Faculté de Médecine d’Annaba

Cours de résidanat
Première année de microbiologie

Les Staphylocoques
Appartenant autrefois à la famille des Micrococcaceae , le genre Staphylococcus
est aujourd’hui rattaché à la famille des Staphylococcaceae avec les genres
Jeotgalicoccus, Macrococcus, Nosocomiicoccus et Salinicoccus.
Le genre Staphylococcus :
Les staphylocoques sont des cocci à Gram positif, qui possèdent toujours une
catalase, immobiles, aéro-anaérobies facultatifs, à métabolisme fermentatif.
Chez l'homme, les espèces les plus couramment isolées sont :
 Staphylococcus aureus ou le staphylocoque doré, le plus pathogène,
 Staphylococcus epidermidis, souvent considéré comme un opportuniste,
 Staphylococcus saprophyticus, responsable d'infections urinaires chez la
femme jeune,
 et à une fréquence moindre, S.haemolyticus, S. hominis, S. capitis et S.
auricularis.
Il est classique d’opposer S.aureus qui produit une coagulase et est presque
toujours pathogène, aux autres staphylocoques non producteurs de coagulase
(SCN : staphylococques à coagulase négative) et plus rarement responsables
d’infections.

1. Habitat et épidémiologie :
Les staphylocoques sont des hôtes normaux de la peau et des muqueuses de
l’homme et des animaux. Chez l’homme il existe de porteurs asymptomatiques de
S.aureus surtout au niveau des fosses nasales (rôle dans la transmission+++).
La transmission est surtout interhumaine directe (contact, dissémination
manuportée) ou indirecte par l’intermédiaire des aliments ou du milieu extérieur.

2. Morphologie :
Ce sont des cocci Gram positif groupés en amas (aspect en grappe de raison) ;
immobiles, non sporulés et ne présentant pas de capsule visible au microscope
optique.

3. Caractères culturaux :
Bactéries non exigeantes qui cultivent facilement sur milieux ordinaires en
aérobiose comme en anaérobiose en formant, sur milieux solides, des colonies
rondes à contour régulier lisses, luisantes et bombées, plus ou moins pigmentées
en jaune or d'où l'appellation Staphylococcus aureus ou staphylocoque "doré".
En milieu liquide, ils produisent, dans le bouillon, un trouble homogène.
Le milieu de Chapman est un milieu sélectif qui ne laisse pousser que les
staphylocoques. Il s’agit d’un milieu hypersalé contenant également du mannitol.

4. Caractères d’identification :
Les staphylocoques sont des bactéries toujours catalase +.
La production d’une coagulase libre est variable en fonction des espèces.
L’identification est différente selon qu’il s’agit d’un Staphylococcus aureus ou
des autres staphylocoques.
4.1. Staphylococcus aureus : S. aureus peut être correctement identifié par
trois caractères majeurs qui sont :
-la production d’une coagulase libre : coagulation du plasma de lapin.
-la production d’une nucléase ou désoxyribonucléase thermostable
- la recherche par agglutination du facteur d’affinité pour le fibrinogène
(coagulase liée ou clumping factor), de la protéine A et d’antigènes capsulaires.
L’idéal est de disposer des trois techniques au sein du même laboratoire.
4.2. Les autres staphylocoques : Leur identification par les techniques
classiques est plus difficile.
Le diagnostic commence déjà par éliminer le staphylococcus aureus. Ensuite
l’identification précise se fait à l’aide de galeries biochimiques commercialisées
type ID32 Staph.

5. Pouvoir pathogène du staphylococcus aureus :

Les infections à S.aureus apparaissent sous des aspects cliniques très variés :
A. Les infections suppuratives superficielles et profondes :
Infections cutanées, sous cutanées et muqueuses :
 Impétigo, onyxis, folliculite, furoncle, furonculose, anthrax, hidrosadénite ;
 Rashes scarlatiniformes (font partie du syndrome de choc toxique
staphylococcique.
 Otites, sinusites
Localisations profondes :
Ostéomyélites, pneumopathies, arthrite, méningites, endocardites.
B. Les sepsis
C. Les infections non suppuratives d’origine toxinique :
 Syndromes cutanés staphylococciques : le syndrome de la peau ébouillantée,
l’impétigo bulleux
 Choc toxique staphylococcique
 Scarlatine staphylococcique
 Intoxications alimentaires
 Pneumonie nécrosante associée à la leucocidine de Panton Valentine.

6. Facteurs de virulence de Staphylococcus aureus et pathologies

associées :
6.1. Les toxines formant des pores ou ‘’pore-forming toxins’’
(PFTs)
Ces toxines cytolytiques ont la capacité de détruire les cellules de la défense de
l’hôte en formant des pores au niveau des membranes cellulaires. Les PFTs sont
souvent sécrétées sous forme de monomères. Une concentration des monomères,
appelée oligomérisation, s’effectue alors à la surface cellulaire. Un pore
membranaire hydrophobe se forme et la virulence de la toxine peut alors
s’exprimer. Classiquement, on distingue deux grands groupes de PFTs en fonction
de leur structure tridimensionnelle :
 les alpha-PFTs, dont la structure secondaire est formée d’une simple hélice
alpha hydrophobe ;
 les bêta-PFTs, où le pore est constitué majoritairement de brins bêta
s’assemblant en tonneaux bêta.
6.1.1. Toxines à hélice alpha :
 La delta-hémolysine
La majorité des souches de S. aureus (97 %) synthétise cette toxine. Elle est
produite en fin de phase exponentielle de croissance et le gène codant son
expression fait partie du locus agr (accessory gene regulator). Elle est capable
de lyser de nombreuses cellules sanguines.
 Les PSM peptides ou « phenol-soluble peptides »
Ces peptides sont produits en grandes quantités par les souches
communautaires, et participeraient au succès de l’infection par leur capacité à
lyser les polynucléaires neutrophiles.

6.1.2. Les toxines à brins bêta (bêta-PFTs ou leucotoxines) :

Leurs cibles cellulaires majeures sont les leucocytes (polynucléaires
neutrophiles, monocytes, macrophages et lymphocytes), d’où l’emploi du terme de
leucotoxines pour les désigner .
Le groupe des bêta-PFTs inclut l’alpha- toxine ou alpha-hémolysine ainsi que les
leucotoxines à deux composés formant des pores.
 L’alpha-toxine ou alpha-hémolysine
Cette toxine est sécrétée par 80 à 90 % des souches de S. aureus . Les globules
rouges de lapin sont beaucoup plus sensibles à l’action lytique de cette toxine
que les globules rouges humains. De nombreuses autres cellules peuvent être
lysées, notamment les lymphocytes T, les plaquettes, les kératinocytes et les
fibroblastes. L’interleukine IL-1 est sécrétée par les monocytes mis en contact
avec cette toxine. Après activation calcique, l’alpha-hémolysine peut également
induire une augmentation du métabolisme de l’acide arachidonique, elle-même à
l’origine de la synthèse de prostaglandines, de leucotriènes et d’oxyde d’azote
par les cellules endothéliales. Cette toxine peut aussi induiren la sécrétion de
thromboxane A2 et d’IL-8, et permettre l’activation de la voie de transduction
du signal NF-κB. Un mécanisme d'apoptose lymphocytaire a également été
démontré.
 Les leucotoxines à deux composés
Les leucotoxines à deux composés formant des pores chez S. aureus incluent :
- la gamma-hémolysine (Hlg) ;
- la leucocidine de Panton Valentine (LPV).
Ces toxines sont constituées de deux protéines différentes, une protéine de «
classe S » (31-32 kDa) et une protéine de « classe F » (34-35 kDa).
L’activation synergique de ces deux composés individualisés conduit à la
formation d’un pore actif. Ainsi, le composé de classe S se fixe en premier à la
membrane de la cellule cible, permettant la fixation du composé de classe F. Il y
a ensuite oligomérisation puis formation du pore octamérique .
La gamma-hémolysine
La leucocidine LukE-LukD est produite par 30 % des souches hospitalières de S.
aureus. Elle possède un spectre d’activité assez large de part son action sur les
lymphocytes T, les polynucléaires neutrophiles, les monocytes, les macrophages
et les cellules dendritiques.
La leucocidine LukE-LukD a été isolée chez plus de 75 % des souches de S.
aureus responsables d’impétigo bulleux .
La leucocidine de Panton Valentine et les pathologies qui lui sont associées
Elle est formée de deux composés S et F : LukS-PV et LukF-PV. Le gène codant
la LPV est porté par un bactériophage qui n’est retrouvé que chez 1 à 2 % des
souches cliniques de S. aureus . Le spectre d’activité lytique de cette toxine est
restreint aux monocytes, aux macrophages, aux polynucléaires neutrophiles et
aux métamyélocytes ; les érythrocytes ne sont pas lysés . Les souches
productrices de LPV sont classiquement associées à des infections cutanées
primitives, notamment les furoncles . Il a été montré que 90 % des souches
produisant la LPV sont issues de furoncles. La LPV est également associée, au
moins en partie, à des infections profondes sévères : essentiellement des
pneumonies nécrosantes , mais aussi des ostéomyélites ainsi que des cas de
purpura fulminans .
Actuellement, l’émergence de souches communautaires de S. aureus productrices
de LPV et résistantes à la méticilline, désignées par l’acronyme anglais « CA-
MRSA » (community–acquired meticillin-resistant S. aureus), est décrite dans
de nombreux pays. Les CA-MRSA sont isolés lors de cas de pneumonie
nécrosante mais aussi au cours d’infections cutanées sévères chez des sujets
jeunes Ces souches correspondent à de nouveaux clones différents des clones
hospitaliers ; elles ont toutes acquis dans leur génome les gènes LukS-PV et
LukF-PV codant la leucocidine LPV et la cassette SCC mec (staphylococcal
chromosomal cassette mec), contenant le gène mecA responsable de la
résistance à la méticilline

6.2. Les toxines à activité protéolytique ou anti-protéolytique

6.2.1. Les sérine protéases :
 La sérine protéase V8 :
S. aureus sécrète la V8 sérine protéase. Cette protéase clive spécifiquement les
liaisons peptidiques au niveau des résidus aspartate et glutamate , et peut cliver
les chaînes lourdes des immunoglobulines et le kininogène.
 Les épidermolysines
La cible majeure de ces toxines (27-29 kDa) est la desmogléine-1, une protéine
importante des desmosomes du stratum granulosum de l’épiderme, expliquant
ainsi le décollement observé lors de l’impétigo des jeunes enfants ou du
syndrome de la peau ébouillantée.
Actuellement, quatre isoformes d’épidermolysines staphylococciques ont été
caractérisées, les épidermolysines A, B, C et D.
Le gène codant l’épidermolysine A est porté par un bactériophage, tandis que le
gène codant l’épidermolysine B est à transmission plasmidique. Ces toxines sont
majoritairement produites par des souches staphylococciques du groupe
phagique II .
Deux grandes pathologies cliniquement différentes et très contagieuses sont
reliées à l’action de ces toxines épidermolytiques : l’impétigo bulleux et sa forme
généralisée appelée syndrome staphylococcique de la peau ébouillantée (SSEE)
ou staphylococcal scaled skin syndrome (SSSS).
Les épidermolysines sont responsables d’un décollement intra-épidermique au
niveau du stratum granulosum des épithéliums kératinisés.
Leur cible épithéliale est une protéine de jonction cellulaire de la famille des
cadhérines, la desmogléine 1, constituant des desmosomes.
L’impétigo bulleux constitue la forme localisée du syndrome d’exfoliation. Les
lésions restent très localisées au lieu même de la production toxinique. Des
bulles prédominantes aux extrémités et à contenu trouble apparaissent. Elles
renferment la souche de S. aureus productrice d’épidermolysines.
Le syndrome staphylococcique de la peau ébouillantée (SSSS) représente,
comme son nom l’indique, la forme généralisée induite par la diffusion des
épidermolysines à partir de foyers primitifs de colonisation ou d’infection
staphylococcique. Lorsqu’il atteint le nouveau- né, il est appelé syndrome de
Ritter von Ritterchain ; le tableau clinique est celui d’une dermatite
exfoliatrice. Le SSSS est majoritairement retrouvé chez le jeune enfant et plus
rarement chez l’adulte immunodéprimé, les patients insuffisants rénaux ou
diabétiques. Les foyers staphylococciques initiaux peuvent être d’origine ORL
(rhinites, pharyngites), cutanée (omphalite) ou conjonctivale. À la différence de
l’impétigo bulleux, S. aureus est absent des lésions bulleuses.
L’évolution peut être mortelle en cas de retard thérapeutique.

6.2.2. Autres protéases

 Les staphopaïnes A et B sont des protéases à cystéine actives.
 L’auréolysine : c’est une métalloprotéase qui pourrait jouer plusieurs rôles :
en complément de la coagulase, elle détruirait des inhibiteurs de protéases,
participant ainsi à la formation de thrombus, et en modifiant les protéines
bactériennes de surface elle participerait à l’essaimage bactérien à partir de
biofilms ou de foyers septiques.

 Les inhibiteurs de protéases produits par Staphylococcus aureus

La « chemotaxis inhibitory protein of Staphylococcus aureus » CHIPS (15 kDa), a
une action d’inhibiteur du chimiotactisme des neutrophiles et des monocytes.
Les inhibiteurs des C3 convertases comme les « staphylococcal complement
inhibitor – SCIN », « extracellular fibrinogen-binding protein – Efb », «
extracellular complement- binding protein – Ecb » ; les deux derniers ayant un
potentiel inhibiteur des C3bBb, C3b2Bb et C4b2aC3b convertases.

6.3. Les Superantigènes

Un superantigène est une protéine bactérienne capable d’établir une interaction
entre la molécule de CMH de classe II (domaine HLA-DR) du macrophage et la
chaîne V-bêta du récepteur cellulaire des lymphocytes T (TCR), mais au niveau de
sites externes à celui de l’antigène et avec une affinité importante.
Chez S. aureus, plus de trente superantigènes ont été identifiés, comprenant des
entérotoxines (A à E et G à V, ainsi que leurs variants).
Un superantigène est responsable d’une stimulation massive et indistincte du
système immunitaire. Des cytokines sont ainsi produites en grande quantité
(TNF-α, IL-1, IL-2 et IFN-α). Elles induisent une vasodilatation majeure qui peut
se transformer en état de choc ou induire différentes formes de réponses
inflammatoires intermédiaires. L’ingestion orale de ces superantigènes,
thermostables et résistants à la pepsine stomachique, peut aussi être
responsable de toxi-infections alimentaires.
Choc toxique staphylococcique
Le syndrome de choc toxique staphylococcique est provoqué par la diffusion dans
l’organisme de la toxine TSST-1 (toxine du syndrome de choc toxique
staphylococcique) ou de certaines entérotoxines (B, C, etc.) .
Ce syndrome associe une fièvre supérieure à 39 °C, une hypotension artérielle et
une érythrodermie scarlatiniforme généralisée, suivie 7 à 14 jours plus tard
d’une desquamation intense et d’une atteinte multi-viscérale. La létalité est
proche de 10 %. Le choc toxique staphylococcique peut succéder à une infection
suppurative staphylococcique chez un enfant, toucher un adulte présentant une
infection postopératoire à staphylocoque ou encore apparaître chez une femme
en période menstruelle.
D’autres formes cliniques incomplètes sont décrites : la scarlatine
staphylococcique, le NTED (neonatal toxic shock syndrome-like
exanthematous disease) et le REDD syndrome (recalcitrant erythematous
desquamating disorder) .

Intoxications alimentaires
Selon les études réalisées, les intoxications alimentaires à S. aureus
représenteraient de 15 à 30 % des toxi-infections alimentaires collectives. Elles
sont provoquées par l’ingestion d’entérotoxines staphylococciques qui sont toutes
émétisantes.
Ces toxines produites par les souches de S. aureus sont thermostables,
résistent à la cuisson et aux enzymes du tube digestif. Elles contaminent les
aliments, le plus souvent les produits laitiers et la viande. L’intoxication est
caractérisée par une incubation courte (1 à 6 heures après l’ingestion), des
crampes abdominales douloureuses, des vomissements, des diarrhées et l’absence
de fièvre. L’évolution est le plus souvent favorable en l’absence de traitement,
mais la survenue d’un choc toxique staphylococcique est possible en cas
d’intoxination massive .

6.4. Autres toxines ou facteurs associés à la virulence

 Les protéines Map : protéines mimant le complexe majeur d’histocompatibilité
de classe II. Leur effet serait une inhibition de la prolifération lymphocytaire
et l’induction d’une apoptose.
 La bêta-hémolysine est une enzyme possédant une activité de
sphingomyélinase. Elle est surtout présente chez les souches d’origine animale.
 Les facteurs EDIN A, B, C (epidermal cell differenciation inhibitors) sont
des toxines ADP ribosylant les protéines G hétérotrimériques.
 La staphylocoagulase ou coagulase libre se fixe à l’extrémité N-terminale de
la prothrombine, ce qui modifie la conformation de la protéine liée et lui
permet d’acquérir une activité protéolytique, convertissant le fibrinogène en
fibrine permettant la coagulation.
 La staphylokinase se fixe quant à elle à la plasmine, ce qui permet alors au
complexe d’acquérir une activité fibrinolytique pouvant permettre l’essaimage
de la bactérie .
 La hyaluronidase ;
 Les désoxyribonulcéases ;
 Les lipases, protéases, estérases.

7. Pouvoir pathogène des staphylocoques à coagulase

négative(SCN) :
Un des problèmes majeurs lors de l’isolement d’un staphylocoque à coagulase
négative est d’apprécier sa réelle signification clinique : ils sont souvent
considérés comme des contaminants étant donné l’habitat de ces espèces
bactériennes.
Les SCN sont principalement responsables d’infections nosocomiales survenant
chez des patients porteurs de matériel étranger.
Les infections communautaires sont essentiellement représentées par les
infections urinaires.
On distingue :
Les infections urinaires (S.saprophyticus+++ et cystite de la jeune femme) ;
septicémies ; infections sur cathéter ; endocardites ; infections osseuses ;
infections oculaires ; infections neuroméningées.

8. Diagnostic bactériologique :
Le diagnostic est direct et repose sur l’isolement de la bactérie. La recherche
d’anticorps n’a aucun intérêt pratique.
Prélèvements : Variés : pus, urines, sang, liquides de ponction (LCR, ponction
pleurale, articulaire), expectorations.
Examen microscopique : cocci à Gram positif groupés en amas immobiles.
Culture : bactéries non exigeantes qui cultivent rapidement en 18h :
Sur gélose nutritive : colonies rondes lisses, à contour régulier opaques et
luisantes sur gélose nutritive
 Milieu de Chapman : colonies jaunes pour le S.aureus (fermentation du
mannitol)
 Milieu de Baird-Parker : surtout utilisé en bactériologie alimentaire. Le
S.aureus donne des colonies noires (réduction du tellurite) avec un halo clair
suivi d’une opacification tardive du halo (lipase)
 Milieux chromogènes : la croissance du S.aureus entraine un virage coloré du
milieu

Identification biochimique : catalase+, Coagulase, DNases, protéineA.

Galerie miniaturisées pour l’identification des SCN.
Test à la novobiocine : permet de différencier le S.saprophyticus du
S.epidermidis
S.saprophyticus est résistant à la novobiocine
S.epidermidis est sensible à la novobiocine.

Principaux caractères différentiels entre le S.aureus , S.saprophyticus et

S. epidermidis

Caractère S.aureus S.saprophyticus S.epidermidis

Coagulase libre + - -
DNase + - -
Mannitol + + -
Réduction des + - varible
nitrates
Novobiocine à Sensible Résistant Sensible
05 μg

9. Sensibilité aux antibiotiques :

Les staphylocoques sont naturellement sensibles à de nombreux antibiotiques :

Les β-lactamines, les aminosides, les macrolides, les fluoroquinolones, la
fosfomycine, la rifampicine, le cotrimoxazole, l’acide fusidique.
Remarque : Antibiogramme réalisé sur milieu Mueller Hinton simple
Depuis de nombreuses années, la résistance des staphylocoques en particulier
aureus aux β-lactamines pose de sérieux problèmes thérapeutiques :
A. La résistance à la pénicilline : elle est due à l’acquisition d’une pénicillinase
plasmidique qui détruit les pénicillines G et A, les carboxypénicillines, les N-acyl-
uréidopénicillines mais n’a aucune action sur les pénicillines M, les inhibiteurs de
pénicillinase (acide clavulanique, sulbactam, tazobactam), les céphalosporines et
les carbapénèmes qui restent actives.
Détection de la résistance à la pénicilline :
L’expression de la pénicillinase plasmidique est inductible par les bêta-
lactamines. Par la méthode de diffusion en gélose, la détection de cette
résistance se fait en utilisant un disque de pénicilline G chargé à 6 μg.
- Les souches sensibles a la pénicilline G ont un diamètre ≥ 29 mm, et la zone
d’inhibition présente une bordure floue faites de colonies s’amenuisant et
devenant transparentes, réalisant une ‘’zone fantôme’’.
- Les souches résistantes à la pénicilline G ont un diamètre variable ≤ 28 mm. La
zone fantôme est remplacée par des colonies opaques de grande taille, réalisant
une bordure nette avec parfois des colonies ‘’squatters’’ occupant la zone
d’inhibition. Cet aspect est caractéristique de la présence d’une pénicillinase sans
qu’aucun test additionnel ne soit nécessaire.
Techniques de confirmation :
 Test de Hodge ou Test de Gots :
Repose sur l’utilisation de souches de référence sensible et résistantes à la
pénicilline G.
 Détermination de la CMI (concentration minimale inhibitrice) : la souche
est sensible si CMI ≤0.12ug/ml

B. La résistance à l’oxacilline ou résistance à la méticilline :

Plusieurs mécanismes :
 Production d’une PLP anormale appaelée PLP2a ou PLP 2’ par acquisition du
gène mec A +++ : mécanisme le plus fréquent conférant un haut niveau de
résistance aux bêta-lactamines
 Hyperproduction de bêta-lactamase (pénicillinase) (souches BORSA)
 Modification des PLP endogènes (souches MODSA)

 Résistance à la méticilline par production de la PLP 2a : souches MRSA ou

SARM :
Cette protéine est codée par le gène d’expression inductible mecA qui est
porté par un élément génétique mobile particulier, une cassette chromosomique
appelée SCCmec insérée dans un locus spécifique.
Particularité : l’expression de cette résistance peut être soit homogène (la
totalité de la population bactérienne exprime une résistance à haut niveau) soit
hétérogène (seule une fraction de la population exprime cette résistance à haut
niveau).
La recherche de la résistance hétérogène se fait soit à 30°C sur MH simple soit
à 37°C en milieu hypersalé à 2-4% de NaCl avec un inoculum de 10 7UFC/ml. Après
24h d’incubation la croissance peut être faible ce qui nécessite une incubation
supplémentaire de 24h.

Détection de la résistance à l’oxacilline ou la méticilline (MRSA):

 Test de diffusion du disque de céfoxitine à 30 μg +++ : un diamètre d’inhibition
≥ 22 mm indique une souche sensible. Test simple à réaliser en même temps
qu’un antibiogramme classique permettant de détecter de façon fiable et
spécifique la résistance à la méticilline chez S. aureus par production de
PLP2a.
 Test de screening à l’oxacilline : utilisation d’une gélose Mueller Hinton
additionnée de 4% de NaCl et 6μg/ml d’oxacilline. Des souches des référénce
sensible et résistante à l’oxacilline doivent être utilisées.
 Détermination de la CMI à l’oxacilline
 Mise en évidence de la PLP2a par technique d’agglutination : réaction
instantanée.
 Utilisation de milieux chromogènes : virage coloré en présence de SARM
 Détection du gène mec A par biologie moléculaire : diagnostic de certitude.

La résistance à la méticilline par production de la PLP2a confère une

résistance à toutes les bêta-lactamines actuellement commercialisées en
Algérie (ceftaroline et ceftobiprole, antibiotiques non commercialisés en
Algérie peuvent être actifs sur les souches MRSA.

 Les aminosides :
La résistance acquise des staphylocoques aux aminosides est surtout due à la
production d’enzymes inactivatrices. Chez les staphylocoques, trois enzymes sont
connues :
 APH(3’)-III confère une résistance à la kanamycine, à l’amikacine et à la
néomycine (phenotype K).
 ANT(4’)(4’’)-I confère une résistance à la kanamycine et à la tobramycine
(phenotype KT)
 APH(2’’)-AAC(6’) : cette enzyme qui possède deux fonctions confère une
résistance à la kanamycine, a la tobramycine et à la gentamicine (phenotype
KTG)
Détection et lecture interprétative
En pratique, il suffit de tester les aminosides qui sont les meilleurs substrats
pour les enzymes inactivatrices, la kanamycine, la tobramycine et la gentamicine.
Il n’est pas utile de tester l’amikacine et la nétilmicine qui risquent d’induire des
réponses faussement sensibles.

 Les macrolides-lincosamides-streptogramines :
Principaux mécanismes de résistance :
 Methylation ribosomale (phenotype MLSB) ;
 Efflux (phenotype MSB) ;
 Inactivation des lincosamides (phenotype L).

Mécanisme Gènes Phénotype 14-,15- 16-M L S

M
Méthylation erm(A), MLSB inductible R S S S
ribosomale erm(C) MLSB constitutif R R R S
Efflux msr(A) MSB R S S S
vga(A) LSA S S I S/I
Modificatio lnu(A) L S S R S
n vat(A), S ou LS S S S ou R
enzymatique vat(B), I
vat(C)

 Les glycopeptides: Sensibilité diminuée des staphylocoques aux

glycopeptides :
Différents termes et acronymes, VISA, GISA, hétéro-VISA, ont été utilises
pour définir les souches de S. aureus de sensibilité diminuée aux glycopeptides
et plus récemment VRSA pour les souches résistantes.

1. Souches de sensibilité diminuée aux glycopeptides

Ces souches ont une paroi épaissie résultant d’une réorganisation complexe du
métabolisme du peptidoglycane liée probablement à des mutations dans de
multiples gènes. Ces réorganisations pourraient empêcher l’accès de la
vancomycine à sa cible. Une autre hypothèse non exclusive serait
l’hyperproduction de précurseurs du peptidoglycane agissant comme autant de
leurres pour les glycopeptides.
Les souches de sensibilite diminuée aux glycopeptides sont isolées à des
fréquences faibles dans le monde entier et se recrutent essentiellement parmi
les SARM.
 VISA et GISA
Les termes de VISA (vancomycin intermediate S. aureus) et de GISA
(glycopeptide intermediate S. aureus) regroupent des souches intermédiaires ou
résistantes à la teicoplanine et sensibles ou intermédiaires à la vancomycine. Le
terme de GISA est préférable car il englobe l’ensemble des souches de
sensibilité diminuée à l’un ou l’autre des glycopeptides.
 Hétéro-VISA
Ces souches de S. aureus, initialement isolées au Japon, sont sensibles a la
vancomycine mais présentent des sous-populations intermédiaires à la
vancomycine . Les sous-populations sont présentes à des fréquences faibles, de
l’ordre de 10-5 a 10-7, et ne peuvent être mises en évidence a l’antibiogramme
standard.
Ces souches sont pour leurs grandes majorités intermédiaires à la teicoplanine,
voire résistantes.
La définition des souches hétéro-VISA souffre de l’absence d’une technique
génétique servant de référence. De plus, leur signification clinique est discutée.
Cependant, beaucoup considèrent que les souches hétéro-VISA constituent le
réservoir des souches GISA.

2. VRSA
Plus récemment, de rares souches de S. aureus résistantes à la vancomycine et à
la teicoplanine ayant acquis l’opéron de résistance à la vancomycine vanA ont été
rapportées aux Etats-Unis.
L’opéron vanA porte par des plasmides provient de souches d’entérocoques
résistantes aux glycopeptides.

3. Détection
La détection des souches qui ne présentent qu’un niveau modéré de résistance
aux glycopeptides est importante. Un certain nombre de difficultés sont
inhérentes a l’étude de l’activité in vitro des glycopeptides.
 La méthode de diffusion en gélose convient mal pour les glycopeptides :
ces grosses molécules diffusent médiocrement dans la gélose.
 Les méthodes rapides automatisées ne conviennent pas car l’expression de
la résistance nécessite un temps prolongé d’incubation.
 L’effet inoculum important pour la teicoplanine peut amener à surestimer
les résistances.
Une diminution de sensibilité aux glycopeptides peut être suspectée lorsque l’on
utilise les méthodes de routine en prêtant attention a certains critères d’alerte
ou par un criblage spécifique. Une fois la diminution de sensibilité suspectée, la
catégorisation clinique (S/I/R) des souches se fait par détermination des CMI
des glycopeptides dans les conditions standardisées.

3.1. Test des glycopeptides

Malgré ses performances médiocres, la méthode de diffusion reste utilisée pour
tester les glycopeptides. Apres une incubation qui doit être de 24 h pleines, un
certain nombre de critères doivent alerter sur la possibilité d’une sensibilité
diminuée aux glycopeptides :
A l’antibiogramme :
 Diamètre <15mm pour vancomycine et <14mm pour la teicoplanine.
 Une différence de 3mm (au moins) entre les diamètres d’inhibition de la
vancomycine et la teicoplanine.
 Présence de colonies dans les zones d’inhibition de la vancomycine et/ou
teicoplanine.
 Interactions (synergie ou antagonisme) entre les disques de glycopeptides
et beta-lactamines.
 Résistance de la souche à la méthicilline, gentamicine ou rifampicine.

3.2. Criblage
BHI agar +6mg/l vancomycine : Spot de 10μl d’une suspension 0.5McF/ 24h à
35°C± 2°C ; ≥ 2 colonies
MH agar + 5mg/l teicoplanine : Spot de 10μl d’une suspension 0.5McF / 24h à
35°C± 2°C ; ≥ 4 colonies
BHI agar : E-test modifié : Ecouvillonnage 200μl d’une suspension 2McF/ 24 à 48
h 35°C± 2°C ; VA et Teico
≥ 8mg/l Ou Teico seule ≥ 12mg/l

3.3. Confirmation de la résistance et catégorisation des souches

Mesure des CMI
La mesure de la CMI s’effectue par une méthode de référence ou par la
technique E-test en gélose Mueller- Hinton avec une suspension de turbidité
équivalente à MacFarland 0,5. Les lectures doivent être effectuées après 24 h
pleines d’incubation et les réponses rendues selon les critères de catégorisation
clinique.
Cas des hétéro-VISA
Ces souches apparaissent sensibles à la vancomycine et l’hétéro-résistance a la
vancomycine ne peut pas être mise en évidence par détermination de la CMI, par
définition, puisque l’inoculum bactérien teste est d’environ 10 4 bactéries et que la
fréquence de la sous-population intermédiaire a la vancomycine est inferieure a
ce seuil.
Il faut suspecter un hétéro-VISA devant :
- une CMI de la vancomycine égale à 4 mg/L avec la méthode E-test ;
- une réponse intermédiaire (CMI = 16 mg/L) pour la teicoplanine avec sensibilité
à la vancomycine (CMI = 2 mg/L) avec la méthode E-test ;
- une positivité à un des tests de criblage.

La technique de référence pour identifier un hétéro-VISA est l’analyse de

population. Cette technique consiste à étaler différentes dilutions d’un inoculum
fort de la souche sur des milieux gélosés contenant des concentrations
croissantes de vancomycine. Les colonies ayant poussé sur ces milieux sont
comptées après 48 h d’incubation et l’on calcule le pourcentage de bactéries qui
poussent aux différentes concentrations.
Technique : Les cultures de la souche a étudier et de la souche de référence
Mu3 (utilisée comme témoin positif hétéro-VISA) sont diluées de 10–3 à 10–6.
Ensuite, 100 μl sont étalées sur des gélosés cœur-cerveau contenant 0,5, 1, 2,
2,5 et 4 mg/L de vancomycine. Les colonies ayant pousse sur ces milieux sont
comptées après 48 h d’incubation et l’on calcule le pourcentage de bactéries qui
poussent aux différentes concentrations.
On compare ces résultats avec ceux de la souche mu3.
Cette technique de référence n’est pas faisable en routine.