PNEUMOCOCCIE

PNEUMOCOCCIE INDICATIONS DE LA RECHERCHE

Diagnostic de pneumonies communautaires de l’adulte
plus particulièrement sur des terrains fragilisés.
Diagnostic de bronchites et de bronchopneumopathies
DEFINITION chez des insuffisants respiratoires chroniques ou au
décours de pathologies respiratoires d’origine virale.
Streptococcus pneumoniae (Sp) encore appelé Diagnostic d’otites aiguës de l’enfant de moins de 2 ans.
pneumocoque appartient à la famille des Diagnostic de méningites bactériennes de l’adulte et du
Streptococcacae, au genre Streptococcus et au groupe nourrisson.
des streptocoques oraux. C’est une bactérie
Diagnostic d’infections invasives de type septicémies ou
commensale des voies aériennes supérieures de
méningites associées.
l’homme, dont les infections représentent aujourd’hui
un réel problème de santé publique car elles sont Contrôle après vaccination (recherche d’un déficit
graves voire mortelles quand elles sont invasives. Il immunitaire humoral).
existe actuellement 90 sérotypes de pneumocoques
classés d’après la composition de la capsule
bactérienne. RECOMMANDATIONS PREANALYTIQUES
Synonymes : Streptococcus pneumoniae, pneumocoque.  PRELEVEMENT - CONSERVATION - TRANSPORT
Prélèvements bronchiques : expectorations dans les
BIOPATHOLOGIE pneumopathies communautaires, lavage
bronchoalvéolaire (LBA), prélèvement distal protégé
 EPIDEMIOLOGIE (PDP), brossage bronchique protégé (BBP) ou encore
Streptococcus pneumoniae colonise le rhinopharynx ponction transtrachéale dans les cas de pneumopathies
des enfants dès leur plus jeune âge (tous les enfants ont graves.
été en contact avec le germe dès 2 ans). Son réservoir Pus de paracentèse si otites.
est surtout humain et la transmission interhumaine se
fait par les gouttelettes aéroportées. LCR dans les suspicions de méningites.
Hémocultures
 CLINIQUE
Urines
Le pneumocoque est responsable d’infections diverses :
Sérums
– Pneumonies bactériennes communautaires : elles
surviennent plus particulièrement chez les sujets âgés Liquides de ponction pleurale.
ou sur des terrains fragilisés (immunodépression, Se reporter au référentiel des examens de biologie
viroses respiratoires, sujets aspléniques, diabétiques…). médicale Biomnis en ligne pour les conditions de
Il peut s’agir d’une pneumonie franche lobaire aiguë prélèvement et conservation-transport.
d’apparition brutale ou parfois d’une pneumopathie de
 QUESTIONS A POSER AU PATIENT
surinfection post-virale.
Symptomatologie clinique ?
– Otites moyennes aiguës de l’enfant de moins de 2
ans : c’est le deuxième agent responsable après Age ?
Haemophilus influenzae. Pathologie sous-jacente : diabète, drépanocytose,
– Sinusites, bronchites, mastoïdites et conjonctivites. asplénisme, immunodépression ?
– Méningites bactériennes de l’enfant de plus de 3 Traitement antibiotique en cours ou antérieur ?
mois et de l’adulte après 50 ans.
– Septicémies et bactériémies : compliquent souvent METHODES DE DIAGNOSTIC
les infections primaires à pneumocoques.
 EXAMEN DIRECT
 PHYSIOPATHOLOGIE
Le pneumocoque est facilement reconnaissable à la
Le pouvoir pathogène de Streptococcus pneumoniae coloration de Gram : diplocoques à Gram positif
est essentiellement du à la présence de 2 facteurs de lancéolés en « flammes de bougie » ou sous forme de
virulence du germe que sont : la capsule bactérienne et courtes chaînettes.
la pneumolysine. La capsule assure la résistance à la
phagocytose des macrophages dans les alvéoles  CULTURE
pulmonaires, tandis que la pneumolysine possède une
C’est la technique de référence pour le diagnostic d’une
activité cytotoxique directe vis-à-vis des cellules
infection à pneumocoque. Le diagnostic est orienté par
endothéliales et respiratoires.

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l’aspect au Gram et celui des colonies (alpha- de la fréquence élevée des infections à pneumocoque
hémolytiques, lisses, bombées, brillantes après 18 à 24 h dans cette tranche d’âge. Il n’est pas actuellement
d’incubation à 37 °C). Pour le confirmer, le test le plus recommandé chez l’enfant.
utilisé est la sensibilité à l’optochine : un diamètre Le test est également validé dans le LCR, lorsque le
> 14 mm autour d’un disque chargé à 5 µg est en faveur contexte clinique est évocateur d’une méningite. Sa
d’un pneumocoque. Toutefois, 0,5 à 5 % des sensibilité est comprise entre 95 et 100 % et sa
pneumocoques sont résistants à l’optochine et spécificité > 99 %. En France, la conférence de
quelques Streptococcus viridans y sont sensibles. En cas consensus sur les méningites de 2008 recommande son
de doute, un test de lyse par la bile, plus spécifique, est utilisation dans le LCR en cas de contexte évocateur
recommandé (éclaircissement d’une suspension dense (pas dans les urines en raison du risque de faux
de la bactérie à identifier après addition de quelques négatifs).
gouttes d’une solution de désoxycholate de sodium à
10 % et incubation 30 min à 37 °C). L’utilisation d’une  BIOLOGIE MOLECULAIRE
technique d’agglutination de particules de latex Actuellement, la technique utilisée est la PCR en temps
sensibilisées avec des Ac reconnaissant les différents réel. Différents gènes cibles peuvent être amplifiés, les
sérotypes capsulaires (Slidex® pneumo-kit Mérieux) plus performants étant lytA (gène codant l’autolysine)
peut également orienter l’identification. Toutefois ce et spn9802 (codant un gène de fonction inconnue).
test peut être pris en défaut, notamment avec S. oralis L’amplification d’autres cibles (ply ou psaA) peut
et S. mitis. Ce réactif peut être utilisé directement sur entraîner de fausses réactions positives en présence de
produits pathologiques. S. viridans ou S. pseudopneumoniae (une espèce
Les pneumocoques se développent bien dans les récemment décrite, proche du pneumocoque,
hémocultures, mais le taux d’hémocultures positives intermédiaire ou résistante à l’optochine sous 5 % de
chez les adultes dans les pneumonies aigües CO2, mais sensible si la boîte est incubée en air
communautaires (PAC) n’est que de 20 % (10 % chez ambiant).
l’enfant). Dans les méningites, les hémocultures sont Dans le LCR, la PCR a une sensibilité de 92 à 100 % et
positives dans plus d’un cas sur deux. Ces résultats une spécificité de 100 % et peut être utilisée
s’expliquent probablement par la quantité de bactéries notamment lorsque l’examen direct est positif et la
dans le sang qui peut être faible, l’administration culture négative (traitement antibiotique ?). En France,
fréquente d’antibiotiques et le caractère intermittent de la conférence de consensus sur les méningites
la bactériémie. D’où l’intérêt de tests complémentaires. recommande son utilisation, sauf si un test ICT a été
réalisé.
 RECHERCHE DIRECTE D’ANTIGENES BACTERIENS
SOLUBLES Dans le liquide pleural, la sensibilité de la PCR est de
71 % (vs 28 % pour la culture). Dans les PAC, la PCR
Se fait par une méthode immunologique comme effectuée sur plasma est positive dans 29 % à 100 % des
l’agglutination de particules de latex sensibilisées ou cas selon les études ; à partir d’échantillons
par test immunochromatographique. Le test respiratoires, elle est positive dans 68 à 100 % des cas.
immunochromatographique (ICT) Now S. pneumoniae® Mais il est difficile de faire la part des choses entre les
Binax constitue un progrès important dans la mise en pneumocoques « colonisateurs » et ceux responsables
évidence d’une infection par le pneumocoque. Ce test d’une infection.
de recherche d’Ag solubles s’effectue en 15 min à partir
d’un échantillon d’urines ou de LCR.  SEROGROUPAGE / TYPAGE
Dans les PAC, la recherche s’effectue dans les urines. Il a un intérêt surtout épidémiologique.
Chez l’adulte, la spécificité du test est > 90 % et la
sensibilité de 77 à 89 % dans les PAC bactériémiques et  SEROLOGIE
de 44 à 64 % dans les non bactériémiques. Ce test est Contrôle post-vaccinal dans le contexte diagnostique
utilisable y compris en cas d’exacerbation de BPCO d’un déficit immunitaire.
(rares faux positifs) et/ou chez un sujet sous
antibiotiques, même depuis plusieurs jours (à J3 après
début du traitement antibiotique, 80 % des sujets ont TRAITEMENT
encore un test positif). En France, il est recommandé
dans la prise en charge des PAC chez l’adulte, dans les  Antibiothérapie
formes graves (en réanimation), en parallèle du test PENICILLINES
recherchant l’Ag Légionelle, dans les urines. Les pénicillines se lient de manière covalente aux protéines
Chez l’enfant, l’intérêt du test est sa bonne valeur de liaison à la pénicilline (PLP), enzymes intervenant dans
prédictive négative (VPN) : un test négatif exclut de la synthèse de la paroi au niveau du peptidoglycane. Le
façon quasi-certaine une infection à pneumocoque, mécanisme de résistance repose sur une modification de
mais un test positif n’est pas interprétable, compte tenu ces PLP, qui entraîne une augmentation des CMI de toutes
les β-lactamines, dont l’ampleur varie selon les molécules.

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Les PSDP (pneumocoques de sensibilité diminuée à la MACROLIDES

pénicilline) sont détectés par un disque d’oxacilline à 5 Ces antibiotiques sont moins actifs en milieu acide, d’où
µg. Les souches sensibles ont une CMI ≤ 0,06 mg/l ; les recommandations du CA-SFM de ne pas incuber les
parmi les PSDP, on distingue les souches intermédiaires antibiogrammes de pneumocoques sous une
(ou bas niveau de résistance) si 0,1 mg/l < CMI ≤ 2 mg/l atmosphère enrichie en CO2. Cet effet est
et résistantes si CMI > 2 mg/l. particulièrement marqué pour la télithromycine (ne pas
En ce qui concerne les autres β-lactamines (amoxicilline rendre R à cet antibiotique s’il a été testé sous CO2).
AMX, ampicilline AMP, céfotaxime CTX, ceftriaxone L’atmosphère enrichie en CO2 sera réservée aux
CRO), le disque d’oxacilline ne peut apprécier le niveau souches qui ne poussent pas sous air ambiant.
de résistance à ces antibiotiques. L’utilisation d’autres Le principal mécanisme de résistance est la modification
disques de β-lactamines ne le permet pas non plus. En de cible par méthylation ribosomale : résistance de type
conséquence, notamment en cas d’infection sévère, MLSB (gènes erm). L’expression de cette résistance est le
d’échec clinique ou devant toute souche de PSDP (oxa plus souvent inductible chez le pneumocoque.
< 26 mm), le CA-SFM recommande de déterminer la CMI La résistance MLSB concerne les macrolides à noyau
d’au moins une des β-lactamines dont les propriétés lactone à 14 atomes (érythromycine, oléandomycine,
pharmacodynamiques sont compatibles avec une roxithromycine, clarithromycine, dirithromycine), ceux à
efficacité thérapeutique, en particulier l’antibiotique 15 atomes (azithromycine) et à 16 atomes (josamycine,
prescrit. La résistance acquise à la pénicilline G est spiramycine), ainsi que les lincosamides (lincomycine,
croisée avec toutes les autres β-lactamines, mais à des clindamycine), la streptogramine B (une partie de la
niveaux variables en fonction des antibiotiques, pristinamycine et la quinupristine). Ce mécanisme est
permettant l’utilisation des molécules les plus actives. détecté par la mise en évidence d’un effet antagoniste
Les souches catégorisées comme « intermédiaires » (ou entre l’érythromycine (inducteur) et la clinda- ou la
résistantes de bas niveau) doivent être considérées lincomycine (non inducteur) : aplatissement de la zone
comme résistantes en cas de méningite, mais sensibles d’inhibition autour de l’antibiotique non inducteur,
à fortes doses en cas d’infection respiratoire. formant une zone en D. En cas de phénotype MLSB,
Les méthodes les plus utilisées pour déterminer la CMI l’érythromycine, la lincomycine, la spiramycine, la
sont celles avec bandelettes de type E-test®. Il est clindamycine sont catégorisées R, tandis que la
préconisé d’utiliser un contrôle de qualité avec des CMI pristinamycine et la télithromycine restent sensibles.
déterminées sur la pénicilline, l’AMX, le CTX, et de suivre En cas de phénotype MLSB constitutif (absence
les recommandations des fabricants. Il est fondamental d’induction entre érythromycine et télithromycine), la
d’utiliser des bandelettes bien conservées : pour cela, il télithromycine n’est plus sensible ; mais ces souches
convient de vérifier l’absence d’humidité (regarder la sont très rares.
couleur des déshydratants), respecter strictement la
Un autre mécanisme de résistance possible est l’efflux
température de conservation (si elles sont congelées, ne
(absence d’antagonisme entre érythro- et lincomycine :
pas ouvrir le kit avant 30 min, sinon, les bandelettes
pas de lecture interprétative de l’antibiogramme),
prennent l’humidité). Pour la lecture, il faut pouvoir bien
conduisant à une résistance à l’érythromycine, mais la
observer les petites colonies, c’est-à-dire faire la lecture
lincomycine, la clindamycine, la spiramycine, la
à la lumière, avec une loupe. En pratique, il est
télithromycine et la pristinamycine restent sensibles.
exceptionnel de mesurer des valeurs de CMI > 8 mg/l
pour l’AMX et > 4 mg/l pour le CTX. L’observation de COTRIMOXAZOLE
telles CMI doit être vérifiée, au besoin dans un centre de Cet antibiotique doit être testé sur une gélose au sang
référence. de cheval hémolysé, car sur Mueller Hinton au sang, les
diamètres sont diminués, pouvant conduire à rendre
AMINOSIDES
une fausse résistance.
Le genre Streptococcus est résistant à bas niveau à tous
les aminosides, mais un effet synergique bactéricide FLUOROQUINOLONES
reste possible. Ce qu’il faut détecter est l’acquisition Les fluoroquinolones agissent par inhibition sélective
d’une résistance supplémentaire conduisant à une de la synthèse de l’ADN bactérien par action sur la
souche de haut niveau de résistance (HNR) ; pour cela, il gyrase responsable du surenroulement de l’ADN (gènes
convient d’utiliser des disques fortement chargés gyrA et gyrB), ou la topoisomérase IV responsable du
(500 µg) pour la streptomycine, la gentamicine et la désenchevêtrement des ADN en fin de réplication : soit
kanamycine (qui teste l’amikacine). Ainsi, le biologiste sur les 2 sous-unités C sous la dépendance du gène
pourra catégoriser les souches non pas en S, I ou R, mais ParC, soit sur les 2 sous-unités E, sous la dépendance du
en « bas niveau de résistance » (BNR = association gène Par E.
permise) ou HNR (association non permise). Les Les mécanismes de résistance peuvent être une
associations bactéricides pourront être utilisées pour les modification de cible suite à une mutation
infections sévères à pneumocoque comme les chromosomique dans une région du gène très
endocardites (toutefois très rares). conservée (gène QRDR), ou des mutations,

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principalement chez le pneumocoque, sur les gènes

gyrA et parC, ou bien un mécanisme d’efflux actif. Dès POUR EN SAVOIR PLUS
l’acquisition d’un mécanisme de résistance (en général  Thierry J., Perrier-Gros- Claude J.D., Masseron T.,
une première mutation parC), la CMI des Streptococcus Pneumoniae. In: Précis de bactériologie
fluoroquinolones anti-pneumococciques (lévofloxacine, clinique, ESKA 2000, N° 43: p 891 à 900.
moxifloxacine) augmente légèrement par rapport aux
 Le pneumocoque et sa pathologie, XIXe Colloque, Paris,
souches sauvages sans que cela justifie une
15 mars 2002, Médecine et maladies infectieuses 2002;
catégorisation en I ou R. Or, ces souches doivent être
32/SUPPL1/1s-86s.
détectées car elles sont susceptibles d’acquérir un haut
niveau de résistance sous traitement. Pour cela, il est  Chardon H. L’antibiogramme du pneumocoque. Revue
préconisé d’utiliser la norfloxacine dont la CMI, dès Francophone des Laboratoires 2008 ; 407:45-50.
l’acquisition d’une mutation, passe de 2-4 mg/l à
> 16 mg/l. Ainsi, le CA-SFM précise : « Le dépistage des
pneumocoques de sensibilité diminuée aux
fluoroquinolones est réalisé par la mesure de la
sensibilité à la norfloxacine. Si le diamètre autour du
disque de norfloxacine (chargé à 5 µg) est < 7 mm et/ou
si la CMI > 16 mg/l », il existe un risque élevé de
sélection in vivo de mutants résistants aux
fluoroquinolones et d’échec clinique ».

 Vaccination
Deux vaccins sont disponibles. Le vaccin
polysaccharidique Pneumo 23® est efficace sur 85 % des
souches les plus fréquentes, mais inefficace chez les
enfants de moins de 2 ans. Il est utilisé dans la
prévention des infections pneumococciques,
notamment respiratoires chez les personnes âgées de
plus de 65 ans.
Le vaccin conjugué 7-valent (Prévenar®), disponible
depuis 2003 (étendu à 13 valences fin 2010) est efficace
dès les premiers mois de vie. Il est indiqué chez les
enfants de 2 mois à 2 ans selon un schéma vaccinal de
deux doses à l’âge de 2 et 4 mois, suivies d’un rappel à
12 mois (une dose supplémentaire à 3 mois est
recommandée pour les prématurés et les nourrissons
ayant une pathologie les exposant à un risque élevé
d’infection invasive par le pneumocoque) ; il est
également indiqué chez les enfants de 2 ans à moins de
5 ans, non précédemment vaccinés et ayant un facteur
de risque de développer une infection invasive à
pneumocoques, selon un schéma vaccinal de deux
doses à deux mois d’intervalle, suivies d’une dose de
vaccin Pneumo23® au moins 2 mois après.
En France, la mise en place d’un plan antibiotique en 2002
et l’introduction du vaccin conjugué en 2003 ont conduit à
une diminution des infections invasives à pneumocoques
chez l’enfant de moins de 2 ans (méningites et
bactériémies) et à une baisse de la prescription des
pénicillines et des macrolides entre 2001 et 2007.
Un statut immunitaire déprimé ou d’autres maladies
associées sont des facteurs aggravants de l’infection à
pneumocoque. Le vaccin protéique universel n’a pas
encore été mis au point et la résistance aux
antibiotiques existe toujours, nécessitant une détection
adéquate et la poursuite des efforts de maîtrise de la
prescription antibiotique.

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