DR.

ARIECH MOUNIRA

MICROBIOLOGIE
ALIMENTAIRE
Le cours est destiné aux étudiants de la troisième année, spécialité :
Alimentation, nutrition et pathologies (Semestre 6)

2020‫‏‬

DÉPARTEMENT DE MICROBIOLOGIE ET BIOCHIMIE.

 Cours de Microbiologie alimentaire (Mic-Ali) pour 3ème Année Licence ANP.

Semestre : 6
Unité d’enseignement transversales1 UET3.2.1(O/P) : Les Microorganismes et l’Alimentation
Matière 1 : Microbiologie Alimentaire
Crédits : 5
Coefficient : 2
Objectifs de l’enseignement (Décrire ce que l’étudiant est censé avoir acquis comme compétences
après le succès à cette matière – maximum 3 lignes).
L’objectif est de former les étudiants en microbiologie alimentaires pour œuvrer
principalement dans des laboratoires d’entreprises du secteur agroalimentaire ou des
laboratoires spécialisés en analyses microbiologiques.
Connaissances préalables recommandées (descriptif succinct des connaissances requises pour
pouvoir suivre cet enseignement – Maximum 2 lignes).
Connaissances et acquis préalables en Biophysiques et Microbiologies générale.
Contenu de la matière :
I - Les Relations Aliments - Microorganismes - Consommateurs ** (a été dicté)
II - Rôle Et Signification Des Microorganismes Dans Les ALIMENTS
II - 1. Sources primaires de microorganismes
II - 2. Altérations microbiennes des aliments
II - 3 . Principaux paramètres de contrôle de la prolifération microbienne dans nos
Aliments
II - 4 . La microbiologie prédictive.
III. Les Maladies Microbiennes Transmises Par Les Aliments
III. Principales maladies bactériennes transmises
III - 1. Toxi-infections à Salmonella
III - 2. Entérotoxicose staphylococcique Voir Matière
MIAA
III - 3. Toxi-infections à Clostridium perfringens
III - 4 . Intoxination botulinique
III - 5. Autres maladies liées à la consommation d’aliments
III - 5 - 1. Bacillus cereus
III - 5 - 2. Vibrio cholerae et V. parahaemolyticus
III - 5 - 3. Listeria monocytogenes
III - 5 - 4. Escherichia coli
III - 5 - 5. Yersinia enterocolytica
III - 5 - 6. Campylobacter jejuni (ou Vibrio fetus)
III - 5 - 7. Shigella dysenteriæ , S. sonnei , S. flexneri , S. boydii
IV . Les Mycotoxines
V.Principales Maladies Parasitaires Transmises Par Les Aliments
V - 1 Protozoaires (unicellulaires)
V - 2 – Helminthes
VI. LES virus en agroalimentaire
VI - 1. Généralités les virus en industrie agroalimentaire
VI - 2 . Recherche des particules virales dans nos aliments

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Mode d’évaluation : (type d’évaluation et pondération) :

Contrôle continu et Examen semestriel

Références bibliographiques
1. Professeur Jean-Louis CUQ.2007. MICROBIOLOGIE ALIMENTAIRE. Université
Montpellier II Sciences et Techniques du Languedoc.
2. les relations aliments – nutrition – intoxications alimentaires.
http://www.chu-rouen.fr/ssf/alimentfr.html
3. - la sécurité alimentaire en Europe
http://europa.eu.int/comm/food/fs/intro/index_en.html
4. Le Centre Européen de Prévention des Risques (CEPR)
http://www.cepr.tm.fr/fr/observatoire/index.asp

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II.4. La Microbiologie prévisionnelle

II.4.1. Définitions

La microbiologie prévisionnelle est une nouvelle discipline qui vise à prévoir le

développement des micro-organismes dans les aliments à l'aide de modèles
mathématiques.
Les modèles primaires décrivent l'évolution d'une population microbienne en fonction
du temps et les modèles secondaires décrivent l'effet des facteurs environnementaux
(température, pH, ...) sur les paramètres des modèles primaires.
Différentes approches peuvent être utilisées pour construire ces modèles. Chacune
présente des avantages et des inconvénients qu'il est important de prendre en compte
pour assurer une utilisation optimale des modèles. Cette discipline en pleine expansion
offre déjà des outils intéressants complémentaires aux méthodes traditionnelles pour le
contrôle de la sécurité alimentaire.

La microbiologie prévisionnelle ou quantitative (predictive microbiology) a été définie

par Roberts et Jarvis en 1983. C’est la discipline qui s’intéresse au développement de
modèles mathématiques de prédiction de l’effet des facteurs environnementaux au sein
des produits alimentaires sur :

• la croissance des micro-organismes

• la production de métabolites
• la survie des micro-organismes

Prédire,
 c’est estimer les risques
 c’est anticiper sur les dangers
 c’est assurer la qualité des aliments

II.4.2. Principaux logiciels de microbiologie prévisionnelle

• Pathogen Modelling Program (Buchanan, USA, 1991)

• Decision Support System (Zwietering, NL, 1992)
• Food Micromodel (Mc Clure & al, UK, 1994)
• Ask-me (Rosso, France, 1995)
• Sym’Previus (Collectif, France, 2005)

II.4.3. Applications de la microbiologie prévisionnelle

 Détermination des dates limites de consommation (DLC) : notion de dose minimale
infectieuse (DMI).
 Optimisation de procédés et les adapter afin de garantir la sécurité de l’aliment :
traitements thermiques, conditions de conservation…
 Aide au développement de nouveaux produits : formulation et procédé
 Détermination des limites critiques des facteurs environnementaux
 Exemple: détermination des points critiques microbiologiques (HACCP)
HACCP: Hazard Analysis Critical Control Point: Système qui identifie, évalue et maîtrise
les dangers significatifs au regard de la sécurité des aliments

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II.4.4. Limites de la microbiologie prévisionnelle

• Non prise en compte de certaines conditions environnementales et des phénomènes de

compétition nutritionnelle
• Les interactions entre microorganismes et les situations de stress microbien ne sont pas
encore intégrés dans les modèles
• Validation rare sur milieux complexes, solides comme les matrices alimentaires

II.4.5. Conclusion sur la microbiologie prévisionnelle

• Anticipation et maîtrise des risques

• Praticabilité, rigueur, accès aux utilisateurs
• Indissociable de l’expérience

II.4.6. Dans les années à venir :

• Elargissement vers l’appréciation des risques pour le consommateur

• Prises en compte de scenarii de plus en plus divers, et de plus en plus complexes

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IV. Les Mycotoxines

IV.1. Généralités

La qualité sanitaire des produits alimentaires peut être menacée par toute une gamme
de contaminants, incluant des toxines d’origine naturelle. Parmi celles-ci figurent les
mycotoxines.
Le terme « mycotoxine » trouve son origine dans les racines grecques « mycos »
(champignon) et « toxicum » (poison). Il désigne les métabolites secondaires produits
par des champignons filamenteux (ou moisissures) et présentant un risque pour la
santé de l’Homme et des animaux.
La plupart des mycotoxines sont chimiquement stables, résistent aux températures
élevées, aux conditions de stockage et procédés de transformation, et se retrouvent
dans les produits finis.
Plus de mille ont déjà été décrites, dont une trentaine avec des effets sur la santé
préoccupants.
Une même toxine peut être élaborée par diverses espèces fongiques et, inversement,
une même souche fongique peut produire plusieurs mycotoxines.
La présence du champignon ne prouve pas la présence de mycotoxines et une toxine
peut persister alors que le champignon a disparu.
La production de mycotoxines par le champignon dépend fortement des stress
environnementaux auquel il est soumis. Les conditions de culture et de stockage du
grain (température, hygrométrie) peuvent donc faire varier fortement le niveau de
contamination par la mycotoxine, à niveau de contamination fongique égal.
La présence de mycotoxines dans des aliments a été mise en évidence pour la première
fois en 1960, lors de la « maladie X du dindon », une mortalité très élevée observée
dans un élevage de dindes en Grande-Bretagne. Il s’agissait d’aflatoxines produites
par des souches d’Aspergillus flavus qui s’étaient développées sur les tourteaux
d’arachide distribués aux animaux.
Les produits végétaux, et en particulier les céréales et les fruits secs, sont les substrats
privilégiés des champignons producteurs de mycotoxines.
Une trentaine de mycotoxines sont actuellement considérées comme d’importance
mondiale du fait des effets sur la santé humaine et animale et des pertes économiques
considérables que leur présence engendre sur la productivité animale, les rendements
et la qualité des récoltes ainsi que sur les échanges commerciaux .
Quatre groupes de mycotoxines sont considérés comme les plus préoccupants du point
de vue agro-alimentaire et sanitaire :

 les aflatoxines,
 les ochratoxines,
 les fusariotoxines,
 la patuline.

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Le tableau suivant présente les principales toxines, les champignons qui peuvent les produire
et les matières premières où elles se développent en général.

IV.2. Exposition de l’être humain aux mycotoxines

L’être humain peut être exposé aux mycotoxines par les voies cutanée, respiratoire et
alimentaire. L’exposition par voie cutanée et respiratoire reste très peu documentée à ce jour.

L’exposition par voie respiratoire résulte de l’inhalation de particules contenant des

mycotoxines (poussières de substrats contaminés, spores fongiques ou fragments de
mycélium). Le maniement de produits céréaliers (moisson, transport, stockage,
transformation…) est l’une des principales sources d’émission de poussières
contaminées par des mycotoxines. Aussi les opérateurs du secteur agricole sont
directement concernés par cette exposition. Des spores fongiques de moisissures
toxinogènes peuvent aussi se retrouver dans l’environnement intérieur d’habitations
humides propices au développement de moisissures sur les papiers, cartons et bois.
Les occupants de ces locaux sont alors susceptibles d’inhaler des spores libérées dans
l’atmosphère de la maison, et en conséquence les éventuelles mycotoxines qu’elles
renferment.
Beaucoup plus étudiée est l’exposition aux mycotoxines par voie alimentaire. Des
études ont clairement démontré que les aliments et produits d’origine végétale, et en
particulier les céréales, représentent la source d’exposition la plus préoccupante. En
effet, les céréales, qui sont une des composantes majeures de l’alimentation de l’être
humain, sont aussi des substrats privilégiés pour les champignons producteurs de
mycotoxines. D’autre part, les mycotoxines ne sont que partiellement détruites par les
procédés technologiques (cuisson, lyophilisation, fermentation, fractionnement…) et
se retrouvent dans les produits transformés tels que le pain, les biscuits et les pâtes.
Les autres produits d’origine végétale susceptibles d’être contaminés par des
mycotoxines sont les fruits et légumes secs, les épices, le café, le cacao, les jus de
fruits et leurs produits de fermentation. Il ne faut pas non plus négliger le risque de
contamination de certains produits d’origine animale, et en particulier le lait, les
viandes et les abats. Dans ces denrées, la présence de mycotoxines ou de leurs
métabolites résulte principalement de la consommation d’aliments contaminés par les

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animaux d’élevage. En outre, dans le lait et les produits dérivés (fromages par
exemple), la production de mycotoxines par des moisissures indésirables, ou même
par des moisissures nécessaires à l’élaboration du produit, ne peut pas être totalement
exclue . En ce qui concerne les foies, muscles et graisse de volaille, des événements
de contamination ont été rapportés. Par ailleurs, alors que des études expérimentales
avec distribution d’aliments très contaminés ont suggéré la possibilité d’un transfert de
mycotoxines dans les œufs. aucune enquête n’a mis en évidence des niveaux
préoccupants de toxines dans les produits issus d’élevage de volailles.

IV.3. Quelle protection des consommateurs ?

La maîtrise du risque mycotoxique reste toujours d’actualité.

Il passe par la mise en place des moyens de prévention incluant des stratégies
agronomiques, l’amélioration des conditions de récolte et de stockage et du suivi tout
au long de la chaîne alimentaire.
Les réglementations instaurées dans de nombreux pays ont permis de limiter les
mycotoxicoses aiguës liées à la consommation d’un aliment fortement contaminé. Ce
qui inquiète toujours les toxicologues et épidémiologistes, ce sont les conséquences de
la toxicité chronique liée à l’exposition aux faibles doses et aux mélanges
caractéristiques de ce type de contamination.

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V. Principales Maladies Parasitaires Transmises Par Les Aliments

V.1. Généralités :

 Les parasites sont des organismes vivants qui sont protégés et nourris par des
organismes vivants, leurs hôtes.
 Plus de 100 parasites susceptibles d’être transmis à l’homme par la nourriture ou l’eau
et causer des maladies sont connus aujourd’hui.
 Les parasites les plus communs sont les vers (Helminthes), comme les ténias et les
ascaris, mais beaucoup sont des organismes unicellulaires microscopiques. Au nombre
de ces organismes parasitaires unicellulaires ou protozoaires figurent Toxoplasma
gondii, Giardia duodenalis et Cryptosporidium spp.
 Les conséquences d’une infection parasitaire d’origine alimentaire dépendent du type
de parasite, mais l’état de santé général de la personne infectée joue aussi un rôle
essentiel.
 Il est important pour la santé publique que notre alimentation soit exempte de ces
agents pathogènes.

V.2. Les dix parasites alimentaires les plus dangereux pour l'Homme

Une liste des dix parasites d'origine alimentaire les plus nuisibles à l'échelle mondiale vient
d'être publiée par l'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO).
Objectif : élaborer de nouvelles normes pour le commerce alimentaire mondial permettant
d'aider les pays à contrôler la présence de ces parasites dans la chaîne alimentaire.

1. Taenia solium : ténia du porc, dans la viande de porc

2. Echinococcus granulosus (ver hydatide), dans les produits frais
3. Echinococcus multilocularis (type de ténia), dans les produits frais
4. Toxoplasma gondii (protozoaire), dans la viande des petits ruminants, la viande de
porc, de bœuf, de gibier (viande rouge et organes)
5. Cryptosporidium spp. (protozoaire), dans les produits frais, les jus de fruits, le lait
6. Entamoeba histolytica (protozoaire), dans les produits frais
7. Trichinella spiralis (ténia du porc), dans la viande de porc
8. Opisthorchiidae (famille de vers plats), dans le poisson d'eau douce
9. Ascaris spp. (petits vers ronds), dans les produits frais
10. Trypanosoma cruzi (protozoaire), dans les jus de fruits

V.3. Les parasites par continent

Il est difficile de connaître la diffusion mondiale des parasites, classés biologiquement en

protozoaires et helminthes (mais plus connus sous les noms de ténias, vers plats et vers
ronds), car de nombreux pays n'imposent aucune obligation de notifier leur présence aux
autorités de santé publique.

En Europe, plus de 2 500 personnes sont victimes chaque année d'infections

parasitaires d'origine alimentaire. En 2011, l'Union européenne comptait 268 cas de
trichinellose et 781 cas d'échinococcose.

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En Asie, il n'existe pas de données précises à l'échelle nationale mais les maladies
parasitaires sont largement répandues et reconnues comme un problème majeur de
santé publique dans de nombreux pays.
La plupart des pays africains ne disposent d'aucune donnée sur la prévalence des
parasites d'origine alimentaire chez l'homme en raison d'un manque de systèmes de
surveillance.
Aux Etats-Unis, la neurocysticercose, causée par le Taenia solium, est la cause unique
la plus répandue de crises épileptiques dans certaines régions où 2 000 personnes en
sont atteintes chaque année. La toxoplasmose est une cause principale de maladies et
de décès d'origine alimentaire.

V.4. Quelques recommandations pour éviter les parasites alimentaires

Le rapport FAO/OMS énumère un certain nombre de moyens de réduire le risque d'infections

dues aux parasites. Il conseille :

 aux agriculteurs d'utiliser des engrais biologique et de contrôler attentivement leur

compostage sans contamination fécale.
 La qualité de l'eau doit également être surveillée de près.
 Les consommateurs doivent bien cuire toutes les viandes et de n'utiliser que de l'eau
propre pour laver et préparer les légumes.

V.5. Pourquoi cette liste des principaux parasites alimentaires ?

 La liste et le rapport ont été rédigés suite à une requête émise par la Commission du
Codex Alimentarius (Codex), organe mondial des normes alimentaires, demandant à
la FAO et à l'OMS d'examiner l'état actuel des connaissances sur les parasites présents
dans les aliments et leurs impacts sur la santé publique et le commerce.
 Le Service de la sécurité sanitaire et de la qualité des aliments de la FAO et l'OMS
sont intervenus en organisant conjointement un appel mondial à l'information, auquel
ont répondu 22 nations et un organe régional, qui a été suivi d'une évaluation et d'une
analyse réalisée par 21 experts sur l'impact des parasites d'origine alimentaire.
 A partir de ces travaux, une liste initiale de 93 parasites a été élaborée avant d'être
restreinte aux 24 parasites les plus nuisibles, sur la base des critères suivants :

1. nombre de maladies mondiales,

2. répartition mondiale,
3. morbidité aiguë,
4. morbidité chronique,
5. impact économique.

 Le Comité du Codex sur l'hygiène alimentaire est désormais en train d'élaborer de

nouvelles directives pour lutter contre ces parasites. La FAO et l'OMS soutiennent ce
processus en dispensant des conseils scientifiques et techniques.
 Le but est d'élaborer de nouvelles normes pour le commerce alimentaire mondial
permettant d'aider les pays à contrôler la présence de ces parasites dans la chaîne
alimentaire.
 "Naturellement, il s'agit d'une perspective mondiale plus générale et la liste ne reflète
pas nécessairement les classements des parasites au niveau national où chaque pays

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peut disposer d'informations plus précises", a déclaré Mme Renata Clarke, responsable
de la sécurité sanitaire et de la qualité des aliments à la FAO. "Cependant, au vu des
problèmes qu'ils causent, ces parasites ne reçoivent pas l'attention qu'ils méritent.
Nous espérons que la publication de cette liste permettra de sensibiliser davantage les
responsables politiques, les médias et le grand public sur cet important problème de
santé publique", a-t-elle ajouté.

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VI. LES virus en agroalimentaire

VI.1. Les maladies virales d’origine alimentaire

Les maladies virales d’origine alimentaire trouvent leur source dans toutes sortes de virus
susceptibles de contaminer les aliments à tous les niveaux de la chaîne d’approvisionnement.

Les maladies d’origine alimentaire (c.-à-d. les maladies provoquées par la consommation
d’aliments contaminés) représentent à l’échelle mondiale un fardeau de plus en plus pesant
pour la santé publique. Il est apparu qu’une part significative des toxi-infections alimentaires
est d’origine virale.

VI.2. Qu’est-ce qu’un virus?

 Les virus sont des micro-organismes infectieux de très petite taille (c.-à-d. en moyenne
d’une taille cent fois inférieure à celle de la plupart des bactéries) constitués d’un
génome d’ADN ou d’ARN entouré d’une capsule protéinique.
 À la différence des bactéries, les virus ne peuvent se reproduire qu’à l’intérieur de
cellules vivantes d’autres organismes.
 Cependant, de nombreux virus font preuve d’une très grande résistance quand ils sont
soumis à des conditions difficiles comme la chaleur, la congélation, l’exposition aux
UV et autres, et sont capables de survivre pendant de longues périodes dans les
aliments ou dans l’environnement.
 La majorité des infections virales sont transmises par contact humain, le risque de
contamination via les aliments constituant un risque mineur dans le contexte global.

VI.3. Quels virus sont le plus souvent à l’origine d’une intoxication alimentaire?

La majorité des maladies alimentaires d’origine virale sont souvent causées par un nombre
restreint de virus, au nombre desquels:

 les norovirus (ils sont à l’origine de la gastro-entérite, qui est l’infection virale
d’origine alimentaire la plus courante et qui se caractérise par des diarrhées, des
vomissements et des douleurs abdominales) ;
 l’hépatite A et l’hépatite E (qui provoquent une inflammation du foie);
 les rotavirus (particulièrement associés à la gastro-entérite infantile).

VI.4. Comment les virus d’origine alimentaire se propagent-ils?

Tous les virus d’origine alimentaire proviennent des intestins des hommes et des animaux. De
ce fait, ils sont souvent véhiculés par les fèces ou autres fluides corporels. Comme les virus ne
se reproduisent pas dans les aliments, la propagation des virus via les aliments a trois causes
majeures:

 la manipulation des aliments sans respecter une hygiène suffisante;

 le contact des aliments avec des déjections animales, les effluents humains ou les eaux
d’égout;
 la consommation d’animaux eux-mêmes contaminés par des virus (par exemple, la
viande, le poisson, etc.).

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La part relative des différents modes de transmission des virus provoquant des maladies
d’origine alimentaire n’a pas été déterminée.

VI.5. Aliments associés aux maladies alimentaires d’origine virale

Les aliments le plus souvent associés aux maladies alimentaires d’origine virale sont:

 les coquillages (comme les huîtres, les moules, etc.), les crustacés et leurs sous
produits, récoltés ou élevés dans des eaux à proximité d’une sortie d’égout (par
exemple, à proximité des stations d’épuration);
 les fruits et légumes cultivés sur des terres fertilisées avec des déjections animales ou
irriguées avec des eaux contaminées;
 les viandes insuffisamment cuites.

VI.6. Comment détecter les virus dans les aliments?

 La détection des virus d’origine alimentaire n’est pas aisée et requiert une méthode
différente de celle utilisée pour la détection des bactéries d’origine alimentaire.
 Comme les virus ne peuvent être cultivés en laboratoire comme les bactéries, il faut
souvent recourir à des techniques moléculaires afin de les extraire, les purifier et les
identifier.
 On ne dispose pas partout de méthodes standardisées de détection des virus, si bien
qu’il est difficile de fixer des normes pour la présence de virus dans les aliments.
 On se fonde souvent sur des analyses microbiologiques pour le contrôle de la qualité,
alors qu’il a été prouvé que ces critères ne suffisent pas à protéger des maladies
alimentaires d’origine virale.
 Cependant, le Comité européen de normalisation a récemment développé et rendu
publique une méthode de laboratoire standardisée (c.-à-d. une méthode agréée,
utilisable par différents laboratoires et donnant des résultats comparables) permettant
de détecter et de chiffrer la présence de norovirus et d’hépatovirus dans différents
aliments tels que les coquillages, les fruits, les produits frais et l’eau en bouteille.

VI.7. Comment éviter et maîtriser l’apparition de maladies alimentaires d’origine

virale?

Les antibiotiques étant inefficaces contre les virus, il faut donc recourir aux mesures suivantes
de prévention pour essayer d’enrayer les maladies alimentaires d’origine virale:

 sensibiliser et former aux règles d’hygiène (par exemple se laver les mains, laver les
fruits et légumes et les manipuler correctement, conserver les aliments au réfrigérateur
et cuire suffisamment la viande). Ces règles sont particulièrement importantes dans les
lieux comme les hôpitaux où de la nourriture est préparée pour des personnes malades
ou fragiles,
 en cas de maladie, relever de leur poste les employés habituellement affectés au
service,
 utiliser de l’eau propre pour irriguer les cultures, particulièrement celles qui ne seront
pas transformées,
 éviter d’utiliser du fumier d’origine animale pour fertiliser les cultures,
particulièrement celles qui ne seront pas transformées,

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 pratiquer la conchyliculture dans des eaux de mer propres, protégées de toute

contamination par les égouts.

VI.8. Conclusion

De nombreux virus sont associés aux maladies d’origine alimentaire, mais les norovirus et les
hépatovirus représentent un risque majeur. Pour limiter la propagation de ces maladies, une
conscience accrue de l’importance de l’hygiène et des formations aux bonnes pratiques de
production et de manipulation des aliments sont nécessaires. L’amélioration des méthodes de
détection permettra de mieux contrôler la présence de virus dans les aliments en général, et
diminuera en particulier les risques pour les aliments généralement associés aux maladies
alimentaires virales.

Bon courage

14 Dr. ARIECH Mounira (2019-2020)