Le genre Clostridium
1. 4. Clostridium tetani
c. Traitement, prophylaxie
Le traitement curatif comprend la partie locale, l'administration de
sérum antitétanique, la pénicilline G et le métronidazole.
La prophylaxie du tétanos repose sur la vaccination et l'administration
de sérums hyper immuns.
Dans certains cas, les mesures préventives comprennent: l‟intervention
chirurgicale des plaies, une dose de sérum antitoxique et la vaccination si la
personne n'a pas été vaccinée depuis 5 à 10 ans. l'anatoxine ATPA
(anatoxine tétanique purifiée et adsorbée),
1. Le genre
1. 5. clostridies de la gangrène gazeuse Clostridium perfringens
Clostridium
Ce sont des bacilles sporulés gram+, la spore étant disposée au centre.
Ils comprennent plusieurs espèces avec une capacité invasive des tissus, la
plus importante étant la C. perfringens.
a. La pathogénicité et signification clinique
Ce sont des germes omniprésents. Ils sont isolés du sol et
appartiennent au microbiote résident des humains et des
animaux. C. perfringens contamine les plaies post-
traumatiques (provoquant la gangrène gazeuse) ou l'eau et les
aliments (déterminant une intoxication alimentaire et
provoquant la diarrhée infectieuse).
certains patients. Ces effets sont dus aux toxines sécrétées par la
bactérie.
c. Le traitement
des antibiotiques.
développer des infections liées aux lésions et doivent être examinées dès
que possible.
VII. Les bactéries strictement anaérobies
1. Le genre Clostridium
Les médecins prennent les mesures suivantes pour prévenir les infections
graves et la gangrène gazeuse chez les personnes qui ont des plaies ou qui
subissent une intervention chirurgicale:
Nettoyage minutieux des plaies
1. 6. Clostridium botulinum
Ce sont des bacilles gram-positifs avec la spore disposée sous-terminal.
Ils synthétisent 8 types de neurotoxines, dont les types A, B et E étant
associées à la pathologie humaine.
La toxine botulinique est la plus forte des toxines connues, provoquant une
paralysie des muscles, qui conduit finalement à la mort par paralysie des
muscles respiratoires.
L‟espèce Clostridium botulinum est responsable du botulisme; est une
intoxication potentiellement mortelle rare, provoquée par des toxines
produites par cette bactérie.
Les toxines botuliques, habituellement consommées dans les aliments,
peuvent affaiblir ou paralyser les muscles.
VII. Les bactéries strictement anaérobies
1. Le genre Clostridium
1. 6. Clostridium botulinum
Le botulisme se produit en ingérant des aliments contenant de la toxine
botulique préformée.
Par conséquent, les signes cliniques n'apparaissent que chez les personnes
ayant consommé la portion contaminée de la toxine.
1. 6. Clostridium botulinum
a. Symptômes du botulisme
Les différentes formes de botulisme provoquent de nombreux symptômes
identiques
-Sécheresse buccale -Vision floue ou double
-Paupières tombantes -Pupilles ne se contractant pas
normalement lorsqu‟elles sont exposées à la lumière
-Troubles de l‟élocution (communication) -
Difficultés à avaler…
La lésion provoquée par la toxine botulique affecte la
force musculaire, mais
pas la sensibilité.
Généralement, une fois la force musculaire perdue au niveau du visage et de la
tête, ce sont les muscles des bras et des jambes qui accusent une perte
graduelle de la force musculaire, ainsi que les muscles impliqués dans la
respiration.
Les muscles s‟affaiblissent progressivement. La paralysie des muscles
respiratoires peut entraîner la mort si la personne n‟est pas mise sous
VII. Les bactéries strictement anaérobies
1. Le genre Clostridium
1. 6. Clostridium botulinum
a. Symptômes du botulisme
les symptômes se développent
Dans le botulisme d‟origine
soudainement,
alimentaire, en général 18 à 36 heures après la pénétration des toxines dans
l‟organisme, mais ils peuvent parfois débuter dès 4 heures après l‟ingestion, ou,
plus tardivement, 8 jours après l‟ingestion alimentaire. Plus la quantité de
toxines consommées est élevée, plus les symptômes de la maladie vont débuter
tôt.
Les premiers symptômes du botulisme d‟origine alimentaire sont souvent des
nausées, des vomissements, des crampes abdominales et une diarrhée. Avec le
temps, de nombreuses personnes deviennent constipées. Ces symptômes
digestifs apparaissent généralement avant que les muscles ne soient touchés.
Dans le botulisme par blessure, les personnes ne présentent pas de symptômes
digestifs
VII. Les bactéries strictement anaérobies
1. Le genre Clostridium
1. 6. Clostridium botulinum
b. Diagnostic
Le diagnostic clinique: symptômes
Le diagnostic de laboratoire étant un diagnostic de
(bactériologique)
confirmation. Il a pour but d'isoler le germe des matières fécales et les
aliments contamination, ainsi que de mettre en évidence la toxine botulique
dans le sérum, les matières fécales, le contenu gastrique, les vomissements.
c. Traitement
1. Considérations taxonomiques
La première espèce, Mycobacterium tuberculosis, a été découverte par
Robert Koch, d‟où le nom de bacille Koch (BK).
La famille des Mycobacteriaceae comprend plus de 70 espèces. Ce sont des
germes très répandus dans la nature. Selon la pathogénicité, l‟habitat et
les caractères de culture, les mycobactéries peuvent être divisées en trois
catégories:
• Bacilles de la tuberculose
• Mycobactéries atypiques
• M. leprae
VIII. Le genre Mycobacterium
1. Considérations taxonomiques
a. Bacilles de la tuberculose
Ce sont des germes hautement pathogènes, dont les caractères de culture
étaient considérés comme "typiques":
1. Considérations taxonomiques
b. Mycobactéries atypiques
c. M. leprae
C‟est un germe hautement pathogène à l‟habitat strictement humain
C‟est l‟agent étiologique de la lèpre (maladie de Hansen).
Il n'est pas cultivé in vitro.
VIII. Le genre Mycobacterium
2. Caractères généraux
Ce sont des bacilles aérobies, immobiles, non sporulés, non encapsulés, droits
ou courbés,
Sa structure la rapproche des bactéries à Gram+ bien qu'en pratique la
coloration de Gram soit difficilement réalisable sur elle. En raison de la
structure de la paroi cellulaire, na
‟ pas de coloration Gram.
Leur paroi présente une structure particulière, riche en cires; acides
mycoliques qui leur permet de retenir les colorants malgré l'action combinée
d'acide dilué et d'alcool. Cette paroi leur confère une grande résistance aux
antiseptiques, à certains antibiotiques, aux macrophages.
La plupart des mycobactéries se développent difficilement sur les milieux de
culture, leur taux de multiplication étant de 12 à 14 heures. Des
environnements complexes et spécifiques (milieu de Löwenstein-Jensen) sont
utilisés.
VIII. Le genre Mycobacterium
3. Pathogénicité et signification clinique
La pathogénicité est due à la capacité de multiplication intracellulaire et au
caractère envahissant.
a. Tuberculose
Est classée en tuberculose pulmonaire et tuberculose extra pulmonaire.
La tuberculose pulmonaire peut être classée comme tuberculose primaire et
tuberculose secondaire
- tuberculose primaire (infection primaire): peut se manifester de manière
inapparente, sous-clinique ou clinique, avec ou sans complications. Dans plus de 80
à 90% des cas, l'évolution va vers la guérison.
Dans certains cas, très rarement, une tuberculose milliaire ou une granulation
tuberculeuse mortelle peuvent survenir.
- tuberculose secondaire: se produit par une réinfection massive. L'évolution
est chronique sans guérison spontanée.
La tuberculose extra pulmonaire dans l'ordre de fréquence, les localisations
extra pulmonaires sont: les ganglions lymphatiques, le tractus urogénital, les
os et les articulations, les méninges …
VIII. Le genre Mycobacterium
3. Pathogénicité et signification clinique
b. Infections causées par des mycobactéries atypiques (MNT)
Les MNT retrouvés dans les produits pathologiques n‟ont pas de signification
clinique que lorsque, en l‟absence de bacilles tuberculeux, leur isolement
répété et élevé coïncide avec la progression de la maladie.
Chez les patients immunodéprimés MNT, ils peuvent être impliqués dans des
infections disséminées ainsi que dans des infections localisées (localisation
pulmonaire, anglionnaire et cutanée).
c. La lèpre
M. leprae est l'agent étiologique de la lèpre (maladie de Hansen), une
infection granulomateuse chronique chez l'homme, qui touche principalement
la peau et les nerfs périphériques.
La lèpre commence après une longue incubation (2-5 ans) et évolue de manière
chronique.
VIII. Le genre Mycobacterium
4. Diagnostic de laboratoire
Diagnostic bactériologique.
Examen microscopique:
5. Traitement
6. Prophylaxie
traitement anti-lépreux.