Química Biológica I (Cód.

2110)

Proteínas:
Niveles de Organización Estructural

Química Biológica I (2110)

2022

1
 Conocimientos Previos
Los Aminoácidos (AA). Clasificación según su grupo R.

Estructura general de un
aminoácido.

2
 Los Aminoácidos. Clasificación según su grupo R.

Glicina Alanina Prolina Valina

Estructura general de un
aminoácido. Leucina Isoleucina Metionina

Grupos R apolares
3
 Los Aminoácidos. Clasificación según su grupo R.

Fenilalanina Tirosina Triptófano

Estructura general de un Grupos R aromáticos

aminoácido.

4
 Los Aminoácidos y las particularidades de sus grupos R.

El triptófano, la tirosina, y
Triptófano
en mucho menor grado la
fenilalanina absorben la luz
ultravioleta, lo cual explica
la absorbancia de la luz

Absorbancia
característica de la mayoría
de las proteínas a 280 nm.

Tirosina

Longitud de onda (nm)

5
 Los Aminoácidos. Clasificación según su grupo R.

Serina Treonina Cisteína

Estructura general de un
aminoácido. Asparragina Glutamina

Grupos R Polares sin carga

6
 Los Aminoácidos. Clasificación según su grupo R.

Lisina Arginina Histidina

Estructura general de un Grupos R cargados positivamente

aminoácido.

7
 Los Aminoácidos. Clasificación según su grupo R.

Aspartato Glutamato

Estructura general de un Grupos R cargados negativamente

aminoácido.

8
Isomería óptica

Analogía de los enantiómeros de

la alanina con la configuración del
D y L-gliceraldehído

9
 Los aminoácidos pueden actuar como ácidos y como bases
La presencia de grupos acido (-COOH) y básico (-NH2) otorga a los aminoácidos
unas propiedades ácido base características.
El punto isoeléctrico o pH isoeléctrico se
define como el valor de pH en el cual el
número de cargas positivas del aminoácido
se iguala al número de cargas negativas
que aportan los grupos ionizables, es decir
cuando la la carga eléctrica neta es cero.

El pH isoeléctrico (pI o pHi) se calcula

como media de pK1 y pK2, es decir, la
media de los pKas de las etapas que
forman y descomponen al ion dipolar o
Zwitterión (ion hibrido).

Para el caso de glicina el PI tiene un valor

de 5,97 lo cual indica que este aa a dicho
valor de pH está presente de manera
predominante en su forma dipolar,
totalmente ionizada pero sin carga
Curva de titulación de glicina
eléctrica neta.
10
 Existen regiones del pH en los que los aminoácidos presentan poder tamponante

Aminoácido con cadena lateral ácida (Glu)

Aminoácido con cadena lateral básica (His)

Curva de titulación de un aminoácido con cadena lateral ácida (Glu) y uno con cadena lateral básica (His). (a) En el
Glu se pasa gradualmente de la forma totalmente protonada con carga positiva (+1) a la forma totalmente desprotonada
con carga -2. (b) En la His, se parte de la forma con carga neta +2 a la forma con carga -1. En ambos casos el PI se
obtiene como la media de los valores de pK, en los equilibrios en los que participa el ión dipolar. 11
 Los aminoácidos pueden actuar como ácidos y como bases

El pH isoeléctrico (pI o pHi)

se calcula como la media de
los pKas de las etapas que
forman y descomponen al ion
dipolar o Zwitterión (ión
hibrido), en este caso como
la media de pK1 y pKR:

pI: pK1 + pkR / 2

pI: 2,19 + 4,25 / 2
pI: 3,22

Curva de titulación de glutamato 12

 Propiedades y convenciones asociadas con los aminoácidos
Valores de pKa
Presencia
Abreviatura/ Índice en las
Aminoácidos símbolo PM pI Hidropático proteínas (%)

Grupos R
apolares

Grupos R
aromáticos

Grupos R Polares
sin carga

Grupos R cargados
positivamente

Grupos R cargados
negativamente
13
El Enlace Peptídico. Formación de Péptidos y Proteínas.

Enlace Peptídico

14
Extremo Extremo
Amino-Terminal Carboxilo-Terminal
 Las proteínas poseen una gran variedad de tamaños

Masa N de N de cadenas
molecular residuos polipeptídicas
Citocromo C (Girasol) 13.800 111 1
Superóxido dismutasa (Tomate) 15.600 138 1 Proteínas
Inhibidor de Tripsina (Soja) 21.500 196 1
de fuentes
Expansina (Trébol) 25.000 232 1
vegetales
Nitrogenasa (S. meliloti - Alfalfa) 288.000 2612 6
RuBisCO (Tabaco) 540.000 4902 16

- En general se denominan POLIPÉPTIDOS a los polímeros formados por más

de 10 AA. Cuando la cadena polipeptídica tiene una masa mayor a 6000 Da, es
decir un polímero de aproximadamente 50 AA, se considera como una
PROTEÍNA (tomando como base la masa aproximada de la insulina).
- Al considerar moléculas poliméricas o macromoléculas como las proteínas,
donde la estructura es muy compleja, resulta conveniente clasificarlas y
15
describirla en distintos niveles de organización.
 Las proteínas pueden clasificarse en dos grande grupos:
Proteínas Simples y Proteínas Conjugadas
PROTEINAS SIMPLES: están únicamente formadas por cadenas de aminoácidos,
como por ejemplo las albuminas y globulinas.
PROTEINAS CONJUGADAS: están formadas por dos fracciones: la porción
proteica o aminoacídica, denominada apoprotreína y otro componente que recibe
el nombre de grupo prostético (orgánico o inorgánico).

Proteínas conjugadas

16
 Propiedades ácido-base. Proteínas ácidas y básicas
Las proteínas tienen grupos ácidos y básicos en los extremos de las cadenas y en los
grupos R de los aminoácidos. Se definen como proteínas ácidas, a las que tiene
prevalencia de aminoácidos ácidos (aspartato y glutamato) y como proteínas básicas, a
aquellas que tienen predominio de aminoácidos básicos (lisina, arginina o histidina).
Cada proteína tiene un determinado punto isoeléctrico (pI), que será aquel valor de pH
en el que la proteína es neutra y en ese pH la proteína es muy insoluble en medios
acuosos y por eso tiende a precipitar.
Las proteínas ácidas poseen un pI bajo, como la pepsina y la albúmina y al pH celular
presentan carga negativa neta.
Las proteínas básicas tienen un pI alto, como las histonas y al pH celular presentan
carga positiva neta.
En particular LAS HISTONAS presentes en la cromatina de todas las células
eucariotas, tienen masa molecular entre 11000 y 21000 y son muy ricas en los AA
básicos arginina y lisina, ya que entre estos dos representan aproximadamente un 25 %
de los AA totales.
Núcleo de Histonas ADN de enlace
del nucleosoma del nucleosoma

El ADN de la cromatina se encuentra íntimamente asociado a proteínas básicas denominadas HISTONAS

que empaquetan y ordenan ADN en estructuras denominadas NUCLEOSOMAS. (a) Representación
esquemática, (b) micrografía electrónica. 17
 Los niveles de organización estructural de las proteínas y las
consecuencias funcionales que estas estructuras implican
• Las proteínas son macromoléculas de estructura es muy compleja.
• Relación entre la estructura de una proteína y su función
• ¿Qué es lo que hace que una proteína sea un enzima, otra un transportador, otra una
proteína estructural y otra un receptor? ¿Cómo se diferencian químicamente?
• Las diferencias más obvias son estructurales y pueden abordarse en cada nivel
estructural.

Se definen cuatro niveles de estructuras de las proteínas:

Estructura Primaria: Estructura Secundaria: Estructura Terciaria: Estructura Cuaternaria:
secuencia de aminoácidos disposición espacial regular y arquitectura disposición espacial de
de la proteína repetitiva. tridimensional de la proteínas constituidas por dos
proteína. o más cadenas polipeptídicas.

18
 Estructura Primaria.

 Es la secuencia de aminoácidos de la proteína.

 Es una descripción detallada de todos los enlaces

covalentes que unen los residuos de aminoácidos de una
cadena polipeptídica.

 La posibilidades teóricas de los polipéptidos son

ilimitadas: con 20 opciones diferentes para cada residuo
de AA, es fácil predecir que es posible encontrar un
número enorme de moléculas proteicas distintas.

Secuencia de AA de la
insulina bovina. F. Sanger (1953).

19
 Determinación de la Estructura Primaria.
Es una descripción detallada de la secuencia de aminoácidos de la proteína.
Degradación de Edman: basado en la reacción del fenilisoticianato con el grupo amino terminal
en condiciones levemente alcalinas.
Secuenciación mediante espectrometría de masas: mide con exactitud la relación masa-carga de
los iones en fase gaseosa.

Analizador de masa

Muestra Espectro de masa

Espectrometría de masas con Ionización por electrospray (ESI)

Presión Atm.

Secuenciación del ADN: en la actualidad resulta mas fácil establecer

la secuencia de nucleótidos del ADN que la de AA de una proteína.

Direcciones de Internet de las bases de datos principales

de secuencias de proteínas y ADN.

20
 El enlace peptídico es plano y rígido.

Enlace
Peptídico
1 2 3
Los Cα de dos AA adyacentes se encuentran
α α separados por 3 enlaces covalentes simples
(1, 2 y 3 en la fig).

 Los estudios indicaron que el oxígeno carbonílico y el nitrógeno amida compartían

parcialmente dos pares de electrones.
 El oxígeno tiene una carga negativa parcial y el nitrógeno una positiva parcial, formando un
dipolo eléctrico.
 Los seis átomos en cuestión, se hallan en un mismo plano de modo que el átomo de oxígeno
del grupo carbonílico y el átomo de hidrógeno del nitrógeno amídico se hallan entre ellos en
posición trans.
 Pauling y Corey concluyeron que los enlaces peptídicos C-N no pueden girar libremente a
causa de su carácter parcial de doble enlace. 21
 El enlace peptídico es plano y rígido.
.
Los enlaces peptídicos C-N no pueden girar libremente a causa
de su carácter parcial de doble enlace.
En cambio es posible la rotación alrededor de los otros dos enlaces
N-Cα ( - phi) y Cα–C ( - psi).

Carboxilo-
Terminal

Amino-
Terminal

Como consecuencia, la cadena proteica puede observarse como una serie de planos
rígidos compartiendo un punto común de giro alrededor del Cα.
La rigidez del enlace peptídico limita el número de conformaciones que puede
adaptar una cadena polipeptídica. 22
 Estructura Secundaria. Disposición espacial regular, repetitiva, que
adopta la cadena polipeptídica.

 La hélice α es una estructura secundaria

Carbono
Amino-Terminal Hidrógeno
habitual en las proteínas. Oxígeno
Nitrógeno
 Es la disposición más sencilla que podría Grupo R
adquirir una cadena polipeptídica.
 En esta estructura el esqueleto polipeptídico
se encuentra compactamente enrollado
alrededor de un eje longitudinal imaginario de residuos
la molécula y los grupos R de los residuos de
AA sobresalen del esqueleto helicoidal.
 La unidad repetitiva es el giro de hélice, que
ocupa alrededor de 5,4 Å incluyendo 3,6
residuos de AA.
 Los residuos de AA adoptan conformaciones
que corresponden a unos ángulos  (psi) -45⁰ a Carboxilo-Terminal
-50⁰ y  (phi) -60⁰.
 Los AA naturales pueden formar hélice α
dextrógiras o levógiras. hélice hélice
levógira dextrógira
23
 Estructura Secundaria. Hélice α.

Carbono
Amino-Terminal Hidrógeno
Oxígeno
Nitrógeno
Grupo R
Puentes de
Hidrógeno

residuos

La estructuraes tá estabilizada por

Puentes de Hidrógeno entre el átomo de
hidrógeno unido al nitrógeno de un enlace
peptídico y el oxígeno carbonílico.

Carboxilo-Terminal

 La hélice α hace un uso óptimo de los enlace de hidrógeno. Cada vuelta de la hélice se
mantiene unida a la vuelta adyacente mediante 3 o 4 enlaces de hidrógeno, lo cual
proporciona una estabilidad considerable.
24
 Estructura Secundaria. Hélice α.

Los grupos R de
Algunos AA afectan la estabilidad de la hélice α. los residuos de
AA sobresalen del
Las interacciones que se producen entre las esqueleto
cadenas laterales de los AA pueden estabilizar o helicoidal.
desestabilizar.

 Por ejemplo la presencia de restos voluminosos

con carga localizados próximos entre sí, originan
fuerzas electrostáticas que afectan la disposición
espacial de la cadena e impiden la formación de
hélices α.
 Por otra parte, la presencia de Prolina es incompatible con hélices α, ya que el átomo de
nitrógeno forma parte de un anillo rígido y la rotación alrededor del Cα no es posible
introduciendo una curvatura desestabilizarte. Además el átomo de nitrógeno de la Prolina
en el enlace peptídico no contiene Hidrógeno lo cual impide la formación de puentes de
hidrogeno con otros residuos.
 La identidad de los residuos de AA localizados cerca de los extremos. Así generalmente
hay AA cargados negativamente cerca del extremo amino terminal, donde ejerce una
interacción estabilizadora con la carga positiva del dipolo de la hélice. 25
 Estructura Secundaria. Hoja β.

Un segundo tipo de estructura repetitiva es la conformación β,

usualmente denominada como hoja o lámina β.

 Es una conformación más extendida. Puentes de

Hidrógeno
 Las cadenas polipeptídicas desarrolladas a manera de
zigzag (lámina plegada), se disponen de manera
adyacente.
 Los enlaces de hidrógeno se forman entre segmentos
adyacentes de la cadena polipeptídica.
 Los grupos R de los AA adyacentes sobresalen de la
estructura en zigzag en direcciones opuestas.

26
 Estructura Secundaria. Hoja β.

Paralela
Las cadenas polipeptídicas adyacentes de
Puentes de
una hoja o lámina β pueden ser Paralelas o Hidrógeno
Antiparalelas:
Vista Superior
 Son paralelas si las cadenas apareadas
tienen el mismo sentido (N-terminal C-
terminal).
 Los períodos de repetición son mas cortos Vista Lateral

en las Paralelas (6,5 Å), siendo de 7 Å para

las Antiparalelas.
Antiparalela
 Los patrones de formación de puentes de
hidrogeno son diferentes. Puentes de
Hidrógeno

 Algunas estructuras de hoja β limitan los

Vista Superior
AA que la puedan formar. Por ejemplo para
una lámina β densamente empaquetada
requiere de AA con grupos R pequeños
como Gly y Ala. Vista Lateral 27
 Estructura Secundaria. Giros β.

Giros β
Los Giros β son frecuentes en las proteínas.

 Son elementos de conexión que unen tramos Puentes de

con estructura repetitiva. Son muy frecuentes Hidrógeno
los giros β que conectan los extremos
adyacentes de dos segmentos de hojas β
antiparalelas.
Tipo I Tipo II

 Forman un giro cerrado de 180⁰ en el que están implicados 4 residuos (círculos celestes),
con el oxígeno del carbonilo del primer residuo formando un puente de hidrogeno con el
hidrógeno del grupo amino del cuarto.

 Es muy común la participación de residuos de Glicina porque es muy pequeño y flexible

y de Prolina que puede adoptar con facilidad configuración cis muy adecuada para formar
giros cerrados.

Disposición al azar: puede suceder que una cadena polipeptídica no posea

una estructura regular y repetitiva, en cuyo caso se habla de disposición o
enrollamiento al azar.
28
 Las estructuras secundarias se pueden predecir por los ángulos de
enlace y el contenido de aminoácidos característico.
ángulos  (grados)

 -50⁰ y  -60⁰

ángulos  (grados)
Cada tipo de estructura Secundaria Probabilidades relativas de que un AA se halle
puede ser completamente descripta por en alguna de las estructuras secundarias.
los ángulos de enlace  y  . Algunos AA se adaptan mejor que otros a los
diferente tipos de estructuras secundarias. Por
ejemplo como se mencionó anteriormente, la
predisposición de Glicina y Prolina para
formar Giro β. 29
 Estructuras Terciaria y Cuaternaria de las Proteínas.

Estructura Terciaria: Arquitectura tridimensional de la proteína.

Estructura Cuaternaria: Se aplica a proteínas constituidas por dos o más cadenas
polipeptídicas y se refiere a la disposición espacial de esas cadenas y a los enlaces que
se establecen entre ellas.
Al considerar estos niveles superiores de estructura es útil clasificar a
las proteínas en dos grupos principales, fibrosas y globulares:
Proteínas fibrosas: presentan cadenas Proteínas globulares: presentan cadenas
polipeptídicas dispuestas en largas hebras u hojas y polipeptídicas plegadas en formas
constan mayoritariamente de un único tipo de globulares o esféricas y constan de varios
estructura secundaria. Las estructuras que dan tipos de estructura secundaria. La mayoría
soporte, forma y protección externa están de las enzimas y proteínas reguladoras son
constituidas por proteínas fibrosas. globulares.

Enzima RuBisCO (ribulosa-

Superhélice del 1,5-bisfosfato carboxilasa
colágeno oxigenasa) de cloroplastos
30
 Las proteínas fibrosas están adaptadas a una función estructural.

El Colágeno:
- Su estructura primaria es muy particular, con una elevada proporción de glicina y prolina.
- Debido a su alto contenido en prolina e hidroxiprolina no puede formar hélice α, en cambio
forma una hélice mas extendida y levógira con 3 residuos por vuelta (fig. a y b).
- Tres cadenas separadas están superenrolladas una alrededor de la otra, siendo este
enrollamiento supehelicoidal dextrógiro, es decir en sentido opuesto a las hélices levógiras
individuales (fig. c y d).

31
 Las proteínas fibrosas están adaptadas a una función estructural
Fig. A
α-queratina 1. Hélice α de queratina

Son proteínas que han evolucionado 2. Superenrollamiento

de dos cadenas
para soportar esfuerzos mecánicos.
En este caso la resistencia está 3. Protofilamento
amplificada por el enrollamiento en
superhélice, de un modo similar a
como cuerdas se enrollan para
4. Protofibrilla
formar una soga.
La α-queratina del cabello es una α hélice
alargado y pares de estas hélices se
Fig. B
enrollan por parejas en sentido levógiro, Sección transversal
formando superenrollamientos de cadenas. de un cabello
Estas a su vez forman estructuras de
Células
orden superior: protofilamentos y
Filamentos intermedios
protofibrillas.
4. Protofibrilla
Como muestra la figura B, un cabello es 3. Protofilamento
una matriz de muchos filamentos de a- 2. Superenrollamiento
queratina, compuestos de las de dos cadenas
1. Hélice α
subestructuras que se muestran en la
figura A. 32
 Las proteínas globulares tienen estructuras terciarias diversas.

Citocromo C, Lisozima y Ribonucleasa:

Las tres poseen secuencias de AA propias y estructuras tridimensionales

diferentes, lo que se refleja en diferencias en su función.

Citocromo C: Lisozima: Ribonucleasa:

Es un componente de cadena Enzima hidrolítica de Enzima hidrolítica de Ácidos
respiratoria de mitocondrias. polisacáridos bacterianos. ribonucleicos.
40 % de hélice α 40 % de hélice α, 12% hoja β 26 % de hélice α, 35% hoja β

33
Proteínas globulares y fibrosas. Estudios estructurales y
funcionales de la lisozima

34
 Fuerzas que estabilizan la estructura proteica.
Los enlaces responsables de la estructura terciaria de una proteína responden a la
naturaleza de las cadenas laterales de los aminoácidos de la propia molécula.

Puentes de hidrógeno: Se
forman entre el H de un
grupo R polar y el O ó N de
un segundo aminoácido con
grupo R polar. Por ejemplo,
entre el -OH de serina y
el -NH2 en el grupo R de
glutamina.
En cambio los Puentes
de hidrógeno que
estabilizan las
estructuras
secundarias, se dan
entre el hidrógeno
unido al nitrógeno de
un enlace peptídico y 35
el oxígeno carbonílico.
 Fuerzas que estabilizan la estructura proteica.
La disposición tridimensional adoptada por la molécula no es fortuita. Se mantiene gracias a
uniones e interacciones de las cadenas laterales de los AA, donde se incluyen interacciones
hidrofóbicas, electrostáticas, entre residuos polares, puentes de hidrógeno y disulfuro, entre otros.

A modo de ejemplo se puede citar:

puentes disulfuro

- Enlace (puentes) disulfuro cuando se

enfrentan los grupos sulfhidrilos de dos
residuos de cisteína.

- Formación de pares iónicos de cargas

opuestas en la mioglobina (por ejemplo,
Lisina 77 con Glutamato 18).

- Unión a iones metálicos. Por ejemplo un

motivo “dedo de cinc”, donde el átomo de
cinc (esfera plateada) esta coordinado por
dos residuos de cisteína (amarillo) y dos
residuos de histidina (azul). 36
 Las estructuras cuaternarias de las proteínas comprenden desde
dímeros sencillos hasta grandes complejos.
La estructura cuaternaria refiere a la disposición espacial de proteínas constituidas por
dos o más cadenas polipeptídicas. Las fuerzas responsables de mantener en posición a
las diferentes subunidades son puentes de hidrogeno, atracciones electrostáticas,
interacciones hidrofóbicas, puentes disulfuro, etc..

La Hemoglobina está constituida por cuatro

cadenas polipeptídicas.

El complejo enzimático Nitrogenasa, está

constituida por seis cadenas polipeptídicas

La enzima RuBisCO de las plantas (izquierda) con 16

subunidades y la de bacterias (derecha) con 2
subunidades.
37
 Repasando los Niveles de Organización Estructural de las Proteínas

Estructura Primaria: secuencia de aminoácidos de la proteína

Estructura Terciaria:
arquitectura tridimensional
de la proteína. Estructura Cuaternaria:
disposición espacial de
Estructura Secundaria: proteínas constituidas por dos
disposición espacial o más cadenas polipeptídicas.
regular y repetitiva.
38
 La pérdida de estructura conduce a la pérdida de función.

La pérdida de estructura tridimensional

suficiente para originar pérdida de la función se
denomina Desnaturalización. Estado nativo,
catalíticamente
La mayoría de las proteínas se pueden Activo.
desnaturalizar por acción del calor, pH,
Adición de urea
solventes como alcohol y acetona, solutos como la y mercapto-etanol
urea o detergentes, siempre y cuando no se
afecten las uniones peptídicas.
Estado desplegado;
En ciertas condiciones, algunas proteínas Inactivo.
globulares desnaturalizadas pueden recuperar su Enlaces disulfuro
estructura nativa y su actividad biológica, lo cual Reducidos.
se denomina renaturalización, tratándose por lo
tanto de una desnaturalización reversible. Eliminación de urea
y mercapto-etanol
El experimento de renaturalización de la Estado nativo,
RIBONUCLEASA demostró que la secuencia de catalíticamente
AA contiene toda la información necesaria Activo.
Enlaces disulfuro
para el plegamiento de la cadena en su
Reformados
estructura tridimensional (Est. Terciaria). Correctamente.
Sien embargo es frecuente que la Renaturalización de la
desnaturalización sea un proceso irreversible. RIBONUCLEASA desplegada
39
 Las proteínas se pueden separar y purificar
Los métodos clásicos de separación de proteínas
aprovechan propiedades que varían de una proteína a
otra. Entre ellos se pueden citar:
 Cromatografía de intercambio iónico: aprovecha las
diferencias en el signo y la magnitud de las cargas
eléctricas netas de las proteínas a un pH dado.
 Cromatografía de exclusión por tamaño: también llamado
filtración en gel, separa las proteínas de acuerdo a su
tamaño.
 Cromatografía de afinidad: separa las proteínas por sus
especificidades de unión.
 Electroforesis: Las proteínas se mueven en el gel cuando
se aplica un campo eléctrico.
40
Las proteínas se pueden separar y purificar. Cromatografía de intercambio iónico
Cromatografía de intercambio iónico: aprovecha las diferencias
en el signo y la magnitud de las cargas eléctricas netas de las
proteínas a un pH dado.
Carga positiva muy alta
Carga positiva alta
Carga negativa alta
Carga negativa muy alta

Partículas
poliméricas
con grupos
funcionales
cargados
negativamente

Las proteínas con carga positiva muy alta migran a

través de la matriz más lentamente que las que
tienen carga negativa muy alta, debido a que las
primeras se hallan retenidas por sus interacciones
con la fase estacionaria.

41
 Las proteínas se pueden separar y purificar. Cromatografía de exclusión por tamaño

Cromatografía de exclusión por tamaño:

también llamado filtración en gel, separa
las proteínas de acuerdo a su tamaño.

Partículas
poliméricas
porosas

Las moléculas de proteínas se separan por

tamaño, las moléculas de mayor tamaño pasan
más libremente apareciendo en las primeras
fracciones.

42
 Las proteínas se pueden separar y purificar. Cromatografía de afinidad

Cromatografía de afinidad: Proteínas

separa las proteínas por sus de interés

especificidades de unión.
Ligando

Proteínas Ligando

Proteínas
Las partículas de la de interés
columna tiene un unidas
grupo químico unido
covalentemente
llamado LIGANDO que
se une a la proteína

Si por ejemplo el ligando es ATP, Columna

las proteínas que se unen al ATP se Con ligando
específico
irán uniendo a la matriz. Finalmente
la proteína de interés se eluyen con
alta concentración de sal o ligando. Proteínas Proteínas eluídas
No deseadas con ligando
43
 Las proteínas se pueden separar y caracterizar por electroforesis
Electroforesis: Las proteínas se mueven en el
gel cuando se aplica un campo eléctrico.
patrones 1 2 3 4 5 6 7 8

muestras

Las proteínas se mueven en el gel de poliacrilamida cuando se aplica un campo

eléctrico. Por tratarse de una electroforesis no desnaturalizante o nativa, el gel de
poliacrilamida actúa como un tamiz molecular, retrasando la migración de proteínas
dependiendo de su forma, carga y masa. Las proteínas luego de la electroforesis se
pueden visualizar mediante el tratamiento del gel con una tinción como el azul de
Coomassie, que se une a las proteínas, pero no al gel. 1: Conjunto de proteínas
estándar, sirviendo como marcadores de peso molecular. 2, 3, 4: proteínas a partir
de células de E. coli. 5, 6, 7: muestran las proteínas presentes tras sucesivas etapas
de purificación. 8: La proteína purificada es una cadena polipeptídica (Mr ~ 38.000).
44
 Estimación del peso molecular de una proteína
Un método electroforético comúnmente utilizado para la estimación de la pureza y
la masa molecular es conocido como electroforesis desnaturalizante y emplea al
detergente dodecil sulfato sódico (SDS), el cual se une de manera proporcional a la
masa de la proteína (aproximadamente una molécula por cada dos residuos de aa),
incorporando una gran carga neta negativa. De este modo la electroforesis en
presencia de SDS separa las proteínas casi exclusivamente en función de la masa
(peso molecular), donde los péptidos pequeños se desplazarán mas rápidamente.
Proteínas Proteína
marcadoras desconocida
A A) La movilidad electroforética de una proteína en
un gel de poliacrilamida con SDS está relacionada
con su peso molecular.

B B) La representación gráfica
Proteína del log de la masa de las
Descono- proteínas marcadoras
cida frente al desplazamiento
relativo durante la
electroforesis es lineal, lo
Log M

cual permite estimar el peso

molecular de la proteína
desconocida.

Desplazamiento relativo 45
 Aspectos estructurales
Relación entre la estructura de una proteína y su función
Por qué tanto esfuerzo en determinar la estructura primaria de una proteína?
La función de una proteína depende de la secuencia de AA?
Algunas evidencias ayudan a sustanciar esa importante dependencia:
 Proteínas con funciones diferentes siempre tienen secuencias de AA diferentes.
 Si experimentalmente se altera la secuencia de AA, se observan cambios en la función proteica.
 Al comparar proteínas con funciones similares de diferentes especies se encuentra que estas proteínas
tienen en general secuencias de AA similares.

Péptido señal Expansina Celulosa

Trébol
Arabidopsis
Tomate
Arveja
Pepino Dominio Unión Dominio
A Celulosa Catalítico
Trébol
Arabidopsis
Tomate
Arveja
Pepino

Alineamiento de secuencias de aminoácidos de Hemicelulosa

expansinas de plantas. Giordano y Hirsch (2004).
Actividad de expansinas sobre la pared
celular vegetal.
46
 Aplicación en biotecnología
Gen (ADN) Est. Primaria Est. Secundaria Est. Terciaria Est. Cuaternaria
GENOTIPO
Agrobacterium Función Proteica
FENOTIPO

Transferencia del gen para la

enzima luciferasa de las
luciérnagas a plantas de
Gen de Interés tabaco.

Plantas transgénicas de
tomate resistentes a insectos.
La planta de la derecha
expresa el gen de una toxina
proteica.

47