L’origine de la vie et les

métalloenzymes à fer-soufre

Juan C. FONTECILLA-CAMPS  

   Institut de Biologie Structurale

Laboratoire de Cristallographie et Cristallogenèse
de Protéines, CEA, CNRS, Université J. Fourier

Collège de France, 26 Mai 2010

 La terre avant la vie: L’ atmosphère primitive
contenait de la vapeur d’eau et une variété de composés
chimiques émis par des éruptions volcaniques.
 La  cellule  

Catalyse (enzymes et ribozymes)

Réplication et
h"p://en.wikipedia.org/wiki/Catalysis  
Métabolisme:
transmission
Anabolisme de
et l’information
Catabolisme génétique.
La  cellule   La cellule est un système
ouvert qui a besoin d’énergie
sous deux formes très
différentes:

-Rapide et instable, de l’
obtenu grâce aux gradients
de protons (H+)
et
-Emmagasinée et stable,
grâce à la synthèse, par des
électrons à très bas
potentiel, de composés tels
que des sucres et des lipides.
D’où proviennent à l’origine ces électrons à très bas
potentiel nécessaires à la vie?

-Soit de l’oxydation de composés chimiques

inorganiques (chimiolithotrophie)
-Soit de la photosynthèse (photolithotrophie):
Chloroplastes et cyanobactéries
La lumière solaire excite des
électrons qui acquièrent
des potentiels très
négatifs.

Photosynthèse oxygénique  

http://library.thinkquest.org/C004535/media/photosystem.gif
Aujourd’hui la photosynthèse a lieu surtout à la surface des
océans et dans des grandes fôrets

hν

hν

L’évolu=on  de  la  photosynthèse:  
quand  a-­‐t-­‐elle  apparu  sur  terre?  

Selon  les  es=ma=ons  actuelles:  

Il  y  a  env.  3  milliards  d’années!  

                                          Early  life  on  Earth  
Evidence de l’activité photosynthétique: Stromatolithes
La photosynthèse oxygénique et la “contingence” biologique

méthanogènes  

Le  Monde     < Ni, le “GOE”

Anoxique  
La photosynthèse a d’abord évolué comme
un processus anoxygénique (sans
production d’oxygène) chez des bactéries
qui étaient proches des bactéries vertes
sulfureuses actuelles:

CO2 + 2H2S + hν = (CH2O) + 2S° + H2O

Bactéries vertes sulfureuses

Ce type de photosynthèse impliquait un seul
photosystème protéique (le PS I ou P700)

Bactéries vertes sulfureuses

Bactéries pourpres
sulfureuses (photosytème II)
 Photosystème I (P700)

Membrane  

Plusieurs cofacteurs;
une protéine déjà très complexe ??
 La Photosynthèse Anoxygénique (PSI)

sucres

Lumière

CO2 + 2H2S + hν = (CH2O) + 2S° + H2O

La Photosynthèse par des Cyanobactéries et par Sucres, graisses,
protéines, etc.
des Chloroplastes fait appel aux deux types de PS.  

Lumière

Lumière

Un évènement majeur
Pour résumer:

Photosynthèse oxygénique:

6CO2 + 6H2O + hν = C6H12O6 + 6O2  

Chez les hétérotrophes aérobies et les

plantes la réaction opposée libère l’énergie
emmagasinée:

Respiration (combustion ménagée):

C6H12O6 + 6O2 = 6CO2 + 6H2O + énergie  

Pour la respiration anaérobie, des composés inorganiques, tels
que les ions nitrates (NO3-) ou les ions sulfates (SO42-), jouent
le rôle d’accepteurs finaux d’électrons mais ils ne sont pas
aussi efficaces que l’oxygène.

Pour la fermentation, une réaction encore moins efficace, ce

sont des composés organiques qui jouent ce rôle.
Un aspect très important concernant
l’efficacité de la respiration en général
est la nature de l’accepteur final
d’électrons.

L’oxygène, étant un accepteur à potentiel

beaucoup plus positif que le nitrate ou le
sulfate, capte des électrons déjà drainés
d’une très grande partie de leur énergie
initiale. C’est l’avantage de la
respiration aérobie.
Le  Monde    
Anoxique  
 Hétérotrophie (1)
ou
Autotrophie (2)?

Ou, quelle était la source

d’électrons à bas potentiel pour le
progenote (l’ancêtre  commun  
hypothé=que  de  tous  les  êtres  vivants)  
avant  la  photosynthèse?
 1. Soupe Primordiale (hétérotrophie?):
Synthèse de Composés Organiques sur la Terre Primitive
• (La Terre s’est formée il y a env. 4.6 milliards d’années).

Météorite  “Murchison”  
C’est une expérience classique en biologie
moléculaire: le test de Miller & Urey, qui
postulent que les conditions sur la terre
primitive étaient suffisantes pour la
formation d’acides aminés.

Les proportions des acides aminés trouvées

dans la météorite Murchison sont semblables
à celles proposées dans le modèle de Miller-
Urey.
 Soupe Primordiale:
Ce modèle pose des problèmes tels que la
dilution et la synthèse de molécules
organiques et leur décomposition par l’eau.  
 • Solution: Protobionts pourraient s’être formés
spontanément à partir de composés organiques
produits de façon abiotique Glucose-­‐phosphate  
20  µm  

Glucose-­‐phosphate  

Phosphorylase  

Amidon  

Amylase  
Phosphate  
Maltose  

Maltose  

             Métabolisme
Simple: des enzymes captées
(a) Reproduction simple à partir de la solution par l’auto-assemblage de
(liposomes). liposomes peuvent catalyser des réactions
métaboliques simples et exporter leurs produits
.
 2. La Vie Primordiale (autotrophe) à
l’intérieur des « bulles » de FeS et/ou
sur des Surfaces Minérales (?)
Pas de problèmes avec la décomposition par
l’eau et/ou la dilution
Martin & Russel

(M.  Russel)  
 2. La Vie Primordiale (autotrophe) à
l’intérieur des « bulles » de FeS et/ou
sur des Surfaces Minérales (?)
Pas de problèmes avec la décomposition par
l’eau et/ou la dilution
PYRITE (FeS2) et
Le Métabolisme sur une
Surface Minérale.
 La Structure de l’Interface Solide-Liquide

Sposito  G.  et.al.  PNAS  1999;96:3358-­‐3364  

Une interface de 100 µm d’épaisseur entre la surface de la pyrite et le milieu

©1999  by  The  Na=onal  Academy  of  Sciences  

liquide contient deux composants:

- La couche diffuse ou extérieure et
- La couche de Stern où l’eau perd sa fluidité et maintient des molécules
organiques adsorbées dans un microenvironnement quasi immobile.
Wächtershäuser favorise un métabolisme à
deux dimensions sur une surface de pyrite
(FeS2), en présence de FeS et de NiS
catalytiques.
Il a aussi proposé que le CO2 pourrait être
fixé dans des milieux pré-biotiques par l’H2
produit par la réaction exergonique :
FeS + H2S = FeS2 + H2 (ΔG = -38.4 kJ/mol)

(Néanmoins, la réduction du CO2 par l’H2 n’est pas

favorable thermodynamiquement).
Le transfert d’électrons de la pyrite
vers des accepteurs compatibles est
accéléré par des groupements
adsorbés tels que :

Oxo (-O-), cyano (-CN-) or carbonyl

(-CO-)
 Y a-t-il des exemples
d’interactions entre la pyrite
et des molécules biologiques
dans la nature ?
 OUI!
Thiobacillus ferrooxidans PYRITE (FeS2)
 Thiobacillus ferrooxidans

Rusticyanine

S-­‐S   Fe   Fe   S-­‐S   S-­‐S   Fe  

PYRITE (FeS2)
 Rusticyanine
X  
(Thiobacillus ferrooxidans))

X
Site de Fixation
du Cuivre
L’adhésion de la bactérie Thiobacillus ferrooxidans à
la pyrite est effectuée par la forme non-métallée de
la rusticyanine((apoRus), protéine à cuivre.

Cette protéine est un récepteur spécifique pour

l’adhésion bactérienne en fixant le fer à la surface
du cristal de pyrite (qui est un semi-conducteur).

Cette fixation, réduit la différence en énergie entre

la bande de conduction et la bande de valence sur la
surface minérale, permettant le transfert
d’électrons de la pyrite vers les transporteurs
d’électrons de T. ferrooxidans.  
La PYRITE est un SEMI-CONDUCTEUR
Surface  

D’où provient les électrons?

:
Cette observation est importante parce qu’elle
montre qu’il est possible d’extraire des électrons de
bas potentiel de la pyrite en interaction avec des
molécules organiques telles que les protéines.
 

D’où provient les électrons?

Réduction du CO2 en formiate sous haute pression de CO2, à
température ambiante et à un potentiel d’env. – 1.0 V avec
une électrode de pyrite.

Ces potentiels sont observés naturellement avec des

mélanges de sulfures métalliques en contact avec des
solutions hydrothermales, à travers la formation de paires
galvaniques.

Gas  
Standard electrode potential of metals
Standard  poten=al  at  25oC  
Un exemple de paire galvanique
System Potential in V
Noble end Au / Au3+ +1.5
Increasing propensity to dissolve Ag / Ag+ +0.80
Cu / Cu2+ +0.34
H2 / H+ 0.0
Pb / Pb2+ -0.13
Ni / Ni2+ -0.25
Fe / Fe2+ -0.44
Cr / Cr3+ -0.74
Zn / Zn2+ -0.76
Al / Al3+ - 1.66
Active end Li / Li+ -3.05
 Pile Galvanique
e-

Anode   Cathode  
Zn   Cu  
(-­‐0.76)   (+0.34)  

ou
2H+ + 2e- → H2
Zn → Zn2+ + 2e- Cu2+ + 2e- → Cu ou
Oxidation Réduction O2 + 2H2O + 4e- → 4OH-

Les Paires Galvaniques existent dans la Nature, notamment dans les Mines
(Corrosion).
Une Paire Galvanique Typique est FeS2 (+ 0.54 V) et PbS (+0.12V)  

Où pourrait-on trouver des conditions semblables?

L’arbre  de  la  Vie   LUCA
Fumeur Noir
Fumeurs Noirs:

Dépôts de pyrite et
hautes températures
couplés aux émissions
de gaz tels que
l’hydrogène, le
monoxyde de carbone
et l’H2S
 Est-ce que la nature des
enzymes contemporaines qui
catalysent des réactions avec
ces gaz peut nous aider à
comprendre l’origine de la
vie ?  
Le  Monde     < Ni, le “GOE”
Anoxique  
 Les protéines qui catalysent des réactions « primordiales»
avec le N2, le H2 et le CO/CO2 sont sensibles à l’oxygène.
Nitrogènase:
[FeFe]-hydrogénase:

[NiFe]-hydrogénase:
CO deshydrogenase:

CO/CO2

[FeMo]-nitrogenase:
S1

X

Acetyl-CoA syntéthase:

Gly596
Cys595

Cys509

β

Cys597

α

CH3+

Cys528

α3

β

α2

α1

[FeMo]-nitrogenase"
 Les protéines qui catalysent des réactions « primordiales»
avec le N2, le H2 et le CO/CO2 contiennent des centres
FeS .
Nitrogènase:
[FeFe]-hydrogénase:

[NiFe]-hydrogénase:
CO deshydrogenase:

CO/CO2

[FeMo]-nitrogenase:
S1

X

Acetyl-CoA syntéthase:

Gly596
Cys595

Cys509

β

Cys597

α

CH3+

Cys528

α3

β

α2

α1

[FeMo]-nitrogenase"
Nitrogénase:

N2 + 8H+ + 8e- + 16ATP = 2NH3 + H2 + 16ADP + 16Pi

α3

α2

α1

[FeMo]-nitrogenase"
Hydrogénases:

H2 = 2 H+ + 2e-
CO-deshydrogénase:

CO2 + 2e- + 2H+ = CO + H2O

Acétyl-Coenzyme A synthétase:

CH3-Co3+FeSP + S-CoA + CO = CH3(CO)-SCoA + Co+FeSP

Fumeur Noir
Métalloenzymes à FeS:

Evolution à partir de surfaces

minérales
ou
évolution convergente?

Le problème est la
complexité des protéines
 Et le « Monde de l’Acide
RiboNucléique (ARN) » dans tout ça?  

www.chem.ucsb.edu/~molvisual/rna_biochem.htm

RIBOZYMES: Il n’y pas d’ions métalliques impliqués dans leurs mécanismes

catalytiques