ENZIMAS EN BIOLOGIA MOLECULAR

Las técnicas de biología molecular implican manipulaciones de los ácidos nucleicos, tales como
amplificación, degradación, corte, unión, marcaje, secuenciación, etc...
Todas estas acciones son posibles gracias a la actividad catalizadora de enzimas específicas que
son aisladas de virus, bacterias y células eucariotas.

Tipos
-Nucleasas -Enzimas de restricción
-DNA polimerasas -Retrotranscriptasas
-Desoxinucleotidil transferasa terminal (Tdt) -Ligasas
-Topoisomerasas

➢ Nucleasas
Cortan y degradan los AN mediante hidrólisis del enlace fosfodiéster entre dos nucleótidos
.Según el tipo de AN:
-Nucleasas de RNA (RNAasa o ribonucleasa)
-Nucleasas de DNA (DNAasa o desoxirribonuleasa)

.Según el tipo de cadena:

-Actúan en moléculas bicatenarias rompiendo enlaces en ambas cadenas
-Actúan sobre moléculas monocatenarias
>Según el punto de corte:
.Exonucleasas: eliminan nucleótidos uno a uno desde un extremo (5´ a 3´, 3´ a 5´ o
en ambas direcciones)
.Endonucleasas:
▪ Cortan en puntos intermedios de la molécula
▪ Algunas, como la DNAasa I, producen la rotura del enlace fosfodiéster
entre dos nucleótidos en una sola de las cadenas. Estas roturas se
denominan mellas (nick) y son fundamentales para un tipo de marcaje
de sondas (nick traslation o desplazamiento de mella)

>Según la especificidad del corte:

o Aleatorio
o En lugares concretos (enzimas de restricción)

➢ Enzimas de restricción
Son endonucleasas bacterianas que reconocen secuencias cortas de DNA (entre 4 y 8 pb) y
producen un corte en la molécula, originando los fragmentos de restricción.
A las secuencias de reconocimiento se las denomina dianas de restricción.

• Tipos

• Tipo I:
El corte se efectúa en una región anterior o posterior de la diana a una distancia
aleatoria de hasta 1000 pb.
No se utilizan ya que los cortes no son idénticos en todas las ocasiones.

• Tipo II
Efectúan el corte en lugares específicos, generalmente dentro de la misma diana.
Son las más empleadas ya que generan siempre los mismos cortes.

• Tipo III
Cortan fuera de la diana de restricción, pero a una distancia de 25-30 pb.

• Nomenclatura
o En cursiva
o Tres letras y un número romano
▪ 1ª letra inicial del género
 ▪ Las otras dos: de la especie
o Número: orden en que se ha obtenido

Ejemplo: Pvu II
 Segunda enzima obtenida de Proteus vulgaris

Otros ejemplos:
EcoR I: Escherichia coli RY 13 Hae III: Haemophilus aegyptius
Not I: Nocardia otididiscaviarum Taq I: Thermus aquaticus
Hpa I: Haemophylus parainfluenzae

1. Enzimas de restricción: tipos de corte

• Extremos romos:
El corte se produce en el mismo punto en las dos cadenas, generalmente en el centro de la diana
de restricción

• Extremos cohesivos:
El corte se produce en puntos distintos de ambas cadenas; normalmente en los extremos de la
diana de restricción.
Esto genera en cada extremo sendas regiones monocatenarias cortas y complementarias entre sí,
lo que hace que sean muy reactivos al poderse adherir a fragmentos de DNA que tengan
secuencias de bases complementarias.

2. Patrones de restricción
Una enzima de restricción presenta un número relativamente pequeño de dianas de restricción.
Por ello, la digestión de un DNA con esa enzima origina un número discreto de fragmentos de
diferente tamaño
Estos fragmentos pueden separarse por electroforesis en gel, obteniéndose un conjunto de
bandas que es único para un DAN en particular y que se denomina patrón de restricción

➢ DNA polimerasas
Enzimas que permiten realizar copias de moléculas de DNA mediante replicación

➢ Retrotranscriptasas o Transcriptasas inversas

Enzimas DNA polimerasas-RNA dependientes, ya que sintetizan moléculas de DNA
utilizando RNA como molde.
El DNA sintetizado se denomina DNA copia o complementario (DNAc)
Si se conoce la secuencia de aa´ de una proteína en cuestión, se puede sintetizar “in vitro”
el ARNm correspondiente, o bien aislar de la célula el ARNm deseado, reconociéndolo, por
técnicas de hibridación.
Utilizando el ARNm deseado, mediante la retrotranscriptasa o transcriptasa inversa, se
sintetiza el ADN correspondiente.

➢ Desoxinucleotidil transferasa terminal (Tdt)

Enzima DNA polimerasa que cataliza la incorporación de desoxinucleótidos al extremo 3´ de
una molécula de DNA.
A diferencia de otras polimerasas, no requiere de un cebador ni de una cadena molde
En presencia de una molécula bicatenaria de DNA y desoxinucleótidos, sintetiza colas de
DNA monocatenario en ambos extremos 3´.

➢ Ligasas
Enzimas que catalizan la unión de dos moléculas de DNA mediante la formación de
enlaces fosfodiéster entre los extremos 3´de una molécula y el 5´de la otra.
Existen también ligasas de RNA que permiten circularizar moléculas monocaterias

➢ Topoisomerasas
Enzimas que permiten la relajación de la tensión de la doble hélice de DNA en zonas
próximas a las burbujas de replicación o transcripción.
Uso: para relajar estructuras superenrrolladas de DNA, como paso previo a la aplicación
de otras técnicas.
 REPLICACIÓN DEL ADN

Es el proceso mediante el cual se hacen copias fieles del DNA que garanticen la transmisión y
conservación de la información genética, para ello una molécula de ADN se duplica para dar
lugar a dos moléculas de ADN hijas idénticas, que conservan la misma secuencia de bases que
la molécula inicial.

La replicación se lleva a cabo en la fase de síntesis (S) del ciclo celular. Esta etapa es un paso
obligado para realizar la división celular. Por lo tanto, mediante la replicación el ADN se copia
para transmitirse a la descendencia.

CARACTERISTICAS GENERALES DE LA REPLICACIÓN

La replicación presenta varias características comunes a procariotas y eucariotas:

Es semiconservativa: en cada molécula hija, una de las cadenas procede de la molécula original
que se replica y la otra cadena es de nueva síntesis.

Comienza en un origen de replicación. La replicación comienza en unos puntos de iniciación

concretos denominados orígenes de replicación. El cromosoma bacteriano de procariotas tiene
un único origen de replicación mientras que en los cromosomas eucariotas hay muchos, por lo
que la replicación se inicia de manera simultánea en varios puntos de cada cromosoma

Es bidireccional y secuencial. A `partir del origen de replicación, las dos cadenas de ADN
molde se separan y la síntesis de las nuevas cadenas se produce en ambas direcciones, lo que da
lugar a dos horquillas de replicación

Es semidiscontinua. La síntesis de las cadenas nuevas se produce siempre en dirección 5’-3’,

por lo que la cadena molde tiene que leerse en dirección 3’-5’. Al ser bidireccional desde el origen
de replicación, se plantea un problema: en uno de los dos sentidos, la cadena nueva puede
crecer de manera continua a medida que avanza la horquilla de replicación, puesto que la hebra
molde se lee en la dirección correcta 3’-5’, pero en el sentido contrario la cadena nueva no se
puede sintetizar de manera continua porque se tendría que leer la hebra molde en la dirección
incorrecta 5’-3’. Por ello, a uno de los lados del origen de replicación, la nueva cadena se
sintetiza de manera discontinua, en forma de fragmentos de Okazaki. La hebra que se sintetiza
de manera continua se llama hebra adelantada o conductora y la hebra que se sintetiza a
fragmentos se denomina hebra retardada

La replicación es muy precisa. En E. coli se comete un error cada 109 1010 nucleótidos
adicionados
Los posibles errores en la incorporación de bases se reparan gracias a la actividad exonucleasa
del ADN polimerasa III
Nucleasas o DNasas: enzimas que degradan el DNA:
.Exonucleasas: degradan desde un extremo del ácido nucleico. Actividad exonucleasa 5’→3’ ó
3’→5’
.Endonucleasas: degradan en sitios internos

LAS ENZIMAS DEL PROCESO DE REPLICACIÓN

La replicación de ADN es un proceso complejo que se puede dividir en fases y en el que

participan múltiples enzimas:

• Helicasa. Es una enzima encargada de separar las dos hebras del ADN mediante la rotura
de los puentes de hidrógeno del ADN que se establecen entre las bases nitrogenadas de
las dos cadenas del ADN. Ocasiona superenrollamientos positivos a los lados de la
burbuja de replicación.

• Proteínas de unión a cadena sencilla (SSB, singlestrand ADN binding proteins): se

unen a las cadenas desenrolladas, evitando la formación de los puentes de hidrogeno
entre las dos cadenas separadas por la helicasa y permiten que se copien
 • Topoisomerasas: La separación de las dos cadenas de ADN en la burbuja de replicación
genera un superenrollamiento en el resto de la doble hélice. Estas enzimas relajan la
tensión de la doble hélice mediante cortes y empalmes.

• ADN polimerasa: Es una enzima constituida por unos mil aa que se encuentra en el
núcleo y en las mitocondrias. Esta enzima es incapaz de iniciar una cadena de novo; su
papel se limita a añadir desoxinucleótidos al extremo 3’ de una cadena en crecimiento y
es incapaz de añadirlos al extremo 5’. La ADN polimerasa no puede iniciar una cadena,
solo puede elongar una preexistente de ADN o ARN, añadiendo desoxinucleótidos en la
dirección 5’-3’ siempre y cuando haya un extremo 3’ disponible. La secuencia de
desoxinucleótidos que incorpora es complementaria de la secuencia de la cadena molde
que se está leyendo.

.En procariotas existen 3 tipos de ADN polimerasas, que se nombran con números romanos: I, II
y III.
DNA pol I: Funciones de limpieza y reparación. Elimina el cebador y sustituye el RNA cebador
por DNA
DNA pol II: participa en la reparación del ADN, el reinicio de la replicación para evitar lesiones
DNA pol III: Enzima principal polimerizante

.En eucariotas existen 5 tipos, que se nombran con letras griegas:

La DNApol α: añade los primeros o cebadores ARN y 10-15 d-ribonucleótidos

La DNApol δ: completa el fragmento de Okazaki y sintetiza la hebra conductora
La DNApol : rellena los huecos que dejan los prímeros al ser eliminados
La DNApolβ no interviene en la replicación y está involucrada en la reparación de errores o
daños en el ADN.
La DNApol γ lleva a cabo la replicación del ADN mitocondrial

• Primasa: Es una enzima que sintetiza pequeños fragmentos de ARN de entre 8 y 10

nucleótidos de longitud, conocidos como cebadores o primers, complementarios a un
fragmento de ADN. La unión de los cebadores al ADN proporciona un extremo 3’ necesario
para que la ADN polimerasa lleve a cabo su acción.

• Rnasa H1: Es una enzima encargada de retirar los cebadores de ARN en eucariotas
durante la síntesis de los fragmentos de Okazaki y en los procesos de reparación del ADN

• Ligasa: Es la enzima responsable de unir los fragmentos de Okazaki entre si

FASES DE LA REPLICACIÓN

A) En procariotas

Fase de iniciación
Las zonas en el ADN donde se producen las burbujas de replicación no son aleatorias, se sabe
que existen secuencias de aproximadamente 300 pb que indican los lugares específicos donde
ha de comenzar la replicación. Estos sitios son ricos en A y T y son reconocidos por una serie de
proteínas llamadas, en conjunto, proteínas de reconocimiento del sitio de origen. Esta unión
activa las helicasas que rompen los puentes de hidrógeno entre bases complementarias y
separan las dos cadenas de ADN, con lo que se forma una burbuja de replicación.

Las SSB se unen a las cadenas separadas e impiden que se vuelva a formar la doble hélice. La
unión de las proteínas SSB al DNA es débil, por lo que son desplazadas cuando las polimerasas
comienzan la síntesis de las nuevas cadenas de ADN.

Simultáneamente se activan la topoisomerasa I (cortan una de las dos hebras) y la

topoisomerasa II o girasa (corta las dos hebras) que relajan la tensión de la zona de doble hélice
próxima a la burbuja de replicación. La acción de la helicasa permite que la burbuja de
replicación se extienda en los dos sentidos a lo largo del cromosoma, generándose dos regiones
en forma de Y en los extremos de la burbuja denominados horquillas de replicación, donde se van
a sintetizar las nuevas cadenas de ADN

Fase de elongación
La ADN polimerasa no puede iniciar la síntesis a partir de los desoxinucleótidos libres; por lo
tanto, necesita que la una ARN-polimerasa llamada primasa sintetice un cebador que es un
fragmento corto de ARN formado por unos diez nucleótidos.

Después la ADN polimerasa III, partiendo del cebador o primer, empieza a sintetizar una hebra
de ADN en sentido 5’-3’, a partir de desoxinucleótidos trifosfato. Esta nueva hebra tiene un
crecimiento continuo y se denomina hebra conductora.

Sobre la otra hebra (hebra retardada), que es antiparalela a la anterior, la ARN polimerasa
(primasa) sintetiza un primer cebador en una zona próxima a la horquilla inicial de replicación y
alejada del origen de replicación, pero, a medida que la horquilla de replicación avanza, se
requiere la síntesis sucesiva de nuevos cebadores que darán lugar a los fragmentos de Okazaki.

La primasa se separa de la cadena molde y entra la ADN polimerasa III que inicia la elongación
del cebador mediante la incorporación de desoxinucleótidos en la posición 3’ libre. A medida que
crece la cadena, la ADN polimerasa III se va desplazando sobre la cadena molde, leyendo su
secuencia e incorporando secuencialmente los desoxinucleótidos complementarios. En la cadena
conductora, la elongación de la cadena continua hasta que se fusionan ambas horquillas de
replicación (hay que recordar que el cromosoma bacteriano es circular). En la cadena retardada
la ADN polimerasa se separa de la cadena molde cuando la elongación de la cadena alcanza el
cebador del fragmento de Okazaki anterior.

La ADN polimerasa I se une a la cadena a nivel de los cebadores, los elimina mediante su
actividad exonucleasa 5’-3’ (rotura de enlaces fosfodiester a partir de un extremo nucleotídico
libre) y los sustituye por ADN mediante su actividad polimerasa

La ligasa une los fragmentos de Okazaki consecutivos, dando continuidad a la hebra retardada.
Los posibles errores en la incorporación de bases se reparan gracias a la actividad exonucleasa
de la ADN polimerasa III

Fase de finalización
El final de la replicación se produce cuando la ADN polimerasa III se encuentra con una
secuencia de terminación. Se produce entonces la finalización de la replicación.

B) En eucariotas

Las diferencias en la replicación del ADN entre procariotas y eucariotas no afectan al mecanismo
fundamental. Entre estas están:
-Como el ADN de las eucariotas está asociado con las histonas, la replicación debe tener en
cuenta la síntesis de estas proteínas. Se ha comprobado que las histonas originales se
mantienen en la hebra conductora, mientras que se forman muevas histonas que se unen a la
hebra de ADN retardada.

-El tamaño de los fragmentos de Okazaki es menor en los organismos eucariotas (100 a 200
nucleótidos) que en los procariotas (1000 a 2000 nucleótidos)

-Existen tres ADN polimerasas en procariotas y cinco en eucariotas.

-La replicación tiene un único origen en los procariotas, mientras que en los eucariotas existen
múltiples (cientos en cada cromosoma de mamíferos, lo que hace que haya varios miles en el
conjunto de su genoma). Cada unidad de replicación se denomina replicón u produce la síntesis
de fragmentos de 100 a 150 nucleótidos. La necesidad de numerosos puntos de origen de la
replicación resulta evidente, pues la cantidad de ADN en las células eucariotas es muchísimo
mayor. Si solo existiese un origen de replicación, el proceso necesitaría varios meses para
llevarse a cabo

-La velocidad de replicación en cada replicón es menor en los eucariotas (hasta 50 veces) que en
las procariotas
 TRADUCCIÓN DEL DNA
INTRODUCCIÓN

A través de este proceso la información almacenada en los ácidos nucleicos, específicamente en

el RNAm, permite la síntesis de las proteínas.

En este complejo proceso biosintético intervienen más de 300 moléculas, muchas de ellas
organizadas de manera precisa en el ribosoma.

Se ha estimado que la síntesis proteica consume alrededor del 90% del total de energía que la
célula destina a sus rutas biosintéticas, lo que da una idea de la magnitud e importancia de este
proceso.

La secuencia de aminoácidos de una proteína ha de provenir de la información almacenada en la

secuencia de bases de los ácidos nucleicos, en concreto en la secuencia del RNAm. Esta
información escrita en un lenguaje de cuatro letras, las bases nitrogenadas (A, G, C, T), debe ser
traducida a un lenguaje que se sustenta en 20 aminoácidos. La relación existente entre ambos
lenguajes se conoce como código genético, y sirve, a manera de “diccionario” para pasar de uno
a otro. La secuencia de bases del RNAm es quien determina la secuencia aminoacídica.

CÓDIGO GENÉTICO
El Código está formado por un grupo de tres bases nitrogenadas (triplete) o codones (unidades
de codificación), cuya presencia en la cadena polinucleotídica del RNAm codifica o da lugar a la
presencia de un aminoácido en la cadena polipeptídica.

Si la correspondencia se estableciese entre una base y un aminoácido, o lo que es lo mismo, si

cada base codificase un aminoácido, al existir sólo cuatro bases tan sólo podrían encontrarse
cuatro aminoácidos; si se combinasen dos bases para cada aminoácido, se podría hacer una
correspondencia entre las dieciséis combinaciones de bases (42) con dieciséis aminoácidos. La
existencia de veinte aminoácidos indica que son necesarias al menos combinaciones de tres
bases para codificar un aminoácido.

Los experimentos genéticos confirmaron que un grupo de tres bases codifica un aminoácido,
existiendo por lo tanto, 64 tripletes o codones (43 combinaciones posibles) que constituyen las
palabras del ácido nucleico.

Características principales del Código Genético

La secuencia de codones y el ordenamiento de los mismos en la molécula de RNm, es la clave de
la organización de la información genética que especifica una proteína.

1) Existen 64 codones, de los que 61 codifican aminoácidos y tres son señales para la
terminación de la cadena. Comparados con el número existente de aminoácidos, que es
bastante menor, se deduce que muchos aminoácidos están codificados por más de un
triplete. Basándose en esta característica, se dice que el código es degenerado. Un
aminoácido concreto puede ser especificado por más de un codón. Existe una correlación
directa entre el número de codones que tiene cada aminoácido con su frecuencia de
aparición en las proteínas.

2) Los codones que especifican al mismo aminoácido se les denomina sinónimos.

Normalmente los sinónimos comparten las dos primeras bases del triplete o codón, siendo
la tercera base del triplete la menos importante (UC codifica serina, independientemente
de cual sea la tercera base UCU, UCC, UCA, UCG).

3) Cada codón o triplete sólo codifica un aminoácido, se dice que el código no presenta
ambigüedad (UCU sólo codifica el aminoácido serina, ningún otro aminoácido dispone de
este codón).
 4) El código tiene codones que no codifican aminoácidos. Estos codones tienen funciones
especiales, uno de ellos es el triplete de iniciación, AUG. Este codón no sólo marca el
inicio de la síntesis proteica, en eucariotas y en procariotas, sino que también codifica
metionina cuando está situado en el interior de la secuencia polinucleotídica. En
procariotas, esta señal de iniciación marca el primer aminoácido que es un derivado de la
metionina, la formil-metionina.

Existen, además, tres tripletes o codones de terminación, que son UAA, UAG y UGA, que
marcan el final de la síntesis de la cadena peptídica. Son denominados codones de
detención o codones “sin sentido”.

5) El código es continuo, los tripletes son traducidos uno tras otro de forma secuencial y
continua sin solaparse las bases de uno con otro, y sin dejar bases intermedias que no
pertenezcan a ningún triplete. Se dice que no hay comas o huecos, ni yuxtaposiciones
entre las bases. La dirección de lectura es fija del extremo 5' del RNAm al extremo 3'.

6) El código es prácticamente universal; desde virus y bacterias hasta organismos

superiores utilizan el mismo código. Sin embargo, ha de puntualizarse que las
mitocondrias presentan un código ligeramente distinto.

SÍNTESIS DE PROTEÍNAS

Pueden diferenciarse varias fases en la síntesis proteica:

1. Activación de los aminoácidos

Antes de comenzar la síntesis se necesita que los aminoácidos se unan a sus correspondiente
RNAt, esta unión se realiza con consumo energético en el citoplasma celular.

Las reacciones de unión están catalizadas por 20 enzimas activadoras dependientes de Mg2+,
denominadas aminoacil-RNAt sintetasas, cada una de ellas es específica para un aminoácido
exclusivo y su o sus correspondientes ARNt. La molécula formada se llama aminoacil-RNAt o
complejo de transferencia.

aminoacil-RNAt sintetasa
Aa´ + RNAt + ATP aminoacil-RNAt + AMP + PPi

La unión del aminoácido a su RNAt específico de lleva a cabo entre su grupo carboxilo y el grupo
hidroxilo del extremo 3´del RNAt.

2. Fase de inicio
Para el inicio de la síntesis proteica en procariotas se necesitan los siguientes elementos: RNAm,
el aminoacil-RNAt inicial o formilmetionina-RNAt (RNAt-fMet), subunidades ribosómicas
disociadas, un grupo de proteínas denominadas factores de iniciación (IF-1, IF-2 y IF-3), energía
en forma de GTP y Mg2+.

La secuencia de etapas que se suceden es la siguiente:

• El factor IF-3 se une a la subunidad pequeña del ribosoma impidiendo la incorporación
inmediata de la subunidad grande.
• El RNAm se fija a la subunidad ribosómica menor. Esta unión es posible por la existencia
de una secuencia de nucleótidos en el extremo 5'(secuencia líder) de 8 a 13 pares de
bases que no es traducida, pero que proporciona una correcta ubicación a la molécula de
RNAm sobre el ribosoma.
• La molécula de RNAm es traducida desde su extremo 5' hasta el extremo 3', y el
polipéptido formado se sintetiza desde el extremo amino del primer aminoácido hasta el
carboxilo del último.
• El primer codón o codón de iniciación siempre es 5´-AUG-3´y, por tanto, el anticodón del
primer aminoacil-RNAt es UAC.
 • El aminoácido unido a este primer aminoacil-RNAt es la formilmetionina, por lo que
supuestamente todas las proteínas deberían empezar por el, sin embargo, esto no es así,
luego es evidente que, posteriormente, este primer aminoácido debe ser eliminado.
• En el proceso de fijación entre ambos RNA interviene el factor de iniciación IF2.
• Dentro del ribosoma hay dos sitios denominados:
- sitio P o peptidilo: donde se sitúa el primer aminoacil-RNAt.
- sitio A o aminoacilo: donde se sitúan los siguientes aminoacil-RNt.
-
La hidrólisis del GTP y la liberación de GDP y Pi da lugar a la liberación de los factores de
iniciación y al simultáneo ensamblaje de la subunidad grande, formándose el complejo de
iniciación, que contiene el ribosoma completo, el RNAm y el RNAt-fMet.

Nota: en el caso de organismos eucariotas el primer aminoacil- RNAt transporta el aminoácido

Metionina. (RNAt-Met)

3. Fase de elongación

La cadena polipeptídica se alarga mediante la creación de uniones covalentes entre aminoácidos.

La elongación requiere además del complejo de iniciación y los aminoacil-RNAt necesarios, un

conjunto de tres proteínas citoplasmáticas denominadas factores de elongación (EF-Tu, EFTsy
EF-G) y energía en forma de GTP.
En este proceso pueden diferenciarse tres etapas:
• Unión de un aminoacil-RNAT al sitio A: el segundo aminoacil- RNAt penetra en el sitio A
unido a EF-Tu-GTP, la hidrólisis del GTP libera el complejo EF-Tu-GDP que se recicla a
través del factor EF-Ts.

• Formación del enlace peptídico: una vez anclados los dos aminoacil-RNAt, uno el el sitio P
y otro en el sitio A, la enzima peptidil transferasa cataliza la formación del enlace
peptídico entre ambos aminoácidos.

• Translocalización del dipéptido l sitio P: se produce el desplazamiento del ribosoma sobre

el RNAm en sentido 5´-→ 3´. Para este movimiento se necesita la presencia del factor EF-G
(o translocasa) que mediante la hidrólisis de otro enlace de alta energía proporcionado por
el GTP permite el deslizamiento.
El RNAt ya sin aminoácido se separa del sitio P, que ahora es ocupado por el dipeptidil-
RNAt, dejando el lugar A vacío para permitir la entrada del tercer aminoácido y una nueva
secuencia de elongación.

La cadena polipeptídica siempre se encuentra unida al último RNAt, y esta unión garantiza que
el proceso de síntesis continúe y puedan seguirse adicionando aminoácidos.

4. Fase de terminación

La presencia de cualquiera de los codones de detención o terminación (UAG,UAA, UGA) sobre la

cadena de RNAm determina, que en ese punto, no entre ningún nuevo aminoacil-RNAt, ya que
no existe ningún RNAt cuyo anticodón les sea complementario.

El sitio A es ocupado por tres proteínas denominadas factores de terminación o de liberación

(RF1, RF2 y RF3), que se unen específicamente a cada uno de los codones de terminación.

Esta unión provoca que la peptidil-transferasa catalice la hidrólisis del enlace entre el peptidil y
el RNAt, la liberación del polipéptido libre y la disociación de las subunidades del ribosoma.

PLEGAMIENTO Y MADURACIÓN DE LA CADENA POLIPEPTÍDICA

La cadena polipeptídica se pliega adoptando espontáneamente su conformación nativa, debido a

la formación de todos los enlaces de naturaleza débil que le permiten alcanzar su forma biológica
activa. Este proceso puede transcurrir mientras la cadena está sin separar del ribosoma o bien
una vez liberada.

En algunos casos, para alcanzar su conformación definitiva necesitan pasar por una serie de
cambios post-traduccionales que permitirán obtener una proteína madura:
• Cambios en los extremos de la cadena polipeptídica.

• Modificaciones de las cadenas laterales de los aminoácidos.

• Unión de diferentes moléculas orgánicas, glúcidos en las cadenas laterales de las

glucoproteínas, grupos isoprenilo, grupos prostéticos de muy diversa naturaleza.

• Modificación proteolítica: La ruptura o separación de un segmento de la cadena

polipeptídica permite que algunas proteínas se sinteticen en forma de precursores
inactivos.

• Eliminación de las secuencias señal. Las proteínas citoplasmáticas permanecen en el

lugar de síntesis; mientras que las proteínas que forman parte de las membranas, o están
localizadas en los lisosomas, mitocondrias u otros orgánulos y las destinadas a la
secreción celular, disponen de una secuencia de aminoácidos en el extremo amino
denominada “secuencia señal”. Las proteínas que no permanecen en el citoplasma se
forman en ribosomas unidos al retículo endoplásmico. Cuando el péptido en crecimiento
tiene una cadena de unos 70 aminoácidos y la secuencia señal, que oscila de 13 a 36
aminoácidos, está íntegramente formada, el ribosoma se fija a un complejo denominado
“partícula de reconocimiento de la señal”, formado por un RNA y varias proteínas. El
complejo se une a un receptor específico para él, situado en la cara externa o
citoplasmática del retículo, pasando el polipéptido a un complejo de translocación que con
consumo de ATP le introduce en el interior del retículo. En la luz del retículo, una vez
sintetizado completamente, se producen los correspondientes cambios de maduración
entre los que se incluye la acción de una peptidasa que elimina la secuencia señal.

Nota: DEGRADACIÓN DE LAS PROTEÍNAS

Las proteínas sintetizadas además de llevar señales que determinan su destino geográfico,
también transportan señales que determinan su vida media.

En todas las células son degradadas de manera continua para que no se acumulen si no son
necesarias y para eliminar las deterioradas o anormales, facilitando de esta forma la reserva de
aminoácidos suficientes para la síntesis de novo y el recambio proteico.

La degradación es un proceso complejo y bien medido, ya que la vida media de las proteínas no
es uniforme, pudiendo ir en células eucariotas desde tiempos inferiores al minuto hasta muchas
horas e incluso días.

Otro sistema que funciona en eucariotas es el marcaje de aquellas proteínas destinadas a la

eliminación; este proceso se realiza uniéndoles una proteína de 76 aminoácidos, la ubiquitina,
molécula presente en todos los eucariotas, que reconoce a través de los diferentes residuos
amino terminales las proteínas que han de ser degradadas y las que no.
 TRANSCRIPCIÓN DEL DNA

• Proceso de trasvase de la información contenida en el DNA, a la molécula de RNA.

• Constituye el primer paso en la expresión de los genes, y mediante esta ruta se sintetizan
todos los tipos de RNA que existen en la célula.

• Cada RNA formado corresponde a la copia de una porción o segmento de DNA.

• La información escrita en una secuencia de desoxirribonucleótidos se convierte en

información escrita en una secuencia de ribonucleótidos cuyas bases son
complementarias a las del DNA.

• El lenguaje escrito en bases nitrogenadas continúa siendo el mismo, con la salvedad de

que cambia una base pirimidínica, la timina del DNA que es sustituida por el uracilo del
RNA.
• La molécula de RNA es extraordinariamente versátil, y desarrolla funciones muy variadas
en la célula. Se sabe actualmente, que estas moléculas no son sólo portadoras de
información genética, sino que también tienen acciones catalíticas, estando así ubicadas a
mitad de camino entre el concepto de enzima y de ácido nucleico.

TRANSCRIPCIÓN EN CÉLULAS PROCARIOTAS

Se puede dividir el proceso en cuatro fases

1. Fase de inicio
La RNA polimerasa es una enzima compleja formada por 5 subunidades (α α β β’ ω) que forman
su núcleo y una sexta subunidad (σ), que se une a la enzima en los momentos iniciales del
proceso.

La RNA polimerasa debe reconocer el punto de inicio de la síntesis. Esta zona del DNA, descrita
como promotor, consiste en dos secuencias cortas de bases situadas 10 y 35 pares de bases del
punto inicial de la síntesis.

Nota: por convenio, para describir la región del DNA dónde se sitúa el gen a transcribir, se da el
número +1 al par de bases (DNA) dónde comienza la síntesis del RNA, hasta +n que será el
último par de bases dónde acaba la síntesis. Tal y como copia la RNA polimerasa, este último par
de bases estará situado hacia el extremo 3' de la cadena molde (DNA) describiéndose el
desplazamiento de la RNA polimerasa en esta región como “aguas abajo”. La secuencia
promotora, que está en la cadena molde situada hacia el extremo 5', se denomina secuencia
“aguas arriba”, y se expresa -1 a - n. De ahí el hecho de que los promotores se sitúen a -10 y a -
35 del punto de aparición del RNA).

Los promotores más frecuentes presentan una secuencia estándar o consenso en las que ciertos
nucleótidos (T,A) aparecen con mayor frecuencia:
- Secuencia TATA o caja de Pribnow: es 5'TATAAT3', está situada a -10
- Secuencia 5'TTGACA3', situada a -35

La RNA polimerasa se une al DNA migrando hasta los promotores, cuando llega a esa posición se
produce el desenrollamiento del DNA en una sección de unos 17 nucleótidos (en la sequencia -
10), formando lo que se denomina burbuja de transcripción. Para realizar el reconocimiento del
promotor la enzima necesita la subunidad σ, y en el momento en que se hayan realizado las
primeras incorporaciones de nucleótidos ésta se disociará de la enzima.

2. Fase de elongación
Durante esta fase se produce el crecimiento de la cadena por incorporación de ribonucleótidos
con bases complementarias, que forman el híbrido DNA- RNA en una secuencia de unos 12
pares de bases. A medida que la RNA polimerasa avanza por la cadena molde de DNA los dos
componentes del híbrido se van separando, volviendo la cadena de DNA a su configuración
primitiva de doble hélice. La RNA polimerasa mantiene rotos los enlaces entre las cadenas en un
segmento de 17 pares de bases, desenrollando el DNA por delante y enrollándolo por detrás.

Nota: la forma de establecer el enlace fosfodiéster consiste en unir el nucleótido entrante por su
extremo 5' a la cadena en crecimiento por su extremo 3' libre, siendo por lo tanto la dirección de
síntesis 5'→3'.

Para la síntesis sólo se usa una cadena de DNA molde que es copiada en su dirección 3'→5', la
cadena de RNA en formación queda situada en dirección antiparalela a la cadena molde de DNA.
Una diferencia importante de esta enzima es que no requiere cebador pudiendo comenzar la
síntesis con los dos ribonucleótidos iniciales. El punto de inicio viene “señalado” en el DNA por
unas secuencias concretas denominadas promotores, siendo característico que el primer
ribonucleótido sea púrico y conserve todos sus grupos fosfato. A lo largo del proceso se forma
una doble hélice entre el DNA y el RNA en formación, que recibe el nombre de híbrido DNA-RNA.

3. Fase de terminación
La RNA polimerasa continúa la copia de DNA hasta la presencia de una secuencia concreta de
terminación que provoca su disociación. La secuencia de terminación suele estar formada por
una repetición de bases de adenina que se transcribe como una secuencia de uracilos en el RNA
sintetizado.

En esta fase interviene el factor proteico denominado factor ρ (Rho). Esta proteína funciona
como una helicasa respecto al híbrido DNA-RNA, y con gasto energético provoca la rotura de los
enlaces que mantienen al RNA recién sintetizado unido al DNA y causa la separación de la RNA
polimerasa de la cadena de DNA.

Otra forma de terminación de la transcripción, independiente del factor ρ, consiste en la

formación de una estructura en horquilla, formada por 15 ó 20 nucleótidos del RNA, que rompe
los enlaces de parte del híbrido ya que en la secuencia final contiene una serie de bases
inestables (A y U) que facilitan la disociación del complejo.

En el caso de células procariotas la secuencia que se transcribe suele estar formada por más de
un gen por lo que el RNA se denomina policistrónico, y si es RNA mensajero llevará información
para varias cadenas polipeptídicas distintas.

4. Fase de maduración

CARACTERÍSTICAS DE LA TRANSCRIPCIÓN EN CÉLULAS EUCARIOTAS

La transcripción en eucariotas es un proceso muy parecido al de procariotas, pero existen

algunas diferencias importantes.

a) Los eucariotas tienen tres RNA polimerasas: I, II y III:

RNA polimerasa I: transcribe los genes la mayoría de los RNAr
RNA polimerasa II: transcribe los genes que dan lugar a proteínas, es decir sintetiza RNAm
RNA polimerasa III: transcribe los genes de RNAt y de un RNAr, denominado 5S.

b) El lugar de comienzo de la transcripción está marcado por una región promotora o

promotor donde se fija la RNA polimerasa.
Las dos regiones promotoras más frecuentes son:
-Caja TATA o caja de Hogness
-Caja CAAT.

c) La actividad de estas polimerasas se inicia con la necesaria presencia de unas proteínas

denominadas factores de transcripción: moléculas que modulan la fijación de la enzima
al promotor; y forman, junto con la RNA polimerasa, un complejo proteico preparado para
iniciar la síntesis de RNA en los lugares correctos.
Nota: en los procariotas es muy frecuente que una sola molécula de RNAm lleve información
para la síntesis de varias proteínas (RNAm policistrónico), mientras que en eucariotas, cada
RNAm lleva información para una sola proteínas (RNAm monocistrónico).

MADURACIÓN DEL RNA

La mayor parte de las moléculas de RNA procariotas y la totalidad de las eucariotas recién
sintetizadas, los denominados transcritos primarios, han de pasar por una serie de
modificaciones o cambios que se conocen con el nombre de maduración del RNA o procesos
postranscripcionales. Los transcritos primarios de los RNAm y RNAt son los que experimentan
más modificaciones.

Los principales sistemas de maduración son los siguientes

1. Corte y empalme.
• Los genes de los organismos eucariotas están formados por una serie de secuencias
codificadoras denominadas exones, separadas por un conjunto de segmentos no
codificadores denominados intrones.
• En el caso de los RNAm de eucariotas, las secuencias con información para la síntesis de
un polipeptido (exones) no están contiguas, sino que están separadas por intrones. Para
obtener un RNAm funcional se han de eliminar los intrones a través de un proceso
denominado de corte y empalme denominado Maduración o Splicing, permitiendo que los
exones formen una secuencia ininterrumpida.
• La eliminación de los intrones se hace mediante cortes y empalmes, que es llevado a cabo
por un complejo enzimático nuclear (Espliceosoma) que contiene proteínas y RNApn.

2. Corte.
Los RNAr, tanto de procariotas como de eucariotas, son sintetizados como largos transcritos
primarios, que darán origen mediante secciones o cortes adecuados a los distintos tipos
moleculares de RNAr.

Los RNAt, con 40 ó 50 tipos diferentes por célula, se forman a partir de transcritos más grandes,
que posteriormente son cortados por sus extremos 3' ó 5'.

3. Modificaciones de adición.
Los RNAm de células eucariotas se caracterizan por presentar rasgos comunes en ambos
extremos de la cadena. La mayoría tiene en su extremo 5' un casquete formado por un
nucleótido metilado de guanosina unido a través de un enlace 5'-5'trifosfato. En el extremo3'
tiene una cola de poliA formada por 20 a 250 residuos adenilato.

Los RNAt también presentan modificaciones en los extremos, en el 3' es añadida la secuencia
nucleotídica CCA, catalizada por la enzima RNA-nucleotidiltransferasa.

4. Modificación de bases.
En los RNAt, existen por último modificaciones químicas realizadas sobre las bases, como
metilaciones, desaminaciones o reducciones; estas bases situadas en lugares concretos de la
estructura del RNAt determinan su estructura espacial o conformación natural.

Nota: DIFERENCIAS ENTRE LA REPLICACIÓN Y LA TRANSCRIPCIÓN

Existen tres diferencias fundamentales:

La transcripción es selectiva, es decir, sólo se transcriben algunas regiones del DNA (los genes,
propiamente dichos).

1. Cuando se transcribe un gen, se copia una sola hebra, la hebra molde, con lo que la
secuencia de RNA sintetizado es equivalente (con la sustitución de T por U) a la hebra que
no se transcribe (hebra codificadora). Hay genes que se transcriben (están) de una hebra y
otros, en la otra hebra.
 2. La transcripción es reiterativa, es decir, un gen puede transcribirse muchas veces,
mientras que la replicación solo ocurre una vez antes de la división.

3. Incluye:
1) El proceso se limita a una porción de DNA, se dice que es un proceso selectivo, ya que ha
de reconocerse un punto de inicio y uno de terminación en la molécula de DNA.

2) El proceso puede repetirse infinidad de veces a lo largo de la vida de la célula, a diferencia

de la replicación que es un proceso que marca la división celular, se dice que es
reiterativo. Una región concreta de DNA puede ser copiada multitud de veces dando lugar
a la formación de múltiples moléculas iguales de RNA.

3) El proceso no afecta a la estructura del DNA, es un proceso conservador de la molécula de

DNA, el gen o genes copiados permanecen iguales.

4) El proceso es monocatenario, afecta a una sola de las cadenas del DNA, y la copia
resultante, o RNA es una molécula de una única cadena o monocatenaria. La situación de
los genes a copiar puede localizarse en cualquiera de las dos cadenas del DNA, la cadena
que funciona como molde para la síntesis de RNA se la denomina hebra molde (-), y la
cadena complementaria hebra no molde (+). Genes diferentes pueden usar diferentes
cadenas como molde.

Nota: el antibiótico rifampicina (tto tuberculosis) inhibe las RNA polimerasas procariotas,
uniéndose a la subunidad β.

La amanitina, sintetizada por Amanita phalloides, inhibe las RNA polimerasas eucariotas.