Cours de Biochimie Microbienne PR RIBA - 121110
Cours de Biochimie Microbienne PR RIBA - 121110
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BIOCHIMIE MICROBIENNE
PLAN DU COURS
INTRODUCTION
Energie, anabolisme, catabolisme
I. NUTRITION MICROBIENNE
- Source d'énergie et types trophiques
- Accepteur final d'électrons et types de respiratoire
II. CATABOLISME DES GLUCIDES
- La glycolyse ou voie d'Embden-Meyer hoff.
- Les alternatives de la glycolyse
- Le métabolisme anaérobie du pyruvate
- Le cycle tricarboxylique de Krebs
- Le shunt glyoxylique
III: CATABOLISME DES AUTRES COMPOSES ORGANIQUES
- Les lipides
- Les protéines
- Les composés mono carbonés Ethanol et glycérol
IV. ANABOLISME : PRODUCTION DE BIOMASSE ET DE METABOLITES
V. IMPORTANCE DES VOIES METABOLIQUE CHEZ LES MICROORGANISMES
- Le catabolise des glucides chez les levures (anaérobies et aérobie, application)
Catabolisme des glucides:
- Chez les bactéries lactiques, applications
- Chez les clostridies (fermentations butyriques)
- Chez les bactéries propioniques
INTRODUCTION
Dans ce cours, nous aborderons trois domaines de la biochimie microbienne:
1. La nutrition et la croissance microbienne.
2. Les voies métaboliques centrales et les voies alternatives
3. La biosynthèse des éléments constitutifs des macromolécules.
Les microorganismes sont capables d’effectuer une grande diversité de réactions biochimiques se traduisant
par la production de biomasse et par la dégradation, la transformation et/ou la production de substances
organiques ou minérales. Pour leur vie (entretien = maintenance), pour leur développement (croissance =
multiplication), et pour l’expression de leurs propriétés (mobilité, sporulation, etc.), les microorganismes ont
besoin d’énergie et d’éléments nutritifs. L’énergie nécessaire est tirée du milieu (de culture ou naturel),
directement sous forme d’énergie lumineuse ou indirectement sous forme d’énergie chimique (par oxydation
de substances organiques ou minérales).
Le métabolisme est l’ensemble des réactions par lesquelles la cellule décompose ou biosynthétise divers
métabolites qui ont lieu dans une cellule. Ses rôles sont :
Production d’énergie (biosynthèses, locomotion, etc)
Biosynthèse (survie, croissance, réparation, etc) ;
Pour se développer, les cellules doivent incorporer les nutriments de leur environnement, les transformer en
molécules précurseurs, puis les utiliser pour se reproduire.
Le catabolisme est l’ensemble des réactions permettant la production d’énergie biologiquement utilisable et la
production de métabolites de base (métabolites primaires) à partir de substrats organiques ou de réserves
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cellulaires. Pendant le catabolisme, les nutriments sont canalisés dans quelques voies communes pour une
utilisation plus efficace des enzymes.
Les réactions du catabolisme sont des oxydations (ou des déshydrogénations) et elles
sont thermodynamiquement favorables, c'est-à-dire qu'elles sont exergoniques.
L’anabolisme est l’ensemble de réactions de biosynthèse à partir de métabolites de base issus du catabolisme
et d’éléments du milieu. Les réactions de l'anabolisme sont des réductions et ne sont pas spontanées, ce sont
des réactions endergoniques c'est-à-dire qu'elles nécessitent un apport en énergie pour avoir lieu.
Le cycle de l'acide tricarboxylique est la voie finale de l'oxydation aérobie des nutriments au CO2.
La voie la plus importante de synthèse d’ATP est la phosphorylation oxydative. Les voies cataboliques du
métabolisme génèrent des cofacteurs réduits (NADH, QH2). Les électrons seront ensuite transportés jusqu’à
l’oxygène. Ce processus fortement exergonique est catalysé par la chaîne respiratoire et utilisé indirectement
pour la synthèse d’ATP.
Une grande variété d'accepteurs d'électrons peut être utilisée dans le catabolisme: molécules organiques
endogènes (fermentation), O2 (respiration aérobie) et molécules exogènes inorganiques et organiques
oxydées autres que l'O2 (respiration anaérobie).
I. NUTRITION MICROBIENNE
1. Besoin nutritif
Carbone, azote et autres macronutriments
Toutes les cellules microbiennes nécessitent du carbone et de l'azote en grandes quantités, et la plupart des
procaryotes ont besoin de composés organiques comme source de carbone. Celui-ci provient surtout de la
décomposition des substances complexes ou par absorption de leurs constituants simples (monomères): les
acides aminés, les acides gras, les acides organiques, les sucres, les bases azotées, composés aromatiques et
autres composés organiques. Quelques micro-organismes sont autotrophes et peuvent synthétiser leurs
propres composés organiques à partir du CO2. La majeure partie de l'azote disponible dans la nature est sous
forme d'ammoniac (NH3), de nitrate (NO3-) ou d'azote gazeux (N2).
En plus de C et N (et O et H de H2O), de nombreux autres macronutriments sont nécessaires aux cellules, mais
généralement en plus petites quantités. Ex : Le phosphore pour les acides nucléiques et les phospholipides et
est généralement incorporé sous forme de phosphate (PO42-). Le soufre, présent dans l’acide aminé comme la
cystéine et la méthionine et également dans plusieurs vitamines (la thiamine, la biotine et l'acide lipoïque) et
est incorporé sous forme de sulfate (SO42-), de sulfure (H2S) ou de composés organiques soufrés. Le potassium
(K) est nécessaire à l'activité de plusieurs enzymes, alors que le magnésium (Mg) stabilise les ribosomes, les
membranes et les acides nucléiques et est également nécessaire pour l'activité de nombreuses enzymes. Le
Calcium (Ca) et le sodium (Na) sont des nutriments essentiels pour quelques organismes.
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- La nature de source d’énergie.
- La nature de la source de carbone.
- La nature de l’accepteur final d’électrons dans les réactions d’oxydo-réduction.
Les microorganismes sont classés en deux types trophiques selon la source d’énergie :
- Les phototrophes = photosynthétiques.
- Les chimiotrophes = chimiosynthétiques.
L’énergie nécessaire aux microorganismes est fournie par la lumière (organismes phototrophes) ou par
l’oxydation de substances chimiques (organismes chimiotrophes). Dans les deux cas, l’énergie est stockée
sous forme d’énergie de liaison chimique biologiquement utilisable (ATP). La formation d’ATP à partir de la
source primaire d’énergie est plus ou moins complexe selon le type trophique ou métabolique. Les réactions
de synthèse utilisent l’énergie libérée par la décomposition de l’ATP en ADP+ Pi.
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1- Microorganismes tirent leur énergie de l’oxydation de substances exogènes minérales → chimio-
lithotrophes. Ces microorganismes (généralement des bactéries) forment un groupe restreint intervenant au
cours des cycles de la matière vivante dans le sol et dans les eaux, comme :
- Les bactéries oxydant l’hydrogène : Hydrogenomonas.
- Les bactéries oxydant l’ammoniaque : Nitrosomonas.
- Les bactéries oxydant les nitrites : Nitrobacter.
- Les bactéries oxydant composés réduits du soufre : Thiobacillus.
La PHOSPHORYLATION OXYDATIVE :
C’est un processus essentiel de transfert d’énergie chez les eucaryotes et les procaryotes. Il consiste en une
production d’énergie fournie à partir du transfert du flux d’électrons libérés par les catabolites du
métabolisme intermédiaire à l’accepteur final d’e- :
O2 chez les aérobies stricts, e.g. Pseudomonas denitrificans.
substance minérale oxygénée tels que SO4 et NO3 chez les anaérobies stricts.
L’énergie libre récupérée est utilisée pour synthétiser l’ATP à partir de l’ADP. L’énergie est fournie par
l’oxydation des atomes d’hydrogène (somme protons plus électrons) récupérée à partir des coenzymes réduits
(NADH, H+ et FADH2). De l’eau est produite à partir de l’hydrogène et de l’oxygène, au terme de la chaîne des
réactions d’oxydoréduction dénommée chaîne respiratoire chez les aérobies stricts à titre d’exemple.
Microorganismes capables de se développer sur un milieu inorganique contenant le CO2 comme seule
source de carbone= autotrophes.
Pour certains autotrophes dits stricts, le CO2 est obligatoire, comme les bactéries nitrifiantes et les bactéries
sulfooxydantes. D’autres sont facultatifs, utilisant le CO2 ou un composé organique, comme les bactéries
pourpres non-sulfureuses (Athiorhodaceae).
Les autres exigent des composés organiques pour se reproduire= hétérotrophes.
Parmi les hétérotrophes, de nombreuse espèces sont peu exigeantes (E. coli) et réalisent elles-mêmes la
synthèse de leur composés cellulaires à partir de nombreux composés organiques simples comme les sucres,
les acides aminés et les acides organiques. Ces microorganismes sont appelés prototrophes, comme E. coli,
Pseudomonas, etc. D’autres espèces appelées « auxotrophes » ont des exigences nutritives spécifiques en
facteurs de croissance (vitamines, bases purique et pyrimidique…). La plupart des bactéries pathogènes sont
auxotrophes, d’où le lien obligatoire hôte-microorganisme.
2-3- Sources d’azote
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L’azote est un élément important car il est un constituant élémentaire des acides aminés, des protéines, des
bases azotées ainsi que d’un grand nombre de biomolécules essentielles. Ainsi, pour synthétiser leurs
protéines qui représentent 10% de leur poids sec, les microorganismes ont besoin de substances azotées.
Quelques bactéries sont capable de fixer l’azote sous sa forme la plus simple (= l’azote moléculaire = l’azote
atmosphérique = N2), cas du Rhizobium vivant en symbiose avec les légumineuses en leur permettant de fixer
l’azote atmosphérique. Exemples de bactéries fixatrices d’azote atmosphérique et qui fertilisent le sol :
Azotobacter et Clostridium.
D’autres composés inorganiques sont parfois utilisés : les nitrites par Nitrobacter, les nitrates par de nombreux
groupes, l’ammoniac par certaines espèces.
Le phosphore : minéral ou organique. Il joue le rôle d’une véritable centrale énergétique à l’échelle cellulaire. Il
permet l’accumulation et la distribution de l’énergie dans la cellule. Le phosphore fait partie des acides
aminés, des acides nucléiques, de l’ATP et des coenzymes.
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TYPES RESPIRATOIRES : DESTINEE DES ELECTRONS
Respiration: Les électrons traversent un système de transfert des électrons. Cela génère une force
proton-motrice (FPM) qui est utilisée pour synthétiser de l’ATP par un mécanisme appelé phosphorylation
oxydative.
Fermentation: Des molécules endogènes agissent comme accepteurs d’électrons. Le flux d’électrons n’est pas
couplé à une synthèse d’ATP, et cette dernière n’est formée que par phosphorylation au niveau du substrat.
La chaîne respiratoire ou chaîne de transport d'électrons réalise l'oxydation des coenzymes réduites issues
de la dégradation de composés organiques ou minéraux. Ces coenzymes sont notamment le NADH et
le Q10H2 produits dans les mitochondries par le cycle de Krebs et par la β-oxydation des acides gras. Les chaînes
respiratoires sont formées d'enzymes membranaires et de transporteurs d'électrons-
cytochromes, quinones, flavoprotéines- organisés autour de la membrane plasmique chez les procaryotes et
des crêtes mitochondriales de la membrane mitochondriale interne chez les eucaryotes.
Les bactéries possèdent une grande variété d'enzymes de transfert d'électrons, qui utilisent également une
grande variété de substrats. Les chaînes de transport d'électrons des procaryotes fonctionnent en utilisant les
mêmes principes fondamentaux. Bien qu'il transporte les électrons du NADH vers les accepteurs et déplace les
protons à travers la membrane plasmique, la chaîne E. coli est tout à fait différente de la chaîne
mitochondriale. Une vue simplifiée de la chaîne de transport d’E. Coli est présenté par la figure 1 .
Fig. 1. Chaîne de transfert des électrons chez les procaryotes (membrane plasmique):
La principale différence entre la chaîne respiratoire des procaryotes et celle des eucaryotes est que les
bactéries et les archées utilisent une grande variété de substances comme donneurs et accepteurs d'électrons.
Ceci permet aux procaryotes de croître dans des conditions environnementales très diverses.
2- Accepteurs finaux d’électrons
Le comportement « respiratoire » du microorganisme et ses relations vis-à-vis de l’air sont conditionnés par la
nature de l’accepteur final d’électrons et de protons. Il existe plusieurs définitions des termes respiration et
fermentation. Au sens strictement biochimique, le terme respiration, ou métabolisme oxydatif, est appliqué
aux processus d’oxydation dans lesquels l’accepteur final est une molécule minérale, alors que le terme
fermentation, ou métabolisme fermentaire, est appliqué au cas où l’accepteur final est un composé organique,
généralement endogène. Il existe également un mécanisme d’élimination directe des électrons et protons. Ce
mécanisme, propre à de nombreuses bactéries anaérobies, entraine la formation d’hydrogène sous l’action
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d’une hydrogénase. Ce système n’est énergétique que si l’hydrogénation est liée à une phosphorylation
directe du substrat. Lorsqu’il y a métabolisme oxydatif, les produits carbonés (déchets du métabolisme) ont un
degré d’oxydation du carbone supérieur à celui du substrat. La respiration « classique » d’un substrat
organique conduit à la dégradation complète de son squelette carboné avec formation de CO2 (forme
biologique la plus oxydée du carbone).
En microbiologie, toute dégradation incomplète du substrat, donnant des métabolites carbonés, est appelée
fermentation, même s’il s’agit d’un métabolisme oxydatif (il est préférable dans ce cas de parler d’une
fermentation oxydative).
- Le substrat énergétique est dégradé en utilisant l’oxygène comme accepteur d’électrons exogène.
- S’effectue en conditions aérobiques.
- Génère une grande quantité d’énergie, principalement grâce à l’activité de la chaîne de transfert d’électrons.
Il existe divers mécanismes de respiration aérobie, ils ne peuvent intervenir que dans des conditions
d’aérobiose. Les microorganismes ne possédant qu’un système de ce type sont des « aérobies strictes ».
La voie la plus couramment rencontrée chez les microorganismes aérobies est la voie classique des
cytochromes. L’enzyme terminale est la cytochrome oxydase, il y a formation de H2O. Ce type de respiration
est habituellement lié à la dégradation complète du substrat. La formation de H2O peut se faire sans
intervention de la cytochrome oxydase ou être totalement cytochrome-indépendante.
- La respiration anaérobie est un processus où l’accepteur final d’hydrogène est une substance minérale (NO3-,
SO42-, Fumarate,CO2, carbonates..)
- S’effectue en conditions anaérobiques.
- Peut produire une grande quantité d’énergie (dépendant du potentiel de réduction de la source d’énergie et
des accepteurs d’électrons), principalement grâce à l’activité de la chaîne de transfert d’électrons.
L’oxydation anaérobie de l’hydrogène (H2) chez les chimiotrophes fait intervenir le même type de réaction :
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Lors de la respiration anaérobie, la dégradation du substrat organique source d’hydrogène (H+, e-) peut ne pas
être complète et aboutit à d’autres substances (acides organiques).
2-3- LA FERMENTATION
Dans la fermentation le substrat énergétique est dégradé en utilisant des accepteurs d’électrons endogènes. Elle
s’effectue souvent en conditions anaérobiques. Une quantité d’énergie limitée est rendue disponible .
Une substance organique, généralement endogène et issue de la dégradation du substrat, sert d’accepteur
d’électrons (et de protons): ce substrat est souvent l’acide pyruvique ou un produit dérivé (acétaldéhyde,
acétolactate…).
La transformation fumarate /succinate est également fréquente : rencontrée chez Escherichia coli, en
anaérobiose sur glycérol, ou chez Bacteroides, à partir de substrats comme H2 ou l’acide formique. De
nombreuses fermentations peuvent s’effectuer en anaérobiose car tous les électrons et protons issus de
l’oxydation du substrat servent à réduire l’accepteur organique (cas de la fermentation homolactique). Pour
d’autres fermentations, une partie seulement des électrons et protons est ainsi utilisée : l’oxygène intervient
comme accepteur complémentaire, de manière facultative (certaines fermentations hétérolactiques
bactériennes) ou obligatoire (fermentation des pentoses par certaines levures).
1- Métabolisme anaérobie du pyruvate
Différents microorganismes, en particulier des bactéries anaérobies strictes ou facultatives, métabolisent le
pyruvate en anaérobiose par des voies variées.
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1- Dégradation de l’amidon
L’amidon constitue la principale réserve glucidique végétale, il renferme deux polysaccharides en proportions
variables selon les cas : l’amylose (constituant majeur) et l’amylopectine (constituant mineur).
L’amylose est une molécule flexible, de structure linéaire correspondant à plusieurs centaines de résidus α-D-
glucopyranose unis par des liaisons 1-4.
L’amylopectine est aussi un polymère du glucose, composé de chaines linéaires similaires à celle de
l’amylose, mais reliées les unes aux autres par des liaisons α(1-6). Les points de branchement sont distants
d’environ 20 à 30 unités de glucose.
Les amylases microbiennes peuvent être classées essentiellement en deux grands groupes en fonction de leur
mode d’attaque :
- α-amylase ou α(1-4)-glucane glucanohydrolase (EC 3.2.1.1), dont l’action est toujours de type
endomoléculaire et conduit à la formation de D-glucose, de maltose et d’une petite quantité de maltodextrines.
Les α-amylases se rencontrent chez de nombreuses bactéries (des genres Bacillus et Clostridium), de
nombreuses moisissures (des genres Aspergillus et Rhizopus), ainsi que chez quelques levures (des
genres Candida, Pichia, Endomycopsis, lipomyces et Schwanniomyces).
- Glucoamylase ou α(1-4)-glucane glucohydrolase (EC 3.2.1.3), elle libère des unités de glucose à partir des
extrémités non réductrices des polymères. Elle hydrolyse l’amylopectine et l’amylose complètement en D-
glucose et est également capables d’hydrolyser les liaisons α(1-6) ainsi que les liaisons α(1-4) et α(1-3). Elle
hydrolyse aussi le maltose. L’amyloglucosidase (glucoamylase ou γ-amylase) est rencontrée chez les moisissures
(Aspergillus, Rhizopus), les levures (Endomyces, Endomycopsis, Candida, Saccharomyces diastaticus…) et chez les
bactéries.
Il existe des β-amylases (Bacillus subtilis, quelques moisissures), dont l’action est exomoléculaire. Elle est
répandue chez les végétaux et rare chez les microorganismes.
2- Dégradation de la cellulose
La cellulose est un polymère linéaire de D-glucose, les molécules de glucose sont liées entre elles par des
liaisons β(1-4). Des microorganismes cellulolytiques sont rencontrés dans une grande variété de genres
bactériens(Acetivibrio, Bacillus, Cellovibrio, cellulomonas, Clostridium, Cytophaga, Erwinia, Streptomyces…) et de
moisissures (Aspergillus, cladosporium, Penicillium, Fusarium…), qui jouent un rôle de premier plan dans le cycle
du carbone. Chez les levures ces enzymes sont rares.
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3- Catabolisme du glucose
La voie de dégradation des hexoses la plus anciennement connue est la glycolyse qui conduit à la formation
transitoire d’acide pyruvique.
Il existe des alternatives de la glycolyse chez une grande variété de microorganismes aérobies ou
anaérobies.ces voies sont empruntées soit de façon exclusive, soit concurremment avec la glycolyse.
3-1- La glycolyse ou voie d’Embden-Meyerhof ou d’Embden-Meyerhof-Parnas (EMP)
Cette voie dite de l’hexose diphosphate, est très largement répandue parmi les microorganismes : levures,
moisissures, bactéries aéro-anaérobies (Entérobactéries…). Pour certains, le glucose est dégradé exclusivement,
ou presque, par cette voie (Streptomyces griseus 97%, Trypanosoma 100%).
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Quand la fructose kinase est absente ou inhibée : Voie des Pentose-P et Voie d'Entner-Doudoroff
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Après un tour de cycle, la réaction nette est :
G-6-P + 2NADP+ ---→ R-5-P + CO2 + 2NADPH + 2H+
Trois tours de cycle sont nécessaires pour produire un ATP:
3G-6-P + 6NADP+ 3H20 ---→ 3CO2 + 2Fructose-6-P + GA-3-P + 6NADPH + 6H+
L'action répétitive du cycle pourrait expliquer l'oxydation complète du G-6-P:
3-3- Voie du 2-céto-3-désoxygluconate ou voie d’Entner-Doudoroff
Cette voie possède des étapes communes à la fois avec la voie de l’hexose monophosphate et avec la
glycolyse. Elle a été découverte par Entner et Doudoroff en étudiant l’oxydation du glucose par des espèces
de Pseudomonas(microorganismes aérobies). Elle est rencontrée aussi chez Azotobacter et certaines
moisissures. Actuellement, il n’y a qu’une seule bactérie, Zymomonas mobilis, qui utilise cette voie pour la
fermentation anaérobie du glucose.
Les étapes essentielles de cette voie sont :
- Activation du glucose par l’ATP.
- Oxydation du groupement aldéhyde du glucose-6P pour former le 6-phosphogluconate avec réduction
parallèle du NADP+.
- Déshydratation du 6-phosphogluconate et formation du CDPG ou KDPG (2-céto-3-désoxy-6-
phosphogluconate).
- Clivage par la CDPG-aldolase pour donner d’une part du glycéraldéhyde-3P et d’autre part du pyruvate.
- Transformation du glycéraldéhyde-3P en pyruvate au moyen de la glycolyse avec formation de 2 moles
d’ATP et 1 mole de NADH2 par mole de triose phosphate.
Pour une molécule de glucose, il y a formation de 1 ATP, 1 NADPH2 et 1 NADH2.
Chez les Pseudomonas, cette voie est utilisée conjointement avec celle de l’hexose monophosphate.
Voie d’Entner-Doudoroff
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3-4- Fermentations dérivées de la voie de l’hexose monophosphate
Le métabolisme des bactéries hétérolactiques en est un bon exemple « voie des pentoses- phosphates ». Elle
aboutit, en dehors du lactate, à la formation d’éthanol, de CO2 et d’acétate. Les bactéries hétérolactiques
possèdent le système « glycéraldéhyde-P déshydrogénase », mais elles sont en revanche dépourvues de
fructose-6P kinase. Il existe plusieurs systèmes de fermentation hétérolactique bactérienne. Il existe en outre
d'autres fermentations comme les fermentations gluconiques et kojique.
Chez diverses bactéries (Bacillus subtilis, Zymomonas), il existe en outre une levane saccharase qui
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glucose-1P, métabolite directement utilisable par la cellule après isomérisation en glucose-6P. les réactions
d’isomérisation font intervenir l’uridine diphospho-glucose (UDPG) et l’uridine diphospho-galactose (UDP-Gal) .
Chez Escherichia coli, le métabolisme du lactose dépend d’une perméase spécifique et utilise la voie de Leloir
comme chez la levure.
Chez Lactobacillus casei, le lactose est phosphorylé par un système phosphotransférase en lactose-P qui
est scindé dans la cellule en glucose et en galactose-6P ; la métabolisation a lieu par la voie du tagarose.
La voie du tagarose est également utilisée chez Staphylococcus aureus pour le métabolisme du lactose
et du galactose.
Il est généralement hydrolysé en 2 molécules de glucose par une maltase (ou glucoamylase). Chez E. coli,
il est métabolisé avec intervention d’une transglycosylation.
DESTINEES DU PYRUVATE
1- Métabolisme anaérobie du pyruvate
Différents microorganismes, en particulier des bactéries anaérobies strictes ou facultatives, métabolisent le
pyruvate en anaérobiose par des voies variées.
Il s’agit d’une fermentation très répandue chez les levures (Saccharomyces, Kluyveromyces,
Brettanomyces,…). Les bactéries capables de réaliser la fermentation alcoolique sont peu nombreuses
(Zymomonas mobilis). La glycolyse constitue la première grande étape de la fermentation alcoolique des
levures. Dans le cas de Zymomonas mobilis, le glucose est dégradé par la voie d’Entner-Doudoroff. Les deux
voies aboutissent au pyruvate, celui-ci est décarboxylé en acétaldéhyde et CO2.
La réduction de l’acétaldéhyde engendre la formation d’éthanol. D’autres substances peuvent être
produites en faibles quantités (glycérol et acide acétique en particulier). La conversion d’une molécule de
glucose en éthanol, par les levures, se traduit par la synthèse de 2 molécules d’ATP.
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L’acide lactique est le produit essentiel de ce type de fermentation (>90% des produits formés),
contrairement à la fermentation hétérolactique (entre 25 et 90% d’acide lactique). L’acide lactique provient de
la réduction de l’acide pyruvique catalysée par la lacticodéshydrogénase. Il peut être de forme D, L, ou DL, ceci
dépend de la stéréospécificité de la lacticodéshydrogénase et de la présence ou l’absence de racémase (le
microorganisme peut posséder une L- lacticodéshydrogénase, une D- lacticodéshydrogénase ou les deux).
La fermentation homolactique est effectuée par tous les membres des genres bactériens Streptococcus,
Pediococcus et Microbacterium, par beaucoup de Lactobacillus, par certains Bacillus et certaines moisissures
(Phycomycètes : Oomycètes). L’acide lactique est utilisé comme additif alimentaire. Les fermentations homo- et
hétérolactiques interviennent également dans la fabrication de nombreux produits alimentaires (fromages,
choucroute, salaisons, saumure de légumes…).
Parmi les moisissures, Rhizopus oryzae constitue un cas particulier. Cultivé en aérobiose, il produit un mélange
d’acide lactique, de l’acide acétique et du CO2, alors que dans des conditions anaérobies, il produit un mélange
d’acide lactique, d’éthanol, et de CO2. Ces produits sont identiques à ceux obtenus au cours de la fermentation
hétérolactique des Leuconostoc mais le mécanisme de formation est différent : la dégradation du glucose
s’effectue par la voie de la glycolyse. En aérobiose, une partie du pyruvate est transformée en acide lactique,
l’autre est oxydée.
En anaérobiose, une partie du pyruvate est transformée en éthanol et CO2, l’autre en acide lactique. L’acide
lactique formé dans les deux cas est de forme D.
Généralement, les acides sont en faible quantité, bien que Serratia produise beaucoup d’acide formique. Chez
les autres Entérobactéries à fermentation butylène-glycolique, la présence d’hydrogène lyase formique entraine
la formation d’H2 et de CO2 ; ce dernier est plus abondant que l’H2 car il est également formé au cours d la
synthèse du 2,3-butanediol. A pH neutre ou basique, le pourcentage des produits acides augmente.
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Certains Clostridium (C.butyricum, C.perfringens) les Butyribacterium, certaines Serratia et Zymosarcina
produisent de l’acide butyrique, ainsi que de l’acide acétique, du CO2 et de l’hydrogène. L’acide butyrique est
formé par condensation de deux molécules d’acétyl-CoA en acétolactate, lequel est ensuite réduit en β-
hydroxybutyrate puis en butyrate. Une partie de l’acétyl-CoA, formé à partir du pyruvate, conduit à la formation
d’ATP et d’acide acétique.
Outre les produits de la fermentation butyrique, certains Clostridium peuvent donner des alcools (butanol,
éthanol, isopropanol) et de l’acétone.
2-1- cycle de Krebs (cycle des acides tricarboxyliques « TCA » ou cycle citrique
- Oxydation et dégradation
complètes du glucose et
d’autres molécules.
- Commun chez les bactéries
aérobiques, les protozoaires
libres, les champignons.
- Pour chaque molécule
d’acetyl-CoA oxydée, le cycle
des acides tricarboxyliques
produit:
- 2 molécules de CO2
- 3 molécules de NADH
- 1 FADH2
- 1 GTP
En présence d’air, les microorganismes aérobies stricts ou facultatifs assurent l’oxydation complète du glucose.
Le pyruvate formé est oxydé par le cycle de Krebs et le shunt glyoxylate. Le cycle de Krebs est la voie d’oxydation
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aérobie de l’acétate provenant non seulement de la glycolyse ou du shunt de l’hexose monophosphate, mais
encore de la β-oxydation des acides gras. Ses composantes enzymatiques participent directement ou
indirectement à la dégradation du squelette carboné de la plupart des aminoacides. Le cycle fournit les
composés de départ des réactions de synthèse. Il existe des différences sensibles entre organismes : dans le
cycle « classique », le malate est oxydé en oxaloacétate par la malate déshydrogénase NAD-dépendante (E. coli),
chez Serratia ou Pseudomonas, il existe une déshydrogénase directement liée aux cytochromes. Chaque tour du
cycle produit, à partir de l’acétate, deux molécules de CO2 et 8 (H+, e-), sous forme de 2 NADH2, 1NADPH2 et 1
FADH2. Ces électrons et protons sont transportés vers l’oxygène par la chaine respiratoire. Il y a formation au
maximum de 3 molécules d’ATP par paire d’électrons transportée entre les NAD et l’oxygène. Le rendement
global par mole de glucose oxydé par l’intermédiaire de la glycolyse et du cycle de Krebs est donc au maximum
de 38 ATP. Chez les bactéries, il est difficile de connaitre le nombre réel d’ATP libérés, la présence d’ATPase
gênant la mise en évidence de l’ATP formé. Des mesures indirectes suggèrent que le bilan est identique à celui
des organismes supérieurs alors que les mesures directes ne permettent de mettre en évidence que 16 ATP par
mole de glucose.
Le cycle de Krebs ne peut fonctionner en conditions anaérobies car la succinate déshydrogénase et l’α-
cétoglutarate déshydrogénase sont inactives. Cependant, il peut encore se produire des réactions à partir de
l’oxaloacétate vers le succinate (branche réductrice « à contre-sens » avec intervention d’une fumarate
réductase) et vers l’ α-cétoglutarate (branche oxydative) : cas d’Escherichia coli.
Le cycle peut entièrement fonctionner à « contre-sens » de manière réductrice pour la fixation autotrophique
du CO2 (chez de nombreuses bactéries photosynthétiques et des archéobactéries, en particulier les
méthanogènes).
2-2- shunt glyoxylique
Certains microorganismes (E. coli et de nombreuses espèces de moisissures et de Pseudomonas) sont
capables de se développer à partir de l’acétate comme seule source de carbone et d’énergie. Ces organismes
ont toutes les enzymes du cycle de Krebs mais ont en plus :
- l’isocitrase lyase, coupe l’isocitrate en succinate et glyoxylate.
- la malate synthétase condense le glyoxylate avec l’acétyl-CoA pour former le malate.
Le shunt glyoxylique ne fournit aucune énergie biologiquement utilisable. Il ne fonctionne que lorsque le
micro-organisme est cultivé sur acétate car le glucose réprime ces deux enzymes.
Lors de la croissance sur acétate, les cellules décarboxylent l’oxaloacétate pour fournir du
phosphoénolpyruvate, point de départ de la biosynthèse des hexoses et des pentoses.
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Dégradation des lipides
Les triglycérides sont hydrolysés en acides gras et glycérol, grâce à des lipases ou à des estérases moins
spécifiques, souvent exocellulaires. Ces lipases se rencontrent chez les moisissures (Aspergillus, Penicillium,
Rhizopus, Geotrichum…), les levures (Candida, Torulopsis, Saccharomyces, Saccharomycopsis…) et les bactéries
(Serratia, Pseudomonas, Xanthomonas, Chromobacterium, Alcaligenes, Staphylococcus…).
Le glycérol entre dans la glycolyse au niveau de la dihydroxyacétone-P. les acides gras, quant à eux, sont
d’abord activés par l’ATP en présence de coenzyme A pour former un acyl-CoA, lequel est oxydé en β-céto-
acyl-CoA. Après hydrolyse, il se forme de l’acétyl-CoA et un acyl-CoA possédant deux carbones de moins. Les
réactions d’oxydation se poursuivent autant qu’il est nécessaire selon la longueur de la chaine carbonée.
L’acétyl-CoA formé peut être incorporé dans le cycle de Krebs et le shunt glyoxylique.
Les peptidases hydrolysent les polypeptides et les transforment en leurs sous-unités constitutives, les acides
aminés. De petits polypeptides pénètrent dans les cellules : chez la levure, il s’agit essentiellement de di- et
tripeptides. L’entrée des acides aminés dépend de la présence de systèmes « perméase» nombreux et variés.
Les peptidases sont de deux types, les endopeptidases et les exopeptidases, en fonction de leur mode
d’attaque de la chaine polypeptidique. Les exopeptidases sont elles-mêmes subdivisées en deux catégories :
- Les aminopeptidases commencent leur action par l’extrémité –NH2 libre du polypeptide et leur activité
dépend souvent de la présence d’ions métalliques.
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- Les carboxypeptidases débutent leur attaque par l’extrémité –COOH libre du polypeptide.
L’activité de ces différentes enzymes conduit à la libération de di- et tripeptides qui sont ensuite hydrolysés en
acides aminés.
2- Catabolisme des acides aminés libérés
Il existe deux voies principales : la désamination et la décarboxylation.
Les aminoacides désaminases sont à la fois des enzymes oxydatives et des enzymes non oxydatives.
La désamination oxydative conduit à la formation d’un imino-acide qui est ensuite hydrolysé en ammoniaque
et en acide α-cétonique : elle fait intervenir des coenzymes flaviniques (FAD).
La réaction de Stickland est réalisée par un grand nombre de bactéries anaérobies strictes sporulées
(Clostridium) : elle fait intervenir un coenzyme à NAD.
Les Clostridium qui ne réalisent pas cette réaction dégradent les acides aminés grâce à un processus
catalytique de transamination proche de celui des animaux supérieurs.
Les acides issus de la désamination intègrent les voies du métabolisme glucidique : pyruvate (alanine,
glycine, sérine, cystéine…), acétyl-CoA (leucine, isoleucine, lysine…), oxaloacétate (aspartate) …
Les décarboxylases agissent sur les aminoacides pour former du CO2 et une amine :
Cette réaction est effectuée par un grand nombre de microorganismes protéolytiques ou non. Les amines
sont des composés nauséabonds, parfois toxiques (histamine). La manière de dégrader un aminoacide est
contrôlée en partie par le pH du milieu. Un milieu acide favorise la formation de décarboxylases alors que le
milieu alcalin stimule celle de désaminases.
Les hydrocarbures paraffiniques sont oxydés par des étapes successives grâce à des déshydrogénases à NAD
via l’aldéhyde et l’acide carboxylique. Une acyl-CoA synthétase permet d’activer cet acide monocarboxylique
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en acyl-CoA qui subit la β-oxydation génératrice de molécules d’acétyl-CoA par scissions successives. Il y a
intervention d’une ω-hydroxylase NADP-dépendante, elle existe chez divers microorganismes et notamment
chez Pseudomonas oleovorans cultivé sur hexane.
Chez les levures, le passage se fait dans les microsomes et peroxysomes. Le passage de l’acétyl-CoA vers les
mitochondries fait intervenir la carnitine sous forme transitoire d’acétylcarnitine. La régénération des FADH2
et NADH2 n’est pas directement couplée à la chaine respiratoire. Une partie du FADH2 entraine la formation
d’H2O2 ensuite dégradé par la catalase. Le NADH2 passe par le système PGA/PDHA avant d’aboutir au FADH2
mitochondrial.
Les composés aromatiques halogénés peuvent aussi être dégradés biologiquement : cas d’épuration des
sédiments contenant des polychlorobenzènes. Après la déchloration anaérobie, il se produit une dégradation
aérobie des produits phénoliques qui en sont issus.
2- Catabolisme du méthane et méthanol
Les microorganismes capables de croître sur méthane et méthanol, comme seule source de carbone,
(ex.Pseudomonas) oxydent le méthane selon la chaîne :
Ces microorganismes sont dits « méthylotrophes ». Ils peuvent être méthylotrophes stricts (ne dégradant
que le méthane ou méthanol), ou méthylotrophes facultatifs (capables de dégrader, outre le méthane et
méthanol, de nombreux composés à un ou plusieurs atomes de carbone).
3- Dégradation de l’éthanol
L’éthanol peut être dégradé totalement en CO2 et H2O comme chez certaines levures (Brettanomyces,
debaryomyces, Hansenula, Pichia…) comme il peut être transformé en acide acétique (Acetobacter,
Gluconobacter). Dans les deux cas, la première étape conduit à la formation d’acétaldéhyde :
Cette fermentation (base de la fabrication du vinaigre) est aérobie. Certaines bactéries acétiques peuvent
ensuite transformer l’acide acétique en CO2 et H2O par l’intermédiaire de l’acétyl-CoA.
Le vinaigre, fabriqué traditionnellement par une culture de surface (procédé d’Orléans) ou par ruissellement
sur des copeaux de bois sur lesquels sont adsorbées les bactéries (procédé de Schutzenbach), est actuellement
fabriqué par culture agitée fortement aérée (acétator, cavitator…).
4- Dégradation du glycérol
Le catabolisme du glycérol a été étudié chez les Entérobactéries, les lactobacilles, les bactéries acétiques et
chezClostridium butyricum. Le glycérol est dégradé, en particulier chez les bactéries acétiques, par deux
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voies . Acetobacter suboxydans, qui ne possède pas de cycle de Krebs, peut cependant métaboliser le glycérol.
Cette bactérie est utilisée pour la production de dihydroxyacétone, intermédiaire de la dégradation du
glycérol. La dihydroxyacétone est employée comme agent tannant et en cosmétologie.
Les Entérobactéries catabolisent le glycérol en le transformant en dihydroxyacétone ou en glycéraldéhyde-
3P, lesquels sont ensuite dégradés par la voie de la glycolyse. Le processus est uniquement fermentaire.
Le catabolisme du glycérol chez Escherichia coli fait intervenir une glycérol kinase qui donne naissance à l’α-
glycérophosphate, qui est encore transformé en dihydroxyacétone-phosphate.
Applications
La production de biomasse constitue souvent le but de nombreuses « fermentations » industrielles :
- Production de « biomasse-aliment » et plus particulièrement production de protéines (Single Cell Protéins =
Protéines d’Organismes Unicellulaires), essentiellement de levures, plus rarement de bactéries, moisissures ou
algues. Lorsque la biomasse est produite dans ce but, les protéines ne sont que rarement extraites et purifiées
et le produit, en contenant environ 50%, est habituellement utilisé tel quel (alimentation animale).
- Production de levure diététique
- Production de levains pour les industries de fermentations
- Production d’agents biologiques pour bioconversions (cellules utilisées libres ou immobilisées, comme
catalyseur)
-Production pour des applications particulières comme la lutte biologique (action insecticide).
Pour obtenir de bonnes productions de biomasse, il est nécessaire de se placer dans des conditions où le
rendement énergétique est le meilleur, c'est-à-dire lorsqu’il ya oxydation complète du substrat par l’oxygène
de l’air et que toute l’énergie potentielle est libérée et utilisée pour les synthèses. Il est donc préférable,
lorsqu’il est possible, d’utiliser des germes aérobies ne possédant pas de métabolisme fermentaire ou
d’orienter le métabolisme d’un germe ayant plusieurs voies énergétiques vers la voie oxydative. Pour obtenir
les meilleurs résultats, il faut fournir une quantité d’oxygène pour permettre l’oxydation complète et tenir
compte des mécanismes de régulation.
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mutants ont été isolés pour augmenter la production d’acides aminés. Les acides aminés les plus intéressants
du point de vue industriel sont les acides aminés « indispensables ».
La synthèse des acides aminés s’effectue à partir de produits intermédiaires du métabolisme des glucides :
érythrose-P, trioses-P (phosphoénolpyruvate, phosphoglycérate), pyruvate, acétyl-CoA, oxaloacétate, α-
cétoglutarate.
La forme d’azote la plus facilement utilisée est la forme ammoniacale, mais d’autres formes peuvent être
intégrées, y compris la forme moléculaire N2. Les nitrates et les nitrites sont utilisés sous forme d’ammonium
grâce à l’existence des réductases correspondantes. L’utilisation de l’azote moléculaire n’est possible que chez
un nombre limité de microorganismes (Azotobacter, Achromobacter, Klebsiella, Bacillus, Enterobacter,
Actinomyces, certainsClostridium, bactéries photosynthétiques, Cyanophycées…), dont certains sont
symbiotiques(Rhizobium, Frankia).
L’incorporation du NH3 fait intervenir deux systèmes :
Le L-glutamate est préparé par fermentation, en présence d’un excès de NH3, d’une bactérie ayant perdu
l’enzyme capable de former le succinate à partir du cétoglutarate. Micrococcus glutamicus est l’espèce la plus
utilisée (classée parfois comme un Corynebacterium).
A partir du glutamate s’ouvrent les voies de synthèse de la glutamine, de l’ornithine, de l’arginine et la
proline. La proline est synthétisée par cyclisation du 5-phosphoglutamate (elle a peu d’intérêt industriel).
L’ornithine peut être produite par des mutants de Micrococcus glutamicus auxotrophes pour la citruline ou
l’arginine.
Chez les levures et moisissures, la lysine est produite à partir de l’α-cétoglutarate alors que chez les
bactéries, elle est issue de l’aspartate.
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2-3- Synthèse de la leucine et de la valine
La voie de biosynthèse de ces deux acides aminés se rattache au pyruvate et utilise des enzymes communes à
la voie de transformation de la thréonine en isoleucine. La valine peut être accumulée par des mutants de
certains Aerobacter ou de Micrococcus glutamicus auxotrophes pour l’isoleucine et la leucine.
Les glycérides sont synthétisés à partir de glycérol et d’acides gras (mono, di et surtout triglycérides). Le
glycérol est un produit intermédiaire du métabolisme des glucides et les acides gras sont synthétisés à partir
d’acétyl-CoA. Les bactéries contiennent en général peu d’acides gras à plus de 19 atomes de carbone. L’acide
gras le plus abondant est généralement l’acide palmitique (acide gras saturé à 18 C), les principaux acides gras
insaturés sont monoéniques. Il y a aussi des acides gras banchés ou contenant un cycle. Chez la levure, l’acide
gras prédominant est l’acide palmitoléique (acide gras monoinsaturé à 16 C).
Les stérols sont synthétisés selon une voie commune à celle des terpènes. Par condensation de deux acétyl-
CoA, il ya formation d’acide mévalonique, qui évolue en isopentényl-pyrophosphate ou en
diméthylallylpyrophosphate, produits de base des chaines terpéniques (géranyl C10, farnesyl C15,
géranylgéranyl C20, géranylfarnesyl C25…), d’où dérivent les terpènes, stéroïdes, carotènoides, ubiquinones…
Les stéroïdes sont formés à partir de deux farnesyl-pyrophosphate par l’intermédiaire du squalène (C30). Il y a
dans les stéroïdes microbiens de l’ergostérol et divers autres composés (fucostérol, lanostérol,…). La formation
des stérols et de certains acides gras insaturés n’est parfois possible que dans des conditions aérobies
(levures).
En anaérobiose, ces produits doivent se trouver dans le milieu pour permettre la croissance.
La production de lipides microbiens s’effectue toujours par production de biomasse puis extraction et
purification.
Des algues, levures et moisissures peuvent être des sources importantes de lipides. Il est possible
d’augmenter la production (plus de 20% de lipides en masse de la matière sèche) en effectuant des cultures
carencées en azote ou en certains éléments minéraux.
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4-Biosynthèse des nucléotides
Les nucléotides, composants de base des acides nucléiques sont synthétisés :
A partir de l’inosine-monophosphate, provenant du ribose-phosphate pour les nucléotides puriques. A partir
de l’aspartate et du cabamyl-phosphate par un intermédiaire commun, l’acide uridylique, pour les nucléotides
pyrimidiques. Leur production est obtenue par perturbation des systèmes de régulation.
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