Thèse Sur Le Soja

REPUBLIQUE DE CÔTE D’IVOIRE
Union-Discipline-Travail
Ministère de l’Enseignement Supérieur et

de la Recherche Scientifique
UFR AGROFORESTERIE
ANNEE : 2019-2020
THESE DE DOCTORAT
N° D’ORDRE : 022
Mention : Agriculture et Foresterie Tropicale
Spécialité : Microbiologie des sols
CANDIDAT Isolement et sélection des rhizobia indigènes
Nom : AMANI nodulant le soja (Glycine max L. Merrill) dans le

Prénom : Kouadio Centre-Ouest de la Côte d'Ivoire : Evaluation de leurs
performances symbiotique et agronomique
JURY
Président : Mme TIDOU Abiba Sanogo épouse KONE, Professeur

Titulaire, Université Jean Lorougnon Guédé
Co-Directeurs : M. KONATE Ibrahim, Maître de Conférences, Université

Jean Lorougnon Guédé
M. FONDIO Lassina, Maître de Recherche, Centre
National de Recherche Agronomique
Rapporteur : M. PENE Bi Crépin, Directeur de Recherches, SUCAF-CI

Soutenue publiquement Examinateurs : M. KOFFI N’Goran Mathurin, Maître de Conférences,
le : 05 Octobre 2020 Université Jean Lorougnon Guédé
M. KOUAME Christophe, Maître de Recherche, Centre

International pour la Recherche en Agroforesterie
TABLE DES MATIERES
DEDICACES .............................................................................................................................. viii
REMERCIEMENTS ................................................................................................................... ix
LISTE DES SIGLES ET ABREVIATIONS ............................................................................ xii
LISTE DES TABLEAUX .......................................................................................................... xiv
LISTE DES FIGURES ............................................................................................................. xvii
LISTE DES ANNEXES ........................................................................................................... xviii
INTRODUCTION GENERALE ................................................................................................. 1
Première partie : GENERALITES
1. Généralités sur le soja ........................................................................................................... 5
1.1. Description botanique .................................................................................................... 5
1.2. Taxonomie ....................................................................................................................... 6
1.3. Ecologie ............................................................................................................................ 8
1.4. Origine et expansion de la culture................................................................................. 9
1.5. Production ..................................................................................................................... 10
1.6. Importance .................................................................................................................... 11
1.6.1. Importance nutritionnelle ......................................................................................... 11
1.6.2. Importance sanitaire et thérapeutique ...................................................................... 12
1.6.3. Importance agronomique et écologique ................................................................... 13
2. Rhizobium ............................................................................................................................ 13
2.1. Définition ....................................................................................................................... 13
2.2. Historique et taxonomie ............................................................................................... 14
2.3. Diversité des rhizobia nodulant le soja ....................................................................... 15
3. Etablissement de la symbiose ............................................................................................. 16
3.1. Conditions pour l’établissement de la symbiose ........................................................ 16
i
3.2. Différentes étapes de la fixation symbiotique............................................................. 17
3.2.1. Pré-infection ............................................................................................................. 18
3.2.2. Infection ................................................................................................................... 18
3.2.3. Développement du nodule ....................................................................................... 19
4. Contribution de la symbiose légumineuse-rhizobia dans la disponibilité de l’azote pour

la plante .................................................................................................................................... 19
4.1. Place de l’azote dans la nutrition de la plante............................................................ 19
4.2. Cas particulier de la symbiose légumineuse-rhizobium............................................ 20
4.2.1. Intérêt de la symbiose légumineuse-rhizobium dans la biodisponibilité de l’azote 20
4.2.2. Spécificité de l’hôte ................................................................................................. 21
5. Facteurs limitant la fixation biologique de l’azote ........................................................... 22
5.1. Facteurs environnementaux ........................................................................................ 22
5.1.1. Salinité ..................................................................................................................... 22
5.1.2. Température ............................................................................................................. 23
5.1.3. pH............................................................................................................................. 24
5.2. Facteurs anthropiques .................................................................................................. 24
5.2.1. Métaux lourds .......................................................................................................... 24
5.2.2. Pesticides.................................................................................................................. 25
6. Autres éléments majeurs limitant la croissance des plantes ........................................... 26
6.1. Phosphore ...................................................................................................................... 26
6.2. Potassium....................................................................................................................... 27
Deuxième partie : MATERIEL ET METHODES
1. Zone d’étude ........................................................................................................................ 29
1.1. Situation géographique ................................................................................................ 29
1.1.1. Département de Daloa.............................................................................................. 30
ii
1.1.2. Département de Divo ............................................................................................... 30
1.2. Sols, climat et végétation .............................................................................................. 31
1.3. Activités agricoles ......................................................................................................... 32
1.4. Justification du choix de la zone d’étude .................................................................... 32
2. Matériel ................................................................................................................................ 34
2.1. Matériel biologique ....................................................................................................... 34
2.1.1. Matériel végétal ....................................................................................................... 34
2.1.2. Matériel bactérien .................................................................................................... 34
2.2. Matériel technique ........................................................................................................ 34
3. Méthodes .............................................................................................................................. 36
3.1. Constitution d’une collection de rhizobia indigènes nodulant le soja...................... 36
3.1.1. Collecte des échantillons de sols.............................................................................. 36
3.1.2. Piégeage des bactéries nodulant le soja ................................................................... 37
3.1.3. Collecte et conservation des nodules ....................................................................... 37
3.1.4. Isolement des rhizobia ............................................................................................. 38
3.1.5. Purification, conservation et nomenclature des isolats bactériens ........................... 38
3.1.6. Caractérisation biochimique et physiologique des isolats ....................................... 39
3.1.6.1. Coloration de Gram ........................................................................................... 39
3.1.6.2. Vitesse de croissance ......................................................................................... 39
3.1.7. Authentification des isolats et évaluation préliminaire de leur efficacité symbiotique

............................................................................................................................................ 40
iii
3.1.7.1. Préparation du substrat ...................................................................................... 40
3.1.7.2. Stérilisation des graines ..................................................................................... 41
3.1.7.3. Préparation des inocula et inoculation des plantules ......................................... 41
3.2. Evaluation du spectre d’hôtes et présélection des isolats.......................................... 41
3.2.1. Evaluation du spectre d’hôtes de chaque isolat bactérien ........................................ 41
3.2.2. Evaluation des activités solubilisatrices du phosphate et du potassium par les isolats
............................................................................................................................................ 42
3.2.2.1. Solubilisation du phosphate .............................................................................. 42
3.2.2.2. Solubilisation du potassium .............................................................................. 43
3.3. Evaluation in vitro des facteurs environnementaux et anthropiques sur la

croissance des isolats bactériens ......................................................................................... 43
3.3.1. Effet des facteurs environnementaux sur la croissance des isolats bactériens......... 43
3.3.1.1. Tolérance aux variations de pH ......................................................................... 43
3.3.1.2. Tolérance à la température ................................................................................ 44
3.3.1.3. Tolérance à la salinité........................................................................................ 44
3.3.2. Effet des facteurs anthropiques sur la croissance des isolats bactériens .................. 44
3.3.2.1. Effet des métaux lourds ..................................................................................... 44
3.3.2.2. Effet des Pesticides............................................................................................ 45
3.4. Evaluation au champ de l’efficacité symbiotique et agronomique des isolats

présélectionnés ..................................................................................................................... 45
3.4.1. Dispositif expérimental ............................................................................................ 45
3.4.2. Inoculation et semis des graines de soja .................................................................. 47
3.4.3. Observations et mesures .......................................................................................... 49
3.4.3.1. Détermination de l’incidence des isolats sur la nodulation et les paramètres

végétatifs du soja ............................................................................................................ 49
iv
3.4.3.2. Détremination de l’incidence des isolats sur la production et le rendement en
gousses et en graines du soja .......................................................................................... 50
3.4.4. Evaluation de l’effet post récolte du soja inoculé sur la qualité du sol ............. 50
3.5. Analyses statistiques des données................................................................................ 51
Troisième partie : RESULTATS ET DISCUSSION
1. Résultats ............................................................................................................................... 52
1.1. Collection de rhizobia indigènes nodulant le soja...................................................... 52
1.1.1. Influence de l’origine du sol et du précédent cultural sur la nodulation .................. 52
1.1.2. Caractéristiques morphologiques et biochimiques des isolats bactériens................ 53
1.1.3. Isolats bactériens du soja authentifiés ...................................................................... 56
1.1.4. Evaluation du spectre d’hôtes de soja des isolats authentifiés ................................. 59
1.1.4.1. Capacité d’induction de nodosités sur différents cultivars de soja ................... 59
1.1.4.2. Efficacité symbiotique des isolats locaux du soja ............................................. 62
1.1.4.3. Corrélation entre le nombre de nodules et la biomasse sèche produite ............ 66
1.1.5. Capacité des isolats présélectionnés à solubiliser in vitro le phosphate tricalcique et

le potassium ....................................................................................................................... 68
1.1.6. Impact des facteurs environnementaux et anthropiques sur la viabilité des rhizobia
locaux nodulant le soja in vitro. ......................................................................................... 70
1.1.6.1. Effet du pH sur la survie des rhizobia locaux ................................................... 70
1.1.6.2. Effet de la température sur la croissance des rhizobia locaux........................... 72
1.1.6.3. Effet du sel sur la croissance des rhizobia indigènes ........................................ 73
1.1.6.4. Effet des métaux lourds sur la croissance des rhizobia indigènes..................... 74
1.1.6.5. Effet des pesticides sur la croissance des bactéries nodulant le soja ................ 77
1.2. Sélection des rhizobia locaux performants, compétitifs et capables de booster la

productivité du soja ............................................................................................................. 80
v
1.2.1. Effet des rhizobia locaux sur nodulation de différents cultivars de soja en condition
paysanne ............................................................................................................................. 80
1.2.1.1. Cultivar Canarana .............................................................................................. 80
1.2.1.2. Cultivar Doko .................................................................................................... 82
1.2.1.3. Cultivar Piramama............................................................................................. 84
1.2.2. Effet des rhizobia locaux sur la croissance et le developpement du soja ................ 87
1.2.2.1. Effet des rhizobia locaux sur la hauteur des plantules du soja en début de
floraison .......................................................................................................................... 87
1.2.2.2. Effet des rhizobia locaux sur la biomasse fraiche du soja................................. 90
1.2.2.3. Effet des rhizobia locaux sur la biomasse sèche du soja en début de floraison 94
1.2.2.4. Effet des rhizobia locaux sur le délai de floraison du soja ................................ 98
1.2.2.5. Effet des rhizobia locaux sur la vigueur des plants et la coloration des feuilles 99
1.2.2.6. Effet des rhizobia locaux sur le niveau d’insertion des premières gousses .... 100
1.2.2.7. Effet des rhizobia locaux sur le délai de maturité des gousses ....................... 103
1.2.3. Effet des rhizobia locaux sur le nombre et le poids des gousses des cultivars de soja
.......................................................................................................................................... 104
1.2.3.1. Cultivar Canarana ............................................................................................ 104
1.2.3.2. Cultivar Doko .................................................................................................. 107
1.2.3.3. Cultivar Piramama........................................................................................... 109
1.2.4. Effet des rhizobia locaux sur le poids de 100 graines et le rendement en graines des
cultivars de soja................................................................................................................ 111
1.2.4.1. Cultivar Canarana ............................................................................................ 111
1.2.4.2. Cultivar Doko .................................................................................................. 114
1.2.4.3. Cultivar Piramama........................................................................................... 116
1.3. Evaluation de l’arrière effet des rhizobia locaux inoculés au soja sur la qualité des
sols ....................................................................................................................................... 118
vi
1.3.1. Caractéristiques physiques et chimiques des sols des sites d’expérimentation ..... 118
1.3.2. Arrière effet des rhizobia locaux inoculés au soja sur la qualité des sols .............. 119
2. Discussion ........................................................................................................................... 124
2.1. Isolats locaux de soja (Glycine max) collectés .......................................................... 124
2.2. Efficacité symbiotique et agronomique des isolats collectés ................................... 133
2.3. Arrière effet des rhizobia inoculés au soja sur la qualité du sol............................. 138
CONCLUSION GENERALE ET PERSPECTIVES ............................................................ 140
REFERENCES .......................................................................................................................... 144
ANNEXES ................................................................................................................................. 167
vii
DEDICACES
Ce travail de thèse n’aurait pas connu d’aboutissement sans la confiance, l’amour et le soutien
de ma famille à qui je le dédie. Il s’agit notamment de :
mon père YEBOUE Amani et ma mère KOFFI Ahou Amélie pour avoir cru en moi ;
mes frères Armand et Maxime AMANI ;
mon ainée YEBOUE Roséline ;
mes sœurs Anne Marie, Yolande, Adéline, Nadine, Nicole et Natacha AMANI ;
ma fiancée N’GUESSAN Béatrice pour sa patience ;
mes deux adorables garçons Fréjus et Yacimien AMANI.
Je dédie aussi cette thèse à Feu KOUASSI Kouakou Silvain qui a pris une part active à sa
réalisation. Que son âme repose en paix.
viii
REMERCIEMENTS
La réalisation de ce travail a été la résultante des efforts conjugués de plusieurs personnes

morales et physiques. C’est pourquoi, voudrais-je à travers cette lucarne leur dire merci.
Cette thèse de l’Université Jean Lorougnon Guédé (UJLoG) ayant été réalisée en cotutelle avec le
Centre National de Recherche Agronomique (CNRA), mes premiers mots de remerciements sont
adressés aux premiers responsables de ces deux structures à savoir :
- Mme TIDOU Abiba Sanogo épouse KONE, Professeur Titulaire, Présidente de

l’Université Jean Lorougnon Guédé de Daloa, pour avoir autorisé l’exécution de ce travail et pour
l’honneur qu’elle me fait en présidant le jury chargé de l’évaluer.
- M. YTE Wongbé, Directeur de Recherches, Directeur du Centre National de Recherche
Agronomique pour avoir permis que sa structure soit partie prenante de cette thèse.
Mes remerciements vont aussi à l’endroit de :
- M. KONE Tidiani, Professeur Titulaire, Vice-Président de l’Université Jean Lorougnon

Guédé, Chargé de la Pédagogie, de la Vie universitaire, de la Recherche et de l’Innovation pour
avoir été toujours attentifs à nos préoccupations.
- M. AKAFFOU Doffou Sélastique, Maître de Conférences, Vice-Président de l’Université

Jean Lorougnon Guédé, Chargé de la Programmation, de la Planification et des Relations
Extérieures pour ses encouragements et l’intérêt qu’il a porté à ce travail.
- Mme TONESSIA Dolou Charlotte, Maître de Conférences, Directrice de l’UFR

Agroforesterie de l’Université Jean Lorougnon Guédé et M. BEUGRE Avit Grah Maxwell,
Maître de Conférences, Directeur du Laboratoire d’Agrovalorisation, pour leurs disponibilités
chaque fois que j’ai eu à les solliciter pour des questions administratives.
- M. Zoumana COULIBALY, Zootechnicien, Directeur Régional du Centre National de

Recherche Agronomique de Bouaké pour m’avoir reçu dans sa structure.
- M. KOUAKOU Amani Michel, Maître de Recherche, Directeur de la Station de

Recherche sur les Cultures Vivrières et Maraichères du Centre National de Recherche
Agronomique de Bouaké de m’avoir accueilli dans sa station.
ix
Je voudrais exprimer toute ma gratitude à M. N’GBESSO Mako François De Paul, Maître de
Recherche, Chef du programme Cultures Maraichères et Protéagineuses du Centre National de
Recherche Agronomique de Bouaké pour son implication personnelle et les moyens qu’il a mis à
ma disposition pour la réalisation de ce travail.
Ce mémoire n’aurait pu être effectif sans le soutien moral, matériel et la disponibilité de deux
personnes de bonnes volontés :
- M. KONATE Ibrahim, Maître de Conférences à l’Université Jean Lorougnon Guédé, est
co-Directeur de cette thèse. Je voudrais vous dire merci pour tous les efforts et sacrifices
inestimables que vous avez consentis pour la réalisation de ces travaux. Les qualités humaines
exceptionnelles que vous m’avez toujours témoignées depuis ma Licence où vous m’avez fait
découvrir le « monde merveilleux des microorganismes » m’ont été très bénéfiques. Les mots ne
sont certainement pas assez forts pour vous exprimer ma gratitude et ma reconnaissance mais
sachez que vous avez semé dans de la « terre fertile ».
- M. FONDIO Lassina, Maître de Recherche, Directeur Régional du Centre National de
Recherche Agronomique de Korhogo est co-Directeur de ce travail. Merci pour votre générosité,
votre promptitude et votre engagement personnel pour la réalisation des travaux. Nos moments
de travail ont été certes courts mais très enrichissants. Merci pour vos encouragements
indéfectibles et pour vos « coups d’œil de chercheur » qui m’ont permis de recadrer ce travail.
Je voudrais en toute modestie remercier M. PENE Bi Crépin, Directeur de Recherches à SUCAF-
CI qui me fait l’honneur d’être le rapporteur de cette thèse. Mes remerciements vont aussi à
l’endroit de M. KOFFI N’Goran Mathurin, Maître de conférences à l’Université Jean Lorougnon
Guédé et M. KOUAME Christophe, Maître de Recherche au Centre International de Recherche
en Agroforesterie (ICRAF) pour avoir accepté d’examiner ce mémoire.
Mes remerciements vont aussi à l’endroit de M. FILALI-MALTOUF Abdelkarim, Professeur
Titulaire, Directeur du laboratoire de Microbiologie et Biologie Moléculaire de l’Université
Mohamed V de Rabat (Maroc) pour ses conseils avisés et sa contribution à la réalisation de ce
travail.
Je ne saurai oublier M. KOUAME Kouamé Victor, Maître-Assistant, Directeur de la scolarité
centrale de l’Université Jean Lorougnon Guédé, M. N’DRI Olivier, Pharmacien, Directeur
Départemental de la santé à Sinfra et M. N’DRI Sylvain, Enseignant de Philosophie au Lycée
Antoine GAUZE de Daloa pour tout le soutien à mon égard et pour l’ambiance fraternelle qu’ils
x
ont créés autour de moi. J’espère que vous serez fiers du travail ainsi réalisé par votre jeune frère
que je suis.
Je tiens à remercier M. COULIBALY Noupé, Attaché de Recherche au CNRA pour tout son
soutien.
J’ai eu la chance de côtoyer d’autres personnes très avisées qui n’ont cessé de m’encourager et de
me prodiguer de sages conseils. Ainsi, je voudrais remercier :
- M. KOKO Anoma Casimir, M. ZRO Bi Gauhi Ferdinand, M. KOUAME Kan Benjamin,
M. SORO Dogniméton et M. AYOLIE Koutoua, tous Maîtres de conférences à l’UJLoG pour
leur soutien moral et conseils avisés ;
- les enseignants-Chercheurs du Département Biochimie-Microbiologie qui m’ont adopté.
Un merci particulier à M. KOUASSI Clément, M. KRA Athanase, M. VOKO Bi Rosin et M.
OUATTARA Abou, tous Maître-Assistants ;
- les membres de l’Unité de Recherche en Génétique et Epidémiologie Moléculaire
(URGEM) pour la très bonne ambiance qui a prévalu pendant notre période de travail. Je suis très
reconnaissant à M. AHOUTY Bernadin, M. SIMARO Siriki et M. N’DJETCHI Martial, tous
Docteurs en Génétique et Epidémiologie moléculaire, à M. KONAN Thomas et M. ABE Allepo
Innocent ;
- M. N’GUETTIA Jérémie et M. KANATE Zoumana, techniciens supérieurs au CNRA de
Bouaké, pour l’assistance technique qu’ils m’ont apportée lors de la réalisation de ce travail ;
- Mes compagnons de paillasse, GUEI Raïssa et OUATTARA Adama pour la convivialité
qui a reigné entre nous.
Ce travail n’aurait pas été possible sans l’aide précieuse de certaines personnes qui m’ont donné
de « bons coups de mains ». Je les remercie également du fond du cœur. Il s’agit notamment de
KONAN Arsène, ATSE Marie Paule, KONAN Cédric, KOFFI Jean Mathias, KOUAKOU
Eugène, ASSOH Bernadette, KOUADIO Didier Marius, KOUAKOU Bertrand, KOFFI Jean
Olivier, YAO Nicole, KOUADIO Gédéon, BLEHOU Clotaire, KONAN Bertin, OUATTARA
Gaoussou et KOFFI Souares.
Je ne pu terminer mon propos sans remercier très chaleureusement KOUADIO Marius, DEKAO
Henri Joël, N’DRI Prisca, YOBOUE Gaétan, KONAN Bozador, KOFFI Jonas, SOUANGA
Albert, KOFFI Olivier, KOUASSI Eli, KOUASSI Frédéric, KOUAME Dorcas et YAO
Michaelle, pour leur sincère amitié.
xi
LISTE DES SIGLES ET ABREVIATIONS
av. J.C : Avant Jésus Christ
Chlor : Chlorpyrifos-éthyl
CMP : Cultures Maraîchères et Protéagineuses
CNRA : Centre National de Recherche Agronomique
CNUCED : Conférence des Nations Unies sur le Commerce et le Développement
Cyp : Cyperméthrine
ETM : Eléments Traces Métalliques
FAO : Food and Agriculture Organization of the United Nations
GPS : Global Positioning System
IITA : International Institute for Tropical Agriculture
INP-HB : Institut National Polytechnique Felix Houphouët-Boigny de

Yamoussoukro
INS : Institut National de la Statistique
IRAT : Institut de Recherche d’Agronomie Tropicale
ISK : Indice de Solubilisation du Potassium
ISP : Indice de Solubilisation du Phosphate tricalcique
LCA : Lambdacyhalotrine+Acétamipride
LSTM : Laboratoire des Symbioses Tropicales de Montpellier
MINAGRI : Ministère de l’Agriculture
MIPD : Ministère du Plan et du Développement
MT : Millions de Tonnes
PIB : Produit Intérieur Brut
PRICI : Projet de renaissance des infrastructures et de gestion urbaine en Côte

d’Ivoire
xii
PTC : Phosphate tricalcique
PVK : Pikovskaya
RDC : République Démocratique du Congo
RGPH : Recensement Général de la Population et de l’Habitat
RLNS : Rhizobia Locaux Nodulant le Soja
RSC : Rhizobia isolé du Soja en Côte d’Ivoire
SRCVM : Station de Recherche sur les Cultures Vivrières et Maraichères
UJLoG : Université Jean Lorougnon Guédé
UPIL : Unité de Production d’Inoculum de Légumineuses
WWF : World Wide Fund For nature anciennement World Wildlife Fund
YEMA : Yeast Extract Mannitol solide
xiii
LISTE DES TABLEAUX
Tableau I : Principaux pays africains producteurs de soja ............................................................. 11
Tableau II : Teneurs en protéines du soja et d’aliments de consommation courante ..................... 12
Tableau III : Espèces bactériennes nodulant le soja. ...................................................................... 16
Tableau IV : Différents sites d’échantillonnage et leurs antécédents culturaux. ........................... 36
Tableau V: Différents métaux lourds et leurs concentrations testés .............................................. 45
Tableau VI : Caractéristiques morphologiques, physiologiques et biochimiques des isolats
bactériens locaux du soja sur le milieu YEM. ................................................................................ 54
Tableau VII : Liste des isolats locaux authentiques du soja en fonction des variétés .................... 58
Tableau VIII : Nombre de nodules induits par 16 rhizobia indigènes sur différents cultivars de
soja ................................................................................................................................................. 60
Tableau IX : Impact des rhizobia indigènes et de la souche introduite de Bradyrhizobium
japonicum sur le poids sec des nodules des différents cultivars de soja ........................................ 62
Tableau X : Impact des rhizobia et du nitrate de potassium sur la biomasse sèche de cinq cultivars
de soja sur substrat stérile............................................................................................................... 64
Tableau XI : Effet du pH sur la croissance des rhizobia indigènes nodulant le soja ..................... 71
Tableau XII : Effet de la température sur la viabilité des rhizobia locaux nodulant le soja .......... 73
Tableau XIII : Effet du NaCl sur la croissance des rhizobia indigènes isolés du soja in vitro ...... 74
Tableau XIV : Impact des métaux lourds sur la survie des rhizobia indigènes du soja ................. 76
Tableau XV : Effet des pesticides (herbicides, insecticides et fongicides) sur la survie des
bactéries indigènes du soja in vitro. ............................................................................................... 79
Tableau XVI : Effet des rhizobia locaux, de la souche introduite et de l’engrais NPK 12 22 22 sur
la hauteur des plantules du cultivar Canarana à Daloa, Divo et Hiré ............................................. 88
Tableau XVII : Effet des rhizobia locaux, de la souche introduite et de l’engrais de synthèse NPK
12 22 22 sur la hauteur des plantules du cultivar Doko à Daloa, Divo et Hiré .............................. 89
Tableau XVIII : Effet des rhizobia locaux, de la souche introduite et de l’engrais de synthèse
NPK 12 22 22 sur la hauteur des plantules du cultivar Piramama à Daloa, Divo et Hiré .............. 90
Tableau XIX : Effet des rhizobia locaux, de la souche introduite et de l’engrais de synthèse NPK
12 22 22 sur la biomasse fraiche du cultivar Canarana à Daloa, Divo et Hiré .............................. 91
Tableau XX : Effet des rhizobia locaux, de la souche introduite et de l’engrais de synthèse NPK
12 22 22 sur la biomasse fraiche du cultivar Doko à Daloa, Divo et Hiré ..................................... 93
xiv
Tableau XXI : Effet des rhizobia locaux, de la souche introduite et de l’engrais de synthèse NPK
12 22 22 sur la biomasse fraiche du cultivar Piramama à Daloa, Divo et Hiré ............................. 94
Tableau XXII : Effet es rhizobia locaux, de la souche introduite et de l’engrais de synthèse NPK
12 22 22 sur la biomasse sèche du cultivar Canarana à Daloa, Divo et Hiré ................................. 95
Tableau XXIII : Effet des rhizobia locaux, de la souche introduite et de l’engrais de synthèse
NPK 12 22 22 sur la biomasse sèche du cultivar Doko à Daloa, Divo et Hiré .............................. 96
Tableau XXIV : Effet des rhizobia locaux, de la souche introduite et de l’engrais de synthèse
NPK 12 22 22 sur la biomasse sèche du cultivar Piramama à Daloa, Divo et Hiré ....................... 97
Tableau XXV : Effet des rhizobia locaux, de la souche introduite et de l’engrais de synthèse NPK
12 22 22 sur le délai de floraison des cultivars Canarana, Doko et Piramama à Daloa, Divo et
Hiré ................................................................................................................................................. 99
Tableau XXVI : Effet des rhizobia locaux, de la souche introduite et de l’engrais de synthèse
NPK 12 22 22 sur le niveau d’insertion des prémières gousses des cultivars Canarana, Doko et
Piramama à Daloa, Divo et Hiré .................................................................................................. 102
Tableau XXVII : Effet des rhizobia locaux, de la souche introduite et de l’engrais chimique NPK
12 22 22 sur le délai de maturité des gousses des cultivars Canarana, Doko et Piramama à Daloa,
Divo et Hiré .................................................................................................................................. 104
Tableau XXVIII : Effet des rhizobia indigènes, de la souche IRAT FA3 et de l’engrais chimique
NPK 12 22 22 sur le nombre et le poids des gousses du cultivar Canarana à Daloa, Divo et Hiré
...................................................................................................................................................... 106
Tableau XXIX : Effet des rhizobia indigènes, de la souche IRAT FA3 et de l’engrais chimique
NPK 12 22 22 sur le nombre et le poids des gousses du cultivar Doko à Daloa, Divo et Hiré ... 108
Tableau XXX : Effet des rhizobia indigènes, de la souche IRAT FA3 et de l’engrais chimique
NPK 12 22 22 sur le nombre et le poids des gousses du cultivar Piramama à Daloa, Divo et Hiré
...................................................................................................................................................... 110
Tableau XXXI : Effet des rhizobia indigènes sur le poids de 100 g et le rendement en graines du
cultivar Canarana à Daloa, Divo et Hiré ...................................................................................... 113
Tableau XXXII : Effet des rhizobia indigènes sur le poids de 100 g et le rendement en graines du
cultivar Doko à Daloa, Divo et Hiré ............................................................................................ 115
Tableau XXXIII : Effet des rhizobia locaux sur le poids de 100 g et le rendement en graines du
cultivar Piramama à Daloa, Divo et Hiré ..................................................................................... 117
xv
Tableau XXXIV : Caractéristiques physiques, physico-chimiques et chimiques des sols des sites
d’expérimentation en conditions paysannes à Daloa, Divo et Hiré ......Erreur ! Signet non défini.
Tableau XXXV : Arrière effet des rhizobia indigènes inoculés au cultivar Canarana sur la qualité
du sol ............................................................................................................................................ 120
Tableau XXXVI : Arrière effet des rhizobia indigènes inoculés au cultivar Doko sur la qualité du
sol ................................................................................................................................................. 121
Tableau XXXVII : Arrière effet des rhizobia indigènes inoculés au cultivar Piramama sur la
qualité du sol ................................................................................................................................ 122
xvi
LISTE DES FIGURES
Figure 1 : Inflorescences et graines de différentes variétés de soja ................................................. 6

Figure 2 : Classification des légumineuses de la sous famille des Papilionoideae .......................... 7
Figure 3 : Différentes étapes de la croissance du soja ...................................................................... 9
Figure 4 : Arbre phylogénétique simpifié représentant les différentes classes des Protéobacteries,
basé sur la comparaison des séquences de l’ARNr 16S ................................................................. 15
Figure 5 : Processus de formation des nodules par les rhizobia..................................................... 17
Figure 6 : Cycle de l’azote ............................................................................................................. 21
Figure 7 : Présentation de la zone d'étude ...................................................................................... 29
Figure 8 : Pots en plastique contenant les sols composites échantillonnés .................................... 37
Figure 9 : Préparation du substrat. ................................................................................................. 40
Figure 10 : Dispositif expérimental en condition de champ .......................................................... 47
Figure 11 : Processus d’inoculation des graines de soja ................................................................ 48
Figure 12 : Parcelle élémentaire ..................................................................................................... 49
Figure 13 : Nombre de nodules obtenus en fonction des sols échantillonnés et de la variété de soja
........................................................................................................................................................ 53
Figure 14 : Aspect microscopique des isolats du soja après la coloration de Gram (G×100). ...... 56
Figure 15 : Répartition des isolats en fonction de leur infectivité. ................................................ 57
Figure 16 : Nodules induits sur les racines de différents cultivars de soja par les rhizobia locaux.
........................................................................................................................................................ 57
Figure 17 : Efficience symbiotique des isolats testés sur différentes variétés de soja en condition
contrôlée ......................................................................................................................................... 66
Figure 18 : Corrélations entre le nombre de nodules et la biomasse sèche de cinq cultivars de soja
dépotés en début de floraison. ........................................................................................................ 67
Figure 19 : Indices de solubilisation du Phosphate tricalcique par les bactéries indigènes
présélectionnées du soja ................................................................................................................. 68
Figure 20 : solubilisation du phosphate tricalcique par l’isolat RSC119 ....................................... 69
Figure 21 : Indices de solubilisation du potassium des bactéries indigènes de soja ...................... 70
Figure 22 : Tolérance des rhizobia indigènes nodulant le soja au pH. ........................................... 71
Figure 23 : Tolérance des rhizobia locaux nodulant le soja à la température ................................ 72
xvii
Figure 24 : Impact de différents types de pesticides sur la croissance des rhizobia indigènes isolés
du soja in vitro. ............................................................................................................................... 78
Figure 25 : Effet de l'inoculation sur nombre de nodules formés sur le cultivar Canarana à Daloa,
Divo et Hiré .................................................................................................................................... 81
Figure 26 : Effet de l’inoculation sur poids sec des nodules formés sur le cultivar Canarana à
Daloa, Divo et Hiré ........................................................................................................................ 82
Figure 27 : Effet de l'inoculation sur la formation de nodules sur le cultivar Doko à Daloa, Divo
et Hiré. ............................................................................................................................................ 83
Figure 28 : Effet de l'inoculation sur le poids sec des nodules formés sur le cultivar Doko à
Figure 29 : Effet de l'inoculation sur le nombre de nodules formés sur le cultivar Piramama à
Daloa, Divo et Hiré. ....................................................................................................................... 85
Figure 30 : Effet de l'inoculation sur le poids sec des nodules formés sur le cultivar Piramama à
Figure 31 : Influence de l’inoculation sur l’aspect des plantules de différents cultivars de soja . 100
LISTE DES ANNEXES

Annexe 1 : Nodules observés sur les racines de soja lors du piégeage ........................................ 167
Annexe 2 : Formes des colonies sur le milieu YEM gélosé ......................................................... 167
Annexe 3 : Apparitions des premières fleurs sur les cultivars de soja ......................................... 168
Annexe 4 : Gousses de soja matures ............................................................................................ 168
xviii
INTRODUCTION GENERALE
Introduction
La population ivoirienne a connu une forte croissance durant ces cinq dernières décennies. Elle
est passée de 3,5 millions d’habitants en 1970 à 22,8 millions en 2014 selon le Recensement
Général de la Population et de l’Habitat (INS, 2015), avec un taux de croissance annuel estimé à
2,6 %. Cette population est inégalement répartie sur le territoire national avec 73 % en zone
forestière et seulement 27 % en zone de savane. Cette disparité démographique s’explique par les
conditions pédoclimatiques en zone forestière plus favorables à l’agriculture (Ducroquet et al.,
2017). En effet, l’agriculture reste indéniablement un levier important de l’économie ivoirienne.
Elle représente environ 25 % du Produit Intérieur Brut (PIB) et 40 % des recettes d’exportation
du pays. L’agriculture ivoirienne génère deux tiers des emplois et permet au pays d’occuper des
rangs honorables au plan international pour nombre de produits d’exportation (Deheuvels et al.,
2003 ; Youan Bi, 2016). A titre d’exemple, la Côte d’Ivoire est le leader mondial de la
production de fèves de cacao depuis quatre décennies. Elle est aussi le premier producteur
africain de caoutchouc et troisième producteur africain d’huile de palme (Ducroquet et al.,
2017). La majorité de ces produits agricoles de rente sont issus de la zone forestière. Cette zone
forestière fut dominée historiquement par des systèmes de production à base de café et de cacao
(Païvinen et al., 1992 ; Koné et al., 2014). Ces cultures occupaient 75 % des surfaces disponibles
dans des exploitations agricoles de type familial (Freud et al., 2000 ; Esso, 2009). Aussi, la
hausse du prix bord champ du cacao de ces dernières années, la vulgarisation de l’hévéaculture
en milieu villageois et son adoption massive par les paysans ont-elles profondément modifié les
habitudes agricoles. Les terres réservées à la mise en place des cultures de subsistance ont servi à
l’extension des plantations de cacaoyers, d’hévéas et de palmiers à huile (Koné et al., 2014).
Cette situation a entrainé une forte pression sur les reliques de terres agricoles entrainant leur
appauvrissement (Kéli et al., 2005 ; Koko et al., 2009). Pour répondre aux besoins alimentaires
de plus en plus accrus, la méthode de fertilisation naturelle des sols par la jachère a été
abandonnée au profit de celle basée sur l’utilisation d’engrais et de pesticides de synthèse.
Toutefois, l’utilisation de ces intrants chimiques a des conséquences sur l’environnement, le
revenu et le bien-être des agriculteurs (Konaté et al., 2015a ; Eponon et al., 2019).
Aujourd’hui, avec la prise de conscience croissante de l’opinion publique sur les questions liées
à la préservation de l’environnement et à la sécurité alimentaire, l’adoption de nouvelles
techniques agricoles respectueuses de l’environnement s’avère nécessaire. Parmi celles-ci,
l’introduction de légumineuses comme le soja (Glycine max L. Merrill) dans les systèmes de
1
Introduction
culture pourrait être une solution durable pour restaurer la fertilité des sols agricoles, en zone de
forte densité de population, soumis à des jachères de courtes durées. Le soja est une légumineuse
introduite en Côte d’Ivoire depuis 1970. Sa culture a connu un boom de production à la faveur
des “Projets soja’’ (N’Gbesso et al., 2010). Les principales zones de productions de cette
spéculation sont Touba, Odiénné et Bouaké (Beugré et al., 2013). Il tire son succès de la richesse
exceptionnelle de ses graines en protéines digestibles (30-50 %) et de sa teneur élevée en huile
de qualité de l’ordre de 20 % (Boucher et al., 2011). Le soja possède également des atouts
écologiques pour améliorer les performances agronomiques des systèmes de culture dans
lesquels il est inséré. En effet, il peut fixer en symbiose avec les souches de Bradyrhizobium sp
entre 168 et 450 kilogrammes (kg) d’azote par hectare chaque année (Ahemad & Khan, 2011 ;
Assani et al., 2014). Cette capacité de fixation symbiotique est une potentialité économique et
écologique pour restaurer durablement la fertilité des sols appauvris et augmenter
significativement le rendement des cultures subséquentes dans un système de rotation.
La mise en place de cette spéculation nécessite l’apport d’un inoculum bactérien. L’inoculum du
soja produit en Côte d’Ivoire est à base d’une souche introduite de Bradyrhizobium japonicum.
Cette souche bactérienne issue du Laboratoire des Symbioses Tropicales de Montpellier (LSTM)
est vulgarisée par le Centre National de Recherche Agronomique (CNRA) dans le pays depuis
une vingtaine d’années. Toutefois, plusieurs travaux ont révélé que la performance et l’efficacité
symbiotiques de cette souche bactérienne variaient significativement en fonction des variétés de
soja disponibles et des zones où elle était introduite (N’Gbesso, 2011 ; N’Zi et al., 2015). A titre
d’exemple, la variété Canarana inoculée avec cette souche exotique à Béoumi, Odiénné et
Dabakala a donné respectivement des rendements de 1,35 t/ha, 1,15 t/ha et 0,65 t/ha. N’Gbesso
(2011) a attribué la variabilité des performances de l’inoculum bactérien aux conditions du
milieu. Aussi, l’utilisation de souches locales de Bradyrhizobium en zone savanicole en 2013 a
montré que certaines d’entre elles avaient un poids de nodules et un taux de couverture du sol
élevés comparés à ceux de la souche introduite (N’Gbesso et al., 2017). Ces différents travaux
montrent la nécessité de disposer d’une souche rhizobiale qui soit compatible avec la variété de
soja et compétitive dans le milieu écologique où elle doit être introduite. La zone forestière,
caractérisée par des jachères de courtes durées mériterait une attention particulière. La mise en
œuvre de tels travaux susciterait deux questionnements scientifiques ci-après : (i) Existe-t-il dans
la rhizosphère du Centre-Ouest de la Côte d’Ivoire des rhizobia efficients et compétitifs adaptés
2
Introduction
aux conditions environnementales et anthropiques locales pour améliorer la productivité du soja
dans la mesure où cette zone ne fait pas partie des lieux où le soja a été introduit dans le pays ?
(ii) Les rhizobia locaux ont-ils la capacité d’améliorer les propriétés physiques, chimiques et
biologiques des sols après la culture du soja dans le cadre d’une rotation ?
Pour répondre à ces interrogations, cette étude stipule qu’une diversité de rhizobia locaux
adaptés aux conditions environnementales et anthropiques locales établirait une symbiose
efficace avec plusieurs variétés de soja. Ces rhizobia locaux amélioreraient la productivité des
différentes variétés de soja cultivées en Côte d’Ivoire en comparaison avec celles de la souche
Bradyrhizobium japonicum IRAT-FA3 introduite, des engrais de synthèse et des jachères de
courtes durées dans différentes zones agro-écologiques. En outre, ils restaureraient les propriétés
physiques, chimiques et biologiques des sols par rapport à la souche exotique et aux engrais de
synthèse.
L’objectif général de cette étude est de contribuer à l’amélioration de la productivité du soja et à
la restauration de la fertilité des sols en Côte d’Ivoire.
De façon spécifique il s’agira de :
- mettre en place une collection de rhizobia locaux nodulant le soja (RLNS), adaptés aux
conditions environnementales ;
- sélectionner des souches locales de rhizobia performantes, compétitives, capables de
booster de façon significatives le rendement du soja ;
- évaluer les arrière-effets des rhizobia indigènes inoculés au soja sur la qualité des sols.
Le présent manuscrit qui rend compte du travail réalisé est composé de trois parties. La première
partie, relative aux généralités, fait une synthèse de la littérature sur le soja, les rhizobia, la
symbiose rhizobia-légumineuse et les facteurs limitants le fonctionnement de cette symbiose. De
cet état de l’art découle, dans la deuxième partie relative aux matériel et méthodes, la
présentation de la zone de l’étude, du matériel utilisé et de la méthodologie adoptée pour la mise
en œuvre du travail. La troisième partie fait l’objet de la présentation des résultats obtenus et de
la discussion découlant de ceux-ci. Une conclusion générale faisant la synthèse des principaux
résultats obtenus, assortis de recommandations et perspectives de recherches, permettent de clore
cette 3ème partie. Une liste détaillée des références bibliographiques citées mettent fin au
document.
3
Première partie : GENERALITES
Première partie : Généralités
1. Généralités sur le soja
1.1. Description botanique
Le soja (Glycine max L. Merrill) est une légumineuse herbacée annuelle. Il est dressé et peut
atteindre une hauteur de 1,5 m selon les variétés et les conditions de culture. La plante de soja est
entièrement (feuilles, tiges, gousses) revêtue de fins poils gris ou bruns. Il existe plusieurs
variétés de soja qui se distinguent par le port (grimpant, dressé ou rampant), la fleur et les graines
(Demol et al., 2002).
Les premières feuilles du soja sont simples et opposées, tandis que les suivantes sont trifoliées et
alternes avec 6 à 15 cm de long et 2 à 7 cm de large. La forme des feuilles rappelle la forme
générale des feuilles du haricot. Celles-ci tombent avant la maturité complète des gousses (Doré
& Varoquaux, 2006). Les fleurs, de type papilionacé se forment à l’aisselle des feuilles sous
forme de grappe. Elles sont petites de couleurs violettes ou blanches (Figure 1). Les fleurs sont
hermaphrodites et autogames. Toutefois, la pollinisation croisée est parfaitement possible dans 1
% des cas. Sa fécondation est dite cléistogamique car ses fleurs s’autofécondent avant même
qu’elles ne s’ouvrent (Caviness, 1966 ; Simon, 2005). Les fruits sont des gousses velues de
couleurs grises ou brunes à maturité. Elles mesurent 3 à 8 cm et contiennent en général 2 à 3
graines. La forme et la couleur des graines varient en fonction de la variété (figure 1). Elles sont
généralement ovales, sphériques, allongées et aplaties avec des couleurs jaune, noire, unie ou
mélangée (Bila et al., 2009).
La croissance du soja peut être déterminée ou indéterminée selon la variété. Les variétés à
croissance déterminée produisent leurs inflorescences à l’apex des rameaux terminaux, une fois
la croissance végétative terminée. Ces variétés sont favorisées lorsque la récolte est mécanisée.
L’activité végétative des variétés à croissance indéterminée se poursuit pendant la floraison.
Ainsi, elles produisent leurs inflorescences le long des nœuds foliaires au fur et à mesure que la
plante se développe (Simon, 2005).
5
A B
C D
Figure 1 : Inflorescences et graines de différentes variétés de soja (Photo Amani, 2018).

A et B : Différentes couleurs des fleurs de soja ; C et D : Graines de soja
1.2. Taxonomie
Les légumineuses sont des plantes classées parmi les Angiospermes Eudicotylédones à gousses.
Elles constituent la troisième plus grande famille des Angiospermes en nombres d’espèces après
les Orchidaceae et les Asteraceae. Toutefois, elles représentent le second groupe de végétaux
supérieurs le plus diversifié après les Poaceae avec 727 genres et près de 20000 espèces
(Guignard & Dupont, 2005 ; Cronk et al., 2006). Les légumineuses sont divisées en trois sous-
familles que sont les Mimosoideae, les Caesalpilionoideae et les Papilionoideae. Cette dernière
sous famille regroupe la majorité des espèces cultivées ou légumineuses à graines. Ces
légumineuses cultivées forment deux groupes appelés Galegoides et Phaseoloides, à l’exception
de l’arachide qui appartient au groupe des Aeschynomeneae. Les espèces cultivées les plus
importantes à l’échelle mondiale sont le soja (Glycine max), le haricot (Phaseolus vulgaris), le
pois (Pisum sativum), la luzerne (Medicago sativa), l’arachide (Arachis hypogaea), le pois
6
chiche (Cicer arietinum) et la fève (Vicia faba). Les Galegoïdes sont cultivés en zones tempérées
tandis que les Phaseoloïdes sont cultivés en zones tropicales (Broughton et al., 2003).
Le soja ou soya appartient au groupe des Phaseoloïdes, à la tribu des Phaseoleae et au genre
Glycine (Figure 2). Le genre Glycine est composé d’environ 280 espèces représentées par des
plantes arbustives ligneuses, herbacées vivaces et annuelles (Simon, 2005). Il est subdivisé en
deux sous-genres : Glycine et Soja (Demol et al., 2002). Le sous-genre Soja comprend les
espèces soja Sieb et Zucc qui sont des espèces de types sauvages. Ces espèces se retrouvent
uniquement en Asie Orientale. Le sous genre Glycine est contitué de l’espèce Glycine max (L.)
Merrill qui est la forme cultivée. Toutefois, Ces deux sous genres s'hybrident facilement et
peuvent également être considérés comme une seule espèce biologique (Javaheri & Baudoin,
2001).
Tribu Genre Espèce
Légumineuses
Légumineuses des
Légumineusesdes des
zones
zones tempérées
tempérées
zones tempérées
(Galegoïdes)
(Galegoïdes)
(Galegoïdes)
Légumineuses des
zones tropicales
(Phaseoloïdes)
Figure 2 : Classification des légumineuses de la sous famille des Papilionoideae (Zhu et al., 2005).
7
1.3. Ecologie
Le cycle du soja est compris entre 3 et 4 mois. Ce cycle varie selon les variétés et le climat. Il est
caractérisé par deux phases de croissance distinctes (la phase végétative et la phase de
reproduction). La phase végétative de la croissance du soja couvre la période de l’émergence des
plantules à la floraison. Quant à la phase de reproduction, elle couvre la période de la floraison
jusqu'à la maturation. Ces stades sont déterminés par les différents stades de développementnt de
la feuille, de la fleur, de la gousse et de la graine (Figure 3).
Le soja est une plante fragile qui craint l’excès d’humidité. Il est classé parmi les cultures
relativement résistantes à la sécheresse. Ses besoins en eau peuvent varier de 250 à 450 mm sur
son cycle selon la région considérée (Bonnemort et al., 2001 ; Gigandon et al., 2005). Les plus
grands besoins en eau se font sentir en début de floraison et en début de remplissage des gousses
(Galhem, 2010).
Le soja s’adapte à plusieurs types de sols, excepté les sols à dominance calcaire. Le pH des sols
propices à la culture du soja est compris entre 5,5 et 6,5. En absence d’une irrigation régulière,
les sols limoneux conviendraient les mieux à la culture du soja.
Le photopériodisme et la réaction à la température sont des éléments importants quand il s'agit

d'établir les zones d'adaptation des variétés. Le soja est une plante nyctipériodique préférante. En
effet, il fleurit plus vite dans les conditions de jour court. Ainsi, il est classé parmi les plantes de
jour court mais avec un plein éclairement durant tout son cycle (Galhem, 2010). La température
minimale pour que le soja germe est de 10 °C. Toutefois, cette température doit varier entre 15 et
40 °C avec un optimum de 30 °C pendant sa phase de croissance et de floraison (Gigandon et al.,
2005 ; Mouhouche, 2007).
8
Figure 3 : Différentes étapes de la croissance du soja (Endres & Kandel, 2015).

VE: Cotylédons au-dessus de la surface du sol ; VC : Cotylédons avec feuilles unifoliées; V1 à V3 : Nombre nodules
et feuilles entièrement développées ; R1 : Début de floraison ; R3 : Début de formation des gousses ; R5 : Début de
formation des graines ; R6 : Graines entières formées ; R7 : Début de maturité des gousses et R8 : Maturité complète
des gousses.
1.4. Origine et expansion de la culture
Le soja est considéré comme l’une des plus anciennes espèces végétales cultivées. Il est
originaire du nord et du centre de la Chine il y a plus de 10 000 ans (Hymowitz, 1970). La
première mention de cette plante proviendrait d’une série de livres écrits par l’empereur Sheng
Nung en 2838 av. J.C décrivant les plantes de la Chine. Toutefois, les références historiques
situent la domestication et l’utilisation du soja dans la moitié Est de la Chine au XIè siècle
(Hymowitz & Shurtleff, 2005 ; Roumet et al., 2010). A partir de la Chine, la culture du soja s’est
étendue à la Corée, au Japon et aux autres régions d’Asie au premier siècle av. J.C (Hymowitz,
2004). Le soja a ensuite été propagé à travers le monde.
Il est apparu en Europe au XVIIè siècle grâce à des missionnaires. Il a d’abord été planté en
France dans le jardin des Plantes de Paris en 1740, puis en Angleterre au jardin botanique de
Kew en 1790 (Hymowitz & Shurtleff, 2005). Il fut introduit aux Etats–Unis par David Bowen en
1765 puis, au Canada en 1893 (Hymowitz & Harlan, 1983).
Son introduction en Afrique semble avoir été au XIXe siècle par des commerçants chinois le long
de la côte Est (Giller & Dashiell, 2006). Le soja aurait été cultivé pour la première fois en Égypte
9
vers 1858, puis en Tunisie (1873), en Algérie (1880), en Afrique du Sud (1903), en Tanzanie et à
Madagascar (1907) (Shurtlef & Aoyagi, 2009 ; Karaboneye, 2013). Il aurait été introduit en
Afrique pour lutter contre la malnutrition provoquée par la croissance rapide de la population et
les problèmes économiques qui ont réduit le niveau de vie (IITA, 1986 ; N’Gbesso, 2011).
L’introduction du soja en Côte d’Ivoire a été effectuée par l’Institut de Recherche d’Agronomie
Tropicale (IRAT) en 1965. Toutefois, c’est à la faveur du projet soja qu’il a été vulgarisé dans
les années 1980 (N’Gbesso et al., 2010 ; Ama-Abina et al., 2012). Les principales zones de
culture en Côte d’Ivoire sont Touba, Odienné et Bouaké (MINAGRI, 2008).
1.5. Production
La production de graine de soja a connu un essor exceptionnel dans le monde entier ces 50
dernières années. Elle est passée de 27 à 349 millions de tonnes en 2018. Une proportion de 91
% de cette production provenait des États-Unis, du Brésil, de l’Argentine, de la Chine, de l’Inde
et du Paraguay (FAOSTAT, 2018). C’est en Amérique Latine qu’elle a connu sa croissance la
plus importante avec une augmentation de la production de 123 %. Selon l’Organisation des
Nations unies pour l’alimentation et l’agriculture (FAO), la production de soja doublera d’ici
2050. La Chine, berceau de la culture du soja a été classée quatrième producteur mondial de soja
en 2018, loin derrière les États-Unis, le Brésil et l’Argentine avec environ 14 millions de tonnes
(MT) produit (FAOSTAT, 2018). Malgré ce rang honorifique, la Chine est aussi le prémier pays
importateur de soja devant l’Union Européenne (Labalette & Jouffret, 2014 ; WWF, 2014).
L’Afrique ne contribue qu’à 1 % de la production mondiale de soja. Cette production est assurée
en grande partie par l’Afrique du Sud, le Nigéria, la Zambie, le Malawi, le Ghana et le Bénin
(Tableau I). Ces pays ont fourni environ 89 % de la production africaine de soja estimée à 3 556
163 tonnes en 2018 (FAOSTAT, 2018).
La production ivoirienne de soja a été de 2 200 tonnes en 1996. Elle a atteint 9 000 tonnes en
2001, représentant seulement 23 % des besoins nationaux estimés à plus de 25 000 tonnes
(N’Zoué et al., 2003). En 2005, cette production a chuté à 2 270 tonnes de soja, puis à 705
tonnes en 2007 (FAO, 2009). Selon la FAO, la production nationale du soja a été estimée à 606
tonnes en 2018. Cette production est dépendante du Nord-Ouest et du Centre du pays situés en
zone savanicole (N’Gbesso et al., 2010).
10
Tableau I : Principaux pays africains producteurs de soja
Pays Début de production Production en 2018 (tonnes)
Afrique du Sud 1961 1 540 000
Benin 1985 221 977
Burkina Faso 1983 31 314
Cameroun 1978 20 824
Congo (RDC) 1961 25 772
Côte d’Ivoire 1976 606
Egypte 1972 48 000
Ethiopie 1993 98 000
Ghana 1993 152 023
Malawi 1969 175 475
Mali 1980 6 693
Nigéria 1961 780 679
Rwanda 1961 23 804
Ouganda 1961 29 000
Zambie 1973 302 720
Zimbabwe 1961 90 000
Source : Shurtlef & Aoyagi, 2009 ; FAOSTAT, 2018
1.6. Importance
1.6.1. Importance nutritionnelle
Le soja, considéré comme « la viande des pauvres » par les chinois, est une espèce oléo-
protéagineuse multifonctionnelle. Il fournit des protéines (30-40 %), de l’huile (20 %) et des
hydrates de carbone (21 %) pour l’alimentation humaine et animale (Karaboneye, 2013). Il
constitue la première source de protéines et la deuxième source de lipides dans le monde. Le soja
constitue la plante qui a la teneur en protéines la plus élevée comparée aux autres espèces
végétales, animales et aux œufs (Tableau II). Il représente donc une énorme source nutritionnelle
pour les populations des pays en développement (Fekadu et al., 2009 ; Mahamood et al., 2009).
La graine de soja est utilisée de diverses manières dans l’alimentation. Elle est utilisée pour
produire du lait, du yogourt, des crèmes de soja, de l’huile de soja, de la farine, de la bière, des
hot-dogs, des adhésifs, de la margarine et d’autres produits dérivés (Qiu & Chang, 2010).
11
Le tourteau de soja est utilisé dans l’alimentation des vaches laitières, des porcs, des volailles et
des poissons. Aussi, sa biomasse aérienne peut servir de fourrage pour l’alimentation du bétail
(Lee et al., 2007).
Tableau II : Teneurs en protéines du soja et d’aliments de consommation courante
Aliments courants (100 g) Teneur en protéines (%)

Graine de soja 38-40
Viande de bœuf 21
Viande de poulet 21
Poisson 21
Lait de vache 3,5
2 œufs moyens 12,3
Farine de maïs 9,5
Farine de blé 11
Feuille de manioc 23
Haricot sec 21
Lentilles 24
Pois chiche 18
Source : FAO, 1995 ; Wahiba, 2015
1.6.2. Importance sanitaire et thérapeutique
Les aliments issus de la graine de soja sont composés d’éléments fonctionnels comme les
protéines, les isoflavones, les saponines, les phosphatides, les oligosaccharides, les vitamines A,
D, E, K et B (B1, B2, B6, B9 et B12), les minéraux, l’acide folique et les fibres alimentaires (Bau et
al., 2001 ; Labat, 2013).
Ces éléments ont des effets bénéfiques pour la santé de l’homme. En effet, plusieurs études ont
montré que les produits dérivés du soja interviennent dans la prévention des cancers. Wu et al.
(2013) ont montré que la consommation de produits à base de soja par les femmes asiatiques
réduit le risque de développement et de mortalité du cancer du sein. D’autres chercheurs ont
conclu que la consommation de soja contribuerait également à la prévention et à la réduction des
12
cancers de la prostate, du poumon et du côlon (Yan & Spitznagel, 2009 ; Desgrandchamps &
Bastien, 2010). Les compléments alimentaires à base de soja permettraient aux femmes
ménopausées d’atténuer les bouffées de chaleur en cas de ménopause. Ils seraient aussi
préconisés dans le traitement des cas de tuberculose, d’anémie, de maladies cardio-vasculaires,
de diabète et des maladies dues aux carences protéino-énergétiques des enfants (Tefera et al.,
2009).
1.6.3. Importance agronomique et écologique
L’un des intérêts majeurs du soja est son aptitude à fixer l’azote de l’air (N2) en symbiose avec
des rhizobactéries communément appelées rhizobiums ou rhizobia. En tant que légumineuse, le
soja est connu pour améliorer les propriétés physiques, chimiques et biologiques des sols (Singh
& Shivakumar, 2010). Il peut être utilisé comme « engrais vert » dans les rotations culturales
avec les céréales (blé ou maïs) qui consomment bien plus d’azote que les légumineuses (Billon et
al., 2009). En effet, la symbiose soja-rhizobia laisse dans le sol, après la récolte, un reliquat
d’azote dont peuvent profiter les cultures suivantes. De plus, les résidus végétaux de cette
spéculation sont riches en azote et contribuent à enrichir le sol en cet élément. Aussi, 90 à 100 %
des feuilles du soja chutent à la sénescence et restituent au sol environ 110 kg N/ha (Osunde et
al., 2003 ; Okogun et al., 2004 ; Yusuf et al., 2009).
La culture du soja constitue un moyen important de lutte contre l’exploitation accélérée des
massifs forestiers et des jachères. Avec un hectare de soja, on obtient autant de protéines qu’en
élevant des bœufs sur dix hectares de pâturage. De plus, la culture du soja nécessite l’utilisation
de peu de fertilisants chimiques et de pesticides dans son cycle de production. Sa culture pourrait
donc contribuer à résoudre les problèmes environnementaux liés à l’utilisation de ces intrants
chimiques (Meynard & Cresson, 2011).
2. Rhizobium
2.1. Définition
Les rhizobia sont des bactéries rhizosphériques qui ont la capacité d’établir des associations
symbiotiques avec les plantes de la famille des légumineuses (Doyle & Luckow, 2003). Ce sont
13
des bactéries aérobies à Gram négatifs non sporulantes. Ces bactéries sont mobiles grâce à un
flagelle polaire ou subpolaire ou 2 à 6 flagelles péritriches (Werner, 1992).
Les rhizobia sont qualifiés de chimioorganotrophes grâce à leur aptitude à utiliser le glucose, le
mannitol, le saccharose et des composés aminés comme source de carbone. Ils peuvent se
contenter d’une faible quantité en oxygène pour leur survie. (Somasegaran & Hoben, 1994). La
croissance des rhizobia est optimale à une température de 28 °C et à un pH compris entre 6 et 7.
Toutefois, certaines espèces de Bradyrhizobium tolèrent un milieu acide (Burton & Elkan, 1985).
2.2. Historique et taxonomie
Du grec rhiza (racine) et bios (vie), le rhizobium est un nom générique attribué aux bactéries qui
vivent en symbiose avec les légumineuses et capables d’induire des nodules sur les racines de
ces dernières. Ces microorganismes ont pu être isolés pour la première fois à partir des nodules
du lupin et du pois par Beyerinck en 1888 et leur aurait donné le nom de Bacillus radicicola. Un
an plus tard, le microbiologiste allemand Frank, a décrit ces bactéries comme des
microorganismes qui vivent dans le sol avec le potentiel de noduler des légumineuses. Il leur
attribua le nom «Rhizobium» (Frank, 1889). D’autres chercheurs ont proposé des noms à ces
bactéries en se basant sur leur spécificité par rapport à la plante hôte. Sur cette base, cinq espèces
de bactéries ont été identifiées. Ce sont Rhizobium leguminosarum pour Lathyrus, Pisum, Vicia
et Lens ; R. trifolii pour Trifolium ; R. phaseoli pour Phaseolus ; R. meliloti pour Medicago et R.
lupini pour Lupinus. Cette classification s’est ensuite basée sur la vitesse de croissance des
rhizobia (Fred et al., 1932). Cependant, des observations discordantes entre la croissance de la
bactérie et la gamme d’hôtes ont jeté le doute sur la validité de cette classification. Ces rhizobia
ont ensuite été reclassés en deux genres en tenant compte de leur temps de croissance. On
distinguait ainsi, le genre Rhizobium comprenant toutes les souches à croissance rapide et le
genre Bradyrhizobium comprenant l’ensemble des souches à croissance lente (Jordan, 1982).
La taxonomie bactérienne actuelle a évolué grâce à l’avènement des méthodes de la Biologie

Moléculaire. Ces méthodes ont permis de classer les rhizobia en fonction des relations
phylogénétiques existantes entre eux. Selon une analyse phylogénétique basée sur l’ARN 16S,
on distingue les vrais rhizobia appartenant à la classe des alphaproteobacteria de celle des Beta et
Gammaproteobacteria. La première classe contient actuellement les genres Rhizobium,
14
Sinorhizobium (Ensifer), Mesorhizobium, Bradyrhizobium et Azorhizobium capables de former
des nodosités. La classe des Beta et Gammaproteobacteria regroupe des bactéries non-rhizobia
mais qui sont capables aussi de noduler (Figure 4). Elle inclue les genres Methylobacterium,
Blastobacter, Ochrobactrum, Cupriavidus et Burkholderia (Sawada et al., 2003 ; Zakhia & de
Lajudie, 2006).
Figure 4 : Arbre phylogénétique simpifié représentant les différentes classes des Protéobacteries, basé sur
la comparaison des séquences de l’ARNr 16S (Boivin et al., 2009).
2.3. Diversité des rhizobia nodulant le soja
Le soja est considéré comme une légumineuse relativement spécifique envers les rhizobia avec
lesquels il entre en symbiose. Ainsi, toutes les espèces bactériennes capables de rentrer en
symbiose avec le soja étaient considérées comme des bactéries appartenant au genre
Bradyrhizobium. Cette classification qui se basait spécialement sur le temps de croissance des
bactéries fut révisée à cause de l’aptitude du soja à héberger à la fois des rhizobia à croissance
lente, rapide ou intermédiaire.
15
La classification actuelle basée sur des approches moléculaires a permis d’identifier six espèces
bactériennes capables de noduler le soja (Tableau III). Celles-ci sont reparties dans les genres
Bradyrhizobium, Mesorhizobium et Sinorhizobium (Chen et al., 2004 ; Albareda et al., 2009).
En Afrique Subsaharienne, seules les espèces B. elkanii et B. japonicum ont été identifiées
comme des souches locales capables d’induire la nodulation avec différentes variétés de soja
(Chibeba et al., 2017 ; N’Gbesso et al., 2017 ; Gyogluu et al., 2018).
Tableau III : Espèces bactériennes nodulant le soja.
Genres Espèces Références
B. japonicum Jordan, 1984

B. elkanii Kuykendel et al., 1995
Bradyrhizobium
B. liaoningense Xu et al., 1995
B. daqingense Wang et al., 2013
E. fredii Scholla et Elkan, 1984
E. xinjangensis Chen et al., 1995
Ensifer (Sinorhizobium)
Mesorhizobium M. tianshanense Chen et al., 1995
3. Etablissement de la symbiose
3.1. Conditions pour l’établissement de la symbiose
Les rhizobia constituent un groupe remarquable de la communauté de la rhizosphère. Ces

bactéries établissent une association symbiotique avec les légumineuses et fixent l’azote au
bénéfice de la plante. L'établissement de la symbiose légumineuse-rhizobia est un phénomène
complexe et indispensable à la plante pour acquérir l'azote sous forme réduite (Vessey &
Chemining, 2006). L’optimisation de cette symbiose exige la présence dans la rhizosphère de
souches de bactéries compatibles, infectives et compétitives. Le succès de la symbiose nécessite
aussi une faible teneur en azote du sol et une photosynthèse active pour assurer une source
suffisante d’énergie (Kondorosi & Kondorosi, 2000).
16
3.2. Différentes étapes de la fixation symbiotique
L'interaction symbiotique entre les rhizobia et les légumineuses se traduit par la formation
d'organes spécifiques appelés nodules ou nodosités (Perry et al., 2004). L’organogénèse du
nodule est un processus parfaitement bien connue aujourd’hui (Madigan & Martink, 2007). Elle
implique une série d’échanges de signaux entre la bactérie et la plante à travers plusieurs types
de cellules spécialisées (Brewin et al., 1992). La Figure 5 résume cette série d’échanges de
signaux entre la plante et la bactérie.
Figure 5 : Processus de formation des nodules par les rhizobia (Madigan & Martinko, 2007).
17
3.2.1. Pré-infection
L’interaction entre la plante et la bactérie débute dans la rhizosphère. La croissance des bactéries
se fait de manière sélective par la plante. En effet, les rhizobia sont attirés vers les poils
racinaires par une large gamme de substances appartenant au groupe des flavonoïdes (flavones,
isoflavones et flavonones) exsudées par la racine (Rasanen, 2002 ; Savka et al., 2002 ; Mouna,
2008). Une production plus importante de ces composés est observée dans des conditions
limitantes en azote (Coronado et al., 1995). Ainsi, les flavonoïdes présents dans les exsudats
racinaires engendrent l’expression des gènes nod bactériennes qui induiront la production des
facteurs Nod. Ces derniers sont des signaux de nodulation ciblant les transformations
physiologiques et moléculaires chez la plante hôte et la déformation des poils racinaires
(Oldroyd et al., 2001 ; Patriarca et al., 2004).
3.2.2. Infection
L’infection des légumineuses par les bactéries s’effectue à travers les poils absorbants ou les
blessures occasionnées par des éléments extérieurs. Les bactéries s’attachent aux racines par
l’intermédiaire d’une molécule d’adhésion spécifique appelée rhicadhésine, localisée à la surface
des cellules (Perry et al., 2004). Cette protéine est secrétée par la bactérie. Elle se fixe sur les
complexes calciques à la surface des poils absorbants et génère ainsi une oscillation en ions Ca2+.
D’autres substances comme les lectines, qui sont des glycoprotéines végétales jouent également
un rôle dans la reconnaissance et l’attachement des bactéries à la plante (Madigan & Martink,
2007).
Les bactéries migrent vers l’extrémité des poils absorbants, s’y fixent et libèrent à leur tour des
hormones (acides gibbérellique et indole-acétique) qui assouplissent la paroi cellulaire. En
réponse, le poil absorbant secrète une enzyme : la polygalacturonase, qui fragilise la paroi,
facilitant ainsi la pénétration des bactéries (Dupuy & Nougier, 2005). Cette pénétration se fait
par un mécanisme d’invagination. Les cellules bactériennes entrent par un poil absorbant,
perdent leur membrane externe et changent de forme, tout en produisant de la cytokine (Pelmont,
2005). Cette étape se poursuit par une induction de l'expression de gènes spécifiques et une
modification de la croissance polaire des poils absorbants formant une structure dite en « crosse
de berger» à l’intérieur de laquelle les rhizobia se multiplient (Esseling et al., 2003 ; Gage,
18
2004). C’est également à cet endroit que la paroi du poil absorbant est lysée puis s’invagine pour
former un cordon d’infection (Duhoux et al., 2004). Ce cordon poursuit sa progression en se
ramifiant et déverse par endocytose les rhizobia dans les cellules du méristème nodulaire.
3.2.3. Développement du nodule
La dernière étape du processus infectieux est atteinte lorsque les bactéries sont déversées dans la
cellule hôte (Hopkin, 2003). Les rhizobia se libèrent du filament d’infection et pénètrent dans des
enveloppes dérivées de la membrane plasmique de la cellule hôte (Raven et al., 2007). Ils se
divisent et se différencient en des cellules fixatrices d'azote appelées bactéroïdes. La
différenciation des rhizobia en bactéroïdes est marquée par de nombreuses modifications
métaboliques comprenant la synthèse d’enzymes et d’autres facteurs dont le microorganisme a
besoin pour accomplir sa tâche principale : la fixation d’azote (Machrafi, 2001 ; Hopkin, 2003).
Les bactéroïdes restent entourés d’une enveloppe, nommée membrane péribactéroïdienne. Cette
membrane protège la plante contre l'ammoniac produit et une pathogénicité potentielle de la
bactérie. Elle maintient un gradient d'azote, d'oxygène et de nutriments nécessaires à la fixation
de l'azote (Bélanger, 1998 ; Perry et al., 2004). Quelques rares cellules bactériennes quiescentes,
de formes bacillaires, sont présentes dans le nodule. Ce sont ces cellules qui survivront et se
multiplieront dans le sol après la senescence de la plante. Elles pourront alors infecter les racines
des légumineuses introduites dans le même site (Perry et al., 2004).
4. Contribution de la symbiose légumineuse-rhizobia dans la disponibilité de l’azote pour la

plante
4.1. Place de l’azote dans la nutrition de la plante
L’azote est incontestablement l’un des éléments nutritifs majeurs dont les plantes ont besoin pour
leur croissance. Il constitue 79 % des gaz de l’atmosphère sous forme de diazote ou azote
moléculaire ou azote de l’air (N2). Il intervient dans l’élaboration de molécules importantes
comme les protéines, les acides nucléiques et la chlorophylle. Les plantes l’absorbent sous forme
de nitrates (NO3-) et d’ammonium (NH4+) ; l’azote de l’air n’étant pas directement assimilable
par les plantes (Ferguson et al., 2010 ; Solomon et al., 2012). Ces différentes formes assimilables
de l’azote sont accessibles dans le sol où elles sont moins abondantes. Il en résulte que l’azote est
19
souvent un facteur limitant dans la mise en place des cultures (Raven et al., 2003 ; Perry et al.,
2004). Pour suppléer ce manque, l’agriculture moderne utilise d’avantage d’azote de synthèse
pour accroitre les rendements. Cette technologie nécessite l’utilisation d’importantes quantités
d’énergie fossile entrainant des coûts économiques et environnementaux conséquents. Ces coûts
onéreux peuvent être évités grâce à des microorganismes appartenant au groupe des procaryotes
qui ont la capacité de réduire le N2 en une forme recombinée assimilable par les plantes (Figure
6). Parmi ceux-ci, certains vivent libres dans le sol et ne requièrent pas d’hôte pour effectuer le
processus de fixation de l’azote. C’est le cas de Azotobacter, Beijerinckia, Clostridium,
Rhodospirillum (Davet, 1996 ; Madigan & Martinko, 2007). Selon Tortora et al. (2003), la
majorité de ces fixateurs libres sont capables de fixer de grandes quantités d’azote en laboratoire.
Cependant, leur capacité à réduire l’azote de l’air en ammoniac dans le sol est limitée par la
quantité de glucides disponible. En revanche, d’autres le fixent en symbiose avec les plantes. Les
symbioses les plus étudiées sont : la symbiose actinorhizienne impliquant une bactérie du genre
Frankia avec des plantes ligneuses, l’association entre des fougères aquatiques du genre Azolla
et des cyanobactéries et la symbiose rhizobium-légumineuse (Tortora et al., 2003 ; Pelmont,
2005).
Les microorganismes impliqués dans la fixation du N2 jouent un rôle prépondérant dans la

croissance des plantes agricoles. Parmi ces différentes formes de fixation du N2, la symbiose
rhizobium-légumineuse occupe une place de choix.
4.2. Cas particulier de la symbiose légumineuse-rhizobium
4.2.1. Intérêt de la symbiose légumineuse-rhizobium dans la biodisponibilité de l’azote
Il est généralement admis que l'ensemble des fixateurs non-symbiotiques et symbiotiques fixent
environ 150 à 200 millions de tonnes d’azote par an à l'échelle de la planète (Bliefert & Perraud,
2001 ; Léveque & Mounolou, 2001). Pour comparaison, les engrais de synthèse utilisés en
agriculture correspondent à environ 40 millions de tonnes d’azote par an. La symbiose
légumineuse-rhizobium contribue à plus de la moitié d’azote atmosphérique (N2) fixé par
l’ensmble de ces systèmes (Graham & Vance, 2003). Cette importante quantité de N2 fixé faisant
de la symbiose légumineuse-rhizobia, la plus importante d’un point de vue agronomique et
écologique.
20
La contribution des légumineuses à graines dans cette symbiose est estimée à 40 millions de
tonnes d’azote par an. Elle represente une source importante pour accroitre la production des
cultures et la fertilité des sols limitant ainsi les besoins en fertilisants azotés de synthèse dans les
agrosystèmes (Mpepereki et al., 2000). Par exemple, l'inoculation du soja dans les systèmes
culturaux au Brésil, fournit jusqu'à 300 Kg d’azote par hectare, entrainant des économies
d'engrais azotés estimés à 3 milliards de dollars (Giller, 2001 ; Santos et al., 2006).
Figure 6 : Cycle de l’azote (Tortora et al., 2003).
4.2.2. Spécificité de l’hôte
L’une des caractéristiques majeures des associations rhizobium-légumineuse est leur spécificité
d’hôte. En effet, un rhizobium donné n’est capable d’établir une relation symbiotique efficace
que si l’autre partenaire appartient à son spectre d’hôte. De même une espèce de légumineuse ne
peut être nodulée que par un groupe de rhizobia. Les amplitudes des spectres des légumineuses et
des rhizobia sont très variables (Tilak et al., 2005). Par exemple, Azorhizobium caulinodans ne
s’associe qu’avec Sesbania rostrata. Alors que cette même espèce végétale peut entrer en
symbiose avec d’autres espèces bactériennes telles que Sinorhizobium saheli et S. terangae
21
(Boivin et al., 1997). Saeki et al. (2000) ont attribué la variabilité des relations symbiotiques aux
variations des génotypes des différentes espèces végétales. Selon ces auteurs, le génotype du
végétal contrôlerait la formation des nodosités. Contrairement à ceux-ci, d’autres auteurs ont
montré que l’une des bases de la réponse des plantes à l’inoculation est liée à la capacité des
rhizobia à disposer dans leur génome un ensemble de gènes indispensables à la symbiose. Ces
derniers seraient impliqués dans la biosynthèse des lipochito-oligosaccharides communément
appelés facteurs Nod agissant comme molécules signal dans la formation des nodules (Boivin et
al., 2006).
5. Facteurs limitant la fixation biologique de l’azote
5.1. Facteurs environnementaux
5.1.1. Salinité
Parmi les facteurs environnementaux, la salinité constitue l’une des contraintes majeures limitant
le développement et la productivité des plantes cultivées. La salinisation des sols est le processus
d'accumulation de sels à la surface du sol et dans la rhizosphère. Les sols salins se caractérisent
par la présence de sels solubles tels que les ions Na+ et Cl- en concentration suffisamment élevée
dans la rhizosphère (Hu & Schmidhalter, 2001 ; Zhu, 2001). Ils constituent un environnement
défavorable à la croissance de la plupart des plantes et des bactéries qui leurs sont associées (El
Hilali, 2006).
Ces sols sont repartis à travers le globe terrestre. Ils existent dans les zones désertiques, côtières
et tropicales. Environ 40 % des surfaces agricoles dans le monde sont caractérisées par la
présence d’un problème potentiel de salinité (Zahran, 1999). Chaque minute, le monde perd en
moyenne 10 hectares de terres cultivables dont 3 ha à cause de la salinisation. En Afrique, près
de 40 millions d’hectares sont affectés par la salinisation, soit près de 2 % de la surface totale
(Kovda, 1983 ; Geetanjali & Neera, 2008).
Le stress salin affecte d’une manière délétère la croissance et la persistance des souches
rhizobiales dans le sol. Toutefois, la croissance des rhizobia sous des conditions salines varie
d’une espèce à l’autre et d’un type de sel à l’autre (El Sheikh & Wood, 1990). Il peut aussi
affecter certains processus physiologiques de la symbiose légumineuse-rhizobia et le
développement des nodules. En général, les premières étapes de la nodulation sont plus sensibles au
22
stress salin que plus tard. En effet, le sel inhibe l’activité de la nitrogénase et la respiration
nodulaire entrainant ainsi, une diminution des teneurs en azote total dans la plante (Salehi et al.,
2008 ; Arrese-Igor et al., 2011 ; Faghire et al., 2011). La réduction de l'activité fixatrice de N2 par
le stress salin est généralement due à la réduction de la respiration nodulaire (Aydi et al., 2008 ;
Bargaz et al., 2011). Cette réduction est liée à une limitation de l’oxygène, de l’azote
atmosphérique ou d’une diminution de la production de la léghemoglobine par les nodules
(López et al., 2008).
5.1.2. Température
La température joue un rôle important sur les équilibres microbiens du sol. Sous les tropiques, la
température peut atteindre 65 à 70 °C à la surface du sol et 50 °C dans les horizons inférieurs.
Ces températures élevées inhibent généralement la croissance des microorganismes (Hungria &
Vargas, 2000 ; Rahmani et al., 2009). Chez les rhizobia, les hautes températures peuvent
empêcher la nodulation et inhiber la fixation de l’azote atmosphérique. En effet, les températures
élevées affectent la différenciation des rhizobia en bactéroïdes et le fonctionnement de la
nodosité. Elles affectent aussi la production des exopolysaccharides et des lipopolysaccharides
(Zahran, 1999 ; Nandal et al., 2005). Les températures élevées engendrent également la
déshydratation et la dégradation des enzymes de la voie métabolique des rhizobia induisant chez
ces derniers, des modifications physiologiques, génétiques et biochimiques.
Quant aux basses températures, elles entraînent la gélification de l’eau cellulaire et l’inactivation
parfois irréversible des enzymes. Zhang et al. (1996) ont rapporté que les températures basses
extrêmes inhibent l’expression des gènes nod empêchant ainsi, l’infection et la nodulation.
Cloutier et al. (1992) ont observé que lorsque le stress thermique n’est pas extrême, la
température induit généralement l’expression de protéines de stress thermique qui assurent la
protection des enzymes clefs de la physiologie microbienne.
La température optimale pour la croissance des rhizobia et de la fixation d’azote est

généralement corrélée avec la zone climatique où ils sont isolés. Ainsi, certains auteurs ont
rapporté que les températures critiques de la fixation d’azote sont de 30 °C pour la trèfle et le
pois et varient entre 35 °C et 40 °C pour le soja (Michiels et al., 1994).
23
5.1.3. pH
Le pH du sol joue un rôle prépondérant aussi bien dans la survie et la prolifération des
rhizobactéries que dans la croissance de leur plante hôte. Les pH extrêmes affectent
considérablement tous les stades de la symbiose légumineuse-rhizobia. Ils occasionnent une
perte d’environ 25 % de la production agricole mondiale observée dans les terres cultivables
(Coventry & Evans, 1989). La majorité des légumineuses nécessitent des pH neutres ou
légèrement acides pour s’établir dans le sol.
Pour les rhizobia, l’acidité est généralement plus néfaste que l’alcalinité (Bordeleau & Prévost,
1994). Ces bactéries necessitent un pH optimal compris entre 6,5 et 7,5 pour leur croissance.
Toutefois, d’autres auteurs ont indiqué que les rhizobia présentent des réponses variées face aux
variations du pH (Jordan, 1984 ; Glenn & Dilworth, 1994). Ces auteurs ont observé que les
rhizobia ont la capacité de s’adapter à l’acidité des sols presentant des teneurs élevées en
aluminium et en manganèse par l’induction d’une réponse tolérante vis-à-vis du pH (Hungria &
Vargas, 2000).
5.2. Facteurs anthropiques
5.2.1. Métaux lourds
Les métaux lourds sont des éléments chimiques très répandus dans l'environnement. Ils ont une
origine naturelle ou anthropique. Certains métaux sont des éléments indispensables à la
croissance des rhizobia et de leurs plantes hôtes. Ils jouent un rôle important dans le métabolisme
des protéines, des glucides et des lipides. C’est le cas du calcium (Ca), du cuivre (Cu), du fer
(Fe), du molybdène (Mo), du nickel (Ni), du phosphore (P) et du zinc (Zn). Toutefois, ils
peuvent devenir toxiques lorsque la concentration dépasse un certain seuil (Loué, 1993).
D’autres métaux appelés « Eléments Traces Métalliques » (ETM) ont des effets toxiques pour les
organismes vivants même à faible concentration. Ils n’ont aucun effet bénéfique connu pour la
cellule. Ils ne peuvent pas être biodégradés et donc persistent dans l’environnement pendant de
longues périodes. La contamination des sols par les ETM sont d’origine anthropique. Les
principaux types de pollutions anthropiques proviennent de certaines pratiques agricoles telles
que l’apport d’engrais, des composts et des pesticides. C’est le cas du plomb (Pb), du mercure
(Hg) et du cadmium (Cd).
24
Les métaux lourds entraînent des modifications plus ou moins drastiques dans la structure des
communautés bactériennes telluriques (Moffett et al., 2003 ; Hinojosa et al., 2005). Les rhizobia
réagissent variablement aux différents types de métaux présents dans le sol. Certains chercheurs
ont rapporté que les souches à croissance lente sont plus résistantes aux métaux lourds que les
souches à croissance rapide (Tong & Sadowsky, 1994). D’autres estiment que les ETM peuvent
entraîner le déclin des populations de rhizobiums et affecter irréversiblement leur croissance et
leur performance symbiotique (Mc Grath et al., 1995 ; Giller et al., 1998).
5.2.2. Pesticides
Les pesticides ou produits phytosanitaires constituent l’ensemble des substances chimiques ou

biologiques utilisées pour empêcher, contrôler ou détruire un parasite (Fortin et al., 2001). Dans
le secteur agricole, les pesticides utilisés sont généralement chimiques et repartis dans l’une des
trois grandes catégories en fonction du type d’organisme ciblé. Ce sont les insecticides, les
herbicides et les fongicides.
Les insecticides sont employés pour protéger les plantes contre les insectes nuisibles. Leur
mécanisme d’action se fait soit directement sur les parasites cibles par simple contact, digestion
ou inhalation, soit indirectement, dans ce cas le pesticide pénètre et se diffuse dans la plante. Les
plus utilisés dans l’agriculture de subsistance sont ceux de la famille des pyréthrinoïdes de
synthèse (Cyperméthrine, Deltaméthrine), des organophosphorés (Chorpyriphos) et des
organochlorés dont le célèbre DDT commercialisé en 1942 et interdit en 1970 (Debbab, 2014 ;
Alix et al., 2016).
Les herbicides ou désherbants sont des molécules de synthèse ou non dont l’objectif est de
détruire ou de limiter la croissance de certains végétaux. Les premiers herbicides sont les dérivés
arsenicaux, les chlorates et le borate de sodium. Ces produits détruisaient indistinctement les
plantes et leur toxicité chez les mammifères était élevée. Toutefois, la recherche agrochimique a
permis l’identification d’un grand nombre de molécules ayant des cibles précises et souvent
spécifiques du monde végétal, voire d’une espèce végétale. Grâce à ces molécules, différentes
sortes d’herbicides tels que le Glyphosate et le 2,4-D sel d’amine ont été développés.
Les fongicides sont des produits phytosanitaires conçus pour combattre la prolifération des
maladies des plantes provoquées par des champignons. La famille la plus importante de
25
fongicides utilisés en agriculture est celle des dithiocarbamates. Les fongicides tels que le
Mancozèbe, le Manèbe et le Propineb font partie de cette famille. Ils sont capables d'agir au
niveau de plusieurs constituants cellulaires chez les champignons. Ce sont des fongicides de
contact que l'on utilise de façon préventive (Riadi et al., 2010).
L’utilisation des pesticides a pour but d’améliorer la productivité des plantes en les protégeant
des nuisibles. Toutefois, leur utilisation anarchique et répétée peut être défavorable pour les
rendements agricoles. En effet, certains pesticides libèrent en solution des éléments, comme le
Hg, le Ni et le Cu, qui ont potentiellement un effet toxique sur le sol, ce qui engendre une
modification de leur fertilité (Jiries et al., 2002 ; Floch et al., 2011). L’application massive de ces
produits de synthèse provoque un enrichissement des sols en métaux et augmente leur absorption
par les cultures entrainant ainsi, un risque potentiel de santé publique (Peris et al., 2007 ; Tu et
al., 2011). L’utilisation de ces produits agrochimiques a aussi un impact sur la communauté des
bactéries rhizosphériques impliquées dans la croissance et le développement des plantes. Leur
impact sur les bactéries nodulant les légumineuses ont fait l’objet de plusieurs travaux (Khan et
al., 2006 ; Al Abboud, 2014 ; Mohamad & Al-Naser, 2018).
6. Autres éléments majeurs limitant la croissance des plantes
6.1. Phosphore
Après l’azote, le phosphore (P) est le deuxième macronutriment majeur nécessaire à la

croissance et au développement des plantes (Vance, 2001 ; Solano et al., 2008 ; Keneni et al.,
2010). C’est un élément nutritif indispensable et irremplaçable pour les besoins vitaux des
plantes (Rfaki et al., 2014). Il est l’un des constituants essentiels de l'ADN, de l’ARN et de
nombreuses molécules énergétiques (ATP, ADP et AMP) chez tous les êtres vivants. Le
phosphore entre dans la composition des phospholipides qui contrôlent la stabilité et les
propriétés des membranes cellulaires (Marschner, 1995). Son rôle majeur est le stockage
d’énergie, et sa libération durant le métabolisme cellulaire.
La majorité du phosphore est généralement présente sous forme de complexes métalliques

insolubles liés au fer, à l’aluminium ou au silicium dans les sols acides ou avec le carbonate de
calcium dans les sols alcalins (Whitelaw, 2000 ; Gyaneshwar et al., 2002). Richardson et al.
(2009) ont estimé que la majorité des sols agricoles possèdent une quantité importante de P total
26
(phosphore organique et minéral). Toutefois, seule une faible fraction généralement inférieure à
1 % serait disponible ou assimilable pour être absorbé par les végétaux. Sa faible disponibilité
dans les sols est l’un des affecte la fixation symbiotique de l’azote et les rendements chez les
légumineuses. En effet, ces plantes ont des besoins plus importants en phosphore comparées aux
autres (Sadowsky, 2005). Le déficit en cet élément réduit le nombre et la masse des nodules ainsi
que l’activité de la nitrogénase des légumineuses (Qiao et al., 2007).
Les travaux de plusieurs chercheurs, ont montré que certains microorganismes ont la capacité de
solubiliser le Phosphore et améliorer la croissance des plantes. Le mécanisme commun utilisé par
ces microorganismes pour la solubilisation du phosphate tri-calcique est l’acidification du milieu
via la biosynthèse et la libération d’un large éventail d’acides organiques (Goldstein, 2007 ;
Delvasto et al., 2008). Parmi ces microorganismes, les rhizobia, grâce à leur capacité à produire
l’acide 2-ketogluconique et des enzymes phosphatases possèdent cette aptitude à solubiliser cet
élément chimique (Sharma, 2005).
6.2. Potassium
Le potassium est le troisième nutriment majeur important pour les plantes. Il intervient dans
plusieurs processus physiologique et biochimique lors de la croissance et le développement des
végétaux. En effet, le potassium joue un rôle clé dans la réalisation de la photosynthèse par
l’activation des enzymes de régulation de l’ouverture et de la fermeture des stomates. Il joue
également un rôle primordial dans le transport de l’eau et des nutriments à travers le xylème
(Pettrigrew, 2008 ; Shanware et al., 2014). Ainsi, sans une teneur adéquate de potassium, les
plantes poussent avec des racines peu développées ce qui pourrait entrainer une baisse qualitative
et quantitative de la production agricole.
Le potassium est présent dans le sol sous différentes formes. Il s’y trouve des formes
échangeables, non échangeables et sous la forme minérale comme la biotite, la muscovite, le
mica, etc. 90 à 98 % du potassium dans le sol est insoluble et inutilisable par la plante exceptée
une infine partie (1 à 8 %) présente dans la solution du sol (Parmar & Sindhu, 2013 ; Pratama &
Anas, 2016). Pour pallier cette insuffisance, les agriculteurs utilisent d’avantages d’engrais
phosphatés de synthèse dont l’utilisation répétée peut entrainer des conséquences négatives sur
l’environnement (Kumar & Dubey, 2012 ; Archana et al., 2013).
27
Ainsi, pour allier production agricole et protection de l’environnement, des chercheurs ont
montré que certains microorganismes du sol sont capables de solubiliser le potassium naturel
pour le mettre à la disposition de la plante (Kumar & Dubey, 2012). Les travaux de Liu et al.
(2012) et Archana et al. (2013) ont montré que Aspergillus niger, Clostridium pasteurianum,
Pseudomonas sp, Burkholderia, Bacillus mucilaginosus, B. extroquens, B. edaphicus, B.
circulans, Acidothiobacillus ferrooxidans et Paenibacillus sp. sont capables de solubiliser in
vitro le mica, la muscovite, la biotite et le feldspath. Ces microorganismes peuvent fournir une
technologie alternative pour rendre le Potassium disponible pour les plantes en protégeant ainsi
l’environnement (Rogers et al., 1998).
28
Deuxième partie : MATERIEL ET METHODES
Deuxième partie : Matériel et méthodes
1. Zone d’étude
1.1. Situation géographique
L’étude a été menée dans le Centre-Ouest de la Côte d’Ivoire, précisément dans les départements
de Daloa et Divo (Figure 7). Ces départements sont respectivement les chefs-lieux des régions du
Haut Sassandra et du Lôh Djiboua. Ils sont situés dans la Moyenne Côte d'Ivoire Forestière, entre
la Basse Côte d'Ivoire et la zone préforestière ou zone de transition.
Figure 7 : Présentation de la zone d'étude
29
1.1.1. Département de Daloa
Situé dans le Centre-Ouest de la Côte d’Ivoire, le département de Daloa est le chef-lieu de la

région du Haut Sassandra. Il est localisé entre 6°84’ et 6°91’ de latitude Nord et entre 6°41’ et
6°48’ de longitude Ouest (Konaté et al., 2018). Ce département a une superficie de 5 450 km2 et
regroupe les Sous-Préfectures de Daloa, Bédiala, Gadouan, Gboguhé, Gonaté et Zaïbo. Il est
limité par les départements de Zoukougbeu à l’Ouest, Bouaflé à l’Est, Issia et de Sinfra au Sud,
puis par ceux de Vavoua et Zuénoula au Nord. Selon le Recensement Général de la Population et
de l’Habitat (RGPH), la population du Département était de 591 633 habitants en 2014. Cette
population est constituée de trois (3) groupes. Le premier groupe est constitué des populations
autochtones qui sont : les Bété, les Niamboua, les Kwia, les Gouro et une partie des Niédéboua.
Le second groupe comprend les poulations d’allochtones composées en majorité des Baoulé,
Sénoufo et Malinké. Le dernier groupe est constitué d’allogènes dont des populations de la
CEDEAO (Burkinabès, Maliens, Guinéens, Sénégalais et Nigériens) et les communautés
libanaises et Mauritaniennes (PRICI, 2016).
1.1.2. Département de Divo
Autrefois situé dans la région du Bandaman, le département de Divo est actuellement le chef-lieu
de la Région du Lôh-Djiboua. Il est constitué des sous-préfectures de Divo, Chiepo, Didoko,
Hiré, Nébo, Ogoudou et Zégo (PRICI, 2016). Il est limité au Nord par le département d’Oumé,
au Sud par celui de Guitry, à l’Est par les Départements de Tiassalé et Grand-Lahou puis, à
l’Ouest par le Département de Lakota. Le département de Divo est composé d’une population
cosmopolite estimée en 2014 à 380 220 habitants selon les résultats du RGPH (INS, 2015).
Celle-ci comprend les peuples autochtones issus du groupe Krou (Dida et Godié) et du groupe
Akan (Ega), des allochtones (Baoulé, Malinké, Senoufo, Wê et Bété) et des allogènes
Burkinabés, Maliens, Nigérians, Guinéens, Nigériens et Libanais (MPD, 2016).
30
1.2. Sols, climat et végétation
La région du Haut Sassandra est située dans la Moyenne Côte d'Ivoire Forestière. Elle est
couverte par une forêt dense humide semi-décidue ou une forêt défrichée mésophile. Les sols du
département de Daloa sont de type ferralitique remanié faiblement à moyennement désaturés et
des ferrisols (Brou, 2010 ; Konaté et al., 2018).
Le régime climatique du département de Daloa est celui du domaine Guinéen. C’est un climat
humide avec quatre saisons dont deux saisons pluvieuses et deux saisons sèches. La première
saison des pluies se situe entre avril et mi-juillet et marque la plus grande saison des pluies. La
seconde saison pluvieuse est de courte durée. Elle se situe entre mi-septembre et novembre. Les
deux saisons se situent entre décembre et mi-mars, puis entre mi-juillet et mi-septembre
respectivement pour la grande et la petite. Les pluviométries moyennes sont comprises entre
1400 et 1600 mm par an avec une moyenne annuelle de 1300 mm. La température moyenne
annuelle est de 25,6 °C. Selon Brou (2005), le mois de juin représente le pic de la grande saison
pluvieuse et celui de septembre, le pic de la petite saison des pluies. Ces deux maxima sont
séparés par un ou deux mois plus ou moins pluvieux. Ces conditions naturelles favorables à un
bon développement agricole ont été à la base de la migration des populations allochtones et
allogènes vers cette zone qui demeure une zone agricole de référence.
Le département de Divo est couvet par différentes classes de sols. On n’y trouve des ferralitiques
moyennement lessivés dans sa moitié sud et des ferrisols dans le nord de la région (Dabin, 1960).
La végétation de la zone est constituée d’une mosaïque de forêts dégradées et de forêts denses
semi-décidues (Kassin, 2009). On y rencontre plusieurs espèces ligneuses. Le rélief est
caractérisé par de vastes plateaux offrant d’importantes potentialités agricoles et forestières.
Aujourd’hui, les activités humaines entrainent une dégradation progressive de celles-ci. Le
climat du département de Divo est de type équatorial de transition, qui associe deux saisons
pluvieuses à deux saisons sèches. Divo fait partie des régions moyennement arrosées du pays,
avec une pluviométrie moyenne annuelle comprise entre 1200 et 1600 mm, ainsi qu’une
31
température annuelle maximale autour de 35 °C et une minimale autour de 20 °C (Kassin et al.,
2008).
1.3. Activités agricoles
Les activités agricoles sont assez diversifiées dans le département de Daloa. On y trouve les
cultures de rente comme le café, le cacao et l’hévéa. C’est la deuxième zone de production du
cacao et la première du café du pays (MINAGRI, 2010). Les principales cultures familiales sont
le riz, la banane plantain, le manioc, le maïs et les légumes (Koffie-Bikpo & Kra, 2013).
Le département de Divo dispose de multiples potentialités dans le domaine agricole. Les

principales cultures de rente sont le cacao, le café et le palmier à huile. Ces cultures occupent une
place de choix dans la croissance économique de la Côte d’Ivoire. Dans ce département, les
cultures de subsistances sont dominées par le riz, le manioc, le maïs et les légumes (MPD, 2016).
1.4. Justification du choix de la zone d’étude
Les départements de Daloa et de Divo situés respectivement dans les régions du Haut Sassandra
et du Lôh Djiboua sont couverts par une forêt dense humide semi-décidue à une forêt défrichée
mésophile (Guillaumet & Adjanohoun, 1971 ; Kouamé & Zoro Bi, 2010). Ils ont connu une perte
de 84 % de leur superficie en forêts pendant les quatre (4) dernières décennies au profit des
cultures de rente (Koné et al., 2009). En effet, les régions du Haut Sassandra et du Lôh Djiboua
qui a habrité la zone de l’étude ont une part importante dans la production et la
commercialisation des produits de rentes tels que le cacao, l’hévéa et le palmier à huile. En 2003,
elles occupaient 21 % de la surface totale de la production cacaoyère en Côte d’Ivoire (Konaté et
al., 2015a). Malgré les potentialités de ces régions, elles font partie des huit (08) régions qui
enregistrent les taux élevés de populations rurales extrêmement pauvres avec 59,7 % pour le
Haut Sassandra et 58,1 % pour le Lôh Djiboua (Youan Bi, 2016 ; Ducroquet, 2017). Ce paradoxe
est dû au fait que les engrais et les pesticides utilisés par les agriculteurs sont acquis à crédit
(Youan Bi, 2016). Ceux-ci ont le devoir de rembourser ces crédits après les récoltes. Ainsi,
32
lorsque leurs recettes sont inférieures aux investissements réalisées, certains parmi eux sont
contraints de brader leurs champs pour rembourser les crédits contractés (Youan Bi, 2016). De
plus, l’utilisation répétée des jachères ne permet plus aux agriculteurs d’être autosuffisants en
aliments.
Ce travail réalisé dans cette zone permettra de proposer aux agriculteurs, à court terme, des
techniques culturales viables économiquement et écologiquement. En effet, les agriculteurs de la
zone de l’étude pourront utiliser le soja inoculé avec les rhizobia locaux pour fertiliser les
reliques de terre qu’ils disposent. Ils pourront ainsi reduire les investissements liés à l’achat des
intrants chimiques. Aussi, la vente des graines de soja ou de ses produits dérivés pourrait-elle
leur permettre de diversifier les sources de revenu.
33
2. Matériel
2.1. Matériel biologique
2.1.1. Matériel végétal
Le matériel végétal utilisé est constitué de cinq (05) cultivars de soja (Canarana, Doko, IT-235,
Piramama et Tracaja). Ces cultivars ont été fournis par le Centre National de Recherche
Agronomique (CNRA). L’ensemble de ces cultivars de soja est originaire du Brésil excepté IT-
235 qui provient de l’Institut International pour l’Agriculture Tropicale (IITA) basé à Ibadan au
Nigeria. Parmi ceux-ci, Canarana et Doko ont été introduits et cultivés en Côte d’Ivoire depuis
1990. Ils sont considérés actuellement comme des variétés locales de soja. Piramama et Tracaja
introduits dans le pays en 2007 sont en phase de prévulgarisation. En revanche, le cultivar IT-
235 issu du continent est une variété à forte promuscuité. Il est en phase de selection finale dans
le pays.
2.1.2. Matériel bactérien
Le matériel bactérien est constitué des bactéries locales nodulant le soja isolées des nodosités des
différents cultivars Canarana, Doko, IT-235, Piramama et Tracaja dans cette étude et la souche
Bradyrhizobium japonicum IRAT-FA3 utilisée comme référence. Cette souche de
Bradyrhizobium a été introduite en Côte d’Ivoire par le Laboratoire des Symbioses Tropicales de
Montpellier (LSTM) en France. Elle est utilisée dépuis une vingtaine d’années par le Centre
National de Recherche Agronomique (CNRA) pour produire de l’inoculum de soja.
2.2. Matériel technique
Le matériel technique est constitué du matériel de laboratoire et de matériel de terrain.
Le matériel de laboratoire est essentiellement constitué de :

- boîtes de Pétri pour l’ensemencement des bactéries ;
- une balance électronique de marque Adventurer Pro de précision 0,01 g pour réaliser les
pesées ;
- un réfrigérateur pour la conservation des produits et des isolats ;
- un vortex pour homogénéiser les précultures ;
34
- une plaque chauffante pour homogénéiser et chauffer les milieux de culture ;
- une étuve pour l’incubation des milieux de culture ;
- un autoclave pour la stérilisation des milieux et de la verrerie ;
- une hotte et un bec Bunsen pour travailler en condition d’asepsie ;
- un microscope optique pour l’observation de la forme des bactéries et de la coloration de
leur paroi.
Le matériel de terrain est composé de :
- décamètre pour mesurer les dimensions des terrains, des différentes parcelles du dispositif
utilisé et la hauteur des plants ;
- machettes et de dabas pour le labour des terrains ;
- sachets plastiques pour conserver les échantillons de sol et les nodules ;
- Pots en plastique de 3 litres pour les essais en conditions controllées ;
- un G.P.S (Global Positioning System) pour géorérérencer les sites d’échantillonnage des
sols et des parcelles expérimentales dans les différentes régions ;
- un appareil photographique pour les prises de vues des parcelles et des paramètres
végétatifs du soja.
35
3. Méthodes
3.1. Constitution d’une collection de rhizobia indigènes nodulant le soja
3.1.1. Collecte des échantillons de sols
Dans le but d’avoir une collection comportant un maximum de bactéries nodulant le soja, des
échantillons de sols ont été collectés lors des prospections sur six (06) sites dans le département
de Daloa. Ces sites d’échantillonnage sont localisés à Daloa, Bribouo, Gbétitapéa, Tapéguhé et
Gonaté. Cette dernière localité (Gonaté) a abrité deux (02) sites. Le choix des sites
d’échantillonnage a été fait en tenant compte de leur historique cultural (tableau IV). Un accent
particulier a été mis sur les sols ayant déjà reçu la culture de soja sans apport d’inoculum ou à
défaut d’autres types de légumineuses à graines telles que l’arachide (Arachis hypogaea), le niébé
(Vigna unguiculata), le soja vert (Vigna radiata) et le haricot (Phaseolus vulgaris).
Sur chaque site, des sous échantillons de sols ont été prélevés à l’aide d’une tarière à une
profondeur de 0 à 15 cm au hasard dans 05 endroits distincts et mélangés pour obtenir un
échantillon composite. Au total six (06) échantillons composites correspondant aux différents
sites ont été transportés au laboratoire, puis conservés dans des sachets plastiques à fermeture
hermétique à la température ambiante.
Tableau IV : Différents sites d’échantillonnage et leurs antécédents culturaux.
Sites Antécédents culturaux Coordonnées géographiques
Daloa Soja vert (Vigna radiata) 6°54’31.76’’N ; 6°26’14.99’’W
Bribouo Niébé (Vigna unguiculata) 6°52’22.12’’N ; 6°30’11.96’’W
Gbetitapéa Arachide (Arachis hypogea) 6°47’31.35’’N ; 6°27’7.84’’W
Gonaté Nord Soja (Glycine max) 6°55’36.59’’N ; 6°15’31.76’’W
Gonaté SODEFOR Soja (Glycine max) 6°53’59.14’’N ; 6°10’54.89’’W
Tapéguhé Haricot (Phaseolus vulgaris) 6°57’25.48’’N ; 6°28’22.69’’W
36
3.1.2. Piégeage des bactéries nodulant le soja
Le piégeage des bactéries nodulant le soja (BNS) potentiellement présentes dans les échantillons
de sols prélevés a été réalisé en conditions contrôlées (sous abri et un régime hydrique dependant
d’un arrosage régulier) sur le site expérimental de l’Université Jean Lorougnon Guédé de Daloa
(UJLoG) (6°54’27,37’’N ; 6°26’11,26’’W). Des pots en plastique de capacité 04 litres ont été
remplis avec les sols composites échantillonnés (Figure 8). Ces pots avaient une profondeur de 17
cm et un diamètre de 20 cm en surface et 15 cm à la base.
Les graines des cinq variétés de soja ont été stérilisées en surface avec une solution de chlorure
de mercure (HgCl2) à 0,1 % (m/v) pendant 3 min puis, rincées six fois à l'eau distillée. Trois (3)
graines stériles de chacune des variétés ont été semées dans chaque pot à une profondeur de 3 cm.
Chaque cultivar a été semé dans un pot avec quatre répétitions, soit 30 pots par bloc et 120 pots
pour l’ensemble des sols échantillonnés.
E= 1/17
Figure 8 : Pots en plastique contenant les sols composites échantillonnés
3.1.3. Collecte et conservation des nodules
La collecte des nodules a été réalisée au niveau des racines des plantules de soja obtenues au
début de la floraison. Les pots ont d’abord été secoués délicatement afin de vider leurs contenus.
Ensuite, les mottes de terres ont été débarrassées des racines manuellement sans toutefois
endommager les nodules. Puis, le système racinaire (racines et nodules) a été lavé plusieurs fois à
l’eau ordinaire afin d’éliminer les restes de terre. Enfin, les nodules obtenus ont été séchés sur du
37
papier filtre et conservés au réfrigérateur à 4 °C pour usage allant jusqu’à 2 jours. Toutefois, pour
une longue durée de conservation allant de 6 à 12 mois, une dessiccation a été faite. La méthode
utilisée est celle décrite par Vincent (1970) et Somasegaran & Hoben (1994). Elle a consisté à
déposer les nodules sur du coton dans des flacons stérilisés préalablement remplis de moitié par
du chlorure de calcium.
3.1.4. Isolement des rhizobia
La technique classique d’isolement des souches de rhizobium décrite par Cleyet-Marel (1989) a
été adoptée. Les nodules récupérés à partir des racines des différentes variétés de soja ont été
stérilisés superficiellement dans une solution de chlorure mercurique HgCl2 à 0,1 % (m/v)
pendant deux (2) minutes pour éliminer le plus de bactéries possibles de la rhizosphère. Ils ont
ensuite été rincés 10 fois à l’eau distillée stérile.
Les nodules stériles ont été écrasés individuellement dans 1 mL NaCl 8,5 ‰ à l’aide d’une anse
de platine jusqu’à obtenir une suspension laiteuse. L’opération est réalisée dans des conditions
d’asepsie totale (hotte à flux laminaire, pince flambée). Un volume de 100 µL de chaque broyat
laiteux obtenu a été ensemencé sur le milieu Yeast Extract Mannitol (YEM) solide additionné de
rouge Congo (Vincent, 1970). Ce milieu à base d’extrait de levure et de mannitol est strictement
dépourvu d’azote. Il est composé de Mannitol (10 g/L), d’Extrait de levure (1 g/L), de
K2HPO4.3H2O (0,46 g/L), de KH2PO4 (0,12 g/L), de MgSO4.7H2O (0,2 g/L), de NaCl (0,1 g/L),
d’Agar (14 g/L) et de rouge Congo (0,025 %). Les boites de pétri ensemencées ont été incubées à
une température de 28 °C pendant 2 à 7 jours.
3.1.5. Purification, conservation et nomenclature des isolats bactériens
Après croissance sur le milieu YEM solide, chaque colonie bactérienne représentant un
phénotype particulier (couleur, forme…) a été sélectionnée. Les colonies apparues après
l’incubation sur le milieu YEM ont subies une série de repiquages successifs sur le même milieu.
En effet, chaque colonie choisie a été prélevée par une anse de platine stérile et ensemencée par
des stries sur le milieu YEM solide puis réincubée à 28 °C pendant 2 à 7 jours. Ces isolats ont été
codifiés RSC (Rhizobia isolés du Soja en Côte d’Ivoire) et conservés pour des études ultérieures.
Deux méthodes de conservation des souches bactériennes ont été utilisées dans la présente étude,
38
- Pour la première technique de conservation, des tubes à essai contenant le milieu YEM
ont été autoclavés à 120 °C pendant 20 minutes, puis inclinés. Après refroidissement, chaque
isolat a été conservé par des stries sur la surface de la gélose inclinée. Les tubes ensemencés ont
été incubés à une température de 28 °C pendant 3 à 5 jours (Vincent, 1970). Cette technique
permet une conservation des isolats de 6 à 12 mois à 4 °C. Elle est qualifiée de conservation à
court terme. Elle est utilisée dans le cas des sous collections de travail.
- Quant à la deuxième méthode, elle a consisté à ensemencer les isolats dans des tubes
Eppendorfs contenant un milieu de cryoconservation à base de glycérol, puis conservés au
surgélateur à -80 °C. Cette méthode permet en général une conservation des isolats sur une
période relativement longue (4 à 10 ans).
3.1.6. Caractérisation biochimique et physiologique des isolats
3.1.6.1. Coloration de Gram
Les isolats obtenus ont été soumis à un test de coloration différentielle de la paroi à travers la
coloration de Gram. Ce test est une double coloration qui permet de mettre en évidence la forme,
l’arrangement, la pureté et la nature biochimique de la paroi des cellules purifiées. Ainsi, à partir
de pré-culture de chaque isolat, des frottis ont été faits sur des lames à l’aide d’une anse de
platine (flambée et refroidie) puis fixés à la chaleur du bec Bunsen. Ces lames ont été recouvertes
par une série de colorations dont le violet de gentiane (1 min), une solution iodée (lugol) pendant
30 secondes, quelques gouttes d’alcool-acétone et la fuschine (1 min). Chaque étape est suivie
d’un rinçage à l’eau distillée. Après séchage des lames, les bactéries colorées ont été observées au
microscope (X 100) avec de l’huile à immersion.
3.1.6.2. Vitesse de croissance
La vitesse de croissance des bactéries isolées a été évaluée sur le milieu YEM solide additionné
de rouge Congo. Chaque colonie bactérienne purifiée a été mise en culture dans des tubes
contenant le milieu YEM liquide pour constituer des précultures. Un volume égal à 10 µL de
chaque préculture de charge 109 cellules par millilitre est ensemencé sur le milieu gélosé, puis les
boites de pétri incubées à 28 C et le temps d’apparition de chaque colonie est observé.
39
3.1.7. Authentification des isolats et évaluation préliminaire de leur efficacité symbiotique
L’efficacité symbiotique des isolats a été réalisée à travers le test d’authentification. Ce test a été
conduit sous abri sur la station expérimentale de l’Université Jean Lorougnon Guédé de Daloa.
L’authentification consistait à vérifier l’aptitude des isolats à rénoduler la plante hôte. La capacité
à induire la formation de nodules sur les racines de la légumineuse hôte est un critère de base
pour la caractérisation des bactéries de la famille Rhizobiaceae (Somasegaran & Hoben, 1994).
Ce test a été réalisé sur un substrat stérile.
3.1.7.1. Préparation du substrat
Le substrat utilisé était le sable blanc de rivière. Ce substrat a d’abord été lavé jusqu’à ce que
l’eau devienne claire puis séché à l’air libre. Il a été ensuite stérilisé à l’étuve à 150 °C pendant
un (01) jour. Le sable aussitôt enlevé de l’étuve a été réparti dans les pots en plastique de capacité
3 L (Figure 9). Ces pots ont été préalablement désinfectés à l’eau de javel et leurs fonds ont été
perforés pour assurer l’aération et le drainage d’un éventuel excès d’eau.
A B C
D E F
E= 1/5
Figure 9 : Préparation du substrat.

A : Sable de construction riche en matière organique. B : Sable en début de lavage. C : Sable en fin de lavage.
D : Sable séché. E : Stérilisation du sable. F : sable stérile empoté.
40
3.1.7.2. Stérilisation des graines
Les graines de soja des culivars Canarana, Doko, IT-235, Piramama et Tracaja ont été
désinfectées avec une solution de chlorure mercurique acidifiée (HgCl2) 0,1 % (m/v) pendant 3
min, puis rincées 6 fois avec de l’eau distillée stérile. Elles ont ensuite été laissées dans la
dernière eau de rinçage pendant 24 h. Trois (3) graines ont été semées aseptiquement dans chaque
pot contenant le substrat stérile. Après la germination, les plantules ont été démariées afin de
laisser croitre que deux (2) plantules par pots.
3.1.7.3. Préparation des inocula et inoculation des plantules
Les isolats bactériens ont été mis en culture dans des tubes contenant 10 mL du milieu YEM
liquide, puis incubés à 28 °C dans un incubateur-agitateur à 120 tours/min pendant 5 jours.
Sept (07) jours après semi (JAS), 1 mL de la suspension bactérienne de chaque isolat dont la
charge a été estimée à 109 bactéries/mL a été utilisé pour inoculer les plantules de son cultivar
hôte. Pour chaque cultivar, des plantules non inoculées ont servi de témoins. Les plantules ont été
arrosées deux fois par semaine avec de l’eau distillée stérile et une fois avec de la solution
nutritive dépourvue d’azote.
Au bout de 35 JAS, les plantes ont été dépotées pour évaluer la capacité de chaque isolat
bactérien à former des nodosités sur le système racinaire de leur plante hôte respective. Les
nodules ont été observés, puis dénombrés et les isolats correspondants ont été clasés en fonction
de leur infectivité.
3.2. Evaluation du spectre d’hôtes et présélection des isolats
3.2.1. Evaluation du spectre d’hôtes de chaque isolat bactérien
La capacité de chaque isolat authentifié à noduler d’autres variétés de soja a été évaluée. Ainsi,
tout isolat ayant présenté une efficience élevée avec le cultivar hôte a été inoculé aux quatre (04)
autres cultivars de soja.
L’efficacité symbiotique (ES) d’une légumineuse est évaluée par comparaison de la biomasse
obtenue avec la fixation symbiotique et de la biomasse que permet une fertilisation avec un
41
engrais azoté de synthèse (Karaboneye, 2013). Elle a été déterminée selon la méthode proposée
par Maâtallah et al. (2002).
3.2.2. Evaluation des activités solubilisatrices du phosphate et du potassium par les isolats
Le pouvoir des microorganismes à solubiliser le phosphate et le potassium peut être visuellement

remarqué et même estimé en utilisant des méthodes de sélection sur milieu solide. Ce test est
considéré en général comme une caractérisation fiable et préliminaire des microorganismes
dissolvant le phosphate et le potassium (Katznelson et al., 1962 ; Bardiya & Gaur, 1974).
3.2.2.1. Solubilisation du phosphate
Le test de solubilisation du phosphate permet d’évaluer la capacité des bactéries à solubiliser le

phosphate tricalcique sur milieu Pikovskaya (PVK) par la production des zones claires autour des
colonies microbiennes (Pikovskaya, 1948). C’est un milieu de base préconisé à l’isolement des
microorganismes solubilisant les phosphates insolubles, il contient du phosphate tricalcique
Ca3(P04)2 comme seule source de phosphate. Ce milieu est composé de 10 g de D-Glucose, de 0,5
g de (NH4)2SO4, de 0,2 g de NaCl, de 0,1 g de MgSO4.7H2O, de 0,2 g de KCl, de 0,5 g d’Extrait
de levure, de 0,002 g de MnSO4.5H2O, de 0,002 g de FeSO4.7H2O et de 5 g de Ca3(PO4)2 pour 1
Litre.
La capacité de solubilisation des phosphates a été testée selon la méthode décrite par Nautiyal
(1999). Un volume de 10 µL de chaque culture bactérienne a été déposé en spot à la surface de la
gélose PVK et incubé à 28 °C pendant 7 jours. Le diamètre de la zone claire autour de la colonie
et le diamètre de la colonie ont été mesurés selon la méthode de Chibani (2017). L’indice de
solubilisation du phosphate (ISP) a été calculé par la formule suivante :
42
3.2.2.2. Solubilisation du potassium
Les rhizobia indigènes nodulant le soja ont été soumis à ce test afin d’évaluer leur aptitude ou
non à solubiliser le potassium sur le milieu Aleksandrov. Dans ce test, une roche potassique (le
mica) a été utilisée comme source de potassium insoluble. Toute bactérie capable de produire une
zone claire autour de la colonie sur le milieu Aleksandrov après sept (7) jours d’incubation à
28°C est susceptible de solubiliser le potassium. Ce milieu est constitué de 5 g de Glucose, de 0,5
g de MgSO4.7H2O, de 0,1 g de CaCO3, 0,005 g de FeCl3, 2 g de poudre de mica (potassium
insoluble) et de 14 g d’Agar pour 1 litre d’eau distillée stérile.
Un volume de 10 µL de chaque culture bactérienne a été déposé en spot à la surface de la gélose

du milieu Aleksandrov. Après incubation à 28 °C pendant 7 jours, un halo blanc ou rose apparaît
autour des colonies ayant la capacité de solubiliser le potassium (Hu et al., 2006). La
détermination de l’indice de solubilisation de potassium (ISK) est faite selon la formule :
3.3. Evaluation in vitro des facteurs environnementaux et anthropiques sur la croissance des
isolats bactériens
3.3.1. Effet des facteurs environnementaux sur la croissance des isolats bactériens
3.3.1.1. Tolérance aux variations de pH
L’évaluation de la tolérance des isolats bactériens aux pH acides et alcalins a été réalisée sur
milieu YEM solide. Les boîtes de Pétri subdivisées en sections sont ensemencées par 10 μL de
chaque suspension bactérienne dont la charge était de 109 bactéries/mL, puis incubées dans les
boites de pétri contenant le milieu YEM à différents pH à 28 °C selon les tests préalablement
décrits. Les valeurs du pH ont été fixées à pH = 4 ; pH = 4,5 ; pH = 5 ; pH = 6 ; pH = 6,5 ; pH =
7 ; pH = 8 ; pH = 9 et pH = 10. Sept (07) jours après l’incubation, la capacité des isolats à tolérer
la variation du pH a été observée (Zhang et al., 2014 ; Konaté et al., 2015d).
43
3.3.1.2. Tolérance à la température
Ce test de tolérance à la température des isolats a été réalisé sur du YEM solide à 0,1 % de NaCl,
à pH = 7. Chaque boîte de pétri contenant le milieu YEM solide a été ensemencée par 10 μL
d’une pré-culture fraîchement préparée puis incubée à différentes températures. Les températures
d’incubation ont été 4 °C, 10 °C, 15 °C, 20 °C, 28 °C, 35 °C, 40 °C et 45 °C. Sept (07) jours
après l’incubation, le niveau de croissance des isolats a indiqué la capacité de ceux-ci à tolérer la
variation de la température (El Hilali, 2006).
3.3.1.3. Tolérance à la salinité
La tolérance des souches à la salinité a été évaluée par la détermination de la croissance sur le
milieu YEM solide additionné de NaCl à différentes concentrations. Le sel a été ajouté dans le
milieu avant autoclavage à des concentrations de 0 %, 0,5 %, 1 %, 1,5 %, 2 %, 3 %, 4 %, 5 %, 8
% et 10 % (Hajjam et al., 2016). Les boîtes de Pétri subdivisées en sections ont été ensemencées
par 10 μL de chaque suspension bactérienne dont la charge était de 109 bactéries/mL. La
croissance des bactéries a été estimée par l'importance du diamètre de la colonie en comparaison
à des témoins sans sel sept (07) jours après l’incubation (Reva et al., 2002 ; Konaté et al., 2014).
3.3.2. Effet des facteurs anthropiques sur la croissance des isolats bactériens
3.3.2.1. Effet des métaux lourds
Ce test a été réalisé afin d’évaluer la capacité des souches à résister à différentes concentrations
de métaux lourds sous forme de chlorures, de sulfates et de sels de plomb. Les solutions de
différents métaux ont été stérilisées par filtration (Millipore 0,22 μm) puis additionnées au milieu
YEM gélosé (Zhang et al., 2014 ; Hajjam, 2017). Les métaux lourds utilisés et leurs différentes
concentrations sont consignés dans le tableau V. Les boîtes de pétri ont été ensemencées comme
précédemment et incubées à 28 °C pendant 7 jours.
44
Tableau V: Différents métaux lourds et leurs concentrations testés
Noms des Formules Masses Molaires (g/L) Concentrations testées

métaux chimiques (μg/mL)
Chlorure de CoCl2 129,84
50 - 75 - 100
Cobalt II
Sulfate de Zinc ZnSO4.7H2O 287,40
Sulfate de CuSO4.5H2O 249,68 200 - 400 - 600
Cuivre
Sulfate de MnSO4.5H2O 241,08 400 - 800 - 1200
Manganèse
Acétate de Pb(C2H3O2)2 379,33 1000 - 1500 - 2000
Plomb
3.3.2.2. Effet des Pesticides
Le test de sensibilité/tolérance des rhizobia nodulant le soja (Glycine max. L) aux pesticides a été
réalisé suivant le protocole de Khan et al. (2006) modifié par Konaté et al. (2015b). La dose
recommandée et la moitié de la dose recommandée de chaque pesticide ont été ajoutées
aseptiquement et séparément aux différents milieux YEM gélosés stériles et refroidis à 60 °C.
Après solidification des milieux gélosés, un volume de 10 µL de chaque isolat en préculture
fraîche avec une charge de 109 bactéries/mL a été inoculé sur les milieux de culture subdivisés en
16 secteurs. Les cultures ont été incubées à 28 °C pendant 72 heures.
Les pesticides utilisés pour ce test sont constitués d’herbicides (Glyphosate, Haloxyfop-R
méthyle et 2,4-D sels d’amine), de fongicides (Mancozèbe et Propinèbe) et d’insecticides
(Cypermethrine, Chlorpyrifos-ethyl et Lambda-cyhalothrine + Acétamipride).
3.4. Evaluation au champ de l’efficacité symbiotique et agronomique des isolats

présélectionnés
3.4.1. Dispositif expérimental
L’expérimentation en conditions paysannes a été réalisée sur trois sites n’ayant jamais reçu
d’inoculum de souches de rhizobia afin de pouvoir évaluer l’impact réel des isolats bactériens sur
la nodulation, la productivité du soja et la qualité du sol sur chaque site. Les sites sont situés à
Daloa, à Divo et à Hiré dans le Centre-Ouest de la Côte d’Ivoire.
45
Sur chaque site, l’expérimentation a été conduite selon un dispositif en split plot à deux facteurs
avec 3 répétitions (Figure 10). L’un des facteurs a été l’inoculation avec 10 modalités dont 7
isolats indigènes (RSC115, RSC119, RSC309, RSC324, RSC502, RSC504 et RSC508), 1 souche
de référence (IRAT-FA3), 1 témoin azoté (TN) représenté par l’engrais de synthèse NPK de
formulation 12 22 22 et 1 témoin non traité (T0). L’autre facteur est représenté par trois (3)
variétés de soja qui sont : Canarana, Doko et Piramama. Sur chaque site, le nombre de parcelles
par variété a été fixé à 30 soit au total 90 parcelles par site d’expérimentation. Ainsi, l’ensemble
des essais au champ comprenait 270 parcelles élémentaires. Chaque parcelle élémentaire a une
superficie de 3 m x 2 m, soit 6 m2.
46
Canarana Doko Piramama

1m 1m Piramama
1m 1m
T1 T3 T9
1m 1m
1m
2m T2 T8 T4
T3 T6 T5
1m
T4 T9 T7 31 m
T5 T7 T10
T6 T1 T2
T7 T10 T8
T8 T4 T1
T9 T2 T3
T10 T5 T6
13 m
Figure 10 : Dispositif expérimental en condition de champ

T1 : Inoculation avec RSC115 ; T2 : Inoculation avec RSC119 ; T3 Inoculation avec RSC309 ; T4 : Inoculation avec
RSC324 ; T5 : Inoculation avec RSC502 ; T6 : Inoculation avec RSC504 ; T7 : Inoculation avec RSC508 ; T8 :
Inoculation avec la souche de référence IRAT FA3 ; T9 : apport d’engrais de synthèse (12 22 22) sans inoculation
(TN) ; T10 : Témoin absolu sans apport d’engrais et d’inoculum (T0).
3.4.2. Inoculation et semis des graines de soja

L’inoculum bactérien a été conditionné sous la forme concentrée dans des sachets de 100 g de
tourbe stérilisée au sein de l’Unité de Production d’Inoculum de Légumineuses (UPIL) du CNRA
de Bouaké. La densité des bactéries a été estimée à 109 bactéries/gramme d’inoculum. Avant le
semis, les graines de soja ont été inoculées avec les inocula contenant individuellement chacune
47
des souches sélectionnées. La méthode d’inoculation par enrobage des semences a été utilisée à
raison de 15 kg de semences pour une dose de 100 g d’inoculum. Cette méthode consiste à la
préparation d’une solution épaisse en faisant dissoudre 120 g de sucre dans 250 mL d’eau (Figure
11-A). La dose d’inoculum a ensuite été mélangée dans la solution sucrée (Figure 11-B). Le
mélange de l’inoculum et de l’eau sucrée a été versé sur les graines puis l’ensemble a été mélangé
jusqu’à ce que l’inoculum adhère à la totalité des graines (Figure 11-C-D).
Les graines ont été semées en lignes à raison de 3 graines par poquet à une profondeur de 3 cm.
Chaque parcelle comptait sept (7) lignes et dix (10) poquets par ligne. Les poquets étaient
distants entre eux de 20 cm et les lignes de 50 cm entre elles. Sept (07) jours après la levée, un
démariage a été fait pour avoir deux (2) plants par poquet, soit 20 plants par ligne et 140 plants
par parcelle élémentaire (Figure 12).
Les observations des paramètres ont été faites sur les huit (08) lignes du milieu représentant la
parcelle utile en laissant les deux d'extrémités pour éviter les effets de bordure.
A B
C D
Figure 11 : Processus d’inoculation des graines de soja (Kouamé et al., 2007).

A : Préparation de l’eau sucrée ; B : Incorporation de l’inoculum dans la solution d’eau sucrée ; C : Mélange de
l’inoculum aux graines ; D : Adhésion de l’inoculum par les graines.
48
Figure 12 : Parcelle élémentaire

: Limite de la parcelle élémentaire ; : Limite de la parcelle utile ; : Poquet
3.4.3. Observations et mesures
3.4.3.1. Détermination de l’incidence des isolats sur la nodulation et les paramètres

végétatifs du soja
En début de floraison, cinq (5) plantules par traitement et par répétition ont servi à mesurer
l’incidence de chaque traitement sur les paramètres végétatifs et de nodulation.
Les paramètres végétatifs évalués sont la hauteur des plants, l’aspect des plants, les biomasses
fraiches et sèches. D’autres paramètres à savoir le délai de floraison, le niveau d’insertion de la
première gousse et le délai de maturité des gousses ont été déterminés respectivement en début de
la floraison, lors de la formation des gousses et à la maturité des gousses pour chaque traitement
en fonction de la variété de soja.
Les paramètres de nodulation déterminés sont le nombre de nodosités et les poids secs des
nodosités par plantule. Ces différents paramètres ont servi à renseigner sur l’infectivité des isolats
bactétriens en condition réelle.
49
3.4.3.2. Détremination de l’incidence des isolats sur la production et le rendement en
gousses et en graines du soja
Au stade de maturité, le nombre et le poids des gousses par plant, puis le poids de 100 graines et
le rendement à l’hectare ont été déterminés pour chaque traitement. Les rendements à l’hectare
ont été obtenus par extrapolation de la masse des graines selon la formule suivante :
3.4.4. Evaluation de l’effet post récolte du soja inoculé sur la qualité du sol
Avant la mise en place des essais, des échantillons de sols des sites expérimentaux ont été
prélevés sur chaque site à l’aide d’une tarière à une profondeur de 0 à 15 cm au hasard dans 5
endroits distincts. Ces échantillons de sol prélevés sur chaque site ont été mélangés pour obtenir
un échantillon composite. Au total trois (03) échantillons composites ont été obtenus par site, soit
neuf (09) au total. Ces échantillons de sols ont été analysés au laboratoire d’analyse des végétaux
et des sols de l’Institut National Polytechnique Félix Houphouët-Boigny de Yamoussoukro (INP-
HB). Les paramètres évalués sont la granulométrie, le pHeau, la teneur en carbone organique et en
azote total, le phosphore assimilable, le phosphore total, la capacité d’échange cationique (CEC)
et les bases échangeables. A la fin de l’expérimentation, d’autres échantillons de sol ont été
prélevés un (01) mois après la récolte du soja sur chaque parcelle du site expérimental de Daloa
et analysés. Les analyses ont concerné les paramètres indiqués ci-dessus excepté la
granulométrie, la CEC et les bases échangeables. La comparaison des états initial et final du sol a
permis d’évaluer l’impact réel de l’inoculation sur la qualité des sols.
La granulometrie a été effectuée par la méthode densimétrique à l’aide de la pipette de Robinson

(Gee & Bauder, 1986). Cette méthode consiste à séparer les particules du sol en fonction de leurs
dimensions. Elle permet de connaître sous une forme pondérale, la repartition des particules
minérales de moins de 2 mm de diamètre selon différentes classes de grosseur.
Le pHeau des sols a été mesuré par lecture directe au pH-mètre selon un rapport sol/eau distillée
de 1: 2,5 (m/v) après agitation de la suspension à 175 tours par minute pendant 30 minutes
50
(Anderson & Ingram, 1993). Le pH fournit des informations sur l’activité microbienne du sol et
sur le dégré d’assimilation des éléments chimiques par les plantes. Il représente ainsi du point de
vue agronomique un indicateur de la fertilité du sol (Pansu & Gautheryou, 2003).
Le carbone organique a été dosé après calcination des échantillons de sol au four à moufle selon
la méthode de Walkley et Black (1934), puis converti en matière organique (MO) en utilisant le
facteur 1,724 (MO = C x 1,724).
Le dosage de l’azote a été réalisé selon la méthode Kjeldahl (Bremner, 1996). Cette méthode se
déroule en trois étapes (minéralisation, distillation et titration). La minéralisation consiste en la
transformation de l’azote organique en une forme minérale (le sulfate d’ammonium) dans un
milieu concentré acide sulfurique (H2SO4), en présence d’un catalyseur (K2SO4) dont le rôle est
d’augmenter et de stabiliser la température de la réaction. La distillation permet la transformation
du (NH4)2SO4 en NH4OH en présence d’un excès de soude qui alcalinise le milieu réactionnel. La
solution obtenue est distillée, puis l’ammonium est recupéré dans une solution d’acide borique.
La solution résultante a été titrée à l’aide d’une solution d’acide sulfurique.
Le phosphore assimilable a été déterminé selon la méthode Olsen modifiée (Dabin, 1967) et le
phosphore total par colorimétrie après extraction à l’acide perchlorique (Murphy & Riley, 1962).
Les bases échangeables (Na+, K+, Ca3+, Mg2+) ont été extraites grâce à l’acétate d’ammonium 1
M tamponnée à pH=7. Le calcium et le magnesium ont été quantifiés par absorption atomique.
Quant au potassium, il a été mesuré à travers une spectrophotometrie à flamme (Eponon et al.,
2019). La capacité d’échange cationique (CEC) correspond à la somme des bases du complexe
d’échange.
3.5. Analyses statistiques des données
Toutes les données ont été saisies sous le tableur Excel 2007. Les diagrammes et les régressions
linéaires ont été réalisés grâce à ce tableur. La comparaison des moyennes des données collectées
tant sur le sol que le soja a été faite par une analyse de la variance (ANOVA) au seuil de
probabilité 5 %. Lorsqu’une différence significative est avérée entre les les traitements pour un
caractère donné, le test de la plus petite différence significative (LSD) de Fisher est réalisé au
seuil de 5 %. Toutes ces analyses ont été effectuées à l’aide du logiciel STATISTICA 7.1.
51
Troisième partie : RESULTATS ET DISCUSSION
Troisième partie : Résultats et discussion
1. Résultats
1.1. Collection de rhizobia indigènes nodulant le soja
1.1.1. Influence de l’origine du sol et du précédent cultural sur la nodulation
Les résultats du test de piégeage ont montré que l’origine du sol et de l’antécédent cultural ont
influencé la formation de nodules sur les systèmes racinaires des différents cultivars de soja
(Figure 13). En effet, seuls les échantillons de sol provenant de la localité de Gonaté avec
précédents de culture de soja ont induit la formation de nodules. Les sols provenant de Bribouo,
de Daloa, de Gbetitapéa et de Tapéguhé ont été incapables d’induire la formation de nodules
chez les cinq (05) cultivars de soja (Canarana, Doko, IT 235, Canarana et Tracaja) testés bien
que ces derniers avaient des antécédents de cultures de légumineuses.
Aussi, l’analyse de la variance a révélé que le nombre de nodules formés sur les sites de Gonaté
SODEFOR et Gonaté Nord a varié en fonction du cultivar de soja. Sur le sol de Gonaté
SODEFOR le nombre de nodules a été plus élevé (38) sur le cultivar Piramama, tandis que peu
de nodules ont été observés sur les cultivars IT_235 et Tracaja (5 et 3 nodules respectivement).
En revanche, le nombre de nodules le plus élevé sur le sol de Gonaté Nord a été observé sur le
cultivar IT_235 (Annexe 1). Ce cultivar a induit en moyenne 27 nodules par plante. Sur ce site,
les cultivars Piramama, Doko et Canarana ont induit respectivement 7 ; 9 et 10 nodules par
plantule. De plus, aucun nodule n’a été observé sur le système racinaire du cultivar Tracaja sur
ce même sol. Dans l’ensemble, le cultivar Tracaja a été le moins compatible avec les rhizobia
indigènes sur les échantillons de sols provenant des sites d’échantillonnage de la localité de
Gonaté.
52
40 Canarana
35
Nombres de nodules
Doko
30
25 IT 235
20 Piramama
15 Tracaja
10
5
0
Sites des sols échantillonnés
Figure 13 : Nombre de nodules obtenus en fonction des sols échantillonnés et de la variété de soja
1.1.2. Caractéristiques morphologiques et biochimiques des isolats bactériens
L’isolement des bactéries à partir des nodules des différents cultivars de soja a permis d’obtenir
sur milieu le YEM (Yeast Extract Mannitol) plusieurs colonies après deux (02) à sept (07) jours
d’incubation à 28 °C. Le repiquage et la striation en surface d’une colonie représentative d’un
groupe morphotype ont permis la sélection de quatre-vingt-neuf (89) isolats codifiés RSC
(Rhizobia isolés du Soja en Côte d’Ivoire).
La caractérisation morphologique de ces isolats a montré une diversité des différents paramètres
étudiés (forme, élévation, couleur, opacité et diamètre des colonies). En effets, les isolats ont
formé sur le milieu YEM solide des colonies circulaires à ovoïdes de diamètre variable (1 à 7
mm) avec un aspect gommeux, translucide ou crémeux (Annexe 2). La majorité de ceux-ci a
présenté des couleurs rosâtre, blanchâtre ou beige indiquant une faible absorption du rouge
Congo. Toutefois, les isolats RSC119 et RSC502 provenant respectivement des nodules de Doko
et de Tracaja ont présenté une coloration jaunâtre, ce qui les distinguent des autres isolats
(Tableau VI).
En considérant leur vitesse de croissance, ces isolats ont été scindés en deux (02) groupes. Les
isolats du groupe I ont été visibles sur le milieu YEM entre 2 et 3 jours d’incubation. En
revanche, ceux du groupe II n’ont pu croitre qu’après 4 jours d’incubation.
Le test de la coloration de Gram a révélé que les 89 isolats sont tous des bacilles à Gram négatif
(Figure 14).
53
Tableau VI : Caractéristiques morphologiques, physiologiques et biochimiques des isolats bactériens
locaux du soja sur le milieu YEM.
D.C Vit. C
Isolats Forme Elevation Couleur Opacité C. Gram
(mm) (jours)
RSC101 circulaire Bombée Beige Transparent 5 3 Négative

RSC102 circulaire Plate Beige Transparent 7 2 Négative
RSC103 circulaire Bombée Blanchâtre Translucide 5 2 Négative
RSC104 circulaire Bombée Blanchâtre Transparent 4 3 Négative
RSC107 circulaire Plate Rosâtre Transparent 5 2 Négative
RSC110 circulaire Plate Beige Translucide 3 3 Négative
RSC111 circulaire Plate Beige Opaque 5 2 Négative
RSC119 circulaire Plate Jaunâtre Transparent 1 2 Négative
RSC209 circulaire Bombée Beige Opaque 4 3 Négative
RSC213 circulaire Bombée Beige Opaque 6 2 Négative
RSC214 ovoïde Bombée Beige Opaque 5 2 Négative
RSC304 circulaire Bombée Rosâtre Opaque 4 2 Négative
54
RSC305 circulaire Bombée Rosâtre Transparent 5 2 Négative
RSC309 circulaire Bombée Jaunâtre Transparent 2 4 Négative
RSC401 circulaire Plate Jaunâtre Opaque 5 5 Négative
RSC408 point Plate Rosâtre Transparent 2 6 Négative
RSC409 circulaire Plate Blanchâtre Transparent 1 5 Négative
RSC412 irrégulière Plate Blanchâtre Transparent 2 6 Négative
RSC413 irrégulière Plate Beige Transparent 6 2 Négative
RSC502 circulaire Plate Jaunâtre Transparent 4 3 Négative
55
Vit. C : Vitesse de croissance ; C Gram : Coloration de Gram ; D.C : Diamètre des colonies ; RSC : Rhizobia de
Soja isolés en Côte d’Ivoire
Figure 14 : Aspect microscopique des isolats du soja après la coloration de Gram (G×100).
1.1.3. Isolats bactériens du soja authentifiés
Un total de 89 isolats a été collectionné à partir de l’isolement direct de nodosités fraîches issues
des racines de plantules de soja. Tous ces isolats ont présenté des traits distinctifs (morphologies,
temps de génération, coloration de Gram) des rhizobia. En effet, il est ressorti que l’infectivité
des isolats locaux est variable. Une proportion de 66,29 % des isolats a été capable de rénoduler
la plante hôte de soja. Aussi, le nombre de nodules formés a-t-il varié en fonction de l’isolat pour
chaque variété hôte. Le nombre de nodules formés par plantule est compris entre 1 et 45. En
tenant compte du nombre total de nodosités formées sur chaque plantule de soja, l’étude a
montré que :
- 63 % des isolats ont une infectivité symbiotique inférieure à 10 nodules par plantule.
- 12 % des isolats ont une infectivité comprise entre 10 et 20 nodules par plantule.
- 8 % des isolats ont une infectivité comprise entre 20 et 30 nodules par plantule.
- 17 % des isolats ont une infectivité supérieure à 30 nodules par plantule (Figure 15).
Le test d’authentification a permis aussi d’identifier les rhizobia locaux les plus infectifs. Il s’agit
des seize (16) rhizobia locaux ayant induit une infectivité supérieure à 20 nodules par plant. Ce
56
sont RSC114, RSC115, RSC119, RSC207, RSC309, RSC310, RSC312, RSC323, RSC324,
RSC325, RSC412, RSC413, RSC502, RSC504, RSC506 et RSC508 (Tableau VII). Toutefois, ce
sont les isolats RSC119, RSC508 et RSC 309 qui ont induit les nombres les plus élevés de
nodules respectivement : 45, 43 et 42 nodules formés avec les plantes hôtes (Figure 16).
[0-10]
17% ]10-20]
]20-30]
8%
>30
12% 63%
Figure 15 : Répartition des isolats en fonction de leur infectivité.
A B
C D
E= 1/3
Figure 16 : Nodules induits sur les racines de différents cultivars de soja par les rhizobia locaux.
A. Cultivar Canarana sans inoculation ; B. Cultivar Tracaja inoculée avec l’isolat RSC508 ; C. Cultivar Doko
inoculée avec l’isolat RSC119 ; D. Variété Piramama inoculée avec l’isolat RSC309.
57
Tableau VII : Liste des isolats locaux authentiques du soja en fonction des variétés
Isolats Nombre de Variété hôte Isolats Nombre de Variété hôte

nodules/plante nodules/plante
RSC101 1 Doko RSC315 7 Piramama
RSC201 2 IT_235 RSC324 32 Piramama
RSC211 3 IT_235 RSC406 5 Canarana
RSC301 11 Piramama RSC412 22 Canarana
RSC304 5 Piramama RSC501 4 Tracaja
RSC314 7 Piramama
58
1.1.4. Evaluation du spectre d’hôtes de soja des isolats authentifiés
1.1.4.1. Capacité d’induction de nodosités sur différents cultivars de soja
Les 16 isolats les plus infectifs sur 89 testés lors du test d’authentification ont pu induire la
formation de nodosités avec d’autres cultivars de soja contrairement aux témoins. Toutefois,
l’analyse de la variance a montré que le nombre de nodules formés a été influencé
significativement (P = 0,02) par les isolats et les cultivars testés. Une proportion de 81,3 %
isolats a induit la formation de nodosités sur tous les cultivars testés (Canarana, Doko, IT_235,
Piramama et Tracaja). L’isolat RSC114 a été la bactérie qui a eu le spectre d’hôtes le plus étroit.
En effet, cette bactérie n’a pu induire la formation de nodosités sur le système racinaire des
cultivars Canarana, Doko, et Tracaja (Tableau VIII).
Parmi les isolats indigènes à large spectre d’hôtes, RSC115, RSC119, RSC309, RSC324,
RSC502, RSC504 et RSC508 ont été plus infectifs par rapport à la souche de référence
(Bradyrhizobium japonicum IRAT FA3) avec les cultivars excepté Canarana. L’isolat RSC504 a
été la bactérie qui a induit le plus la formation de nodosités sur les racines des cultivars Doko,
IT_235 et Tracaja. Il a induit respectivement la formation de 52 ; 79 et 66 nodules par plant. En
revanche, la souche B. japonicum IRAT FA3 a induit la formation de 34, 35 et 20 nodules par
plant respectivement avec ces mêmes cultivars. Pour le cultivar Piramama, l’isolat RSC502 a été
le plus infectif avec 64 nodules formés par plant contre 35 nodules par plant pour la souche de
référence.
Sur l’ensemble des cultivars, Canarana a été moins réceptif à l’inoculation avec les isolats
locaux. En effet, aucun isolat indigène n’a pu accroitre la formation de nodosités sur son système
racinaire par rapport à B. japonicum IRAT FA3. Toutefois, cette souche a induit statistiquement
le même nombre de nodules que l’isolat RSC119.
En tenant compte de leur réceptivité vis-à-vis des isolats locaux, les cultivars de soja testés ont
été classés en trois (03) groupes : le premier groupe concerne le cultivar Piramama avec plus de
30 nodules formés en moyenne sur son système racinaire ; le second groupe est composé des
cultivars Doko, IT-235 et Tracaja avec un nombre de nodules compris entre 20 et 30. Le cultivar
Canarana, avec moins de 20 nodules observés en moyenne sur son système racinaire, constitue le
troisième groupe.
59
Tableau VIII : Nombre de nodules induits par 16 rhizobia indigènes sur différents cultivars de soja
Sources Cultivars de soja

Moyenne
d’azote Canarana Doko IT_235 Piramama Tracaja
RSC114 - - 8±1g 11±2,1hi - 4
RSC115 10±1,5ge 39±2c 39±2d 58±4,5b 28±4,6e 35
RSC119 28±4a 45±3b 37±3de 42±2,4d 38±2c 38
RSC207 10±1,5ge - 28±2f 13±3h 4±1 11
RSC309 16±2d 40±3c 25±2f 42±2,9d 24±1,7f 29
RSC310 13±2ef 10±1,5f 1±0h 38±3,2de 9±2i 14
RSC312 8±1,7e 18±2,6e 25±2,6f 30±2,1f 9±1i 18
RSC323 10±1,5ge 1±0,6h 26±2f 36±1,5e 1±0jk 15
RSC324 18±2d 35±3d 28±1,7f 50±2,1c 25±3ef 31
RSC325 12±2fg 7±1,5fg 46±3,6c 39±3,6de 15±3h 24
RSC412 18±2d 8±1,5f 8±1g 15±0,6h 2±1jk 10
RSC413 13±2ef 4±1,5g - 9±1,1i 8±1i 7
RSC502 15±2de 46±1,6b 36±1,7de 64±3,5a 58±2,6b 44
RSC504 21±3c 52±2a 79±3a 36±1,5e 66±3,6a 51
RSC506 12±2fg 34±1,7d 35±1e 26±2,9g 34±2d 28
RSC508 24±4b 47±2,5b 50±3,5b 41±3d 32±2,6d 39
IRAT FA3 27±5a 34±1,7d 35±1,7e 35±1,5ef 20±2g 30
TN - - - - - -
T0 - - - - - -
Moyenne 16 26 30 34 22
CV (%) 25 11,6 13,3 14,7 22,7
LSD (5 %) 2,3 3,7 4,0 5,0 4,0
Dans chaque colonne, les moyennes suivies de la même lettre ne sont pas significativement différentes au seuil de 5
% selon le test de LSD de Fisher ; TN : Témoin fertilisé et non inoculé ; T0 : Témoin non fertilisé et non inoculé ;
LSD : Plus petite différence significative.
Comme le nombre de nodules, le poids sec des nodules formés sur les systèmes racinaires des
différents cultivars de soja a été influencé significativement (P < 0,05) par l'inoculation (Tableau
IX). Toutefois, l’effet des isolats a varié en fonction du cultivar de soja. En effet, avec la variété
Doko, dix (10) rhizobia locaux ont augmenté le poids sec des nodules par rapport à la souche de
référence. L’isolat RSC504 a induit le poids de nodules par plantule le plus élevé qui a été estimé
à 321 mg contre 95 mg pour la souche de référence, soit un gain de biomasse nodulaire de 237,9
%.
Au niveau du cultivar IT_235, le poids sec nodulaire a varié de 0 à 296,7 mg. Parmi les rhizobia
locaux testés, RSC207, RSC309, RSC324, RSC325, RSC502, RSC504, RSC506 et RSC508 ont
60
induit des poids de nodules supérieurs à celui induit par la souche IRAT FA3. Cependant, cette
dernière a induit des effets statistiquement similaires aux isolats locaux RSC114, RSC115,
RSC119, RSC324 et RSC413 avec le même cultivar.
En ce qui concerne le cultivar Piramama, les isolats RSC119, RSC324, RSC502 et RSC508 ont
induit des poids secs nodulaires élevés par rapport à la souche de référence. En revanche, cette
souche de Bradyrhizobium a induit une biomasse nodulaire statistiquement similaire à celle
induite par RSC115, RSC207, RSC309, RSC310, RSC312, RSC323, RSC325, RSC504 et
RSC506. Le poids sec de nodules le plus élevé a été induit par l’isolat RSC119 avec 253,3 mg
contre 113,3 mg pour la souche IRAT FA3.
Pour le cultivar Tracaja, le poids sec nodulaire a été amélioré par les isolats RSC119, RSC309,
RSC502, RSC506 et RSC508 comparé à celui induit par la souche de référence. La biomasse
nodulaire la plus élevée (143,3 mg) a été obtenue avec RSC309. Celle induite par la souche
introduite a été 76,7 mg.
Quant au cultivar Canarana, aucun isolat local testé n’a pu induire un poids sec nodulaire
supérieur à la souche B. japonicum IRAT FA3. Toutefois, l’isolat RSC119 a induit un poids sec
de nodule similaire à celui de la souche de référence. Ces bactéries ont favorisé respectivement
89,7 mg et 80 mg de poids secs de nodules.
61
Tableau IX : Impact des rhizobia indigènes et de la souche introduite de Bradyrhizobium japonicum sur le
poids sec des nodules des différents cultivars de soja
Sources Cultivars de soja Moyenne
d’azote Canarana Doko IT_235 Piramama Tracaja
RSC114 - - 96,7±5,8f 80±8,6f - 35,3
RSC115 46,7±5,8d 266,7±8,8b 122,3±9,3 ef 125±8,2de 66,7±5,8fgh 125,5
RSC119 80±10a 263,3±6,7bc 118,3±5,8 ef 253,3±12,3a 117±16,1bc 166,4
RSC207 15±5,0e - 200±10b 113,3±8,8e 40±8,7ij 73,7
RSC309 53,3±5,8d 250±10,0c 186,7±15,3bc 133,3±5,8cde 143,3±35,1a 153,3
RSC310 45±5de 166,7±4,9e 16, 7±5,8g 130±10cde 53,3±5,8hi 82,3
RSC312 15±2,5e 183,3±5,8d 203,3±20,8b 116,7±9,3e 65±8,7fgh 116,7
RSC323 15±3e 10±2,9j 116,7±28,9ef 120±9,9e 11,7±2,9kl 54,7
RSC324 66,7±6,2b 110±10f 206,7±5,8b 213,3±10,3b 86,7±5,8de 136,7
RSC325 36,7±7,6e 73,3±3h 296,7±20,8a 146,7±12,5cd 80±5efg 126,7
RSC412 21,7±2,9f 77,7±2,5h 126±12,2e 78±5,8f 26,7±11,5jk 66
RSC413 21,7±2,8f 46,7±2,9i - 80±10f 63,3±10,4gh 42,3
RSC502 56,7±5,8cd 181,3±10,3d 183,3±28,9bcd 246,7±8,3a 126,7±11,5ab 158,9
RSC504 69±8,9c 321±13,3a 186,7±23,1bc 153,3±5,8c 83,3±11,5ef 162,7
RSC506 36,7±7,6e 190±10d 163,3±23,1cd 146,7±12,5cd 110±10bc 129,3
RSC508 73,3±7,7bc 273,3±5,8b 160±20d 193,3±11,5b 103,3±5,8cd 160,7
IRAT FA3 89,7±10,2a 95±3,8g 110±10ef 133,3±10,3cde 76,7±5,8efg 100,9
TN - - - - - -
T0 - - - - - -
Moyenne 43,6 147,5 146,7 144,9 73,7
CV (%) 22,9 23,7 19,1 24,8 20,3
LSD (5 %) 10 14,7 31,6 26,7 26,6
% selon le test de LSD de Fisher. TN : Témoin fertilisé et non inoculé ; T0 : Témoin non fertilisé et non inoculé ;
LSD : Plus petite différence significative.
1.1.4.2. Efficacité symbiotique des isolats locaux du soja
L’analyse de la variance (ANOVA) a montré que l’inoculation a influencé de manière

significative (P = 0,03) la biomasse sèche des plantules par rapport au témoin absolu quel que
soit le cultivar. Toutefois, l’effet de l’inoculation a varié en fonction de l’isolat et du cultivar de
soja.
62
La biomasse sèche de tous les cultivars a été améliorée par l’ensemble des isolats testés par
rapport au témoin non fertilisé (T0). Parmi ceux-ci, certains ont induit des biomasses supérieures
à celles induites par le témoin azoté (TN) et la souche de référence (Tableau X).
Les isolats indigènes RSC324, RSC119 RSC504 et RSC508 inoculés au niveau du cultivar
Canarana, ont induit des biomasses sèches les plus élevées par rapport à l’ensemble des isolats
locaux testés. Ils ont induit respectivement 2,5 g, 2,18 g, 2,30 g et 2,23 g de matières sèches.
Toutefois, les biomasses sèches induites par ces isolats ont été statistiquement similaires à celles
obtenues avec TN (2,5 g) et la souche IRAT FA3 (2,46 g).
Concernant le cultivar Doko, les isolats RSC115, RSC119, RSC324, RSC502, RSC504, RSC506
et RSC508 ont boosté la production de biomasses sèches plus que TN et la souche IRAT FA3.
La plus importante biomasse a été 4,61 g. Elle a été induite par l’isolat RSC504. Selon le test de
LSD de Fisher, cet isolat a induit les mêmes effets sur la production de biomasse sèche que les
isolats RSC119 et RSC502 au seuil de 5 %. Les poids de matières sèches induits par ces derniers
ont été 4,5 g et 4,47 g respectivement. Les biomasses induites avec le témoin azoté et la souche
de référence ont été 2,23 g et 3,33 g respectivement.
Pour le cultivar IT-235, les isolats RSC115, RSC119 et RSC504 ont augmenté la biomasse sèche
par rapport à l’ensemble des traitements. Ils ont induit respectivement 4,65 g, 4,63 g et 4,83 g de
biomasse sèche. En revanche, le temoin azoté a induit 4,02 et la souche de référence 3,77 g de
biomasses sèches.
Au niveau du cultivar Piramama, seuls les isolats RSC119 et RSC508 ont accru la biomasse
sèche par rapport à l’ensemble des isolats locaux testés. Ils ont par ailleurs amélioré ce paramètre
par rapport au témoin azoté et à la souche de référence. Ces isolats ont induit 4,17 g et 4,16 g de
matière sèche respectivement contre 3,07 g pour TN et 3,13 g pour IRAT FA3.
S’agissant du cultivar Tracaja, plusieurs isolats ont été capables d’accroitre la production de
biomasses par rapport à TN et IRAT FA3. Parmi ceux-ci, RSC502 et RSC504 ont induit la
biomasse sèche la plus élevée (3,12 g). Les quantités de matières sèches apportées par TN et
IRAT FA3 à ce cultivar sont estimées respectivement à 2,10 g et 2,15 g.
63
Tableau X : Impact des rhizobia et du nitrate de potassium sur la biomasse sèche de cinq cultivars de soja
sur substrat stérile
Sources Cultivars de soja

d’azote Moyenne
Canarana Doko IT 235 Piramama Tracaja
RSC114 1,41±0,02fg 1,60±0,35j 2,63±0,29g 2,57±0,40cd 1,43±0,06l 1,9
RSC115 1,17±0,04gh 4±0,26b 4,65±0,05a 2,6±0,10cd 2,42±0,24cd 3,0
RSC119 2,18±0,13bc 4,5±0,5a 4,63±0,31a 4,17±0,17a 2,75±0,13b 3,7
RSC207 1,77±0,06de 2,02±0,27i 3,50±0,10e 1,83±0,12e 2,00±0,10ghi 2,2
RSC309 1,98±0,03cd 2,98±0,06ef 3,65±0,13de 2,63±0,21cd 2,17±0,25defg 2,7
RSC310 1,66±0,25gh 2,56±0,16gh 2,53±0,12g 1,43±0,12fg 2,37±0,21de 2,1
RSC312 1,13±0,06gh 2,69±0,11fg 4,07±0,15b 2,4±0,26d 1,82±0,16ijk 2,4
RSC323 1,31±0,02gh 1,62±0,06j 3,07±0,15f 2,4±0,26d 1,74±0,07jk 2,0
RSC324 2,5±0,43a 3,52±0,33cd 3,97±0,12bc 2,77±0,40bcd 1,94±0,10ghij 2,9
RSC325 1,62±0,08ef 2,23±0,25hi 3,97±0,12bc 2,38±0,33d 2,27±0,13def 2,5
RSC412 1,14±0,03gh 2,54±0,17gh 2,23±0,15h 1,47±0,19efg 1,61±0,10kl 1,8
RSC413 1,28±0,03gh 2,13±0,21i 2,05±0,05h 1,8±0,20ef 1,90±0,17hij 1,8
RSC502 1,71±0,06def 4,47±0,30a 3,85±0,09bcd 2,63±0,23cd 3,12±0,15a 3,2
RSC504 2,3±0,10ab 4,61±0,14a 4,83±0,12a 2,5±0,10cd 3,12±0,12a 3,5
RSC506 1,85±0,13de 3,62±0,15cd 3,23±0,15f 2,87±0,23bc 2,67±0,12bc 2,8
RSC508 2,23±0,06abc 3,85±0,04bc 4,10±0,20b 4,16±0,40a 2,63±0,21bc 3,4
IRAT FA3 2,46±0,19ab 3,33±0,23de 3,77±0,19cd 3,13±0,15b 2,15±0,05efgh 3,0
TN 2,5±0,43a 2,23±0,06hi 4,02±0,11bc 3,07±0,15b 2,10±0,26fgh 2,8
T0 1,02±0,14h 1,40±0,20j 1,74±0,05i 1,12±0,10g 1,43±0,05i 1,3
Moyenne 1,73±0,35 2,98±0,72 3,50±0,90 2,52±0,8 2,19±0,51
CV (%) 20 24 25,7 31,7 23,3
LSD (5 %) 0,3 0,4 0,4 0,4 0,3
% selon le test de LSD de Fisher. TN : Témoin fertilisé avec KNO3 (5 %) et non inoculé ; T0 : Témoin non fertilisé
et non inoculé ; LSD : Plus petite différence significative.
Le test de détermination de l’éfficacité symbiotique a permis de montré que l’ensemble des

isolats testés a favorisé un gain en matière sèche comparativement au témoin azoté représentant
100 % de matière sèche totale produite (Figure 17). Parmi ceux-ci, les isolats RSC119, RSC324,
RSC504, RSC506, RSC508 et la souche IRAT FA3 ont induit un gain en matières sèches
64
supérieur à 100 % de celles produites par TN avec l’ensemble des cultivars. Quant aux isolats
RSC115, RSC309 et RSC502, le gain en biomasses sèches supérieur à 100 % de celles produites
par TN a été obtenu avec quatre (4) cultivars.
En considérant individuellement les cultivars, les isolats RSC119 et RSC508 ont augmenté de
141,24 % la biomasse sèche totale des plants du cultivar Canarana. La souche de référence a
induit avec ce même cultivar 125 % de matière sèche. Au niveau du cultivar Doko, le gain le
plus élevé de biomasse a été obtenu avec les isolats RSC119, RSC502 et RSC504 respectivement
avec 202 %, 200,45 % et 206,73 % contre 149,33 % pour la souche de référence. Pour le cultivar
IT_235, les gains de matières sèches les plus élevés ont été obtenus avec les isolats RSC115,
RSC119 et RSC504 avec 143,96 %, 143,34 % et 149,54 % respectivement. La souche de
référence a eu un apport de 124,96 % de biomasse sèche avec ce même cultivar. En revanche
pour les cultivars Piramama et tracaja, ce sont respectivement les isolats RSC119 et RSC508 qui
ont fourni le plus de matière sèche. L’isolat RSC119 a fourni 160,38 % avec Piramama et
RSC508 143,23 % avec Tracaja. Le gain en biomasse sèche pour la souche de référence a été de
110 % et 111,98 % respectivement avec ces mêmes cultivars de soja.
A ce stade des résultats, les isolats RSC115, RSC119, RSC324, RSC502, RSC504 et RSC508
ont présenté les meilleurs avantages dans la promotion de la croissance des plants de soja et la
production de biomasse végétale en condition contrôlée.
65
250
Canarana
200 Doko
Efficience symbiotique (%)
IT 235
150 Piramama
Tracaja
100
50
Traitements
Figure 17 : Efficience symbiotique des isolats testés sur différentes variétés de soja en condition contrôlée
1.1.4.3. Corrélation entre le nombre de nodules et la biomasse sèche produite
Les corrélations entre le nombre de nodules et la biomasse sèche totale sont présentées dans la
Figure 18. Cette figure montre qu’au cours de la croissance du soja, le nombre de nodules a
influencé positivement la biomasse végétale sèche de l’ensemble des cultivars testés excepté
Piramama. Cette observation a été traduite par les différents coefficients de corrélations. La
corrélation a été plus forte avec les cultivars Tracaja (r = 0,90), Doko (r = 0,87) et IT-235 (r =
0,81). Au niveau de ces cultivars la biomasse sèche a été accrue lorsque le nombre de nodules
augmentait. En revanche, chez le cultivar Piramama, le nombre de nodules n’a pas toujours
influencé la biomasse sèche d’où la faible valeur du coéfficient de corrélation (r = 0,41)
observée.
66
y = 0,031x + 1,317 y = 0,046x + 1,862

r = 0,5 5 r= 0,87
Biomasse sèche (g/plante)

3
2.5 4
2 3
1.5
2
1
0.5 1
0
0
0 10 20 30
0 20 40 60
A Nombre de nodules
B Nombre de nodules
IT_235
y = 0,035x + 2,555
y = 0,017x + 1,978
6 r = 0,81 5 r = 0,41

5 4
4
3
3
2
2
1 1
0 0
0 20 40 60 80 100 0 20 40 60 80
Nombre de nodules Nombre de nodules
C D
y = 0,023x + 1,735
r = 0,90
3.5
3.0
2.5
2.0
1.5
1.0
0.5
0.0
0 20 40 60 80
E Nombre de nodules
Figure 18 : Corrélations entre le nombre de nodules et la biomasse sèche de cinq cultivars de soja dépotés
en début de floraison.
A : Canarana ; B : Doko ; C : IT-235 ; D : Piramama ; E : Tracaja.
67
1.1.5. Capacité des isolats présélectionnés à solubiliser in vitro le phosphate tricalcique et le
potassium
Les résultats du test d’évaluation de la capacité des bactéries à solubiliser le phosphore

inorganique ont révélé que les bactéries indigènes nodulant le soja ont formé des halos clairs
autour des colonies excepté les isolats RSC309, RSC312, RSC323, RSC413 et RSC506. Les
isolats bactériens présentant ces zones claires ont ainsi la capacité de solubiliser le phosphate
tricalcique (PTC) in vitro. Les indices de solubilisation du phosphate (ISP) des différentes
bactéries ont varié de 20 à 344 % (Figure 19). Les plus faibles indices ont été obtenus avec les
isolats RSC114 et RSC207. Ces isolats bactériens ont présenté un ISP = 20 %. En revanche, les
isolats RSC115, RSC119, RSC325 et RSC502 ont produit des indices de solubilisation
supérieurs ou égales à 100 %. Parmi ceux-ci, l’isolat RSC119 a présenté l’indice de
solubilisation le plus élevé avec 344 % (Figure 20).
RS 508
RSC506
RSC504
RSC502
RSC413
RSC412
RSC325
Isolats
RSC324
RSC323
RSC312
RSC310
RSC309
RSC207
RSC119
RSC115
RSC114
0 50 100 150 200 250 300 350
Indice de solubilisation du PTC (%)
Figure 19 : Indices de solubilisation du Phosphate tricalcique par les bactéries indigènes présélectionnées
du soja
68
RSC119
Figure 20 : solubilisation du phosphate tricalcique par l’isolat RSC119
Les résultats du test de solubilisation du potassium montrent que l’ensemble des isolats testés a
formé sur le milieu de culture des halos clairs autour des colonies traduisant ainsi leur capacité à
solubiliser le potassium (mica). Toutefois, ces isolats ont solubilisé différemment cet élément
chimique. Cette différence du pouvoir solubilisateur est traduite par la variation de l’indice de
solubilisation du Potassium (ISK) de 47,37 % à 257 % (Figure 21). L’isolat RSC309 a présenté
le plus faible indice de solubilisation. Par ailleurs, les isolats RSC115, RSC207, RSC310,
RSC312, RSC324, RSC502, RSC506 et RSC508 ont donné des ISK supérieurs à 100 %. L’isolat
RSC310 a présenté l’indice de solubilisation le plus élevé estimé à 257 %.
69
300
Indice de solubilisation du Potssium (%)
250
200
150
100
50
Isolats
Figure 21 : Indices de solubilisation du potassium des bactéries indigènes de soja
1.1.6. Impact des facteurs environnementaux et anthropiques sur la viabilité des rhizobia
locaux nodulant le soja in vitro.
1.1.6.1. Effet du pH sur la survie des rhizobia locaux
La survie des bactéries testées a varié en fonction des valeurs de pH auxquelles elles ont été
soumises. L’ensemble des bactéries a pu croitre à des pH alcalins (pH = 8 à pH = 10) à des pH
légèrement acides (pH = 6 et pH = 6,5). Toutefois, cette tolérance du pH par les bactéries a
diminué progressivement avec l’augmentation de l’acidité du milieu de culture (Figure 22). Elle
est passée de 93,75 % à pH = 5 à 50 % à pH= 4,5 puis à 18,5 % de l’ensemble des bactéries
testées à pH = 4. Les bactéries qui ont supporté les pH acides extrêmes dans cette étude sont
RSC114, RSC115, RSC119, RSC207, RSC309, RSC310, RSC312 et RSC323. Parmi, ceux-ci,
seuls les isolats bactériens RSC114, RSC309 et RSC310 ont pu croitre à pH = 4 (Tableau XI).
Dans l’ensemble, les isolats bactériens RSC114, RSC115, RSC119, RSC207, RSC309, RSC310,
RSC312 et RSC323 ont présenté un spectre large pour le pH. Ces isolats ont pu croitre entre pH
= 4,5 et pH = 10.
70
100
90
Tolérance des isolats (%)

80
70
60
50
40
30
20
10
0
Figure 22 : Tolérance des rhizobia indigènes nodulant le soja au pH.
Tableau XI : Effet du pH sur la croissance des rhizobia indigènes nodulant le soja

Isolats pH4 pH4,5 pH5 pH6 pH6,5 pH7 pH8 pH9 pH10
RSC114 1+ 2+ 2+ 2+ 2+ 2+ 2+ 2+ 2+
RSC115 - 1+ 1+ 1+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+
RSC119 - 1+ 1+ 2+ 2+ 2+ 2+ 2+ 2+
RSC207 - 2+ 2+ 2+ 2+ 2+ 2+ 2+ 2+
RSC309 1+ 2+ 3+ 3+ 3+ 3+ 2+ 2+ 2+
RSC310 1+ 1+ 1+ 2+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+
RSC312 - 1+ 2+ 2+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+
RSC323 - 1+ 1+ 1+ 2+ 2+ 2+ 2+ 2+
RSC324 - - 1+ 1+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+
RSC325 - - - 2+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+
RSC412 - - 1+ 2+ 2+ 2+ 2+ 2+ 2+
RSC413 - - 2+ 3+ 3+ 3+ 3+ 3+ 3+
RSC502 - - 1+ 2+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+
RSC504 - - 1+ 2+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+
RSC506 - - 1+ 2+ 2+ 2+ 2+ 2+ 2+
RSC508 - - 1+ 2+ 2+ 2+ 2+ 2+ 2+
- : Pas de croissance ; 1+ : Croissance moyenne ; 2+ : Bonne croissance ; 3+ : Très bonne croissance
71
1.1.6.2. Effet de la température sur la croissance des rhizobia locaux
Le test de tolérance-sensibilité des rhizobia locaux réalisé sur le milieu YEM à différentes
températures a montré que l’ensemble des isolats tolèrent une large gamme de températures
située entre 20 °C et 40 °C (Figure 23). En déhors de cet intervalle de températures, la croissance
des rhizobia a été significativement influencée. En effet, seulement 31,25 % des bactéries testées
soit cinq (5) isolats (RSC115, RSC119, RSC309, RSC324 et RSC325) ont pu croitre à 45 °C
(Tableau XII). Aussi, neuf (9) isolats bactériens soit 56,25 % des bactéries soumises au test de la
température ont pu se développer à 15 °C in vitro. Ce taux a décru lorsque les bactéries ont été
exposées à 10 °C et 4 °C avec seulement la croissance de 12,5 % des isolats bactériens testés,
soit deux bactéries (RSC310 et RSC312).
Dans l’ensemble, RSC115, RSC119, RSC309, RSC324 et RSC325 sont les isolats qui ont
présenté un large spectre pour la température. Ils ont pu croitre entre 15 °C et 45°C.
100
90
80
Tolerance des isolats (%)
70
60
50
40
30
20
10
0
4 10 15 20 28 35 40 45
Température (°C)
Figure 23 : Tolérance des rhizobia locaux nodulant le soja à la température
72
Tableau XII : Effet de la température sur la viabilité des rhizobia locaux nodulant le soja
Isolats 4°C 10°C 15°C 20°C 28°C 35°C 40°C 45°C

RSC114 - - 1+ 1+ 2+ 2+ 2+ -
RSC115 - - 1+ 1+ 2+ 2+ 2+ 1+
RSC119 - - 1+ 1+ 2+ 2+ 2+ 1+
RSC207 - - - 1+ 2+ 2+ 1+ -
RSC309 - - 1+ 1+ 2+ 3+ 2+ 2+
RSC310 1+ 1+ 1+ 1+ 2+ 2+ 1+ -
RSC312 1+ 1+ 1+ 1+ 2+ 2+ 1+ -
RSC323 - - 1+ 1+ 2+ 2+ 2+ -
RSC324 - - 1+ 1+ 2+ 2+ 2+ 1+
RSC325 - - 1+ 1+ 2+ 3+ 3+ 2+
RSC412 - - - 1+ 2+ 2+ 1+ -
RSC413 - - - 1+ 2+ 2+ 1+ -
RSC502 - - - 1+ 2+ 2+ 1+ -
RSC504 - - - 1+ 2+ 2+ 1+ -
RSC506 - - - 1+ 2+ 2+ 1+ -
RSC508 - - - 1+ 2+ 2+ 1+ -
- : Pas de croissance ; 1+ : Croissance moyenne ; 2+ : Bonne croissance
1.1.6.3. Effet du sel sur la croissance des rhizobia indigènes
Les résultats du test d’évaluation de la survie des bactéries en présence de chlorure de sodium
(NaCl) in vitro ont montré que le sel a influencé la survie des rhizobia locaux. Toutefois,
l’impact du sel a varié en fonction de sa concentration utilisée. En effet, l’ensemble des isolats a
été capable de tolérer jusqu’à 1,5 % de NaCl dans le milieu de culture excepté l’isolat RSC207
qui ne tolère que moins de 1 % de sel (Tableau XIII). Aussi, la croissance des isolats diminue
avec l’augmentation graduelle de la concentration de NaCl du milieu. Ainsi, la tolérance des
isolats bactériens testés est passée de 93,75 % dans les milieux de culture additionnés de 1,5 %
de NaCl à 50 % lorsqu’ils ont été mis en culture sur le milieu YEM supplémenté de 5 % de sel.
Les isolats qui ont toléré la presence de 5 % de sel dans le milieu RSC119, RSC310, RSC312,
RSC323, RSC412, RSC413 et RSC508. La croissance des isolats a été plus affectée avec l’ajout
73
de 8 à 10 % de NaCl au milieu de culture. En effet, seuls les isolats RSC310 et RSC412 ont
toléré ces concentrations en sel.
Tableau XIII : Effet du NaCl sur la croissance des rhizobia indigènes isolés du soja in vitro
Isolats 0% 0,5 % 1% 1,5 % 2% 3% 4% 5% 8% 10 %

RSC114 3+ 3+ 2+ 1+ - - - - - -
RSC115 3+ 3+ 2+ 1+ 1+ 1+ - - - -
RSC119 3+ 3+ 2+ 2+ 1+ 1+ 1+ 1+ - -
RSC207 3+ 2+ - - - - - - - -
RSC309 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+ 1+ - - -
RSC310 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+ 1+ 1+ 1+ 1+
RSC312 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+ 1+ 1+ - -
RSC323 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+ 1+ 1+ - -
RSC324 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+ 1+ - - -
RSC325 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+ 1+ - - -
RSC412 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+ 1+ 1+ 1+ 1+
RSC413 3+ 2+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+ 1+ - -
RSC502 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+ 1+ 1+ - -
RSC504 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+ - - - -
RSC506 3+ 3+ 2+ 1+ 1+ - - - - -
RSC508 3+ 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+ 1+ - -
- : Pas de croissance ; 1+ : Croissance moyenne ; 2+ : Bonne croissance ; 3+ : Très bonne croissance
1.1.6.4. Effet des métaux lourds sur la croissance des rhizobia indigènes
Les résultats issus du test des métaux lourds sur la croissance des rhizobia indigènes ont révélé
que la survie de ces bactéries sur le milieu de culture dépend du type de métal et de la
concentration utilisée (Tableau XIV).
En effet, Le chlorure de cobalt (CoCl2) a inhibé la croissance de l’ensemble des isolats testés.
Aucun de ceux-ci n’a pu croitre sur le milieu YEM additionné de 100 µg/mL de CoCl 2. De plus,
lorsque la concentration de ce métal a été réduite à 50 µg/mL et 75 µg/mL dans le milieu de
culture, seulement 25 % des isolats ont été capables de s’y développer. Les isolats qui ont
74
supportés la présence de ces concentrations de cobalt sont : RSC207, RSC309, RSC412 et
RSC506.
La présence du sulfate manganèse (MnSO4) dans le milieu de culture a influencé la croissance

des isolats. L’augmentation de la concentration de ce métal dans le milieu de culture a provoqué
l’inhibition de la croissance des isolats. En effet, 68,75 % de ceux-ci ont toléré 400 µg/mL-1 de
MnSO4 supplémentée au milieu YEM. Ce taux a chuté drastiquement à 31,25 et 18,75 % lorsque
la concentation a été respectivement de 800 µg/mL et de 1200 µg/mL de manganèse. Les isolats
qui ont exhibés une tolérance en présence de ces concentrations élevées en cet élément chimique
ont été RSC114, RSC504 et RSC508.
Le cuivre et le zinc ont inhibé la croissance de l’ensemble des isolats. En effet, aucun isolat
bactérien n’a pu supporter la présence de sulfate de Cuivre (CuSO4) dans le milieu quelque soit
la concentration. Quant au sulfate de zinc (ZnSO4), Seul l’isolat RSC119 a pu se développer
lorsque sa concentration dans le milieu de culture a été de 50 µg/mL.
Contrairement à ces différents métaux, le plomb a été toléré par l’ensemble des isolats testés. En
effet, ces derniers ont montré une résistance intrinsèque aux concentrations élevées de plomb.
Dans l’ensemble, les métaux lourds testés ont affecté la survie et la croissance des bactéries sur
le milieu de culture excepté le plomb. L’ordre décroissant d’inhibition de la croissance des
isolats bactériens par les métaux s’établit comme suit : cuivre > zinc > cobalt > manganèse >
plomb.
75
Tableau XIV : Impact des métaux lourds sur la survie des rhizobia indigènes du soja
Acetate de plomb (µg/mL) Chlorure de cobalt Sulfate de manganèse Sulfate de zinc Sulfate de cuivre
Isolats (µg/mL) (µg/mL) (µg/mL) (µg/mL)
1000 1500 2000 50 75 100 400 800 1200 50 75 100 200 400 600
RSC114 1+ 1+ 2+ - - - 2+ 2+ 2+ - - - - - -
RSC115 2+ 1+ 1+ - - - - - - - - - - - -
RSC119 1+ 1+ 1+ - - - 1+ 1+ - 1+ - - - - -
RSC207 1+ 1+ 1+ 1+ 1+ - 1+ - - - - - - - -
RSC309 1+ 1+ 1+ 1+ 1+ - 1+ - - - - - - - -
RSC310 1+ 1+ 1+ - - - 2+ 1+ - - - - - - -
RSC312 1+ 1+ 1+ - - - 1+ - - - - - - - -
RSC323 1+ 1+ 1+ - - - - - - - - - - - -
RSC324 1+ 1+ 1+ - - - - - - - - - - - -
RSC325 1+ 1+ 1+ - - - - - - - - - - - -
RSC412 1+ 1+ 1+ 1+ 1+ - 1+ - - - - - - - -
RSC413 1+ 1+ 1+ - - - 2+ - - - - - - - -
RSC502 2+ 1+ 1+ - - - 2+ - - - - - - - -
RSC504 1+ 2+ 2+ - - - 1+ 1+ 1+ - - - - - -
RSC506 2+ 1+ 2+ 1+ 1+ - - - - - - - - - -
RSC508 2+ 2+ 1+ - - - 2+ 1+ 1+ - - - - - -
- : Pas de croissance ; 1+ : Croissance moyenne ; 2+ : Bonne croissance
76
1.1.6.5. Effet des pesticides sur la croissance des bactéries nodulant le soja
Les résultats de l’évaluation de l’impact des pesticides sur la croissance des isolats indigènes de
soja ont révélé que la sensibilité des rhizobia est fonction de la nature du pesticide et de la dose
utilisée (Figure 24).
Au niveau des herbicides, la croissance de l’ensemble des isolats mis en culture sur le milieu
YEM additionné de Glyphosate a été inhibé par cet herbicide quel que soit la dose appliquée.
Concernant l’Haloxyfop-R-méthyle, 68,75 % des isolats bactériens testés ont pu croitre lorsque
le milieu de culture contenait la moitié de la dose recommandée. Ce taux de survie des isolats a
chuté à 56,25 %, lorsque le milieu de culture contenait la dose recommandée de cet herbicide.
Quant au 2,4-D sel d’amine, la tolérance des isolats a été stationnaire à 68,75 % quel que soit la
dose d’application. Ces herbicides (Haloxyfop-R-méthyle et 2,4-D sel d’amine) ont été tolérés
par les isolats RSC114, RSC119, RSC207, RSC309, RSC310, RSC312, RSC325, RSC413,
RSC502, RSC506 et RSC508. Cependant, ils ont été toxiques pour les isolats RSC115, RSC323,
RSC324 et RSC504 (Tableau XV).
Les insecticides Lambdacyhalotrine+Acétamipride (LCA), Cyperméthrine (Cyp) et

Chlorpyrifos-éthyl (Chlor) ajoutés au milieu YEM ont été relativement toxiques pour l’ensemble
des isolats testés quel que soit la dose d’application. Pour le Lambdacyhalotrine+Acétamipride,
43,75 % des isolats ont toléré la moitié de sa dose recommandée. Cette tolérance des isolats a
chuté à 31,25 %, lorsque cet insecticide est appliqué à sa dose recommandée. En revanche, La
Cyperméthrine et le Chlorpyrifos-éthyl ont été plus toxiques pour les isolats. Seulement cinq
isolats bactériens (31,25 %) ont toléré la Cyperméthrine. Ce taux a régressé avec le Chlorpyrifos-
éthyl dans le milieu de culture, il est passé de 31,25 % à 18,75 % (Figure 24). Les isolats
RSC114, RSC207, RSC310, RSC312 et RSC413 ont toléré l’ensemble des doses d’insecticides
appliquées. En revanche, la croissance des isolats RSC115, RSC119, RSC309, RSC323,
RSC324, RSC325, RSC504, RSC506 et RSC508 a été inhibée par ces pesticides (Tableau XV).
Contrairement aux herbicides et aux insecticides, les fongicides Propinèbe et Mancozèbe ont été
toxiques pour l’ensemble des isolats testés. En effet, la croissance de tous les isolats a été inhibée
par ces fongicides quel que soit la dose d’application.
77
Au regard de l’ensemble des pesticides testés, l’herbicide Glyphosate et les fongicides Propinèbe
et Mancozèbe ont été toxiques pour l’ensemble des isolats. Les herbicides 2,4-D sel d’amine et
Haloxyfop-R-méthyle ont été les pesticides les moins toxiques. Aussi, les isolats RSC115,
RSC323, RSC324 et RSC504 ont-ils été sensibles à l’ensemble des traitements. Toutefois, les
isolats RSC114, RSC207, RSC310, RSC312 et RSC413 ont présenté une large tolérance vis-à-
vis de ces pesticides.
100
90
Tolérance des isolats (%)
80
70
60
50
40
30
20
10
0
Diférents types de pesticides
Figure 24 : Impact de différents types de pesticides sur la croissance des rhizobia indigènes isolés du soja
in vitro.
Gly : Glyphosate ; Hal : Haloxyfop-R-méthyle ; Damine : 2,4-D Sel d’amine ;
LCA : Lambdacyhalotrine+Acétamipride ; Cyp : Cyperméthrine ; Chlor : Chlorpyrifos-éthyl ; Prop : Propinèbe ;
Mzbe : Mancozèbe ; R : Dose recommandée ; 1/2R : Moitié de la dose recommandée.
78
Tableau XV : Effet des pesticides (herbicides, insecticides et fongicides) sur la survie des bactéries indigènes du soja in vitro.
Herbicides Insecticides Fongicides
Gly1/2R GlyR Hal1/2R HalR Damine1/2R DamineR LCA1/2R LCAR Cyp1/2R CypR Chlor1/2R ChlorR Prop1/2R PropR Mzbe1/2R MzbeR
RSC114 - - 2+ 2+ 2+ 2+ 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ - - - - -
RSC115 - - - - - - - - - - - - - - - -
RSC119 - - 1+ 1+ 1+ 1+ - - - - - - - - - -
RSC207 - - 2+ 2+ 2+ 2+ 2+ 2+ 2+ 2+ 1+ - - - - -
RSC309 - - 1+ - 1+ 1+ - - - - - - - - - -
RSC310 - - 1+ 1+ 1+ 1+ 1+ 1+ 1+ 1+ 1+ 1+ - - - -
RSC312 - - 2+ 2+ 2+ 2+ 2+ 2+ 2+ 2+ 2+ 1+ - - - -
RSC323 - - - - - - - - - - - - - - - -
RSC324 - - - - - - - - - - - - - - - -
RSC325 - - 1+ - 1+ 1+ - - - - - - - - - -
RSC412 - - - 1+ - - 1+ - - - - - - - - -
RSC413 - - 2+ 2+ 2+ 2+ 2+ 2+ 3+ 2+ 2+ 2+ - - - -
RSC502 - - 1+ - 1+ 1+ 1+ 1+ - - - - - - - -
RSC504 - - - - - - - - - - - - - - - -
RSC506 - - 1+ 1+ 1+ 1+ - - - - - - - - - -
RSC508 - - 1+ 1+ 1+ 1+ - - - - - - - - - -
- : Pas de croissance ; 1+ : Croissance moyenne ; 2+ : Bonne croissance ; Gly : Glyphosate ; Hal : Haloxyfop-R-méthyle ; Damine : 2,4-D Sel d’amine ; LCA :
Lambdacyhalotrine+Acétamipride ; Cyp : Cyperméthrine ; Chlor : Chlorpyrifos-éthyl ; Prop : Propinèbe ; Mzbe : Mancozèbe ; R : Dose recommandée ; 1/2R :
Moitié de la dose recommandée.
79
1.2. Sélection des rhizobia locaux performants, compétitifs et capables de booster la

productivité du soja
1.2.1. Effet des rhizobia locaux sur nodulation de différents cultivars de soja en condition
paysanne
1.2.1.1. Cultivar Canarana
Le nombre de nodules a varié significativement (P = 0,002) en fonction des traitements et du site

par rapport aux temoins non inoculés (Figure 25). L’observation du système racinaire a montré
que les témoins non inoculés (fertilisés et non fertilisés) n’ont pas induit la formation de nodules
sur les racines de ce cultivar quel que soit le site. En revanche, l’ensemble des bactéries utilisées
comme inoculum a induit la formation de nodosités sur le système racinaire de ce cultivar sur
tous les sites. A Daloa, le nombre de nodule induit par les bactéries a varié entre 22 et 46 nodules
par plant. L’isolat RSC119 a été le plus infectif (46 nodules) comparé à l’ensemble des
traitements. Sur ce site, les isolats RSC309, RSC324 et RSC502 ont produit statistiquement le
même nombre de nodules que la souche exotique Bradyrhizobium japonicum IRAT FA3. Le plus
petit nombre de nodules (22) a été obtenu avec l’isolat RSC508. A Divo, le nombre de nodules
par plantule a varié de 23 à 34. Le nombre le plus élevé de nodules (34) sur ce site a été observé
sur les systèmes racinaires des plants inoculés avec les isolats RSC324 et RSC502. Ces isolats
ont eu des effets similaires sur la formation de nodosités que la souche IRAT FA3. Cette dernière
a induit les mêmes effets que les isolats RSC119 et RSC508 respectivement avec 32 ; 30 et 31
nodules par plantule. L’isolat RSC309 a été le moins infectif sur ce site. A Hiré, le nombre de
nodules a varié en fonction des traitements. L’isolat RSC119 a induit le nombre le plus élevé de
nodules avec 35 nodules par plantule. L’isolat le moins infectif a été RSC324 avec 20 nodules
par plantule. L’isolat RSC309 et la souche de référence ont induit des effets similaires avec 31
par plantule sur ce site.
Le poids sec des nodules a aussi varié en fonction de l’isolat et du lieu (Figure 26). Ainsi, à
Daloa, les isolats RSC119, RSC309, RSC324, RSC502 et RSC504 ont augmenté le poids sec
nodulaire par rapport à la souche de référence. L’isolat qui a favorisé le poids sec le plus élevé
est RSC119 avec 130 mg.plantule-1 contre 68 mg.plant-1 pour B. japonicum IRATFA3. Cet isolat
80
a aussi induit le poids sec nodulaire le plus élevé à Hiré avec 95 mg.plantule-1. Cependant, selon
le test LSD de Fischer au seuil de 5 %, RSC119 a eu les mêmes effets que l’isolat RSC502 et la
souche IRAT FA3 eux-mêmes ayant des effets similaires avec l’isolat RSC309 sur le site de
Hiré. A Divo, l’isolat RSC324 a induit le poids des nodules le plus élevé avec 111 mg comparé à
l’ensemble des bactéries testées. Aussi, la souche de référence IRAT FA3 a induit
statistiquement le même poids nodulaire que les autres isolats testés excepté RSC115. Les
nodules issus des plantules inoculées avec ce dernier ont obtenu le poids sec de nodule le plus
faible (44 mg).
50 Daloa
45
Divo
40
35 Hiré
Nombre de nodules
30
25
20
15
10
5
0
RSC 115 RSC 119 RSC 309 RSC 324 RSC 502 RSC 504 RSC 508 IRAT TN T0
FA3
Traitements
Figure 25 : Effet de l'inoculation sur nombre de nodules formés sur le cultivar Canarana à Daloa, Divo et
Hiré
81
140
Poids sec des nodules (mg)
120 Daloa
100 Divo
80
Hiré
60
40
20
0
RSC RSC RSC RSC RSC RSC RSC IRAT TN T0
115 119 309 324 502 504 508 FA3
Traitements
Figure 26 : Effet de l’inoculation sur poids sec des nodules formés sur le cultivar Canarana à Daloa, Divo
et Hiré
1.2.1.2. Cultivar Doko
La différence entre le nombre de nodules produit a été hautement significative (P < 0,01) entre
les traitements sur l’ensemble des sites d’essai et les témoins non inoculés (Figure 27). En effet,
les témoins non inoculés (fertilisés et non fertilisés) n’ont pas induit la formation de nodules sur
les racines de ce cultivar quel que soit le site de l’expérimentation. Pour l’ensemble des sites,
l’isolat RSC119 a accru le plus, la formation de nodules à Daloa, Divo et Hiré avec
respectivement 60 ; 35 et 39 nodules par plantule. Outre cette bactérie, les isolats bactériens
RSC115, RSC309, RSC504 et RSC508 ont induit un nombre de nodules supérieur à celui de la
souche de référence à Daloa. De plus, sur le site de Divo, la bactérie RSC119 a eu des effets
statistiquement similaires à ceux des bactéries RSC309 et RSC504. Ces rhizobia ont induit plus
de nodules que B. japonicum IRAT FA3. Aussi, le nombre de nodules innduit par cette souche
bactérienne a été similaire à ceux de l’isolat RSC508 avec la production respective de 29 et 31
nodules par plant respectivement à Daloa, Divo et Hiré. En revanche, sur le site de Hiré, hormis
l’isolat RSC119 qui a induit la formation de nodules sur le système racinaire, les bactéries
indigènes RSC309, RSC502 et RSC504 ont favorisé la formation de plus de nodules que les
autres bactéries locales. Elles ont permis la formation de 31, 30 et 32 nodules par plant. Sur
l’ensemble des sites, l’isolat RSC324 a été le moins infectant. Il a induit la formation de 20 ; 19
et 16 nodules par plantule respectivement à Daloa, à Divo et à Hiré.
82
70
60 Daloa
Divo
Nombre de nodules
50
Hiré
40
30
20
10
0
115 119 309 324 502 504 508 FA3
Traitements
Figure 27 : Effet de l'inoculation sur la formation de nodules sur le cultivar Doko à Daloa, Divo et Hiré.
Le poids sec des nodules a été très hautement influencé (P < 0,001) par les différents traitements.
Toutefois, l’effet des traitements a varié en fonction du lieu de l’expérimentation (Figure 28).
Ainsi, au niveau de Daloa, l’isolat RSC508 a induit le poids sec le plus élevé comparé aux autres
isolats et la souche de référence. Le poids sec produit par les plantules inoculées avec cette
bactérie a été 192 mg.plantule-1. Outre cette bactérie, les isolats bactériens RSC115 et RSC504
ont augmenté le poids sec des nodules par rapport aux autres isolats indigènes. Ils ont induit
respectivement 131,60 mg et 134,60 mg de nodules. Toutefois, ces poids secs de nodules induit
par ceux-ci étaient inférieurs à celui de la souche IRAT FA3. Cette bactérie a favorisé un poids
sec nodulaire de 152,20 mg par plantule sur ce site. En revanche, à Divo et à Hiré, les poids secs
nodulaires les plus élevés ont été obtenus avec les isolats RSC504, RSC119 et RSC508 comparé
aux autres isolats bactériens locaux et à la souche de référence. La bactérie RSC504 a induit le
poids de nodules le plus élevé à Daloa (156,20 mg) et à Hiré (135,40 mg). Les plus faibles poids
secs de nodules observés avec ce cultivar ont été favorisés sur tous les sites avec la bactérie
RSC324. Cette dernière a induit 54,60 mg, 49,20 mg et 50,40 mg de nodules secs respectivement
à Daloa, à Divo et à Hiré.
83
200
Daloa
180
160 Divo
140 Hiré
120
100
80
60
40
20
0
115 119 309 324 502 504 508 FA3
Traitements
Figure 28 : Effet de l'inoculation sur le poids sec des nodules formés sur le cultivar Doko à Daloa, Divo et
Hiré
1.2.1.3. Cultivar Piramama
Entre les différents traitements, le nombre et le poids sec des nodules sur le système racinaire du
cultivar Piramama sont apparus différents de manière hautement significative (P = 0,001). En
effet, au niveau de ce cultivar, des nodules ont été observés sur les racines des plantules non
inoculées et non fertilisées (T0) et les plantules non inoculées mais fertilisées avec l’engrais de
synthèse de formulation 12 22 22 (TN) uniquement à Daloa (Figure 29). Le nombre de nodules
formés sur ces plants témoins étaient de 3 et 5 nodules respectivement. Ces nodules ont présenté
à l’intérieur une coloration blanchâtre indiquant l’inefficacité des bactéries qui s’y nichent. Au
niveau des bactéries testées, les isolats RSC119 et RSC504 ont induit plus de nodules que les
autres traitements à Daloa. Ils ont favorisé la formation de 42 et 50 nodules par plantule
respectivement. Sur ce site, les bactéries RSC508 et RSC309 ont induit la formation de 38 et 37
nodules par plant. Toutefois, elles ont obtenu des effets statistiquement similaires à celui de la
souche de référence IRAT FA3 qui a induit la formation de 35 nodules. En revanche à Divo, le
nombre le plus élevé de nodules a été induit par RSC309 avec 40 nodules par plant. Les bactéries
locales RSC115, RSC119, RSC324, RSC504 et RSC508 testées ont induit la formation de
nodules par plantule identique à la souche de référence (29 nodules) excepté le rhizobium
RSC502 (25 nodules). A Hiré, le nombre le plus élevé de nodules a été obtenu sur le système
84
racinaire des plants inoculés avec l’isolat RSC309 avec 37 nodules par plant. Toutefois, le
nombre de nodules produit avec cet isolat bactérien a été statistiquement similaire à ceux obtenus
avec RSC115 (34 nodules), RSC119 (36 nodules) et RSC508 (34 nodules). L’ensemble de ces
isolats a augmenté de manière significative le nombre de nodules par rapport à la souche de
référence (25 nodules) et aux isolats locaux RSC324 (24 nodules), RSC502 (26 nodules) et
RSC504 (24 nodules). Ces derniers ont induit les mêmes effets sur la formation de nodules avec
la souche de référence sur ce site.
60
Daloa
50
Divo
Nombre de nodules
40 Hiré
30
20
10
0
115 119 309 324 502 504 508 FA3
Traitements
Figure 29 : Effet de l'inoculation sur le nombre de nodules formés sur le cultivar Piramama à Daloa, Divo
et Hiré.
Le poids sec des nodules a aussi varié en fonction des traitements et des lieux (Figure 30). Les
isolats RSC119, RSC504 et RSC508 ont augmenté le poids sec des nodules par rapport aux
autres traitements à Daloa. Ils ont permis d’avoir respectivement 331,80 mg, 201 mg et 203 mg
de nodules secs. En plus de ces bactéries, RSC309 a aussi augmenté le poids sec de nodules
(183,20 mg) par rapport à la souche de référence (163 mg). La bactérie RSC119 a induit le poids
le plus élevé avec 331,8 mg sur ce site. A Divo, ce sont les isolats RSC309 et RSC504 qui ont
induit les poids secs de nodules les plus élevés par rapport à l’ensemble des traitements. Ces
isolats ont induit respectivement 196,20 mg et 201 mg de nodules secs par plantule. En plus de
ceux-ci, l’isolat RSC324 a induit, un poids sec nodulaire (150,20 mg) superieur au reste des
bactéries testées. Toutefois, selon le test de LSD de Fischer au seuil 5 %, cet isolat a obtenu des
85
effets similaires avec la souche introduite (142 mg) qui elle-même n’a pas été différente de
l’isolat RSC119. En revanche à Hiré, l’ensemble des isolats testés a augmenté le poids sec des
nodules par rapport à IRAT FA3 sauf l’isolat RSC324. Quant aux isolats RSC502 et RSC504, ils
ont obtenu les mêmes effets que la souche de référence. Le poids sec le plus élevé a été 185,2
mg. Il a été induit par la bactérie RSC309. Celle-ci a induit statistiquement un poids sec similaire
avec RSC119 et RSC508. Ces isolats bactériens ont induit respectivement 183,40 mg et 154 mg
de nodules secs. La souche de référence a induit dans cette localité un poids sec nodulaire de
118,2 mg par plantule.
350 Daloa
300 Divo
250
Hiré
200
150
100
50
0
115 119 309 324 502 504 508 FA3
Traitements
Figure 30 : Effet de l'inoculation sur le poids sec des nodules formés sur le cultivar Piramama à Daloa,
Divo et Hiré
En considérant l’ensemble des sites d’expérimentation, le nombre de nodules formés sur les
racines du cultivar Canarana a été plus réhaussé par les isolats RSC119 et RSC502. Quant au
poids sec des nodules obtenu sur ce cultivar, il a été augmenté par les isolats RSC119, RSC309
et RSC324. Pour les cultivars Doko et Piramama, le nombre et le poids sec des nodules ont été
boostés par les isolats RSC119, RSC309, RSC504 et RSC508. En plus de ces bactéries, RSC115
a aussi accru le nombre de nodules et le poids sec nodulaire du cultivar Doko.
86
1.2.2. Effet des rhizobia locaux sur la croissance et le developpement du soja
1.2.2.1. Effet des rhizobia locaux sur la hauteur des plantules du soja en début de floraison
Toutes les bactéries testées ont amélioré significativement (P = 0,02) la hauteur des plantules par
rapport au témoin non inoculé et non fertilisé (T0) quel que soit le cultivar. Toutefois, lorsque les
isolats ont été comparés entre eux par le test de LSD de Fisher au seuil de 5 %, il est ressorti que
leur capacité à faire croitre les plantules varie en fonction des cultivars et du lieu de
l’expérimentation.
Pour le cultivar Canarana, l’isolat RSC508 a plus fait croitre les plantules avec 41 cm à Hiré
(Tableau XVI). Sur ce site, cet isolat a eu des effets similaires à ceux de l’engrais de synthèse
(39,40 cm). A Daloa, la hauteur a varié entre les plantules inoculées avec les rhizobia locaux et la
souche exotique. Parmi les bactéries testées, RSC508 et la souche de référence ont réhaussé la
hauteur des plants similairement à l’engrais chimique. En effet, ces bactéries ont induit
respectivement une hauteur de 40,70 cm et de 40,90 cm contre 41, 80 cm pour l’engrais de
synthèse. A Divo, les plants inoculés avec l’isolat RSC502 ont présenté la hauteur la plus élevée
(38,40 cm). Cette valeur est statistiquement identique à celles observées avec les plants inoculés
avec les isolats RSC324 (38,2 cm), RSC504 (37,6 cm), RSC508 (37,4 cm) et RSC309 (36,80
cm). Ces bactéries ont produit les mêmes effets que la souche IRAT FA3 (37,60 cm). En
revanche, aucun des traitements n’a augmenté la hauteur des plants plus que le témoin fertilisé
(41,80 cm) sur à Divo.
87
Tableau XVI : Effet des rhizobia locaux, de la souche introduite et de l’engrais NPK 12 22 22 sur la
hauteur des plantules du cultivar Canarana à Daloa, Divo et Hiré
Localités
Sources d’azote Moyenne
Daloa Divo Hiré
RSC115 36,36±0,9d 33±1d 34,40±0, 9cde 34,6
RSC119 37,16±1,3d 35,80±0,8c 33,40±1,1def 35,5
RSC309 38,20±2,2d 36,80±1,3bc 35±1,6cd 36,7
RSC324 37,60±1,1d 38,20±1,5b 33,20±0,8ef 36,3
RSC502 38,70±2,6bcd 38,40±1,1b 37±1,4b 38
RSC504 38,40±2,6cd 37,60±1,5b 35±1cd 37
RSC508 40,70±2,3abc 37,40±1,3bc 41±2a 39,7
IRAT FA3 40,90±2,1ab 37,60±1,1b 35,40±1,1bc 38
TN 41,80±1,6a 41,80±1,3a 39,40±1, 7a 41
T0 30,82±1,3e 32±1,6d 32,60±1,1f 31,8
Moyenne 38,1±3,4 36,9±2,9 35,6±2,9
CV (%) 9 7,9 8,1
LSD (5 %) 2,5 1,8 1,8
% selon le test de LSD de Fisher. T0 : Témoin non traité ; TN : Engrais de synthèse NPK 12 22 22.
En considérant le cultivar Doko, l’isolat RSC508 a amélioré le plus la hauteur des plants à Daloa
(44,4 cm) et à Divo (42,60 cm) par rapport aux autres bactéries testées (Tableau XVII). Sur ces
sites, l’isolat RSC508 a induit des effets similaires que les bactéries RSC309 et RSC504, puis
avec RSC502 à Divo. L’ensemble de ces rhizobia locaux a amélioré la hauteur des plants au
même titre que l’engrais de synthèse. A Hiré, les plants inoculés avec l’isolat RSC119 ont été
plus développées par rapport à l’ensemble des bactéries testées. Cette bactérie a induit une
hauteur de 43,2 cm. Elle a par ailleurs induit des effets similaires que les isolats RSC504 et
RSC508 respectivement avec 41 cm et 41,6 cm pour ce paramètre. Sur ce site, les isolats
RSC119, RSC309, RSC 508, RSC504 et RSC502 ont augmenté la hauteur des plants par rapport
à la souche IRAT FA3.
Sur l’ensemble des sites, les isolats bactériens RSC508, RSC504, RSC309 et RSC119 ont
augmenté le plus la hauteur des plants de Doko. Ces isolats ont induit des effets similaires à ceux
de l’engrais de synthèse NPK 12 22 22 appliqué.
88
Tableau XVII : Effet des rhizobia locaux, de la souche introduite et de l’engrais de synthèse NPK 12 22
22 sur la hauteur des plantules du cultivar Doko à Daloa, Divo et Hiré
Localités Moyenne
Sources d’azote
Daloa Divo Hiré
RSC115 35,30±1,8e 33,20±2,4e 36,20±1,8de 34,9
RSC119 40,40±1,1bcd 37,80±1,9cd 43,20±2,2ab 40,7
RSC309 42,90±2,4ab 40±1bc 40,80±2,6c 41,2
RSC324 38,80±2,7d 35,20±2,3de 34,60±1,5ef 36,2
RSC502 39,50±1,8d 40,80±1,5bc 37,20±1,3d 39,2
RSC504 42,40±3,1abc 42±3,4b 41±1,6bc 41,8
RSC508 44,40±0,6a 42,60±1,8ab 41,60±2,1abc 42,9
IRAT FA3 40,20±1,9cd 35,40±2,4de 38,20±1,1d 37,9
TN 42,70±0,8abc 45,20±3,3a 43,40±1,7a 43,8
T0 29,70±1,9f 28,80±2,6f 33±2,2f 30,5
Moyenne 39,6±4,5 38,1±5,2 38,9±3,8
CV (%) 11,4 13,7 9,9
LSD (5 %) 2,7 3,2 2,4
La croissance des plants du cultivar Piramama a varié en fonction de la bactérie appliquée et du

site de l’expérimentation (Tableau XVIII). En effet, sur le site de Daloa, les hauteurs les plus
élevées obtenues avec les rhizobia locaux étaient 44,4 cm et 44,5 cm. Elles ont été induites
respectivement par RSC119 et RSC504. En addition, selon le test LSD de Fischer, ces isolats ont
augmenté la hauteur des plantules sur ce site similairement que les rhizobia locaux RSC309,
RSC324, RSC508 et la souche IRAT FA3. A Hiré, la hauteur la plus élevée (41 cm) a été
observée avec les plantules inoculées avec RSC508. L’effet de cette bactérie sur le
développement des plantules est avéré similaire à ceux de RSC119 (40,60 cm), RSC309 (39,80
cm) et l’engrais chimique (40,80 cm). Sur ce site, les isolats RSC115, RSC324, RSC502 et
RSC504 et la souche IRAT FA3 ont induit des effets similaires sur les hauteurs de plantules.
Parmi les bactéries testées à Divo, RSC309 a présenté la hauteur la plus élevée avec 39,80 cm.
La souche IRAT FA3 a induit la plus faible hauteur (35,40 cm). Toutefois, la croissance des
89
plantules inoculées avec les bactéries testées sur ce site a été moins importante que celle
observée au niveau des plantules qui ont reçu l’apport de l’engrais de synthèse (46,40 cm).
Tableau XVIII : Effet des rhizobia locaux, de la souche introduite et de l’engrais de synthèse NPK 12 22
22 sur la hauteur des plantules du cultivar Piramama à Daloa, Divo et Hiré
Localités
Daloa Divo Hiré
RSC115 32,50±1,5e 36,40±2,9cd 37,40±1,5b 35,4
RSC119 44,40±2,33ab 38±1,6bcd 40,60±2,4a 41
RSC309 41,30±3,2cd 39,60±2,3bc 39,80±1,9a 40,2
RSC324 40,20±1,6cd 36,40±2,6cd 36±1,6b 37,5
RSC502 39,40±1,1d 38,60±0,9bcd 36,40±1,1b 38,1
RSC504 44,50±2,3ab 36,80±1,9cd 37±1b 39,4
RSC508 41±3,2cd 37,60±0,9bcd 41±2a 39,9
IRAT FA3 42,60±1,2bc 35,60±1,67d 35,40±1,3b 37,9
TN 46,20±2a 46,40±2,30a 40,80±1,3a 44,5
T0 31,12±1,8e 31,80±1,92e 29,20±1,3c 30,7
Moyenne 40,3±5,1 37,7±4 37,4±3,7
CV (%) 12,7 10,6 10
LSD (5 %) 3,1 2,8 2,2
1.2.2.2. Effet des rhizobia locaux sur la biomasse fraiche du soja
Les bactéries testées ont influencé significativement (P = 0,002) la production de biomasse

fraiche des différents cultivars en début de floraison. Toutefois, l’efficacité de chaque bactérie a
varié en fonction du cultivar et du lieu de l’expérimentation.
L’ensemble des bactéries testées a accru la biomasse fraiche des plantules du cultivar Canarana
par rapport au témoin absolu sur tous les sites exceptés RSC115 et RSC119 à Divo, puis RSC115
et RSC324 à Hiré (Tableau XIX). Ces isolats bactériens n’ont pas eu plus d’effet sur la biomasse
fraiche par rapport à T0 sur ces différents sites. Sur le site de Daloa, la souche IRAT FA3 et les
rhizobia indigènes RSC309, RSC324, RSC504 et RSC502 ont induit des effets similaires sur la
90
production de biomasses fraiches. Ces effets sont moins importants que celui induit par l’engrais
de synthèse qui a favorisé une production de 17,5 g de biomasse fraiche. Sur le site de Divo, la
biomasse fraiche la plus élevée a été obtenue avec les plants fertilisés (16,5 g). Les effets de cet
engrais de synthèse sur la production de biomasse fraiche étaient statistiquement similaires à
ceux des rhizobia indigènes RSC309 (15,3 g), RSC324 (15,8 g), RSC502 (15,5 g), RSC504 (15,1
g) et de la souche introduite IRAT FA3 (15,1 g). En revanche sur le site de Hiré, la production de
matière fraiche a été plus accrue avec l’isolat RSC508 par rapport à l’ensemble des bactéries
testées (indigènes et exotique). Cette bactérie a, par ailleurs, induit le même poids de matière
fraiche que l’engrais de synthèse NPK 12 22 22. Ces traitements ont fourni respectivement 15,9
g et 16,4 g de matières fraiches.
Tableau XIX : Effet des rhizobia locaux, de la souche introduite et de l’engrais de synthèse NPK 12 22 22
sur la biomasse fraiche du cultivar Canarana à Daloa, Divo et Hiré
Localités
Daloa Divo Hiré
RSC 115 13,9±0,7d 12,5±1,2c 12,3±1,1ef 12,9
RSC 119 15,5±1,2bc 13±0,6c 12,8±0,5de 13,8
RSC 309 14,6±1,8cd 15,3±1,5ab 14,3±0,8c 14,7
RSC 324 14,5±1,4cd 15,8±1,4ab 12,8±0, def 14,4
RSC 502 15,6±1bc 15,5±0,7ab 15,3±1,3b 15,5
RSC 504 14,30±0,9cd 15,1±0,8ab 13,2±0,2de 14,2
RSC 508 15,2±1,3bcd 14,9±1,3b 15,9±0,4ab 15,3
IRAT FA3 16,2±0,7ab 15,1±1,5ab 13,6±0,3cd 15
TN 17,5±0,9a 16,5±0,6a 16,4±0,8a 16,8
T0 11,1±1e 12,29±1,1c 12±0,4f 11,8
Moyenne 14,9±1,9 14,6±1,7 13,9±1,6
CV (%) 12,9 11,9 11,6
LSD (5 %) 1,6 1,5 1
91
La biomasse fraiche des plants du cultivar Doko a varié significativement en fonction des
bactéries testées et des sites d’essais (Tableau XX). A Daloa, l’ensemble des bactéries utilisées
comme inoculum a accru le poids frais des plants par rapport au témoin absolu (9,7 g) excepté
les plants inoculés avec RSC324 (10,3 g) et IRAT FA3 (10,9 g). Parmi ces bactéries, RSC115,
RSC502, RSC504 et RSC508 ont produit des biomasses fraiches similaires à celles de l’engrais
de synthèse. Le poids frais le plus élevé sur ce site était 15,4 g. Il a été induit par l’isolat
RSC115. Sur le site de Divo, l’ensemble des bactéries a accru le poids frais des plantules par
rapport au témoin absolu. Parmi ces bactéries, RSC309 (13,3 g), RSC504 (14,1 g) et RSC508
(15,7 g) ont augmenté la biomasse fraiche par rapport à la souche exotique IRAT FA3 (11,9 g).
Toutefois, aucune d’elles n’a pu accroitre le poids frais des plantules comme l’engrais de
synthèse (16,63 g) sur ce site. En revanche sur le site de Hiré, en dehors des isolats RSC115 et
RSC324, les rhizobia locaux testés et la souche IRAT FA3 ont augmenté la biomasse fraiche des
plants mieux que le témoin absolu. Comparées entre elles, les bactéries indigènes RSC119,
RSC309, RSC504 et RSC508 ont induit une production de matière végétale fraiche similaire à
celle de la souche de référence. Par ailleurs, la biomasse fraiche obtenue avec l’engrais chimique
(16) était supérieure à celle obtenue avec ces bactéries.
92
Tableau XX : Effet des rhizobia locaux, de la souche introduite et de l’engrais de synthèse NPK 12 22 22
sur la biomasse fraiche du cultivar Doko à Daloa, Divo et Hiré
Sources Localités
Moyenne
d’azote Daloa Divo Hiré
RSC115 15,4±0,9a 12,3±0,7e 10,7±1,1d 12,8
RSC119 12,3±1,3b 13,3±0,6d 14,5±0,7b 13,4
RSC309 12,2±1,2bc 14,3±0,8c 13,7±1,3b 13,4
RSC324 10,3±0,6d 12,2±1e 11,3±1,1d 11,2
RSC502 14,2±0,7a 11,7±0,5e 12,4±0,6c 12,8
RSC504 14,2±0,6a 14,1±0,9cd 14,4±0,9b 14,2
RSC508 14,2±1,4a 15,7±0,6b 14,5±0,8b 14,8
IRAT FA3 10,9±1,3cd 11,9±0,5e 13, 8±0,6b 12,2
TN 14,3±0,7a 17±0,7a 16±0,2a 15,8
T0 9,7±1,3d 10 ±0,5f 10,2±0,2d 10
Moyenne 12,8±2,1 13,3±2,1 13,2±2
CV (%) 16,5 15,5 15,13
LSD (5 %) 1,4 0,97 0,85
% selon le test de LSD de Fisher ; T0 : Témoin non traité ; TN : Engrais de synthèse NPK 12 22 22.
Pour le cultivar Piramama, l’ensemble des bactéries testées a influencé significativement le poids
frais des plants par rapport au témoin non traité. Toutefois, leur impact variait en fonction des
sites (Tableau XXI). A Daloa, hormis l’isolat RSC115, toutes les bactéries ont augmenté le poids
frais des plants par rapport au témoin non traité. Parmi celles-ci, RSC119 et RSC504 ont le plus
boosté la production de biomasse fraiche respectivement avec 16,1 g et 16,5 g. Ces deux
bactéries indigènes ont induit des biomasses fraiches similaires à ceux de l’engrais de synthèse
(17,4 g). Sur le site de Divo, les bactéries testées ont accru la biomasse fraiche mieux que le
témoin absolu exceptées la bactérie indigène RSC324 et la souche IRAT FA3. Parmi ces
bactéries, RSC309 a induit le poids frais le plus élevé avec 13,5 g. Cependant, cette valeur est
inférieure au poids obtenu avec le témoin fertilisé (16,6 g). A Hiré, toutes les bactéries testées
ont boosté la biomasse fraiche des plants par rapport à T0. L’isolat RSC119 a induit la biomasse
93
fraiche la plus élevée parmi ces bactéries, à savoir 14,3 g. Ce poids est ainsi similaire à celui
induit par l’engrais de synthèse estimé à 15,1 g.
Tableau XXI : Effet des rhizobia locaux, de la souche introduite et de l’engrais de synthèse NPK 12 22 22
sur la biomasse fraiche du cultivar Piramama à Daloa, Divo et Hiré
Localités
Daloa Divo Hiré
RSC115 10,8±1,5de 12,2±1,3c 12,8±1,1cd 12
RSC119 16,1±1,7ab 11,9±1,3c 14,3±1,4ab 14,1
RSC309 15±1,5bc 13,5±1,2b 13,7±1bc 14,1
RSC324 12,2±0,5d 11,5±0,3cd 12,1±0,6de 11,9
RSC502 12±1,2d 12,6±0,9bc 11,4±1,3d 12
RSC504 16,5±0,7a 12,2±1,1c 11,9±0,3de 13,5
RSC508 13,8±0,6c 11,9±1c 13,7±0,5bc 13,1
IRAT FA3 14,1±0,5c 10,6±0,5d 12,1±0,2de 12,3
TN 17,4±0,6a 16,3±0,8a 15,1±1,1a 16,4
T0 10,7±0,6e 10,4±0,3d 10 ±0,4e 10,4
Moyenne 13,8±2,5 12,3±1,9 12,7±1,7
CV (%) 17,95 15,26 13,1
LSD (5 %) 1,46 1,2 1,3
1.2.2.3. Effet des rhizobia locaux sur la biomasse sèche du soja en début de floraison
Toutes les bactéries testées ont influencé de façon significative (P = 0,005) la biomasse sèche des
différents cultivars de soja. Toutefois, l’impact de ces bactéries était différent d’une variété à une
autre.
En tenant compte du cultivar Canarana, la biomasse sèche produite sous l’effet des bactéries
indigènes est avérée améliorée par rapport à celle des plants non traitées quel que soit le site de
l’essai. Sur le site de Daloa, les poids secs les plus élevées induits par bactéries locales ont été
observés avec les plants inoculés avec RSC115 (3,4 g), RSC502 (3,4 g) et RSC508 (3,5 g). A
Divo, les bactéries locales RSC309 (3,4 g), RSC324 (3,3 g), RSC502 (3,3 g) et RSC508 (3,3 g)
94
ont augmenté la biomasse sèche par rapport à T0 (2,8 g). Cependant, les poids secs des plants
induits par les bactéries indigènes à Daloa et Divo étaient inférieurs à ceux induits par l’engrais
de synthèse (TN) à Daloa et Divo avec 3,9 g (Tableau XXII). En revanche, toutes les bactéries
testées ont amélioré la biomasse sèche des plants par rapport au témoin absolu à Hiré. Sur ce site,
le poids de la matière sèche le plus élevé (3,68 g) a été obtenu avec RSC508. La biomasse sèche
produite avec cette bactérie était statistiquement similaire à celles obtenues avec RSC502 (3,5 g)
et TN (3, g).
Tableau XXII : Effet es rhizobia locaux, de la souche introduite et de l’engrais de synthèse NPK 12 22 22
sur la biomasse sèche du cultivar Canarana à Daloa, Divo et Hiré
Localités
Daloa Divo Hiré
RSC115 3,4±0,4b 3±0,6bc 3,1±0,4cd 3,2
RSC119 3,2±0,4bc 3±0,4bc 3±0,2de 3,1
RSC309 3,2±0,2bc 3,4±0,21b 3,3±0,3bc 3,3
RSC324 3,2±0,3bc 3,3±0,3b 3±0,2cd 3,2
RSC502 3,4±0,3b 3,3±0,3b 3,5±0,3ab 3,4
RSC504 3,4±0,3bc 3,1±0,3bc 3,1±0,1cd 3,2
RSC508 3,4±0,3b 3,3±0,3b 3,7±0,1a 3,5
IRAT FA3 3,5±0,2ab 3,2±0,4bc 3,2±0,2bcd 3,3
TN 3,9±0,3a 3,9±0,3a 3, 7±0,1a 3,8
T0 3±0,2c 2,8±0,3c 2,7±0,1e 2,8
Moyenne 3,3±0,4 3,2±0,4 3,2±0,4
CV (%) 11 12,7 11,4
LSD (5 %) 0,4 0,5 0,3
Pour le cultivar Doko, la biomasse sèche a varié en fonction des traitements et des sites (Tableau
XXIII). A Daloa, l’ensemble des rhizobia indigènes testés a amélioré la biomasse sèche par
rapport au témoin absolu (T0) excepté RSC324. Cette bactérie et la souche IRAT FA3 n’ont pas
influencé la matière sèche. Hormis RSC324, les bactéries indigènes ainsi que l’engrais chimique
de formulation 12 22 22 ont amélioré de façon similaire le poids sec des plants sur ce site. Sur le
95
site de Divo, les rhizobia locaux ont augmenté le poids sec des plants par rapport à T0 (2,2 g) et à
la souche de référence (3 g). La biomasse sèche induite par ces bactéries était statistiquement
identique à celle obtenue avec l’engrais de synthèse (3,6 g). La biomasse sèche la plus
importante (3,94 g) a été obtenue avec RSC119. Tous les traitements effectués sur le site de Hiré
ont augmenté la biomasse sèche des plants de soja par rapport à T0. Lorsque ces traitements sont
comparés entre eux, l’engrais de synthèse est celui qui a produit le poids sec le plus élevé (4 g).
Ce résultat n’est pas statistiquement différent des effets engendrés par RSC504 et RSC508 (3,8
g). En plus de ces bactéries, RSC119 (3,5 g) et RSC309 (3,5 g) ont aussi accru la biomasse sèche
par rapport à IRAT FA3 (3,3 g), mais de façon moindre.
Tableau XXIII : Effet des rhizobia locaux, de la souche introduite et de l’engrais de synthèse NPK 12 22
22 sur la biomasse sèche du cultivar Doko à Daloa, Divo et Hiré
Sources Localités
Moyenne
d’azote Daloa Divo Hiré
RSC115 3,6±0,7a 3,1±0,4bc 2,9±0,3de 3,2
RSC119 3,2±0,4ab 3,9±0,4a 3,5±0,3bc 3,6
RSC309 3,2±0,5ab 3,6±0,4a 3,5±0,4bc 3,4
RSC324 2,4±0,5c 3,1±0,4c 2,6±0,4e 2,7
RSC502 3,4±0,3a 3±0,2c 3±0,4de 3,1
RSC504 3,6±0,5a 3,6±0,4a 3,8±0,3ab 3,7
RSC508 3,5±0,6a 3,7±0,5a 3,8±0,3ab 3,7
IRAT FA3 3±0,4bc 3±0,3c 3,3±0,2cd 3
TN 3,7±0,3a 3,6±0,3ab 4±0,2a 3,8
T0 2,4±0,3c 2,2±0,2d 2,1±0,1f 2,2
Moyenne 3,2±0,6 3,3±0,6 3,2±0,6
CV (%) 20 18,1 19,55
LSD (5 %) 0,7 0,5 0,5
Les isolats bactériens inoculés au cultivar Piramama ont influencé significativement le poids sec
de la matière végétale. Toutefois, leur effet a varié en fonction du site (Tableau XXIV). Toutes
96
les bactéries testées à Daloa excepté RSC115 ont augmenté le poids sec des plants par rapport à
T0. Les rhizobia RSC119 et RSC504 ont induit les poids secs des plantules les plus élevés avec
4,8 g et 4,4 g respectivement. Par ailleurs, les biomasses sèches produites par ces bactéries
étaient statistiquement similaires à celle produite par l’engrais de synthèse (4,8 g) dans cette
même localité. Sur le site de Hiré, l’ensemble des bactéries testées a accru la production de
biomasse sèche par rapport au témoin absolu. Parmi les bactéries, ce sont RSC309 (3,7 g) et
RSC508 (3,5 g) qui ont plus accru la biomasse sèche. L’engrais de synthèse appliqué sur ce site a
fait mieuxque les bactéries en favorisant une production de 3,8 g qui, toutefois, n’est pas très
différente des résultats obtenus avec RSC309 et RSC508. En revanche sur le site de Divo, toutes
les bactéries testées ont induit une augmentation de la biomasse sèche des plantes. Parmi ces
bactéries, RSC119 (3,5 g), RSC309 (3,6 g) et RSC324 (3,3 g) ont été plus performantes que la
souche de référence (2,7 g). Cependant, aucune d’elle n’a pu accroitre la matière sèche des
plantules mieux que le témoin fertilisé (4,3 g).
Tableau XXIV : Effet des rhizobia locaux, de la souche introduite et de l’engrais de synthèse NPK 12 22
22 sur la biomasse sèche du cultivar Piramama à Daloa, Divo et Hiré
Localités
Daloa Divo Hiré
RSC115 2,7±0,5f 3,2±0,6bcd 3,2±0,4cd 3,1
RSC119 4,8±0,4a 3,5±0,5b 3,4±0,3bc 3,9
RSC309 3,9±0,3bc 3,6±0,4b 3,7±0,4ab 3,7
RSC324 3,1±0,3de 3,3±0,4bc 2,9±0,2de 3,1
RSC502 3,1±0,5de 3,1±0,4bcd 2,9±0,3de 3
RSC504 4,4±0,6ab 3,2±0,4bcd 2,9±0,2de 3,5
RSC508 3,4±0,4cd 2,9±0,2cd 3,5±0,3abc 3,3
IRAT FA3 3,5±0,3cd 2,7±0,2d 2,7±0,2e 3
TN 4,8±0,2a 4,3±0,3a 3,8±0,4a 4,3
T0 2,4±0,3f 2,2±0,1e 2±0,1f 2,3
Moyenne 3,6±0,9 3,2±0,6 3,1±0,6
CV (%) 24 19,6 19
LSD (5 %) 0,6 0,5 0,4
97
1.2.2.4. Effet des rhizobia locaux sur le délai de floraison du soja
L’analyse de la variance des données issues de ce test a montré que les traitements ont influencé
significativement (P = 0,007) le délai de floraison des plants. En outre, l’effet de ces traitements
sur ce paramètre a varié en fonction du cultivar et du site d’expérimentation.
En effet, au niveau du cultivar Canarana, le délai de floraison a varié entre 40 et 53 jours après
semis (JAS) sur l’ensemble des sites (Tableau XXV). Les inflorescences les plus précoces ont
été observées à 40 JAS avec les rhizobia locaux RSC119, RSC309 et RSC324 sur le site de
Divo, soit quatre (04) jours avant l’apparition des fleurs chez le témoin absolu (T0). L’apparition
d’inflorescences a été tardive à Daloa avec un délai situé entre 45 et 53 JAS. Cependant,
l’inoculation des plantules avec les isolats RSC504 et RSC508 a permis de réduire le délai de
floraison de huit (08) jours par rapport au témoin absolu sur ce site. A Hiré, le délai de floraison
était situé entre 45 et 49 JAS. L’inoculation avec les isolats RSC115, RSC504 et la souche IRAT
FA3 a eu pour effet de réduire de quatre (04) jours ce délai par rapport au témoin absolu (49
JAS).
Le délai de floraison du cultivar Doko a varié entre 39 et 49 JAS sur l’ensemble des sites
(Tableau XXV). Le délai de floraison était réduit de 6 et 7 jours sur plantules inoculées avec les
isolats RSC504 et RSC119 respectivement à Daloa et Divo avant l’apparition des fleurs sur les
plantules non traitées. En revanche, l’apparition d’inflorescences sur les plantules inoculées avec
les isolats RSC309 et RSC502 était retardée de 3 et 4 jours à Hiré.
L’inflorescence chez le cultivar Piramama était apparue entre 40 et 46 JAS sur l’ensemble des
sites (Tableau XXV). A Daloa, les isolats RSC115 et RSC119 ont induit une réduction du délai
de floraison de 3 jours. Toutefois, les isolats RSC309, RSC502, RSC508 la souche IRAT FA3 et
l’engrais chimique n’ont pas influencé ce paramètre. A Divo, les isolats testés ont permis de
réduire de 4 à 5 jours le délai de floraison excepté l’isolat RSC309. Sur ce site, l’inflorescence
dess plantules inoculées avec les isolats RSC119, RSC504 et RSC508 était visible 40 JAS soit 5
jours avant l’apparition des fleurs sur les plantules non traitées. En revanche, le delai de floraison
des plantules inoculées avec la bactérie RSC309 était retardé de 1 jour. A Hiré, ce paramètre a
été influencé par les bactéries RSC115, RSC504 et IRAT FA3. Ces bactéries ont permis de
réduire le délai de floraison de trois (03) jours.
98
Tableau XXV : Effet des rhizobia locaux, de la souche introduite et de l’engrais de synthèse NPK 12 22
22 sur le délai de floraison des cultivars Canarana, Doko et Piramama à Daloa, Divo et Hiré
Sources Canarana Doko Piramama

d’azote Daloa Divo Hiré Daloa Divo Hiré Daloa Divo Hiré
RSC115 52g 43b 45a 43c 42b 45a 40a 41b 42a
RSC119 48c 40a 49c 41b 40a 46b 40a 40a 46c
RSC309 47b 40a 49c 43c 49f 49d 43d 46d 46c
RSC324 50f 40a 49c 43c 43bc 46b 42c 41b 46c
RSC502 48c 40a 48b 43c 48ef 48c 43d 41b 45b
RSC504 45a 43b 45a 39a 41a 45a 41b 40a 42a
RSC508 45a 43b 48b 43c 46d 46b 43d 40a 46c
IRAT FA3 49d 43b 45a 43c 41a 45a 43d 40a 42a
TN 51e 43b 48b 43c 44c 45a 43d 40a 45b
T0 53h 44c 49c 45d 47de 45a 43d 45c 45b
Moyenne 49 42 48 43 44 46 42 41 45
CV (%) 3,1 3,1 3,7 4,0 7,1 3,1 6,6 5,3 3,8
LSD (5 %) 1,4 0,8 1,2 1,6 1,8 0,9 0,7 1,2 0,8
1.2.2.5. Effet des rhizobia locaux sur la vigueur des plants et la coloration des feuilles
L’observation de la vigueur des plantules et de la coloration des feuilles lors de la formation des
gousses a montré qu’il existe des différences significatives (P = 0,04) entre les plantules
inoculées avec les bactéries et le témoin absolu (Figure 31). Les plantules inoculées avec
l’ensemble des bactéries (excepté RSC502 inoculée au cultivar Piramama à Hiré et RSC324
inoculée au cultivar Doko à Hiré) presentaient des côtes de 4/5 et 5/5 sur l’ensemble des sites.
Ces côtes indiquent dans cet ordre que les plantules inoculées ont été moyennement vigoureuses
à vigoureuses avec un feuillage vert foncé. Pour le cultivar Piramama, les plantules vigoureuses
étaient celles inoculées avec les bactéries RSC115, RSC119 et RSC309. En revanche, les
plantules vigoureuses au niveau du cultivar Doko ont été obversées suite à l’application des
isolats RSC502, RSC504 et RSC508. Au niveau du cultivar Canarana, les plantules inoculées
avec RSC508 ont présenté les meilleurs aspects sur l’ensemble des sites. Quant aux plantules
99
non inoculées, elles étaient relativement petites avec des feuilles de coloration vert-foncée pour
les cultivars Piramama et Doko puis, vert-claire pour le cultivar Canarana.
A B
C D
Figure 31 : Influence de l’inoculation sur l’aspect des plantules de différents cultivars de soja
A : Plantules de soja Cv. Doko inoculées avec RSC119 ; B : Plantules de soja Cv. Piramama inoculées avec
RSC508 ; C : Plantules de soja Cv. Doko non traitées ; D : Plantules de soja Cv. Canarana non traitées.
1.2.2.6. Effet des rhizobia locaux sur le niveau d’insertion des premières gousses
Les plantes inoculées avec les rhizobia indigènes ont présenté des différences significatives (P =
0,03) sur le niveau d’insertion des premières gousses par rapport au témoin non inoculé excepté
les cultivars Canarana et Piramama à Daloa (Tableau XXVI).
Le niveau d’insertion des premières gousses a varié entre 14,2 cm et 24,8 cm pour l’ensemble
des cultivars sur tous les sites. Le cultivar Piramama a présenté les niveaux d’insertion les moins
élevés avec 16 cm en moyenne sur l’ensemble des sites. Les isolats RSC324 et IRAT FA3 ont
100
induit le niveau d’insertion le plus faible (14,2 cm) respectivement à Hiré et à Divo. Le niveau
d’insertion le plus élevé pour ce cultivar était de 19,6 cm induite par la souche IRAT FA3 à Hiré.
Le niveau d’insertion des premières gousses sur la tige principale des cultivars Canarana et Doko
a varié entre 16,6 et 24,8 cm. L’isolat RSC508 et la souche IRAT FA3 ont induit les niveaux les
plus bas à Divo avec respectivement 16,8 cm et 16,6 cm. A Hiré, par contre, la souche IRAT
FA3 a favorisé les niveaux d’insertion les plus élevés (24,6 et 24,8 cm) lorsqu’elle était inoculée
respectivement aux cultivars Doko et Canarana.
101
Troisième partie: Résultats et discussion
Tableau XXVI : Effet des rhizobia locaux, de la souche introduite et de l’engrais de synthèse NPK 12 22 22 sur le niveau d’insertion des prémières
gousses des cultivars Canarana, Doko et Piramama à Daloa, Divo et Hiré
Cultivars de soja
Sources
d’azote
Daloa Divo Hiré Daloa Divo Hiré Daloa Divo Hiré
RSC115 19,4±1,9 18±1,2ef 20±1,2c 18,2±3,6bcd 17±3d 20±1,2cd 15,2±0,8 15,4±1,1bc 15,4±0,9bcd
RSC119 19,6±2,1 20,8±0,8bc 17,8±1,3de 17,8±0,4cd 20,8±0,8bc 18±1,2de 16±1,6 15,2±0,8bc 15,8±0,8bcd
RSC309 21±3,4 24,2±2,3a 17±1,9e 18,4±1,1bcd 24,2±2,3a 17,8±1,9e 16,4±1,1 17,4±1,8a 16,6±2,4b
RSC324 19±1,4 20±0,7cd 19,6±0,9cd 20±0,7ab 20±0,7c 19,8±0,4cde 16±0,7 16,8±2,6ab 14,2±0,8d
RSC502 17,6±0, 9 20±0,7cd 17,8±1,3de 20,±0,5a 20c 17,8±1,3e 15,8±1,5 16,8±0,8ab 16±1bc
RSC504 20,8±1,6 22,2±1,3b 24,6±1,8a 17,2±0,8d 22,2±1,3b 24,4±1,8a 16,8±1,3 15±1,6c 16,6±2,1b
RSC508 18±1,9 16,8±0,8fg 20,2±1,5bc 17,8±1,3cd 16,8±0,8d 20±1,9cd 16,2±1,3 15±1,2c 15,6±1,5bcd
IRAT FA3 19,6±4,1 16,8±0,8fg 24,8±1,5a 18,2±1,1bcd 16,6±0,5d 24,6±1,7a 16±1,6 14,2±0,8c 19,6±0,5a
TN 19,8±4,2 15,4±0,5g 22,2±1,6b 19,2±1,1abc 15,4±0,5d 22,6±1,5ab 16,6±0, 9 14,2±0,8c 14,4±0,5cd
T0 19,2±1,1 19,2±1,1de 20,6±2,6bc 18,6±1,3bcd 19,2±1,1c 21,6±2,1bc 15,6±1,1 14,2±0,8c 20±0,7a

Moyenne 19,4±2,5 19,3±2,8 20,5±3 18,6±1,6 19,2±3 20,7±2,8 16,3±1,3 15,4±1,7 16,4±2,2
CV (%) 12,9 14,3 14,6 8,9 15,3 13,7 8,2 10,9 13,4
LSD (5 %) NS 1,6 2,4 1,8 2,2 2,2 NS 1,8 1,8
Dans chaque colonne, les moyennes suivies de la même lettre ne sont pas significativement différentes au seuil de 5 % selon le test de LSD de Fisher ; T0 :
Témoin non traité ; TN : Engrais de synthèse NPK 12 22 22.
102
1.2.2.7. Effet des rhizobia locaux sur le délai de maturité des gousses
Le délai de maturité des gousses des différents cultivars a été significativement influencé (P =
0,008) par l’inoculation. Toutefois, l’effet de chaque bactérie sur ce délai pour chaque cultivar
a varié en fonction de la zone de production.
Au niveau du cultivar Canarana, le délai de maturité des gousses a varié de 106 à 121 JAS
(Tableau XXVII). Les délais de maturité les plus précoces ont été observés sur le site de Divo.
Sur ce site, l’ensemble des isolats testés et la souche IRAT FA3 ont induit une réduction du
délai de maturité des gousses de 7 à 14 jours avant la maturité des gousses sur les plants
témoins. Les gousses issues des plants inoculées avec les isolats RSC502 et RSC504 ont été
matures 106 JAS, soit 14 jours avant la maturité des gousses des plants non traitées. En
revanche, ce paramètre a été faiblement influencé à Daloa pour la même variété. Sur ce site, le
délai de maturité des grouses a varié de 111 à 113 jours. Seuls, les isolats RSC309 et RSC504
ont permis de réduire de deux (02) jours ce paramètre par rapport au témoin absolu. Le délai
de maturité des gousses a été plus tardif à Hiré. Il a varié entre 112 et 121 jours. Toutefois, les
bactéries RSC115, RSC502 et IRAT FA3 ont favorisé un gain de neuf (09) jours sur le délai
de maturité des gousses.
Quant au cultivar Doko, le délai de maturité a varié de 98 à 112 jours (Tableau XXVII). Le
délai le plus précoce (98 JAS) a été obtenu avec l’isolat RSC502 à Divo contre 110 JAS pour
le témoin. Sur ce site, les bactéries testées ont permis de réduire le délai de matutité de quatre
(04) à douze (12) jours exceptés les isolats RSC324 et RSC504. A Daloa, l’ensemble des
bactéries testées a réduit le délai de maturité des gousses comparé au témoin. RSC119 et
RSC504 ont induit le délai de maturité des gousses le plus précoce estimé à 101 JAS contre
119 JAS pour le témoin. Ce délai était plus tardif à Hiré avec l’ensemble des traitements
excepté l’isolat RSC115 qui l’a réduit de 9 jours.
Le cultivar Piramama a été le cultivar le plus précoce. En effet, le délai de maturité de ses
gousses a varié entre 88 et 104 jours (Tableau XXVII). L’ensemble des bactéries testées à
Hiré a réduit le délai de quatre (04) à treize (13) jours par rapport au témoin absolu. L’isolat
RSC502 et la souche IRAT FA3 ont été les plus précoces dans cette localité. Toutefois,
aucune des bactéries testées sur le site de Daloa n’a pu réduire le délai de maturité. Au
contraire, les isolats RSC324, RSC502 et la souche IRAT FA3 ont retardé de deux (02) à
quatre (04) jours la maturité des gousses en comparaison au témoin absolu. L’activité des
bactéries a été variable à Divo. En effet, les isolats RSC115, RSC119, RSC324 et RSC508 y
103
ont réduit de huit (08) jours le délai de maturité des gousses quand les isolats RSC502 et
RSC504 retardait ce délai de un (01) à deux (02) jours.
Tableau XXVII : Effet des rhizobia locaux, de la souche introduite et de l’engrais chimique NPK 12
22 22 sur le délai de maturité des gousses des cultivars Canarana, Doko et Piramama à Daloa, Divo et
Hiré
Cultivars du soja
Sources
d’azote
Daloa Divo Hiré Daloa Divo Hiré Daloa Divo Hiré
RSC115 113c 111d 112a 104b 101b 103a 88a 90a 100b
RSC119 112b 113e 121b 101a 100b 112c 88a 90a 100b
RSC309 111a 110c 121b 107c 106c 110b 88a 97c 100b
RSC324 113c 108b 121b 104b 110d 112c 92c 90a 100b
RSC502 113c 106a 121b 107c 98a 112c 92c 99e 91a
RSC504 111a 106a 112a 101a 110d 110b 88a 100f 100b
RSC508 112b 110c 121b 107c 106c 112c 90b 90a 100b
IRAT FA3 112b 110c 112a 104b 106c 110b 90b 94b 91a
TN 111a 106a 121b 107c 106c 110b 90b 98d 91a
T0 113c 120f 121b 107c 110d 112c 88a 98d 104c
Moyenne 112 110 118 105 105 110 89 94 97
CV (%) 5,5 2,5 3,6 2,3 5,9 5,4 4,0 4,1 3,2
LSD (5 %) 1,0 1,7 3,0 1,0 1,8 1,8 1,9 2,4 3,0
Dans chaque colonne, les moyennes suivies de la même lettre ne sont pas significativement différentes au seuil
de 5 % selon le test de LSD de Fisher. T0 : Témoin non traité ; TN : Engrais chimique NPK 12 22 22.
1.2.3. Effet des rhizobia locaux sur le nombre et le poids des gousses des cultivars de soja
L’ensemble des rhizobia indigènes inoculés au soja a influencé significativement (P = 0,04) le

nombre et le poids des gousses. Ces différents paramètres ont varié en fonction des sites
(Tableau XXVIII).
Sur le site de Daloa, le nombre de gousses et le poids des gousses par plantule ont été
améliorés par les bactéries qui ont servi à l’inoculation. Parmi celles-ci, RSC119 a été celle
qui a le plus augmenté ces paramètres. Cette bactérie a induit la formation de 128 gousses et
un poids de gousses de 42,41 g par plantule. Le nombre de gousses induit par cette bactérie
104
était statistiquement similaire à celui induit par l’engrais de synthèse (133 gousses) et moins
élevé que celui obtenu avec la souche de référence (143). Cette souche a, par ailleurs, été celle
qui aura augmenté le plus le nombre de gousses et le poids des gousses par plantule (63,8 g) à
Daloa.
Sur le site de Divo, ce sont les rhizobia RSC324 et RSC502 qui ont induit plus de gousses que
les autres bactéries (Tableau XXVIII). Ces rhizobia ont induit respectivement 144 et 133
gousses par plantule. A leur suite, RSC508 a favorisé la formation de 129 gousses et IRAT
FA3 de 102 gousses. L’engrais de synthèse de formulation 12 22 22 a permis la formation de
120 gousses. Sur ce même site, le poids des gousses a été accru avec l’ensemble des rhizobia
testés. Les isolats RSC324 et RSC508 ont induit les poids de gousses les plus élevés
respectivement : 55,7 et 52,2 g. Les poids de gousses obtenus avec ces bactéries locales
étaient supérieurs à ceux enrégistrés avec la souche IRAT FA3 (42,9 g) et l’engrais chimique
(51,3 g).
Au niveau de Hiré, le nombre et le poids des gousses ont été accrus par l’ensemble des
traitements en comparaison au témoin absolu (Tableau XXVIII). Les nombres de gousses les
plus importants ont été obtenus avec RSC309 et RSC508, à savoir : 163 et 154 gousses. Ces
nombres de gousses étaient supérieurs à celui induit par la souche exotique estimé à 137
gousses. Ces mêmes rhizobia ont augmenté le plus le poids des gousses avec 68,4 g et 66 g
respectivement pour RSC309 et RSC508. Toutefois, le nombre et le poids des gousses
favorisés par ces rhizobia indigènes n’étaient statistiquement différents de ceux obtenus avec
l’application de l’engrais de synthèse avec lequel 152 gousses et un poids de 69,9 g ont été
mesurés par plant.
105
Tableau XXVIII : Effet des rhizobia indigènes, de la souche IRAT FA3 et de l’engrais chimique NPK 12 22 22 sur le nombre et le poids des gousses du
cultivar Canarana à Daloa, Divo et Hiré
Sources Nombre de gousses/plante Poids des gousses/plante (g)

d’azote Daloa Divo Hiré Daloa Divo Hiré
RSC115 91±4ef 91±5g 88±6cd 34,6±1,9de 35±2,1d 36,1±3,9d
RSC119 128±10b 108±10ef 127±12b 42,4±4b 44,8±5,3c 55±3,4b
RSC309 105±12cd 112±5def 163±12a 36,1±3,2de 50,3±2,2b 68,4±6,2a
RSC324 110±9cd 144 ±17a 88±6cd 37,3±3cd 55,7±3,4a 35,6±2,2d
RSC502 114±11c 133±9ab 99±6c 40,8±3bc 49,6±2,8b 44,5±3,8c
RSC504 81±7f 118±6cde 81±10d 28,2±2,4f 50,7±2,2b 33,5±2,2d
RSC508 102±6de 129±8bc 154±12a 33,1±1,4e 52,2±2,2ab 66±4,7a
IRAT FA3 143±10a 102±8fg 137±10b 63,8±2a 42,9±2,4c 53,8±4,9b
TN 133±15ab 120±8cd 152±10a 43,1±5,7b 51,3±3,5b 69,9±3,1a
T0 65±3g 51 ±3h 37±5e 28,6±2,3f 24,5±2,3e 22±3,6e
Moyenne 113±36 111±26 113±40 38,8±10,2 45,7±9,5 48,5±16,3
CV (%) 32,1 23,5 35,1 26,2 20,8 33,7
LSD (5 %) 12 11 15,2 4,2 4,4 9,3
Dans chaque colonne, les moyennes suivies de la même lettre ne sont pas significativement différentes au seuil de 5 % selon le test de LSD de Fisher ; T0 : Témoin non
traité ; TN : Engrais chimique NPK de formulation 12 22 22.
106
Les rhizobia indigènes et la souche exotique inoculés au soja ont influencé significativement
(P=0,006) le nombre et le poids des gousses comparativement au témoin non traité.
Cependant, ces paramètres ont varié en fonction du traitement appliqué et du site de l’essai
(Tableau XXIX).
A Daloa, l’ensemble des bactéries testées a amélioré les paramètres étudiés. Parmi ces
bactéries, l’isolat RSC508 a induit le nombre et le poids des gousses les plus élevés. Cette
bactérie a favorisé la production de 99 gousses par plant et un poids de gousses de 64,87 g. En
plus d’elle, RSC115, RSC119 et RSC309 ont augmenté le nombre et le poids des gousses ces
par rapport à IRAT FA3 et à l’engrais de synthèse.
Concernant le site de Divo, le nombre de gousses le plus élevée était de 82 gousses obtenues
sur les plants inoculées avec l’isolat RSC309. Cette bactérie a, par ailleurs, induit des effets
statistiquement similaires à ceux des isolats RSC119, RSC504, RSC508 et de la souche IRAT
FA3. Ces bactéries ont favorisé la production de 76 à 80 gousses par plant. Toutes En somme,
elles ont toutes boosté la production en gousses que l’engrais de synthèse qui n’a favorisé que
la formation de 66 gousses par plant. Par ailleurs, sur ce site, l’isolat RSC508 apparait comme
la bactérie qui a favorisé les poids les plus élevés de gousses en induisant la production de
50,1 g de gousses par plant. Le rendement en gousse induit par cette bactérie était toutefois
statistiquement similaire à ceux obtenus avec RSC119, RSC309 et RSC504 qui sont dans
l’ordre : 45,3 g, 49,9 g et 48,6 g de gousses par plant. L’ensemble de ces bactéries a amélioré
le poids des gousses que la souche de Bradyrhizobium japonicum introduite (38,9 g) et le
témoin fertilisé (38,9 g).
Sur le site de Hiré, les différents traitements ont augmenté le nombre et le poids des gousses
par rapport au témoin absolu exceptés RSC324 et RSC502. RSC119 a induit le nombre le plus
élevé de gousses par plant (106) ainsi que le poids de gousses le plus élevé (71,6 g). RSC504
a augmenté ces paramètres de façon similaires que l’engrais chimique (respectivement 88
gousses et 54,7 g contre 94 gousses et 60,4 g).
107
Tableau XXIX : Effet des rhizobia indigènes, de la souche IRAT FA3 et de l’engrais chimique NPK 12 22 22 sur le nombre et le poids des gousses du
cultivar Doko à Daloa, Divo et Hiré

RSC115 71±6cd 53±3c 66±5ef 35,5±5,1cd 38,3±3,6b 43,3±6,6ef
RSC119 78±5c 76±4a 106±10a 40,5±3,4c 45,3±1,7a 71,6±5,4a
RSC309 90±6b 82±7a 90±7b 51,9±3,7b 49,9±10a 53,9±3,7c
RSC324 52±4f 50±6c 56±5g 26,1±1,9ef 34,8±5,7b 38,2±3,3fg
RSC502 44±6g 56±4c 59±6fg 22,7±2,9f 33,6±2,4b 40,8±4,9efg
RSC504 60±3e 76±6a 88±7bc 29,3±2ef 48,6±4,3a 54,7±5,5bc
RSC508 99±7a 80±5a 70±8de 64,8±9a 50,1±3,6a 46,3±5,2de
IRAT FA3 65±6de 76±7a 80±4cd 34,3±3,4de 38,9±4,9b 51,5±1,5cd
TN 58±4ef 66±6b 94±13b 32,4±1,7de 38,9±2b 60,4±6,9b
T0 25±6h 38±6d 50±7g 25,4±4ef 27,4±1,8c 35,6±3,3g
Moyenne 64±21 65±15 76±19 36,3±13,1 40,6±8,5 49,6±11,5

CV (%) 33,1 23,5 25,2 36,2 20,9 23,1
LSD (5 %) 8 9,6 9,8 6,2 6,2 5,5
Dans chaque colonne, les moyennes suivies de la même lettre ne sont pas significativement différentes au seuil de 5 % selon le test de LSD de Fisher ; T0 : Témoin
non traité ; TN : Engrais chimique NPK de formulation 12 22 22.
108
Les bactéries testées ainsi que l’engrais chimique ont amélioré significativement (P= 0,008) le
nombre et le poids des gousses par plant en comparaison au témoin absolu (T0) sur les trois
sites (Tableau XXX).
Le nombre de gousses a varié de 62 à 133 gousses pour l’ensemble des traitements contre 44
à 50 gousses pour le témoin non azoté sur l’ensemble des sites. L’isolat bactérien RSC508 a
induit le nombre le plus élevé de gousses sur tous les sites. Il a induit respectivement 102 ; 87
et 133 gousses par plant à Daloa, Divo et Hiré. L’impact de cette bactérie sur la production de
gousses a été similaire avec ceux des isolats RSC119 et RSC309 à Daloa et à Divo. Ces
bactéries ont induit respectivement la production de 99 et 96 gousses par plant à Daloa, puis
83 et 81 gousses par plantules à Divo. Tous ces rhizobia indigènes ont augmenté le nombre de
gousses sur ces sites que l’engrais chimique et la souche IRAT FA3. L’engrais chimique a
induit la formation de 80 et 74 gousses respectivement à Daloa et Divo tandis que la souche
IRAT FA3 a induit la formation de 85 et 67 gousses respectivement à Daloa et Divo. Par
ailleurs, le nombre de gousses obtenu avec RSC508 à Hiré (133 gousses) est similaire à celui
obtenu avec le témoin azoté (125 gousses).
Le poids des gousses a aussi varié en fonction du traitement et du site d’expérimentation. Il a

varié de 32,6 à 118,4 g pour les traitements et de 30, 9 à 39,6 g pour le témoin absolu sur
l’ensemble des sites. L’isolat RSC508 a induit les poids de gousses les plus élevés sur tous les
sites à savoir, 56,1 g à Daloa, 56,9 g à Divo et 118,4 g à Hiré. Les résultats obtenus à Daloa et
Divo ne diffèrent pas sensiblement avec celui obtenu avec l’isolat RSC119 dans ces mêmes
lieux. Hormis ces deux bactéries, RSC309 a aussi induit des nombres de gousses par plant
supérieurs à ceux observés sur les plants inoculés avec la souche IRAT FA3 et ceux traités
avec l’engrais chimique à Daloa et Divo. En revanche, à Hiré, le poids des gousses le plus
élevé (118,4 g) obtenu avec RSC508 n’est pas statistiquement différent de celui enrégistré au
niveau des plants fertilisés à l’engrais chimique (111,3 g).
109
Tableau XXX : Effet des rhizobia indigènes, de la souche IRAT FA3 et de l’engrais chimique NPK 12 22 22 sur le nombre et le poids des gousses
du cultivar Piramama à Daloa, Divo et Hiré

RSC115 64±7c 66±5c 71±5cd 37,1±2,6f 37,6±3,2ef 49,9±4,1cd
RSC119 99±4a 83±7a 77±5bc 52,9±1,5ab 54±4,5ab 55,5±3,7bc
RSC309 96±8a 81±9a 85±11b 50,9±6,2bc 50,9±7,3bc 60,2±6,9b
RSC324 86±8b 64±3c 68±3cd 47,4±4,4cd 40,7±3,2de 43,3±4,2de
RSC502 68±3c 63±7c 74±5bc 32,6±1,9gh 35,3±4,9fg 45,5±4,2de
RSC504 69±4c 62±2c 70±5cd 35±1,3fg 41,9±1,4de 43,4±2,9de
RSC508 102±9a 87±6a 133±16a 56,1±4,1a 56,9±4,5a 118,4±9,5a
IRAT FA3 85±4b 67±2bc 68±8cd 48,8±0,8cd 43,8±1,3d 47,5±5,8cde
TN 80±3b 74±4b 125±24a 45,8±1,9e 48,8±3,3c 111,3±13,9a
T0 44±4d 50±3d 59±6d 30,9±1,81i 32,2±1,1g 39,6±4,4e
Moyenne 79±18 70±12 86±32 43,7±9,1 44,2±8,6 61,5±28,3
CV (%) 23 17,3 37 20,9 19,6 46
LSD (5 %) 10,2 7,2 13,8 4,2 5,1 10,1
Dans chaque colonne, les moyennes suivies de la même lettre ne sont pas significativement différentes au seuil de 5 % selon le test de LSD de Fischer. T0 :
Témoin non traité ; TN : Engrais chimique de formulation 12 22 22.
110
1.2.4. Effet des rhizobia locaux sur le poids de 100 graines et le rendement en graines des
cultivars de soja
L’analyse de la variance a montré que l’inoculation a influencé significativement (P = 0,03) le

poids de 100 graines et le rendement en graines à l’hectare sur l’ensemble des sites. Toutefois,
l’impact de ces bactéries a varié en du lieu de l’expérimentation.
Le poids de 100 graines a varié de 10,1 g à 15,5 g. Les poids les plus élevés ont été obtenus à
Divo (Tableau XXXI). Sur ce site, le poids moyen de 100 graines a été 14,2 g. Les bactéries
RSC309 et RSC119 ont favorisé les poids de 100 graines les plus élevés. Ces bactéries ont
induit respectivement 15,2 g et 15,5 g sur ce site. Elles ont significativement augmenté ce
paramètre que la souche de référence (13,7 g) et l’engrais chimique de formulation 12 22 22
(14,3 g). A Daloa, tous les rhizobia indigènes ont augmenté le poids des 100 graines par
rapport à IRAT FA3. Cependant, ils ont induit des effets similaires avec l’engrais chimique
excepté RSC115. En revanche à Hiré, l’ensemble des traitements a enregistré une
augmentation du poids des 100 graines par rapport au témoin absolu (10,07 g). Parmi les
rhizobia indigènes testés, RSC115 a induit le poids des 100 graines le plus élevé (12,73 g).
Toutefois, le poids des graines induit par la souche IRAT FA3 (12,98 g) a été supérieur à celui
induit par cet isolat. Les poids des 100 graines obtenus avec ces deux bactéries ont été
supérieurs à celui obtenu avec l’engrais chimique testé (12,29 g).
Le rendement en graines a aussi été amélioré par les rhizobia testés comparé au témoin non
fertilisé sur l’ensemble des sites. Ce rendement a varié de 0,3 t/ha à 2,7 t/ha sur tous les sites
(Tableau XXXI). A Daloa, les isolats RSC119, RSC324 et RSC502 a induit le rendement le
plus élevé parmi les rhizobia locaux testés avec 2,7 t/ha. Ce rendement a été similaire à celui
obtenu avec la souche IRAT FA3 et à celui de l’engrais chimique 12 22 22. Sur la parcelle
non traité, le rendement a été de 0,7 t/ha. Au niveau du site de Divo, le rendement enrégistré
sur la parcelle témoin a été de 0,5 t/ha. Le rendement a plus été amélioré avec les rhizobia
RSC324 et RSC502 avec 2,5 t/ha. Les rendements induits par ces bactéries étaient supérieurs
à ceux obtenus avec l’engrais de synthèse (2,4 t/ha) et la souche IRAT FA3 (2,3 t/ha) sur ce
site. De plus, le rendement obtenu avec l’application de l’engrais chimique a été
statistiquement similaire à ceux obtenus avec les isolats RSC504 et RSC508. Ce rendement a
variée de 0,3 t/ha à 2,7 t/ha sur le site de Hiré. Dans cette localité, le rendement du cultivar
111
Canarana a plus été boosté par RSC309 et RSC508. Ces bactéries ont favorisé des rendements
en graines de 2,7 tonnes à l’hectare. Ces rendements ont été supérieurs à ceux induits par la
souche IRAT FA3 et TN respectivement avec 2,4 t/ha et 2,6 t/ha. Par ailleurs, le rendement
obtenu avec l’engrais chimique a été identique à celui obtenu avec RSC119 (2,6 t/ha).
112
Tableau XXXI : Effet des rhizobia indigènes sur le poids de 100 g et le rendement en graines du cultivar Canarana à Daloa, Divo et Hiré
Sources Poids de 100 graines (g) Rendement (t/Ha)

RSC115 12,2±0,1bc 13,6±0,2h 12,7±0,4b 2,1c 1,9e 1,7f
RSC119 12,2±0,2abc 15,2±0,3b 12,5±0,1c 2,7±0,1a 2,2d 2,6b
RSC309 12,3±0,1ab 15,5±0,1a 10,9±0,2g 2,5±0,1b 2,3c 2,7a
RSC324 12,4±0,2ab 13,8±0,1fg 10,8±0,2g 2,7a 2,5a 1,9e
RSC502 12,5±0,1a 14±0,2de 12±0,1d 2,7a 2,5a 2d
RSC504 12,4±0,3ab 14±0,1ef 11,4±0,2f 2,1c 2,4b 1,7f
RSC508 12,5±0,1a 14,2±0,1cd 11,7±0,1e 2,1c 2,4b 2,7a
IRAT FA3 12±0,4c 13,7±0,1gh 13±0,1a 2,7a 2,3c 2,4c
TN 12,5±0,2a 14,3±0,1c 12,3±0,1c 2,7a 2,4b 2,6b
T0 11,7±0,4d 13,7±0,0gh 10,1±0,1h 0,6d 0,5±0,1f 0,3g
Moyenne 12,3±0,3 14,2±0,6 11,7±0,9 2,3±0,4 2,1 2,1±0,5
CV (%) 2,8 4,6 7,7 26,7 24,7 41,3
LSD (5 %) 0,3 0,2 0,2 0,1 0,1 0,1
113
L’ensemble des traitements a influencé significativement (P = 0,04) le poids de 100 graines et

le rendement en graines à l’hectare par rapport au témoin absolu. Toutefois, l’impact des
bactéries testées a varié en fonction des sites (Tableau XXXII).
Le poids de 100 graines a varié de 15,2 g à 19,2 g sur l’ensemble des sites. Le poids le plus
élevé (19,2 g) a été obtenu avec RSC119 à Divo. Sur ce site, les rhizobia indigènes ont
augmenté le poids de 100 graines comparés au témoin non traité (16,3g) sauf RSC115 (15,2
g) et RSC504 (15,5 g). Parmi ces bactéries, RSC508 (18,6 g) et RSC324 (18 g) ont augmenté
significativement ce paramètre que l’engrais de synthèse (17,4 g) et la souche IRAT FA3
(16,3 g). Sur le site de Daloa, tous les rhizobia locaux (hormis RSC115 et RSC502) ont
amélioré le poids de 100 graines par rapport au témoin non traité. Parmi ces bactéries testées,
RSC504 (16,6 g) et RSC508 (16,6 g) ont induit des poids de graines supérieurs à celui
favorisé par l’engrais 12 22 22 (16,1 g). En revanche, elles ont induit des poids de 100 g
statistiquement similaires à celui obtenu avec la souche IRAT FA3 (16,7g) sur ce site. Par
contre à Hiré, l’ensemble des isolats testés ont augmenté significativement le poids de 100
graines par rapport au témoin non traité. Parmi les rhizobia indigènes, RSC324 a favorisé le
poids de 100 graines le plus élevé (18 g). Cette bactérie locale a augmenté ce paramètre que la
souche exotique (17,5 g). Toutefois, son impact a été inférieur à l’engrais chimique NPK de
formulation 12 22 22 appliqué dans cette localité.
Le rendement des graines de ce cultivar a varié de 0,3 tonne à 2,7 tonnes par hectare. A
Daloa, les rendements les plus élevés ont été obtenus avec RSC508, RSC115, RSC119 et
RSC309. Ces bactéries ont induit des rendements supérieurs à ceux de l’engrais de synthèse et
de la souche de référence. Sur ce site, le rendement le plus élevé a été 2,6 t/ha. Il a été obtenu
avec RSC508. Les rendements obtenus sur les parcelles testées avec l’engrais chimique de
formulation 12 22 22 et la souche IRAT FA3 ont été respectivement 2,2 t/ha et 2,1 t/ha. Sur
les sites de Divo et de Hiré, les rhizobia locaux RSC119, RSC309 et RSC508 ont induit les
rendements en graines par hectare les plus élevés. Le rendement le plus élevé obtenu à Divo a
été 2,3 t/ha. Ce rendement a été favorisé sur ce site par les isolats RSC119 et RSC309. Ce
rendement a été de 0,3 t/ha pour le témoin absolu et de 1 t/ha pour l’engrais de synthèse sur le
même site. A Hiré, le rendement en graines le plus élevé (2,7 t/ha) a été favorisé par RSC119.
Ce rendement a été statistiquement similaire à celui obtenu avec RSC508 (2,6 t/ha). Les
rendements induits par ces bactéries ont été significativement supérieurs à ceux du témoin
absolu (0,4 t/ha), de la souche IRAT FA3 (2 t/ha) et de l’engrais chimique (1,9 t/ha).
114
Tableau XXXII : Effet des rhizobia indigènes sur le poids de 100 g et le rendement en graines du cultivar Doko à Daloa, Divo et Hiré
Sources Poids de 100 graines (g) Rendement (t/Ha)

RSC115 15,6±0,1cd 15,2±0,1g 17,2±0,1d 2,5b 1,6e 1,9cd

RSC119 16,3±0,4b 19,2±0,2a 17,4±0,1c 2,4c 2,3a 2,7a
RSC309 16,3±0,1b 17,7±0,3c 17,6±0,1c 2,3d 2,3a 2,4b
RSC324 15,5±0,1d 17,2±0,1d 18±0,1b 1,6h 1,5f 1,6e
RSC502 15,7±0,0cd 18,7±0,3b 17,6±0,1c 1,4i 1,7d 1,7e
RSC504 16,6±0,1a 15,5±0,1f 17,6±0,1c 1,7g 1,9c 2c
RSC508 16,6±0,2a 18,6±0,1b 16,9±0,3e 2,6a 2,1b 2,6a
IRAT FA3 16,7±0,1a 16,3±0,1e 17,5±0,1c 2,1f 1,9c 2c
TN 16,1±0,4b 17,4±0,2cd 18,3±0,2a 2,2e 2c 1,9cd
T0 15,8±0,1c 16,3±0,3e 16,5±0,2f 0,3j 0,3g 0,4f
Moyenne 16,1±0,5 17,2±1,3 17,5±0,5 1,9±0,5 1,8±0,3 1,9±0,4

CV (%) 3,1 75,6 2,9 43,9 38 41,6
LSD (5 %) 0,3 0,5 0,2 0,1 0,1 0,2
115
L’ensemble des traitements a amélioré significativement le poids de 100 graines (sauf

RSC115 à Daloa et à Divo) et le rendement en graines à l’hectare par rapport au témoin
absolu sur l’ensemble des sites.
Le poids de 100 graines a varié de 14,5 g à 19,6 g. Les poids les plus élevés ont été induits par
les rhizobia locaux RSC324 et RSC508 sur l’ensemble des sites (Tableau XXXIII). A Daloa,
la bactérie RSC324 a induit un poids de 16,8 g. Ce rendement n’a pas été statistiquement
différent de celui de l’engrais de synthèse (17 g) sur ce site. A Divo, le poids de 100 graines le
plus élevé a été 19,6 g. Il a été induit par RSC508. Cette bactérie a favorisé un poids
statistiquement similaire à celui de RSC324 (19,4 g). En plus de ces bactéries, RSC119,
RSC309, RSC502 et RSC504 ont induit des poids de 100 graines supérieurs à ceux obtenus
avec la souche IRAT FA3 (16,4 g) et l’engrais chimique (17,1 g) sur ce site. A Hiré, le poids
le plus élevé (18,7 g) a été favorisé par RSC508. Le poids de 100 graines induit par cette
dernière n’a pas été différent de ceux des bactéries RSC324 (18,6 g) et RSC504 (18,6 g). Ces
bactéries ont amélioré ce paramètre par rapport à IRAT FA3 (18,3 g) et l’engrais 12 22 22
(18,2 g) sur ce site.
Concernant le rendement en graines par hectare, il a varié de 0,4 t/ha à 4,3 t/ha sur l’ensemble
des sites (Tableau XXXIII). A Daloa, le rendement en graines a plus été amélioré par les
isolats RSC119, RSC309, RSC508 et la souche IRAT FA3. Ces bactéries ont induit des
rendements supérieurs à l’engrais de synthèse. Parmi celles-ci, RSC508 a donné le rendement
le plus élevé soit 4,3 t/ha contre 3,5 t/ha pour le témoin fertilisé et 0,7 t/ha pour le témoin
absolu. A Divo, le rendement le plus élevé (3,2 t/ha) a été obtenu avec RSC119. Cette bactérie
a induit un rendement en graines par hectare similaire à celui obtenu avec RSC508. Sur ce
site, ces bactéries (RSC119 et RSC508) ont augmenté ce paramètre plus que le témoin
fertilisé (3,1 t/ha) et la souche IRAT FA3 (3 t/ha). A Hiré, le rendement en graines le plus
élevé (4 t/ha) a été obtenu avec RSC508. Toutefois, ce rendement ne diffère pas
statistiquement de celui obtenu avec l’engrais de synthèse qui était de 3,9 t/ha. De plus sur ce
site, les isolats RSC119, RSC309 et RSC324 ont produit des rendements supérieurs à celui
obtenu avec la souche IRAT FA3.
116
Tableau XXXIII : Effet des rhizobia locaux sur le poids de 100 g et le rendement en graines du cultivar Piramama à Daloa, Divo et Hiré
Poids de 100 graines (g) Rendement (t/Ha)

Sources
d’azote
Daloa Divo Hiré Daloa Divo Hiré
RSC115 14,5±0,1d 17,7±0,0d 18±0,2e 3,2e 2,8de 2,9c
RSC119 15,4±0,1c 18,7±0,1b 18,4±0,1b 3,7c 3,2a 3,1b
RSC309 14,5±0,2d 18,3±0,1c 18,4±0,1bc 3,9b 2,9cd 3,2b
RSC324 16,8±0,5ab 19,4±0,2a 18,6±0,1a 3,5d 2,8de 2,9c
RSC502 15,5±0,2c 18,9±0,5b 18,2±0,1d 2,6f 2,8de 2,8c
RSC504 14,7±0,2d 18±0,1c 18,6±0,1a 3,2e 2,7e 2,8c
RSC508 16±0,2b 19,6±0,4a 18,7±0,1a 4,3a 3,2a 4a
IRAT FA3 16 ±0,1b 16,4±0,1f 18,3±0,1cd 3,6cd 3bc 2,8c
TN 17±0,3a 17,1±0,1e 18,2±0,1de 3,5d 3,1ab 3,9a
T0 15,3±0,2c 17,7±0,2d 16,8±0,1f 0,7g 0,5f 0,4d
Moyenne 15,6±0,9 18,2±1 18,2±0,5 3±0,5 2,7±0,2 2,9±0,5
CV (%) 5,8 5,5 3 36,3 25,3 44,7
LSD (%) 0,9 0,5 0,2 0,2 0,2 0,2
Dans chaque colonne, les moyennes suivies de la même lettre ne sont pas significativement différentes au seuil de 5 % selon le test de LSD de Fisher ; T0 : Témoin
non traité ; TN : Engrais chimique de formulation 12 22 22.
117
1.3. Evaluation de l’arrière effet des rhizobia locaux inoculés au soja sur la qualité des
sols
1.3.1. Caractéristiques physiques et chimiques des sols des sites d’expérimentation
Les résultats des analyses physiques, physico-chimiques et chimiques effectuées sur les
échantillons de sol prélevés sur les sites d’expérimentation à Daloa, Divo et Hiré avant la
mise en place des cultures ont été consignés dans le tableau XXXIV. L’analyse a révélé
l’existence d’une différence significative entre les paramètres analysés en fonction des sites.
En ce qui concerne la composition granulométrique, le sol de Divo a présenté des taux

d’argile (14,5 %), de limon fin (13,5 %) et de limon grossier (13,4 %) significativement
élevés par rapport aux sols de Hiré et de Daloa. En revanche, le sol du site de Daloa a présenté
les plus faibles teneurs en limon fin (4,5 %) et en limon grossier (9,46 %). Par ailleurs, ce sol
était très pourvu en sables, notamment les sables grossiers (56,55 %) par rapport aux autres
sites qui contenaient des teneurs statistiquement similaires en cet élément. Quant au sol de
Hiré, il était plus pourvu en sable fin (39,64 %). Le site expérimental de Daloa a donc une
texture sableuse majoritairement constitué d’éléments grossiers, tandis que ceux de Divo et de
Hiré ont une texture sablo-limoneuse, avec une part importante en argile pour le site de Divo.
Les résultats des analyses physico-chimiques ont révélé que les sols de Daloa (pH=6,4) et de
Hiré (pH=6,5) sont faiblement acides, tandis que celui de Divo (pH=6) est acide. Toutefois, ce
dernier regorge les plus importantes teneurs en matière organique (4,23 %) ou carbone
organique (2,46 %) et en azote totale (0,19 %) que les sites de Daloa et de Hiré. Le rapport
carbone/azote est sensiblement similaire sur l’ensemble des sites. Aussi, l’ensemble des sites
présente de fortes teneurs en phosphore totale et en phosphore assimilable (Pass>15 ppm).
Cependant, ces teneurs en phosphore ont été significativement plus élevées respectivement à
Divo (70 ppm) et à Daloa (65 ppm) par rapport au sol du site expérimental de Hiré (49 ppm).
Pour ce qui est du complexe absorbant, l’ensemble des sites de l’expérimentation a présenté
des capacités d’échanges cationiques (CEC) relativement faibles. Elles ont varié de 2,72
Cmol.Kg-1 à 10,80 Cmol.Kg-1. Le sol du site de Divo s’est distingué par une CEC élevée
(10,80 Cmol.Kg-1) que celui de Hiré (6,40 Cmol.Kg-1) et de Daloa (2,72 Cmol.Kg-1). Ce
dernier a d’ailleurs été caractérisé par une faible capacité d’échange cationique (2,72
Cmol.Kg-1). Les résultats montrent également que les sols de tous les sites expérimentaux
118
sont pourvus en magnesium, potassium et sodium. Cependant, leurs teneurs en calcium
demeurent inférieures à 4 Cmol.Kg-1.
Tableau XXXIV : Caractéristiques physiques, physico-chimiques et chimiques des sols des sites
d’expérimentation en conditions paysannes à Daloa, Divo et Hiré
Types d'analyses Daloa Divo Hiré

Granulométrie
Argile (%) 3,5 14,5 0,5
Limon fin (%) 4,5 13,5 12
Limon grossier (%) 9,46 13,4 11,25
Sable fin (%) 25,25 24,15 39,64
Sable grossier (%) 56,55 33,49 33,55
Analyses physico-chimiques
pHeau 6,4 6 6,5
Corg (%) 0,74 2,46 1,56
Nt (%) 0,06 0,19 0,12
C/Nt 12 13 13
M.O (%) 1,27 4,23 2,68
Pt (ppm) 258 280 196
Pass (ppm) 65 70 49
Complexe adsorbant
CEC 2,72 10,80 6,40
Ca 0,998 2,309 1,683
Mg 0,76 1,049 0,961
K 0,234 0,243 0,643
Na 0,053 0,077 0,088
Nt : azote total ; Corg : carbone organique ; C/Nt : Rapport carbone-azote totale ; Pt : phosphore total ; Pass :
phosphore assimilable ; CEC : Capacité d’échange cationique.
1.3.2. Arrière effet des rhizobia locaux inoculés au soja sur la qualité des sols
L’analyse de la variance réalisée sur différents paramètres physiques, physico-chimiques et

chimiques des sols prélevés un (01) mois après de la récolte du soja a montré que
l’inoculation a influencé significativement (P =0,006) les paramètres étudiés. Cependant,
l’influence des bactéries testées a varié en fonction du cultivar.
Sur les échantillons de sol prélevés sous le cultivar Canarana, l’ensemble des bactéries testées
a amélioré les teneurs en azote total (Nt), en carbone organique (Corg) et matière organique
(M.O) excepté RSC119 (Tableau XXXV). Les bactéries RSC309, RSC324 et RSC502 ont
augmenté le plus les teneurs de ces éléments par rapport à l’ensemble des traitements. L’isolat
RSC324 a augmenté ces paramètres de plus de 100 % comparativement aux teneurs initiales
119
respectives de ces éléments chimiques. L’ensemble des bactéries testées a induit des rapports
C/N compris entre 9 et 13. En outre, l’impact des bactéries testées a été variable sur le pH et
la disponibilité du phosphore. Les bactéries RSC309, RSC324, RSC502 et RSC508 inoculées
à la variété Canarana ont augmenté le pHeau des sols de façon très significative. En effet, le pH
de ces sols est passé de faiblement acide (pH = 6,4) à neutre (pH = 6,9 à pH = 7,3). En
revanche, les teneurs en phosphore assimilable et en phosphore total n’ont pas été améliorées
par les bactéries testées. Toutefois, les sols inoculés avec RSC502, RSC508 et IRAT FA3 ont
induit des teneurs en phosphore similaires à l’état initial sol. L’engrais chimique appliqué à ce
cultivar a maintenu la teneur en phosphore du sol.
Tableau XXXV : Arrière effet des rhizobia indigènes inoculés au cultivar Canarana sur la qualité du
sol
Sources d’azote pHeau C (%) Nt (%) C/Nt M.O (%) P.ass (ppm) P.tot (ppm)
Jac. init 6,4bc 0,74de 0,06c 12±1 1,27c 66a 258a
RSC115 6,2c 0,82de 0,07bc 12±1 1,41bc 47def 186d
RSC119 6,2c 0,68e 0,06c 12±1 1,17c 55cdef 219c
RSC309 7,2a 1,21b 0,10b 12±1 2,08b 57bcde 223b
RSC324 7,2a 1,64a 0,13a 13±1 2,82a 52def 207cd
RSC502 7,3a 1,21b 0,10b 12±1 2,08b 63abc 253a
RSC504 7,2a 0,82de 0,07bc 12±2 1,41bc 56bcde 224b
RSC508 6,9b 0,94cd 0,08bc 12±1 1,61bc 62abcd 246ab
IRAT FA3 6,3c 0,90cde 0,08bc 11±1 1,54bc 63abc 251a
TN 6,3c 0,98bcd 0,08bc 12±2 1,68bc 64ab 258a
T0 6,3c 1,15bc 0,09bc 13±1 1,98b 54def 215c

Moyenne 6,7 1 0,08 12 1,7 58 231
CV (%) 7,5 30 25 8 29,4 10,3 10
LSD (5 %) 0,3 0,25 0,03 NS 0,7 8 24
de 5 % selon le test de LSD de Fisher ; T0 : Témoin non traité ; TN : Engrais chimique de formulation 12 22 22 ;
Jac. init : Jachère initiale.
Les échantillons de sols prélevés sur les parcelles ayant reçu le cultivar Doko ont montré que
l’impact des bactéries testées sur le sol est variable. Au niveau de ce cultivar, seul RSC119 a
120
augmenté significativement le pH de 0,2 unité par rapport au pH initial du sol (Tableau
XXXVI). Hormis cette bactérie, tous les traitements ont diminué le pH du sol. Ce paramètre a
été réduit de façon sensible par RSC504 et IRAT FA3. Il est passé de 6,4 à 5,5 et 5,3
respectivement avec ces bactéries, créant ainsi des environnements très acides. Les teneurs en
Corg et en M.O ont été accrues avec les bactéries RSC115, RSC119, RSC324 et RSC502 par
rapport à l’état initial du sol. Toutefois, les valeurs enregistrées avec l’ensemble des
traitements étaient inférieures à 2 %. Le rapport C/N a varié pour tous les traitements entre 9
et 13. Les teneurs du sol en Pass et Ptot ont été augmentées par l’isolat RSC119 de 6 et 24 ppm.
Outre cette bactérie, RSC508 a maintenu le taux de P du sol. En revanche, ces paramètres ont
été plus réduits dans les sols où le cultivar Doko a été inoculé avec la souche IRAT FA3 qui
par ailleurs a induit 49 et 194 ppm respectivement pour le Phosphore assimilable et le
Phosphore total.
Tableau XXXVI : Arrière effet des rhizobia indigènes inoculés au cultivar Doko sur la qualité du sol
Jac init 6,4bc 0,74bcd 0,06 12b 1,27cde 66ab 258bc
RSC115 6,1b 0,90ab 0,08 12b 1,64a 55cd 220de
RSC119 6,6a 0,96a 0,10 9e 1,54ab 71a 282a
RSC309 6bc 0,74bcd 0,06 12b 1,27cde 50de 202efg
RSC324 5,7cd 0,92ab 0,08 12b 1,58ab 61bc 244c
RSC502 5,7cd 0,84abc 0,08 10d 1,44abc 64b 256bc
RSC504 5,5de 0,70cd 0,06 13a 1,21cde 56cd 224d
RSC508 5,9b 0,68cd 0,07 10d 1,17de 66ab 266ab
IRAT FA3 5,3e 0,64cd 0,07 9e 1,11e 49e 194g
TN 5,7cd 0,80abc 0,07 11c 1,38bcd 54de 216def
T0 5,8bcd 0,74bcd 0,07 11c 1,27cde 51de 203efg
Moyenne 5,8 0,8 0,07 11 1,4 58 233
CV (%) 6,9 12,5 14,3 16,4 14,3 12,6 12,3
LSD 0,3 0,2 NS 1 0,2 6 18
de 5 % selon le test de LSD de Fisher ; T0 : Témoin non traité ; TN : Engrais chimique de formulation 12 22 22 ;
Jac init : Jachère initiale.
Les différents traitements appliqués à la variété Piramama ont influencé significativement

l’ensemble des paramètres étudiés. Concernant le pH, deux groupes homogènes ce sont
121
distingués. Le premier groupe comprend les bactéries RSC508, IRAT FA3 et l’engrais 12 22
22 qui ont eu tendance à maintenir le pH du sol initial. Au contraire, le deuxième groupe
constitué de RSC115, RSC119, RSC309, RSC324, RSC502 et RSC504 ont eu tendance à
diminuer le pH du sol de 0,3 à 0,5 unité (Tableau XXXVII). Les teneurs en Nt, en Corg et en
M.O ont été significativement augmentées par la bactérie RSC119 comparées aux autres
traitements et à l’état initial du sol. La M.O induite par cette bactérie est estimée à 3,12 %,
soit 2,5 fois celle du sol initial. Par ailleurs, elle a induit les teneurs les plus élevées en P
assimilable et total par rapport à l’ensemble des traitements avec 64 ppm et 254 ppm
respectivement. Toutefois, les teneurs en P induites par RSC119 ne sont pas significativement
différentes de celles obtenues avec RSC508 et RSC502 tout comme le sol initial. Le rapport
C/N était compris de façon générale entre 11 et 12 entre les traitements. Cependant, RSC324,
RSC502 et T0 ont induit des ratios C/N compris entre 13 et 14 traduisant une minéralisation
relativement lente mais acceptable.
Tableau XXXVII : Arrière effet des rhizobia indigènes inoculés au cultivar Piramama sur la qualité du
sol
Jac init 6,4a 0,7ef 0,06b 12c 1,27cd 66a 258a
RSC115 5,9b 0,62f 0,06b 11d 1,07d 56bcd 225bc
RSC119 6b 1,81a 0,15a 12c 3,12a 64a 254a
RSC309 6,1b 0,92cde 0,08b 11d 1,58bc 55bcd 220c
RSC324 6,1b 0,76def 0,06b 14a 1,31cd 54cd 217c
RSC502 6b 0,74ef 0,06b 13b 1,27cd 60abc 240ab
RSC504 6,1b 0,96bcd 0,08b 12c 1,64bc 50de 198de
RSC508 6,6a 1,15b 0,10b 12c 1,98b 61ab 244a
IRAT FA3 6,4a 0,98bc 0,08b 12c 1,68bc 56bcd 223bc
TN 6,4a 0,76def 0,07b 11d 1,31cd 46e 182e
T0 6,1b 0,88cde 0,07b 13b 1,51cd 52de 210c
Moyenne 6,2 0,9 0,08 12 1,6 56 224
CV (%) 8,1 33,3 20 16,7 31,2 10,7 11,2
LSD 0,3 0,2 0,05 1,0 0,4 6 18
de 5 % selon le test de LSD de Fisher ; T0 : Témoin non traité ; TN : Engrais chimique NPK 12 22 22 ; Jac init :
Jachère initiale.
122
En somme, le pHeau du sol a été corrigé par RSC309, RSC324, RSC502, RSC504 et RSC508
inoculées à la variété Canarana, puis par RSC119 et RSC508 inoculées respectivement à
Doko et à Piramama. En revanche, ce paramètre a le plus été affecté par IRAT FA3 inoculé au
cultivar Doko. Les teneurs des sols en Nt, Corg et M.O ont été améliorées par l’ensemble des
traitements par rapport à l’état initial. Les taux les plus élevés ont été obtenus avec RSC119,
RSC309, RSC324 et RSC502. Toutefois, les taux restent faibles comparés aux différents
seuils. Les taux du Phosphore assimilable et Phosphore total ont en général diminué par
rapport au sol initial excepté RSC119 et RSC508. En effet, RSC119 a permis un gain de 9,23
% en P au niveau du sol sous culture de Doko. Quant à RSC508, elle a restitué au sol les
teneurs de P, un mois après la récolte des cultivars Canarana, Doko et Piramama.
123
2. Discussion
La présente étude visait en général de disposer de souches indigènes de rhizobia efficientes,

compétitives et adaptées aux conditions environnementales locales pour accroitre la productivité
du soja et améliorer les propriétés physiques, chimiques et biologiques des sols. A la fin des
expérimentations plusieurs résultats ont été obtenus, notamment :
- la constitution d’une collection de rhizobia locaux nodulant le soja,
- la détermination tant en laboratoire qu’en conditions paysannes de l’éfficacité
symbiotique et agronomique de ces isolats bactériens,
- et la détermination de l’arrière effet des rhizobia locaux inoculés aux différents cultivars
de soja sur la qualité des sols.
2.1. Isolats locaux de soja (Glycine max) collectés
La méthode de piégeage conduite sur les sols échantillonnés a permis l’obtention de nodules
fonctionnels formés sur les racines des différents cultivars de soja testés. Ces nodules ont été
observés uniquement sur les sols de Gonaté SODEFOR et Gonaté Nord qui avaient des
précédents de soja (Glycine max). En revanche, aucun nodule n’a pu se former sur les sols ayant
des préécédents d’autres légumineuses telles que le soja vert (Vigna radiata), le niébé (Vigna
unguiculata) et le haricot commun (Phaseolus vulgaris). Ces légumineuses font partie de la tribu
des Phaseoleae tout comme le soja. Ces observations indiquent que le soja ne peut former de
nodules fixateurs d’azote qu’en symbiose avec une gamme très étroite de symbiotes à l’image
des constats faits par Karaboneye (2013) et Kumar & Reddy (2018). Selon ces auteurs, très peu
de souches de rhizobia indigènes sont compatibles aux lignées de soja dans les sols tropicaux.
Une conclusion similaire avait été préalablement tirée par Doku (1969) au Ghana, qui avait
observé que les rhizobia isolés du niébé étaient incapables de noduler le soja. Cependant, des
observations contradictoires ont été rapportées par Ampomah et al. (2008). En effet, ces auteurs
ont montré que deux isolats sur un ensemble de rhizobia élites isolés du niébé ont été capables de
noduler une variété de soja à promiscuité au Nigéria. Ils ont de ce fait, qualifié le niébé de
reservoir universel des rhizobia nodulant plusieurs légumineuses.
Aussi, les cultivars de soja testés dans cette étude diffèrent-ils quant à leur capacité à entrer en
symbiose avec les rhizobia. En effet, les cultivars Piramama, IT-235 et Tracaja ont induit des
124
taux élevés de nodules par rapport aux cultivars Canarana et Doko cultivés sur les mêmes sols.
Cette différence à la nodulation serait due au fait que les cultivars de soja mis en culture
préalablement sur les sols de Gonaté SODEFOR et Gonaté Nord ont des génotypes très proches
des cultivars Piramama, IT-235 et Tracaja. Ainsi, la présence de nodules sur les racines d’une
plantule est le signe d’une étroite compatibilité entre une variété de soja et la souche bactérienne
locale dont les facteurs de nodulation ont été activés par la culture précédente de soja. Cette idée
a été soutenue par N’Gbesso (2011) qui avait observé des résultats identiques sur d’autres lignées
de soja dans les départements de Bouaké et de Touba. D’autres chercheurs ont attribué la réponse
de certaines lignées de soja à la nodulation à leur bonne aptitude à noduler spontanement avec les
fixateurs symbiotiques (N'Gbesso et al., 2017).
L’isolement des bactéries symbiotiques à partir des nodules de différents cultivars de soja mis en
culture sur des échantillons de sols prélevés dans différentes localités du département de Daloa a
permis l’obtention de quatre-vingt neuf (89) isolats bactériens. Ces isolats étaient
morphologiquement très homogènes quel que soit la variété et l’origine des sols dont ils étaient
issus. Les colonies de ces isolats ont été visibles à l’œil nu entre 2 et 7 jours d’incubation sur
milieu YEM gélosé. Ce milieu étant dépourvu d’azote, montre que ces isolats sont autotrophes
vis-à-vis de l’azote. Ayant fait l’objet de caractérisations morphologique, physiologique et
biochimique, les bactéries isolées des nodules de soja ont présenté sur le milieu YEM, des
colonies de forme circulaire, opaque ou transparente et bombée. Elles avaient dans l’ensemble,
une coloration blanchâtre, beige ou rosâtre excepté les isolats RSC119 et RSC502. Ces derniers
ont présenté une coloration jaunâtre. L’analyse microscopique a révélé que tous les isolats sont
des bacilles à Gram négatif. Ces caractéristiques ont été observées par plusieurs auteurs sur les
bactéries isolées du soja à travers le monde (Sharma et al., 2010 ; Jadhav, 2013 ; Kapembwa et
al., 2016) et ont été décrites par Jordan (1982) comme étant des traits distinctifs des rhizobia. La
coloration jaunâtre observée chez les isolats RSC119 et RSC502 avait été déjà identifiée comme
l’une des caractéristiques de rhizobia isolés du soja en Zambie par Kapembwa et al. (2016). Sur
la base de leur vitesse de croissance sur le milieu YEM gélosé qui était située entre 2 et 7 jours
après incubation à 28 °C, les isolats étudiés ont été scindés en deux groupes : ceux qui se sont
devéloppés entre 2 et 3 jours et entre 4 et 7 jours. Les premiers sont qualifiés de rhizobia à
croissance intermédiaire et les seconds de rhizobia à croissance lente. Hossain et al. (2012)
avaient procédé également à une classification similaire des rhizobia. Tous ces tests
125
morphologiques, physiologiques et biochimiques sont des tests de base pour la détermination des
rhizobia. Toutefois, un isolat ne peut être considéré comme tel que s’il est capable de noduler la
légumineuse dont il a été isolé dans des conditions bactériologiques contrôlées.
La capacité des isolats à former des nodules avec la plante hôte de soja a été réalisée sur un
substrat stérile. Les résultats issus du test de nodulation ont montré que 66,29 % de la collection
des isolats locaux étaient capables de réinfecter les cultivars hôtes de soja. Ce test a permis ainsi
d’authentifier 59 isolats parmi les 89 isolés comme des rhizobia locaux nodulant le soja (RLNS)
et confirmer leur appartenance au groupe des rhizobia. Plusieurs auteurs dont Slattery & Pearce
(2002) et Bontemps et al. (2016) ont utilisé ce test comme référence dans la caractérisation des
souches bactériennes isolées de différentes légumineuses. En revanche, aucun nodule n’a pu être
observé sur les plantes non-inoculées sur le substrat stérile. Ces résultats sont liés aux conditions
d’asepsie mises en place lors de la réalisation du test (Bola et al., 2013). De plus, les résultats du
test réalisé ont révélé que 33,71 % des isolats n’ont pas induit de nodules avec les plantes hôtes
respectives. Plusieurs raisons peuvent expliquer cette situation. En effet, selon certains auteurs
qui ont réalisé des travaux similaires, ces isolats pourraient être des bactéries du genre
Agrobacterium qui sont les plus fréquemment isolées des nodules des légumineuses. Ces
bactéries sont capables d’acquérir temporairement les gènes requis pour la nodulation afin de
profiter de la source de carbone que les légumineuses mettent à la disposition des rhizobia
(Lajudie et al., 1999 ; Sachs et al., 2010). Par ailleurs, selon Zézé et al. (2001), ces isolats
pourraient être des rhizobia qui ont perdu leur pouvoir infectieux à cause de la perte des gènes
symbiotiques situés sur les plasmides lors de l’isolement ou pendant la préparation de
l’inoculum. Aussi est-il important de signaler que les isolats authentiques du soja diffèrent en
fonction de leur capacité à induire la nodulation chez le cultivar hôte de soja. Les isolats
RSC114, RSC115, RSC119, RSC207, RSC309, RSC310, RSC312, RSC323, RSC324, RSC325,
RSC412, RSC413, RSC502, RSC504, RSC506 et RSC508 ont été les plus infectifs avec les
cultivars hôtes respectifs sur l’ensemble des rhizobia locaux de soja. Cette variation de
l’infectivité des isolats est souvent due à la densité des bactéries contenues dans les inocula ou à
des facteurs environnementaux qui entravent le bon fonctionnement de la symbiose (Slattery &
Pearce, 2002 ; Habtegebrail & Singh, 2006).
126
L’étude de l’infectivité symbiotique réalisée au préalable avait permis de confirmer que les
isolats locaux testés sont des rhizobia et de présélectionner 16 isolats locaux les plus performants
de la collection avec les cultivars hôtes. Ceci révèle l’importance du test d’authentification dans
la sélection des isolats en ce qui concerne l’induction des nodules et la fixation d’azote
atmosphérique. Cependant, la mise en œuvre d’une politique d’introduction de la sojaculture
dans les zones de production cacaoyère requiert au préalable la disponibilité d’un inoculum
capable de noduler plusieurs cultivars de soja et de fixer efficacement l’azote atmosphérique.
Ainsi, le test du spectre d’hôtes a montré que les 16 isolats locaux ont la capacité d’infecter
d’autres cultivars de soja. Il est aussi ressorti que les isolats locaux testés ont un large spectre à
l’image de ce que Lemaire et al. (2015) ont observé sur 65 rhizobia isolés de légumineuses
échantillonnées en Afrique du Sud. En effet, ils ont montré que les rhizobia isolés de Sesbania
punicea ont induit la formation de nodules avec S. rostrata et S. virgata. Dans le cas présent, les
cultivars Piramama et IT-235 ont induit plus de nodosités par rapport à Doko et tracaja. Le
cultivar Canarana a été le moins réceptif. Cette variation de la nodulation peut être due à la
spécificité des facteurs génétiques entre la plante et le symbionte (Pazdernik et al., 1997). Cette
spécificité est liée à l’interaction entre le gène Sym2 de la plante et le gène nodX de l’espèce
rhizobiale (Gunnabo et al., 2019).
La présente étude a aussi montré que l’inoculation a induit l’augmentation du poids sec des
nodules et de la biomasse des plantules. Des observations similaires ont été faites par Alam et al.
(2015) au Bengladesh sur des génotypes de soja avec l’isolat rhizobial BARIRGm901. Ainsi,
bien que les isolats locaux ont pu noduler d’autres cultivars de soja, il n’y a toujours pas eu de
corrélation entre le nombre de nodules produits et les paramètres de croissance. A titre
d’exemple, la nodulation du cultivar Piramama n’est pas apparue corrélée avec la biomasse sèche
produite. Cela pourrait s’expliquer par le fait que les rhizobia ont perdu leur capacité à fixer
l’azote atmosphérique. En effet, lors de la symbiose rhizobia-légumineuse, une souche
bactérienne peut être capable d’induire la formation de nodosités sur une plante alors qu’elle est
incapable de réduire l’azote atmosphérique. La vérification du spectre des hôtes des isolats a
montré que les isolats RSC115, RSC119, RSC309, RSC324, RSC502, RSC504 et RSC508
présentent un spectre large et sont plus infectants et plus efficients que la souche étrangère
IRAT-FA3.
127
Outre l’azote, le phosphore et le potassium sont des oligoéléments du sol qui limitent la
croissance et la productivité des plantes. Or dans la plupart des sols tropicaux, ils sont présents
sous formes de complexes qui doivent être solubilisés avant qu’ils ne soient absorbables par les
plantes (Rfaki et al., 2014). Disposer d’une bactérie capable à la fois de fixer l’azote de l’air et
de solubiliser le phosphate inorganique et le potassium serait un atout indéniable pour une
agriculture saine et durable. C’est dans cette optique que les isolats authentiques du soja qui ont
été plus performants avec leurs plantes hôtes respectives ont été testés pour évaluer leur capacité
à solubiliser le phosphate inorganique et le potassium.
Ces tests ont montré que onze (11) des seize (16) isolats soumis à l’étude sont capables de
solubiliser le phosphate tricalcique. Parmi ceux-ci, les isolats RSC115, RSC119, RSC325 et
RSC502 ont produit des indices de solubilisations supérieures à 100 %. L’isolat RSC119 a été le
plus performant avec un indice de solubilisation de 344 %. Ces résultats traduisent un potentiel
élévé des rhizobia locaux pour la solubilisation du phosphate inorganique (Pi). La capacité des
bactéries à solubiliser le Pi est due à la sécrétion d’acides organiques tels que l’acide gluconique
et les acides ceto-gluconiques (Maliha et al., 2004 ; Hajjan et al., 2016). De plus, Meek et al.
(2001) et Asuming-Brempong & Aferi (2014) ont expliqué que les résultats de la solubilisation
du Pi varient non seulement en fonction des types de métabolites mais surtout avec la rapidité
des souches à libérer les acides organiques et le degré de réception dans le milieu. Cependant,
d’autres auteurs ont démontré que certaines bactéries solubilisatrices du phosphore sont
incapables de former des halos claires autour des colonies sur milieu solide toutefois, elles
solubilisent cet élément en milieu liquide (Ouattara et al., 2019).
Le potassium est le troisième oligoélément majeur dont la plante a besoin pour sa croissance. Il
régule l’ouverture et la fermeture des stomates et active la synthétase, enzyme responsable de la
synthèse de l’amidon (Pettigrew, 2008). Sa solubilisation dans le sol implique l’action des
microorganismes. Les résultats de cette étude ont montré que la majorité des isolats testés sont
capables de solubiliser le potassium (K) sur le milieu Aleksandrov. Une proportion de 50 % des
isolats a présenté des indices de solubilisation supérieurs à 100 %. Ces résultats corroborent ceux
de Fatharami & Rahayu (2018) qui ont rapporté que certaines bactéries isolées des racines du riz
ont été capables de solubiliser le K (mica). Selon ces auteurs, la solubilisation du mica est
facilitée par la sécrétion d’acides organiques par les bactéries. Toutefois, des travaux antérieurs
réalisés par Aleksandrov et al. (1967) avaient montré que très peu de bactéries arrivent à
128
solubiliser le K. Selon ces auteurs, sur 137 rhizobactéries testées, seulement 27 % ont été
capables de former de petits halos clairs autour des colonies.
Les isolats capables à la fois d’entrer en symbiose avec diverses variétés de soja puis de
solubiliser le phosphore et le potassium complexés présentent un grand intérêt dans l’optique
d’une agriculture durable. La mise en œuvre d’une telle agriculture nécessite la connaissance de
certains facteurs environnementaux et anthropiques qui pourraient compromettre les rôles que
peuvent jouer ces bactéries dans le cycle biogéochimique. Parmi ces facteurs, il y a le pH, la
température, la salinité des sols, les métaux lourds et les pesticides qui méritent d’être élucidés.
Ainsi, l’aptitude des isolats RSC114, RSC115, RSC119, RSC207, RSC309, RSC310, RSC312,
RSC323, RSC324, RSC325, RSC412, RSC413, RSC502, RSC504, RSC506 et RSC508 à tolérer
le pH, la température, la salinité, les pesticides (herbicides, fongicides et insecticides) et
différents métaux lourds a été vérifiée sur le milieu YEM.
Les résultats relatifs aux pH ont montré que tous les isolats testés tolèrent les pH allant de 6 à 10.
Toutefois, la tolérance vis-à-vis de l’acidité s’est révélée très variable au fur et à mesure que le
milieu devenait de plus en plus acide. Une proportion de 50 % des isolats a pu croitre à pH = 4,5
et seulement 18,75 % à pH = 4. Ces résultats concordent avec ceux obtenus par Raza et al.
(2001) et Abdelnaby et al. (2015). Ces auteurs ont montré que les rhizobia isolés du lupin et du
niébé sont capables de croitre sur des milieux de culture avec des pH compris entre 4 et 10.
Jordan (1984) a par ailleurs rapporté que les bactéries appartenant à la famille des rhizobia
tolèrent des pH allant de 4,5 à 9. Il existe peu d’information sur le mécanisme d’adaptation des
rhizobia aux pH acide ou alcalin. Toutefois, la tolérance des rhizobia à un pH acide dépend de
leur aptitude à maintenir un pH intracellulaire entre 7,2 et 7,5 (Jordan, 1984). Pour d’autres
auteurs, la tolérance des rhizobia aux pH acides est liée à la composition et à la structure de la
membrane externe du rhizobium (Graham et al., 1994).
Ayant testé la viabilité des isolats locaux sur le milieu YEM à différentes températures, il ressorti
que l’ensemble de ces isolats est capable de tolérer la température entre 20 et 40 °C. Leur
température optimale de croissance était comprise entre 28 et 35 °C. Ces résultats sont en accord
avec des résultats de travaux antérieurs réalisés sur les rhizobia isolés de plusieurs légumineuses
(Jarvis et al., 1997 ; Zahran, 1999). Ces auteurs stipulent que la température optimale de
129
croissance des bactéries nodulant les légumineuses est située entre 28 et 31 °C. Il est important
de signaler que certains isolats testés ici ont été capables de croitre à des températures extrêmes :
les isolats RSC310 et RSC312 à 4 °C puis, RSC115, RSC119, RSC309, RSC324 et RSC325 à 45
°C. Des bactéries capables de croitre à de telles températures avaient été isolées par Ruiz-Diez et
al. (2009). Cette thermotolérance des isolats serait due à leur capacité à produire des protéines de
stress thermique ou HSP (Heat Shock Proteins) de poids compris entre 38 et 68 KDa. En effet,
ces protéines jouent un rôle important dans la protection des organismes contre le stress
thermique (Abou-Shanab, 2007). En revanche, la croissance de certains isolats bactériens locaux
a été inhibée à des températures élevées (45 °C) et d’autres à des basses températures (4 et 5 °C)
cela est liée au fait que les températures élevées engendrent la déshydratation et la dégradation
des enzymes de la voie métabolique, alors que les basses températures provoquent la gélification
de l’eau cellulaire et l’inactivation parfois irréversible des enzymes (Cloutier et al., 1992).
Les résultats de l’étude sur la salinité (NaCl) ont montré que l’ensemble des isolats testés ont pu
croitre en présence de 2 % de NaCl excepté l’isolat RSC207 qui a cru sur un milieu contenant
moins de 1 % de sel. Des travaux réalisés par plusieurs chercheurs ont montré que la croissance
optimale des rhizobia se situe à des concentrations comprises entre 1 et 2 % (Maougal, 2004 ;
Chabbi, 2010). Toutefois, cette croissance des isolats a diminué lorsque la concentration en sel
(NaCl) du milieu augmentait. En effet, une proportion de 50 à 81,25 % des isolats a toléré 3 à 5
% de sel. Ce taux a chuté à 12,5 % lorsque les isolats ont été soumis à 10 % de NaCl. Des
travaux similaires réalisés par d’autres auteurs ont confirmé que plusieurs rhizobia isolés de
légumineuses annuelles et d’arbres ligneux sont capables de croitre en présence de 3 à 10 % de
NaCl. Ces isolats ont été qualifiés d’halotolérants (Merabet et al., 2006 ; Konaté, 2007).
Contrairement à ceux-ci, les travaux de Faghire et al. (2011) ont montré que la croissance de la
majorité des rhizobia isolés du haricot au Maroc a été inhibée à moins de 1 % de sel. Ainsi, les
limites de tolérance des rhizobia à la salinité peuvent varier considérablement entre les souches
isolées d’une espèce végétale à une autre et même entre les souches isolées de la même espèce.
Selon, Tilak et al. (2005) et Sebihi (2008), les rhizobia capables de supporter les fortes
concentrations de sel sont dotés d’osmoprotecteurs. Ces derniers représentent un mécanisme
d’accumulation intracellulaire de solutés organiques de faibles poids moléculaires permettant aux
bactéries de surmonter l’effet du stress salin. Toutefois, certains auteurs ont attribué la tolérance
130
des souches rhizobiales aux concentrations élevées de sel par la synthèse des exo-
polysaccharides (Hung et al., 2005).
Les métaux lourds entraînent des modifications importantes dans la structure des communautés
microbiennes. Ces microorganismes occupent des positions clés dans les processus
biogéochimiques et influencent le développement des plantes par leur contribution à la fertilité
des sols. Certaines étapes clés du cycle des éléments ne peuvent d’ailleurs être réalisées que par
les bactéries. Ainsi, leur disparition ne pourrait garantir à long terme la fertilité du sol. Les
métaux lourds comme le plomb, le cuivre et le zinc ne peuvent pas être biodégradés et donc
persistent dans l’environnement pendant de longues périodes. La capacité des souches
bactériennes à tolérer des concentrations graduelles de zinc, de cuivre, de cobalt, de manganèse
et de plomb a été étudiée. Les résultats issus de ce test ont montré que la survie des isolats varie
en fonction du type de métal et de la concentration du milieu en métal. En effet, le zinc (Zn) et le
cuivre (Cu) ont été les métaux les plus toxiques quel que soit la concentration appliquée. Selon
Giller et al. (1998), un excès de Zn a un effet inhibiteur sur la croissance des rhizobia et
provoque la perte des gènes symbiotiques situés au niveau des plasmides. Ces résultats sont
différents de ceux de Sebihi (2008) et El Boutahiri et al. (2010) qui ont montré que les
concentrations élevées de Zn et de Cu affectent moderement la croissance des rhizobia. Aussi,
dans cette étude, seulement 18,75 à 50 % des isolats étaient capables de croitre en presence du
cobalt (Co) et le manganèse (Mn) dans le milieu de culture. Des constats similaires faits par
Hajjam (2017) stipulent que les rhizobia ne peuvent tolerer ces métaux qu’à des concentrations
allant jusqu’à 300 µg/mL. Selon Konaté et al. (2014), la variation de l’effet de ces métaux est
liée à la nature intrinsèque des bactéries isolées. Parmi les métaux testés, le plomb (Pb) a été le
seul métal sur lequel l’ensemble des isolats s’est développé même à des concentrations élevées
(2000 µg/mL). Des résultats similaires ont été obtenus par Sebihi (2008). Toutefois, des
observations contraires ont été faites par Maâtallah et al. (2002) qui ont montré que les rhizobia
isolés de Cicer arietinum ne peuvent pas croitre à des concentrations supérieures à 400 µg/mL de
Pb. Le plomb comme l’ensemble des métaux lourds n’est pas dégradable et donc persiste dans
l’environnement. Ainsi, la capacité des isolats testés à croitre en présence de ce métal est
prometteuse dans la mesure où ces bactéries pourraient être introduites dans les sols où la teneur
du plomb est élevée.
131
La mise en place des cultures est tributaire des pesticides qui servent de moyens de lutte contre
les ennemis tels que les mauvais herbes, les insectes, les moisissures, etc. Leur utilisation permet
un meilleur développement des plantes et accroit les rendements agricoles (Liu & Xiong, 2001).
Cependant, on estime que moins de 5 % de ces intrants chimiques atteignent les organismes
cibles. Une grande partie de ces produits atteint le sol avec souvent des conséquences
irréversibles sur des organismes non cibles tels que les bactéries rhizosphériques essentielles
pour la restauration de la fertilité des sols (Mohamed, 2011). Ainsi, l’utilisation d’un pesticide
nécessite au préalable qu’il soit toléré par la bactérie utilisée comme inoculum. La présente étude
a montré que la survie des isolats natifs présélectionnés variait en fonction du type de pesticide et
de la dose d’application.
Ainsi, l’addition de différentes doses herbicides au milieu YEM a révélé que le Glyphosate a été
extrêmement toxique pour l’ensemble des isolats testés quelle que soit la dose utilisée
contrairement à l’Haloxyfop-R-méthyl et le 2,4-D sel d’amine. Ces herbicides ont pu être tolérés
par 56,25 à 68,75 % des isolats testés. Ces résultats confirment ceux de Konaté et al. (2015c) qui
ont montré que le Glyphosate était plus toxique que l’Haloxyfop-R-méthyl pour les bactéries
symbiotiques du niébé. Ces différences seraient dues aux mécanismes d’action du type
d’herbicide au niveau des isolats. En effet, la toxicité du Glyphosate est due à sa capacité à
inhiber la synthèse de l’acide 5-Enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthetase, essentielle dans la
formation des acides aminés aromatiques (Zablotowicz & Reddy, 2004). Selon Yu et al. (2010),
la toxicité du Glyphosate pourrait entrainer une perturbation dans l'équilibre trophique du sol par
la baisse de la concurrence pour les nutriments parmi les microbes. Toutefois, des résultats
contradictoires ont été obtenus par Madhaiyan et al. (2006) avec le 2,4-D et par Aynalem &
Assefa (2017) avec le Glyphosate.
Les insecticides ajoutés au milieu de culture ont été relativement toxiques pour l’ensemble des
isolats. Ainsi, 43 % de ces isolats ont toléré la moitié de la dose recommandée du
Lambdacyhalotrine+Acétamide, du Cyperméthrine et du Chlorpyrifos-éthyl. Ces mêmes
observations ont été faites par Ajaz et al. (2005) et Al Abboud (2014). Ces auteurs ont montré
que l’application du Cyperméthrine a un impact négatif sur les bactéries du sol, plus
particulièrement sur les fixatrices de l’azote. Cette étude a aussi montré que le Chlorpyrifos-éthyl
appliqué à la dose recommandée inhibe de la croissance de 80 % des isolats testés. Toutefois, les
travaux réalisés par Sanaik et al. (2004) ont montré que l’application du Chlorpyrifos-éthyl sur le
132
sol augmente le nombre de rhizobia dans la rhizosphère du soja, mais affecte leur capacité à
solubiliser le phosphate.
Les fongicides Mancozèbe et Propineb testés ont inhibé la croissance de l’ensemble des isolats
quelle que soit la dose d’application. Ces observations corroborent celles de Drouin et al. (2010)
et de Mohamed (2011) qui ont indiqué que les bactéries fixatrices d’azote ont une grande
sensibilité vis-à-vis des fongicides. Toutefois, d’autres auteurs ont obtenu des résultats
contraires. C’est le cas de Curley & Burton (1975) qui ont montré que le fongicide Thiram
n’affecte pas la survie de Bradyrhizobium japonicum. Ils soutiennent d’ailleurs qu’en condition
de champ, une concentration optimale de fongicides est en mesure d’augmenter la nodulation du
soja. Cette divergence des résultats est due à la capacité des bactéries à produire ou non des exo-
polysaccharides pour se protéger en enrobant les résidus de pesticides afin d’éviter la dessication.
D’autres l’attribuent à l’aptitude des bactéries à former une nouvelle voie metabolique pour
contourner les réactions inhibitrices des pesticides (Moawad et al., 2014).
Dans l’ensemble, les fongicides Mancozèbe, Propineb et l’herbicide Glyphosate ont inhibé la
croissance des isolats testés. Par ailleurs, ces isolats ont présenté un taux de résistance
relativement modéré vis-à-vis des insecticides Lambdacyhalotrine+Acétamipride, Cyperméthrine
et Chlorpyrifos-éthyl. En revanche, ils ont induit une large tolérance pour les herbicides
Haloxyfop-R-méthyl et 2,4-D sels d’amine. Les isolats RSC310, RSC312 et RSC413 ont été les
plus tolérants au contraire de RSC115, RSC323, RSC324 et RSC504 qui ont été sensibles à
l’ensemble des traitements.
2.2. Efficacité symbiotique et agronomique des isolats collectés
La vulgarisation du soja dans une zone où il n’est pas endémique nécessite l’apport d’inoculum à
base de rhizobia compétitif pour booster sa productivité. Le choix de telles bactéries doit tenir
compte des conditions environnementales du milieu pour leur permettre d’exprimer leur
potentialité. Ainsi, sept (07) rhizobia indigènes (RSC115, RSC119, RSC309, RSC324, RSC502,
RSC504 et RSC508) présélectionnés pour leur infectivité et leur efficience sur cinq (05) cultivars
de soja (Canarana, Doko, IT_235, Piramama et Tracaja) en conditions contrôlées ont été testés
en plein champ. Ce test a consisté à évaluer l’effet des rhizobia locaux du soja sur la nodulation,
133
la croissance et la productivité des cultivars Canarana, Doko et Piramama dans les localités de
Daloa, Divo et Hiré.
Les résultats ont montré que les rhizobia locaux testés sont capables d’améliorer
significativement les différents paramètres étudiés. L’ensemble des bactéries indigènes a induit
la formation de nodules sur les systèmes racinaires des différents cultivars de soja quel que soit
le site de l’essai. En revanche, aucune nodosité n’a pu être observée sur les systèmes racinaires
des plants temoins (plants fertilisés au NPK et plantus non traités) excepté chez le cultivar
Piramama à Daloa. Sur ce site, quelques nodosités à coloration interne blanchâtre ont été
observées sur les plants témoins de ce cultivar. L’absence ou la présence de peu de nodosités sur
les parcelles non inoculées traduit l’inexistence de souches autochtones de rhizobia dans les sols
utilisés pour les essais au champ. Un constat similaire a été fait par Argaw (2014) dans l’Est de
l’Ethiopie. Cet auteur a observé qu’aucun nodule n’a pu se développer sur les différents
génotypes de soja (Giza et TGx-1332464) lorsque ceux-ci ne sont pas inoculés. Il a conclu qu’il
n’existe pas de rhizobia nodulant le soja dans la zone d’étude. Cette même observation a été faite
par Nzabi et al. (2000) sur les variétés de soja Belgium Congo et Hill au Kenya. Ainsi, la
formation de nodosités sur les plants non inoculées du cultivar Piramama à Daloa est due à des
bactéries indigènes du genre Bradyrhizobium qui entrent habituellement en symbiose avec le
niébé (Vigna ungucuilata) souvent cultivée dans la zone de l’essai. Ces nodules formés ont été
non fonctionnelles car les bactéries ne disposeraient pas de gènes de fixation de l’azote
spécifique pour le soja. Il est ressorti de l’étude que plusieurs rhizobia indigènes peuvent
augmenter significativement le nombre et le poids sec des nodules par rapport à la souche
exotique Bradyrhizobium japonicum IRAT FA3 utilisée comme inoculum de soja depuis deux
décennies en Côte d’Ivoire. Les rhizobia locaux RSC119, RSC309 et RSC504 ont induit plus de
nodosités avec toutes les variétés de soja sur tous les sites. Des travaux réalisés à Bouaké sur les
mêmes cultivars de soja par N’Gbesso et al. (2017) ont révélé que la souche bactérienne locale
26D4 a été capable d’augmenter le poids sec nodulaire des différents cultivars testés par rapport
à la souche IRAT FA3. D’autres travaux réalisés dans la province de Kaboul en Afganistan ont
montré que des souches autochtones de Ensifer (GS4 et GE6W) et de Bradyrhizobium (GE3)
induisent la formation de plus de nodosités sur les variétés de soja Stime3300 et Enrei par
rapport à la souche de référence USDA110 (Habibi et al., 2017). Ici, le nombre et le poids des
nodules d’une variété de soja inoculée avec la même bactérie ont varié en fonction des sites. En
134
somme, la plupart des bactéries testées ont augmenté ces paramètres à Daloa par rapport à Divo
et Hiré.
Relativement à la croissance des plants, les paramètres comme la hauteur et la biomasse ont été
influencés significativement par les bactéries testées. En effet, l’ensemble de ces bactéries a
amélioré la hauteur, la biomasse fraiche et la biomasse sèche des différents cultivars par rapport
au témoin non fertilisé quel que soit le site. Ces bactéries ont en général induit les mêmes effets
que l’engrais de synthèse de formulation 12 22 22 pour ces différents paramètres. L’amélioration
de la hauteur et de la biomasse observée dans ce travail serait due à l’apport de l’azote lors de la
fixation symbiotique de l’azote de l’air. Ces résultats confirment ceux d’Alam et al. (2015) au
Bangladesh. Ces auteurs ont montré que la hauteur et la biomasse sèche des génotypes de soja
Shohag, BARI Soybean6, MTD10 et BGM02026 ont été améliorées par la souche locale de
Rhizobium sp. BARIGm901 par rapport au témoin non inoculé. D’autres travaux ont montré que
la hauteur et la biomasse des plantes ont été améliorées par l’inoculation similairement à la
fertilisation azotée (Amani, 2007 ; Caliskan et al., 2007). Cependant, les travaux réalisés par
Ahliyah (2016) dans les localités de Puriya et de Bunglong dans le nord du Ghana ont aussi
montré que l’application d’engrais de synthèse et de l’inoculum exotique LEGUMEFIX
contenant la souche de B. japonicum USDA 532C n’a pas influencée la hauteur et la biomasse
sèche du soja. Cette variation des résultats peut être expliquée par une différence des types de
sol, des souches bactériennes utilisées comme inoculum et des variétés de soja.
Les bactéries testées ont favorisé la reduction du délai de floraison. Toutefois, la reduction a été
plus ou moins importante selon les lieux et les variétés de soja en présence. L’apparition
d’inflorescences a été reduit de 4 jours chez le cultivar Canarana à Divo par RSC119, RSC309,
RSC324 et RSC502 et à Hiré par RSC115 et RSC504, puis de 7 jours chez le cultivar Doko
inoculé avec RSC119 à Divo. Quant au cultivar Piramama, les premières fleurs ont été observées
sur les plants inoculés avec les isolats RSC115, RSC119 et RSC504 à Divo et Daloa 5 jours
avant l’apparition des fleurs sur les plants non traités. Dans tous les cas, les bactéries testées ont
réduit le délai de floraison que celles testées par N’Gbesso et al. (2017) sur ces mêmes cultivars
de soja à Bouaké. Ces auteurs ont montré que certaines souches locales de Bradyrhizobium et la
souche IRAT FA3 pouvaient réduire de 1 à 2 jours le délai de floraison des cultivars Canarana
(51 JAS) et Doko (48 JAS) par rapport au témoin. Par ailleurs, ils ont rapporté que ces bactéries
n’ont pas influencées l’apparition des fleurs au niveau du cultivar Piramama.
135
Le délai de maturité des gousses a été influencé significativement par les bactéries testées selon
la variété de soja et le lieu de l’essai. Les bactéries testées ont réduit de 9 à 14 jours le délai de
maturité du cultivar Canarana à Divo et à Hiré. Le délai le plus précoce (106 JAS) pour cette
variété a été induit à Divo par RSC502 et RSC504. Pour Doko, le délai le plus précoce (98 JAS)
a été obtenu avec RSC502 à Divo. Ce délai était de 110 jours pour le témoin absolu sur ce site.
Piramama a été le cultivar le plus précoce avec un délai de maturité des gousses situé entre 88 et
104 jours. La précocité de ce délai a été plus marquée avec RSC502 à Hiré. Le delai de maturité
des gousses se presente ainsi, comme un critère important pour le choix de l’inoculum du soja.
En effet, les bactéries qui ont réduit ce délai, agissent sur le cycle de production du soja. Des
travaux similaires réalisés à Soubré et à Logboayo dans le Sud-Ouest de la Côte d’Ivoire ont
aussi montré que le délai de maturité variait en fonction de la variété et des lieux (N’Zi et al.,
2015). Ces auteurs ont observé des délais de maturité de 100 et 97 jours respectivement avec
Canarana et Doko inoculés avec la souche IRAT FA3. Dans ce travail, cette même souche a
induit des délais de maturité de 110 à 121 jours pour Canarana et de 106 à 112 jours pour Doko.
Ces différences observées avec la même bactérie dans différentes localités sont liées aux
conditions environnementales locales qui changent d’un site à un autre.
Le niveau d’insertion des premières gousses sur la tige principale est un paramètre discriminant
lors de la sélection d’une variété de légumineuse pour des cultures mécanisées. Dans ce travail,
tous les plants inoculés ont donné les premières gousses situées au-delà de 10 cm. Cette hauteur
d’insertion des gousses était ainsi supérieure à 8 cm, niveau requis pour des récoltes mécanisées.
Toutes les bactéries testées sont donc toutes éligibles pour être utilisées comme inoculum du soja
pour ce paramètre. Les niveaux d’insertion des gousses observés dans cette étude sont différents
de ceux rapportés par N’Zi et al. (2015) et par N’Gbesso et al. (2017) dans différentes zones
agro écologiques de la Côte d’Ivoire sur les mêmes cultivars. Il est donc clair que les traitements
appliqués ainsi que les conditions du milieu agissent sur la croissance en hauteur des plants de
soja inoculés. De cette hauteur, depend le niveau d’insertion des premières gousses : plus une
plante est grande, plus haut est son niveau d’insertion des gousses (Ziqiang & Danying, 2002) .
Les différents cultivars inoculés avec les différentes bactéries ont présenté une augmentation du
nombre et du poids des gousses en comparaison aux témoins absolus quel que soit le site de
l’étude. Des variétés de soja et de haricot mungo inoculées avec des souches de Bradyrhizobium
136
ont produit des résultats similaires à ceux obtenus dans cette étude (Abdel-Fattah et al., 2011 ;
Patra et al., 2012 ; Koziel et al., 2013). De plus, les plantules des cultivars Doko et Piramama
inoculées dans cette étude avec les bactéries indigènes RSC119, RSC309 et RSC508 ont produit
plus de gousses que la souche IRAT FA3 et l’engrais de synthèse NPK 12 22 22 sur l’ensemble
des sites. Toutefois, ces bactéries locales ont induit des effets similaires sur la production en
gousses que la souche introduite et l’engrais chimique au niveau du cultivar Canarana. Le
nombre de gousses le plus élevé (163) a été observé sur le cultivar Canarana inoculé avec
RSC309 à Hiré. Par contre, le poids des gousses le plus élevé (118,4 g) a été obtenu avec
Piramama inoculé avec RSC508 à Hiré. Ces résultats corroborent ceux obtenus par Argaw
(2014) qui testait la souche Bradyrhizobium japonicum TAL-379, souche locale éthiopienne de
soja, par rapport à la souche de Bradyrhizobium sp. (UK isolate). Selon Abdel-Fattah et al.
(2011), l’incapacité de l’engrais de synthèse à accroitre le nombre et le poids des gousses
comparativement à l’inoculation est due à son faible apport au sol. Cependant, il peut arriver que
des plantules de soja inoculées par les souches rhizobiales produisent des nombres de gousses
statistiquement similaires avec celles fertilisées avec des engrais de synthèse (Jarecki et al.,
2016).
Le poids de 100 graines a été significativement affecté par l’inoculation par rapport au témoin
non traité. Les poids de 100 graines plus élevés ont été obtenus avec les cultivars Doko et
Piramama par rapport à Canarana. Le poids de 100 graines le plus élevé (19,6 g) a été obtenu par
l’isolat RSC508 avec le cultivar piramama à Divo. Ce constat avait été fait par N’Gbesso et al.
(2010) à Bouaké et par N’Zi et al. (2015) dans la région de la Nawa. Ces auteurs ont montré que
le cultivar Canarana présentait le plus faible poids de 100 graines parmi plusieurs génotypes de
soja testés.
Concernant la productivité du soja, les cultivars inoculés à Daloa ont été plus productifs que ceux
inoculés à Divo et à Hiré. Cette différence peut s’expliquer par l’interruption de la pluie pendant
la période de remplissage des gousses sur les deux derniers sites. En effet, l’eau est un facteur
déterminant pour la croissance et la productivité de plusieurs cultures. Ainsi, dans le cas du soja,
le manque d’eau lors de la phase de nodulation et de remplissage des gousses entraine la chute
des fleurs et un faible taux de graines contenues dans les gousses. Aussi, le rendement à l’hectare
des différents cultivars de soja a-t-il été significativement influencé par l’inoculation. Les
137
rendements les plus élevés ont été de 4,3 t/ha (RSC508) pour Piramama, 2,7 t/ha (RSC502 et
RSC508) pour le cultivar Canarana, puis de 2,6 t/ha (RSC508) et de 2,7 t/ha (RSC119) pour le
cultivar Doko. Toutes ces bactéries ont accru le rendement en graines du soja par hectare par
rapport au témoin absolu (sauf Canarana à Daloa) et le témoin fertilisé avec l’engrais chimique
de formulation 12 22 22. Patra et al. (2012) étaient parvenus à des résultats pareils avec le soja
cultivar PK-416 en Inde. Selon Shahid et al. (2009), la variation du rendement entre les cultivars
inoculés est due en grande à l’effet combiné des isolats bactériens sur les paramètres végétatifs et
de production qui eux-mêmes sont influencés par les conditions environnementales. Pour
d’autres auteurs, l’accroissement du rendement en graines des différentes variétés de soja par les
bactéries rhizobiales est lié au faible taux d’azote contenu dans les sols tropicaux. Cette faible
teneur des sols en azote est à l’origine de l’initiation de la symbiose entre le soja et son
symbionte (Karaboneye, 2013 ; Lamptey et al., 2014 ; Kumar & Reddy, 2018).
2.3. Arrière effet des rhizobia inoculés au soja sur la qualité du sol
La mise en jachère des sols qui constituait la méthode par excellence permettant la reconstitution
de la fertilité des sols n’existe quasiment plus. Pour pallier cette situation et augmenter la
production agricole, les agriculteurs se sont orientés vers l’utilisation des engrais de synthèse
avec des conséquences néfastes pour l’homme et l’environnement. Aujourd’hui, dans un
contexte de préservation de l’environnement et de la santé humaine, des pratiques agricoles
innovantes capables de restaurer la fertilité des sols doivent être proposées afin de réduire
l’apport des engrais de synthèse dans les systèmes de production. C’est dans ce cadre que
l’impact des rhizobia indigènes inoculés au soja sur la qualité du sol a été évalué.
Les résultats obtenus montrent que les bactéries apportées au soja sous forme d’inoculum, lors de
la mise en place des cultures, ont des effets bénéfiques significatifs sur les paramètres chimiques
étudiés environ un (1) mois après la récolte. Seulement, l’effet des bactéries sur les paramètres
étudiés a varié en fonction des variétés de soja cultivées. Les teneurs du sol en matière organique
(M.O) et azote total (Nt) ont augmentées sans toutefois atteindre le seuil minimum (2 %) pour
l’azote total. Ces observations rejoignent celles faites par N’Goran et al. (2011) lors d’une
association des cultures de l’igname et du soja. L’augmentation de ces éléments dans le sol est
due entre autres, à la chute prématurée des feuilles du soja avant sa récolte. N’Diaye et al. (2014)
138
attribuent la hausse de des teneurs des sols en Corg et en Nt à une fourniture en matière organique
provenant de toutes les parties de la plante. Pour ces auteurs, le carbone et l’azote du sol sont
étroitement liés à la matière organique du sol (M.O) qui confère à ce dernier des propriétés
physico-chimiques favorisant le fonctionnement durable des écosystèmes. Ainsi, ils ont précisé
que les différentes parties d’une plante présentant des qualités biochimiques différentes ont des
niveaux de dégradation différents conférant au sol une disponibilité continue de la matière
organique. Cet apport des légumineuses en M.O est à l’origine de l’accroissement de la
productivité du maïs dans les travaux de Kouassi et al. (2016). Les jachères naturelles jouent en
général ce même rôle au niveau du sol, mais encore, faudra-t-il observer un temps plus long
voire, plusieurs années (Gnahoua et al., 2008). Dans le présent travail, l’impact des différentes
bactéries testées sur la teneur des sols en M.O et Nt a varié en fonction des différentes variétés de
soja. Ces paramètres ont été plus accrus sous les sols ayant reçus la variété Canarana par rapport
à Piramama et Doko. Ce constat était ressorti des travaux d’Akédrin et al. (2010) qui ont
remarqué que Crotalatia goreensis stimule mieux la croissance et la productivité du maïs par
rapport à d’autres légumineuses telles que Mimosa invisa, Pueraria phaseoloides et Centrosema
pubescens utilisées.
Les valeurs de C/N obtenus sont généralement comprises entre 9 et 12. Cet intervalle traduit une
bonne minéralisation de la matière organique et une activité microbienne intense au niveau du
sol. Ces résultats traduisent la capacité des bactéries indigènes à induire une production
importante de matière organique chez les plants de soja et une intensification de l’activité
microbienne au niveau du sol. Pour Konaté et al. (2012), l’accélération de l’activité de la
biomasse microbienne stimule la décomposition et la minéralisation de la matière organique
préexistante dans le sol.
La teneur en phosphore assimilable et en phosphore total a diminué avec l’ensemble des

traitements excepté RSC119 inoculé à Doko. Cette baisse du P assimilable pourrait être liée à la
texture sableuse des sols des sites de l’étude. En effet, la texture sableuse expose le sol au
lessivage et à la lixiviation des éléments minéraux en général. Cette assertion justifie en partie les
résultats obtenus par Kouadio et al. (2019) qui soutiennent que les sols caractérisés par une
texture sableuse sont bien aérés et faciles à travailler. Toutefois, le phénomène de lessivage
139
auquel ils sont soumis pendant les saisons pluvieuses les exposent à un appauvrissement en
éléments nutritifs.
Les résultats liés au pH ont montré que certaines bactéries ont eu tendance à rendre le milieu plus
acide. Le niveau du pH induit par celles-ci était compris entre 5,5 et 6,4. Cette acidité du milieu
est toujours satisfaisante pour une bonne activité biologique, chimique et microbiologique du sol.
Ces résultats ne sont pas surprenants car lors du processus de la symbiose rhizobia-légumineuse,
les différents partenaires produisent des acides organiques qui ont tendance à acidifier le milieu.
Cependant, le pHeau du sol 5,3 obtenu avec la souche IRAT FA3 inoculée à la variété Doko
pourrait créer un environnement impropre à une activité biologique intense, donc défavorable
pour la pratique de l’agriculture. Cette situation pourrait avoir comme conséquences, la
diminution de la nitrification, la déficience en phosphore et la toxicité aluminique du milieu
(N’Goran et al., 2018). En revanche, parmi les bactéries testées, RSC324, RSC502, RSC504 et
RSC508 ont augmenté le pH du sol lorsque celles-ci ont été inoculées au cultivar Canarana. Le
pH du sol obtenu avec ces bactéries inoculées au cultivar Canarana est passé ainsi de faibblement
acide à neutre. Par ailleurs, la bactérie locale RSC508 a augmenté le pH des sols avec l’ensemble
des cultivars de soja testés. Cette augmentation du pH du sol est liée à plusieurs facteurs dont la
la capacité de la bactérie à induire la production d’une importante quantité de biomasses.
Cette étude suggère donc que l’utilisation du soja dans des systèmes de cultures tienne compte
du pH du sol. Ce paramètre pourrait guider les chercheurs et les agriculteurs dans le choix de la
variété de soja à introduire et aussi de la souche bactérienne à utiliser comme inoculum.
140
CONCLUSION GENERALE ET
PERSPECTIVES
Conclusion et perspectives
Cette étude a été réalisée pour isoler et sélectionner de potentiels rhizobia indigènes capables
d’accroitre la productivité du soja et de restaurer la fertilité des sols sous de courtes durées. Les
résultats ont révélé que les sols du Centre-Ouest de la Côte d’Ivoire sont pauvres en rhizobia
nodulant le soja. Dans cette zone, seuls les sols ayant un précédent constitué de soja ont été
capables d’induire la formation de nodules racinaires sur les différents cultivars testés. Quatre-
vingt-neuf (89) isolats issus de ces nodules ont présenté sur le milieu YEM des colonies de forme
circulaire, opaque ou transparente et bombée. Elles avaient, dans l’ensemble, une coloration
blanchâtre, beige ou rosâtre excepté les isolats RSC119 et RSC504 qui présentaient une
coloration jaunâtre. L’analyse microscopique a révélé que tous les isolats étaient des bacilles à
Gram négatif. Toutes ces caractéristiques morphologiques permettaient considérer ces isolats
comme des rhizobia. Toutefois, 63 % d’isolats capables de réinfecter les cultivars hôtes ont fait
l’objet d’une collection de rhizobia locaux nodulant le soja.
Les isolats RSC114, RSC115, RSC119, RSC207, RSC309, RSC310, RSC312, RSC323,
RSC324, RSC325, RSC412, RSC413, RSC502, RSC504, RSC506 et RSC508 avérés les plus
infectants de cette collection sur les cultivars hôtes ont été sélectionnés pour la suite des tests.
Ces isolats ont exhibé chacun un large spectre de cultivars hôtes. En particulier, les isolats
RSC115, RSC119, RSC309, RSC324, RSC502, RSC504 et RSC508 se sont avérés les plus
infectants et efficients comparés à la souche de référence IRAT FA3 lorsqu’ils ont été inoculés
aux cultivars Canarana, Doko, IT_235, Piramama et Tracaja sur substrat stérile. Ils ont été
capables de solubiliser in vitro le phosphate tricalcique et le potassium (mica). Les bactéries
RSC115, RSC119, RSC325 et RSC502 ont produit des indices de solubilisation du phosphate
supérieurs à 100 % sur le milieu PVK. L’isolat RSC119 a été le plus performant avec un indice
de solubilisation de 344 %. Quant aux isolats RSC115, RSC207, RSC310, RSC312, RSC324,
RSC502, RSC506 et RSC508, ils présentaient des indices de solubilisation du potassium
supérieurs à 100 % sur le milieu Aleksandrov. La valeur la plus élevée de cet indice (257 %) a
été obtenue avec l’isolat RSC310.
Par ailleurs, les isolats ont montré in vitro une large tolérance au pH, à la température, au plomb,
à l’Haloxyfop-R-methyle et au 2,4-D sel d’amine. En revanche, ils ont présenté un taux de
résistance relativement modéré vis-à-vis du NaCl, du Lambdacyhalotrine+Acétamipride, du
Cyperméthrine, du Chlorpyrifos-éthyl, du chlorure de cobalt et du sulfate de manganèse à de
140
faibles concentrations. Toutefois, ils ont été sensibles au Glyphosate, au Mancozèbe, au
Propineb, au sulfate de zinc et au sulfate de cuivre même à de faibles concentrations. Les isolats
RSC310, RSC312 et RSC413 ont été les plus tolérants par contre RSC115, RSC323, RSC324 et
RSC504 ont été sensibles à l’ensemble des traitements.
A l’issue de ces différents tests, les rhizobia locaux RSC115, RSC119, RSC309, RSC324,
RSC502, RSC504 et RSC508 ont été présélectionnés, puis testés en conditions de champ à
Daloa, à Divo et à Hiré pour évaluer leur compétitivité sur les cultivars canarana, Doko et
Piramama. Ces essais au champ ont montré que les performances agro-morphologiques des
différents cultivars de soja testés, en l’occurence la hauteur des plants, les biomasses fraiche et
sèche, étaient améliorées par rapport à celle du témoin non fertilisé et cela quel que soit le site.
Les rhizobia RSC119, RSC309 et RSC504 ont induit le plus de nodosités racinaires chez tous les
cultivars de soja sur l’ensemble des sites d’expérimentation. Le délai de floraison du soja a été
réduit de 04 jours avec les isolats RSC119, RSC309 et RSC324 testés sur le cultivar Canarana à
Divo, de 07 jours avec RSC119 sur le cultivar Doko également à Divo et de 05 jours avec les
isolats RSC119, RSC504 et RSC508 sur le cultivar Piramama Daloa. Quant à l’isolat RSC502, il
a réduit le délai de maturité des gousses de soja de 6, 12 et 14 jours chez les cultivars Piramama,
Doko et Canarana respectivement.
Les bactéries indigènes RSC119, RSC309 et RSC508 ont induit plus de gousses par plant que la
souche IRAT FA3 et l’engrais de synthèse (12 22 22) sur l’ensemble des sites d’essais. L’isolat
RSC309 a induit le nombre de gousses le plus élevé par plant (163) sur le cultivar Canarana à
Hiré. En plus, RSC119, RSC502 et RSC508 ont accru le rendement en graines des différents
cultivars de soja par rapport à la souche de référence (sauf le cultivar Canarana à Daloa) et à
l’engrais de synthèse. Les rendements en graines les plus élevés (4,3 t/ha) ont été obtenus avec la
souche RSC508 sur le cultivar Piramama, suivis de 2,7 t/ha avec RSC502 et RSC508 sur le
cultivar Canarana, puis de 2,7 et 2,6 t/ha avec RSC119 et RSC508 respectivement sur le cultivar
Doko. Toutes ces souches bactériennes ont induit une hausse de rendement en graines de soja
quel que soit le cultivar (hormis Canarana à Daloa), par rapport au témoin absolu, à la souche de
référence et à l’engrais chimique de formulation 12 22 22.
141
Les échantillons de sol prélevés un (01) mois après la récolte du soja à Daloa ont montré que les
teneurs en matière organique (M.O) et en azote total (Nt) s’étaient améliorées sous l’effet des
souches bactériennes testées. Les teneurs du sol en phosphore assimilable et en phosphore total
ont diminué pour l’ensemble des traitements excepté l’isolat indigène RSC119 inoculé au
cultivar Doko. Certains isolats bactériens testés ont induit la baisse du pH du sol avec des valeurs
comprises entre 5,5 et 6,4. Toutefois, les isolats RSC324, RSC502, RSC504 et RSC508 ont
quant à elles augmenté le pH du sol, en passant facilement du pH acide à neutre, après
inoculation du cultivar Canarana. La souche locale RSC508 s’est distinguée par sa capacité à
accroitre le pH du sol quels que soient le cultivar de soja testé et le site d’essais considéré.
A l’issu de la présente étude, les rhizobia indigènes RSC119, RSC309, RSC504 et RSC508 ce
sont avérés les plus performants pour améliorer la productivité du soja et rehausser le niveau de
la fertilité des sols sur de courtes durées. Aussi, les rhizobia RSC324, RSC502, RSC504 et
RSC508 ont permis de corriger le pH très acides des sols. L’utilisation de ces souches locales de
rhizobia dans un système de rotation culturale serait très bénéfique pour les décideurs, les
institutions de recherche et les exploitants agricoles. Ces bactéries sont donc fortement
recommandées à tous ces acteurs impliqués dans la production agricole en Côte d’Ivoire. Ainsi :
- les décideurs pourront désormais faire recours à ces bactéries pour promouvoir la culture
du soja en Côte d’Ivoire et dans la sous region. Ils doivent aussi encourager cette
initiative qui vise une production durable du soja et une exploitation efficiente des
ressources foncières.
- les parties prenantes (l’UJLoG et le CNRA) doivent labéliser les souches bactériennes
locales sélectionnées pour produire de l’inoculum de soja en Côte d’Ivoire. Ces structures
doivent mutualiser leurs ressources humaines et techniques pour la vulgarisation de cette
technologie à travers les médias et les autres structures agricoles.
- les exploitants agricoles qui sont les bénéficiaires directes doivent s’approprier cette
technologie. En effet, l’utilisation des bactéries locales dans la mise en place de la
sojaculture leurs permettra de diversifier leurs sources de revenu à travers la vente des
graines du soja ou ces sous produits et améliorer les propriétés physiques, chimiques et
biologiques des réliques de terres disponibles sous de courtes durées sans apports
exogènes d’engrais chimiques.
142
Toutes ces recommandations contribueront à une utilisation rationnelle des ressources foncières
et des intrants chimiques favorisant ainsi une production agricole durable en Côte d’Ivoire.
Les perspectives à court et moyen termes résultant de la présente étude sont les suivantes :
- augmenter la collection de souches de rhizobium nodulant le soja en prospectant des

sols de différentes régions de la Côte d’Ivoire ;
- conduire des expérimentations à grande échelle afin de constituer une cartographie pour
la production du soja en Côte d’Ivoire en tenant compte du pH du sol ;
- conduire des essais de co-inoculation du soja avec des souches performantes de
rhizobiumtestées dans cette étude ;
- évaluer les apports en éléments nutritifs au sol liés à la culture du soja après inoculation
d’isolats locaux de rhizobium, trois (3), six (6) et douze (12) mois après la récolte ;
- Quantifier l’azote fixé par les souches locales de rhizobia avec l’utilisation de l’azote
radioctif 15N ;
- conduire des essais au champ avec les pesticides testés in vitro dans le cadre de la
présente étude, afin de recommander aux agriculteurs ceux qui n’affecteraient pas
l’activité des rhizobia ;
- étudier le pouvoir de ces rhizobia à produire des phytohormones telles que l’acide
indole acétique (AIA), la cytokinine, la gibbérelline, etc.) ;
- caractériser avec les outils de la Biologie Moléculaire les rhizobia sélectionnés ;
- déterminer les enzymes responsables de la variation du pH sous culture du soja inoculé
avec les rhizobia.
143
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166
ANNEXES
Annexe 1 : Nodules observés sur les racines de soja lors du piégeage
Annexe 2 : : Formes des colonies sur le milieu YEM gélosé
167
Annexe 3 : Apparitions des premières fleurs sur les cultivars de soja
Annexe 4 : Gousses de soja matures
168
PUBLICATIONS SCIENTIFIQUES
ISSUES DE LA THESE
PUBLICATION 1
Amani Kouadio., Fondio Lassina., Konaté Ibrahim., N’Gbesso Mako François D.

P., Beugré G. A. Maxwell., Tidou Abiba Sanogo. & Filali-Maltouf Abdelkarim.
(2020). Response of indigenous rhizobia to the inoculation of soybean [Glycine
max (L.) Merrill] varieties cultivated under controlled conditions in Côte d’Ivoire.
Advances in Microbiology, 10 : 110-122.
Advances in Microbiology, 2020, 10, 110-122
https://www.scirp.org/journal/aim
ISSN Online: 2165-3410
ISSN Print: 2165-3402
Response of Indigenous Rhizobia to the

Inoculation of Soybean [Glycine max (L.)
Merrill] Varieties Cultivated under Controlled
Conditions in Côte d’Ivoire
Kouadio Amani1, Lassina Fondio2, Konate Ibrahim1*, Mako François D. P. N’Gbesso2,

Beugre G. A. Maxwell1, Tidou Abiba Sanogo1, Abdelkarim Filali-Maltouf3
1
UFR Agro-Forestry and Environment, Department of Biochemistry and Microbiology, Laboratory of Agrovalorization, Jean
Lorougnon Guede University, Daloa, Côte d’Ivoire
2
National Center for Agronomic Research (CNRA), Bouaké, Côte d’Ivoire
3
Faculty of Sciences, Laboratory of Microbiology and Molecular Biology, University Mohammed V-Agdal, Rabat, Morocco
How to cite this paper: Amani, K., Fon- Abstract

dio, L., Ibrahim, K., N’Gbesso, M.F.D.P.,
Maxwell, B.G.A., Sanogo, T.A. and Fila- Soybean [Glycine max (L.) Merrill] is an important crop known to improve
li-Maltouf, A. (2020) Response of Indigen- population nutritional status and increase soil fertility and its productivity
ous Rhizobia to the Inoculation of Soybean
through biological nitrogen fixation. In Côte d’Ivoire, the introduced Bradyr-
[Glycine max (L.) Merrill] Varieties Culti-
vated under Controlled Conditions in Côte hizobium japonicum used as inoculum had slight compatibility to several
d’Ivoire. Advances in Microbiology, 10, soybean varieties compromising their vulgarization. Therefore, the present
110-122. study was conducted to examine the infectiveness and the effectiveness of in-
https://doi.org/10.4236/aim.2020.103010
digenous rhizobial isolates on three soybean varieties (Canarana, Doko and
Received: January 28, 2020 Piramana) cultivated in Côte d’Ivoire. The experiment was conducted with
Accepted: March 13, 2020 potted plant filled with sterilized sand and was statistically laid in Completely
Published: March 16, 2020
Randomized Design (CRD) with sixteen (16) natives rhizobia, one (01) ref-
Copyright © 2020 by author(s) and erence strain and uninoculated control (with or without nitrogen) with three
Scientific Research Publishing Inc. replications. The results showed that inoculation significantly improved no-
This work is licensed under the Creative dule number, nodule dry weight, plant height and total dry matter of soybean
Commons Attribution International
License (CC BY 4.0).
over the negative control treatment. Among the inoculated treatments, five
http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ indigenous rhizobia RSC119, RSC324, RSC502, RSC504 and RSC508 signifi-
Open Access cantly (P < 0.05) increased the nodulation and plant growth parameters than
B. japonicum (IRAT FA3) with Doko and Piramana. RSC502 produced high-
est nodule number (64) on Piramama, nodule dry weight was most promoted
with RSC504 (321 mg∙plant−1) compared to IRAT FA3 strain (95 mg∙plant−1)
on Doko. The higher effectiveness was recorded with RSC119, RSC504 and
RSC502 with 206.73%; 201.79% and 200.45% respectively compared to TN
DOI: 10.4236/aim.2020.103010 Mar. 16, 2020 110 Advances in Microbiology

A. Kouadio et al.
(100%). The correlation analysis indicated significant association of nodule

number and total biomass indicating the importance of symbiotic nitrogen
fixation. Based on their infectiveness and their effectiveness, the isolates
RSC119, RSC324, RSC502, RSC504 and RSC508 could be used as elite local
rhizobia and tested in field conditions to establish their potential contribution
on soybean productivity.
Keywords
Selection, Indigenous Rhizobia, Inoculation, Soybean, Côte d’Ivoire
1. Introduction
Soybean [Glycine max (L.) Merrill] is one of the most important grain legumes
cultivated in the world for its richness in protein (40%) and oil (20%). It is the
most available crop that provides a cheap and high quality source of protein
comparable to meat, poultry and eggs. It is used for production of cooking oil,
human food, stock feed and industrial products [1] [2]. This legume was intro-
duced in Côte d’Ivoire for crops diversification and its contribution to improve
population nutritional status. Soybean also increases soil fertility and productiv-
ity through biological nitrogen fixation (BNF) [3].
The BNF plays an essential role in crop establishment and fulfills most of
plants need for nitrogen. The amount of nitrogen fixed by soybean in symbiosis
with Bradyrhizobium japonicum is estimated yearly to 450 kg∙ha−1 [4]. It consi-
derably reduces the need of synthetic nitrogen fertilizers supply of crops which
continuous application could be harmful to soil fertility and accelerate environ-
mental pollution [5] [6] [7]. Thereby, maintaining this natural significant nitro-
gen input should be better for economical and ecological sustainable soybean
yields. However, the ability of this crop to fix the desired amount of nitrogen
depends on many factors such as the effectiveness of the rhizobia strain and
plant varieties [8] [9].
In Côte d’Ivoire, initiative researches have been undertook to vulgarize soy-
bean crop in several areas of the country. Hence, researchers have evaluated in
these studies the effective compatibility of soybean varieties to the introduced B.
japonicum strain IRAT FA3 used as inoculum [10] [11] [12] [13]. Results of
these studies have shown that B. japonicum IRAT FA3 was compatible with
some soybean cultivars than others, compromising therefore their vulgarization
in the country. However, recent investigations reported by N’Gbesso et al. [14]
and Amani et al. [15], have revealed that indigenous rhizobia isolated in Cote
d’Ivoire soil was able to improve other soybean cultivars growth and productivi-
ty. Thus, the present investigation was carried out to 1) evaluate the infectiveness
and the effectiveness of indigenous rhizobia onthreesoybeans [Glycine max (L.)
Merrill] varieties under controlled conditions and to 2) select all strains that
DOI: 10.4236/aim.2020.103010 111 Advances in Microbiology

A. Kouadio et al.
hold potential to be included in the inoculums formulations for soybean pro-

duction under Ivorian agro-climatic conditions.
2. Materials and Methods

2.1. Biological Materials
Soybean [Glycine max (L.) Merrill] cultivars Canarana, Doko and Piramama
provided by the National Agricultural Research Centre (CNRA) in Bouake, Côte
d’Ivoire, were used as plant material in this experiment.
Sixteen (16) indigenous authentic rhizobiaisolated from soybean nodules in
Côte d’Ivoire and one (01) reference strain (Bradyrhizobium japonicum IRAT
FA3) were used in this work. The origins and the sources of these bacteria are
described in Table 1.
2.2. Treatments and Experiment Design for the Pot Experiment

A pot experiment was conducted under the controlled conditions at Jean Lo-
rougnon Guede University in Daloa (Cote d’Ivoire). The pot experiment was
statistically laid in Completely Randomized Design (CRD) on sterile sand with
nineteen (19) treatments including sixteen (16) indigenous rhizobial isolates,
one (01) reference strain and two uninoculated treatments (one (01) uninocu-
lated and unfertilized treatment as negative control (T0) and one (01) uninocu-
lated and fertilized treatment (TN) as positive control) in three replications [16].
2.3. Evaluation of Indigenous Rhizobial Isolates Infectivity and

Effectiveness
Seeds of each soybean cultivars were sterilized in Mercuric chloride (0.1%) for
two min and then thoroughly rinsing with six changes of sterile distilled water.
Thereafter, four seeds were sown on plastic pots containing sterile sand. Seven
Table 1. Origins and host plants of the indigenous rhizobial isolates and reference strain
used in this study.
Reference strain and Host plants

Origins Sources
local isolates (Soybean cultivars)
Reference strain:
Bradyrhizobium japonicum
- Montpellier (France) [14]
IRAT FA3
Local rhizobia isolates:
RSC309; RSC310; RSC312;

Piramama Daloa (Cote d’Ivoire) [15]
RSC323; RSC324; RSC325
RSC114; RSC115; RSC119 Doko
RSC207 Canarana
This
RSC412; RSC413 IT 235 Daloa (Cote d’Ivoire)
study
RSC502; RSC504;
Tracaja
RSC506; RSC508
RSC: Rhizobia isolated from soybean nodules in cote d’Ivoire.

A. Kouadio et al.
days after sowing, each plant of a pot except the controls was inoculated with 1
mL of broth culture of each isolate beforehand grown on YEM liquid medium to
exponential phase. Plants were supplied with distilled water every two days and
they were saturated once a week with a nitrogen-free nutrient solution. Fur-
thermore, TN control received weekly 0.05% (w/v) KNO3 as nitrogen source. For
each treatment, plants were harvested 45 days after sowing (DAS) and nodule
number, Plant height and matter weight were evaluated per treatment and per
variety. Matter (root and shoot) of each treatment was dried three days at 70˚C
and was used to calculate the Relative effectiveness (RE) of isolates according to
Maâtallah et al. [17] by the following equation:
Inoculated plant dry matter
=RE × 100
N-Fertilized plant dry matter
Nitrogen fixing effectiveness classified as: Ineffective (RE < 35%); Low-
ly-effective (35% < RE < 50%); Effective 50% < RE < 80%; and highly effective
(RE > 80%). Relationship between nodule number-plant height and nodule
number-total matter were examined.
2.4. Statistical Analysis

The data of measured parameters recorded were pooled together and subjected
to statistical analysis using the STATISTICA program (7.1). Plant growth and
nodulation parameters were subjected by analysis of variance. The difference
between the treatments means were evaluated at 5% level of significance using
Fisher’s LSD test.
4. Results and Discussion

4.1. Impact of Indigenousrhizobia on Nodule Number and Nodule
Dry Weight on Soybean Varieties
This study was performed in sterile sand to evaluate the infectivity of indigenous
rhizobia isolates on three soybean varieties (Canarana, Doko and Piramama).
The results revealed that inoculation was affected significantly (P < 0.05) nodule
number and nodule dry masson soybean varieties (Table 2).
All indigenous rhizobial isolates were able to form nodules on tested varieties.
In the other hand, uninoculated control did not show any nodule, demonstrated
that aseptic conditions were met in the experimental set up. Results revealed that
all indigenous isolates were able to form nodules on three tested varieties of
soybean. In the other hand, uninoculated control did not show any nodule,
demonstrated that aseptic conditions were met in the experimental set up. The
same report was made by Amani et al. [15] and Kumar and Reddy [18] during
authentification of soybean and French bean rhizobial isolates respectively, in
the same conditions. Therefore, analysis of variance showed that nodulation va-
ried significantly (P < 0.05) between tested isolates and soybean varieties.
The nodule number per plant ranged from 0 for isolates RSC114 and RSC207
to 52 for isolate RSC504 with Doko, from 0 for isolate RSC114 to 28 for RSC119

A. Kouadio et al.
Table 2. Impact of indigenous rhizobia, introduced strain and nitrogen fertilizer on no-
dule number and nodule dry weight on three soybean cultivars grown on sterile sand at
flowering stage.
Nodule Number Nodule Dry Weight

Treatments (plant−1) (mg∙plant−1)
Doko Canarana Piramama Doko Canarana Piramama

RSC114 - - 11 ± 2.08hi - - 80 ± 8.56f
266.67 ±
RSC115 39 ± 2.00c 10 ± 1.52ge 58 ± 4.51b 46.67 ± 5.77d 125 ± 8.23de
8.77b
263.33 ±
RSC119 45 ± 3.00b 28 ± 4.00a 42 ± 2.38d 80 ± 10.00a 253.33 ± 12.28a
6.70bc
RSC207 - 10 ± 1.52ge 13 ± 3.05h - 15 ± 5.00e 113.33 ± 8.79e
250 ±
RSC309 40 ± 3.05c 16 ± 2.00d 42 ± 2.86d 53.33 ± 5.77d 133.33 ± 5.77cde
10.00c
166.67 ±
RSC310 10 ± 1.52f 13 ± 2.00ef 38 ± 3.25de 45 ± 5.00de 130 ± 10.00cde
4.86e
183.33 ±
RSC312 18 ± 2.65e 8 ± 1.73e 30 ± 2.08f 15 ± 2.50e 116.67 ± 9.27e
5.77d
RSC323 1 ± 0.58h 10 ± 1.53ge 36 ± 1.53e 10 ± 2.86j 15 ± 3.00e 120 ± 9.87e
110 ±
RSC324 35 ± 3.05d 18 ± 2.00d 50 ± 2.08c 66.67 ± 6.25b 213.33 ± 10.33b
10.00f
73.33 ±
RSC325 7 ± 1.53fg 12 ± 2.00fg 39 ± 3.57de 36.67 ± 7.63e 146.67 ± 12.55cd
3.05h
77.67 ±
RSC412 8 ± 1.53f 18 ± 2.00d 15 ± 0.58h 21.67 ± 2.89f 78 ± 5.77f
2.52h
46.67 ±
RSC413 4 ± 1.53g 13 ± 2.00ef 9 ± 1.15i 21.67 ± 2.77f 80 ± 10.00f
2.89i
181.33 ±
RSC502 46 ± 1.56b 15 ± 2.00de 64 ± 3.51a 56.67 ± 5.77cd 246.67 ± 8.31a
10.26d
321 ±
RSC504 52 ± 2.00a 21 ± 3.00c 36 ± 1.53e 69 ± 8.89c 153.33 ± 5.77c
13.26a
190 ±
RSC506 34 ± 1.73d 12 ± 2.00fg 26 ± 2.89g 36.67 ± 7.63e 146.67 ± 12.55cd
10.00d
273.33 ±
RSC508 47 ± 2.52b 24 ± 4.00b 41 ± 3.05d 73.33 ± 7.73bc 193.33 ± 11.54b
5.77b
95 ±
IRAT FA3 34 ± 1.73d 27 ± 5.00a 35 ± 1.53ef 89.67 ± 10.25a 133.33 ± 10.27cde
3.84g
TN - - - - - -
T0 - - - - - -
LSD 5% 3.67 2.33 5 14.66 10 26.67
TN: uninoculated and fertilized control; T0: uninoculated and unfertilized control. Means in the same
column followed by the same letter are not significantly different at the 5% probability level by LSD’s test.
with Canarana and from 9 for isolate RSC413 to 64 for isolate RSC502. Thus,
across all tested treatments, isolate RSC502 produced the higher nodule number

A. Kouadio et al.
(64) than other tested isolates and the reference strain on Doko.
Considering the varieties, Piramama and Doko were more receptive to inocu-
lation with local rhizobial isolates than Canarana. Indeed, RSC115, RSC119,
RSC309, RSC324, RSC502, RSC504 and RSC508 induced the formation of high
nodules relative to the introduced strain IRAT FA3 with varieties except Cana-
rana. Tested isolates RSC508, RSC502 and RSC119 induced the largest number
of nodulesper plant respectively 52; 47; 46 and 45 against 34 nodules for the
strain IRAT FA3 on Doko. On Piramama, tested rhizobia strains RSC502,
RSC115 and RSC324 were revealed more infective with 64; 58 and 50 nodules
respectively against 35 to the strain IRAT FA3 (Figure 1). Hungria et al. [19] al-
so reported that inoculation of soybean significantly increased the nodule num-
ber over the control. Attempts realized in Mozambique were also found that
some indigenous rhizobia were effective than five reference strains used in the
country to improve soybean production [20]. Unlike Doko and Piramama varie-
ties, local rhizobia were unable to increase the number of nodules on Canarana
compared IRAT FA3 excepted RSC119, which induced nodules production like
the latter. Based on nodulation indigenous rhizobia RSC115, RSC119, RSC309,
RSC324, RSC502, RSC504 and RSC508 were more infective than the introduced
strain IRAT FA3. When the analysis of variance was performed separately for each
cultivar, it appeared that Piramama and Doko had best response to inoculation
Figure 1. Nodules induced on roots of the soybean cultivars by local rhizobia. (a) Cana-
rana cultivar without inoculation; (b) Canarana cultivar inoculated with isolate RSC119;
(c) Doko cultivar inoculated with isolate RSC508; (d) Piramama cultivar inoculated with
isolate RSC502.

A. Kouadio et al.
comparing to Canarana. There were more nodules on these varieties than Cana-
rana. The greater number of nodules due to inoculation suggested that there is
better combining and symbiotic relationship between indigenous isolates and
soybean cultivars Doko and Piramama. However, soybean cultivar Canarana
with a fail response to inoculation may possess a particular Rj gene that play a
role in controlling the plant’s compatibility with specific rhizobial strains. In ad-
dition, indigenous tested rhizobia may show a preference for particular geno-
types among the compatible genotypes [21] [22].
Such as nodule number, nodule weight of soybean varieties was significantly
promoted by inoculation with local rhizobia (Table 2). However, it varied ac-
cording to the treatment and the variety. In fact, with Doko variety, ten (10) lo-
cal isolates increased the dry weight of the nodules compared to IRAT FA3.
RSC504 induced the highest weight of nodules (32 mg∙plant−1) than IRAT FA3
(95 mg∙plant−1). Regarding Piramama variety, isolates RSC119, RSC324, RSC502
and RSC508 induced higher nodular dry weight compared to IRAT FA3 that was
statistically similar to the weight produced by the isolates RSC115, RSC207,
RSC309, RSC310, RSC312, RSC323, RSC325, RSC504 and RSC506. RSC119
promoted the highest nodule dry weight (253.33 mg∙plant−1) than IRAT FA3
strain (113.33 mg∙plant−1) and other isolates. Contrary to Doko and Piramama,
all local tested isolates did notexhibited nodules dry weight higher than IRAT
FA3 on Canarana variety except RSC 119 which favored identical nodule dry
weight as this strain. Researchers such as Htwe et al. [23] were found the same
results with other soybean cultivars. These authors exhibited that the local
strains Bradyrhizobium spp. SHY6-1 and B. elkanii SAY3-4 isolated in Nyanmar
have given the highest nodule dry weights than the exotic B. japonicum
USDA110.
4.2. Indigenous Rhizobial Isolates Contribution on Plant Height

and Matter Production
The results revealed that inoculation was affected significantly (P < 0.05) plant
height and plant dry matter of soybean varieties (Table 3).
Inoculation of soybean varieties with native rhizobia and reference strain in-
creased plant height and influenced total dry matter compared to the uninocu-
lated negative control (Table 3). The table shows that local isolates RSC502 and
RSC508 respectively provided the most plant height with Doko and Piramama
followed to the positive control and other treatments. In example, the height of
Doko plant inoculated with RSC502 was 84.47 cm against 64 cm for positive
control (TN). The higher height with Piramama was recorded with the isolates
RSC508 (55 cm) which was statistically similar to the isolates RSC119, RSC324,
RSC325, RSC502 and RSC506. These isolates promoted plant height than the
uninoculated and nitrogen fertilizer control (TN). None local rhizobia did not
improve Canarana cultivar growth more than the positive control. Therefore, local
isolate RSC324 and the reference strain IRAT FA3 were statistically identical

A. Kouadio et al.
Table 3. Impact of indigenousrhizobia, introduced strain and nitrogen fertilizeron plant height and plant matter production on
three soybean cultivars at flowering stage.
Plant Height (cm) Plant Dry Matter (g∙Plant−1)

Treatments
Doko Canarana Piramama Doko Canarana Piramama
RSC114 53 ± 3.61hi 29.97 ± 0.90fg 46.10 ± 1.01de 1.60 ± 0.35j 1.41 ± 0.02fg 2.57 ± 0.40cd
RSC115 73.13 ± 1.98bc 32.33 ± 2.52cdef 48.43 ± 1.25cd 4 ± 0.26b 1.17 ± 0.04gh 2.6 ± 0.10cd
RSC119 76 ± 2.00b 33.93 ± 2.30cd 51.93 ± 0.38ab 4.5 ± 0.5a 2.18 ± 0.13bc 4.17 ± 0.17a
RSC207 55.10 ± 4.71h 29.80 ± 0.72fg 44.10 ± 1.45ef 2.02 ± 0.27i 1.77 ± 0.06de 1.83 ± 0.12e
RSC309 67.40 ± 2.76cde 32.6 ± 0.53cdef 45.67 ± 0.47def 2.98 ± 0.06ef 1.98 ± 0.03cd 2.63 ± 0.21cd
RSC310 57.03 ± 0.95gh 31.67 ± 2.08cdefg 42.67 ± 1.52f 2.56 ± 0.16gh 1.66 ± 0.25gh 1.43 ± 0.12fg
RSC312 56.27 ± 1.55h 30.27 ± 0.25efg 48.17 ± 2.75cd 2.69 ± 0.11fg 1.13 ± 0.06gh 2.4 ± 0.26d
RSC323 48.23 ± 1.32i 31.20 ± 1.93defg 42.33 ± 2.31f 1.62 ± 0.06j 1.31 ± 0.02gh 2.4 ± 0.26d
RSC324 65.83 ± 0.96def 38.4 ± 0.66a 52.87 ± 2.05ab 3.52 ± 0.33cd 2.5 ± 0.43a 2.77 ± 0.40bcd
RSC325 63.40 ± 2.95efg 30 ± 0.56fg 53.50 ± 0.75ab 2.23 ± 0.25hi 1.62 ± 0.08ef 2.38 ± 0.33d
RSC412 56.93 ± 4.15gh 30.26 ± 0.25efg 44.10 ± 1.45ef 2.54 ± 0.17gh 1.14 ± 0.03gh 1.47 ± 0.19efg
RSC413 59.17 ± 1.96fgh 29.06 ± 1.21g 43.37 ± 2.51ef 2.13 ± 0.21i 1.28 ± 0.03gh 1.8 ± 0.20ef
RSC502 84.47 ± 6.70a 33.17 ± 1.61cde 54.23 ± 1.90ab 4.47 ± 0.30a 1.71 ± 0.06def 2.63 ± 0.23cd
RSC504 76.17 ± 3.62b 34.57 ± 2.50b 47.50 ± 0.50d 4.61 ± 0.14a 2.3 ± 0.10ab 2.5 ± 0.10cd
RSC506 68 ± 4.00cde 30.06 ± 1.01fg 53.67 ± 1.67ab 3.62 ± 0.15cd 1.85 ± 0.13de 2.87 ± 0.23bc
RSC508 70.67 ± 2.57bcd 32.33 ± 2.52cdef 55 ± 1.00a 3.85 ± 0.04bc 2.23 ± 0.06abc 4.16 ± 0.40a
IRAT FA3 64 ± 4.36def 38.83 ± 3.56a 48 ± 4.33cd 3.33 ± 0.23de 2.46 ± 0.19ab 3.13 ± 0.15b
TN 73.67 ± 3.78bc 37.53 ± 2.20ab 51.20 ± 3.14bc 2.23 ± 0.06hi 2.5 ± 0.43a 3.07 ± 0.15b
T0 54.77 ± 3.68hi 29.03 ± 0.84g 38.67 ± 2.08g 1.40 ± 0.20j 1.02 ± 0.14h 1.12 ± 0.10g
LSD 5% 6.87 3.23 3.4 0.41 0.31 0.44
TN: uninoculated and fertilized control; T0: uninoculated and unfertilized control. Means in the same column followed by the same letter are not signifi-
cantly different at the 5% probability level by LSD’s test.
with the positive control. Thus, soybean varieties inoculated with local rhizobia
and the reference strain produced greater biomass compared to the negative
control. Total biomass produced on Doko with isolates RSC504 (4.61 g∙plant−1),
RSC119 (4.5 g∙plant−1) and RSC502 (4.47 g∙plant−1) were greater than positive
control (2.23 g∙plant−1) and the reference strain IRAT FA3 (3.33 g∙plant−1).
Greater biomass increasing on Piramama were obtained with isolates RSC119
(4.17 g∙plant−1) and RSC508 (4.16 g∙plant−1) compared to TN (3.07 g∙plant−1) and
the reference strain IRAT FA3 (3.13 g∙plant−1). Considering Canarana variety,
local tested rhizobia did not produced greater biomass compared with positive
control. Nevertheless, isolates RSC324 and RSC504 had stimulated similar effect
with TN and IRAT FA3 (Table 3).
The Results revealed that plant height and total biomass were significantly af-
fected by inoculation on tested soybean varieties compared to uninoculated and
unfertilized control. These results were similar to the findings of Tahir et al. [24]
who reported that inoculation increase soybean growth in Pakistan. According
to Sobral et al. [25], soybean growth promotion may be due to the capacity of

A. Kouadio et al.
some Bradyrhizobium isolates to produce Indole Acid Acetic (IAA), solubilize

phosphate and fix nitrogen. However, plant height and matter yield promoted
by inoculation varied according to soybean cultivars. In the present study, the
local rhizobia RSC115, RSC119, RSC309, RSC324, RSC502, RSC504 and RSC508
induced the higher plant height and improved total biomass than another. In
addition, in comparison with the positive control (TN) representing the 100%
level of plant total dry matter (biomass), most indigenous rhizobia tested
showed higher biomass benefit. However, their relative effectiveness (RE) varied
among soybean cultivars (Figure 2). Local isolates may be classed on three
groups: highly effective (RE > 80%), effective (80% > RE > 50%) and slowly ef-
fective (RE < 50%). More than 88% of the isolates were found to be highly effec-
tive and 11% were effective on Doko. The higher effectiveness was recorded with
RSC119, RSC504 and RSC502 with 206.73%, 201.79% and 200.45% respectively
compared to TN (100%). Considering Piramama variety, 58% of local rhizobia
were highly effective, 29% were effective and 11% were slowly effective. In oppo-
site to Doko and Piramama, only 11% of local isolates were highly effective, 58%
were effective and 11% were slowly effective on Canarana cultivar. Beyond soy-
bean cultivars, isolates RSC115, RSC119, RSC324, RSC502, RSC504 and RSC508
were found to provide the best plant matter benefit on sterile sand. These results
corroborated the finding of Guei et al. [26] who reported that nine local strains
had good relative effectiveness than reference strain on Bambara groundnut cul-
tivated in the Center West of Côte d’Ivoire.
4.3. Relationship between Nodule Production-Plant Height and

Nodule Production-Total Dry Matter on Tested
Soybean Cultivars
Correlation between nodule number-plant height and nodule number-total
biomass was recorded in Figure 3. The relationship between nodule number
Figure 2. Relative effectiveness (RE) of indigenous rhizobia on soybean varieties on sand

pot. RE = (Inoculated plant dry matter/N-fertilized plant dry matter) × 100.

A. Kouadio et al.
Figure 3. Correlation between nodulation and plant growth parameters of soybean cultivars grown in sterile sand.
with plant height was positively and significantly (P < 0.01) correlated on Doko
and Piramama (r = 0.70 and r = 0.51 respectively) whereas, these parameters
were negatively correlated on Canarana. A positive correlation was also recorded
between nodule number and plant biomass on Doko (r = 0.87 and P < 0.001)
and Canarana (r = 0.5 and P < 0.05) but negatively correlated on Piramama (r =
0.41 and P = 0.08). From the correlation analysis, it is observed that, both plant

A. Kouadio et al.
height and plant biomass had significant positive correlation nodule number.
These results showed that nodule number is an important factor which affects
soybean growth. That’s have been previously reported by over authors [24] [27]
[28]. Nevertheless, these results were contrary to those of Maâtllah et al. [17]
who revealed that local rhizobia isolated in Morocco had increased matter ad-
vantage less than fertilizer application.
5. Conclusion and Perspectives

The results of present investigation demonstrated that the Ivorian soil contains
native rhizobia capable of effectively inducing nodulation and improving the
productivity of soybean varieties grown in Côte d’Ivoire. The three soybean va-
rieties did not nodulate freely even without inoculation. Doko and Piramama
nodulated better with the native rhizobia than Canarana variety. Indigenous
rhizobia RSC115, RSC119, RSC324, RSC502, RSC504 and RSC508 increased
nodule number (42 to 64) and nodule dry weight (213.33 to 321 mg∙plant−1) than
the reference strain IRAT FA3 (34 nodule per plant and 95 to 133.33 mg∙plant−1)
on Doko and Piramama. The higher effectiveness was recorded with isolates
RSC119, RSC504 and RSC502 with 206.73%, 201.79% and 200.45% respectively
compared to TN (100%) in the sterile sand. Based on the good symbiotic and
agronomic performances of native rhizobia, six local isolates RSC115, RSC119,
RSC324, RSC502, RSC504 and RSC508 have been selected to examine their po-
tential performances under reel field conditions in order to select the best indi-
genous isolates for local inoculum production.
Conflicts of Interest
The authors declare no conflicts of interest regarding the publication of this
paper.
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https://www.researchgate.net/publication/271826327
https://doi.org/10.5539/jas.v6n5p44

PUBLICATION 2
Amani Kouadio, Konaté Ibrahim, Mako François De Paul N’Gbesso, Attien Yao
Paul, Lassina Fondio, Abdelkarim Filali-Maltouf and Tidou Abiba Sanogo. (2019).
Phenotypic and symbiotic diversity of rhizobia isolated from root nodules of
soybean [Glycine max (L.) Merrill] in Côte d’Ivoire. International Journal of
Current Microbiology and Applied Sciences, 8(3) : 766-774.
Int.J.Curr.Microbiol.App.Sci (2019) 8(3): 766-774
International Journal of Current Microbiology and Applied Sciences

ISSN: 2319-7706 Volume 8 Number 03 (2019)
Journal homepage: http://www.ijcmas.com
Original Research Article https://doi.org/10.20546/ijcmas.2019.803.094
Phenotypic and Symbiotic Diversity of Rhizobia Isolated from Root Nodules

of Soybean [Glycine max (L.) Merrill] in Côte d’Ivoire
Amani Kouadio1, Konate Ibrahim1*, Mako François De Paul N’gbesso2, Attien Yao
Paul1, Lassina Fondio2, Abdelkarim Filali-Maltouf3 and Tidou Abiba Sanogo1
1
UFR Agro-forestry and Environment, Department of Biochemistry and Microbiology,
Laboratory of Agrovalorization, Jean Lorougnon Guede University,
B.P: 150 Daloa, Côte d’Ivoire
2
National Center for Agronomic Research (CNRA), 01 BP 633 Bouaké 01, Côte d’Ivoire
3
Faculty of Sciences, Laboratory of Microbiology and Molecular Biology, University
Mohammed V-Agdal, Rabat, Morocco
*Corresponding author
ABSTRACT
Soybean [Glycine max (L.) Merrill] is a legume known for nitrogen fixation interacting
with efficient Bradyrhizobium strains. In Côte d'Ivoire, the Bradyrhizobium inoculums
used in soybean production is a foreign strain, which requires the search for indigenous
strains adapted to Ivorian soils. The present study aimed to isolate and select rhizobial
Keywords bacteria from soybeans grown on soils sampled from six localities in the central-western
region of Côte d'Ivoire. Thirty bacteria were obtained from the nodules of plants grown on
Rhizobia, Soybean,
soils of two localities that had previously received soybean cultivation (Gonate North and
Native strains,
Selection,
South). These isolates were coded as RSC and identified as being able to genus
Côte d’Ivoire Bradyrhizobium (slow growth) and Sinorhizobium (intermediate growth) depending on
cultural and morphological characteristics. Except for RSC 327 and RSC 330, all isolates
Article Info were authenticated and were able to nodulate the host plant in controlled culture. The
isolates RSC 309, RSC 310, RSC 312, RSC 323, RSC 324, RSC 325 and RSC 326 were
Accepted:
07 February 2019
efficient and significantly (P <5%) increased the number and weight of the nodules, the
Available Online: height and plant biomass. Moreover, these same isolates also showed a high tolerance to
10 March 2019 salt (NaCl) added in YEM media at a concentration ranging from 4 to 5%. Based on the
symbiotic and physiological characteristics, isolates RSC 309, RSC 310, RSC 312, RSC
323, RSC 324 and RSC 325 could be recommended as the native soybean inoculums under
soil and climatic conditions of Côte d’Ivoire.
Introduction nitrogen is provided to cropping systems in

the form of industrially produced nitrogen
Nitrogen is an essential nutrient for plant fertilizers. However, using of fertilizers has
growth and development. Much of this become detrimental for soil fertility and led to
766
worldwide ecological problems as well as Recent results from these studies have shown
affects the human health (Vitousek, 1997; differences in efficacy between B. japonicum
Yusuf et al., 2009). Thus, maintaining and strain IRAT FA3 and introduced soybean
increasing soil fertility through Biological genotypes in the country (N'Zi et al., 2015;
Nitrogen Fixation (BNF) are the major N'Gbesso et al., 2017). In addition, there is
agricultural priorities in many parts of little information available on native
countries development. BNF is the cheapest symbionts of soybeans. Thus, to obtain highly
and ecologic way in which micro-organisms effective symbiotic soybean bacteria, it is
interacting with leguminous plants such as necessary to search for native Bradyrhizobium
soybean [Glycine max (L.) Merrill] fix aerobic in the laboratory and in greenhouse
nitrogen (Franche et al., 2009). conditions. Hence, the objective of our
investigation is to isolate and evaluate the
Soybean is a legume cultivated for seeds symbiotic efficacy of soybean Bradyrhizobium
which are highly rich in protein (40 %) and oil sp from Côte d’Ivoire.
(20 %) (Nyabyenda, 2005; Cahuzac-Picaud,
2010). Many leguminous crops provide some Materials and Methods
protein, but soybean is the only available crop
that provides an inexpensive and high quality The study was conducted on greenhouse in
source of protein comparable to meat, poultry Jean Lorougnon Guédé University (Daloa,
and eggs. It also provides useful crop residues Côte d’Ivoire) experimental site
for animal feed or left in the field to (6°54’27.37’’N; 6°26’11.26’’W) in 2017-
decompose, thereby increasing the organic 2018. The soybean [Glycine max (L.) Merrill]
matter content of the soil (Mahamood et al., cultivar Piramama was used for the isolates
2009). On a global scale, the average yearly trapping and authentication tests.
amount of nitrogen fixed by Bradyrhizobium
japonicum is about 450 kg nitrogen ha-1 in a Soil sampling and Rhizobia trapping
soybean crop, representing about 90 % of the
nitrogen requirement (Giller, 2001; Soil samples were collected from six localities
Zablotowicz and Reddy, 2004). Maintaining in Daloa area in the fields which soybean and
this significant nitrogen input can be important over leguminous were previously growing in
for economically sustainable soybean yields, the three latest year (Table 1). Sampling was
especially in soils containing low available done following the procedure outlined by
soil nitrogen (Klubeck et al., 1988; Barker and Pilbean (2007). Soil samples were
Zablotowicz and Reddy, 2004). This capacity randomly collected from several places at 0-20
of soybean to fix nitrogen reduces the need to cm depth from each plot and they were placed
supply crops with synthetic nitrogen in pots (4 Kg/pot) previously disinfected by
fertilizers. sodium hypochlorite. Pots were arranged in a
completed randomly block design in
In Côte d’Ivoire, attempts have been made to greenhouse with five repetitions.
conduct research on soybean growth and
production. However, the studies have focused Isolation and morphological
solely on evaluating the effective characterization of soybean Rhizobia
compatibility of soybean varieties with the
Bradyrhizobium japonicum (IRAT FA3) The Rhizobia were isolated from sterile
provided by France for two decades for nodules and purified with the protocol using
inoculums production (N'Gbesso et al., 2010). Yeast Extract Mannitol (YEM) agar supplied
767
with 0.02 % Congo red (Vincent, 1970). At Physiological characteristic: Salt tolerance
the harvest, soybean root nodules were
washed first by water and then immersed in Salt tolerance was determined on YEM agar
0.1 % acidified HgCl2 for 5 minutes. The plates containing from 0 to 10 % (w/v) NaCl
nodules were transferred in a beaker concentrations. This test was carried out on
containing 10 ml of 95 % ethanol for 2-3 YEM agar plates. Petri dishes containing
minutes. The nodules were rinsed in 6 changes defined medium were subdivided into squares
of sterile water and each nodule was and each square was inoculated with 10 μl of
transferred in hemolysis tube containing 1 ml 48 h bacterial YEM broth Konate et al., 2015).
sterilized distilled water. Each nodule was After 7 days of incubation at 28 °C, bacterial
crushed with sterile glass rod. The aliquot of growth was compared to the controls.
the suspension was transferred on YEM agar
plate. The plates were incubated at 28 ºC for Statistical analysis
4-7 days. Some characteristics colony,
morphology and gram staining properties were The data of measured parameters recorded
observed. were pooled together and subjected to
statistical analysis using the STATISTICA
Confirmation of isolated Rhizobia through program (7.1). The strains tolerance was
nodulation test subjected of Chi2 of Pearson test. Plant growth
and nodulation parameters were subjected by
The nodulation capacity of the bacteria analysis of variance. The difference between
isolated from soybean was confirmed by the treatments means were evaluated at 5 %
inoculation tests on sterile sand. Each isolate level of significance using Fisher’s LSD test.
was grown on YEM liquid medium to
exponential phase. Seeds of soybean cultivar Results and Discussion
Piramama were surface-sterilized as before
and sown on plastic pots containing sterile Soil sampling and Rhizobia trapping
sand. Seven days after sowing, each plant of a
pot except the controls was inoculated by 1 ml Analysis of the variance revealed a significant
of broth culture of each isolate. Control pots difference (P <5%) between nodulation and
were included for an unfertilized and an soils samples provenance. Indeed, soybean
uninoculated negative control (TO) and [Glycine max (L.) Merrill] cultivar Piramama
uninoculated but nitrogen fertilized (0.05 % was able to induce nodule formation only on
KNO3) positive control (TN). Plants were soils which were previous soybean cultural.
supplied with distilled water every two days, The best nodulation was obtained on Gonate
and they were saturated once a week with a SODEFOR soil with an average of 38 nodules
nitrogen-free nutrient solution. Furthermore, per plant (Table 2). However, soils with a
TN control received weekly 0.05 % (w/v) history of cowpea, green gram, groundnuts
KNO3 as nitrogen source. and bean cultural have been unable to promote
nodules formation. These observations
Plants were harvested 45 day after sowing indicate that soybean can form nitrogen fixing
(DAS), evaluating nodule number, nodule nodules only in symbiosis with a very narrow
weight, plant height and biomass weight. The range of symbionts. These results corroborate
experiment was statistically laid out with three those of Karaboneye (2013), Kumar and
replications using randomized black design Reddy (2018). According to those authors,
(Somasegaran and Hoben, 1994). there are very few native rhizobia strains that
768
are compatible with soybean lines in tropical addition, colonies diameter and generations
soils. Thus, nodules formation on soybean times had varied from 1 to 7 mm and 2 to 7
roots by native rhizobia is closely related to days respectively. Based on these latest,
the cultural history of soils, the cultivated isolates could belong to the genus
variety and compatibility between a variety Bradyrhizobium (slow growth) and
and the bacterial strain present in the soil Sinorhizobium (intermediary growth)
(N'Gbesso et al., 2017). (Sadowasky et al., 1983; Hossain et al., 2012).
Isolation and morphological Confirmation and preliminary screening of

characterization of soybean Rhizobia soybean Rhizobia effectiveness through
nodulation test
Thirty (30) isolates bacteria were obtained
from the root nodules of soybean grown on All isolates bacteria, except RSC 327 and RSC
soils from various sites of center-west of Côte 330 were authenticated as soybean symbiont
d’Ivoire (Table 3). Isolates obtained in this (Table 3). Therefore, authentic isolates
study were coded RSC (Rhizobia isolated showed a large diversity in their capacity to
from Soybean in Côte d’Ivoire) and were infect the host plant and to improve plant
generally circular, mucilaginous, pink or white growth.
color on YEM agar medium. Microscopic
examination revealed that all isolates were rod Isolates influenced significantly (P <5%)
shaped and gram negative. Similar number and weight of nodules. Isolates RSC
characteristics were observed by over authors 325 and RSC 309 produced the highest
on isolates of soybean root nodules in several number of nodules (39 and 42.33 plant-1
parts of the world (Sharma et al., 2010; respectively) (Figure 1). Isolates RSC 323 and
Jadhav, 2013; Kapembwa et al., 2016). These RSC 309 induced the highest weight of
characteristics have been described by Jordan nodules 423.33 mg and 446.67 mg
(1982) as distinctive features of Rhizobia. In respectively).
Table.1 Soils sampling origin and cultural history
Sampling area Geographical Coordinates Cultural history

Daloa 6°54’31.76’’N ; 6°26’14.99’’W greengram
Bribouo 6°52’22.12’’N ; 6°30’11.96’’W cowpea
Gbetitapea 6°47’31.35’’N ; 6°27’7.84’’W groundnuts
Gonate SODEFOR 6°53’59.14’’N ; 6°10’54.89’’W Soybean
Gonate North 6°55’36.59’’N; 6°15’31.76’’W Soybean
Tapeguhe 6°57’25.48’’N; 6°28’22.69’’W Common bean
Table.2 Nodules means number according to soils origin
Soil sampling sites Bribouo Daloa Gbetitapea Gonate N Gonate S Tapeguhe

Nodules number 0 0 0 07±2 38±4 0
N = North; S = South
769
Table.3 Effect of native soybean root nodule isolates on nodule number, nodule weight, plant
height and biomass of soybean on sand pot
Treatment Nodule nodule weight plant height Fresh biomass Dry biomass
number (mg plant-1) (cm) (g plant-1) (g plant-1)
RSC 301 10.67f 83.33fg 31.33ab 5.52cde 1.07de
RSC 302 3.33g 53.33g 16.33d 5.15de 1.05e
RSC 303 4g 61g 17.8d 5.43de 1.36cde
RSC 304 5.33g 68.33g 26.67c 6.13de 1.22de
RSC 305 3.33g 46.67g 26c 4.50de 0.86e
RSC 307 3.67g 51.66g 30bc 6.70bc 1.22de
RSC 308 4g 40g 27.67c 7.06bc 1.25de
RSC 309 42.33a 446.67a 37.23a 7.82ab 2.11a
RSC 310 38b 403.33b 32.26ab 7.07bc 1.88b
RSC 312 27d 380c 27.80c 6.32cd 1.48cd
RSC 313 10f 86.67fg 28bc 5.12de 1.05e
RSC 314 7.33fg 81.67fg 29bc 6.52c 1.33cde
RSC 315 6.67fg 66.67g 29.67bc 6.77bc 1.33cde
RSC 316 3.33g 53.33g 27c 5.47de 1.21de
RSC 317 3.67g 58.33g 27.5c 5.77cd 1.35cde
RSC 318 20.33e 261.67d 32.33ab 8.2a 2.97a
RSC 319 7.33fg 96.67fg 24.33c 5.55cd 1.22de
RSC 320 6g 70g 26.67c 4.9de 0.92e
RSC 321 4.33g 51.66g 28.73bc 5.24de 1.09de
RSC 322 7.66fg 93.33fg 31ab 6.06cd 1.24de
RSC 323 38b 423.33ab 34.57ab 7.51ab 1.96b
RSC 324 31.67c 390bc 30.67ab 7.50ab 2.01b
RSC 325 39.00b 408.33b 33.67ab 7. 79ab 1.94b
RSC 326 11f 140e 31.1ab 6.13cd 1.77bc
RSC 327 - - 27.90c 6.03cd 1.35cde
RSC 328 7.33fg 83.33fg 27.80c 5.58cd 1.26de
RSC 329 5.67g 76.67g 28.67bc 6.62c 1.33cde
RSC 330 - - 27.90c 5.92cd 1.19de
RSC 331 10.66f 113.33ef 29bc 5.72cd 1.07de
TN - - 30.50bc 7.07bc 1.73bc
TNN - - 25.33c 4.62e 0.86e
LSD (5 4.33 34.33 6.58 0.8 0.42
%)
In the column, means followed by the same letter did not differ significantly at 5 % level by the LSD test.
TN: uninoculated and fertilized control; T0: uninoculated and unfertilized control.
770
Table.4 Tolerance of soybean Rhizobia to different concentrations of NaCl
Salt tolerance
Isolates 0% 0.5 % 1% 1.5 % 2% 3% 4% 5% 8% 10%
RSC 301 3+ 2+ 2+ 1+ - - - - - -
RSC 302 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+ - - - -
RSC 303 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ - - - - -
RSC 304 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ - - - - -
RSC 305 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ - - - - -
RSC 307 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ - - - - -
RSC 308 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ - - - - -
RSC 309 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+ 1+ - - -
RSC 310 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+ 1+ 1+ 1+ 1+
RSC 312 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+ 1+ 1+ - -
RSC 313 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ - - - - -
RSC 314 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ - - - - -
RSC 315 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ - - - - -
RSC 316 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ - - - - -
RSC 317 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ - - - - -
RSC 318 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+ - - - -
RSC 319 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ - - - - -
RSC 320 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ - - - - -
RSC 321 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ - - - - -
RSC 322 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ - - - - -
RSC 323 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+ 1+ 1+ - -
RSC 324 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+ 1+ - - -
RSC 325 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+ 1+ - - -
RSC 326 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ 1+ - - - -
RSC 327 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ - - - - -
RSC 328 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ - - - - -
RSC 329 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ - - - - -
RSC 330 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ - - - - -
RSC 331 3+ 2+ 2+ 2+ 1+ - - - - -
3+: Very good growth; 2+: Good growth; 1+: moderate growth; -: no growth
Fig.1 Soybean cultivar Piramama plants inoculated by the isolates RSC 309 (A) and RSC 325
(B) and the uninoculated plants (C)
A B C
Considering the growth of plants, the results significantly higher biomass and plant height
revealed that all isolates produced compared to negative control (T0). TheChigher
B
771
biomasses were recorded by the isolates RSC In conclusion, this study clearly reveals that
318 (2.97 g) and RSC 309 (2.11 g). The the soils of Côte d'Ivoire are very poor in
isolates RSC 310, RSC 323, RSC 324 and rhizobia, which nodules of the soybean
RSC 326 were found statistically similar and [Glycine max (L.) Merrill], a legume
stimulated plant growth than synthetic introduced in 1970. However, the soils that
nitrogen (KNO3) applied on positive control have previously received the cultivation of
(TN). The lowest was found in negative this legume could generate compatible
control and isolates RSC 305 and RSC 320. rhizobia. In fact, thirty rhizobia were isolated
These observations are in agreement with from the nodules of the soybean Piramama
previous reports by N’Gbesso et al., (2017) cultivar in the soils of two localities in Côte
on inoculation of over soybean cultivars with d'Ivoire (center-west). More than 93 % of the
native selected Bradyrhizobium strains, which isolates were authenticated, capable of
showed increased survival percentage in nodulating the host plant and very close to
seedlings and greater biomass production in Bradyrhizobium and Sinorhizobium.
all inoculated plant. Some researchers Symbiotic and physiological data showed that
attributed the higher nodulation and biomass isolates RSC309, SRC310, RSC312, RSC323,
yields of inoculated plants to high nitrogen RSC324 and RSC325 were particularly
fixation incorporated into nitrogen infectious, efficient and salt-tolerant at 4-5%
biosynthesis (Sharma et al., 2000; Hossain et of NaCl. These six isolates have promising
al., 2012). symbiotic and agronomic traits and could be
recommended as native inoculants for the
Physiological characteristic: salt tolerance biological inoculation of soybeans under soil
and climatic conditions in Côte d'Ivoire.
Isolates exhibited a wide tolerance to salt
stress (Table 4). All isolates grew on the References
YEM agar medium containing up 2 % of
NaCl excepted isolate BSC 301. Beyond this Cahuzac-Picaud M., 2010. Les huiles
concentration, the percentage of tolerant végétales, intérêt diététique et
strains decreased rapidly. Only 26 % of gastronomique. Phytothérapie, 8:113-
strains supported 3 % of salt concentrations. 117.
Of these, isolates RSC 309, RSC 324 and Chen W. M, Lee T. M., Lam CC and Cheng
RSC 325 tolerated 4 % NaCl while RSC 312 CP. 2000. Characterization of
and RSC 323 showed tolerant to 5% NaCl. halotolerant Rhizobia isolated from root
Isolate RSC 310 exhibited the highest nodules of Canavalia rosea from
tolerance of salt (10 %). Thus, the salt seaside areas. FEMS Microb Eco. 34, 9-
inhibitory concentrations varied among 16.
strains. El Hilali I., 2006. La symbiose Rhizobium-
Lupin: Biodiversité des microsymbiotes
This finding corroborated previous reports et mise en évidence d’une multi-
which stipulated that Rhizobia could grow up infection nodulaire chez Lupinus luteus.
to 3 % of salt concentrations (Chen et al., Thèse de Doctorat d’Etat Es Sciences.
2000; Raza et al., 2001; El Hilali, 2006). Université Mohammed V. Rabat.
However, over work showed that Rhizobia Franche C., Lindstrom K and Elmerich C.,
tolerate low salt concentrations (Zerhari et al., 2009. Nitrogen fixing bacteria
2000; Maâtallah et al., 2002). associated with leguminous and non-
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How to cite this article:
Amani Kouadio, Konate Ibrahim, Mako François De Paul N’gbesso, Attien Yao Paul, Lassina
Fondio, Abdelkarim Filali-Maltouf and Tidou Abiba Sanogo. 2019. Phenotypic and Symbiotic
Diversity of Rhizobia Isolated from Root Nodules of Soybean [Glycine max (L.) Merrill] in
Côte d’Ivoire. Int.J.Curr.Microbiol.App.Sci. 8(03): 766-774.
doi: https://doi.org/10.20546/ijcmas.2019.803.094
774
RESUME
Le soja (Glycine max L. Merr) est une légumineuse cultivée pour la qualité nutritionnelle de ses graines et sa
capacité à restaurer la fertilité des sols. Sa culture en Côte d’Ivoire est tributaire de la souche exotique
Bradyrhizobium japonicum IRAT FA3 introduite depuis deux décennies. La présente étude a été entreprise pour
sélectionner des rhizobia indigènes compétitifs et adaptés aux conditions environnementales locales afin d’améliorer
la productivité du soja et de restaurer la fertilité des sols sur de courtes durées. Les nodules collectés sur différents
cultivars de soja semés dans des sols ayant des précécédents de légumineuses, ont été isolés sur le milieu YEM. Les
isolats obtenus ont été authentifiés et leur spectre d’hôtes vérifié. La capacité des meilleurs isolats à solubiliser le
phosphate inorganique et le potassium puis, à tolérer différents facteurs environnementaux locaux (pH, température,
salinité, métaux lourds et pesticides) a été évaluée in vitro. Les meilleurs isolats ont été testés au champ avec les
cultivars Canarana, Doko et Piramama dans trois différentes localités situées au Centre-Ouest du pays (Daloa, Divo
et Hiré). Les résultats de l’étude ont montré que les nodules apparaissaient uniquement sur les sols avec un
précédent soja. Environ 63 % des quatre-vingt-neuf (89) isolats bactériens a été capable de réinfecter les cultivars
hôtes. Parmi ces rhizobia, RSC115, RSC119, RSC309, RSC324, RSC502, RSC504 et RSC508 ont exhibé un large
spectre de cultivars de soja comme hôtes tout en étant plus infectants que la souche IRAT FA3 sur substrat stérile.
Ces isolats ont été capables de solubiliser in vitro le phosphate tricalcique et le potassium. Ils ont aussi toléré le pH,
la température, le plomb, l’Haloxyfop-R-methyle et le 2,4-D sel d’amine. Cependant, ils ont été affectés in vitro par
des pesticides (Glyphosate, Mancozèbe, Propineb) et des métaux lourds (sulfates de zinc et cuivre). Dans les essais
au champ, les rhizobia locaux ont amélioré significativement (P < 5 %) différents paramètres agro-morphologiques
mesurés (hauteur de plant, biomasses fraiche et sèche). Les isolats RSC119, RSC309, RSC504 et RSC508 ont induit
plus de nodosités et de gousses sur l’ensemble des sites d’essais. Le nombre de gousses le plus élevé par plant (163)
a été obtenu avec RSC309 inoculé au cultivar Canarana. Le rendement en graines le plus élevé a été obtenu avec
RSC508 inoculé au cultivar Piramama (4,3 t/ha). Des teneurs du sol plus élevées en matière organique et en azote
total ont été obtenues après une culture de soja inoculée avec des souches bactériennes testées. Quant à l’isolat
RSC508, il a induit un relèvement du pH du sol quel que soit le cultivar de soja testé. Ces résultats montrent que
l’inoculation du soja avec des souches locales de rhizobium sélectionnées permettent d’accroitre significativement la
productivité du soja et restaurer la fertilité des sols sur de courtes durées.
Mots clés : Souches indigènes, inoculation, azote organique, engrais de synthèse, soja, fertilité des sols.
ABSTRACT
Soybean (Glycine max L. Merr) is a legume cultivated for its grain nutritional quality and its ability to improve soil
fertility. Soybean cultivation in Côte d'Ivoire used to be dependent on the exotic strain Bradyrhizobium japonicum
IRAT FA3 two decades ago. The present study aimes to select competitive indigenous rhizobia adapted to local
environmental conditions in order to improve soybean yields and restore soil fertility over short periods. Nodules
collected from various soybean cultivars sown in soils with legumes as preceedings crops, were isolated on YEM
medium. Isolates obtained were authentified and their host spectrum verified. The ability of best isolates to dissolve
tri-calcium phosphate and potassium and tolerate various environmental hazards (pH, temperature, salinity, heavy
metals and pesticides) was assessed in vitro. Isolates were tested in field conditions on cultivars Canarana, Doko and
Piramama in three different locations in central-western of Côte d’Ivoire (Daloa, Divo and Hiré). Results showed
that nodules were observed only on soils with soybean as preceding crop. About 63 % of all eighty-nine (89) isolates
able to reinfect host cultivars were collected as local strains of rhizobium for soybean. Among them, RSC115,
RSC119, RSC309, RSC324, RSC502, RSC504 and RSC508 strains exhibited a larger host spectrum, and a more
infectious ability compared to IRAT FA3 strain on sterile substrate. Isolates were able to solubilize tri-calcium
phosphate and potassium in vitro with enough tolerance to pH, temperature, lead, Haloxyfop-R-methyl and 2,4-D
amine salt. However, they were affected in vitro by herbicides as well as heavy metals (Glyphosate, Mancozeb,
Propineb, zinc and copper sulfates). Under field conditions, local rhizobia strains significantly improved (P < 5 %)
agro-morphological traits measued like plant height, fresh and dry biomass yields. Isolates RSC119, RSC309,
RSC504 and RSC508 induced more nodules and pods irrespective of the location investigated. The highest number
of pods per plant (163) was obtained with RSC309 inoculated to cultivar Canarana, while the isolate RSC508
induced the highest grain yield (4.3 t/ha) in cultivar Piramama. Soil organic matter and total nitrogen contents were
also improved through biological nitrogen fixation resulting from bacterial activity. Moreover, the strain RSC508
increased soil pH irrespective of of the tested soybean cultivar tested. Results showed that soybean inoculation with
selected local rhizobium strains significantly increased not only soybean yields but also soil fertility over short
periods.
Key words : Indigenous strain, inoculation, organic nitrogen, artificial fertilizers, soybean, soil fertility.

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REPUBLIQUE DE CÔTE D’IVOIRE

Ministère de l’Enseignement Supérieur et

Spécialité : Microbiologie des sols

CANDIDAT Isolement et sélection des rhizobia indigènes

Nom : AMANI nodulant le soja (Glycine max L. Merrill) dans le

Président : Mme TIDOU Abiba Sanogo épouse KONE, Professeur

Co-Directeurs : M. KONATE Ibrahim, Maître de Conférences, Université

Rapporteur : M. PENE Bi Crépin, Directeur de Recherches, SUCAF-CI

M. KOUAME Christophe, Maître de Recherche, Centre

LISTE DES SIGLES ET ABREVIATIONS ............................................................................ xii

LISTE DES TABLEAUX .......................................................................................................... xiv

LISTE DES FIGURES ............................................................................................................. xvii

LISTE DES ANNEXES ........................................................................................................... xviii

INTRODUCTION GENERALE ................................................................................................. 1

Première partie : GENERALITES

1. Généralités sur le soja ........................................................................................................... 5

1.1. Description botanique .................................................................................................... 5

1.2. Taxonomie ....................................................................................................................... 6

1.3. Ecologie ............................................................................................................................ 8

1.4. Origine et expansion de la culture................................................................................. 9

1.5. Production ..................................................................................................................... 10

1.6. Importance .................................................................................................................... 11

1.6.1. Importance nutritionnelle ......................................................................................... 11

1.6.2. Importance sanitaire et thérapeutique ...................................................................... 12

1.6.3. Importance agronomique et écologique ................................................................... 13

2.1. Définition ....................................................................................................................... 13

2.2. Historique et taxonomie ............................................................................................... 14

2.3. Diversité des rhizobia nodulant le soja ....................................................................... 15

3. Etablissement de la symbiose ............................................................................................. 16

3.1. Conditions pour l’établissement de la symbiose ........................................................ 16

3.2.1. Pré-infection ............................................................................................................. 18

3.2.2. Infection ................................................................................................................... 18

3.2.3. Développement du nodule ....................................................................................... 19

4. Contribution de la symbiose légumineuse-rhizobia dans la disponibilité de l’azote pour

4.1. Place de l’azote dans la nutrition de la plante............................................................ 19

4.2. Cas particulier de la symbiose légumineuse-rhizobium............................................ 20

4.2.1. Intérêt de la symbiose légumineuse-rhizobium dans la biodisponibilité de l’azote 20

4.2.2. Spécificité de l’hôte ................................................................................................. 21

5. Facteurs limitant la fixation biologique de l’azote ........................................................... 22

5.1. Facteurs environnementaux ........................................................................................ 22

5.1.1. Salinité ..................................................................................................................... 22

5.1.2. Température ............................................................................................................. 23

5.2. Facteurs anthropiques .................................................................................................. 24

5.2.1. Métaux lourds .......................................................................................................... 24

6. Autres éléments majeurs limitant la croissance des plantes ........................................... 26

6.1. Phosphore ...................................................................................................................... 26

Deuxième partie : MATERIEL ET METHODES

1. Zone d’étude ........................................................................................................................ 29

1.1. Situation géographique ................................................................................................ 29

1.1.1. Département de Daloa.............................................................................................. 30

1.2. Sols, climat et végétation .............................................................................................. 31

1.2.1. Département de Daloa.............................................................................................. 31

1.2.2. Département de Divo ............................................................................................... 31

1.3. Activités agricoles ......................................................................................................... 32

1.3.1. Département de Daloa.............................................................................................. 32

1.3.2. Département de Divo ............................................................................................... 32

1.4. Justification du choix de la zone d’étude .................................................................... 32

2.1. Matériel biologique ....................................................................................................... 34

2.1.1. Matériel végétal ....................................................................................................... 34

2.1.2. Matériel bactérien .................................................................................................... 34