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    Tarea Clase 2 Raúl Cabrera Castillo

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    Raúl Cabrera Castillo
    El documento resume los resultados de análisis de secuencias de ADN de Mycobacterium tuberculosis y Bacillus anthracis. Se identificó M. tuberculosis cepa H37Rv mediante BLAST con un 96% de cobertura y 100% de identidad. El contenido de GC de la secuencia 16S de M. tuberculosis fue de 51%, coincidiendo con la literatura. El análisis de un plásmido de B. anthracis encontró 86 terminadores, 271 marcos abiertos de lectura y la proteína del ORF100 sólo se encuentra en ese plásmido.

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    Contesta a las siguientes preguntas:

    ¿Cuál es la bacteria que identificó? Mycobacterium tuberculosis cepa H37Rv

    ¿Estás seguro? Sí

    ¿Cómo? Porque detectó la secuencia completa de esa cepa, el porcentaje de cobertura de


    alineamiento es del 96%, el valor de E es 3x10-42 lo que significa que es un resultado
    estadísticamente posible y por último el porcentaje de identidad es 100%.

    ¿Qué base de datos utilizó para realizar la búsqueda? Se realializó por medio de un BLAST de
    nucleótidos del gen del ribosoma 16S

    ¿Hay otros que sean adecuados? Sí, por ejemplo utilizar la base de datos de secuencias de RNA
    (RefSeq Select RNA sequences) o realizar un BLAST de nucleótidos (nt/nucleotide selection).

    ¿Qué otros usos de la herramienta BLAST encuentra para su proyecto o para alguien en el que le
    gustaría trabajar en el futuro? Realizar múltiples alineaciones de secuencias de nucleótidos o
    aminoácidos para encontrar dominios estructurales y/o funcionales de genes y proteínas. Además
    de poder realizar inferencias filogenéticas.

    Calcule el contenido de GC de una de las secuencias de las moléculas 16S anteriores utilizando
    GCCC o Oligocalc. En Oligocalc, busque repeticiones y horquillas dentro de la secuencia

    Secuencia utilizada:

    >Mycobacterium tuberculosis

    TTTTGTTTGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACG
    GAAAGGTCTCTTCGGAGATACTC

    Contesta a las siguientes preguntas:

    ¿Cual es el resultado? El contenido de GC presente en la secuencia del gen ribosomal 16S de M.


    tuberculosis es de 51%

    ¿Qué significa, encaja con el contenido de GC de esta especie reportado en la literatura? Sí


    concuerda con la literatura pues se reportó que el contenido de GC en M. tuberculosis es de entre
    61-71% de GC.1,2

    ¿Puede esta secuencia someterse fácilmente a PCR y secuenciación? No, debido a que su T m es de
    78.7 °C
    La secuencia pXO2 proporcionada pertenece a un plásmido de virulencia de Bacillus anthracis.
    Utilizando las herramientas proporcionadas (no olvide que se trata de una secuencia bacteriana),
    determine los promotores:

    Terminadores de acuerdo al análisis realizado con la página ARNold se tiene 86 terminadores en el


    plásmido

    marcos de lectura abiertos (ORF) = genes en esta secuencia de ADN. 271 ORFs

    Seleccione ORF100 y analícelo por BLAST


    El resultado se debe a que esta proteína sólo se ha encontrado en el plásmido analizado

    Referencias:

    1. Cole, S., Brosch, R., Parkhill, J. et al. Deciphering the biology of Mycobacterium
    tuberculosis from the complete genome sequence. Nature 393, 537–544 (1998).
    https://doi.org/10.1038/31159
    2. Miyoshi-Akiyama, T., Matsumura, K., Iwai, H., Funatogawa, K., & Kirikae, T. (2012).
    Complete annotated genome sequence of Mycobacterium tuberculosis Erdman.

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