Biotecnologia e Biosegurança

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Professor.: Demetrius Arçari e-mail.

Biotecnologia
e Biosegurança
AGM – Alimentos Geneticamente Modificados
OGM – Organismos Geneticamente Modificados

Bandagem Cromossômica
cDNA – DNA complementar é o DNA sintetizado a partir de uma molécula de
RNA mensageiro, cujos íntrons já foram removidos, ou seja, o mRNA já passou
pelo processo de splicing, sendo uma reação catalisada pela enzima
transcriptase reversa. Faz o RNA exon virar proteína - Introns proteção para
possíveis mutações virar DNA
 Biblioteca de Expressão – conjunto de materiais de expressão de
plasmídeos/bactérias/vírus/proteínas
 Blotting – transferência (analise de proteína)
 DNAse – Enzima que degrada o DNA
 DNA Recombinante – DNA que recebe uma nova recombinação genética
 Hibridização – mistura
 Transpossons – são genes que tem a capacidade de sair de um lugar e vai
para outro dentro do genoma
 Endonuclease – Degrada o DNA (enzima de restrição – tesoura molecular)

Epigenética
 Hot Spot – pontos quentes/pontos de maturação
 Fingerprinting de DNA – Impressão digital, modificação que sofremos nas
bases
 Gene Reporter – mostra alguma coisa
 Hibridização – Mistura
 K B – Mil pares de bases
 P B – Pares de Bases
DNA é dupla fita
 ORF (Open Reding Frame) Quadro Aberto de Leitura
Sequência de Proteção A+C
 Vetor de Expressão – Quem transfere o material genético
 RNAi – RNA de Interferência – RNA fita Simples
Biotecnologia
 Clássica ou tradicional
 Moderna

Processo de Weizmann
- Clostridium acetobutilycum
Butazol (composto de borracha sintética)

Química Tradicional – derivados petroquímicos


vias para produção de plásticos e Isopor
Biotecnologia – Transformação da Biomassa
celulose em papel

Biotecnologia é muito antigo, era usado para melhoramento em células,


tanto plantas como animais (clássica). Hoje é usada em manipulação
genética – genoma – (moderna).
A estrutura da dupla fita foi descoberta em 1953 sendo que o DNA mesmo
foi descoberto em 1860.

Chargaff
Pirimidina (C – T) Purina (A – G)

Exercícios:
1 - Se o conteúdo GC de uma molécula de DNA é de 56% quais as
porcentagens das 4 Bases de Nitrogênio?
R.: G=28% - C= 28% - A= 22% - T= 22%

2 – 15% Timina. Qual a Citosina?


R.: 15% T – 15% A – 35% C – 35% G

Nucleotídeos – É uma base nitrogenada + açúcar


Desoxirribose – Sem Oxigênio (DNA)
Ribose – Com oxigênio (RNA)
RNA – É dele que é fabricado a proteína (quem veio primeiro foi o RNA)
Do RNA tem a Tradução
Prime – É de DNA duas fita contínua tem de 20 a 30 pares de bases
Primeiras Enzimas Envolvidas
(Sistema de Replicação do DNA)

1 – DNA – Polimerase (estica a fita) responsável pela adição de aa


2 – Helicase – promove a abertura da hélice
3 – Topoisomerase – tira a tensão da dupla fita
4 – Primase – Inicia a replicação
5 – Telomerase – Atua nas partes do cromossomo

Extração e Purificação de ácidos nucleicos


- RNAse
- Inibidor de DNAse
Etapas Básicas
Lise das Membranas lipídicas (Rompimento da membrana, provocada por
uma solução detergente)

Purificação do DNA (Remoção dos componente celulares: proteínas,


organelas e restos celulares)

Precipitação do DNA (O DNA é solúvel em água, mas insolúvel em álcool)

Re hidratação do DNA (Com H2O serve para armazenar o DNA) (DNA -20ºC
RNA -70ºC)
- O DNA tem carga negativa e é polar mas insolúvel em álcool
- A proteína principal do DNA é a Histona
- Utiliza-se o Etanol para precipitar o DNA
- Quanto mais gelado o Etanol, menos solúvel

Quantificação do DNA (250 – 270nm)

A quantificação do DNA após a sua extração é importante para o aperfeiçoamento


da qualidade do produto de DNA resultante da PCR (Internacional Society for
Forensic Haemogenetics, 1992). O excesso de DNA em uma amostra de PCR poderá
saturar a reação, fazendo com que apareçam artefatos de técnica e amplificações
inespecíficas que podem dificultar a sua análise. Já o sua falta, poderá acarretar
na perda de um dos alelos, quando o indivíduo é heterozigoto, ou mesmo na não
amplificação dos mesmos (Butler, 2005).
A qualidade e quantidade de DNA devem ser examinadas após a
extração, além de verificar a possibilidade de degradação (JUNG et al,
1991; HOFF-OLSEN et al, 1999).

O DNA pode ser quantificado por espectrofotometria em


espectrofotômetro a 260 nm, sua pureza pela relação 260/280 nm e a sua
integridade pode ser avaliada em géis de agarose. No entanto, esses
métodos avaliam a quantidade geral de DNA, seja ele humano ou de outro
tipo.

- ABS – 260nm
- Densidade Óptica (OD)
37mg/ml fita simples
50mg/ml fita dupla
40mg/ml de DNA

A 280nm proteína + fenol


A 230nm resíduos de componentes orgânicos e sais 1,8 – 2,0

260nm é absorbância do DNA

Absorvância, também chamada de absorbância ou absorvência, é a capacidade


intrínseca dos materiais em absorver radiações em frequência específica.
Usualmente, tal propriedade é empregada na análise de soluções em química
analítica.

Concentração para Normalizar no PCR

Geis
Agar
Agarose Poliacrilamida
- Rodofíceas - Tóxica
- [ ] 5% a 25%
- [] Tamanho [] Tamanho
1,0% 0,5 – 10kb 3,5% 100 – 1000
1,2% 0,4 - 6kb 5,0% 80 - 500
1,5% 0,2 - 3kb 12,0% 40 - 200
2,0% 0,1 - 2kb 20,0% 1 - 100
Marcador de Migração
- densidade da amostra e adiciona cor
E.: Glicerol, Blue juice, azul de bromofenol

Ladder
- marcador de peso molecular
- Vários fragmentos de DNA de tamanho conhecido

Visualização
- Brometo de Etídio (EtBr)
- Nitrato de Prata

Transcrição e Tradução
Estágio de Transcrição
- Início
- Alongamento
- Término
Transcrição
- Região Promotora
- 5`---------- 3`
- Fator α

Região não Transcrita


(UTR = Região que não é transcrita)

Enzimas
- Sítio Ativo (região da enzima que identifica o substrato)
- Grupo Prostético
- Sítio Catalítico

Histórico
- Fermentação

Reações Químicas

Enzima Etapa complexo enzimático Etapa Enzima


+ de
Substrato Ligação substrato catalítica Produto

 Sacarose + Sacarase Glicose + Frutose


Co–Fatores
Co-Fator pode ser íons metálicos ou moléculas inorgânicas complexas
chamadas coenzimas
- Íon metálico é o cofator inorgânico

Cinética Enzimática
A cinética enzimática estuda as reações químicas catalisadas pelas
enzimas, em especial a velocidade de reação. O estudo da cinética de
uma enzima permite elucidar os pormenores do seu mecanismo
catalítico, o seu papel no metabolismo, como é controlada a sua
atividade na célula e como pode ser inibida a sua atividade por drogas ou
venenos, ou potenciada por outro tipo de moléculas.

Enzima de Restrição
Tesouras Moleculares
Exercício:
Considere o corte do plasmídeo pBluescript II SK, com as enzimas
abaixo, de o tamanho dos fragmentos esperados:
a) Corte com Pvul
b) Corte com Kpnl
c) Corte com Kpnl e Pvul

a) Corte com Pvul


2961 – 2416 = 545 + 500 = 1045 pb
1916 pb
b) 2961
c) 1045 – 157 – 1759
Enzimas do Sabão em pó
Protease / Lipase

Laboratório

 Solução
3 colheres p/100ml
Sabão
 Copos: 1,2,3,4
 Colocar mesma quantidade

Lipase
50ml creme de leite
50ml produto
- Indicador (3 gotas)
Fenolftaleina
Rosa pH >10
Incolor pH<8,2

Enzimas Nomes Características Ação


Comerciais específica
Protease Alcalase Hidrolisa as proteínas Mancha de:
Ligação peptídica leite, ovo, soja,
massas, sangue,
tomate,
transpiração
Maxatalase
Everlase
Esperase
Savinase
Ovozyme
Enzimas Nomes Características Ação
Comerciais específica
Amilase Duramyl Hidrolisa as Ligação Mancha de:
glicosídicas do amido cereais,
papinha, purê,
chocolate,
molho
Ternamyl
maxamyl

Enzimas Nomes Características Ação


Comerciais específica
Lipase Lipolase Hidrolise de lipídeos Mancha de:
liberando ácidos graxos, cosméticos,
que em pH alcalino azeite, manteiga
formam carboxilato
solúveis em H2O
Ternamyl
Lupomax

Enzimas Nomes Características Ação


Comerciais específica
Celulase Carezyme Exo e endoceluloses que Eliminam
quebram as ligações bolinhas de
glicosídicas da celulose celulose, realça
cores
Endolase
Identificar produtos enzimáticos dos diferentes sabões utilizados para lavagem
de roupas e obter conhecimento sobre diferentes processos enzimáticos

Lipase
Fazer escala de graduação
+ rosa + alcalino
+ claro – alcalino
Qual tem a > Lipase
O + claro

Protease
Fazer escala de graduação
+ protease + líquido
AULA PRÁTICA

Simulando um teste de Paternidade


OBJETIVO
Simular um teste de paternidade recorrendo as ferramentas de bioinformática
disponíveis.

PROCEDIMENTO
Abaixo são representadas sequencias de DNA que representam segmentos de quatro
pessoas (Um possível Pai (P1), outro possível Pai (P2), Filho (F) e a Mãe (M). Cada um
deles com um par de alelos cromossômicos homólogos (A e A’).

Tabela I
Sequências dos participantes no caso de paternidade
Indivíd Alel Taman
Sequência
uo o ho
atgcagcgcgtgaacatgatcatggcagaatcaccaggcctcatcaccatctgccttttaggatatctactcagtgc
tgaatttacagtttttcttgatcatgaaaacgccaacaatattctgaatcggccaaagaggtataattcaggtaaggt
A ggaagagtttgttcaagggaaccttgagagagaatttatggaagaaaagtgtagttttgaagaagcacgagaagtttt (322 bp)
tgaaaacactgaaagaacaactgaattttggaagcagtatgttgatggagatcagtgtgagtccaatccatgtttaaa
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P1
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tgaatgtacagtttttcttgatcatgaaaacgccaacaactgaatcggccaaagaggtataattcaggtaaatt
A' ggaagagtttgttcaagggaaccttgagagagaatgtatggaagaaattagtgtagttttgaagaagcacgagaagtt (322 bp)
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tggcggcagttgcaacg
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P2
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A' gggatcgaggtatgattcag (322 bp)
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F
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A' (342 bp)
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A (342 bp)
aatttaaattgaagagtttgttcaagggaaccttgagagagaatgtatggaagaaaagtgtagttttgaagaagcacg
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M atgcagcgcgtgaacatgatcatggcagaatcaccaggcctcatcaccatctgccttttaggatatctactcagtgc
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A' attaacttaaattgaagagtttgttcaagggaaccttgagagagaatgtatggaagaaaagtgtagttttgaagaagc (342 bp)
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ttgcaaggatg

1- Deve-se cortar a sequencia com uma enzima de restrição específica, neste caso
usaremos a Sse9I .
Para saber mais acesse: http://thelabrat.com/restriction/Sse9I.shtml

2- Acesse o programa Webcutter - http://bio.lundberg.gu.se/cutter2/

3- Selecione a sequencia de nucleotídeos na tabela I acima e cole no webcutter.


4- Selecione a enzima (Sse9I) no webcutter - IMPORTANTE MARQUE AS OPÇÕES!!!!

5- Anote os resultados após analyze sequence na tabela II


Tabela II

Individuo alelo No de Local de corte Tamanho dos


cortes fragmentos
P1 A 4 79 141 187 62 46 69 66
256

A’ 3 137 147 196 10 49 126

P2 A 4 52 188 276 136 88 17 29


293

A’ 4 52 121 261 69 140 51 10


312

F A 6 116 141 151 25 10 11 10 104


162 172 276 46

A’ 6 98 121 162 166 23 41 4 6 104 66


172 276

M A 6 98 121 162 166 23 41 4 6 104 66


172 276

A’ 4 98 121 162 172 23 41 10 170

6- Faça o calculo do tamanho dos fragmentos (pb) e inclua na tabela II


Ex: 141-79 = 62pb ou 187-141 = 46pb

7- Repita o mesmo procedimento para todas as sequencias

8 – Agora vamos simular uma eletroforese


Organize os fragmentos por ordem de tamanho e complete a tabela III abaixo.
Asdsw3eTabela III
ELETROFORESE

Tamanho
P1 P2 F M
(pb)
180

170 X

160

150

140 X

130

120

110

XX X
100

90
X

80

70
X X
X X X

X
60

X
50
X
X X

X XX
40

30
X
X
X XX

20
X
X
10 X X XX X

X X
X X
2

- Agora responda: QUEM É O PROVÁVEL PAI DA CRIANÇA?


R.: P1

PCR
Polimerase Chain Reaction

• fazer cópias de DNA “in vitro”, usando os elementos básicos


do processo de replicação natural do DNA

Variações RT – PCR
(Reverse Transcriptse Chain Reaction)
Transcrição Reversa e cDNA (DNA complementar)
Multiplex PCR
PCR competitivo
PCR em Tempo Real

Desnaturação e Renaturação
As fitas da molécula de DNA (dupla hélice) podem ser separadas. Esse
processo é denominado desnaturação.
A renaturação ocorre quando se volta às condições físico químicas
iniciais.

As duas fitas da dupla hélice podem ser reversivelmente separadas


quando as PONTES DE HIDROGÊNIO são rompidas:

Com: Aumento de temperatura ou Extremos de pH (usamos pH alcalino


para separar as fitas)
3 Etapas Principais

1ª Etapa
DESNATURAÇÃO
O pareamento A-T tem 2 pontes de hidrogênio
O pareamento G-C tem 3 pontes de hidrogênio
2ª Etapa
Anelamento

3ª Etapa
Extensão

Sequenciamento de DNA
Introdução
O sequenciamento de DNA é um processo que determina a ordem dos
nucleotídeos em uma amostra.

O processo é realizado a partir de uma cadeia simples (não dupla) do DNA a


ser sequenciado
Essa servirá de molde para gerar a outra metade complementar da dupla
hélice.
Desnaturação prévia - NaoH

Término da Cadeia

Método Sanger (1977)


para a sequência no 3`

Pré-requisitos: DNA Polimerase, Iniciador (Prime), dNTPs (susbstrato), ddNTP


(análogos dos dNTPs)
Fato importante no processo é que ele é executado em quatro reações
separadas, cada uma delas, contendo adicionalmente Pequena quantidade de
um (e apenas um) dos 4 tipos de cada dNTP sob a forma de análogo -ddNTPs
Sequenciamento Automático
I+
Gene I
+ Normal
- Não se liga
Ib Repressora sem afinidade pelo Indutor
I+/I- I+ Dominante
Is/I- ou x Is Dominante
* Nucleotídios marcados com Fluorecência

Operador Constituído (Oc) (CIS)


Proteína não se liga
0/0
+
diminui +, não broqueia

Biotecnologia e Saúde
Vacinas
1ª Geração
- Patógenos Vivos atenuados
- Patógenos Mortos
- Temperatura, pressão, pH
- Imuno deprimido Ativar

2ª Geração
- Modificação do Genoma (deletar gene)
Deleção de genes)
Ex.: Hepatite B
Vacinas recombinantes (proteína de membrana)

Levedura Levedura Vacina


Transformada

- Vacinas Conjugadas
MO Pneumococos
Meningococos
- Polissacarídeos
Sistema Imune

Polisacarídeos + Toxoides
Resposta Imune

Sistema ABO

 SORO (Anticorpo pronto)


 VACINA (Fazer Anticorpo (estimula o sistema imune))

Sistema ABO
Vacinas Vetorizadas
- Gene Codificador de Antígeno

Vírus ou Bactéria

Hospedeiro

Resposta Imune
* Vetor não se Multiplica
3ª Geração
- DNA nu
- Vetor - Antígeno musculatura células dendriticas
Riscos: sistema órgão
Câncer Imune Linfócitos

Produção de Anti-Corpos
- Sensibilidade
Especificidades
Linfócitos B Epítopo (Proteína de Superfície)
AC Policlonal Ag. Vários epitopo
AC Monoclonal Ag. Um único epitopo

Tecnologia de Hibridomas
Linfócito B + Mielona (Câncer na medula)

AC Monoclonal
+
Multiplicação

Imunuenzimático

Anti-corpos = Imunoglobulina
Ligado não ligado
Imunofluorecência

Direta:

Indireta: (para ser mais específico)

Elisa – (Enzime Linked Immuno Sorbert Assay)


- Direta / Quantifica AC e AG * Quantificar por espectofotometro

Carga
Viral
Polimorfismo de Sequência de DNA
Alelos Múltiplos em um lócus gênico
Frequência 1% da população
Variabilidade
Mapeamento Gênico
DNA fingerprint

SNP - Single Nucleotide Polymorphism


(Polimorfismo de Nucleotídio Único)

Polimorfismo de Sítios de Tamanho


de Fragmento de Restrição (RFLP)
Por RFLP entende-se o polimorfismo no comprimento de fragmentos obtidos
por corte da fita dupla de DNA, que é evidenciado pela fragmentação do DNA
através do uso de enzimas de restrição.
- SNP enzima de restrição
- Marcador Gênico

Polimorfismo Minissatélite (VNTR – Variable Number of Tanden Repeats)


 Repetição em Tanden – Herdada

 10 a 100 pares de base


 Enzimas de Restrição (dois lados)
Estas enzimas são endonucleases, ou seja, no interior das moléculas de DNA,
cortando-as em locais bem definidos.
São enzimas produzidas normalmente por bactérias e que possuem a
propriedade de defendê-las de vírus invasores. Essas substâncias “picotam” a
molécula de DNA sempre em determinados pontos, levando a produção de
fragmentos contendo pontas adesivas, que podem se ligar a outras pontas de
moléculas de DNA que tenham sido cortadas com a mesma enzima. Em
Engenharia Genética, a obtenção dos fragmentos de DNA serve para criar, in
vitro (em tubo de ensaio ou no laboratório), novas moléculas, recortando e
colando vários pedaços de informações.
Polimorfismo de Microssatélites (STR - Short Tandem Repeats)
Microssatélites são unidades de repetição de pares de bases do DNA (AT, GC),
que são utilizados como marcador genético em estudos de parentesco, as
migrações humanas e de origem humana. Os microssatélites apresentam
taxas mais altas de mutação genética em relação a outras partes do DNA e,
portanto, perfeito para estudar ancestralidade humana. Eles são basicamente
locos polimórficos presentes no DNA nuclear e DNA organela que consistem
em unidades repetitivas 1-4 pares de bases de comprimento.
 Repetição menores que 10pb
 PCR Amplifica
 Não usa enzima de restrição
 Vantagens pouco material inicial
 Sangue, sêmen, bulbo capilar
 Avaliação em número maior de locus
 16 locus

Epigenética (Alteração Gênica)


- Mudanças reversíveis e herdáveis, no genoma funcional que não alteram
sequência de nucleotídeos de DNA.
3 mecanismos : Metilação do DNA (modificação química do ADN)
formam Ilhas CpG no genoma
Modificações de Histonas (principais proteínas que
compõe o nucreossomo formadas por aa)
Ação de RNAs não codificadores

Metilação de DNA: regiões ricas em bases CG (pontos específicos, ilhas CpG)


Enzima metilase enriquece

Metilação - (juntar, excitar histonas) Inativa

Acetilação (aumentar – Abrir histonas) Ativa

Desacetilação / Desmetilase
- H3 Lisina Metila / Acetila
- H4 Lisina Acetila
Arginina Metila
Tipos de Biotecnologia

 Biotecnologia Vermelha – (Cuidados com Saúde)

 Biotecnologia Verde – (Agroalimentar)

 Biotecnologia Branca – (Industrial)

 Biotecnologia Azul – (Oceanos e Marinhos)

 Biotecnologia Cinza – (Saneamento do Solo)


BIOSSEGURANÇA

Década de 70 California
Prática preventiva com trabalho com agentes
patógenos para o homem

Químico
Década de 80 Riscos Periféricos Físico
Mecânico
Ergonômico

Ergonomia – É o conjunto de
medidas que visam prevenir,
minimizar ou neutralizar os
riscos inerentes ao trabalho que
possam comprometer a saúde
do homem, animais e meio
ambiente.

Contenção de Biossegurança
exposição da equipe

Contenção Primária
Práticas e técnicas laboratoriais EPI / EPC – (Equipamento de
Proteção Individual e Equipamento de Proteção Coletiva)

Contenção Secundária
Projeto e Construção das Instalações

Nível de Biossegurança
Patogenicidade
 Virulência
 Via de Transmissão
Profilaxia e Tratamento

NB1 – Não causam doenças ao homem e que não constituem risco para o Meio
Ambiente. Baixo risco industrial / coletivo

NB2 – Doença humana (baixo risco para profissionais de laboratório)


Ex.: Schistosoma mansoni

NB3 – Risco se disseminado na comunidade. Risco individual elevado e risco


coletivo moderado. (Enfermidade grave em profissionais de laboratório)

NB4 – Graves doenças no homem (alta virulidade e alta patologia)

Sinalização de Segurança

- Vermelho: Proteção a Combate de Incêndio


- Amarelo: Canalização Gases não Liquefeitos
- Branco: Circulação
- Preto: Canalização de Inflamáveis e Combustíveis Viscosos
- Azul: Ar Comprimido
- Verde: H2O, chuveiro, armário EPI
- Laranja: Canalização ácidos, partes moles de máquinas
- Cinza: Elétricos
- Lilás: Alcalis
- Roxo: Radiações
- Marrom: Critério da Empresa

Cabines classe I, II e III


CIPA – Comissão Interna de Prevenção de Acidentes

Verde – Risco Físico

Vermelho – Risco Químico

Marrom – Risco Biológico

Amarelo – Risco Ergonômico

Azul – Risco Mecânico Acidental

Cor de
Grupo Riscos Descrição
Identificação

Ruído, calor, frio, pressões, umidade, radiações


1 Físicos Verde
ionizantes e não ionizantes e vibrações.

Poeiras, fumo, gases, vapores, névoas, neblinas e


2 Químicos Vermelho substâncias compostas ou produtos químicos em
geral.

Fungos, vírus, parasitas, bactérias, protozoários e


3 Biológicos Marrom
bacilos.

Esforço físico intenso, levantamento e transporte


manual de peso, exigência de postura inadequada,
controle rígido de produtividade, imposição de ritmos
4 Ergonômicos Amarelo excessivos, trabalho em turno e noturno, jornadas de
trabalho prolongadas, monotonia e repetitividade e
outras situações causadoras de stress físico e/ou
psíquico.

Arranjo físico inadequado, iluminação inadequada,


probabilidade de incêndio e explosão, eletricidade,
5 Acidentes Azul máquinas e equipamentos sem proteção,
armazenamento inadequado, quedas e animais
peçonhentos.

Norma Regulamentadora – NR5 (Ministério do Trabalho e Emprego)

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