Enzymologie

Plan de cours
Chapitre 1 : Les enzymes
Introduction
Historique de l’enzymologie
I- Définition de l’enzyme
II- Propriété des enzymes

1- Propriétés et caractéristiques des enzymes

III- Nomenclature et Classification des enzymes
1- Nomenclature
2- Classification
3- Control de l’activité enzymatique

a- Contrôle de la disponibilité des enzymes

b- Contrôle de l’activité des enzymes
IV- Les effecteurs enzymatiques
1- Les inhibiteurs
2- Les activateurs:
3- Les effecteurs allostériques:
V- Les effecteurs de l’activité enzymatique
1- Influence du pH
2- Influence de la température
3- Les inhibiteurs :
4- Les activateurs :
5- Les effecteurs allostériques :
VI- Catalyse biologique: structure et mécanisme d’action des enzymes
VII- La cinétique enzymatique
1- Relation entre la vitesse de réaction et la concentration du substrat ou
de l’enzyme
2- Equation de Michaelis-Menten
3- Détermination expérimentale des valeurs de Vmax et de KM

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Introduction
L'énorme variété de réactions biochimiques que comprend la vie sont presque
tous médiatisés par une série de remarquables de catalyseurs biologiques connus
sous le nom d'enzymes. Bien que les enzymes soient soumis aux mêmes lois de
la nature qui régissent le comportement d'autres substances, ils diffèrent des
produits chimiques ordinaires catalyseurs à plusieurs égards importants :
1. Taux de réaction plus élevés : les taux de réaction enzymatiquement catalysées
sont typiquement des facteurs de 106 à 1012 plus grands que celles des réactions
non catalysées correspondantes et sont au moins plusieurs ordres de grandeur
supérieurs à ceux des réactions correspondantes chimiquement catalysées.
2. Conditions de réaction plus douces : Catalysée par voie enzymatique les
réactions se produisent dans des conditions relativement douces : températures en
dessous de 100°C, pression atmosphérique, et presque neutre pH. En revanche,
une catalyse chimique efficace souvent nécessite des températures et des
pressions élevées ainsi que des extrêmes du pH.
3. Plus grande spécificité de réaction : Les enzymes ont une plus grande
spécificité en respectant l'identité de leurs substrats (réactifs) et leurs produits que
ne font les catalyseurs chimiques; c'est-à-dire que les réactions enzymatiques ont
rarement produits secondaires.
4. Capacité de contrôle : Les activités catalytiques de nombreux les enzymes
varient en réponse aux concentrations des substances autres que leurs substrats et
produits. Les mécanismes de ces processus de contrôle comprennent le contrôle
allostérique, modification covalente des enzymes et variation de la quantité
d'enzymes synthétisées.

Historique de l’enzymologie
L'histoire dès le début de l'enzymologie, l'étude des enzymes, est largement celle
de la biochimie elle-même ; ces disciplines ont évolué ensemble à partir des
enquêtes du XIXe siècle sur la fermentation et digestion. La recherche sur la
fermentation est largement considérée comme ayant commencé en 1810 avec
Joseph Gay-Lussac déterminant que l'éthanol et le CO2 sont les principaux
produits de la décomposition du sucre par la levure. En 1835, Jacob Berzelius,
dans la première théorie générale de la catalyse chimique, a souligné qu'un extrait
de malt connu sous le nom de diastase (aujourd'hui connu pour contenir l'enzyme
-amylase) catalyse l'hydrolyse de l'amidon plus efficacement que fait de l'acide
sulfurique. Pourtant, malgré la capacité des acides minéraux pour imiter l'effet de
la diastase, c'était l'incapacité de se reproduire la plupart des autres réactions
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biochimiques en laboratoire qui conduisit Louis Pasteur, au milieu du XIXe
siècle, à proposent que les processus de fermentation ne puissent se produire dans
les cellules vivantes. Ainsi, comme il était courant à son époque, Pasteur supposé
que les systèmes vivants étaient dotés d'un force » qui leur a permis d'échapper
aux lois de la nature régissant matière inanimée

I- Définition
Les enzymes sont des catalyseurs biologiques qui accélèrent les réactions
métaboliques d'un organisme vivant.
Selon leur localisation in vivo, les enzymes peuvent être groupées en :
- Enzymes extracellulaires (ou exoenzymes) : elles sont synthétisées à l'intérieur
de la cellule, puis sécrétées dans l'espace extracellulaire.
- Enzymes intracellulaires : elles sont synthétisées et utilisées entièrement à
l'intérieur de la cellule où elles sont généralement liées à des particules
subcellulaires ou membranes intracellulaires rendant leur extraction plus difficile
II- Propriété des enzymes
2- Propriétés et caractéristiques des enzymes
➢ Agissent en très faible quantité : une molécule de catalase peut
hydrolyser 5 millions de molécules d’H2O2 en une minute dans des
conditions de pH et de température physiologiques
➢ Ne sont pas consommées au cours de la réaction: comme les catalyseurs
chimiques, elles se retrouvent intactes à la fin de la réaction.
➢ Sont spécifiques: Une enzyme transforme un substrat (S) donné
(spécificité de substrat) grâce à une réaction donnée (spécificité de
réaction).

III- Nomenclature et Classification des enzymes

6- Nomenclature :

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Les enzymes sont nommées en ajoutant le suffixe ase au nom du substrat sur
lequel elles agissent :
❖ Lipase: hydrolyse les graisses ;
❖ Amylase: hydrolyse l’amidon.
Les enzymes qui catalysent des réactions peuvent recevoir le nom de l’action
réalisée. Exemples : déshydrogénase, décarboxylase etc.
Actuellement, la nomenclature internationale comporte deux parties : nom du ou
des substrats et type de réaction catalysée + terminaison en « ase »
D Hexose + ATP → ADP + D Hexose 6 phosphate
Hexokinase

7- Classification
Les enzymes sont classées selon leur nom recommandé, leur nom systématique
et leur numéro de classement, qui est indicatif du type de réaction catalysée par
l'enzyme.

Classification Types de réactions catalysées

1- OXIDOREDUCTASE Réactions d’oxydo-réductions
2- Transférase Transfert du groupe fonctionnel
3- Hydrolases Réactions d’hydrolyse
4- Lyases Elimination de groupe pour former les
doubles liaisons
5- Isomérase Isomérisation
6- Ligase Formation de liaison couplée avec
hydrolyse D’ATP

8- Control de l’activité enzymatique

Un organisme doit pouvoir contrôler les activités catalytiques de ses enzymes
composantes afin qu'il puisse coordonner ses nombreux processus métaboliques,
répondre aux changements de son environnement, grandir et se différencier, le
tout de manière ordonnée. Cela peut se produire de deux manières :

a- Contrôle de la disponibilité des enzymes

Le montant d’une enzyme donnée dans une cellule dépend à la fois de son taux
de synthèse et son taux de dégradation. Chacun de ces taux est directement

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contrôlé par la cellule. Par exemple, E. coli cultivé en l'absence du disaccharide
lactose manquent des enzymes pour métaboliser ce sucre.
Quelques minutes après leur exposition au lactose, cependant, ces bactéries
commencent synthétiser les enzymes nécessaires à l'utilisation de ce nutriment.
De même, les différents tissus d'un niveau supérieur l'organisme contiennent
différents ensembles d'enzymes, bien que la plupart de ses cellules contiennent
des informations génétiques identiques
b- Contrôle de l’activité des enzymes
L'activité catalytique d'une enzyme peut être contrôlé directement par
conformation ou modifications structurelles. Le taux de réaction d'une catalyse
enzymatique est directement proportionnel à la concentration de son complexe
enzyme-substrat, qui, à son tour, varie avec les concentrations d'enzymes et de
substrats et avec les affinités de liaison substrat enzyme
IV- Les effecteurs de l’activité enzymatique
1- Influence du pH
Beaucoup d’enzymes ont un pH caractéristique pour lequel la vitesse de la
réaction catalysée est maximum, et souvent la vitesse diminue en deçà et au-delà
de cette valeur de pH. L’activité enzymatique dépend du pH et que cette
dépendance est spécifique à chaque enzyme.
Le pH optimum d’un enzyme n’est pas forcément identique au pH de son
environnement normal, ce qui indique que le pH local peut exercer une influence
régulatrice sur l’activité de l’enzyme. En outre, le pH optimum pour l’activité
enzymatique ne correspond pas nécessairement au pH auquel la protéine
enzymatique est la plus stable, et un effet des variations de pH peut être de
provoquer une dénaturation de la protéine enzymatique.

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 2- Influence de la température
Les effets de la température sur l’activité d’un enzyme sont complexes et peuvent
être considérés comme le résultat de l’action de deux forces agissant
simultanément mais dans des sens opposés. Quand la température augmente, la
vitesse de la réaction augmente (en raison de l’accroissement de l’énergie
cinétique des molécules), mais en même temps il y a une inactivation
(dénaturation) progressive de la protéine enzymatique. Cette dénaturation est
d’autant plus prononcée que la température augmente, de telle sorte que, comme
on le voit dans la figure ci-dessous, il existe une température optimale apparente.
La dénaturation thermique est fonction du temps, et, pour un enzyme,
l’expression « température optimale » n’a pas grand sens si la durée de
l’exposition à une température donnée n’est pas indiquée. La température à
laquelle la dénaturation devient un facteur important varie d’un enzyme à l’autre.
Généralement, la dénaturation est négligeable en dessous de 30°C et commence
à être appréciable au-delà de 40°C.

3- Les inhibiteurs :
Ils modifient la réaction enzymatique en l’activant ou en l’inhibant. On
distingue :
❖ Les inhibiteurs irréversibles : se fixent irréversiblement à l’enzyme et en
bloquent le fonctionnement.
❖ Les inhibiteurs réversibles
• Inhibiteurs compétitifs : Ce sont des composés qui présentent une
analogie structurale avec le substrat de l’enzyme et peuvent ainsi entrer en
compétition avec lui pour se fixer sur le site actif de l’enzyme. L’enzyme
peut donc se combiner soit au substrat, soit à l’inhibiteur. L’addition d’un
inhibiteur compétitif favorise la dissociation du complexe E-S en
diminuant l’affinité de l’E pour le S (Km est élevé).

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La courbe en présence d’un inhibiteur compétitif est une droite qui coupe la droite
obtenue en absence d’I à une concentration élevée de S (1 / [S] = 0).

• Inhibiteurs non compétitifs :

L’inhibiteur non compétitif se fixe soit sur l’enzyme, sur un site différent du site
actif sans compétition avec le substrat, soit sur le complexe E-S pour former un
complexe E-S-I, soit sur les deux. Ils ne vont pas empêcher la fixation du substrat
mais vont empêcher la réaction, ainsi, à un instant donné ils donnent l’impression
qu’il y a moins d’enzymes car toutes les enzymes qui ont fixé l’inhibiteur ne sont
pas actives. KM inchangé et Vmax diminuée.

La courbe en présence d’un inhibiteur non compétitif est une droite qui coupe
l’axe des abscisses au même point que la droite sans inhibiteur, donc le Km n’est
pas modifié.

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 4- Les activateurs :
Ils favorisent la réaction enzymatique.
5- Les effecteurs allostériques :
Ils peuvent être inhibiteurs ou activateurs. Au niveau d’une chaîne métabolique,
ils vont agir sur une enzyme régulatrice ou allostérique, en général la première de
la chaîne métabolique. L’effecteur métabolique est le dernier produit de cette
chaîne, il a une structure éloignée du substrat de l’enzyme et n’agit donc pas par
inhibition compétitive.
- Effet coopératif - Cinétique sigmoïde de la réaction.
Le substrat allostérique permet la transition allostérique (passage de l’état tendu
inactif à l’état relâché actif ou état catalytique et inversement).
V- Catalyse biologique: structure et mécanisme d’action des enzymes
L’un des caractères les plus évidents de l’action catalytique des enzymes est son
extrême spécificité qui est double. Chaque enzyme ne catalyse qu’un seul type de
réaction, par exemple une hydrolyse ou le transfert d’un certain groupe d’atomes.
De plus, chaque enzyme agit exclusivement sur un seul substrat ou sur une classe
de composés possédant en commun certains éléments bien définis d’architecture
moléculaire. Cette spécificité d’action des enzymes résulte de la propriété de
reconnaissance discriminative stéréospécifique d’autres molécules que possède
toute protéine globulaire. Ainsi, tels des démons de Maxwell, les enzymes sont
capables de reconnaître les molécules avec une extrême précision. Cette fonction
cognitive est le fondement du pouvoir catalytique et de la création d’un ordre
biologique. La spécificité d’action des enzymes permet de les dénommer et de les
classer selon les réactions qu’ils catalysent. Quelques enzymes ont reçu un nom
commun tel que trypsine, chymotrypsine ou papaïne qui est encore utilisé.
Cependant, la plupart des enzymes sont désignés en ajoutant le suffixe « ase » au
nom du substrat sur lequel ils agissent : ATPase, DNase, ou à un terme décrivant
la réaction catalysée, comme : glucose 6-phosphate déshydrogénase, pyruvate
carboxylase. Les enzymes sont répartis selon le type de réaction qu’ils catalysent
en six classes, elles-mêmes subdivisées en sous-classes permettant de mieux
définir la fonction de chaque enzyme :
1. Les oxydoréductases catalysent les réactions d’oxydo-réduction. La plupart de
ces enzymes sont connus sous le nom de déshydrogénases, mais certains d’entre
eux sont appelés oxydases, peroxydases, oxygénases ou réductases.
2. Les transférases catalysent les réactions de transfert de groupes moléculaires
d’une molécule à une autre. Cette classe inclut les kinases.
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3. Les hydrolases catalysent les clivages hydrolytiques.
4. Les lyases catalysent les réactions d’élimination d’un substrat, non
hydrolytique et non oxydative, ou lyse, avec création d’une double liaison. Dans
le sens inverse, les lyases catalysent l’addition d’un substrat à une double liaison
d’un second substrat ; une lyase qui catalyse une réaction d’addition dans les
cellules est souvent appelée synthase.
5. Les isomérases catalysent les réactions d’isomérisation ou les réarrangements
intramoléculaires.
6. Les ligases catalysent les réactions de ligation au cours desquelles deux
molécules sont unies. Ces réactions nécessitent un apport d’énergie chimique, le
plus souvent sous forme d’ATP. Les ligases sont aussi dénommées synthétases.
Chaque enzyme a un numéro de code qui permet d’identifier la classe et les sous-
classes auxquelles il appartient.
Le mécanisme d’action des enzymes a été initialement mis en évidence par une
approche phénoménologique fondée sur l’analyse des résultats de la cinétique des
réactions enzymatiques. Une réaction enzymatique comporte deux étapes.
La première consiste en la formation d’un complexe stéréospécifique entre
l’enzyme et son substrat. Ce complexe a deux fonctions : le choix exclusif du
substrat, déterminé par la structure stérique de ce dernier, et la présentation du
substrat selon une orientation précise par rapport à l’enzyme.
La seconde est l’activation catalytique de la réaction au sein du complexe. Cette
réaction est orientée et spécifiée par la structure du complexe et conduit à la
transformation du substrat en produit.

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 VI- La cinétique enzymatique
Les expériences de cinétique enzymatique donnent des relations entre la vitesse
de réaction V, c’est-à-dire la quantité de substrat S disparu ou la quantité de
produit P formé par unité de temps au cours d’une réaction :
V = – D[S]/Dt = D[P]/Dt, et les conditions expérimentales dans lesquelles se
déroule cette réaction, c’est-à-dire la concentration du ou des substrats [S1], [S2],
la concentration de l’enzyme [E], la température T, le pH et la concentration des
effecteurs de la réaction. Au cours d’une expérience de cinétique enzymatique,
on mesure habituellement les variations de V en fonction d’un seul de ces
paramètres, tous les autres demeurant fixes (Figure A).

Figure A : les variations de V en fonction d’un seul de ces paramètres

1- Relation entre la vitesse de réaction et la concentration du substrat ou

de l’enzyme
Les relations entre la vitesse de réaction V0 et la concentration de substrat [S] ou
d’enzyme [E] sont aisément établies dans le cas d’une réaction mettant en jeu un
seul substrat S qui se transforme en un seul produit P : S → P, dans des conditions
expérimentales où la température T et la concentration des effecteurs permettent
une activité élevée de l’enzyme sans dénaturation de ce dernier. Pour une
concentration constante d’enzyme [E], la concentration du produit [P] peut être
mesurée en fonction du temps t pour des valeurs croissantes de la concentration
du substrat [S]. Les résultats sont portés sur des courbes à partir de chacune
desquelles on détermine V0 (Figure B).
La représentation de V0 en fonction de [S] a une allure hyperbolique et tend
asymptotiquement vers une limite dite vitesse maximale Vmax atteinte pour une
valeur de [S] dite saturante (voir figure C). Ce phénomène de saturation est un

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caractère essentiel des réactions enzymatiques ; les réactions non catalysées par
un enzyme ne présentent pas ce phénomène.

Figure B : Courbe représentant la concentration Figure C : Représentation de V0 en fonction de [S]

du produit [P] en fonction du temps t pour des
valeurs croissantes de la concentration du
substrat [S].

A [S] saturante, [P] peut être mesurée en fonction du temps t pour des [E]
croissantes (Figure D). Les résultats sont, là aussi, portés sur des courbes à partir
desquelles on détermine V0. Plus forte est [E], plus rapide est la réaction et V0
apparaît alors comme directement proportionnelle à [E] (Figure E). Cette relation
linéaire entre V0 et [E] permet de doser l’enzyme d’après son activité. L’unité est
définie comme la quantité d’enzyme qui, dans des conditions expérimentales
déterminées, donne une mole de produit par unité de temps.

Figure D : Concentration du produit [P] en Figure E : Représentation de Vmax en fonction de

fonction du temps t la Concentration de l’enzyme [E]

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L’analyse des propriétés cinétiques de nombre d’enzymes a conduit à l’équation
de Michaelis-Menten (voir Figure C ci-dessus) qui relie V0 à [S] et aux
constantes de vitesse des étapes individuelles; en effet, KM, qui est une constante
caractéristique de l’enzyme dite constante de Michaelis, est définie par le rapport
(k–1 + kcat)/k1. Remarquez que KM, correspond à la concentration de substrat
pour laquelle la vitesse atteint la moitié de la vitesse maximale. La cinétique de
la plupart des enzymes obéit de façon satisfaisante à cette loi; il y a cependant des
exceptions.
2- Equation de Michaelis-Menten
Dans la phase initiale d’une réaction enzymatique S → P, où la réaction inverse
P → S est négligeable, la formation catalytique de P avec régénération de E est
une simple réaction du premier ordre où V0 est à chaque instant proportionnelle
à [ES] :

A priori, on ignore la valeur de la constante k cat, ainsi que celle de [ES]. On est
donc conduit à établir une expression de la vitesse en fonction de [S] où
n’apparaissent ni kcat, ni [ES]. Pour y parvenir, on considère que V0 est une
fraction de Vmax et on s’appuie sur les considérations ci-après :
▪ à la concentration saturante de substrat, V0 = Vmax ; de plus, tout l’enzyme
est complexé et donc [ES] = [ET] si on désigne par [ET] la concentration
de l’enzyme total ; par substitution dans l’équation précédente, on a :

▪ à une concentration quelconque de substrat, V0, exprimée comme une

fraction de Vmax, est proportionnelle à la fraction d’enzyme complexé par
le substrat :

Il faut alors trouver une expression de la fraction [ES]/[ET] en fonction des

constantes d’association et de dissociation de ES. Ce dernier est continuellement
formé par le processus k1 et détruit par les processus k-1 et kcat. La vitesse
d’accumulation de ES est donc égale à la différence entre sa vitesse de formation
k1[EL][S] et sa vitesse de destruction (k-1 + kcat) [ES]. Donc :

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Dans la phase initiale de la réaction, V0 est constante, ce qui signifie que la
réaction est dans un état stationnaire où [ES] est stable, sa destruction équilibrant
sa formation et que donc d[ES]/dt = 0. Ainsi, k1[EL][S] = (k-1 + kcat)[ES]. Dans
ces conditions :

Où KM, est une constante dite constante de Michaelis. L’enzyme étant conservé
au cours de la réaction, [EL] = [ET] – [ES]. En substituant cette valeur de [EL]
dans l’équation précédente, on arrive à :

Par substitution de la valeur de [ET]/[ES] tirée de l’équation de vitesse, on a :

Cette équation, dite de Michaelis-Menten, exprime la vitesse de réaction V0 en

fonction de la concentration du substrat [S] selon une relation hyperbolique où
figurent deux constantes, la vitesse (Vmax) et la constante de Michaelis (KM).
Lorsque [S] = KM, V0 = Vmax/2, ce qui montre que la constante de Michaelis KM
correspond à la concentration de substrat pour laquelle la vitesse atteint la moitié
de la vitesse maximale.
3- Détermination expérimentale des valeurs de Vmax et de KM
D’après l’équation de Michaelis-Menten, Vmax et KM apparaissent comme deux
constantes caractéristiques d’un système enzymatique. Leur valeur peut être
déterminée par mesure des vitesses initiales pour une série de concentrations de
substrat, à concentration fixe d’enzyme. Pour obtenir des valeurs précises, les
concentrations de substrat doivent être largement étalées de part et d’autre de KM
afin de donner une hyperbole. Actuellement, des logiciels permettent d’analyser
par ordinateur les résultats expérimentaux, de construire l’hyperbole et d’en tirer
la valeur des constantes Vmax et KM. Cette dernière peut être déterminée par des
méthodes graphiques à partir de transformations de l’équation de Michaelis-
Menten qui conduisent à des relations linéaires. Les plus couramment utilisées
sont celles de Lineweaver-Burk et de Eadie-Hofstee. En prenant la réciproque
des deux membres de l’équation de Michaelis-Menten, on arrive à :

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Dans cette relation, dite de Lineweaver-Burk, 1/V0 est linéaire en 1/[S] (Figure
F). L’intersection de la droite représentative avec l’abscisse détermine -1/KM et
son intersection avec l’ordonnée 1/Vmax. Une autre transformation de l’équation
de Michaelis-Menten est celle de Eadie-Hofstee qui donne V0 en fonction de
V0/[S] (Figure G) ; elle est l’équivalent d’une courbe de Scatchard

Figure F : Représentation Lineweaver-Burk Figure F : Représentation Eadie-Hofstee

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