Diversidade Haplotipica Y-STR UFPE 2006

Universidade Federal de Pernambuco
Centro de Ciências Biológicas

Departamento de Genética
Programa de Pós-Graduação em Genética
Diversidade Haplotípica de Microssatélites do

Cromossomo Y Humano na População de
Pernambuco, Nordeste do Brasil
Jemima Eline Xavier da Silva Barros
Recife, PE
Fevereiro, 2006
Jemima Eline Xavier da Silva Barros
Diversidade Haplotípica de Microssatélites do

Cromossomo Y Humano na População de
Pernambuco, Nordeste do Brasil
Dissertação apresentada ao
programa de Pós-Graduação em
Genética da Universidade Federal
de Pernambuco, como parte dos
requisitos necessários para a
obtenção do grau de Mestre em
Genética.
Orientador: Prof. Dr. Luiz Maurício

da Silva, Depto. De Genética, Centro
de Ciências Biológicas, UFPE.
Recife, PE
Fevereiro, 2006
Barros, Jemima Eline Xavier da Silva
Diversidade Haplotípica de Microssatélites do Cromossomo Y
Humano na População de Pernambuco, Nordeste do Brasil /
Jemima Eline Xavier da Silva Barros. – Recife: O Autor, 2006.
146 folhas : il.,fig., tab., gráfs.
Dissertação (mestrado) – Universidade Federal de

Pernambuco. CCB. Ciências Biológicas.Genética.
1. Genética – populações 2.Cromossomo Y –

microsatélites - Pernambuco I. Título.
576.58 CDD (22.ed.) UFPE
575.17 CDU (2.ed.) CCB - 2006 -010

A todos aqueles que de
alguma forma contribuíram
para a realização deste
estudo.
O verdadeiro heroísmo consiste em resistir e persistir mais um
pouco quando tudo parece perdido.

Agradecimentos
O futuro pertence àqueles que acreditam na grandeza dos seus

sonhos. No entanto, a satisfação da conquista não se restringe apenas em
alcançá-la, mas sim em encontrar pessoas que nos incentivem e tornem
possível a realização de um sonho. Nesse sentido, muitas pessoas
colaboraram na construção dos alicerces desta conquista, dentre as quais
agradeço especialmente:
A Deus pela vida e por tudo que Ele me proporciona.
Aos meus pais por me ensinarem a fazer tudo o mais perfeito que
puder, e pelo exemplo de força e determinação. A vocês dedico minha
vida, minhas conquistas e minha admiração. Estejam onde estiverem,
jamais deixarei de sentir o apoio e força de um amor sem limites.
Aos meus irmãos e a toda a minha família pelo apoio, paciência e
compreensão, estando sempre dispostos a me ajudar e jamais me
deixarem desistir. Enfim, por serem minha fortaleza, meu refúgio e fonte
de renovação.
Aos amigos que encontrei ao longo da minha vida, agradeço a
fidelidade, a compreensão por minhas ausências, o carinho que encontro
sempre que procuro, por estarem sempre dispostos a me ouvir e por não
medir esforços para me ajudar. Em especial agradeço a Liciana Xavier
pela amizade incondicional; a Karina Zoby pela amizade, força e por
sempre acreditar em mim; a Manoel Celestino Jr e a Mayara Morais pelo
ombro amigo e pela valiosa ajuda; a Diogo Lins, que talvez nem saiba o
quanto foi importante, agradeço todo o carinho, atenção, compreensão,
paciência, força e incentivo. Agradeço também por me fazer acreditar em
certas coisas novamente e por me ensinar que quando desviamos a
atenção dos problemas, reduzimos sua dimensão. Descobrir isto nesta
etapa da minha vida foi essencial e maravilhoso!
Aos meus amigos de turma no mestrado: Pollyanna, Juliana,
Adriana, Dalmo, Helen, Kyria, Ebenézer, Catarina, Flávio, Iliano, Ana
Thereza, Rodolfo, Jaíra e Carolina por serem tão especiais a ponto de
estarem sempre dispostos a ajudar uns aos outros, seja no trabalho ou
com palavras de apoio. Agradeço a cumplicidade, união, amizade, carinho,
os sorrisos descontraídos para aliviar o estresse do dia-a-dia e por tudo
que aprendi.
Aos meus amigos do Laboratório de Genética Molecular Humana:
Janaína, Simone e Daniella pela ajuda na realização deste trabalho;
Cláudio Galvão pela força, incentivo e confiança; a Marília por me ajudar a
“quebrar barreiras”; a Jeymesson pela alegria transmitida e ombro amigo;
a Erick por me “socorrer” muitas vezes; a Luzinete, Patrícia e Mônica pelo
carinho, força, confiança e ajuda em todos os momentos; A Janaína
(Nêga) e Vanessa pelo carinho, amizade, força e companheirismo; a Maria
da Glória (Glorinha) por todo carinho, apoio profissional e pessoal,
amizade, pela alegria do convívio e ensinamentos, inclusive as
“coreografias”; a Adriana pelo exemplo de profissionalismo e caráter, pela
amizade e importante ajuda sem “pré-conceitos”, pelo apoio e incentivo e
por todos os ensinamentos acadêmicos-científicos e pessoais. A todos
vocês, muito obrigada por se preocuparem com a minha nutrição, jamais
esquecerei!
Aos amigos do CPqAM que sempre torceram por mim, dando-me
grande força.
Aos Professores Doutores, Maurício e Rosilda, pela oportunidade,
orientação e valiosos ensinamentos que, com certeza, tiveram grande
importância no meu amadurecimento pessoal e profissional.
Aos demais Professores do Mestrado em Genética da Universidade
Federal de Pernambuco pelos conhecimentos transmitidos.
A coordenação, especialmente a Lobo, por toda ajuda e suporte
oferecido.
Enfim, sou grata a todos que, direta ou indiretamente, contribuíram
para a realização deste.
Muito Obrigada!
Jemima Eline Barros
Barros, JEXS (2006) Diversidade Haplotípica de Y-STRs em Pernambuco
Sumário
Lista de Figuras............................................................... 11
Lista de Tabelas............................................................... 12
Lista de Abreviaturas....................................................... 14
Resumo............................................................................ 16
1. Introdução................................................................... 17
2. Revisão da Literatura................................................... 20
2.1 Origem do Povo Brasileiro......................................... 20
2.1.1 Ocupação Humana do Brasil Contemporâneo e

Conseqüente Formação Populacional do País................ 21
2.1.2 Colonização de Pernambuco e Formação da

População do Estado................................................. 23
2.2 Estudo de Populações e Marcadores Genéticos

Polimórficos.................................................................. 26
2.3 Polimorfismo de Seqüências de DNA Repetidas............ 28
2.3.1 Seqüências Repetidas no Genoma....................... 28
2.3.1.1 Família de Seqüências de DNA repetidas em

Tandem.............................................................. 29
2.3.2 Polimorfismo e Mutação de Seqüências de DNA

Repetidas no Genoma............................................... 35
2.4 Microssatélites como Marcadores Moleculares do

Cromossomo Y.............................................................. 38
2.4.1 Cromossomo Y................................................. 38
8
2.4.2 Uso de Microssatélites como Marcadores

Genéticos do Cromossomo Y...................................... 40
2.5 Haplótipos............................................................... 45
2.6 Marcadores Genéticos do Cromossomo Y Usados neste

Estudo......................................................................... 48
2.7 Microssatélites do Cromossomo Y em Estudos de

Populações Brasileiras.................................................... 53
3. Referências Bibliográficas............................................ 60
4. Manuscrito de Artigo Científico.................................... 76
Human Y-Chromosome STR Haplotype Diversity in

Pernambuco, Northeast Brazil.............................................. 77
5. Informações Complementares..................................... 91
5.1 Materiais e Métodos.................................................. 92
5.1.1 Obtenção das Amostras..................................... 92
5.1.2 Extração de DNA: Método de Mini Salting Out....... 92
5.1.2.1 Separação de Leucócitos............................ 92
5.1.2.2 Digestão e Eliminação de Proteínas.............. 93
5.1.2.3 Precipitação e Lavagem do DNA.................. 94
5.1.3 Quantificação do DNA....................................... 94
5.1.4 Obtenção dos Fragmentos de Microssatélites

através de Amplificação por PCR-Multiplex................... 94
5.1.4.1 Condições de Amplificação.......................... 95
5.1.5 Genotipagem dos Produtos da PCR...................... 97
5.1.6 Análise Estatística............................................. 99
5.2 Resultados e Discussão............................................. 102
9
5.2.1 Freqüências Alélicas dos Locos do Cromossomo Y

Analisados................................................................ 102
5.2.2 Analise dos Haplótipos Formados pelos Locos

Estudados do Cromossomo Y...................................... 105
5.2.3 Caracterização da População Pernambucana

quanto aos Microssatélites do Cromossomo Y................ 111
6. Abstract....................................................................... 115
7. Conclusões................................................................... 116
8. Apêndice...................................................................... 117
Haplótipos Encontrados na População de Pernambuco e suas

Respectivas Localizações no Estado...................................... 118
9. Anexo 1 – Mapas de Pernambuco............................... 125
9.1 Mapa do Brasil destacando a localização do estado de

Pernambuco................................................................. 126
9.2 Mapa de Pernambuco – Regiões............................... 126
9.2.1 Região Metropolitana do Recife......................... 127
9.2.2 Zona da Mata................................................. 128
9.2.3 Agreste de Pernambuco................................... 129
9.2.4 Região do São Francisco.................................. 130
9.2.5 Sertão de Pernambuco..................................... 131
10. Anexo 2 - Instruções para Autores............................ 132
10.1.1 Genetics and Molecular Biology......................... 133
10.1.2 Forensic Science International.......................... 139
10
Lista de Figuras
Revisão da Literatura
Figura 1. Localização cromossômica das principais classes
de DNA repetitivo............................................................ 33
Figura 2. Modelo do processo mutacional em
microssatélites............................................................... 37
Figura 3. Idiograma do bandeamento G do cromossomo
Y.................................................................................. 39
Figura 4. Localização no cromossomo Y dos microssatélites
analisados no presente estudo.......................................... 50
Figura 5. Distribuição das freqüências alélicas do loco
DYS389II em diferentes populações.................................. 55
Figura 6: Distribuição das freqüências alélicas do loco
DYS391 em diferentes populações.................................. 56
Figura 7: Eletroforese dos marcadores DYS392/DYS393 e
DYS385/DYS390/DYS391 em gel de poliacrilamida
desnaturante.................................................................. 98
Figura 8: Eletroforese dos marcadores DYS464/DYS447/
DYS458 em gel de poliacrilamida desnaturante................... 98
Figura 9: Eletroforese dos marcadores DYS19/DYS389I e II
em gel de poliacrilamida desnaturante............................... 99
Figura 10: Dendograma construído a partir das freqüências
alélicas da população pernambucana, européia, africana e
ameríndia...................................................................... 114
Manuscrito
Fig. 01. Map of Brazil showing the Northeast region and the
Pernambuco State from where the samples were
collected........................................................................ 88
11
Lista de Tabelas
Revisão da Literatura
Tabela 1. Principais classes de DNA humano repetitivo em
tandem........................................................................... 32
Tabela 2. Informações gerais sobre os locos de
microssatélites do cromossomo Y usados no presente estudo
para analisar a população de Pernambuco........................... 49
Tabela 3. Freqüências dos alelos encontrados através da
análise do marcador DYS19 em diferentes populações........... 54
análise do marcador DYS389I em diferentes populações........ 54
análise do marcador DYS389II em diferentes populações....... 55
análise do marcador DYS391 em diferentes populações......... 56
Tabela 9. Freqüências dos alelos encontrados pela análise do
marcador DYS393 em diferentes populações........................ 58
Tabela 10. Seqüências do par de primers usados nas
reações de PCR-multiplex.................................................. 96
Tabela 11. Ciclos térmicos estabelecidos para as quatro
reações de PCR-multiplex construídas................................. 97
Tabela 12. Freqüências e diversidades (h) alélicas para locos
“single-copy” do cromossomo Y na população de
Pernambuco.................................................................... 102
12
Tabela 13. Freqüências e diversidades (h) haplotípica e de

marcadores “multi-copy” do cromossomo Y na população
pernambucana................................................................. 103
Tabela 14. Taxas de mutação de locos do cromossomo Y
revelados por observação direta em pares de pai/filho com
paternidade comprovada................................................... 105
Tabela 15. Lista dos 227 haplótipos do cromossomoY
detectados em 250 homens de Pernambuco......................... 106
Tabela 16. Número de diferentes haplótipos e respectivas
diversidades obtidas para cada haplótipo construído em 250
homens de Pernambuco.................................................... 110
Tabela 17. Alelos mais freqüentes nos locos analisados na
população de Pernambuco e em populações ancestrais
previamente estudadas..................................................... 111
Manuscrito
Table 1. Allele frequency and gene diversity values (h) at
nine Y-STRs single copy loci in Pernambuco population.......... 80
Table 2. Haplotype distribution and diversity values (h) in
multi-copy Y-STRs............................................................ 81
Table 3: List of 227 Y-chromosome STR haplotypes detected
in 250 unrelated males from Pernambuco………………………………. 82
Table 4. Mutation rates of Y-chromosomal STR loci as
revealed by direct observation in father/son pairs of
confimated paternity......................................................... 86
Table 5. Number of different haplotypes and respective
diversities obtained for each contributed haplotype in 250
unrelated males from Pernambuco...................................... 87
13
Lista de Abreviaturas
ACD Anticoagulante composto por ácido cítrico / citrato de sódio

tribásico / dextrose
BSA Bovine Seric Albumin - Albumina Sérica Bovina
DNA Desoxiribonucleic Acid - Ácido Desoxirribonuléico
dNTP Deoxyribonucleotide triphosphate - Desoxirrinucleotídeo
trifosfato
DYS D – DNA, Y - cromossomo Y, S – para um segmento único
EDTA Ethylenediaminetetracetic Acid - Ácido
Etilenodiaminotetracético
EH Extended Haplotype – Haplótipo Estendido
h Gene Diversity - Diversidade Gênica
HDL High Diversity Loci – Locos com alta diversidade
ISFG International Society of Forensic Genetics - Sociedade
Internacional de Genética Forense
Kb Kilobase
M Molar
Mb Megabase
MH Minimum Haplotype – Haplótipo Mínimo
min Minutos
mL Mililitros
mM Milimolar
MSY Male-specific Region of Y-chroromosome - Região Específica
do Macho do Cromossomo Y
ng Nanograma
NRY Non-recombining Region of Y-chromosome - Região Não
Recombinante do Cromossomo Y
14
PAGE Polyacrilamide Gel Electrophoresis – Eletroforese em Gel de

Poliacrilamida
PAR1 Pseudo Autosomic Region - Região Pseudo-Autossômica 1
PAR2 Pseudo Autosomic Region - Região Pseudo-Autossômica 2
pb Pares de Base
pH Potencial de hidrogênio iônico
pmol Picomol
PCR Polymerase Chain Reaction - Reação em Cadeia da Polimerase
RCLB Red Cell Lysis Buffer – Tampão de Lise de Hemácias
rpm Rotações por minuto
s Segundos
SPK Solução para Digestão com Proteinase K
STR Short Tandem Repeats - Seqüências Curtas em Tandem
TE Tris-EDTA
U Unidades
VNTR Variable Number Tandem Repeats - Número Variável de
Repetições em Tandem
YHRD Y Chromosome Haplotype Reference Database – Banco de
Dados Referência de Haplótipos do Cromossomo Y
o
C Graus Celsius
% Porcentagem
µL Microlitro
Σ Somatório
15
Resumo
Os microssatélites do cromossomo Y têm sido reconhecidos como

ferramentas valiosas na caracterização genética de populações humanas.
No entanto, poucos são os trabalhos com esse cromossomo no Nordeste
do Brasil. Por isso, estudamos 11 marcadores do cromossomo Y, visando
criar um banco de dados para caracterizar a população de Pernambuco
quanto ao grau de variabilidade genética, fornecendo informações para
investigações forenses e de paternidade. Assim, a amostra foi constituída
por 250 homens pernambucanos não aparentados e um filho (sexo
masculino) de cada um deles. O DNA genômico foi obtido de sangue
periférico e extraído por mini salting out. Os sítios de interesse foram
amplificados por PCR e os produtos da PCR submetidos à eletroforese
vertical em PAGE, com revelação por impregnação com AgNO3. Os
resultados encontrados são consistentes com a história da população do
Nordeste do Brasil. Freqüências e diversidades alélicas/haplotípicas foram
determinadas. Os locos DYS385 e DYS464 foram os mais informativos
com diversidade genética (h) acima de 80%, e os locos DYS389I e
DYS393 os menos informativos, com h inferior a 50%. Foram observados
227 haplótipos distintos, dos quais os mais freqüentes foram encontrados
em quatro indivíduos e 211 haplótipos foram únicos, sendo o haplótipo
estendido bastante informativo. Outros haplótipos foram construídos e
analisados, mostrando uma contribuição maior que o haplótipo mínimo
também estudado. Estes resultados fornecem informações úteis para
investigações de paternidade e forense, bem como para análise histórica
da população pernambucana.
Palavras-Chave: Cromossomo Y, Microssatélites, Pernambuco
16
1. Introdução
A descoberta dos segmentos repetidos de DNA deu uma nova

dimensão aos estudos de variabilidade ao nível molecular e, com o
advento da técnica de PCR (Polymerase Chain Reaction, Reação em
Cadeia da Polimerase), quantidades muito pequenas de DNA puderam ser
utilizadas para genotipagem. Isto facilitou e melhorou as condições de
trabalho dos pesquisadores, que passaram a intensificar os estudos sobre
polimorfismos destas seqüências (Strachan e Read, 2002).
Um exemplo de segmentos repetidos de DNA em tandem são os
microssatélites, também comumente denominados STRs (Short Tandem
Repeats, Seqüências Curtas em Tandem). Os microssatélites são
marcadores genéticos encontrados abundantemente em todo o genoma e
consistem de seqüências curtas, tipicamente 2 a 5 pares de base (pb),
agrupadas em arranjos de até 350 pb por loco (Amour et al., 2000;
Strachan e Read, 2002). Tais locos são predominantemente polimórficos
devido à mudanças no número de cópias da repetição principal. Estudos
indicam que esta variação é causada, principalmente, por elevadas taxas
de erros durante a replicação do DNA (Goldstein e Schlötterer, 1999).
O alto nível de variabilidade e a ampla dispersão através do genoma
humano tornam os microssatélites uma fonte profícua de marcadores
genéticos. Atualmente, os locos autossômicos são os marcadores mais
usados para identificação humana, devendo-se principalmente ao fato de
serem sistemas genéticos que segregam mendelianamente. No entanto,
existem casos especiais de investigação molecular em que a utilização de
marcadores sexuais pode ser mais informativa que a análise de
polimorfismos autossômicos.
A vantagem dos testes com cromossomos sexuais reside no fato de
que o homem transmite o seu cromossomo X para todas as suas filhas e o
cromossomo Y para todos os seus filhos sem recombinação gênica
17
(Jobling et al., 1997; Kayser et al., 1997). Este fato explica o motivo pelo
qual a genética forense está aumentando e concentrando o interesse, nos
últimos anos, por marcadores dos cromossomos sexuais.
A herança paterna da região não recombinante do cromossomo Y
resulta na conservação de locos polimórficos intimamente relacionados.
Quando tomados conjuntamente, estes locos fornecem haplótipos
bastante discriminatórios e particularmente úteis para a investigação
forense de casos de estupro, quando misturas de fluidos biológicos
masculinos e femininos devem ser analisadas, sendo também uma
poderosa ferramenta complementar em investigação de paternidade post
mortem, quando um descendente masculino está em questão (Roewer et
al., 1996; de Knijff et al., 1997; Jobling et al., 1997; Kayser et al., 1997),
bem como em estudos evolutivos e populacionais (Butler et al., 1995;
Takahashi et al., 1997; Drmic et al., 1998).
Diversas populações foram estudadas quanto ao polimorfismo de
microssatélites do cromossomo Y. A análise de polimorfismos da NRY
(Non-recombining Region of Y-chromosome - Região Não Recombinante
do Cromossomo Y) em brasileiros de várias regiões geográficas tem
demonstrado que a grande maioria dos Y é de origem européia,
principalmente ibérica, devido a significante imigração de homens
portugueses para o Brasil até o ano de 1808 (Ribeiro, 1995). Além disto, a
contribuição de haplótipos vindos da África subsaariana foi mínima e as
contribuições ameríndias foram completamente ausentes nesse período
(Carvalho-Silva et al., 2001). Estes dados apontam para um casamento
direcional entre homens europeus e mulheres africanas e ameríndias na
formação da atual população brasileira (Pena et al., 2000; Callegari-
Jacques et al., 2003).
Para finalidades acima citadas, o haplótipo mínimo (DYS19, DYS385,
DYS389I e II, DYS390, DYS391, DYS392 e DYS393) têm sido amplamente
estudado (Biondo et al., 2004; Leat et al., 2004; Martín et al., 2004; Saul
et al., 2004; Berger et al., 2005; Dobashi et al., 2005; Goes et al., 2005;
Lovrecic et al., 2005; Park et al., 2005; Pepinski et al., 2005; Rosa et al.,
18
2005) e vários dados de tipagem desses marcadores em populações de

todo o mundo têm sido relatados (Nata et al., 1999). Mas, apesar de sua
utilidade, locos adicionais de microssatélites do cromossomo Y são
requeridos para elevar a capacidade do haplótipo de distinguir indivíduos
(Park et al., 2005). Sendo assim, os marcadores DYS447, DYS458 e
DYS464, que são locos bastante informativos (Redd et al., 2002; Berger
et al., 2003; Butler e Schoske, 2004), podem ser combinados ao haplótipo
mínimo, formando um haplótipo estendido com bom poder de
discriminação.
O presente estudo tem como objetivo geral analisar 11 marcadores
de microssatélites do cromossomo Y (haplótipo mínimo e locos DYS447,
DYS458 e DYS464) a partir de DNA genômico de homens não
relacionados, bem como um de seus filhos do sexo masculino,
selecionados ao acaso na população do Estado de Pernambuco. E como
objetivos específicos determinar freqüências alélicas e taxas de mutação
para cada loco examinado; utilizar os dados obtidos para a construção de
haplótipos do cromossomo Y na população em questão; construir um
banco de dados de freqüências alélicas e haplotípicas, o que é
imprescindível para validar testes de investigação de paternidade e
identificação de indivíduos na população de Pernambuco; comparar os
resultados obtidos com dados de populações ancestrais para tentar
compreender a estrutura genética atual da população estudada, no que
diz respeito a linhagens paternas.
19
2. Revisão da Literatura
2.1 Origem do Povo Brasileiro
Em busca de uma maior compreensão do presente estudo, bem

como de atender a um dos objetivos da pesquisa, tornou-se necessário
resgatar o conhecimento sobre as origens e formação do povo brasileiro,
mais especificamente da população pernambucana. Para isso, alguns fatos
históricos que influenciaram a estrutura genética atual de tais populações
foram abordados e analisados no decorrer deste capítulo.
Segundo Pena (2002), o homem moderno teve uma origem única e
relativamente recente (cerca de 100 mil anos atrás) na África. A partir daí
ele migrou e ocupou progressivamente a Ásia, a Europa, a Oceania, as
Américas, e todos os outros rincões da Terra. Essa “diáspora” foi
acompanhada de diversificação morfológica, fruto da adaptação às
condições climáticas e ambientais das diferentes regiões do mundo.
Milhares de anos após a dispersão do grupo africano inicial de
homens, povos oriundos da Ásia (ameríndios1), da Europa (portugueses) e
da África (escravos da África Ocidental e Central) reencontraram-se no
Brasil, durante o século XVI. A partir dessa confluência, iniciou-se um
processo de mistura gênica inusitado em toda a história da Humanidade,
gerando o brasileiro atual (Pena, 2002).
Sendo assim, os brasileiros compõem uma das mais heterogêneas
populações do mundo, sendo resultado de cinco séculos de cruzamento
interétnicos entre povos de três continentes: os colonizadores Europeus,
representados principalmente por portugueses; escravos africanos e
nativos americanos (indígenas) (Alves-Silva et al., 2000). Esse encontro
1
Foi comprovado cientificamente que a maioria dos indígenas das Américas descende de
populações da área central da Sibéria, na Ásia (Pena et al., 2000). Há uma concordância
geral de que a principal rota dos ancestrais de ameríndios no continente ocorreu através
do Estreito de Bering. Isto não exclui, entretanto, a possibilidade de que outras
migrações menores tenham ocorrido através do pacífico (Salzano, 1986)
20
produziu conflitos, acomodações e, sobretudo, uma forte miscigenação

biológica e cultural (Pena et al., 2000).
2.1.1 Ocupação Humana do Brasil e Conseqüente Formação

Populacional do País
Durante os primeiros 50 anos, a colonização do Brasil constituiu um

problema de difícil solução para Portugal. A população portuguesa, pouco
superior a 1.000.000 de habitantes na época, não tinha condições de
atender as demandas das colônias portuguesas na África, Ásia e América.
Além disto, as notícias que chegavam do Brasil eram desanimadoras:
“Pode-se dizer que nela não encontramos nada de proveito”. Portugal
tinha, porém, a preocupação da posse da terra, visto que contrabandistas
de madeira e outros produtos passaram a visitar constantemente o nosso
litoral (Holanda, 1981).
Em 1500, ano da chegada de Pedro Álvares Cabral ao Brasil, esta
região era habitada por vários povos indígenas. Estima-se que, na época
do descobrimento, existiam no Brasil cerca de 2,5 milhões de índios
(Salzano e Freire Maia, 1970 apud Alves-Silva et al., 2000; Bethell, 1997).
A chegada dos portugueses ao Brasil não perturbou o equilíbrio da
vida tribal nos primeiros anos. Antes do açúcar se constituir fonte de
riqueza, seguida mais tarde pela mineração, era difícil atrair uma
imigração espontânea volumosa (Holanda, 1981). Em 1534, chegaram ao
Brasil muitos espanhóis, franceses, holandeses, principalmente
portugueses, entre outros degredados e aventureiros em busca de
enriquecimento fácil, deixando para trás mulheres e filhos. Alguns desses
foram aceitos e se acomodaram às tradições tribais, particularmente
através de matrimônio, que dava oportunidade do homem branco ter um
lugar na sociedade indígena, obtendo alimentos, bens e segurança diante
das tribos hostis (Holanda, 1981).
21
Em carta ao rei D. João, o padre Manoel da Nóbrega diz que para

colonizar a terra seria necessária a vinda de muitas mulheres brancas,
que aqui se casariam e elevariam a moral cristã e os bons costumes. Mas
o pedido foi atendido apenas em parte e o número de mulheres enviadas
não resolveu o problema (Pena et al., 2000).
Mais tarde, o índio passou a ser considerado pelos portugueses
como impedimento à posse da terra e uma ameaça à segurança da
colonização, o que desencadeou diversos conflitos que explicam em parte
a redução da população indígena (Holanda, 1981).
Os negros, terceiro grupo étnico a fazer parte da nossa colonização,
vieram desde o principio em grande número e não se tem data exata da
chegada do primeiro navio. O mais antigo registro encontrado é a
existência de escravos a partir 1531, na Capitania de São Vicente, São
Paulo (Cavignac, 2003). Mas, de fato, a miscigenação com os brancos
havia começado na metrópole, muito antes de 1500, com negros escravos
levados à Europa para fazer todo tipo de trabalho braçal (Prado Jr, 1980).
A partir de 1550, se intensificou a vinda de africanos das colônias
portuguesas do Congo e Angola para trabalhar como escravos nas
lavouras de cana-de-açúcar. Com a ocupação Holandesa, o tráfico de
escravos foi parcialmente interrompido. Em 1700, o ciclo do açúcar entrou
em declínio, devido à concorrência entre colônias, e começou o ciclo do
ouro. Também foram trazidos africanos de Benin e Nigéria até o século
XVIII e de Senegal e Gâmbia a partir desse século. Com o bloqueio naval
Inglês em 1845, deixaram de vir escravos dessas regiões, passando a vir
principalmente de Moçambique. Em resumo, em 1855, já havia cerca de 4
milhões de negros no Brasil, constituindo mais de 50% da população
(Cavignac, 2003).
Fugindo de Napoleão, a família Real chega ao Brasil em 1808,
iniciando um fluxo migratório de famílias européias. O Brasil recebeu
grandes contingentes de famílias de portugueses, italianos, espanhóis,
alemães, japoneses, sírios e libaneses, que participaram do processo de
mistura racial, provocando um “branqueamento da população brasileira”
22
(Ribeiro, 1995). Entre 1872 e 1890, por exemplo a população de brancos

brasileiros aumentou 12,5 milhões (Pena et al., 2000).
São estes os principais fatos históricos responsáveis pela formação
atual do povo brasileiro. Tal povo resulta de um prolongado processo de
alta miscigenação biológica e cultural, devido a extrema variabilidade de
seus grupos étnicos originais e à sua distribuição por toda uma gama de
condições ambientais. Este fato gerou uma identidade nacional singular e
um povo marcadamente mestiço, na aparência e na cultura (Pena, 2002).
2.1.2 Colonização de Pernambuco e Formação da População

do Estado
Quando os primeiros europeus chegaram ao território brasileiro no

início do século XVI, vários grupos indígenas, nômades e errantes
ocupavam a região nordeste, vagando pelo litoral e florestas da região. A
costa nordestina foi a primeira área do país a ser ocupada pelos
portugueses em 1500, uma vez que a costa oeste da África ficava
defronte as costas do nordeste brasileiro, o que a tornava a região de
maior proximidade geográfica, sendo facilmente atingível deste país
(Garcia, 1986).
Após 35 anos de desinteresse, a colonização Portuguesa se fazia
esperar, pois a riqueza e a abundância dos recursos naturais da colônia
atraíam piratas e aventureiros de outros países da Europa, tais como
franceses, holandeses e ingleses. A pirataria francesa travava relações
com os índios, unindo-se contra os lusos que vinham comercializar o pau-
brasil (Garcia, 1986).
Os portugueses tinham interesses em “dar a mão à colônia” para
que não viesse a perder aquilo que lhes pertenciam por direito de
descoberta. A partir de então, a colonização mais prática foi dividir o
Brasil em capitanias hereditárias (Mello, 1998).
23
As terras do atual Estado de Pernambuco foram doadas como

capitania hereditária pelo rei de Portugal a Duarte Coelho em 1535.
Fidalgo da casa real, Duarte Coelho vinha iniciar, praticamente, a
colonização portuguesa em Pernambuco, ergueu a sua capitania e esta foi
a que estabeleceu um maior desenvolvimento. Em 1537, foram fundadas
as vilas de Igarassu e Olinda, sendo esta a primeira capital do Estado
(Mello, 1998).
A prosperidade de Pernambuco teve inicio com o cultivo da cana de
açúcar e do algodão. Os índios eram utilizados como mão-de-obra escrava
nos engenhos e nas lavouras, especialmente por parte daqueles que não
dispunham de capital suficiente para comprar escravos africanos
(Cavalcante, 2002).
Após um período de paz aparente, os índios reagiram a esse regime
de trabalho através de hostilidade, assaltos e devastações de engenhos e
propriedades. A guerra e a perseguição dos portugueses tornou-se
sistemática, fazendo com que os índios sobreviventes tivessem que
emigrar para longe da costa. No entanto, a criação de gado levou os
colonizadores a ocupar terras no interior do Estado, continuando assim a
haver conflitos. As missões religiosas dos jesuítas eram a única forma de
proteção com que os índios contavam, porém as explorações e injustiças
continuavam a acontecer (Souza, 1998).
Em 1539, chegaram os primeiros negros a Pernambuco, visto que o
rei houvera permitido que importasse 24 “peças” procedentes da Guiné,
atendendo a um pedido do donatário. Em 1559, a rainha regente
autorizou os senhores de engenho da colônia a importar até 120 escravos
negros do Congo (Patriota, 2000).
O desenvolvimento de Pernambuco atraía grande número de
europeus para a região. Os franceses foram responsáveis por sucessivos
ataques e, de fato, nos seus planos não estava apenas o comércio com os
nativos. Depois de saquear e destruir a Feitoria Régia, os franceses
construíram uma fortificação na Ilha de Itamaracá, mas pouco durou esse
24
assentamento. A fortificação francesa foi atacada a mando do Rei de

Portugal e rendida após 18 dias de combate (Nogueira, 1988).
Em 1630, os holandeses invadiram Pernambuco e incendiaram
Olinda. Sendo assim, Recife passou a ser a sede do domínio holandês no
Brasil. Durante 24 anos, o conde Maurício de Nassau governou o Brasil
Holandês, cuja administração foi marcada por mudanças de natureza
econômica, social e cultural. A forte resistência de portugueses e
brasileiros (de origem lusitana, africana e índia, já cristianizados) acabou
resultando na expulsão dos holandeses (Maior, 1967).
Portanto, assim consolidou-se a estrutura genética da população
pernambucana, como o cruzamento entre índios nativos, negros africanos
e brancos europeus. Dentre os brancos que se estabeleceram na região
destacam-se os portugueses, os franceses e os holandeses, entretanto, os
franceses e holandeses, apesar de tentarem se estabelecer em território
pernambucano, deixaram uma contribuição étnica restrita. A presença de
espanhóis e ingleses foi ainda mais escassa (Ribeiro, 1995) devido ao
tempo de permanência em território do Estado.
A miscigenação ocorrida na formação da população de Pernambuco
e do Brasil acarretou em polimorfismo genético com características únicas.
Dessa forma, variações genéticas entre indivíduos em populações
passaram a ser amplamente utilizadas em estudos de genética
populacional, molecular e antropológica.
25
2.2 Estudo de Populações e Marcadores Genéticos

Polimórficos
A genética de populações é o ramo da genética que investiga as leis

e outros princípios que governam a estrutura das populações2 naturais,
elucidando os mecanismos que alteram a composição genética das
mesmas, tais como: fatores ecológicos e evolucionários, tamanho
populacional, padrões de migração, acasalamentos, distribuição de
indivíduos e seleção natural, para tentar compreender e predizer os
efeitos de fenômenos como segregação, recombinação e mutação
(Beiguelman, 1994).
Este conhecimento é fundamental para um correto entendimento da
evolução, pois o processo evolutivo é essencialmente uma modificação
progressiva da composição genética das populações, ou seja, alterações
nas freqüências genotípicas através do tempo (Gillespie, 1998).
O estudo da composição genética das diferentes populações
humanas ocupa um lugar de destaque na ciência. Neste sentido, foram, e
ainda são, utilizados diversos tipos de marcadores genéticos polimórficos,
como os grupos sangüíneos (ABO e Rh), proteínas séricas e eritrocitárias,
imunoglobulinas, sistemas de histocompatibilidade e polimorfismos de
DNA3 (Cavalli-Sforza et al., 1996).
Diversos marcadores polimórficos de DNA se encontram distribuídos
por todo o genoma. Estes marcadores deram uma nova dimensão aos
estudos de variabilidade genética ao nível molecular e vêm sendo
amplamente utilizados em inúmeros campos, incluindo identificação
individual, mapeamento de genes e estudos populacionais.
2
Uma população é definida como um conjunto de indivíduos da mesma espécie, vivendo
em um determinado espaço e mantendo entre si uma relação de ancestralidade e
descendência (Beiguelman, 1994).
3
Polimorfismos de DNA são seqüências de nucleotídeos que apresentam duas ou mais
diferentes formas (alelos são definidos como formas alternativas de um gene). Um gene
é denominado polimórfico quando o alelo mais comum em uma população tem uma
freqüência inferior a 0,95 – alguns autores preferem um limite mais estringente de 0,99
(Hartl e Clark, 1997).
26
O primeiro grande estudo populacional aplicando-se marcadores

polimórficos de DNA foi feito com DNA mitocondrial por Cann et al.
(1987). Desde então, diversos estudos utilizando polimorfismos de DNA,
autossômicos e alossômicos, vêm sendo realizados com sucesso e, assim,
trazendo importantes contribuições para o estudo e caracterização
genética de populações.
27
2.3 Polimorfismo de Seqüências Repetidas de DNA
2.3.1 Seqüências Repetidas no Genoma
O genoma humano, assim como outros genomas de mamíferos,

possui uma proporção muito elevada de seqüências repetidas de DNA4, as
quais estão presentes em regiões não codificantes dispersas por todo o
genoma. Por serem, de forma predominante, inativas no que se refere à
transcrição, tais seqüências foram consideradas não funcionais por muito
tempo 5(Strachan e Read, 2002).
Masatoshi Nei foi o primeiro a enfatizar a importância dessas
seqüências e, no ano de 1969, as denominou “DNA sem sentido” (Nei,
1969). Poucos anos depois, Suzumu Ohno criou o termo “DNA lixo” para
descrever esse fenômeno (Ohno, 1972). A abundância de seqüências
repetitivas não tinha explicação racional imediata, pois existiam muitos
organismos com genomas compactos e bem sucedidos, como os
procariotos. Portanto, muitos pesquisadores viam esses elementos como
depósitos desnecessários sobrecarregando o genoma e os compararam
com parasitas (Hickey, 1982), um “DNA egoísta” explorando genomas
eucarióticos (Doolittle e Sapienza, 1980; Orgel e Crick, 1980).
Com o progresso do Projeto Genoma Humano, mais conhecimentos
sobre o genoma foram acrescentados, de modo que vem sendo
esclarecida a função e a estrutura das seqüências não codificadoras.
Simultaneamente, mais e mais biólogos vêm considerando os elementos
4
Até 50% do genoma de mamíferos é ocupado por elementos repetitivos (Makalowski,
2000).
5
Pensava-se que seqüências de DNA repetidas no genoma não eram funcionais, pois não
são propriamente genes e, portanto, não sintetizam produtos e nem exercem efeitos
sobre características físicas de uma pessoa. Como conseqüência, tais seqüências não
estão associadas a nenhuma vantagem adaptativa e, portanto, não sofrem seleção
natural (Conselho Nacional de Pesquisa, 2001).
28
repetitivos como um tesouro genômico, pois, ao contrário do que se

acreditava, algumas dessas seqüências repetitivas parecem estar
envolvidas em diferentes processos genômicos (Brosius, 1991; Nowak,
1994; Brosius, 1999; Makalowski, 2000).
Um certo número de evidências vem mostrando que seqüências
repetitivas funcionam como elementos regulatórios com habilidade de
ligar proteínas e servir como acentuadores da expressão em genomas de
eucariotos (Goldstein e Schlötterer, 1999). Embora as seqüências
repetitivas tenham sido identificadas no DNA intergênico ou dentro de
introns de genes, uns poucos exemplos foram relatados dentro de
seqüências codificadoras de genes associados com doenças degenerativas
neuronal e/ou muscular humana (Gondo et al., 1998). Tais doenças foram
causadas por variação quantitativa na função da proteína e na atividade
gênica (Goldstein e Schlötterer, 1999), como conseqüência de drásticas
expansões de unidades repetitivas, afetando a fisiologia e o
desenvolvimento de pacientes com tais doenças (Paulson e Fischbeck,
1996 apud Goldstein e Schlötterer, 1999; Richards et al., 1993 apud
Goldstein e Schlötterer, 1999). Outros trabalhos têm mostrado que
seqüências repetitivas também agem como sítios de poliadenilação e
representam pontos quentes de recombinação e de mutação, entre outras
funções (Makalowski, 2000). Assim sendo, as funções biológicas das
seqüências repetitivas de DNA ainda não são muito bem compreendidas.
2.3.1.1 Família de Seqüências de DNA Repetidas em Tandem
As seqüências de DNA-satélite, megassatélites, minissatélites e

microssatélites, relatadas resumidamente na Tabela 1, formam uma
família definida por blocos (ou arranjos) de seqüências de DNA repetidas
em tandem. Tal família é assim classificada com base no tamanho médio
das unidades repetitivas ou dos arranjos formados por essas unidades
(Strachan e Read, 2002).
29
O DNA-satélite humano é composto por arranjos muito longos de

DNA repetido em tandem – blocos geralmente de 100 Kb até vários
megabases (Mb) de comprimento – com a unidade de repetição sendo
uma seqüência simples ou moderadamente complexa. Esse tipo de DNA
contribui com a maior parte das regiões heterocromáticas do genoma e
acredita-se que esteja envolvido na estrutura e na função dos
centrômeros, como apresentado na figura 1 (Browater e Wells, 2000;
Strachan e Read, 2002).
O DNA megassatélite ou macrossatélite é caracterizado por arranjos
de comprimentos relativamente modestos em comparação com alguns
arranjos de DNA-satélite. No entanto, o prefixo “mega” tem sido utilizado
para enfatizar o grande tamanho da unidade repetitiva, que pode ter
vários quilobases de extensão. Essa classe é exemplificada pelo
megassatélite RS447, que consiste de cerca de 60 cópias em tandem
resultando em um fragmento de 4,7 Kb em 4p15, altamente polimórfica
(Gondo et al., 1998).
O DNA minissatélite, também conhecido como VNTRs (Variable Number
Tandem Repeats - Número Variável de Repetições em Tandem),
compreende uma coleção de arranjos de seqüências de DNA repetidas
moderadamente – blocos variando geralmente de 0,1 a 20 Kb de extensão
– e organizadas em tandem, com unidades de repetição variando entre 6
e 64 pb (Strachan e Read, 2002). O DNA minissatélite pode ser
hipervariável ou telomérico:
a. As seqüências de DNA minissatélite hipervariável são altamente
polimórficas e estão organizadas em arranjos de repetições em
tandem (Jeffreys, 1987). As unidades de repetição, nos diferentes
arranjos hipervariáveis, variam consideravelmente em tamanho,
mas têm uma seqüência central comum, GGGCAGGAXG (onde X =
qualquer nucleotídeo) (Strachan e Read, 2002). Esse tipo de DNA
minissatélite localiza-se preferencialmente nas regiões
subteloméricas (figura 1). Este fato limita seu uso em estudos do
genoma;
30
b. O DNA minissatélite telomérico (figura 1) é constituído por unidades

de repetição em tandem de 10 a 15 Kb de um hexanucleotídeo,
especialmente TTAGGG, que é adicionado por uma enzima
especializada, a telomerase. Essas repetições simples são
diretamente responsáveis pela função dos telômeros de proteger as
terminações cromossômicas da degradação e de perdas (Strachan e
Read, 2002).
Também conhecido como repetições de seqüências simples ou
curtas repetições em tandem (STR), o DNA microssatélite consiste de
seqüências curtas, variando tipicamente de 1 a 5 pb (Strachan e Read,
2002), organizadas em arranjos de múltiplas cópias em tandem. Os
microssatélites estão dispersos nos cromossomos por todo o genoma
humano, como expõe a figura 1. Tais marcadores são encontrados, em
média, a cada 10.000 nucleotídeos, o que resulta em aproximadamente
300 mil microssatélites distribuídos por todo genoma (Edwards et al.,
1991; Tautz, 1993 apud Pena, 1993).
Como vantagens sobre os minissatélites, os microssatélites podem
ser facilmente amplificados por PCR mesmo quando o DNA está em
pequenas quantidades ou degradado (Ruitberg et al., 2001) e, pelo fato
de seus alelos serem discretos, podem ser definidos sem ambigüidade
pelo número exato de repetições (Strachan e Read, 2002).
31
Tabela 1: Principais classes de DNA humano repetido em tandem.

Localização
Tamanho da Unidade
Classe Cromossômica
de Repetição
Principal
DNA megassatélite Várias localizações em
(blocos de centenas de cromossomos
Kb em alguns casos) selecionados.
Vários Kb
RS447 ~ 50-70 cópias em
4p15 e muitas cópias
em 8p distal.
DNA-satélite (blocos
geralmente de 100 Kb Especialmente nos
5-171 pb
até vários Mb de centrômeros.
comprimento)
DNA minissatélite 6-64 pb Nos telômeros ou
(blocos geralmente próximos a eles, todos
dentro da variação de os cromossomos.
0,1-20 Kb)
Família Telomérica 6 pb Todos os telômeros.

Família Hipervariável 9-64 pb Todos os
cromossomos,
freqüentemente
próximo aos
telômeros.
DNA microssatélites
Dispersos por todos os
(blocos geralmente 1-5 pb
cromossomos.
com menos de 150 pb)
(Strachan e Read, 2002)
32
Telômero (repetições em tandem do minissatélite

TTAGGG). Comprimento = vários Kb
Centrômero (vários componentes do DNA-

satélite). Comprimento = vários Mb
Microssatélites (amplamente dispersos pelos

cromossomos)
DNA- minissatélite hipervariável

(preferencialmente em regiões próximas aos
telômeros)
Figura 1: Localização cromossômica das principais classes de DNA repetitivo. Note as

localizações restritas de certos tipos de DNA repetido em tandem, como o DNA-satélite,
que é encontrado na heterocromatina (notável nos centrômeros) e os DNA-
minissatélites, que são freqüentemente encontrados nos telômeros ou próximo a eles
Os microssatélites têm sido detectados no genoma de todos os

organismos analisados, ocorrendo tanto em procariontes quanto em
eucariontes (Goldstein e Schlötterer, 1999). Contudo, espécies diferentes
contêm seqüências de microssatélites distintas e certas repetições
ocorrem com mais freqüência que outras (Stallings, 1992). Por exemplo,
(A)n e (CA)n são mais comuns em humanos, (AT)n em plantas e (CT)n
em algumas espécies de insetos (Primmer et al., 1997). No entanto, a
origem dessas diferenças ainda não está clara.
33
Os microssatélites podem ser constituídos por repetições mono, di,

tri, tetra ou pentanucleotídicas. As unidades de repetição
pentanucleotídicas são muito raras no genoma humano em relação aos
demais microssatélites. Entre as repetições de mononucleotídeos, as
séries A e T são muito comuns e, juntas, correspondem a cerca de 10 Mb
ou 0,3% do genoma nuclear humano; as séries G e C são menos
freqüentes. No caso das repetições dinucleotídicas, arranjos de repetições
CA/GT são muito comuns (0,5% do genoma), seguida das repetições
CT/GA (0,2% do genoma), mas repetições CG/GC são muito raras.
Repetições em tandem tri e tetranucleotídicas são relativamente raras,
altamente polimórficas e têm sido cada vez mais investigadas (Strachan e
Read, 2002).
O alto nível de variabilidade (ver tópico 2.3.2), facilidade de
amplificação por PCR e ubiqüidade no genoma eucarioto (Bowoock et al.,
1994; Deka et al., 1995; Mountain e Cavalli-Sforza, 1997) são
características que tornam os microssatélites marcadores genéticos
particularmente úteis para identificação de indivíduos em ciência forense
(Micka et al., 1996; Busque et al., 1997; Lee et al., 1997; Ricciardone et
al., 1997), bem como para inferir sobre a história evolutiva e
antropológica de uma população (Pérez-Lezaun et al., 1997; Pinheiro et
al., 1997; Pawlowski et al., 1999), para o mapeamento do genoma
humano (Nelleman et al., 1994; Ricciardone et al., 1997), no apoio ao
diagnóstico de doenças e na investigação de paternidade (Nelleman et al.,
1994; Micka et al., 1996), para avaliação de sucesso de transplante de
medula óssea (Lins et al., 1996), etc.
Atualmente, os microssatélites autossômicos são os marcadores
moleculares mais usados, devendo-se principalmente ao fato de serem
sistemas genéticos que segregam mendelianamente no genoma humano,
exibindo herança com dois alelos provenientes de ambos os progenitores,
os quais estão sujeitos a eventos de recombinação meiótica. Tal evento é
responsável pela mistura de genes entre os autossomos, produzindo
inúmeras combinações distintas, o que praticamente impede que duas
34
pessoas tenham o mesmo genoma, fazendo dos microssatélites

autossômicos ótimos marcadores de individualidade (Pena et al., 2000).
No entanto, há casos especiais de identificação molecular em que a
investigação de marcadores nos cromossomos sexuais é indispensável.
2.3.2 Polimorfismo e Mutação de Seqüências de DNA

Repetidas no Genoma
Como em outros genomas, o DNA humano não é uma entidade

estática. Ao contrário, ele é passível de diferentes tipos de mudanças
hereditárias (Strachan e Read, 2002). Os níveis de diversidade observados
nos locos de microssatélite podem ser explicados por elevadas taxas de
mutação que se acumulam ao longo de sucessivas gerações, estimando-se
uma taxa mutacional loco-específica entre 0 e 8,58 x 10-3 e uma taxa
mutacional média de 2,80 x 10-3 por geração (Carvalho-Silva et al., 1999;
Goldstein e Schlötterer, 1999; Kayser et al., 2000; Kayser e Sajantila,
2001; Gusmao et al., 2005).
Em geral, o modelo mutacional step wise (“passo a passo”) define a
dinâmica populacional dos microssatélites (Carvalho-Silva et al., 1999), os
quais estão sujeitos, principalmente se forem seqüências longas e
interruptas, ao polimorfismo de deleção/inserção, pelo qual alelos
diferentes variam no número de cópias integrais da unidade principal da
repetição em tandem. Tais polimorfismos de número variável de
repetições em tandem também podem ocorrer no caso de unidades de
repetição intermediárias ou grandes, e mecanismos genéticos distintos
são responsáveis por esse polimorfismo, dependendo da extensão da
unidade de repetição (Strachan e Read, 2002).
As grandes unidades repetidas de DNA estão sujeitas mais
comumente à inserção/deleção, como resultado de crossing-over desigual
ou trocas desiguais entre cromátides irmãs. Em seqüências curtas em
tandem, o mecanismo mais provável para explicar a variação em sua
35
extensão é mostrado na figura 2 e se inicia pelo pareamento incorreto por

deslize das fitas de DNA durante a replicação, o que leva a uma mudança
de informação de seqüência (Goldstein e Schlötterer, 1999; Strachan e
Read, 2002).
Alguns desses erros são corrigidos por sistemas de reparo, mas
muitos escapam e tornam-se mutações. Assim, a instabilidade dos
microssatélites pode ser considerada como um balanço entre a geração de
erros no processo de replicação e as correções através de sistemas de
reparo. Vale ressaltar que os microssatélites não são igualmente instáveis,
uma vez que nem todos estão propensos, da mesma maneira, ao
processo de mutação (Eisen, 2000 apud Goldstein e Schlötterer, 1999).
As altas taxas de mutação espontânea no número de repetições,
têm dado suporte à hipótese que seqüências repetitivas são uma
importante origem de variação genética quantitativa e substrato para
alterações evolucionárias (Goldstein e Schlötterer, 1999). Tal hipótese
torna-se fundamental para estudos evolutivos e populacionais.
O conhecimento sobre as taxas de mutação dos microssatélites
também é importante em testes de paternidade e análises forenses, pois é
crucial para uma correta interpretação dos perfis genéticos encontrados
(Carvalho-Silva et al., 1999; Kayser e Sajantila, 2001; Kurihara et al.,
2004; Gusmao et al., 2005). Para tanto, torna-se necessário o estudo de
mais de uma geração da população analisada, o que permite determinar
as taxas de mutação para cada loco estudado através de observação
direta do perfil de DNA de pais e filhos para cada microssatélite analisado.
36
REPLICAÇÃO
REPLICAÇÃO REPLICAÇÃO REPLICAÇÃO NORMAL
REPLICAÇÃO
SEM
MUTAÇÃO
DESLIZE DA FITA REALINHAMENTO
PERDA DO ALINHAMENTO MECANISMO

DE REPARO
EXTENSÃO EXTENSÃO
DESLIZE PARA TRÁS DESLIZE PARA FRENTE

CAUSA INSERÇÃO CAUSA DELEÇÃO
(+1 REPETIÇÃO) (-1 REPETIÇÃO)
Figura 2: Modelo do processo mutacional em microssatélites. A fita de DNA é representada por linhas e as repetições do loco de
microssatélite por retângulos; a fita inferior é parental e a fita superior é a recém-sintetizada. A figura mostra como o pareamento
incorreto por deslize das fitas pode ocorrer durante a replicação do DNA. O deslize da fita envolve uma região de não-pareamento,
contendo uma ou mais repetições da fita recém-sintetizada (deslize para trás) ou da fita parental (deslize para frente), causando,
respectivamente, uma inserção ou deleção na fita recém-sintetizada (Goldstein e Schlötterer, 1999).
2.4 Microssatélites como Marcadores Moleculares do

Cromossomo Y
2.4.1 Cromossomo Y
O cromossomo Y humano é um cromossomo sexual de morfologia

acrocêntrica que pertence ao grupo G, sendo o terceiro menor
cromossomo humano com aproximadamente 60 milhões de pares de
bases, o que representa apenas 2% do genoma total (Ali e Hasnain, 2002;
Craig et al., 2004).
No cromossomo Y são encontrados poucos genes funcionais, os
quais desempenham importante função biológica com conseqüências
diretas na determinação do sexo e na fertilidade masculina, estando
envolvidos no desenvolvimento e manutenção das células germinativas do
homem (Quintana-Murci et al., 2001).
Para manter as diferenças sexuais, os cromossomos X e Y são
estrutural e funcionalmente distintos. No entanto, existem regiões de
homologia6 entre estes cromossomos. Essas regiões são denominadas
pseudoautossômicas (PAR 1 e PAR 2) e estão localizadas nas porções
distais do braço longo e do braço curto dos cromossomos X e Y, como
mostra a figura 3. PAR 1 (2,60 Mb) e PAR 2 (0,32 Mb) desempenham
papel importante durante a meiose masculina pois são responsáveis pelo
pareamento, recombinação e segregação corretas do par de cromossomos
sexuais (Graves, 2002; Craig et al., 2004; Ross et al., 2005). Deleções
nestas regiões podem levar à esterilidade masculina, provavelmente por
falha na divisão meiótica (Quintana-Murci et al., 2001).
6
A existência de regiões homólogas nos cromossomos X e Y sugere que os dois
cromossomos sexuais evoluíram a partir de um cromossomo ancestral comum e
sofreram, subseqüentemente, grande divergência ao longo dos anos (Graves, 2002;
Strachan e Read, 2002; Ross et al., 2005).
38
A maior parte do cromossomo Y, cerca de 95%, compreende

seqüências de DNA exclusivas deste cromossomo e, portanto, encontradas
apenas no macho. Esta região não sofre recombinação com nenhum outro
cromossomo, uma vez que o Y encontra-se em estado haplóide, por isso,
é denominada NRY (Non-recombining Region of Y-chromosome - Região
Não Recombinante do Cromossomo Y) ou ainda MSY (Male-specific Region
of Y-chroromosome, Região Macho-Específica do Cromossomo Y). A NRY,
como exibe a figura 3, é constituída por aproximadamente 24 Mb de
eucromatina e 30 Mb de heterocromatina constitutiva inerte, composta
por diferentes tipos de DNA não codificador altamente repetitivo (Ali e
Hasnain, 2002; Strachan e Read, 2002).
PAR1 = 2,60Mb
Eucromatina
~ 24Mb
Região não
recombinante
(NRY)
Heterocromatina
~ 30Mb
PAR2 = 0,32Mb
Figura 3: Idiograma do bandeamento G do cromossomo Y humano. As regiões PAR1 e

PAR2, com seus respectivos tamanhos, localizam-se nas extremidades dos braços longo
e curto do cromossomo e recombinam-se com regiões homólogas do cromossomo X. A
NRY não sofre recombinação e é passada “em bloco” (haplótipo) de pai para filho. Tais
regiões, assim como as regiões de heterocromatina e eucromatina, estão indicadas na
figura (Jobling et al., 1997).
39
2.4.2 Uso dos Microssatélites como Marcadores Genéticos do

Cromossomo Y
A década de 90 foi marcada pelo desenvolvimento e rápido

estabelecimento da técnica de PCR para amplificar microssatélites. Tal
técnica tornou-se o método de escolha, o qual vem sendo empregado com
sucesso em casos forenses, permitindo que a amplificação dos
microssatélites seja realizada com precisão, sensibilidade e velocidade,
até mesmo quando o DNA está degradado (Ruitberg et al., 2001).
Através desta técnica, um grande número de microssatélites
autossômicos foram rapidamente avaliados e sucessivamente usados na
rotina forense. Enquanto isto, o uso de marcadores do cromossomo Y
permanecia estagnado devido à existência de um limitado número de
locos polimórficos estudados (Kayser et al., 1997; Butler et al., 2002).
Apenas três microssatélites do cromossomo Y diméricos (YCAI, YCAII e
YCAIII) (Mathias et al., 1994), um tetramérico (27H39 ou DYS19)7
(Roewer et al., 1992) e um pentamérico (Chen et al., 1994) tinham sido
descritos com mais detalhes até a metade da década de 90 (Kayser et al.,
1997).
Após o primeiro Workshop sobre marcadores do cromossomo Y em
Berlim (1996) vários dados de tipagem de locos do Y em populações de
todo o mundo foram relatados (Nata et al., 1999) e novos microssatélites
do cromossomo Y têm sido estudados e caracterizados a cada ano (Bosch
et al., 2002; Butler et al., 2002; Gusmao et al., 2002; Redd et al., 2002;
Beleza et al., 2003; Quintans et al., 2003; Uchihi et al., 2003; Zarrabeitia
et al., 2003; Schoske et al., 2004; Berger et al., 2005). Isso reflete em
mais de 100 locos do cromossomo Y disponíveis para investigações
forenses atualmente (Kayser et al., 2004; Berger et al., 2005), o que os
7
Y27H39 ou DYS19, como é designada atualmente, foi o primeiro microssatélite do
cromossomo Y descrito (Roewer et al., 1992).
40
torna uma ferramenta mundialmente aceita para identificação humana

(Berger et al., 2005).
Este fato se deve a alguns méritos do cromossomo Y, como a
especificidade masculina de sua maior parte e a ausência de
recombinação, que estabelece uma linhagem paterna e uma distribuição
alélica específica na população (Roewer, 2003). Tais características
tornam os microssatélites do Y, em alguns casos, uma ferramenta mais
útil que os marcadores autossômicos, sendo particularmente importantes
na identificação de indivíduos em casos forenses, quando há misturas de
fluidos biológicos masculinos e femininos, em casos de paternidade
especiais e em estudos evolutivos e antropológicos (Kayser et al., 1997;
Schultes et al., 1999; Butler et al., 2003; Jobling e Tyler-Smith, 2003;
Goes et al., 2005).
O potencial do cromossomo Y, tanto para identificar quanto para
discriminar o DNA de um indivíduo do sexo masculino, foi comprovado e
tem sido extensivamente utilizado na prática forense. Tal ferramenta tem
seu valor acentuado pois a grande maioria dos crimes é cometida por
indivíduos do sexo masculino (99% dos crimes de violência contra uma
pessoa e 93% dos crimes sexuais na Inglaterra e Grã-Betanha – Home
Office, 1995 apud Jobling et al., 1997) e, em evidências de crime sexual,
o DNA do agressor encontra-se freqüentemente misturado ao DNA da
vítima (Roewer et al., 1996; de Knijff et al., 1997; Jobling et al., 1997;
Kayser et al., 1997).
Técnicas convencionais podem separar espermatozóides de
componentes femininos, entretanto, a completa separação nem sempre é
alcançada. Adicionalmente, o agressor pode ser azoospérmico ou
vasectomisado, o que impediria o funcionamento das técnicas utilizadas
para separação de células. Além disto, amostras misturadas que são
analisadas através de PCR com marcadores autossômicos podem sofrer
alguma interferência ou competição entre relativamente pouca quantidade
de DNA masculino e grande quantidade de DNA feminino. Nestas
circunstâncias, pode-se fazer a identificação do indivíduo através de PCR
41
com marcadores do cromossomo Y localizados na NRY, não requerendo a

separação de células femininas e espermatozóides, o que aumenta a
probabilidade de se obter o perfil de DNA específico do macho em
amostras misturadas (Busque et al., 1997; Sibille et al., 2002; Goes et
al., 2005).
A análise de microssatélites do cromossomo Y também pode ser
muito útil em testes de paternidade, principalmente em casos que o
suposto pai é falecido ou ainda quando o pai alegado não pode ser
estudado. Nesses casos, indivíduos da mesma patrilinhagem podem ser
analisados através da utilização de marcadores do Y, permitindo assim,
chegar a informação desejada, uma vez que o homem transmite o mesmo
cromossomo Y, sem sofrer recombinação, para todos os seus filhos do
sexo masculino. Desta forma, tanto o pai alegado quanto o filho
compartilham o mesmo cromossomo Y (Jobling et al., 1997; Quintana-
Murci et al., 2001; Goes et al., 2005).
Devido a esta propriedade genética particular do cromossomo Y –
herdado como uma unidade intacta através da patrilinhagem – este
cromossomo sexual também tem se mostrado extremamente útil para
traçar a ancestralidade da linhagem paterna em populações humanas.
Dessa forma, informações importantes são fornecidas para estudos
evolutivos e populacionais, como padrão específico das migrações
ocorridas no passado e predição de parentesco evolutivo através da
análise da diversidade genética das diferentes populações do mundo
(Pinheiro et al., 1997; Perez-Leuzaun et al., 1997; Frégeau et al., 1998;
Santos et al., 1999; Pena et al., 2000; Pacheco et al., 2005).
Como o uso de locos do cromossomo Y tem se tornado bastante
popular e numerosos novos locos vêm sendo introduzidos a cada ano, o
uso de uma nomeclatura comum é crucial nas áreas forenses e estudos
populacionais para permitir uma comunicação adequada entre instituições
distintas e a comparação entre dados obtidos (Gusmao et al., 2005). A
nomeclatura dos microssatélites do cromossomo Y segue as normas da
ISFG (International Society of Forensic Genetics - Sociedade Internacional
42
de Genética Forense) que publica guias e recomendações regularmente.

De acordo com a ISFG, as seqüências repetidas podem ser designadas
como D#S##, sendo D – DNA, # - cromossomo estudado, S – para um
segmento único, ## - número de série. Dessa forma, os marcadores do
cromossomo Y são conhecidos como DYS (Gill et al., 2001; Gusmao et al.,
2005).
A designação dos alelos também é estabelecida pela ISFG, a qual
recomenda que sejam nomeados de acordo com o número total de
unidades repetidas do loco (Kayser et al., 1997; Gill et al., 2001; Gusmao
et al., 2005). Ocasionalmente, alelos intermediários podem aparecer
devido à inserção ou deleção de uma base, portanto, se uma repetição
parcial for encontrada, o alelo é designado de acordo com o número de
repetições, separado por ponto e seguido pelo número de bases da
repetição incompleta. No caso de sistemas duplicados, onde a distinção
entre diferentes produtos amplificados não for possível, os alelos
encontrados devem ser nomeados separando-os por hífen, sendo tratados
como genótipos de locos ligados e considerados como um único “alelo” ou
“haplótipo” (Schneider et al., 1998; Gill et al., 2001; Gusmao et al.,
2005).
Embora os polimorfismos do cromossomo Y tenham adquirido
grande importância na literatura forense, algumas limitações são
encontradas na utilização dos locos de microssatélites deste cromossomo
como marcadores moleculares para identificação de indivíduos da mesma
linhagem. Tais locos possuem uma menor capacidade de distinguir
indivíduos que os marcadores autossômicos (Gusmao et al., 2005) devido
à natureza haplóide do cromossomo Y. Neste caso, cada indivíduo possui
apenas um alelo por marcador, o que é menos informativo que um
marcador autossômico com a mesma diversidade alélica porém,
apresentando dois alelos por indivíduo.
Uma outra limitação encontrada é conseqüência da ausência de
recombinação do cromossomo Y. Esse fato implica na transmissão direta
do haplótipo do Y de pai para filho sem alterações. Logo, os homens de
43
uma mesma linhagem paterna compartilham o mesmo haplótipo, exceto

se ocorrer alguma mutação. Sendo assim, algumas estratégias devem ser
empregadas para aumentar o poder de discriminação do haplótipo, como
analisar o maior número de marcadores possível ou ainda, o que é mais
viável, utilizar uma combinação dos marcadores mais polimórficos (Bosch
et al., 2002; Redd et al., 2002; Schoske et al., 2004).
44
2.5 Haplótipos
Algumas partes do genoma humano são herdadas em grupos,

geração após geração. Esses grupos de genes se dispõem em locos
ligados, estando situados muito próximos no mesmo cromossomo e, por
isso, raramente recombinam ou sofrem rearranjos gênicos. Assim,
conjuntos de alelos situados no mesmo segmento cromossômico tendem a
serem transmitidos em blocos. Estes blocos de alelos são conhecidos
como haplótipos (Kayser et al., 1997; Quintana-Murci et al., 2001;
Strachan e Read, 2002).
Os haplótipos marcam segmentos cromossômicos reconhecíveis, que
podem ser seguidos através de genealogia e de populações. Enquanto não
desfeitos por recombinação, os haplótipos podem ser tratados, para fins
de mapeamento, genética forense, investigação de paternidade, entre
outras áreas, como se fossem um só loco altamente polimórfico.
Dependendo do grau de polimorfismo dos diferentes locos, os haplótipos
podem ter freqüências tão baixas que tornam cada indivíduo quase único
Os microssatélites do cromossomo Y são herdados como haplótipos,
os quais são transmitidos de pai para filho, estabelecendo uma linhagem
paterna (Kayser et al., 1997). A herança patrilínea da porção não-
recombinante do Y resulta na conservação completa de polimorfismos de
locos ligados. Quando tomados conjuntamente, estes polimorfismos
fornecem haplótipos altamente discriminatórios e, portanto, ferramentas
de grande utilidade para genética forense e estudos populacionais.
Várias populações do mundo vêm sendo estudadas e bancos de
dados de haplótipos de microssatélites do cromossomo Y têm sido
estabelecidos na Europa, América e Ásia (Roewer et al., 2001; Kayser et
al., 2002; Lessig et al., 2003).
45
Um haplótipo constituído pelos locos DYS19, DYS385, DYS389I e II,

DYS390, DYS391, DYS392 e DYS393 tem sido o mais comum8 conjunto de
marcadores do Y analisado em diversas populações (Biondo et al., 2004;
Leat et al., 2004; Martín et al., 2004; Saul et al., 2004; Berger et al.,
2005; Dobashi et al., 2005; Goes et al., 2005; Lovrecic et al., 2005; Park
et al., 2005; Pepinski et al., 2005; Rosa et al., 2005) e é definido como
haplótipo mínimo (Redd et al., 2002). O haplótipo mínimo foi estabelecido
na Europa e possui um bom poder discriminatório, podendo distinguir
aproximadamente 76,1% a 95,5% dos indivíduos do sexo masculino em
várias populações (Kayser et al., 1997; Roewer et al., 2001; Kayser et al.,
2002; Lessig et al., 2003; Nasidge et al., 2003; Schoske et al., 2004; Park
et al., 2005).
No entanto, necessidades forenses específicas algumas vezes
requerem mais informações (Sanchez-Diz et al., 2003) e, portanto, locos
de microssatélites do cromossomo Y adicionais são requeridos para
aumentar o potencial do haplótipo para distinguir diferentes linhagens
paternas (Berger et al., 2005; Park et al., 2005). Por esta razão, a adição
do marcador YCAII ao haplótipo mínimo determinou o haplótipo estendido
(de Knijff et al.,1997; Kayser et al., 1997; Roewer et al., 2001),
aumentando consideravelmente o poder de discriminação do haplótipo.
Contudo, o marcador YCAII não é ideal para o estudo de misturas de
amostras masculinas, pois é um marcador polimórfico dinucleotídico que
pode levar ao deslizamento da DNA polimerase durante a PCR (Redd et
al., 2002; Chi e Lam, 2005). Diante disto, foi definido um haplótipo
composto pelos locos do haplótipo mínimo e os microssatélites DYS438 e
DYS439, o qual não apresentou nenhuma perda apreciável na capacidade
discriminatória em relação ao haplótipo inicialmente estabelecido, com a
vantagem da eliminação do problema produzido pelo marcador YCAII
8
Até 2004, o YHRD (Y Chromosome Haplotype Reference Database - Banco de Dados
Referência de Haplótipos do Cromossomo Y) continha mais de 26.000 registros do estudo
de haplótipo mínimo em populações mundiais (Roewer et al., 2001; Berger et al., 2005).
46
(Redd et al., 2002; Berger et al., 2003; Butler e Schoske, 2004; Berger et
al., 2005; Krenke et al., 2005).
Outros marcadores polimórficos vêm sendo estudados e poderiam
ser combinados ao haplótipo mínimo para obtenção de um haplótipo com
maior capacidade de diferenciar indivíduos. Um bom exemplo são os
marcadores DYS447, DYS458 e DYS464, os quais apresentam-se mais
polimórficos que os locos DYS438 e DYS439 e, portanto, são bastante
informativos (Redd et al., 2002; Berger et al., 2003; Butler e Schoske,
2004), tornando-se ótimos candidatos à composição de um haplótipo
estendido com considerável poder de discriminação. Tal haplótipo faz-se
bastante útil para o presente estudo na população de Pernambuco.
47
2.6 Marcadores Genéticos do Cromossomo Y Usados

neste Estudo
Atualmente, um dos mais importantes objetivos dos geneticistas

forenses e antropológicos é o desenvolvimento de bancos de dados de
populações, que é crucial para estabelecer uma estratificação étnica e
geográfica das freqüências de haplótipos do cromossomo Y (Khil et al.,
2005). Mais de 100 locos do cromossomo Y humano foram identificados
(Roewer et al., 1992; Chen et al., 1994; Mathias et al., 1994; Jobling et
al., 1996; Kayser et al., 1997; White et al., 1999; Ayub et al., 2000; Iida
et al., 2001; Bosh et al., 2002; Iida et al., 2002; Redd et al., 2002;
Kayser et al., 2004; Mohyuddin et al., 2004; Berger et al., 2005).
Segundo a ISFG, cerca de 220 diferentes marcadores do Y são
potencialmente úteis para genética forense. No entanto, para a maioria
deles, a capacidade discriminatória e dados importantes das seqüências
ainda são escassos e torna-se, portanto, prematura a recomendação de
alguns destes marcadores para tais propósitos (Gusmao et al., 2005).
Além disso, muitos deles possuem alelos bastante comuns nas populações
e, por isso, tornam-se pouco úteis para discriminar indivíduos.
Diante disso, 11 marcadores de microssatélites do cromossomo Y
foram selecionados com base no alto grau de polimorfismo encontrado
através da análise de populações mundiais, com o objetivo de aumentar o
poder do haplótipo formado de discriminar indivíduos. Os marcadores do Y
analisados no presente trabalho foram: DYS19, DYS385, DYS389I,
DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392 e DYS393, que constituem o
haplótipo mínimo, o qual foi estudado em diversas populações (Biondo et
al., 2004; Leat et al., 2004; Martín et al., 2004; Saul et al., 2004; Berger
et al., 2005; Dobashi et al., 2005; Goes et al., 2005; Lovrecic et al.,
2005; Park et al., 2005; Pepinski et al., 2005; Rosa et al., 2005).
Adicionalmente, foram analisados os locos DYS447, DYS458 e DYS464
que, embora ainda pouco estudados em populações mundiais (Berger et
48
al., 2003; Tang et al., 2003; Biondo et al., 2004; Butler e Schoske, 2004;
Schoske et al., 2004; Berger et al., 2005), são bastante úteis para
estender o haplótipo mínimo, constituindo haplótipos bastante
informativos. Informações gerais para cada marcador estão na Tabela 2.
Tabela 2. Informações gerais sobre os locos de microssatélites do cromossomo Y usados

no presente estudo para analisar a população de Pernambuco.
Tamanho
Loco de
Unidade Repetitiva1 Alelos2 dos alelos Referência
STR
(pb)
DYS19 [TAGA]n 10 – 19 174 – 210 Kayser et al., 1997
DYS385 [GAAA]n 7 – 23 236 – 300 Butler et al., 2002
DYS389I [TCTG]n[TCTA]P 9 – 16 141 – 169 Schultes et al., 1999
DYS389II [TCTG]n[TCTA]P 24 – 33 255 – 291 Schultes et al., 1999
DYS390 [TCTG]n[TCTA]m 18 – 27 191 – 227 Kayser et al., 1997

[TCTG]p [TCTA]q
DYS391 [TCTA]n 7 – 14 114 – 142 Wiegand e Kleiber,
2001
DYS392 [TAT]n 6 – 17 233 – 267 Kayser et al., 1997
DYS393 [AGAT]n 9 – 17 108 – 140 Kayser et al.,1997
DYS447 [TAATA]n[TAAAA]1
22 – 29 207 – 242 Butler et al., 2002
[TAATA]P[TAAAA]1
[TAATA]q
DYS458 [GAAA]n 13 – 20 132 – 160 Schoske et al., 2004
DYS464 [CCTT]n 9 – 19 243 – 283 Redd et al., 2002
1. Os índices n, m, p e q encontrados nas unidades repetitivas indicam o número de

repetições de cada unidade. O número de repetições da unidade principal é usado para
designar o alelo (Kayser et al., 1997).
2. Foram encontrados alelos intermediários nos locos DYS458 – 16.2 (146 pb); 17.2
(150 pb) e 18.2 (154 pb) - e DYS464 – 13.3 (262 pb); 14.3 (266 pb) e 15.3 (270 pb).
Alelos intermediários para esses locos também foram encontrados em trabalhos como
Berger et al., 2003; Berger et al. 2005; Park et al., 2005.
Tais marcadores são locos polimórficos localizados ao longo do

cromossomo Y, como mostra a figura 4. Os locos DYS19, DYS385,
DYS389I e II, DYS390, DYS391, DYS393, DYS458 e DYS464 possuem
49
unidade repetitiva tetranucleotídica de composição simples ou complexa.

Os locos DYS392 e DYS447 apresentam unidade de repetição
trinucleotídica e pentanucleotídica, respectivamente (Tabela 2).
Localização dos Microssatélites no Cromossomo Y
Heterocromatina PAR2
PAR1
Figura 4: Localização, no cromossomo Y, dos microssatélites analisados no presente

estudo. Os marcadores em azul constituem o haplótipo mínimo e os demais (DYS447,
DYS458 e DYS464) foram usados para estender o haplótipo mínimo
(http://freepages.genealogy.rootsweb.com/~bricker/figure_2.jpg).
A maioria destes sistemas de microssatélites do cromossomo Y,

como o DYS19, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS447 e DYS458,
exibem apenas um único fragmento polimórfico quando amplificados por
PCR. No entanto, alguns dos marcadores analisados, como o DYS385,
DYS389 e DYS464, revelam dois ou mais fragmentos de tamanhos
variáveis quando amplificados utilizando apenas um par de primers. Isto
pode ser resultante da presença de múltiplos sítios de pareamento dos
50
primers e, na maioria dos casos, são resultado da multiplicação do loco

(Schneider et al., 1998; Gusmao et al., 2005).
O loco duplicado DYS385 é um dos marcadores mais informativos do
cromossomo Y (Schneider et al., 1998; Niederstätter et al., 2004). Este
marcador consiste de dois locos de microssatélite separados por,
aproximadamente, 40Kb. Tais locos são tipicamente amplificados em
conjunto, incluindo a região flanqueadora, Isto ocorre devido à presença
de seqüências idênticas imediatamente circundantes às duas cópias do
loco, o que permite o anelamento dos primers simultaneamente em
ambas as regiões (Gusmao et al., 2005), dando a impressão de um típico
genótipo autossômico com dois alelos.
O marcador DYS464, inicialmente descrito por Redd et al., (2002),
tem demonstrado ser mais polimórfico que o loco DYS385 (previamente
considerado o principal microssatélite de múltiplas cópias), tornando-se o
marcador mais informativo até a presente data (Butler e Schoske, 2004).
O DYS464 possui quatro alvos para um único par de primers em regiões
separadas no braço longo do cromossomo Y (figura 4), podendo gerar
quatro fragmentos polimórficos (Redd et al., 2002; Berger et al., 2003;
Butler e Schoske, 2004; Schoske et al., 2004). Dependendo do número de
repetições de cada um dos quatro diferentes locos, o número de
fragmentos observado após eletroforese pode, portanto, variar entre um e
quatro (Berger et al., 2003).
Nestas situações onde mais de um loco de microssatélite é
amplificado por um único par de primers, cada produto da PCR não pode
ser erroneamente designado para um loco específico, onde a distinção
entre os produtos amplificados não é possível (Schneider et al., 1998;
Berger et al., 2003; Gusmao et al., 2005). Portanto, como os alelos de
múltiplos locos localizados na região não recombinante do Y, como
DYS385 e DYS464, estão ligados, tais fragmentos têm sido considerados
como um único “alelo” ou “haplótipo” (Schneider et al., 1998; Gill et al.,
2001; Berger et al., 2003).
51
Apesar do marcador DYS389 exibir mais de um loco, quando

amplificado por PCR, devido à presença de um sítio duplicado a montante
(5’) do primer (Kayser et al., 1997; Schultes et al., 1999) que,
consequentemente, resulta na amplificação de dois fragmentos diferentes,
tais locos podem ser tratados como dois marcadores distintos, DYS389I e
II, devido à grande diferença no comprimento dos alelos encontrados para
cada loco (Tabela 2). Isto torna possível definir, sem dúvida, os
respectivos alelos de cada marcador, não sendo necessário considerá-los
como um único “alelo” ou “haplótipo”, como ocorre com os marcadores
DYS385 e DYS464.
O uso destes marcadores de múltiplas cópias aumenta
significativamente a variabilidade e, consequentemente, a capacidade do
haplótipo de discriminar indivíduos, pois eleva o número de locos a serem
analisados9, o que os torna importantes e bastante úteis para o estudo do
polimorfismo em populações (Kayser et al., 1997). Além disto, em casos
forenses nos quais a quantidade de amostra de DNA é limitada, o uso de
marcadores altamente polimórficos é vantajoso, pois reduz o número de
marcadores necessários para distinguir indivíduos não relacionados (Butler
e Schoske, 2004).
Apesar da utilidade comprovada e importância clara dos
microssatélites, diversos trabalhos da literatura têm mostrado que a
distribuição das freqüências alélicas de diversos locos desses marcadores
não é exatamente a mesma nas diferentes populações estudadas. Por
essa razão, antes de utilizar o polimorfismo dos locos do cromossomo Y
como ferramenta, é necessária a definição da estrutura genética da
população quanto a esses polimorfismos.
9
Por exemplo, no presente estudo foram selecionados 11 marcadores de microssatétilite
do cromossomo Y. No entanto, foram analisados 15 locos do Y, devido ao uso de
marcadores de múltiplas cópias como DYS385 e DYS464. O DYS389I e II foram
considerados como dois marcadores distintos.
52
2.7 Microssatélites do Cromossomo Y em Estudos de

Populações Brasileiras
Como mencionado em tópicos anteriores, as pesquisas com

microssatélites do cromossomo Y vêm desenvolvendo-se cada vez mais
com o passar dos anos. Um considerável número de populações de todo o
mundo têm sido analisadas e tais dados relatados pela literatura
especializada. No entanto, estudos de polimorfismos genéticos de
populações do Nordeste ainda são escassos.
Os marcadores DYS447, DYS458 e DYS464 ainda não foram
estudados em populações brasileiras. Os locos do haplótipo mínimo foram
analisados por Grattapaglia et al. (2004) nas cinco regiões geográficas do
Brasil. Os marcadores DYS19, DYS389I e II, DYS390, DYS393 também
foram estudados em populações da Bahia por Santos et al. (2003). Além
destes marcadores, Santos et al. (2004) analisou a população baiana
quanto ao polimorfismo dos locos DYS437, DYS438, DYS439, DYS460 (Y-
GATA A7.1), DYS461 (Y-GATA A7.2), Y-GATA A10, Y-GATA C4 e Y-GATA
H4. Costa et al. (2002) estudou os locos DYS19, DYS389I e II, DYS390,
DYS391, DYS392 e DYS388 na população do Rio de Janeiro e Macedo-
Souza (2003) estudou o loco DYS19 na população de São Paulo.
Os resultados dos estudos de polimorfismos de microssatélites na
população brasileira podem ser comparados aos dados de outras
populações como a africana, européia, americana (populações ancestrais à
população brasileira) e asiática (outgroup). Tais estudos mostram que o
alelo 14 para o loco DYS19 é o mais freqüente no Brasil e na Europa, o
que difere de populações africanas, ameríndias e asiáticas, cujos alelos
mais comuns foram 15, 13 e 15, respectivamente, como exposto na
Tabela 3.
53
Tabela 3: Freqüência dos alelos encontrados através da análise do marcador DYS19 em

diferentes populações.
ALELOS – DYS19
POPULAÇÕES h
12 13 14 15 16 17
Brasila 0,0240 0,2380 0,4290 0,2860 0,0240 - 0,6760
Europab - 0,0950 0,6010 0,2570 0,0200 0,0270 0,5626
c
África - 0,0920 0,0491 0,4172 0,2638 0,1779 0,7182
d
Ameríndios - 0,4400 0,1800 0,3800 - - 0,6718
e
Ásia - 0,0278 0,2361 0,4306 0,2639 0,0417 0,6965
a: Grattapaglia et al., 2004; b: Martín et al., 2004; c: Rosa et al., 2005; d: Kayser et al., 1997; e:
Dobashi et al., 2005. h: diversidade alélica. O alelo mais comum nas populações tem sua
freqüência em azul.
O alelo 13 do loco DYS389I é o mais freqüente no Brasil e em

populações da Europa, África e Ásia. O alelo 10 para este mesmo loco é
mais comum nos ameríndios e está completamente ausente nas demais
populações. O alelo 11, também encontrado em ameríndios, foi observado
em africanos, porém, com freqüência baixa em relação aos ameríndios.
Estes fatos distanciam geneticamente as populações ameríndias das
demais analisadas. Tais achados estão dispostos na Tabela 4.
Tabela 4: Freqüência dos alelos encontrados através da análise do marcador DYS389I

em diferentes populações.
ALELOS – DYS389I
POPULAÇÃO h
10 11 12 13 14 15
Brasila - - 0,1670 0,5950 0,2140 0,0240 0,5720
b
Europa - - 0,1490 0,5740 0,2700 0,0070 0,5754
c
África - 0,0140 0,1907 0,5628 0,2279 0,0047 0,5975
d
Ameríndios 0,8100 0,1900 - - - - 0,3284
Ásiae - - 0,1111 0,5278 0,3472 0,0139 0,5967
Através da análise do marcador DYS389II, foi observado que o alelo

25 é encontrado apenas em ameríndios e o alelo 26 é o mais freqüente
neste grupo, diferindo de todas as demais populações. As populações
analisadas tiveram uma distribuição bimodal (figura 5), na qual dois alelos
apresentaram freqüências elevadas, como mostra a Tabela 5. A Ásia
54
expôs um perfil um pouco distinto das demais, apresentando dois alelos

mais comuns e com mesma freqüência, e um outro também com
freqüência elevada (distribuição trimodal). Tal distribuição diferenciada
distancia geneticamente esta população das demais analisadas. Os
brasileiros e europeus possuem os alelos 29 e 30 como os mais comuns e
os africanos, os alelos 30 e 31. Isto fortalece a evidência de uma maior
contribuição européia em linhagens paternas brasileiras.
0.5
0.45
0.4
Freqüências Alélicas
0.35
0.3
0.25
0.2
0.15
0.1
0.05
0
Brasil Euro pa Áfr ica Ameríndios Ásia
Populações
25 26 27 28 29 30 31 32 33
Figura 5: Distribuição das freqüências alélicas do loco DYS389II nas populações

brasileira (Grattapaglia et al., 2004), européia (Martín et al., 2004), africana (Rosa et al.,
2005), ameríndia (Kayser et al., 1997) e asiática (Dobashi et al., 2005), cujos alelos mais
freqüentes foram 29 e 30; 30 e 29; 30 e 31; 26 e 27; 29, 30 e 31 para as respectivas
populações.
Tabela 5: Freqüência dos alelos encontrados através da análise do marcador DYS389II

em diferentes populações.
ALELOS – DYS389II
POPULAÇÃO h
25 26 27 28 29 30 31 32 33
Brasila - 0,0240 - 0,0710 0,4520 0,3570 0,0710 0,0240 - 0,6570
b
Europa - - 0,0200 0,1010 0,3720 0,4120 0,0810 0,0140 - 0,5627
c
África - - - 0,0143 0,1667 0,3714 0,3095 0,1333 0,0048 0,7239
d
Ameríndios 0,0060 0,4400 0,3700 0,1300 - - - - - 0,6963
Ásiae - - 0,0278 0,0694 0,2917 0,2917 0,2639 0,0417 0,0139 0,7633
freqüência em azul e a freqüência do segundo mais comum está marcada em verde.
55
Este tipo de distribuição (bimodal) também foi observado na análise

do marcador DYS391 (figura 6), o qual demonstrou que os alelos 10 e 11
possuem freqüências aproximadas nas populações do Brasil, Europa e
Ameríndios. As populações da África e Ásia não exibiram tal distribuição,
tendo o alelo 10 como o mais freqüente (Tabela 6).
0.9
0.8
0.7
Freqüências Alél i cas
0.6
0.5
0.4
0.3
0.2
0.1
0
Brasil Europa África Ameríndios Ásia
Populações
9 10 11 12
Figura 6: Distribuição das freqüências alélicas do loco DYS391 nas populações

brasileira (Grattapaglia et al., 2004), européia (Martín et al., 2004), africana (Rosa et al.,
2005), ameríndia (Kayser et al., 1997) e asiática (Dobashi et al., 2005). Diferentemente
das populações africana e asiática, cujo alelo mais freqüente foi o 10, as populações
brasileira, européia e ameríndia apresentaram uma distribuição bimodal, sendo os
alelos 11 e 10 os mais freqüentes em tais populações.

ALELOS – DYS391
POPULAÇÃO h
9 10 11 12
Brasila 0,0240 0,4290 0,5480 - 0,5150
b
Europa 0,0410 0,4320 0,5000 0,0270 0,5610
c
África 0,0279 0,7767 0,1907 0,0047 0,3612
d
Ameríndios - 0,4400 0,5000 0,0600 0,5898
Ásiae 0,0278 0,7917 0,1805 - 0,3447
Dobashi et al., 2005. h: diversidade alelica. O alelo mais comum nas populações tem sua
freqüência em azul e a freqüência do segundo mais comum está marcada em verde.
56
O alelo 24 do DYS390 foi comumente encontrado no estudo da

população brasileira, européia e ameríndia, sendo menos freqüente na
população africana, cujo alelo mais comum foi o alelo 21. A população
asiática parece possuir uma distribuição diferenciada das demais
(distribuição tetramodal), apresentando quatro alelos com freqüências
aproximadas (22, 23, 24 e 25) como mostrado na Tabela 7.

ALELOS – DYS390
POPULAÇÃO h
20 21 22 23 24 25 26 27
Brasila - 0,0240 0,0710 0,1900 0,5480 0,1430 0,0240 - 0,6370
b
Europa - 0,0140 0,0680 0,2300 0,5680 0,1150 0,0070 - 0,6064
c
África 0,0186 0,6744 0,2140 0,0419 0,0512 - - - 0,4970
Ameríndiosd - - - 0,3700 0,6300 - - - 0,4974
e
Ásia - - 0,2361 0,2500 0,2083 0,2500 0,0278 0,0278 0,7852
freqüência em azul. Em verde, freqüência de alelos também comuns na população
asiática.
A análise do marcador DYS392 revela o alelo 13 como o mais

freqüente na amostra populacional brasileira e européia. O fato destas
duas populações apresentarem os mesmos alelos como os mais
freqüentes, diferenciando-se das demais populações, é apoiado por dados
históricos de colonização. O alelo 11 foi o mais comum na África e Ásia; o
14 e o 15, os mais freqüentes em ameríndios. É interessante notar que os
alelos mais comuns em ameríndios estão ausentes em africanos e são
pouco freqüentes nas demais populações (Tabela 8).
57

ALELOS – DYS392
POPULAÇÃO h
10 11 12 13 14 15
Brasila - 0,3570 0,0710 0,5000 0,0710 - 0,6120
b
Europa 0,0200 0,2770 0,0410 0,5950 0,0470 0,0200 0,5646
c
África 0,0736 0,8773 0,0368 0,0086 - - 0,2248
d
Ameríndios - 0,0600 - 0,2500 0,5600 0,4300 0,4646
Ásiae 0,0833 0,7222 0,0417 0,0556 0,0833 0,0139 0,4661
freqüência em azul. Em verde, freqüência do alelo também comum na população de
ameríndios.
Para o marcador DYS393, também analisado, o alelo 13 foi o mais

freqüente na população brasileira, européia, ameríndia e asiática, no
entanto, o 14 é mais comum em populações africanas (Tabela 9). Outros
estudos em populações também africanas, como Cidade do Cabo (Leat et
al., 2004) e Moçambique (Alves et al., 2003) demonstraram o alelo 12
como o mais freqüente.
Tabela 9: Freqüência dos alelos encontrados pela análise do marcador DYS393 em

ALELO – DYS393
POPULAÇÃO h
11 12 13 14 15 16
Brasila - 0,1900 0,7140 0,0950 - - 0,4450
b
Europa 0,0140 0,1550 0,7090 0,1010 0,0200 - 0,4625
c
África - 0,0093 0,3535 0,5860 0,0512 - 0,5314
d
Amerídios - - 0,8700 0,1300 - - 0,2413
Ásiae 0,0417 0,3194 0,4444 0,1528 0,0278 0,0139 0,6840
Estudos com o marcador DYS385 monstraram 22 haplótipos

distintos na população brasileira (h= 0,8980) (Grattapaglia et al., 2004);
32 na européia (h= 0,8398) (Martín et al., 2004); 24 na africana (h=
0,9029) (Rosa et al., 2005); 11 na ameríndia (h= 0,9411) (Kayser et al.,
1997) e 36 na asiática (0,9325) (Dobashi et al., 2005), as quais
apresentaram os haplótipos 11-14 (0,2620); 11-14 (0,3650); 16
58
(0,1675); 12-15 (0,1800); 11-14 (0,2361) como os mais freqüentes,

respectivamente.
Segundo Grattapaglia et al. (2004), o haplótipo mínimo mais
comumente encontrado em estudos da população brasileira (14-11-14-13-
29-24-11-13-13) também é o mais freqüente em populações européias
(Roewer et al., 2001), como portugueses (Carvalho et al., 2003) e
espanhóis (Gamero et al., 2002; Martín et al., 2004). Este mesmo
haplótipo não foi encontrado em uma amostra de 328 haplótipos de
quatro populações africanas (Grattapaglia et al. 2004).
As diferenças e semelhanças nas freqüências alélicas encontradas
entre populações distintas monstraram a eficácia desses locos como
marcadores genéticos de grupos populacionais e étnicos.
Diante do exposto, os resultados desses estudos são coerentes com
a história da formação do povo brasileiro comentada anteriormente,
revelando a origem européia da grande maioria dos cromossomos Y de
brasileiros, conseqüência de cruzamentos entre homens europeus e
mulheres africanas e nativas na formação da população brasileira (Alves-
Silva et al., 2000; Pena et al., 2000; Carvalho-Silva et al., 2001).
Embora sejam maciçamente européias, as patrilinhagens brasileiras
ainda exibem considerável variabilidade. Este fato deve-se à alta
diversidade genética dos ibéricos, fruto de muitas invasões e imigrações
(Pena et al., 2000).
59
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Henke J, Henke L, Hidding, Hohoff C, Hoste B, Jobling MA, Kargel HJ,
de Knijff P, Lessig R, Liebeherr E, Lorente M, Martinez-Jarreta B, Nievas
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Scott CE, Searle S, Ramser J, Whittaker A, Deadman R, Carter NP,
Hunt SE, Chen R, Cree A, Gunaratne P, Haviak P, Hodgson A, Metzker
ML, Richards S, Scott G, Steffen D, Sodergren E, Wheeler DA, Worley
71
KC, Alnscough R, Ambrose KD, Ansari-Lari MA, Aradhya S, Ashwell

RIS, Babbage A, Bagguley CL, Ballabio A, Banerjee R, Barker GE,
Barlow KF, Barrett IP, Bates KN, Beare DM, Beasley H, Beasley O, Beck
A, Bethel G, Blechschmidt K, Brady N, Bray-Allen S, Bridgeman AM,
Brown AJ, Brown MJ, Bonnin D, Bruford EA, Buhay C, Burch P, Burford
D, Burgess J, Burrill W, Burton J, Bye JM, Carder C, Carrel L, Chako J,
Chapman JC, Chavez D, Chen E, Chen G, Chen Y, Chen Z, Chinault C,
Ciccodicola A, Clark SY, Clarke G, Clee CM, Clegg S, Clerc-Blankenburg
K, Clifford K, Cobley V, Cole CG, Conquer JS, Corby N, Connor RE,
David R, Davies J, Davis C, Davis J, Delgado O, DeShazo D, Dhami P,
Ding Y, Dinh H, Dodsworth S, Draper H, Dugan-Rocha S, Dunham A,
Dunn M, Durbin J, Dutta I, Eades T, Ellwood M, Emery-Cohen A,
Errington H, Evans KL, Faulkner L, Francis F, Frankland J, Fraser AE,
Galgoczy P, Gilbert J, Gill R, Glockner G, Gregory SG, Gribble S,
Griffths C, Grocock R, Gu Y, Gwilliam R, Hamilton C, Hart EA, Hawes A,
Heath PD, Heitmann K, Hennig S, Hernandez J, Hinzmann B, Ho S,
Hoffs M, Howden PJ, Huckle EJ, Hume J, Hunt PJ, Hunt AR, Isherwood
J, Jacob L, Johnson D, Jones S, Jong PJ, joseph SS, Keenan S, Kelly S,
Kershaw JK, Khan Z, Kioschis P, Klages S, Knights AJ, Kosiura A,
Kovar-Smith C, Laird GK, Langford C, Lawlor S, Leversha M, Lewis L,
Liu W, Lloyd C, Lloyd DM, Loulseged H, Loveland E, Lovell JD, Lozado
R, Lu J, Lyne R, Ma J, Maheshwari M, Matthews LH, McDowall J,
McLaren S, McMurray A, Meidl P, Meitinger T, Milne S, Miner G, Mistry
SL, Morgan M, Morris S, Müller I, Mullikin JC, Nguyen N, Nordsiek G,
Nyakatura G, O’Dell CN, Okwuonu G, Palmer S, Pandian R, Parker D,
Parrish J, Pasternak S, Patel D, Pearce AV, Pearson DM, Pelen SE,
Perez L, Porter KM, Ramsey Y, Reichwald K, Rhodes S, Ridler K,
Schlessinger D, Schueler MG, Sehra HK, Shaw-Smith C, Shen H,
Sheridan EM, Shownkeen R, Skuce CD, Smith ML, Sotheran EC,
Steingruber HE, Steward CA, Storey R, Swann RM, Swarbreack D,
Tabor PE, Taudien S, Taylor T, Teague B, Thomas K, Thorpe A, Timms
K, Tracey A, Trevanion S, Tromans AC, d’Urso M, Verduzco D, Villasana
72
D, Waldron L, Wall M, Wang Q, Warren J, Warry GL, Wei X, West A,

Whitehead SL, Whiteley MN, Wilkinson JE, Willey DL, Williams G,
Williams L, Williamson A, Williamson H, Wilming L, Woodmansey RL,
Wray PW, Yen J, Zhang J, Zhou J, Zorilla S, Buck D, Reinhardt R,
Poustka A, Rosenthal A, Lehrach H, Meindl A, Minx PJ, Hiller LW,
Willard HF, Wilson RK, Waterston RH, Rice CM, Vaudin M, Coulson A,
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311.
75
4. Manuscrito de Artigo Científico

Announcement of Polpulation Data
Human Y-chromosome STR haplotype diversity in

Pernambuco, Northeast Brazil
Manuscrito a ser encaminhado à revista

Forensic Science International
ISSN ISSN 0379 0738
(Estados Unidos da América)
76
Human Y-chromosome STR haplotype diversity in

Pernambuco, Northeast Brazil
TO BE SUBMITTED TO FORENSIC SCIENCE INTERNATIONAL, USA
J. E. X. S. Barros, E. M. B. B. Maciel, A. V. Gomes, R. S. Silva and L.

Maurício-da-Silva
Human Molecular Genetic Laboratory
Departament of Genetics, Biological Sciences Center
Federal University of Pernambuco, Recife-PE, Brazil.
Abstract: Y-chromosome-specific short tandem repeat (Y-STR) markers

have proven to be valuable tools for paternity and forensic investigation,
evolution and population studies. However there is a lack of works on the
Northeast Brazilian population yet. In this study 11 Y-STR markers
(DYS19, DYS385, DYS389I and II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393,
DYS447, DYS458 and DYS464) were analyzed in 250 unrelated males
from the State of Pernambuco and one of their sons. The aims of our
study were to characterize the genetic variability degree from Pernambuco
population, providing data for paternity and forensic investigation. The
results were consistent with the history of Northeast population
settlement. Allelic frequency and gene/haplotype diversities were
determined. DYS464 and DYS385 were more informative, with gene
diversity (h) higher than 80%, DYS389I and DYS393 being less
informative, with an h lower than 50%. 227 haplotypes were observed,
which two most common in Pernambuco were shared by 1.6 % (each) of
the males, while 211 haplotypes were unique. More informative Y-STR
haplotypes were examined and compared with other haplotypes analyzed,
showing more significant contribution than minimum haplotype one.
Extended haplotype has shown to be highly informative. The combination
of DYS447, DYS458 and DYS464 marker with the minimum haplotype
contributed to increment of haplotype diversity, especially DYS464. These
results would provide useful information for forensic practice and
applications in Pernambuco population historic studies.
Key words: Y chromosome, Short Tandem Repeats, Northeast Brazilian
Population
77
Population: 500 males (250 fathers and 250 sons) from Pernambuco
State, Northeast of Brazil (see Fig 01).
DNA extraction: DNA was isolated from peripheral blood mononuclear
cells using salting out procedure according to Miller et al. [1].
PCR: A multiplex reaction for the minimum haplotype was performed
according to Corach et al. [2]. A triplex including the DYS447, DYS458
and DYS464 loci was carried out in a 25µL of reaction volume containing
100ng DNA, 5pmol primers, 10mM dNTP, 10X PCR Buffer, 50mM MgCl2,
0,05% BSA, 0,75U Taq DNA polymerase. Thermal cycling established for
multiplex were 94oC for 2min, 30 cycles of 94oC for 30s, 61oC for 30s,
72oC for 30s, and a final extension of 72oC for 7min.
Typing: The PCR products were typed by vertical electrophoresis using a
SQ3 sequencer apparatus (Hoefer Pharmacia Biotech, San Francisco, CA).
Amplified products were detected in 6% polyacrylamide denaturing gels
stained with silver nitrate and the allele identification was achieved by
comparison of the amplified fragments with the allelic ladders.
Results: see table 1, 2, 3, 4 and 5
Analysis of data: The relative frequency of allele/haplotype occurrences
and their gene/haplotype diversities were calculated using the Arlequin
statistical analysis package, Version 2.000 [3].
Access to the data: request to [email protected]
Other remarks: The population of Pernambuco State can be
characterized as a mixed population composed of individuals from African,
Caucasian and Native Americans. The comparison between the most
frequent alleles in the population of Pernambuco and their ancestral
populations were carried out. The results are consistent with the history of
the Northeast Brazilian population [4].
As the mutation rates of Y-chromosomal short-tandem-repeat (STR)
used in paternity testing and forensic analysis are crucial for the correct
interpretation of resulting genetic profiles [5], the study of two
generations (father and son with previous confirmed paternity) of
population analyzed yielded the mutation rates at each locus studied
78
through direct observation of fathers and sons profiles. The mutation rates
are shown in table 4.
In this study six haplotype were constructed - HDL (High diversity
loci DYS464, DYS385, DYS458, DYS390, DYS389II and DYS447 loci); EH
(Extended haplotype – DYS19, DYS385, DYS389I and II, DYS390,
DYS391, DYS392, DYS393, DYS447, DYS458 and DYS464); MH (minimum
haplotype, as in European literature [7]); MH + DYS447; MH + DYS458
and MH + DYS464 - to evaluate the utility of these markers for forensic
applications (table 5). This EH proved to be highly informative (table 5).
The HDL shown itself more informative than MH (table 5), suggesting that
DYS19, DYS389I, DYS391, DYS392 and DYS393 markers gave a few
contribution to increase the haplotype diversity and the discrimination
power. The addition of DYS447, DYS458 and DYS464 to the MH
contributed to significant increase of haplotype diversity and the
discrimination power. In particular, DYS464 seems to be the most useful
marker and it can be included for expands MH (table 5). This issue is
population dependent, therefore, our results are expected to provide
useful support for both forensics and population studies in Pernambuco.
This paper follows the guidelines for publication of population data
requested by the journal [9].
Acknowledgements: This work was supported by grants from the
CAPES, Human Molecular Genetic Laboratory of Biological Sciences Center
of Federal University of Pernambuco.
79
Table 1: Allele frequency and gene diversity values (h) at nine Y-STRs single-copy loci in
Pernambuco population*.
Allele DYS19 DYS389I DYS389II DYS390 DYS391 DYS392 DYS393 DYS447 DYS458
9 0.0360
10 0.4640 0.0160
11 0.0120 0.4840 0.3840
12 0.1560 0.0160 0.6000 0.1360
13 0.0760 0.6800 0.5080 0.6800
14 0.5560 0.1520 0.0320 0.1520 0.0160
15 0.2680 0.0320 0.1040
16 0.0720 0.2440
16.2 0.0040
17 0.0280 0.3800
17.2 0.0040
18 0.0040 0.1600
18.2 0.0080
19 0.0440
20 0.0040 0.0040 0.0320
21 0.1200 0.0040
22 0.0080 0.0280
23 0.2720 0.0840
24 0.0040 0.4320 0.1200
25 0.0880 0.5040
26 0.0040 0.0040 0.2040
27 0.0120 0.0480
28 0.1040 0.0040
29 0.4640
30 0.2760
31 0.1080
32 0.0280
h 0.6097 0.4920 0.6878 0.7137 0.5511 0.5920 0.4970 0.6825 0.7594
* Allele frequency and diversity were calculated using the Arlequin software Version 2.000 [3].
80
Table 2: Haplotype distribution and diversity values (h) in multi-copy Y-STRs*.

DYS385 DYS464
H F H F H F H F
15 0.0280 14 0.0520 13-14-15 0.0120 14-15-17 0.0120
12-14 0.0440 12-16 0.0040 15-16-17 0.1920 12-14.3-16-17 0.0040
16 0.0160 13-18 0.0120 14-15-16-17 0.0240 16-19 0.0040
11-14 0.3600 16-17 0.0400 12-13 0.0120 11-13-16 0.0120
14-16 0.0200 14-15 0.0120 13-16-18 0.0200 14-15-18 0.0120
9-11 0.0040 10-14 0.0040 14-16-18 0.0080 14-19 0.0040
11-13 0.0320 14-20 0.0040 13-17-18 0.0080 13-16 0.0080
15-17 0.0080 14-17 0.0080 14-16-17 0.0240 12-14-15 0.0160
16-18 0.0440 12-15 0.0040 13-15-16-17 0.0200 15-16 0.0040
18-20 0.0040 17 0.0080 12-14 0.0040 13-14-15-16 0.0040
16-19 0.0080 15-16 0.0080 13-15-16 0.0160 11-14-16 0.0080
13-14 0.0360 17-18 0.0160 15-17 0.1520 16-18 0.0120
12-13 0.0080 11-16 0.0040 13-16-17 0.0280 14.3-16-17 0.0040
13 0.0040 15-19 0.0120 11-14-15 0.0120 15-18 0.0080
13-15 0.0320 13-16 0.0120 14-15-17-18 0.0080 12-15-18 0.0040
12 0.0240 13-17 0.0080 13 0.0040 13-15-17 0.0080
11-12 0.0040 18 0.0040 15-16-18 0.0280 12-15-16-17 0.0040
15-18 0.0240 14-19 0.0040 14-15-19 0.0040 12-13-16-17 0.0040
11 0.0240 10-15 0.0040 12-15-16 0.0120 12-13-14-16 0.0040
11-15 0.0520 13-19 0.0040 14-15-17-19 0.0120 13-15-16-18 0.0040
16 0.0080 16-18-19 0.0040
15-16-17-18 0.0120 14-15 0.0040
12-13-15-16 0.0120 13-14 0.0040
12-14-15-16 0.0200 12-14-16 0.0040
11-13-15 0.0120 12-13-14-15 0.0040
14-15-16-18 0.0040 13-16-17-19 0.0040
12-13-14 0.0200 12-15-17 0.0040
15-17-18 0.0360 13.3-15.3-17-18 0.0040
11-15 0.0120 16-17 0.0080
15-16-19 0.0120 12-16 0.0040
15 0.0120 14-16-17-18 0.0080
14-15-16 0.0080 14-16 0.0040
12-15-17-18 0.0040 12-14-16-17 0.0080
11-16-18 0.0040 12-15-16-18 0.0040
14-15.3-17 0.0120 12-16-17 0.0040
h= 0.8549 h = 0.9341
* Haplotype frequency and diversity were calculated using the Arlequin software Version 2.000 [3].
H = haplotype; F = frequency.
81
Table 3: List of 227 Y-chromosome STR haplotypes detected in 250 unrelated males from
Pernambuco.
DYS DYS DYS DYS DYS DYS DYS DYS DYS DYS DYS
Ha nb Fc
19 385 389I 389II 390 391 392 393 447 458 464
001PE 15 15 13 29 23 11 12 14 26 15 13-14-15 1 0,0040
002PE 14 12-14 13 30 24 10 13 13 25 18 15-16-17 1 0,0040
003PE 13 16 13 32 24 10 11 13 26 18 14-15-16-17 1 0,0040
004PE 14 11-14 13 29 24 11 13 13 25 17 15-16-17 4 0,0160
005PE 15 14-16 11 29 22 10 11 14 22 17 12-13 2 0,0080
006PE 15 9-11 13 29 24 10 13 13 24 17 15-16-17 1 0,0040
007PE 15 11-13 13 31 24 11 13 13 25 18 15-16-17 1 0,0040
008PE 15 15-17 12 30 21 11 11 13 26 16 13-16-18 1 0,0040
009PE 15 16-18 14 31 21 11 11 13 26 16 14-16-18 1 0,0040
010PE 14 18-20 14 31 25 10 11 13 25 15 14-16-18 1 0,0040
011PE 14 11-14 12 27 24 12 13 14 24 17 15-16-17 1 0,0040
012PE 17 16-19 13 30 21 10 11 14 25 17 13-17-18 1 0,0040
013PE 13 13-14 14 30 24 9 11 13 25 18 14-16-17 1 0,0040
014PE 14 12-13 14 30 24 11 13 13 26 17 14-15-16-17 1 0,0040
015PE 15 13 13 29 26 10 11 12 24 20 13-15-16-17 1 0,0040
016PE 16 12-14 12 27 22 10 11 13 23 19 12-14 1 0,0040
017PE 13 13-15 13 28 23 10 13 13 27 17 13-15-16 1 0,0040
018PE 14 11-14 13 29 25 10 13 13 25 17 15-17 2 0,0080
019PE 15 16 13 31 21 11 11 13 25 17 13-16-17 1 0,0040
020PE 15 11-14 13 30 23 10 13 13 25 17 15-16-17 1 0,0040
021PE 17 12 13 28 23 10 11 13 24 18 11-14-15 1 0,0040
022PE 14 11-12 13 29 24 11 12 13 25 16 14-15-16-17 1 0,0040
023PE 14 11-14 13 29 23 11 13 12 25 17 14-15-17-18 1 0,0040
024PE 15 15-18 13 31 21 10 11 13 25 16 13-15-16 1 0,0040
025PE 14 11 12 29 25 11 13 13 24 16.2 15-16-17 1 0,0040
026PE 13 13-14 14 30 23 9 11 13 23 18 14-15-16-17 1 0,0040
027PE 15 11-14 13 29 23 11 13 13 26 17 15-16-17 1 0,0040
028PE 15 13-15 12 29 23 10 11 12 26 17 13 1 0,0040
029PE 14 11-14 13 29 24 11 13 14 24 16 15-16-18 2 0,0080
030PE 13 15-17 13 30 25 10 13 13 26 14 14-15-19 1 0,0040
031PE 14 11-14 14 30 24 11 13 13 25 17 15-16-17 1 0,0040
032PE 14 11-14 14 30 24 11 13 13 25 18 15-16-17 1 0,0040
033PE 14 11-14 13 30 24 11 13 13 25 19 15-16-17 1 0,0040
034PE 14 11-14 12 28 23 11 14 13 25 18 15-17 1 0,0040
035PE 16 11-14 13 30 25 10 11 14 24 15 12-15-16 1 0,0040
036PE 14 11-14 13 30 24 11 13 13 24 17 15-16-17 1 0,0040
037PE 15 11-15 13 29 24 10 13 13 26 18 15-16-17 1 0,0040
038PE 14 11-14 14 30 24 11 13 13 25 18 15-17 3 0,0120
039PE 14 11-14 13 28 24 11 13 13 26 17 15-17 1 0,0040
040PE 14 11-14 13 29 24 11 13 12 25 16 14-15-17-19 3 0,0120
041PE 14 11 13 29 25 11 13 13 25 16 15-16-17 1 0,0040
042PE 14 11-15 13 29 23 11 12 13 25 18 15-17 1 0,0040
043PE 14 16-18 13 30 24 10 11 13 25 17 16 1 0,0040
044PE 14 11-15 13 29 24 11 13 13 26 18 15-16-17-18 1 0,0040
045PE 14 13-15 14 31 23 10 11 12 25 18.2 12-13-15-16 1 0,0040
046PE 15 14 13 31 21 10 11 13 24 19 13-16-17 1 0,0040
047PE 14 14 12 29 23 10 11 12 23 15 12-14-15-16 3 0,0120
048PE 16 15 13 29 23 11 12 14 26 15 11-13-15 1 0,0040
049PE 14 11-14 13 29 23 10 13 14 25 15 14-16-17 1 0,0040
050PE 15 11-14 13 29 22 10 13 13 25 14 15-17 1 0,0040
051PE 14 14 13 29 23 11 13 13 25 18 15-16-17 1 0,0040
052PE 15 12-14 14 31 25 10 11 13 24 15 12-15-16 1 0,0040
053PE 14 11-14 13 29 23 11 13 12 25 17 14-15-16-18 1 0,0040
054PE 15 11-15 13 30 24 10 13 14 25 17 15-16-17 1 0,0040
055PE 15 12-16 12 30 22 10 11 14 23 17 12-13-14 1 0,0040
056PE 14 11 13 29 24 11 13 12 25 20 15-17-18 1 0,0040
057PE 13 14 14 30 24 9 11 13 23 17 14-16-17 1 0,0040
058PE 15 11-13 14 30 24 11 13 13 24 17 15-17-18 1 0,0040
059PE 14 11-14 13 29 24 11 13 12 25 17 15-16-17 1 0,0040
060PE 16 14 12 29 23 10 12 15 25 16 11-15 1 0,0040
061PE 15 11-14 14 30 23 10 13 13 25 17 15-16-17 1 0,0040
062PE 15 13-15 11 29 22 10 10 14 23 20 12-13-14 1 0,0040
063PE 14 11-14 13 29 24 11 13 13 25 17 15-16-19 2 0,0080
064PE 14 11-14 14 30 24 11 13 13 25 16 15-17 1 0,0040
065PE 14 11-14 13 29 23 11 13 14 24 17 15-17 2 0,0080
066PE 14 11-14 13 29 24 10 13 13 25 17 15-17 1 0,0040
82
067PE 14 12 13 29 24 11 13 13 25 18 15 1 0,0040
068PE 17 12 13 28 23 10 11 13 24 17 11-14-15 1 0,0040
069PE 14 13-18 12 29 23 10 14 13 27 16 14-15-16 1 0,0040
070PE 14 11-14 13 29 24 11 13 13 25 17 15-17 4 0,0160
071PE 14 12-14 13 29 24 12 13 13 25 17 12-15-17-18 1 0,0040
072PE 15 16-17 13 30 21 10 11 13 25 17 11-16-18 1 0,0040
073PE 16 14-15 12 28 22 10 11 14 23 16 12-13-14 1 0,0040
074PE 13 16-18 13 30 23 10 11 13 27 15 14-15.3-17 1 0,0040
075PE 15 11-13 13 31 24 11 13 13 26 18 14-15-17 1 0,0040
076PE 13 16 13 30 23 10 11 14 25 16 13-15-16 1 0,0040
077PE 14 12-14 13 29 24 11 13 13 25 17 15-16-17 1 0,0040
078PE 14 16-18 13 30 24 10 12 12 26 17 12-14.3-16-17 1 0,0040
079PE 14 10-14 13 29 25 11 13 13 25 18 15-17-18 1 0,0040
080PE 13 15-18 13 29 24 10 14 13 26 16 14-16-17 1 0,0040
081PE 15 16-18 12 30 21 10 11 13 25 15 16-19 1 0,0040
082PE 17 15-18 13 31 22 10 14 13 26 17 11-13-16 1 0,0040
083PE 15 11-14 13 29 24 11 13 13 26 18 15-16-17 1 0,0040
084PE 15 16-18 12 28 24 10 11 12 26 20 14-15-18 1 0,0040
085PE 14 11-14 13 28 24 11 13 13 25 17 15-17 1 0,0040
086PE 13 16-17 14 31 24 9 11 14 18 17 14-19 1 0,0040
087PE 14 11-14 14 30 23 11 13 13 25 17 14-15-17 1 0,0040
088PE 15 14-20 13 29 23 10 11 12 26 16 13-16 1 0,0040
089PE 14 12-14 13 29 24 10 13 13 25 17 15-16-18 1 0,0040
090PE 16 15 13 29 23 10 12 14 26 15 11-13-15 1 0,0040
091PE 15 16-17 13 30 21 10 11 15 27 15 14-15-17 1 0,0040
092PE 16 13-14 13 29 23 9 11 12 26 14 11-13-15 1 0,0040
093PE 16 14-17 12 28 24 10 11 13 28 17 13-15-16-17 1 0,0040
094PE 14 11-15 13 29 24 11 13 13 25 16 15-16-18 1 0,0040
095PE 15 14-16 14 31 23 10 12 14 26 16 12-14-15 1 0,0040
096PE 14 12-14 13 29 24 10 13 13 25 17 15-17 1 0,0040
097PE 15 15-18 13 30 21 10 11 13 25 17 13-16 1 0,0040
098PE 14 11-15 13 29 25 11 13 13 25 17 15-16-17 1 0,0040
099PE 14 11-14 13 29 24 10 13 13 25 17 15-16-17 1 0,0040
100PE 14 16-17 13 29 23 10 14 12 24 16 15-16 1 0,0040
101PE 14 11-14 13 29 23 11 13 13 25 17 15-17 1 0,0040
102PE 14 13-14 13 29 22 10 11 12 26 16 13-14-15-16 1 0,0040
103PE 14 13-15 12 28 23 10 11 14 22 15 12-14-15-16 1 0,0040
104PE 16 11-14 13 31 24 10 11 14 23 15 12-13-15-16 1 0,0040
105PE 15 14 13 30 24 10 12 15 26 17 11-14-16 1 0,0040
106PE 14 11-14 13 29 24 11 13 12 25 19 15-16-18 1 0,0040
107PE 14 11-13 13 29 24 11 14 12 25 16 15-16-19 1 0,0040
108PE 14 12-15 13 29 25 11 12 13 25 16 15-16-17 1 0,0040
109PE 14 11 13 29 24 11 12 13 26 16 15-16-17 1 0,0040
110PE 14 11-14 13 29 24 11 13 13 26 17 15-16-17 1 0,0040
111PE 14 11-14 13 29 24 11 13 13 24 17 15-17 1 0,0040
112PE 14 11-14 13 30 24 10 13 13 25 17 16-18 1 0,0040
113PE 14 11-14 12 24 24 12 13 14 25 17 15-17 1 0,0040
114PE 14 11-14 13 29 24 11 13 14 25 16 15-17 1 0,0040
115PE 13 11-14 13 29 23 11 13 13 25 17 15-17 1 0,0040
116PE 13 17 12 29 24 10 11 13 27 14 14.3-16-17 1 0,0040
117PE 14 15-16 14 32 23 10 11 12 23 16 12-14-15 1 0,0040
118PE 14 14 12 29 23 11 11 13 23 15 12-14-15-16 1 0,0040
119PE 16 16-18 13 30 22 10 11 15 26 15 13-16-18 1 0,0040
120PE 14 11-14 13 29 24 11 13 13 26 16 15-16-17 2 0,0080
121PE 15 11-14 12 28 25 11 13 13 25 19 15-17 1 0,0040
122PE 14 11-14 13 29 24 11 14 13 25 18 15-16-17-18 1 0,0040
123PE 13 13-14 14 30 24 9 11 13 23 20 14-16-17 1 0,0040
124PE 14 14-16 13 26 23 10 13 13 26 18 11-13-16 1 0,0040
125PE 15 11-14 13 28 23 11 13 13 25 17 15-18 2 0,0080
126PE 14 11-14 13 29 23 11 13 12 25 17 14-15-18 1 0,0040
127PE 15 13-18 13 29 24 10 11 12 26 17 12-15-18 1 0,0040
128PE 15 11-14 13 30 24 11 13 14 25 17 15-16-17 1 0,0040
129PE 16 14 12 29 23 10 12 14 25 17 11-15 1 0,0040
130PE 14 11-14 13 28 24 11 13 13 25 17 15-16-17 1 0,0040
131PE 15 14 14 32 23 10 13 12 26 18 11-13-16 1 0,0040
132PE 15 15 12 29 22 10 10 14 23 20 12-13-14 1 0,0040
133PE 16 17-18 14 31 21 9 11 14 26 17 13-17-18 1 0,0040
134PE 14 11-14 13 29 23 11 13 12 24 18 15-17-18 1 0,0040
135PE 14 11-14 13 29 25 11 13 13 25 18 15-17 1 0,0040
136PE 14 11-14 13 30 25 11 13 13 26 17 15-17 1 0,0040
137PE 14 17 13 30 24 10 11 13 25 16 14-15.3-17 1 0,0040
83
138PE 15 11 14 32 24 10 11 13 26 17 15-16-17 1 0,0040

139PE 15 16-17 13 31 21 10 11 13 26 18 13-16-17 1 0,0040
140PE 13 16 13 30 23 10 11 13 25 16 13-15-17 1 0,0040
141PE 15 15 14 31 24 10 12 14 25 16 11-15 1 0,0040
142PE 15 13-14 14 30 22 11 11 14 23 18 12-13 1 0,0040
143PE 14 11-16 13 29 24 11 13 13 26 16 15-16-17 1 0,0040
144PE 14 11-15 14 30 25 11 13 13 25 16 15-17-18 1 0,0040
145PE 14 11-14 12 28 23 11 13 13 25 18 15-17 1 0,0040
146PE 15 11-13 13 29 25 11 13 13 25 17 15-16-17 1 0,0040
147PE 14 11-15 13 29 24 11 13 13 25 17 15-16-17 2 0,0080
148PE 15 12 13 32 23 10 11 23 26 16 16-18 1 0,0040
149PE 15 15-19 14 31 21 10 11 13 25 16 16-18 1 0,0040
150PE 14 11-14 14 30 24 11 13 13 25 18 14-15-16-17 1 0,0040
151PE 14 11-15 13 29 24 10 13 13 25 18 14-15-16 1 0,0040
152PE 15 14-16 13 30 21 10 11 14 27 21 12-15-16-17 1 0,0040
153PE 15 13-16 12 29 23 11 11 12 24 20 12-13-16-17 1 0,0040
154PE 14 11-14 14 30 23 11 13 13 25 17 15-17 2 0,0080
155PE 13 11-14 13 29 24 11 13 13 25 16 14-16-17 1 0,0040
156PE 14 11-14 12 28 24 11 13 13 25 16 15-17 1 0,0040
157PE 14 11-14 13 30 23 11 13 13 23 18 14-15-17-18 1 0,0040
158PE 14 11-14 12 28 24 10 13 13 25 19 15-16-17 1 0,0040
159PE 16 11-14 13 30 25 11 11 13 24 15 12-13-14-16 1 0,0040
160PE 14 11-14 13 28 24 10 13 13 24 16 15-17 1 0,0040
161PE 14 11-14 13 29 24 11 13 13 26 17 15-16-18 1 0,0040
162PE 14 11-14 13 30 23 11 13 13 25 19 15-16-17 1 0,0040
163PE 14 11-14 12 28 23 11 14 13 25 18 15-16-17 1 0,0040
164PE 15 11-14 14 30 24 11 13 13 25 17 15-16-17 1 0,0040
165PE 14 13-17 13 29 22 9 11 12 27 16 13-16-17 1 0,0040
166PE 14 11-13 13 30 25 10 13 13 26 17 15-17 1 0,0040
167PE 15 18 13 32 21 10 10 13 25 16 13-15-16-18 1 0,0040
168PE 15 16-18 14 31 21 11 11 13 25 17 16-18-19 1 0,0040
169PE 14 16-17 13 31 21 11 11 13 25 16 13-16-17 1 0,0040
170PE 15 16-19 13 31 21 10 11 13 25 16 13-16-17 1 0,0040
171PE 14 14 12 28 23 10 11 13 22 16 12-14-15 1 0,0040
172PE 16 14-15 12 30 22 10 12 14 23 17 12-13-14 1 0,0040
173PE 14 14-19 12 28 24 11 11 13 23 17 14-15 1 0,0040
174PE 15 17-18 13 31 23 10 12 15 24 17 15 1 0,0040
175PE 14 11-15 13 29 23 11 13 13 24 16 15-17-18 2 0,0080
176PE 17 12-13 13 28 23 10 11 13 26 17 11-14-16 1 0,0040
177PE 16 15-19 13 29 21 10 11 15 26 16 13-15-17 1 0,0040
178PE 15 13-15 12 28 21 10 11 14 23 17 13-14 1 0,0040
179PE 16 16-17 13 29 21 10 11 15 26 16 15 1 0,0040
180PE 14 13-14 13 29 22 10 11 13 23 16 12-14-16 1 0,0040
181PE 13 16-18 13 30 23 10 11 13 26 15 14-15.3-17 1 0,0040
182PE 14 15-18 13 30 24 10 11 13 25 17 16 1 0,0040
183PE 14 11-14 13 28 24 11 13 13 24 16 15-17 1 0,0040
184PE 17 12 13 28 23 10 11 13 25 16 11-14-15 1 0,0040
185PE 14 13-14 12 28 22 10 11 13 22 15 12-13-14-15 1 0,0040
186PE 14 16-17 13 31 21 11 11 13 25 17 13-16-17-19 1 0,0040
187PE 15 15 13 30 20 10 11 13 27 18 12-15-17 1 0,0040
188PE 15 11-14 13 29 24 11 13 13 26 16 15-17-17 1 0,0040
189PE 13 16-17 13 30 23 10 11 13 27 15 13.3-15.3-17-18 1 0,0040
190PE 14 10-15 13 29 24 11 13 13 25 18 16-17 1 0,0040
191PE 14 11-14 13 29 25 11 13 13 25 17 15-16-17 1 0,0040
192PE 14 11-14 14 31 24 11 13 13 25 18 15-16-17 1 0,0040
193PE 14 11-14 14 30 23 11 13 13 25 17 15-16-18 1 0,0040
194PE 14 13-15 13 30 22 10 11 12 26 15 12-16 1 0,0040
195PE 14 12 13 29 24 10 13 13 25 16 15-16-17 1 0,0040
196PE 14 11-13 13 29 24 11 13 13 25 17 15-16-17 1 0,0040
197PE 14 12-14 13 29 24 11 13 13 25 18 15-17 1 0,0040
198PE 14 12-14 14 30 25 11 13 13 25 17 15-16-17 1 0,0040
199PE 14 11-14 13 31 24 11 13 13 25 19 14-15-18 1 0,0040
200PE 15 11-14 13 29 24 11 13 13 25 16 15-16-17 1 0,0040
201PE 15 14-17 12 29 23 10 11 13 27 16 14-16-17-18 1 0,0040
202PE 14 14 13 29 25 10 11 12 24 19 13-15-16-17 1 0,0040
203PE 13 16-17 13 30 24 10 11 13 25 16 14-16-17-18 1 0,0040
204PE 15 14-15 13 32 21 10 11 13 25 18 13-16-18 1 0,0040
205PE 14 11-14 13 29 23 11 13 13 24 17 15-16-17-18 1 0,0040
206PE 13 13-14 13 29 24 9 11 13 23 19 14-16 1 0,0040
207PE 14 13-16 13 29 22 11 11 12 27 17 12-13-15-16 1 0,0040
208PE 15 16-18 13 30 21 10 11 13 25 16 13-15-16 1 0,0040
84
209PE 15 13-15 13 30 22 10 10 13 20 18 13-14-15 1 0,0040

210PE 14 13-18 13 29 23 11 11 12 26 18.2 12-14-16-17 1 0,0040
211PE 15 16-18 13 31 21 11 11 13 25 16 13-16-18 1 0,0040
212PE 15 11-13 13 29 24 11 13 13 25 17 13-15-16-17 1 0,0040
213PE 16 11-14 13 31 25 10 11 14 24 15 12-15-16 1 0,0040
214PE 15 15 12 29 22 10 11 14 22 16 13-14-15 1 0,0040
215PE 14 11 13 29 24 11 13 13 24 19 15-17 1 0,0040
216PE 14 12-14 13 29 24 11 13 13 25 16 15-17 1 0,0040
217PE 15 17-18 12 29 21 10 11 15 26 16 13-16-17 1 0,0040
218PE 14 13-16 13 30 23 10 11 12 25 18 12-14-16-17 1 0,0040
219PE 15 15-18 12 30 21 10 11 13 25 16 13-15-16-17 1 0,0040
220PE 14 13-17 12 29 23 10 11 13 22 15 12-14-15 1 0,0040
221PE 14 13-19 13 30 23 10 11 12 25 17.2 14-15-16-17 1 0,0040
222PE 16 15-19 13 30 21 10 11 13 25 15 13-16-18 1 0,0040
223PE 14 11-14 13 30 24 10 13 14 26 17 15-17 1 0,0040
224PE 15 15-16 13 30 21 10 11 14 26 18 12-15-16-18 1 0,0040
225PE 14 11-15 13 30 24 11 13 13 26 20 15-17-18 1 0,0040
226PE 17 17-18 14 31 21 10 11 13 27 15 12-16-17 1 0,0040
227PE 14 12-14 14 30 24 10 13 13 25 18 16-17 1 0,0040
a: H = haplotype; b: n = individuals observed for each haplotype; c: F = frequency for each
haplotypes calculated using Arlequin software Version 2.000 [3].
85
Table 4: Mutation rates of Y-chromosomal STR loci as revealed by direct observation in father/son
pairs of confirmed paternity.
Y-STR Number of Mutations Mutations Observed Mutation
Loci Observed Father genotype Son genotype Ratec
DYS19 1 17 16 4 x 10-3
DYS385a 1 11-15 11-16 2 x 10-3
DYS389I 0 - - 0
DYS389II 2 30 29 8 x 10-3
DYS390 1 24 23 4 x 10-3
DYS391 2 10 9 8 x 10-3
11 10
DYS392 0 - - 0
DYS393 0 - - 0
DYS447 1 25 24 4 x 10-3
DYS458 2 19 18 8 x 10-3
17 16
DYS464a 0 - - 0
nb = 2,66 x 10-3
a: According to ISFG [6], it is recommended that for multi-copy loci (e.g. DYS385, DYS464),
mutation rates should be estimated by considering the number of mutations observed in the total
number of allele transmissions.
b: n = Average mutation rate including 11 Y-STRs marker (15 Y-STRs loci).
c: The mutation rates at each locus studied were determinated through direct observation of
fathers and sons profiles.
86
Table 5: Number of different haplotypes and respective diversities obtained for each constructed
haplotype in 250 unrelated males from Pernambuco.
Haplotypes Number of different Haplotype Discrimination Coincidence Average Gene

a a b c
haplotypes observed Diversity Power Probability Diversitya
EH* 227d 0.9990 0.9080 0.0010 0.6704
MH* 186 0.9938 0.7440 0.0062 0.6248
HDL* 216 0.9982 0.8640 0.0018 0.7721
MH + DYS447 202 0.9963 0.8080 0.0037 0.6312
MH + DYS458 206 0.9960 0.8240 0.0040 0.6397
MH + DYS464 213 0.9979 0.8520 0.0021 0.6591
* EH = extended haplotype; MH = minimum haplotype; HDL = combination of DYS464, DYS385,

DYS458, DYS390. DYS389II and DYS447 loci.
a: calculated using Arlequin software Version 2.000 [3]
b: Discrimination Power (DP) was calculated as DP = H/N, where H is the total number of different
haplotypes and N is a total number of individuals in the sample [8].
c: Coincidence Probability (CP) was calculated as CP = 1 – HD, where HD is the Haplotype Diversity
[8].
d: 211 were unique, eleven occurred twice in our population, three were found three times and two
were found in four individuals
87
Brazil
Brazilian Northeast
Fig.01: Map of Brazil showing the Northeast region and the State of Pernambuco from where the
samples were collected.
88
References
[1] S. A. Miller, D. D. Dykes and H. F. Olesky, A simple salting-out
procedure for extract DNA from human nucleated cells. Nucleic Acids Res.
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[7] L. Roewer, M. Krawczak, S. Willuweit, M. Nagy, C. Alves, A. Amorim,
K. Anslinger, C. Augustin, A. Betz, E. Bosh, A. Caglia, A. Carracedo, D.
Corach, A.F. Dekairelle, T. Dobosz, B.M. Dupuy, S. Furedi, C. Gehring, L.
Gusmao, J. Henke, L. Henke, M. Hidding, C. Hohoff, B. Hoste, M. A.
Jobling, H. J. Kargel, P. de Knijff, R. Lessig, E. Liebeherr, M. Lorente, B.
Martinez-Jarreta, P. Nievas, M. Nowak, W. Parson, V. L. Pascali, G.
Penacino, R. Ploski, B. Rolf, A. Sala, U. Schmidt, C. Schmitt, P. M.
Schneider, R. Szibor , J. Teifel-Greding and M. Kayser, Online reference
database of European Y-chromosomal short tandem repeat (STR)
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[9] P. Lincoln and A. Carracedo, Publication of publication data of human
polymorphisms. Forensic Sci. Int. 110 (2000) 3-5.
90
5. Informações Complementares
91
5.1 Materiais e Métodos
5.1.1 Obtenção das Amostras
Foram coletadas amostras de sangue periférico através de punção

venosa e utilizou-se ACD (ácido cítrico 0,038M; citrato de sódio tribásico
0,075M; dextrose 0,133M) como anticoagulante.
A amostra foi constituída por 250 homens não relacionados, e um
filho de cada um destes, totalizando 500 indivíduos analisados. Estes
homens encontram-se distribuídos geograficamente por todo o Estado de
Pernambuco (apêndice e anexo 1).
5.1.2 Extração de DNA: Método de Mini Salting Out
O DNA foi extraído de células mononucleares do sangue através do

método de mini salting out (Miller et al., 1988). Este processo consiste de
três etapas: separação de leucócitos, digestão e eliminação das proteínas;
e precipitação e lavagem do DNA.
5.1.2.1 Separação dos Leucócitos:
- Transferir 500 µL de sangue total coletado para tubo de 1,5 mL;

- Adicionar 1 mL de tampão RCBL 5X para lisar as hemácias;
RCBL – Red Cell Lysis Buffer: Sacarose 1,6 M

(Tampão de Lise de Hemácias)
Triton X-100 5%
MgCl2 H2O 25 mM
Tris-HCL 60 mM (pH 7,5)
(estocado a 40 C)
92
- Misturar por inversão durante 30 segundos;

- Centrifugar a 13.000 rpm por 3 minutos;
- Descartar o sobrenadante contendo os restos eritrocitários;
- Lavar uma vez com 1 mL de H2O destilada e deionizada;
- Descartar o sobrenadante;
- Drenar o excesso de líquido.
5.1.2.2 Digestão e Eliminação das Proteínas
- Ressuspender o pellet em 370 µL de SPK;
SPK – Solução para digestão com Proteinase K:

Tampão de Proteinase K 5X (80 µL)
Proteinase K – 10 mg/ml dissolvida em H2O - (30 µL)
SDS 20% (20 µL)
H2O destilada e deionizada (240 µL)
Tampão de Proteinase K 5X:

NaCl 0,375 M
EDTA 0,12 M (pH 8,0)
(Filtrado com filtro 0,45µ e estocado a 40C)
- Incubar a 550 C em banho-maria com leve agitação durante 30

minutos;
- Deixar esfriar à temperatura ambiente;
- Agitar vigorosamente por 20 segundos;
- Transferir o sobrenadante para outro tubo de 1,5 mL e desprezar o
tubo que contém o pellet;
- Centrifugar a 13.000 rpm durante 4 minutos;
- Transferir o sobrenadante para outro tubo de 1,5 mL.
93
5.1.2.3 Precipitação e Lavagem do DNA
- Adicionar 1 mL de etanol PA 99,5% a temperatura ambiente;

- Homogeneizar o tubo vagarosamente;
- Descartar cuidadosamente o sobrenadante;
- Adicionar 1 mL de etanol 70%;
- Centrifugar a 13.000 rpm;
- Drenar o restante de etanol;
- Dissolver o DNA em 35 µL de TE.
TE – Tris-EDTA: Tris-HCL 10 mM (pH 7,5)

EDTA 1 mM
5.1.3 Quantificação do DNA
A concentração do DNA dos homens analisados foi determinada

usando o Ultrospec 2100 pro-UV Visible Spectrophotometer (Amersham
Pharmacia Biotech). Tais amostras foram, posteriormente, diluídas para
100 ng/µL.
5.1.4 Obtenção dos Fragmentos de Microssatélite através de

Amplificação por PCR Multiplex
A precisão, a sensibilidade e a velocidade de detecção dos alelos dos

locos de microssatélites através da PCR são as características que levam à
utilização dessa técnica como método de escolha em estudos forenses e
populacionais.
94
Através da utilização da PCR, os microssatélites podem ser co-

amplificados em grupos de três ou mais locos em um tubo de reação pelo
desenvolvimento de sistemas de amplificação em multiplexes, o que
resulta em uma maior agilidade na detecção de alelos nos locos
polimórficos.
A análise dos marcadores do cromossomo Y estudados no presente
trabalho foi realizada através de quatro sistemas combinados de
amplificação (PCR-Multiplex), sendo dois duplexes (DYS393 e DYS392 /
DYS389I, II e DYS19) e dois triplexes (DYS391, DYS390 e DYS385 /
DYS458, DYS447 e DYS464).
5.1.4.1 Condições de Amplificação
As condições de PCR foram determinadas e otimizadas para uma

melhor adaptação às condições laboratoriais, obtendo uma boa
performance dos resultados.
A seguir estão descritas as quatro reações de PCR-multiplex
utilizadas para analisar os 11 marcadores do cromossomo Y estudados.
Tais reações foram amplificadas em 25 µL de volume final. As seqüências
dos pares de primers encontram-se na tabela 10. Os ciclos térmicos, como
mostra a tabela 11, foram estabelecidos em PTC200 DNA Engine Cycler
(MJ Research).
- Multiplex I: DYS392 e DYS393 foram co-amplificados em um duplex

contendo 100 ng DNA genômico, 25 pmol de cada primer, 10 mM dNTP,
10X PCR buffer, 50 mM MgCl2, 0,05% BSA, 0,75 U Taq DNA Polymerase.
- Multiplex II: Inclui os marcadores DYS385, DYS390 e DYS391, os quais

foram amplificados em um triplex contendo 100 ng DNA, 20 pmol de cada
primer, 10 mM dNTP, 10X PCR buffer, 50 mM MgCl2, 0,05% BSA, 0,5 U
Taq DNA Polymerase.
95
- Multiplex III: Inclui os locos DYS447, DYS458 e DYS464 amplificados em

um triplex contendo 100 ng DNA, 5 pmol de cada primer, 10 mM dNTP,
10X PCR buffer, 50 mM MgCl2, 0,05% BSA, 0,75 U Taq DNA Polymerase.
- Multiplex IV: Os locos DYS19 e DYS389I e II foram amplificados em um

duplex contendo 100 ng de DNA genômico, 7 pmol de cada primer, 10 mM
dNTP, 10X PCR buffer, 50 mM MgCl2, 0,05% BSA, 0,75 U Taq DNA
Polymerase.
Tabela 10: Seqüências dos primers usados nas reações de PCR-multiplex.
Marcadores Seqüências de primers Referências

Primer 1: 5’- CTACTGAGTTTCTGTTATAGT -3’
DYS19 Kayser et al. 1997
Primer 2: 5’- ATGGCATGTAGTGAGGACA -3’
Primer 1: 5’- AGCATGGGTGACAGAGCTA -3’ Schneider et
DYS385
Primer 2: 5’- CCAATTACATAGTCCTCCTTTC -3’ al.1998
Primer 1: 5’- CCAACTCTCATCTGTATTATCT -3’

DYS389I/II Schultes et al. 1999
Primer 2: 5’- TTATCCCTGAGTAGTAGAAGAAT -3’
Primer 1: 5’- TATATTTTACACATTTTTGGGCC -3’
Primer 2: 5’- TGACAGTAAAATGAACACATTGC -3’
Primer 1: 5’- CTATTCATTCAATCATACACCCA -3’ Wiegand and
DYS391
Primer 2: 5’- GTTGCAAGCAATTGCCATAGAG -3’ Kleiber, 2001
Primer 1: 5’- TCATTAATCTAGCTTTTAAAAACAA -3

Primer 2: 5’- AGACCCAGTTGATGCAATGT -3’
Primer 1: 5’- GTGGTCTTCTACTTGTGTCAATAC - 3’
Primer 2: 5’- AACTCAAGTCCAAAAAATGAGG -3’
Primer 1: 5’- GGTCACAGCATGGCTTGGTT -3’
DYS447 Butler et al. 2002
Primer 2: 5’- GGGCTTGCTTTGCGTTATCTCT -3’
Primer 1: 5’- GCAACAGGAATGAAACTCCAAT -3’
DYS458 Schoske et al. 2004
Primer 2: 5’- GTTCTGGCATTACAAGCATGAG -3’
Primer 1: 5’- TTACGAGCTTTGGGCTATG -3’
DYS464 Redd et al. 2002
Primer 2: 5’- CCTGGGTAACAGAGAGACTCTT -3’
96
Tabela 11: Ciclos térmicos estabelecidos para as quatro reações de PCR-multiplex

construídas.
Pré- Extensão
Denaturação Anelamento Extensão
Incubação Final
Multiplex I 94oC - 2 min 94oC - 30 s 55,5oC - 30 s 72oC - 30 s 72oC - 7 min
Multiplex II 94oC - 2 min 94oC - 30 s 58oC - 30 s 72oC - 30 s 72oC - 7 min
Multiplex III 94oC - 2 min 94oC - 30 s 61oC - 30 s 72oC - 30 s 72oC - 7 min
Multiplex IV 94oC - 2 min 94oC - 30 s 60oC - 30 s 72oC - 30 s 72oC - 7 min
Ciclos 1 30 1
5.1.5 Genotipagem dos Produtos da PCR
Os produtos da PCR foram separados por eletroforese vertical com

aplicação de 2000 V, 60 W e 60 MA por 2 horas, usando Hoefer SQ3
sequencer (Pharmacia Biotech).
Os produtos amplificados foram tipados em gel de poliacrilamida
desnaturante 6% após revelação através de precipitação com nitrato de
prata (figuras 7, 8 e 9).
A identificação alélica foi realizada por comparação com ladders
alélicos e confirmados através do PowerPlex®Y System (Promega
Corporation) em ABI-310 Sequencer no Laboratório de DNA Forense da
Universidade Federal de Alagoas.
97
Duplex Triplex
DYS385
DYS392
DYS390
DYS393 DYS391
Figura 7: Eletroforese dos marcadores DYS392/DYS393 e DYS385/DYS390/DYS391 em

gel de poliacrilamida desnaturante
Triplex
DYS464
DYS447
DYS458
Figura 8: Eletroforese dos marcadores DYS464/DYS447/DYS458 em gel de poliacrilamida

desnaturante
98
Duplex
DYS389II
DYS19
DYS389I
Figura 9: Eletroforese dos marcadores DYS19/DYS389I e II em gel de poliacrilamida

desnaturante
5.1.6 Análise Estatística
As relativas freqüências alélicas/haplotípicas e respectivas

diversidades para cada loco e haplótipo do cromossomo Y foram
calculadas através do programa Arlequin, versão 2.0 (Schneider et al.
2000).
No entanto, os cálculos - como a capacidade discriminatória,
probabilidade de coincidência e até mesmo as freqüências e diversidades
alélicas e haplotípicas - também podem ser feitos manualmente. Abaixo
seguem as formas de calcular cada um desses:
99
- Freqüências Alélicas: calculadas através de contagem direta do número

de indivíduos que possuem um dado alelo em relação ao número total
de indivíduos analisados (Schoske et al., 2004), como mostrado
abaixo:
Pi = a/n
Onde,
Pi = Freqüência Alélica;
a = número de indivíduos que apresentam o alelo;
n = número total de indivíduos analisados.
- Freqüências Haplotípicas: são determinadas da mesma forma que as

freqüências alélicas, sendo calculadas através de contagem do número
de indivíduos que possuem um dado haplótipo em relação ao número
total de indivíduos analisados (Schoske et al., 2004).
Pi’ = h/n
Onde,
Pi’ = Freqüência Haplotípica;
h = número de indivíduos que apresentam o haplótipo;
n = número total de indivíduos analisados.
- Diversidade Alélica: É a probabilidade de dois alelos serem encontrados

ao acaso em um determinado haplótipo (Schoske et al., 2004). É
calculada através da seguinte expressão:
D = (n/n-1)(1- ΣPi2)
Onde,
D = Diversidade Alélica;
n = número total de indivíduos analisados;
Pi = Freqüência Alélica
100
- Diversidade Haplotípica: é a probabilidade de um determinado

haplótipo ser encontrado ao acaso em uma população, ou ainda, a
probabilidade de dois indivíduos, retirados ao acaso de uma amostra,
possuirem haplótipos distintos (Schoske et al., 2004). Pode ser
calculada utilizando a expressão abaixo:
DH = (n/n-1)(1- ΣPi2)
Onde,
DH = Diversidade Haplotípica;
n = número total de indivíduos analisados;
Pi’ = Freqüência Haplotípica.
- Probabilidade de Coincidência: é a probabilidade de se encontrar dois

haplótipos idênticos em dois homens não relacionados e selecionados
ao acaso (Schoske et al., 2004). Pode ser estimada através da
expressão abaixo:
PC = 1 – D
Onde,
PC = Probabilidade de Coincidência;
D = Diversidade Haplotípica;
- Capacidade Discriminatória: representa a habilidade do marcador

diferenciar e identificar indivíduos (Schoske et al., 2004). Pode ser
calculada através da seguinte expressão:
CD = nH/n
Onde,
CD = Capacidade Discriminatória;
nH = número total de diferentes haplótipos observados em uma
determinada população;
n = número total de haplótipos da amostra.
101
5.2 Resultados e Discussão
5.2.1 Freqüências Alélicas dos Locos do Cromossomo Y

Analisados
As freqüências e diversidades alélicas para cada loco de

microssatélite que amplifica apenas um fragmento através da PCR - como
o DYS19, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS447 e DYS458 – estão
expostas na Tabela 12. As freqüências e diversidades haplotípicas de
marcadores que amplificam múltiplos locos estão dispostas na Tabela 13.
Tabela 12: Freqüências e diversidades (h) alélicas para locos “single-copy” do

cromossomo Y na população de Pernambuco.
Alelo DYS19 DYS389I DYS389II DYS390 DYS391 DYS392 DYS393 DYS447 DYS458
9 0.0360
10 0.4640 0.0160
11 0.0120 0.4840 0.3840
12 0.1560 0.0160 0.0600 0.1360
13 0.0760 0.6800 0.5080 0.6800
14 0.5560 0.1520 0.0320 0.1520 0.0160
15 0.2680 0.0320 0.1040
16 0.0720 0.2440
16.2 0.0040
17 0.0280 0.3800
17.2 0.0040
18 0.0040 0.1600
18.2 0.0080
19 0.0440
20 0.0040 0.0040 0.0320
21 0.1200 0.0040
22 0.0080 0.0280
23 0.2720 0.0840
24 0.0040 0.4320 0.1200
25 0.0880 0.5040
26 0.0040 0.0040 0.2040
27 0,0120 0,0480
102
Tabela 12 (Cont.)
Alelo DYS19 DYS389I DYS389II DYS390 DYS391 DYS392 DYS393 DYS447 DYS458
28 0.1040 0.0040
29 0.4640
30 0.2760
31 0.1080
32 0.0280
h 0.6097 0.4920 0.6878 0.7137 0.5511 0.5920 0.4970 0.6825 0.7594
* Freqüências e diversidades alélicas foram calculadas usando o Arlequin, versão 2.0.
Tabela 13: Freqüências e diversidades (h) hapllotípicas de marcadores “multi-copy” do

cromossomo Y na população pernambucana*.
DYS385 DYS464
H F H F H F H F
15 0.0280 14 0.0520 13-14-15 0.0120 14-15-17 0.0120
12-14 0.0440 12-16 0.0040 15-16-17 0.1920 12-14.3-16-17 0.0040
16 0.0160 13-18 0.0120 14-15-16-17 0.0240 16-19 0.0040
11-14 0.3600 16-17 0.0400 12-13 0.0120 11-13-16 0.0120
14-16 0.0200 14-15 0.0120 13-16-18 0.0200 14-15-18 0.0120
9-11 0.0040 10-14 0.0040 14-16-18 0.0080 14-19 0.0040
11-13 0.0320 14-20 0.0040 13-17-18 0.0080 13-16 0.0080
15-17 0.0080 14-17 0.0080 14-16-17 0.0240 12-14-15 0.0160
16-18 0.0440 12-15 0.0040 13-15-16-17 0.0200 15-16 0.0040
18-20 0.0040 17 0.0080 12-14 0.0040 13-14-15-16 0.0040
16-19 0.0080 15-16 0.0080 13-15-16 0.0160 11-14-16 0.0080
13-14 0.0360 17-18 0.0160 15-17 0.1520 16-18 0.0120
12-13 0.0080 11-16 0.0040 13-16-17 0.0280 14.3-16-17 0.0040
13 0.0040 15-19 0.0120 11-14-15 0.0120 15-18 0.0080
13-15 0.0320 13-16 0.0120 14-15-17-18 0.0080 12-15-18 0.0040
12 0.0240 13-17 0.0080 13 0.0040 13-15-17 0.0080
11-12 0.0040 18 0.0040 15-16-18 0.0280 12-15-16-17 0.0040
15-18 0.0240 14-19 0.0040 14-15-19 0.0040 12-13-16-17 0.0040
11 0.0240 10-15 0.0040 12-15-16 0.0120 12-13-14-16 0.0040
11-15 0.0520 13-19 0.0040 14-15-17-19 0.0120 13-15-16-18 0.0040
16 0.0080 16-18-19 0.0040
15-16-17-18 0.0120 14-15 0.0040
12-13-15-16 0.0120 13-14 0.0040
12-14-15-16 0.0200 12-14-16 0.0040
11-13-15 0.0120 12-13-14-15 0.0040
12-13-14 0.0200 12-15-17 0.0040
103
Tabela 13 (Cont.)
DYS385 DYS464
H F H F H F H F
15-17-18 0.0360 13.3-15.3-17-18 0.0040
11-15 0.0120 16-17 0.0080
15-16-19 0.0120 12-16 0.0040
15 0.0120 14-16-17-18 0.0080
14-15-16 0.0080 14-16 0.0040
12-15-17-18 0.0040 12-14-16-17 0.0080
11-16-18 0.0040 12-15-16-18 0.0040
14-15.3-17 0.0120 12-16-17 0.0040
h= 0.8549 h = 0.9341
* Freqüências e diversidades haplotípicas foram calculadas usando o Arlequin, versão 2.0.
H = haplotipos; F = freqüência.
No presente estudo, o loco DYS19 apresentou cinco alelos; o loco

DYS385, 40 haplótipos distintos; o DYS389I, quatro alelos; o DYS389II,
oito alelos; o DYS390, sete alelos; o DYS391, quatro alelos; o DYS392,
cinco alelos; o DYS393, quatro alelos; o DYS447, nove alelos; o DYS458,
11 alelos; e o DYS464, 70 diferentes haplótipos. Os alelos mais freqüentes
foram 14 (0,5560); 11-14 (0,3600); 13 (0,6800); 29 (0,4640); 24
(0,4320); 11(0,4840); 13 (0,5080); 13 (0,6800); 25 (0,5040); 17
(0,3800) e 15-16-17 (0,1920) para os locos DYS19, DYS385, DYS389I,
DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS447, DYS458 e
DYS464, respectivamente, na população pernambucana. O loco mais
informativo foi o DYS464 (h = 0,9341), seguido do DYS385 (h = 0,8549).
Os locos DYS389I e DYS393 foram os menos informativos, cujas
diversidades gênicas foram inferiores a 50% (Tabela 12).
Em alguns dos locos analisados – como DYS19, DYS385, DYS389II,
DYS390, DYS391, DYS447 e DYS458 - foram detectadas mutações
através do estudo de duas gerações da população de Pernambuco. A taxa
de mutação variou de 0 a 8 x 10-3, gerando uma taxa mutacional média
de 2,66 x 10-3, comparável a uma taxa de mutação média estimada de
2,80 x 10-3 por geração para locos de microssatélite. A taxas de mutação
para cada loco estão expostas na Tabela 14.
104
O conhecimento sobre as taxas de mutação em locos estudados é

fundamental, pois mutação é a origem de toda variação genética nos
organismos, sendo importante no processo evolutivo. Além disto, a
determinação das taxas mutacionais é crucial para uma interpretação
adequada dos perfis genéticos de indivíduos analisados.
Tabela 14: Taxas de mutação de locos do cromossomo Y reveladas por observação

direta em pares pai/filho com paternidade confirmada.
Loco Número de Mutações Mutações Observadas Taxa de
Observadas Genótipo do Pai Genótipo do Filho Mutaçãoc
DYS19 1 17 16 4 x 10-3
DYS385a 1 11-15 11-16 2 x 10-3
DYS389I 0 - - 0
DYS389II 2 30 29 8 x 10-3
DYS390 1 24 23 4 x 10-3
DYS391 2 10 9 8 x10-3
11 10
DYS392 0 - - 0
DYS393 0 - - 0
DYS447 1 25 24 4 x 10-3
DYS458 2 19 18 8 x 10-3
17 16
a
DYS464 0 - - 0
b -3
n = 2,66 x 10
a: Segundo a ISFG, é recomendado que locos “multi-copy” (por ex. DYS385 e DYS464),
tenham suas taxas de mutação estimadas considerando o número de mutações
observadas em um número total de alelos transmitidos.
b: n = Taxa de mutação média para os 11 marcadores analisados (15 locos).
c: A taxa de mutação para cada loco estudado foi determinada através de observação
direta dos perfis de pais e filhos.
5.2.2 Análise dos Haplótipos Formados pelos Locos Estudados

no Cromossomo Y
Através da análise combinada dos 15 locos em uma amostra de 250

homens, um total de 227 haplótipos distintos foi identificado. Destes 211
105
foram únicos; 11 foram encontrados duas vezes; três, três vezes; e dois,
quatro vezes (004PE e 070PE). As freqüências haplotípicas são mostradas
na Tabela 15.
A diversidade haplotípica observada foi 0,9990 (+ 0,0005); a
probabilidade de coincidência foi 0,0010; a capacidade discriminatória foi
0,9080 e a diversidade gênica média, correspondente ao poder de
exclusão de paternidade, para os locos analisados foi 0,6704 (+ 0,3481).
O haplótipo estendido mostrou-se bastante infomativo, indicando a
validade do uso dos microssatélites estudados em casos de investigação
de paternidade e identificação de indivíduos.
Tabela 15: Lista dos 227 haplótipos do cromossomo Y detectados em 250 homens de
Pernambuco*.
Ha nb Fc
19 385 389I 389II 390 391 392 393 447 458 464
001PE 15 15 13 29 23 11 12 14 26 15 13-14-15 1 0,0040
002PE 14 12-14 13 30 24 10 13 13 25 18 15-16-17 1 0,0040
003PE 13 16 13 32 24 10 11 13 26 18 14-15-16-17 1 0,0040
004PE 14 11-14 13 29 24 11 13 13 25 17 15-16-17 4 0,0160
005PE 15 14-16 11 29 22 10 11 14 22 17 12-13 2 0,0080
006PE 15 9-11 13 29 24 10 13 13 24 17 15-16-17 1 0,0040
007PE 15 11-13 13 31 24 11 13 13 25 18 15-16-17 1 0,0040
008PE 15 15-17 12 30 21 11 11 13 26 16 13-16-18 1 0,0040
009PE 15 16-18 14 31 21 11 11 13 26 16 14-16-18 1 0,0040
010PE 14 18-20 14 31 25 10 11 13 25 15 14-16-18 1 0,0040
011PE 14 11-14 12 27 24 12 13 14 24 17 15-16-17 1 0,0040
012PE 17 16-19 13 30 21 10 11 14 25 17 13-17-18 1 0,0040
013PE 13 13-14 14 30 24 9 11 13 25 18 14-16-17 1 0,0040
014PE 14 12-13 14 30 24 11 13 13 26 17 14-15-16-17 1 0,0040
015PE 15 13 13 29 26 10 11 12 24 20 13-15-16-17 1 0,0040
016PE 16 12-14 12 27 22 10 11 13 23 19 12-14 1 0,0040
017PE 13 13-15 13 28 23 10 13 13 27 17 13-15-16 1 0,0040
018PE 14 11-14 13 29 25 10 13 13 25 17 15-17 2 0,0080
019PE 15 16 13 31 21 11 11 13 25 17 13-16-17 1 0,0040
020PE 15 11-14 13 30 23 10 13 13 25 17 15-16-17 1 0,0040
021PE 17 12 13 28 23 10 11 13 24 18 11-14-15 1 0,0040
022PE 14 11-12 13 29 24 11 12 13 25 16 14-15-16-17 1 0,0040
023PE 14 11-14 13 29 23 11 13 12 25 17 14-15-17-18 1 0,0040
024PE 15 15-18 13 31 21 10 11 13 25 16 13-15-16 1 0,0040
025PE 14 11 12 29 25 11 13 13 24 16.2 15-16-17 1 0,0040
026PE 13 13-14 14 30 23 9 11 13 23 18 14-15-16-17 1 0,0040
027PE 15 11-14 13 29 23 11 13 13 26 17 15-16-17 1 0,0040
028PE 15 13-15 12 29 23 10 11 12 26 17 13 1 0,0040
029PE 14 11-14 13 29 24 11 13 14 24 16 15-16-18 2 0,0080
030PE 13 15-17 13 30 25 10 13 13 26 14 14-15-19 1 0,0040
031PE 14 11-14 14 30 24 11 13 13 25 17 15-16-17 1 0,0040
032PE 14 11-14 14 30 24 11 13 13 25 18 15-16-17 1 0,0040
033PE 14 11-14 13 30 24 11 13 13 25 19 15-16-17 1 0,0040
034PE 14 11-14 12 28 23 11 14 13 25 18 15-17 1 0,0040
035PE 16 11-14 13 30 25 10 11 14 24 15 12-15-16 1 0,0040
036PE 14 11-14 13 30 24 11 13 13 24 17 15-16-17 1 0,0040
037PE 15 11-15 13 29 24 10 13 13 26 18 15-16-17 1 0,0040
038PE 14 11-14 14 30 24 11 13 13 25 18 15-17 3 0,0120
039PE 14 11-14 13 28 24 11 13 13 26 17 15-17 1 0,0040
040PE 14 11-14 13 29 24 11 13 12 25 16 14-15-17-19 3 0,0120
041PE 14 11 13 29 25 11 13 13 25 16 15-16-17 1 0,0040
106
Tabela 15 (Cont.)
Ha nb Fc
19 385 389I 389II 390 391 392 393 447 458 464
042PE 14 11-15 13 29 23 11 12 13 25 18 15-17 1 0,0040
043PE 14 16-18 13 30 24 10 11 13 25 17 16 1 0,0040
044PE 14 11-15 13 29 24 11 13 13 26 18 15-16-17-18 1 0,0040
045PE 14 13-15 14 31 23 10 11 12 25 18.2 12-13-15-16 1 0,0040
046PE 15 14 13 31 21 10 11 13 24 19 13-16-17 1 0,0040
047PE 14 14 12 29 23 10 11 12 23 15 12-14-15-16 3 0,0120
048PE 16 15 13 29 23 11 12 14 26 15 11-13-15 1 0,0040
049PE 14 11-14 13 29 23 10 13 14 25 15 14-16-17 1 0,0040
050PE 15 11-14 13 29 22 10 13 13 25 14 15-17 1 0,0040
051PE 14 14 13 29 23 11 13 13 25 18 15-16-17 1 0,0040
052PE 15 12-14 14 31 25 10 11 13 24 15 12-15-16 1 0,0040
053PE 14 11-14 13 29 23 11 13 12 25 17 14-15-16-18 1 0,0040
054PE 15 11-15 13 30 24 10 13 14 25 17 15-16-17 1 0,0040
055PE 15 12-16 12 30 22 10 11 14 23 17 12-13-14 1 0,0040
056PE 14 11 13 29 24 11 13 12 25 20 15-17-18 1 0,0040
057PE 13 14 14 30 24 9 11 13 23 17 14-16-17 1 0,0040
058PE 15 11-13 14 30 24 11 13 13 24 17 15-17-18 1 0,0040
059PE 14 11-14 13 29 24 11 13 12 25 17 15-16-17 1 0,0040
060PE 16 14 12 29 23 10 12 15 25 16 11-15 1 0,0040
061PE 15 11-14 14 30 23 10 13 13 25 17 15-16-17 1 0,0040
062PE 15 13-15 11 29 22 10 10 14 23 20 12-13-14 1 0,0040
063PE 14 11-14 13 29 24 11 13 13 25 17 15-16-19 2 0,0080
064PE 14 11-14 14 30 24 11 13 13 25 16 15-17 1 0,0040
065PE 14 11-14 13 29 23 11 13 14 24 17 15-17 2 0,0080
066PE 14 11-14 13 29 24 10 13 13 25 17 15-17 1 0,0040
067PE 14 12 13 29 24 11 13 13 25 18 15 1 0,0040
068PE 17 12 13 28 23 10 11 13 24 17 11-14-15 1 0,0040
069PE 14 13-18 12 29 23 10 14 13 27 16 14-15-16 1 0,0040
070PE 14 11-14 13 29 24 11 13 13 25 17 15-17 4 0,0160
071PE 14 12-14 13 29 24 12 13 13 25 17 12-15-17-18 1 0,0040
072PE 15 16-17 13 30 21 10 11 13 25 17 11-16-18 1 0,0040
073PE 16 14-15 12 28 22 10 11 14 23 16 12-13-14 1 0,0040
074PE 13 16-18 13 30 23 10 11 13 27 15 14-15.3-17 1 0,0040
075PE 15 11-13 13 31 24 11 13 13 26 18 14-15-17 1 0,0040
076PE 13 16 13 30 23 10 11 14 25 16 13-15-16 1 0,0040
077PE 14 12-14 13 29 24 11 13 13 25 17 15-16-17 1 0,0040
078PE 14 16-18 13 30 24 10 12 12 26 17 12-14.3-16-17 1 0,0040
079PE 14 10-14 13 29 25 11 13 13 25 18 15-17-18 1 0,0040
080PE 13 15-18 13 29 24 10 14 13 26 16 14-16-17 1 0,0040
081PE 15 16-18 12 30 21 10 11 13 25 15 16-19 1 0,0040
082PE 17 15-18 13 31 22 10 14 13 26 17 11-13-16 1 0,0040
083PE 15 11-14 13 29 24 11 13 13 26 18 15-16-17 1 0,0040
084PE 15 16-18 12 28 24 10 11 12 26 20 14-15-18 1 0,0040
085PE 14 11-14 13 28 24 11 13 13 25 17 15-17 1 0,0040
086PE 13 16-17 14 31 24 9 11 14 18 17 14-19 1 0,0040
087PE 14 11-14 14 30 23 11 13 13 25 17 14-15-17 1 0,0040
088PE 15 14-20 13 29 23 10 11 12 26 16 13-16 1 0,0040
089PE 14 12-14 13 29 24 10 13 13 25 17 15-16-18 1 0,0040
090PE 16 15 13 29 23 10 12 14 26 15 11-13-15 1 0,0040
091PE 15 16-17 13 30 21 10 11 15 27 15 14-15-17 1 0,0040
092PE 16 13-14 13 29 23 9 11 12 26 14 11-13-15 1 0,0040
093PE 16 14-17 12 28 24 10 11 13 28 17 13-15-16-17 1 0,0040
094PE 14 11-15 13 29 24 11 13 13 25 16 15-16-18 1 0,0040
095PE 15 14-16 14 31 23 10 12 14 26 16 12-14-15 1 0,0040
096PE 14 12-14 13 29 24 10 13 13 25 17 15-17 1 0,0040
097PE 15 15-18 13 30 21 10 11 13 25 17 13-16 1 0,0040
098PE 14 11-15 13 29 25 11 13 13 25 17 15-16-17 1 0,0040
099PE 14 11-14 13 29 24 10 13 13 25 17 15-16-17 1 0,0040
100PE 14 16-17 13 29 23 10 14 12 24 16 15-16 1 0,0040
101PE 14 11-14 13 29 23 11 13 13 25 17 15-17 1 0,0040
102PE 14 13-14 13 29 22 10 11 12 26 16 13-14-15-16 1 0,0040
103PE 14 13-15 12 28 23 10 11 14 22 15 12-14-15-16 1 0,0040
104PE 16 11-14 13 31 24 10 11 14 23 15 12-13-15-16 1 0,0040
105PE 15 14 13 30 24 10 12 15 26 17 11-14-16 1 0,0040
106PE 14 11-14 13 29 24 11 13 12 25 19 15-16-18 1 0,0040
107PE 14 11-13 13 29 24 11 14 12 25 16 15-16-19 1 0,0040
108PE 14 12-15 13 29 25 11 12 13 25 16 15-16-17 1 0,0040
107
Tabela 15 (Cont.)
Ha nb Fc
19 385 389I 389II 390 391 392 393 447 458 464
109PE 14 11 13 29 24 11 12 13 26 16 15-16-17 1 0,0040
110PE 14 11-14 13 29 24 11 13 13 26 17 15-16-17 1 0,0040
111PE 14 11-14 13 29 24 11 13 13 24 17 15-17 1 0,0040
112PE 14 11-14 13 30 24 10 13 13 25 17 16-18 1 0,0040
113PE 14 11-14 12 24 24 12 13 14 25 17 15-17 1 0,0040
114PE 14 11-14 13 29 24 11 13 14 25 16 15-17 1 0,0040
115PE 13 11-14 13 29 23 11 13 13 25 17 15-17 1 0,0040
116PE 13 17 12 29 24 10 11 13 27 14 14.3-16-17 1 0,0040
117PE 14 15-16 14 32 23 10 11 12 23 16 12-14-15 1 0,0040
118PE 14 14 12 29 23 11 11 13 23 15 12-14-15-16 1 0,0040
119PE 16 16-18 13 30 22 10 11 15 26 15 13-16-18 1 0,0040
120PE 14 11-14 13 29 24 11 13 13 26 16 15-16-17 2 0,0080
121PE 15 11-14 12 28 25 11 13 13 25 19 15-17 1 0,0040
122PE 14 11-14 13 29 24 11 14 13 25 18 15-16-17-18 1 0,0040
123PE 13 13-14 14 30 24 9 11 13 23 20 14-16-17 1 0,0040
124PE 14 14-16 13 26 23 10 13 13 26 18 11-13-16 1 0,0040
125PE 15 11-14 13 28 23 11 13 13 25 17 15-18 2 0,0080
126PE 14 11-14 13 29 23 11 13 12 25 17 14-15-18 1 0,0040
127PE 15 13-18 13 29 24 10 11 12 26 17 12-15-18 1 0,0040
128PE 15 11-14 13 30 24 11 13 14 25 17 15-16-17 1 0,0040
129PE 16 14 12 29 23 10 12 14 25 17 11-15 1 0,0040
130PE 14 11-14 13 28 24 11 13 13 25 17 15-16-17 1 0,0040
131PE 15 14 14 32 23 10 13 12 26 18 11-13-16 1 0,0040
132PE 15 15 12 29 22 10 10 14 23 20 12-13-14 1 0,0040
133PE 16 17-18 14 31 21 9 11 14 26 17 13-17-18 1 0,0040
134PE 14 11-14 13 29 23 11 13 12 24 18 15-17-18 1 0,0040
135PE 14 11-14 13 29 25 11 13 13 25 18 15-17 1 0,0040
136PE 14 11-14 13 30 25 11 13 13 26 17 15-17 1 0,0040
137PE 14 17 13 30 24 10 11 13 25 16 14-15.3-17 1 0,0040
138PE 15 11 14 32 24 10 11 13 26 17 15-16-17 1 0,0040
139PE 15 16-17 13 31 21 10 11 13 26 18 13-16-17 1 0,0040
140PE 13 16 13 30 23 10 11 13 25 16 13-15-17 1 0,0040
141PE 15 15 14 31 24 10 12 14 25 16 11-15 1 0,0040
142PE 15 13-14 14 30 22 11 11 14 23 18 12-13 1 0,0040
143PE 14 11-16 13 29 24 11 13 13 26 16 15-16-17 1 0,0040
144PE 14 11-15 14 30 25 11 13 13 25 16 15-17-18 1 0,0040
145PE 14 11-14 12 28 23 11 13 13 25 18 15-17 1 0,0040
146PE 15 11-13 13 29 25 11 13 13 25 17 15-16-17 1 0,0040
147PE 14 11-15 13 29 24 11 13 13 25 17 15-16-17 2 0,0080
148PE 15 12 13 32 23 10 11 23 26 16 16-18 1 0,0040
149PE 15 15-19 14 31 21 10 11 13 25 16 16-18 1 0,0040
150PE 14 11-14 14 30 24 11 13 13 25 18 14-15-16-17 1 0,0040
151PE 14 11-15 13 29 24 10 13 13 25 18 14-15-16 1 0,0040
152PE 15 14-16 13 30 21 10 11 14 27 21 12-15-16-17 1 0,0040
153PE 15 13-16 12 29 23 11 11 12 24 20 12-13-16-17 1 0,0040
154PE 14 11-14 14 30 23 11 13 13 25 17 15-17 2 0,0080
155PE 13 11-14 13 29 24 11 13 13 25 16 14-16-17 1 0,0040
156PE 14 11-14 12 28 24 11 13 13 25 16 15-17 1 0,0040
157PE 14 11-14 13 30 23 11 13 13 23 18 14-15-17-18 1 0,0040
158PE 14 11-14 12 28 24 10 13 13 25 19 15-16-17 1 0,0040
159PE 16 11-14 13 30 25 11 11 13 24 15 12-13-14-16 1 0,0040
160PE 14 11-14 13 28 24 10 13 13 24 16 15-17 1 0,0040
161PE 14 11-14 13 29 24 11 13 13 26 17 15-16-18 1 0,0040
162PE 14 11-14 13 30 23 11 13 13 25 19 15-16-17 1 0,0040
163PE 14 11-14 12 28 23 11 14 13 25 18 15-16-17 1 0,0040
164PE 15 11-14 14 30 24 11 13 13 25 17 15-16-17 1 0,0040
165PE 14 13-17 13 29 22 9 11 12 27 16 13-16-17 1 0,0040
166PE 14 11-13 13 30 25 10 13 13 26 17 15-17 1 0,0040
167PE 15 18 13 32 21 10 10 13 25 16 13-15-16-18 1 0,0040
168PE 15 16-18 14 31 21 11 11 13 25 17 16-18-19 1 0,0040
169PE 14 16-17 13 31 21 11 11 13 25 16 13-16-17 1 0,0040
170PE 15 16-19 13 31 21 10 11 13 25 16 13-16-17 1 0,0040
171PE 14 14 12 28 23 10 11 13 22 16 12-14-15 1 0,0040
172PE 16 14-15 12 30 22 10 12 14 23 17 12-13-14 1 0,0040
173PE 14 14-19 12 28 24 11 11 13 23 17 14-15 1 0,0040
174PE 15 17-18 13 31 23 10 12 15 24 17 15 1 0,0040
175PE 14 11-15 13 29 23 11 13 13 24 16 15-17-18 2 0,0080
108
Tabela 15 (Cont.)
Ha nb Fc
19 385 389I 389II 390 391 392 393 447 458 464
176PE 17 12-13 13 28 23 10 11 13 26 17 11-14-16 1 0,0040
177PE 16 15-19 13 29 21 10 11 15 26 16 13-15-17 1 0,0040
178PE 15 13-15 12 28 21 10 11 14 23 17 13-14 1 0,0040
179PE 16 16-17 13 29 21 10 11 15 26 16 15 1 0,0040
180PE 14 13-14 13 29 22 10 11 13 23 16 12-14-16 1 0,0040
181PE 13 16-18 13 30 23 10 11 13 26 15 14-15.3-17 1 0,0040
182PE 14 15-18 13 30 24 10 11 13 25 17 16 1 0,0040
183PE 14 11-14 13 28 24 11 13 13 24 16 15-17 1 0,0040
184PE 17 12 13 28 23 10 11 13 25 16 11-14-15 1 0,0040
185PE 14 13-14 12 28 22 10 11 13 22 15 12-13-14-15 1 0,0040
186PE 14 16-17 13 31 21 11 11 13 25 17 13-16-17-19 1 0,0040
187PE 15 15 13 30 20 10 11 13 27 18 12-15-17 1 0,0040
188PE 15 11-14 13 29 24 11 13 13 26 16 15-17-17 1 0,0040
189PE 13 16-17 13 30 23 10 11 13 27 15 13.3-15.3-17-18 1 0,0040
190PE 14 10-15 13 29 24 11 13 13 25 18 16-17 1 0,0040
191PE 14 11-14 13 29 25 11 13 13 25 17 15-16-17 1 0,0040
192PE 14 11-14 14 31 24 11 13 13 25 18 15-16-17 1 0,0040
193PE 14 11-14 14 30 23 11 13 13 25 17 15-16-18 1 0,0040
194PE 14 13-15 13 30 22 10 11 12 26 15 12-16 1 0,0040
195PE 14 12 13 29 24 10 13 13 25 16 15-16-17 1 0,0040
196PE 14 11-13 13 29 24 11 13 13 25 17 15-16-17 1 0,0040
197PE 14 12-14 13 29 24 11 13 13 25 18 15-17 1 0,0040
198PE 14 12-14 14 30 25 11 13 13 25 17 15-16-17 1 0,0040
199PE 14 11-14 13 31 24 11 13 13 25 19 14-15-18 1 0,0040
200PE 15 11-14 13 29 24 11 13 13 25 16 15-16-17 1 0,0040
201PE 15 14-17 12 29 23 10 11 13 27 16 14-16-17-18 1 0,0040
202PE 14 14 13 29 25 10 11 12 24 19 13-15-16-17 1 0,0040
203PE 13 16-17 13 30 24 10 11 13 25 16 14-16-17-18 1 0,0040
204PE 15 14-15 13 32 21 10 11 13 25 18 13-16-18 1 0,0040
205PE 14 11-14 13 29 23 11 13 13 24 17 15-16-17-18 1 0,0040
206PE 13 13-14 13 29 24 9 11 13 23 19 14-16 1 0,0040
207PE 14 13-16 13 29 22 11 11 12 27 17 12-13-15-16 1 0,0040
208PE 15 16-18 13 30 21 10 11 13 25 16 13-15-16 1 0,0040
209PE 15 13-15 13 30 22 10 10 13 20 18 13-14-15 1 0,0040
210PE 14 13-18 13 29 23 11 11 12 26 18.2 12-14-16-17 1 0,0040
211PE 15 16-18 13 31 21 11 11 13 25 16 13-16-18 1 0,0040
212PE 15 11-13 13 29 24 11 13 13 25 17 13-15-16-17 1 0,0040
213PE 16 11-14 13 31 25 10 11 14 24 15 12-15-16 1 0,0040
214PE 15 15 12 29 22 10 11 14 22 16 13-14-15 1 0,0040
215PE 14 11 13 29 24 11 13 13 24 19 15-17 1 0,0040
216PE 14 12-14 13 29 24 11 13 13 25 16 15-17 1 0,0040
217PE 15 17-18 12 29 21 10 11 15 26 16 13-16-17 1 0,0040
218PE 14 13-16 13 30 23 10 11 12 25 18 12-14-16-17 1 0,0040
219PE 15 15-18 12 30 21 10 11 13 25 16 13-15-16-17 1 0,0040
220PE 14 13-17 12 29 23 10 11 13 22 15 12-14-15 1 0,0040
221PE 14 13-19 13 30 23 10 11 12 25 17.2 14-15-16-17 1 0,0040
222PE 16 15-19 13 30 21 10 11 13 25 15 13-16-18 1 0,0040
223PE 14 11-14 13 30 24 10 13 14 26 17 15-17 1 0,0040
224PE 15 15-16 13 30 21 10 11 14 26 18 12-15-16-18 1 0,0040
225PE 14 11-15 13 30 24 11 13 13 26 20 15-17-18 1 0,0040
226PE 17 17-18 14 31 21 10 11 13 27 15 12-16-17 1 0,0040
227PE 14 12-14 14 30 24 10 13 13 25 18 16-17 1 0,0040
a: H = haplotipo; b: n = indivíduos observados para cada haplótipo; c: F = freqüência de cada haplótipo
calculada usando Arlequin, versão 2.0.
* A respectiva localização de cada haplótipo no Estado de Pernambuco está no apêndice (ver anexo).
As baixas freqüências haplotípicas encontradas reforçam a idéia de

que os microssatélites estudados são importantes ferramentas para
esclarecimento de questões forenses e de relações de parentesco, pois
109
esta condição maximiza a probabilidade de dois haplótipos tomados ao

acaso serem diferentes.
No presente estudo, outros haplótipos, além do estendido (EH) e
mínimo (MH), foram construídos, como o HDL (haplótipo composto pelos
locos que mostraram maior diversidade na população pernambucana -
DYS464, DYS385, DYS458, DYS390, DYS389II e DYS447); MH + DYS447;
MH + DYS458 e MH + DYS464, para avaliar a utilidade destes marcadores
para aplicações forenses (Tabela 16).
O HDL mostrou-se mais informativo que o MH (Tabela 16),
sugerindo que os marcadores DYS19, DYS389I, DYS391, DYS392 e
DYS393 pouco contribuíram para o aumento da diversidade haplotípica e
poder de discriminação.
A adição dos marcadores DYS447, DYS458 e DYS464 ao MH
contribuiu com um aumento significante da diversidade haplotípica e
capacidade discriminatória. Em particular, o DYS464 parece ser o
marcador mais útil para expandir o MH (Tabela 16).
Tabela 16: Número de diferentes haplótipos e respectivas diversidades obtidas para cada
haplótipo construído em 250 homens de Pernambuco.
Haplótipos Número de diferentes Diversidade Poder de Probabilidade de Diversidade
haplótipos observados Haplotípica Discriminação Coincidência Gênica Média
EH* 227 0.9990 0.9080 0.0010 0.6704
MH* 186 0.9938 0.7440 0.0062 0.6248
HDL* 216 0.9982 0.8640 0.0018 0.7721
MH + DYS447 202 0.9963 0.8080 0.0037 0.6312
MH + DYS458 206 0.9960 0.8240 0.0040 0.6397
MH + DYS464 213 0.9979 0.8520 0.0021 0.6591
* EH = haplótipo estendido; MH = haplótipo mínimo; HDL = combinação dos locos DYS464,

DYS385, DYS458, DYS390. DYS389II e DYS447.
Sendo assim, conhecida a importância do estudo de haplótipos para

fins forenses e investigação de paternidade, e visto que também é
fundamental considerar que haplótipos são conservados através das
110
gerações, é possível caracterizar a população de Pernambuco quanto à

variabilidade genética de microssatélites do cromossomo Y.
5.2.3 Caracterização da População Pernambucana quanto aos

Microssatélites do Cromossomo Y
A população do Estado de Pernambuco pode ser caracterizada como

uma população mista, composta por indivíduos descendentes de africanos,
caucasianos e nativos americanos. Para tanto, a população estudada foi
comparada com tais populações ancestrais para analisar a história de
Pernambuco a luz dos polimorfismos de locos do cromossomo Y.
A Tabela 17 faz uma comparação entre alelos mais freqüentes
encontrados na população pernambucana, européia, africana e nativos
americanos para os locos analisados neste estudo.
Tabela 17: Alelos mais freqüentes nos locos analisados na população de Pernambuco e
em populações ancestrais previamente estudadas.
19 385 389I 389II 390 391 392 393 447 458 464
11 15-16-17
14 11-14 13 29 24 (0,484) 13 13 25 17 (0,192)
PEa
(0,556) (0,360) (0,680) (0,464) (0,432) 10 (0,508) (0,680) (0,504) (0,380) 15-17
(0,464) (0,152)
30 11 15-16-17
14 11-14 13 (0,412) 24 (0,500) 13 13 (0,176)
Europab - -
(0,601) (0,365) (0,574) 29 (0,568) 10 (0,595) (0,709) 15-17
(0,372) (0,432) (0,135)
16 30
15 (0,167) 13 (0,371) 21 10 11 14
Áfricac - - -
(0,417) 15-16 (0,563) 31 (0,674) (0,777) (0,877) (0,586)
(0,158) (0,309)
13 26 11
(0,440) 12-15 10 (0,440) 24 (0,500) 14 13
Nativosd - - -
15 (0,180) (0,810) 27 (0,630) 10 (0,560) (0,870)
(0,380) (0,370) (0,440)
a: Presente estudo; b: Redd et al., 2002; Martin et al., 2004; c: Rosa et al., 2005; d:
Kayser et al., 1997.
111
Através da análise do loco DYS19 observou-se que o alelo 14 é o

mais freqüente em Pernambuco (0,556) e na Europa (0,601), o que difere
de populações africanas, cujo alelo mais comumente encontrado foi o 15
(0,417), e de populações de ameríndios, que apresentam uma distribuição
bimodal, ou seja, com dois alelos mais freqüentes, o 13 (0,440) e o 15
(0,380) (Tabela 17).
A análise do marcador DYS385 revelou o haplótipo 11-14 como o
mais comum na amostra pernambucana (0,360) e na européia (0,365).
Os haplótipos 16 (0,167) e 15-16 (0,158) foram os mais encontrados em
populações africanas, que apresentaram uma distribuição bimodal de tais
haplótipos. Diferentemente, os ameríndios apresentaram o haplótipo 12-
15 (0,180) como o mais freqüente (Tabela 17).
O alelo 13 do loco DYS389I é o mais freqüente em Pernambuco
(0,680) e em populações européias (0,574) e africanas (0,563). Os
ameríndios apresentaram o alelo 10 como o mais freqüentemente
encontrado (0,810) (Tabela 17).
Para o marcador DYS389II, o alelo 29 foi o mais comum em
Pernambuco (0,464). As populações européia, africana e ameríndia
apresentaram uma distribuição bimodal, cujos alelos mais freqüentes
foram 30 (0,412) e 29 (0,372); 30 (0,371) e 31 (0,309); 26 (0,440) e 27
(0,370), respectivamente (Tabela 17).
O alelo 24 do loco DYS390 foi o mais comumente encontrado no
estudo da população pernambucana (0,432), européia (0,568) e
ameríndia (0,630). A população africana apresentou o alelo 21 como o
mais freqüente (0,674), diferenciando-se de todas as outras (Tabela 17).
A população africana também se comportou diferentemente das
demais populações analisadas quanto ao estudo do loco DYS391. Tal
população apresentou o alelo 10 como o mais freqüente (0,777),
enquanto que as populações pernambucana, européia e ameríndia
mostraram uma distribuição bimodal, cujos alelos 11 e 10 foram os mais
comuns (Tabela 17).
112
A análise do marcador DYS392 revelou o alelo 13 como o mais

freqüente em Pernambuco (0,508) e na Europa (0,595). O alelo 11 foi o
mais comum na África (0,877). Em ameríndios, foi encontrado o alelo 14
como o mais freqüente (0,560) (Tabela 17).
Para o loco DYS393, também analisado, o alelo 13 foi mais
freqüente em pernambucanos (0,680), europeus (0,709) e ameríndios
(0,870). Diferentemente, em populações africanas encontrou-se o alelo 14
como o mais freqüente (0,586).
No presente estudo, os locos DYS447 e DYS458 não foram
comparados com populações ancestrais devido à ausência de dados
disponíveis, pois foram mais recentemente relatados. No entanto, apesar
desta carência de dados também abranger o marcador DYS464, foi
possível comparar populações pernambucana e européia quanto ao
polimorfismo deste marcador. Dessa forma, observou-se uma semelhança
entre os haplótipos mais freqüentes nestas populações (Tabela 17).
Diante do exposto, uma forte relação com caucasianos europeus,
bem como uma menor aproximação com populações africanas e
ameríndias, foi percebida. Adicionalmente, observou-se que o haplótipo
mínimo mais freqüente em populações européias (14/11-14/13/29/24/
11/13/13) também foi o mais comum em pernambucanos, o que acentua
ainda mais esta relação. Apesar disto, é difícil determinar se o
cromossomo Y portador deste haplótipo foi o ancestral na formação da
população de Pernambuco, pois não se sabe se tal haplótipo foi o primeiro
a entrar em território pernambucano ou se foi originado por mutação.
Contudo, é possível observar que houve uma grande contribuição
patrilinear européia, havendo uma relação mais íntima de parentesco
entre pernambucanos e europeus, o que permite considerar que a maioria
dos cromossomos Y da população de Pernambuco tem origem européia.
Esse fato é consistente com a história de colonização do Estado, período
em que numerosos grupos europeus (principalmente portugueses,
espanhóis e holandeses) aqui se instalaram e viveram por um longo
tempo, mantendo o contingente negro e o índio sob forte segregação.
113
O dendograma abaixo (figura 10) confirma relações mais íntimas de

parentesco entre as populações pernambucana e européia, pois há uma
menor distância genética entre estas populações (0.0157), considerando
os locos de microssatélites do cromossomo Y analisados. Uma maior
distância foi observada entre as populações africanas (0.1595) e
ameríndias (0.3819) em relação à população estudada, o que evidencia
uma menor contribuição de tais populações em patrilinhagens
pernambucanas.
Figura 10: Dendograma construído a partir das freqüências alélicas da população

pernambucana (presente estudo); européia (Martin et al., 2004); africana (Rosa et al.,
2005); e ameríndia (Kayser et al., 1997). Foi utilizado o programa DISPAN (Ota et al.,
1993) para construí-lo.
Dessa forma, não restam dúvidas de que o polimorfismo de

microssatélites do cromossomo Y é uma ferramenta importante para a
caracterização de populações do ponto de vista histórico e evolutivo, bem
como para a identificação de indivíduos e investigação de paternidade.
114
6. Abstract
Y-chromosome-specific short tandem repeats (Y-STR) have proven to be

valuable tools for genetic characterization of population. However, there is
a lack of works on the Northeast Brazilian population yet. In this study 11
Y-STR markers were analyzed for characterize the genetic variability
degree from Pernambuco population, providing data for paternity and
forense investigation. Therefore the sample was constituted by 250
unrelated man of Pernambuco’s State and each one son. The DNA was
obtained by mini salting out procedure and amplified by PCR. The PCR
products were submitted to PAGE and revealed by AgNO3 impregnation.
The results were consistent with the history of the Northeast population.
Allelic frequency and gene/haplotype diversities were determined. DYS464
and DYS385 were highly informative, with gene diversity (h) higher than
80%, DYS389I and DYS393 showing diversity (h) inferior to 50%. 227
haplotypes were observed, which two most common were shared by four
males, while 211 haplotypes were unique, revealing that the extended
haplotype was highly informative. Other haplotypes were constructed and
analyzed, showing more significant contribution than the minimum
haplotype. These results would provide useful information for forensic
practice and applications in Pernambuco population historic and
evolutionary studies.
Key words: Y chromosome, Short Tandem Repeats, Pernambuco
115
7. Conclusões
O estudo dos marcadores moleculares DYS19, DYS385, DYS389I,

DYS389II, DYS390, DYS391, DYS392, DYS393, DYS447, DYS458 e
DYS464 do cromossomo Y na população do Estado de Pernambuco nos
permitiu chegar às seguintes conclusões:
- Os marcadores estudados representam ferramentas poderosas e

particularmente úteis em casos forenses e em investigações de
paternidade, bem como para caracterização genética da população de
Pernambuco.
- O banco de dados criado com freqüências alélicas/haplotípicas e seus

parâmetros permite validar testes de paternidade e de identificação de
indivíduos na população do Estado.
- Há uma forte relação entre patrilinhagens pernambucanas e européias

e pouca contribuição dos africanos e ameríndios em linhagens
paternas, indicando que a grande maioria dos cromossomos Y
pernambucanos tem origem européia. Estes dados são coerentes com a
história do povoamento do Estado de Pernambuco.
116
8. Apêndice
117
Haplótipos encontrados na população de Pernambuco e

suas respectivas localizações no Estado.
LOCALIZAÇÃO NO ESTADO DE PERNAMBUCO

HAPLÓTIPO
(Ver Mapas de Pernambuco em Anexo 1)
001PE Recife
002PE Recife
003PE Jaboatão dos Guararapes
004PE Recife / Cabo de Santo Agostinho / Pombos / Sertânia
005PE Nazaré da Mata / Paulista
006PE Gameleira
007PE Recife
008PE Chã de Alegria
009PE Paulista
010PE Não-informado
011PE Timbaúba / Moreno
012PE Paulista
013PE Moreno
015PE João Alfredo
016PE Tracunhaém
017PE Recife
018PE Igarassu / Recife
019PE Recife
020PE Cabo de Santo Agostinho
021PE Recife
022PE Gravatá
023PE Paudalho
024PE Recife
025PE Recife
027PE Palmares
029PE Recife / Paulista
030PE Recife
031PE Recife
032PE Camaragibe
118
(Cont.)
HAPLÓTIPO
033PE Orobó
034PE Sirinhaém
035PE Ouricuri
036PE Recife
037PE Recife
038PE Recife / Paulista / Não-informado
040PE Cabo / Timbaúba / Bom Jardim
041PE São Lourenço da Mata
043PE Escada
044PE Nazaré da Mata
045PE Escada
047PE Recife / Jaboatão dos Guararapes / Paulista
049PE Recife
050PE Escada
054PE Recife
055PE Limoeiro
057PE Recife
058PE Escada
059PE Feira Nova
061PE Recife
062PE Timbaúba
063PE Limoeiro / Não-informado
064PE Recife
065PE Recife / Não-informado
066PE Surubim
067PE Recife
119
(Cont.)
HAPLÓTIPO
068PE Recife
069PE Ouricuri
070PE Recife / Recife / Cabo de Santo Agostinho / Não-informado
071PE Paulista
073PE Recife
074PE Recife
076PE Vicência
077PE Goiana
080PE Recife
082PE Não informado
083PE Recife
084PE Catende
085PE Paulista
087PE Recife
088PE Recife
090PE Vitória
092PE Orobó
093PE Orobó
096PE Vicência
097PE Recife
098PE Gravatá
100PE Recife
101PE Recife
102PE Recife
120
(Cont.)
HAPLÓTIPO
103PE Recife
104PE Olinda
105PE Aliança
106PE Recife
108PE Passira
110PE Recife
111PE Recife
113PE Recife
114PE Olinda / Moreno
115PE Recife
116PE Recife
118PE Sertânia
120PE Recife / Sertânia
121PE Paulista
122PE Recife
123PE Recife
124PE Recife
125PE Água Preta / Bezerros
126PE Escada
128PE Recife
129PE Recife
130PE Maraial
133PE Recife
136PE Recife
137PE Recife
121
(Cont.)
HAPLÓTIPO
138PE Tracunhaém
139PE Recife
141PE Recife
143PE Recife
147PE São Caetano / Não-informado
153PE Recife
154PE Recife / Floresta
155PE Catende
156PE Goiana
157PE São José da Coroa Grande
158PE Recife
160PE Goiana
161PE Olinda
162PE Recife
163PE Bonito
168PE Limoeiro
169PE Limoeiro
170PE Bonito
171PE Recife
172PE Surubim
122
(Cont.)
HAPLÓTIPO
173PE Recife
174PE Recife
175PE Lagoa Grande / Não-informado
176PE Sirinhaém
178PE Limoeiro
183PE Recife
185PE Recife
186PE Caruaru
188PE Recife
189PE Pesqueira
190PE Recife
191PE Caruaru
193PE Buenos Aires
195PE Paulista
196PE Recife
197PE Recife
198PE Recife
202PE Recife
204PE Recife
205PE Recife
207PE Paulista
123
(Cont.)
HAPLÓTIPO
208PE Recife
209PE Recife
210PE Recife
211PE Recife
215PE Recife
216PE Recife
217PE Recife
218PE Recife
219PE Olinda
220PE Limoeiro
221PE Sirinhaém
222PE Recife
226PE Recife
Alguns haplótipos foram encontrados em mais de um indivíduo, o

que nos leva a pensar que tais indivíduos pertencem a uma mesma
patrilinhagem. No entanto, convém lembrar que os haplótipos podem ter
sido originados por mutação e, portanto, isto não extrapolaria de uma
suposição apenas, o que torna difícil determinar uma correta distribuição
dos haplótipos no Estado de Pernambuco apenas com os dados obtidos
em estudos deste tipo.
124
9. Anexo 1
Mapas de Pernambuco
125
9.1 Mapa do Brasil destacando a localização do Estado de

Pernambuco
9.2 Mapa de Pernambuco - Regiões
RMR= Região Metropolitana do Recife

Fonte: www.pe.gov.br
126
9.2.1 Região Metropolitana do Recife

(50,0% dos haplótipos encontrados, cujas localizações no Estado estão
destacadas com linhas vermelhas no mapa abaixo)
127
9.2.2 Zona da Mata

(14,8% dos haplótipos encontrados são originados de cidades da zona da
mata de Pernambuco destacada com linhas vermelhas no mapa abaixo)
128
9.2.3 Agreste de Pernambuco

(9,2% dos haplótipos encontrados, cujas localizações no Estado estão
sublinhadas com linhas vermelhas no mapa abaixo)
129
9.2.4 Região do São Francisco
(0,8% dos haplótipos encontrados são originados das cidades sublinhadas com linhas vermelhas no mapa abaixo)
9.2.5 Sertão de Pernambuco
(2,0% dos haplótipos encontrados, cujas localizações no Sertão estão destacadas com uma linha vermelha no mapa abaixo)
10. Anexo 2
Instruções para Autores
132
10.1 Revista : Genetics and Molecular Biology

ISSN 1415 – 4757
Ribeirão Preto, Brasil
INSTRUCTIONS TO AUTHORS
• Scope and policy
• Submission of papers
ISSN 1415-4757 printed
version
ISSN 1678-4685 online
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elsewhere. With the acceptance of a
Genetics and Molecular Biology
(formerly named Revista Brasileira de manuscript for publication, the
Genética/Brazilian Journal of Genetics -
publishers acquire full and exclusive
ISSN 0100-8455) is published quarterly by
copyright for all languages and
the Sociedade Brasileira de Genética
(Brazilian Society of Genetics). countries.
Manuscripts considered in conformity
The Journal considers contributions that
with the scope of the journal as judged
present the results of original research in
by the Editor in conjunction with the
genetics, evolution and related scientific
Editorial Board are reviewed by the
disciplines.
Associate Editors and two or more
Although Genetics and Molecular Biology is external reviewers. Acceptance by the
an official publication of the Brazilian Society Editor is based on the quality of the
of Genetics, contributors are not required to work as substantial contribution to the
be members of the Society. field and on the overall presentation of

the manuscript.
It is a fundamental condition that
submitted manuscripts have not
133
Submission of papers of your contribution, and

manuscripts may be returned
1. Manuscripts should be
before being reviewed.
submitted to Fábio de Melo Sene, Editor-
in-Chief in the address below. 3. Categories of Contribution
2. A submission package sent to the 3.1. Research Articles
Editorial Office must contain: Manuscripts must be written in English

in double-spaced, 12-point type
a. A cover letter signed by all
authors stating that they have throughout, including the References
approved the submission of the Cited section, appendices, tables and
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have not been published or are paper with 2.5 cm margins; marked with
consecutive page numbers, beginning
not under consideration for
with the cover page. The following
publication elsewhere;
elements must start on a new page and
b. A copy of the manuscript, be ordered as they are listed below:
including original figures.
a) The title page must contain: a concise
c. A copy of any unpublished or in- and informative title; the authors' names
press companion articles referred (first name at full length); the authors'
to in the submission. institutional affiliation, including
department, institution, city, state or
d. A copy of the text, tables and
province and country; different
figures on a disk. Be sure that the
affiliations indicated with superscript
disk is adequately protected.
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Formats for text are Word or RTF,
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and fax numbers and email address. The
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corresponding author is the person
3.1.g). Disk must be labeled with
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proofs, arranging for the payment of
platform and software. (See
color illustrations and author's alteration
detailed instructions below).
charges.
Failure to adhere to these
guidelines can delay the handling
134
b) The Abstract must be a single explained at the end of this section.

paragraph that does not exceed 200 Results - Undue repetition in text and
words and summarizes the main results tables should be avoided. Comment on
and conclusions of the study. It should significance of results is appropriate but
not contain references. broader discussion should be part of the
Discussion section.
c) The text must be as succinct as
Discussion - The findings of the study
possible. Text citations: articles should
should be placed in context of relevant
be referred to by authors' surnames and
published data. Ideas presented in other
date of publication; citations with two
publications should not be discussed
authors must include both names; in
solely to make an exhaustive
citations with three or more authors,
presentation.
name the first author and use "et al".
Some manuscripts may require different
Only articles that are published or in
formats appropriate to their content.
press should be cited. In the case of
personal communications or unpublished d) The Acknowledgments must be a
results, all contributors must be listed by single paragraph that immediately
initials and last name ("et al" should not follows the discussion and includes
be used). Numbers: In the text, references to grant support.
numbers nine or less must be written out
e) The References Section: citations
except as part of a date, a fraction or
must be ordered alphabetically by the
decimal, a percentage, or a unit of
first author; only articles that are
measurement. Use Arabic numerals for
published or in press should be included;
numbers larger than nine. Avoid starting
personal communications must be cited
a sentence with a number. Binomial
within the text; journal titles must be
Names: Latin names of genera, species
abbreviated according to Medline
and intraspecific taxa in the text must be
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/jrb
printed in italics; names of orders and
rowser.cgi).
families should be in the Title.
Sample journal article citation:
The text includes the following elements:
Breuer ME and Pavan C (1955)
Introduction - Description of the Behaviour of polytene chromosomes of
background that led to the study. Rhynchosciara angelae at different
Material (or Subjects) and Methods - stages of larval development.
Details relevant to the conduct of the Chromosoma 7:371-386.
study. Statistical methods should be Bertollo LAC, Takahashi CS and Moreira-
135
Filho O (1978) Cytotaxonomic Thesis, Universidade do Brasil, Rio de

consideration on Hoplias lacerdae Janeiro.
(Pisces, Erythrinidae). Rev Bras Genet
Sample Electronic Article citation:
1:103-120.
Simin K, Wu H, Lu L, Pinkel D, Albertson
Sample book citation: D, Cardiff RD, Van Dyke T (2004) pRb
Inactivation in Mammary Cells Reveals
Common Mechanisms for Tumor
Salzano FM and Freire-Maia N (1967)
Initiation and Progression in Divergent
Populações Brasileiras. Companhia
Epithelia. Plos Biol 2: 194-205.
Editora Nacional and EDUSP, São Paulo,
http://www.plosbiology.org.
178 pp.
Dobzhansky T (1951) Genetics and Sample Electronic Database citation:
Origin of Species. 3rd edition. Columbia Online Mendelian Inheritance in Man
University Press, New York, 364 pp. (OMIM),
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/OMIM
Sample chapter-in-book citation:
Carvalho A, Monaco LC and Krug CA f) Tables each table must start on a new
(1966) Melhoramento genético das page. A concise title should be provided
plantas e sua repercussão econômica. above the table. Tables must be
In: Pavan C and da Cunha AB (eds) numbered consecutively in Arabic
Elementos de Genética. 2nd ed. EDUSP numerals. Each column must have a title
and Companhia Editora Nacional, São in the box head. Footnotes typed directly
Paulo, pp 587-653. below the table should be indicated in
lowercase superscript numbers.
Sample abstracts in meeting citation:
Basile R (1973) Cromossomos g) Figures must be numbered
Politênicos em células nutritivas de consecutively in Arabic numerals.
ovócitos de ovário atrofiado de Legends should be typed on a separate
Rhyncosciara. Ciênc e Cult 25 (suppl): sheet. A set of original illustrations of
248. XXV Reunião Anual da SBPC, Rio de the highest quality must be provided in
Janeiro, Brazil. glossy paper. If you have created figures
electronically submit them also as hard
Sample Thesis/Dissertation citation:
copies. Scanned figures should not be
Frota-Pessoa O (1953) Revision of the
submitted. Images should be in TIFF or
Tripunctata group of Drosophila with
JPEG format and provided in separate
description of fifteen new species. PhD
files. Figures in Word format cannot be
136
published. Journal quality reproduction j) Data access: reference should be

will require grayscale and color at made to availability of detailed data and
resolution yielding 300 dpi. Authors materials used for reported studies.
should submit bitmapped line art at
k) Ethical issues: Reports of experiments
resolution yielding 600-1200 dpi. These
on live vertebrates must include a brief
resolutions refer to the output size of the
statement that the work was approved
file; if it is anticipated that images will be
by the institutional review board. For
enlarged or reduced, the resolutions
experiments involving human subjects,
should be adjusted accordingly. Identify
authors must also include a statement
each illustration by affixing on the back a
that informed consent was obtained
label containing: the number of the
from all subjects. If photos or any other
figure, the name of the first author and
identifiable data are included, a copy of
an arrow indicating top of illustration.
the signed consent must accompany the
Illustrations supplied on disks must
manuscript.
follow instructions in item 2 (Submission
package). Color illustration can be 3.2 Short Communications present brief
accepted, but authors are asked to observations that do not warrant full-
defray the cost. For costs of color length articles. They should not be
figures, check with the Editorial Office. considered preliminary communications.

They should be 15 or fewer typed pages in
h) Nomenclature: current standard double spaced 12-point type, including
international nomenclature should be literature cited. They should include an
adhered to. Abstract no longer than five percent of the
paper's length and no further subdivision
i) Sequences may appear in text or in
figure. DNA, RNA and protein sequences with introduction, material and methods,
equal to or greater than 50 units must results and discussion in a single section.
Up to two tables and two figures may be
be entered into public databases. The
submitted. The title page and reference
accession number must be provided and
released to the general public together section format is that of full-length article.
with publication of the article. Long

3.3 Letters to the Editor relate or
sequences requiring more than two respond to recent published items in the
pages to reproduce will not be published journal. Discussions of political, social
unless the Editorial decision is that the and ethical issues of interest to
publication is necessary. Complete geneticists are also welcome in this
mtDNA sequence will not be published.
form.
137
3.4 Review Articles are welcome.
3.5 Book Reviews: publishers are

invited to submit books on Genetics,
Evolution and related disciplines, for
review in the journal. Aspiring
reviewers may propose writing a
review.
3.6 History, Story and Memories:

accounts on historical aspects of
Genetics relating to Brazil.
4. Proofs: Page proofs will be sent to the

corresponding author. Changes made to
page proofs, apart from printer's errors,
will be charged to the authors. Notes
added in proof require Editorial approval.
5. Reprints are free of charge and

provided as a pdf-file.
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© 2002-2004 Sociedade Brasileira de

Genética
Av. Cap. Adelmio Norberto da Silva, 736

14025-670 Ribeirão Preto SP Brasil
Tel./Fax: +55 16 621-8540
[email protected]
138
10.2 Revista: Forensic Science International

ISSN 0379 – 0738
Estados Unidos da América
http://www.elsevier.com
Guide for Authors

Submission to Forensic Science
Forensic Science International is a peer- International now proceeds online via
reviewed, international journal for the Elsevier Editorial System -
publication of original contributions in http://ees.elsevier.com/fsi/. Authors will
the many different scientific disciplines be guided step-by-step through
comprising the forensic sciences. These uploading files directly from their
fields include, but are not limited to, computers. Electronic PDF proofs will be
forensic pathology and histochemistry, automatically generated from uploaded
toxicology (including drugs, alcohol, files, and used for subsequent reviewing.
etc.), serology, chemistry, biochemistry,
biology (including the identification of Authors should send queries concerning
hairs and fibres), odontology, psychiatry, the submission process or journal
anthropology, the physical sciences, procedures to
firearms, and document examination, as [email protected]. Authors
well as the many other disciplines where can check the status of their manuscript
science and medicine interact with the within the review procedure using
law. Elsevier Editorial System.
Submission of manuscripts Authors submitting hard copy papers will

be asked to resubmit using Elsevier
139
Editorial System. C. Cattaneo Osteology and Anthropology

Tel: +39 2 5031 5678
Submission of an article is understood to Fax: +39 2 5031 5724
imply that the article is original and is E-mail: [email protected]
not being considered for publication
elsewhere; multiple submission is not P. Margot Questioned Documents (with
acceptable to the Editor, and any such the assistance of A. Khanmy
papers, together with future submissions [email protected] and W.
from the authors, will be rejected Mazzella [email protected]) and
outright. Submission also implies that all Physical Science: ballistics, tool marks,
authors have approved the paper for contact traces, drugs analysis,
release and are in agreement with its fingerprints and identification, etc.
content. Upon acceptance of an article, Tel: +41 21 692 4605
Authors will be asked to transfer Fax: +41 21 692 4605
copyright (for more information on E-mail: [email protected]
copyright see
http://authors.elsevier.com). This O.H. Drummer Toxicology
transfer will ensure the widest possible Tel: +61 3 9684 4334
dissemination of information. A letter will Fax: +61 3 9682 7353
be sent to the corresponding Author E-mail: [email protected]
confirming receipt of the manuscript. A
form facilitating transfer of copyright will G. Willems Odontology
be provided. Tel: +32 16 33 24 59
Fax: +32 16 33 24 35
Papers for consideration should be E-Mail:
submitted to: [email protected]
P. Saukko (Editor-in-Chief) Experimental Types of contribution

Forensic Pathology, Traffic Medicine, and
subjects not listed elsewhere 1. Original Research Papers (Regular
Tel: +358 2 3337543 Papers)
Fax: +358 2 3337600 2. Review Articles
E-mail: [email protected] 3. Preliminary Communications
4. Letters to the Editor
A. Carracedo Forensic Genetics 5. Case Reports
Fax:+34 981 580336 6. Book Reviews
E-mail: [email protected] 7. Announcement of Population Data
8. Rapid Communications
140
sequenced allelic ladders (and their

Review Articles and Preliminary source) and whether the laboratory has
Communications (where brief accounts met any proficiency testing programme.
of important new work may be Authors submitting population data are
announced with less delay than is required, by means of a specific
inevitable with major papers) may be statement in a covering letter to the
accepted after correspondence with the Associate Editor, to make the complete
appropriate Associate Editor. Case data set available to any interested
Reports will be accepted only if they researcher upon request. Electronic
contain some important new information versions of the manuscripts are
for the readers. preferred in order to avoid unnecessary
delay in publication. Announcements of
Publication of population data of human World Wide Web sites where complete
polymorphisms: Whilst the journal data sets can be found and accessed by
acknowledges that knowledge of allele any interested researcher are very much
and genotype frequencies is an essential encouraged. For an example, please
prerequisite to the use of any human refer to the Editorial in volume 110
polymorphism in forensic work, most of (2000), pages 3-5.
these manuscripts tend to reiterate Those articles containing aspects of
information (typically, descriptions of loci interest other than population data, such
and methodology) which is available as population genetic analysis, large or
elsewhere. Moreover, population data interesting collections of populations or
papers tend to reproduce stereotype makers of relevance for forensic identity
reports of little appeal to the general testing, will continue to be considered for
reader. Authors are therefore invited to publication in the usual full-length
submit population data to the journal in format.
table format as an 'Announcement of
Population Data'. Authors must report Rapid Communication should describe
the description of the population sample, work of significant interest, whose
the detection method used (with a impact would suffer if publication were
reference when appropriate), the not expedited. They should not be longer
number of people typed, the results of than 5 printed journal pages (about 10
statistical parameters (including p value submitted pages). Authors may suggest
for Hardy-Weinberg equilibrium testing, that their work is treated as a Rapid
chance of exclusion, discrimination Communication, but the final decision on
power, heterozygosity value), deviation whether it is suitable as such will be
from independence between or across taken by the handling Associate Editor.
loci, quality criteria such as the use of Rapid Communications requiring revision
141
should be resubmitted as a new - Complete postal address(es) of

submission. affiliation(s)
- Telephone and fax numbers and e-mail
Preparation of manuscripts address of the corresponding author
- Abstract, which should be clear,
1. Manuscripts should be written in descriptive and not longer than 400
English.Language Editing: Elsevier's words
Author Gateway provides details of some - Keywords, normally 3-6 items
companies who can provide English - Introduction
language and copyediting services to - Material studied, methods, techniques
authors who need assistance before they - Results
submit their article or before it is - Discussion
accepted for publication. Authors should - Conclusion
contact these services directly. For more - Acknowledgments
information about language editing - References
services, please email
[email protected]. 4. Elsevier reserves the privilege of
returning to the author for revision
Please note that Elsevier neither accepted manuscripts and illustrations
endorses nor takes responsibility for any which are not in the proper form given in
products, goods or services offered by this guide.
outside vendors through our services or
in any advertising. For more information References
please refer to our terms & conditions
http://authors.elsevier.com/terms_and_ References should be numbered in the
conditions.html?dc=TANDC. order in which they are cited (using
square brackets in the text) and listed in
2. The text should be typed in double- numerical order on a separate sheet.
spacing on consecutively numbered This journal should be cited as Forensic
pages. Every page of the manuscript, Sci. Int. References to journals, books
including the title page, references, and multi-author volumes should accord
tables, etc. should be numbered. with the following examples:
3. Manuscripts in general should be [1.] N. von Wurmb-Schwark, R. Higuchi,

organized in the following order: A. P. Fenech, C. Elfstroem, C. Meissner,
- Title (should be clear, descriptive and M. Oehmichen and G. A. Cortopassi,
not too long) Quantification of human mitochondrial
- Name(s) of author(s) DNA in a real time PCR. Forensic Sci. Int.
142
126 (2002) 34-39. • Only use the following fonts in your

illustrations: Arial, Courier, Helvetica,
[2.] J. Siegel, G. Knupfer and P. Saukko Times, Symbol
, Encyclopedia of Forensic Sciences, • Number the illustrations according to
Academic Press, London, San Diego, their sequence in the text
2000. • Use a logical naming convention for
your artwork files
[3.] R.E. Bisbing, Finding Trace • Provide all illustrations as separate files
Evidence, in: M.M. Houck (Ed.) Mute • Provide captions to illustrations
Witnesses - Trace Evidence Analysis, separately
Academic Press, London, San Diego, • Produce images near to the desired
2001, pp. 87-115. size of the printed version
Tables A detailed guide on electronic artwork is

available on our website:
Authors should take notice of the http://authors.elsevier.com/artwork
limitations set by the size and layout of
the journal. Tables should be typed in You are urged to visit this site; some
double spacing on separate sheets, and excerpts from the detailed information
numbered according to their sequence in are given here.
the text. The text should include Formats
references to all tables. Regardless of the application used, when
your electronic artwork is finalised,
Illustrations please "save as" or convert the images
to one of the following formats (Note the
• Illustrations should be designed with resolution requirements for line
the format of the journal in mind. drawings, halftones, and line/halftone
• Illustrations and lettering should be of combinations given below.):
such a size as to allow a photographic EPS: Vector drawings. Embed the font or
reduction of 50% without becoming save the text as "graphics".
illegible TIFF: Colour or greyscale photographs
• If scales are required, use scale bars (halftones): always use a minimum of
on the illustration itself instead of 300 dpi.
numerical magnification factors TIFF: Bitmapped line drawings: use a
• Make sure you use uniform lettering minimum of 1000 dpi.
and sizing of your original artwork TIFF: Combinations bitmapped line/half-
• Save text in illustrations as "graphics" tone (colour or greyscale): a minimum of
or enclose the font 500 dpi is required.
143
DOC, XLS or PPT: If your electronic supporting applications, movies,

artwork is created in any of these animation sequences, high-resolution
Microsoft Office applications please images, background datasets, and sound
supply "asis". clips. Please ensure that data is provided
Please do not: in one of our recommended file formats
• Supply embedded graphics in your to ensure that any submitted material is
wordprocessor (spreadsheet, directly usable. Authors should submit
presentation) document the material in electronic format
• Supply files that are optimised for together with the article and supply a
screen use (like GIF, BMP, PICT, WPG); concise and descriptive caption for each
the resolution is too low file. For further information on the
• Supply files that are too low in preparation of electronic artwork, please
resolution see
• Submit graphics that are http://authors.elsevier.com/artwork.
disproportionately large for the content
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the electronic version of accepted are included, the Author(s) must obtain
papers, regardless of whether or not written permission from the copyright
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illustrations can only be included in print use by Authors in these cases: contact
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costs from Elsevier after receipt of your [email protected].
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on the preparation of electronic artwork, via the Elsevier homepage (
please see http://www.elsevier.com/locate/permissi
http://authors.elsevier.com/artwork. ons).
Preparation of supplementary data Material in unpublished letters and

manuscripts is also protected and must
Supplementary files supplied will be not be published unless permission has
published online, at no charge, alongside been obtained.
the electronic article. Supplementary
files include, but are not limited to, Authors Rights
144
• Include the article in full or in part in a

As an author you (or your employer or thesis or dissertation (provided that this
institution) may do the following: is not to be published commercially)
• Make copies (print or electronic) of the • Use the article or any part thereof in a
article for your own personal use, printed compilation of your works, such
including for your own classroom as collected writings or lecture notes
teaching use (subsequent to publication of your article
• Make copies and distribute such copies in the journal)
(including through e-mail) of the article • Prepare other derivative works, to
to research colleagues, for the personal extend the article into book-length form,
use by such colleagues (but not or to otherwise re-use portions or
commercially or systematically, e.g., via excerpts in other works, with full
an e-mail list or list server) acknowledgement of its original
• Post a pre-print version of the article publication in the journal
on Internet websites including electronic
pre-print servers, and to retain US National Institutes of Health (NIH)
indefinitely such version on such servers voluntary posting (" Public Access")
or sites policy
• Post a revised personal version of the
final text of the article (to reflect Elsevier facilitates author response to
changes made in the peer review and the NIH voluntary posting request
editing process) on your personal or (referred to as the NIH "Public Access
institutional website or server, with a Policy"; see
link to the journal homepage (on http://www.nih.gov/about/publicaccess/i
elsevier.com) ndex.htm) by posting the peer-reviewed
• Present the article at a meeting or author's manuscript directly to PubMed
conference and to distribute copies of Central on request from the author, 12
the article to the delegates attending months after formal publication. Upon
such a meeting notification from Elsevier of acceptance,
• For your employer, if the article is a we will ask you to confirm via e-mail (by
'work for hire', made within the scope of e-mailing us at
your employment, your employer may [email protected]) that
use all or part of the information in the your work has received NIH funding and
article for other intra-company use (e.g., that you intend to respond to the NIH
training) policy request, along with your NIH
• Retain patent and trademark rights award number to facilitate processing.
and rights to any processes or procedure Upon such confirmation, Elsevier will
described in the article submit to PubMed Central on your behalf
145
a version of your manuscript that will Twenty five offprints will be supplied free
include peer-review comments, for of charge. Additional copies may be
posting 12 months after formal ordered at prices shown on the order
publication. This will ensure that you will form that accompanies the proofs.
have responded fully to the NIH request
policy. There will be no need for you to Advertising Information
post your manuscript directly with
PubMed Central, and any such posting is Advertising orders and inquiries may be
prohibited. sent to:
International:
Proofs Elsevier Advertising Department,
The Boulevard,
One set of proofs will be sent to the Langford Lane,
corresponding author as given on the Kidlington,
title page of the manuscript. Proofs Oxford, OX5 1GB,
should be returned by fax or express UK
post within 48 hours of receipt. Tel: +44 1865 843565
Corrections must be limited to Fax: +44 1865 843976
typographical errors only. All corrections
must be returned complete in one Japan:
sending; subsequent corrections will not Elsevier Japan,
be incorporated. Marketing Services,
1-9-15 Higashi-Azabu,
All questions arising after acceptance of Minato-ku,
the manuscript, especially those relating Tokyo 106-0044,
to proofs, should be directed to Japan
Elsevier Ireland Ltd., Tel: +81 3 5561 5033
Elsevier House, Fax: +81 3 5561 5047
Brookvale Plaza,
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Tel: +353 61 709600
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146

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Universidade Federal de Pernambuco

Centro de Ciências Biológicas

Diversidade Haplotípica de Microssatélites do

Jemima Eline Xavier da Silva Barros

Diversidade Haplotípica de Microssatélites do

Orientador: Prof. Dr. Luiz Maurício

146 folhas : il.,fig., tab., gráfs.

Dissertação (mestrado) – Universidade Federal de

1. Genética – populações 2.Cromossomo Y –

576.58 CDD (22.ed.) UFPE

575.17 CDU (2.ed.) CCB - 2006 -010

pouco quando tudo parece perdido.

O futuro pertence àqueles que acreditam na grandeza dos seus

2.1 Origem do Povo Brasileiro......................................... 20

2.1.1 Ocupação Humana do Brasil Contemporâneo e

2.1.2 Colonização de Pernambuco e Formação da

2.2 Estudo de Populações e Marcadores Genéticos

2.3 Polimorfismo de Seqüências de DNA Repetidas............ 28

2.3.1 Seqüências Repetidas no Genoma....................... 28

2.3.1.1 Família de Seqüências de DNA repetidas em

2.3.2 Polimorfismo e Mutação de Seqüências de DNA

2.4 Microssatélites como Marcadores Moleculares do

2.4.1 Cromossomo Y................................................. 38

2.4.2 Uso de Microssatélites como Marcadores

2.6 Marcadores Genéticos do Cromossomo Y Usados neste

2.7 Microssatélites do Cromossomo Y em Estudos de

4. Manuscrito de Artigo Científico.................................... 76

Human Y-Chromosome STR Haplotype Diversity in

5.1 Materiais e Métodos.................................................. 92

5.1.1 Obtenção das Amostras..................................... 92

5.1.2 Extração de DNA: Método de Mini Salting Out....... 92

5.1.2.1 Separação de Leucócitos............................ 92

5.1.2.2 Digestão e Eliminação de Proteínas.............. 93

5.1.2.3 Precipitação e Lavagem do DNA.................. 94

5.1.3 Quantificação do DNA....................................... 94

5.1.4 Obtenção dos Fragmentos de Microssatélites

5.1.4.1 Condições de Amplificação.......................... 95

5.1.5 Genotipagem dos Produtos da PCR...................... 97

5.1.6 Análise Estatística............................................. 99

5.2 Resultados e Discussão............................................. 102

5.2.1 Freqüências Alélicas dos Locos do Cromossomo Y

5.2.2 Analise dos Haplótipos Formados pelos Locos

5.2.3 Caracterização da População Pernambucana

Haplótipos Encontrados na População de Pernambuco e suas

9. Anexo 1 – Mapas de Pernambuco............................... 125

9.1 Mapa do Brasil destacando a localização do estado de

9.2 Mapa de Pernambuco – Regiões............................... 126

9.2.1 Região Metropolitana do Recife......................... 127

9.2.2 Zona da Mata................................................. 128

9.2.3 Agreste de Pernambuco................................... 129

9.2.4 Região do São Francisco.................................. 130

9.2.5 Sertão de Pernambuco..................................... 131

10. Anexo 2 - Instruções para Autores............................ 132

10.1.1 Genetics and Molecular Biology......................... 133

10.1.2 Forensic Science International.......................... 139

Tabela 13. Freqüências e diversidades (h) haplotípica e de

ACD Anticoagulante composto por ácido cítrico / citrato de sódio

PAGE Polyacrilamide Gel Electrophoresis – Eletroforese em Gel de

Os microssatélites do cromossomo Y têm sido reconhecidos como

Palavras-Chave: Cromossomo Y, Microssatélites, Pernambuco