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Control

transcripcional de la expresió n
gé nica
En los capı́tulos anteriores hemos visto que las expresió n gé nica, el control de la iniciació n y la
propiedades y funciones de cada tipo de cé lula está n elongació n de la transcripció n, los primeros dos pasos,
determinadas por las proteı́- nas que contienen. En este son los mecanismos má s importantes para de- terminar
capı́tulo y el siguiente consideraremos có mo se regulan si la mayorı́a de los genes son expresados y cuá ntos de los
las clases y cantidades de diversas proteı́nas produ- cidas mRNA codificados y, en consecuencia, de las proteı́nas, se
por un tipo de cé lula particular en un organismo producen. Los mecanismos moleculares que regulan la
multicelular. Esta regulació n de la expresió n gé nica es el iniciació n y la elongació n de la transcripció n son crı́ticos
proceso fundamental que controla el desarrollo de un para numerosos fenó menos bioló gicos, incluido el
organismo multicelular como nosotros mismos a partir desarrollo de un organismo multicelular a partir de un
de una cé lula huevo fecundada en miles de tipos de cé - ú ni- co ó vulo fecundado como se mencionó antes, las
lulas de las que está n formados. Cuando la expresió n respuestas inmunita- rias que nos protegen de los
gé nica se trunca, se alteran las propiedades celulares, un microorganismos pató genos y los procesos neuroló gicos
proceso que con demasiada fre- cuencia lleva al como el aprendizaje y la memoria. Cuando estos meca-
desarrollo de cá ncer. Como se analizará en el Capı́tulo 25, nismos que controlan la funció n transcripcional trabajan
los genes que codifican proteı́nas que moderan el de manera incorrecta, se producen los procesos
crecimiento celu- lar se encuentran anormalmente patoló gicos. Por ejemplo, la actividad reducida del gen
reprimidos en las cé lulas cancerosas, mientras que los Pax6 causa aniridia, una anomalı́a en el desarrollo del iris
genes que codifican proteı́nas que estimulan el creci- (Fig. 7-1a). El Pax6 es un factor de transcripció n que
miento celular y la replicació n son activados de manera normal- mente regula la transcripció n de los genes
inadecuada en las cé lulas cancerosas. Las anomalı́as en la involucrados en el desarrollo del ojo. En otros
expresió n gé nica dan como resultado defectos del organismos, las mutaciones en los factores de trans-
desarrollo como el paladar hendido, la tetralogı́a de Fallot cripció n causan un par extra de alas que se desarrollan en
(un defecto grave del desarrollo del corazó n que puede Drosophila (Fig. 7-1b), alteran las estructuras de las flores
tra- tarse quirú rgicamente) y muchos otros. La regulació n en las plantas (Fig. 7-1c) y son responsables de muchas
de la expresió n gé nica tambié n cumple un papel vital en otras anomalı́as del desarrollo.
las bacterias y otros microorganismos unicelulares,
donde permite que las cé lulas ajusten su ma- quinaria
enzimá tica y los componentes estructurales en respuesta
a sus cambios nutricionales y ambiente fı́sico. En
consecuencia, para com- prender có mo responden los
microorganismos a su ambiente y có mo se desarrollan
normalmente los organismos multicelulares, y tambié n
có mo se producen las anomalı́as patoló gicas de la
expresió n gé nica, es esencial comprender las
interacciones moleculares que controlan la producció n de
proteı́nas.

Los pasos bá sicos en la expresió n gé nica, p. ej., el proceso


donde la informació n codificada en un gen particular es
decodificada en una proteı́na particular, se analizan en el
Capı́tulo 4. La sı́ntesis de mRNA requiere que una RNA
polimerasa inicie la transcripció n (iniciació n), polimerice
los ribonucleó tidos trifosfatos complementarios a la
hebra codificante de DNA (elongació n) y luego termine la
transcripció n (terminació n) (vé ase la Fig. 4-11). En las
bacterias, los ribosomas y los factores de transcripció n
tienen acceso inmediato a los nuevos tran- scritos de RNA
FIGURA 7-1 Fenotipos de mutaciones en los genes que codifican
recié n sintetizados, que funcionan como mRNA sin factores de transcripció n. (a) Una mutació n que inactiva una copia
modificaciones posteriores. En los eucariontes, sin del gen Pax6 ya sea en el cromosoma 9 paterno o materno da como
embargo, el trans- crito de RNA inicial es sometido a un resultado un fallo en el desarrollo del iris o aniridia. (b) Las
procesamiento que produce un mRNA funcional (vé ase la mutaciones homocigotas que evitan la expresió n del gen Ubx en el
Fig. 4-15). El mRNA luego es transportado desde ese sitio tercer segmento torá cico de Drosophila dan como resultado la
de sı́ntesis en el nú cleo hasta el citoplasma, donde es transformació n del tercer segmento, que normalmente tiene un
ó rgano de equilibrio llamado un halterio, en una segunda copia de
traducido a proteı́na con la ayuda de los ribosomas, tRNA,
segmento torá cico que se desarrolla en alas. (c) Las mutaciones
y factores de traducció n (vé anse las Figs. 4-24, 4-25 y 4- en Arabidopsisthaliana que inactivan ambas copias de tres genes
27). de identidad de órgano floral transforman las partes normales de
la flor en estructuras similares a hojas. En cada caso, estas
mutaciones afectan los factores de transcripció n de regulació n
La regulació n puede producirse en diversos de los varios maestros que regulan mú ltiples genes, incluidos muchos genes
pasos en la expresió n gé nica mencionados que codifican otros factores de transcripció n.
anteriormente: iniciació n de la trans- cripció n,
elongació n, procesamiento del RNA, exportació n del
mRNA desde el nú cleo y traducció n a proteı́na. Esto da La transcripció n es un proceso complejo que involucra
como resultado una producció n diferencial de proteı́nas muchos tipos de regulació n. En este capı́tulo nos
en diferentes tipos celulares o es- tadios del desarrollo o centraremos en los acontecimientos moleculares que
en respuesta a condiciones externas. Aunque se han determinan cuá ndo ocurre la transcripció n de un gen.
encontrado ejemplos de regulació n en cada paso de la Primero, se considerará n los mecanismos de la expresió n
gé nica en las bacterias, donde el DNA no está unido a las generales en los promotores. Alternativa- mente, las proteı́nas
histonas y es empaquetado en nucleosomas. Las represoras se unen a otros elementos de control para inhibir la
proteı́nas represoras y activadoras reconocen el DNA y se iniciació n por parte de la RNA polimerasa e interactú an con
complejos multiproteicos correpresores para condensar la
unen a é l en regiones especı́ficas para controlar la cromatina. La RNA polimerasa inicia la transcrip- ció n pero se
transcripció n de un gen cercano. El resto del capı́tulo se detiene despué s de transcribir 20-50 nucleó tidos debido a la
centra en la regulació n eucarionte y có mo se aplican los acció n de inhibidores de la elongació n. Los activa- dores
dogmas bá sicos de la regulació n bacteriana en forma má s promueven la asociació n de los factores de elongació n que liberan
compleja en los organismos superiores. Estos los inhibidores de la elongació n y permiten la elongació n
mecanismos tambié n usan la asociació n del DNA con los productiva a travé s de todo el gen. DSIF es el factor inductor de la
octá meros de histonas, formando estructuras de sensibilidad DRB, NELF es el factor de elonga- ció n negativa y P-
TEFb es una proteı́na-cinasa que comprende la CDK9 y la ciclina
cromatina con varios grados de condensació n y modifica-
T.
ciones postraduccionales como la acetilació n y la
metilació n para regular la transcripció n. La Figura 7-2
proporciona un panorama general de la regulació n de la
transcripció n en metazoos (animales multicelulares) y los
proceso esquematizados en este capı́tulo. Se analizará n
có mo las secuen- cias de DNA especı́ficas funcionan como
regiones de control de la trans- cripció n al servir como los
sitios de unió n para los factores de transcrip- ció n
(represores y activadores) y có mo las RNA polimerasas
responsables de la transcripció n se unen a las secuencias
del promotor para iniciar la sı́ntesis de una molé cula de
RNA complementaria al molde de DNA. A continuació n, se
considerara có mo influyen los activadores y los repre-
sores en la transcripció n por medio de las interacciones
con complejos multiproteicos grandes. Algunos de estos
complejos modifican la conden- sació n de la cromatina y
alteran el acceso de los factores de transcripció n y la RNA
polimerasa al DNA cromosó mico. Otros complejos
influyen en la velocidad a la cual se une la RNA polimerasa
al DNA en el sitio de ini- ciació n de la transcripció n, como
tambié n a la frecuencia de iniciació n. Investigaciones muy
recientes revelan que, en los animales multicelulares,
para muchos genes la RNA polimerasa realiza una pausa
despué s de transcribir un RNA corto y la regulació n de la
transcripció n involucra una liberació n de la polimerasa
en pausa, permitié ndole que continú e con la
transcripció n del resto del gen. Se analiza có mo la
transcripció n de genes especı́ficos puede ser especificada
por combinaciones particulares de los ≈ 2 000 factores
de transcripció n codificados en el genoma humano, que
da origen a la expresió n gé nica especı́fica del tipo celular.
Considerare- mos las diversas formas en las cuales son
controladas las actividades de los factores de
transcripció n en sı́ mismos para asegurar que los genes 7.1 Control de la expresió n gé nica en
sean expresados solo en el momento correcto y en el lugar bacterias
apropiado. Tambié n analizaremos estudios recientes que
revelan que los complejos proteı́na- RNA en el nú cleo
pueden regular la transcripció n. Nuevos mé todos para la Como la estructura y la funció n de una cé lula está n
secuenciació n del DNA acoplados con la transcripció n determinadas por las proteı́nas que contiene, el control
inversa in vitro de RNA a DNA revelaron que gran parte de la expresió n gé nica es un aspecto fundamental de la
del genoma de los eucariontes se transcribe a RNA de baja biologı́a celular y molecular. Má s comú nmente, la “de-
abundancia que no codifican proteı́na, lo que eleva la cisió n” de transcribir los genes que codifican una proteı́na
posibilidad de que el control de la transcripció n por esos particular es el principal mecanismo para controlar la
RNA no codificantes pueda ser un proceso mucho má s producció n de la proteı́na codifi- cada en una cé lula. Al
general de lo que ac- tualmente sabemos. El controlar la transcripció n, una cé lula puede regular qué
procesamiento del RNA y de varios mecanismos proteı́nas produce y cuá n rá pidamente. Cuando la
postranscripcionales para el control de la expresió n transcripció n de un gen está reprimida, el mRNA
gé nica eucarionte son tratados en el siguiente capı́tulo. En correspondiente y la proteı́na o proteı́nas codificadas se
capı́tulos posteriores, en particular los Capı́tulos 15, 16 y sintetizan a velocidades bajas. Por el contrario, cuando la
21, proporcionan ejemplos de có mo se regula la transcripció n de un gen está activada, tanto el mRNA
transcripció n mediante interacciones entre cé lulas y como la proteı́na o las proteı́nas codificadas se producen
có mo el control gé - nico resultante contribuye al a velocidades mucho má s altas.
desarrollo y funció n de tipos especı́ficos de cé lulas en
organismos multicelulares. En la mayorı́a de las bacterias y otros organismos
unicelulares, la expresió n gé nica está altamente regulada
FIGURA 7-2 Panorama general del control de la trans- cripció n para poder ajustar la maqui- naria enzimá tica celular y los
eucarionte. Los genes inactivos se ensamblan en regiones de la componentes estructurales a cambios en el ambiente
cromatina condensada que inhiben a la RNA polimerasa y a sus nutricional o fı́sico. Por lo tanto, en cualquier momento
factores de transcripció n generales aso- ciados (GTF) de dado, una cé lula bacteriana normalmente sintetiza solo
interactuar con los promotores. Las proteı́nas activadoras se unen aquellas pro- teı́nas de su proteoma completo que son
a elementos de control de secuencia de DNA especı́fica en la
necesarias para la supervi- vencia bajo condiciones
cromatina e interactú an con complejos multiproteicos
coactivadores de la cromatina y el mediador multisubunidad para particulares. Aquı́ se describirá n las caracterı́s- ticas
ensamblar la RNA polimerasa y los facto- res de transcripció n bá sicas del control de la transcripció n en las bacterias,
usando el operó n lac y el gen de la glutamina sintetasa en un factor de iniciació n que es necesario para la iniciació n
E. coli como nuestros principales ejemplos. Muchos de los de la transcripció n pero no para la elongació n de la hebra
mismos procesos, ası́ como otros, está n involucrados en de RNA una vez que se ha producido la iniciació n.
el control de la transcripció n eucarionte, que es el tema
del resto de este capı́tulo.
La iniciació n de la transcripció n del operó n
lac puede reprimirse o activarse
La iniciació n de la transcripció n por las RNA
polimerasas bacterianas requiere de la Cuando E. coli está en un ambiente que carece de lactosa,
asociació n con un factor sigma se reprime la sı́ntesis del mRNA lac, de manera tal de no
desperdiciar la energı́a ce- lular en la sı́ntesis de enzimas
En la bacteria E. coli, alrededor de la mitad de los genes que la cé lula no usa. En un ambiente que contiene tanto
está n agrupados en operones, cada uno de los cuales lactosa como glucosa, las cé lulas de E. coli metabolizan
codifica enzimas involucradas en preferentemente la glucosa, la molé cula central del
metabolismo de hi- dratos de carbono. La lactosa es
metabolizada a una velocidad elevada solo cuando la
una vı́a metabó lica particular o proteı́nas que interactú an lactosa está presente y se agota en gran parte la glucosa
para formar una proteı́na multisubunidad. Por ejemplo, el del medio. Este ajuste metabó lico se logra mediante la
operó n trp analizado en el Capı́tulo 4 codifica cinco represió n de la transcripció n del operó n lac hasta que la
polipé ptidos necesarios en la biosı́ntesis del triptó fano lactosa esté presente y permita la sı́ntesis de solo bajos
(vé ase la Fig. 4-13). De manera similar, el operó n lac niveles de mRNA lac hasta que la concentració n citosó lica
codifica tres proteı́nas necesarias para el metabolismo de de glucosa caiga a niveles bajos. La transcripció n del
la lactosa, un azú car presente en la leche. Como un operó n operó n lac bajo diferentes condiciones está controlado
bacteriano se transcribe a partir de un sitio de inicio a un por el represor lac y la proteı́na activadora del catabolito
mRNA ú nico, los tres genes dentro del operó n son genes (CAP, catabolite activator protein) (tambié n llamada CRP,
regulados coordinadamente; es decir, son activados o por proteı́na receptora del catabolito [catabo- lite
reprimidos en igual extensió n. receptor protein]), cada uno de los cuales se une a una
secuencia de DNA especı́fica en la regió n de control de la
La transcripció n de los operones, como tambié n de genes transcripció n lac llamadas operador y el sito CAP,
aislados, está controlada por la interacció n entre la RNA respectivamente (Fig. 7-3, arriba).
polimerasa y proteı́nas activadoras o represoras en sı́
misma. Sin embargo, para poder iniciar la transcripció n la Para que la transcripció n del operó n lac comience, la
RNA polimerasa de E. coli debe asociarse con un nú me- ro subunidad ó70 de la RNA polimerasa debe unirse al
pequeñ o de factores ó (sigma). El má s comú n en las promotor lac en las secuen- cias promotoras −35 y −10.
cé lulas de eubac- terias es el ó70. Este factor ó70 se une a Cuando la lactosa está presente, el represor lac se une al
la RNA polimerasa y a promotores del DNA, trayendo la operador lac, que se superpone con el sitio de inicio de la
enzima RNA polimerasa a un promotor. Reconoce y se transcripció n. Por lo tanto, el represor lac unido al sitio
une a una secuencia de seis pares de bases centrada en operador bloquea la unió n de ó70 y, por ende, la iniciació n
≈−10 y a una secuencia de siete pares de base centrada de la transcripció n por la RNA polimerasa (Fig. 7-3a).
en ≈−35 a partir del sitio de inicio de la transcripció n +1. Cuando la lactosa está presente, se une a sitios de unió n
En consecuencia, las secuencias a −10 y a −35 constituyen especı́ficos en cada subunidad del represor tetra- mé rico
un promotor para la RNA polimerasa de E. coli aso- ciada lac y causa un cambio conformacional en la proteı́na que
con ó70 (vé ase la Fig. 4-10b). Aunque las secuencias hace que se disocie del operador lac. Como resultado, la
promotoras contactadas por ó70 se localizan a −35 y −10, polimerasa se puede unir al promotor e iniciar la
la RNA polimerasa de E. coli se une al DNA de la regió n transcripció n del operó n lac. Sin embargo, cuando la
promotora a partir de ≈−50 a ≈+20 a travé s de glucosa tambié n está presente, la velocidad de iniciació n
interacciones con el DNA que no dependen de la de la transcripció n (p. ej., el nú mero de veces por minuto
secuencia. ó70 tambié n asiste a la RNA polimerasa en la que diferentes molé culas de RNA polimerasas inician la
separació n de las hebras de DNA en el sitio de inicio de la transcripció n) es muy baja, lo que da como resultado la
transcripció n y en la inserció n de la hebra codificante en sı́ntesis solo de bajos niveles del mRNA lac y de las
el sitio activo de la polimerasa, de manera tal que la proteı́nas codificadas en el operó n lac (Fig. 7-3b). La
transcripció n se inicie en +1 (vé ase la Fig. 4-11, paso ). La frecuencia de iniciació n de la transcripció n es baja debido
secuencia promotora ó ptima de la RNA polimerasa ó70, a que las secuencias −35 y −10 en el promotor lac difieren
determinada como la “se- cuencia consenso” de mú ltiples de las secuencias de unió n de ó70 que se mostraron
promotores fuertes, es previamente.

Una vez que la glucosa es extraı́da del medio y la


concentració n de glucosa intracelular disminuye, E. coli
responde sintetizando AMP cı́clico, o cAMP. A medida que
la concentració n de cAMP aumenta, este se une a un sitio
en cada subunidad de la proteı́na CAP dimé rica,
provocando un cambio de conformació n que le permite
La secuencia consenso tiene la base que aparece con má s
unirse al sitio CAP en la regió n de control de transcripció n
frecuencia en las posiciones −35 y −10. El tamañ o de la de lac. El complejo CAP- cAMP interactú a con la
letra indica la importancia de la base en esa posició n, polimerasa unida al promotor, estimulando la velocidad
determinada por la influencia de mutaciones de estas
de iniciació n de la transcripció n. Esta activació n lleva a la
bases. La secuencia muestra la hebra de DNA que tiene la
sı́ntesis de altos niveles de lac mRNA y posteriormente de
misma orientació n 5 ́ → 3 ́ que el RNA transcripto (es las enzimas codificadas por el operó n lac (Fig. 7-3).
decir, la hebra no mol- de). Sin embargo, la RNA
polimerasa ó70 inicialmente se une al DNA doble hebra.
Despué s de que la polimerasa transcribe unas decenas de En efecto, el operó n lac es má s complejo de lo que se
pares de bases, se libera ó70. Por lo tanto, ó70 actú a como describe en el modelo simplificado de la Figura 7-3, partes
(a)-(c). El represor te- tramé rico lac suele unirse a dos
sitos simultá neamente, uno al ope- rador primario
(lacO1) que se solapa con la regió n de DNA unida por la
RNA polimerasa en el promotor en uno de los dos
operadores secundarios centrados en +412 (lacO2) y −82
(lacO3) (Fig. 7-3b). El represor tetramé rico lac es un
dı́mero de dı́meros. Cada dı́mero se une a un operador. La
unió n simultá nea del represor tetramé rico lac al
operador lac primario O1 y a uno de los dos operadores
secundarios es posible debido a que el DNA es bastante
flexible, como vimos en el empaquetamiento del DNA
alrededor de la superficie de un octá mero de histona en
los nucleosomas de los eucariontes (Fig. 6-29).

Estos operadores secundarios funcionan para aumentar


la concen- tració n local del represor lac en la
microvecindad del operador donde la unió n del represor
bloquea la unió n de la RNA polimerasa. Como el equilibrio
de las reacciones de unió n depende de las
concentraciones de las parejas de unió n, la concentració n
local aumentada resultante del represor lac en la
vecindad de O1 incrementa la unió n del represor a O1.
Existen aproximadamente 10 tetrá meros de represores
lac por cé lula de E. coli. Debido a la unió n a O2 y O3, casi
siempre hay un tetrá mero de represor lac mucho má s
cerca de O1 de lo que serı́a el caso si los 10 represores
difundieran al azar por toda la cé lula. Si tanto O2 como O3
está n mutados de manera tal que el represor lac no se une
má s a ellos con alta afinidad, la represió n en el promotor
lac se reduce en un factor de 70. La mutació n de solo O2 o
solo O3 reduce el doble la represió n, lo cual indica que
cualquiera de estos dos operadores secundarios pro-
porciona la mayor parte de la estimulació n de la
represió n.

Aunque los promotores de diferentes genes de E. coli


muestran considerable homologı́a, sus secuencias exactas
difieren. La secuencia promotora determina la velocidad
intrı́nseca a la cual el complejo RNA polimerasa-ó70 inicia
la transcripció n de un gen en la ausencia de un represor o
activador. Los promotores que soportan una tasa alta de
ini- ciació n de la transcripció n tienen secuencias −35 y
−10 similares al promotor ideal mostrado anteriormente
y se denominan promotores fuertes. Aquellos que
soportan una tasa baja de iniciació n de la transcripció n
difieren de esta secuencia ideal y se denominan
promotores dé - biles. El operó n lac, por ejemplo, tiene un
promotor dé bil. Su secuencia difiere del promotor
consenso fuerte en diversas posiciones. Esta baja tasa
intrı́nseca es reducida aú n má s por el represor lac y
aumentada sustancialmente por el activador cAMP-CAP.

FIGURA 7-3 Regulació n de la transcripció n del operó n lac de E.


coli. (Arriba) La regió n de control de la transcripció n, compuesta Pequeñ as molé culas regulan la expresió n de
por ≈ 100 pares muchos genes bacterianos por medio de los
de bases, incluye tres regiones de unió n a proteı́na: el sitio CAP,
que une la proteı́na activadora del catabolito; el promotor lac, que represores y activadores de unió n al DNA
une el complejo RNA polimerasa-ó70, y el operador lac, que une
el represor lac. El gen lacZ que codifica la enzima â-galactosidasa,
La transcripció n de la mayorı́a de los genes de E. coli está
el primero de tres genes en el operó n, se muestra a la derecha. (a)
En ausencia de lactosa, se produce muy poco mRNA lac debido a regulada por procesos similares a aquellos descriptos
que el represor lac se une al operador, inhibiendo la iniciació n para el operó n lac, aunque las interacciones detalladas
de la transcripció n por parte de la RNA polimerasa-ó70. (b) En difieren en cada promotor. El mecanismo ge- neral
presencia de glucosa y lactosa, el represor lac une lactosa y se involucra un represor especı́fico que se une a la regió n
disocia del operador, lo que permite que la RNA polimerasa-ó70 operadora de un gen u operó n, bloqueando la iniciació n
inicie la transcripció n a un ritmo bajo. (c) La transcripció n de la transcripció n. Una molé cula de ligando (o ligandos)
má xima del operó n lac se produce en presencia de lactosa y en pequeñ a se une al represor, controla su a ctividad de
ausencia de glucosa. En esta situació n, aumenta el cAMP en unió n al DNA y, en consecuencia, la velocidad de trans-
respuesta a la baja concentració n de glucosa y se forma el
complejo CAP-cAMP, que se une al sitio CAP, donde interactú a con
cripció n apropiadas para las necesidades de la cé lula. Al
la RNA polimerasa para estimular la velocidad de la iniciació n de igual que para el operó n lac, muchas regiones de control
la transcripció n. (d) El represor tetramé tico lac se une al operador de la transcripció n contienen uno o má s operadores
lac primario (O1) y uno de los dos operadores secundarios (O2 u secundarios que contribuyen al nivel de represió n.
O3) simultá - neamente. Las dos estructuras está n en equilibrio.
Las proteı́nas activadoras especı́ficas, como CAP en el a NtrC dimé rica, que luego se une a un potenciador
operó n lac, tambié n controlan la transcripció n de un corriente arriba del promotor glnA. NtrC fosforilada
subgrupo de genes bacteria- nos que tienen sitios de unida al potenciador luego estimula a la polimerasa ó54
unió n para el activador. Al igual que CAP, otros unida al promotor para separar las hebras de DNA e
activadores se unen al DNA junto con la RNA polimerasa, iniciar la transcripció n.
estimulando la transcripció n a partir de un promotor
especı́fico. La actividad de unió n al DNA de un activador
puede ser modulada en respuesta a las necesidades Estudios con microscopia electró nica demuestran que
celulares mediante la unió n de ligandos de molé culas pe- NtrC uni- da al potenciador y la polimerasa ó54 unida al
queñ as (p. ej., cAMP) o por modificaciones promotor interactú an directamente, formando un lazo o
postraduccionales, como la fosforilació n, que alteran la bucle en el DNA entre los sitios de unió n (Fig. 7-4). Como
conformació n del activador. se analizó anteriormente en este capı́tulo, este
mecanismo de activació n se asemeja al mecanismo
predominante de los activadores transcripcionales en los
La iniciació n de la transcripció n a partir de eucariontes.
algunos promotores requiere factores sigma
alternativos NtrC tiene actividad ATPasa y se necesita de la hidró lisis
de ATP para la activació n de la polimerasa ó54 unida por
La mayorı́a de los promotores de E. coli interactú an con la NtrC fosforilada. Evidencia de esto es que los mutantes
con una NtrC defectuosa en la hidró lisis de ATP son
RNA polime- rasa ó70, la principal forma de iniciació n de
invariablemente defectuosos en la estimulació n de la
la enzima bacteriana. Sin embargo, la transcripció n de
ciertos grupos de genes es iniciada por las RNA polimerasa ó54 para separar las hebras de DNA en el sitio
polimerasas de E. coli que contienen uno de los diversos de ini- cio de la transcripció n. Se postula que la hidró lisis
facto- res sigma alternativos que reconocen diferentes de ATP suministra la energı́a necesaria para la separació n
secuencias promotoras consenso, ademá s de la ó70 que de las hebras de DNA. Por el contrario, la polimerasa ó70
no requiere de la hidró lisis de ATP para separar las
reconoce (Cuadro 7-1). Estos factores ó alternativos son
hebras en el sitio de inicio.
necesarios para la transcripció n de grupos de genes con
funciones relacionadas como aquellas involucradas en la
respuesta al shock té rmico o la falta de nutrientes, a la Muchas respuestas bacterianas está n
motilidad, o la esporula- ció n en las eubacterias
grampositivas. En E. coli existen seis factores al-
controladas por sistemas reguladores de dos
ternativos ademá s del principal factor ó “domé stico”, el componentes
ó70. El genoma de la bacteria esporulativa, grampositiva
Streptomyces coelicolor codifi- ca 63 factores ó, el ré cord Como recié n vimos, el control del gen glnA de E. coli
actual, sobre la base del aná lisis de secuencias de cientos depende de dos proteı́nas, NtrC y NtrB. Tales sistemas
de genomas de eubacterias. La mayorı́a está n estructural reguladores de dos compo- nentes controlan muchas
y funcionalmente relacionados con ó70. Pero una clase no respuestas de las bacterias a los cambios en el entorno. A
está relacio- nada, representada en E. coli por ó54. La concentraciones elevadas de glutamina, é sta se une a un
iniciació n de la transcripció n por las RNA polimerasas dominio sensor de NtrB y causa un cambio
que contienen factores similares a ó70 está regulada por conformacional en la proteı́na que inhibe su actividad de
represores y activadores que se unen al DNA cerca de la histidina cinasa (Fig. 7-5a). Al mismo tiempo, el dominio
regió n donde se une la polimerasa, similar a la iniciació n regulador de NtrC bloquea el dominio de unió n al DNA a
por la RNA polimerasa ó70 en sı́ misma. partir del potenciador de glnA. En condiciones de baja
glutamina, é sta se disocia del dominio sensor en la
proteı́na NtrC, llevando a la activació n de un dominio
La transcripció n por la ó54-RNA polimerasa histidina cinasa trans- misor en la NtrB que transfiere el
está controlada por activadores que fosfato ã del ATP a un residuo de histidina (H) en el
dominio transmisor. Esta fosfohistidina luego transfiere
se unen lejos del promotor el fosfato a un residuo de á cido aspá rtico (D) en la
proteı́na NtrC. Esto provoca un cambio conformacional en
La secuencia de un factor sigma de E. coli, ó54, es NtrC que desen- mascara el dominio de unió n al DNA de
distintivamente dife- rente de la de todos los factores NtrC, de manera tal que se puede unir al potenciador de
similares a ó70. La transcripció n de los genes por la RNA glnA.
polimerasa que contiene ó54 está regulada solamente por
activadores cuyos sitios de unió n al DNA, llamados Muchas otras respuestas bacterianas está n reguladas por
potenciadores o intensificadores, en general se localizan dos pro- teı́nas con homologı́a a NtrB y NtrC (Fig. 7-5b).
entre 80-160 pares de bases corriente arriba del sitio de En cada uno de estos sistemas reguladores, una proteı́na,
inicio. Incluso cuando los potenciadores se encuentran llamada histidina cinasa sensora, contiene un dominio
má s de una kilobase má s allá del sitio de inicio, los activa- transmisor histidina cinasa que es regulado en respuesta
dores ó54 pueden activar la transcripció n. a los cambios medioambientales detectados por un do-
minio sensor. Cuando se activa, el dominio transmisor
transfiere el fosfato del ATP al residuo de histidina en el
El activador mejor caracterizado, ó54 −la proteı́na NtrC dominio transmisor. La segunda proteı́na, llamada un
(proteı́na C reguladora de nitró geno)− estimula la regulador de respuesta, contiene un do- minio receptor
transcripció n del gen glnA. Este gen codifica la enzima homó logo a la regió n de NtrC que contiene el residuo de
glutamina sintetasa, que sintetiza el ami- noá cido á cido aspá rtico que es fosforilado por NtrB activada. El
glutamina a partir de á cido glutá mico y amonı́aco. La RNA regulador de respuesta contiene un segundo dominio
polimerasa ó54 se une al promotor glnA pero no separa funcional que está regu- lado por la fosforilació n del
las hebras de DNA e inicia la transcripció n hasta que es dominio receptor. En muchos casos este dominio del
activada por NtrC, una pro- teı́na dimé rica. NtrC, a su vez, regulador de respuesta es un dominio de unió n al DNA
está regulada por una proteı́na-cinasa llamada NtrB. En especifico de secuencia que se une a secuencias de DNA
respuesta a bajos niveles de glutamina, NtrB fosforila relacionadas y funciona tanto como represor, como el
represor lac, o como un ac- tivador, como CAP o NtrC, derecha). En consecuencia, la regió n 2 forma
regulando la transcripció n de genes es- pecı́ficos. Sin apareamiento de bases con la regió n 3 tan pronto como
embargo, el dominio efector tambié n puede tener otras emerge de la RNA polimerasa que está transcribiendo.
funciones, como controlar la direcció n en la cual la Esto evita que la regió n 3 forme apareamiento de bases
bacteria nada en respuesta a un gradiente de con la regió n 4, por lo tanto no se forma la horquilla 3-4 y
concentració n de nutrientes. Aunque todos los dominios la RNA poli- merasa no realiza una pausa o termina la
transmisores son homó logos (como lo son tambié n los transcripció n. Como resulta- do, las proteı́nas necesarias
dominios receptores), el dominio transmisor de una para la sı́ntesis de triptó fano son traducidas por los
proteı́na sen- sora especı́fica fosforilará solo los dominios ribosomas que inician la traducció n en los codones de
receptores de regulado- res de respuesta especı́fica, inicio para cada una de las proteı́nas en el mRNA
permitiendo las respuestas especı́ficas a diferentes policistró nico largo de Trp.
cambios ambientales. En las plantas tambié n se
encuentran similares sistemas reguladores de dos
La atenuació n de la elongació n de la transcripció n
componentes histidil-aspartil de retransmisió n por
tambié n se pro- duce en algunos operones y los genes
fosfato.
simples que codifican enzimas involucradas en la
biosı́tesis de otros aminoá cidos y metabolitos a tra- vé s
de la funció n de los ribosensores. Estos RNA forman
estructuras terciarias que pueden unir molé culas
pequeñ as cuando está n presentes en concentraciones lo
suficientemente altas. En algunos casos esto da

la concentració n de tRNATrp es suficiente para llevar a


cabo una alta tasa de sı́ntesis de proteı́na, el ribosoma
traduce a travé s de la regió n 1 a la regió n 2, bloqueando
la capacidad de la regió n 2 de formar apareamiento de
bases con la regió n 3 a medida que emerge desde la
superficie de la RNA polimerasa que transcribe (Fig. 7-6b,
izquierda). En su lugar, la regió n 3 forma apareamientos
de bases con la regió n 4 tan pronto como emerge desde la

FIGURA EXPERIMENTAL 7-4 La formació n de un bucle de DNA superficie de la polimerasa, formando una horquilla de
54
permite la interacció n del NtrC unido y la RNA polimerasa-ó . RNA (vé ase Fig. 4-9a) seguida por varios uracilos, que es
(a) Dibujo (izquierda) y microfotografı́a electró nica (derecha) del una señ al para la RNA polimerasa bacteriana de pausar la
fragmento de restricció n de DNA con dı́meros de NtrC fosforilados trans- cripció n y terminar. Como consecuencia, el resto
en la regió n potenciadora cerca de un extremo y la RNA del operó n Trp largo no se transcribe, y la cé lula no
polimerasa-ó54 unida al promotor de glnA cerca del otro extremo. desperdicia energı́a necesaria como resultado la
(b) Dibujo (izquierda) y microfotografı́a electró nica (derecha) de formació n de estructuras de horquillas que condu- cen a
la misma preparació n de fragmento que muestra que los dı́meros
la terminació n temprana de la transcripció n como en el
NtrC y la RNA polimerasa-ó54 se unen entre sı́ con el DNA que
operó n Trp. Cuando la concentració n de estos ligandos de
interviene formando un bucle entre ellos.
molé culas pequeñ as es má s baja, los metabolitos no son
unidos por el RNA y se forman estructuras alternativas de
Control de la elongació n de la transcripció n RNA que no inducen la terminació n de la transcripció n.
Como se analiza a continuació n, aunque el mecanismo de
pausa de la transcripció n y la terminació n en los
Ademá s de la regulació n de la transcripció n iniciada por eucariontes es di- ferente, recientemente se ha
activado- res y represores, la expresió n de muchos descubierto que la regulació n de la pausa transcripcional
operones bacterianos está controlada por la regulació n proximal al promotor y de la terminació n tambié n se
de la elongació n de la transcripció n en la regió n proximal producen frecuentemente en la regulació n de la
al promotor. Esto se descubrió por primera vez en expresió n gé nica en organismos multicelulares.
estudios de la transcripció n del operó n Trp en E. coli (Fig.
4-13). La transcripció n del operó n Trp es reprimida por
el represor Trp cuando la concentració n del triptó fano en
el citoplasma es alta. Pero los niveles bajos de iniciació n
de la transcripció n que aú n se pro- duce son controlados FIGURA 7-5 Sistemas reguladores de dos componentes. A bajas
aú n má s mediante un proceso denominado atenuació n concen- traciones citoplasmá ticas de glutamina, esta se disocia
cuando la concentració n de tRNATrp es suficiente como del NtrB y provoca un cambio de conformació n que activa un
para soportar una alta tasa de sı́ntesis proteica. Los dominio proteı́na-cinasa transmisor que transfiere un fosfato
ã del ATP a una histidina (H) conservada en el dominio
primeros 140 nt del operó n Trp no codifican proteı́nas
transmisor. Luego este fosfato es transferido a un á cido aspá rtico
necesarias para la biosı́ntesis de triptó fano, sino que (D) en el dominio regulador del regulador de respuesta NtrC. Esto
consisten en una secuencia lı́der como se esquematiza en convierte a NtrC en su forma activada, que se une a los sitios
la Figura 7-6a. La regió n 1 de esta secuencia lı́der contiene potenciadores corriente arriba del promotor de glnA (Figura 7-4).
dos codones sucesivos de Trp. La regió n 3 puede formar (b) Organizació n general de los sistemas regula- dores
apareamiento de bases con las regiones 2 y 4. Un fosforilantes de dos componentes histidil-aspartil en bacterias y
ribosoma sigue de cerca detrá s de la RNA polimerasa e plantas [Adaptado de A. H. West y A. M. Stock, 2001, Trends Biochem. Sci.
26:369.]
inicia la traducció n de un pé p- tido lı́der poco despué s de
que emerge el extremo 5 ́ de la secuencia lı́der del Trp de
la RNA polimerasa. Cuando para su sı́ntesis o para la
traducció n de las proteı́nas codificadas cuando la
concentració n del triptó fano es alta.

Sin embargo, cuando la concentració n de tRNATrp no es


suficiente para poder llevar a cabo una alta tasa de
sı́ntesis proteica, el ribosoma se detiene en los dos
codones de Trp sucesivos en la regió n 1 (Fig. 7-6b,
• Los represores son proteı́nas que se unen a las
secuencias operadoras que se superponen o se
encuentran adyacentes a los promotores. La unió n de un
represor a un operador inhibe la iniciació n de la
transcripció n.

• La actividad de unió n al DNA de la mayorı́a de los


represores bac- terianos está modulada por los ligandos
de molé culas pequeñ as. Esto permite que las cé lulas
bacterianas regulen la transcripció n de los genes
especı́ficos en respuesta a cambios en la concentració n de
varios nu- trientes en el ambiente y a metabolitos en el
citoplasma.

• El operó n lac y algunos otros genes bacterianos tambié n


está n regu- lados por las proteı́nas activadoras que se
unen al lado del promotor y aumentan la tasa de
iniciació n de la transcripció n mediante la interac- ció n
directa con la RNA polimerasa unida a un promotor
adyacente.

• El principal factor sigma en E. coli es ó70, pero tambié n


se encuentran varios otros factores sigma, menos
abundantes, cada uno de los cuales reconocen diferentes
secuencias promotoras consenso o interactú an con
diferentes activadores.

• La iniciació n de la transcripció n por todas las RNA


polimerasas de E. coli, excepto aquellas que contienen
ó54, puede ser regulada por los represores y los
activadores que se unen cerca del sitio de inicio de la
transcripció n (vé ase la Fig. 7-3).

• Los genes transcriptos por la RNA polimerasa ó54 son


regulados por activadores que se unen a los
potenciadores localizados ≈100 pares de bases corriente
FIGURA 7-6 Control transcripcional mediante regulació n de la arriba del sitio de inicio. Cuando el activador y la RNA
elon- gació n y la terminació n por parte de la RNA polimerasa en polimerasa ó54 interactú an, el DNA entre sus sitios de
el operó n Trp de E. coli. (a) Diagrama de los 140 nucleó tidos del unió n forman un bucle (vé ase la Fig. 7-4).
RNA lı́der de trp. Las regiones coloreadas son cruciales para el
control de la atenuació n. (b) La traducció n de la secuencia lı́der
trp comienza en el extremo 5 ́ inmediata- mente despué s de que • En los sistemas reguladores de dos componentes, una
es sintetizado, mientras que la sı́ntesis del resto de la molé cula de proteı́na ac- tú a como un sensor y controla la
mRNA trp policistró nica continú a. A concentraciones elevadas de concentració n de nutrientes u otros
NATrp aminoacilado, la formació n del tallo-bucle 3-4 seguida por
una serie de U provoca la terminació n de la transcripció n. A bajas
concentraciones de tRNATrp aminoacilado, la regió n 3 se componentes en el ambiente. En condiciones adecuadas,
encuentra secuestrada en el tallo-bucle 2-3 y no puede formar primero se transfiere el fosfato ã de un ATP a una
apareamiento de bases con la regió n 4. En ausencia de la histidina en la proteı́na sensora y luego a un á cido
estructura de tallo-bucle necesaria para la terminació n, la aspá rtico en una segunda proteı́na, el regulador de
transcripció n del operó n trp continú a. [ Vé ase C. Yanofsky, 1981, respuesta. El regulador de respuesta fosforilado luego
Nature 289:751.]
ejecuta una fun- ció n especı́fica en respuesta al estı́mulo,
como la unió n a secuencias re- guladoras de DNA, y
CONCEPTOS CLAVE de la Secció n 7.1 estimula o reprime de esta forma la transcripció n de
genes especı́ficos (vé ase la Fig. 7-5).

Control de la expresió n gé nica en bacterias


• La transcripció n en las bacterias tambié n se puede
regular mediante control de la elongació n transcripcional
• La expresió n gé nica tanto en procariontes como en en la regió n proximal al pro- motor. Esto puede regularse
eucariontes está regulada principalmente por por la unió n de ribosomas al mRNA na- ciente como en el
mecanismos que controlan la iniciació n de la caso del operó n Trp (Fig. 7-6), o por los ribosensores, las
transcripció n. estructuras terciarias de RNA que unen molé culas
pequeñ as, para determinar si se forma una estructura en
• El primer paso en la iniciació n de la transcripció n en E. horquilla seguida por una cadena de uracilos, lo que
coli es la unió n de la subunidad ó que forma complejo con provoca que la RNA polimerasa bacteriana realice una
una RNA polimerasa a un promotor. pausa y termine la transcripció n.

• La secuencia nucleotı́dica de un promotor determina su 7.2 Panorama general del control gé nico
fuerza, es decir, cuá n frecuentemente se unen diferentes en eucariontes
molé culas de RNA poli- merasas e inician la transcripció n
por minuto.
En las bacterias, el control gé nico sirve principalmente Los elementos reguladores en el DNA
para permitir que una ú nica cé lula se ajuste a los cambios
eucarionte se pueden encontrar junto a los
en su ambiente, de manera tal que se optimice su
crecimiento y divisió n. En los organismos mul- sitios de inicio de la transcripció n o a muchas
ticelulares, los cambios ambientales tambié n inducen kilobases de distancia
cambios en la expresió n gé nica. Un ejemplo es la
respuesta al bajo oxı́geno (hipoxia) en la cual un grupo
Las mediciones directas de las tasas de transcripció n de
especı́fico de genes es inducido rá pidamente para ayudar
mú ltiples genes en diferentes tipos celulares demuestran
a la cé lula a sobrevivir bajo condiciones de hipoxia. Estas
que la regulació n de la trans- cripció n, ya sea en el paso
inclu- yen las proteı́nas angiogé nicas secretadas que
de iniciació n o durante la elongació n al ale- jarse del sitio
estimulan el crecimiento y la penetració n de capilares
de inicio de la transcripció n, es la forma má s comú n de
nuevos dentro del tejido circundante. Sin embargo, el
control gé nico en eucariontes, como tambié n lo es en
propó sito má s caracterı́stico y de mayor alcance bioló gico
bacterias. En los eucariontes, como en las bacterias, una
del control gé nico en los organismos multicelulares es la
secuencia de DNA que especifi- ca dó nde se une la RNA
ejecució n del programa gené tico que subyace al
polimerasa e inicia la transcripció n de un gen se
desarrollo embrioló gico. La genera- ció n de muchos tipos
denomina un promotor. La transcripció n a partir de un
celulares diferentes que en forma colectiva for- man un
promotor particular está controlada por las proteı́nas de
organismo multicelular depende de que los genes
unió n al DNA que son funcionalmente equivalentes a los
adecuados se activen en las cé lulas correctas en el
represores y activadores bacterianos. Estudios recientes
momento oportuno durante el perı́odo de desarrollo.
sugieren que la capacidad intrı́nseca de la secuen- cia de
DNA de una regió n promotora para asociarse con
En la mayorı́a de los casos, una vez que una cé lula ha dado octá meros de histonas tambié n influye en la
un paso en el desarrollo, no retrocede. Por lo tanto, las transcripció n. Puesto que las proteı́nas reguladoras de la
decisiones son funda- mentalmente diferentes de la transcripció n pueden funcionar como activadores o
activació n y la represió n reversible de los genes represores de la transcripció n, segú n su asociació n con
bacterianos en respuesta a las condiciones ambientales. otras proteı́nas, suelen denominarse en forma má s
En la ejecució n de sus programas gené ticos, muchas general como factores de transcrip- ció n. Los elementos
cé lulas diferenciadas (p. ej., las cé lulas cutá neas, los de control de la transcripció n en los genomas eu-
eritrocitos y las cé lulas productoras de anticuerpos) cariontes que unen factores de transcripció n suelen estar
siguen un destino que las lleva a la muerte celular, sin de- localizados mucho má s lejos del promotor que ellos
jar descendencia. Los patrones fijos del control gé nico regulan que en el caso de los genomas procariontes. En
que conducen a la diferenciació n sirven a las necesidades algunos casos, los factores de transcripció n que regulan la
de todo el organismo y no a la supervivencia de una cé lula expresió n de genes que codifican proteı́nas en los eu-
individual. A pesar de las diferencias en los propó sitos del cariontes superiores se unen a sitios reguladores decenas
control gé nico en bacterias y eucariontes, dos caracterı́s- de miles de pares de bases ya sea corriente arriba
ticas clave del control transcripcional primero (opuesta a la direcció n de la transcripció n) o corriente
descubiertas en las bac- terias y descriptas en la secció n abajo (en la misma direcció n de la trans- cripció n) a partir
anterior tambié n se aplican a las cé lulas eucariontes. del promotor. Como resultado de esta disposició n, la
Primero, las secuencias de DNA reguladoras de unió n a transcripció n de un ú nico gen puede estar regulada por la
proteı́nas, o los elementos de control, está n asociadas con unió n de mú ltiples factores de transcripció n a elementos
genes. Segun- do, las proteı́nas especı́ficas que se unen a de control alternativos, dirigiendo la expresió n del mismo
una secuencia reguladora de un gen determinan dó nde gen en diferentes tipos de cé lulas y en diferentes
comenzará la transcripció n y activará o re- primirá su momentos durante el desarrollo.
transcripció n. Una diferencia fundamental entre el
control transcripcional en las bacterias y los eucariontes
Por ejemplo, diversas secuencias de DNA de control de la
es una consecuencia de la asociació n de DNA
transcrip- ció n separadas regulan la expresió n del gen de
cromosó mico eucarionte con octá meros de histonas,
mamı́feros que codifica el factor de la transcripció n Pax6.
formando nucleosomas que se asocian con las fibras de
Como se mencionó anteriormente, la proteı́na Pax6 es
cromatina que ademá s se asocian a la cromatina variando
necesaria para el desarrollo del ojo. Pax6 tambié n es
los grados de condensació n (Figs. 6-29, 6-30, 6-32 y 6-
33). Las cé lulas eucariontes explotan la estructura de la
cromatina para regular la transcripció n, un mecanismo necesaria para el desarrollo de ciertas regiones del
de control de la transcripció n que no está disponible en cerebro y la mé dula espinal y las cé lulas en el pá ncreas
las bacterias. Como se representa en la Figura 7-2, en los que secretan hormonas como la in- sulina. Como tambié n
eucariontes mul- ticelulares, muchos genes inactivos se mencionó anteriormente, los seres humanos
está n ensamblados en la cromatina condensada, que heterocigotos con solo un gen Pax6 funcional nacen con
inhibe la unió n de las RNA polimerasas y los factores de aniridia, una falta de iris en los ojos (Fig. 7-1a). El gen
transcripció n general requeridos para la iniciació n de la Pax6 se expresa a partir de los ú ltimos tres promotores
transcrip- ció n. Las proteı́nas activadoras se unen a los alternativos que funcionan en diferentes tipos de cé lulas
elementos de control cerca del sitio de inicio de la y en diferentes momentos durante la embriogé nesis (Fig.
transcripció n de un gen ası́ como a kilobases alejadas y 7-7a).
promueve la descondensació n de la cromatina, la unió n
de la RNA polimerasa al promotor y la elongació n de la
Los investigadores a menudo analizan las regiones de
transcripció n por medio de la cromatina. Las proteı́nas
control gé - nico mediante preparació n de molé culas de
represoras se unen a elementos de control alternativos y
DNA recombinantes que pueden contener un fragmento
causan la condensació n de la cromatina y la inhibició n de
de DNA para ser probado con la regió n codificante para
la unió n de la polimerasa o la elongació n. En esta secció n
un gen indicador (informador) que es fá cil de analizar.
se analizará n los principios generales del control gé nico
Los genes indicadores tı́picos son luciferasa, que genera
eucarionte y se señ alan algunas similitudes y diferencias
luz que puede ser evaluada con mayor sensibilidad y por
entre los sistemas eucariontes y bacterianos. Las
muchos ó rdenes de magni- tud de intensidad usando un
secciones subsiguientes de este capı́tulo conducirá n a
luminó metro. Otros genes indicadores usados con
aspectos especı́ficos de la transcripció n eucarionte en
frecuencia codifican una proteı́na verde fluorescente
mayor detalle.
(vé ase Figs. 9-8d y 9-15) y la â-galactosidasa de E. coli,
que genera un precipi- tado azul intenso cuando es
incubada con X-gal, el aná logo a la lactosa, insoluble e
incoloro. Cuando se preparan ratones transgé nicos
(vé ase Fig. 5-43) que contienen un gen indicador â-
galactosidasa fusionado a 8 kb de DNA corriente arriba
del exó n 0 de Pax6, la â-galactosidasa se observa en los
cristalinos, las có rneas y el pá ncreas en desarrollo del
embrió n a mitad de té rmino de la gestació n (Fig. 7-7b). El
aná lisis de los ratones transgé nicos con fragmentos de
DNA má s pequeñ os a par- tir de esta regió n permitió el
mapeo de las regiones de control de la transcripció n
separadas que regulan la transcripció n en el pá ncreas y
en los cristalinos y la có rnea. Los ratones transgé nicos
con otras cons- trucciones de genes indicadores revelan
regiones de control de la trans- cripció n adicionales (Fig. FIGURA 7-7 Aná lisis de las regiones de control de la transcripció n
7-7a). Ei stas controlan la transcripció n en la retina en del
desarrollo y en diferentes regiones del cerebro en
desarrollo (encé falo). Algunas de estas regiones de
gen murino Pax6 en ratones transgé nicos. (a) Tres promotores de
control de la transcripció n está n en intrones entre los Pax6 alternativos se utilizan en distintos momentos durante la
exones 4 y 5 y entre los exones 7 y 8. Por ejemplo, un gen embriogé nesis
informador bajo control de la regió n marcada retina en la en diferentes tejidos especı́ficos del embrió n en desarrollo. Las
Figura 7-7a entre los exones 4 y 5 lleva a la expresió n del regiones de control de la transcripció n que regulan la expresió n
gen in- formador especı́ficamente en la retina (Fig. 7-7c). de Pax6 en diferentes tejidos se indican mediante rectá ngulos
coloreados. La regió n de control especı́fica del telencé falo en el
intró n 1 entre los exones 0 y 1 no se ha mapeado a alta resolució n.
Las regiones de control para muchos genes se encuentran Las otras regiones de control mostradas tienen ≈ 200-500 pares
a va- rios cientos de kilobases de distancia de los exones de bases de longitud. (b) La â-galactosidasa expresada en los
codificantes del gen. Un mé todo para identificar tales tejidos de un embrió n murino con un transgen â-galactosidasa
regiones de control distantes es comparar las secuencias informador 10,5 dı́as despué s de la fecundació n. El genoma del
embrió n murino que contiene un transgen con 8 kb de DNA
de organismos lejanamente relacionados. Las regiones de
corriente arriba del exó n 0 se fusionó a la regió n codificante de la
control de la transcripció n para un gen conservado â-galactosidasa. Fosita del cristalino (lens pit, LP) es el tejido que
tambié n suele estar conservadas y pueden ser se desarrollará en las lentes del ojo. La expresió n tambié n se
reconocidas en la base de una secuencia no funcional que observó en tejidos que se desarrollará n en el pá ncreas (P). (c) La
divergió durante la evolució n. Por ejemplo, existe una expresió n de la â-galactosidasa en un embrió n de 13,5 dı́as con
secuencia de DNA humano ≈500 kilobases corriente un gen informador â-galactosidasa bajo control de la secuencia
abajo del gen SALL1 que está altamente conservada en ra- en la parte (a) entre los exones 4 y 5 marcados como Retina. Las
tones, ranas, pollos y peces (Fig. 7-8a). SALL1 codifica un flechas apuntan hacia las regiones nasal y temporal del desarrollo
de la retina. Las regiones de control de la transcrip- ció n de Pax6
represor de la transcripció n necesario para el desarrollo
tambié n se encontraron 17 kb corriente abajo desde el exó n
normal del intestino delgado, los riñ ones, los miembros y
los oı́dos. Cuando se generaron ratones transgé nicos que
contenı́an esta secuencia de DNA conserva- da unida a un 3 ́ en un intró n del gen vecino.
gen indicador â-galactosidasa (Fig. 7-8b), los embrio- nes
transgé nicos expresaron una alta concentració n del gen
Tres RNA polimerasas eucariontes catalizan
indicador â-galactosidasa especı́ficamente en los
esbozos de los miembros en desarrollo (Fig. 7-8c). Los la formació n de diferentes RNA
pacientes humanos con deleciones en esta regió n del
genoma se desarrollan con anomalı́as en los miembros. El nú cleo de todas las cé lulas eucariontes analizadas
Estos resultados indican que esta regió n conservada hasta el momento (p. ej., vertebrados, Drosophila,
dirige la trans- cripció n del gen SALL1 en el desarrollo de levaduras y cé lulas vegetales) contienen tres RNA
los miembros. Presumi- blemente, otros potenciadores polimerasas diferentes, designadas I, II y III. Estas
controlan la expresió n de este gen en otros tipos de enzimas eluyen a diferentes concentraciones salinas
cé lulas, donde funcionan en el desarrollo normal de oı́dos, durante la cromatografı́a de intercambio ió nico, lo que
intestino delgado y riñ ones. Despué s de analizar las refleja las diversas cargas netas de las po- limerasas. Las
proteı́ nas que llevan a cabo la transcripció n en las cé lulas tres polimerasas tambié n difieren en su sensibilidad a á-
eucariontes y los promotores eucariontes, regresaremos amanitina, un octapé ptido cı́clico venenoso producido
a un aná lisis de có mo se cree que funcionan tales regiones por algunos hongos (Fig. 7-9). La RNA polimerasa I es
de control de la transcripció n, llamadas potenciadores. insensible a la á-amanitina, pero la RNA polimerasa II es
muy sensible −el fá rmaco se une cerca del sitio activo de
la enzima e inhibe la traslocació n de é sta a lo largo del
DNA molde−. La RNA polimerasa III tiene una
sensibilidad intermedia.

Cada RNA polimerasa eucarionte cataliza la transcripció n


de los genes que codifican diferentes clases de RNA
(Cuadro 7-2). La RNA polimerasa I (Pol I), localizada en el
nuclé olo, transcribe genes que co- difica el precursor
rRNA (pre-rRNA), que se procesa en los rRNA 28S, 5,8S y
18S. La RNA polimerasa III (Pol III) transcribe los genes
que codifican los tRNA, el rRNA 5S y un grupo de RNA
pequeñ os, estables, que incluye uno involucrado en el
procesamiento del RNA (U6) y el componente RNA de la
partı́cula de reconocimiento de la señ al (SRP)
involucrado en el direccionamiento de las proteı́nas
nacientes hacia el retı́culo endoplasmá tico (Cap. 13). La
RNA polimerasa II (Pol II) transcribe todos los genes que en forma cerrada cuando la enzima está en su modo de
codifican proteı́nas: es decir, funciona en la producció n de elongació n. El RNA que forma apareamiento de bases con
los mRNA. La RNA polimerasa II tambié n produ- ce cuatro la hebra molde es rojo en la Figura 7-12b y c. Se postula
de los cinco RNA nucleares pequeñ os que intervienen en que cuando la regió n hı́brida RNA-DNA de 8-9 pares de
el corte y empalme del RNA y los micro-RNA (miRNA) bases cerca del sitio activo (Fig. 7-12c) es unida entre
involucrados en el control de la traducció n ası́ como los RBP1 y RBP2 y el RNA naciente llena el canal de salida, la
RNA de interferencia pequeñ os (siRNA) estrechamente abrazade- ra se traba en su posició n cerrada, anclando la
relacionados (vé ase el Cap. 8). polimerasa al DNA doble hebra corriente abajo. Tambié n,
un factor de elongació n de la transcripció n llamado DSIF,
que se describe má s adelante, se asocia con la polimerasa
Cada una de las tres RNA polimerasas eucariontes es má s
en la elongació n, manteniendo la abrazadera en su
compleja que la RNA polimerasa de E. coli, aunque sus
conformació n cerrada. Como resultado, la polimerasa es
estructuras son similares (Fig. 7-10a, b). Las tres
extrema- damente procesadora, lo que significa que
contienen dos subunidades grandes y 10-14 subunidades
continú a polimerizando ribonucleó tidos hasta que
má s pequeñ as, algunas de la cuales son comunes entre las
termina la transcripció n. Despué s de la terminació n y de
dos o las tres polimerasas. Las RNA polimerasas
que se libera el RNA del canal de salida, la abraza- dera
eucariontes mejor caracterizadas son de la levadura
puede abrirse, liberando la enzima del DNA molde. Esto
Saccharomyces cerevisiae. Cada uno de los genes de
puede explicar có mo la RNA polimerasa II humana puede
levadura que codifican las subunidades de las
transcribir el gen humano má s largo que codifica la
polimerasas se han sometido a mutaciones por noqueo de
distrofina (DMD), que tiene ≈ 2 millones de pares de
genes (knockout) y se han caracterizado los fenotipos
bases de longitud, sin disociarse y terminar la
resultantes. Ademá s, se ha determinado la estructura
transcripció n. Debido a que la elongació n de la
tridimensional de la RNA polimerasa II de levadura (Fig.
transcripció n pro- cede a 1-2 kb por minuto, ¡la
7-10b, c). Las tres RNA polimerasas nucleares de todos los
transcripció n del gen DMD requiere aproximadamente un
eucariontes analizadas hasta el momento son muy
dı́a!
similares a las de las levadu- ras. Las plantas contienen
dos RNA polimerasas nucleares adicionales (RNA
polimerasas IV y V), que está n estrechamente Los experimentos de noqueo de genes en levadura
relacionadas con su RNA polimerasa II pero tienen una indican que la mayorı́a de las subunidades de las tres RNA
ú nica subunidad grande y algu- nas subunidades ú nicas polimerasas nucleares son esenciales para la viabilidad
adicionales. Ei stas actú an en la represió n trans- cripcional de la cé lula. La interrupció n de algunos ge- nes de
mediante los siRNA nucleares en las plantas, que se subunidades de polimerasa que no son absolutamente
analizará hacia el final de este capı́tulo. esenciales para la viabilidad (p. ej., subunidades 4 y 7 de
la RNA polimerasa II) no obstante producen cé lulas de
escaso crecimiento. Por lo tanto, todas las subunidades
Las dos subunidades grandes de las tres RNA polimerasas
son necesarias para que las RNA polimerasas eucariontes
eu- cariontes (y las RNA polimerasas IV y V de las plantas)
funcionen normalmente. Archaea, al igual que las
está n rela- cionadas entre sı́ y son similares a las
eubacterias, tiene un tipo simple de RNA polimerasa
subunidades â ́ y â de E. coli, respectivamente (Fig. 7-
involucrada en la transcripció n gé nica. Pero las RNA
10). Cada una de las polimerasas eucariontes tambié n
polimerasas de archaea, como las RNA polimerasas nu-
contiene una subunidad del tipo ù y dos subunidades del
cleares eucariontes, tienen del orden de una docena de
tipo á no idé nticas (Fig. 7-11). Las amplias similitudes en subunidades. Archaea tambié n tiene factores de
la estruc- tura de estas subunidades centrales en las RNA
transcripció n relacionados, que se describen má s
polimerasas de varias fuentes indican que esta enzima
adelante, compatibles con sus relaciones evolutivas má s
surgió temprano en la evolució n y se conservó en gran cercanas a los eucariontes que a las eubacterias (Fig. 1-
medida. Esto parece ló gico para una enzima que ca- taliza 1a).
un proceso tan fundamental como es el copiado de RNA a
partir de DNA. Ademá s, a sus subunidades centrales
relacionadas con las subunidades de la RNA polimerasa FIGURA EXPERIMENTAL 7-8 El potenciador del gen SALL1
de E. coli, las tres RNA polimera- sas de levadura humano activa la expresió n de un gen informador en las yemas de
las extremi- dades del embrió n murino en desarrollo. (a)
contienen cuatro subunidades pequeñ as adicionales,
Representació n grá fica de la secuencia de DNA con- servada en
comunes a ellas pero no a la RNA polimerasa bacteriana. una regió n del genoma humano (desde 50214-50220,5 kb de la
Finalmente, cada RNA polimerasa nuclear eucarionte secuencia del cromosoma 16) ≈500 kb corriente abajo desde el
tiene diversas subunidades gen SALL1 que codifica un represor de la transcripció n dedos de
cinc. Una regió n de ≈ 500 pb de secuencia no codificante está
conservada desde los peces hasta los seres humanos. Novecientos
especı́ficas de la enzima que no está n presentes en las pares de bases incluida esta regió n conservada se insertaron en
otras dos RNA polimerasas nucleares (Fig. 7-11). Tres de un plá smido al lado de la regió n codificante para la β-
estas subunidades adicio- nales de Pol I y Pol III son galactosidasa de E. coli. (b) El plá smido se microin- yectó dentro
homó logas a las tres subunidades adiciona- les de un pronú cleo de un huevo murino fecundado y se implantó en
especı́ficas de Pol II. Las otras dos subunidades el ú tero de una ratona seudopreñ ada para generar un embrió n
murino transgé nico con el “gen informador” en el plá smido
especı́ficas de Pol I son homó logas al factor de
inyectado incorporado en su genoma (vé ase la Fig. 5-43). (c)
transcripció n general TFIIF de la Pol II, analizado má s Despué s de 11,5 dı́as de desarrollo, cuando se desarrollaron los
adelante, y las cuatro subunidades adicionales de Pol III esbozos de los miembros, el embrió n fijado y permeabilizado se
son homó logas a los factores de transcripció n generales incubó en X-gal, que es convertido por la â-galactosidasa en un
TFIIF y TFIIE de la Pol II. compuesto insoluble de color azul intenso. La regió n de ≈900 pb
de DNA humano que contenı́a un potenciador estimuló la intensa
transcripció n del gen informador â-galactosidasa en los esbozos
El dominio abrazadera de RPBI es designado ası́ debido a de los miembros especı́ficamente. [De VISTA Enhancer Browser,
que ha sido observado en dos posiciones diferentes en http://enhancer.lbl.gov. Partes (b) y (c) cortesı́a de Len A. Pennacchio, Joint
cristales de la enzima libre (Fig. 7-12a) y un complejo que Genome Institute, Lawrence Berkeley National Laboratory.]
imita la forma de elongació n de la enzima (Fig. 7-12b, c).
Este dominio rota sobre una bisagra que probablemente
se abre cuando el DNA corriente abajo (hebra molde color
azul oscuro, hebra no molde color turquesa) se inserta
dentro de esta regió n de la polimerasa y luego se balancea

FIGURA 7-10 Comparació n de las estructuras tridimensionales de
las RNA polimerasas bacteriana y eucarionte. (a, b) Estos modelos
de Cá
se basan en el aná lisis cristalográ fico de rayos x de la RNA
polimerasa de la bacteria T. aquaticus y el centro de la RNA
polimerasa II de S. cerevisiae. (a) Las cinco subunidades de la
enzima bacteriana se distinguen por el color. En este modelo solo
se incluyen los dominios N-terminales de las subunidades á. (b) En
este modelo se muestran 10 de las 12 subunidades que
constituyen la RNA polimerasa II de la levadura. Las subunidades
que son similares en conforma- ció n a aquellas en la enzima
bacteriana se muestran en los mismos colores. El dominio C-
terminal de una subunidad grande RPB1 no se observó en la
estructura cristalina, pero se sabe que se extiende desde la
posició n marcada con una flecha roja. (RPB es la abreviatura para
“RNA polimerasa B,” que es una forma alternativa de referirse a la
RNA polimerasa II.) Se esquematiza al DNA pe- netrando las
polimerasas a medida que é stas transcriben hacia la derecha. (c)
Modelo espacial de la RNA polimerasa II de levadura que incluye
las subunida- des 4 y 7. Estas subunidades se extienden desde la
porció n central de la enzi- ma mostrada en (b) cerca de la regió n
del dominio C-terminal de la subunidad grande. [Parte (a) basada en
las estructuras cristalinas de G. Zhang y cols., 1999, Cell 98:811. Parte (b)
adaptado de P. Cramer y cols., 2001, Science 292:1863. Parte (c) de K. J.
Armache y cols., 2003, Proc. Nat ́l Acad. Sci. USA 100:6964, y D. A. Bushnell y
R. D. Kornberg, 2003, Proc. Nat ́l Acad. Sci. USA 1

FIGURA 7-11Representació n esquemá tica de la estructura de las


subunidades centrales de la RNA polimerasa de E. coli y de las
RNA polimerasas nucleares de levadura. Las tres polimerasas de
levadura tienen 5 subunidades centrales homó logas a las
subunidades â, â ́, las dos
á y ù de la RNA polimerasa de E. coli. La subunidad má s grande
(RPB1) de la RNA polimerasa II ademá s contiene un dominio C-
terminal (CTD) esencial. Las RNA polimerasas I y III contienen las
mismas dos subunidades de tipo á no idé nticas, mientras que la
FIGURA EXPERIMENTAL 7-9 La columna de cromatografı́a separa RNA polimerasa II contiene dos subunidades de tipo á diferentes.
e identifica las tres polimerasas de RNA eucariontes, cada una de Las tres polimerasas comparten la misma subunidad de tipo ù y
las cuales tiene su propia sensibilidad a la á-amanitina. Un extracto otras 4 subunidades comunes. Ademá s, cada polimerasa de
proteico del nú cleo de cé lulas eucariontes cultivadas fue pasado a levadura contiene de 3 a 7 subunidades ú nicas má s pequeñ as.
travé s de una columna de DEAE Sphadex adsorbió proteı́nas
eluı́das (curva negra) con una solució n de incremento constante
de la concentració n de NaCl. Las fracciones del eluı́do se
evaluaron para actividad polimerasa de RNA (curva roja). A una
concentració n de 1 ìg/mL, la á-amanitina inhibe la actividad de la
polimerasa II pero no afecta a las polimerasas I y III (sombreado
verde). La polimerasa III es inhibida por 10 μg/mL de á-amanitina,
mientras que la polimerasa I no se ve afectada ni siquiera por
estas concentraciones tan elevadas. [Vé ase R. G. Roeder, 1974, J.
Biol. Chem. 249:241.]

La subunidad má s grande en la RNA


polimerasa II tiene una repetició n carboxilo
terminal esencial

El extremo carboxilo de la subunidad má s grande de la


RNA poli- merasa II (RPB1) contiene un segmento de siete
aminoá cidos que se repite en forma casi precisa mú ltiples
veces. Ni la RNA polimerasa I ni la III contienen estas
unidades repetitivas. Esta repetició n de hep- tapé ptido,
con una secuencia consenso de Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-
Ser, se conoce como el dominio carboxilo terminal (CTD,
carboxyl- terminal domain) (Fig. 7-10b, que se extiende
desde la flecha roja). La RNA polimerasa II de la levadura
contiene 26 o má s repeticiones, las enzimas de los
vertebrados tienen 52 repeticiones y un nú mero
intermedio de repeticiones se producen en la RNA
polimerasa II de casi todos los otros eucariontes. El CTD
es crucial para la viabilidad y al menos 10 copias de la
repetició n deben estar presentes para que la levadura
sobreviva.

Los experimentos in vitro con promotores modelo


primero de- mostraron que las molé culas de RNA
polimerasa II que inician la transcripció n tienen un CTD
no fosforilado. Una vez que la polimerasa inicia la
transcripció n y comienza a moverse alejá ndose del FIGURA EXPERIMENTAL 7-13 La tinció n con anticuerpos
promo- tor, se fosforilan muchos de los residuos serina y demuestra
algunos tirosina en el CTD. El aná lisis de los cromosomas que el dominio carboxilo terminal (CTD) de la RNA polimerasa II
polité nicos a partir de las glá ndulas salivales de es fosforilado durante la transcripció n in vivo. Los cromosomas
polité nicos de glá ndulas salivales se prepararon a partir de larvas
Drosophila preparadas justo antes de la muda de la larva,
de Drosophila justo antes de la muda. La preparació n se trató con
un tiempo de transcripció n activa, indica que el CTD un anticuerpo de conejo especı́fico para el CTD fosforilado y con
tambié n se fosforila durante la transcripció n in vivo. Las anticuerpo de cabra especı́fico para CTD no fosfo- rilado. La
grandes “amplificaciones” cromo- só micas inducidas en preparació n luego se tiñ ó con un anticuerpo anticabra marcado
este momento del desarrollo son regiones donde el con fluoresceı́na (verde) y con un anticuerpo anticonejo marcado
genoma se está transcribiendo en forma activa. La tinció n con rodamina (rojo). Ası́, las molé culas de polimerasa con un CTD
con anti- cuerpos especı́ficos para el CTD fosforilado o no fosforilado se tiñ en de verde y aquellas con un CTD fosforilado
se tiñ en de rojo. La hormona de muda ecdisona induce tasas de
desfosforilado demostró que la RNA polimerasa II
transcripció n muy altas en las regiones engrosadas
asociada con las regiones amplificadas con alta tasa de
transcripció n contienen un CTD fosforilado (Fig. 7-13).
o abultadas marcadas como 74EF y 75B; nó tese que solo está
presente en estas regiones CTD fosforilado. Tambié n son visibles
regiones abultados má s pequeñ as transcriptas a altas tasas.
Tambié n se indican los sitios no abultados que se tiñ en de rojo
(flecha hacia arriba) o verde (flecha horizontal), como lo es un
sitio que se tiñ e tanto de rojo como de verde, produciendo un
color amarillo (flecha hacia abajo). [De J. R. Weeks y cols., 1993, Genes
Dev. 7:2329; cortesı́a de J. R. Weeks y A. L. Greenleaf.]


CONCEPTOS CLAVE de la Secció n 7.2
FIGURA 7-12 El dominio abrazadera de RPBI. Las estructuras de
la RNA polimerasa II (a) libre y (b) transcribiendo difieren
principalmente en la posició n Panorama general del control gé nico
eucarionte
de un dominio abrazadera en RPB1 (anaranjado), que se balancea
sobre la hendidura entre las fauces de la polimerasa durante la • El principal propó sito del control gé nico en los
formació n del complejo de transcripció n, y atrapa la hebra molde
organismos multice- lulares es la ejecució n de decisiones
de DNA y el transcripto. La unió n del dominio abrazadera al
hı́brido de DNA de 8-9 pares de bases puede ayudar al cierre del precisas del desarrollo de manera tal que los genes
par de abrazaderas en el que participa RNA, y estabiliza el adecuados se expresen en las cé lulas correctas durante el
complejo de elongació n. En este modelo de un complejo de desarrollo embrioló gico y la diferenciació n celular.
elongació n, el RNA se muestra en rojo, la hebra de DNA molde en
azul oscuro y la hebra de DNA no molde corriente abajo en
turquesa. (c) La abrazadera se cierra sobre el DNA entrante • El control de la transcripció n es el principal medio de
corriente abajo. Este modelo se muestra con porciones de RBP2 regulació n de la expresió n gé nica, tanto en los
que forman un lado de la hendidura eliminada, de manera tal que eucariontes como en las bacterias.
los á cidos nucleicos se puedan visualizar mejor. El ion Mg2+ que
participa en la catá lisis de la formació n del enlace fosfodié ster se
muestra en verde. Pared es el dominio de RPB2 que fuerza al DNA • En los genomas eucariontes, los elementos de control de
molde a entrar a las fauces de la polimerasa para curvarlo antes la transcrip- ció n del DNA se pueden localizar a muchas
de que abandone la polimerasa. El puente de hé lice á que se kilobases de distancia del promotor que ellos regulan.
muestra en verde se extiende a travé s de la hendidura en la Diferentes regiones de control pueden controlar la
polimerasa (vé ase Fig. 7-10b) y se postula que se dobla y se estira transcripció n del mismo gen en diferentes tipos de
a medida que la polimerasa se traslada una base hacia abajo de la
cé lulas.
hebra molde. Se piensa que la hebra no molde forma una regió n
simple hebra flexible por encima de la hendidura (no se muestra)
que se extiende a partir de tres bases corriente abajo del aparea- • Los eucariontes contienen tres tipos de RNA
miento de bases molde hasta la base 3 ́ del RNA en crecimiento y
polimerasas nucleares. Las tres contienen dos
extiende la hebra molde a medida que sale de la polimerasa,
donde se hibrida con la hebra molde para generar la burbuja de subunidades centrales grandes y tres má s peque- ñ as con
transcripció n. [Adaptado de A. L. Gnatt y cols., 2001, Science 292:1876.] homologı́a a las subunidades â ́, â, á y ù de la RNA polime-
rasa de E. coli, ası́ como de diversas subunidades
adicionales pequeñ as (vé ase la Fig. 7-11).
• La RNA polimerasa I sintetiza solo pre-rRNA. La RNA transcripció n. El aná lisis de secuencias reveló que, para
polimerasa II sintetiza los mRNA, algunos de los RNA un gen dado, la secuencia en el extremo 5 ́ de los
pequeñ os nucleares que par- ticipan en el proceso de transcriptos de RNA producidos in vitro es la misma que
corte y empalme del mRNA, los micro-RNA (miRNA) que en el extremo 5 ́de los mRNA aislados a partir de las
regulan la traducció n de los mRNA complementarios, y cé lulas, lo que confirma que los nucleó tidos con caperuza
los RNA de interferencia pequeñ os (siRNA) que regulan la de los mRNA eucariontes coinciden con el sitio de inicio
estabilidad de los mRNA complementarios. La RNA de la transcripció n. En la actualidad, el sitio de inicio de la
polimerasa III sintetiza los tRNA, los rRNA 5S y varios transcripció n para un mRNA recientemente caracteriza-
otros RNA estables, relativamente cortos (vé ase el do en general se determina simplemente mediante la
Cuadro 7-2). identificació n de la secuencia de DNA que codifica los
nucleó tidos con caperuza 5 ́ del mRNA codificado.
• El dominio carboxilo terminal (CTD) en la subunidad
má s grande de la RNA polimerasa II se fosforila durante La caja TATA, los iniciadores y las islas CpG
la iniciació n de la trans- cripció n y permanece fosforilada
funcionan como promotores en el DNA
a medida que la enzima transcribe el molde.
eucarionte
7.3 Promotores y factores de Diversas secuencias de DNA diferentes pueden funcionar
transcripció n generales de la RNA como pro- motores para la RNA polimerasa II y dirigen la
polimerasa II polimerasa hacia donde debe iniciar la transcripció n de
un RNA complementario a la hebra molde de un DNA
doble hebra. Ei stas incluyen cajas TATA, iniciadores e islas
Los mecanismos que regulan la iniciació n y la elongació n CpG.
de la trans- cripció n por parte de la RNA polimerasa II se
han estudiado extensa- mente, debido a que é sta es la
polimerasa que transcribe los mRNA. La iniciació n y la Cajas TATA Los primeros genes en ser secuenciados y
elongació n de la transcripció n mediante la RNA estudiados por medio de sistemas de transcripció n in
polimerasa II son los procesos bioquı́micos iniciales vitro fueron los genes virales y los genes celulares que
necesarios para la expresió n de los genes que codifican codifican proteı́na que son muy activos desde el punto de
proteı́nas y son los pasos de la expresió n gé nica que se vista transcripcional, ya sea en momentos particulares
regulan con má s frecuencia para determinar cuá ndo y en del ciclo celular o en tipos celulares diferenciados
cuá les cé lulas se sintetizan proteı́nas especı́ficas. Como se especı́ficos. En todos estos genes con alta tasa de
mencionó en la secció n anterior, la expresió n de genes transcripció n, una secuencia conservada llamada caja
que codifi- can proteı́nas eucariontes está regulada por TATA se encontró a ≈ 26-31 pares de bases corriente
mú ltiples secuencias de DNA que unen proteı́nas, las arriba del sitio de inicio de la transcripció n (Fig. 7-14).
cuales gené ricamente se conocen como regiones de Los estudios de mutagé nesis demostraron que el cambio
control de la transcripció n. Ei stas incluyen promotores, de una sola base en esta secuencia nucleotı́dica disminuye
que determinan dó nde comienza la transcripció n del drá sticamente la transcripció n in vitro por parte de la
molde de DNA, y otros tipos de elementos de control RNA polimerasa II de los genes adyacentes a una caja
localizados cerca de los sitios de inicio de la transcripció n TATA. Si se elimina el apareamiento de bases entre la caja
ası́ como secuencias localizadas lejos de los genes que TATA y el sitio de inicio de la transcripció n normal, la
regulan, que controlan el tipo de cé lula en la cual el gen se transcripció n del molde alterado, acortado comienza en
transcribe y con qué frecuencia se transcribe. En esta un sitio nuevo ≈ 25 pares de bases corriente abajo de la
secció n, daremos un vistazo a las propiedades de varios caja TATA. En consecuencia, la caja TATA actú a de modo
elementos de control que se encuentran en los genes que similar a un promotor de E. coli en lo que se refiere a
codifican proteı́na y en algunas té cnicas usadas para posicionar la RNA polimerasa II para la iniciació n de la
identificarlos. transcripció n (vé ase la Fig. 4-12).

Secuencias iniciadoras En lugar de una caja TATA,


La RNA polimerasa II inicia la transcripció n en algunos genes eu- cariontes contienen un elemento
las secuencias de DNA correspondientes a la promotor alternativo denominado un iniciador. La
caperuza 5 ́ de los mRNA mayorı́a de los elementos iniciadores naturales tienen
una citosina (C) en la posició n −1 y un residuo adenina (A)
en el sitio de inicio de la transcripció n (+1). La
En los experimentos de transcripció n in vitro usando RNA
mutagé nesis dirigida de los genes de mamı́fero con un
polimera- sa II purificada se preparó un extracto de
promotor que contiene un iniciador reveló que la
proteı́nas de los nú cleos de cé lulas cultivadas, y los
secuencia nucleotı́dica inmediatamente alrededor del
moldes de DNA que contienen secuencias que codifican
sitio de inicio de- termina la fuerza de tales promotores.
los extremos 5 ́de los mRNA de una cierta cantidad de
A diferencia de las secuencias de caja TATA conservada,
genes expresados abundantemente revelaron que los
sin embargo, solo se ha definido una secuencia iniciadora
transcriptos produci- dos siempre contenı́an una
extremadamente degenerada:
estructura de caperuza en sus extremos 5 ́, idé ntica con la
presente en el extremos 5 ́de los mRNA ya procesados
expresados a partir del gen (vé ase la Fig. 4-14). En estos (5 ́) Y-Y-A+1-N-T/A-Y-Y-Y (3 ́)
experimentos, la caperuza 5 ́se añ adió al extremo 5 ́ del
RNA naciente mediante enzi- mas en el extracto nuclear,
que solo podı́an añ adir una caperuza a un RNA que tiene donde A+1 es la base en la cual se inicia la transcripció n, Y
un 5 ́ trifosfato o difosfosfato. Debido a que el extremo 5 ́ es una piri- midina (C o T), N es cualquiera de las cuatro
generado por la escisió n de un RNA má s largo podrı́a bases y T/A es T o A en la posició n +3. Como se verá
tener un 5 ́mo- nofosfato, a é ste no se le podrı́a añ adir una despué s de describir los factores de trans- cripció n
caperuza. En consecuencia, los investigadores generales necesarios para la iniciació n por parte de la
concluyeron que los nucleó tidos con caperuza ge- RNA polimerasa II, otras secuencias de DNA especı́ficas
nerados en las reacciones de transcripció n in vitro deben designadas BRE y DPE pueden ser unidas por estas
haber sido los nucleó tidos con los cuales se inició la
proteı́nas e influenciar en la fuerza del promotor (Fig. 7- Se aislaron nú cleos de cé lulas humanas cultivadas y se
14). incuba- ron en una solució n amortiguadora conteniendo
una concentra- ció n salina y de detergente suave que
elimina las RNA polimerasas, excepto aquellas en el
Islas CpG La transcripció n de genes con promotores que
proceso de elongació n debido a su asociació n estable con
contienen una caja TATA o elemento iniciador comienza
el DNA molde. Luego, se añ adieron los nucleó tidos tri-
en un sitio de iniciació n bien definido. Sin embargo, la
fosfatos con UTP sustituidos por bromo-UTP que
transcripció n de la mayorı́a de los genes que codifican
contenı́an ura- cilo con un á tomo de Br en la posició n 5 en
proteı́na en mamı́feros (≈ 60-70%) se produce a una tasa
el anillo de pirimidina (Fig. 2-17). Los nú cleos luego
má s baja que la caja TATA y los promotores que contienen
fueron incubados a 37 oC lo suficiente como para que
iniciado- res, y comienza en sitios de inicio alternativos
≈ 100 nucleó tidos sean polimerizados por las molé - culas
dentro de regiones de ≈ 100-1 000 pares de bases que
de RNA polimerasa II (Pol II) que estuvieron en el proceso
tienen una inusual alta frecuencia de secuencias CG. Tales
de elongació n de la transcripció n en el momento en que
genes suelen codificar proteı́nas que no son nece- sarias
se aislaron los nú cleos. Despué s se aisló el RNA y el RNA
en grandes cantidades (p. ej., enzimas involucradas en
conteniendo bromo-U se inmunoprecipitó con
procesos metabó licos bá sicos necesarios en todas las
anticuerpos especı́ficos para RNA marcado con bromo-U.
cé lulas, a menudo llamados “genes de mantenimiento”).
Luego se secuenciaron 33 nucleó tidos en los extre- mos 5 ́
Estas regiones promotoras se denominan islas CpG
(donde “p” representa el fosfato entre los nucleó tidos C y de los RNA mediante secuenciació n masiva en paralelo de
DNA de los transcriptos inversos y las secuencias se
G) debido a que se presentan en raras ocasiones en la
mapearon en el genoma humano.
secuencia genó mica de los mamı́feros.

FIGURA 7-14 Elementos promotores centrales de los promotores


En los mamı́feros, la mayorı́a de las C seguidas por una G sin is- las CpG en los metazoos. Se muestra la secuencia de la hebra
que no está n asociadas con promotores con islas CpG con el extremo 5 ́a la izquierda y el extremo 3 ́ a la derecha. Las
está n metiladas en la posició n 5 del anillo de pirimidina bases observadas con mayor frecuencia en los promotores con
(5-metil C, representado como CMe; vé ase la Fig. 2-17). caja TATA se muestran en letra má s grande. A+1 es la base en la
Las secuencias CG se cree que está n subrrepresen- tadas cual comienza la transcripció n, Y es una pirimidina (C o T ), N es
en los genomas de mamı́feros debido a que la cualquiera de las cuatro bases. [Adaptado de S. T. Smale y J. T. Kadonaga,
2003, Ann. Rev. Biochem. 72:449.]
desaminació n es- pontá nea de la 5-metil C genera
timidina. En la escala de tiempo evo- lutivo de los
mamı́feros, se cree que esto ha llevado a la conversió n de
la mayorı́a de las CG en TG mediante mecanismos de
reparació n del DNA. En consecuencia, la frecuencia de CG
en el genoma humano es solo del 21% de la frecuencia
esperada si las C estuviesen seguidas de forma aleatoria
por una G. Sin embargo, las C en los promotores con islas
CpG está n desmetiladas. Por lo tanto, cuando se
desaminan es- pontá neamente, se convierten en U, una
base que es reconocida por las enzimas de reparació n del
DNA que la vuelven a convertir en una C. Como resultado,
la frecuencia de secuencias CG en promotores con is- las
CpG está cercana a la esperada si C estuviese seguida por
cualquiera de los otros tres nucleó tidos aleatoriamente.

Las secuencias ricas en CG está n unidas por octá meros de


histona má s dé bilmente que las secuencias deficientes en
CG debido a que se necesita má s energı́a para curvarlas
en bucles de diá metro pequeñ o ne- cesarios para
envolverse alrededor del octá mero de histonas para for-
mar un nucleosoma (Fig. 6-29). En consecuencia, las islas
CpG coin- ciden con las regiones del DNA libres de
nucleosomas. Queda mucho por aprender acerca de los
mecanismos moleculares que controlan la transcripció n a
partir de promotores islas CpG, pero una hipó tesis ac- tual
es que los factores de transcripció n generales que se
analizan en la siguiente secció n se pueden unir a ellas FIGURA EXPERIMENTAL 7-15 Aná lisis de las molé culas de RNA
porque las islas CpG está n excluidas de los nucleosomas. polime- rasa II en elongació n en fibroblastos humanos. Se aislaron
nú cleos de fibroblastos cultivados y se cultivaron en una sustancia
amortiguadora con
La transcripció n divergente a partir de los promotores un detergente no ió nico que evita que la RNA polimerasa II inicie
con islas CpG Otra caracterı́stica notable de las islas CpG la transcrip- ció n. Los nú cleos tratados se incubaron con ATP, CTP,
es que la transcrip- ció n se inicia en ambas direcciones, GTP y Br-UTP durante 5 minutos a 30 oC, un tiempo suficiente
incluso a pesar de que solo la transcripció n de la hebra como para incorporar ≈ 100 nucleó tidos. Luego se aisló el RNA y
se lo fragmentó en ≈ 100 nucleó tidos por incubació n controlada
codificante produce un mRNA. Mediante un mecanismo
a pH alto. Oligonucleó tidos de RNA especı́ficos se ligaron a los
que todavı́a espera ser elucidado, la mayorı́a de las extremos 5 ́ y 3 ́ de los fragmentos de RNA, que luego fueron
molé culas de RNA polimerasa II transcriben en la sometidos a transcripció n inversa. El DNA resultante se amplificó
direcció n “in- correcta”, es decir, transcriben la hebra no mediante reacció n en cadena de la polimerasa y se lo sometió a
codificante, se detiene o termina ≈ 1 kb a partir del sitio secuenciació n masiva en paralelo de DNA. Las secuencias
de inicio de la transcripció n. Esto se descubrió al tener en determinadas se alinearon con los sitios de inicio de la
transcripció n (SIT) de todos los genes humanos conocidos y se
cuenta la estabilidad del complejo de elon- gació n,
representó el nú mero de secuencias leı́das por kilobase de DNA
presumiblemente conferido por el dominio abrazadera secuenciado total para intervalos de 10 pares de bases de
de la RNA polimerasa II cuando el hı́brido RNA-DNA se transcriptos positivos o con sentido (rojo) y para transcriptos
une cerca del sitio activo (Fig. 7-12b, c). antisentido (azul). Para má s detalles, vé ase el texto. [De L. J. Core, J.
J. Waterfall y J. T. Lis, 2008, Science 322:1845.]
La Figura 7-15 muestra un grá fico del nú mero de de secuencias con- tadas por milló n > 1 kb corriente abajo
secuencias leı́- das por kilobase de RNA total marcado con a partir del sitio de inicio de la transcripció n fue mucho
Br-U en relació n con los principales sitios de inicio de la má s elevado, lo cual refleja la alta tasa de transcripció n de
transcripció n (SIT) de todos los genes humanos que este gen.
codifican proteı́nas que se conocen en la actualidad. Los
resultados demuestran que aproximadamente la misma
Los RNA asociados con el sitio de inicio de la
cantidad de molé culas de RNA polimerasa transcriben la
transcripció n (RNA aSIT, cabezas de flechas roja y azul en
mayorı́a de los promoto- res (principalmente promotores
la parte inferior de la Fig. 7-16b) representan secuencias
con islas CpG) en ambos sentidos de direcció n (rojo,
de RNA cortos aislados a partir de estas cé lulas, que se
representado por arriba para indicar la transcripció n en
cree que son el resultado de la degradació n de los RNA
el sentido habitual) y la direcció n antisentido (azul,
nacien- tes liberados a partir de las molé culas Pol II que
representada hacia abajo para representar la
realizaron una pausa que terminan. Nó tese que ellos
transcripció n en la direcció n opuesta, antisentido). Se
incluyen los transcriptos sentido (fle- cha azul) y
observó un pico del transcripto positivo (sentido) a ≈+50
antisentido (flecha roja) de los genes que se
en relació n con el principal sitio de inicio de la
transcribieron de forma divergente, mientras que solo se
transcripció n (SIT), lo cual indica que la Pol II realiza una
encontró RNA aSIT senti- do para los genes que se
pausa en la regió n entre +50 y +250 antes de continuar
transcribieron de manera unidireccional. La observació n
con la elongació n. Tambié n se observó un pico entre −250
de estos RNA aSIT a partir de promotores con islas CpG
y −500 en relació n con el principal sitio de inicio de la
avala aú n má s la conclusió n de que ellos se transcriben en
transcripció n de Pol II en la direcció n antisentido, lo cual
ambas di- recciones.
reve- la que la molé cula de RNA polimerasa II realiza una
pausa en el otro extremo de las regiones libres de
nucleosomas en los promotores con islas CpG. Té nganse Los factores de transcripció n generales
en cuenta que la cantidad de secuencias que se lee, y por
posicionan la RNA polimerasa II en los sitios
lo tanto el nú mero de polimerasas que elongan, es menor
para las polimerasas que transcriben en la direcció n de inicio y asisten en la iniciació n
antisentido má s allá de 1 kb del sitio de inicio de la
transcripció n, en comparació n con las polimerasas que La iniciació n por parte de la RNA polimerasa II requiere
transcriben má s allá de 1 kb del sitio de inicio en la diversos fac- tores de iniciació n. Estos factores de
direcció n codificante o positiva. El o los mecanismos iniciació n posicionan la molé cula de Pol II en los sitios de
moleculares que explican esta diferencia es un á rea de inicio de la transcripció n y ayudan a separar las hebras de
investigació n activa en la actua- lidad. Nó tese que DNA de manera tal que la hebra molde puede entrar en el
tambié n se observó un nú mero bajo de secuencias leı́das sitio activo de la enzima. Estos se denominan factores de
al transcribir en la direcció n “incorrecta” corriente arriba transcripció n generales debido a que son necesarios en la
de los principales sitios de inicio de la transcripció n (las mayorı́a, si no en todos, los promotores transcritos por la
secuencias rojas se leen hacia la izquierda de 0 y las RNA polimerasa II. Estas proteı́nas se designan TFIIA,
secuencias azules se leen hacia la de- recha de 0), lo cual TFIIB, etc., y la mayorı́a son proteı́nas multimé ricas. La
indica que existe un nivel bajo de transcripció n a partir de má s grande es TFIID, que consiste en una ú nica proteı́na
sitios aparentemente al azar a lo largo de todo el genoma. de unió n a caja TATA (TBP, TATA box binding protein) de
Es- tos descubrimientos recientes de la transcripció n 38 kDa y 13 factores asociados con TBP (TAF, TBP-
divergente a partir de promotores con islas CpG y el nivel associated factors). Los factores de trans- cripció n
bajo de transcripció n de la mayorı́a de los genomas generales con actividades similares y secuencias
eucariontes han sido una gran sorpresa para la mayorı́a homó logas se encuentran en todos los eucariontes. El
de los investigadores. complejo de Pol II y sus fac- tores de transcripció n
generales unidos a un promotor y listos para iniciar la
Inmunoprecipitació n de la cromatina La té cnica de transcripció n se denomina un complejo de preiniciacion.
inmunoprecipi- tació n de la cromatina esquematizada en La Figura 7-17 resume los pasos del ensamblaje del
la Figura 7-16a proporciona informació n adicional que complejo de preinicia- ció n de la transcripció n de Pol II in
apoya la evidencia de transcripció n diver- gente a partir vitro sobre un promotor que con- tiene una caja TATA. En
de promotores con islas CpG en los mamı́feros. Los datos los estudios que revelaron el orden del factor de
de estos aná lsis se indican como el nú mero de veces que transcripció n general se usó la subunidad TBP de TFIID
una secuencia especı́fica de esta regió n del genoma fue en lugar del complejo TFIID intacto y la RNA polimerasa
identificada por milló n de se- cuencias totales analizadas II ensamblada debido a que puede ser expresada a una
(Fig. 7-16b). A los genes que se transcribie- ron de forma alta concentració n en E. coli y purificada rá pidamente,
divergente, como el gen Hsd17b12 que codifica una enzi- mientras que TFIID intacto es difı́cil de purificar a partir
ma involucrada en el metabolismo intermediario, se les de cé lulas eucariontes.
detectaron dos picos de DNA inmunoprecipitado,
correspondientes a la Pol II trans- cribiendo en las La TBP es la primera proteı́na en unirse al promotor con
direcciones de sentido y antisentido. Sin embargo, Pol II caja TATA. Todas las TBP eucariontes analizadas tienen
só lo se detectó > 1 kb a partir del sitio de inicio en la dominios C-termi- nales similares de 180 residuos. Este
direcció n de sentido. El nú mero de secuencias contadas dominio de TBP se pliega en una estructura con forma de
por milló n en esta regió n del genoma fue muy bajo porque silla de montar; las dos mitades de la molé cula presentan
el gen se transcribió en una frecuen- cia baja. Sin una simetrı́a pareja global pero no son idé nticas. La TBP
embargo, el nú mero de secuencias contadas por milló n en in- teractú a con el surco menor en el DNA, doblando la
las regiones de comienzo para ambos sentidos de hé lice considera- blemente (vé ase la Fig. 4-5). La
transcripció n fue mucho má s alto, lo que refleja el hecho superficie de unió n al DNA de la TBP es conservada en
de que las molé culas Pol II habı́an iniciado la todos los eucariontes, lo que explica la alta conservació n
transcripció n en ambas direcciones respecto de este del elemento promotor con caja TATA (vé ase la Fig. 7-14).
promotor, pero se interrumpieron antes de transcribir >
500 pares de bases desde el sitio de iniciació n en cada
direcció n. En contraste, el gen Rpl6 que transcribe una Una vez que la TBP se ha unido a la caja TATA, se une
proteı́na de subunidad ribosó mica grande que fue TFIIB. Este factor es una proteı́na monomé rica,
abundantemente transcrita en estas cé lulas fue transcrito ligeramente má s pequeñ a que TBP. El dominio C-terminal
casi en exclusividad en la direcció n de sentido. El nú mero de TFIIB hace contacto tanto con la TBP como con el DNA
sobre ambos lados de la caja TATA. Durante la iniciació n dañ ado en los genes activos transcripcionalmente son
de la transcripció n, su dominio N-terminal se inserta en el defec- tuosas. En consecuencia, los individuos afectados
canal de salida del RNA de la RNA polimerasa II (vé ase la tienen extrema sensi- bilidad cutá nea a la luz solar (una
Fig. 7-10). El dominio N-terminal de TFIIB asiste a Pol II causa comú n de dañ o al DNA es la luz ultravioleta) y
en la separació n de las hebras de DNA en el sitio de inicio muestran una incidencia elevada de cá ncer. En con-
de la transcripció n e interactú a con la hebra molde cerca secuencia, estas subunidades de TFIIH tienen dos
del sitio activo de Pol II. A continuació n de la unió n de funciones en la cé lu- la, una en el proceso de iniciació n de
TFIIB, se une un complejo preformado de TFIIF (un la transcripció n y una segunda funció n en la reparació n
heterodı́mero de dos subunidades diferentes en del DNA. Segú n la gravedad del defecto en la funció n de
mamı́feros) y Pol II, posicionando la polimerasa sobre el TFIIH, estos individuos pueden sufrir enfermedades
sitio de inicio. Se deben unir dos factores de transcripció n como xerodermia pigmentosa y sı́ndrome de Cockayne
generales má s antes que el dú plex de DNA se pueda (Cap. 24).
separar para exponer la hebra molde. El primero en
unirse es el TFIIE tetramé rico que comprende dos copias FIGURA EXPERIMENTAL 7-16 Té cnica de inmunoprecipitacion de
de cada una de las subunidades diferentes. TFIIE crea un la cromatina. (a) Paso : cé lulas o tejidos cultivados vivos se
sitio de anclaje para TFIIH, otro factor multimé rico que incuban en formaldheı́do al 1% para entrecruzar covalentemente
contiene 10 subunidades diferentes. La unió n de TFIIH la proteı́na al DNA y las proteı́nas entre sı́. Paso : luego, la
completa el ensamblaje del complejo de preinicia- cion de preparació n es sometida a sonicació n para solubilizar y cortar la
la transcripció n in vitro (Fig. 7-17). La Figura 7-18 cromatina en fragmentos de 200 a 500 pares de bases de DNA.
muestra un modelo actual para la estructura del complejo Paso : se añ ade un anticuerpo contra una proteı́na de interé s, aquı́
la RNA polimerasa II, y el DNA unido covalentemente a la proteı́na
de preiniciació n. de interé s se inmunoprecipita. Paso : luego se revierte el
entrecruzamiento covalente y se aı́sla el DNA. El DNA aislado se
La actividad helicasa de una de las subunidades TFIIH puede analizar por reacció n en cadena de la polimerasa con
cebadores para una secuencia de interé s. Alternativamente, el
usa ener- gı́a de la hidró lisis de ATP para ayudar a DNA recuperado total puede ser amplificado, marcado mediante
desenrollar el dú plex de DNA en el sitio de inicio, la incorpo- ració n de un nucleó tido marcado en forma
permitiendo a la Pol II formar un complejo abier- to en el fluorescente e hibridado a una micromatriz (Fig. 5-29) o se lo
cual el dú plex que rodea el sitio de inicio está separado y puede someter a una secuenciació n masiva en paralelo de DNA.
la hebra molde está unida al sitio activo de la polimerasa. (b) Se muestran los resultados de la secuenciació n de DNA de la
La Figura 7-19 muestra modelos moleculares basados en cromatina a partir de cé lulas madre embrionarias murinas
cristalografı́a de rayos X del complejo de TBP (pú rpura), inmunoprecipita- das con anticuerpo contra la RNA polimerasa II,
para un gen que se transcribe en forma divergente (izquierda) y
TFIIB (rojo) y Pol II (dorado) asociado con el DNA un gen que se transcribe solo en la direcció n positiva (derecha).
promotor antes de que las hebras cerca del sitio de inicio Los datos se representan como el nú mero de veces que se observó
de la transcripció n se separen (complejo cerrado, Fig. 7- una secuencia de DNA en un intervalo de 50 pares de bases por
19a) y des- pué s de que las hebras se separan y la hebra milló n de pares de bases secuenciados. La regió n que codifica el
molde entra en el com- plejo Pol II-TFIIB, lo que coloca el extremo 5 ́ del gen se muestra en la parte inferior, con exones que
sitio de inicio de la transcripció n (+1) en el sitio activo se presentan como rec- tá ngulos e intrones como lı́neas. Los RNA
(complejo abierto, Fig. 7-19b). Un ion Mg2+ unido en el SITa (puntas de flechas rojas y azules) representan los RNA de
≈20-50 nucleó tidos que fueron aislados de las mismas cé lulas.
sitio activo de la Pol II asiste en la catá lisis de la sı́ntesis Azul indica a los RNA que se transcriben en la direcció n positiva o
del enlace fosfodié ster. Si todos los ribonucleó sidos de sentido, y rojo indica a los RNA que se transcriben en la
trifosfatos está n presentes, Pol II comienza a transcribir direcció n antisentido. [Parte (a), vé ase A. Hecht y M. Grunstein, 1999,
la hebra molde. Methods Enzymol. 304:399. Parte (b) adaptado de P. B. Rahl y cols., 2010, Cell
141:432.]

A medida que la polimerasa transcribe alejá ndose de la


regió n pro- motora, el dominio N-terminal del TFIIB se
libera del canal de salida del RNA a medida que el extremo
5 ́ del RNA naciente entra en é l. Una subu- nidad de TFIIH
fosforila el CTD de la Pol II mú ltiples veces en la serina 5
(subrayada) de la repetició n Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-
Ser que compren- de el CTD. Como se analizará en el
Capı́tulo 8, el CTD que es fosforilado mú ltiples veces en la
serina 5 es un sitio de atracció n para las enzimas que
forman la estructura de la caperuza (Fig. 4-14) en el
extremo 5 ́ de los RNA transcriptos por la RNA polimerasa
II. En el ensayo de transcrip- ció n in vitro mı́nimo que
contiene solo estos factores de transcripció n generales y
RNA polimerasa II purificada, la TBP permanece unida a
la caja TATA a medida que la polimerasa transcribe
alejá ndose de la regió n promotora, pero los otros factores
de transcripció n generales se disocian.

Notablemente, las primeras subunidades del TFIIH en ser


clonadas a partir de los seres humanos fueron FIGURA 7-17 Ensamblaje in vitro del complejo de
identificadas debido a mutaciones en ellas que causan preiniciación de la RNA polimerasa II. Los factores de
defectos en la reparació n del DNA da- ñ ado. En los transcripció n generales indicados y la RNA polimerasa II (Pol II)
individuos normales, cuando una RNA polimerasa que purificada se unen de manera secuencial al DNA caja TATA para
está transcribiendo se atasca en una regió n de DNA molde formar un complejo de preiniciació n. Luego, la hidró lisis de ATP
dañ ado, un subcomplejo compuesto de varias proporciona energı́a para desenrollar el DNA en el sitio de inicio
mediante una subunidad TFIIH. A medida que Pol II inicia la
subunidades de TFIIH, incluida la subunidad helicasa
transcripció n en el complejo abierto resultante, la polimerasa se
mencionada anteriormente, reconoce la polimera- sa mueve alejá ndose del promotor y su CTD se fosforila. In vitro, los
atascada y luego se asocia con otras proteı́nas que factores de transcripció n generales (excepto TBP) se disocian del
funcionan con el TFIIH en la reparació n de la regió n de complejo promotor-TBP, pero no se conoce aú n qué factores
DNA dañ ada. En los pacientes con formas mutantes de permanecen asociados con las regiones promotoras a
estas subunidades TFIIH, tales reparaciones del DNA
continuació n de cada ronda de iniciació n de la transcripció n in de la RNA polimerasa II de levadura con la direcció n de
vivo. transcripció n hacia
la derecha. La hebra molde de DNA se muestra en azul y la hebra
no molde en turquesa. El sitio de inicio de la transcripció n se
muestra como un modelo espacial de par de bases turquesa y azul.
TBP y TFIIB se muestran como huellas de gusano pú rpura y roja
del armazó n polipeptı́dico. No se han determinado las estructuras
de alta resolució n de TFIIE, F y H. Sus posiciones aproximadas que
se encuentran en el DNA en el complejo de preiniciació n se
muestran mediante elipses para TFIIE (verde), TFIIF (violeta) y
TFIIH (celeste). [Adaptado de G. Miller y S. Hahn, 2006, Nat. Struct. Biol. 13:603.]


FIGURA 7-19 Modelos para los complejos cerrado y abierto
del DNA promotor que forman complejo con TBP, TFIIB y Pol
II sobre la base de la cristalografía de rayos X. Pol II se muestra
en color tostado, TBP en pú rpura, TFIIB en rojo, la hebra de DNA
molde en azul y la hebra
de DNA no molde en turquesa. La base que codifica el sitio de
inicio de la transcripció n (+1) se muestra como modelo espacial.
La regió n conectora B de TFIIB interactú a con DNA en el complejo
cerrado (a), donde las hebras son separadas inicialmente (punto
de apertura del DNA). El ion Mg2+ en el sitio activo se muestra
como una esfera verde. La hebra no molde de la burbujade
transcripció n en el complejo abierto (b) no se visualiza en las
estructurasde cristal de los modelos del complejo abierto debido
a sus conformaciones alternativas en diferentes complejos

La iniciación de la transcripción in vivo por la


RNA polimerasa II requiere proteínas
adicionales

Aunque los factores de transcripció n generales


analizados anterior- mente permiten que la RNA
polimerasa inicie la transcripció n in vitro, otro factor de
la transcripció n, TFIIA, es necesario para la iniciació n de
la Pol II in vivo. TFIIA purificado forma un complejo con
TBP y el DNA de la caja TATA. La cristalografı́a de rayos X
de este complejo muestra que TFIIA interactú a con el lado
de la TBP que está corrien- te arriba de la direcció n de
transcripció n sobre los promotores que contienen una
caja TATA. En los metazoos (animales multicelulares),
TFIIA y TFIID, con sus mú ltiples subunidades TAF, se
unen primero al DNA de la caja TATA y luego los otros
factores de transcripció n ge- nerales se unen
subsiguientemente como se indica en la Figura 7-17.

Las subunidades TAF del TFIID actú an en la iniciació n de


la trans- cripció n a partir de promotores que carecen de
caja TATA. Por ejemplo, algunas subunidades TAF
contactan el elemento iniciador en promo- tores donde
ocurre, lo que probablemente explica có mo tales secuen-
cias pueden reemplazar una caja TATA. Subunidades TAF
adicionales de TFIID pueden unirse a una secuencia
consenso A/G-G-A/T-C/T- G/A/C centrada a ≈30 pares
de bases corriente abajo a partir del sitio de inicio de la
transcripció n de muchos genes que carecen de promotor
con caja TATA. Debido a su posició n, esta secuencia
reguladora es lla- mada elemento promotor corriente
abajo (DPE, downstream promoter element) (Fig. 7-14). El
DPE facilita la transcripció n de los genes sin caja TATA
(TATA-less) que lo contienen mediante un incremento de
la unió n a TFIID. Ademá s, una hé lice á de TFIIB se une al
FIGURA 7-18 Modelo para la estructura de un complejo de
surco mayor del DNA corriente arriba de la caja TATA
preiniciación de la RNA polimerasa II. Se muestra un modelo
espacial (vé ase la Fig. 7-19), y los promotores má s fuertes
contienen la secuencia ó ptima para esta inte- racció n, el funciona como un factor antiterminación, lo cual permite
BRE que se muestra en la Figura 7-14. que la RNA polimerasa II lea a travé s de un bloque
transcripcional. (Tat inicialmente se sintetiza mediante
transcriptos ra- ros que fallan en terminar cuando el
Los ensayos de inmunoprecipitacion de la cromatina (Fig.
promotor del HIV se transcribe a una alta tasa en los
7-16) utilizan anticuerpos contra TBP que muestran que
linfocitos T “activados”, un tipo de gló bulo blanco; vé ase
se unen en esta re-
el Cap. 23). Tat es una proteı́na de unió n a RNA especı́fica
de se- cuencia. Se une a la copia de RNA de una secuencia
gió n entre los sitios de inicio de la transcripció n en llamada TAR, que forma una estructura de tallo-bucle
sentido y en an- tisentido en los promotores con islas CpG. cerca del extremo 5 ́ del transcripto de HIV (Fig. 7-20).
En consecuencia, proba- blemente se requieran los TAR tambié n une la ciclina T, manteniendo al complejo
mismos factores de transcripció n generales para la CDK9-ciclina T cerca de la polimerasa, donde fosforila de
iniciació n a partir de los promotores con islas CpG má s manera eficiente su sustrato, dando como resultado la
dé biles como los promotores que contienen una caja elongació n de la transcripció n. Los ensayos de
TATA. La ausencia de los elementos promotores inmunoprecipitació n de la cromatina realizados despué s
resumidos en la Figura 7-14 puede explicar la de tratar las cé lulas con inhibidores especı́ficos de CDK9
transcripció n divergente a partir de mú ltiples sitios de indican que la transcripció n de ≈ 30% de los genes de
inicio de la transcripció n observados en estos mamı́fe- ros se regula mediante el control de la actividad
promotores, puesto que no hay pis- tas en la secuencia de de la CDK9-ciclina T (P-TEFb), aunque esto
DNA que orienten al complejo de preiniciació n. El TFIID y probablemente lo realizan má s frecuentemente los
los otros factores de transcripció n generales pueden ele- factores de transcripció n de unió n a DNA especı́ficos de
gir entre sitios de unió n dé biles casi equivalentes y secuencia que una proteı́na de unió n al RNA, como en el
alternativos en esta clase de promotores, lo cual explica caso de la Tat de HIV.
potencialmente la baja frecuencia de iniciació n de la
transcripció n ası́ como los sitios de iniciació n de la
transcripció n alternativos en direcciones divergentes
que, en general, se suelen observar a partir de
promotores con islas CpG.

Los factores de elongación regulan las etapas


iniciales de la transcripción en la región
proximal al promotor

En los metazoos, en la mayorı́a de los promotores, la Pol


II hace una pausa despué s de transcribir ≈ 20-50
nucleó tidos, debido a la unió n de la proteı́na de cinco FIGURA 7-20 Modelo del complejo de antiterminación
subunidades llamada NELF (factor negativo de compuesto por la proteína Tat del HIV y diversas proteínas
elongació n [negative elongation factor]). Esto es seguido celulares. El elemento TAR en el transcrito HIV contiene
secuencias reconocidas por Tat y la proteı́na-cinasa CDK9 cerca
por la unió n de un factor de elongació n de dos de su sustrato, el CTD de la RNA polimerasa II. La fosforilació n del
subunidades llamado DSIF (factor inducido por CTD en la serina 2 de la repetició n heptada del CTD de la Pol II es
sensibilidad DRB [DRB sensitivity-inducing factor]), de- necesaria para la elongació n de la transcripció n. Las proteı́nas
nominado ası́ puesto que un aná logo de ATP llamado DRB celulares DSIF (tambié n llamada Sp4/5) y el complejo NELF
inhibe aú n má s la elongació n de la transcripció n en su tambié n está n involucrados en la
presencia. La inhibició n de la elongació n de Pol II que regulació ndelaelongació ndePolII,comoseanalizaeneltexto.[Vé aseP.
Weiy cols., 1998, Cell 92:451; T. Wada y cols., 1998, Genes Dev. 12:357; e Y. Yamaguchi y
resulta de la unió n de NELF es mitigada cuando DSIF, cols., 1999, Cell 97:41.]
NELF y la serina 2 de la repetició n CTD de la Pol II (Tyr-
Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser) son fosforilados por una
proteı́na-cinasa con dos subunidades, CDK9-ciclina T, CONCEPTOS CLAVE de la Sección 7.3
tambié n llamada P-TEFb, que se asocia con el complejo Promotores y factores de transcripción
Pol II, NELF, DSIF. Los mismos factores de elongació n generales
regulan la transcripció n a partir de promotores con islas
CpG. Estos factores que regulan la elongació n en la regió n
de la RNA polimerasa II
proximal al promotor proporcionan un mecanismo para
controlar la transcripció n gé nica ademá s de regular la
iniciació n de la transcripció n. Esta estra- tegia global para • La RNA polimerasa II inicia la transcripció n de genes en
la regulació n de la transcripció n, tanto en el paso de el nucleó tido en el molde de DNA que corresponde al
iniciació n como en el de elongació n en la regió n proximal nucleó tido 5 ́ que forma la caperuza en el mRNA
al promotor, es similar a la regulació n del operó n Trp en codificado.
E. coli (Fig. 7-6), aunque los mecanismos moleculares
involucrados son diferentes.
• La transcripció n de los genes que codifican proteı́nas
por la Pol II se puede iniciar in vitro por la unió n
La transcripció n del HIV (virus de la inmunodeficiencia secuencial de los siguientes factores en el orden indicado:
huma- TBP, que se une al DNA de la caja TATA; TFIIB; un
complejo de Pol II y TFIIF; TFIIE; y finalmente, TFIIH
(vé ase la Fig. 7-17).
na), la causa del sida, depende de la activació n de CDK9-
ciclina T por parte de una pequeñ a proteı́na vı́rica
llamada Tat . Las cé lulas infec- tadas con mutantes tat− • La actividad helicasa de una subunidad TFIIH
producen transcriptos virales cortos de ≈ 50 nucleó tidos contribuye a separar las hebras molde en el sitio de inicio
de longitud. Por el contrario, las cé lulas infectadas por en la mayorı́a de los promotores, un proceso que requiere
HIV de tipo silvestre sintetizan transcriptos virales largos la hidró lisis de ATP. A medida que la Pol II comienza a
que se extienden a lo largo del genoma proviral integrado transcribir alejá ndose del sitio de inicio de la
(vé anse las Figs. 4-49 y 6-13). Por lo tanto, la proteı́na Tat
transcripció n, su CTD es fosforilado en la serina 5 del Para evaluar las restricciones del espaciamiento en los
heptapé ptido del CTD por otra subunidad del TFIIH. elementos de control en la regió n promotora tk del HSV
identificadas por aná lisis de las mutaciones rastreadoras
de ligadores, los investigadores prepara- ron y evaluaron
• La iniciació n de la transcripció n in vitro por parte de la
las construcciones conteniendo pequeñ as deleciones e
Pol II tambié n requiere TFIIA y, en algunos metazoos, un
inserciones entre los elementos. Los cambios en el
complejo proteico de TFIID completo, que incluye sus
espaciamiento entre el promotor y los elementos de
mú ltiples subunidades TAF como tambié n la subunidad
control proximal al promotor de 20 nucleó tidos o menos
TBP.
tuvieron poco efecto. Sin embargo, las inserciones de 30 a
50 pares de bases entre los elementos proximales al
• En los metazoos, la NELF se asocia con la Pol II despué s promotor de tk del HSV-I y la caja TATA fueron
de la inicia- ció n, e inhibe la elongació n ≈ 50-200 pares equivalentes a eliminar el ele- mento. Los aná lisis
de bases a partir del sitio de inicio de la transcripció n. La similares de otros promotores eucariontes tambié n
inhibició n de la elongació n es liberada cuando los factores indicaron que, en general, se tolera una flexibilidad
de elongació n heterodimé ricos DSIF y la ciclina T- CDK9 considerable en el espaciamiento entre los elementos
(P-TEFb) se asocian con el complejo de elongació n y la proximales al promotor, pero las separaciones de varias
CDK9 fosforila las subunidades de NELF, DSIF y serina 2 decenas de pares de bases pueden disminuir la
de la repetició n de heptapé ptido del CTD de la Pol II. transcripció n.

7.4 Secuencias reguladoras en los genes FIGURA EXPERIMENTAL 7-21 Las mutaciones rastreadores
de ligadores (linker scanning mutations) identifican los
que codifican proteínas y las proteínas elementos de control de la transcripción. (a) Una regió n del
mediante las cuales funcionan DNA eucarionte (tostado) que sustenta un alto nivel de expresió n
de un gen informador (violeta) se clona en un vector plasmı́dico
como se representa en la parte superior. Desde un extremo de la
Como se describió en la secció n anterior, la expresió n de regió n bajo aná lisis al otro, se introducen las mutaciones
los genes eucariontes que codifican proteı́nas está rastreadoras de ligadores (RL) que se solapan (con rayas). Estas
regulada por las secuencias de DNA de unió n a las mutaciones son el resultado de la mezcla de secuencias
nucleotı́dicas en un segmento corto de DNA. Despué s de
proteı́nas, denominadas gené ricamente como regiones de transfectar los plá smidos mutantes por separado a cé lulas
control de la transcripció n. Ei stas incluyen promotores y cultivadas, se analiza la actividad del producto gen-informador.
otros tipos de elementos de control localizados cerca de En el ejemplo que se muestra aquı́, la secuencia desde −120 hasta
los sitios de transcripció n, ası́ como secuencias +1 del gen timidina cinasa del virus de herpes simple, las
localizadas lejos de los genes que re- gulan. En esta mutaciones RL 1, 4, 6, 7 y 9 tienen poco o ningú n efecto
secció n examinaremos en forma má s minuciosa las pro- en la expresió n del gen informador, lo cual indica que las regiones
alteradas en estos mutantes no contienen elementos de control.
piedades de varios elementos de control que se
La expresió n del gen informador se reduce significativamente en
encuentran en los genes eucariontes que codifican los mutantes 2, 3, 5 y 8, lo cual indica que los elementos de control
proteı́na y las proteı́nas que se unen a ellos. (marró n) se encuentran en los intervalos que se muestran en la
parte inferior. (b) El aná lisis de estas mutaciones RL identificó una
caja TATA y dos elementos proximales al promotor (PE-1 y PE-2).
Los elementos proximales del promotor [Parte (b), vé ase S. L. McKnight y R. Kingsbury, 1982, Science 217:316.]
ayudan a regular los genes eucariontes

Con el fin de identificar las regiones de control de la


transcripció n se utilizaron las té cnicas de DNA
recombinante para mutar en forma sistemá tica las
secuencias de nucleó tidos de varios genes eucariontes.
Por ejemplo, las mutaciones rastreadoras de ligadores
(linker scanning mutations) pueden identificar las
secuencias dentro de una regió n que funciona en el
control de la transcripció n. En esta té cnica, se evalú a un
grupo de construcciones con mutaciones solapadas
contiguas en sus efectos sobre la expresió n de un gen
informador o en la producció n de un mRNA especı́fico
(Fig. 7-21a). Este tipo de aná lisis identificó los elementos
proximales al promotor del gen de la timidina cinasa
(tk) del virus del herpes simple tipo I (HSV-I). Los
resultados demostraron que la regió n de DNA corriente
arriba del gen tk del HSV contiene tres secuencias de Los potenciadores distantes suelen estimular la
control de la transcripció n separadas: una caja TATA en transcripción por la RNA polimerasa II
el intervalo de −32 a −16 y otros dos elementos de control
má s alejados corriente arriba (Fig. 7-21b). Los
experimentos que utilizan mutan- tes que contienen Como se describió anteriormente, la transcripció n a
cambios de un ú nico par de bases en los elementos de partir de muchos promotores eucariontes puede
control proximal al promotor revelaron que suelen tener estimularse mediante elementos de control localizados
de ≈ 6-10 pares de bases de longitud. Los resultados miles de pares de bases alejadas del sitio de inicio. Tales
recientes indican que estos se encuentran tanto corriente elementos de control de la transcripció n a larga distancia,
arriba como corriente abajo del sitio de inicio de la denominados potenciadores, son comunes en los
transcripció n para los genes humanos en igual frecuencia. genomas eucariontes pero bastante raros en los genomas
Mientras que, en rigor, el té rmino promotor se refiere a la bacterianos. Los procedimientos como la mutagé nesis
secuencia de DNA que determina dó nde una polimerasa rastreadora de ligadores indican que los potenciadores,
inicia la transcripció n, el té rmino a menudo se usa para en general del orden de ≈ 200 pares de bases, al igual que
referirse tanto a un promotor como a sus elementos de los elementos proximales del promotor, está n
control proximales al promotor. compuestos por diversos elementos de secuencia
funcional de ≈ 6-10 pares de bases. Como se analizó
antes, cada uno de estos elementos reguladores es un sitio ellos se tornó má s clara. Por ejemplo, ambos tipos de
de unió n para un factor de transcripció n de unió n al DNA elementos en ge- neral pueden estimular la transcripció n
especı́fico de secuencia. incluso cuando se los invierte, y ambos tipos suelen ser
especı́ficos del tipo de cé lula. En la actualidad, el consenso
general es que un espectro de elementos de control regula
El aná lisis de muchos potenciadores celulares
la transcripció n mediante la RNA polimerasa II. En un
eucariontes diferentes ha demostrado que, en los
extremo está n los potenciadores, que pueden estimular la
metazoos, pueden presentarse con igual probabili- dad
transcripció n a partir de un promotor alejado decenas de
corriente arriba de un promotor como corriente abajo de
miles de pares de bases. En el otro extre- mo está n los
un promo- tor dentro de un intró n, o incluso corriente
elementos proximales al promotor, como los elementos
abajo del exó n final de un gen, como en el caso del gen
corriente arriba que controlan al gen tk del HSV, que
Sall1 (vé ase la Fig. 7-8a). Muchos potenciadores son
pierde su influen- cia cuando se lo mueve unos 30-50
especı́ficos del tipo celular. Por ejemplo, se caracterizó un
pares de bases adicionales má s allá del promotor. Los
potenciador que controla la expresió n de Pax6 en la retina
investigadores han identificado una gran cantidad de
en el intró n entre los exo- nes 4 y 5 (vé ase la Fig. 7-7a),
elementos de control de la transcripció n que pueden
mientras que un potenciador que controla la expresió n de
estimular la transcripció n desde distancias entre estos
Pax6 en las cé lulas secretoras de hormona del pá ncreas
dos extremos.
está localizado en una regió n de ≈ 200 pares de bases
corriente arriba del exó n 0 (de allı́ el nombre debido a que
se descubrió despué s de haber nombrado al “exó n 1”). En La Figura 7-22a resume las localizaciones de las
el importante organismo modelo Saccharomyces secuencias de con- trol de la transcripció n para un gen de
cerevisiae (levadura), los genes está n espaciados mamı́fero hipoté tico con un promotor que contiene una
estrechamente (Fig. 6-4b) y pocos genes contienen caja TATA. El sitio de inicio en el cual se inicia la
intrones. En este organismo, los potenciadores suelen en- transcripció n codifica el primer nucleó tido (5 ́) del
contrarse dentro de los ≈ 200 pares de bases corriente primer exó n de un mRNA, el nucleó tido que tiene
arriba de los promo- tores de los genes que ellos regulan caperuza. Ademá s de la caja TATA a ≈−31 a −26, los
y se los denomina con el té rmino se- cuencias activadoras elementos proximales al promotor, que son
corriente arriba (UAS, up-stream activating sequence). relativamente cortos (≈ 6-10 pares de bases), se localizan
dentro de los primeros ≈200 pares de bases ya sea
corriente arriba o corriente abajo del sitio de inicio. Los
potenciadores, por el contrario, suelen tener al- rededor
de 50-200 pares de bases de longitud y está n compuestos
por mú ltiples elementos de ≈ 6-10 pares de bases. Los
potenciadores pue- den localizarse hasta 50 kilobases o
má s corriente arriba o corriente abajo del sitio de inicio o
dentro de un intró n. Al igual que para el gen Pax6, muchos
genes de mamı́fero está n controlados por má s de una

regió n potenciadora que funciona en diferentes tipos de
FIGURA 7-22 Organización general de los elementos de cé lulas.
control que regulan la expresión génica en eucariontes
multicelulares y levaduras. (a) Los genes de mamı́feros con un
promotor con caja TATA está n regulados por elementos La Figura 7-22b resume la regió n promotora de un gen de
proximales al promotor y potenciadores. Los elementos mamı́fero con un promotor con isla CpG. Alrededor del
proximales al promotor que se muestran en la Figura 7-14 60-70% de los genes de mamı́fero se expresan a partir de
posicionan la RNA polimerasa promotores con islas CpG, en general a niveles mucho
II para comenzar la transcripció n en el sitio de inicio e influyen en menores que los genes con promotores con caja TATA. Se
la velocidad de la transcripció n. Los potenciadores pueden estar utilizan muchos sitios de inicio de la transcripció n
corriente arriba o corriente abajo y tan alejados como cientos de
kilobases desde el sitio de inicio de la transcripció n. En algunos
alternativos, ge- nerando los mRNA con extremos 5 ́
casos, los potenciadores se encuentran dentro de los intrones. Los alternativos para el primer exó n derivado de cada sitio de
elementos proximales al promotor se encuentran corriente arriba inicio. La transcripció n se produce en ambas direcciones,
y corriente abajo de los sitios de inicio de la transcripció n en igual pero las molé culas Pol II que transcriben en la direcció n
frecuencia en los genes de mamı́fero. (b) Promotores con islas positiva (sentido) elongan hasta > 1 kb mucho má s
CpG de mamı́fero. La transcripció n se inicia en diversos sitios eficientemente que los transcriptos en la direcció n
tanto en direcció n sentido como antisentido a partir de los antisentido.
extremos de la regió n rica en CpG. Los transcriptos en la direcció n
sentido son elongados y procesados a los mRNA mediante corte y
empalme del RNA. Ep stos expresan los mRNA con exones 5 ́ El genoma de S. cerevisiae contiene elementos
alternativos determinados por el sitio de inicio de la reguladores llama- dos secuencias activadoras
transcripció n. Los promotores con islas CpG contienen elementos
de control proximales al promotor. En la actualidad, no está claro
corriente arriba (UAS), que funcionan de manera
si é stos tambié n son regulados por potenciadores distantes. (c) La similar a los potenciadores y los elementos proximales al
mayorı́a de los genes de S. cerevisiae contienen solo una regió n promotor en los eucariontes superiores. La mayorı́a de
reguladora, llamada una secuencia de activación corriente arriba los genes con- tiene só lo una UAS, que en general se
(UAS), y una caja TATA, que está ≈ 90 pares de bases corriente encuentra dentro de unos pocos cientos de pares de bases
arriba desde el sitio de inicio. del sitio de inicio. Ademá s, los genes de S. cerevisiae
contienen una caja TATA ≈ 90 pares de bases corriente
La mayoría de los genes eucariontes son arriba del sitio de inicio de la transcripció n (Fig. 7-22c).
regulados por múltiples elementos de control
de la transcripción Los ensayos de huella genética y de retardo en
gel detectan las interacciones entre el DNA y las
Inicialmente, se pensó que los potenciadores y los proteínas
elementos proxi- males al promotor eran diferentes tipos
de elementos de control de la transcripció n. Sin embargo, Los diversos elementos de control que se encuentran en
a medida que se fueron analizando má s potenciadores y el DNA eu- carionte son sitios de unió n para las proteı́nas
elementos proximales al promotor, las distinció n entre reguladoras y suelen denominarse factores de
transcripción. Las cé lulas eucariontes má s simples los TAF) tam- bié n se unen al DNA en la regió n corriente
codifican cientos de factores de transcripció n y el genoma abajo de la caja TATA.
hu- mano codifica má s de 2 000. La transcripció n de cada
gen en el geno- ma es regulada de forma independiente
El ensayo de retraso de la movilidad electroforética (EMSA,
por combinaciones de factores de transcripción específicos
electro- phoretic mobility shift assay), tambié n llamado
que se unen a sus regiones de control de la transcripció n.
retardo en gel o ensayo de corrimiento de bandas, es má s
El nú mero de combinaciones posibles de estos muchos
ú til que el ensayo de huella gené tica para aná lisis
factores de transcripció n es astronó mico, lo suficiente
cuantitativo de las proteı́nas de unió n al DNA. En general,
como para gene- rar controles ú nicos para cada gen
la movilidad electroforé tica de un fragmento de DNA está
codificado en el genoma.
reducida cuando forma complejo con proteı́nas, lo que
causa un corrimiento en la localizació n de la banda del
En las levaduras, en Drosophila y en otros eucariontes fragmento. Este ensayo se puede usar para detectar un
gené tica- mente analizables numerosos genes codifican factor de transcripció n en fracciones de proteı́nas in-
activadores y represores transcripcionales identificados cubadas con un fragmento de DNA radiomarcado
por los aná lisis clá sicos como los que se describieron en conteniendo un ele- mento de control conocido (Fig. 7-
el Capı́tulo 5. Sin embargo, en los mamı́feros y en otros 24). Cuantos má s factores de trans- cripció n se añ aden a
vertebrados, que son menos susceptibles para el aná lisis la reacció n de unió n, má s sonda marcada se corre de la
gené tico, la mayorı́a de los factores de transcripció n se posició n del complejo DNA y proteı́na.
han detectado inicialmente y luego purificado mediante
té cnicas bioquı́micas. En esta té cnica se usa un elemento
En el aislamiento bioquı́mico de un factor de
regulador de DNA identificado mediante la clase de
transcripció n, un ex- tracto de nú cleos celulares se
aná lisis mutacionales descriptos anteriormente para
somete secuencialmente a diversos tipos de
identificar proteı́- nas afines que se unen a é l de manera
cromatografı́a en columna (Cap. 3). Las fracciones eluidas
especı́fica. Dos té cnicas comunes para la detecció n de
de las columnas son sometidas a ensayo de huella
tales proteı́nas afines son las huellas gené ticas con DNasa
gené tica con DNasa I o a EMSA usando fragmentos de
I y el ensayo de retardo de la movilidad electroforé tica.
DNA que contienen un elemento regula- dor identificado
(vé ase la Fig. 7-21). Las fracciones que contienen una
La huella genética con DNasa I tiene la ventaja del hecho proteı́na que se une al elemento regulador en estos
de que cuando una proteı́na está unida a una regió n de ensayos probable- mente contienen un factor de
DNA, protege esa secuencia de DNA de la digestió n por transcripció n putativo. Una té cnica po- derosa que suele
parte de las nucleasas. Como se ilustra en la Figura 7-23a, usarse para el paso final en la purificació n de los facto- res
las muestras de un fragmento que está marcado en un de transcripció n es la cromatografía de afinidad de DNA
extremo son digeridas en condiciones cuidadosamente específica de secuencia, un tipo particular de
controladas en la presencia y en la ausencia de una cromatografı́a de afinidad en la cual las hebras de DNA
proteı́na de unió n al DNA, luego se las desnaturaliza y se largas que contienen mú ltiples copias del sitio de unió n al
las somete a electroforesis y el gel resultante se somete a factor de transcripció n está n unidas a la matriz de una
autorradiografı́a. La regió n protegida por la proteı́na columna.
unida aparece como una brecha, o “huella”, en la
disposició n de bandas resultantes de la digestió n en
Una vez que se aisló y se purificó un factor de
presencia y en ausencia de pro- teı́na. Cuando se realiza el
transcripció n, se puede determinar y usar una secuencia
ensayo de huella gené tica con un fragmento de DNA que
aminoá cida parcial para clonar el gen o el cDNA que lo
contiene un elemento de control conocido, la aparició n de
codifica, como se esquematiza en el Capı́tulo 5. Este gen
una huella indica la presencia de un factor de
aislado se puede usar para evaluar la habilidad de la
transcripció n que se une a ese elemento de control en la
proteı́- na codificada para activar o reprimir la
muestra de proteı́na a ser evaluada. La huella gené tica
transcripció n en un ensayo de transfecció n in vitro (Fig.
tambié n identifica la secuencia de DNA a la cual se une el
7-25).
factor de transcripció n.

Por ejemplo, la huella gené tica del promotor fuerte tardı́o Los activadores estimulan la transcripción y
del ade- novirus muestra una regió n protegida sobre la están compuestos por distintos dominios
caja TATA cuando se añ ade TBP al DNA marcado antes de funcionales
la digestió n con DNasa I (Fig. 7-23b). La DNasa I no
digiere todos los enlaces fosfodié ster en un DNA dú plex a Los estudios con un activador de la transcripció n de
igual velocidad. En consecuencia, en ausencia de proteı́na levadura llama- do GAL4 proporcionan evidencia inicial
añ adida (lı́neas 1, 6 y 9), se observa un patró n de bandas de la estructura del dominio de los factores de
particular que transcripció n. El gen que codifica la proteı́na GAL4, que
estimula la expresió n de enzimas necesarias para
depende de la secuencia de DNA y es el resultado de la metabolizar la galactosa, fue identificado por aná lisis de
escisió n de algu- nos enlaces fosfodié ster y no de otros. complementació n de los mu- tantes gal4 que no pueden
Sin embargo, cuando se incuban cantidades crecientes de formar colonias en un medio con agar en el cual la
TBP con el DNA marcado en el extremo antes de la galactosa es la ú nica fuente de carbono y energı́a (Cap. 5).
digestió n con DNasa I, la TBP se une a la caja TATA y Los estudios de mutagé nesis dirigida como los analizados
protege la regió n entre ≈−35 y −20 de la digestió n cuando anteriormente identificaron las UAS para los genes
se añ ade suficiente TBP a todas las molé culas de DNA activados por GAL4. Cada una de estas UAS se encontró
marcadas. Por el contrario, cantidades crecientes de que contiene una o má s copias de una secuencia de 17 pb
TFIID (lı́neas 7 y 8) protegen tanto la regió n de la caja relacionada llamada UASGAL. Los ensayos de huella
TATA de la digestió n con la DNasa I, como tambié n gené tica con DNasa I con la proteı́na GAL4 recombinante
regiones cercanas a −7, +1 a +5, +10 a +15 y +20, producida en E. coli a partir del gen GAL4 de levadura,
produciendo una “huella gené tica” diferente de la TBP. demostraron que la proteı́na GAL4 se une a las secuencias
Los resultados tales como é ste nos dicen que otras UASGAL. Cuando una copia de UASGAL se clonó corriente
subunidades de TFIID (los factores asociados con TBP o arriba de una caja TATA seguida por el gen informador de
la â-galactosidasa, la expresió n de la â-galactosidasa se
activó en el medio con galactosa en las cé lulas de tipo
silvestre pero no en los mutantes gal4. Estos resultados
muestran que UASGAL es un elemento de con- trol de la
transcripció n activado por la proteı́na GAL4 en medio con
galactosa.

Un grupo de experimentos notables con mutantes con


deleció n de gal4 demostró que el factor de transcripció n
GAL4 está compuesto por dominios funcionales
separados: un dominio de unión al DNA N-ter- minal,
que se une a secuencias de DNA especı́ficas, y un dominio
de ac- tivación C-terminal, que interactú a con otras
proteı́nas para estimular la transcripció n desde un
promotor cercano (Fig. 7-26). Cuando el do- minio de
unió n al DNA N-terminal de GAL4 se fusionó
directamente a varias porciones de su regió n C-terminal,
las proteı́nas truncadas re- tuvieron su capacidad de FIGURA EXPERIMENTAL 7-23 La huella genética con DNasa I
revela
estimular la expresió n de un gen informador en un
la región de una secuencia de DNA donde se une un factor de
ensayo in vivo como el descrito en la Figura 7-25. Por lo transcripción. (a) Un fragmento de DNA conocido que contiene
tanto, la porció n interna de la proteı́na no es necesaria un elemento de control está marcado en un extremo con 32P
para el funcionamiento de GAL4 como un factor de (punto rojo). Las porciones
transcripció n. Experimentos similares con otros factores
de transcripció n de levadura, GCN4, que regulan genes
de la muestra de DNA marcado luego son digeridas con DNasa I en
necesarios para la sı́ntesis de muchos aminoá cidos, presencia y ausencia de muestras de proteı́nas que contienen una
indican que contie- nen un dominio de unió n al DNA de proteı́na de unió n a DNA de secuencia especı́fica. La DNasa I
≈ 50 aminoá cidos en su extremo C-terminal y un dominio hidroliza los enlaces fosfodié ster del DNA entre el oxı́geno 3 ́ en la
de activació n de ≈ 20 aminoá cidos cerca de la mitad de su desoxirribosa de un nucleó tido y el fosfato 5 ́del siguiente
secuencia. nucleó tido. Se utiliza una concentració n baja de DNasa I, de
manera tal que, en promedio, cada molé cula de DNA sea cortada
solo una vez (flechas verticales). Si la muestra de proteı́na no
Evidencia adicional para la existencia de diferentes contiene una proteı́na afı́n de unió n a DNA, el fragmento de DNA
dominios de ac- tivació n en GAL4 y GCN4 provienen de es cortado en mú ltiples posiciones entre los extremos marcados y
los experimentos en los cuales sus dominios de activació n no marcados del fragmento original, como en la muestra A
(izquierda). Si la muestra de proteı́na contiene una proteı́na que
se fusionaron a un dominio de unió n al DNA de una se une a una secuencia especı́fica en el DNA marcado, como en la
proteı́na entera de unió n al DNA de E. coli no relaciona- muestra B (derecha), la proteı́na se une al DNA y protege ası́ una
da. Cuando estas proteı́nas de fusió n se probaron in vivo, porció n del fragmento de la digestió n. Despué s del tratamiento
activaron la transcripció n de un gen informador con DNasa, se separa el DNA de la proteı́na, se lo desnaturaliza
conteniendo el sitio afı́n para la proteı́na de E. coli. Por lo para separar las hebras y se lo somete a electroforesis. La
tanto, los factores de transcripció n funcio- nales se autorradiografia del gel resultante detecta solo las hebras
marcadas y revela los fragmentos que se extienden desde el
pueden construir a partir de combinaciones
extremo marcado hasta el sitio de escisió n de la DNasa I. Los
completamente nuevas de elementos procariontes y fragmentos cortados que contienen las secuencias control
eucariontes. aparecen en el gen para la muestra A pero no en la muestra B
debido a que la proteı́na afı́n bloquea la escisió n dentro de la
secuencia y, por lo tanto, la producció n de los correspondientes
En la actualidad, se está n llevando a cabo estudios de tales fragmentos. (b) Huellas gené ticas producidas por las cantidades
pro- teı́nas con muchos activadores eucariontes. El crecientes de TBP (indicadas por el triá ngulo) y de TFIID en el
modelo estructural de los activadores eucariontes que ha promotor principal tardı́o fuerte del adenovirus. [Parte (b) de Q. Zhou y
emergido a partir de estos estudios es uno modular en el cols., 1992, Genes Dev. 6:1964.]

cual uno o má s dominios de activació n está n conectados


a un dominio de unió n al DNA especı́fico de secuencia por
medio de dominios de proteı́nas flexibles (Fig. 7-27). En
algunos casos, los aminoá cidos incluidos en el dominio de
unió n al DNA tambié n contribuyen a la activació n
transcripcional. Como se analiza en una secció n má s
adelante, los dominios de activació n se cree que
funcionan mediante la unió n a otras proteı́nas
involucradas en la transcripció n. La presencia de
dominios flexibles que conectan los dominios de unió n al
DNA a los dominios de activació n puede explicar por qué
las alte- raciones en el espaciamiento entre los elementos
FIGURA EXPERIMENTAL 7-24 El ensayo de movilidad
de control se toleran tan bien en las regiones de control
electroforética puede usarse para detectar factores de
eucariontes. Incluso cuando las po- siciones de los transcripción durante
factores de transcripció n unidos al DNA se desplazan la purificación. En este ejemplo, los factores proteicos separados
unos de otros, sus dominios de activació n aú n pueden ser por cromatografı́a de columna se analizaron por su capacidad de
capaces de interactuar debido a que está n adheridos a sus unirse a una sonda de fragmento de DNA radiomarcado que
dominios de unió n al DNA por medio de las regiones contiene un elemento regulador conocido. Despué s de que una
proteicas flexibles. alı́cuota de la muestra de proteı́na se cargó en la columna (ON) y
las sucesivas fracciones de la columna (nú meros) se incubaron
con la sonda marcada, las muestras se sometieron a electroforesis
bajo condiciones que no interrumpen las interacciones DNA-
proteı́na. La sonda libre no unida a la proteı́na migra hasta la parte
inferior del gel. Una proteı́na en la preparació n aplicada a la
columna y en las fracciones 7 y 8 se une a la sonda y forma un
complejo DNA-proteı́na que migró má s lentamente que la sonda
libre. Por lo tanto, estas fracciones probablemente contenı́an la
proteı́na reguladora buscada. [De S. Yoshinaga y cols., 1989, J. Biol. Chem. hasta mu- chas kilobases del sitio de inicio del gen. Al
264:10529.]
igual que los activadores, la mayorı́a de los represores
eucariontes son proteı́nas modulares que tienen dos
dominios funcionales: un dominio de unió n al DNA y un
dominio de represión. De manera similar a los dominios
de activa- ció n, los dominios de represió n continú an
funcionando cuando se los fusiona a otro tipo de dominio
de unió n al DNA. Si los sitios de unió n para este segundo
dominio de unió n al DNA está n insertados dentro de unos
pocos cientos pares de bases de un promotor, la
expresió n de la proteı́na fusionada inhibe la transcripció n
desde el promotor. Tambié n al igual que los dominios
activadores, los dominios de represió n fun- cionan
mediante interacció n con otras proteı́nas, como se analiza
má s adelante en este capı́tulo.

FIGURA EXPERIMENTAL 7-25 En los ensayos de transfección


in vivo se mide la actividad transcripcional para evaluar las
proteínas que se creen son factores de transcripción. El
sistema de ensayos requiere dos plá smidos. Un plá smido contiene
el gen que codiqica el factor de transcripció n putativo (proteı́na X).
El segundo plá smido contiene un gen informador (p. ej.,
luciferasa) y uno o má s sitios de unió n para la proteı́na X. Ambos
plá smidos se introducen simultá neamente dentro de las cé lulas
que carecen del gen que codiqica la proteı́na X. Se mide la
producció n de los transcritos de RNA del gen informador;
alternativamente, se puede medir la actividad de la proteı́na
codiqicada. Si la transcripció n del gen informador es mayor en
presencia del plá smido que codiqica X que en su ausencia,
entonces la proteı́na es un activador; si la transcripció n es menor,
entonces es un represor. Mediante el uso de plá smidos que
codiqican un factor de transcripció n reordenado o mutado, se
pueden identiqicar dominios importantes para la proteı́na.

Los represores inhiben la transcripción y


funcionan al revés que los activadores
FIGURA EXPERIMENTAL 7-26 Los mutantes
por deleción del gen GAL4 en la levadura con
La transcripció n eucarionte está regulada tanto por una construcción de UASGAL-gen informador demuestran los
represores como por activadores. Por ejemplo, los dominios funcionales separados
genetistas han identificado mutacio- nes en levaduras que en un activador. (a) Diagrama de la construcció n de
producen la expresió n elevada de ciertos genes. Este tipo DNA que contiene un gen informador lacZ (que codifica
de expresió n desregulada, anormalmente alta se la â-galactosidasa) y una caja TATA ligada a la UASGAL, un
denomina expresió n constitutiva y es el resultado de la elemento regulador que contiene varios sitios de unió n a GAL4. La
inactivació n de un repre- sor que normalmente inhibe la construcció n del gen informador y el DNA que codifica GAL4 de
tipo silvestre o mutado (deleció n) se introdujeron de manera
transcripció n de estos genes. De modo similar, se han
simultá nea en cé lulas de levadura mutante (gal4) y se midió la
aislado mutantes de Drosophila y de Caenorhabditis ele- actividad de â-galactosidasa expresada a partir de lacZ. La
gans que son defectuosos en el desarrollo embrionario actividad será alta si el DNA GAL4 introducido codifica una
debido a que expresan genes en las cé lulas embrionarias proteı́na funcional. (b) Diagramas esquemá ticos de GAL4 de tipo
donde estos genes suelen estar reprimidos. Las silvestre y varias formas mutantes. Los nú meros pequeñ os se
mutaciones en estos mutantes represores inacti- vos refieren a las posiciones en la secuencia de tipo silvestre. La
conducen al desarrollo anó malo. deleció n de 50 aminoá cidos desde el extremo N-terminal
destruye la capacidad de GAL4 de unirse a la UASGAL y estimular la
expresió n de la â-galactosidasa desde el gen informador. Las
Los sitios de unió n a represores en el DNA se han proteı́nas con deleciones extensas desde el extremo C-terminal
identificado por aná lisis sistemá tico de mutaciones aú n se unen a la UASGAL. Estos resultados localizan el dominio de
rastreadoras de ligadores similar al descripto en la Figura unió n al DNA en el extremo N-terminal de GAL4. La capacidad
7-21. En este tipo de aná lisis, las mutaciones de un sitio para activar la expresió n de la â-galactosidasa no se elimina
de unió n a activador llevan a la disminució n de la completamente a menos que se elimine alguna regió n entre los
aminoá cidos 126 y 189 o má s a partir del extremo C-terminal. Ası́,
expresió n del gen informador ligado, mientras que una
el dominio de activació n se encuentra en la regió n C-terminal de
mutació n de un sitio de unió n a represor lleva a un GAL4. Las proteı́nas con deleciones internas (parte superior)
aumento de la expresió n de un gen infor- mador. Las tambié n son capaces de estimular la expresió n de la â-
proteı́nas represoras que se unen a tales sitios se pueden galactosidasa, lo cual indica que la regió n central de GAL4 no es
purificar y ensayar usando las mismas té cnicas esencial para su funció n en este ensayo. [Vé ase J. Ma y M. Ptashne, 1987, Cell
bioquı́micas descriptas anteriormente para las proteı́nas 48:847; I. A. Hope y K. Struhl, 1986, Cell 46:885; y R. Brent y M. Ptashne, 1985, Cell 43:729.]

activadoras.

Los represores de la transcripció n eucarionte son la


inversa fun- cional de los activadores. Ellos pueden
inhibir la transcripció n a partir de un gen que
normalmente no regulan cuando sus sitios de unió n afin
está n ubicados dentro de las decenas de pares de bases
partir de varios tejidos que se han caracterizado en los
seres humanos y otras especies. El genoma humano, por
ejemplo, codifica ≈ 2 000 factores de transcripció n.

Aquı́ introducimos varias clases comunes de proteı́nas de


unió n al DNA cuyas estructuras tridimensionales han sido
determinadas. En todos los ejemplos y en muchos otros
factores de transcripció n, al menos una hé lice á se inserta
en un surco mayor del DNA. Sin embargo, algunos
factores de transcripció n contienen motivos
estructurales al- ternativos (p. ej., hebras â y bucles,
vé ase NFAT en la Fig. 7-32 como un ejemplo) que
interactú an con el DNA.

Proteínas homeodominio Muchos factores de


FIGURA 7-27 Diagramas esquemáticos que ilustran la
estructura modular de los activadores eucariontes. Los transcripció n eu- cariontes durante el desarrollo
factores de transcripció n pueden contener má s de un dominio de contienen un motivo conservado de unió n al DNA de 60
activació n pero raramente contienen má s de un dominio de unió n residuos, llamado un homeodominio, que es si- milar al
al DNA. GAL4 y GCN4 son activadores de la transcripció n en la motivo hé lice-giro-hé lice de los represores bacterianos.
levadura. El receptor glucocorticoide (GR) promueve la Estos factores de transcripció n se identificaron por
transcripció n de genes diana cuando ciertas hormonas está n primera vez en mutantes de Drosophila en los cuales una
unidas al dominio de activació n C-terminal. SP1 se une a los
parte corporal era transformada en otra durante el
elementos promotores ricos en CG en un gran nú mero de genes
de mamı́fero. desarrollo (vé ase la Fig. 7-1b). La secuencia
homeodominio conservada tambié n se encontró en los
factores de transcripció n de vertebrados, incluidos
Los dominios de unión al DNA se pueden aquellos que tienen funciones de control maes- tro
clasificar dentro de numerosos tipos similares en el desarrollo humano.
estructurales
Proteínas dedos de cinc Diversas proteı́nas eucariontes
Los dominios de unió n al DNA de los activadores y los tienen regio- nes que se pliegan alrededor de un ion de
represores euca- riontes contienen una variedad de Zn2+ central, y producen un dominio compacto a partir de
motivos estructurales que se unen a secuencias de DNA un segmento relativamente corto de la cadena
especı́ficas. La capacidad de las proteı́nas de unió n al DNA polipeptı́dica. Denominado dedo de cinc, este motivo
de unirse a secuencias de DNA especı́ficas por lo general estruc- tural se reconoció por primera vez en los
pro- viene de las interacciones no covalentes entre dominios de unió n al DNA pero ahora se sabe que
á tomos en una hé lice á en el dominio de unió n al DNA y tambié n se presentan en proteı́nas que no se unen al DNA.
á tomos en los bordes de las bases dentro de un surco Aquı́ se describen dos de las diversas clases de motivos
mayor en el DNA. Las interacciones ió nicas entre los dedos de cinc que se han identificado en los factores de
residuos de arginina y lisina cargados positivamente y los transcripció n eucariontes.
fosfatos cargados negativamente en el esqueleto de
azú car fosfato y, en algunos casos, las interacciones con El dedo de cinc C2H2 es el motivo de unió n al DNA má s
á tomos en un surco menor del DNA tam- bié n
comú n codificado en el genoma humano y en los genomas
contribuyen a la unió n.
de la mayorı́a de otros animales multicelulares. Tambié n
es comú n en las plantas multicelulares pero no es el tipo
Los principios de las interacciones proteı́na-DNA se dominante de dominio de unió n al DNA en las plantas ası́
descubrieron por primera vez durante el estudio de los como en los animales. Este motivo tiene una secuencia
represores bacterianos. Mu- chos represores bacterianos consenso de 23 a 26 residuos que contiene dos cisteı́nas
son proteı́nas dimé ricas en las que una hé - lice á a partir (C) conservadas y dos residuos de histidina (H)
de cada monó mero se inserta dentro de un surco mayor conservadas, cuyas cadenas laterales se unen a un ion
en la hé lice de DNA (Fig. 7-28). Esta hé lice á se conoce Zn2+ (Fig. 3-9c). El nombre “dedo de cinc” se acuñ o debido
como la hélice de reconocimiento o hélice de lectura de a que un diagrama bidimensional de la estructura se
secuencia, debido a que la ma- yorı́a de las cadenas asemeja a un dedo. Cuando se resolvió la estructura tri-
laterales de aminoá cidos que contactan al DNA se dimensional, se aclaró que la unió n del ion Zn2+ por parte
extienden a partir de esta hé lice. La hé lice de de los dos residuos de cisteı́na y los dos de histidina
reconocimiento que sobresale desde la superficie de los pliegan la secuencia poli- peptı́dica relativamente corta
represores bacterianos para entrar al surco mayor del en un dominio compacto, que puede insertar su hé lice
DNA y hacer mú ltiples interacciones especı́ficas con á en el surco mayor del DNA. Muchos factores de
á tomos en el DNA suele apoyarse en la estructura transcripció n contienen mú ltiples dedos de cinc C2H2, que
proteica en parte por las interacciones hidró fobas con interac- tú an con sucesivos grupos de pares de bases,
una segunda hé lice á justo N-terminal a é l. Este elemento dentro del surco mayor, a medida que la proteı́na se
estructural, que está presente en muchos represores envuelve alrededor de la doble hé lice de DNA (Fig. 7-29a).
bacterianos, se denomina un motivo hélice-giro-hélice.
Un segundo tipo de estructura de dedo de cinc, designada
Muchos motivos adicionales que pueden presentar una el dedo de cinc C4 (debido a que tiene sus cuatro cisteı́nas
hé lice á al surco mayor del DNA se encuentran en los conservadas en contacto con el Zn2+), se encuentra en
factores de transcripció n eucariontes, que suelen ≈50 factores de transcrip- ció n humanos. Los primeros
clasificarse de acuerdo con el tipo de domi- nio de unió n miembros de esta clase se identificaron como proteı́nas
al DNA que contienen. Debido a que la mayorı́a de estos de unió n intracelulares especı́ficas de alta afinidad, o
motivos tienen secuencias de aminoá cidos consenso “receptores”, para hormonas esteroides, lo que condujo a
caracterı́sticas, los factores de transcripció n potenciales que re- cibieran el nombre de superfamilia de receptores
pueden ser reconocidos entre las secuencias de cDNA a de esteroides. Como luego se hallaron receptores
intracelulares similares para las hormo- nas no bá sica son heterodı́meros de dos dife- rentes cadenas
esteroides, estos factores de transcripció n suelen polipeptı́dicas, cada una de las cuales contiene un domino
denominar- se ahora receptores nucleares. El rasgo de cremallera.
caracterı́stico de los dedos de cinc C4 es la presencia de
dos grupos de cuatro cisteı́nas crı́ticas, una hacia cada Proteínas básicas hélice-bucle-hélice (HBHb) El
extremo del dominio de 55 o 56 residuos de aminoá - dominio de unió n al DNA de otra clases de factores de
cidos. Aunque el motivo dedo de cinc en un principio se transcripció n dimé ricos contiene un motivo estructural
nombró por analogı́a con el dedo de cinc C2H2, má s tarde muy similar al motivo de cremallera bá sico, excepto que
se encontró que las estructuras tridimensionales de las en cada monó mero las dos regiones á helicoidales es- tá n
proteı́nas que contienen estos separadas por un bucle no helicoidal de la cadena
polipeptı́dica (Fig. 7-29d). Denominado un hélice-bucle-
Motivos de unió n al DNA eran bastante diferentes. Una hélice básico (HBHb), este motivo se predijo a partir de
diferencia particularmente importante entre ambos es las secuencias de aminoá cidos de estas proteı́nas, que
que las proteı́nas con dedos de cinc C2H2 en general contienen una hé lice á N-terminal con residuos bá sicos
contienen tres o má s unidades de de- dos repetitivas y se que interactú an con el DNA, una regió n media con bucle y
unen con monó meros, mientras que las proteı́nas dedos una regió n C-terminal con aminoá cidos hidró fobos
de cinc C4 en general contienen solo dos unidades de espaciados a in- tervalos caracterı́sticos de una hé lice
dedos y en general se unen al DNA como homodı́meros o á anfipá tica. Al igual que las proteı́nas con cremallera
heterodı́meros. Los homodı́meros de dominios de unió n bá sica, diferentes proteı́nas HBHb pueden formar
al DNA dedos de cinc C4 tienen simetrı́a rotacional doble heterodı́meros.
(Fig. 7-29b). En consecuencia, los receptores nucleares
homodimé ricos se unen a secuencias de DNA consenso
que son repeticiones invertidas.

Proteínas con cremallera de leucina Otro motivo


estructural presente en los dominios de unió n al DNA de
una clase grande de factores de transcripció n contiene el
aminoá cido hidró fobo leucina en cada sé ptima posició n
en la secuencia. Estas proteı́nas se unen al DNA como
dı́meros, y la mutagé nesis de las leucinas mostró que eran
necesarias para la dimerizació n. En consecuencia, el
nombre crema- llera de leucina se acuñ o para denotar
este motivo estructural.

El dominio de unió n al DNA del factor de transcripció n


GCN4 de levadura mencionado anteriormente es un
dominio de cremallera de leucina. Los aná lisis de FIGURA 7-28 Interacción del represor 434 de bacteriófago
cristalografı́a de rayos X de los complejos entre el DNA y con elDNA. (a) Diagrama de cintas del represor 434 unido a su
el dominio de unió n al DNA GCN4 han mostrado que la DNA operador especı́fico. Los monó meros de represor son
proteı́na dimé rica contiene dos hé lices á extendidas que amarillos y verdes. Las hé licesde reconocimiento se indican
mediante asteriscos. Un modelo espacialdel complejo represor-
“agarran” a la molé cula de DNA, de modo similar a un par operador (b) muestra có mo interactú a la proteı́na ı́ntimamente
de tijeras, en dos surcos mayores adyacentes separados con un lado de una molé cula del DNA de 1,5 vueltas. [Adaptado de A. K.
por alrededor de una vuelta de la doble hé lice (Fig. 7-29c). Aggarwal y cols., 1988, Science 242:899.]
Las porciones de las hé lices que contactan al DNA
incluyen los residuos cargados positivamente (bá sicos)
que interactú an con los fosfatos en el armazó n de DNA y
los residuos adicionales que interactú an con bases
especı́ficas en el surco mayor.

GCN4 forma dı́meros a travé s de interacciones hidró fobas


entre las regiones C-terminales de las hé lices á, formando
una estructura espiral enrollada. Esta estructura es
comú n en proteı́nas que con- tienen hé lices á anfipá ticas
en las cuales los residuos de aminoá ci- dos hidró fobos
está n regularmente espaciados, separados de forma
alternativa por tres a cuatro posiciones de distancia en la
secuencia, formando una franja hacia abajo en uno de los
lados de la hé lice á. Estas franjas hidró fobas constituyen
las superficies de interacció n entre los monó meros de
hé lice á en un dı́mero de espiral enrollada (vé ase la Fig. 3-
9a).

Aunque los primeros factores de transcripció n de la


cremalle- ra de leucina en ser analizados contenı́an

residuos de leucina cada siete posiciones en la regió n de
dimerizació n, posteriormente se identificaron otros
aminoá cidos hidró fobos en estas posiciones en proteı́nas FIGURA 7-29 Dominios de unión al DNA eucarionte que usan
adicionales de unió n al DNA. Actualmente se usa el té r- una hélice α para interactuar con el surco mayor de
secuencias de DNA específicas. (a) El dominio de unió n al DNA
mino cremallera básica (bZIP) para referirse a todas las
GL1 es monomé rico y contiene cinco dedos de cinc C2H2. Las
proteı́nas con estas caracterı́sticas estructurales
hé lices se muestran como cilindros, los iones de Zn2+ como
comunes. Muchos factores de transcripció n de cremallera esferas. El dedo 1 no interactú a con el DNA, mientras que los otros
cuatro dedos sı́ lo hacen. (b) El receptor de glucocorticoide es una conformacional grande que permite que el dominio de
proteı́na homodimé rica dedo de cinc C4. Las hé lices α se muestran unió n al li- gando con la hormona unida interactú e con
como cintas purpuras, las hebras â como cintas verdes y los iones una hé lice á corta en los coactivadores de los receptores
Zn2+ como esferas. Las dos hé lices á (sombreadas má s oscuras), nucleares; el complejo resultante luego puede activar la
una en cada monó mero, interactú an con el DNA. Al igual que los
transcripció n de genes cuyas regiones de con- trol unen
homodı́meros dedos de cinc C4, este factor de transcripció n tiene
el receptor nuclear.
el doble de simetrı́a rotacional; el centro de simetrı́a se muestra
mediante la elipse amarilla. (c) En las proteı́nas con cremallera de
leucina, los residuos bá sicos en las regiones de hé lice á extendida Ası́, el domino de activació n acı́dico en CREB y los
de los monó meros interactú an con el armazó n del DNA en los dominios de activació n de unió n al ligando en los
surcos mayores adyacentes. El dominio de dimerizació n de
receptores nucleares representan dos extremos
espiral enrollada está estabilizado por las interacciones
hidró fobas entre los monó meros. (d) En las proteı́nas HBHb, las estructurales. El dominio de activació n acı́dico de CREB
hé lices de unió n al DNA en la parte inferior (N-terminal de los es un enrollamiento al azar que se pliega en dos hé lices
monó meros) está n separadas por bucles no helicoidales a partir á cuando se une a la superficie de un dominio globular en
de una regió n de tipo cremallera de leucina que contiene un un coactivador. Por el contra- rio, el dominio de
dominio de dimerizació n de espiral enrollada. [Parte (a), vé ase N. P. activació n de unió n al ligando del receptor nuclear es un
Pavletich y C. O. Pabo, 1993, Science 261:1701. Parte (b), vé ase B. F. Luisi y cols., 1991,
Nature 352:497. Parte (c), vé ase T. E. Ellenberger y cols., 1992, Cell 71:1223. Parte (d), vé ase domino globular estructurado que interactú a con una
A. R. Ferre-D ́Amare y cols., 1993, Nature 363:38.]
hé lice á corta en un coactivador, que probablemente es un
enrollamiento al azar antes de que se una. Sin embargo,
Dominios de activación y represión en ambos casos, las interac- ciones especı́ficas proteı́na-
estructuralmente diversos regulan la proteı́na entre coactivadores y los dominios de activació n
transcripción permiten que los factores de transcripció n estimulen la
transcripció n de genes.

Los experimentos con proteı́nas de fusió n compuestas


Actualmente, se conoce menos acerca de la estructura de
por el domi- no de unió n al DNA GAL4 y segmentos de
los do- minios de represió n. Los dominios de unió n al
enrollamiento al azar de proteı́nas de E. coli demostraron
ligando de algunos receptores nucleares funcionan como
que un grupo diverso de secuencias de aminoá cidos
dominios de represió n en la ausencia de su ligando de
pueden funcionar como dominios de activació n, ≈1% de
hormona especı́fico. Al igual que los domi- nios de
todas las secuencias de E. coli, incluso a pesar de que é s-
activació n, los dominios de represió n pueden ser
tas evolucionaron para realizar otras funciones. Muchos
relativamente cortos y abarcan 15 o menos aminoá cidos.
factores de transcripció n contienen dominios de
Los estudios bioquı́micos y gené ticos indican que los
activació n marcados por un porcentaje inusualmente alto
dominios de represió n tambié n median las interacciones
de aminoá cidos particulares. GAL4, GCN4 y la mayorı́a de
proteı́na-proteı́na y se unen a las proteı́nas correceptoras,
otras levaduras que son ricas en aminoá cidos á cidos
formando un complejo que inhibe la iniciació n de la
(á cido aspá rtico y glutá mico). Estos dominios de
transcripció n por mecanismos que se analizan má s
activación ácidos en general son capaces de estimular la
adelante en el capı́tulo.
transcripció n en casi todos los tipos de cé lulas
eucariontes −cé lulas de hongos, animales y plantas−. Los
dominios de activació n de factores de transcripció n de
mamı́fero y de Drosophila son ricos en glutamina, y
algunos son ricos en prolina; incluso otros son ricos en los
aminoá cidos serina y treonina, estrechamente
relacionados, los cuales tienen grupos hi- droxilos. Sin
embargo, algunos dominios de activació n no son parti-
cularmente ricos en algú n aminoá cido especı́fico.

Estudios biofı́sicos indican que los dominios de activació n


tie- nen conformaciones desestructuradas, aleatorias.
Estos dominios estimulan la transcripció n cuando está n
unidos a una proteı́na coac- tivadora. La interacció n con
un coactivador provoca que el domino de activació n
adopte una conformació n á helicoidal estructurada en el
complejo dominio de activació n y coactivador. Un
ejemplo bien estudiado de un factor de transcripció n con
un dominio de activa- ció n á cido es la proteı́na CREB de
mamı́fero, que es fosforilada en respuesta a
concentraciones crecientes de cAMP. Esta fosforilació n
regulada es necesaria para que CREB se una a su
coactivador CBP (proteı́na de unió n a CREB), dando como
resultado la transcripció n de genes cuyas regiones de
control contienen un sitio de unió n a CREB (vé ase la Fig.
15-32). Cuando el dominio de activació n de en-
rollamiento al azar fosforilado de CREB interactú a con
CBP, sufre un cambio conformacional para formar dos
hé lices á unidas por un bucle corto, que se enrolla
alrededor del dominio interactuante de CBP (Fig. 7-30a).
FIGURA 7-30 Los dominios de activación pueden ser
espirales enrolladas hasta que interactúan con las proteínas
Algunos dominios de activació n son má s grandes y está n coactivadoras o con dominios plegados de proteína. (a) El
má s estructurados que los dominios de activació n dominio de activació n de CREB (proteı́na de unió n al elemento de
acı́dicos. Por ejem- plo, los dominios de unió n al ligando respuesta al AMP cı́clico) es activado por la fosforilació n de la
de los receptores nucleares funcionan como dominios de serina 123. Es una espiral enrollada hasta que interactú a con un
dominio del coactivador CBP (mostrado como un modelo espacial
activació n cuando unen sus ligandos especı́ficos (Fig. 7-
con regiones cargadas negativamente en rojo y con regiones
30b, c). La unió n de ligandos induce un cambio
cargadas positivamente en azul). Cuando el dominio de activació n que se unen a sitios vecinos en un elemento proximal al
CREB se une a CBP, se pliega en dos hé lices á anfipá ticas. Se promotor compuesto que regula el gen que codifica la
muestran las cadenas laterales en el interleucina 2 (IL-2). La expresió n del gen IL-2 es crucial
dominiodeactivació nqueinteractú aconlasuperficiedeldominioCB
para la respuesta inmunitaria, pero la expresió n anormal
P.(b) El dominio de activació n de unió n al ligando del receptor de
estró geno es un dominio proteico plegado. Cuando el estró geno de IL-2 puede llevar a enfermedades autoinmunitarias
se une al dominio, la hé lice á verde interactú a con el ligando y como la artritis reumatoide. Ni NFAT ni AP1 se unen a su
genera un surco hidró fobo en el dominio de unió n al ligando sitio en la regió n de control de IL-2 en ausencia uno de
(hé lices marró n oscuro), que une una hé lice á anfipá tica en una otro. Las afinidades de los fac- tores para estas secuencias
subunidad de coactivador (azul). (c) La conformació n del receptor de DNA particular son demasiado dé biles para los
de estró geno en la ausencia de la hormona está estabilizada por la factores individuales para formar un complejo estable con
unió n del antagonista del estró geno tamoxifeno. En esta el DNA. Sin embargo, cuando los factores NFAT y AP1
conformació n, la hé lice verde del receptor se pliega en una
conformació n que interactú a con el surco que une el coactivador
está n presentes, las interacciones proteı́na-proteı́na entre
del receptor activo y bloquea esté ricamente la unió n de ellos estabilizan el complejo ternario de DNA compuesto
coactivadores. [Parte (a) de I. Radhakrishnan y cols. (1997) Cell 91:741, cortesı́a de por NFAT, AP1 y DNA (Fig. 7-32a). Tal unión cooperativa al
Peter Wright. Partes (b) y (c) de A. K. Shiau y cols., 1998, Cell 95:927.] DNA de varios factores de transcripció n da como
resultado una complejidad combinatoria del control de la
Las interacciones de factores de transcripción transcripció n. En consecuencia, ≈ 2 000 factores de
transcripció n codificados en el genoma humano se
incrementan las opciones de control génico
pueden unir al DNA por medio de un nú mero mucho má s
grande de interacciones cooperativas, dando como
Dos clases de proteı́nas de unió n al DNA analizadas resultado un control transcripcional ú nico para cada uno
anteriormente, las proteı́nas con cremallera bá sica y las de los ≈ 25 000 genes humanos. En el caso de IL-2, la
proteı́nas con HBHb, suelen existir en combinaciones transcripció n se produce solo cuando se activan ambos
heterodimé ricas de monó meros. Otras cla- ses de factores NFAT, lo que da como resultado su transporte desde el
de transcripció n no analizados aquı́ tambié n forman citoplasma hasta el nú cleo, y se sintetizan las dos
proteı́nas heterodimé ricas. En algunos factores de subunidades de AP1.
transcripció n hete- rodimé ricos, cada monó mero
reconoce la misma secuencia. En estas proteı́nas, la
formació n de heterodı́meros alternativos no aumenta la
cantidad de diferentes sitios en los cuales pueden actuar
los monó me- ros, sino que en cambio permite que los
dominios de activació n aso- ciados con cada monó mero
se reú nan en combinaciones alternativas que se unen al
mismo sitio (Fig. 7-31a). Como se verá má s adelante, y en
los capı́tulos subsiguientes, las actividades de los factores
de trans- cripció n se pueden regular por mú ltiples
mecanismos. En consecuen- cia, un ú nico elemento
regulador de DNA HBHb o bZIP en la regió n de control de
un gen puede provocar diferentes respuestas transcrip-
cionales dependiendo de qué monó meros bZIP o HBHb
que se unen a ese sitio se expresen en una cé lula
particular en un momento dado y có mo se regulan sus
actividades.

En algunos factores de transcripció n heterodimé ricos, sin


embar- go, cada monó mero tiene una especificidad de
unió n al DNA diferente. Las posibilidades combinatorias
resultantes aumentan el nú mero de secuencias de DNA
potenciales que una familia de factores de trans- cripció n
puede unir. En teorı́a, tres monó meros de factores
diferentes se podrı́an combinar para formar seis factores
homodimé ricos y hete- rodimé ricos, como se ilustra en la
Figura 7-31b. Cuatro monó meros de factores diferentes
podrı́an formar un total de 10 factores dimé ricos, cinco FIGURA 7-31 Posibilidades combinatorias debido a la
monó meros, 16 factores dimé ricos, y ası́ sucesivamente. formación de factores de transcripción heterodiméricos. (a)
Ademá s, los factores inhibidores se sabe que se unen a En algunos factores heterodimé ricos, cada monó mero reconoce la
algunas cremalleras bá si- cas y a monó meros de HBHb, misma secuencia de DNA. En
el ejemplo hipoté tico mostrado, los factores de transcripció n A, B
bloqueando ası́ su unió n al DNA. Cuan- do estos factores y C pueden todos interactuar unos con otro, creando seis
inhibidores se expresan, reprimen la activació n trans- combinaciones alternativas diferentes de dominios de activació n
cripcional mediante los factores con los cuales que pueden todas unirse al mismo sitio. Cada sitio de unió n
interactú an (Fig. 7-31c). Las reglas que rigen las compuesto está dividido en dos medios sitios y cada factor
interacciones de los miembros de una clase de factor de heterodimé rico contiene los dominios de activació n de sus dos
transcripció n heterodimé rico son complejas. Esta monó meros constituyentes. (b) Cuando los monó meros de factor
compleji- dad combinatoria expande tanto el nú mero de de transcripció n reconocen secuencias de DNA diferentes, las
combinaciones alternativas de los tres factores se unen a seis
sitios del DNA a partir del cual estos factores pueden secuencias de DNA diferentes (sitios 1-6), cada una con una
activar la transcripció n y las formas en que pueden ser combinació n ú nica de dominios de activació n. (c) La expresió n de
regulados. un factor inhibidor (rojo) que interactú a solo con el factor A
inhibe la unió n; por ende, la activació n transcripcional en los
sitios 1, 4 y 5 está inhibida, pero la activació n en los sitios 2, 3 y 6
Similar regulació n transcripcional combinatoria se logra no está afectada. FIGURA 7-32 Unión cooperativa de dos
por me- dio de las interacciones de factores de factores de transcripción no relacionados a sitios vecinos en
transcripció n no relacionados unidos a sitios de unió n al un elemento de control compuesto.
DNA estrechamente espaciados. Un ejemplo es la (a) Por sı́ mismos, los factores de transcripció n monomé rico
interacció n de dos factores de transcripció n, NFAT y AP1, NFAT y heterodimé rico AP1 tienen baja afinidad por sus
respectivos sitios de unió n
en la regió n proximal al promotor IL-2. Las interacciones generales y Pol II probablemente haya contribuido a la
proteı́na-proteı́na entre NFAT y AP1 suman a la estabilidad global rá pida evolució n del control gé nico en eucariontes. La
del complejo DNA-NAFT-AP1, de manera tal que las dos proteı́nas transposició n de las secuencias de DNA y la
se unen al sitio compuesto de manera cooperativa. (b) La unió n
cooperativa del DNA por el SRF dimé rico y el SAP-1 monomé rico
recombinació n entre las secuencias re- petidas a lo largo
puede suceder cuando sus sitios de unió n está n separados por del tiempo evolutivo probablemente crearon nuevas
5 a ≈30 pb y cuando el sitio de unió n a SAP-1 está invertido debido combinaciones de elementos de control que se
al dominio caja B de SAP-1 por una regió n conectora flexible de la sometieron a la selecció n natural y se mantuvieron si
cadena polipeptı́dica de SAP1 (lı́nea de puntos). [(a) Vé ase L. Chen y cols., probaron ser beneficiosas. La amplitud en el
1998, Nature 392:42; (b) vé ase M. Hassler y T. J. Richmond, 2001, EMBO J. 20:3018.]
espaciamiento entre los elementos reguladores
probablemente permi- tió que muchas combinaciones
funcionales má s hayan sido sometidas a experimentació n
evolutiva que lo que podrı́a haber sido el caso si las
restricciones en el espaciamiento entre los elementos
reguladores fuesen estrictas, como lo es para la mayorı́a
de los genes en las bacterias.


FIGURA 7-33 Modelo del potencisoma que se forma en el
potenciador del interferón â. Dos factores heterodimé ricos,
Jun/ATF-2 y p50/RelA (NF-KB), y dos copias de cada uno de los
factores de transcripció n monomé ricos IRF-3 e IRF-7 se unen a los
seis sitios de unió n superpuestos en este potenciador. [Adaptado de D.
Penne, T. Manniatis y S. Harrison, 2007, Cell 129:1111.

CONCEPTOS CLAVE de la Sección 7.4

Complejos multiproteicos se forman sobre los Secuencias reguladoras en los genes que
potenciadores codifican proteínas y las proteínas mediante las
cuales funcionan
Como se mencionó anteriormente, los potenciadores
suelen tener una longitud que varı́a entre 50 y 200 pares
de bases e incluyen sitios de unió n para diversos factores • La expresió n de los genes que codifican las proteı́nas
de transcripció n. El aná lisis de los poten- ciadores de eucariontes en general es regulada por medio de
mú ltiples regiones de control de unió n a proteı́na que se
≈ 50 pb que regulan la transcripció n del interferó n â, una
localizan cerca o lejos del sitio de inicio de la
proteı́na importante en defensa contra infecciones virales
transcripció n (Fig. 7-22).
en los ver- tebrados, proporciona un buen ejemplo de uno
de los pocos hasta el momento de la estructura de los
dominios de unió n al DNA que se unen a los diversos • Los promotores dirigen la unió n de la RNA polimerasa
sitios de unió n a factores de transcripció n que com- II al DNA, determinan el sitio de iniciació n de la
prenden un potenciador (Fig. 7-33). El té rmino transcripció n e influyen en la velocidad de transcripció n.
potencisoma se acuñ ó para describir esos grandes
complejo proteı́na-DNA que se ensamblan a partir de los
• Se han identificado tres tipos principales de secuencias
factores de transcripció n a medida que é stos se unen en
promotoras en el DNA eucarionte. La caja TATA prevalece
sus mú ltiples sitios de unió n en un potenciador.
en los genes con alta tasa de transcripció n. Los
promotores iniciadores se encuentran en algunos genes y
Debido a la presencia de regiones flexibles que conectan las islas CpG, los promotores para el 60-70% de los genes
los domi- nios de unió n al DNA y los dominios de que codifican proteı́nas en los vertebrados, son
activació n y represió n en los factores de transcripció n caracterı́sticas de los genes con bajas tasas de
(vé ase la Fig. 7-27) y a la capacidad de las pro- teı́nas que transcripció n.
interactú an de unirse a sitios distantes para producir
vueltas en el DNA entre sus sitios de unió n (Fig. 7-4), es
• Los elementos proximales al promotor se producen
admisible una con- siderable libertad de acció n en el
espaciado entre los elementos regu- ladores en las dentro de las ≈ 200 pares de bases de un sitio de inicio.
regiones de control de la transcripció n. Esta tolerancia Varios de tales elementos, que contienen ≈ 6-10 pares de
para el espaciado entre los sitios de unió n para los bases, pueden ayudar a regular un gen particular.
factores de transcrip- ció n regulados y para los sitios de
unió n a promotores de los factores de transcripció n
• Los potenciadores, que contienen varios elementos de
control cortos, pueden ubicarse entre 200 y 10 000 pares
de bases corriente arriba o corriente abajo de un
promotor, dentro de un intró n, o corriente abajo del exó n
final del gen.

• Los elementos proximales a los promotores y los


potenciadores suelen ser especı́ficos del tipo celular, y
funcionan solo en tipos celulares espe- cı́ficamente
diferenciados.

• Los factores de transcripció n, que estimulan o reprimen


la transcrip- ció n, se unen a elementos reguladores
proximales a promotores y po- tenciadores en el DNA
eucarionte.

Los activadores y los represores de la transcripció n en


general son proteı́nas modulares que contienen un ú nico
dominio de unió n al DNA y uno o unos pocos dominios de
activació n (para los activadores) o dominios de represió n
(para los represores). Los diferentes dominios, con
frecuencia está n unidos por medio de regiones
polipeptı́dicas flexi- bles (vé ase la Fig. 7-27).

• Entre los motivos estructurales má s comunes que se


encuentran en los dominios de unió n al DNA de los
factores de transcripció n euca- riontes se encuentran los
dedos de cinc C2H2, homeodominio, hé li- ce-bucle-hé lice
(HBHb) y cremallera bá sica (cremallera de leucina).
Todos estos y muchos otros motivos de unió n al DNA
contienen uno o má s hé lices á que interactú an con los
surcos mayores en sus sitios afines en el DNA.

• Los dominios de activació n y represió n en los factores


de transcrip- ció n exhiben una variedad de secuencias de
aminoá cidos y estructuras tridimensionales. En general,
estos dominios funcionales interactú an con
coactivadores y correpresores, los cuales son crı́ticos
para la capa- cidad de los factores de transcripció n de
modular la expresió n del gen.

• Las regiones de control de la transcripció n de la mayorı́a


de los genes contienen los sitios de unió n para mú ltiples
factores de transcripció n. La transcripció n de tales genes
varı́a dependiendo del particular reper- torio de los
factores de transcripció n que son expresados y activados
en una cé lula y en un momento particular.

• La complejidad combinatoria en el control de la


transcripció n resulta de las combinaciones alternativas
de los monó meros que forman los factores de
transcripció n heterodimé ricos (vé ase la Fig. 7-31) y de la
unió n cooperativa de los factores de transcripció n a los
sitios de con- trol compuestos (vé ase la Fig. 7-32).

• La unió n de mú ltiples activadores a sitios cercanos en


un potenciador forma un complejo multiproteı́na llamado
un potencisoma (vé ase la Fig. 7-33).


7.5 Mecanismos moleculares de represión digestió n por DNasa I que el DNA de los genes transcritos
(vé ase la Fig. 6-32).
y activación de la transcripción
El estudio de las regiones del DNA en S. cerevisiae que se
Los represores y activadores que se unen a sitios
comportan como la heterocromatina de los eucariontes
especı́ficos en el DNA y regulan la transcripció n de los
superiores proporciona una visió n temprana en la
genes que codifican proteı́nas asociadas lo hacen
represión mediada por la cromatina de la transcripció n.
mediante tres mecanismos generales. Primero, estas
Esta levadura puede crecer ya sea como cé lulas haploides
proteı́nas reguladoras actú an en concierto con otras
o diploides. Las cé lulas haploides presentan uno de los
proteı́nas que modulan la estructura de la cromatina,
dos tipos de apareamiento posibles, llamados a y a. Las
inhibiendo o estimulando la capacidad de los factores de
cé lulas de los diferentes tipos de apareamiento pueden
transcripció n generales para unirse a los promotores.
“aparearse”, o fusionarse, para generar una cé lula
Recordar del Capı́tulo 6 que el DNA en las cé lulas
diploide. Cuando una cé lula haploide se divide por
eucariontes no está libre sino que está asociado con una
gemació n, la cé lula “madre” má s grande alterna su tipo de
masa de proteı́nas casi igual en forma de cromatina. La
apareamiento. Los aná lisis gené ticos y moleculares
unidad estructural bá sica de la cromatina es el
revelaron que los tres loci gené ticos en el cromosoma III
nucleosoma, compuesto por ≈ 147 pares de bases de
de la levadura controlan el tipo de apareamiento de las
DNA enrolladas fuertemente alrededor de un centro con
cé lulas de levadura (Fig. 7-34). Solo el locus de tipo de
forma de disco de proteı́nas histonas. Los residuos
apareamiento central, llamado MAT, se transcribe en
dentro de la regió n N-terminal de cada histona y las
forma activa y expresa factores de transcripció n, (a1, o á1
regiones C-terminales de las histonas H2A y H2B,
llamadas colas de histonas, se extienden desde la y á2) que regulan los genes que controlan el tipo de
superficie del nucleosoma y pueden mo- dificarse apareamiento. En una cé lula dada, una secuencia de DNA
reversiblemente (vé ase la Fig. 6-31b). Tales ya sea a o s se localiza en el MAT. Los dos loci adicionales,
modificaciones influyen en la condensació n relativa de la llamados HML y HMR, cerca del teló mero izquierdo y
cromatina y por lo tanto en su accesibilidad para las derecho, respectivamente, contienen copias “silenciosas”
proteı́nas necesarias para la iniciació n de la trans- (que no se transcriben) de los genes ya sea a o á. Estas
cripció n. Ademá s de su funció n en dicho control de la secuencias se transfieren de manera alternativa a partir
transcripció n mediante la cromatina, los activadores y los de HMLdo HMLa al loci MAT por un tipo de recombinació n
represores interactú an con un complejo multiproteı́na no recı́proca entre cromá tidas hermanas durante la
grande llamado el mediador del complejo de transcripción, divisió n celular. Cuando el locus MAT contiene la
o simplemente mediador. Este complejo a su vez se une secuencia de DNA del HMLd, las cé lulas se comportan
a la Pol II y directamente regula el ensamblaje de los como cé lulas alpha. Cuando el locus MAT contiene la
complejos de preiniciació n de la transcripció n. Ademá s, secuencia de DNA del HMRa, las cé lulas se comportan
algunos dominios de activació n interactú an con las como cé lulas a.
subunidades TFIID-TAF u otros componentes del
complejo de preiniciació n, las interacciones que Nuestro interé s aquı́ es có mo se reprime la transcripció n
contribuyen al ensamblado del complejo de preiniciació n. de los loci del tipo de apareamiento silencioso en HML y
Finalmente, los dominios de activació n tambié n pueden HMR. Si los genes en los loci se expresan, como en los
interactuar con el factor de elongació n P-TEFb (CDK9- mutantes de levadura con defectos en el mecanismo de
ciclina T) y otros factores hasta el momento desconocidos represió n, se expresan tanto las proteı́nas a como a,
para estimular la elongació n de la Pol II lejos de la regió n causando que las cé lulas se comporten como cé lulas
promotora. diploides, que no se pueden aparear. Los promotores y las
UAS que controlan la transcripció n de los genes a y a se
En esta secció n, revisaremos el conocimiento actual de encuentran cerca del centro de la secuencia de DNA que
có mo los represores y activadores controlan la estructura es transferido y son idé nticas si las secuencias se encuen-
de la cromatina y el ensamblado del complejo de tran en el locus MAT o en uno de los loci silenciosos. Esto
preiniciació n. En la siguiente secció n del capı́tulo indica que la funció n de los factores de transcripció n que
analizaremos có mo las concentraciones y las actividades interactú an con estas secuencias debe de alguna manera
de los activadores y represores son controladas por ellos ser bloqueada en HML y HMR pero no en el loci MAT. Esta
mismos, de manera tal que la expresió n gé nica esté en represió n de los loci silenciosos depende de las
sintonı́a de manera precisa con las necesidades de la secuencias silenciadoras localizadas cerca de la regió n
cé lula y del organismo. al DNA transferido a HML y HMR (Fig. 7-34). Si se elimina
el silenciador, el locus adyacente se transcribe.
Notablemente, cualquier gen colocado cerca de la
Formación de genes de silenciamiento de la secuencia silenciadora del tipo de apareamiento de la
heterocromatina levadura mediante té cnicas de DNA recombinante es
reprimido, o “silenciado”, incluso un gen tRNA tanscrito
Durante muchos añ os, ha quedado claro que los genes por la RNA polimerasa III, que usa un conjunto diferente
inactivos en las cé lulas eucariontes suelen estar asociadas de factores de transcripció n generales de los que usa la
con la heterocromatina, las regiones de la cromatina que RNA polimerasa II, como se analiza despué s.
está n má s altamente condensadas y se tiñ en má s oscuro
con colorantes de DNA que la eucromatina, donde se Varias lı́neas de evidencia indican que la represió n de los
localiza la mayorı́a de los genes (vé ase la Fig. 6-33a). Las loci HML y HMR es el resultado de la estructura
regiones de los cromosomas cerca de los centró meros y condensada de la cromatina que bloquea desde el punto
los teló meros y las regiones adicionales especı́ficas que de vista esté rico a los factores de transcripció n y evita que
varı́an en los diferentes tipos de cé lulas se organizan en la interactú en con el DNA. En un experimento revelador, el
heterocromatina. El DNA en la heterocromatina es me- gen que codifica una enzima de E. coli que metila los
nos accesible a las proteı́nas añ adidas externamente que residuos de adenina en las secuencias GATC se introdujo
el DNA en la eucromatina y, en consecuencia, suele en las cé lulas de levadura bajo el control de un promotor
referirse como cromatina “cerrada”. Por ejemplo, en un de levadura de manera tal que la enzima se expresó . Los
experimento descripto en el Capı́tulo 6, se en- contró que investigadores encontraron que las secuencias GATC
el DNA de los genes inactivos es má s resistente a la dentro del locus MAT y la mayorı́a de otras regiones del
genoma en estas cé lu- las estaban metiladas, pero no y la glicina, sin cadena lateral, tambié n imita la ausencia
aquellas dentro de los loci HML y HMR. Estos resultados de una lisina cargada positivamente. La represió n en los
indican que el DNA de los loci silenciosos se encuentra teló meros y en los loci del tipo de apareamiento fue
inaccesible a la metilasa de E. coli y presumiblemente a las defectuosa en los mutantes con sustituciones de
proteı́nas en general, incluidos los factores de glutamina y glicina pero no en mutantes con sustituciones
transcripció n y la RNA polimerasa. De manera similar, los de arginina. Ademá s, la acetilació n de las lisinas de H3 y
experimentos realizados con varios mutantes de histona H4 interfiere con la unió n por parte de SIR3 y SIR4 y, por
de levaduras indicaron que las interacciones especı́ficas consiguiente, evita la represió n en los loci de
invo- lucran las colas de histonas de H3 y H4 son silenciamiento y los teló meros. Finalmente, los
necesarias para la formació n de una estructura de experimentos de inmunoprecipitació n de la cromatina
cromatina completamente reprimida. Otros estudios han (Fig. 7-16a) usando anticuerpos especı́ficos para las
demostrado que los teló meros de cada cromosoma de lisinas acetiladas en posiciones particulares en las colas
levadura tambié n se comporta como las secuencias N-terminal de histona (Fig. 6-31a) confirmaron que las
silenciadoras. Por ejemplo, cuando un gen se coloca a his- tonas en las regiones reprimidas cerca de los
unas pocas kilobases de cualquier teló mero de levadura, teló meros y en los loci de apareamiento silencioso está n
se reprime su expresió n. Ademá s, esta represió n es hipoacetiladas, pero se tornan hi- peracetiladas en los
aliviada por las mismas mutaciones en las colas de mutantes sir cuando los genes en estas regiones no está n
histonas H3 y H4 que interfieren con represiones en los reprimidos.
loci del tipo de apareamiento silencioso.

Los estudios gené ticos llevan a la identificació n de varias


proteı́nas, RAP1 y tres proteı́nas SIR, que son necesarias
para la represió n de los loci de tipo de apareamiento
silencioso y los teló meros en la levadura. Se encontró que
RAP1 se une dentro de las secuencias silenciadoras de
DNA asociadas con HML y HMR y a una secuencia que se
repite mú ltiples veces en cada teló mero de cromosomas
de levadura. Estudios bioquı́micos adicionales FIGURA 7-34 Reordenamiento en los loci del tipo de apareamiento en el cromosoma III de la levadura S.
demostraron que la proteı́na SIR2 es una his- tona cerevisiae. Los genes del tipo de apareamiento (ya sea a o d, segú n la cepa) silenciosos (no se expresan) se localizan
en el locus HML. El gen del tipo de apareamiento opuesto está presente en el locus HMR silencioso. Cuando las
desacetilasa; elimina los grupos acetilos de las lisinas de secuencias a o α está n presentes en el locus MAT, pueden transcribirse a los mRNA cuyas proteı́nas codificadas
especifican el fenotipo del tipo de apareamiento de la cé lula. Las secuencias silenciadoras cerca de HML y HMR unen
las colas de histona. Tambié n, las proteı́nas RAP1 y SIR2, proteı́nas que son cruciales para la represió n de estos loci silenciosos. Las cé lulas haploides pueden cambiar sus
tipos de apareamiento en un proceso que transfiere la secuencia de DNA desde HML o HMR hasta el locus MAT
3 y 4 se unen entre sı́, y SIR3 y SIR4 se unen a colas N- transcripcionalmente activo.

terminales de las histonas H3 y H4 que se mantienen en


un estado en gran parte desacetilado mediante la
actividad desacetilasa de SIR2. Los diversos
experimentos que usan microscopia confocal
fluorescente de cé lulas de levadura, ya sea teñ idas con
anticuerpos marcados con fluorescencia a cualquiera de
las proteı́nas SIR o RAP1 o hibridadas a una sonda de DNA
marcada especı́fica para el teló mero, revelaron que estas
proteı́nas forman grandes estructuras nucleoproteicas
telomé ricas condensadas que se asemejan a la
heterocromatina que se encuentra en los eucariontes
superiores (Fig. 7-35a, b, c).

La Figura 7-35d describe un modelo de la cromatina que


media el silenciamiento en teló meros de levadura sobre
la base de é stos y otros estudios. La formació n de la
heterocromatina en los teló meros está nu- cleada por
mú ltiples proteı́nas RAP1 unidas a secuencias repetidas
en una regió n libre de nucleosoma al final del extremo de
un teló mero. Una red de interacciones proteı́na-proteı́na
que involucran al teló mero unido a RAP1, tres proteı́nas
SIR (2, 3 y 4) y las histonas hipoacetiladas H3 y H4 crean
un complejo nucleoproteico de orden superior que FIGURA EXPERIMENTAL 7-35 Anticuerpos y sondas de DNA colocalizan la proteína SIR3 con la
heterocromatina telomérica en núcleos de levadura. (a) Microfotografı́a confocal de 0,3 mm de espesor a travé s
incluye teló meros y en los cuales el DNA es en gran parte de tres cé lulas de levadura diploide, cada una conteniendo 68 teló meros. Los teló meros se marcaron mediante
hibridació n con una sonda fluorescente especı́fica de teló mero (amarilla). El DNA se tiñ ó de rojo para revelar los
inaccesible a las proteı́nas externas. Una proteı́na nú cleos. Los 68 teló meros se reú nen en una cantidad de regiones mucho menor cerca de la periferia del nú cleo. (b,
c) Las microfotografı́as confocales de las cé lulas de levadura con una sonda de hibridació n especı́fica de teló mero
adicional, SIR1, tambié n es necesaria para silenciar los (b) y un anticuerpo marcado con fluorescencia especı́fico para SIR3 (c). Nó tese que SIR3 se localiza en la presencia
de heterocromatina telomé rica reprimida. Experimentos similares con RAP1, SIR2 y SIR4 demostraron que estas
loci del tipo de apareamiento. Se une a las regio- nes proteı́nas tambié n se colocalizan con la heterocromatina telomé rica reprimida. (d) Modelo esquemá tico del
mecanismo de silenciamiento en telómeros de levadura. (Arriba a la izquierda) Múltiples copias de RAP1 se unen a
silenciadoras asociadas con HML y HMR junto con RAP1 y una secuencia repetida simple en cada región telomérica que carece de nucleosomas. SIR3 y SIR4 se unen a RAP1 y
SIR2 se une a SIR4. SIR2 esuna histona desacetilasa que desacetila las colas de las histonas vecinas del sitio de unión
otras proteı́nas para iniciar el ensamblado de un complejo a RAP1 repetido. (Medio) Las colas de histonas hipoacetiladas también son sitios de unión de SIR3 y SIR4, que a su
vez unen SIR2 adicional, desacetilando histonas vecinas. La repetición de este proceso da como resultado la
multiproteico de silenciamiento similar que abarca a HML diseminación de la región de las histonas hipoacetiladas con SIR2, SIR3 y SIR4 asociadas. (Abajo) Las interacciones
entre los complejos de SIR2, SIR3 y SIR4 causan que la cromatina se condense y diversos telómeros se asocien, como
y HMR. se muestra en a-c. La estructura de cromatina de orden superior generada bloquea estéricamente a otras proteínas
de la interacción con el DNA subyacente. [Partes (a)-(c) de M. Gotta y cols., 1996, J. Cell Biol. 134:1349; cortesía de
M. Gotta, T. Laroche y S. M. Gasser. Parte (d) adaptado de M. Grunstein, 1997, Curr. Opin. Cell Biol. 9:383.]

Una caracterı́stica importante de este modelo es la


dependencia de la represió n de la hipoacetilación de las Los represores pueden dirigir la desacetilación
colas de histona. Esto se demostró en los experimentos en genes específicos
con mutantes de levadura que expre- san histonas en las
cuales las lisinas en los extremos N-terminal de histonas
La importancia de la desacetilación de histonas en la
se sustituyeron con argininas o glutaminas o glicinas. La
represió n de genes mediada por la cromatina fue
arginina está positivamente cargada al igual que la lisina
posteriormente avalada por estudios de los represores de
pero no puede ser acetilada. La glutamina, por otro lado, eucariontes que regulan genes en las posiciones
es neutral y estimula la carga neutral de la lisina acetilada,
cromosó micas internas. Estas proteı́nas se sabe que 36a). Ademá s de la represió n por medio de la formació n
actú an en parte al causar la desacetilació n de las colas de de las estructuras de cromatina “cerrada”, algunos
histona en los nucleosomas que se unen a la caja TATA y dominios de represió n tambié n inhiben el ensamblado de
la regió n proximal al promotor de los genes que estos los complejos de preiniciacion en los experimentos in
reprimen. Los estudios in vitro han demos- trado que vitro con factores de transcripció n generales purificados
cuando el DNA de los promotores está ensamblado en un en ausencia de histonas. Esta actividad probablemente
nucleosoma con histonas desacetiladas, los factores de tambié n contribuya a la represió n de la transcripció n
transcripció n generales no pueden unirse a la caja TATA mediante estos dominios de represió n in vivo.
y a la regió n de iniciació n. En las histonas desacetiladas,
las lisinas N-terminales está n cargadas positivamente y
pueden interactuar con los fosfatos del DNA. Las colas de Los activadores pueden dirigir la acetilación
histonas desacetiladas tambié n interactú an con los de histonas en genes específicos
octá meros de histonas vecinas y otras proteı́nas
asociadas con la cromatina, lo que favorece el Al igual que los represores funcionan mediante los
plegamiento de la cromatina en estructuras de orden correpresores que se unen a sus dominios de represió n,
superior condensadas cuyas conformaciones precisas no los dominios de activació n de los activadores que se unen
se comprenden bien. El efecto neto es que los factores de al DNA funcionan mediante la unió n de complejos
transcripció n generales no pueden ensamblarse en un multisubunidades de coactivadores. Uno de los primeros
complejo de preiniciació n en un pro- motor asociado con complejos coactivadores en ser caracterizados fue el
las histonas hipoacetiladas. Por el contrario, la unió n de complejo SAGA de levadura, que funciona con la proteı́na
los factores de transcripció n generales está mucho menos activadora GCN4 descripta en la Secció n 7.4. Los primeros
reprimida por las histonas con colas hiperacetiladas en estudios gené ticos indicaron que la actividad completa de
las cuales las lisinas positivamente cargadas está n los activadores GCN4 requiere de una proteı́- na llamada
neutralizadas y se eliminan las interacciones GCN5. La pista de la funció n de GCN5 provino de los
electrostá ticas. estudios bioquı́micos de una histona acetilasa purificada
a partir del protozoo Tetrahymena, la primera histona
Las conexiones entre la desacetilació n de histonas y la acetilasa en ser purificada. Los aná lisis de secuencia
represió n de la transcripció n en promotores de levadura revelaron la homologı́a entre la proteı́na de Tetrahymena
especı́ficas se hizo má s clara cuando se encontró que el y GCN5 de la levadura, que pronto demostró tambié n
cDNA que codifica una histona desacetilasa humana tenı́a tener actividad histona acetilasa. Estudios bioquı́micos y
una homologı́a alta con el gen RPD3 de levadura, que se gené ticos adicionales revelaron que GCN5 es una
sabe necesario para la represió n normal de una cantidad subunidad de un complejo multiproteico coactivador,
de genes de levadura. Trabajos posteriores demostraron llamado el complejo SAGA despué s de identificar genes
que la proteı́na RPD3 tiene actividad histona desacetilasa. que codifican algunas subunidades. Otra subunidad de
La capacidad de la RPD3 para desacetilar histonas en un este complejo histona acetilasa se une a los dominios de
nú mero de promotores depende de otras dos proteı́nas: activació n en las mú ltiples proteı́nas activadoras de la
UME6, un represor que se une a su secuencia reguladora levadura, incluida GCN4. El modelo que se muestra en la
especı́fica corriente arriba (URS1), y SIN3, que es parte de Figura 7-36b es coherente con la observació n de que los
un complejo multiproteico grande que tambié n contie- ne nucleosomas cercanos a la regió n promotora de un gen
RPD3. SIN3 tambié n se une al dominio de represió n de regulado por el activador GCN4 son hiperacetilados
UME6, posicionando ası́ a la histona desacetilasa RPD3 en especı́ficamente, en comparació n con la mayorı́a de las
el complejo, de manera tal que pueda interactuar con los histonas en las cé lulas. Esta hiperacetilació n dirigida por
nucleosomas asociados con proteı́nas cercanas y eliminar activador de los nucleosomas cercanos a la regió n
los grupos acetilos de las lisinas de las colas de histonas. promotora abre la estructura de la cromatina para
Experimentos adicionales, usando la té cnica de in- facilitar de esta manera la unió n de otras proteı́nas
munoprecipitació n de la cromatina esquematizada en la necesarias para la iniciació n de la transcripció n. La
Figura 7-16a y los anticuerpos contra histonas con lisinas estructura de la cromatina está menos condensada en
acetiladas demostraron que en levaduras de tipo comparació n con la mayorı́a de la croma- tina, como lo
silvestre, uno o dos nucleosomas en la vecin- dad indica su sensibilidad a la digestió n con nucleasas en los
inmediata de los sitios de unió n de UME6 está n nú cleos aislados.
hipoacetilados. Estas regiones de DNA incluyen los
promotores de los genes reprimidos por UME6. En los Ademá s de la conducció n de la descondensació n de la
mutantes por deleció n de sin3 y rpd3, estos promotores cromatina, la acetilació n de lisinas especı́ficas de histonas
no solo estaban desrreprimidos, sino que los nucleoso- genera los sitios de unió n para las proteı́nas con
mas cerca de los sitios de unió n de UME6 estaban bromodominios que se unen a ellos. Por ejemplo, una
hiperacetilados. subunidad del factor de transcripció n general TFIID
contiene dos bromodominios que se unen a los
Todos estos hallazgos avalan en gran medida el modelo nucleosomas acetilados con alta afinidad. Recué rdese que
de des- acetilació n dirigido por represor demostrado en TFIID se une al promotor para iniciar el ensamblado de
la Figura 7-36a. El complejo SIN3-RPD3 funciona como un un complejo de preiniciacion de la RNA polimerasa II
correpresor. Los complejos de correpresor que contienen (vé ase la Fig. 7-17). Los nucleosomas en las regiones
histonas desacetilasas tambié n se han encontrado promotoras de virtualmente todos los genes activos está n
asociados con muchos represores de las cé lulas de hiperacetilados.
mamı́fero. Algunos de estos complejos contienen el
homó logo de ma- mı́fero de SIN3 (mSin3), que interactú a Un mecanismo de activació n similar funciona en los
con el dominio de represió n de los represores, como en la eucariontes superiores. Las cé lulas de mamı́fero
levadura. Otros complejos de histonas desacetilasas contienen complejos multisubunidades de histonas
identificaron que las cé lulas de mamı́fero parecen acetilasa coactivador homó logos al complejo SAGA de la
contener proteı́nas de unió n al dominio de represió n levadura. Eb stos tambié n expresan dos proteı́nas
diferentes o adicionales. Estos diversos represores y las multidominios de ≈300 kDa llamadas CBP y P300, que
combinaciones de los correpresores median la funcionan de manera similar. Como se mencionó
desacetilació n de histonas en promotores especı́ficos por anteriormente, un domino de CBP se une al dominio de
un mecanismo similar al de la levadura (vé ase la Fig. 7- activació n acı́dico en el factor de transcripció n CREB.
Otros dominios de CBP interactú an con diferentes complejos de remodelació n de la cromatina son
dominios de activació n en otros activadores. Sin embargo, necesarios para muchos de los procesos que involucran el
otro domino de CBP tiene actividad histona acetilasa y DNA en las cé lulas eucariontes, incluido el control de la
otro dominio CBP se asocia con complejos multi- transcripció n, la replicació n del DNA, la recombinació n y
subunidades histona acetilasa adicionales. CREB y la reparació n del DNA. En las cé lulas eucariontes se
muchos otros activadores de mamı́feros funcionan en encuentran diversos tipos de complejos de remodelació n
parte por la direcció n de CBP y el complejo histona de la cromatina, todos con dominios homó logos a la DNA
acetilasa asociado con los nucleosomas especı́ficos, donde helicasa. Los complejos SWI/SNF y los complejos de
acetilan las colas de histona, y facilitan la interacció n de remodelació n de la cromatina relacionados en los
los fac- tores de transcripció n generales con DNA de organismos multicelulares contienen subunidades con
promotor. bromodominios que se unen a las colas de histona acetila-
das. En consecuencia, los complejos SWI/SNF
permanecen asociados con regiones acetiladas activadas
de la cromatina, presumiblemente mantenié ndola en una
conformació n descondensada. Los complejos de
remodelació n de la cromatina pueden tambié n participar
en la represió n de la transcripció n. Estos complejos de
remodelació n de la cromatina se unen a los dominios de
represió n de la transcripció n de los represores y
contribuyen a la represió n, presumiblemente me- diante
el plegamiento de la cromatina en estructuras
condensadas. Queda mucho por aprender acerca de có mo
esta clase importante de proteı́nas altera la estructura de
la cromatina para influir en la expresió n gé nica y en otros
procesos.

FIGURA 7-36 Mecanismo propuesto de la desacetilación de histonas y la hiperacetilación en el control de la


transcripción de la levadura. (a) Desacetilació n de las colas N-terminales de histonas dirigida por represor. El
dominio de unió n al DNA (DBD) del represor UME6 interactú a con un elemento de control especı́fico corriente
arriba de los genes que regula. El dominio de represió n (RD) se une a SIN3, una subunidad de un complejo
multiproteı́na que incluye a RPD3, una histona desacetilasa. La desacetilació n de las colas N-terminales de histonas
en los nucleosomas en la regió n del sitio de unió n a UME6 inhibe la unió n de los factores de transcripció n generales
a la caja TATA, y reprimen ası́ la expresió n gé nica. (b) Hiperacetilació n dirigida por activador de las colas N-
terminales de histonas. El dominio de unió n al DNA del activador GCN4 interactú a con secuencias de activació n
corriente arriba (UAS) especı́ficas de los genes que regula. El dominio de activació n (DA) de GCN4 luego interactú a
con un complejo multiproteı́na histona acetilasa que incluye a la subunidad catalı́tica GCN5.
La hiperacetilació n posterior de las colas N-terminales de las histonas en los nucleosomas en la vecindad del sitio
de unió n a GCN4 facilita el acceso a los factores de transcripció n generales necesarios para la iniciació n. La represió n
y la activació n de muchos genes en los eucariontes superiores se producen por mecanismos similares.

FIGURA 7-37 La expresión de proteínas de fusión demuestra la descondensación en respuesta a un dominio


Los factores de remodelación de la cromatina de activación. Mediante ingenierı́a gené tica se diseñ ó una lı́nea celular de há mster cultivada para
que contenga mú ltiples copias de un arreglo en tá ndem de las secuencias operadoras lac de E. coli integradas en un

contribuyen a activar o a reprimir la cromosoma en una regió n de heterocromatina. (a) Cuando un vector de expresió n para el represor lac se transfectó
a estas cé lulas, los represores lac unidos a los sitios operadores
se podı́an visualizar en una regió n de la cromatina condensada usando un anticuerpo contra el represor lac (rojo).
transcripción El DNA se visualizó mediante tinció n con DAPI (azul), revelando el nú cleo. (b) Cuando un vector de expresió n para
el represor lac fusionado a un dominio de activació n fue transfectado a estas cé lulas, la tinció n como en (a) reveló
que el dominio de activació n causa que esta regió n de la cromatina se descondense y se forme una fibra de
cromatina má s delgada que ocupa un volumen mucho má s grande del nú cleo.

Ademá s de los complejos de histona acetilasa, los


complejos multiproteı́na de remodelació n de la
El complejo mediador forma un puente
cromatina tambié n son necesarios para la activació n de
muchos promotores. El primero de é stos caracterizados
molecular entre los dominios de activación y la
fue el complejo remodelador de la cromatina SWI/SNF de Pol II
levadura. Una de las subunidades SWI/SNF tiene
homologı́a con las DNA helicasas, enzimas que utilizan Una vez que la interacció n de los dominios de activació n
energı́a de la hidró lisis de ATP para interrumpir con los com- plejos de histona acetilasa y los complejos
interacciones entre á cidos nucleicos con apareamientos de remodelació n de la cro- matina convierten la
de bases o entre á cidos nucleicos y proteı́nas. In vitro, se cromatina de una regió n promotora en una es- tructura
piensa que el complejo SWI/SNF impulsa o presiona el de cromatina “abierta” que permite la unió n de los
DNA en los nucleosomas de manera tal de que el DNA factores generales de transcripció n, los dominios de
unido a la superficie del octá mero de histona se disocia activació n interactú an con otro complejo multiproteı́na
transitoriamente de la superficie y se trasloca, coactivador, el mediador (Fig. 7-38). La activació n de las
provocando que los nucleosomas se “deslicen” a lo largo interacciones dominio-mediador estimulan el ensam-
del DNA. El resultado neto de tal re- modelació n de la blado del complejo de preiniciació n en el promotor. Se
cromatina es la de facilitar la unió n de los factores de ha propuesto que los dominios cabeza e intermedio del
transcripció n a secuencias de DNA especı́ficas en la complejo mediador interac- tú an directamente con las
cromatina. Muchos dominios de activació n se unen a los subunidades RBP3, 4, 7 y 11 de Pol II. Diver- sas
complejos de remodelació n de la cromatina, y esta unió n subunidades del mediador se unen a los dominios de
estimula la transcripció n in vitro a partir de los moldes de activació n en varias proteı́nas activadoras. Por lo tanto,
la cromatina (DNA unido a los nucleosomas). Por lo tanto, el mediador puede formar un puente molecular entre un
el complejo SWI/SNF representa otro tipo de complejo activador unido a su sitio afı́n en el DNA y la Pol II en un
coactivador. El experimento que se muestra en la Figura promotor.
7-37 demuestra radicalmente có mo un dominio de
activació n puede causar la descondensació n de una Los
Los experimentos con mutantes de levadura sensibles a la Sistema de doble híbrido de levadura
temperatura indican que algunas subunidades del
mediador son necesarias para la transcripció n de
prá cticamente todos los genes de la levadura. Estas Un poderoso mé todo gené tico molecular llamado el
subunidades muy probablemente contribuyan a sistema de doble híbrido de levadura explota la flexibilidad
mantener la estructura global del complejo mediador o en las estructuras de los activadores para identificar
unirse a Pol II y, por lo tanto, son necesarias para la genes cuyos productos se unen a proteı́nas especı́ficas de
activació n por parte de todos los activadores. Por el interé s. Debido a la importancia de las interacciones
contrario, otras subunidades del mediador son necesarias proteı́na-proteı́na en prá cticamente cada proceso
para la activació n o la represió n normal de subgrupos bioló gico, el sistema de doble hı́brido de levadura se
especı́ficos de genes. Los aná lisis de micromatrices de utiliza ampliamente en la investigació n bioló gica.
DNA de expresió n gé nica de la levadura en mutantes con
defectos en estas subunidades mediadoras indican que Este mé todo utiliza un vector de levadura para la
cada una de tales subunidades influye en la transcripció n expresió n de un dominio de unió n al DNA y una regió n
de ≈ 3-10% de todos los genes, en la medida que su conectora flexible sin los dominios de activació n
deleció n incremente o disminuya la expresió n de mRNA asociados, como el GAL4 suprimido que contiene los
por un factor de dos o má s (vé a- se la Fig. 5-29 para la aminoá cidos 1-692 (vé ase la Fig. 7-26b). Una secuencia
té cnica de micromatrices de DNA). Se cree que estas de cDNA que codifica una proteı́na o un dominio de
subunidades mediadoras interactú an con los dominios de interé s de la proteı́na, llamado el dominio cebo, se
activació n; por ende, cuando una subunidad es fusiona, manteniendo el marco de lectura, a una regió n
defectuosa, la transcripció n de los genes regulados por los conectora flexible de manera tal que el vector expresará
activadores que se unen a esa subunidad intensamente una proteı́na hı́brida compuesta del dominio de unió n al
disminuida, pero la transcripció n de otros genes no se ve DNA, la regió n conectora, y el dominio cebo (Fig. 7-40a,
afectada. Estudios recientes sugieren que la mayorı́a de izquierda). Se clona una biblioteca de cDNA en mú ltiples
los dominios de activació n pueden interactuar con má s de copias de un segundo vector de levadura que codifica un
una subunidad de mediador. dominio de activació n fuerte y un conector flexible para
producir una biblioteca de vectores que expresan
Los diversos resultados experimentales que indican que mú ltiples proteı́nas hı́bridas, cada una conteniendo un
dominio pez diferente (Fig. 7-40a, derecha).
las subunidades del mediador se unen a dominios de
activació n especı́ficos sugieren que mú ltiples activadores
influyen en la transcripció n a partir de un ú nico promotor El vector cebo y la genoteca de vectores pez se transfectan
mediante la interacció n con un complejo mediador de luego a cé lulas de levadura gené ticamente modificadas,
manera simultá nea (Fig. 7-39). Los activadores unidos a en las cuales la ú nica copia de un gen necesario para la
los potenciadores o a los elementos proximales a los sı́ntesis de histidina (HIS) está bajo control de una UAS
promotores pueden interactuar con los mediadores con sitios de unió n para el dominio de unió n al DNA de la
asociados con un promotor debido a que la cromatina, al proteı́na cebo hı́brida. La transcripció n del gen HIS
igual que el DNA, es flexible y puede formar un bucle que requiere la activació n por parte de las proteı́nas unidas a
junta muy cercanamente las regiones reguladoras y el la UAS. Las cé lulas transformadas que expresan al hı́brido
promotor, como se observó para el activador NtrC de E. cebo y un hı́brido pez interactuante será n capaces de
coli y la RNA polimerasa ó54 (vé ase la Fig. 7-4). Los activar la transcripció n del gen HIS (Fig. 7-40b). Este
complejos multiproteı́na nucleoproteicos que se forman sistema funciona debido a la flexibilidad en el
sobre los promotores eucariontes pueden abarcar tanto espaciamiento entre los dominios de unió n al DNA y los
como 100 polipé ptidos con una masa total de ≈ 3 dominios de activació n de los activadores eucariontes.
megadaltons (MDa), tan grande como un ribosoma.
Se utiliza un proceso de selecció n de dos pasos (Fig. 7-
40c). El vector cebo tambié n expresa un gen TRP de tipo
silvestre y el vector hı́brido expresa un gen LEU de tipos
silvestre. Las cé lulas transfectadas primero se cultivan en
un medio que carece de triptó fano y leucina pero que
contiene histidina. Solo las cé lulas que han incorporado el
vector cebo y uno de los plá smidos pez sobrevivirá n en
este medio. Luego, las cé lulas que sobreviven son
cultivadas en un medio que carece de histidina. Aquellas
cé lulas que expresan un hı́brido pez que no se une al
hı́brido cebo transcriben el gen HIS y, en consecuencia, no
formará n una colonia en un medio que carece de
histidina. Las pocas cé lulas que expresan un hı́brido pez
de unió n a cebo crecerá n y formará n colonias en la
ausencia de histidina. La recuperació n de los vectores pez
a partir de estas colonias producirá cDNA que codifican
dominios de proteı́na que interactú an con el dominio
cebo.

FIGURA 7-39 Modelo de varios activadores unidos al DNA que interactúan con un único complejo mediador.
La capacidad de diferentes subunidades del mediador para interactuar con dominios de activació n especı́ficos
puede contribuir a la integració n de señ ales de diversos activadores en un ú nico promotor. Para má s detalles vé ase
el texto.

FIGURA 7-38 Estructura de los complejos mediadores humanos y de levadura. (a) Imagen reconstruida del
mediador de S. cerevisiae unida a Pol II. Mú ltiples imá genes de microscopia electró nica se alinearon y se procesaron
por computadora para producir esta imagen promedio en la cual la estructura tridimensional de Pol II (anaranjado
claro) se muestra asociada con el complejo mediador de levadura (azul). (b) Representació n en diagrama de las
subunidades mediadoras de S. cerevisiae. Las subunidades que se muestran del mismo color se cree que forman un
mó dulo. Las mutaciones en una subunidad de un mó dulo pueden inhibir la asociació n de otras subunidades en el
mismo mó dulo con el resto del complejo. (c) Representació n de las subunidades mediadoras humanas.
mediante unió n directa a la polimerasa y a los dominios
de activació n. Mediante la unió n a diferentes activadores
simultá neamente, el mediador probablemente
contribuya a integrar los efectos de mú ltiples activadores
sobre un promotor ú nico (vé ase la Fig. 7-39).

• Los activadores unidos a un potenciador distante


pueden interactuar con los factores de transcripció n
unidos a un promotor debido a que el DNA es flexible y el
DNA interviniente puede formar un bucle grande.

• El ensamblaje altamente cooperativo del complejo de



preiniciació n in vivo en general requiere diversos
activadores. Una cé lula debe producir el conjunto
CONCEPTOS CLAVE de la Sección 7.5 especı́fico de los activadores necesarios para la transcrip-
Mecanismos moleculares de represión y ció n de un gen particular con el fin de expresar ese gen.
activación de la transcripción
• El sistema de doble hı́brido de levadura es ampliamente
• Los activadores y los represores de la transcripció n utilizado para detectar los cDNA que codifican dominios
eucarionte ejercen sus efectos en gran medida al unirse a de proteı́nas que se unen a una proteı́na especı́fica de
las multisubunidades de los coactivadores y interé s (vé ase la Fig. 7-40).
correpresores que influencian el ensamblaje de los
complejos de preiniciació n de la transcripció n Pol II, ya
sea al modular la estructura de la cromatina (efecto
indirecto) o al interactuar con Pol II y los factores de
transcripció n generales (efecto directo).

• El DNA en las regiones condensadas de la cromatina


(heterocromatina) es relativamente inaccesible a los
factores de transcripció n y otras proteı́nas, por lo tanto la
expresió n gé nica está reprimida.

• Las interacciones de diversas proteı́nas unas con otras y


con las colas N-terminales hipoacetiladas de las histonas
H3 y H4 son responsables de la represió n de la
transcripció n mediada por la cromatina que se produce
en los teló meros y los loci de tipo de apareamiento
silencioso en S. cerevisiae (vé ase la Fig. 7-35).

• Algunos dominios de represió n funcionan mediante


interacció n con correpresores que son complejos de
histonas desacetilasas. La desacetilació n subsecuente de
las colas N-terminales de las histonas en los nucleosomas
cercanos al sitio de unió n del represor inhibe la interac-
ció n entre el DNA promotor y los factores de
transcripció n generales, reprimiendo ası́ la iniciació n de
la transcripció n (vé ase la Fig. 7-36a).

• Algunos dominios de activació n funcionan mediante la


unió n de complejos multiproteicos coactivadores como
los complejos histonas acetilasas. La hiperacetilació n
posterior de las de las colas N-terminales de las histonas
en los nucleosomas cercanos al sitio de unió n del acti-
vador facilita la interacció n entre el DNA promotor y los
factores de transcripció n generales, activando ası́ la
iniciació n de la transcripció n (vé ase la Fig. 7-36b).

• Los factores SWI/SNF de remodelació n de la cromatina


constituyen otro tipo de coactivador. Estos complejos
multisubunidades pueden disociar transitoriamente el
DNA del nú cleo de histonas en una reacció n dependiente
de ATP y pueden tambié n descondensar regiones de la
cromatina, lo que promueve la unió n de las proteı́nas de
unió n al DNA necesarias para que se produzca la FIGURA EXPERIMENTAL 7-40 El sistema de doble híbrido de levadura proporciona una forma de efectuar
una detección sistemática en una biblioteca de cDNA en busca de clones que codifican proteínas que
iniciació n en algunos promotores. interactúan con una proteína específica de interés. (a) Se construyen dos vectores que contienen genes que
codifican proteı́nas hı́bridas (quimé ricas). En un vector (izquierda), la secuencia codificante para el dominio de
unió n al DNA de un factor de transició n se fusiona a las secuencias para una proteı́na conocida, referida como
dominio “cebo” (celeste). El segundo vector (derecha) expresa un dominio de activació n fusionado a un dominio
“pez” (verde) que interactú a con el dominio cebo. (b) Si las cé lulas de levadura se transforman con vectores que
• El mediador, otro tipo de coactivador, es un complejo de expresan ambos hı́bridos, las porciones cebo y pez de las proteı́nas quimé ricas interactú an para producir un
activador transcripcional funcional. En este ejemplo, el activador estimula la transcripció n de un gen HIS. Uno de
≈30 subunidades que forma un puente molecular entre los extremos de este complejo proteico se une a la secuencia de activació n corriente arriba (UAS) del gen HIS3; el
otro extremo, que consiste en el dominio de activació n, estimula el ensamblaje del complejo de preiniciació n de la
los dominios de activació n y la RNA polimerasa II transcripció n en el promotor (amarillo). (c) Para realizar la bú squeda de clones que codifican proteı́nas que
interactú an con una proteı́na cebo particular de interé s en una biblioteca de cDNA, la biblioteca se clona en el vector
que codifica el dominio de activació n, de manera tal que se expresen las proteı́nas hı́bridas. El vector cebo y los
vectores pez contienen genes seleccionables de tipo silvestre (p. ej., un gen TRP o LEU). Las ú nicas cé lulas
transformadas que sobreviven al esquema de selecció n indicado son aquellas que expresan el hı́brido cebo y un
hı́brido pez que interactú a con é l. Para má s detalles vé ase el texto.

7.6 Regulación de la actividad de los


factores de transcripción

En el aná lisis anterior hemos visto có mo combinaciones


de activadores y represores que se unen a secuencias
reguladoras especı́ficas de DNA controlan la
transcripció n de genes eucariontes. Si un gen especı́fico o
no en un organismo particular se expresa en una cé lula Todos los receptores nucleares comparten una
particular en un momento dado es en gran parte una estructura de domino común
consecuencia de las concentraciones y las actividades de
los factores de transcripció n que interactú an con las
La secuenciació n de los cDNA derivados de los mRNA que
secuencias reguladoras de ese gen. (Las excepciones se
codifican diversos receptores reveló una conservació n
deben a la “memoria transcripcional” de las funciones de
notable en sus secuencias aminoacı́dicas y tres regiones
los activadores y los represores expresados en las cé lulas
funcionales (Fig. 7-42). Todos los receptores nucleares
embrionarias a partir de las cuales la cé lula ha descendido
tienen una regió n N-terminal ú nica de longitud variable
como resultado de mecanismos epigenéticos analizados
(100-500 aminoá cidos). Las porciones de esta regió n
en la siguiente secció n). Cuá les factores de transcripció n
funcionan como dominios de activació n en la mayorı́a de
son expresados en un tipo celular particular, y las
los receptores nucleares. El dominio de unió n al DNA
cantidades producidas, está n determinadas por mú ltiples
mapea cerca del centro de la secuencia primaria y tiene
interacciones reguladoras entre genes de factores de
una repetició n del motivo de dedo de cinc C4 (Fig. 7-29b).
transcripció n que se producen durante el desarrollo y la
Los dominios de unió n a hormona, localizados cerca del
diferenciació n de un tipo de cé lula particular.
extremo C-terminal, contienen un dominio de activació n
dependiente de hormona (vé ase la Fig. 7-30b, c). En
Ademá s de controlar la expresió n de miles de factores de algunos receptores nucleares, el dominio de unió n a
transcripció n especı́ficos, las cé lulas tambié n regulan las hormona funciona como un dominio de represió n en la
actividades de muchos de los factores de transcripció n ausencia de ligando.
expresados en un tipo de cé lula particular. Por ejemplo,
los factores de transcripció n suelen estar regulados en
respuesta a señ ales extracelulares. Las interacciones
entre los dominios extracelulares de las proteı́nas
receptoras transmembrana sobre la superficie de la cé lula
y ligandos proteicos especı́ficos para estos receptores
activan los dominios de proteı́na asociados con los
dominios intracelulares de estas proteı́nas
transmembranas, y traducen la señ al recibida en el
exterior de la cé lula a una señ al en el interior de é sta que
eventualmente alcanza los factores de transcripció n en el
nú cleo. FIGURA 7-42 Diseño general de los factores de transcripción en la superfamilia de los receptores nucleares.
El dominio de unió n al DNA localizado centralmente presenta considerable homologı́a de secuencia entre los
diferentes receptores y contiene dos copias del motivo dedos de cinc C (vé ase la Fig. 7-29b). El dominio C-terminal
de unió n a hormona muestra de alguna manera menos homologı́a. Las regiones N-terminales en diversos receptores
varı́an en longitud, tienen secuencias ú nicas y pueden contener uno o má s dominios de activació n.
En el Capı́tulo 16 se describirá n los principales tipos de
receptores de superficie celular y las vı́as de señ alizació n
intracelular que regulan la actividad de los factores de Los elementos de respuesta al receptor
transcripció n. nuclear contienen repeticiones directas o
invertidas
En esta secció n, se analiza el segundo grupo principal de
señ ales extracelulares, las hormonas liposolubles, Se han determinado las secuencias nucleotı́dicas
pequeñ as, que incluyen muchas hormonas esteroides caracterı́sticas de los sitios de DNA, llamadas elementos de
diferentes, retinoides y hormonas tiroideas, que pueden respuesta, que unen diversos receptores nucleares. Las
difundirse a travé s de las membranas plasmá ticas y secuencias consenso de los elementos de respuesta para
nucleares e interactuar directamente con los factores de los receptores de glucocorticoides y de estró geno son
transcripció n que é stos controlan (Fig. 7-41). Como se repeticiones invertidas de 6 pb separadas por tres pares
mencionó anteriormente, los receptores intracelulares de bases cualquiera (Fig. 7-43a, b). Este hallazgo sugiere
para la mayorı́a de estas hormonas liposolubles, que que los receptores de hormonas esteroides cognadas
constituyen la superfamilia de receptores nucleares, podrı́an unirse al DNA como dı́meros asimé tricos, como
funcionan como activadores de la transcripció n cuando se se demostró despué s a partir del aná lisis cristalográ fico
unen a sus ligandos. por rayos X del dominio de unió n al DNA dedos de cinc C4
del receptor de glucocorticoides homodimé rico (vé ase la
FIHURA 7-41 Ejemplos de hormonas que se unen a los receptores nucleares. Estas hormonas y lı́pidos
solubles relacionados se difunden a travé s de las membranas plasmá tica y nuclear y se unen a los receptores
Fig. 7-29b).
localizados en el citosol o en el nú cleo. El complejo receptor-ligando funciona como un activador de la
transcripció n.

Algunos de los elementos de respuesta de receptores


nucleares, como aquellos para los receptores que unen la
vitamina D3, la hormona tiroidea, y el á cido retinoico, son
repeticiones directas de la misma secuencia reconocida
por el receptor de estró geno, separada por tres a cinco
pares de bases (Fig. 7-43c-e). La especificidad para
responder a estas diferentes hormonas mediante la unió n
a diferentes receptores está determinada por el
espaciamiento de las repeticiones. Los receptores que se posteriores demuestran que, en la ausencia de hormona,
unen a tales elementos de respuesta de repeticiones GR está anclado en el citoplasma en un complejo de
directas lo hacen como heterodı́meros con un monó mero proteı́na grande con proteı́nas inhibidoras, que incluye
de receptor nuclear comú n llamado RXR. El elemento de Hsp90, una proteı́na relacionada con Hsp70, la principal
respuesta de la vitamina D3, por ejemplo, es unido por el chaperona del choque té rmico en las cé lulas eucariontes.
heterodı́mero RXR-VDR, y el elemento de respuesta del Mientras el receptor está confinado en el citoplasma no
á cido retinoico es unido por RXR-RAR. Los monó meros puede interactuar con los genes diana y, por lo tanto, no
compuestos de heterodı́meros interactú an entre sı́ de puede activar la transcripció n. La unió n de la hormona a
forma tal que los dos dominios de unió n al DNA se un receptor nuclear homodimé rico libera las proteı́nas
encuentran en la misma orienta- ció n en lugar de en inhibidoras y permite que el receptor entre al nú cleo,
orientació n invertida, lo que permite que los he- donde se puede unir a los elementos de respuesta
terodı́meros RXR se unan a las repeticiones directas de los asociados con los genes diana (Fig. 7-44d). Una vez que el
sitios de unió n para cada monó mero. Por el contrario, los receptor con la hormona unida se une a un elemento de
monó meros en los receptores nucleares homodimé ricos respuesta, activa la transcripció n al interactuar con los
(p. ej., GRE y ERE) tienen una orientació n invertida. complejos remodeladores de la cromatina y la histona
acetilasa y el mediador.

Los metazoos regulan la transición de la Pol II


de la iniciación a la elongación

Un descubrimiento inesperado reciente que resultó de la


aplicació n de la té cnica de inmunoprecipitació n de la
cromatina es que una gran fracció n de genes en los
metazoos tiene una Pol II que realiza una pausa de la
elongació n dentro de los ≈ 200 pares de bases del sitio de
inicio de la transcripció n (Fig. 7-16). Por lo tanto, la
expresió n de la proteı́na codificada está controlada no
solo por la iniciació n de la transcripció n, sino tambié n por
la elongació n de la transcripció n temprana en la unidad
de transcripció n. Los primeros genes que se descubrieron
que eran regulados mediante control de la elongació n de
la transcripció n fueron los genes de choque térmico (p. ej.,

hsp70) que codifican las proteı́nas chaperoninas que
FIGURA 7-43 Secuencias consenso de los elementos de respuesta al DNA que unen tres receptores
ayudan a las proteı́nas desnaturalizadas a volver a
nucleares. Los elementos de respuesta para el receptor glucocorticoide (GRE) y el receptor de estró geno (ERE)
contienen repeticiones invertidas que unen estas proteı́nas homodimé ricas. Los elementos de respuesta para los
plegarse y otras proteı́nas que ayudan a la cé lula a
receptores heterodimé ricos contienen una repetició n directa comú n separada por tres a cinco pares de bases para
el receptor de la vitamina D3 (VDRE), el receptor de la hormona tiroidea (TRE) y el receptor del á cido retinoico
controlar a las proteı́nas desnaturalizadas. Cuando se
(RARE). Las secuencias se indican mediante flechas rojas. produce el choque té rmico, se activa el factor de
transcripció n de choque té rmico (HSTF, heat-shock
transcription factor). La unió n de HSTF activado a sitios
La unión de la hormona a un receptor nuclear especı́ficos en la regió n pró xima al promotor de los genes
regula su actividad como un factor de de choque té rmico estimula a la polimerasa en pausa a
transcripción continuar la elongació n de la cadena y estimula la
reiniciació n rá pida mediante molé culas de RNA
El mecanismo mediante el cual la unió n de la hormona polimerasa II adicionales, lo cual conduce a muchas
controla la actividad de los receptores nucleares difiere iniciaciones de la transcripció n por minuto. Este
para los receptores heterodimé ricos y homodimé ricos. mecanismo de control transcripcional permite una rá pida
Los receptores nucleares heterodimé ricos (p. ej., RXR- respuesta: estos genes siempre está n en pausa en un
VDR, RXR-TR y RXR-RAR) se localizan exclusivamente en estado de transcripció n suspendida y, por ende, cuando
el nú cleo. En la ausencia de sus ligandos hormonas, surge una emergencia no necesitan tiempo para
reprimen la transcripció n cuando se unen a sus sitios remodelar y acetilar la cromatina sobre el promotor y
afines en el DNA. Tambié n lo hacen al dirigir la ensamblar un complejo de preiniciació n de la
desacetilació n de histonas en los nucleosomas de la transcripció n.
cercanı́a mediante el mecanismo que se describió
anteriormente (vé a- se la Fig. 7-36a). En la conformació n Otro factor de la transcripció n que se demostró regula la
de ligando unido, los receptores nucleares transcripció n al controlar la elongació n de la Pol II en
heterodimé ricos que contienen RXR pueden dirigir la pausa cerca del sitio de inicio de la transcripció n es MYC,
hiperacetilació n de histonas en los nucleosomas que funciona en la regulació n del desarrollo y la divisió n
cercanos, revirtiendo ası́ los efectos de la represió n del celular. MYC suele expresarse a elevadas concentraciones
dominio de unió n al ligando libre. En presencia de en las cé lulas cancerosas y es un factor de transcripció n
ligando, los dominios de unió n al ligando de los clave en la reprogramació n de las cé lulas somá ticas en las
receptores nucleares tambié n se unen al mediador y cé lulas madre pluripotenciales capaces de diferenciarse
estimulan el ensamblaje del complejo de preiniciacion. en cualquier tipo celular. Esta capacidad para inducir
cé lulas diferenciadas a convertirse en cé lulas madre
A diferencia de los receptores nucleares heterodimé ricos, pluripotenciales ha suscitado un enorme interé s de
los receptores homodimé ricos se encuentran en el investiga- ció n debido a su potencial para el desarrollo de
citoplasma en ausencia de sus ligandos. La unió n de tratamientos terapé uticos para lesiones traumá ticas del
hormona a estos receptores conduce a sus sistema nervioso y las enfermedades degenerativas (Cap.
translocaciones al nú cleo. La traslocació n dependiente de 21).
hormona del receptor homodimé rico glucocorticoide
(GR) se demostró en los experimentos de transfecció n
mostrados en la Figura 7-44. El dominio de unió n a
hormona GR media por sı́ solo este transporte. Estudios
• La unió n de hormona a los receptores nucleares induce
cambios conformacionales que modifican sus
interacciones con otras proteı́nas (Figs. 7-30b, c).

• Los receptores nucleares heterodimé ricos (p. ej.,


aquellos para retinoides, vitamina D y hormona tiroidea)
se encuentran solo en el nú cleo. En ausencia de
hormona, é stos reprimen la transcripció n de los genes
diana con los elementos de respuesta correspondientes.
Cuando se unen a sus ligandos, activan la transcripció n.

• Los receptores de hormona esteroide son receptores


nucleares homodimé ricos. En ausencia de hormona,
é stos se encuentran atrapados en el citoplasma por
proteı́nas inhibidoras. Cuando se unen a sus ligandos,
pueden trasladarse al nú cleo y activar la transcripció n
de los genes diana (vé ase la Fig. 7-44).

FIGURA EXPERIMENTAL 7-44 Proteínas de


fusión de vectores de expresión demuestran que el dominio de unión a la hormona del receptor 7.7 Regulación epigenética de la
transcripción
glucocorticoide (RG) media la translocación al núcleo en presencia de la hormona. Las cé lulas animales
cultivadas fueron transfectadas con vectores de expresió n que codifican las proteı́nas representadas en la parte
inferior. Se utilizó inmunofluorescencia con un anticuerpo marcado especı́fico para la â-galactosidasa para detectar
las proteı́nas expresadas en las cé lulas transfectadas. (a) En las cé lulas que expresaron solo â-galactosidasa, la
enzima se localizó en el citoplasma en presencia y en ausencia de la hormona glucocorticoide dexametasona
(Dex). (b) En las cé lulas que expresaron una proteı́na de fusió n que consiste en â-galactosidasa y el receptor
glucocorticoide (RG) completo, la proteı́na de fusió n estaba presente en el citoplasma en ausencia de hormona pero El té rmino epigenético se refiere a los cambios
se transportaba al nú cleo en presencia de hormona. (c) Las cé lulas que expresaron una proteı́na de fusió n
compuesta por â-galactosidasa y solo heredados en el fenotipo de una cé lula que no es el
el dominio de unió n al ligando RG (pú rpura claro) tambié n presentaron transporte dependiente de hormona de la
proteı́na de fusió n al nú cleo. (d) Modelo de activació n gé nica dependiente de hormona por un receptor nuclear resultado de cambios en la secuencia de DNA. Por
homodimé rico. En ausencia de hormona, el receptor se mantiene en el citoplasma mediante interacciones entre su
dominio de unió n al ligando (LBD) y proteı́nas de unió n. Cuando la hormona está presente, se difunde a travé s de ejemplo, durante la diferenciació n de las cé lulas madre de
la membrana plasmá tica y se une al dominio de unió n al ligando y causa un cambio de conformació n que libera el
receptor de las proteı́nas inhibidoras. El receptor con el ligando unido luego es transportado al nú cleo, donde su mé dula ó sea en diversos tipos de cé lulas sanguı́neas
dominio de unió n al DNA (DBD) se une a los elementos de respuesta, lo que permite al dominio de unió n al ligando
y un dominio de activació n adicional (AD) en el N-terminal estimular la transcripció n de los genes dianas. diferentes, una cé lula madre hematopoyé tica (CMH) se
divide en dos cé lulas hijas, una de las cuales continú a con
las propiedades de CMH con el potencial de diferenciarse
La terminación de la Pol II también está
en todos los tipos diferentes de cé lulas sanguı́neas. Sin
regulada embargo, la otra cé lula hija se convierte en una cé lula
madre linfoidea o en una cé lula madre mieloide (vé ase la
Una vez que la Pol II ha transcripto ≈200 nucleó tidos Fig. 21-18). Las cé lulas madre linfoides generan cé lulas
desde el sitio de inicio de la transcripció n, la elongació n hijas que se diferencian en linfocitos, que llevan a cabo
por medio de la mayorı́a de los genes es altamente muchas de las funciones involucradas en las respuestas
procesal, aunque la inmunoprecipitació n de la cromatina inmunitarias contra pató genos (Cap. 23). Las cé lulas
con anticuerpos contra Pol II indica que la cantidad de Pol madre mieloides se dividen en cé lulas hijas que está n
II en diversas posiciones en una unidad de transcripció n comprometidas a diferenciarse en eritrocitos, en
en una població n de cé lulas varı́a enormemente (Fig. 7- diferentes clases de gló bulos blancos fagocı́ticos o en las
16b, derecha). Esto indica que la enzima puede elongar a cé lulas que generan plaquetas involucradas en la
travé s de algunas regiones mucho má s rá pidamente que coagulació n de la sangre. Tanto las cé lulas madre
otras. En la mayorı́a de los casos, Pol II no termina hasta linfoides como mieloides tienen la secuencia de DNA
despué s de que se transcribe una secuencia que dirige la idé ntica a la de los cigotos generados por fecundació n del
escisió n y poliadenilació n del RNA en la secuencia que ó vulo por un espermatozoide a partir del cual se
forma el extremo 3 ́ del mRNA codificado. A continuació n, desarrollan todas las cé lulas, pero tienen su potencial del
la RNA polimerasa II puede terminar en mú ltiples sitios desarrollo restringido debido a las diferencias
localizados a una distancia de entre 0,5-2 kb má s allá del epigené ticas entre ellas. Tales cambios epigené ticos son
sitio de adició n poli(A). Los experimentos con genes ini- cialmente la consecuencia de la expresió n de factores
mutantes demuestran que la terminació n está acoplada al de transcripció n especı́ficos que son los reguladores
proceso que escinde y poliadenila el extremo 3 ́ de un maestros de la diferenciació n celular, y controlan la
transcripto, que se analiza en el siguiente capı́tulo. expresió n de otros genes que codifican los factores de
transcripció n y las proteı́nas involucradas en la
comunicació n cé lula a cé lula en las complejas redes de
CONCEPTOS CLAVE de la Sección 7.6 control gé nico que, en la actualidad, son tema de
Regulación de la actividad de los factores de investigació n intensa. Los cambios en la expresió n gé nica
transcripción iniciados por los factores de transcripció n, a menudo
suelen reforzarse y mantenerse durante las mú ltiples
divisiones celulares por modificaciones
• Las actividades de muchos factores de transcripció n
postraduccionales de histonas y metilació n de DNA en la
está n indirectamente reguladas por la unió n de
posi- ció n 5 del anillo de pirimidina de la citosina (Fig. 2-
proteı́nas extracelulares y pé ptidos a los receptores de la
17), los cuales se mantienen y propagan a las cé lulas hijas
superficie celular. Estos receptores activan las vı́as
cuando las cé lulas se dividen. En consecuencia, el té rmino
intracelulares de transducció n de señ ales que regulan
epigené tico se utiliza para referirse a tales modificaciones
factores de transcripció n especı́ficos por medio de una
postraduccionales de las histonas y a la modificació n 5-
variedad de mecanismos que se analizan en el Cap. 16.
metil C del DNA.

• Los receptores nucleares constituyen una superfamilia


de factores de transcripció n de dedos de cinc C4 Represión epigenética mediante metilación del
DNA
dimé ricos que unen hormonas liposolubles e interactú an
con elementos de respuesta especı́ficos en el DNA
(vé anse las Figs. 7-41-43).
Como se mencionó anteriormente, la mayorı́a de los La Figura 6-31 resume los diferentes tipos de
promotores en los mamı́feros se encuentran en la clase de modificaciones postraduccionales que se encuentran en
islas CpG. Los promotores con islas CpG activos tienen C las histonas, incluidas la acetilació n de las lisinas y la
en las secuencias CG que está n desmetiladas. Los metilació n de las lisinas sobre el á tomo de nitró geno en el
promotores con isla CpG desmetilada suelen estar sin grupo å amino terminal de las cadenas laterales de lisina
octá meros de histonas, pero los nucleosomas en la (vé ase la Fig. 2-14). Las lisinas se pueden modificar
vecindad inmediata a los promoto- res con islas CpG está n mediante la adició n de uno, dos o tres grupos metilos a
modificados por la dimetilació n o trimetilació n en la lisina este á tomo de nitró geno terminal, generando lisinas
4 de la histona H3 y tienen molé culas de Pol II asociadas monometiladas, dimetiladas y trimetildas, todas las
que se encuentran en pausa durante la transcripció n de cuales llevan una carga positiva. Los experimentos de
las hebras de DNA molde en sentido y en antisentido, pulso y caza radiomarcados demostraron que los grupos
como se describió al comienzo (Figs. 7-16 y 17). Las acetilo sobre las lisinas de las histonas se recambian
investigaciones recientes indican que la metilació n de la rá pidamente, mientras que los grupos metilo son mucho
lisina 4 de la histona H3 se produce en las cé lulas murinas má s estables. El estado de acetilació n en una lisina de
debido a que una proteı́na llamada Cfp1 (proteı́na 1 dedos histona especı́fica en un nucleosoma particular es el
de CXXC) se une al DNA desmetilado rico en CpG a travé s resultado de un equilibrio diná mico entre la acetilació n y
de un dominio dedo de cinc (CXXC) y se asocia con una la desacetilació n mediante histonas acetilasas e histonas
histona metilasa especı́fica para la lisina 4 de la histona desacetilasas, respectivamente. La acetilació n de histonas
H3 (Setd1). Los complejos de remodelació n de la en una regió n localizada de la cromatina predomina
cromatina y el factor de la transcripció n general TFIID, cuando los activadores unidos al DNA local unen
que inicia el ensamblaje del complejo de preiniciació n de transitoriamente complejos de histona acetilasa. La
la Pol II (Fig. 7-17), se asocian con nucleosomas que desacetilació n predomina cuando los represores
portan el marcador de la lisina 4 trimetilada de la H3, y transitoriamente unen complejos de histona desacetilasa.
promueven la iniciació n de la transcripció n por parte de
la Pol II.
A diferencia de los grupos acetilo, los grupos metilo sobre
las lisinas de las histonas son mucho má s estables y se
Sin embargo, en las cé lulas diferenciadas, un bajo recambian mucho menos rá pido que los grupos acetilo.
porcentaje de los promotores con islas CpG, que depende Los grupos metilo de las lisinas de las histonas se pueden
del tipo celular, tiene las CpG marcadas por 5-metil C. eliminar mediante las histonas desmetilasas de lisinas.
Esta modificació n del DNA de las islas CpG desencadena Pero el recambio resultante de los grupos metilo de las
la condensació n de la cromatina. Una familia de lisinas de las histonas es mucho má s lento que el
proteı́nas que se unen al DNA rico en islas CpG recambio de los grupos acetilo de las lisinas de histonas,
modificadas con 5 metil-C (proteı́nas de unió n a metil lo que las torna apropiadas para las modificaciones
CpG, MBD) se asocian con histonas desacetilasas y postraduccionales para la propagació n de la informació n
reprimen los complejos de remodelació n de la cromatina epigené tica.
que condensan la cromatina, que origina la represió n de
la transcripció n. Estos grupos metilos se añ aden de novo
por las DNA metiltransferasas llamadas DNMT3a y
DNMT3b. Queda mucho por aprender acerca de có mo
estas enzimas son dirigidas a islas CpG especı́ficas, pero
una vez que han metilado una secuencia de DNA, la
metialació n es transmitida por medio de la replicació n
del DNA por la acció n de la metiltransferasa de
mantenimiento ubicuas DNMT1:

Se han caracterizado varias otras modificaciones


postraduccionales en las histonas (Fig. 6-31b). Todas
(rojo indica hebras hijas). La DNMT1 tambié n mantiene la tienen el potencial de regular positiva o negativamente la
metilació n de las C en las secuencias CpG que unió n de proteı́nas que interactú an con la fibra de
estadı́sticamente está n subrrepresentadas a lo largo de la cromatina para regular la transcripció n y otros procesos
mayor parte del genoma. Como se describió antes, la tales como el plegamiento de cromosomas en estructuras
secuencia CG esta subrrepresentada en la mayorı́a de las altamente condensadas que se forman durante la mitosis
se- cuencias de los genomas de mamı́feros, (Figs. 6-39 y 6-40). Ha surgido una imagen de la
probablemente debido a que la desaminació n espontá nea cromatina en la cual las colas de histonas que se extienden
de la 5-metil C genera timidina, lo que lleva a la de forma aleatoria a partir de la fibra de cromatina está n
sustitució n de las CpG por TpG durante el perı́odo de modificadas postraduccionalmente para generar una de
evolució n de los mamı́feros, a menos que exista una muchas posibles combinaciones de modificaciones que
selecció n contra la mutació n resultante, como regulan la transcripció n y otros procesos mediante la
probablemente ocurrió cuando mutaron los promotores regulació n de la unió n de gran nú mero de complejos de
con islas CpG. Este mecanismo de represió n epigené tica proteı́na diferentes. Este control de las interacciones de
se investiga con intensidad puesto que los genes proteı́nas con regiones especı́ficas de la cromatina que
supresores de tumores que codifican proteı́nas que resultan de las influencias combinadas de varias
funcionan en la supresió n del desarrollo del cá ncer suelen modificaciones postraduccionales de las histonas se
estar inactivadas en las cé lulas cancerosas por metilació n denomina un código de histona. Algunas de estas
anormal de las CpG de sus regiones promotoras, como se modificaciones, como la acetilació n de la lisina de la
analiza má s adelante en el Capı́tulo 24. histona, se revierten rá pidamente, mientras que otras,
como la metilació n de la lisina de la histona, se pueden
transmitir por medio de la replicació n de la cromatina, lo
La metilación de las histonas en otras lisinas que genera herencia epigené tica ademá s de la herencia de
específicas está conectada con los mecanismos la secuencia de DNA. El Cuadro 7-3 resume la influencia
epigenéticos de la represión génica de las modificaciones postraduccionales de residuos de
aminoá cidos de histonas especı́ficas que se producen en
la transcripció n.

Metilación de la lisina 9 de la histona H3 en la


heterocromatina En la mayorı́a de los eucariontes,
algunos de los complejos correpresores contienen
subunidades histona metiltransferasa que metilan la
histo- na H3 en la lisina 9, generando dimetil y trimetil
lisinas. Estas lisinas metiladas son sitios de unió n para
isoformas de la proteı́na HP1 que funciona en la
condensació n de la heterocromatina, como se analizó en
el Capı́tulo 6 (vé ase la Fig. 6-34). Por ejemplo, el complejo
correpresor KAP1 funciona con una clase de má s de 200
factores de transcripció n de dedos de cinc codificados en
el genoma humano. Este complejo correpresor incluye
una H3 lisina 9 metiltransferasa que metila los nu-
cleosomas sobre la regió n promotora de la transcripció n
y lleva a la unió n de HP1 y a la represió n de la FIGURA 7-46 Mantenimiento de la metilación de la lisina de
transcripció n. Un transgé n integrado en fibroblastos la histona H3 durante la replicación cromosómica. Cuando el
murinos cultivados que estaba reprimido mediante la DNA cromosó mico se replica, las histonas parentales se asocian
acció n del correpresor KAP1 se asoció con la de manera aleatoria con las molé culas de DNA hijas, mientras
que las histonas desmetiladas sintetizadas durante la fase S
heterocromatina en la mayorı́a de las cé lulas, mientras
abarcan otros nucleosomas en los cromosomas hermanos. La
que la forma activa del mismo transgé n se asoció con la asociació n de la histona H3 lisina 9 metiltransferasa (H3K9HMT)
eucromatina (Fig. 7-45). Los ensayos de con los nucleosomas parentales que contienen el marcador H3
inmunoprecipitació n de la cromatina (vé ase la Fig. 7-16) lisina 9 dimetilada o trimetilada, metilan a los nucleosomas no
demostraron que el gen reprimido estaba asociado con la modificados recientemente añ adidos. En consecuencia, las
histona H3 metilada en la lisina 9 y HP1, mientras que el metilaciones de la histona H3 lisina 9 se mantienen durante las
gen activo no. divisiones celulares repetidas a menos que sean especı́ficamente
eliminadas mediante una histona desmetilasa.

Es muy importante destacar que la metilació n de la lisina


de la H3 se mantiene con la replicació n del cromosoma en Control epigenético por parte de los complejos
la fase S mediante el mecanismo que se representa en la Polycomb y Trithorax
Figura 7-46. Cuando los cromosomas se replican en la fase
S, los nucleosomas asociados con el DNA progenitor se Otra clase de marcador epigené tico que es esencial para
distribuyen de forma aleatoria en las molé culas de DNA la expresió n de los genes en tipos celulares especı́ficos en
hijas. Los octá meros de histona nuevos que no está n los animales multicelulares y las plantas involucra a un
metilados en la lisina 9 se asocian con los cromosomas grupo de proteı́nas conocidas colectivamente como
hijos nuevos, pero como los nucleosomas progenitores proteı́nas Polycomb y un grupo de proteı́nas que
está n asociados con ambos cromosomas hijos, contrarrestan, conocidas como proteı́nas Trithorax,
aproximadamente la mitad de ellos está n metilados en la despué s de los fenotipos de las mutaciones en los genes
lisina 9. La asociació n de las histona H3 lisina que las codifican en Drosophila, donde se descubrieron
metiltransferasas (directa o indirectamente) con los primero. El mecanismo de represió n de Polycomb es
nucleosomas progenitores metilados conduce a la esencial para el mantenimiento de la represió n de los
metilació n de los octá meros de histona recié n genes en los tipos especı́ficos de cé lulas y en todas las
ensamblados. La repetició n de este proceso con cada cé lulas subsecuentes que se desarrollan a partir de ellas a
divisió n celular produce el mantenimiento de la lo largo de la vida de un organismo. Los genes
metilació n de la lisina 9 de la H3 de esta regió n del importantes regulados por las proteı́nas Polycomb
cromosoma. incluyen a los genes Hox, que codifican factores de
transcripció n maestros. Diferentes combinaciones de
factores de transcripció n Hox ayudan a dirigir el
desarrollo de tejidos y ó rganos especı́ficos en un embrió n
en desarrollo. Temprano en la embriogé nesis, la
expresió n de los genes Hox está controlada por proteı́nas
activadoras y represoras tı́picas. Sin embargo, la
expresió n de estos activadores y represores se detiene en
un punto temprano de la embriogé nesis. La expresió n
correcta de los genes Hox en los descendientes de las
cé lulas embrionarias tempranas se mantiene entonces a
travé s del resto de la embriogé nesis y hasta la vida adulta
por las proteı́nas Polycomb que mantienen la represión de
genes Hox especı́ficos. Las proteı́nas Trithorax llevan a
FIGURA 7-45 Asociación de un transgén reprimido con heterocromatina. Los fibroblastos murinos se
cabo la funció n opuesta a las proteı́nas Polycomb,
transformaron
forma estable con un transgé n con sitios de unió n para un represor gené ticamente modificado. El represor fue una
de manteniendo la expresión de los genes Hox que se
fusió n entre un dominio de unió n al DNA, un dominio de represió n que interactú a con el complejo correpresor
KAP1, y el dominio de unió n al ligando de un receptor nuclear que permite que la importació n nuclear de la proteı́na
expresaron en una cé lula especı́fica temprano en la
de fusió n sea controlada experimentalmente (vé ase la Fig. 7-44). El DNA se tiñ ó de azul con el colorante DAPI. Las
regiones de tinció n má s brillantes son regiones de heterocromatina, donde la concentració n de DNA es má s alta que
embriogé nesis y en todos los descendientes posteriores
en la eucromatina. El transgé n se detectó por hibridació n de una sonda complementaria marcada con fluorescencia
(verde). Cuando el represor recombinante se retuvo en el citoplasma, el transgé n se transcribió (izquierda) y se
de esa cé lula. Las proteı́nas Polycomb y Trithorax
asoció con la eucromatina en la mayorı́a de las cé lulas. Cuando se añ adió hormona de manera tal que los represores
recombinantes entraron al nú cleo, el transgé n fue reprimido (derecha) y se asoció con la heterocromatina. Los
controlan miles de genes, incluidos aquellos que regulan
ensayos de inmunoprecipitació n de la cromatina (vé ase la Fig. 7-16) mostraron que el gen reprimido se asoció con
la histona H3 metilada en la lisina 9 y HP1, mientras que el gen activo, no
el crecimiento y la divisió n celular (es decir, el ciclo
celular, como se analiza en el Cap. 19). Los genes
Polycomb y Trithorax suelen estar mutados en las cé lulas
cancerosas, contribuyendo de manera importante a las
propiedades anó malas de estas cé lulas (Cap. 24).
Notablemente, prá cticamente todas las cé lulas en el Abd-B en el embrió n de Drosophila (Fig. 7-48). Cuando el
embrió n en desarrollo y en el adulto expresan un grupo sistema Polycomb es defectuoso, Abd-B está
similar de proteı́nas Polycomb y Trithorax, y todas las desrreprimido en todas las cé lulas del embrió n. Cuando el
cé lulas contienen el mismo grupo de genes Hox. Incluso sistema Trithorax es defectuoso y no puede contrarrestar
solo los genes Hox en las cé lulas donde estaban la represió n por el sistema Polycomb, Abd-B está
reprimidos en la embriogé nesis temprana permanecen reprimido en la mayorı́a de las cé lulas, excepto aquellas
reprimidos, aun a pesar de que los mismos genes Hox en en la parte muy posterior del embrió n. Los complejos
otras cé lulas permanecen activos en presencia de las Trithorax incluyen histona metiltransferasa que trimetila
mismas proteı́nas Polycomb. En consecuencia, como en el la lisina 4 de la histona H3, una metilació n de histona
caso de los loci de tipo de apareamiento silencioso de la asociada con los promotores de los genes que se
levadura, la expresió n de los genes Hox está regulada por transcriben activamente. Estas modificaciones de
un proceso que involucra má s que simplemente histonas crean un sitio de unió n para los complejos de
secuencias de DNA especı́ficas que interactú an con histona acetilasa y de remodelació n de la cromatina, ası́
proteı́nas que se difunden a travé s del nucleoplasma. como para TFIID, el factor de transcripció n general que
inicia el ensamblado del complejo de preiniciació n (Fig. 7-
17). Los nucleosomas con las modificaciones de la 4 metil
En la Figura 7-47 se describe un modelo actual para la
lisina H3 son tambié n sitios de unió n para las histonas
represió n por parte de las proteı́nas Polycomb. La
desaceti- lasas especı́ficas que evitan la metilació n de la
mayorı́a de las proteı́nas Po- lycomb son subunidades de
histona H3 en la lisina 9 e impiden la unió n de HP1, y en
una de dos clases de complejos multiproteicos, complejos
la lisina 27, lo que evita la unió n de los complejos de
tipo PRC1 y complejos PRC2. Se cree que los complejos
represió n PRC. De igual manera, una histona desmetila-
PRC2 actú an inicialmente por asociació n con represores
sa especı́fica para la lisina 4 de la histona H3 se asocia con
especı́ficos unidos a sus secuencias de DNA afines
complejos PRC2. Los nucleosomas marcados con la
tempranas en la embriogé nesis, o los complejos
metilació n de la lisina 4 de la histona H3 se cree que
ribonucleoproteı́nas que contienen los RNA no
tambié n se distribuyen en ambas molé culas de DNA hijas
codificantes largos, como se analiza en una secció n má s
durante la replicació n del DNA, dando como resultado el
adelante. Los complejos PRC2 contienen histonas
mantenimiento de este marcador epigené tico mediante
desacetilasas que inhiben la transcripció n como se
una estrategia similar a la esquematizada en la Figura 7-
analizó anteriormente. Eb stos tambié n contienen una
46.
subunidad (E[z] en Drosophila, EZH2 en los ma- mı́feros)
con un dominio SET, el dominio activo enzimá ticamente
de diversas histona metiltransferasas. Este dominio SET
en los com- plejos PRC2 metila la histona H3 en la lisina
27, y genera dimetil y trimetil lisinas. El complejo PRC1 se
une entonces a los nucleosomas metilados por medio de
las subunidades Pc dimé ricas (CBX en los mamı́feros),
cada una conteniendo un dominio de unió n a metilisina
(llamado cromodominio) especı́fico para la lisina 27 de la
H3 metila- da. Se propone que la unió n del dı́mero Pc a los
nucleosomas vecinos condensa la cromatina en una
estructura que inhibe la transcripció n. Esto está avalado
por los estudios de microscopia electró nica que
demuestran que los complejos PRC1 provocan que los
nucleosomas se asocien in vitro (Fig. 7-47d, e). FIGURA 7-47 Modelo de la represión de los complejos Polycomb. (a) Durante la embriogé nesis temprana, los
represores se asocian con el complejo PRC2. (b) Esto resulta en la metilació n (Me) de los nucleosomas vecinos en
la histona H3 lisina 27 (K27) por la subunidad E(z) que contiene el dominio SET. (c) Los complejos PRC1 unen los
nucleosomas metiladoss en la lisina 27 de la H3 a travé s de una subunidad Pc dimé rica, que contiene el
cromodominio. El complejo PRC1 condensa la cromatina en una estructura de cromatina reprimida, el complejo
Los complejos PRC1 tambié n contienen una ubicuitina PRC2 se asocia con los complejos PRC1 para mantener la metilació n de la lisina 27 en la H3 de las histonas vecinas.
En consecuencia, la asociació n de PRC1 y PRC2 con la regió n es mantenida cuando la expresió n de las proteı́nas
ligasa que monoubicuitina las histonas H2A en la lisina represoras en (a) cesa. (d, e) Microfotografı́a electró nica de un fragmento de DNA de ≈1 kb unido a cuatro
nucleosomas en ausencia (d) y en presencia (e) de un complejo PRC1 cada cinco nucleosomas.
119 en la cola C-terminal de la H2A. Esta modificació n de
la H2A inhibe la elongació n de la Pol II mediante la
cromatina al inhibir la asociació n de una chaperona de Los RNA no codificantes dirigen la represión
histona necesaria para eliminar los octá meros de histona epigenética en los metazoos
del DNA a medida que la Pol II transcribe por medio de un
nucleosoma y luego los reemplaza a medida que la
polimerasa pasa. Se postula que los complejos PRC2 se Tambié n se descubrió que los complejos de represió n son
asocian con los nucleosomas que portan el marcador de complejos de proteı́nas unidas a molé culas de RNA. En
la trimetilació n de la lisina 27 en la histona H3, algunos casos, esto resulta en la represió n de genes sobre
manteniendo la metilació n de la lisina 27 en la H3 en los el mismo cromosoma a partir del cual se transcribe el
nucleosomas en la regió n. Esto produce la asociació n de RNA, como en el caso de la inactivació n del cromosoma X
la cromatina con los complejos PRC1 y PRC2 incluso en las hembras de los mamı́feros. En otros casos, é stos
despué s que ha cesado la expresió n de las proteı́nas re- representan complejos RNA-proteı́na que se pueden
presoras iniciales en la Figura 7-47a, b. Esto tambié n dirigir a genes que se transcriben desde otros
podrı́a mantener la metilació n de la lisina 27 de la histona cromosomas mediante apareamiento de bases con los
H3 y la monoubicuitinació n de la histona H2A a RNA nacientes a medida que está n siendo transcritos.
continuació n de la replicació n del DNA, mediante un
mecanismo aná logo al que se esquematizó en la Figura 7- Inactivación del cromosoma X en mamíferos El
46. Esto es una caracterı́stica clave de la represió n fenó meno de inacti- vació n del cromosoma X en los
Polycomb, que se mantiene a travé s de las sucesivas mamı́feros hembra es uno de los ejem- plos má s
divisiones celulares en la vida de un organismo (≈100 intensamente estudiados de la represió n epigené tica
añ os para algunos vertebrados, ¡2 000 añ os para un pino mediada por un RNA largo, no codificante de proteı́na. La
de azú - car [Pinus lambertiana]!). inactivació n de X está controlada por un dominio de
≈ 100 kb en el cromosoma X llamado el centro de
Las proteı́nas Trithorax contrarrestan el mecanismo inactivació n X. Notablemente, el centro de inactivació n X
represivo de las proteı́nas Polycomb, como se demostró no expresa proteı́nas, sino varios RNA no codificantes
en estudios de expresió n del factor de transcripció n Hox (ncRNA) que participan en la inactivació n aleatoria de un
cromosoma X entero, temprano en el desarrollo de los produce la asociació n del complejo PRC1 y la represió n
mamı́feros hembra. Los ncRNA cuyas funciones se transcripcional como se analizó recientemente.
comprenden de forma parcial se transcriben a partir de
las hebras de DNA complementario cerca de la parte
En el embrió n hembra temprano que consta de cé lulas
media del centro de inactivació n X: el RNA Tsix de 40 kb,
madre embrionarias capaces de diferenciarse en todos los
el RNA Xist que es procesado a un RNA de ≈ 17 kb y el
tipos de cé lulas (vé ase el Cap. 21) se transcriben los genes
RNA RepA má s corto de 1,6 kb a partir de la regió n 5 ́ del
en ambos cromosomas X y el ncRNA Tsix de 40 kb se
RNA Xist (Fig. 7-49a).
transcribe a partir del centro de inactivació n de ambas
copias del cromosoma X. Los experimentos que utilizan
deleciones gené ticamente modificadas en el centro de
inactivació n X demostraron que la transcripció n de Tsix
evita la transcripció n significativa del RNA Xist de 17 kb
de la hebra de DNA complementaria. Má s adelante en el
desarrollo del embrió n temprano, a medida que las
cé lulas comienzan a diferenciarse, se empieza a
transcribir Tsix solo a partir del cromosoma X inactivo. El
(o los) mecanismo(s) que controlan esta transcripció n
asimé trica de Tsix todavı́a no se comprenden bien. Sin
embargo, el proceso se produce de forma aleatoria en los
dos cromosomas X.

En un modelo actual de la inactivació n de X, la inhibició n


de la transcripció n Tsix permite la transcripció n del RNA
RepA a partir de la hebra de DNA complementaria (Fig. 7-
49a). El RNA RepA tiene una secuencia de repetició n que
forma una estructura secundaria de tallo y bucle que son
unidas directamente por las subunidades del complejo
Polycomb. Esta interacció n se produce sobre los
FIGURA 7-48 Influencia opuesta de los complejos Polycomb y Trithorax sobre la expresión del factor de transcritos RepA nacientes que está n unidos al
transcripción Abd-B en los embriones de Drosophila. En el estadio de embriogé nesis de Drosophila mostrado,
Abd-B se expresa normalmente solo en los segmentos posteriores, como se muestra en la parte superior mediante cromosoma X durante la transcripció n y llevan a la
inmunotinció n con un anticuerpo especı́fico anti-AbdB. En embriones con mutaciones homocigotas de Scm, un gen
Polycomb (PcG) que codifica una proteı́na asociada con el complejo PRC1, la expresió n de Abd-B está desreprimida metilació n de la lisina 27 de la H3 en la cromatina
en todos los segmentos del embrió n. Por el contrario, en los mutantes homocigotas de trx, un gen Trithorax (trxG),
la represió n de Abd-B está aumentada de manera tal que solo se expresa a niveles elevados en el segmento má s circundante. Mediante mecanismos que no se
posterior. [Cortesı́a de Juerg Mueller, European Molecular Biology Laboratory.]
comprenden bien, esto activa la transcripció n a partir del
promotor Xist cercano. El RNA Xist transcrito contiene
secuencias de RNA que mediante mecanismos
desconocidos causan que é ste se disperse a lo largo del
cromosoma X. La secuencia repetida RepA cerca del
extremo 5 ́ del RNA Xist une el complejo Polycomb PRC2
que lleva a la dimetilació n y trimetilació n H3K27 a lo
largo de la longitud completa del cromosoma X. Esto a su
vez da como resultado la unió n del complejo Polycomb
PRC1 y la represió n de la transcripció n como se descri-
bió anteriormente. Al mismo tiempo, la transcripció n
continuada de Tsix a partir del otro cromosoma X activo
continua, reprime la transcripció n de Xist de ese
cromosoma X y, en consecuencia, evita la represió n
mediada por Xist del X activo. Poco tiempo despué s en el
desarrollo, el DNA del X inactivo tambié n se metila en la
mayorı́a de sus promotores con islas CpG asociadas, y
FIGURA 7-49 El RNA no codificante Xist codificado en el centro de inactivación X recubre el cromosoma X probablemente contribuya a su inactivació n estable a
inactivo en las células humanas femeninas. (a) La regió n del centro de inactivació n X humano codifica los RNA
Xist, RepA y Tsix no codificantes. (b) Un fibroblasto cultivado de una mujer se analizó mediante hibridació n in situ travé s de mú ltiples divisiones celulares que se producen
con una sonda complementaria al RNA Xist marcada con un colorante fluorescente (izquierda), un grupo de
cromosomas coloreados con sondas para el cromosoma X marcadas con colorante fluorescente verde (centro) y una má s adelante en la embriogé nesis y a lo largo de la vida
superposició n de las dos microfotografı́as fluorescentes. El cromosoma X inactivo condensado está asociado con el
RNA Xist. [Parte (a) adapatado de J. T. Lee, 2010, Cold Sprin Harbor Perspect. Biol. 2:a003749. Parte (b) de C. M. adulta.
Clemenson y cols., 1996, J. Cell Biol. 132:259.]

La represión trans por los RNA no codificantes largos


En las cé lulas femeninas diferenciadas, el cromosoma X
Reciente- mente, investigadores que estudiaban la
inactivo está asociado con los complejos proteı́na-RNA
funció n de los RNA no codificantes transcriptos a partir
Xist a lo largo de toda su longitud. La deleció n dirigida
de una regió n que codifica un grupo de genes HOX, el locus
del gen Xist (Fig. 5-42) en cé lulas madre embrionarias
HOXC, en fibroblastos humanos cultivados, descubrieron
cultivadas demuestra que es necesario para la
otro ejemplo de represió n transcripcional mediante un
inactivació n X. En oposició n a la mayorı́a de los genes
RNA no codificante largo. La eliminació n de un RNA no
que codifican proteı́na en el cromosoma X inactiva, Xist
codificante de ≈ 2,2 kb expresado a partir del locus HOXC
se transcribe a partir del centro de inactivació n X del
por siRNA (Fig. 5-45) inesperadamente lleva a la
cromosoma X de otro modo mayormen- te inactivo. Los
desrepresió n del locus HOXD en estas cé lulas, una regió n
complejos proteı́na-RNA Xist no se difunden para
de 40 kb en otro cromosoma que codifica diversas
interactuar con el cromosoma X inactivo. Puesto que la
proteı́nas HOX y otros mú ltiples RNA no codificantes.
longitud total del cromosoma X inactivo se recubre con
Ensayos similares a la inmunoprecipitació n de la
complejos proteı́na-RNA Xist (Fig. 7-49b), estos
cromatina demostraron que este RNA no codificante,
complejos se deben dispersar a lo largo de todo el
llamado HOTAIR (del inglé s HOX Antisense Intergenic
cromosoma desde el centro de inactivació n X donde se
RNA), se asocia con los loci HOXD y con los complejos Po-
trans- cribe Xist. El cromosoma X inactivo tambié n está
lycomb PRC2. Esto da como resultado la dimetilació n y
asociado con los complejos Polycomb PRC2 que cataliza
trimetilació n de la lisina 27 de la histona H3, la asociació n
la trimetilació n de la lisina 27 de la histona H3. Esto
de PRC1, la desmeti- lació n de la lisina 4 de la H3 y la
represió n de la transcripció n. Esto es similar al asocia con un complejo que contiene RNA polimerasa
reclutamiento de los complejos Polycomb por parte del dependiente de RNA, RDRC. Debido a que se generan
RNA Xist, excepto que el RNA Xist funciona en cis, muchos siRNA a partir del RNA doble hebra, esto produce
permaneciendo en asociació n con el cromosoma a partir un circuito de retroalimentació n positiva que incrementa
del cual es transcripto, mientras que HOTAIR lleva a la la asociació n de los complejos RITS con la
represió n de Polycomb en trans en ambas copias de otro heterocromatina centromé rica. El complejo RITS tambié n
cromosoma. se asocia con una histona H3 lisina 9 metiltransferasa. Los
marcadores metil histona H3 lisina 9 resultantes en la
cromatina centromé rica son sitios de unió n para las
Recientemente, la caracterizació n del DNA asociado con
proteı́nas HP1 de S. pombe y una histona desacetilasa
el marcador de la trimetilació n de la lisina 4 de la histona
(HDAC), que conduce a la condensació n de la regió n
H3 asociada con las regiones promotoras y la metilació n
centromé rica en la heterocromatina.
de la lisina 36 de la H3 aso- ciada con la elongació n de la
transcripció n por parte de Pol II, llevó al descubrimiento
de los RNA no codificantes de ≈1 600 de largo
transcriptos a partir de las regiones intergé nicas entre los
genes que codifican proteı́na que está n evolutivamente
conservados entre los mamı́feros. Esta conservació n de la
secuencia sugiere fuertemente que estos RNA no
codificantes tienen funciones importantes. Los ejemplos
de Xist, HOTAIR y otros dos ncRNA recientemente descu-
biertos que dirigen los mecanismos de represió n de
Polycomb hacia genes especı́ficos contribuyen a la
posibilidad de que muchos de é stos tambié n puedan ser
diana de la represió n Polycomb. En consecuencia, el

estudio de estos RNA no codificantes conservados es otra
á rea de intensa investigació n en la actualidad. FIGURA7-50 Modelo para la generación de la heterocromatina en los centrómeros de S. pombe mediante
los RNA no codificantes. Paso ( ): los transcriptos por Pol II de las secuencias repetidas no codificantes de proteı́nas
de los centró meros se transcriben a un nivel bajo. Paso ( ): el RNA naciente es unido por el complejo RITS mediante
apareamiento de bases del RNA de interferencia corto complementario (siRNA) asociado con la subunidad Ago 1
Las plantas y la levadura usan metilación del complejo RITS y la interacció n de la subunidad Chp1 con la histona H3 metilada sobre la lisina 9. Paso ( ) el
complejo RITS se asocia con el complejo RDRC, que incluye una RNA polimerasa dependiente de RNA que convierte
de las histonas y el DNA dirigida por RNA al transcripto de la Pol II de RNA naciente en un RNA doble hebra. Paso ( ): el RNA doble hebra es cortado por la
ribonucleasa Dicer especı́fica de doble hebra en fragmentos de doble hebra de ≈22 nucleó tidos con dos bases que

cortos cuelgan en el extremo 3 ́ de cada hebra. Paso ( ): una de las dos hebras de ≈22 nucleó tidos generadas es unida por
la subunidad Ago1 de un complejo RITS. Como los mú ltiples siRNA asociados con el complejo RITS son generados
a partir de cada transcripto Pol II, esto produce una retroalimentació n positiva que concentra los complejos RITS
en la regió n del centró mero. Paso ( ): el complejo RITS tambié n se asocia con una histona H3 lisina 9
metiltransferasa (H3K9), que metila la histona H3 en la regió n centromé rica. Esto genera un sitio de unió n para las
proteı́nas HP1 de S. pombe, ası́ como la subunidad Chp1 del complejo RITS. La unió n de HP1 condensa la regió n en
Los centró meros (Fig. 6-45c) de la levadura heterocromatina como se esquematiza en la Figura 6-35a. [Adaptado de D. Moazed, 2009, Nature, 457:413.]

Schizosaccharomyces pombe está n compuestos de


mú ltiples repeticiones de secuencia como lo está n en los
Inducción 5-metil C por los ncRNA en las plantas El
organismos multicelulares. El funcionamiento apropiado
modelo de planta Arabidopsis thaliana usa la metilació n
de estos centró meros durante la segregació n de los cro-
del DNA ampliamente para reprimir la transcripció n de
mosomas en la mitosis y la meiosis (Figs. 18-36, 5-10a,
los transposones y los retrotransposones (analizados en
19-38) re- quiere centró meros que formen la
el Cap. 6) y ciertos genes especı́ficos. Ademá s de la
heterocromatina. La formació n de la heterocromatina en
metilació n de C en la posició n 5 en la secuencia CG, las
los centró meros de S. pombe está dirigida por los RNA de
plantas tambié n metilan genes en CHG (donde H es
interferencia corta (siRNA, short interfering RNA),
cualquiera de los otros nucleó tidos) y CHH. Existe un
inicialmente descubiertos en C. elegans por sus funciones
grado de redundancia, pero la DNA metiltransferasa
en el ci- toplasma, donde dirigen la degradació n de los
MET1 lleva a cabo en gran medida la metilació n CpG y es
mRNA a los cuales se hibridan (Fig. 5-45 y analizado má s
funcionalmente similar a la DNMT1 en los animales
adelante en el Cap. 8). La RNA polimerasa II transcribe
multice- lulares. CMT3 (cromometilasa 3) metila CHG y
bajos niveles de los transcriptos no codificantes a partir
DRM2 es la principal metiltransferasa de CHH. La
de las repeticiones centromé ticas (cenRNA, Fig. 7-50).
metilació n de las secuencias CpG y CHG se mantienen con
Eb ste se convierte en RNA doble hebra mediante una RNA
la replicació n del DNA mediante MET1 y CMT3,
po- limerasa dependiente de RNA que se encuentra en las
respectivamente, por reconocimiento de la metil C en la
plantas y en muchos hongos (pero no en la levadura por
hebra parental del DNA recientemente sintetizado y la
gemació n S. cerevisiae, donde no aparece el sistema
metilació n de la hebra hija C, como se analizó
siRNA, y tampoco en los mamı́feros, donde no se produce
anteriormente para la DNMT1 humana. Sin embargo, uno
este mecanismo de represió n de la transcripció n). Los
de los cromosomas hijos de un sitio de metilació n CHH
RNA doble hebra largos resultantes son cortados por una
tiene una G sin modificar en la posició n complementaria
ribonucleasa especı́fica de RNA doble hebra llamada
a la C metilada y, por lo tanto, no porta modificació n del
Dicer, en fragmentos de 22 nucleó tidos con dos
DNA que pueda ser reconocida por la DRM2
nucleó tidos 3 ́que sobresalen. Una hebra de estos
metiltransferasa. En consecuencia, se debe mantener en
fragmentos Dicer es unida por un miembro de la familia
los si- tios de metilació n CHH por un mecanismo
de proteı́nas llamadas Argonaut que se asocian con los
alternativo.
siRNA en los mecanismos de represió n de la transcripció n
y la traducció n. La proteı́na Argonaut de S. pombe, Ago 1,
se asocia con otras dos proteı́nas para formar el complejo El gen FWA codifica un factor de transcripció n
RITS (del inglé s RNA-induced transcriptional silencing). homeodominio involucrado en la regulació n del tiempo
de floració n en respuesta a la temperatura, de manera tal
que las plantas no florezcan antes de los dı́as cá lidos de
El complejo RITS se asocia con las regiones centromé ticas
primavera. En A. thaliana de tipo silvestre, FWA se
mediante apareamiento de bases entre el siRNA asociado
encuentra reprimido por la metilació n de CHH de su
con su subunidad Ago1 y los transcritos nacientes a partir
regió n promotora. La falla para metilar el promotor FWA
de la regió n y las interacciones de su subunidad Chp1
produce un fenotipo fá cilmente reconocible de
(proteı́na 1 de cromodominio) que contiene un
florecimiento tardı́o, lo que permite el aislamiento de
cromodominio de unió n a metil lisina especı́fica para la
mutantes de A. thaliana en mú ltiples genes que fallan en
unió n de la histona H3 dimetil y trimetil lisina 9 asociada
metilar las secuencias CHH. Estos genes se han clonado
con la he- terocromatina. El complejo RITS tambié n se
por los mé todos descritos en el Capı́tulo 5, revelando un modificaciones postraduccionales se perpetú an con la
mecanismo complejo de metilació n del DNA dirigido por replicació n de los cromosomas debido a que las histonas
RNA que involucra a las RNA polimerasas IV y V metiladas se asocian de manera aleatoria con las
especı́ficas de plantas mencionadas anteriormente (Fig. molé culas de DNA hijas y con la histona H3 lisina 9
7-51) y a los siRNA nucleares especı́ficos de plantas que metiltransferasa que metila la lisina 9 de la histona 3 en
son de 24 nucleó tidos de largo. las histonas H3 recientemente sintetizadas en la hebra de
DNA hija.
El gen FWA tiene una duplicació n directa en su regió n
promotora, y se encuentran presentes mú ltiples copias de • Los complejos Polycomb mantienen la represió n de los
transposones en el genoma. Mediante un mecanismo aú n genes inicialmente reprimidos por represores de factores
no elucidado, la Pol IV es dirigida a transcribir DNA de transcripció n de unió n a secuencias especı́ficas
repetido sin importar cuá l es su secuencia. Una RNA expresados temprano durante la embriogé nesis. Una
polimerasa dependiente de RNA (RDR2) convierte el clase de complejos de represió n Polycomb, los complejos
transcripto simple hebra de la Pol IV en un RNA doble PRC2, se cree que se asocian con estos represores en las
hebra, que es cortado por las ribonucleasas Dicer, en cé lulas embrionarias tempranas, lo que da como
especial DCL3, en fragmentos doble hebra de 24 resultado la meti- lació n de la lisina 27 de la histona H3.
nucleó tidos con dos bases que sobresalen. Una he- bra de Esto crea sitios de unió n para las subunidades en el
estos fragmentos de RNA es unida por una proteı́na complejo PRC2 y los complejos tipo PRC1 que inhiben el
Argonauta (AGO4 o 6) en cuerpos densos en el nú cleo ensamblaje de los complejos de iniciació n Pol II o inhiben
llamados cuerpos de Cajal, despué s de que el bió logo la elongació n de la transcripció n. Debido a que los
españ ol los descubrió por primera vez al comienzo del octá meros de histona parental con H3 metilada en la
siglo veinte. El RNA simple hebra de 24 nucleó tidos en lisina 27 se distribuyen en ambas molé culas de DNA hijas
estos complejos Argonauta luego forman apareamiento a continuació n de la replicació n del DNA, los complejos
de bases con un transcripto naciente de DNA repetitivo PRC2 que se asocian con estos nucleosomas mantienen la
sintetizado por la Pol V. Eb sta dirige la DNA metilació n de la lisina 27 en la histona H3 por medio de la
metiltransferasa DRM2 a metilar las C en el DNA divisió n celular.
repetitivo. Al igual que en los metazoos, una histona
desacetilasa in- teractú a con las C metiladas, lo que lleva
• Los complejos Trithorax se oponen a la represió n de los
a la hipoacetilació n de los nucleosomas asociados con el
complejos Polycomb mediante la metilació n de la histona
DNA repetitivo y a la represió n de la transcripció n por
H3 en la lisina 4 y mantienen esta marca de activació n por
parte de la Pol II.
medio de la replicació n de los cromosomas.

• La inactivació n del cromosoma X en las hembras de


mamı́fero requieren un RNA no codificante, largo
(ncRNA) llamado Xist que se transcribe desde el centro de
inactivació n X y luego se disemina, mediante un
mecanismo que no se comprende bien, a lo largo del
mismo cromosoma. Xist es unido por el complejo PRC2 en
un esta- dio temprano de la embriogé nesis, iniciando la
inactivació n X que se mantiene a lo largo del resto de la
embriogé nesis y de la vida adulta.
FIGURA 7-51 Modelo del mecanismo de metilación del DNA en las C en las secuencias CHH en A. thaliana. La
RNA polimerasa IV especı́fica de plantas transcribe secuencias repetidas como los transposones y la regió n
proximal al promotor del gen FWA (DNA azul, con la regió n duplicada indicada por las flechas azules). La RNA • Tambié n se ha descubierto que los ncRNA largos llevan
polimerasa RDR2 dependiente de RNA convierte esto en RNA doble hebra, que es cortada por la enzima Dicer DCL3
en fragmentos de RNA doble hebra de 24 nucleó tidos con dos bases que sobresalen. Una hebra está unida por la a la represió n de los genes en trans, en oposició n a la
proteı́na Argonauta AGO4 o AGO6 y forma apareamientos de bases con los transcritos del DNA repetido transcripto
por la RNA polimerasa V especı́fica de plantas. Esto lleva a la metilació n de las C (M) mediante la DNA inactivació n cis impuesta por Xist. La represió n se inicia
metiltransferasa DRM2. Diversas otras proteı́nas que participan en este proceso elaborado está n representadas por
cı́rculos coloreados. En stas fueron identificadas debido a que mutaciones en ellas producen un fenotipo de por su interacció n con los complejos PRC2. Queda mucho
florecimiento tardı́o y no pueden metilar las C en la regió n promotora de FWA. [Adaptado de M. V. C. Greenberg y
cols., 2011, Epigenetics 6:344.] por aprender acerca de có mo son dirigidos a regiones
cromosó micas especı́ficas, pero el descubrimiento de
ncR- NA de ≈ 1 600 de largo conservados entre los
CONCEPTOS CLAVE de la Sección 7.7 mamı́feros aumenta la posibilidad de que é ste sea un
mecanismo ampliamente utilizado para la represió n.
Regulación epigenética de la transcripción
• En muchos hongos y plantas, las RNA polimerasas
• El té rmino control epigenético de la transcripció n se dependientes de RNA generan RNA de doble hebra a
refiere a la represió n o la activació n que se mantiene partir de los transcriptos nacientes de secuencia repetida.
despué s de que las cé lulas se replican como resultado de Los RNA de estos transcriptos nacientes son procesados
la metilació n del DNA o modificaciones postraduccionales por las ribonucleasas Dicer en siRNA de 22 a 24
de las histonas, en especial la metilació n de histonas. nucleó tidos unidos por las proteı́nas Argonauta. Estos
siRNA forman apareamiento de bases con los transcriptos
nacientes a partir de las secuencias de DNA repetidas e
• La metilació n de secuencias CpG en los promotores con inducen la metilació n de la lisina 9 de la histona H3 en las
islas CpG en los mamı́feros genera sitios de unió n para repeticiones centromé ricas en la levadura S. pombe, y la
una familia de proteı́nas de unió n a metil (MBT) que se metilació n del DNA en las plantas, lo que da como
asocian con histonas desacetilasas, lo que induce la resultado la formació n de heterocromatina
hipoacetilació n de las regiones promotoras y la represió n transcripcionalmente reprimida.
transcripcional.

• La histona H3 dimetilada o trimetilada en la lisina 9 crea


7.8 Otros sistemas de transcripción
sitios de unió n para la proteı́na asociada con la eucariontes
heterocromatina HP1, que produce la condensació n de la
cromatina y la represió n de la transcripció n. Estas
Concluimos este capı́tulo con una breve descripció n de la remodelació n de la cromatina llamado NoRC (“No” por
iniciació n de la transcripció n eucarionte por otras dos nuclé olo, el sitio de transcripció n de rRNA dentro del
RNA polimerasas nucleares eucariontes, Pol I y Pol III, y nú cleo). NoRC localiza un nucleosoma sobre el sitio de
por las diferentes polimerasas que transcriben el DNA inicio de la transcripció n de Pol I y bloquea el ensamblaje
mitocondrial y de los cloroplastos. Aunque estos siste- del complejo de preiniciació n. Tambié n interactú a con
mas, en particular sus regulaciones, son menos una DNA metiltransferasa que metila un CpG crucial en el
comprendidos que la transcripció n por parte de la RNA elemento de control corriente arriba e inhibe la unió n de
polimerasa II, son igualmente fundamentales en la vida de UBF, ası́ como las histonas metiltransferasas que
las cé lulas eucariontes. dimetilan y trimetilan la lisina 9 de la histona H3, creando
sitios de unió n para la HP1 heterocromá tica y las histonas
desacetilasas. Ademá s, un RNA no codificante de ≈250
La iniciación de la transcripción por Pol I y Pol nucleó tidos llamado pRNA (por promotor asociado)
III es análoga a la de la Pol II transcripto por la Pol I desde ≈ 2 kb corriente arriba de la
unidad de transcripció n rRNA (flecha roja en la Fig. 7-52)
La formació n de los complejos de iniciació n de la se une a una subunidad de NoRC y es necesario para el
transcripció n que involucran a Pol I y Pol III es similar en silenciamiento transcripcional. Se cree que pRNA dirige a
algunos aspectos al ensamblaje del complejo de iniciació n NoRC a las regiones promotoras de Pol I al formar un
de Pol II (vé ase la Fig. 7-17). Sin embargo, cada una de las triple RNA:DNA con la secuencia terminadora T0. Esto
tres RNA polimerasas nucleares eucariontes requiere de crea un sitio de unió n para la DNA metiltransferasa
sus propios factores de transcripció n generales DNMT3b que metila el CpG crucial en el elemento
especı́ficos de la polimerasa y reconocen diferentes promotor corriente arriba.
elementos de control. Ademá s, ni Pol I ni Pol III requieren
hidró lisis de ATP por una DNA helicasa para ayu- dar a
separar las hebras molde de DNA para iniciar la
transcripció n, mientras que Pol II sı́. La iniciació n de la
transcripció n por Pol I, que sintetiza los pre-rRNA, y por
Pol III, que sintetiza los tRNA, el rRNA 5S y otros RNA
estables, cortos (vé ase el Cuadro 7-2), está fuertemente
acoplada a la tasa de crecimiento y de proliferació n
celular.

Iniciación por Pol I Los elementos de regulació n que


dirigen la iniciació n de Pol I está n localizados de modo
similar en relació n con el sitio de inicio de la
transcripció n, tanto en la levadura como en los FIGURA 7-52 Transcripción del precursor de RNA del rRNA por la RNA polimerasa I. Arriba: microfotografı́a

mamı́feros. Un elemento central que abarca el sitio de electró nica de los complejos de RNA de proteı́na transcritos a partir de genes repetidos de rRNA. En la parte del
medio se esquematiza una unidad de transcripció n de la Pol I. Los potenciadores que estimulan la transcripció n de
inicio de la transcripció n desde −40 hasta +5 es esencial la Pol I desde un ú nico sitio de inicio de la transcripció n se representan por rectá ngulos azules. Los sitios de
terminació n de la transcripció n de Pol I (T0, T1-T10) unidos por el factor de terminació n especı́fico de Pol I TTF-1
para la transcripció n de Pol I. Un elemento de control se muestran como rectá ngulos rojos. pRNA indica la transcripció n del pRNA no codificante necesario para el
silenciamiento transcripcional. Las regiones del DNA mostradas en azul está n contenidas en el transcrito primario,
corriente arriba adicional que se extienden pero se eliminan y se degradan durante el procesamiento del rRNA. El elemento del promotor central y los
elementos de control corriente arriba se esquematizan abajo con la localizació n de la Pol I y se representan sus
aproximadamente −155 a −60 estimula 10 veces má s la factores de transcripció n generales UBF, SL1 y TIF-1A, ası́ como otras proteı́nas necesarias para la elongació n y el
control por parte de Pol I.
transcripció n in vitro por parte de Pol I. En los seres
humanos, el ensamblaje del complejo de preiniciació n de
Pol I (Fig. 7-52) se inicia por la unió n cooperativa de UBF Iniciación por Pol III A diferencia de los genes que
(factor de unió n corriente arriba) y SL1 (factor de codifican proteı́nas y los genes de pre-rRNA, las regiones
selectividad), un factor multisubunidad que contiene TBP promotoras de los tRNA y los genes rRNA 5S se
y cuatro factores asociados con TBP especı́ficos de Pol I encuentran completamente dentro de la secuencia
(TAFIs), a la regió n promotora de Pol I. Las subunidades transcripta (Fig. 7-53a, b). Dos de tales elementos
de TAFI interactú an directamente con subunidades promotores internos, llamados la caja A y la caja B, está n
especı́ficas de Pol I, dirigiendo su RNA polimerasa nuclear presentes en todos los genes tRNA. Estas secuencias
especı́fica al sitio de inicio de la transcripció n. TIF-1A, el altamente conservadas no solo funcionan como pro-
homó logo de mamı́fero de S. cerevisiae RRN3, es otro motores sino que tambié n codifican dos proteı́nas
factor necesario, ası́ como la proteı́na-cinasa nuclear invariantes de los tRNA eucariontes que son necesarias
abundante CK2 (caseı́na-cinasa 2), la actina nuclear, la para la sı́ntesis proteica. En los genes rRNA 5S, una ú nica
miosina nuclear, la proteı́na desacetilasa SIRT7 y la regió n de control interna, la caja C, actú a como un
topoisomersa I, que evita la formació n de promotor.
superenrollamientos de DNA (Fig. 4-8) durante la
transcripció n rá pida de Pol I de la unidad de transcripció n Tres factores de transcripció n generales son necesarios
de ≈ 14 kb. para que la Pol III inicie la transcripció n de los genes de
tRNA y rRNA 5S in vitro. Dos factores multimé ricos,
TFIIIC y TFIIIB, participan en la iniciació n tanto de los
La transcripció n del precursor de 14 kb de los rRNA 18S,
promotores de tRNA como de rRNA 5S; un tercer factor,
5,8S y 28S (vé ase el Cap. 8) está altamente regulada para
TFIIIA, es necesario para la iniciació n en los promotores
coordinar la sı́ntesis de ribosoma con el crecimiento y la
de rRNA 5S.
divisió n celular. Esto se logra por la regulació n de las
actividades de los factores de iniciació n de Pol I mediante
las modificaciones postraduccionales que incluyen la FIGURA 7-53 Elementos de control de la transcripción en genes transcriptos por la RNA polimerasa III. Tanto
los genes de tRNA (a) como de rRNA 5S (b) contienen elementos promotores internos (amarillo) localizados
fosforilació n y la acetilació n en sitios especı́ficos, el corriente abajo del sitio de inicio de la transcripció n y llamados cajas A, B y C, como se indica. El ensamblaje de
complejos de iniciació n de

control de la velocidad de la elongació n de Pol I y el la transcripció n de estos genes comienza con la unió n de los factores de transcripció n generales especı́ficos de Pol
III, TFIIIA, TFIIIB y TFIIIC a estos elementos de control. Las flechas verdes indican interacciones fuertes DNA-
proteı́na especı́fica de secuencia. Las flechas pú rpuras indican interacciones entre los factores de transcripció n
control de ≈ 300 genes rRNA humano que está n generales y Pol III. (c) La transcripció n del gen U6 snRNA en los mamı́feros está controlada por un promotor
corriente arriba con una caja TATA unida a la subunidad TBP de una forma especializada de TFIIIB con una
transcripcionalmente activos mediante mecanismos subunidad BRF alternativa y un elemento regulador corriente arriba llamado el PSE unido por un factor
multisubunidad llamado SNAPC. (De L. Schramm y N. Hernandez, 2002, Genes Dev. 16:2593.)
epigené ticos que ensamblan copias inactivas dentro de la
heterocromatina. El cambio entre las copias silenciosas
de la heterocromatina de los genes de rRNA y las activas
se logra por un complejo multisubunidad de
MAF1 es un inhibidor de la transcripció n de Pol III que
funciona mediante la interacció n con la subunidad BRF de
TFIIIB y Pol III. Su funció n es regulada por el control de su
importació n desde el citoplasma el interior del nú cleo
mediante fosforilaciones en sitios especı́ficos en
respuesta a cascadas de proteı́na-cinasa de traducció n de
señ ales que responden al estré s celular y a la falta de
nutrientes (vé anse los Caps. 16 y 24). En los mamı́feros, la
transcripció n de Pol III tambié n está reprimida por los
supresores de tumores cruciales p53 y la familia de retin-
oblastoma (RB). En los seres humanos existen dos genes
que codifican la subunidad RPC32. Uno de estos se
expresa especı́ficamente en las cé lulas que está n
replicando, y su expresió n forzada puede contribuir a la
transformació n oncogé nica de fibroblastos humanos
cultivados.

Los DNA de cloroplastos y mitocondrias se


transcriben mediante RNA polimerasas
específicas de orgánulo

Como se analizó en el Capı́tulo 6, las mitocondrias y los


cloroplastos probablemente evolucionaron a partir de las
eubacterias que fueron endocitadas en cé lulas
ancestrales que contenı́an un nú cleo eucarionte. En los
Al igual que con el ensamblaje de los complejos de eucariontes modernos, ambos orgá nulos contienen DNA
iniciació n de Pol I y Pol II, los factores de transcripció n distin- tos que codifican algunas de las proteı́nas
generales de Pol III se unen en el DNA promotor en una esenciales para sus funciones especı́ficas. Es interesante
secuencia definida. notar que las RNA polimerasas que transcriben DNA
mitocondrial (mt) y DNA de cloroplasto son similares a
La mitad N-terminal de una subunidad TFIIIB, llamada las polimerasas de las eubacterias y los bacterió fagos, lo
BRF (por factor relacionado con TFIIB, TFIIB-related que refleja sus orı́genes evolutivos.
factor), es similar en secuencia a TFIIB (un factor Pol II).
Esta similitud sugiere que BRF y TFIIB llevan a cabo una Transcripción mitocondrial La RNA polimerasa que
funció n similar en la iniciació n, es decir, asistir en la transcribe mtD-NA se codifica en el DNA nuclear. Despué s
separació n de las hebras de DNA molde en el sitio de de la sı́ntesis de la enzima en el citosol, es importada a la
inicio de la transcripció n (Fig. 7-19). Una vez que TFIIIB matriz mitocondrial mediante mecanismos descritos en
se ha unido al gen de tRNA o de rRNA 5S, Pol III se puede el Capı́tulo 13. Las RNA polimerasas mitocondriales de S.
unir e iniciar la transcripció n en presencia de cerevisiae y de la rana Xenopus laevis consisten en una
ribonucleó sidos trifosfato. La subunidad BRF de TFIIIB subuni- dad grande con actividad de polimerizació n de
interactú a especı́ficamente con una de las subunidades de ribonucleó tidos y una subunidad B pequeñ a (TFBM). En
la polimerasa ú nica con Pol III, que da cuenta de la los mamı́feros, otra proteı́na de la matriz, el factor de
iniciació n mediante esta polimerasa nuclear especı́fica. transcripció n mitocondrial A (TFAM), se une a los
promotores del mtDNA y es esencial para la iniciació n de
Otra de las tres subunidades que componen TFIIIB es la transcrip- ció n en los sitios de inicio usados en la cé lula.
TBP, que ahora se puede ver como un componente de un La subunidad grande de la RNA polimerasa mitocondrial
factor de transcripció n para las tres RNA polimerasas de levadura está evidentemente relacionada con las RNA
nucleares eucariontes. El hallazgo de que TBP participa en polimerasas monomé ricas del bacterió fago T7 y de
la iniciació n de la transcripció n por Pol I y Pol III fue bacterió fagos similares. Sin embargo, la enzima
sorprendente, puesto que los promotores reconocidos mitocondrial es funcionalmente distinta de la enzima de
por estas enzimas no suelen contener cajas TATA. No bacterió fago en su depen- dencia de otros dos
obstante, en el caso de la trans- cripció n de Pol III, la polipé ptidos para la transcripció n desde los sitios
subunidad TBP de TFIIIB interactú a con el DNA de adecuados de inicio.
manera similar a la forma en la que interactú a con las
cajas TATA. Las secuencias promotoras reconocidas por la RNA
polimerasa mitocondrial incluyen al sitio de inicio de la
Pol III tambié n transcribe genes para los RNA pequeñ os, transcripció n. Estas secuencias promotoras, que son ricas
estables con promotores corriente arriba que contienen en residuos A, se han caracterizado en el mtDNA de
una caja TATA. Un ejemplo es el snRNA U6 involucrado en levaduras, plantas y animales. El genoma mitocondrial
el corte y empalme del pre- mRNA, como se analizó en el circular humano contiene dos secuencias promotoras de
Capı́tulo 8. En los mamı́feros, este gen contiene un 15 pb, una para la transcripció n de cada hebra. Cada
elemento promotor corriente arriba llamado el PSE, hebra se transcribe por completo; los transcriptos
ademá s de la caja TATA (Fig. 7-53c), que es unido por el primarios largos luego son procesados por escisió n en los
complejo multi- subunidad llamado SNAPC, mientras que genes de tRNA que separa cada uno de los mRNA y los
la caja TATA es unida por la subunidad TBP de una forma rRNA mitocondriales. Un segundo promotor parece ser
especializada de TFIIIB que contiene una subunidad BRF responsable de la transcripció n de copias adicionales de
alternativa. los rRNA. Actualmente, se comprende poco acerca de
có mo se regula la transcripció n del genoma mitocondrial
de manera tal de coordinar la producció n de las pocas
proteı́nas mitocondriales que codifica con la sı́ntesis y la panorama de có mo el nú mero astronó mico de combi-
importació n de los miles de proteı́nas codificadas por el naciones posibles de estos factores de transcripció n
DNA nuclear que compren- den la mitocondria. puede generar la complejidad de control gé nico necesaria
para producir organismos tan notables como los que
vemos a nuestro alrededor. Pero queda mucho por
Transcripción de cloroplasto El DNA de cloroplasto se
comprender. Aunque tenemos algú n conocimiento acerca
transcribe por medio de dos tipos de RNA polimerasas,
de qué procesos activan un gen y cuá les lo reprimen,
una proteı́na multisubunidad similar a las RNA
conocemos poco acerca de có mo la frecuencia de
polimerasas bacterianas y una similar a las enzimas de
transcripció n es controlada con el fin de proporcionar a
subunidad ú nica de bacterió fagos y mitocondrias. Las
una cé lula las cantidades adecuadas de sus diversas
subunidades del centro de la enzima del tipo bacteriano,
proteı́nas. En un precursor de eritrocito, por ejemplo, los
y, h, h ́, y las subunidades h está n codificadas en el DNA
genes glo- bina se transcriben a una tasa mucho má s
de cloroplastos de las plantas superiores, mientras que
rá pida que los genes que codifican las enzimas del
seis factores ó similares a ó70 está n codificados en el DNA metabolismo intermediario (los llamados genes de
nuclear de las plantas superiores. Esto es otro ejemplo de mantenimiento). ¿Có mo se logran las grandes diferencias
la transferencia de genes de genomas organulares a los en la frecuencia de la iniciació n de la transcripció n de
genomas nucleares durante la evolució n. En este caso, los varios genes? ¿Qué sucede con las mú ltiples interacciones
genes que codifican los factores de iniciació n de la
entre los dominios de activació n, los complejos
transcripció n reguladores han sido transferidos al nú cleo,
coactivadores, los factores de transcripció n y la RNA
donde el control de su transcripció n por la RNA polimerasa II cuando la polimerasa inicia la transcripció n
polimerasa II nuclear probablemente controla de manera y ranscribe alejándose desde la región promotora? ¿Están
indirecta la expresió n de grupos de genes de cloroplastos. totalmen- te disociados en los promotores poco
La RNA polimerasa de cloroplasto similar a la bacteriana transcritos, de manera que la combinación de múltiples
se denomina polimerasa de plá stido debido a que su factores requeridos para la transcipción deben
centro catalı́tico está codificado por el genoma de reensamblarse desde cero para cada ronda de
cloroplasto. La mayorı́a de los genes de cloroplasto son transcripción? ¿Los complejos de activadores con sus
transcritos por estas enzimas y tienen regiones de control múltiples coactivadores permanecen ensamblados en los
en −35 y −10 similares a los promotores de las promotores en los cuales tiene lugar la reiniciación a
cianobacterias, a partir de las cuales evolucionaron. La velocidad elevada, de manera que todo el ensamblaje non
RNA polimerasa similar a la T7 de cloroplasto tambié n tenga que ser reconstruido cada vez que se inicia la
está codificada en el genoma nuclear de las plantas
polimerasa?
superiores. Eb sta transcribe un grupo diferente de genes
de cloroplastos. Curiosamente, incluye genes que
codifican subunidades de la polimerasa de plá stido Queda mucho por aprender acerca de la estructura de la
multisubunidad similar a la bacteriana. Resultados cromatina y de cómo esa estructura influye en la
recientes indican que la transcripció n por parte de la transcripción. ¿Qué compo- nentes adicionales además de
polimerasa multisubunidad está regulada por los factores HP1 y la histona metilada en la lisina 9 de la H3 son
sigma cuyas actividades está n reguladas por la luz y el necesarios para dirigir ciertas regiones de la cromatina
estré s metabó lico. para formar la heterocromatina, donde la transcripción
está reprimi- da? Precisamente, ¿cómo cambia la
estructura de la cromatina por los activadores y los
CONCEPTOS CLAVE de la Sección 7.8 represores, y cómo esto estimula o inhibe la trans-
cripción? Una vez que los complejos de remodelación de
Otros sistemas de transcripción eucariontes la cromatina y los complejos de acetilación se asocian con
una región promotora, ¿cómo permanecen asociados?
Los modelos actuales sugieren que ciertas subunidades
• El proceso de iniciació n de la transcripció n por Pol I y de estos complejos se asocian con colas de histo- nas
Pol III es similar al de la Pol II pero necesita diferentes modificadas, de manera tal que la combinación de unión
factores de transcripció n generales, es dirigido por a colas de histonas específicas modificadas más la
diferentes elementos promotores y no requiere de la modificación de las colas de histonas vecinas de la misma
hidró lisis de enlaces fosfodié stere g-u del ATP para forma da como resultado la retención del complejo de
separar las hebras de DNA en el sitio de inicio. modificación en la región promotora activada. En algunos
casos, este tipo de mecanismo de ensamblado provoca
• El DNA mitocondrial se transcribe mediante una RNA que los complejos se diseminen a lo largo una fibra de
polimerasa codificada en el nú cleo compuesta por dos cromatina. ¿Qué controla que tales complejos se
subunidades. Una subunidad es homó loga a la RNA dispersen y cuán lejos lleguen?
polimerasa monomé rica del bacterió fago T7; la otra se
asemeja a los factores ó bacterianos. Se ha descubierto que dominios de activación únicos
interactúan con diversos complejos coactivadores. ¿Son
• El DNA de cloroplastos se transcribe por una RNA estas transiciones transitorias, de manera tal que el
polimerasa codificada por el cloroplasto homó loga a la mismo dominio de activación puede interactuar con
RNA polimerasa bacteriana, con diversos factores varios coactivadores de manera secuencial? ¿Se requiere
un orden específico de interacción de coactivador? ¿De
ó alternativos codificados por el nú cleo y una ú nica
qué manera la interacción de los dominios de activación
subunidad de RNA polimerasa similar a la del
con el mediador estimula la transcripción? ¿Estas
bacterió fago T7.
interacciones simplemente estimulan el en- samblaje de
un complejo de preiniciación, o ellas también influyen en
Perspectivas para el futuro la velocidad a la cual la RNA polimerasa II inicia la
transcripción a partir de un complejo de iniciación
ensamblado?
Mucho se ha aprendido en los ú ltimos añ os acerca del
control de la transcripció n en eucariontes. Los genes que
codifican ≈ 2 000 activadores y represores se pueden La activación transcripcional es un proceso altamente
reconocer en el genoma humano. Ahora tenemos un cooperativo, de manera tal que los genes expresados en
un tipo específico de célula solo se expresan cuando el
grupo completo de los activadores que controlan ese gen
están expresados y activados. Como se mencio- nó
anteriormente, algunos factores de transcripción que
controlan la expresión del gen TTR en el hígado también
se expresan en las células intestinales y renales. Sin
embargo, el gen no se expresa en estos otros tejidos, ya
que su transcripción requieres dos factores de
transcripción adicionales expresados sólo en el hígado.
¿Qué mecanismos explican esta acción altamente
cooperativa de los factores de transcripción que es crucial
para la expresión de genes específicos del tipo de célula?

El descubrimiento de que los RNA no codificantes largos


pueden reprimir la transcripción de genes diana
específicos ha despertado un gran interés. ¿Éstos
reprimen siempre la transcripción al dirigir los complejos
Polycomb? ¿Pueden también los RNA no codificantes
largos activar la transcripción de genes diana específicos?
¿Cómo son dirigidos a genes específicos? Los ≈ 1 600 RNA
no codificantes largos que están conservados entre los
mamíferos, ¿realizan todas las funciones para regular la
transcripción de genes diana específicos, añadiendo
complejidad al control de la transcripción mediante
proteínas de unión a DNA de secuencia específica? La
investigación para responder estas preguntas será un
área apasionante de investigación en los próximos años.

Se necesitará un exhaustivo conocimiento del desarrollo


normal y de los procesos anómalos asociados con
enfermedades para responder éstos y muchos otros
interrogantes. A medida que se descubran conocimientos
adicionales de los principios de control de la
transcripción, es probable que surjan aplicaciones para
dichos conocimientos. Este entendimiento puede
permitir un control fino de la expresión de los genes
terapéuticos introducidos a través de vectores de terapia
génica a medida que se desarrollen. El conocimiento
detallado de las interac- ciones moleculares que regulan
la transcripción puede proporcionar nuevos blancos para
el desarrollo de fármacos terapéuticos que inhiban o
estimulen la expresión de genes específicos. Una
comprensión más completa del mecanismo de control de
la transcripción puede permitir mejorar la ingeniería de
cultivos con características deseables. Por cier- to,
posteriores avances en el área de control de la
transcripción contribuirán a satisfacer nuestra
compresión acerca de cómo se desarrollan y funcionan
organismos tan complejos como nosotros mismos.


Control génico postraduccional
En los capı́tulos anteriores hemos visto que la mayorı́a de celulares de muchos (si no todos) los mRNA son
los genes se regulan en el primer paso de la expresió n reguladas de modo tal que las proteı́nas recié n
gé nica, la transcripció n, al controlar el ensamblaje del sintetizadas se concentren en donde son necesarias.
complejo de preiniciació n de la transcripció n en una Ejemplos particularmente sorprendentes acerca de esto
secuencia de DNA promotora, ası́ como mediante la se producen en el sistema nervioso de los animales
regulació n del alargamiento de la transcripció n en la multicelulares. Algunas neuronas en el cerebro humano
regió n proximal al promotor. Una vez que se ha iniciado generan má s de 1 000 sinapsis separadas con otras
la transcripció n, la sı́ntesis del RNA codificado requiere neuronas. Durante el proceso de aprendizaje, las sinapsis
que la RNA polimerasa transcriba el gen completo y no que se encienden con má s frecuencia que otras aumentan
termine en forma prematura. Má s aú n, los transcritos en tamañ o muchas veces, mientras que otras sinapsis
primarios iniciales producidos a partir de los genes hechas por la misma neurona no lo hacen. Esto puede
eucariontes deben atravesar diversas reacciones de suceder debido a que los mRNA que codifican proteı́nas
procesamiento para generar los RNA funcionales cruciales para el alargamiento de la sinapsis se almacenan
correspondientes. Para los mRNA, se debe añ adir la en todas las sinapsis, pero la traducció n de estos mRNA
estructura 5 ́ cap necesaria para la traducció n (vé ase la localizados y almacenados está regulada en cada sinapsis
Fig. 4-14), los intrones se deben cortar y eliminar de los de manera independiente mediante la frecuencia a la cual
pre-mRNA (Cua- dro 8-1) y se debe poliadenilar el se inicia el desencadenamiento. De esta forma, la sı́ntesis
extremo 3 ́ (vé ase la Fig. 4-15). Una vez formados los de las proteı́nas asociadas con la sinapsis se puede
mRNA en el nú cleo, ya maduros y funcionales, estos son regular independientemente en cada una de las muchas
exportados al citoplasma como componentes de las sinapsis hechas por la misma neurona.
ribonucleoproteı́nas. Tanto el procesamiento como la
exportació n desde el nú cleo ofrecen la posibilidad de
Otro tipo de regulació n gé nica que recientemente ha
regulació n adicional de la expresió n gé nica despué s de la
salido a la luz involucra a los micro-RNA (miRNA), los
iniciació n de la transcripció n.
cuales regulan la estabilidad y la traducció n de los mRNA
diana especı́ficos en los animales multicelulares y en las
Recientemente, la gran cantidad de informació n de plantas. Los aná lisis de estos miRNA cortos en los
secuencia acerca de los mRNA humanos expresados en diversos tejidos humanos indican que existen ∼ 500
diferentes tejidos y en diversos momentos durante la miRNA expresados en los mú ltiples tipos de cé lulas
embriogé nesis y la diferenciació n celular, ha revelado que humanas. Aunque de manera reciente se ha descubierto
el ∼ 95% de los genes humanos surgen mediante el corte que algunos funcionan a travé s de la inhibició n de la
y empalme alternativo de los mRNA. Estos mRNA expresió n del gen diana en el tejido adecuado y en el
procesados de modo alternante codifican proteı́nas momento apropiado del desarrollo, se desconocen las
relacionadas, con diferencias en las secuencias limitadas funciones de la vasta mayorı́a de los miRNA humanos y
a los dominios funcionales especı́ficos. En muchos casos, por ende es un á rea de creciente investigació n. Si la
el corte y empalme alternativo del RNA está regulado mayorı́a de los miRNA efectivamente tienen funciones
para satisfacer la necesidad de una isoforma concreta de significativas, los genes de los miRNA constituyen un
la proteı́na, en un tipo celular especı́fico. Dada la subgrupo importante de los ∼ 25 000 genes humanos. Un
complejidad del proceso de corte y empalme del pre- proceso estrechamente relacionado, llamado
mRNA, no es sorprendente que ocasionalmente se interferencia por RNA (RNAi), conduce a la degradació n
produzcan errores, originando precursores de mRNA con de los RNA virales en las cé lulas infectadas y la
exones procesados de manera inapropiada. Sin embargo, degradació n de los RNA codificados por transposones en
las cé lulas eucariontes han desarrollado mecanismos de muchos eucariontes. Esto es de una enorme importancia
vigilancia que evitan el transporte de estos RNA para investigaciones bioló gicas debido a que es posible
incorrectamente procesados al citoplasma o llevan a su diseñ ar RNA de interferencia pequeño (siRNA), a fin de
degradació n si ellos son transportados. inhi- bir experimentalmente la traducció n de los mRNA
especı́ficos mediante un proceso llamado silenciamiento
génico por siRNA. Esto hace posible la inhibició n de la
En el citoplasma pueden ocurrir controles adicionales de
funció n de cualquier gen que se desee, incluso en
expresió n gé nica. En el caso de los genes que codifican
organismos que no son susceptibles a los mé todos
proteı́na, por ejemplo, la cantidad de proteı́na producida
gené ticos clá sicos para el aislamiento de mutantes.
depende de la estabilidad de los mRNA correspondientes
en el citoplasma y la velocidad de sus transducciones. Por
ejemplo, durante la respuesta inmunitaria, los linfocitos Nos referimos a todos los mecanismos que regulan la
se comunican secretando hormonas polipeptı́dicas expresió n gé nica a continuació n de la transcripció n como
llamadas citocinas, las cuales señ alan linfocitos vecinos a control génico postranscripcional (Fig. 8-1). Como la
travé s de los receptores que atraviesan sus membranas estabilidad y la velocidad de la traducció n de un RNA
plasmá ticas (Cap. 23). Es importante para los linfocitos contribuyen a la cantidad de proteı́na expresada a partir
sintetizar y secretar citocinas en estallidos breves. Esto es de un gen, estos procesos postranscripcionales son
posible debido a que los mRNA de las citocinas son componentes impor- tantes en el control génico. En
extremadamente inestables. En consecuencia, la efecto, el resultado proteico de un gen está regulado en
concentració n del mRNA en el citoplasma desciende cada paso en la vida de un mRNA desde la iniciació n de su
rá pidamente una vez que su sı́ntesis se detiene. Por el sı́ntesis hasta su degradació n. Por ende, los procesos
contrario, los mRNA que codifican proteı́nas requeridas gené ticos reguladores actú an sobre el RNA, ası́ como
en grandes cantidades y que funcionan por perı́odos sobre el DNA. En este capı́tulo, se considerará n los
largos de tiempo (tales como las proteı́nas ribosó micas) acontecimientos que se producen en el procesamiento de
son extremadamente estables, de manera tal que se un mRNA a continuació n de la iniciació n de la
transcriben muchos polipé ptidos de cada mRNA. transcripció n y de la elongació n proximal al promotor, y
los diversos mecanismos que se conoce que regulan estos
acontecimientos. En la ú ltima secció n, analizaremos
Ademá s de regular el procesamiento del pre-mRNA, la
brevemente el procesamiento de los transcritos
exportació n nuclear y la traducció n, las localizaciones
primarios producidos a partir de los genes que codifican El 5 ́ cap y la cola 3 ́ poli(A) distinguen a las molé culas de
los rRNA y los tRNA. pre-mRNA de muchas otras clases de RNA en el nú cleo.
Las molé culas de pre-mRNA (vé ase el Cuadro 8-1) está n
unidas a las proteı́nas nucleares que funcionan en la
exportació n del mRNA al citoplasma. Despué s de que los
mRNA son exportados al citoplasma, estos se unen a un
grupo de proteı́nas citoplasmá ticas que estimulan la
traducció n y son crı́ticas para la estabilidad del mRNA en
el citoplasma. Antes de la exportació n nuclear se deben
eliminar los intrones para generar la correcta regió n de
codificació n del mRNA. En los eucariontes superiores,
incluyendo a los seres humanos, el proceso de corte y
empalme alternativo está regulado de modo intrincado
con el fin de sustituir diferentes dominios funcionales en
proteı́nas, produciendo una expansió n considerable del
proteoma de estos organismos.

Los acontecimientos del procesamiento de pre-mRNA en


la formació n del casquete, el corte y el empalme, ası́ como
la poliadenilació n, se producen en el nú cleo a medida que
el precursor de mRNA está siendo transcrito. Por lo tanto,
el procesamiento de pre-mRNA es cotranscripcional. Al
tiempo que el RNA emerge desde la superficie de la RNA
polimerasa II, su extremo 5 ́ es modificado de manera
inmediata por la adició n de la estructura 5 ́ cap que se
encuentra en todos los mRNA (vé ase la Fig. 4-14). A
medida que el pre-mRNA naciente continú a emergiendo
desde la superficie de la polimerasa, se une
inmediatamente a miembros de un grupo complejo de
proteı́nas de unió n al RNA que asisten en el corte y
empalme del RNA y en la exportació n del mRNA
totalmente procesado a travé s de los complejos del poro
nuclear hasta el citoplasma. Algunas de estas proteı́nas
permanecen asociadas con el mRNA en el citoplasma,
pero la mayorı́a permanece en el nú cleo o es transportada
de regreso poco tiempo despué s de que el mRNA es
exportado al citoplasma. Las proteı́nas de unió n al RNA
citoplasmá tico son intercambiadas por las nucleares. En
consecuencia, los mRNA nunca se producen como
molé culas de RNA libres en la cé lula, sino que siempre
está n asociados con proteı́nas como los complejos de
ribonucleoproteína (RNP), primero a medida que a los
pre- mRNA nacientes se les coloca la caperuza 5 ́ y cuando
son procesados al tiempo que son transcritos. Luego, a
continuació n de la escisió n y la poliadenilació n, se
denominan como mRNP nucleares. Siguiendo el
intercambio de proteı́nas que acompañ an la exportació n
FIGURA 8-1 Panorama general del procesamiento del RNA y el control génico postranscripcional. Casi todos
al citoplasma, se denominan mRNP citoplasmáticos. A
los RNA citoplasmá ticos son procesados a partir de los transcritos primarios en el nú cleo antes de que sean
exportados al citoplasma. Para los genes que codifican proteı́nas transcritos por la RNA polimerasa II, el control
pesar de que con frecuencia se denominan pre-mRNA y
gé nico puede ser ejercido a travé s de: elecció n de los exones durante el procesamiento del pre-mRNA y la elecció n
de los sitios poli(A) alternativos. Los mRNA procesados de manera inapropiada tienen bloqueada la exportació n al
mRNA, es importante recordar que siempre está n
citoplasma y son degradados por un gran complejo denominado exosoma, que contiene mú ltiples ribonucleasas.
Una vez exportados al citoplasma, los factores de iniciació n de la traducció n se unen de manera cooperativa a la
asociados con proteı́nas formando complejos RNP.
caperuza 5 ́ del mRNA con proteı́nas de unió n a poli(A) I unidas a la cola de poli(A) e inician la traducció n (vé ase la
Fig. 4-28). El mRNA es degradado en el citoplasma por desadenilació n y eliminació n de la caperuza, seguido por la
degradació n por los exosomas citoplasmá ticos. La velocidad de degradació n de cada mRNA está controlada
y, por lo tanto, regula la concentració n del mRNA y consecuentemente, la cantidad de proteı́na traducida. Algunos
mRNA son sintetizados sin largas colas de poli(A). Su traducció n está regulada por el control de la sı́ntesis de una
cola de poli(A) larga por una poli(A) polimerasa citoplasmá tica. La traducció n tambié n está regulada por otros
mecanismos que incluyen los miRNA. Cuando se expresan, estos RNA de 22 nucleó tidos inhiben la traducció n de

los mRNA a los cuales se hibridan, en general en la regió n 3 ́ no traducida. Los tRNA y los rRNA tambié n son
sintetizados como precursores de RNA que deben ser procesados antes de que sean funcionales. Las regiones de
los precursores cor- tados a partir de los RNA maduros son degradadas por los exosomas nucleares.

8.1 Procesamiento del pre-mRNA


eucarionte

En esta secció n, describiremos con mayor detalle có mo


las cé lulas eucariontes convierten al transcrito primario
inicial sintetizado por la RNA polimerasa II, en un mRNA FIGURA 8-2 Panorama general del procesamiento en los eucariontes. Corto tiempo despué s de que la RNA
funcional. Tres acontecimientos principales se producen polimerasa II inicia la transcripció n en el primer nucleó tido del primer exó n de un gen, se añ ade la caperuza al
extremo 5 ́ del RNA naciente con 7-metilguanilato (paso ). La transcripció n por la RNA polimerasa II termina en
durante el proceso: formación de la caperuza 5 ́, cualquiera de uno de los mú ltiples sitios de terminació n en direcció n 3 ́ desde el sitio de poli(A), que está localizado
en el extremo 3 ́ del exó n final. Despué s de que el transcrito primario es cortado en el sitio poli(A) (paso), se añ ade
corte/poliadenilación 3 ́ y corte y empalme del RNA (Fig. 8- una cadena de residuos de adenosina (A) (paso ). La cola de poli(A) contiene ∼ 250 residuos A en los mamı́feros,
∼ 150 en los insectos y ∼ 100 en las levaduras. Para los transcritos primarios cortos con pocos intrones, el proceso
2). La adició n de estas modificaciones especı́ficas a los de corte y empalme (paso ) suele seguir al corte y a la poliadenilació n, como se muestra. Para los genes grandes con
mú ltiples intrones, los intrones suelen ser eliminados del RNA naciente du- rante su transcripció n, es decir, antes
extremos 5 ́ y 3 ́ del pre-mRNA es importante, a fin de de que la transcripció n del gen se haya completado. Nó tese que el casquete 5 ́ y la secuencia adyacente a la cola de
poli(A) son retenidos en los mRNA maduros
protegerlo de las enzimas que digieren rá pidamente los
RNA sin caperuza generados por el procesamiento del
RNA, tales como los intrones eliminados y el RNA
transcrito en direcció n 3 ́ desde el sitio de poliadenilació n.
La caperuza 5 ́ se añade a los RNA nacientes
poco tiempo después de la iniciación de la
transcripción

A medida que emerge el transcrito de RNA del canal para


el RNA de la RNA polimerasa II y alcanza una longitud de
∼ 25 nucleó tidos, se añ ade una caperuza de protecció n de
7-metilguanosina y ribosas metiladas en el extremo 5 ́ de
los mRNA eucariontes (vé ase la Fig. 4-14). El 5 ́ cap marca
a las molé culas de RNA como precursores de mRNA y las
protege de las enzimas que digieren RNA (5 ́-
exorribonucleasas) en el nú cleo y el citoplasma. Este paso
inicial en el procesamiento del RNA está catalizado por
una enzima dimé rica formadora de la caperuza, que se
asocia con el dominio carboxilo terminal (CTD)
fosforilado de la RNA polimerasa II. Cabe recordar que el
CTD es fosforilado por el factor de transcripció n general
TFIIH en mú ltiples serinas en la posició n 5 en la
repetició n heptapé ptido del CTD durante la iniciació n de
la transcripció n (vé ase la Fig. 7-17). La unió n de los CTD
fosforilados estimula la actividad formadora de la
caperuza de las enzimas, de ma- nera tal que se centran
en los RNA que contienen un 5 ́-trifosfato que emerge de
la RNA polimerasa II y no sobre los RNA transcritos por la
RNA polimerasa I o III, los cuales no tienen un CTD. Esto
es importante debido a que la sı́ntesis de pre-mRNA
representa solo el ∼ 80% del RNA total sintetizado en las
cé lulas replicativas. Alrededor del 20% es RNA
prerribosó mico el cual es transcrito por la RNA
polimerasa I, el rRNA 5S y los tRNA, ası́ como por otros
RNA pequeñ os estables que son transcritos por la RNA
polimerasa III. Los dos mecanismos de: (1) unió n de la FIGURA 8-3 Síntesis del casquete 5 ́ en los mRNA eucariontes. El extremo 5 ́ de un RNA naciente contiene un 5 ́
trifosfato a partir del NTP iniciador. El fosfato y es eliminado en el primer paso de la formació n del casquete,
enzima formadora de casquete al iniciado por la RNA mientras que los fosfato a y b restantes (anaranjado) permanecen asociados con el cas- quete. El tercer fosfato del
enlace 5 ́,5 ́-trifosfato deriva del α-fosfato a del GTP que dona la guanina. El metil donante para la metilació n de la
polimerasa II, especı́ficamente a travé s de su ú nico CTD guanina del cap y la primera de las dos ribosas del mRNA es S-adenosilmetionina (S-Ado-Met).

fosforilado y (2) la activació n de la enzima formadora del


casquete mediante el CTD fosforilado, dan como
Un grupo diverso de proteínas con dominios
resultado la formació n de casquetes en los RNA
especı́ficamente transcritos por la RNA polimerasa II. de unión al RNA conservados se asocian
con los pre-mRNA
Una subunidad de la enzima formadora del casquete
elimina el fosfato t del extremo 5 ́ del RNA naciente (Fig. Como se mencionó anteriormente, ni los transcritos de
8-3). Otro dominio de la subunidad transfiere el resto RNA nacientes de genes que codifican proteı́nas ni los
GMP del GTP al 5 ́-difosfato del transcrito naciente, intermediarios del procesamiento de mRNA,
creando la estructura inusual de guanosina 5 ́-5 ́- colectivamente llamados como pre-mRNA, existen como
trifosfato. En los pasos finales, enzimas separadas molé culas en el nú cleo de las cé lulas eucariontes. A partir
transfieren grupos metilos desde la S-adenosilmetionina del momento en que los transcritos nacientes emergen
a la posició n N7 de la guanina y uno o dos oxı́genos 2 ́ de por primera vez de la RNA polimerasa II hasta que los
las ribosas en el extremo 5 ́ del RNA naciente. mRNA maduros son transportados al citoplasma, las
molé culas de RNA está n asociadas con un grupo
abundante de proteı́nas nucleares. Estas son los
Existe considerable evidencia que indica que la formació n principales componentes proteicos de las partículas de
del casquete del transcrito naciente está acoplada a la ribonucleoproteína heterogéneas (hnR- NP), que
elongació n por la RNA polimerasa II, de manera tal que a contienen al RNA heterogéneo nuclear (hnRNP), un
todos sus transcritos se les coloca casquete durante la té rmino colectivo referente al pre-mRNA y a otros RNA
primera fase de la elongació n. Como se analizó en el nucleares de diversos tamañ os. Estas proteı́nas hnRNP
Capı́tulo 7, en los metazoos, durante la fase inicial de la contribuyen con los siguientes pasos en el procesamiento
transcripció n de la polimerasa se alarga el transcrito del RNA, incluyendo el corte y empalme, la
naciente muy lentamente, debido a la asociació n de NELF poliadenilació n y la exportació n a travé s del complejo del
(factor de elongació n negativo) con la RNA polimerasa II poro nuclear hasta el citoplasma.
en la regió n proximal al promotor (vé ase la Fig. 7-20). Una
vez que el extremo 5 ́ del RNA naciente tiene casquete, la
fosforilació n del CTD en la posició n 2 de la repetició n Los investigadores identificaron las proteı́nas hnRNP al
heptapé ptido de la RNA polimerasa y del NELF y DSIF por exponer primero cé lulas cultivadas a altas dosis de
parte de la proteincinasa CDK9-ciclina T, causa la irradiació n con UV, lo cual causa el entrecruzamiento de
liberació n del NELF. Esto permite que la RNA polimerasa enlaces covalentes entre las bases de RNA y proteı́nas
II entre en un modo rá pido de elongació n que transcribe estrechamente asociadas. La cromatografı́a de los
rá pidamente alejá ndose del promotor. El efecto neto de extractos nucleares de las cé lulas tratadas en una
este mecanismo es que la polimerasa espera que se le columna de celulosa con oligodT, que une a los RNA con
coloque el casquete al RNA naciente antes de alargar a una cola de poli(A), se utilizó para recuperar las proteı́nas
una velocidad rá pida. que se han entrecruzado con el RNA nuclear
poliadenilado. El tratamiento subsecuente de los
extractos celulares (a partir de cé lulas no irradiadas) con
anticuerpos monoclonales especı́ficos para las
principales proteı́nas identificadas por esta té cnica de Los aná lisis estructurales demostraron que el dominio
entrecruzamiento, reveló un complejo grupo de proteı́nas RRM consiste en una lá mina b de cuatro hebras
hnRNP abundantes que varı́an en tamañ o desde ∼ 30 flanqueada en un lado por dos hé lices a. Para interactuar
hasta ∼ 120 kDa. con el fosfato cargado negativamente del RNA, la lá mina
forma una superficie cargada positivamente. Las
secuencias conservadas RNP1 y RNP2 se encuentran a
cada lado de las dos hebras b centrales, y sus cadenas
laterales hacen mú ltiples contactos con una regió n de
RNA de una hé lice que se encuentra a travé s de la
superficie de la lá mina b (Fig. 8-5).
FIGURA 8-4 La proteína hnRNP A1 puede alternar adentro y afuera del citoplasma, pero la proteína hnRNP
C no. Las cé lulas cultivadas HeLa y las cé lulas de Xenopus se fusionaron mediante tratamiento con polietilenglicol,
produciendo heterocariontes que contienen nú cleos de cada tipo de cé lula. Las cé lulas hı́bridas se trataron con El motivo KH de 45 residuos se encuentra en las proteı́nas
cicloheximida inmediatamente despué s de la fusió n a fin de evitar la sı́ntesis de proteı́na. Despué s de 2 horas, las
cé lulas se fijaron y se tiñ eron con anticuerpos marcados con fluorescencia, especı́ficos para las proteı́nas humanas K hnR- NP y en varias otras proteı́nas de unió n al RNA. La
hnRNP C y A1. Estos anticuerpos no se unen a las proteı́nas homó logas de Xenopus. (a) Una preparació n fijada,
visualizada mediante microscopia por contraste de fase, incluye a las cé lulas HeLa fusiona- das (cabeza de flecha) estructura tridi- mensional de los dominios KH
y a las cé lulas de Xenopus (flecha de puntos), ası́ como tambié n a los heterocariontes fusionados (flechas só lidas).
En el heterocarionte en esta microfotografı́a, el nú cleo de la cé lula HeLa redondo se encuentra a la visualizó representativos es similar a la de los dominios RRM pero
mediante microscopia por fluorescencia, la proteı́na hnRNP C teñ ida apareció verde y la proteı́na A1 roja. Nó tese
que la cé lula de Xenopus no fusio- nada a la izquierda no está teñ ida, confirmando que los anticuerpos son espe- má s pequeñ a, consistiendo en una lá mina b de tres
cı́ficos para las proteı́nas humanas. En los heterocariontes, la proteı́na hnRNP C aparece solo en el nú cleo de la
cé lula HeLa (b), mientras que la proteı́na A1 aparece tanto en el nú cleo de la cé lula HeLa como en el nú cleo de hebras flanqueada a un lado por dos hé lices a. No
Xenopus (c). Dado que la sı́ntesis de proteı́na se bloqueó despué s de la fusió n de las cé lulas, algunas de las proteı́nas
hnRNP A1 humanas deben haber dejado el nú cleo de la cé lula HeLa y se movieron a travé s del citoplasma, entrando obstante, el dominio KH interactú a con el RNA de manera
luego al nú cleo de la cé lula de Xenopus en el heterocarionte.
muy diferente al dominio RRM. El RNA se une al dominio
KH mediante interacció n con la superficie hidró foba
Al igual que los factores de transcripció n, la mayorı́a de constituida por las hé lices a y una lá mina b. La caja RGG,
las proteı́nas hnRNP tienen una estructura modular. otro motivo de unió n al RNA que se encuentra en las
Contienen uno o má s dominios de unión al RNA y al menos proteı́nas hnRNP, contiene cinco repeticiones Arg-Gly-Gly
uno de los otros dominios que interactú an con otras (RGG) con diversos aminoá - cidos aromá ticos
proteı́nas. Se han identificado diferentes motivos de intercalados. Aunque todavı́a no se ha determinado la
unió n al RNA creando proteı́nas hnRNP con secuencias estructura de este motivo, su naturaleza rica en arginina
aminoacı́dicas perdidas y se ha evaluado su capacidad de es similar a la de los dominios de unió n al RNA de la
unió n al RNA. proteı́na Tat del HIV. Los dominios KH y las repeticiones
RGG suelen estar diseminados en dos o má s grupos, en
Funciones de las proteínas hnRNP La asociació n de una ú nica proteı́na de unió n al RNA.
pre-mRNA con proteı́nas hnRNP evita que los pre-mRNA
formen estructura secundarias cortas dependientes del
apareamiento de bases de regiones com- plementarias,
tornando accesibles de esta forma a los pre-mRNA para la
interacció n con otras proteı́nas o molé culas de RNA. Los
pre-mRNA asociados con las proteı́nas hnRNP presentan
un sustrato má s uniforme para los subsiguientes pasos de
procesamiento que si estuviesen libres (pre-mRNA no
unidos), en los cuales cada mRNA forma una ú nica
estructura secundaria debido a su secuencia especı́fica.

FIGURA 8-5 Estructura del dominio RRM y su interacción con el RNA.


Los estudios de unió n con las proteı́nas hnRNP (a) Diagrama del dominio RRM que muestra las dos hé lices a (verde) y cuatro hojas b (rojo) que caracterizan a
este motivo. Las regiones conservadas RNP1 y RNP2 se localizan en las dos hojas bcentrales. (b) Representació n
purificadas indican que diferentes proteı́nas se asocian superficial de dos dominios RRM en la proteı́na Sex-lethal (Sxl) de Drosophila, que se unen a una secuencia de
nueve bases en el pre-mRNA de transformer (se trata del nombre de un gen) (amarillo). Los dos RRM está n
con distintas regiones de una molé cula de pre-mRNA orientados como las dos partes de un par abierto de castañ uelas, con la hoja b del RRM1 orientada hacia arriba y

recié n sintetizada. Por ejemplo, las proteı́nas hnRNP A1, la hoja b del RRM2 orientada hacia abajo. Las regiones cargadas positivamente en la proteı́na Sxl se muestran
como sombras en azul; las regiones cargadas negativamente, en sombras en rojo. El pre-mRNA se une a las

C y D se unen preferentemente a las secuencias ricas en superficies de las hojas b cargadas positivamente, haciendo el mayor contacto con las regiones RNP1 y RNP2 de
cada RRM. (c) Sorprendentemente la orienta- ció n diferente de los dominios RRM en una hnRNP diferente, el
pirimidina en los extremos 3 ́ de los intrones (vé ase la Fig. segmento de polipirimidina de unió n a proteı́na (PTB), ilustra que los RRM está n orientados en diferentes
posiciones relativas en diferentes hnRNP; los colores son como en (b). El RNA de polipirimidina [p(Y)] de una
8-7). Algunas proteı́nas hnRNP interactú an con la hé lice se une con las hojas b hacia arriba (RRM3) y hacia abajo (RRM4). El RNA se muestra en amarillo, (Parte [a]
adap- tado de K. Nagai y cols., 1995 Trends Biochem. Sci. 20:235. Parte [b] despué s N. Harada y cols., 1999, Nature
secuencia RNA que especifica el corte y empalme del RNA 398:579. Parte [c] despué s F. C. Oberstrass y cols., 2006 Science 309:2054.)

o el corte/poliadenilació n y contribuyen al
reconocimiento de la estructura por parte de los factores El proceso de corte y empalme se produce en
de procesamiento del RNA. Finalmente, los experimentos secuencias cortas, conservadas en los pre-
de fusió n de cé lulas han demostrado que algunas
mRNA a través de dos reacciones de
proteı́nas hnRNP permanecen localizadas en el nú cleo,
mientras que otras alternan entre adentro y afuera del
transesterificación
citoplasma, lo cual sugiere que funcionan en el transporte
de mRNA (Fig. 8-4). Durante la formació n de un mRNA maduro, funcional, se
eliminan los intrones y se unen los exones. Para las
unidades de transcripció n cortas, el proceso de corte y
Motivos de unión al RNA conservados El motivo de
reconocimiento al RNA (RPM), tambié n llamado motivo empalme del RNA en general es seguido por el corte y la
RNP y dominio de unió n al RNA (RBD), es el dominio de poliadenilació n del extremo 3 ́ del transcrito primario,
unió n al RNA en las proteı́nas hnRNP. Este dominio de como se describe en la Figura 8-2. Sin embargo, para las
unidades de transcripció n largas que contienen mú ltiples
∼ 80 residuos, que se produce en muchas otras proteı́-
exones, el corte y empalme de los exones en el RNA
nas de unió n al RNA, contiene dos secuencias altamente
naciente comienza antes de que se complete la
conservadas (RNP1 y RNP2) que se encuentran en otros
transcripció n del gen.
organismos que van desde las levaduras hasta los seres
humanos, lo cual indica que al igual que muchos dominios
de unió n al DNA, ellos se desarrollaron temprano en la Los investigadores pioneros en el procesamiento nuclear
evolució n eucarionte. de los mRNA, revelaron que los mRNA inicialmente se
transcriben como molé culas de RNA mucho má s largas
que los mRNA ya maduros en el citoplasma. Tambié n se
demostró que las secuencias cerca del 5 ́ cap añ adidas
FIGURA EXPERIMENTAL 8-6 La microscopia electrónica de híbridos de DNA molde-mRNA de- muestra que
poco tiempo despué s de la iniciació n de la transcripció n los intrones son eliminados durante el proceso de corte y empalme del pre-mRNA. (a) Diagrama del
fragmento de EcoRI A del adenovirus de DNA, que se extiende desde el extremo izquierdo del genoma hasta antes
son retenidas en el mRNA maduro y que las secuencias de del exó n del extremo final del gen hexó n. El gen consiste en tres exones cortos y uno largo (∼ 3,5 kb) separados por

RNA cerca del extremo poliadenilado de los tres intrones de ∼ 1, 2,5 y 9 kb. (b) Microfotografı́a electró nica (izquierda) y dibujo es- quemá tico (derecha) de un
hı́brido entre un fragmento de DNA EcoRI y un mRNA de hexó n. Los lazos marcados como A, B, y C corresponden a
intermediarios del procesamiento del mRNA en los los intrones indicados en (a). Puesto que estas secuencias intró nicas en el DNA ge- nó mico viral no está n presentes
en el mRNA maduro de hexó n, forman un lazo hacia afuera entre las secuencias exó nicas que se hibridan con sus

hnRNA son retenidos en el mRNA maduro en el secuencias complementarias en el mRNA.

citoplasma. La solució n a este aparente acertijo provino


del descubrimiento mediante microscopia electró nica de
los intrones de los hı́bridos RNA-DNA del DNA de
adenovirus y el mRNA que codifica hexó n, una proteı́na
importante de la cá pside del virió n (Fig. 8-6). Otros
estudios revelaron que los RNA virales nucleares que
eran colineales con el DNA viral (los transcritos FIGURA 8-7 Secuencia consenso alrededor de los sitios de corte y empalme en los pre-mRNA de
vertebrados. Las ú nicas bases casi invariables son las 5 ́ GU y la 3 ́ AG del intró n (azul), aunque las bases
primarios) y los RNA con uno o dos de los intrones flanqueadas indicadas se encuentran a frecuencias má s elevadas de lo esperado sobre la base de una distribució n
aleatoria. En la mayorı́a de los casos se encuentra una regió n rica en pirimidinas (rayada) cerca del extremo 3 ́ del
eliminados (intermediarios del procesamiento). Esto da intró n. La adenosina del punto de ramificació n, tambié n invariable, suele estar de 20-50 bases desde el sitio de
corte y empalme 3 ́. La regió n central del intró n, que puede variar desde 40 bases hasta 50 kilobases en longitud,
como resultado, junto con los hallazgos má s tempranos, en general es innecesaria para que se produzca el corte y empalme

de que la caperuza 5 ́ y la cola de poli(A) 3 ́ en cada


extremo de los precursores largos del mRNA son Durante el proceso de corte y empalme, los
retenidos en los mRNA citoplasmá ticos, má s cortos y snRNA forman apareamientos de bases con el
maduros, lo que permitió comprender que los intrones pre-mRNA
son eliminados de los transcritos primarios y los exones
son unidos.
El proceso de corte y empalme del RNA requiere la
presencia de los RNA nucleares pequeños (snRNA),
La localizació n de los sitios de corte y empalme, es decir,
importantes para el apareamiento de bases con el pre-
de las uniones exó n-intró n en un pre-mRNA se puede
mRNA y ∼ 170 proteı́nas asociadas. Cinco snRNA ricos en
determinar al comparar la secuencia del DNA genó mico
U, designados U1, U2, U4, U5 y U6 participan en el proceso
con la del cDNA preparado a partir del correspondiente
de corte y empalme del pre-mRNA. Variando en longitud
mRNA (vé ase la Fig. 5-15). Las secuencias que está n
desde 107-210 nucleó tidos, estos snRNA se asocian con
presentes en el DNA genó mico, pero ausentes en el cDNA,
6-10 proteı́nas cada una en las muchas partı́culas de
representan los intrones e indican las posiciones de los
ribonucleoproteı́na nucleares pequeñ as (snRNP) en los
sitios de corte y empalme. El aná lisis de un gran nú mero
nú cleos de las cé lulas eucariontes.
de mRNA diferentes reveló secuencias cortas consenso,
moderadamente conservadas en los sitos de corte y
empalme, que flanquean a los intrones en los pre-mRNA La evidencia definitiva para el papel que cumplen el
eucariontes; una regió n rica en pirimidina justo en la snRNA U1 en el corte y empalme provino de
direcció n 5 ́ del sitio de corte 3 ́ tambié n es comú n (Fig. 8- experimentos que indicaban que el apareamiento de
7). Estudios de genes mutantes con deleciones bases entre el sitio de corte y empalme 5 ́ de un pre-mRNA
introducidas en los intrones, han demostrado que mucha y la regió n 5 ́ del snRNA U1, es necesaria para el corte y
de la porció n central de los intrones se puede eliminar sin empalme del RNA (Fig. 8-9a). En experimentos in vitro se
afectar el proceso de corte y empalme; en general, solo demostró que un oligonucleó tido sinté tico que se hibrida
son necesarios 30-40 nucleó tidos en cada extremo de un con la regió n del extremo 5 ́ del snRNA U1 bloquea el
intró n para que se produzca el corte y empalme a corte y empalme del RNA. Los experimentos in vivo
velocidades normales. demostraron que las mutaciones que interrumpen el
apareamiento de bases en el sitio de corte 5 ́ del pre-
mRNA tambié n bloquean el proceso de corte y empalme
Los aná lisis de los intermediarios formados durante el
del RNA; en este caso, sin embargo, el proceso puede ser
procesamiento de los pre-mRNA in vitro llevan al
restaurado mediante la expresió n de un snRNA U1
descubrimiento de que el proceso de corte y empalme de
mutante con una transformació n compensatoria que
los exones se produce a travé s de dos reacciones de
restaura el apareamiento de bases del sitio de corte y
transesterificación secuenciales (Fig. 8-8). Los intrones
empalme 5 ́ del pre-mRNA mutante (Fig. 8-9b). La
son eliminados como una estructura de lazo, en la cual la
implicació n del snRNA U2 en el corte y empalme se
5 ́ G del intró n es unida con un residuo en un enlace
sospechó inicialmente cuando se encontró que tiene una
inusual 2 ́-5 ́-fosfodié ster a una adenosina cerca del
secuencia interna muy complementaria a la secuencia de
extremo 3 ́ del intró n. Este residuo A se denomina punto
consenso que flanquea al punto de ramificació n en los
de ramificación A, debido a que se forma una ramificació n
pre-mRNA (vé ase la Fig. 8-7). Los experimentos de
del RNA en la estructura de lazo. En cada reacció n de
compensació n de mutaciones, similares a los realizados
transesterificació n, un enlace fosfoé ster es intercambiado
con los sitios de corte 5 ́ y con los snRNA U1, demostraron
por otro. Puesto que el nú mero de enlaces fosfoé ster en la
que el apareamiento de bases entre el snRNA U2 y la
molé cula no cambia en la reacció n, no se consume
secuencia del punto de ramificació n en el pre-mRNA,
energı́a. El resultado neto de estas dos reacciones es que
tambié n son cruciales para el proceso de corte y
dos exones son ligados y el intró n interviniente es
empalme.
liberado como una estructura de lazo ramificada.

La Figura 8-9a ilustra las estructuras generales de los


snRNA U1 y U2, y có mo ellos forman apareamiento de
bases con el pre-mRNA durante el corte y empalme.
Especialmente, el punto de ramificació n A en sı́ mismo,
que no suele formar apareamiento de bases con el snRNA
U2, “sobresale” (Fig. 8-10a) permitiendo que su hidroxilo
2 ́ participe en la primera reacció n de transesterificació n
del corte y empalme del RNA (vé ase la Fig. 8-8).

Estudios similares con otros snRNA demostraron que el


apareamiento de bases entre ellos tambié n se produce
durante el corte y empalme. Má s aú n, los
reordenamientos en estas interacciones RNA-RNA son pé rdida de la snRNP U4. Esto genera un complejo que
cruciales en la vı́a de corte y empalme, como se describe cataliza la primera reacció n de transesterificació n, que
a continuació n. forma el enlace 2 ́,5 ́-fosfodié ster entre el hidroxilo 2 ́ en
el punto de ramificació n A y el fosfato en el extremo 5 ́ del
intró n (Fig. 8-9). A continuació n de los reordenamientos
de las snRNP, la segunda reacció n de transesterificació n,
une los dos exones en un enlace 3 ́,5 ́-fosfodié ster
está ndar, liberando al intró n como una estructura de lazo
asociada con las snRNP. El complejo final intró n-snRNP se
disocia rá pidamente y las snR-NP individuales liberadas
pueden participar en un nuevo ciclo de corte y empalme.
El intró n escindido es degradado rá pidamente por una
enzima desramificante y otras RNasas nucleares que se
describen má s adelante.

Como se menciona antes, un espliceosoma casi tiene el


tamañ o de un ribosoma y está compuesto por∼ 170
proteı́nas, incluyendo∼ 100 “factores de corte y
empalme” ademá s de las proteı́nas asociadas con las
cinco snRNP. Esto posibilita la comparació n, en cuanto a
complejidad, del proceso de corte y empalme del RNA con
la transcripció n y la sı́ntesis de proteı́na. Algunos de los
factores de corte y empalme se asocian con las snRNP,
pero otros no. Por ejemplo, la subunidad 65-kD del factor
asociado U2 (U2AF) se une a la regió n rica en pirimidina
cerca del extremo 3 ́ de los intrones y a la snRNP U2. La
subunidad de 35 kD de U2AF se une al dinucleó tido AG en
el extremo 3 ́ del intró n y tambié n interactú a con la
subunidad U2AF má s grande unida en la cercanı́a. Estas
dos subunidades U2AF actú an junto con SF1 para ayudar
a especificar el sitio de corte y empalme 3 ́ al estimular la
interacció n de la snRNP U2 con el punto de ramificació n
(vé ase la Fig. 8-11, paso ). Algunos factores de corte y
empalme tambié n exhiben homologı́a de secuencia para
con las RNA helicasas conocidas; estas probablemente
son necesarias para los reordenamientos de
FIGURA 8-8 Dos reacciones de transesterificación que dan como resul- tado el procesamiento de los exones
en el pre-mRNA. En la primera reac- ció n, el enlace é ster entre el fó sforo 5 ́ del intró n y el oxı́geno 3 ́ (rojo oscuro) apareamiento de bases que se producen en las snRNP
del exó n 1, es intercambiado por un enlace é ster con el oxı́geno 2 ́ (azul) del residuo A del sitio de ramificació n. En
la segunda reacció n, el enlace é ster entre el fó sforo 5 ́ del exó n 2 y el oxı́geno 3 ́ (anaranjado) del intró n es durante el ciclo de corte y empalme espliceosó mico.
intercambiado por un enlace é ster con el oxı́geno 3 ́ del exó n 1, liberando el intró n como una estructura con forma
de lazo y uniendo los dos exones. Las flechas muestran dó nde reaccionan los oxı́genos hidroxilos activados con los
á tomos de fó sforo.

A continuació n del proceso de corte y empalme, un grupo


especı́fico de proteı́nas hnRNP permanecen unidas al
Los espliceosomas, ensamblados a partir de
RNA procesado aproximadamente a 20 nucleó tidos del 5 ́
los snRNP y un pre-mRNA, llevan a cabo el de cada unió n exó n-intró n, formando ası́ un complejo de
proceso de corte y empalme unión al exón. Una de las proteı́nas hnR-NP asociadas con
el complejo de unió n al exó n es el factor de exportació n
Los cinco snRNP del corte y empalme y otras proteı́nas de RNA (REF) que funciona en la exportació n de los mRNP
involucradas en este proceso se ensamblan en un pre- totalmente procesados, desde el nú cleo hasta el
mRNA, formando un complejo ribonucleoproteico grande citoplasma, como se analiza en la Secció n 8-3. Otras
llamado un espliceosoma (Fig. 8-11). El espliceosoma proteı́nas asociadas con el complejo de unió n-exó n
tiene una masa similar a la de un ribosoma. El funcionan en un mecanismo de control de la calidad que
ensamblado de un espliceosoma comienza con el lleva a la degradació n de los mRNA procesados de modo
apareamiento de bases del snRNA U1 en el sitio de corte incorrecto, el cual se conoce como decaimiento mediado
y empalme 5 ́ y la unió n cooperativa de la proteı́na SF1 por secuencias sin sentido (Secció n 8.4).
(factor 1 del espliceosoma) al punto de ramificació n A, y
la proteı́na heterodimé rica U2AF (factor asociado a U2) al Una pequeñ a fracció n de los pre-mRNA (< 1% en los seres
tramo de pirimidina y al 3 ́ AG del intró n a travé s de sus humanos) contiene intrones cuyos sitios de corte y
subunidades grande y pequeñ a, respectivamente. empalme no concuerdan la secuencia de consenso
Despué s la snRNP U2 forma apareamientos de bases con está ndar. Esta clase de intrones comienzan con AU y
la regió n del punto de ramificació n (Fig. 8-9a) a medida terminan con AC, en lugar de seguir con la usual “regla
que se libera SF1. La extensió n del apareamiento entre los GU-AG” (vé ase la Fig. 8-7). El corte y empalme de esta
snRNA en las snRNP U4 y U6 forma un complejo que se clase especial de intrones se produce a travé s de un ciclo
asocia con la snRNP U5. El “tri-snRNP” U4/U6/U5 luego de corte y empalme aná logo al mostrado en la Figura 8-
se asocia con el complejo previamente constituido 11, excepto porque está n involucradas esas cuatro snRNP
U1/U2/pre-mRNA para generar un espliceosoma. nuevas, de poca abundancia, junto con la snRNP U5
está ndar.
Despué s de la formació n del espliceosoma, los grandes
reordenamientos en el apareamiento de los snRNA y el Casi todos los mRNA funcionales en las cé lulas vegetales,
pre-mRNA llevan a la liberació n de la snRNP U1. La Figura de vertebrados y de insectos derivan de una ú nica
8-10b muestra una estructura mediante microscopia molé cula del pre-mRNA correspondiente mediante
crioelectró nica de este intermediario en el proceso de eliminació n de intrones internos y el corte y empalme de
corte y empalme. Luego se produce un reordenamiento exones. Sin embargo, en dos tipos de protozoos, los
adicional de los componentes del espliceosoma con la tripanosomas y los euglenoides, los mRNA se construyen
mediante corte y empalme junto con molé culas de RNA
separadas. Este proceso denominado como corte y
empalme trans (trans-splicing), tambié n se utiliza en la
sı́ntesis del 10-15% de los mRNA en el nematodo (gusano
Caenorhabditis elegans), un organismo modelo
importante para el estudio del desarrollo embrionario. El
corte y empalme trans es realizado por los snRNP
mediante un proceso similar al del corte y empalme de los
exones en un ú nico pre-mRNA.

FIGURA 8-9 Apareamiento de bases entre el pre-mRNA, el snRNA U1 y el snRNA U2 temprano en el proceso
de corte y empalme. (a) En este diagrama, las estructuras secundarias en los snRNA que no está n alteradas duran-
te el corte y empalme se describen de manera esquemá tica. Aquı́ se muestra la secuencia del punto de ramificació n
en levadura. Nó tese que snRNA U2 forma apareamiento de bases con una secuencia que incluye al punto de
ramificació n A, aunque este residuo no se aparea. Los rectá ngulos violetas representan secuencias que unen
proteı́nas snRNP reconocidas por los anticuerpos anti-Sm. Por razones desconocidas, el antisuero de pacientes con
la enfermedad autoinmunitaria lupus eritematoso sisté mico contiene anticuerpos contra proteı́nas snRNP, que han
sido ú tiles en la caracterizació n de los componentes de la reacció n de corte y empalme. (b) Aquı́ solo se muestran
los extremos 5 ́ de los snRNA U1 y los sitios 5 ́ de corte y empalme en los pre-mRNA. (Izquierda) Una mutació n (A)
en un sitio de corte y empalme del pre-mRNA que interfiere con el apareamiento de bases en el extremo 5 ́ del
snRNA U1 bloquea el corte y empalme. (Derecha) La expresió n de un snRNA U1 con una mutació n compensatoria
(U) que restaura el apareamiento de bases, tambié n restaura el corte y empalme del pre-mRNA mutante.

FIGURA 8-10 Estructuras de una A que sobresalen en una hélice RNA-RNA y un intermediario en el proceso
de corte y empalme. (a) Se determinó por cristalografı́a de rayos X la estructura de un RNA dú - plex con la
secuencia mostrada, que contiene residuos A que sobresalen (rojo) en la posició n 5 en la hé lice de RNA. (b) Los
residuos A que sobre- salen se extienden desde el lateral de una hé lice de RNA-RNA de tipo A. El esqueleto fosfato
de una hebra se muestra en verde; el de la otra hebra en azul. La estructura sobre la derecha está girada 90 grados
para una vista hacia abajo del eje de la hé lice. (c) Una estructura de 30 Ag de resolució n, de un intermediario del
procesamiento de corte y empalme espliceosó mico que contiene las snRNP U2, U4, U5 y U6, determinada por
microscopia crioelectró nica y reconstrucció n de imagen. El complejo snRNP-tri U4/U6/U5 tiene una estructura
similar a la del cuerpo triangular de este complejo, lo cual sugiere que estos snRNP se encuentran en la parte inferior
de la estructura mostrada aquı́ y que la cabeza está compuesta en gran medida por la snRNP U2 (Parte [a] y [b] de
J. A. Berglund y cols., 2001, RNA 7:682. Parte [c] de D. Boehringer y cols., 2004, Nat. Struct. Mol. Biol. 11:463. Vé ase
tambié n H. Stark y R. Luhrmann, 2006, Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 35:435.)

FIGURA 8-11 Modelo de corte y empalme del pre-mRNA mediado por espliceosoma. Paso : despué s de que
U1 forma apareamiento de bases con el sito de corte y empalme 5 ́ consenso, el SF1 (factor de corte y empalme 1)
se une al punto de ramificació n A; U2AF (el factor asociado a snRNP U2) se une con el segmento de polipirimidina
y el sitio de corte y empalme 3 ́; y el snRNP U2 se asocia con el punto de ramificació n A mediante interacciones de
pares de bases que se muestran en la Figura 8-9, desplazando a SF1. Paso : un com- plejo snRNP trimé rico de U4,
U5 y U6 se une al complejo inicial para formar el espliceosoma. Paso : los reordenamientos de las interacciones de
pares de bases entre los snRNA convierten al espliceosoma en una conformació n catalı́ticamente activa y FIGURA 8-12 Diagrama esquemático de la RNA polimerasa II con el CTD extendido. La longitud del dominio
desestabilizan a los snRNP U1 al U4, que son liberados. Paso : el centro catalı́tico, que se piensa está formado por carboxilo terminal (CTD) de la RNA polimerasa II de levadura completamente extendido y la regió n conectora que
U6 y U2, cataliza entonces la primera reacció n de transesterificació n, formando el intermediario que contiene un lo une a la polimerasa se muestran con relació n al dominio globular de la polimerasa. El CTD de la RNA polimerasa
enlace 2 ́,5 ́-fosfodié ster como se muestra en la Figura 8-8. Paso : siguiendo los reordenamientos entre las snRNP, II de mamı́feros es del doble de largo. En su forma extendida, el CTD se puede asociar con mú ltiples factores de
la segunda reacció n de transesterificació n une los dos exones mediante un enlace 3 ́,5 ́-fosfodié ster está ndar y libera procesamiento del RNA de manera simultá nea. (De P. Cramer, D. A. Bushnell y R. D. Kornberg, 2001, Science
al intró n como una estructura con forma de lazo y a las snRNP restantes. Paso : el intró n con forma de lazo escindido 292:1863.)
es convertido en un RNA lineal mediante una enzima desramificante. (Adaptado de T. Villa y cols., 2002, Cell
109:149.)

La elongación de la cadena por la RNA


polimerasa II está acoplada a la presencia de
factores del procesamiento del RNA

¿De qué manera se acopla tan eficientemente el


procesamiento del RNA con la transcripció n de un pre-
mRNA? La clave se encuentra en el dominio carboxilo
terminal largo (CTD) de la RNA polimerasa II, la cual,
como se describió en el Capı́tulo 7, está compuesta de
mú ltiples repeticiones de una secuencia de siete residuos
(heptapé ptido). Cuando se encuentra totalmente
extendido, el dominio CTD en la enzima de levadura es de
alrededor de 65 nm de largo (Fig. 8-12); el CTD en la RNA
polimerasa II humana es de cerca del doble de largo. La cambian la secuencia de aminoá cido codificada, evitan la
notable longitud del CTD aparentemente permite que formació n del complejo de reconocimiento a travé s del
mú ltiples proteı́nas se asocien de modo simultá neo con exó n. Como resultado, el exó n afectado es “omitido”
una ú nica molé cula de RNA polimerasa II. Por ejemplo, durante el proceso de corte y empalme y no es incluido en
como se mencionó antes, las enzimas que añ aden la el mRNA procesado final. El mRNA truncado producido
caperuza 5 ́ a los transcritos nacientes se asocian con el en este caso es degradado o es traducido a una proteı́na
CTD fosforilado en mú ltiples serinas en la quinta posició n mutante, de funcionamiento anó malo. Este tipo de
en la repetició n heptapé ptido (Ser-5), durante o mutació n se produce en algunas enfermedades gené ticas
brevemente despué s de la iniciació n de la transcripció n humanas. Por ejemplo, la atrofia muscular espinal es una
por una subunidad del TFIIH. Ademá s, se ha encontrado de las causas gené ticas má s comunes de mortalidad
que los factores de corte y empalme y de la infantil. Esta enfermedad es el resultado de mutaciones
poliadenilació n del RNA se asocian con el CTD fosforilado. en una regió n del genoma que contiene dos genes muy
En consecuencia, estos factores del procesamiento está n relacionados, el SMN1 y el SMN2, que surgen por
presentes en altas concentraciones locales cuando la duplicació n gé nica. El SMN2 codifica una proteı́na
polimerasa transcribe los sitios de corte y empalme y las idé ntica con el SMN1. El SMN2 se expresa a un nivel
señ ales de poli(A), aumentando la velocidad y la mucho menor, debido a que una mutació n silenciosa en
especificidad del procesamiento del RNA. En un modelo un exó n interfiere con la unió n de una proteı́na SR. Esto
recı́proco, la asociació n de las proteı́nas hnRNP con el lleva a una omisió n de exó n en la mayorı́a de los mRNA
RNA naciente potencia la interacció n de la RNA SMN2. El gen SMN homó logo en el rató n, donde existe solo
polimerasa II con los factores de elongació n como el DSIF una copia, es esencial para la viabilidad celular. La atrofia
y la CDK9-ciclina T (P-TEFb) (Fig. 7-20), aumentando la muscular espinal en los seres humanos es el resultado de
velocidad de la transcripció n. Por lo tanto, la velocidad de mutaciones homocigotas que inactivan al gen SMN1. La
la transcripció n está coordinada con la velocidad del RNA baja con contracció n de proteı́na traducida a partir de la
naciente en asociació n con las hnRNP y los factores de pequeñ a fracció n de los mRNA de SMN2 que está n
procesamiento del RNA. Este mecanismo puede asegurar cortados y empalmados correctamente es suliciente
que un pre-mRNA no sea sintetizado a menos que la como para mantener la viabilidad celular durante la
maquinaria para el procesamiento este posicionada de embriogé nesis y el desarrollo fetal, pero es insuliciente
manera correcta. para mantener la viabilidad de las neuronas motoras de la
mé dula espinal en la niñ ez, dando como resultado su
muerte y la enfermedad asociada.
Las proteínas SR contribuyen a la definición
del exón en los pre-mRNA largos
Aproximadamente el 15% de las mutaciones de un ú nico
par de bases que causa enfermedades gené ticas humanas
La longitud promedio de un exó n en el genoma humano interlieren con la adecuada deQinición del exón. Algunas de
es de ∼ 150 bases, mientras que la longitud promedio de estas mutaciones se producen en los sitios de corte y
un intró n es mucho má s larga (∼ 3 500). ¡Los intrones empalme 5 ́ o 3 ́, a menudo dando como resultado el uso
má s largos contienen má s de 500 kb! Debido a que los de sitios de corte y empalme “crı́pticos” presentes en la
sitio de corte y empalme 5 ́ y 3 ́ y los puntos de secuencia gé nica normal. En la ausencia del sitio de corte
ramificació n está n tan degenerados, es probable que se y empalme normal, el complejo de reconocimiento a
produzcan mú ltiples copias aleatorias en los intrones travé s del exó n reconoce estos sitios alternativos. Otras
largos. mutaciones que causan el corte y empalme anormal
producen una nueva secuencia del sitio de corte y
La informació n para definir los sitios de cortes y empalme empalme consenso, que se torna reconocible en lugar del
que demarcan los exones está codificada dentro de las sitio de corte y empalme normal. Por ú ltimo, algunas
secuencias de los exones. Una familia de las proteı́nas de mutaciones interlieren con la unió n de proteı́nas SR
unió n al RNA, las proteínas SR, que interactú an con especı́licas contra los pre-mRNA. Estas mutaciones
secuencias dentro de los exones llamados amplificadores inhiben el corte y empalme en los sitios normales de corte
de corte y empalme exónicos. Las proteı́nas SR son un y empalme, como en el caso del gen SMN2, y por lo tanto
subgrupo de las proteı́nas hnRNP analizadas llevan a la omisió n del exó n.
anteriormente y por lo tanto contienen uno o má s
dominios de unió n al RNA RRM. Tambié n contienen
diversos dominios de interacciones proteı́nas-proteı́nas
ricos en residuos en arginina (R) y serina (S) llamados
dominios (RS). Cuando se unen a los amplificadores de
corte y empalme exó nicos, las proteı́nas SR median la
unió n cooperativa de snRNP U1 a un sitio de corte y
empalme 5 ́ verdadero y de snRNP U2 a un punto de
FIGURA 8-13 Reconocimiento de exón a través de la unión cooperativa de las proteínas SR y los factores de
ramificació n a travé s de una red de interacciones corte y empalme para el pre-mRNA. Los sitios de corte y empalme 5 ́ GU y 3 ́ AG son reconocidos por factores de
corte y empalme sobre la base de sus proximidades a los exones. Los exones contienen amplificadores de corte y
proteı́na-proteı́na que atraviesan un exó n (Fig. 8-13). El empalme exó nicos, que son sitios de unió n para las proteı́nas SR. Cuando se unen a los amplificadores exó nicos, las
proteı́nas SR interactú an una con otra y estimulan la unió n cooperativa de la snRNP U1 al sitio de corte y empalme
complejo de proteı́nas SR, las snRNP y otros factores de 5 ́ del intró n en direcció n 3 ́ de SF1
y luego de snRNP U2 al sitio de ramificació n del intró n en direcció n 5 ́, de las subunidades de 65 y 35 kD de U2AF
corte y empalme (p. ej., U2AF) que se ensamblan a travé s al segmento rico en pirimidina y al sitio de corte y empalme AG 3 ́ del intró n en direcció n 5 ́, y otros factores de
corte y empalme (no se muestran). El complejo de reconocimiento a travé s del exó n RNA-proteı́na formado
de un exó n el cual ha sido de- nominado complejo de atraviesa un exó n y activa los sitios de corte y empalme correctos para el procesamiento del RNA. Nó tese que las
snRNP U1 y U2 en esta unidad no forman parte del mismo espliceosoma. La snRNP U2 sobre
reconocimiento a través del exón, permiten la la derecha forma un espliceosoma con la snRNP U1 unida al extremo 5 ́ del mismo intró n. La snRNP U1 mostrada
hacia la derecha forma un espliceosoma con la snRNP U2 unida al punto de ramificació n del intró n en direcció n 3 ́
especificació n precisa de los exones en los pre-mRNA (no se muestra), y la snRNP U2 sobre la izquierda forma un espliceosoma con un snRNP U1 unido al sitio de corte
y empalme 5 ́ del intró n en direcció n 5 ́ (no se muestra). Las flechas dobles indican interacciones proteı́na-proteı́na.
largos. (Adaptado de T. Maniatis, 2002, Nature 418:236; vé ase tambié n S. M. Berget, 1995, J. Biol. Chem. 270:2411.)

En las unidades de transcripció n de los organismos Los intrones del grupo II de


superiores con los intrones largos, los exones no solo autoprocesamiento proporcionan pistas
codifican las secuencias aminoacı́dicas de diferentes acerca de la evolución
porciones de una proteı́na, sino que tambié n contienen de los snRNA
sitios de unió n para las proteı́nas SR. Las mutaciones que
interfieren con la unió n de una proteı́na SR a un
amplificador de corte y empalme exó nico, incluso si no
En ciertas condiciones no fisioló gicas in vitro, las snRNA y los nucleó tidos necesarios para catalizar el corte
preparaciones puras de algunos transcritos de RNA y empalme de los pre-mRNA.
lentamente cortan los intrones en ausencia de cualquier
proteı́na. Esta observació n condujo al reconocimiento de
La evolució n de los snRNA pudo haber sido un paso
que algunos intrones sufren autoprocesamiento de corte
importante en la evolució n rá pida de los eucariontes
y empalme. Se descubrió que dos tipos de intrones se
superiores. Una secuencia intró nica interna se perdió y
autoprocesan: los intrones del grupo I, presentes en los
sus funciones en el corte y empalme del RNA fueron
genes de los rRNA de protozoos y los intrones del grupo II,
suplantadas por los snRNA que actú an en trans; las
presentes en los genes que codifican proteı́na y algunos
secuencias intró nicas restantes estuvieron libres para
genes de rRNA y tRNA en las mitocondrias y cloroplastos
divergir. Esto a su vez probablemente facilitó la evolució n
de plantas y hongos. El hallazgo de la actividad catalı́tica
de nuevos genes a travé s de la combinación de exones,
de autoprocesamiento de los intrones revolucionó los
ya que existen pocas restricciones en la secuencia de los
conceptos acerca de las funciones del RNA. Como se
nuevos intrones generados en el proceso (vé anse las Figs.
analizó en el Capı́tulo 4, en la actualidad se sabe que el
6-18 y 6-19). Tambié n permitió el incremento en la
RNA cataliza la formació n del enlace peptı́dico durante la
diversidad de proteı́nas que resultó a partir del proceso
sı́ntesis de proteı́na en los ribosomas. Aquı́ se analiza la
de corte y empalme alternativo del RNA y un nivel
probable fun- ció n de los intrones del grupo II, que ahora
adicional de control gé nico resultante del corte y
se encuentran solo en el DNA de los cloroplastos y
empalme regulado del RNA.
mitocondrias, en la evolució n de los snRNA; el
funcionamiento de los intrones del grupo I se considera
en la ú ltima secció n del procesamiento de los rRNA.

Incluso a pesar de que sus secuencias precisas no está n


altamente conservadas, todos los intrones del grupo II se
pliegan en una estructura secundaria compleja
conservada que contiene numerosos bucles (Fig. 8-14a).
El autoprocesamiento por parte de un intró n del grupo II
se produce a travé s de dos reacciones de
transesterificació n, las cuales involucran intermediarios
y productos aná logos a aquellos encontrados en el corte y
empalme del pre-mRNA nuclear. La similitud mecá - nica
entre el autoprocesamiento del intró n del grupo II y el
autopro- cesamiento del espliceosoma conduce a la FIGURA 8-14 Comparación de los intrones de autoprocesamiento del grupo II y el espliceosoma. El esquema
compara las estructuras secundarias de los intrones de autoprocesamiento (a) del grupo II y (b) los snRNA
hipó tesis de que los snRNA funcionan de manera aná loga presentes en los espliceosomas. La primera reacció n de transesterificació n se indica me- diante flechas verdes; la
segunda reacció n, mediante flechas azules. El punto de ramificació n A está en negrita. La similitud de estas
a los bucles en la estructura secundaria de los intrones del estructuras sugiere que los snRNA del espliceosoma evolucionaron a partir de los intrones del grupo II, siendo los
snRNA que actú an en trans, funcionalmente aná logos a los dominios correspondientes en los intrones del grupo II.
grupo II. De acuerdo a esta hipó tesis, los snRNA in- Las barras coloreadas que flanquean a los intrones en (a) y (b) representan exones. (Adaptado de P. A. Sharp, 1991,
Science 254:663.)
teractú an con los sitios de corte y empalme 5 ́ y 3 ́ de los
pre-mRNA ası́ como entre sı́, a fin de producir una
estructura de RNA tridimensional funcionalmente La escisión 3 ́ y la poliadenilación de los pre-
aná loga a la de los grupos de intrones de mRNA están estrechamente acopladas
autoprocesamiento (Fig. 8-14b).
En las cé lulas eucariontes todos los mRNA, excepto los
Una extensió n de esta hipó tesis es que los intrones en los mRNA de las histonas, tienen una cola de poli(A) 3 ́. Los
pre-mRNA evolucionaron a partir de intrones del grupo II principales mRNA de histonas se transcriben a partir de
con autoprocesamiento a travé s de la pé rdida progresiva genes repetidos a niveles prodigiosos en las cé lulas en
de estructuras de RNA internas, que simultá neamente proceso de replicació n durante la fase S. Ellos sufren una
evolucionaron a snRNA que actú an en trans y llevan a forma especial de procesamiento del extremo 3 ́ que
cabo las mismas funciones. El aval para este tipo de involucra el corte, pero no la poliadenilació n. Proteı́nas
modelo evolutivo proviene de experimentos con especializadas de unió n al RNA, las cuales ayudan a
mutantes de intrones del grupo II, en los cuales se elimina regular la traducció n de los mRNA de histonas, se unen al
el dominio V y parte del dominio I. Los transcritos de RNA extremo 3 ́ generado por este sistema especializado. Los
que contienen tales intrones mutantes son defectuosos en primeros estudios de adenovirus marcados con pulsos y
el autoprocesamiento, pero cuando se añ aden las el RNA de SV40 demostraron que los transcritos
molé culas de RNA equivalentes a las regiones eliminadas primarios virales se extienden má s allá del sitio donde se
a la reacció n in vitro, se produce el autoprocesamiento. expande la cola de poli(A). Estos resultados sugieren que
Este hallazgo demuestra que estos dominios en los los residuos de A son añ adidos a un hidroxilo 3 ́
intrones del grupo II pueden actuar en trans, como los generados por escisió n endonucleolı́tica de un transcrito
snRNA. má s largo, pero el fragmento predicho de RNA en
direcció n 3 ́ nunca fue detectado in vivo,
presumiblemente debido a su rá pida degradació n. Sin
La similitud en los mecanismos de autoprocesamiento de embargo, la detecció n de ambos productos de escisió n se
los intrones del grupo II y el corte y empalme por
observó en reacciones de procesamiento in vitro llevadas
espliceosomas de los pre-mRNA, tambié n sugiere que la
a cabo con extractos nucleares de cé lulas humanas
reacció n de corte y empalme está catalizada por el snRNA,
cultivadas. El proceso de escisió n/poliadenilació n y la
no por la proteı́na, componentes del espliceosoma.
degradació n del RNA en la direcció n 3 ́ del sitio de corte
Aunque los intrones del grupo II pueden autoprocesarse
se produce mucho má s lentamente en estas reacciones in
in vitro a temperaturas y concentraciones elevadas de
vitro, simplificando la detecció n del producto de escisió n
Mg2+, en condiciones in vivo las proteı́nas denominadas en direcció n 3 ́.
maturasas (que se unen a los RNA con intrones del grupo
II), son necesarias para las interacciones tridimen-
sionales del RNA intró nico necesario para catalizar las La secuenciació n temprana de los clones de cDNA a partir
dos reacciones de transesterificació n de corte y empalme. de cé lulas animales demostró que casi todos los mRNA
Por analogı́a, se piensa que las proteı́nas snRNP en los contienen la secuencia AAUAAA de 10-35 nucleó tidos en
espliceosomas estabilizan la geometrı́a precisa de los dirección 5 ́ de la cola de poli(A) (Fig. 8-15). La
poliadenilació n de los transcritos de RNA es virtual-
mente eliminada cuando la secuencia correspondiente en
el molde de DNA es mutada a cualquier otra secuencia,
excepto a una que constituya una secuencia
estrechamente relacionada (AUUAAA). Los transcritos de
RNA sin procesar, producidos a partir de tales moldes de
mutantes, no se acumulan en los nú cleos sino que son
degradados rá pidamente. Estudios adicionales de
mutagé nesis revelaron que se necesita una segunda señ al
en la direcció n 3 ́ del sitio de corte para la escisió n y la
poliadenilació n eficiente de la mayorı́a de los mRNA en
las cé lulas animales. Esta señ al en direcció n 3 ́ no es una
secuencia especı́fica, sino una rica en GU o simplemente
una regió n rica en U dentro de los ∼ 50 nucleó tidos del
sitio de corte.

La identificació n y la purificació n de las proteı́nas


necesarias para el corte y la poliadenilació n de los pre-
mRNA han conducido al modelo mostrado en la Figura 8-
15. Un factor de especificidad de corte y poliadenilació n
(CPSF) de 360 kDa, constituye primero un complejo
inestable con la señ al de poli(A) AAUAAA en direcció n 5 ́.
Luego, al menos tres proteı́nas adicionales se unen al
complejo CPSF-RNA: un heterodı́mero de 200 kDa
llamado factor estimulante del corte (CStF), que interactú a
con la secuencia rica en G/U; un heterotetrá mero de 150
kDa llamado factor de corte I (CFI); y un segundo factor de
corte hete- rodimé rico (CFII). Se cree que una proteı́na de
∼ 150 kDa llamada simplekina forma una plataforma
sobre la cual se ensamblan los factores de
escisió n/poliadenilació n. Finalmente, la poli(A)
polimerasa (PAP) se une al complejo antes de que ocurra
la escisió n. Este requerimiento para la unió n del PAP
conecta la escisió n y la poliadenilació n, de manera tal que
el extremo 3 ́ generado sea rá pidamente poliadenilado y
no se pierda informació n esencial con la degradació n por
parte de las exonucleasas de un extremo 3 ́ desprotegido.

El ensamblaje del gran complejo de


corte/poliadenilación multiproteico alrededor de la
señ al de poli(A) rica en AU en un pre-mRNA, es aná logo
en muchos aspectos a la formació n del complejo de
preiniciació n de la transcripció n en la caja TATA rica en
AT de una molé cula de DNA molde (vé ase la Fig. 7-16). En
ambos casos, los complejos multiproteicos se ensamblan
de manera cooperativa a travé s de una red de
interacciones especı́ficas proteı́na-á cido nucleico y
proteı́na-proteı́na.

Tras la escisió n en el sitio de poli(A), la poliadenilació n


procede en dos fases. La adició n de los primeros 12
residuos A, aproximadamente, se produce de manera
lenta seguida por una adició n rá pida de unos 200-250
residuos A má s. La fase rá pida requiere la unió n de FIGURA 8-15 Modelo para el corte y la poliadenilación de los pre-mRNA en las células de mamífero. El factor
de especificidad de corte y la poliadeni- lació n (CPSF) se une a la señ al poli(A) AAUAAA en direcció n 5 ́. CStF
mú ltiples copias de una proteína de unión a poli(A) que interactú a con una secuencia rica en U o GU en direcció n 3 ́ y con CPSF unido, forma un lazo en el RNA; la unió n de
CFI y CFII ayuda a estabilizar el complejo. La unió n de la poli(A) polimerasa (PAP) despué s estimula el corte en un
contiene el motivo RRM. Esta proteı́na es designada sitio poli(A), que suele estar a 10-35 nucleó tidos 3 ́ de la señ al poli(A) en direcció n 5 ́. Los factores de corte son
liberados, a medida que se forma el producto del corte de RNA en direcció n 3 ́, el cual es rá pidamente degradado.
PABPII para distinguirla de la proteı́na de unió n a poli(A) PAP unida luego añ ade ∼ 12 residuos A a una velocidad baja al grupo 3 ́-hidroxilo generado por la reacció n de
escisió n. La unió n de la proteı́na II de unió n a poli(A) (PABPII) a la corta cola de poli(A) inicial acelera la velocidad
presente en el citoplasma. PABPII se une a la corta cola A de adició n por parte de la PAP. Despué s de que se añ aden 200-250 residuos de A, la PABPII indica a la PAP que
detenga la polimerizació n.
agregada inicialmente por la PAP, estimulando la
velocidad de polimerizació n de los residuos adicionales
de A, lo que da como resultado la rá pida fase de Las exonucleasas nucleares degradan el RNA
poliadenilació n (Fig. 8-15). PABPII tambié n es que es procesado y eliminado de los pre-mRNA
responsable de la señ alizació n de la poli(A) polimerasa
para terminar la polimerizació n cuando la cola de poli(A)
Debido a que el genoma humano contiene intrones largos,
alcanza una longitud de 200- 250 residuos, aunque el
solo ∼ 5% de los nucleó tidos que son polimerizados por
mecanismo para el control de la longitud de la cola aú n no
la RNA polimerasa II durante la transcripció n son
se comprende. La unió n de la PABPII a la cola de poli(A)
retenidos en los mRNA procesados, maduros. Aunque
es esencial para la exportació n del mRNA en el
este proceso parece ineficiente, es probable que haya
citoplasma.
evolucionado en organismos multicelulares dado el
proceso de combinació n de exones facilitado por la
evolució n de nuevos genes en organismos con intrones
largos (Cap. 6). Los intrones que son eliminados y la
regió n en la direcció n 3 ́ del sitio de corte y corte y empalme antes de ser transportados al citoplasma
poliadenilació n, son degradados por exorribonucleasas (vé ase la Fig. 8-2).
nucleares que hidrolizan una base cada vez, desde
cualquiera de los extremos 5 ́ o 3 ́ de una hebra de RNA.
• Poco tiempo despué s de la iniciació n de la transcripció n,
las enzimas de la caperuza asociadas con el dominio
Como se mencionó anteriormente, el enlace 2 ́,5 ́- carboxilo terminal (CTD) de la RNA polimerasa II, que
fosfodié ster en los intrones cortados es hidrolizado por está fosforilada mú ltiples veces en la serina 5 de la
una enzima desramificante, produciendo una molé cula repetició n heptapé ptido por el TFIIH durante la iniciació n
lineal con extremos desprotegidos los cuales pueden ser de la transcripció n, añ aden la caperuza 5 ́ del transcrito
atacados por exonucleasas (vé ase la Fig. 8-11). La vı́a de naciente. Otros factores del procesamiento del RNA
decaimiento nuclear predominante es la hidró lisis 3 ́ → 5 ́ involucrados en el corte y empalme del RNA, la escisió n 3 ́
por parte de 11 exonucleasas que se asocian unas con y la poliadenilació n se asocian con el CTD cuando está
otras en un complejo proteico largo llamado el exosoma. fosforilado en la serina 2 de la repetició n del
Otras proteı́nas en el complejo incluyen la RNA helicasa heptapé ptido, aumentando la velocidad de la elongació n
que interrumpe el apareamiento de bases y las de la transcripció n. En consecuencia, la transcripció n no
interacciones RNA-proteı́na, que de otro modo podrı́an procede a una velocidad alta hasta que los factores del
impedir a las exonucleasas. Los exosomas tambié n procesamiento se asocian con el CTD, donde está n
funcionan en el citoplasma, como se analizará má s posicionados para interactuar con el pre-mRNA naciente
adelante. Ademá s de los intrones, los exosomas parecen a medida que emerge de la superficie de la polimerasas.
degradar los pre-mRNA que no han sido apropiadamente
procesados o poliadenilados. Aú n no está claro có mo los
• Cinco diferentes snRNP interactú an a travé s del
exosomas reconocen a los pre-mRNA procesados de
apareamiento de bases una con otras y con el pre-mRNA
manera inadecuada. Pero en las cé lulas de levadura con
para formar el espliceosoma (vé a- se la Fig. 8-11). Este
mutantes sensibles a la temperatura de la poli(A)
complejo ribonucleoproteico muy grande cataliza dos
polimerasa (Fig. 8-15), los pre-mRNA son retenidos en
reacciones de transesterificació n que unen dos exones y
sus sitios de transcripció n en el nú cleo en la temperatura
eliminan el intró n como una estructura en forma de lazo,
no permisiva. Estos pre-mRNA procesados
la cual es posteriormente degradada (vé ase la Fig. 8-8).
anormalmente son liberados en las cé lulas con una
segunda mutació n en una subunidad del exosoma,
encontrada solo en los exosomas nucleares y no en los • Las proteı́nas SR que se unen a las secuencias
citoplasmá ticos (PM-Scl; 100 kD en los seres humanos). potenciadoras del corte y empalme exónico en los exones,
Asimismo, los exoso- mas que se localizan en los sitios de son cruciales en definir los exones en los pre-mRNA
transcripció n en los cromosomas polité nicos de largos de los organismos superiores. Una red de in-
Drosophila, donde está n asociados con los factores de teracciones entre las proteı́nas SR (las snRNP) y los
elongació n de la RNA polimerasa II. Estos resultados factores del corte y empalme del RNA forman un complejo
sugieren que el exosoma participa en un mecanismo de de reconocimiento a travé s del exó n, que especifica los
control de la calidad que aú n no se comprende bien, el sitios de corte y empalme correctos (vé ase la Fig. 8-13).
cual reconoce los pre-mRNA procesados de manera
aberrante, evitando su exportació n al citoplasma y en
• Se cree que los snRNA en el espliceosoma tienen una
ú ltima instancia llevá ndolo a su degradació n.
estructura terciaria global similar a la de los intrones del
autoprocesamiento del grupo II.
A fin de evitar ser degradados por las exonucleasas
nucleares, los transcritos nacientes, los intermediarios
• Para las unidades de transcripció n largas en los
del procesamiento de los pre-mRNA y los mRNA maduros
organismos superiores, el corte y empalme de exones
en el nú cleo deben tener sus extremos protegidos. Como
suele comenzar a medida que el pre-mRNA todavı́a se
se analizó antes, el extremo 5 ́ de un transcrito naciente
está formando. El corte y la poliadenilació n para formar
está protegido por la adició n de la estructura de la
el extremo 3 ́ del mRNA se produce despué s de que se
caperuza 5 ́ tan pronto como el extremo 5 ́ emerge de la
transcribe el sitio de poli(A).
polimerasa. La caperuza 5 ́ está protegida debido a que es
incorporada por un complejo de unión al casquete nuclear,
el cual lo protege de la acció n de las 5 ́ exonucleasas y • En la mayorı́a de los genes que codifican proteı́nas, una
tambié n actú a en la exportació n del mRNA al citoplasma. señ al conservada de poli(A) AAUAAA se encuentra
El extremo 3 ́ de un transcrito naciente se encuentra ligeramente antes en la direc- ció n 5 ́ de un sitio de poli(A)
dentro de la RNA polimerasa y por lo tanto es inaccesible donde se produce el corte y la poliadenilació n. Una
a las exonucleasas (vé ase la Fig. 4-12). Como se describió secuencia rica en U o GU en la direcció n 3 ́ del sitio de
antes, el extremo 3 ́ libre, generado por la escisió n de un poli(A) contribuye a la eficiencia del corte y la
pre-mRNA en la direcció n 3 ́ del sitio de poli(A), es poliadenilació n.
rá pidamente poliadenilado por la poli(A) polimerasa
asociada con los otros factores del procesamiento 3 ́, y la • Un complejo multiproteico que incluye la poli(A)
cola de poli(A) resultante es unida por la PABPII (Fig. 8- polimerasa (PAP) lleva a cabo el corte y la poliadenilació n
15). Este acoplamiento estrecho del corte y la
de un pre-mRNA. Una proteı́na nuclear de unió n a poli(A),
poliadenilació n protege al extremo 3 ́ del ataque por
PABPII, estimula la adició n de residuos A mediante la PAP
parte de las exonucleasas.
y detiene la adició n una vez que la cola de poli(A) alcanza
los 200-250 residuos (vé ase la Fig. 8-15).
CONCEPTOS CLAVES de la Sección 8.1
• Los intrones cortados y el RNA en la direcció n 3 ́ del sitio
Procesamiento del pre-mRNA eucarionte de corte/ poli(A) son degradados principalmente por los
exosomas, complejos multiproteı́na que contienen once
exonucleasas 3 ́ → 5 ́ a medida, ası́ como RNA helicasas.
• En el nú cleo de las cé lulas eucariontes, los pre-mRNA Los exosomas tambié n degradan inadecuadamente los
está n asociados con las proteı́nas hnRNP y procesados pre-mRNA.
por la caperuza 5 ́, el corte y la poliadenilació n 3 ́, y el
y empalmes regulados reprime la transcripció n de los genes necesarios para la diferenciació n sexual del sexo
8.2 Regulación del procesamiento del pre- opuesto. (Adaptado de M. J. Moore y cols., 1993, in R. Gesteland y J. Atkins, eds., The RNA world, Cold Spring Harbor
Press, pp. 303-357.)
mRNA
Una cascada regulada de corte y empalme del
Ahora que hemos visto có mo se procesan los pre-mRNA RNA controla la diferenciación sexual en
en los mRNA funcionales, maduros, consideraremos Drosophila
có mo contribuye la regulació n de este proceso al control
gé nico. Recué rdese del Capı́tulo 6 que los eucariontes
superiores contienen unidades de transcripció n tanto Uno de los primeros ejemplos de corte y empalme
complejas como simples, codificadas en sus DNA. Los alternativo regulado del pre-mRNA provino a partir de
transcritos primarios producidos a partir del anterior estudios de diferenciació n se- xual en Drosophila. Los
contienen un sitio de poli(A) y exhiben solo un patró n de genes necesarios para la diferenciació n sexual de
corte y empalme del RNA, incluso si se encuentran Drosophila se caracterizaron por primera vez mediante
presentes mú ltiples intrones; ası́, las unidades de aislamiento de mutantes de Drosophila defectuosos en el
transcripció n simples codifican un ú nico mRNA. Por el proceso. Cuando las proteı́nas codificadas por los genes
contrario, los transcritos primarios producidos a partir de tipo silvestre se caracterizaron bioquı́micamente, se
de las unidades de transcripció n complejas (∼ 92- 94% encontró que dos de ellas regulaban una cascada de corte
de todas las unidades de transcripció n humanas) pueden y empalme alternativo del RNA en embriones de
ser pro- cesadas en formas alternativas para dar Drosophila. Investigaciones má s recientes mostraron
diferentes mRNA que codifican proteı́nas diferentes có mo estas proteı́nas regulan el procesamiento del RNA y
(vé ase la Fig. 6-3). en ú ltima instancia llevan a la creació n de dos represores
de la transcripció n especı́ficos del sexo, que suprimen el
desarrollo de las caracterı́sticas del sexo opuesto.
El corte y empalme alternativo genera
transcritos con diferentes combinaciones de
La proteı́na Sxl, codificada por el gen sex-lethal, es la
exones primera proteı́na que actú a en la cascada (Fig. 8-16). La
proteı́na Sxl está presente solo en los embriones hembra.
El descubrimiento de que una gran fracció n de unidades Temprano en el desarrollo, el gen es transcrito a partir de
de transcripció n en los organismos superiores codifica un promotor que funciona solo en los embriones hembra.
mRNA por corte y empalme alternativos y que los mRNA Má s tarde este promotor especı́fico de las hembras es
procesados de manera diferente se expresan en distintos apagado y se activa otro promotor para sex-lethal tanto en
tipos de cé lulas reveló que la regulació n del corte y embriones hembra como en machos. Sin embargo, en
empalme del RNA es un mecanismo de control gé nico ausencia de la proteı́na Sxl temprana, el pre-mRNA sex-
importante en los eucariontes superiores. Aunque se lethal en los embriones macho es procesado para
conocen muchos ejemplos de corte en sitios poli(A) producir un mRNA que contiene un codó n de detenció n
alternativos en los pre-mRNA, el corte y empalme al- temprano en la secuencia. El resultado neto es que los
ternativo de diferentes exones es el mecanismo má s embriones macho producen una proteı́na Sxl funcional,
comú n para expresar diferentes proteı́nas a partir de una ya sea temprano o tarde en el desarrollo.
unidad de transcripció n com- pleja. En el Capı́tulo 4, por
ejemplo, mencionamos que los fibroblastos producen un
En contraste, la proteı́na Sxl expresada en los embriones
tipo de proteı́na extracelular fibronectina, mientras que
hembra dirige el corte y empalme del pre-mRNA
los hepatocitos producen otro tipo. Ambas isoformas de
sexlethal, de manera tal que se produzca un mRNA sex-
la fibronecti- na está n codificadas en la misma unidad de
lethal funcional (Fig. 8-16a). Sxl logra esto al unirse a una
transcripció n, que es procesada de manera alternativa en
secuencia en el pre-mRNA cerca del extremo 3 ́ del intró n
los dos tipos de cé lulas para dar dos mRNA diferentes
entre el exó n 2 y el exó n 3, bloqueando de esta forma la
(vé ase la Fig. 4-16). En otros casos, el procesamiento
asociació n adecuada de U2AF y U2 snRNP (Fig. 8-11). En
alternativo puede ocurrir simultá neamente en el mismo
consecuencia, la U1 snRNP unida al extremo 3 ́ del exó n 2
tipo celular en respuesta a diferentes señ ales ambientales
se ensambla en un espliceosoma con la U2 snRNP unida
o del desarrollo. Primero se analizará uno de los ejemplos
en el punto de ramificació n en el extremo 3 ́ del intró n
mejor comprendidos del procesamiento del RNA
entre los exones 3 y 4, llevando al corte y empalme del
regulado y luego se considerará n brevemente las
exó n 2 con el exó n 4 y saltando el exó n 3. El sitio de unió n
consecuencias del corte y empalme en el desarrollo del
para Sxl en el pre-mRNA de Sxl se denomina silenciador
sistema nervioso.
del corte y empalme intrónico, debido a su localizació n en
un intró n y su funció n de bloquear o “silenciar” el uso del
sitio de corte y empalme. El mRNA sex-lethal resultante
especı́fico de las hembras es traduci- do a una proteı́na Sxl
funcional, que refuerza su propia expresió n en los
embriones hembra al causar continuamente el saltado del
exó n 3. Esta ausencia de la proteı́na Sxl en los embriones
macho permite la inclusió n del exó n 3 y, por ende, del
codó n de detenció n que evita la traducció n de la proteı́na
Sxl funcional.

La proteı́na Sxl regula el proceso de corte y empalme


alternativo del pre-mRNA del gen transformer (Fig. 8-
16b). En los embriones machos, donde no se expresa Sxl,
el exó n 1 es empalmado con el exó n 2, que contiene un
FIGURA 8-16 Cascada regulada de corte y empalme que controla la determinación del sexo en los embriones
de Drosophila. Para mayor claridad, solo se muestran los exones (rectá ngulos) y los intrones (lı́neas negras) donde codó n de detenció n que evita la sı́ntesis de una proteı́na
se produce el corte y empalme. El corte y empalme se indica mediante lı́neas discontinuas rojas por encima

(hembras) y azules por debajo (machos) de los pre-mRNA. Las lı́neas verticales rojas en los exones indican codones transformer funcional. En los embriones hembra, no
de terminació n en marco de lectura, los cuales evitan la sı́ntesis de la proteı́na funcional. Uk nicamente los embriones
hembra producen la proteı́na Sxl funcio- nal, que reprime el corte y empalme entre los exones 2 y 3 en el pre-mRNA obstante, la unió n de la proteı́na Sxl a un silenciador de

sxl (a) y entre los exones 1 y 2 en el pre-mRNA tra (b). (c) Por el contrario, la unió n cooperativa de la proteı́na Tra
corte y empalme intró nico en el extremo 3 ́ del intró n
y dos proteı́nas SR, Rbp1 y Tra2, activa el corte y empalme entre los exones 3 y 4 y el corte/poliadenilació n(A ) en
n
el extremo 3 ́ del exó n 4 en el pre-mRNA de dsx en los embriones hembra. En los embriones macho, que carecen de entre los exones 1 y 2 bloquea la unió n de U2AF en este
Tra funcional, las proteı́nas SR no se unen al exó n 4 y en consecuencia el exó n 3 es empalmado con el intró n 5. Las
proteı́nas Dsx dis- tintivas producidas en los embriones hembra y macho como resultado de esta cascada de cortes sitio. La interacció n de Sxl con el pre-mRNA transformer
es mediada por dos dominios RRM en la proteı́na (vé ase Como se evidencia en la Figura 8-16, la proteı́na Sxl y la
la Fig. 8-5). Cuando se une Sxl, la unió n de U2AF a un sitio proteı́na Tra de Drosophila tienen efectos opuestos: Sxl
de baja afinidad 3 ́ má s allá en el pre-mRNA; como evita el corte y empalme, causando que los exones sean
resultado el exó n 1 es cortado en este sitio de corte 3 ́ omitidos, mientras que Tra promueve dicho corte y
alternativo, eliminando el exó n 2 con su codó n de empalme. La acció n de proteı́nas similares puede explicar
detenció n. El mRNA transformer especı́fico de hembra la expresió n especı́fica del tipo de cé lula de las isoformas
resultante, que contiene exones adicionales procesados de la fibronectina en los seres humanos. Por ejemplo, un
constitutivamente, es traducido en una proteı́na represor del corte y empalme como Sxl, expresado en los
Transformer (Tra) funcional. hepatocitos podrı́a unirse a los sitios de corte y empalme
de los exones EIIIA y EIIIB en el pre-mRNA de la
fibronectina, provocando que los mismos sean omitidos
Finalmente, la proteı́na Tra regula el procesamiento
durante el proceso de corte y empalme del RNA (vé ase la
alternativo del pre-mRNA transcrito a partir del gen
Fig. 4-16). Alternativamente, un activador como Tra
double-sex (Fig. 8-16c). En los embriones hembra, un
expresado en los fibroblastos podrı́a activar los sitios de
complejo de Tra y dos proteı́nas expresadas
corte asociados con los exones EIIIA y EIIIB de la
constitutivamente, Rbp1 y Tra2, dirigen el empalme del
fibronectina, llevando a la inclusió n de los mismos en el
exó n 3 con el exó n 4 y tambié n estimulan el
mRNA maduro. El aná lisis experimental en algunos
corte/poliadenilació n en el sitio poli(A) alternativo en el
sistemas ha revelado que la inclusió n de un exó n en
extremo 3 ́ del exó n 4, lo cual conduce a una versió n
algunos tipos celulares, versus la omisió n del mismo exó n
especı́fica de las hembras, corta, de la proteı́na Dsx. En los
en otros tipos de cé lulas, es el resultado de la influencia
embriones macho, que no producen proteı́na Tra, el exó n
combinada de diversos represores y potenciadores del
4 es omitido; por lo tanto, el exó n 3 es empalmado al exó n
corte y empalme. Los sitios de unió n del RNA para los
5. El exó n 5 es empalmado constitutivamente al exó n 6,
represores, en general proteı́nas hnRNP, tambié n pueden
que está poliadenilado en su extremo 3 ́, lo cual conduce
presentarse en los exones, donde se denominan
a una versió n má s larga, especı́fica de los machos de la
silenciadores del corte y empalme exónicos. Y los sitios de
proteı́- na Dsx. La secuencia RNA a la cual se une Tra en el
unió n para los activadores del corte y empalme, en
exó n 4 se denomina potenciador del corte y empalme
general proteı́nas SR, tambié n se pueden presentar en los
exónico, puesto que potencia el proceso de corte y
intrones, donde se denominan potenciadores del corte y
empalme en las cercanı́as del sitio de corte.
empalme intrónicos.

Como resultado de la cascada regulada del procesamiento


El corte y empalme alternativo de los exones es en
del RNA descripto en la Figura 8-16, en los embriones
especial comú n en el sistema nervioso, generando
macho y hem- bra se expresan diferentes proteı́nas Dsx.
mú ltiples isoformas de muchas proteı́nas necesarias para
La proteı́na Dsx macho es un represor de la transcripció n
el desarrollo y la funció n neuronal tanto en los
que inhibe la expresió n de los genes necesarios para el
invertebrados como en los vertebrados. Los transcritos
desarrollo de la hembra. A la inversa, la proteı́na Dsx
primarios de estos genes suelen presentar patrones
hembra reprime la transcripció n de los genes necesarios
complejos de corte y empalme que pueden generar
para el desarrollo del macho.
diferentes mRNA, con diferentes formas procesadas
expresadas en distintas localizaciones anató micas dentro
La Figura 8-17 ilustra có mo se cree que el complejo del sistema nervioso central. Consideraremos dos
Tra/Tra2/Rbp1 interactú a con el pre-mRNA double-sex ejemplos notables que ilustran el papel crucial de este
(dsx). Rbp1 y Tra2 son proteı́nas SR, pero no interactú an proceso en la funció n neural.
con el exó n 4 en ausencia de la proteı́na Tra. La proteı́na
Tra interactú a con Rbp1 y Tra2, dando como resultado la
Expresión de las proteínas del canal de K+ en las
unió n cooperativa de las tres proteı́nas a seis
células pilosas de vertebrados En el oı́do interno de los
potenciadores del corte y empalme exó nico en el exó n 4.
vertebrados, las “cé lulas pilosas” individuales (que son
La unió n de las proteı́nas Tra2 y Rbp1 luego promueven
neuronas ciliadas) responden muy fuertemente a una
la unió n de U2AF y U2 snRNP al extremo 3 ́ del intró n
frecuencia especı́fica de sonido. Las cé lulas sintonizadas
entre los exones 3 y 4, al igual que lo hacen otras
a una baja frecuencia (∼ 50 Hz) se encuentran en un
proteı́nas SR para los exones procesados
extremo de la có clea tubular que constituye el oı́do
constitutivamente (vé ase la Fig. 8-13). Los complejos
interno; las cé lulas que responden a una alta frecuencia
Tra/Tra2/Rbp1 pueden potenciar la unió n del complejo
de corte/poliadenilació n al extremo 3 ́ del exó n 4. (∼ 5 000 Hz) se encuentran en el otro extremo (Fig. 8-
18a). Las cé lulas entre los extremos responden a un
gradiente de frecuencias entre estos extremos. Un
componente en la sintonizació n de las cé lulas pilosas en
los reptiles y las aves es la apertura de los canales ió nicos
de K+, en respuesta al aumento de las concentraciones
intracelulares de Ca2+. La concentració n de Ca2+ a la que el
canal se abre determina la frecuencia a la cual el potencial
de membrana oscila y por ende, la frecuencia a la que la
cé lula se sintoniza.

El gen que codifica este canal de K+ activado por Ca2+ se


expresa como mú ltiples mRNA procesados de manera
alternativa. Las diversas proteı́nas codificadas por estos
FIGURA 8-17 Modelo de activación del proceso de corte y empalme por la proteína Tra y las proteínas SR
Rbp1 y Tra2. En los embriones hembra de Drosophila, el corte y empalme de los exones 3 y 4 en el pre-mRNA dsx mRNA alternativos se abren a diversas concentraciones
es activado por la unió n de los complejos Tra/Tra2/Rbp1 a seis sitios en el exó n 4. Debido a que Rbp1 y Tra2 no
pueden unirse al pre-mRNA en ausencia de Tra, el exó n 4 es saltado en los embriones machos. Vé ase el texto para de Ca2+ diferentes. Las cé lulas pilosas con diferentes
má s descrip- ció n. A = poliadenilació n. (Adaptado de T. Maniatis y B. Tasic, 2002, Nature 418:236.)
n frecuencias de respuesta expresan diversas isoformas de
la proteı́na del canal, dependiendo de su posició n a lo
largo de la longitud de la có clea. La variació n de la
Los represores y activadores del proceso de
secuencia en la proteı́na es muy compleja: existen al
corte y empalme controlan este proceso en menos ocho regiones en el mRNA donde se utilizan
sitios alternativos exones alternativos, permitiendo la expresió n de 576
posibles isoformas (Fig. 8-18b). El aná lisis por PCR de los los mRNA procesados alternativamente transcritos a
mRNA a partir de cé lulas pilosas individuales, ha partir de mú ltiples genes. En el Capı́tulo 6, se analizó
demostrado que cada cé lula pilosa expresa una mezcla de có mo el deslizamiento hacia atrá s durante la replicació n
diferentes mRNA de canales de K+ activados por Ca2+, con del DNA puede llevar a la expansió n de una repetició n de
diferentes formas que predominan en distintas cé lulas de microsaté lite (vé ase la Fig. 6-5). Al menos 14 tipos
acuerdo a sus posiciones en la có clea. Este notable diferentes de enfermedades neuroló gicas, se producen a
ordenamiento sugiere que el proceso de corte y empalme partir de la expansió n de las regiones de microsaté lites
del pre-mRNA del canal de K+ activado por Ca2+ está dentro de las unidades de transcripció n expresadas en las
regulado en respuesta a señ ales extracelulares, las cuales neuronas. Las regiones largas resultantes de las
informan a la cé lula de su posició n a lo largo de la có clea. secuencias simples repetidas en los RNA nucleares de
estas neuronas, dan como resultados anomalı́as en las
concentraciones relativas de los mRNA procesados
Otros estudios demostraron que el corte y empalme en
alternativamente. Por ejemplo, la má s comú n de este tipo
uno de los sitios de corte alternativos en el pre-mRNA del
de enfermedades, la distrofia miotó nica, se caracteriza
canal de K+ activado por Ca2+ en la rata, se suprime cuando
por pará lisis, discapacidad cognitiva y trastornos de la
una proteincinasa especı́fica es activada por
personalidad y del comportamiento. La distrofia
despolarizació n neuronal en respuesta a la actividad
miotó nica es el resultado del aumento de las copias de las
siná ptica a partir de las neuronas interactuantes. Esta
repeticiones CUG en un transcrito para algunos pacientes,
observació n eleva la posibilidad de que un represor
o de las repeticiones CCUG en otro transcrito para otros
especı́fico del corte y empalme para este sitio puede ser
pacientes. Cuando el nú mero de estas repeticiones
activado cuando es fosforilado por esta proteincinasa,
aumenta a 10 o má s veces del nú mero normal de
cuya actividad a su vez está regulada por actividad
repeticiones en estos genes, las anomalı́as se observan al
siná ptica. Puesto que las proteı́nas hnRNP y SR son
nivel de dos proteı́nas hnRNP que se unen a estas
modificadas en gran extensió n por la fosforilació n y por
secuencias repetitivas. Esto probablemente se debe a que
otras modificaciones postraduccionales, parece probable
dichas hnRNP se unen por la concentració n
que la regulació n compleja del proceso de corte y
anormalmente alta de esta secuencia de RNA en el nú cleo
empalme alternativo del RNA a travé s de modificaciones
de las neuronas en tales pacientes. Se cree que las
postraduccionales de los factores del corte y empalme,
concentraciones anó malas de estas proteı́nas hnRNP
cumpla una funció n significativa en la modulació n de la
conducen a las alteraciones en la velocidad del proceso de
funció n neuronal.
corte y empalme de diferentes sitios de corte y empalme
alternativo, en los mú ltiples pre-mRNA normalmente
regulados por estas proteı́nas hnRNP.

Expresión de las isoformas Dscam en las neuronas


retinales de Drosophila El ejemplo má s extremo de
procesamiento del RNA alternativo regulado revelado
hasta el momento, tiene lugar en la expresió n del gen
Dscam en Drosophila. Las mutaciones en este gen
interfieren con las conexiones siná pticas hechas entre los
axones y las dendritas durante el desarrollo del vuelo. El
aná lisis del gen Dscam mostró que contiene 95 exones
procesados de manera alternativa, los cuales podrı́an ser
empalmados para generar ¡38 016 isoformas posibles!
Resultados recientes demuestran que los mutantes de
Drosophila con una versió n del gen que puede ser
procesada en solo alrededor de 22 000 diferentes formas,
tienen defectos especı́ficos en la conectividad entre las
neuronas. Estos resultados indican que la expresió n de la
mayorı́a de las posibles isoformas Dscam por medio del
corte y empalme regulado del RNA, ayuda a especificar las
decenas de millones de diferentes conexiones siná pticas
entre las neuronas en el cerebro de Drosophila. En otras
palabras, el correcto cableado de neuronas en el cerebro
requiere del proceso de corte y empalme regulado del
RNA.

FIGURA 8-18 Función del corte y empalme alternativo en la percepción de los sonidos de diferentes
frecuencias. (a) La có clea del pollo, un tubo de 5 mm de longitud, contiene un epitelio de cé lulas pilosas auditivas
que se sin- tonizan con un gradiente de frecuencias vibratorias desde 50 Hz en el extremo apical (izquierda) hasta
2+ +
5 000 Hz en el extremo basal (derecha). (b) El canal de Ca activado por K contiene siete hé lices α
transmembranas (S0-S6), que se asocian para formar el canal. El dominio citosó lico, que incluye cuatro regiones
2+
hidró fobas (S7-S10), regula la apertura del canal en respuesta al Ca . Isoformas del canal, codificadas por formas
2+
alternativas de los mRNA producidos a partir del transcrito primario, se abren a diferentes concentraciones de Ca
y por lo tanto responden a diferentes frecuencias. Los nú meros rojos se refieren a regio- nes donde el corte y
empalme alternativo produce diferentes secuencias de aminoá cidos en varias isoformas. (Adaptado de K. P.
Rosenblatt y cols., 1997, Neuron. 19:1061.)

En las neuronas de los vertebrados se han observado FIGURA 8-19 Edición del RNA del pre-mRNA apo-B. El mRNA apoB producido en el hı́gado tiene la misma
secuencia que los exones en el transcrito primario. Este mRNA es traducido a apoB-100, que tiene dos dominios
muchos ejemplos de genes similares a los que codifican el funcio- nales: un dominio N-terminal (verde) que se asocia con lı́pidos y un dominio C-terminal (anaranjado) que
se une a los receptores LDL sobre las membranas celulares. En el mRNA apo-B producido en el intestino, el codó n
canal de K+ coclear; mRNA procesados de manera CAA en el exó n 26 es editado a un codó n de terminació n UAA. Como resultado, las cé lulas intestinales producen
apoB-48, que corresponde al dominio N-terminal de apoB-100. (Adaptado de P. Hodges y J. Scott., 1992, Trends
alternativa, coexpresados a partir de un gen especı́fico en Biochem. Sci. 17:77.)

un tipo de neurona, son expresados a diferentes


concentraciones correlativas en distintas regiones del La edición del RNA altera las secuencias
siste- ma nervioso central. Las expansiones en el nú mero
de repeticiones de microsaté lites dentro de las regiones
de algunos pre-mRNA
transcritas de genes expresados en las neuronas, pueden
causar una alteració n en las concentraciones relativas de
CONCEPTOS CLAVE de la Sección 8.2 Regulación
A mediados de la dé cada de 1980, la secuenciació n de del procesamiento del pre-mRNA
numerosos clones de cDNA y su DNA genó mico
correspondiente a partir de mú ltiples organismos llevó a
la inesperado descubrimiento de otro tipo de • Debido al corte y empalme alternativo de los transcritos
procesamiento del pre-mRNA. En este tipo de primarios, al uso de promotores alternativos y a la
procesamiento, denominado edición del RNA, se altera escisió n en diferentes sitios poli(A), se pueden expresar
la secuencia de un pre-mRNA; como resultado, el diferentes mRNA a partir de un mismo gen en distintos
correspondiente mRNA maduro difiere de los exones que tipos celulares o en diversos estadios del desarrollo
lo codifican en el DNA genó mico. (vé anse las Figs. 6-3 y 8-16).

La edició n del RNA está muy difundida en las • El corte y empalme alternativo puede ser regulado por
mitocondrias de los protozoos y las plantas y tambié n en las proteı́nas de unió n al RNA que se unen a secuencias
los cloroplastos. En las mitocondrias de ciertos especı́ficas cerca de los sitios de corte y empalme. Los
tripanosomas patogé nicos, má s de la mitad de la represores pueden bloquear de manera esté rica la unió n
secuencia de algunos mRNA está alterada respecto de la de los factores de corte y empalme a sitios especı́ficos en
secuencia correspondiente en los transcritos primarios. A los pre- mRNA o inhibir sus funciones. Los activadores del
las adiciones y deleciones de nú meros especı́ficos de U corte y empalme amplifican dicho corte y empalme
siguen los moldes proporcionados por el apareamiento mediante la interacció n con factores del corte y empalme,
de bases de RNA “guı́as” cortos. Estos RNA está n promoviendo de esta manera sus asociaciones con un
codificados por miles de minimolé culas de DNA sitio de corte regulado. Las secuencias de RNA unidas por
mitocondrial circulares concatenados, a muy pocas los represores del corte y empalme se denominan
molé culas de DNA mitocondrial grandes. Es incierta la silenciadores del corte y empalme exó nico o intró nicos,
razó n para este mecanismo barroco de codificar dependiendo de sus localizaciones en un exó n o en un
proteı́nas mitocondriales en tales protozoos. Pero este intró n. Las secuencias unidas por los activadores del
sistema representa un punto diana potencial para corte y empalme se denominan potenciadores del corte y
fá rmacos que inhiban el complejo procesamiento de empalme in- tró nico o exó nico.
enzimas esenciales para el microbio, las cuales no existen
en las cé lulas de los seres humanos o de otros hué spedes • En la edició n del RNA, la secuencia nucleotı́dica de un
vertebrados. pre-mRNA se altera en el nú cleo. En los vertebrados, este
proceso es bastante raro y comprende la desaminació n de
En los eucariontes superiores, la edició n del RNA es una ú nica base en la secuencia del mRNA, dando como
mucho má s rara y por lo tanto hasta ahora ú nicamente se resultado un cambio en el aminoá cido especi- ficado por
han observado cambios de una sola base. Sin embargo, el correspondiente codó n y la producció n de una proteı́na
tales ediciones menores revelaron tener consecuencias funcionalmente diferente (vé ase la Fig. 8-19).
funcionales significativas en algunos casos. Un ejemplo
importante de la edició n del RNA en los mamı́feros 8.3 Transporte del mRNA a través de la
involucra al gen apoB. Este gen codifica dos formas
alternativas de una proteı́na sé rica central en la captació n
envoltura nuclear
y al transporte del colesterol. En consecuencia, es
importante en los procesos patogé nicos que llevan a la Los mRNA totalmente procesados en el nú cleo
ateroesclerosis, la enfermedad arterial que constituye la permanecen unidos a las proteı́nas hnRNP en los
principal causa de muerte en los paı́ses desarrollados. El complejos denominados como mRNP nucleares. Antes de
gen apoB expresa tanto la proteı́na sé rica apolipoproteı́na que un mRNA pueda ser traducido a la proteı́na que
B-100 (apoB-100) en los hepatocitos (el principal tipo codifica, debe ser transportado fuera del nú cleo al
celular en el hı́gado) y la apoB-48, expresada en las citoplasma. La envoltura nuclear es una membrana
cé lulas intestina- les epiteliales. La apoB-48 de ∼ 240 kDa doble que separa el nú cleo del citoplasma (vé ase la Fig. 9-
corresponde a la regió n N- terminal de la apoB-100 de 32). Al igual que la membrana plasmá tica alrededor de las
∼ 500 kDa. Como se detalló en el Capı́tulo 10, ambas cé lulas, cada membrana nuclear consiste en una bicapa
proteı́nas apoB son componentes de complejos fosfolipı́dica impermeable al agua y con mú ltiples
lipoproteicos grandes que transportan lı́pidos en el suero. proteı́nas asociadas. Los mRNP y otras macromolé culas,
Sin embargo, solo los complejos de lipoproteı́na de baja incluyendo los tRNA y las subunidades ribosó micas,
densidad (LDL) que contienen la apoB- 100 en sus atraviesan la envoltura nuclear a travé s de los poros
superficies distribuyen el colesterol a los tejidos del nucleares. Esta secció n se centrará en la exportació n de
cuerpo, mediante su unió n al receptor LDL presente en los mRNP a travé s del poro nuclear y los mecanismos que
todas las cé lulas. permiten algú n nivel de regulació n de este paso. El
trasporte de otras cargas a travé s del poro nuclear se
analiza en el Capı́tulo 13.
La expresió n especı́fica del tipo de cé lula de las dos
formas de apoB es el resultado de la edició n del pre-
mRNA apoB, de manera tal que cambia el nucleó tido en la Las macromoléculas entran y salen del núcleo
posició n 6666 en la secuencia de una C a una U. Esta a través de los complejos del poro nuclear
alteració n, que se produce solo en las cé lulas intestinales,
convierte al codó n CAA para la glutamina en UAA (un
codó n de detenció n) que lleva a la sı́ntesis de la apoB-48 Los complejos del poro nuclear (CPN) son estructuras
má s corta (Fig. 8-19). Estudios con la enzima simé tricas, grandes, compuestas de mú ltiples copias de
parcialmente purificada que efectú a la desaminació n aproximadamente 30 proteı́nas diferentes llamadas
postranscripcional de C6666 a U, muestran que puede nucleoporinas. Embebidas en la envoltura nuclear, los
reconocer y editar un RNA tan corto como de 26 CPN tienen forma cilı́ndrica con un diá metro de ∼ 30 nm
nucleó tidos con la secuencia que rodea la C6666 en el (Fig. 8-20a). Una clase especial de nucleoporinas,
llamadas nucleoporinas FG, alinean el canal central a
transcrito primario de apoB.
travé s del CPN. Las nucleoporinas FG forman una barrera
semipermeable la cual permite que pequeñ as molé culas
se difundan libremente, pero restringe el paso de
molé culas grandes. El dominio globular de la Los filamentos proteicos se extienden desde el centro
nucleoporina FG ancla la proteı́na en la matriz NPC. A hacia el nucleoplasma formando una “cesta nuclear”
partir de estos anclajes, segmentos largos de (vé ase la Fig. 8-20a). Los filamentos proteicos tambié n se
enrollamientos al azar se extienden dentro del canal. extienden hacia el citoplasma. Estos filamentos asisten en
Estas extensiones está n compuestas por secuencias de la exportació n de mRNP. Gle2, una proteı́na adaptadora
aminoá cidos hidró filos separados por repeticiones FG que se une reversiblemente a NXF1 y a una nucleoporina
hidró fobas, secuencias cortas ricas en fenilalanina (F) y en la cesta nuclear, trae a los mRNP nucleares hacia el
glicina (G) hidró fobas. Estos dominios de repeticiones FG poro en preparacion para la exportació n. Una
integran una nube de cadenas polipeptı́dicas en el canal nucleoporina en los filamentos citoplasmá ticos del CPN
central y se extienden hacia el nucleoplasma y el se une a una RNA helicasa (Dbp5), que funciona en la
citoplasma, limitando efectivamente la difusió n libre de disociació n de NXF1/NXT1 y otras proteı́nas hnRNP del
las macromolé culas a travé s del canal. El agua, los iones, mRNP a medida que alcanza el citoplasma.
los metabolitos y las pequeñ as proteı́nas globulares de
hasta ∼ 40-60 kDa pueden difundir a travé s de la nube de
En un proceso llamado remodelación del mRNP, las
dominios con repeticiones FG. Sin embargo, los dominios
proteı́nas asociadas con un mRNA en el complejo mRNP
FG en el canal central forman una barrera que restringe la
nuclear está n intercambiadas por un grupo diferente de
difusió n de las macromolé culas má s grandes entre el
proteı́nas, a medida que el mRNP es transportado a travé s
citoplasma y el nú cleo.
del CPN (Fig. 8-21). Algunas proteı́nas mRNP se disocian
temprano en el transporte, permaneciendo en el nú cleo
Las proteı́nas y las RNP má s grandes de ∼ 40-60 kDa hasta unir otro pre-mRNA naciente recié n sintetizado.
deben ser transportadas de manera selectiva a travé s de Otras proteı́nas mRNP nucleares permanecen con el
la envoltura nuclear, con la asistencia de proteı́nas complejo mRNP al tiempo que atraviesan el poro y por lo
transportadoras solubles que se unen a ellas y tambié n tanto, no se disocian del mRNP hasta que el complejo
interactú an de manera reversible con las repeticiones FG alcanza el citoplasma. Las proteı́nas en esta categorı́a
de las nucleoporinas FG. Como consecuencia de estas incluyen el exportador de mRNP NXF1/NXT1, el complejo
interacciones reversibles con los dominios FG, el de unió n a la caperuza unido a la caperuza 5 ́ y la PABPII
transportador y su carga establemente unida pueden unida a la cola de poli(A). Ellos se disocian del mRNP en
pasar de dominio FG en dominio FG, permitiendo que el lado citoplasmá tico del CPN a travé s de la acció n de la
ambos difundan a favor del gradiente de concentració n RNA helicasa Dbp5 que se asocia con los filamentos
desde el nú cleo hasta el citoplasma. citoplasmá ticos del CPN, como se describió antes. Estas
proteı́nas luego son importadas de regreso al nú cleo,
como se analizó para otras proteı́nas nucleares en el
Los mRNP son transportados a travé s de los CPN Capı́tulo 13, donde pueden funcionar en la exportació n de
mediante los exportadores de mRNP, un heterodı́mero otro mRNP. En el citoplasma, el factor de iniciació n de la
que consiste en una subunidad grande, llamada factor de traducció n de unió n a la caperuza elF4E reemplaza al CPN
exportació n nuclear 1 (NXF1) y una subuni- dad pequeñ a, unido a la caperuza 5 ́ de los mRNP (Fig. 4-24). En los
el transportador de exportació n nuclear 1 (NXT1) (Fig. 8- vertebrados, la proteı́na de unió n a poli(A) nuclear
20b). El NXF1 se une a los mRNP nucleares a travé s de PABPII es reemplazada con la proteı́na de unió n a poli(A)
asociaciones tanto con RNA como con otras proteı́nas en citoplasmá tica PAB- PI (tambié n denominada ası́ debido
el complejo mRNP. Uno de los má s importantes de estos
a que fue descubierta antes que PABPII). Solo una PABP
es el REF (factor de exportació n de RNA), un componente
se encuentra en las levaduras en gemació n, tanto en el
de los complejos exó n-unió n analizados anteriormente, nú cleo como en el citoplasma.
que se une a aproximadamente 20 nucleó tidos en la
direcció n 5 ́ de la unió n exó n-exó n (vé ase la Fig. 8-21). El
exportador de mRNP NXF1/NXT1 tambié n se asocia con Proteína SR de levadura Estudios de S. cerevisiae
las proteı́nas SR unidas a los potenciadores del corte y indican que la direcció n de exportació n de mRNP del
empalme exó nicos. Por lo tanto, las proteı́nas SR nú cleo al citoplasma está controlada por la fosforilació n y
asociadas con los exones funcionan en dirigir tanto el desfosforilació n de las proteı́nas adaptadoras mRNP,
corte y empalme de los pre-mRNA, como en la como la REF que asiste en la unió n del exportador
exportació n de los mRNA completamente procesados a NXF1/NXT1 a los mRNP. En un caso, una proteı́na de
travé s de los CPN al citoplasma. Los mRNP levadura SR (Npl3) funciona como una proteı́na
probablemente se unen a lo largo de sus longitudes adaptadora que promueve la unió n del exportador de
mediante los exportadores de mRNP NXF1/NXT1, los levadura mRNP (Fig. 8-22). La proteı́na SR inicialmente se
cuales interactú an con los dominios FG de las une al pre-mRNA en sus formas fosforiladas. Cuando el
nucleoporinas FG para facilitar la exportació n de los corte 3 ́ y la poliadenilació n se han completado, la
mRNP a travé s del canal central del CPN (Fig. 8-20b). proteı́na adaptadora es desfosforilada por una proteı́na
fosfatasa nuclear especı́fica esencial para la exportació n
de mRNP. Solo la proteı́na adaptadora desfosforilada
puede unirse al exportador mRNP, acoplando ası́ la
exportació n mRNP a la poliadenilació n correcta. Esta es
una forma de “control de calidad” del mRNA. Si el mRNP
naciente no está correctamente procesado, no es
reconocido por la fosfatasa que desfosforila Npl3. En
consecuencia, no es unido por el exportador mRNA y no
es exportado desde el nú cleo. En su lugar es degradado

por el exosoma, el complejo multiproteı́na que degrada
los RNA desprotegidos en el nú cleo y en el citoplasma
FIGURA 8-20 Modelo del paso del transportador a través del complejo del poro nuclear (NPC). (a) Diagrama
para la estructura del NPC. La envoltura nuclear formada por bicapas lipı́dicas se representa en verde. Las proteı́nas (vé ase la Fig. 8-1).
transmembranas representadas en rojo forman un anillo luminal, alrededor del cual se pliega la membrana para
constituir las membranas nucleares interna y externa. Los dominios transmembranas de estas proteı́nas está n
conectados a los dominios globulares en el interior del poro al cual se unen otras nucleopo- rinas, formando la
estructura central. Los dominios globulares de las nucleoporinas FG se muestran en pú rpura. Los dominios FG de
las nucleoporinas FG (formas de gusanos en color tostado) tienen una conformació n aleatoria extendida, que forma Despué s de la exportació n al citoplasma, la proteı́na SR
una nube molecular de polipé ptido aleatorio que se mueve continuamente. (b) Los transportadores nucleares
(NXF1/NXT1) tienen regiones hidró fobas sobre sus superficies que se unen de manera reversible a los dominios Npl3 es fosforilada por una proteincinasa citoplasmá tica
FG en las nucleoporinas FG. Como consecuencia, ellos pueden penetrar la nube molecular en el canal central del
NPC y difundirse hacia adentro y hacia afuera del nú cleo. especı́fica. Esto causa su disociació n del mRNP, junto con
el exportador mRNP. De esta for- ma, la desfosforilació n
de las proteı́nas adaptadoras mRNP en el nú cleo una vez
que se ha completado el procesamiento del RNA y sus aunque menos eficientemente que para el mRNA cortado.
fosforilaciones y la disociació n resultante en el Cuando ambos sitios de corte y empalme está n mutados,
citoplasma, producen una mayor concentració n de los pre-mRNA no se unen de manera eficiente a las snRNP
complejos mRNP-exportador de mRNP en el nú cleo, y por consiguiente, no se bloquea su exportació n.
donde se forman y una menor concentració n de estos
complejos en el citoplasma, donde se disocian. Como
Estudios recientes en levadura, demostraron que una
resultado, la direcció n de la exportació n de mRNP puede
proteı́na nuclear que se asocia con una nucleoporina en la
ser impulsada por difusió n simple a favor de un gradiente
cesta nuclear del CPN es necesaria para retener los pre-
de concentració n del transporte competente del complejo
mRNA asociados a las snRNP en el nú cleo. Si se elimina
exportador de mRNP-mRNP a travé s del CPN, desde el
esta proteı́na o la nucleoporina a la cual se une, se
nú cleo (donde la concentració n es má s elevada) hasta el
exportan los pre-mRNA sin procesar.
citoplasma (donde es má s baja).

Muchos casos de talasemia, una enfermedad hereditaria


Exportación nuclear de los mRNP de los anillos de
que es el resultado de concentraciones anormalmente
Balbiani Las glá ndulas salivales del insecto Chironomous
bajas de proteı́nas de globinas, se deben a mutaciones en
tentans proporcionan un buen sistema modelo para los
los sitios de corte y empalme del gen de globina las cuales
estudios de microscopia electró nica de la formació n de
disminuyen la eliciencia de dicho proceso de corte y
los hnRNP y sus exportaciones a travé s de los CPN. En esta
empalme, pero no evitan la asociació n del pre-mRNA con
larva, los genes en los grandes engrosamientos
las snRNP. Los pre-mRNA de globina sin procesar es
cromosó micos (llamados anillos de Balbiani) se
retenidos en los nú cleos de los reticulocitos y degradados
transcriben de manera abundante a pre-mRNA nacientes
rá pidamente.
que se asocian con proteı́nas hnRNP y son procesados a
mRNP enrolladas con un mRNA final de longitud ∼ 75 kb
(Figs. 8-23a, b). Estos mRNA gigantes codifican grandes
proteı́nas adherentes que fijan la larva en desarrollo a una
hoja. Despué s del procesamiento del pre-mRNA en los
hnRNP de los anillos de Balbiani, los mRNP resultantes se
mueven a travé s de los poros nucleares hasta el
citoplasma. Las microfotografı́as electró nicas de las
seccio- nes de estas cé lulas muestran que los mRNP
parecen desenrollarse durante su paso a travé s de los
poros nucleares y luego se unen a los ribosomas, a medida
que entran en el citoplasma. Este desenrollamiento
probablemente sea una consecuencia de la remodelació n
de los mRNP, como resultado de la fosforilació n de las
proteı́nas mRNP por las cinasas citoplasmá ticas y la
acció n de la RNA helicasa asociada con los filamentos
citoplasmá ticos del CPN, segú n se analizó en la secció n
anterior. La observació n de que los mRNP se asocian con
los ribosomas durante el transporte indica que el extremo
5 ́ se abre camino a travé s del complejo del poro nuclear. FIGURA 8-21 Remodelación de los mRNP du- rante la exportación nuclear. Algunas proteı́nas mRNP
(rectá ngulos) se disocian de los complejos mRNP nucleares antes de ser exportadas a travé s de los NPC. Algunas

Estudios detallados por microscopia electró nica acerca (ovales) son exportadas a travé s del NCP asociados con el mRNP, pero se disocian en el citoplasma y son
transportadas de vuelta al nú cleo a travé s de un NPC. En el citoplasma, el factor de inicia- ció n de la traducció n

del transporte de los mRNP del anillo de Balbiani a travé s elF4E reemplaza a CBC unido a la caperuza 5 ́ y PABPI reemplaza a PABPII.

de los complejos del poro nuclear, condujo al modelo que


se describe en la Figura 8-23c.

Los pre-mRNA en los espliceosomas no son


exportados desde el núcleo

Es muy importante que solo los mRNA maduros


totalmente procasados sean exportados desde el nú cleo,
debido a que la traducció n de los pre-mRNA
incompletamente procesados contiene intrones que
podrı́an producir proteı́nas defectuosas, las cuales
pueden interferir con el funcionamiento de la cé lula. Para
evitar esto, a los pre-mRNA asocia- dos con los snRNP en
los espliceosomas se les suele impedir que sean
transportados al citoplasma.

En un tipo de experimento que demuestra esta FIGURA 8-22 Fosforilación reversible y dirección de la exportación nucleardemRNP. Paso: la proteı́na SR de
levadura NpI 3 seunealos pre-mRNA nacientes en su forma fosforilada. Paso : cuando la poliadenilació n se produjo
restricció n, un gen que codifica un pre-mRNA con un de forma exitosa, la fosfatasa nuclear Glc7 esencial para la exportació n del mRNP desfosforila a NpI3, promoviendo
la unió n del exportador mRNP de levadura, NXF1/NXT1. Paso : el exportador mRNP permite la difusió n del
ú nico intró n que normalmente es eliminado se mutó para complejo mRNP a travé s del canal central del complejo del poro nuclear (NPC). Paso 4 la proteincinasa
citoplasmática Sky1 fosforila a Npl3 en el citoplasma causando la disociació n del exportador de mRNP y NpI3
introducirle desviaciones de las secuencias de consenso fosforilado, proba- blemente a travé s de la acció n de una RNA helicasa asociada con los filamen- tos citoplasmá ticos
NPC. El transportador de mRNA y el NpI3 fosforilado son llevados de regreso al nú cleo a travé s de los NPC. El mRNA
del sitio de corte y empalme. La mutació n de cualquiera transportado está disponible para la traducció n en el citoplasma. (De E. Izaurralde, 2004, Nat. Struct. Mol. Biol.
11:210-212. Vé ase W. Gilbert y C. Guthrie, 2004, Mol. Cell 13:201-212.)
de las bases invariantes de los sitios de corte y empalme
5 ́ y 3 ́ en los extremos del intró n, da como resultado que
los pre-mRNA son unidos por las snRNP para formar los La proteína Rev regula el transporte de los
espliceosomas; sin embargo, se bloqueó el proceso de mRNA virales no procesados
corte y empalme y los pre-mRNA se retuvieron en el
nú cleo. Por el contrario, las mutaciones de ambos sitios de Como se analizó anteriormente, el transporte de los
corte y empalme 5 ́ y 3 ́ en el mismo pre-mRNA dio como mRNP conteniendo los mRNA funcionales y maduros
resultado la exportació n del pre-mRNA no procesado, desde el nú cleo hasta el citoplasma comprenden un
mecanismo complejo, el cual es crı́tico para la ex- presió n
gé nica (vé anse las Figs. 8-21, 8-22 y 8-23). La regulació n
de este transporte teó ricamente podrı́a proporcionar
otro significado del control gé nico, aunque parece ser
relativamente raro. En efecto, los ú nicos ejemplos
conocidos de exportació n de mRNA regulado se producen
durante la respuesta celular a las condiciones (p. ej.,
choque té rmico) que causan la desnaturalizació n de
proteı́nas, o durante la infecció n viral cuando las
alteraciones inducidas por el virus en el transporte nu-
clear maximizan la replicació n viral. Aquı́ describiremos
la regulació n de la exportació n del mRNP mediada por
una proteı́na codificada por el virus de la
inmunodeficiencia humana (HIV).

Un retrovirus (HIV), integra una copia de DNA de su


genoma RNA en el DNA de la cé lula hué sped (vé ase la Fig.
4-49). El DNA viral integrado (o provirus) contiene una
ú nica unidad de transcripció n, que es transcrita a un
ú nico transcrito primario mediante la RNA polimerasa
celular II. El transcrito HIV puede ser cortado y
empalmado en formas alternativas para dar tres clases de
mRNA: un mRNA no procesado de ∼ 9-kb; mRNA de ∼ 4
kb formados por eliminació n de un intró n; y mRNA de ∼ 2
kb formados por eliminació n de dos o má s intrones (Fig.
8-24). Despué s de sus sı́ntesis en el nú cleo de la cé lula
hué sped, las tres clases de mRNA del HIV son
transportadas hasta el citoplasma y traducidas a FIGURA 8-23 Formación de las partículas de ribonucleoproteína hete- rogénea (hnRNP) y exportación de

proteı́nas virales; alguno de los RNA sin procesar de 9 kb los mRNP desde del núcleo. (a) Modelo de un lazo de transcripció n de cromatina y ensamblado del mRNP anillo
del Balbiani en Chironomous tentans. Los transcritos de RNA nacientes producidos a partir del DNA molde

se usa como genoma viral en los viriones progenie que se rá pidamente se asocian con proteı́nas, formando las hnRNP. El incremento gradual en tamañ o de las hnRNP refleja
la longitud creciente de los transcritos de RNA a distancias mayores desde el sitio de inicio de la transcripció n. El
modelo se reconstruyó a partir de microfoto- grafı́as electró nicas de cortes finos seriados de cé lulas de glá ndulas
desprenden por gemació n desde la superficie celular. salivales. (b) Diagrama esquemá tico de la biogé nesis de las hnRNP. Siguiendo con el procesamiento del pre-mRNA,
la partı́cula de ribonucleoproteı́na resultante es denominada como mRNP. (c) Modelo para el transporte de los
mRNP BR a travé s del complejo del poro nuclear (NPC) sobre la base de estudios de microscopia electró nica. Nó tese
que los mRNP curvados parecen desenrollarse a medida que pasan a travé s de los poros nucleares. A medida que

Puesto que los mRNA del HIV de 9 kb y de 4 kb contienen el mRNA entra al citoplasma, rá pidamente se asocia con los ribosomas, indicando que el extremo 5 ́ pasa a travé s
del primer NPC. (Parte [a] de C. Erricson y cols., 1989, Cell 56:631; cortesı́a de B. Daneholt. Partes [b] y [c] adaptado

sitios de corte y empalme, pueden ser vistos como mRNA de B. Daneholt, 1997, Cell 88:585. Vé ase tambié n B. Daneholt, 2001, Proc. Nat ́l. Acad. Sci. USA 98:7012.)

procesados de manera incompleta. Como se analizó


anteriormente, la asociació n de tales mRNA
incompletamente procesados con las snRNP en los
espliceosomas normalmente bloquean sus exportaciones
desde el nú cleo. Ası́ el HIV, al igual que otros retrovirus,
debe tener algunos mecanismos para superar este
bloqueo, permitiendo la exportació n de los mRNA virales
má s largos. Algunos retrovirus han desarrollado una
secuencia denominada elemento de transporte
constitutivo (CTE), la cual se une al exportador mRNP
NXF1/NXT1 con mayor afinidad, permitiendo ası́ la
exportació n del RNA retroviral sin procesar al citoplasma.
El HIV resolvió el problema de manera diferente. FIGURA 8-24 Transporte de los mRNA HIV desde el núcleo hasta el citoplasma. El genoma HIV, que contiene
diversas regiones codificadoras, se transcribe a un ú nico transcrito primario de 9 kb. Diversos mRNA ∼ 4 kb
resultan a partir del corte y eliminació n de cualquiera de los variados intrones (lı́neas discontinuas) y diversos
mRNA ∼ 2 kb del corte y eliminació n de dos o má s intrones alternativos. Despué s del transporte al citoplasma, las
distintas especies de RNA son traducidas a diferentes proteı́nas virales. La proteı́na Rev, codificada por un mRNA
Estudios con mutantes HIV demostraron que el de 2 kb, interactú a con el elemento de respuesta a Rev (RRE) en los mRNA no procesados y procesados una sola
vez, estimulando sus transpor- tes al citoplasma. [Adaptado de B. R. Cullen y M. H. Malim, 1991, Trends Biochem. Sci.
transporte desde el nú cleo hasta el citoplasma de los 16:346.]

mRNA virales no procesados de 9 kb, ası́ como del


procesado una vez de 4 kb, requiere la proteı́na Rev CONCEPTOS CLAVE de la Sección 8.3
codificada por el virus. Experimentos bioquı́micos Transporte del mRNA a través
posteriores demostraron que Rev se une a elementos de
respuesta Rev (RRE) presentes en el RNA del HIV. En las
de la envoltura nuclear
cé lulas infectadas con mutantes de HIV que carecen del
RRE, los mRNA virales sin procesar y los procesados una • La mayorı́a de los mRNP son exportados desde el nú cleo por un exportador
mRNP heterodimé rico que interactú a con las repeticiones FG de las
vez permanecen en el nú cleo, demostrando que el RRE es nucleoporinas FG (vé ase la Fig. 8-20). La direcció n de transporte (nú cleo
necesario para la estimulació n mediada por Rev del → citoplasma) puede resultar en la disociació n del complejo exportador-
exportador nuclear. Al comienzo de una infecció n antes mRNP en el citoplasma, a travé s de la fosforilació n de las proteı́nas mRNP
de que se sintetice la proteı́na Rev, solo se pueden mediante cinasas citoplasmá ticas y la acció n de una RNA helicasa asociada
con los filamentos citoplasmá ticos de los com- plejos del poro nuclear.
exportar los mRNA de 2 kb con mú ltiples cortes y
empalmes. Uno de estos mRNA de 2 kb codifica para Rev,
• El exportador mRNP se une a la mayorı́a de los mRNA de forma cooperativa
el cual contiene una señ al de exportació n nuclear rica en con las proteı́nas SR unidas a los exones y con REF asociada a los complejos
leucina que interactú a con el transportador Exportina 1. de unió n exó n, los cuales se ligan a los mRNA a continuació n del corte y
Como se analizará en el Capı́tulo 13, la traducció n y la im- empalme del RNA, ası́ como se une a proteı́nas mRNP adicionales.
portació n nuclear de Rev da como resultado la
exportació n del mRNA del HIV má s largo sin procesar y • Los pre-mRNA unidos por un espliceosoma normalmente no son
de los procesados una vez, a travé s del complejo del poro exportados desde el nú cleo, asegurando que solo los mRNA funcionales
completamente procesados alcancen el citoplasma para su traducció n.
nuclear.
8.4 Mecanismos citoplasmáticos de Los micro-RNA reprimen la traducción de
control postranscripcional mRNA específicos

Antes de avanzar, repasemos rá pidamente los pasos en la Los micro-RNA (miRNA) se descubrieron por primera vez
expresió n gé nica en los cuales se ejerce control. En los durante el aná lisis de mutaciones en los genes lin-4 y let-
capı́tulos anteriores vimos que la regulació n de la 7 del nematodo C. elegans, que influye en el desarrollo del
iniciació n de la transcripció n y la elongació n de la organismo. La clonació n y el aná lisis de lin-4 y let-7 de tipo
traducció n en la regió n proximal al promotor, son los silvestre revelaron que ellos no codifican productos
mecanismos iniciales para el control de la expresió n proteicos, sino má s bien RNA de solo 21 y 22 nucleó tidos
gé nica en la vı́a de la expresió n gé nica DNA → RNA de longitud, respectivamente. Los RNA se hibridan a las
→ proteı́na. En las secciones anteriores de este capı́tulo, regiones 3 ́ no traducidas de los mRNA diana especı́ficos.
aprendimos que la expresió n de las isoformas de proteı́na Por ejemplo, el miRNA del lin-4, que se expresa temprano
está controlada por la regulació n del corte y empalme en la embriogé nesis, se hibrida a las regiones 3 ́ no
alternativo del RNA y la escisió n y poliadenilació n de los traducidas tanto de los mRNA del lin-14 como del lin-28
sitios de poli(A) alternativos. Aunque la exportació n en el citoplasma, reprimiendo de esta forma sus
nuclear de los mRNP total y correctamente procesados al traducciones mediante un mecanismo analizado a
citoplasma en raras ocasiones está regulada, se evita la continuació n. La expresió n del miRNA lin-4 cesa má s
exportació n de los pre-mRNP procesados tarde en el desarrollo, permitiendo la traducció n de los
inadecuadamente o remodelados de manera aberrante, y mRNA de lin-14 y lin-28 recié n sintetizados. La expresió n
tales transcritos anó malos son degradados por el del miRNA del let-7 se produce en momentos
exosoma. Sin embargo los retrovirus, incluyendo al HIV, comparables durante la embriogé nesis de todos los
han desarrollado mecanismos que permiten que los pre- animales con simetrı́a bilateral.
mRNA que retienen sitios de corte y empalme sean
exportados y traducidos. La regulació n de la traducció n de miRNA parece estar
ampliamente diseminada en todas las plantas y animales
En esta secció n se considerará n otros mecanismos de multicelulares. En los ú ltimos añ os se han aislado,
control pos-transcripcional para regular la expresió n de clonado y secuenciado RNA pequeñ os de 20-26
algunos genes. La mayorı́a de estos mecanismos nucleó tidos, de varios tejidos de mú ltiples organismos
funcionan en el citoplasma, controlando la estabilidad o la modelo. Estimaciones recientes sugieren que la expresió n
localizació n del mRNA o su traducció n en proteı́na. de un tercio de todos los genes humanos está regulada
Comenzamos con el aná lisis de dos mecanismos de por ∼ 500 miRNA humanos aislados de varios tejidos. El
control gé nico relacionados, recientemente descubiertos, potencial de regulació n de mú ltiples mRNA por un miRNA
los cuales proporcionan nuevas té cnicas poderosas para es formidable, debido a que el apareamiento de bases
la manipulació n de la expresió n de genes especı́ficos para entre el miRNA y la secuencia en los extremos 3 ́ de los
propó sitos terapé uticos y experimentales. Estos mRNA que ellos regulan no necesita ser perfecta (Fig. 8-
mecanismos está n controlados por los RNA de una hé lice, 25). En efecto, la considerable experimentació n con
cortos, de ∼ 22 nucleó tidos, llamados micro-RNA miRNA sinté ticos demostró que la complementariedad
(miRNA) y RNA de interferencia o inhibidor pequeño entre seis o siete nucleó tidos de un miRNA y su regió n 3 ́
(siRNA). Ambos forman apareamiento de bases con los no traducida del mRNA diana son cruciales para la
mRNA diana especı́ficos, ya sea inhibiendo sus selecció n de un mRNA diana.
traducciones (miRNA) o causando sus degradaciones
(siRNA). Los seres humanos expresan ∼ 500 miRNA. La La mayorı́a de los miRNA son procesados a partir de los
mayorı́a de estos se expresan en tipos celulares transcritos de la RNA polimerasa II de varios cientos a
especı́ficos en momentos particulares durante la miles de nucleó tidos de longitud, llamados pri-miRNA
embriogé nesis y despué s del nacimiento. Muchos miRNA (por transcrito primario) (Fig. 8-26). Los pri-miRNA
se pueden dirigir a má s de un mRNA. En consecuencia, pueden contener la secuencia de uno o má s miRNA. Los
estos mecanismos recientemente descubiertos miRNA tambié n son procesados a partir de algunos
contribuyen signiQicativamente a la regulació n de la intrones escindidos y a partir de las regiones 3 ́ no
expresió n gé nica. Los siRNA, involucrados en el proceso traducidas de algunos pre-mRNA. Dentro, estos
llamado interferencia por RNA, tambié n son defensas transcritos largos tienen secuencias que se pliegan en
celulares importantes contra la infecció n viral y la estructuras con forma de horquilla de ∼ 70 nucleó tidos
excesiva transposició n por parte de los transposones. de longitud, con apareamientos de bases imperfectos en
el tallo. Una RNasa nuclear especı́fica para RNA doble
FIGURA 8-25 El apareamiento de bases con los RNA dianas distingue a los miRNA y los siRNA. (a) Los miRNA
se hibridan de manera imperfecta con sus mRNA diana, reprimiendo la traducció n del mRNA. Los nucleó tidos 2 a 7
hebra llamada Drosha, actú a con una proteı́na de unió n a
de un miRNA (resaltado en celeste) son los má s importantes para seleccionar un mRNA especı́fico. (b) El siRNA se
hibrida perfectamente con su mRNA diana, causando un corte del mRNA en la posició n indicada por la flecha roja,
RNA doble hebra llamada DGCR8 en los seres humanos
desenca- denando su rá pida degradació n (Pasha en Drosophila), y corta y elimina la regió n del bucle
del precursor de RNA generando un pre-miRNA. Los pre-
miRNA son reconocidos y unidos por un transportador
nuclear especı́fico, Exportina 5, que interactú a con los
dominios FG de las nucleoporinas, permitiendo que el
complejo difunda a travé s del canal interior del complejo
de poro nuclear, como se describió antes (vé anse la Fig. 8-
20 y el Cap. 13). Una vez en el citoplasma, una RNasa
especı́fica de RNA doble hebra llamada Dicer actú a con
una proteı́na de unió n a RNA doble hebra citoplasmá tica
llamada TRBP en los seres humanos (por proteı́na de
unió n a Tar; denominada Loquacious en Drosophila), para
procesar aú n má s al pre-miRNA en un miRNA doble
hebra. El miRNA doble hebra tiene una longitud
aproximada a dos vueltas de una hé lice de RNA de la
forma A, con hebras de 21-23 nucleó tidos de largo y dos
nucleó tidos 3 ́ desapa- reados en cada extremo.
Finalmente, se selecciona una de las dos hebras para lo cual demuestra la importancia de los miRNA en la
ensamblarla en un complejo silenciador inducido por regulació n adecuada del nivel de traducció n de mú ltiples
RNA (RISC), el cual contiene un miRNA maduro de una mRNA. De los ∼ 500 miRNA humanos, el 53% parece ser
hé lice unido mediante una proteı́na Argonauta ú nico de los primates. Parece probable que los nuevos
multidominio, un miembro de una familia de proteı́nas miRNA surgieron rá pidamente durante la evolució n por
con una secuencia conservada reconocible. Diversas duplicació n de un gen pri-mRNA, seguido por la mutació n
proteı́nas Argonautas se expresan en algunos de bases que codificaba el miRNA maduro. Los miRNA son
organismos, en especial en plantas y se encuentran en particularmente abundantes en las plantas: ¡se han
distintos complejos RISC con diferentes funciones. caracterizado má s de 1,5 millones de miRNA diferentes
en Arabidopsis thaliana!
Los complejos miRNA-RISC se asocian con las mRNP
diana mediante apareamiento de bases entre el miRNA
maduro unido a Argonauta y a zonas complementarias a
las regiones 3 ́ no traducidas (3 ́ UTR) de los mRNA diana
(vé ase la Fig. 8-25). La inhibició n de la traducció n del
mRNA diana requiere la unió n de dos o má s complejos
RISC para distinguir las regiones complementarias en la
regió n 3 ́ UTR del mRNA diana. Se ha sugerido que esto
puede permitir la regulació n combinatoria de la
traducció n del mRNA mediante la regulació n separada de
la transcripció n de dos o má s pri-miRNA diferentes, los
cuales son procesados a los miRNA requeridos en la
combinació n para suprimir la traducció n de un mRNA
diana especı́fico.

La unió n de diversos complejos RISC a un mRNA inhibe la


iniciació n de la traducció n mediante un mecanismo que
se está analizando en la actualidad. La unió n de los
complejos RISC causa la unió n de los mRNP para
asociarse con dominios citoplasmá ticos densos, muchas
veces del tamañ o de un ribosoma, llamados cuerpos de
procesamiento del RNA citoplasmá tico o simplemente
cuerpos P. Los cuerpos P, que se describirá n con mayor
detalle a continuació n, son sitios de degradació n del RNA
que no contienen ribosomas o factores de traducció n, lo
cual podrı́a explicar la inhibició n de la traducció n. La
asociació n con los cuerpos P tambié n puede explicar por
qué la expresió n de un miRNA suele disminuir la
estabilidad de un mRNA diana.

Como se mencionó anteriormente, se han observado


aproximadmente ∼ 500 miRNA humanos diferentes,
muchos de ellos expresados solo en tipos celulares
especı́ficos. La determinació n de la funció n de estos
miRNA es en la actualidad un á rea de investigació n muy
activa. En un ejemplo, un miRNA especı́fico llamado miR-
133 es inducido cuando los mioblastos se diferencian a
cé lulas musculares. El miR-133 elimina la traducció n de FIGURA 8-26 Procesamiento del miRNA. Este diagrama muestra la trans- cripción y procesamiento del miR-
PTB, un factor de corte y empalme regulador que funciona 1-1 miRNA. El transcrito primario de miRNA (pri-miRNA) es transcrito por la RNA polimerasa II. La
endorribonucleasa nuclear Drosha, especı́fica de RNA doble hebra, con su compañ era la proteı́na DGCR8 de unió n
de modo similar a Sxl en Drosophila (vé ase la Fig. 8-16). a RNA doble hebra (Pasha en Drosophila), realiza los cortes iniciales en el pri-miRNA, generando un pre-miRNA de
∼ 70 nucleó tidos que es exportado al citoplasma por el transportador nuclear Exportina 5. El pre-miRNA es
El PTB se une a la regió n del sitio de corte y empalme 3 ́ posteriormente procesado aú n má s en el citoplasma a un miRNA doble he- bra con un extremo 3 ́ de una hé lice de
2 bases, en conjunció n con la proteı́na de unió n a RNA doble hé lice TRBP (Loquatious en Drosophila). Finalmente,
en los pre- mRNA de muchos genes, llevando a la omisió n una de las dos hebras es incorporada al complejo RISC, donde se une a la proteı́na Argonauta.

del exó n o a utilizar sitios de corte y empalme 3 ́


alternativos. Cuando miR-133 se expresa en los FIGURA EXPERIMENTAL 8-27 Función del miRNA en el desarrollo de los miembros. Las microfotografı́as
comparan el miembro normal (izquierda) y el silenciamiento de Dicer (derecha) de embriones murinos de 13 dı́as
mioblastos en proceso de diferenciació n, la concentració n de desarro- llo con inmunotinció n de la proteı́na Gd5, un marcador de formació n articular. Dicer está silenciada en
los embriones murinos en desarrollo por la expresió n condicional de Cre que induce deleció n del gen Dicer solo en
de PTB disminuye sin reducir de modo significativo la estas cé lulas (vé ase la Fig. 5-42).

concentració n del mRNA de PTB. Como resultado, se


expresan isoformas alternativas de mú ltiples proteı́nas
importantes para la funció n de la cé lula muscular en las
cé lulas diferenciadas.

Se está n descubriendo otros ejemplos de regulació n de


miRNA en diversos organismos a un ritmo rá pido. La
inactivació n (noqueo de genes) del gen dicer elimina la
generació n de miRNA en los mamı́feros. Esto causa la
muerte embrionaria temprana en el desarrollo del rató n.
Sin embargo, cuando dicer se elimina en los primordios de
las extremidades, se puede observar la influencia del
miRNA en el desarrollo de las extremidades no esenciales La interferencia por RNA induce la
(Fig. 8-27). Aunque los principales tipos de cé lulas se degradación de los mRNA perfectamente
diferencian y los aspectos fundamentales del patró n de complementarios
las extremidades se mantienen, el desarrollo es anormal,
La interferencia de RNA (RNAi) se descubrió de manera proteı́na de unió n al RNA doble hebra TRBP (vé ase la Fig.
inesperada durante intentos de manipular 8-26). Este proceso de interferencia de RNA se cree que
experimentalmente la expresió n de genes especı́ficos. Los es una defensa celular ancestral contra ciertos virus y
investigadores trataron de inhibir la expresió n de un gen elementos gené ticos mó viles, tanto en plantas como en
en C. elegans mediante microinyecció n de un RNA animales. Las plantas con mutaciones en los genes que
complementario de una hé lice, que podrı́a hibridarse al codifican las proteı́nas Dicer y RISC exhiben sensibilidad
mRNA codificado y evitar su traducció n, un mé todo incrementada a la infecció n por virus RNA y movimiento
llamado inhibició n antisentido. Pero en los experimentos aumentado de transposones dentro de sus genomas. Se
control, el RNA doble hebra perfectamente apareado unos cree que los intermediarios de RNA de doble hé lice
pocos cientos de pares de bases de longitud, fue mucho generados durante la replicació n de los virus de RNA son
má s eficaz en la inhibició n de la expresió n del gen que la reconocidos por las ribonucleasas Dicer, induciendo una
hebra antisentido sola (vé ase la Fig. 5-45). En las plantas respuesta RNAi que en ú ltima instancia degrada los
se observó similar inhibició n de la expresió n gé nica por mRNA virales. Durante la transposició n, los transposones
un RNA doble hebra introducido. En cada caso, el RNA se insertan dentro de genes celulares en una orientació n
doble hebra indujo la degradació n de todos los RNA aleatoria y sus transcripciones a partir de diferentes
celulares, conteniendo una secuencia que fue promotores producen los RNA complementarios que se
exactamente la misma que una de las hebras de la doble pueden hibridar entre sı́, iniciando el sistema RNAi que
hebra de RNA. Debido a la especificidad de la luego interfiere con la expresió n de las proteı́nas
interferencia de RNA en los mRNA diana para la transposó nicas necesarias para las transposiciones
destrucció n, esta se ha tornado una herramienta adicionales.
experimental para el estudio de la funció n gé nica.
En las plantas y en C. elegans la respuesta por RNAi se
Posteriores estudios bioquı́micos con extractos de puede inducir en todas las cé lulas del organismo
embriones de Drosophila, mostraron que un RNA doble mediante introducció n de RNA doble hebra en solo unas
hebra largo que media la interferencia es inicialmente pocas cé lulas. Tal inducció n que abarca todo el organismo
procesado a un RNA de interferencia corto doble hebra requiere la producció n de una proteı́na que es homó loga
(siRNA). Estas hebras en el siRNA contienen 22-23 a la RNA replicasa de los virus de RNA. Se ha revelado que
nucleó tidos hibridados entre sı́, de manera tal que las dos los siRNA doble hebra son replicados y luego transferidos
bases en el extremo 3 ́ de cada hebra son hé lice sencilla. a otras cé lulas en estos organismos. En las plantas, la
Estudios posteriores revelaron que la ribonucleasa transferencia de siRNa podrı́a ocurrir a travé s de los
especı́fica de RNA doble hebra citoplasmá tica que corta el plasmodesmos, las conexiones citoplasmá ticas entre las
RNA doble hebra largo en siRNA, es la misma enzima cé lulas vegetales que atraviesan las paredes celulares
Dicer involucrada en el procesamiento de los pre-miRNA entre ellas (vé ase la Fig. 20-38). La inducció n en todo el
despué s de sus exportaciones del nú cleo al citoplasma organismo de la interferencia de RNA no ocurre en
(vé ase la Fig. 8-26). Este hallazgo llevó a descubrir que la Drosophila o en mamı́feros, presumiblemente debido a
interferencia de RNA y la represió n de la traducció n que sus genomas no codiQican homó logos de RNA
mediada por miRNA son procesos relacionados. En replicasa.
ambos casos, el RNA simple hebra corto maduro, ya sea
siRNA maduro o miRNA maduro, está ensamblado en
En las cé lulas de mamı́fero, la introducció n de las
complejos RISC en los cuales los RNA cortos está n unidos
molé culas dú plex RNA-RNA largas en el citoplasma da
a una proteı́na Argonauta. Lo que distingue a un complejo
como resultado la inhibició n generalizada de la sı́ntesis de
RISC que contiene un siRNA de uno que contiene un
proteı́na a travé s de la vı́a PKR, analizada má s adelante.
miRNA, es que el siRNA forma apareamientos de bases
Esto limita en gran medida el uso de los RNA doble hebra
má s extensos con sus RNA diana e induce su escisió n,
largos para inducir experimentalmente una respuesta
mientras que un complejo RISC asociado con un miRNA
RNAi contra un mRNA diana especı́fico.
reconoce su diana a travé s del apareamiento imperfecto y
Afortunadamente, los in- vestigadores descubrieron que
da como resultado la inhibició n de la traducció n.
una hebra de los siRNA doble hebra de 21-23 nucleó tidos
de longitud con regiones de dos bases de hé lice sencilla
La proteı́na Argonauta es responsable del corte del RNA en 3’ lleva a la generació n de complejos RISC siRNA, sin
diana; un dominio de la proteı́na Argonauta es homó loga in- ducir la inhibició n generalizada de sı́ntesis de
a las enzimas RNasa H que degradan el RNA de un hı́brido proteı́na. Esto ha permitido a los investigadores el uso de
de RNA-DNA (vé ase la Fig. 6-14). Cuando el extremo 5 ́ del los siRNA doble hebra sinté ticos para “inactivar” la
RNA corto de un complejo RISC se aparea precisamente expresió n de genes especı́ficos en las cé lulas humanas, ası́
con un mRNA diana a una distancia de una vuelta de una como tambié n en otros mamı́feros. Este mé todo de
hé lice de RNA (10-12 pares de bases), este dominio de silenciamiento génico por siRNA ahora es ampliamente
Argonauta corta el enlace fosfodié ster del RNA diana a usado en estudios de diversos procesos, incluyendo la vı́a
travé s de los nucleó tidos 10 y 11 del siRNA (vé ase la Fig. RNAi en sı́ misma.
8-25). Los RNA cortados son liberados y posteriormente
degradados por exosomas citoplasmá ticos y
exorribonucleasas 5 ́. Si el apareamiento de bases no es La poliadenilación citoplasmática
perfecto, el dominio Argonauta no corta o libera el mRNA estimula la traducción de algunos mRNA
diana. En efecto, si varios complejos RISC-miRNA se
asocian con un mRNA diana, se inhibe su traducció n y el
Ademá s de la represió n de la traducció n por parte de los
mRNA se asocia con los cuerpos P, donde como se
miRNA, otros controles de traducció n mediados por
mencionó antes, es probable que sea degradado por un
proteı́na ayudan a regular la expresió n de algunos genes.
mecanismo má s lento y diferente que la vı́a de
Las secuencias reguladoras (o elementos) en los mRNA
degradació n iniciada por la escisió n de RISC de un RNA
que interactú an con proteı́nas especı́ficas para controlar
diana perfectamente complementario.
la traducció n, generalmente está n presentes en la regió n
no traducida (UTR) en el extremo 3 ́ o 5 ́ de un mRNA.
Cuando el RNA doble hebra es introducido en el Aquı́ se analiza un tipo de control de traducció n mediado
citoplasma de cé lulas eucariontes, entra a la vı́a para el por proteı́na que involucra los elementos reguladores 3 ́.
ensamblado de los siRNA en un complejo RISC debido a Má s adelante se analiza un mecanismo diferente que
que es reconocido por la enzima citoplasmá tica Dicer y la
involucra proteı́nas de unió n al RNA, las cuales necesarios para iniciar la traducció n (Fig. 8-28, derecha;
interactú an con los elementos reguladores 5 ́. vé ase la Fig. 4-24). En el caso de la maduració n del ovocito
de Xenopus, la proteincinasa que fosforila a CPEB es
activada en respuesta a la hormona progesterona. Ası́, la
La traducció n de muchos mRNA eucariontes está
sincronizació n de la traducció n de los mRNA
regulada por proteı́nas de unió n a RNA especı́ficos de
almacenados que codifican proteı́nas necesarias para la
secuencia, que se unen de ma- nera cooperativa a sitios
maduració n del ovocito está regulada por esta señ al
vecinos en las UTR 3 ́. Esto les permite funcionar de modo
externa.
combinatorio, similar a la unió n cooperativa de los
factores de transcripció n a sitios reguladores en una
regió n promotora. En la mayorı́a de los casos estudiados, Es considerable la evidencia que indica que un
la traducció n es reprimida por una unió n proteica a los mecanismo similar de control de la traducció n cumple
elementos regulatorios 3’ y la regulació n se produce a una funció n en el aprendizaje y la memoria. En el sistema
partir de la desrepresió n en el momento o lugar adecuado nervioso central, los axones de alrededor de miles de
en una cé lula o embrió n en desarrollo. El mecanismo de neuronas pueden hacer conexiones (sinapsis) con las
tal represió n se comprende mejor para los mRNA que dendritas de una ú nica neurona postsiná ptica (Fig. 22-
deben sufrir poliadenilación citoplasmática antes de que 23). Cuando uno de estos axones está estimulado, la
puedan ser traducidos. neurona postsiná ptica “recuerda” cuá l de estas miles de
sinapsis fue estimulada. La siguiente vez que la sinapsis
es estimulada, la fuerza de la respuesta desencadenada en
La poliadenilació n citoplasmá tica es un aspecto crucial de
la cé lula postsiná ptica difiere de la primera vez. Se ha
la expresió n gé nica en el embrió n temprano de animales.
demostrado que este cambio en la respuesta resulta en
Las cé lulas huevo (ovocitos) de los animales
gran parte de la activació n de la traducció n de los mRNA
multicelulares contienen muchos mRNA, que codifican
almacenados en la regió n de la sinapsis, llevando a la
numerosas proteı́nas diferentes las cuales no se traducen
sı́ntesis local de nuevas proteı́nas que incrementen de
despué s de que el ó vulo es fecundado por un
tamañ o la sinapsis y alteren las caracterı́sticas
espermatozoide. Algunos de estos mRNA “almacenados”
neurofisioló gicas. El hallazgo de que CPEB está presente
tienen una cola de poli(A) corta, que tiene só lo ∼ 20-40
en las dendritas neuronales ha conducido a la propuesta
residuos de A, a la cual se pueden unir apenas una pocas
de que la poliadenila- ció n citoplasmá tica estimula la
molé culas de proteı́nas de unió n poli (A) (PABPI). Como
traducció n de los mRNA especı́ficos en las dendritas,
se analizó en el Capı́tulo 4, mú ltiples molé culas de PABPI
tanto como lo hacen en los ovocitos. En este caso,
que se unen a la larga cola de poli(A) de un mRNA
presumiblemente, la actividad siná ptica (en lugar de una
interactú an con el factor de iniciació n elF4G, el cual es
hormona) es la señ al que induce la fosforilació n de la
necesario para la iniciació n de la traducció n (vé ase la Fig.
CPEB y la subsiguiente activació n de la traducció n.
4-24). Debido a que esta estabilizació n no se puede
producir con los mRNA que tienen colas de poli(A) cortas,
tales mRNA almacenados en los ovocitos no se traducen
eficientemente. En el momento adecuado, durante la
maduració n del ovocito o despué s de la fecundació n de
una cé lula huevo, generalmente en respuesta a una señ al
externa aproximadamente 150 residuos de A se añ aden a
las colas de poli(A) cortas en estos mRNA en el
citoplasma, estimulando sus traducciones.


Los estudios con los mRNA almacenados en ovocitos de FIGURA 8-28 Modelo para el control de la poliadenilación citoplasmáti- ca y la iniciación de la traducción.
(Izquierda) En los ovocitos inmaduros, los mRNA que contienen el elemento de poliadenilació n citoplasmá tico
Xenopus han ayudado a elucidar el mecanismo de este (CPE) rico en U tienen colas de poli(A) cortas. La proteı́na de unió n a CPE (CPEB) media la represió n de la traducció n
a travé s de las interacciones descritas, que evitan el ensamblaje de un complejo de iniciació n en el extremo 5 ́ del
tipo de control de traducció n. Los experimentos en los mRNA. (Derecha) La estimulació n hormonal de los ovocitos activa a la proteı́na cinasa que fosfori- la a CPEB,
causando la liberació n de Maskin. El factor de especificidad de corte y poliadenilació n (CPSF) luego se une al sitio
cuales los mRNA con cola corta son inyectados en los de poli(A), interactuando tanto con CPEB unida como con la forma citoplasmá tica de la poli(A) polimerasa (PAP).
Despué s de que se ha alargado la cola de poli(A), se pueden unir mú ltiples copias de la proteı́na de unió n a poli(A)
ovocitos, han demostrado que dos secuencias en sus 3 ́ citoplasmá tica I (PABPI) e interactú a con elF4G, que funciona junto con otros factores de iniciació n para unir la
subunidad ribosó mica 40S e iniciar la traducció n
UTR son necesarias para sus poliadenilaciones en el
citoplasma: la señ al poli(A) AAUAAA que tambié n es
requerida para la poliadenilació n nuclear de los pre- La degradación de los mRNA en el
mRNA y una o má s copias de un elemento de citoplasma se produce por medio de
poliadenilación citoplasmático rico en U en direcció n 5 ́. diversos mecanismos
Este elemento regulador se une a una proteína de unión a
CPE (CPEB) altamente conservada que contiene un
dominio RRM y un dominio dedo de cinc. La concentració n de un mRNA es una funció n tanto de su
velocidad de sı́ntesis como de su velocidad de
degradació n. Por esta razó n, si dos genes se transcriben a
De acuerdo al modelo actual, en ausencia de una señ al la misma velocidad, la concentració n en estado
estimuladora, CPEB se une al CPE rico en U e interactú a estacionario del mRNA correspondiente que es má s
con la proteı́na Maskin, que a su vez se une al elF4E estable será má s elevada que la concentració n del otro. La
asociado con la caperuza 5 ́ del mRNA (Fig. 8-28, estabilidad de un mRNA tambié n determina cuá n
izquierda). Como resultado, el elF4E no puede interactuar rá pidamente se puede detener la sı́ntesis de la proteı́na
con otros factores de iniciació n y con la subunidad codificada. Para un mRNA estable, la sı́ntesis de la
ribosó mica 40S, por lo que se bloquea la iniciació n de la proteı́na codificada persiste largo tiempo despué s de que
traducció n. Durante la maduració n del ovocito se fosforila la transcripció n del gen se ha reprimido. La mayorı́a de
una serina CPEB especı́fica, causando que Maskin se los mRNA bacterianos ajustan la sı́ntesis de las proteı́nas
disocie del complejo. Esto permite que las formas para acomodar cambios en el ambiente celular. La
citoplasmá ticas del factor de especificidad de corte y mayorı́a de las cé lulas en los organismos multicelulares,
poliadenilació n (CPSF) y la poli(A) polimerasa se unan al por el otro lado, existen en un ambiente bastante
mRNA de manera cooperativa con CPEB. Una vez que la constante y llevan a cabo un conjunto especı́fico de
poli(A) polimerasa cataliza la adició n de los residuos de funcio- nes durante periodos de dı́as a meses o incluso el
A, la PABPI se pueden unir a la cola de poli(A) alargada, tiempo de vida del organismo (por ejemplos, las cé lulas
llevando a la interacció n estabilizada de todos los factores nerviosas). Por consiguiente, la mayorı́a de los mRNA de
los eucariontes superiores tienen vidas medias de muchas encontrado proteı́nas de unió n al RNA especı́ficas, que se
horas. unen tanto a estas secuencias 3 ́ ricas en AU que
interaccionan con una enzima desadenilante, como con el
exosoma. Esto causa la desadenilació n rá pida y la
Sin embargo, algunas proteı́nas en las cé lulas eucariontes
posterior degradació n 3 ́ → 5 ́ de estos mRNA. En este
son necesarias solo durante periodos cortos de tiempo y
mecanismo, la velocidad de la degradació n del mRNA está
deben expresarse en picos. Por ejemplo, como se analizó
desacoplada de la frecuencia de traducció n. Por ende, los
en la introducció n del capı́tulo, ciertas molé culas de
mRNA que contienen la secuencia AUUUA pueden ser
señ alizació n llamadas citocinas, que está n involucradas
traducidos a una elevada frecuencia y tambié n
en la respuesta inmunitaria de los mamı́feros, son sinteti-
degradados rá pidamente, permitiendo que las proteı́nas
zadas y secretadas en rá fagas cortas (vé ase el Capı́tulo
codificadas se expresen en rá fagas cortas.
23). De manera similar, muchos de los factores de
transcripció n que regulan el inicio de la fase S del ciclo
celular, como c-Fos y c-Jun, son sintetizados só lo por Como se mostró en la Figura 8-29, algunos mRNA son
breves perı́odos (Capı́tulo 19). La expresió n de tales degradados por una vía endonucleolítica que no involucra
proteı́nas se produce en rá fagas cortas debido a que la la eliminació n de la caperuza o la desadenilació n
transcripció n de sus genes puede rá pidamente significativa. Un ejemplo de este tipo de vı́a es la del RNAi,
encenderse y apagarse, y sus mRNA tienen vidas medias analizada anteriormente (vé ase la Fig. 8-25). Cada
inusualmente cortas, del orden de los 30 minutos o complejo siRNA-RISC puede degradar miles de molé culas
menos. de RNA diana. Los fragmentos generados por escisió n
interna luego son degradados por exonucleasas.
Los mRNA citoplasmá ticos son degradados por una de las
tres vı́as que se muestran en la Fig. 8-29. La mayorı́a de Cuerpos P Como se mencionó anteriormente, los cuerpos
los mRNA siguen la vía dependiente de desadenilación: la P son sitios para la represió n de la traducció n de los
longitud de la cola de poli(A) disminuye gradualmente mRNA unidos por los complejos miRNA-RISC. Ellos
con el tiempo a travé s de la acció n de una nucleasa tambié n son los principales sitios de la degradació n del
desade- nilante. Cuando se ha acortado lo suficiente, las mRNA en el citoplasma. Estas regiones densas del
molé culas de PABPI no pueden unirse má s y estabilizar la citoplasma contienen la enzima que elimina la caperuza
interacció n de la caperuza 5 ́, ası́ como los factores de (Dcp1/Dcp2 en levadura), los activadores de la
iniciació n de la traducció n (vé ase la Fig. 4-24). La eliminació n de la caperuza (Dhh, Pat1, Lsm1-7 en
caperuza expuesta luego se elimina por una enzima levadura), la principal exonucleasa 5 ́ → 3 ́ (Xrn1), ası́
especı́fica (Dcp1/Dcp2 en S. cerevisiae) y el mRNA como los mRNA densamente asociados. Los cuerpos P son
desprotegido es degradado por una exonucleasa 5 ́ → 3 ́ estructuras diná micas que crecen y se reducen en tamañ o
(Xrn1 en S. cerevisiae). La eliminació n de la cola de poli(A) dependiendo de la velocidad a la cual se asocian los mRNP
tambié n torna a los mRNA susceptibles a la degradació n con ellos, la velocidad a la cual se degradan los mRNA y la
por parte de los exosomas citoplasmá ticos, que contienen velocidad a la cual los mRNP dejan los cuerpos P y
exonucleasas 3 ́ → 5 ́. Las exonucleasas 5 ́ → 3 ́ reingresan al grupo de mRNP traducidos. Los mRNA
predominan en las levaduras y los exosomas 3 ́ → 5 ́ cuyas traducciones se inhiben por apareamiento de bases
predominan en las cé lulas de mamı́feros. Las enzimas que imperfecto de los miRNA (Fig. 8-25) son los componentes
llevan a cabo la eliminació n de la caperuza y las principales de los cuerpos P.
exonucleasas 5 ́ → 3 ́ está n concentradas en los cuerpos P,
las regiones del citoplasma de densidad inusualmente
elevada.

Algunos mRNA son degradados principalmente por una


vía de eliminación de la caperuza independiente de la
desadenilación (vé ase la Fig. 8-29). Esto se debe a que
ciertas secuencias en el extremo 5 ́ de un mRNA parecen
tornar sensitiva la caperuza a la enzima que lleva a cabo FIGURA 8-29 Vías para la degradación de los mRNA eucariontes.

En
su eliminació n. Para estos mRNA, la velocidad a la cual se las vı́as dependientes de la desadenilació n (centro), la cola poli(A) es acortada progresivamente por una
desadenilasa (anaranjado) hasta que alcanza una lon- gitud de 20 residuos A o menos, punto en el cual se
les elimina la caperuza controla la velocidad a la cual son desestabiliza la interacció n con PABPI, llevando a interacciones debilitadas entre los factores de iniciació n de la
traducció n y la caperuza 5 ́. El mRNA desadenilado luego puede (1) ser modificado para eliminarle la caperuza 5 ́ y
degradados, debido a que una vez que se elimina el ser degradado por una exonucleasa 5́ → 3 ́ o (2) ser degradado por una exonucleasa 3 ́ → 5 ́ en los exosomas
citoplasmá ticos. Algunos mRNA (derecha) son escindidos internamente por una exonucleasa y los fragmentos
casquete 5 ́ el RNA es rá pidamente hidrolizado por la degradados por un exosoma. A otros mRNA (izquierda) se les elimina la caperuza 5 ́ antes de que sean desadenilados
y luego degradados por una exonucleasa 5 ́ → 3 ́. [Adaptado de M. Tucker y R. Parker, 2000, Ann. Rev. Biochem.
exonucleasa 5 ́ → 3 ́. 69:571.]

La velocidad de la desadenilació n del mRNA varı́a La síntesis de proteína se puede regular


inversamente con la frecuencia de iniciació n de la de manera global
traducció n para un mRNA: cuanto má s alta es la
frecuencia de iniciació n de la traducció n para un mRNA,
má s lenta es la velocidad de desadenilació n. Esta relació n Al igual que las proteı́nas involucradas en otros procesos,
probablemente se debe a las interacciones recı́procas los factores de iniciació n de la traducció n y las proteı́nas
entre los factores de iniciació n de la traducció n unidos a ribosó micas se pueden regular mediante modificaciones
la caperuza 5 ́ y la PABPI unida a la cola poli(A). Para un postraduccionales como la fosforilació n. Tales
mRNA que se traduce a una alta velocidad, los factores de mecanismos afectan la velocidad de traducció n de la
iniciació n está n unidos a la caperuza gran parte del mayorı́a de los mRNA y por ende, la velocidad global de la
tiempo, estabilizando la unió n de PABPI y por ende sı́ntesis de proteı́na.
protegiendo la cola de poli(A) de la desadenilació n por
exonucleasa. Vía TOR La vı́a TOR se descubrió a travé s de la
investigació n del mecanismo de acció n de la rapamicina,
Muchos mRNA de vida corta en cé lulas de mamı́fero un antibió tico producido por una cepa de la bacteria
contienen mú ltiples copias a veces superpuestas de la Streptomyces, que es ú til para la supresió n de la respuesta
secuencia AUUUA en sus regiones 3 ́ no traducidas. Se han inmunitaria en los pacientes con trasplante de ó rganos.
La TOR (target of rapamycin) se identificó mediante el
aislamiento de mutantes de levadura resistentes a la La actividad de mTOR está regulada por una proteı́na G
inhibició n del crecimiento celular por rapamicina. La TOR monomérica pequeña de la familia de proteı́nas Ras
es una proteincinasa grande (∼ 2 400 residuos de llamada Rheb. Al igual que otras proteı́nas G pequeñ as,
aminoá cidos) que regula diversos procesos celulares en Rheb está en su conformació n activa cuando está unida a
las cé lulas de levadura, en respuesta al estado nutricional. GTP. Rheb⋅GTP se une al complejo mTOR, estimulando la
En los eucariontes multicelulares, la TOR de metazoos actividad cinasa de mTOR, probablemente al inducir un
(mTOR) tambié n responde a mú ltiples señ ales cambio de conformació n en su dominio cinasa. Rheb a su
procedentes de las proteı́nas de señ alizació n de la vez está regulado por un heterodı́mero compuesto de las
superficie celular para coordinar el crecimiento celular subunidades TSC1 y TSC2, nombradas por estar
con programas de desarro- llo, ası́ como tambié n el estado involucradas en el sı́ndrome clı́nico complejo de
nutricional. esclerosis tuberosa (del inglé s tuberous sclerosis
complex), como se analizó anteriormente. En la
conformació n activa, el heterodı́mero TSC1/TSC2
En la Fig. 8-30 se resume la informació n actual de la vı́a
funciona como una proteı́na activadora GTPasa para Rheb
mTOR. La mTOR en estado activo estimula la velocidad
(Rheb-GAP), causando la hidró lisis del GTP unido a Rheb
global de la sı́ntesis de proteı́na mediante fosforilació n de
a GDP. Esto convierte a Rheb a su conformació n con GDP
dos proteı́nas cruciales que regulan directamente la
unida, que se une al complejo mTOR e inhibe su actividad
traducció n; asimismo, tambié n activa los factores de
cinasa. Finalmente, la actividad de TSC1/TSC2 Rheb-GAP
transcripció n que controlan la expresió n de componentes
está regulada por diversas señ ales, permitiendo a la cé lula
ribosó micos, de tRNA y factores de traducció n, activando
integrarse en diferentes vı́as de señ alizació n celular para
aú n má s la sı́ntesis de proteı́na y el crecimiento celular.
controlar la velocidad global de la sı́ntesis proteica. La
señ alizació n a partir de los receptores de superficie de
Recué rdese que el primer paso en la traducció n de un factores de crecimiento conduce a la fosforilació n de
mRNA eu- carionte es la unió n del complejo de iniciació n TSC1/TSC2 en sitios inhibitorios, causando un
elF4 a la caperuza 5 ́, a travé s de su subunidad de unió n a incremento en Rheb⋅GTP y la activació n de la actividad
cap elF4E (vé ase la Fig. 4-24). La concentració n de elF4E cinasa de mTOR. Este tipo de regulació n a travé s de
activa está regulada por una familia pequeñ a homó loga, receptores de la superficie celular conecta el control del
proteínas de unión a elF4E (4E-BP), que inhibe la crecimiento celular con los procesos del desarrollo
interacció n de elF4E con las caperuzas 5 ́ de los mRNA. controlados por las interacciones cé lula-cé lula.
Las 4E-BP son dianas directas de mTOR. Cuando 4E-BP es
fosforilada por mTOR libera elF4E, estimulando la
La actividad de mTOR tambié n es regulada en respuesta
iniciació n de la traducció n; mTOR tambié n fosforila y
al estado nutricional. Cuando la energı́a de los nutrientes
activa otra proteı́ncinasa (S6K) que fosforila la proteı́na
no es suficiente para el crecimiento, el descenso
S6 de la subunidad ribosó mica pequeñ a y probablemente
resultante en la relació n de las concentraciones de ATP
sustratos adicionales, conduciendo a un incremento
respecto de AMP es detectado por la AMP cinasa (AMPK).
adicional de la velocidad de sı́ntesis proteica.
La AMP cinasa fosforila a TSC1/TSC2 en los sitios de
activació n, estimulando su actividad Rheb-GAP y en
La traducció n de un subgrupo especı́fico de mRNA que consecuencia inhibiendo la actividad mTOR cinasa y la
tienen una cadena de pirimidinas en las regiones 5 ́ no velocidad global de traducció n. La hipoxia y otros estreses
traducidas (llamado mRNA TOP por tramo de celulares tambié n activan la Rheb-GAP del TSC1/TSC2.
oligopirimidina), es estimulada de un modo Finalmente, la concentració n de nutrientes en el espacio
particularmente fuerte por mTOR. Los mRNA TOP extracelular tambié n regula a Rheb, mediante un
codifican proteı́nas ribosomales y factores de elongació n mecanismo desconocido que no requiere del complejo
de la traducció n; mTOR tambié n activa al factor de TSC1/TSC2.
transcripció n de la RNA polimerasa I, TIF-1A, que
estimula la traducció n de un precursor de rRNA largo
Ademá s de regular la velocidad global de la sı́ntesis de
(vé ase la Fig. 7-52).
proteı́na celular y la producció n de ribosomas, los tRNA y
los factores de traducció n, mTOR regula al menos otro
mTOR tambié n activa la transcripció n por parte de la RNA proceso involucrado en la respuesta a las bajas
polimerasa III mediante fosforilació n y por lo tanto, concentraciones de nutrientes: la macroautofagia (o
activando las proteincinasas que fosforilan a MAF1, un simplemente autofagia). Las cé lulas privadas de
inhibidor proteico de la transcripció n de la RNA nutrientes degradan los constituyentes citoplasmá ticos,
polimerasa III. La fosforilació n de MAF1 provoca que sea incluyendo orgá nulos enteros, para suministrar energı́a y
exportado desde el nú cleo, aliviando la represió n de la precursores a los procesos celulares esenciales. Durante
transcripció n por parte de la RNA polimerasa III. Cuando este proceso una estructura de membrana doble, grande,
la actividad de mTOR disminuye, MAF1 en el citoplasma engulle una regió n del citoplasma para formar un
es rá pidamente desfosforilado e importado al nú cleo autofagosoma, que luego se fusiona con un lisosoma
donde reprime la transcripció n de la RNA polimerasa III. donde las proteı́nas, los lı́pidos y otras macromolé culas
atrapadas son degradados, completando el proceso de
macroautofagia. mTOR activado inhibe la macroautofagia
Ademá s, mTOR activa dos activadores de la RNA
en las cé lulas en crecimiento cuando los nutrientes son
polimerasa II que estimulan la transcripció n de genes de
abundantes. La macroautofagia está estimulada cuando la
proteı́nas ribosó micas y factores de traducció n.
actividad mTOR disminuye en las cé lulas privadas de
Finalmente, mTOR estimula el procesamiento del
nutrientes.
precursor de rRNA (Secció n 8.5). Como consecuencia de
la fosforilació n de estos diversos sustratos de mTOR se
incrementa en gran medida la sı́ntesis y el ensamblaje de Los genes que codifican los componentes de la vı́a mTOR
los ribosomas, ası́ como tambié n la sı́ntesis de factores de está n mutados en muchos cá nceres humanos, dando
traducció n y de los tRNA. Alternativamente, cuando la como resultado en el crecimiento celular en la ausencia de
actividad cinasa de mTOR está inhibida, estos sustratos se señ ales de crecimiento normales. TSC1 y TSC2 (vé ase la
desfosforilan, disminuyendo mucho la velocidad de Fig. 8-30) fueron inicialmente identificados debido a que
sı́ntesis proteica y la producció n de ribosomas, los una u otra de las proteı́nas es mutante en un sı́ndrome
factores de traducció n, y los tRNA, interrumpiendo el gené tico humano raro: el complejo de esclerosis
crecimiento celular. tuberculosa. Los pacientes con este trastorno desarrollan
tumores benignos en mú ltiples tejidos. La enfermedad unido, que no puede participar en la sı́ntesis proteica,
resulta de la inactivació n de TSC1 o TSC2 que elimina la inhibiendo ası́ casi toda la sı́ntesis de proteı́na celular. Sin
actividad Rheb-GAP del heterodı́mero TSC1/ TSC2, dando embargo, algunos mRNA tienen regiones 5 ́ que permiten
como resultado la concentració n desregulada y la iniciació n de la traducció n a la concentració n de elF2-
anormalmente elevada de Rheb⋅GTP y la actividad GTP, que resulta de la fosforilació n de elF2. Estos mRNA
desregulada y elevada resultante de mTOR. Las incluyen aquellos para proteı́nas chaperonas que
mutaciones en los componentes de las vı́as de funcionan para volver a plegar las proteı́nas celulares
transducció n de señ ales a travé s de receptores de la desnaturalizadas como resultado del estré s celular,
superficie celular que llevan a la inhibició n de la actividad proteı́nas adicionales que ayudan a la cé lula a lidiar con el
de Rheb-GAP del TSC1/ TSC2, tambié n son comunes en estré s y los factores de transcripció n que activan la
los tumores humanos y contribuyen al crecimiento transcripció n de los genes que codifican las proteı́nas
celular y a la replicació n en ausencia de señ ales normales inducidas por estré s.
para el crecimiento y la proliferació n.
Las cé lulas humanas contienen cuatro cinasas elF2 que
La actividad proteincinasa elevada de mTOR en los fosforilan la misma serina de inhibitoria elF2a. Cada una
tumores se correlaciona con un pronó stico clı́nico de estas está regulada por un tipo diferente de estré s
desfavorable. En consecuencia, en la actualidad se está n celular, inhibiendo la sı́ntesis de proteı́na y permitiendo a
evaluando inhibidores de mTOR en ensayos clı́nicos a fin las cé lulas repartir la gran fracció n de recursos celulares
de probar su eficacia para tratar cá nceres en conjunció n usualmente utilizados para la sı́ntesis de proteı́na en las
con otros modos de terapia. La rapamicina y otros cé lulas en crecimiento, para que sean usados en
inhibidores de mTOR relacionados son supresores responder al estré s.
potentes de la respuesta inmunitaria, debido a que
inhiben la activació n y la replicació n de linfocitos T en
La cinasa GCN2 elF2 (control general no desreprimible 2)
respuesta a antı́genos extrañ os (Cap. 23). Diversos virus
es activada por la unió n de los tRNA sin carga. La
codifican proteı́nas que activan mTOR pronto despué s de
concentració n de los tRNA sin carga aumenta cuando las
la infecció n viral. La estimulació n de la traducció n
cé lulas está n privadas de aminoá cidos, activando la
resultante tiene una ventaja selectiva ob- via para estos
actividad cinasa de GCN2 elF2 e inhibiendo en gran
pará sitos celulares.
medida la sı́ntesis de proteı́na.

Cinasas elF2 Las cinasas tambié n regulan la velocidad


La PEK (cinasa pancreá tica elF2) se activa cuando las
global de la sı́ntesis de proteı́nas celulares. La Fig. 4-24
proteı́nas trans- locadas al interior del retı́culo
resume los pasos en la iniciació n de la traducció n. El
endoplasmá tico (RE) no se pliegan adecuadamente,
factor de iniciació n de la traducció n elF2 trae el tRNA
debido a anomalı́as en el ambiente del interior del RE. Los
iniciador cargado hasta el sitio P de la subunidad
inductores, incluyendo concentraciones elevadas de
ribosó mica pequeñ a; elF2 es una proteína G trimérica y
hidratos de carbono debido a que estos inhiben la
en consecuencia existe en su conformació n con un GTP
glucosilació n de muchas proteı́nas del RE y las
unido o con un GDP unido. Solo la forma de elF2 con GTP
mutaciones inactivantes en una chaperona del RE, son
unido es capaz de integrar el tRNA iniciador cargado y
necesarias para el adecuado plegamiento de muchas
asociarse con la subunidad ribosó mica pequeñ a. La
proteı́nas del RE (Caps. 13 y 14).
subunidad pequeñ a con el factor de iniciació n unido y el
tRNA iniciador cargado, luego interactú a con el complejo
elF4 unido a la caperuza 5 ́ de un mRNA a travé s de su El inhibidor hemirregulado (HRI) es activado en los
subunidad elF4E. A continuació n la subunidad eritrocitos en desarrollo cuando el suministro del grupo
ribosó mica pequeñ a se mueve rastreando en la direcció n prosté tico hemo es demasiado bajo para acomodar la
3 ́ del mRNA en busca del codó n de iniciació n AUG, que velocidad de la sı́ntesis de la proteı́na globina. Este ciclo
puede formar apareamiento de bases con el tRNA de retroalimentació n negativa disminuye la velocidad de
iniciador en su sitio P. Cuando esto ocurre, el GTP unido sı́ntesis de la proteı́na globina hasta que coincida con la
por elF2 es hidrolizado a GDP y se libera el complejo velocidad de sı́ntesis del grupo hemo. HRI tambié n se
elF2⋅GDP resultante. La hidró lisis GTP da como resultado activa en otros tipos de cé lulas en respuesta al estré s
un paso de “correcció n de prueba” irreversible, que oxidativo o al choque té rmico.
prepara la subunidad ribosó mica pequeñ a para asociarse
con la subunidad grande solo cuando un tRNA iniciador
Finalmente, la proteincinasa activada por RNA (PKR) es
es adecuadamente unido al sitio P y se aparea de manera
activada por los RNA doble hebra má s largos que ∼ 30
correcta con el codó n de inicio AUG. Antes de que elF2
pares de bases. En circunstancias normales en las cé lulas
pueda participar en otro ciclo de iniciació n, su GDP unido
de mamı́fero, tales RNA doble hebra solo se producen
debe ser reemplazado con GTP. Este proceso está
durante una infecció n viral. Largas regiones de RNA doble
catalizado por el factor de iniciació n de la traducció n
hebra se generan en los intermediarios de replicació n de
elF2B, un factor de intercambio de nucleó tido de guanina
(GEF) especı́fico para elF2. virus de RNA o a partir de la hibridació n de regiones
complementarias de RNA, que se transcriben a partir de
ambas hebras de los genomas de virus de DNA. La
Un mecanismo para la inhibició n de la sı́ntesis proteica en inhibició n de la sı́ntesis de proteı́na evita la producció n de
general de las cé lulas estresadas involucra la fosforilació n progenie de viriones, protegiendo cé lulas vecinas de la
de la subunidad b de elF2 en una serina especı́fica. La infecció n. De manera interesante, los adenovirus
fosforilació n en este sitio no interfiere con la funció n elF2 desarrollaron una defensa contra la PKR: ellos expresan
en la sı́ntesis de proteı́na directamente. En su lugar, el cantidades prodigiosas de un RNA asociado al virus (VA)
elF2 fosforilado tiene una muy alta afinidad para el factor de ∼ 160 nucleó tidos con regiones doble hebra largas en
de intercambio de nucleó tido guanina elF2, elF2B, que no horquillas. VA RNA es transcrito por la RNA polimerasa III
puede liberar el elF2 fosforilado y en consecuencia está y exportado desde el nú cleo por la exportina 5, la
bloqueado para catalizar el intercambio de GTP de exportina para los pre-mRNA (vé ase la Fig. 8-27). El VA
factores adicionales elF2. Puesto que existe un exceso de RNA se une a la PKR con afinidad elevada, inhibiendo su
elF2 respecto de elF2B, la fosforilació n de una fracció n de actividad proteincinasa y evitando la inhibició n de la
elF2 da como resultado la inhibició n de todo el elF2B sı́ntesis de proteı́na observada en las cé lulas infectadas
celular. El resto de elF2 se acumula en su forma de GDP
con un adenovirus mutante a partir del cual se eliminó el contiene IRE cuyos tallos tienen secuencias
gen VA. desestabilizadoras ricas en AU (Fig. 8-31b). A
concentraciones elevadas de hierro, cuando la IRE-BP
está en la conformació n inactiva, no unida, estas
Las proteínas de unión al RNA de secuencia secuencias ricas en AU promueven la degradació n del
específica controlan la traducción del mRNA TfR por el mismo mecanismo que lleva a la rá pida
mRNA específico degradació n de otros mRNA de vida corta, como se
describió anteriormente. La disminució n resultante en la
producció n del receptor transferrina rá pidamente reduce
En contraste a la regulació n global del mRNA, los la importació n de hierro, protegiendo ası́ a la cé lula del
mecanismos tambié n han evolucionado para controlar la exceso de hierro. A concentraciones de hierro bajas, sin
traducció n de ciertos mRNA. Esto lo suelen realizar embargo, IRE-BP puede unirse a los IRE 3 ́ en el mRNA de
proteı́nas de unió n a RNA de secuencia especı́fica que se TfR. La IRE-BP unida bloquea el reconocimiento de las
unen a una secuencia particular o estructura de RNA en el secuencias desestabilizadoras ricas en AU mediante las
mRNA. Cuando la unió n es en la regió n 5 ́ no traducida (5 ́ proteı́nas que de otra manera podrı́an degradar
UTR) de un mRNA, se bloquea la capacidad de un rá pidamente los mRNA. Como resultado, se incrementa la
ribosoma de realizar una bú squeda para detectar el producció n del receptor transferrina y se lleva má s hierro
primer codó n de iniciació n, inhibiendo la iniciació n de la al interior de la cé lula.
traducció n. La unió n en otras regiones puede promover o
inhibir la degradació n del mRNA.
Otras proteı́nas de unió n al RNA reguladas tambié n
pueden actuar en el control de la traducció n o la
El control de la concentració n de hierro intracelular por degradació n del mRNA, al igual que la IRE-BP de doble
parte de la proteína de unión a elementos de respuesta al acció n. Por ejemplo, una proteı́na de unió n al RNA
hierro (IRE-BP) es un ejemplo sofisticado de una ú nica sensible al hemo controla la traducció n del mRNA que
proteı́na que regula la traducció n de un mRNA y la codifica la aminolevulinato sintasa (ALA), una enzima
degradació n de otro. La regulació n precisa de la clave en la sı́ntesis del hemo.
concentració n del hierro celular es crucial para la cé lula.
Mú ltiples enzimas y proteı́nas contienen Fe2+ como
cofactor, tales como las enzimas del ciclo de Krebs (vé ase De manera similar, estudios in vitro han demostrado que
la Fig. 12-10) y las proteı́nas de transporte de electrones el mRNA que codiQica la proteı́na de la leche caseı́na está
involucradas en la generació n de ATP en las mitocondrias estabilizada por la hormona prolactina y rá pidamente se
degrada en su ausencia.
y cloroplastos (Cap. 12). Por el otro lado, el exceso de Fe2+
genera radicales libres que reaccionan con las
macromolé culas celulares y las dañ an. Cuando los
almacenamientos de hierro intracelular son bajos,
funciona un sistema de control dual para incrementar las
concentraciones de hierro celular; si hay hierro en exceso,
el sistema funciona para evitar la acumulació n de niveles
tó xicos de iones hierro libres.

Un componente en este sistema es la regulació n de la


producció n de ferritina, una proteı́na de unió n a hierro
intracelular que se une y almacena el exceso de hierro
celular. La regió n 5 ́ no traducida de mRNA ferritina
contiene elementos de respuesta al hierro (IRE) que
tienen una estructura de tallo y bucle. La proteı́na de
unió n a IRE (IRE-BP) reconoce cinco bases especı́ficas en
el bucle IRE y en la naturaleza dú plex del tallo. A
concentraciones bajas de hierro, la IRE-BP se encuentra
en su conformació n activa que se une a las IRE (Fig. 8-
31a). La unió n de IRE-BP bloquea la subunidad pequeñ a
del ribosoma para el codó n de inicio AUG (vé ase la Fig. 4-
24), inhibiendo ası́ la iniciació n de la traducció n. La
disminució n resultante en la ferritina significa que hay
menos hierro formando complejo con la ferritina y por
ende, se encuentra má s hierro disponible para las
enzimas que lo requieren. A concentraciones elevadas de
hierro, la IRE-BP se encuentra en una conformació n
inactiva que no se une a los IRE 5 ́, por lo tanto puede
proceder la iniciació n de la traducció n. Las ferritinas
recié n sintetizadas luego se unen a los iones hierro libre,
evitando su acumulació n hasta concentraciones
perjudiciales.

La otra parte de este sistema regulador controla la


importació n del hierro al interior de las cé lulas. En los
vertebrados, la ingesta de hierro es transportada a travé s
del sistema circulatorio unido a una proteı́na denominada
transferrina. Despué s de la unió n al receptor de Mecanismos de vigilancia evitan la
transferrina (TfR) en la membrana plasmá tica, el
complejo transferrina-hierro es introducido al interior de
traducción de los mRNA procesados
las cé lulas mediante endocitosis mediada por receptor inadecuadamente
(Cap. 14). La regió n 3 ́ no traducida del mRNA TfR
La traducció n de un mRNA procesado de manera traducir el mRNA. Sin embargo, para los mRNA con un
inadecuada podrı́a llevar a la producció n de una proteı́na codó n de terminació n antes de la unió n de los exones
anormal, que interfiere con la funció n normal del gen. finales, uno o má s complejos de unió n de exones
Este efecto es equivalente al que resulta de las mutaciones permanece asociado con el mRNA, dando como resultado
dominantes negativas, analizadas en el Capı́tulo 5 (Fig. 5- la degradació n mediada por mutaciones sin sentido (Fig.
44). Diversos mecanismos colectivamente denominados 8-32).
vigilancia del mRNA ayudan a la cé lula a evitar la
traducció n de las molé culas de mRNA procesadas de
manera inadecuada. Previamente se mencionaron dos de Localización de los mRNA que permiten la
tales mecanismos de vigilancia: el reconocimiento de los producción de proteínas en regiones
pre-mRNA procesados inadecuadamente en el nú cleo y específicas dentro del citoplasma
sus degradaciones por el exosoma, y la restricció n general
contra la exportació n nuclear de los pre-mRNA
procesados de forma incompleta que permanecen Muchos procesos celulares dependen de la localizació n de
asociados con un espliceosoma. proteı́nas particulares en estructuras o regiones
especı́ficas de la cé lula. En los ú ltimos capı́tulos se
analizará có mo algunas proteı́nas son transportadas
Otro mecanismo llamado degradación mediada por después de sus sı́ntesis a sus localizaciones celulares
mutaciones sin sentido causa la degradació n de los mRNA, apropiadas. De modo alternativo, la localizació n de
en los cuales uno o má s exones han sido cortados y proteı́na se puede lograr mediante localizació n de los
empalmados de manera incorrecta. Tal procesamiento mRNA en regiones especı́Qicas del citoplasma, en las
incorrecto suele alterar el marco abierto de lectura de la cuales funcionan las proteı́nas codiQicadas. En la mayorı́a
regió n 3 ́ de la unió n exó n inadecuada, dando como de los casos analizados hasta el momento, tal localizació n
resultado la introducció n de una mutació n con sentido del mRNA está especiQicada por las secuencias en la
alterado fuera de marco y un codó n de terminació n regió n 3 ́ no traducida del mRNA. Un estudio a nivel
incorrecto. Para casi todos los mRNA cortados genó mico reciente de la localizació n del mRNA en
correctamente, el codó n de terminació n está en el exó n embriones de Drosophila reveló que el ∼ 70% de los 3 000
final. Esta degradació n mediada por mutaciones sin mRNA analizados se localizaron en regiones subcelulares
sentido da como resultado la rá pida degradació n de los especı́Qicas, elevando la posibilidad de que esto sea un
mRNA con los codones de terminació n, que se producen fenó meno mucho má s general de lo apreciado
antes de la ú ltima unió n cortada y empalmada en el mRNA anteriormente.
puesto que en la mayorı́a de los casos, tales mRNA surgen
por errores en el proceso de corte y empalme del RNA. Sin
embargo, la degradació n mediada por mutaciones sin
sentido tambié n tiene lugar a partir de una mutació n que
crea un codó n de terminació n dentro de un gen o una
deleció n o inserció n con corrimiento del marco de lectura.
Este mecanismo de degradació n se descubrió
inicialmente durante el estudio de pacientes con
talasemia b0, quienes producen una concentració n baja
de proteı́na globina asociada con una concentració n baja
de mRNA b-globina (Fig. 8-32a, b).

Una bú squeda de posibles señ ales moleculares que


podrı́an indicar las posiciones de las uniones empalmadas
en un mRNA procesado, llevó al descubrimiento de los
complejos de unió n de exones. Como ya se mencionó , FIGURA 8-32 Descubrimiento de la degradación del mRNA mediada por mutaciones sin sentido. (a) Los
0
estos complejos de diversas proteı́nas (incluyendo Y14, pacientes con talasemia b expresan muy bajas concentraciones de mRNA b-globina. Una causa comú n de este
trastorno es una deleció n de un ú nico par de bases en el exó n 1 o en el exó n 2 del gen
Magoh, elF4IIIA, UPF2, UPF3 y REF), unen ∼ 20 de la b-globina. Los ribosomas que traducen el mRNA mutante leen fuera del marco de lectura a continuació n de la
deleció n y se encuentran con un codó n de terminació n erró neo en el marco abierto de lectura antes de que
nucleó tidos 5 ́ a una unió n exó n-exó n a continuació n del traduzcan la ú ltima unió n de exó n en el mRNA. En consecuencia, no reemplazan un com- plejo exó n-unió n (EJC) del
mRNA. Las proteı́nas citoplasmá ticas se asocian con EJC e inducen degradació n del mRNA. (b) Se obtuvo mé dula
proceso de corte y empalme del RNA (Fig. 8-32c), 0
ó sea de un pacien- te con un gen de b-globina de tipo silvestre y de un paciente con talasemia b . Se aisló el RNA a

estimulando la exportació n de los mRNP desde el nú cleo partir de las cé lulas de mé dula ó sea poco tiempo despué s de la recolecció n, o 30 minutos despué s de su incubació n
en un medio con Actinomicina D, un fá rmaco que inhibe la transcripció n. Se midió la cantidad de RNA b-globina
mediante interacció n con el mRNA exportador (vé ase la 0
usando un mé todo de protecció n con nucleasa S1 (flecha). El pa- ciente con talasemia b tenı́a mucho menos mRNA
b–globina que el paciente con el gen b-globina de tipo silvestre (− Act D). El mRNA b-globina mutante se degrado
Fig. 8-21). El aná lisis de mutantes de levadura indicó que rá pidamente cuando se inhibió la transcripció n (+ Act D), mientras que el mRNA de b-globina de tipo silvestre
permaneció estable. (c) Un modelo ac- tual de NMD. PTC, el codó n de terminació n prematuro. Norm term, el codó n
una de las proteı́nas en los complejos de unió n de exones de terminació n normal. SURF, complejo de proteincinasa SMG1, UPF1 y los factores de terminació n de la traducció n
eRF1 y eRF3. La formació n del complejo SURF lleva a la fosforilació n de UPF1 y a la asociació n de fosfo-UPF1 con el
(UPF3) funciona en la degradació n mediada por complejo UPF2-UPF3 unido a cualquiera de los complejos de unió n exó n-exó n que no fueron desplazados del mRNA
por el primer ribosoma pionero en traducir el mensaje. Esto lleva a la asociació n del mRNA que contiene PTC con
mutaciones sin sentido. En el citoplasma, este cuerpos P, eliminando la cola de poli(A) y la degradació n del mRNA.

componente de complejos de unió n de exones interactú a


con una proteı́na (UPF1) y una proteincinasa (SMG1) que
Localización de los mRNA en el brote en S. cerevisiae
fosforila UPF1, causando que el mRNA se asocie con los El ejemplo mejor comprendido acerca de la localizació n
cuerpos P, reprimiendo la traducció n del mRNA. Una del mRNA se produce en las levaduras S. cerevisiae. Como
proteı́na adicional (UPF2) asociada con el complejo se analizó en el Capı́tulo 7, el tipo de apareamiento a o
mRNP, se une a un cuerpo P asociado con la desanilasa
a que exhibe una cé lula de levadura haploide está
que rá pidamente elimina la cola de poli(A) de un mRNA
determinado por los genes a o a presentes en el locus
asociado, llevando a la rá pida eliminació n de la caperuza
MAT expresado en el cromosoma III (vé ase la Fig. 7-33).
5 ́ y a la degradació n del cuerpo P asociado a la
El proceso que transfieren los genes a o d desde el locus
exonucleasa 5 ́ → 3 ́(vé ase la Fig. 8-29). En el caso de los
de tipo de apareamiento silencioso al locus MAT
mRNA adecuadamente procesados, el complejo unió n-
expresado, es iniciado por una endonucleasa especı́fica de
exó n se asocia con el complejo de unió n a la caperuza
secuencia llamada HO. La transcripció n del gen HO es
nuclear (CBP80, CBP20) a medida que el mRNP es
dependiente del complejo remodelador de la cromatina
transportado a travé s de un complejo del poro nuclear,
SWI/SNF (vé ase el Cap. 7, Secció n 7.5). Las cé lulas de
protegiendo ası́ al mRNA de la degradació n. Se cree que
levadura hijas que surgen por gemació n a partir de las
los complejos de unió n de exones son desprendidos del
cé lulas madre contienen un represor transcripcional
mRNA al pasar por el primer ribosoma “pionero” para
llamado Ash1 (por Sı́ntesis asimé trica de HO), el cual evita
el reclutamiento del complejo SWI/SNF al gen HO,
evitando por ende su transcripció n. La ausencia de Ash1
de las cé lulas madre les permite transcribir el gen HO.
Como consecuencia las cé lulas madre cambian sus tipos
de apareamiento, mientras que las cé lulas hijas generadas
por gemació n no (Fig. 8-33a).

La proteı́na Ash1 se acumula solo en las cé lulas hijas


debido a que el mRNA que la codifica se localiza en las
cé lulas hijas. El proceso de localizació n requiere tres
proteı́nas: She2 (por expresió n de SWI dependiente de
HO), una proteı́na de unió n al RNA que se une
concretamente a una señ al de localizació n con una
estructura de RNA especı́fica en el mRNA ASH1; Myo4,
una proteı́na motora de miosina que mueve carga sobre
los filamentos de actina (vé ase el Cap. 17); y She3, que se
une a She2 y por lo tanto el mRNA ASH1 a Myo4 (Fig. 8-
33b). El mRNA ASH1 se transcribe en el nú cleo de la cé lula
madre antes de la mitosis. El movimiento de Myo4 con su
mRNA ASH1 unido a lo largo de los filamentos de actina
que se extienden desde la cé lula madre al interior del
brote, lleva el mRNA ASH1 al interior del brote en
crecimiento antes de la divisió n celular.

Se encontraron al menos otros 23 mRNA que son


transportados por She2, She3, y el sistema Myo4. Todos
tienen una señ al de localizació n a la cual se une She2, en
general en sus 3 ́ UTR. El proceso se puede visualizar en
las cé lulas vivas mediante el experimento que se muestra
en la Figura 8-34. Los RNA se pueden marcar con Localización de los mRNA en las sinapsis en el sistema
fluorescencia al incluir en sus secuencias sitios de unió n nervioso de mamífero Como se mencionó
de alta afinidad para las proteı́nas de unió n a RNA, como anteriormente, en las neuronas la localizació n de mRNA
la proteı́na MS2 de la cubierta proteica del bacterió fago y especı́ficos en las sinapsis alejadas del nú cleo en el cuerpo
la proteı́na lN del bacterió fago que se une a diferentes celular cumple una funció n esencial en el aprendizaje y la
tallos bucle de secuencia especı́fica (Fig. 8-34a). Cuando memoria (Fig. 8-35). Al igual que los mRNA localizados en
tales mRNA gené ticamente modificados son expresados levadura, estos mRNA contienen señ ales de localizació n
en las cé lulas de levadura en gemació n, junto a las de RNA en sus regiones 3 ́ no traducidas. Algunos de estos
proteı́nas del bacterió fago fusionadas con las proteı́nas mRNA son sintetizados inicialmente con colas de poli(A)
que fluorescen en diferentes colores, las proteı́nas de cortas que no permiten la iniciació n de la traducció n. Una
fusió n se unen a sus secuencias de RNA especı́ficas vez má s, se forman grandes partı́culas de RNP
marcando de esta manera con diferentes colores a los conteniendo mú ltiples mRNA portando señ ales de
mRNA que las contienen. En el experimento mostrado en localizació n en el citoplasma cerca del nú cleo celular. En
la Figura 8-34b, el mRNA ASH1 se marcó por la unió n de este caso, las partı́culas de RNP son transportadas por el
axó n hasta la sinapsis mediante proteı́nas motoras
la proteı́na verde fluorescente fusionada a lN. Otro mRNA
cinecinas que viajan por los microtú bulos que se
localizado en el brote mediante este sistema, el IST2
extienden a lo largo de la longitud del axó n (vé ase el Cap.
mRNA que codifica un componente de la membrana del
18). La actividad elé ctrica en una sinapsis dada puede
brote en crecimiento, se marcó mediante la unió n de una
entonces estimular la poliadenilació n de los mRNA en la
proteı́na de color rojo fluorescente fusionada a la proteı́na
regió n de la sinapsis, activando la traducció n de las
de la cubierta MS2. El video de una cé lula en gemació n
proteı́nas codificadas que aumentan de tamañ o y alteran
demostró que los diferentes mRNA ASH1 e IST2 se
las propiedades neurofisioló gicas de una sinapsis,
acumularon en la misma partı́cula RNP citoplasmá tica
mientras que dejan sin afectar a los cientos de miles de
grande, conteniendo mú ltiples mRNA en el citoplasma de
otras sinapsis formadas por la neurona.
la cé lula madre, como se puede ver a partir de la
combinació n de las señ ales verde y rojo fluorescentes. La
partı́cula RNP luego fue transportada al interior del brote
aproximadamente en un minuto.

FIGURA 8-33 Alternancia del tipo de apareamiento en células de leva- dura haploides. (a) La divisió n por
gemació n forma una gran cé lula madre (M) y cé lulas hijas pequeñ as (D), ambas de las cuales tienen el mismo tipo
de apareamiento que la cé lula original (á en este ejemplo). La cé lula madre puede alternar el tipo de apareamiento
durante G1 del siguiente ciclo celular y luego se vuelve a dividir, produciendo cé lulas del tipo de apareamiento
opuesto (a en este ejemplo). El cambio depende de la transcripció n del gen HO, que se produce solo en ausencia de
la proteı́na Ash1. Las cé lulas hijas má s pequeñ as, que producen la proteı́na Ash1, no pueden cambiar; despué s de
crecer en tamañ o en la interfase, se dividen para formar una cé lula madre y una cé lula hija. (b) Modelo para la
restricció n de la alternancia del tipo de apareamiento para las cé lulas madres en S. cerevisiae. La proteı́na Ash1 evita
que una cé lula transcriba el gen HO cuya proteı́na codificada inicia el reordenamiento del DNA que produce la
alternancia del tipo de apareamiento de a a a o de a a a. La alternancia se produce ú nicamente en la cé lula madre,
despué s de que se separa de una cé lula hija que brotó recientemente, debido a que la proteı́na ASH1 está presente FIGURA EXPERIMENTAL 8-34 Transporte de las partículas desde una célula madre al interior de un brote.
solo en la cé lula hija. La base molecular para esta localizació n diferencial de Ash1 es el transporte unidireccional (a) Se modificaron gené ticamente cé lulas de levadura para que expresen mRNA ASH1 con sitios de unió n para
del mRNA de ASH1 al brote. Una proteı́na conectora, She2, se une a secuencias especı́ficas 3 ́ no traducidas en el la proteı́na ëN del bacterió fago en su regió n 5 ́ no traducida y un mRNA IST2 con sitios de unió n para la proteı́na
mRNA de ASH1 y tambié n se une a la proteı́na She3. Esta proteı́na a su vez se une a un motor de miosina, Myo4, que MS2 de la cubierta del bacterió fago en su regió n 3 ́ no traducida. Tambié n se expresó en las mismas cé lulas una
se mueve a lo largo de los filamentos de actina hacia el interior del brote. fusió n de proteı́na verde fluorescente con la proteı́na ëN (GFP-ëN) y una fusió n de proteı́na roja fluorescente con la
proteı́na de la cubierta MS2 (RFP-MS2). En otros experimentos, se demostró que estas proteı́nas de unió n a
secuencias especı́ficas de RNA marcadas se unen a sus propios sitios de unió n especı́ficos, modificados
gené ticamente para los mRNA de ASH1 e IST2 y no a los sitios de unió n de los demá s. Ambas proteı́nas marcadas
con fluorescencia tambié n contenı́an una señ al de localizació n nuclear, de manera tal que las proteı́nas
fluorescentes que no se unieron a sus sitios de unió n de alta afinidad en estos mRNA fueron transportadas a los
nú cleos a travé s de los complejos del poro nuclear (vé ase el Cap. 13). Esto fue necesario para evitar una alta
fluorescencia del exceso de GFP-ëN y RFP-MS2 en el citoplasma. A la derecha, se visualizó
de manera independiente a GFP-ëN y RFP-MS2 mediante el uso de excitació n lá ser con milisegundos de alternancia
de GFP y RFP. (b) Se muestran imá genes de un video de cé lulas fluorescentes. El nú cleo al lado de la vacuola grande
en la cé lula madre cerca del centro de las microfotografı́as, ası́ como tambié n los nú cleos en las cé lulas vecinas, se
observaron por fluorescencia verde y
roja como se muestra con las flechas en la parte superior y central. En la parte inferior se muestra una combinació n
de dos imá genes, que tambié n indica el tiempo transcurrido entre las imá genes. Una partı́cula de RNP conteniendo
ambos mRNA ASH1 con sitios de unió n ëN y el mRNA IST2 con sitios de unió n MS2, se observó en el citoplasma de
la cé lula madre en la columna izquierda de las imá genes (flecha). La partı́cula incrementó su intensidad entre 0,00
y 46,80 segundos, lo cual indica que hay má s de estos mRNA unidos a la partı́cu- la RNP. La partı́cula RNP se
transportó al brote entre los 46,80 y 85,17 segundos y luego se localizó en el extremo del brote. traducció n o degradació n de muchos mRNA en el
citoplasma.

• La traducció n del mRNA ferritina y la degradació n del


mRNA del receptor de ferritina (TfR) son ambos
regulados por la misma proteı́na de unió n al RNA sensible
a hierro. A baja concentració n de hierro, esta proteı́na se
encuentra en una conformació n que se une a elementos
especı́ficos en los mRNA, inhibiendo la traducció n del
mRNA de ferritina o la degradació n del mRNA TfR (vé ase
la Fig. 8-31). Este control dual regula de manera precisa
la concentració n de hierro dentro de las cé lulas.

FIGURA EXPERIMENTAL 8-35 Un mRNA neuronal específico se localiza en las sinapsis. Se cultivaron neuronas
sensitivas de la babosa de mar Aplysia califórnica con neuronas motoras diana, de manera tal que los procesos de
las neuronas sensitivas formen sinapsis con los procesos de las neuronas motoras. La microfotografı́a a la izquierda
• La degradació n mediada por mutaciones sin sentido y
muestra los procesos de la neurona motora visualizados con un colorante azul fluorescente. La GFP-VAMP (verde)
se expre- só en las neuronas sensitivas y marca la localizació n de las sinapsis formadas entre los procesos de
otros mecanismos de vigilancia del mRNA evitan la
neurona sensitiva y motora (flechas). La microfotografı́a de la derecha muestra fluorescencia roja de la hibridació n
in situ de una sonda de mRNA antisensorina. La sensorina es un neurotransmisor expresado por la neurona
traducció n de los mRNA procesados de manera
sensitiva sola: los procesos de la misma no se visualizan en esta prepa- ració n, pero se encuentran adyacentes a los
procesos de la neurona motora. El resultado de esta hibridació n in situ indica que el mRNA sensorina se localiza en
inadecuada que codifican proteı́nas anó malas, las cuales
las sinapsis [ podrı́an interferir con el funcionamiento de las proteı́nas
normales correspondientes.
CONCEPTOS CLAVE de la sección 8.4
Mecanismos citoplasmáticos de control • Muchos mRNA son transportados a localizaciones
postranscripcional subcelulares especı́ficas mediante proteı́nas de unió n a
RNA de secuencia especı́fica que se unen a secuencias de
localizació n, las cuales en general se encuentran en la 3 ́
• La transcripció n se puede reprimir mediante los micro- UTR. Estas proteı́nas de unió n al RNA luego se asocian
RNA (miR- NA), que forman hı́bridos imperfectos con las directamente o a travé s de proteı́nas intermediarias con
secuencias en la regió n 3 ́ no traducida (UTR) de mRNA proteı́nas motoras que transportan los grandes complejos
diana especı́ficos. RNP, con muchos mRNA que tienen la misma señ al de
localizació n sobre Qibras de actina o microtú bulos hasta
localizaciones especı́Qicas en el citoplasma.
• El fenó meno relacionado de interferencia por RNA, que
probablemente evolucionó como un sistema de defensa
primitivo contra virus y transposones, condujo a la 8.5 Procesamiento del rRNA y tRNA
degradació n de los mRNA que forman hı́bridos perfectos
con los RNA de interferencia cortos (siRNA).
Aproximadamente el 80% del RNA total en las cé lulas de
mamı́fero en crecimiento rá pido (p. ej., cé lulas HeLa
• Tanto los miRNA como los siRNA contienen 21-23 cultivadas) es rRNA y el 15% es tRNA; ası́, el mRNA que
nucleó tidos, son generados a partir de molé culas codifica proteı́na constituye solo una pequeñ a porció n del
precursoras má s largas y son unidos por una proteı́na RNA total. Los transcritos primarios producidos a partir
Argonauta, ensamblá ndose en un complejo multiproteico de la mayorı́a de los genes rRNA y de los genes de tRNA,
silenciador inducido por RNA (RISC) que reprime la como los pre-mRNA, son procesados exhaustivamente
traduc- ció n de los mRNA diana o los corta (vé anse las para dar las formas funcionales maduras de estos RNA.
Figs. 8-25 y 8-26).

El ribosoma es una estructura compleja, altamente


• La poliadenilació n citoplasmá tica es necesaria para la evolucionada (vé ase la Fig. 4-23), optimizada para su
traducció n de los mRNA con una cola corta de poli(A). La funció n en la sı́ntesis de proteı́na. La sı́ntesis de
unió n de una proteı́na especı́fica a los elementos ribosomas requiere la funció n y coordinació n de las tres
reguladores en sus 3 ́ UTR reprime la traducció n de estos RNA polimerasas nucleares. Los rRNA 28S y 5.8S
mRNA. La fosforilació n de esta proteı́na de unió n al RNA, asociados con la subunidad ribosó mica grande y el rRNA
inducida por una señ al externa, conduce al alargamiento 18S de la subunidad menor son transcritos por la RNA
de la cola de poli(A) 3 ́ y por lo tanto, a la traducció n polimerasa I. El rRNA 5S de la subunidad mayor es
(vé ase la Fig. 8-28). transcrito por la RNA polimerasa III y los mRNA que
codifican proteı́nas ribosó micas son transcritos por la
• La mayorı́a de los mRNA son degradados como el RNA polimerasa II. Ademá s de los cuatros rRNA y las ∼ 70
resultado del acortamiento gradual de sus colas de proteı́nas ribosó micas, al menos otros 150 RNA y
poli(A) (desadenilació n) seguida por la digestió n 3 ́ → 5 ́ proteı́nas interactú an transitoriamente con las
mediada por exosoma o la eliminació n de la cape- ruza 5 ́ subunidades ribosó micas durante sus ensamblajes a
y la digestió n por una exonucleasa 3 ́ → 5 ́ (vé ase la Fig. 8- travé s de una serie de pasos coordinados. Aú n má s,
29). mú ltiples bases especı́ficas y ribosas de los rRNA
maduros son modificadas para optimizar sus funciones
en la sı́ntesis proteica. Aunque la mayorı́a de los pasos en
• Los mRNA eucariontes que codifican proteı́nas que se el ensamblaje y la sı́ntesis de la subunidad ribosó mica se
expresan en rá fagas cortas, en general tienen copias producen en el nucléolo (un subcompartimento del
repetidas de una secuencia rica en AU en sus 3 ́ UTR. nú cleo no delimitado por membrana), parte se produce
Proteı́nas especı́ficas que se unen a estos elemen- tos en el nucleoplasma durante el paso desde el nuclé olo
tambié n interactú an con la enzima desadenilante y los hasta los complejos del poro nuclear. Antes de la
exosomas citoplasmá ticos promueven la rá pida exportació n nuclear se produce un paso de control de
degradació n del RNA. calidad, de manera tal que solo las subunidades
totalmente funcionales sean exportadas al citoplasma,
• La unió n de varias proteı́nas a los elementos donde se producen los pasos finales de maduració n de la
reguladores en los 3 ́ o 5 ́ UTR de los mRNA regulan la subunidad ribosó mica. Los tRNA tambié n son procesados
y modificados de manera extensa antes de que sean
exportados al citoplasma y sean usados en la sı́ntesis de
proteı́na. Primero analizaremos el procesamiento y la
modificació n del rRNA, ası́ como el ensamblaje y
exportació n nuclear de los ribosomas. Luego se
considerará el procesamiento y la modificació n de los
tRNA.

Los genes pre-rRNA funcionan como


organizadores nucleolares y son similares
en todos los eucariontes

Los rRNA 28S y 5.8S se asocian con la subunidad


ribosó mica mayor (60S) y el rRNA 18S se asocia con la
subunidad ribosó mica menor (40S) en los eucariontes
superiores (y los rRNA funcionalmente equivalentes en
todos los demá s eucariontes) está n codificados por un
ú nico tipo de unidad de transcripció n pre-rRNA. En las
cé lulas humanas, la transcripció n por parte de la RNA
polimerasa I produce un transcrito primario (pre-rRNA)
45S (∼ 13,7 kb), que es procesado para dar los rRNA
maduros 28S, 18S, y 5.8S que se encuentran en los
ribosomas citoplasmá ticos. La secuenciació n del DNA que
codiQica el pre-rRNA 45S de muchas especies demostró FIGURA EXPERIMENTAL 8-36 Microfotografía electrónica de las unidades de transcripción de pre-rRNA a

que este DNA comparte diversas propiedades en todos los partir del nucléolo de un ovocito de rana. Cada “pluma” representa las mú ltiples molé culas de pre-rRNA
asociadas con pro- teı́nas en un complejo pre-ribonucleoproteı́na (pre-rRNP) saliendo de una uni- dad de
eucariontes. Primero, los genes de pre-rRNA está n transcripció n. Nó tese la “protuberancia” densa en el extremo 5 ́ de cada pre-RNP naciente que se cree es un
proceosoma. Las unidades de transcripció n de pre-rRNA está n dispuestas en tá ndem, separadas por regiones

organizados en disposiciones en tá ndem largas, espaciadoras de cromatina nucleolar no transcritas. (Cortesı́a de Y. Osheim y O. J. Miller, Jr.)

separadas por regiones espaciadoras no transcritas que


varı́an en longitud desde ∼ 2 kb en las ranas, hasta ∼ 30 Los RNA nucleolares pequeños asisten en
kb en los seres humanos (Fig. 8-36). Segundo, las regiones
el procesamiento de los pre-rRNA
genó micas correspondientes a los tres rRNA maduros
siempre está n dispuestas en el mismo orden 5 ́ → 3 ́: 18S,
5.8S, y 28S. El ensamblaje, la maduració n y la exportació n de las
subunidades ribosó micas al citoplasma está n mejor
comprendidas en la levadura S. cerevisiae. Sin embargo,
Tercero, en todas las cé lulas eucariontes (e incluso en las
casi todas las proteı́nas y los RNA involucrados está n
bacterias), el gen pre-rRNA codiQica para regiones que son
altamente conservados en los eucariontes multicelulares,
eliminadas durante el procesamiento y rá pidamente son
donde es probable que los aspectos fundamentales de la
degradadas. Estas regiones probablemente contribuyen
biosı́ntesis ribosó mica sean los mismos. Al igual que para
al plegamiento adecuado de los rRNA, pero no son
los pre-mRNA, los transcritos nacientes de pre-rRNA se
necesarias una vez que se ha producido el plegamiento. La
unen inmediatamente a proteı́nas, formando partı́culas
estruc- tura general de los pre-rRNA se esquematiza en la
de ribonucleoproteı́na prerribosó micas (pre-rRNP). Por
Figura 8-37.
razones aú n no comprendidas, la escisió n del pre-rRNA
no comienza hasta que la transcripció n del pre-rRNA está
La sı́ntesis y la mayorı́a del procesamiento del pre-rRNA casi completa. En las levaduras, se requiere
se producen en el nucleolo. Cuando los genes de pre-rRNA aproximadamente seis minutos para transcribir un pre-
se identiQicaron inicialmente en el nucleolo mediante rRNA. Una vez que se ha completado la transcripció n se
hibridació n in situ, no se sabia si requerı́a cualquier otro corta el rRNA y las bases y las ribosas son modificadas en
DNA para formar el nuclé olo. Los subsiguientes alrededor de 10 segundos. En una cé lula de levadura de
experimentos con cepas de Drosophila transgé nicas crecimiento rá pido, ∼ 40 pares de subunidades
demostraron que una ú nica unidad de transcripció n de ribosó micas son sintetizadas, procesadas y transportadas
pre-rRNA completa induce la formació n de un nucleolo hasta el citoplasma cada segundo. Esta velocidad
pequeñ o. Por lo tanto, un ú nico gen de pre- rRNA es extremadamente elevada de la sı́ntesis ribosó mica, a
suQiciente para ser un organizador nucleolar y todos los pesar del periodo aparentemente largo necesario para
componentes del ribosoma difunden hasta el pre-rRNA transcribir un pre-rRNA, es posible debido a que los genes
recié n formado. La estructura del nucleolo observada por de pre-rRNA está n empaquetados con molé culas de RNA
microscopia ó ptica y electró nica es el resultado del polimerasa I las cuales transcriben el mismo gen de
procesamiento del pre-rRNA y el ensamblaje de las manera simultá nea (vé ase la Fig. 8-36) y debido a existen
subunidades ribosó micas. 100-200 de tales genes en el cromosoma XII, el
organizador nucleolar de levadura.
proceosoma forma la “protuberancia 5 ́” visible en las
microfotografı́as electró nicas de los pre-rRNA (vé ase la
Fig. 8-36). El apareamiento de bases de otro snoRNP
especifica reacciones de corte adicionales, que eliminan
las regiones espaciadoras transcritas. El primer corte
para iniciar el procesamiento de los rRNA 5.8S y 25S de la
subunidad mayor es llevado a cabo por la RNasa MRP, un
complejo de nueve proteı́nas con un RNA. Una vez cortado
a partir de los pre-rRNA, estas secuencias son degradadas
por las mismas exonucleasas 3 ́ → 5 ́ asociadas al
exosoma, las cuales degradan los intrones procesados a
partir de los pre-mRNA. Las exorribonucleasas 5 ́ → 3 ́
(Rat1; Xrn1) tambié n eliminan algunas regiones del
espaciador 5 ́.
FIGURA 8-37 Estructura general de las unidades de transcripción de pre- rRNA. Las tres regiones
codificadoras (rojo) codifican los rRNA 18S, 5.8S, y 28S que se encuentran en los ribosomas de los eucariontes
superiores o sus equiva- lentes en otras especies. El orden de estas regiones codificadoras en el genoma siempre es
5 ́ → 3 ́. Las variaciones en las longitudes de las regiones espaciadoras transcritas (azul) explican las principales
diferencias en las longitudes de las unidades de transcripció n de pre-rRNA en los diferentes organismos. Algunos snoRNA tambié n son expresados a partir de sus
propios promotores por la RNA polimerasa II o III. Sin
embargo, de una manera notoria, la gran mayorı́a de los
El transcrito primario de ∼ 7 kb es cortado en una serie
snoRNA son procesados a partir de los intrones
de pasos exonucleolı́ticos y de escisió n que en ú ltima
eliminados por el proceso de corte y empalme de los
instancia producen los rRNA maduros que se encuentran
genes que codifican los mRNA funcionales para proteı́nas
en los ribosomas (Fig. 8-38). Durante el procesamiento, el
involucradas en la sı́ntesis de ribosomas o la traducció n.
pre-rRNA tambié n es modificado de manera exhaustiva,
Algunos snoRNA son procesados a partir de intrones
mayormente por metilació n del grupo 2 ́-hidroxilo de
procesados aparentemente a partir de los mRNA no
ribosas especı́ficas y la conversió n de residuos de uridina
funcionales. Los genes que codifican estos mRNA parecen
a seudouridina. Estas modificaciones
existir ú nicamente para expresar los snoRNA a partir de
postranscripcionales del rRNA probablemente resultan
los intrones escindidos.
importantes para la sı́ntesis de proteı́na, debido a que
está n altamente conservadas. Virtualmente todas estas
modificaciones se producen en la estructura central má s A diferencia de los genes 18S, 5.8S, y 28S, los genes rRNA
conservada del ribosoma, la cual está directamente 5S son transcritos por la RNA polimerasa III en el
involucrada en la sı́ntesis de proteı́na. Las posiciones de nucleoplasma fuera del nuclé olo. Con solo un
los sitios especı́ficos de la 2 ́-O-metilació n y la formació n procesamiento menor adicional a la eliminació n de
seudouridina está n determinadas por aproximadamente nucleó tidos en el extremo 3 ́, el rRNA 5S difunde hasta el
150 especies de RNA restringidas al nuclé olo, llamadas nuclé olo, donde se ensambla con el precursor del pre-
RNA nucleolares pequeños (snoRNA), que se hibridan rRNA y permanece asociado con la regió n que es cortada
de manera transitoria a las molé culas pre-rRNA. Al igual para dar el precursor de la subunidad ribosó mica mayor.
que los snRNA que funcionan en el procesamiento del
pre-mRNA, los snoRNA se asocian con proteı́nas,
La mayorı́a de las proteı́nas ribosó micas de la subunidad
formando partı́culas de ribonucleoproteı́na llamadas
ribosó mica menor de 40S se asocian con el pre-rRNA
snoRNP. Una clase de má s de 40 snoRNP (que contienen
naciente durante la trans- cripció n (Fig. 8-40). La escisió n
snoRNA cajas C + D) posicionan una enzima
del pre-rRNA de longitud completa en el precursor RNP
metiltransferasa cerca de los sitios de metilació n en el
90S libera una partı́cula pre-40S, que requiere solo unos
pre-mRNA. Los mú ltiples snoRNA cajas C + D dirigen la
pocos pasos de remodelació n antes de que sea
metilació n en mú ltiples sitios a travé s de un mecanismo
transportado al citoplasma. Una vez que la partı́cula pre-
similar. Ellos comparten secuencias comunes y
40S deja el nuclé olo, atraviesa el nucleoplasma
caracterı́sticas estructurales, y está n unidos por un grupo
rá pidamente y es exportado a travé s de los complejos del
de proteı́nas comunes. Una o dos regiones de cada uno de
poro nuclear (NPC), como se analiza a continuació n. La
los snoRNA son precisamente complementarias a los madura- ció n final de la subunidad ribosó mica menor se
sitios en el pre-rRNA y dirigen la metiltransferasa a produce en el citoplas- ma: el procesamiento
ribosas especı́ficas en la regió n hı́brida (Fig. 8-39a). Una
exonucleolı́tico del rRNA 20S en el rRNA 18S de la
segunda clase principal de snoRNP (conteniendo snoRNA
subunidad menor madura por la exorribonucleasas 5 ́
cajas H + ACA) posiciona la enzima que convierte la
→ 3 ́ Xrn1, y la dimetilació n de dos adeninas adyacentes
uridina a seudouridina (Fig. 8-39b). Esta conversió n
cerca del extremo 3 ́ del rRNA 18S por parte de la enzima
involucra la rotació n del anillo de pirimidina (Figura 8-
citoplasmá tica Dim1.
39c). Bases a cada lado de la uridina modificada en pre-
rRNA forman un apareamiento de bases con bases en la
protuberancia de un tallo en los snoRNA H + ACA, dejando Al contrario que la partı́cula pre-40S, el precursor de la
que la uridina modificada sobresalga de la regió n doble subunidad mayor requiere considerablemente má s
hebra helicoidal, como el punto de ramificació n A que remodelació n a travé s de muchas má s interacciones
sobresale en el corte y empalme espliceosó mico del pre- transitorias con las proteı́nas no ribosó micas, antes de
mRNA (vé ase la Fig. 8-10). Otras modificaciones de los que sea lo suficientemente maduro como para ser
nucleó tidos de pre-rRNA, como la desmetilació n de exportado al citoplasma. En consecuencia, se requiere un
adenina, son llevadas a cabo por proteı́nas sin la perı́odo considerablemente má s prolongado para que la
asistencia de los snoRNA guı́a. subunidad 60S en maduració n salga del nú cleo (30
minutos en comparació n a los 5 minutos para la
exportació n de la subunidad 40S en cé lulas humanas
El snoRNA U3 se ensambla en un snoRNP grande que
cultivadas). Mú ltiples presuntas RNA helicasas y
contiene ∼ 72 proteı́nas denominado subunidad pequeñ a
proteı́nas G pequeñ as está n asociadas con la maduració n
(SSU) del proceosoma, el cual especifica el corte en el sitio
de las subunidades pre-60S. Algunas RNA helicasas son
A0, el corte inicial cerca del extremo 5 ́ del pre-rRNA
necesarias para desprender los snoRNP que forman un
(vé ase la Fig. 8-38). El snoRNA U3 forma apareamiento de apareamiento de bases perfecto con el pre-rRNA hasta
bases con una regió n en la direcció n 5 ́ del pre-rRNA para má s de 30 pares de bases. Otras RNA helicasas pueden
especificar la localizació n del corte. Se cree que el funcionar en la interrup- ció n de interacciones proteı́na-
FIGURA 8-38 Procesamiento del rRNA. Las endorribonucleasas que reali- zan cortes internos se
RNA. El requerimiento para tantas GTPasas sugiere que representan como tijeras. Las exorribonucleasas que digieren a partir de un extremo, ya sea 5 ́ o 3 ́, se muestran
como un pac-men. La mayorı́a de la metilació n (CH ) 2 ́-O-ribosa y de la generació n de seudouridinas en los rRNA
existen muchos puntos de control de calidad en el 3
se produce luego de la escisió n inicial en el extremo 3 ́, antes de la escisió n inicial en el extremo 5 ́. Se indican las
ensamblaje y remodelació n del RNP de la subunidad proteı́nas y las snoRNP conocidas que participan en estos pasos.

mayor, donde se debe completar un paso antes de que se


active la GTPasa para permitir que se avance al siguiente
paso. Tambié n se unen de manera transitoria miembros
de la familia de ATPasa AAA. Esta clase de proteı́nas
suelen estar involucradas en grandes movimientos
moleculares y pueden ser necesarias para el plegamiento
del rRNA grande y com- plejo en la conformació n
apropiada. Algunos pasos en la maduració n de la
subunidad 60S se producen en el nucleoplasma, durante
el paso desde el nuclé olo a los complejos del poro nuclear
(vé ase Fig. 8-40). Queda mucho por aprender acerca de
este fascinante y complejo proceso de remodelació n FIGURA 8-39 Modificación del pre-rRNA dirigida por snoRNP. (a) Un snoRNA llamado snoRNA caja C + D está

esencial que ocurre durante la formació n de las involucrado en la 2 ́-O-metilació n de ribosa. Las secuencias en este snoRNA se hibridan a dos regiones diferentes en
el pre-rRNA, dirigiendo la metilació n en los sitios indicados. (b) Los snoRNA caja H + ACA se pliegan en dos tallos
subunidades ribosó micas. lazo con protuberancia de hé lice sencilla internas en los tallos. El pre-rRNA se hibrida a las protuberancias de hé lice
sencilla, demarcando un sitio de seudouridilació n. (c) Conversió n de uridina a seudouridina dirigida por los snoRNA
caja H + ACA de la parte (b)

La subunidad ribosó mica mayor es una de las estructuras


má s grandes para pasar a travé s de los complejos del poro
nuclear. La maduració n de la subunidad mayor en el
nucleoplasma lleva a la generació n de sitios de unió n para
un adaptador de exportació n nuclear llamado Nmd3.
Nmd3 es unido por el transportador nuclear Exportina 1
(tambié n llamado Crm1). Este es otro paso de control de
la calidad, debido a que solo las subunidades
ensambladas correctamente pueden unir Nmd3 y ser
exportadas. La subunidad menor del exportador de
mRNP (NXT1) tambié n se asocia con la subunidad
ribosó mica ma- yor casi madura. Estos transportadores
nucleares interactú an con los dominios FG de las
nucleoporinas FG. Este mecanismo permite la
penetració n de la “nube” molecular que llena la mayorı́a
del canal central del NPC (vé ase la Fig. 8-20). Varias

nucleoporinas especı́ficas sin los dominios FG tambié n FIGURA 8-40 Ensamblaje de la subunidad ribosómica. Las proteı́nas ribosó - micas y los RNA en las subunidades
ribosó micas mayor y menor se representan en azul, con una forma similar a la de los iconos para las subunidades
son necesarias para la exportació n de la subunidad maduras en el citoplasma. Otros factores que se asocian transitoriamente con las subunida- des en maduració n se
representan en diferentes colores, como se muestra en el recuadro.
ribosó mica y pueden tener funciones adicionales. Estas
dimensiones de las subunidades ribosó micas (∼ 25-30
nm de diá metro) y el canal central del NPC son Los intrones del grupo I de
comparables, por lo tanto el pasaje puede no requerir la autoprocesamiento fueron los primeros
distorsió n de cualquiera de las subunidades ribosó micas
o del canal. La maduració n final de la subunidad grande
ejemplos del RNA catalítico
en el citoplasma incluye la eliminació n de estos factores
de exportació n. Al igual que para la exportació n de la Durante la dé cada de 1970, se descubrió que los genes
mayorı́a de las macromolé culas desde el nú - cleo, pre-rRNA del protozoo Tetrahymena thermophila
incluyendo los tRNA y los pre-miRNA (pero no para la contenı́an un intró n. Bú squedas cuidadosas fallaron en
mayorı́a de los mRNP), la exportació n de la subunidad descubrir incluso un gen pre-rRNA sin la secuencia extra,
ribosó mica requiere la funció n de una proteı́na G pequeñ a lo cual indica que el corte y empalme es necesario para
llamada Ran, como se analiza en el Capı́tulo 13. producir el rRNA maduro en estos organismos. En 1982,
los estudios in vitro que mostraron que el pre-rRNA fue
procesado en los sitios correctos en ausencia de cualquier
proteı́na proporcionó el primer indicio de que ese RNA
puede funcionar como un catalizador, al igual que las
enzimas.

Luego se encontró toda una serie de secuencias de


autoprocesamiento o autoeliminació n en los pre-rRNA de
otros organismos unicelulares, en los pre-rRNA de
mitocondrias y cloroplastos, en diversos pre-mRNA a
partir de ciertos bacterió fagos de E. coli y en algunos
transcritos primarios de tRNA bacterianos. Las
secuencias de autoprocesamiento en todos estos
precursores, llamadas intrones del grupo I, usan
guanosina como cofactor y pueden plegarse mediante
apareamiento de bases internas para superponer
estrechamente los dos exones que se deben unir. Como se
describió antes, ciertos pre-mRNA de cloroplastos y
mitocondrias y los tRNA contienen un segundo tipo de
intró n de autoprocesamiento, designado grupo II.

Los mecanismos de corte y empalme usados por los


intrones del grupo I, del grupo II y los espliceosomas, en
general son similares e involucran dos reacciones de
transesterificació n, que no requieren suministro de Alrededor del 10% de las bases en los pre-tRNA son
energı́a (Fig. 8-41). Los estudios estructurales de los modificadas enzimá ticamente durante el procesamiento.
intrones del grupo I del pre-rRNA de Tetrahymena Se producen tres clases de modificaciones de bases (Fig.
combinados con experimentos bioquı́micos y 8-42): (1) residuos U en el extremo 3 ́ del pre-tRNA son
mutacionales revelaron que el RNA se pliega en una reemplazados con una secuencia CCA. La secuencia CCA
estructura tridimensional precisa que, al igual que las se encuentra en el extremo 3 ́ de todos los tRNA y es
enzimas proteicas, contienen surcos profundos que necesaria para que sean cargados por la aminoacil-tRNA
actú an en la catá lisis. Los intrones del grupo I funcionan sintetasa durante la sı́ntesis de proteı́na. El paso en la
como una metaloenzima en orientar precisamente los sı́ntesis de tRNA probablemente funciona como un punto
á tomos que participan en las dos reacciones de de control de calidad, puesto que solo los tRNA
transesterificació n adyacentes a los iones catalı́ticos de adecuadamente plegados son reconocidos por la enzima
Mg2+. En la actualidad, existe considerable evidencia que de adicció n CCA. (2) Los grupos metil isopentenil son
indica que el proceso de corte y empalme de los intrones añ adidos a los anillos heterocı́clicos de bases pú ricas y los
del grupo II y los snRNA en el espliceosoma tambié n grupos 2 ́-OH en la ribosa de residuos especı́ficos son
involucra a los iones catalı́ticos de Mg2+, unidos. Tanto en metilados. (3) Uridinas especı́ficas son convertidas a
los intrones de autoprocesamiento del grupo I, del grupo residuos de dihidrouridina, seudouridina o ribotimidina.
II y probablemente en el espliceosoma, el RNA funciona No se comprenden bien las funciones de estas
como una ribozima, una secuencia de RNA con capacidad modificaciones de ribosas y bases, pero puesto que está n
catalı́tica. altamente conservados, probablemente tienen una
influencia positiva en la sı́ntesis proteica.

Como se muestra en la Figura 8-42, el pre-tRNA


expresado a partir del gen tRNA de tirosina de levadura
(tRNATyr) contiene un intró n de 14 bases que no está
presente en el tRNATyr maduro. Algunos genes de tRNA
eucariontes y algunos genes de tRNA de archaea tambié n
contie- nen intrones. Los intrones en los pre-tRNA
nucleares son má s cortos que aquellos en los pre-mRNA y
carecen de las secuencias de consenso del sitio de corte y
empalme que se encuentran en los pre-mRNA (vé ase la
Fig. 8-7). Los intrones pre-tRNA tambié n se distinguen
claramente de los intrones de autoprocesamiento mucho
má s largos del grupo I y del grupo II, que se encuentran
en los pre-rRNA mitocondriales y de cloroplastos. El
FIGURA 8-41 Mecanismos de corte y empalme de los intrones de auto- procesamiento grupo I y grupo II, y
el proceso de corte y empalme del pre-mRNA catalizado por el espliceosoma. El intró n se muestra en gris, los
mecanismo de corte y empalme de los pre-tRNA diQiere en
exones a ser unidos en rojo. En los intrones del grupo I, un cofactor guanosina (G) que no es parte de la cadena de
RNA se asocia con el sitio activo. El grupo 3 ́ hidroxilo de esta guanosina participa en una reacció n de
tres aspectos fundamentales de los mecanismos
transesterificació n con el fosfato en el extremo 5 ́ del intró n; esta reacció n es aná loga a la que involucra los grupos
2 ́-hidroxilo en los sitios de ramificació n A en los intrones del grupo II y los intrones del pre-mRNA procesados en
utilizados por los intrones de autoprocesamiento y los
los espliceosomas (vé ase la Figura 8-8). La posterior transesterificació n que une a los exones 5 ́ y 3 ́ es similar en
los tres mecanismos de corte y empalme. Nó tese que los intrones del grupo I eliminados son estructuras lineales, a
espliceosomas (vé ase la Fig. 8-41). Primero, el corte y
diferencia de los productos ramificados que se obtie- nen en los otros dos casos.
empalme de los pre-tRNA está catalizado por proteı́nas,
no por los RNA. Segundo, un intró n pre-tRNA es cortado
Los pre-tRNA sufren una modificación en un paso que comprende simultá neamente la escisió n
de ambos extremos del intró n. Finalmente, la hidró lisis de
amplia en el núcleo GTP y ATP es necesaria para unir los dos tRNA generados
por el corte a ambos lados del intró n.
Los tRNA citosó licos maduros, que en promedio tienen
75-80 nucleó tidos de longitud, son producidos a partir de Despué s de que son procesados los pre-tRNA en el
precursores grandes (pre- tRNA) sintetizados por la RNA nucleoplasma, los tRNA maduros son transportados al
polimerasa III en el nucleoplasma. Los tRNA maduros citoplasma a travé s de los complejos del poro nuclear por
tambié n contienen numerosas bases modificadas que no la Exportina t, como se describió́ anteriormente. En el
está n presentes en los transcritos primarios de tRNA. El citoplasma, los tRNA son pasados entre las aminoacil-
corte y la modificació n de base se produce durante el tRNA sintetasas, los factores de elongació n y las
procesamiento de todos los pre-tRNA; algunos pre-tRNA ribosomas durante la sı́ntesis de proteı́na (Cap. 4). Por lo
tambié n son cortados y empalmados durante el tanto los tRNA en general está n asociados con las
procesamiento. Todos estos acontecimientos de proteı́nas y pasan poco tiempo libre en la cé lula, como
procesamiento y modificació n se producen en el nú cleo. tambié n es el caso de los mRNA y los rRNA.

Una secuencia 5 ́ de longitud variable que está ausente en


los tRNA maduros está presente en todos los pre-tRNA
(Fig. 8-42). Esto se produce debido a que el extremo 5 ́ de
los tRNA maduros es generado por un corte
endonucleolı́tico especificado por la estructura
tridimensional del tRNA mejor que en el lugar del sitio de
inicio de la transcripció n. Estos nucleó tidos 5 ́ extra son
eliminados por la ribonucleasa P (Rnasa P), una
endonucleasa ribonucleoproteica. Estudios con la RNasa
P de E. coli indican que a elevadas concentraciones de
Mg2+, el componente RNA solo puede reconocer y cortar
los pre-tRNA. El polipé ptido RNasa P incrementa la
velocidad de corte por el RNA, permitié ndole que proceda
a concentraciones fisioló gicas de Mg2+. Una RNasa P
comparable funciona en los eucariontes. FIGURA 8-42 Cambios que se producen durante el procesamiento del pre-tRNA de tirosina. Un intró n de 14
nucleó tidos (azul) en el anticodó n es eliminado por corte y empalme. Una secuencia de 16 nucleó tidos (verde) en
el extremo 5 ́ es escindida por la RNasa P. Residuos U en el extremo 3 ́ son reemplazados por la secuencia CCA (rojo)
encontrada en todos los tRNA maduros. Numerosas bases en los tallos bucles son convertidas a bases modificadas
caracterı́sticas (amarillo). Nó tese que no todos los pre-tRNA contienen intrones que son eliminados durante el
procesamiento, pero todos sufren los otros tipos de cambios que se muestran aquı́. D = dihidrouridina; y=
seudouridina. Manchas nucleares Las manchas o motas nucleares se
observaron usando anticuerpos marcados con
fluorescencia contra proteı́nas snR- NP y otras proteı́nas
Los cuerpos nucleares son dominios involucradas en el procesamiento de corte y empalme del
nucleares funcionalmente especializados pre-mRNA, aproximadamente como 20-50 estructuras
amorfas irregulares de 0,5-2 μm de diá metro, que está n
distribuidas a travé s de todo el nucleoplasma de las
La visualizació n de alta resolució n del nú cleo de una
cé lulas de los vertebrados. Puesto que las manchas no se
cé lula animal o vegetal, mediante microscopia electró nica
localizan en sitios de procesamiento del pre-mRNA
y posterior tinció n con anticuerpos marcados con
cotranscripcional, se piensa que son regiones de
fluorescencia, ha revelado dominios en el nú cleo (ademá s
almacenamiento para las snRNP y proteı́nas involucradas
de territorios cromosó micos) y en el nuclé olo. Estos
en el procesamiento del pre-mRNA, que son liberadas al
dominios nucleares especializados, llamados cuerpos
nucleoplasma cuando son necesarias.
nucleares, no está n rodeados por membranas pero son
no obstante regiones de altas concentraciones de
proteı́nas especı́ficas y RNA que forman estructuras Cuerpos nucleares de la leucemia promielocítica
distintivas, apenas esfé ricas dentro de los nú cleos. Los (PML) El gen PML se descubrió originalmente cuando se
cuerpos nucleares má s prominentes son los nuclé olos, los observaron las translocaciones cromosó micas dentro del
sitios de sı́ntesis y ensamblaje de la subunidad ribosó mica gen en las cé lulas leucé micas de pacientes con la rara
analizados anteriormente. Tambié n se han descrito otros enfermedad de la leucemia promielocı́tica (PML). Cuando
tipos diversos de cuerpos nucleares en los estudios se utilizaron anticuerpos especı́ficos para la proteı́na PML
estructurales. en estudios de microscopı́a inmunofluorescente, se
encontró que la proteı́na se localizaba en ∼ 10-30
regiones apenas esfé ricas de 0,3-1 μm de diá metro en los
Los experimentos con proteı́nas nucleares marcadas con
nú cleos de las cé lulas de mamı́fero. Se han propuesto
fluorescencia han demostrado que el nú cleo es un
mú ltiples funciones para estos cuerpos nucleares PML,
ambiente altamente diná mico, con rá pida difusió n de
pero un consenso que está surgiendo es que funcionan
proteı́nas a travé s del nucleoplasma. Las proteı́nas
como sitios para el ensamblaje y la modificació n de
asociadas con los cuerpos nucleares tambié n suelen
complejos proteicos involucrados en la reparació n del
observarse a bajas concentraciones en el nucleoplasma
DNA y la inducció n de apoptosis. Por ejemplo, la proteı́na
por fuera de los cuerpos nucleares y los estudios con
supresora de tumores p53 parece ser modificada
fluorescencia indican que ellos difunden hacia dentro y
postraduccionalmente por fosforilació n y acetilació n en
fuera de los cuerpos nucleares. Sobre la base de estas
los cuerpos nucleares PML en respuesta al dañ o del DNA,
mediciones de la movilidad molecular en las cé lulas vivas,
incrementando su capacidad para activar la expresió n de
los cuerpos nucleares pueden ser modelados
genes de respuesta al dañ o celular. Los cuerpos nucleares
matemá ticamente como el estado estacionario esperado
PML tambié n son necesarios para las defensas celulares
para las proteı́nas en difusió n, que interactú an con
contra los virus de DNA que son inducidos por
suficiente afinidad para formar regiones autoorganizadas
interferones, proteı́nas secretadas por las cé lulas
de altas concentraciones de proteı́nas especı́ficas, con
infectadas con virus y por linfocitos T involucrados en la
suficiente baja afinidad entre sı́ como para ser capaces de
respuesta inmunitaria (vé ase el Cap. 23).
difundirse dentro y fuera de la estructura. En las
microfotografı́as electró nicas estas estructuras parecen
ser una red esponjosa, heterogé nea, de componentes que Los cuerpos nucleares PML tambié n son sitios de
interactú an. Aquı́ se analizan unos pocos ejemplos de los modificaciones postraduccionales a travé s de la adició n
cuerpos nucleares. de una pequeñ a proteı́na si- milar a la ubiquitina llamada
SUMO1 (de sus siglas en inglé s small ubiquitin-like moiety-
1), que puede controlar la actividad y la localizació n
Cuerpos de Cajal Los cuerpos de Cajal son estructuras
subcelular de la proteı́na modificada. Muchos activadores
esfé ricas de ∼ 0,2-1 um que se han observado en el nú cleo
transcripcionales son inhibidos cuando se les añ ade la
por má s de un siglo (Fig. 8-43). La investigació n actual
proteı́na SUMO1 y la mutació n de sus sitios de adició n
indica que al igual que el nuclé olo, los cuerpos de Cajal son
incrementa la actividad en la estimulació n de la
centros de ensamblaje de complejos RNP para los snRNP
transcripció n. Estas observaciones indican que los
de espliceosomas y otros RNP. Al igual que los rRNA, los
cuerpos nucleares PML está n involucrados en un
snRNA sufren modiQicaciones especı́Qicas, tales como la
mecanismo de represió n de la transcripció n que aú n no
conversió n de residuos de uridina especı́Qicos a
se ha estudiado y entendido en profundidad.
seudouridina y la adició n de grupos metilos a los grupos
2 ́-hidroxilo de ribosas especı́Qicas. Estas modiQicaciones
postranscripcionales son importantes para el ensamblaje Función nucleolar además de la síntesis de la
y la funció n adecuada de los snRNP en el corte y empalme subunidad ribosómica Los primeros cuerpos nucleares
del pre-mRNA. Dichas transformaciones se producen en observados, los nuclé olos, pueden tener regiones
los cuerpos de Cajal, donde son dirigidas por una clase de especializadas de subestructura que se dedican a otras
molé culas de RNA guı́a como las snoRNA, que se funciones distintas a la biogé nesis del ribosoma. Existe
denominan scaRNA (RNA pequeñ os asociados a cuerpo de evidencia de que los complejos ribonucleoproteicos SRP
Cajal). Tambié n existe evidencia de que el cuerpo de Cajal inmaduros involucrados en la secreció n proteica y en la
es el sitio del ensamblaje de los complejos tri-snRNP inserció n de la membrana del RE (Cap. 13), son
U4/U6/U5, necesarios para el procesamiento del pre- ensamblados en los nuclé olos y luego exportados hacia el
mRNA a partir de los snRNP libres U4, U5, y U6 liberados citoplasma, donde se producen sus maduraciones finales.
durante la eliminació n de cada intró n (vé ase la Fig. 8-11). La proteı́na fosfatasa Cdc14 que regula los procesos en las
Puesto que los cuerpos de Cajal tambié n contienen una etapas finales de la mitosis está secuestrada en los
elevada concentració n del snRNP U7 involucrado en el nuclé olos en las cé lulas de levadura en gemació n (Cap.
procesamiento del extremo 3 ́ de los principales mRNA de 19). Asimismo, una proteı́na supresora de tumores
histona, es probable que este proceso tambié n se llamada ARF, la cual está involucrada en la regulació n de
produzca en los cuerpos de Cajal, al igual que el la proteı́na codificada por el gen mutado con mayor
ensamblaje de los RNP de telomerasa. frecuencia en los cá nceres humanos (p53), está
secuestrada en los nuclé olos y es liberada en respuesta al
dañ o del DNA (Cap. 24). Ademá s, la heterocromatina
suele formarse en la superficie de los nuclé olos (Fig. 6- • Los cuerpos nucleares son regiones funcionalmente
33), lo cual sugiere que las proteı́nas asociadas con los especializadas en el nú cleo donde interactú an con
nuclé olos tambié n participan en la formació n de esta proteı́nas para formar estructuras autoorganizadas.
estructura de cromatina en represió n. Muchas de estas, al igual que los nuclé olos, son regiones
de ensamblaje de los complejos RNP.

FIGURA 8-43 Los cuerpos nucleares son diferencialmente permeables a las moléculas en el centro del
nucleoplasma. Cada par de panel muestra una zona ú nica del nú cleo de ovocito de Xenopus vivo, que fue
previamente inyectado con dextrano fluorescente de la masa molecular indicada (3-2 000 kDa). Cada secció n del
panel superior es una imagen confocal en la cual la intensidad de fluorescencia es una medida de la concentració n
de dextrano (p. ej., las zonas oscuras muestran regiones donde se ha excluido el dextrano). Cada secció n del panel
inferior es una imagen de contraste por interferencia diferencial del mismo campo. Las puntas de flecha abiertas
indican los nuclé olos, las puntas de flechas rellenas muestran los cuerpos de Cajal (CB) con las motas nucleares
adheridas má s grandes en los ovocitos de Xenopus que en la mayorı́a de las cé lulas somá ticas. Los dextranos de bajo
peso molecular (p. ej., 3 kDa) penetran casi por completo los CB, pero son má s excluidos de las motas nucleares y
los nuclé olos. La exclusió n del dextrano aumenta con la masa molecular. Barra = 10 um.

CONCEPTOS CLAVE de la Sección 8.5


Procesamiento del rRNA y tRNA


• Un precursor grande de pre-rRNA (13,7 kb en los seres


humanos) sintetizado por la RNA polimerasa I sufre
escisió n, digestió n exonucleolı́tica y modificaciones de
bases para dar los rRNA 28S, 18S, y 5.8S, que se asocian
con las proteı́nas ribosó micas a fin de formar las
subunidades ribosó micas.

• La sı́ntesis y el procesamiento del pre-rRNA se producen


en el nuclé olo. El componente rRNA 5S de la subunidad
ribosó mica mayor es sintetizado en el nucleoplasma por
la RNA polimerasa III.


• Aproximadamente 150 snoRNA, asociados con
proteı́nas en las snoR- NP, forman apareamientos de
bases con sitios especı́ficos en el pre-rRNA donde dirigen
la metilació n de ribosas, la modificació n de uridina a
seudouridina y la escisió n en sitios especı́ficos durante el

procesamiento del rRNA en el nucleolo.

• Los intrones de autoprocesamiento de los grupos I y II y


probablemente los snRNA en los espliceosomas
funcionan todos como ribozimas o secuencias de RNA
catalı́ticamente activas, que llevan a cabo el
procesamiento de manera aná loga a las reacciones de
transesterificació n, requiriendo la unió n de iones Mg2+
(vé ase la Fig. 8-41).

• Los pre-tRNA sintetizados por la RNA polimerasa III en
el nucleoplasma son procesados para eliminar la
secuencia del extremo 5 ́, ademá s del CCA en el extremo
3 ́ y la modificació n de mú ltiples bases internas (vé ase la
Fig. 8-42).

• Algunos pre-tRNA contienen un intró n corto que es


eliminado mediante un mecanismo catalizado por una
proteı́na diferente del procesamiento de corte y empalme
del pre-mRNA, ası́ como de los intrones de
autoprocesamiento.


• Todas las especies de molé culas de RNA se asocian con
proteı́nas en varios tipos de partı́culas de
ribonucleoproteı́na, ambas en el nú cleo y despué s de la
exportació n al citoplasma.
CLASE 1

GENERALIDADES

• La regulación de la expresión génica es un proceso fundamental que controla el


desarrollo de un organismo multicelular a partir de un cigoto totipotente
generando todos las variedades celulares necesarias para dicho organismo.

• La alteración de los procesos de expresión génica produce defectos del


desarrollo embrionario.

• Estas alteraciones también están implicadas en la generación de cáncer.

• En las bacterias y en otros los organismos unicelulares, ajustan su maquinaria


enzimática y sus componentes estructurales en respuesta a los cambios
nutricionales y del medio ambiente.

• La regulación de la expresión génica se produce en:


o Transcripción
o Procesamiento y exportación de RNA
o Traducción
• Esto da por resultado la producción diferencial de proteínas
• La iniciación y la elongación en la transcripción son los pasos fundamentales en
la regulación ya que determina el número y tipos de proteínas y RNAs del
organismo.

CONTROL DE LA EXPRESIÓN GÉNICA EN LAS BACTERIAS

• Las bacterias ajustan su maquinaria enzimática y sus componentes estructurales


en respuesta a los cambios ambiental nutricional y físico.
• La represión génica produce a baja velocidad los mRNAs.
• La activación génica produce a alta velocidad los mRNAs.
• La mayoría de los genes están organizados en operones,
• Cada operón codifica enzimas involucradas en una vía metabólica particular o
proteínas que interactúan para formar una proteína multifuncional.
• Hay genes que no forman operones y se expresan de forma aislada.

SISTEMA INDUCIBLES

• El sustrato sobre el que va actuar la enzima provoca la síntesis de la enzima.


• Al efecto del sustrato se le denomina inducción positiva.
• En E. Coli.
o En ausencia de galactosa (sustrato) hay de una a diez unidades de
galactosa (enzima) por miligramo de materia seca.
o En presencia de galactosa se detectan hasta 10.000 unidades de
galactosidasa por miligramo de material seco.
• Al compuesto que desencadena la síntesis de la enzima se le denomina
INDUCTOR.
• Los sistemas inducibles corresponden a procesos catabólicos de degradación
como los operones de LACTOSA, ARABINOSA Y MALTOSA.
• Son sistemas enzimáticos encargados de degradar las distintas sustancias.

INICIACIÓN DE LA TRANSCRIPCIÓN EN E. COLI, ASOCIADOS AL


FACTOR O SIGMA σ
• La RNA polimerasa de E. coli se asocia a un número pequeño de factores para
inicial la transcripción.
• El más común es el σ70
• σ70 se una a la RNA polimerasa y la liga a un promotor que tienen dos
secuencias consenso:
-35 TTCACAT 15 a 17 pb -10 TATAAT

• La RNA polimerasa se une al DNA desde -50 a +20.


• σ70 también asiste a la RNA polimerasa para:
o separar las hebras del DNA en el sitio de la transcripción.
o Insertar la hebra codificante en el sitio activo de la polimerasa para que
la transcripción inicie en +1
OPERON LAC

• Si no hay lactosa se reprime la síntesis de mRNA para no desperdiciar energía


en producir enzimas que la célula no va a usar.
• Si hay lactosa o glucosa E.coli metaboliza estos hidratos de carbono
• Metaboliza con preferencia a la glucosa porque es un proceso más simple y que
usa menos energía.
• Pero si la glucosa está en niveles muy bajos o no existen, se metaboliza. Lactosa
a gran velocidad.

• El operón LAC contiene tres genes lacZ, lacY, lac A.


• Los genes en el operón lac especifican las proteínas que ayudan a la célula a
utilizar la lactosa.
• Gen lac Z codifica β-galactosa que divide la lactosa en monosacáridos para
la glucólisis.
• Gen lacY codifica lactosa permeasa, que es una ¨bomba¨ transmembrana
para introducir la lactosa a la célula.
• Gen lac A codifica transacetilasa para la descomposición de la lactosa.

• Promotor: sitio de unión de la RNA polimerasa.


• Operador: sitio regulador negativo al que se une la proteína represora lac.
El operador se traslapa con el promotor y cuando se le ha unido el represor
lac, la RNA polimerasa no puede unirse al promotor y comenzar la
transcripción.
• Sitio de unión a CAP: regulador positivo al que se une la proteína
activadora de catabolitos (CAP). Cuando se une CAP a este sitio, promueve
la transcripción al ayudar a la RNA polimerasa.

FACTOR σ54 DE E. COLI.

• La transcripción de los genes con la RNA polimerasa con σ54 se regula por
potenciadores o intensificadores localizados entre 80 y 160 pb corriente arriba
de +1.
• La proteína NtrC, reguladora de nitrógeno, actúa sobre el gen glnA que codifica
la enzima glutamina sintetasa y forma glutamina a partir del ácido glutámico y el
amoniaco.
• RNA polimerasa σ54 se une al promotor glnA y debe ser activada por la proteína
simérica NtrC la cual, a su vez ha sido accionada por la cinasa NtrB.
• Con niveles bajos de glutamina, NtrB fosforila a NtcC, esta se potenciador
corriente arriba del promotor de glnA.
• RNA polimerasa σ54 unida la promotor forma un bucle con las hebras de DNA.
• NtrC tiene actividad ATPasa, una vez fosforilada por NtrB hidroliza el ATP lo
que suministra energía para la separación de las hebras de DNA, iniciando la
transcripción.
• NtrC y NtrB son proteínas sensoras de histidina.
• En concentraciones altas de glutamina, esta se une al dominio sensor de NtrB
que inhibe la actividad de histidina cinasa.
• El dominio regulador de NtrC bloquea al dominio de unión de DNA a partir del
potenciador glnA.
• En concentraciones bajas de glutamina, esta se disocia del dominio sensor de
NtrC activado el dominio histidina cinasa transmisor de NtrB que transfiere el
fosfato γ del ATP a un residuo de histidina en ese dominio.
• Fosfohistidina transfiere el fosfato a un residuo de ácido aspártico en NtrC
desenmascarando su dominio de unión a DNA para que se ligue al potenciador
del glnA.

OPERÓN trp EN E. COLI

• A niveles altos de triptófano, el operón trp puede disminuir su expresión poe el


mecanismo de atenuación.
• No bloquea la iniciación de la transcripción, sino que impide su terminación
mediante la detención prematura de RNA polimerasa formando un mRNA corto.
• El operon trp contiene una secuencia denominada líder que se encuentra entre el
operador y el primer.
• El líder tiene dos secuencias. Una codifica un polipéptido corto y la otro
funciona como atenuador.
• Una vez que la RNA polimerasa ha comenzado a transcribir, un ribosoma puede
adherirse al transcripto aún en formación y comenzar a traducir la región líder.
• El polipéptido codificado por el li1der tiene 14 aminoácidos y dos residuos de
triptófano.
• Los triptófanos son importantes porque:
o Si hay mucho triptófano, el ribosoma no tendrá que esperar por un tRNA
que porte triptófano y acabará rápidamente el polipéptido líder.
o Si hay poco triptófano se detendrá en los codones Trp y será lento para
acabar la traducción del líder.

CLASE 1

GENERALIDADES

• En las eucariontas el control de la expresión génica permite el desarrollo de un


organismo multicelular completo desde una célula totipotente o cigoto.
• El DNA ecuariote se compacta con las histonas
• El DNA y las histonas sufren modificaciones epigenéticas para expresarse como
metilación, acetilación, ubiquitinización, fosforilación.
• La expresión génica eucarionte depende, también, de los factores de transcipción
que son proteinas que se unen directamente al DNA para regular el proceso.
REGULADORES DEL DNA
• El gen presenta una secuencia promotora donde la RNA polimerasa se une para
iniciar la transcripción
• La transcripción está controlada por proteinas activadoras o represoras que se
unen al DNA y se denominan factores de transcripción
• Un único gen puede tener varios factores de transcripción que se conocen como
elementos de control alternativo

ESTUDIOS DE GENES INDICADORES


• Para el estudio del corral de la tanscripción se utilizan genes indicadores o
informadores en:
o Moléculas de DNA recombinante
o E. coli
o Ratones transgénicos
REGIONES DE CONTROL CONSERVADAS

• Las regiones de control para un gen conservado también suelen estar


conservadas y pueden ser reconocidas por una secuencia no funcional que
divergió durante la evolución
• El gen SALLI es conservado y tiene una región de control de la transcripción
conservada en humanos, pollos, ratones, ranas y peces
• Codifica un represor de la transcripción para el desarrollo normal del intestino
delgado, los miembros y los oídos
• Si se muta la región de control conservada, se produce alteraciones de estas
estructuras
• En el ser humano las mutaciones de esta gen están relacionadas con el sindrome
de Towner-Brocks
CLASE 2 RNA POLIMERASA Y mRNA
• La RNA polimerasa es indispensable para la iniciación y la elongación de la
transcripción de lo mRNAs.
• La expresión de los genes que codifican las proteínas está regulada por múltiples
secuencias de DNA que unen proteínas.
• Estas secuencias se denominan regiones de control de la transcripción.
▷ Los elementos de control de la transcripción de la polimerasa II forman el promotor
core:
o Caja TATA
o Secuencias G/C.
o Elemento iniciador Inr.
o Secuencia DPE.
o Caja CAAT.
o Caja octamérica.

CAJAS TATA
• TATAA/TA/G
• -25 a-35
• TDFIID reconoce la caja TATA
• Sus mutaciones afectan la velocidad de la transcripción
• Un cambio en su posición altera la localización del sitio de iniciación.

CAJA CAAT
• C/TC/TANT/AC/TC/T.
• Justamente sobre +1
• TDFIID reconoce a Inr.
• N= cualquier base purica o pirimidinica.
• Es una secuencia que puede o no estar presente.
• -80 a -100.
• Es reconocida por algunos factores de transcripción.
• G/AG/ACCAATCTA/G.

CREMALLERA bZIP Y DE LA LEUCINA


• Es un motivo tipo cierre formado por a hélices que contienen leucina en cada
séptima posición.
• Son homo o heterodiméricas puesto que pueden tener diferentes secuencias de
aminoácidos, pero con las leucinas conservadas.
• Agarran al DNA en dos surcos mayores adyacentes.
• Los residuos cargados positivamente de las a hélices interactúan con los fosfatos
del DNA y los residuos adicionales, con bases específicas del surco mayor.
• Forman los dímeros por interacciones hidrofóbicas entre las regiones C-
terminales de las a hélices formando una estructura espiral enrollada.
Hélice lazo hélice o HLH
• Las dos a hélices se unen por medio de una vuelta de aminoácidos tipo lazo.
• Se une al surco mayor del DNA
• Pueden ser homo o heterodiméricas.
• Están relacionados con el desarrollo de diferentes tejidos y órganos.

Factores de transcripción HOX, PAX y TBX


• Estas proteínas tienen secuencias conservadas denominadas homeodominios o
similares a similares a homeodominios.
• Son codificados por genes que intervienen en el desarrollo temprano del
embrión.
• Pertenecen a las familias de proteínas
o HOX.
o PAX
o TBX.

HOMEOBOX O HOX
• Los genes HOX a través de sus proteínas confieren identidad espacial o posición
inequívoca a las célula del cuerpo.
• Controlan el desarrollo del eje antero- posterior y cabeza-cola
• Después de la formación de los segmentos embrionarios determinan el tipo de
estructuras que se formarán en un segmento determinado.
• Son genes altamente conservados durante la evolución.
• Se expresan en el desarrollo embrionario y en la vida posnatal
PAX O CAJA PAREADA

• Los genes PAX a través de sus proteínas actúan en el desarrollo de los órganos
de los sentidos y del sistema nervioso central.
• Determinan la diferenciación celular de las células epitelio-mesenquimatosas.
• Tienen un motivo par o pareado que se une al DNA.

TBX O CAJA T

• Los genes TBX y sus proteínas juegan un papel importante en el desarrollo de la


notocorda y el mesodermo.
• La caja T tiene una secuencia TCACACCT.
• La proteína tiene aminoácidos conservados como: Lys149, Asn155 o Asn353.
• La Caja T es un motivo bZIP dime rizado con HLH
CLASE 2

REPRESORES Y ACTIVADORES DE LA TRANSCRIPCIÓN


• Los represores y los activadores se unen a sitios específicos en el ADN para
regular la transcripción.
• Las proteínas reguladoras se unen a moléculas que modulan la estructura de la
cromatina.
• Se modifican las colas de las histonas de los nucleosomas.
• Las proteínas interactúan con un complejo multiprotéico grande llamado
mediador del complejo de transcripción.
• El mediador se une a Pol-ll y regula el ensamblaje de los complejos de
preiniciación de la transcripción.
• Algunos dominios proteicos interactúan con TFIID y TAF.
• Se une el factor de elongación P-TEFb- CDK9-ciclinaT.

HETEROCROMATINA Y EUCROMATINA

• Los genes inactivos de las eucariotas están compactados en heterocromatina.


• Estos son constitutivos, domésticos y facultativos.
• Los facultativos son específicos de tejidos, para expresarse cambian a
eucromatina por mecanismos epigenéticos.
• Los genes domésticos que llevan la información para todas las proteínas que
requiere la célula para su funcionamiento, se encuentran activos y están en la
eucromatina.

REPRESIÓN MEDIADA POR CROMATINA LEVADURA S. CEREVISAE

• La célula se divide por gemación, tiene dos hoplotipos a y α.


• La célula madre alterna la formación de levaduras haploides o diploides.
• Esto está mediado por genes del cromosoma 3.
• El locus de apareamiento central o gen MAT codifica factores de transcripción
a1, α1 y α2.
• α HML y aHMR están silenciados.
• Hay recombinación no recíproca entre cromátides hermanas.
• Si MAT se recombina con αHML la levadura se comporta como α.
• Si MAT se recombina con aHMR la levadura se comporta como a.
• Las secuencias GATC en MAT tiene A metilada.

REPRESIÓN MEDIADA POR CROMATINA LEVADURA S. CEREVISAE


• Si αHML y aHMR tienen mutaciones y se expresan, se forman las levaduras
diploides que no pueden aparearse.
• La expresión de αHML y aHMR depende de:
• Secuencias silenciadas localizadas dentro de la región del DNA transferido a
ellas.
• SIR1 se une a sus regiones silenciadoras.
• SIR2 desacetila las lisinas de las colas H3 y H4.
• Unión de RAP1 a sus secuencias silenciadoras y a secuencias repetitivas
teloméricas.
• RAP1, SIR 2, 3 Y 4 forman un complejo, entonces SIR3 y 4 ligan al N- terminal
de H3 y H4.
• El complejo SIR se une a los telómeros.
• RPD3 desacetila histonas.
• UME6 se junta a la secuencia reguladora corriente arriba o URS1 y asocia SIN3
posicionan a RPD3.
• El complejo UME6- RPD3 es correpresor y contribuye a formar la estructura de
cromatina cerrada.
• Las mutaciones por deleción de sin3 y rpd3 permiten que los promotores se
activen y que las histonas cerca de los sitios de unión de UME6 estén
hiperacetilados.

LISINAS

• El N-terminal de las lisinas desacetiladas de las histonas se cargan positivamente


e interactúan con los fosfatos del DNA.
• Si esta desacetilación sucede en los nucleosomas que se unen a la caja TATA y a
la región proximal del promotor, entonces:
• No hay acceso para los factores de transcripción.
• No se forma el complejo de preiniciación.
• Interactúan con las colas de las histonas de los octámeros vecinos y compactan
la fibra de cromatina.

ACTIVACION DE LA TRANSCRIPCIÓN EN S. CEREVISAE

• El complejo SAGA y su proteína activadora GCN4 unida a GNC5, funciona


como acetilador de histonas.
• Abre la estructura de la cromatina y permite el acceso a los factores de
transcripción.
• Varios de estos factores son proteínas con dominios de Br.
• TFIID con su bromodomio promueve el ensamblado del complejo de
preiniciación para Pol-ll.
• En las eucariotas superiores las proteínas CBP y P300 son acetiladoras de
histonas.
• CBP se une al dominio de activación acídico de CREB para activar la
transcripción.

REMODELACIÓN DE LA CROMATINA
• El complejo remodelador de la cromatina SW1/SNF acción helicasas y usa ATP
para su función.
• Obliga al DNA unido al octámero de histonas a disociarse.
• Los nucleosomas se translocan por deslizamiento y dejan al DNA libre para que
puedan unirse los factores de transcripción.
• Al dominio de activación se le unen además acetilasas de histonas.

REMODELACIÓN DE LA CROMATINA

• El complejo de la cromatina en las eucariotas colabora en:


• Control de la transcripción activación y represión.
• Replicación del DNA.
• Recombinación
• Reparación
• Los complejos de remodelación de la cromatina tienen dominios homólogos a
helicasa.
• Las proteínas tienen bromodominios que se unen a las colas acetiladas de las
histonas.

MEDIADOR
• Abierta la cromatina se une un complejo multiprotéico coactivador o mediador.
• Esta unión estimula el ensamblaje del complejo de iniciación en el promotor.
• La cabeza y el intermedio del complejo interactúan con las subunidades RBP3,
4, 7 y 11 de la pol-ll.
• Los activadores unidos a los potenciadores o a los elementos proximales de los
promotores pueden interactuar con el mediador que está anclado a un promotor.
• Esto se debe a la flexibilidad del DNA que produce bucles entre las diversas
estructuras.

REGULACIÓN DE LOS FACTORES DE TRANSCRIPCIÓN

• Los genes que codifican los factores de transcripción determinan su cantidad y


su lugar de expresión de estos.
• La expresión de los factores de transcripción también está regulada por las vías
de transducción de señales.

RECEPTORES NUCELARES

Los receptores nucleares tienen:


• N- terminal única con longitud entre 100 a 500 aminoácidos. Funciona como
dominios de activación.
• Dominio de unión a DNA cerca del centro de la secuencia primaria, con una
repetición de dedo de zinc C4.
• Dominios de unión a hormonas cerca de C- terminal con un dominio de
activación dependiente de hormona que puede funcionar como represor en
ausencia de ligando.

ELEMENTOS DE RESPUESTA
• Son secuencias del DNA que unen diversos receptores nucleares.
• Las secuencias consenso son repeticiones invertidas de 6 pb separadas por 3 pb
donde los receptores se ligan como dímeros asimétricos.
• La especificidad de respuesta a diferentes hormonas de los distintos receptores
está determinada por el espaciamiento entre las secuencias consenso.
RECEPTORES HETERODIMÉRICOS

• Son exclusivamente nucleares.


• Se unen a los elementos de respuesta de secuencias directas.
• Se juntan a un monómero de receptor nuclear RXR.
• Los monómeros interactúan entre sí con los dos dominios de DNA en la misma
orientación.
• En ausencia de ligando:
• Reprimen la transcripción.
• Dirigiendo la desacetilación de histonas.
• Si están unidos a su ligando:
• Activan la transcripción
• Se unen al mediador.
• Estimulan el ensamblaje del complejo de preiniciación.

RECEPTORES HOMODIMÉRICOS
• En ausencia de ligando, se encuentran en el citoplasma unidos a un complejo de
proteínas como Hsp90.
• Cuando el ligando se une los receptores, los libera del complejo proteico y les
permite translocarse al núcleo.
• Se ligan con orientación invertida al receptor nuclear.
• Activan la transcripción interactuando con los complejos remodeladores de
cromatina, la histona acetilasa y el mediador.
Genes y proteínas de choque térmico
• El estrés celular causa desnaturalización de las proteínas.
• Las moléculas pierden su conformación funcional nativa.
• Los chaperonas y su familia de chaperoninas de 60 y de 70 kDa ayudan las
proteínas desnaturalizadas a conformación funcional. recuperar su
• Si las proteínas desnaturalizadas no son reparadas se tornan insolubles formando
cuerpos de inclusión intracelular.
• Las chaperonas son codificadas por los genes de choque térmico o de respuesta
al estrés

Genes y proteínas de choque térmico o de respuesta al estrés


• Los factores de estrés celular citoplasmáticos (HSF) mantienen inactivas a las
proteínas de estrés celular (HSP).
• Cuando hay un factor de estrés celular, los HSF se disocian de las HSP.
• HSF son fosforilados por una proteina cinasa y forman complejos triméricos en
el citosol.
• HSF triméricos entran al núcleo y se unen en las secuencias de choque térmico
del promotor de los genes HSP.
Se transcriben mRNA-HSP que se traducirán a HSP.
Estas HSP actúan como chaperonas para:
• Propiciar la traducción de nuevas proteinas
• Ayudar a replegar las proteínas desnaturalizadas.
EPIGENÉTICA

• Los cambios epigenéticos son consecuencia de la expresión de factores de


transcripción especificos.
• Estos factores de transcripción controlan la expresión de otros genes y de
proteinas involucradas en la comunicación célula-célula.
• El cambio epigenético es un sistema de encendido-apagado de los genes por:
o Metilación del carbono 5 de la citosina en las islas CpG. 5-
o metilcitosina.
o Cambios en las colas de las histonas del octimero del nucleosoma

REPRESIÓN EPIGENÉTICA MEDIANTE METILACIÓN DEL DNA

• La mayoría de los promotores en los mamíferos son de la clase


• Cuando están activos, las C están desmetiladas y sin asociarse a histonas.
• Los nucleosomas vecinos a las islas CpG tienen di o trimetilada las lisina 4 de la
H3 y están unidas a Pol-il que está en pausa.
• La metilación de Lys4 de H3 se produce por la proteína Cip1 que tiene motivos
dedo de zinc (CXXC) asociada a una metilasa de histona especifica para lisina 4
de H3 (Set1).
• Los complejos de remodelación de la cromatina con TFIID inician el ensamblaje
del complejo de preiniciación.
• Cuando se asocian a nucleosomas con Lys4 H3 trimetilada, promueven la
iniciación de la terminación Pol II
REPRESIÓN EPIGENÉTICA MEDIANTE METILACIÓN DEL DNA

• En las células diferenciadas los promotores con islas CpG tiene 5-metilcitosinas
• Las citosinas se metilan de novo por las DNA metiltransferasas DNMT3ay
DNMT3b.
• Los patrones de metilación se transmiten en la replicación por acción de las
metiltransferasas de mantenimiento ubicuas DMTI
• A las islas CpG 5-metiladas se asocian proteinas de unión a metil-CpG (MBD).
• MBD tienen afinidad por las histonas desacetiladas El complejo de islas CpG 5-
metiladas-MBD-Histonas desacetiladas reprime los complejos de remodelación
de la cromatina, promueve su condensacion y origina la represión de la
transcripción
• El complejo de islas CpG 5-metiladas-MBD-Histonas desacetiladas reprime los
complejos de remodelación de la cromatina, promueve su condensacion y
origina la represión de la transcripción

CONTROL EPIGENÉTICO POR LOS COMPLEJOS POLICOMB Y TRITHORAX


INACTIVACIÓN DEL CROMOSOMA X
• El silenciamiento transcripcional del x requiere la actividad de elementos
actuando en cis y en trans localizados en el xic.
• Este locus transcribe varios RNAS no codificantes necesarios para la regulación
de la inactivación:
• El disparador de la inactivación o transcrito especifico del X inactivo XIST.
• TSIX, un RNA antisentido que regula la expresión de XIST. En el Xa bloquea la
inactivación, en el Xi la activa.
• El silenciamiento transcripcional del cromosoma X se inicia en la embriogenesis
temprana con la sobreexpresión de Xist en el futuro X inactivo.
• Xist cubre al cromosoma para poder iniciar la inactivación.
• La asociación del RNA de XIST en diversas secuencias a lo largo del futuro X
inactivo, dispara una cascada de cambios epigenéticos formando
heterocromatina facultativa.
• Se modifican las histonas y se incorporan formas variantes de las mismas.
• Se metilan las isla CpG del DNA.
• Los XIC de los dos cromosomas X se aparean transitoriamente antes y durante
la iniciación de la inactivación.
• En el XIC se encuentran RNAs no codificantes con función activadora de XIST
como Jpx y RepA que son regulados por factores de pluripotentes.
• Cuando las células madre embrionarias aún no han iniciado su proceso de
diferenciación, Los factores de pluripotencia como NANOG, SOX2 y OCT-4
regulan negativamente la expresión de XIST uniéndose a regiones promotoras
del gen e impidiendo la inactivación de X
• Cuando los factores pluripotentes desaparecen, los RNAs Ipx y RepA inician la
inactivación irreversible del X.
• Se produce:
• Desmetilación de la histona H3 en la lisina 4 (H3-K4).
• Metilación de la histona H3 en la lisina 9 (H3-K9).
• Metilación de la histona H3 en la lisina 27 (H3-K27).
• Hipoacetilación de las histonas H4.
• Se reclutan proteínas Polycomb, HP1
• Se une la variante de la histona H2, Macro H2A

CLASE 3 mRNA

• La mayoria de las proteínas humanas se hacen por medio de corte y empalme


alternativo.
• Este proceso requiere que los mRNA sea procesador de manera adecuada.
• La cantidad de proteína depende de la estabilidad otoplasmática de los mRNA y
la velocidad de su traducción.
• Los m-RNA son localizados donde se requiere la proteína que codifican
• El estrés celular causa desnaturalización de las proteínas.
• Las moléculas pierden su conformación funcional na-va.

miRNA Y siRNA

• Los microRNA o miRNA regulan la estabilidad y la traducción de los mRNA


diana especificos.
• Pueden también producir procesos de inhibición en ciertos genes.
• Los RNA interferentes pequeños o siRNA se involucran en el proceso de
interferencia al degradar RNA virales en células infectadas y los RNA
codificados por transposones.

PROCESAMIENTO DEL PRE-mRNA ECUARIOTE

• El procesamiento del pre-mRNA se hace por


• Formación de la caperuza 5'.
• Poliadenilación 3'.
• Corte y empalme.
• Estas modificaciones impiden que las enzimas citoplasmá-cas digieran
rápidamente a los m-RNAs.
• Los procesos son cotranscripcionales.
• Al tiempo que el RNA emerge de la polimerasa 11, su extremo 5' es modificado
de por la adición de cap 5'.
• Se le unen complejos ribonucleoproteicos (RNP).
• Cuando sigue emergiendo se añaden proteínas (mRNP nucleares) que asisten al
corte y empalme y en la exportación a través del poro nuclear al citoplasma
• En el citoplasma, las proteínas nucleares son intercambiadas por proteínas
citoplasmáticas (RNP citoplasmáticas)

CAPERUZA 5
• Cuando el transcrito primario de mRNA alcanza una longitud de -25
nucleótidos, se añade al extremo 5, una caperuza de ribosas con
guanina 7 metilada
• Esto protege a la molécula de las 5- exoribonucleasas nucleares y
citoplasmáticas
• Una subunidad de la enzima dimérica formadora de caperuza elimina
el fosfato y del extremo 5 del RNA naciente.
• Otro dominio de la subunidad transfiere el resto del GMP del GTP al
5 difosfato del transcrito naciente.
• El enlace es guanosina 5-5 trifosfato
• Enzimas metiladoras transfieren metilos desde la S-
adenositmetionina al N. de la guanina
• Se metilan los OH 2 de las 2 primeras ribosas en el extremo 5' del
RNA
• La enzima dimérica formadora de caperuza se asocia al dominio
carboxilo terminal (CTD) fosforilado por TFIIH en las serinas 5 de la
pol-IL
• La elongación inicial del RNA es lenta debido que está unido el
factor de elongación negativa o NELF a la pol-ll.
• Cuando se ha completado la formación de cap5' NELF se libera por
acción de CTD fosforilado y DISF que se fosforilo por acción de
proteincinasa CDK9-ciclina T.
• Pol-ll entra en modo rápido de elongación alejándose del promotor.
ASOCIACIÓN DEL PRE-MRNA A HNRNP

• Complejos proteicos se unen a los mRNA y a otros RNA de diferentes tamaños


formando las ribonucleoproteinas heterogéneas o hnRNP.
hnRPN intervienen en:
• Corte y empalme.
• Poliadenilación3'.
• Exportación al citoplasma.
Tienen:
• Entre 30 a 120 kDa.
• Uno o más dominios de unión a RNA.
• Dominios de unión a otras proteínas.

FUNCIONES DE LAS HNRNP

• Evitan que los pre-mRNA forme una estructura secundaria corta por
apareamiento de bases complementarias.
• hnRNP A1, Cy D se unen preferencialmente con pre-mRNA con secuencias
ricas en pirimidinas en 3 de los intrones
• Otras son específicas para corte y empalme o corte y poliadenílación.
• Algunas son exclusivamente nucleares, otras se transportan al citoplasma junto a
los mRNAs.
RPM O RNP Y RBD DE LAS HNRNP
• Dominio de reconocimiento RRM o RNP al RNA:
• Dominio de unión al RNA: RBD.

hnRNP

• El RRM se estructura de 4 hojas ẞ con 2 a hélices


• Las hojas ẞ le dan carga positiva para interactuar con los fosfatos del DNA.
• Las secuencias conservadas RNPI y RNP2 se encuentran a cada lado de las 2
hojas ß centrales.
• Las a hélices hacen contacto con el RNA a través de las hojas 6.
K HNRNP Y DOMINIO KH

• El KH se estructura de 3 hojas ẞ con 2 a hélices.


• KH se une al RNA por interacción hidrófoba entre las 2 a hélices y 1 hoja B.
• La caja RGG que es un motivo de unión a RNA tiene 5 repeticiones Arg-Gly-
Gly con diversos aminoácidos aromáticos intercalados.
• Los dominios KH y RGG están intercaldos y diseminados en la proteína

PROCESO DE CORTE Y EMPALME DE PRE-MRNA CORTOS

• La pol-Il termina la transcripción en cualquiera de los sitios de terminación de


en dirección 3' desde el sitio poli(A) localizado en 3' del exón final.
• Luego de que el pre-mRNA es cortado en el sitio poli(A) se añade 250 residuos
de adenosinas.
• Se cortan los intrones.
• Se empalman los exones.

PROCESO DE CORTE Y EMPALME DE PRE-MRNA LARGOS

• La pol-Il termina la transcripción en cualquiera de los sitios de terminación de


en dirección 3 desde el sitio poli(A) localizado en 3' del exón final.
• Luego de que el pre-mRNA es cortado en el sitio poli(A) se añade 250 residuos
de adenosinas.
• Los intrones se cortan durante el proceso de transcripción y secuencialmente, se
van empalmando los exones

LOCALIZACIÓN DE LOS SITIOS DE CORTE Y EMPALME

• Las secuencias conservadas ricas en pirimidinas marcan en 5 y 3' del intrón la


señal de corte.
• Se requieren 30 a 40 nucleotidos en cada extremo del intrón para el proceso de
corte se realice de forma correcta.
• Los cortes se hacen por transestenficación secuencial:
• Ataque del 2'OH del nucleotido de adenina del sitio de ramificación al enlace
fosfodiester del sitio de corte en 5'. •Ataque del 3 OH del último nucleótido del
exón en 5' al enlace fosfodiester del sitio de corte en 3

ESTRUCTURA DEL INTRÓN

• Sitio donante en el extremo 5' del intrón para el


• Duplete: GU
• Secuencia: GU A/G AGU.
• Sitio de ramificación 20 a 50 nucleotidos cadena arriba del extremo 3' del intron:
• Base conservada: A.
• Secuencia CU A/G AC/U.
• Tramo de 15 bases rico en pinmidinas
• Sitio aceptor extremo 3 del intrón para el empalme
• Duplete: AG.
• Secuencia C/UN CAG.
PROCESO DE CORTE Y EMPALME

• La G del 5' del intrón se une a la A del sitio de ramificación mediante un enlace
2-5' fosfodiester.
• Intervienen nRNA+proteínas.
• Forman snRNP ricos en uraciles: U1, U2, U4, U5, U6.
• U1 tiene secuencias complementarias al punto de ramificación.
• 02 sobresale" y permite que su hidroxilo 2' participe en la primera reacción.

ESPLICEOSOMA

• Es un complejo ribonucleoproteico.
• Se aparean bases del snRNA U1 en el 5' del intrón.
• El factor 1 del espliceosoma SF1 se une a la A de la ramificación. El factor
asociado a U2 U2AF se junta al tramo de pirimidinas corriente abajo de A y al
AG del 3' del intrón.
• snRNP U2 se aparea con la región de ramificación y se libera SF!
• Se forma tri-snRNP = U4/U6/US.
• Tri-snRNP se junta a U1/U2/pre-mRNA
• Se libera snRNP Uty U4.
• Se cataliza la primera reacción con el enlace 2-5' en la A de la ramificación
• Se hace la segunda reacción uniendo los dos exones 3-5.
• Se libera el intrón asociado a snRNP
• Se suelta el intrón en forma de lazo y es degrado por una enzima desramificante.

MRNA
• Un grupo especifico de proteinas hnRNP permanecen unidad al mRNA
procesado aproximadamente a 20 nucleótidos del 5 de la unión exón-intrón
formando un complejo de unión al exon
• Se adhiere el factor de exportación de RNA REF, que llevará los mRNP al
citoplasma.
• Al complejo se asocian proteínas que degradaran los mRNA mal procesados,
• Esto se llama decaimiento mediado por secuencias sin sentido.
• Hay intrones con AUS y AC3 que se procesan de manera similar.

LAS PROTEINAS SR

• Dentro de los exones hay secuencias que los demarcan y se denominan


amplificadoras de corte y empalme exónico reconocidos por las proteínas SR
• Las proteínas SR, un subgrupo de hnRNA tienen:
• Dominios de unión al RNA tipo RMM.
• Dominios de interacción proteina- proteina ricos en arginina (R) y serina (S) o
dominios RS.

COMPLEJO DE RECONOCIMIETO A TRAVÉS DEL EXÓN

• La especificación precisa de los exones se realiza por la unión de:


• Amplificadores de corte y empalme exonico en el RNA
• Proteinas Sr con su secuencia RMM y RS
• snRNP U1 A 5
• snRNP U2 al punto de ramificación en la A
• Factores de corte y emplame como U2AF.

EXONES Y ENFERMEDADES GENÉTICAS

Las mutaciones producen:


• Omisión del exón por falta de unión. De sr al amplificador evitando la
formación del complejo de reconocimiento a través del exón.
• Cortes anormales por mutación de las señales en 5 y/o 3' destapando
sitios crípticos o alternos. Omiten exones o producen exones anormales

POLIADENILACIÓN
• Señal para la poliadenilación: secuencia rica en GU o solo en U, dentro de los 50
nucleótidos de corte
• La simplekina hace de plataforma para que se unan
• CPSF o factor de especificidad de corte y poliadenilación. Se une en forma
inestable con la secuencia AAUAAA en dirección 5
• CStF factor estimulante de corte Proteina heterodimérica que interactua con GU
• Factores de corte CF1 que es heterotetramérico y el heterodimerico CFI
• La poli(A) polimerasa=PAP se une al complejo antes de que ocurra la escisión
para colocar A.
Tras la escision:
• Adición lenta de 12 primeros residuos de A mediante la acción de PAP
• Adición rápida de 200 a 250 residuos de A por la acción la proteina de
unión a poli(A) con mo-vos RRM-PABPIL
PABPII también:
• Señala a la poli(A) polimerasa para que termine el proceso.
• Es esencial para exportar el mRNA al citoplasma
HISTONAS

• Los mRNA de las histonas no tiene cola poli(A).


• Los genes que codifican las histonas son duplicados en tandem
• Se replican de forma en la fase S del ciclo celular.
• Son procesados por sistemas enzimáticos especiales.

DEGRADACIÓN DEL RNA

• El enlace fosfodiester en 2-5 del intrón eliminado es hidrolizado por una enzima
desrramificante para producir una molécula lineal
• Entonces, el complejo proteico de 11 exonucleasas con helicasas que forman el
exoxoma, hidroliza base a base los intrones en dirección 3'-5.
• Las helicasas del complejo interrumpen el 4 apareamiento de bases y la
interacción RNA- proteína.
• Los exoxomas degradan los pre-mRNA mal procesados mediante una subunidad
PM-Scl de 100 kD.
CLASE 3 CORTE Y EMPALME ALTERNATIVO

• Los exones pueden cortarse y empalmarse de manera distinta en una misma


célula o en células diferentes.

DIFERENCIACIÓN SEXUAL EN LA DROSOPHILA

• El gen sex-lethal tiene dos promotores, uno temprano (PE) y uno tardio (PL).
• PE se activa, durante el periodo inicial de la embriogenesis. en las hembras, pero
no en los machos y produce una proteína Sxl que activará a PL para que
produzca una Sxl funcional.
• En los machos, en el periodo de embriogénesis tardía, se activa PL y forma una
proteina truncada.
• Sxl temprana se une cerca del 3' del intrón entre el exón 2 y 3.
• Esto impide que se forme el complejo de U2AF/U2/snRNP.
• El complejo Ul/snRNP del 3' del exón 2. en el sitio denominado silenciador de
corte y empalme, se ensambla con U2/snRNP se une al punto de ramificación
del intrón entre los exones 3 y 4.
• El corte se lleva el exón 3 que contiene una secuencia de parada de lectura de la
proteína por lo que el transcrito final es funcional y permite un buen empalme
del gen transformer.
LOS REPRESORES Y ACTIVADORES DEL PROCESO DE CORTE Y EMPALME
CONTROLAN ESTE PROCESO EN SITIOS ALTERNATIVOS

• Las células pilosas individuales o neuronas ciliadas responden muy fuertemente


a una frecuencia específica de sonido.
• Células de respuesta a baja frecuencia ~50 Hz.
• Localizadas en el extremo de la cóclea tubular.
• Células de respuesta a alta frecuencia ~5000 Hz. Localizadas en el otro extremo
de la cóclea tubular.
• Las células intermedias responden a un gradiente de frecuencia entre los
extremos.
• En aves y reptiles la sintonización de las células pilosas depende del incremento
intracelular de la concentración de Ca² que obligan a la apertura de los canales
de K".
• La concentración de Ca²* determina la frecuencia a la cual el potencial de
membrana oscila, es decir, a la frecuencia a la cual la célula sintoniza.

EXPRESIÓN DE LAS PROTEÍNAS DEL CANAL DE KEN LAS CÉLULAS


PILOSAS DE LOS VERTEBRADOS

• Por la diversidad de la intensidad de los estímulos el gen que produce la proteína


del canal de X crea diferentes isoformas por medio de empalme alternativo.

• Las mutaciones del gen Dscam interfieren con las sinapsis durante el vuelo.
• Dscam contiene 95 exones procesados de maneras alternativa.
• Las isoformas pueden ser aptas o no para mantener las sinapsis.
EDICIÓN DEL RNA DE APOB

• Por edición de RNA se codifican 2 isoformas:


• Hepática: apoB-100, Unida a LDL distribuye el colesterol en el organismo.
• Epitelio intestinal: apoB-48.
• Se desamina la C666 produciendo U.
• El codón CAA de glutamina cambia por el codón UAA de parada.
• Solo puede transportar lípidos en el suero.

ESTRUCTURA DEL PORO NUCLEAR

• La envoltura nuclear es una membrana de doble con una bicapa fosfolipidica y


proteínas asociadas.
• Es impermeable al agua.
• Tiene poros nucleares estructuradas en complejos simétricos.
• Los complejos del poro nuclear o CNP están compuestos de múltiples copias de
30 proteinas denominadas nucleoporinas.
NUCLEOPORINAS GF
• Las nudeoporinas que tienen dominios repetidos de fenilalanina y glicina se
denominan FG.
• Las FG se alinean el canal central a través del CPN.
• Forman una barrera semipermeable que permite la difusión libre de moléculas
pequeñas, pero restringe a las grandes.
• Impiden el paso libre de las mRNP
• El dominio globular de la nucleoporina FG ancla la proteina en la matriz CPN
• Se extienden segmentos largos de enrollamientos al azar dentro del canal
• Estas extensiones tienen secuencias de aminoácidos hidrófilos separados por
repeticiones FG hidrofobas
• Estas repeticiones FG extienden una nube de cadenas polipeptidicas en el canal
central y e invaden parcialmente el nucleoplasma y citoplasma

hnRNP Y NUCLEOPORINAS
• Los mRNA procesados permanece unidos a hnRNP formado los complejos
mRNP nucleares grandes.
• Para salir al citoplasma a través del CPN se unen a exportadores de mRNP
• Estos exportadores son proteinas heterodiméricas que contienen una subunidad
grande o factor de exportación nuclear 1 = NXF1 y una subunidad pequeña o
transportador de exportación nuclear 1 = NXT1

NXF1-mRNP-RNA

• NFX1 se une a mRNP nucleares a través de RNA y proteinas en el complejo


mRNP
• El más importante es el REF o factor de exportación de RNA que es un
componente de los complejos exón- unión.
• Se une aproximadamente 20 nucleótidos en dirección 5 de la unión exon-exon
• El exportador de mRNP NXFI/NXT1 se asocia a las proteínas SR unidas a
potenciadores de corte y empalme exonicos
• Todos estos complejos interaccionan para que los mRNP sean transportados
desde el núcleo al citoplasma.
Dpb5

• Los filamentos proteicos se extienden desde el centro hasta el nucleoplasma


formando una cesta nuclear. También se extienden hacia el citoplasma
• Asisten en la exportación de los mRNP
• Gleyes una proteina adaptadora que se une a NXF1 ya una nucleoporina en la
cesta nuclear y trae a los MRNP nucleares hacia el poro para prepararlos a la
exportación.
• Una nucleoporina en los filamentos citoplasmáticos del CPN se une a una RNA
helicasa Dpb5 que participa en la disociación de NXFI/NXT1 y otras proteínas
hnRPN a medida que el complejo mRNP alcanza el citoplasma.

REMODELACIÓN DEL mRNP

• Algunas proteinas mRNP se disocian temprano en el transporte, permaneciendo


en el nudeo hasta unirse a otro pre-mRNA naciente.
• El exportador de mRNP NXF1/NXT1, el complejo de unión a la caperuza 5'
unida a la misma y PABPH unido a la cola poli A, pasan con el mRNP por el
CPN y se disocian en el citoplasma por
• la acción de RNA helicasa Dbp5 que se asocia a los filamentos citoplasmáticos
del CPN.
• Cuando se disocian regresan al núcleo para iniciar un nuevo ciclo.
• En el citoplasma el factor de iniciación de la transcripción de unión a la
caperuza elF4E se une a mRNP, PABP1 o proteina de unión a poli(A)
citoplasmatica reemplazan a la proteínas nucleares.

LEVADURA
• Si el mRNP naciente no está correctamente procesado, no es reconocido por la
fosfatasa que desfosforila al Np13, impidiendo la exportación de mRNP al
citoplasma.
• La fosfatasa funciona como control de calidad.
• En el citoplasma Npl3 es fosforilada por una protéincinasa causando su
disociacion de mRNP y sus exportadores.
• Todo este proceso aumenta la concentración de complejos mRNP-exportador
mRNP en el núcleo favoreciendo, por gradientes de concentración, mayor
exportación hacia el citoplasma.

EXOSOMA

• Cunado lo mRNP no están adecuandamente procesados son degradados por un


complejo proteico intracuclear denominado exosoma.

CHIRONOMOUS: CROMOSOMAS POLITÉNICOS Y ANILLOS DE


BALBIANI

• Chromosomes con multiples cromatides hermanas


• Se producen por endomitosis o endociclo.
• Presentan grandes engrosamientos cromosómicos denominados anillos de
Balbiani
• Los genes que están localizados en los anillos de Balbiani se transcriben de
manera abundante a pre-mRNA que se asocian a hnRNP y son procesados a
mRNP enrollados con un mRNA final de -75 kb
• Luego pasan por el poro nuclear, se desenrollan y alcanzan los ribosomas para la
traducción

RETROVIRUS: VIH

• El DNA del retrovirus se forma por copia del RNA a través de el "complejo
de preintegración con acción retr transcriptasa
• Se estructura en el citoplasma de la célula nfectada y es responsable de la
transcripción reversa y del transporte al núcleo
• El RNP contiene al ARN genómico junto a las proteina NC y MA así como
las enzimas virales RT e IN 29
• Ese DNA se integra al DNA del linfocito T CD4 formando el provirus.
• El provirus contiene una unidad de transcripción que se transcribe a un pre-
mRNA mediante la RNApol- del CD4
• El pre-mRNA puede ser cortado empalmado de forma alternativa
• mRNA no procesado de 9 kb.
• mRNA de 4 kb por eliminación de un intrón
• mRNA de 2 kb por eliminación de dos o más intrones.
• Los RNA son transportados al citoplasma y traducidos a proteínas virales
• Algunos RNA no procesados se usan como viriones progenie que se
desprenden por gemación de la superficie de a célula
• Varios retrovirus han desarrollado una secuencia denominada elemento de
transporte constitutivo CTE que se une al exportador m- RNP NXF1/NXT1
para exportar los RNA incompletamente procesados.
• HIV, en cambio, a través de sus mRNA de 2 kb codifica una proteína Rev
que se une a elementos de respuesta Rev o RRE de su propio RNA
• Rev tiene una secuencia rica en leucinas que interactúa con la exportina 1.
• Todas estas interacciones permiten el transporte desde el núcleo al
citoplasma de los RNA más grandes

CLASE 4

miRNA-siRNA

• Ambos forman apareamiento de bases con mRNA diana, en secuencias


específicas.
• miRNA inhiben la traducción, muchos de ellos se dirigen a más de un mRNA.
• siRNA degradan a los mRNA, defienden a la célula contra la infección viral y
actuan contra los transposones.

miRNA

• Los miRNA de C. elegans lin4 y let7 codifican un RNA de 21 y 22 nucleótidos,


respectivamente.
• Lin4 se expresan temprano en la embriogenesis y se une a las UTR3' de los
mRNA de lin 14 y lin28.
• Lin7 se produce más tardiamente y tambien se un a UTR3' de mRNAs en el
citoplasma.
• El apareamiento de bases miRNA- mRNA no es perfecto.
• La complementaridad se da entre 6 a nucleótidos del miRNA con la UTR3 de
mRNA
• La mayoría de los miRNA son procesados por la RNA polimerasa Il a transcritos
primarios o pri-miRNA
• Los pri-miRNA pueden contener varios miRNAs
• Muchos genes de miRNA humanos están frecuentemente localizados en sitios
frágiles y regiones genómicas asociadas con cáncer.
• En células madre de tejidos somáticos, los mRNA tiene diferentes funciones
incluyendo la regulación de múltiples pasos de la hematopoyesis, modulación de
la miogénesis y cardiogenesis, diferenciación osteogenica y de la piel.
• • En los pre-miRNA se forman horquilas de -70 nucleótidos con tallos apareados
de forma imperfecta.
• La RNAasa Drosha específica para RNA de doble cadena + la proteína de unión
a cadena doble DGCR8 cortan y eliminan la región del bucle.
• • Ya cortados se unen a la exportina 5 que interactúa con los dominios FG de las
nucleoporinas.
• Esto permite que difundan hacia el citoplasma
• En el citoplasma la RNAasa Dicer, específica para RNA de doble cadena + la
proteína citoplasmática de unión a cadena doble TRBP procesan más aún al
miRNA.
• El miRNA queda con una hebra de 21 nucleotidos y otra de 23.
• Hay dos nucleótidos desapareados en 3
• Se selecciona una de las dos hebras para que se ensamble el complejo
silenciados inducidos por RNA = RISC
• El complejo RISC tiene: miRNA maduro de 1 hélice + proteina argonauta.
• El miRNA-RISC se aparea con el mRN?
• La unión se realiza entre miRNA- Argonauta-UTR3' del mRNA.
• Al inhibir la traducción, los complejos RISC llevan a los mRNP alos cuerpos de
procesamiento de RNA citoplasmático o cuerpos P.
• Estos RNA son degradados por exosomas citoplasmáticos, exoribonucleasas y
los cuerpos P
SIRNA

• Los siRNA son similares a los miRNA


• Se procesan de igual forma y se asocian en complejos RISC para unirse a los
MRNP
• Los siRNA tienen una hebra de 21 nucleótidos y otra de 23.
• Los extremos 3' de cada hebra son de hélices sencillas.
• El apareamiento siRNA-mRNA es más extenso e induce el corte de mRNA

PROTEINA ARGONAUTA

• Argonauta es la responsable del corte del mRNA


• Un dominio de ella es homólogo a las enzimas RNAasa H que degradan los
hibndos DNA-RNA
• El apareamiento se produce entre 11 o 12 nucleótidos del mRNA con argonauta.
• Esta corta los enlaces fosfodiestéster entre los nucleótidos 10 y 11.
• Los mRNA cortados es degradados pop exoxomas citoplasmáticos y
exonbonucleasas

miR133 EN MIOBLASTOS

• miR133 es inducido cuando los mioblastos se diferencian a células


musculares.
• miR133 elimina la traducción del regulador de corte y empalme PTB.
• PTB se une al sitio de corte y empalme en 3' para omitir un exón o utilizar
sitios alternos para de corte.
• Cuando miR133 se expresa en los mioblastos en diferenciación, la
concentración de la proteina PTB disminuye sin disminuir
significativamente la de su mRNA.
• De esta forma se expresan isoformas de múltiples proteinas importantes para
las células musculares

POLIADENILACIÓN CITOPLASMÁTICA DE LOS MRNA

• Las secuencias reguladoras en los mRNA para control de la traducción


generalmente están presentes en las regiones UTR 5 0 3%
• La traducción de muchos mRNA eucariotas a estas secuencias en UTR3 està
regulada por proteínas de union especifica a UTR3' de los MRNA
• La traducción es reprimida por union de complejo proteicos a las regiones UTR3
• Algunos mRNA se poliadenilación citoplasmatica.
• La poliadenilación citoplasmática es un aspecto crucial de la expresión génica en
el embrión temprano de los animales.
• Los ovocitos contienen muchos mRNA que no se traducen después de la
fecundación.
• Algunos de estos mRNA almacenados tienen una cola poli(A) corta de 20 a 40
A.
• A esta poli(A) corta se unen pocas proteinas de unión a poli(A) PABP1.
• El factor de iniciación de la traducción elF4G no puede ligarse de forma estable.
• La traducción es ineficiente.
• Para la poliadenilación citoplasmática en los
• ovocitos de Xenopus se requiere en UTR3':
• La señal poli(A) AAUAAA.
• Una o más copias del elemento de poliadenilación citoplasmático (CPE) rico en
U, en dirección 5'.
• CPE se une a CPEB que contiene un motivo RMM y un dedo de zinc.
• En ausencia de señal estimuladora CPEB-CPE se une a Maskin.
• El complejo se liga a elF4E asociado a cap5'.
• eIF4E no puede unirse a otras proteinas ni con la unidad 405 del ribosoma
bloqueando la iniciación de la traducción.

POLIADENILACIÓN CITOPLASMÁTICA EN XENOPUS

• Durante la maduración del ovocito una proteincinasa, activada por progesterona


fosforila una serina en CPEB lo que disocia del complejo a Maskin.
• El factor citoplasmatico de especificidad de corte y poliadenilación CPSF y la
poli(A) polimerasa se unen al mRNA ya CREB
• La cola poli(A) se alarga y asi PAR junto con los factores de traducción
• En las neuronas, el mecanismo de poliadenilación citoplasmático cumple un
papel importante en el aprendizaje y la memoria.
• En el sistema nervioso central, miles de axones pueden hacer sinapsis con las
dendritas de una sola neurona postsinaptica.
• • La neurona recuerda cada una de las sinapsis y cuando se vuelve a producir el
estímulo, la respuesta es mas fuerte.
• Este recuerdo se a la traducción de mRNA almacenados y que siguen el mismo
mecanismo de poliadenilación del ovocito.
• La cola poli(A) disminuye gradualmente por acción de dna endonucleasa
desadenilante.
• Cuando se ha acortado lo suficiente. PABP1 nouede unirse y estabilizar la cap5'
ni los factores de iniciación de la traducción.
• • La cap5' expuesta es eliminada por diferentes enzimas en los distintos
organismos.
• El mRNA desprotegido es degrado por los exonucleasas 3-5 en los mamiferos y
5-3 en levaduras.
• La eliminación de la cola poli(A) torna a los mRNA susceptibles a degradación
por los exosomas citoplasmáticos que contiene exonucleasas.
• Las enzimas que degradan caps y cola poli(A) se encuentran en los cuerpos P
• La velocidad de desadenilación varia inversamente a la frecuencia de iniciación
de la traducción.
• Para un mRNA que traduce a alta velocidad, los factores de iniciación de la
traducción están unidos gran parte del tiempo unidos a la cap5
• Esto estabiliza la molécula y protege a la cola poli(A) de las exonucleasas.
• Muchos mRNA contiene secuencias AUUA en UTR3 a las que se unen proteinas
específicas que interaccionan con enzimas desacetilantes y con exosomas.
• • Esto causa degradación de los mRNA independiente de la velocidad de
traducción.
• • Las proteínas codificadas de estos mRNA se expresan en ráfagas cortas.

INDEPENDIENTE DE DESADENILACIÓN

• Ciertas secuencias en el extremo 5' de un mRNA pueden tornar a la cap5


sensitiva a enzimas que llevan a cabo su eliminación.
• La velocidad a la cual se elimina la caperuza controla la velocidad a la cual son
degradados.

CUERPOS P

• Son regiones densas en el citoplasma que contiene:


o Enzima eliminadora de cap5'.
o Activadores de eliminación de la caperuza.
o 9 Exonucleasas.
o mRNA densamente asociados.
• Son estructuras dinámicas que crecen y se reducen de tamaño dependiendo de la
velocidad a la cual se:
o Asocian a los mRNP.
o Degradan los mRNA.
o Los mRNP salen de ellos.

VIA TOR-TARGET OF RAPAMYCIN

• La TOR es una proteína de 2400 aminoácidos que regula diversos procesos


celulares, en la levadura, en respuesta al esto nutricional.
• En eucariotas multicelulares la mTOR (TOR de metazoos) responde a las
proteínas de señalización de superficie celular para coordinar el crecimiento
celular y el estado nutricional.
• En estado activo estimula la velocidad global de la síntesis de proteínas por
fosforilación de proteinas que regulan la traducción.
• Activa factores de transcripción que controlan de forma global la sintesis de
proteinas, la producción de ribosomas, la expresión de los tRNA y los factores
de traducción.

Traduccion eucariote:
• Unión del complejo de iniciación elF4E a cap5.
• La concentración de elF4E activa es regulada por las proteínas de unión a elF4E-
4E-BP que inhiben la interacción del factor con cap5'.
• 4E-BP es fosforilada por mTOR y libera a elF4E estimulando el inicio de la
transcripción.
• mTOR fosforila a la proteincinasa 56K para que active a S6 en la unidad
ribosómica pequeña.
• Esto incrementa la velocidad de la síntesis proteica.

mTOR activa:
• La traducción de los mRNA con cadenas de pirimidinas en UTRS' =
mRNA TOP que codifican proteinas ribosomales y factores de
elongación de la traducción.
• Al factor de transcripción de RNA polimerasa 1= TIF-1A que estimula la
traduccion de un precursor de rRNA largos.
• A proteincinasas para que fosforilen a MAF1 que reprime en el núcleo, la
acción de RNA polimerasa III. MAF! fosforilado es transportado al
citoplasma, liberando a la polimerasa.
• A 2 activadores de RNA polimerasa li que estimulan la transcripción de
genes de proteínas ribosomicas y factores de traducción.
• El procesamiento del precursor de rRNA
• mTOR está regulada por una proteína G monomérica pequeña de la
familia Ras llamada Rheb.
• Pheb unida a GTP se une a mTOR induciendo un cambio
conformacional que estimula la actividad cinasa de mTOR.
• Rheb es regulada por el complejo heterodimérico de TSC1/TSC2,
involucradas es esclerosis tuberosa.
• TSC1 codifica la hamartina (9q34) y TSC2, la tuberina (16p13)
TSC1/TSC2 es una proteína activadora de la GTPasa de
• Rheb cambia el complejo Rheb-GTP a Rheb-GDP.
• Rheb-GDP inhibe a mTOR.
Via TOR-target of rapamycin

• Rheb-GAP-TSC1/TSC2 está regulada por varias señales que permiten a la célula


integrarse en diferentes vías de señalización para controlar la velocidad de
síntesis proteica,
• La señalización de receptores de superficie con factores de crecimiento
fosforilan TSC1/TSC2 en sitios inhibitorios, esto incrementa Rheb-GTP que
activa a la cinasa de mTOR

• mTOR es regulada de acuerdo con el estado nutricional celular, hipoxia y


otros factores de estrés activando la via TSC1/TSC2
• La AMP cinasa (AMPK) detecta la disminución de la relación
ATP/AMP.
• AMPK fosoforila a TSC1/TSC2 en los sitios de activación estimulando
la actividad de Rheb-GAP lo que inhibe a mTOR cinasa y la velocidad
de traducción.
• • mTOR regula la macroautofagia o autofagia.
• • Inhibe en las células en crecimiento si hay nutrientes
• suficientes.
• •Incdentiva si están con deprivación, disminuyendo su actividad.
• • En ausencia o disminución de nutrientes la célule degrada componentes
citoplasmaticos y orgánulos enteros para suministrar energia a la célula.
• ⚫ Se produce una membrana doble grande que engulle una parte del
citoplasma formando un autofagosoma
• El autofagosoma se fusiona a un lisosoma.
• • Las proteínas, lipidos y otras acromoléculas atrapadas en el fisosoma
son degradadas.
• • Los genes que codifican para los componentes de la vía mTOR están
mutados en muchos cánceres humanos produciendo crecimiento celular
en ausencia de señales de crecimiento de TSC1/TSC2
• Se elimina la actividad de Rheb-GAP del heterodimero TSC1/TSC2 con
aumento de la concentración y actividad de Rheb-GTP que incrementa la
función de mTOR
• • La rapamicina inhibe la función de mTOR en la respuesta inmunitaria a
través de impedir la replicación de linfocitos T.

CINASAS ELF2

• Las cinasas regulan la velocidad de sintesis de las proteinas celulares.


• El factor de iniciación elF2 es una proteína G trimerica por lo que puede
estar unido a GTP o a GDP.
• elF2-GTP trae al tRNA iniciador, cargado con metionina, al sitio P de la
subunidad pequeña del ribosoma.
• Alli interactúa con la subunidad eIF4E del complejo elf4 que esté unido
a cap5' del mRNA.
• La subunidad pequeña se mueve rastreando el codón de iniciación AUG.
• Al unirse tRNA iniciador a AUG, GTP de elF2 es hidrolizado y se libera del
complejo como elF2-GDP
• El proceso es catalizado por elF2B que es especifico para elF2-y es un factor de
intercambio de nucleótido de guanina o GEF para iniciar la traducción.
• En estres celular se fosforila una serina de la subunidad a de elf2 lo que produce
inhibicion de la sintesis proteica
• La fosforilación hace que elf2 permanezca unido a con alta afinidad a elF26 lo
que impide el cambio de GTP y el inicio de la traducción.
• Algunos mRNA tienen secuencias en 5' que les permite activarse en presencia de
elF2 fosforilado. Estos son los mRNA de:
• 4020
• •Factores de transcripción que actúan sobre los genes que codifican proteinas
inducidas por estres.
• • Proteinas chaperonas que ayudan en volver a plegar las proteínas
desnaturalizadas.
• • Otras proteinas de estrés.
CINASAS DE ELF2 EN LAS CÉLULAS HUMANAS

• GCN2
• control general no desreprimible 2.
• PKR:
• proteincinasa activada por RNA.
• HRI:
• inhibidor hemiregulado.
• PERK
• cinasa pancreática elF2.

CLASE 4 PARTE DOS

Genes pre-rRNA

• Los tRNA 28$ y 5.8S se asocian a la unidad ribosómica mayor


• El rRNA 185 es parte de la unidad ribosómica menon
• Están codificados por una unidad transcriptora pre
• TRNA que induce la formación del nucleulo por lo que denomina organizador
nucleolar
• Hacia este pre-RNA recién formado difanden todo los componentes del
ribosoma para armar las unidades grandes y pequeñas del mismo.
• La RNA polimerasa 1 produce un trascrito primario pre- TRNA 45S de 13,7 kb.
• Este es procesado para dar los rRNA 288, 185 y 5.85.
• El 5S, asociado a la subunidad mayor, es codificado por genes del núcleo y
procesado por la RNA polimerasa III, sufre eliminación de nucleotidos en el
extremo 3'.
• Los rRNA 28S y 5,8S se asocian a la unidad ribosomica mayor
• El rRNA 185 es parte de la unidad ribosomica menor
• • Están codificados por una unidad transcriptora pre- TRNA que induce la
formación del nucleulo por lo que denomina organizador nucleolar
• • Hacia este pre-RNA recién formado difunden todo los componentes del
ribosoma para armar las unidades grandes y pequeñas del mismo.
• • La RNA polimerasa I produce un trasento primano pre- TRNA 45S de 13,7 kb.
• • Este es procesado para dar los rRNA 28, 185 5,85
• EI 5S, asociado a la subunidad mayor, es codificado por genes del núcleo y
procesado por la RNA polimerasa III, sufre eliminación de nucleótidos en el
extremo 3'

GENES PRE-RRNA

• En los seres humanos los organizadores nucleolares se encuentran en regiones


denoinadas satélites cromosómicos que están localizados en los brazos cortos de
los cromosomas acrocéntricos: 13,14, 15, 21 22
• Los genes de los pre-rRNA están organizados en secuencias tandem largas
separadas por regiones espaciadoras no transcritas que varian de tamaño
• De 5' a 3' se localizan: 185-5,88-285
• Codifican regiones que son eliminadas durante el procesamiento y rapidamente
degradadas.
• Estas regiones son necesarias para el plegamiento.
RNA NUCLEARES PEQUEÑOS = SNORNA

• Los pre-tRNA se unen a proteinas formando pre-rRN


• Su escisión se produce cuando su transcripción está casi completa por
una serie de pasos con exonucleasas
• Se metilan los 2'OH de las ribosas
• Se cambian las unidinas por pseudoundinas
• Las modificaciones la realizan los RNA nucleares pequeños o snRNA

RNA NUCLEARES PEQUEÑOS = SNORNA

• Los snoRNA caras C+D posicionan la metiltransferasa cerca de los sitios de


metilación esel pre RNA
• Los snoRNA cajas H+ACA posiciona la enzima que convierte la uridina en
pseudouridina
• La ezima citopasmatica Dim1 dimerila dos adeninas cerca del extremo 3`del
rRNA 18s.

SNORNA U3-PROCESOMA

• Los snoRNA U3 se ensambla en un snoRNP formado por 72 protemas que es la


subunidad pequeña del procesana = SSU
• Especifica el corte inicial en el A cerca del extremo 5' del pre- TRNA
• Otro snoRNA elimma las regiones espaciadoras transcritas

RIBOSOMAS

• La mayoría de las proteinas ribosómicas de la subunidad 40S del ribosoma se


asocian con el pre-rRNA naciente durante transcripción.
• • La escisión del pre-RNA en un precursor RNP 90S libera una particula pre-408
requiere solo unos pocos pasos remodelación para ser transportado citoplasma.
• Pre-40S deja el nucléolo, atraviesa rápidamente el nucleoplasma y sale al
citoplasma por los poros nucleares
• En el citoplasma la 405 se madura par
• La exonucleasa 53' Xral escinde el TRNA 205 en 185.
• La Diml dimetila dos adeninas adyacentes cerca del extremo 3' del rRNA 18s
• • Pre-60S se une de forma transitoria con helicasas y proteinas G pequeñas como
la Ran
• •Las helicasas desprenden los snoRNA y interrumpir la interacción RNA-
proteinas
• • Los miembros de la familia de ATPasAAA se unen para plegar el rRNA
• • Se forman sitios de unión a un adaptador de exportación nuclear-Nmd3.
• • Nmd3 se une a 60S a través de la exportina 1-Crmly forman un complejo con
NXTI
• • Este complejo interactúa con los dominios FG de las nucleoporinas FG para
sacar a 605 al citoplasma donde se desliga de los factores de exportación.

INTRONES GRUPO 1 Y 2

• Algunos pre-rRNA pre-tRNA, pre-RNA pueden autoprocesan


• • Muchos de estos se encuentran en las mitocondrias y los cloroplastos.
• Los del grupo 1 usan guanosina como cofactor y se pliegan por apareamiento de
bases internas para superponer estrechamente los dos exones adyacentes
• • Usan transesterificaciones y orientan precisamente los átomos adyacentes a los
iones cataliticos de Mg.
• • Probablemente el RNA funciona como ribozima.

TRNA

• El corte exonucleotidico del extremo 3' de los tRNA maduros es especificado


por su estructura tridimensional y lo realiza la endonucleasa ribonucleoproteica
P-RNAasa P que usa como cofactor al Mg².
• • Lss modificaciones són:
• Residuos de U en 3' son reemplazados por la secuencia CCA donde se cargará el
aminoácido.
• • Se añaden grupos metil isopentenil a los anillos heterociclicos de las bases
puricas
• • Metilación de los 3'Oll de ribosas específicas
• • Unidmas especificas se convierten en dihidroundinas, ribotimidinas.

SPECKLES
- Gránulos intercromáticos
- Notables cuando se inhibe procesamiento de RNA
• 240 proteinas
• RNA-splicing processing
• Cuerpos de Cajal
- 1 a 10 por dominio intercromosomal
- Cuerpos espirales (coiled), hebras enredadas
- 1 micrometro de diámetro
- Poseen factores de procesamiento del RNA mensajero.
• Se dispersan cuando se inhibe transcripcion y procesamiento de RNA
• Prominentes en celulas de crecimiento rapido y con altos niveles de expresión
genética
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Pregunta 1 Cuando dos factores de trascripción diferentes deben unirse para poder actuar se
Finalizado considera:
0
Se puntúa 0
sobre 1 complejos homodiméricos
Marcar
Sobrelapamiento
pregunta

Complejos heterodiméricos

Acción coordinada

Unión cooperativa

Respuesta incorrecta.
La respuesta correcta es:
Unión cooperativa

Pregunta 2 El gen SALL1 interviene en el desarrollo normal del intestino, los riñones, los miembros y:
Finalizado

Se puntúa 1 Páncreas
sobre 1
Oídos
Marcar
pregunta Sistema nervioso

Hígado

Corazón

Respuesta correcta
La respuesta correcta es:
Oídos

Pregunta 3 La caperuza 5' se añade a nucleótidos:


Finalizado

Se puntúa 1 Trifosfatados
sobre 1
Monofosfatados
Marcar
pregunta Sólo a adenosina trifosfatada

Mono o difosfatados

Mono o trifosfatados

Respuesta correcta
La respuesta correcta es:
Trifosfatados

Pregunta 4 El factor σ70, en la transcripción,  ayuda a la RNA polimerasa:


Finalizado

Se puntúa 0 Iniciar la elongación


sobre 1
Separar las hebras de DNA
Marcar
pregunta Unirla al primer gen del operón

Colocar la hebra no codificante en su sitio activo

Aliviar la torsión del DNA

Respuesta incorrecta.
La respuesta correcta es:
Separar las hebras de DNA

Pregunta 5 Los RNA nucleares pequeños  o snRNA están involucrados en:


Finalizado

Se puntúa 1 Corte y empalme


sobre 1
Maduración de los pre-rRNAs
Marcar
pregunta Procesamiento de los RNA

Partícula de reconocimiento

Control de la traducción 

Respuesta correcta
La respuesta correcta es:
Corte y empalme

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/
Pregunta 1 SOX2 regula negativamente a:
Finalizado
0
Se puntúa 0 Xite
sobre 1
NANOG
Marcar
pregunta XIST

OTC-4

Tsix

Respuesta incorrecta.
La respuesta correcta es:
XIST

Pregunta 2 Los receptores heterodiméricos:


Finalizado

Se puntúa 1 Son nucleares


sobre 1
Reprimen el complejo de preinciación
Marcar
pregunta Son citoplasmáticos

En presencia de ligando reprimen la transcripción

Pueden intercambiarse entre el núcleo y el citoplasma

Respuesta correcta
La respuesta correcta es:
Son nucleares

Pregunta 3
El complejo remodelador de la cromatina SW1/SNF tiene acción:
Finalizado

Se puntúa 1
sobre 1
Polimerasa
Marcar
pregunta Helicasa

Acetilasa

Topoisomerasa

Metilasa

Respuesta correcta
La respuesta correcta es:
Helicasa

Pregunta 4
 Los HSF mantienen  a las HSP:
Finalizado

Se puntúa 0
sobre 1
Activas en el citoplasma
Marcar
pregunta Ancladas al DNA

Inactivas en el citoplasma

Activas en el núcleo

Dentro de los receptores de memebrana

Respuesta incorrecta.
La respuesta correcta es:
Inactivas en el citoplasma

Pregunta 5 Se forman levaduras diploides que no pueden aparearse cuando hay  mutaciones en:
Finalizado

Se puntúa 1 RPD3 y αHML 


sobre 1
RAP1 y aHMR
Marcar
pregunta SIR1 y SIR2

αHML y aHMR

UME6 y SIR2

Respuesta correcta
La respuesta correcta es:
αHML y aHMR

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/
Pregunta 1 La localización precisa de un mRNA en la célula se hace por secuencias en:
Finalizado
0
Se puntúa 1 Cola poli(A)
sobre 1
CTD de la polimerasa
Marcar
pregunta UTR5'

UTR3'

Caperuza 5'

Respuesta correcta
La respuesta correcta es:
UTR3'

Pregunta 2 La metilación de las ribosas en los rRNA se produce por:


Finalizado

Se puntúa 1 snoRNA U3 + SSU


sobre 1
snoRNA cajas C+D
Marcar
pregunta snoRNA U3

snoRNA

snoRNA cajas H+ACA

Respuesta correcta
La respuesta correcta es:
snoRNA cajas C+D

Pregunta 3 miR-133:
Finalizado
Se induce en:
Se puntúa 1
sobre 3 Elimina la traducción de:

Marcar El resultado es la producción de:


pregunta

RISC

En mioblastos y células musculares

Dicer

Una única proteína

PTB

Mioblastos diferenciados

Isoformas proteicas

Ninguna proteína

Mioblastos en diferenciación

Respuesta parcialmente correcta.


Ha seleccionado demasiadas opciones.
Las respuestas correctas son:
Mioblastos en diferenciación,
PTB,
Isoformas proteicas

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Tiempo 4 minutos 56 segundos
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Pregunta 1
La apo-100 es Hepática y lleva el colesterol Solo al suero .
Finalizado
0
Se puntúa 1 Tejidos Células específicas Hepática/intestinal
sobre 2

Marcar
Intestinal
pregunta

Respuesta parcialmente correcta.


Ha seleccionado correctamente 1.
La respuesta correcta es:
La apo-100 es [Hepática] y lleva el colesterol [Tejidos].

Pregunta 2
Los iRNA producen Transposones de los RNA codificados por Traducción en los
Finalizado
eucariotes.
Se puntúa 0
sobre 2 Núcleo Inhibición Degradación Estabilidad
Marcar
pregunta Mitocondria

Respuesta incorrecta.
La respuesta correcta es:
Los iRNA producen [Degradación] de los RNA codificados por [Transposones] en los
eucariotes.

Pregunta 3 Los anclajes de las nucleoporinas FG permiten que se añada proteínas: 


Finalizado

Se puntúa 1 Neutras
sobre 1
Apolares
Marcar
pregunta Hidrófobas

Hidrófilas

Polares

Respuesta correcta
La respuesta correcta es:
Hidrófilas

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8.4 MECANISMOS EXPORTINA 5 que interactúa con las
CITOPLASMATICOS DE CONTROL NUCLEOPORINAS FG para poder
POST-TRADUCCIONAL. pasar por el poro nuclear.
Recientemente se descubrieron nuevas En el citoplasma nuevamente una
formas de regulación de la expresión génica
ARNasa llamada DICER junto con una
post traduccional que se dan en el
citoplasma. Se encuentran controlados por
proteína de unión a ARN llamada TRBP
ARN de una hélice, cortos , de 22 pb: Micro- procesa mas el pre-mi-ARN formando
ARN (MiARN) y ARN de así un miARN de doble hebra. Cada
INTERFERENCIA (SiARN). El mi-ARN hebra tiene una longitud de 21-23 pb y
inhibe la traducción del ARN mensajero al los últimos 2 nucleótidos en dirección 3’
unirse, en cambio el Si-ARN estimula la se encuentran desapareados con su
degradación de los ARN mensajeros. complementaria. Un complejo
silenciador de ARN llamado RISC
LOS MICRO-ARN REPRIMEN LA escoge una de las hebras y la ensambla
TRADUCCION DE ARNm en su interior. Gracias a esto también se
ESPECIFICOS. ensamble la proteína ARGONAUTA.
Estos complejos RISC-miARN se unen
Los miARN fueron descubiertos tras con los complejos mRNP mediante el
descubrir que el nematodo C tenia los apareamiento de bases en el extremo 3’
genes Lin 4 y Let 7 que no codiMcaban del transcrito (en las regiones UTR). Una
genes, sino cadenas de 21-22 nucleótidos vez unidos permiten que los mRNP se
los cuales se unían a los extremos 3’ de puedan unir a cuerpos de procesamiento
los ARN mensajeros traducidos de arn citoplasmáticos llamados
reprimiendo así la traducción de los CUERPO P, que son sitios de
mismos. En seres humanos se estima que degradación del ARN.
alrededor de 500 miARN controlan la
expresión de casi todos los genes que
tenemos. Para que logren ejercer su
efecto solo necesitan que al menos 7 a 6
nucleótidos de un miARN con el ARN
mensajero en su extremo 3’ era
suMciente para ejercer su función.

Los genes que codiMcan en humanos


estos miARN utilizan la polimerasa 2
formando un transcrito primario llamado
PRI-mi-ARN que tiene cientos de miles
de pb, conteniendo las secuencias de
varios mi-ARN (pueden ser también
transcritos de intrones). Estos transcritos
largos se pliegan sobre si mismos
formando horquillas de 70 nucleótidos
de longitud. A esta horquilla se une una
ARN asa llamada DROSHA que se EJEMPLOS EN SERES HUMANOS:
ayuda de la proteína de unión a ARN
doble llamada DGCR8, que cortaran el 1. El miR 133 (mi ARN) se expresa en
bucle del ARN producto de su células mio blásticas cuando se van a
plegamiento. Se forma así un Pre-Mi- diferenciar a células musculares. Tiene
ARN el cual se une a un la función se suprimir al factor de corte y
TRANSPORTADOR llamado empalme regulador llamado PTB,
asiendo así que muchos genes se síntesis de proteínas a través de las vías
expresen de maneras diferentes a las que PKR. Gracias a esto se activan las vías
se expresarían si el PTB se hubiera de Si ARN y se ataca a un ARN
expresado, formando proteínas mensajero especifico
funcionales en los miocitos.
LA POLIADENILIZACION CITOPLASMATICA ESTIMULA LA
TRADUCCION DE ALGUNOS ARNm
Al parecer heredamos 55% de los Mi-
ARN de primates. Los restantes En el ARNm en las regiones UTR 5’ y 3’
aparecieron por duplicaciones de los se encuentran regiones que permiten la
genes que codiMcan los PRI MI ARN. unión de proteínas para el control de la
traducción.
LA INTERFENCIA POR ARN INDUCE LA
DEGRADACION DE LOS ARNm
En las regiones UTR 3’ normalmente se
PERFECTAMENTE
COMPLEMENTARIOS usen inhibir por complejos de proteínas
que se unen en estas regiones, en los
Se descubrieron cuando se introdujeron diferentes estadios de la célula se pueden
hebras apareadas de ARN, en plantas, en separar estas proteínas por un estimula
donde estas fueron muy eficientes apra externo, permitiendo al arn mensajero
suprimir la expresión de arn mensajeros traducirse.
al destruirlos. Las hebras Si ARN tienen
de 22-23 nucleótidos , son formados por Por ejemplo en los ovocitos suelen
dos hebras. Cuando se introdujeron los encontrarse en el citoplasma una gran
pares de hebras en la célula, la cantidad de ARNmcque codifican a
ribonucleasa de ARN llamada DICER la muchas proteínas, pero que no se
cual crea las hebras complementarias de expresan debido a que tienen una cola
Si-Arn. Luego una de las hebras se poli A (extremo 3’) muy pequeña, 20-40
asocia con los complejos RISC (unido a adeninas. Debido a esto no se pueden
ARGONAUTA). Cuando la Sir ARN unir demasiadas MOLECULA DE
unido al RISC se aparea con el ARN UNION A POLIA CITOPLASMATICA
mensajero perfectamente en una (PABP1), las cuales permiten asociarse
secuencia de 12 a 10 pares de bases en con los factores iniciadores de la
dirección 5’ del sir ARN. La argonauta traducción elF4G, haciendo así que no se
se activa y un dominio parecido a una puedan traducirse. Sin embargo por
RNasa H corta el ARN mensajero a nivel estimulas externos esta cola POLI A se
del 10-11 nucleótido que se encuentra agranda en el citoplasma por polimerasas
apareado con Si ARN liberando luego POLI A permitiendo su expresión.
estos fragmentos. Se unen varios
complejos RISC-Si ARN. Y los EJEMPLOS EN SERES HUMANOS:
fragmentos serán luego degradados por
un EXOSOMA y una exoribonucleasa 1. El miR 133 (mi ARN) se expresa en
5’. Cuando se inserta una doble hebra de células mio blásticas cuando se van a
ARN actúa la DICER junto con la TRBP diferenciar a células musculares. Tiene
para formar los fragmentos de si ARN, la función se suprimir al factor de corte y
este mecanismo se piensa que es para empalme regulador llamado PTB,
defenderse de virus cuando estos asiendo así que muchos genes se
producen híbridos de arn o para evitar la expresen de maneras diferentes a las que
transposición en exceso. se expresarían si el PTB se hubiera
expresado, formando proteínas
En células de mamífero cuando se funcionales en los miocitos.
introduce estas hebras se bloquean la
Al parecer heredamos 55% de los Mi- En el sistema nervioso central también se
ARN de primates. Los restantes aplica este mecanismo. Las dendritas de
aparecieron por duplicaciones de los una neurona reciben miles de axones
genes que codiMcan los PRI MI ARN. realizando sinapsis. Cuando se estimula
frecuentemente por procesos
LA INTERFENCIA POR ARN INDUCE LA
DEGRADACION DE LOS ARN m PERFECTAMENTE
adaptativos, se comienzan a activar ARN
COMPLEMENTARIOS mensajeros citoplasmáticos, se
comienzan a crear mas canales para
Se descubrieron cuando se introdujeron hacerse mas sensibles a los estimulos
hebras apareadas de ARN, en plantas, en que reciben.
donde estas fueron
LA DEGRADACION DE LOS ARNm EN EL
CITPLASMA SE PRODUCE POR MEDIO DE
MECANISMOS: DIVERSOS MECANISMOS

La secuencia en el UTR 3’ tienen dos Así como se producen los arn


señales que controlan estos mecanismos: mensajeros, estos también se eliminan en
La secuencia AAUAAA,(También de la el citoplasma. La velocidad de su
poli adenilación en el núcleo) y la eliminación va a depender de la
secuencia en dirección 5’ rica en estabilidad de su estructura y de las
Uracilos llamada ELEMENTO DE proteínas que se relacionen con el. En
POLIADENILACION mamíferos debido a que el ambiente
CITOPLASMATICO(CPE). En las intracelular también es constante , los
fases tempranas del ovocito una proteína ARNm se mantienen estables, duran
llamada CPEB se une a la CPE. Gracias muchas horas en la célula. Sin embargo
a esta unión CPEB se puede unir a una muchas proteínas como citocinas que
proteína llamada MASKIN la cual atrapa aparecen en proceso infeccioso o
a un elemento de la iniciación llamado proteínas de la fase S del ciclo celular ,
elF4E que se encuentra asociado a la por su estructura se producen solo
CAPERUZA 5’, haciendo que elF4E no durante cortos periodos de tiempo.
pueda interactuar con la subunidad
ribosómica 40s IMPIDIENDO LA VIAS DE DEGRADACION DE ARNm:
TRADUCCION.
1.Dependiente de desadenilacion: La
Cuando el ovocito esta en una etapa de cola poli A comienza a disminuir de
maduración , una cinasa fosforila una longitud por enzimas
SERINA del CPEB haciendo que este se DESADENILANTES haciendo que las
disocie de la proteína MASKIN. Gracias proteínas PABP 1 no se unan mas a la
a esto pueden venir las enzimas que cola poli A. Con esto los factores de
participan en la poli adenilación en el iniciación ya no pueden estabilizar la
núcleo: CPSF y la POLI A. La poli A caperuza 5’. La caperuza desestabilizada
crea la cadena larga de adeninas luego es presa fácil de la enzima
permitiendo que vengan muchas PABP 1 DCP1/DCP2 (se encuentra en los
a unirse a la cadena creada para CUERPOS P) haciendo que el extremo
interactuar con elFG4 que interacciona 5’quede descubierto. Haciendo que se
con otros factores de la iniciación degrade el ARN m por
permitiendo que la subunidad 40s se una EXONUCLEASA 5’-> 3’. También la
y se inicie la transcripción. En los eliminación de la cola poli A permite que
ovocitos la fosforilación de CPEB se da el EXOSOMA con ac+vidad 3’-> 5’
por progesterona. logre eliminar el ARN. La frecuencia de
los ARN mensajeros se destruyen por
esta vía es inversa a la frecuencia de
traducción. Mientras mas alta sea el LA SINTESIS DE PROTEINA SE
numero de veces que se traduce, mas PUEDE REGULAR DE MANERA
+empo se unirán la PABP 1 y los factores GLOBAL.
de elongación brindando mas estabilidad Otra manera que nos permite regular la
y alejando a las enzimas desadenilantes. generación de proteínas es mediante la
fosforilación de los ribosomas y los
Existen ARN mensajeros que tienen factores de iniciación de la traducción.
secuencias AUUUA en su extremo 3’ VIA TOR: La via de regulación TOR se
que atraen a proteínas sensibles a descubrió en levaduras. mTOR es una
estassecuencias. Estas atraen a la CINASA que responde al estado
enzimas DESADENILANTE y al nutricional y a otros factores de las
EXOSOMA degradándola en dirección células, activando o desactivando
3’->5’. Estas secuencias salen de la regla proteínas y ARNs que permiten al
de: mientras + velocidad de traducción formación de proteínas. Cuando m-TOR
menos degradación. Se traducen rápido y se encuentra en un estado activo esta
se degradan rápido. estimula la síntesis globales de proteínas
permitiendo el crecimiento celular.
Cuando se va a dar la traducción de un
ARN mensajero, para que se de, un
factor de iniciación llamado elF4 debe
estar unido al extremo 5’ de ese ARN
mensajero. Esta unión depende de otra
proteína llamado elF4E. La
concentración de elF4E esta controlada
por la PROTEINA DE UNION A elF4E
(4e- BP) que en su estado activo atrapa a
elF4E y evita que se una con los
2.Eliminacion de la caperuza
casquetes 5’. Aquí actúa factor. Ella
independiente de la desadenilación:
fosforila a 4E-BP para que libere a elF4E
Secuencias en el extremo 5’ del ARN
y permitir que esta se una al ARN
mensajero pueden atraer a la enzima que
mensajero en su extremo 5’ para iniciar
quita el casquete, haciendo que cuando
la traducción. Fator fosforila también a la
se elimine este rápidamente se elimine el
cinasa S6K que fosforila a la proteína S6
ARN por exonucleasas 5’- >3’
del ribosoma pequeño es+mulando su
3. Via endonucleolitica: Un ejemplo de
actividad.
esta vía es la utilizada por los complejos
Hay unos ARN mensajeros que tienen
Si ARN-RISC que degradan miles de
grades regiones de PRIRIMIDINAS en
ARN CUERPOS P: Son sistemas que
su extremo 5’ ( ARN mensajero TOP->
utilizan los Mi- ARN/RISC para reprimir
Codifican proteínas ribosomales,
la traducción. Estos son los principales
factores de elongación de la
sitios de degradación del ARN
TRADUCCION) en la que mTOR
mensajero en el citoplasma.
estimula fuertemente a su traducción.
CONTIENEN:
MTOR también activa el factor de
1. DCP1/DCP2: Elimina la Caperuza
transcripción de la POL 1 ( TIF-1A ) para
2. Activadores de la eliminación de la
transcribir ARN ribosómicos largos
CAPERUZA: Dhh, Pat1, Lsm1-7.
MTOR también permite que se pueda
3. Exonucleasa 5’-3’: Xrn1
dar la actividad de la POL 3. Esta
Varían su tamaño dependiendo de
fosforila cinasas activándolas, para que
cuantas interacciones tengan con
estas fosforilen a MAF 1, una proteína
complejos m-RNP.
que se encarga de reprimir la actividad Cuando se inactiva M-TOR la célula
de la POL 3. Una vez fosforilada, MAF comienza con el proceso de autofagia, en
1 se disocia de POL 3 y sale hacia el donde comienza a degradar sus
citoplasma. Cuando la actividad de organelas o porciones de su membrana
MTOR cae MAF 1 pierde sus fósforos y citoplasmática para obtener energía, ya
regresa nuevamente al núcleo a bloquear que como se vio, m-TOR se deprime en
a las POL 3. M-TOR permite la condiciones de estrés.
activación de activadores de la POL 2.
En conjunto todos estos efectos CORRELACION CLINICA:
incrementan a síntesis y ensamblaje de
ribosomas, de factores de traducción , de Cuando hay mutaciones en las vías de
ARN de transferencia y su inhibición regulación del M-TOR se puede dar una
significaría la disminución de todas estas sobre activación de la proteína pudiendo
actividades. llevar a cáncer. Cuando se altera la
REGULACION DE M-TOR: actividad GTP asa de TSC2/TSC1, esta
MTOR se enceuntra regulada por una ya no puede inhibir al RHEB-GTP,
proteína G (de la familia de proteínas provocando una enfermedad de tumores
RAS) llamada RHEB. RHEB cuando se benignos en todo el cuerpo llamada
une a GTP se activa, se une a la proteína ESCLEROSIS TUBERCULOSA. En la
M-TOR estimulando su actividad cinasa actualidad se están creando tratamientos
para que realice todos los procesos para intentar bloquear a M-TOR en
comentados anteriormente. RHEB a su canceres. Rampamicina y otros
vez se encuentra regulada por un fármacos, también son inhibidores del de
heterodímero llamado TSC1/TSC2. Este M-TOR que se utilizan para evitar la
heterodímero es una GTP asa que se proliferación de linfocitos en trasplantes.
encuentra regulada por señales. Cuando CINASAS elF2: Resumen de la
las señales activan a TSC1/TSC2 esta traducción: El elF2 trae un ARN de
hidroliza el GTP unido REHB formando transferencia al sitio P de la subunidad
GDP que provoca la inhibición del pequeña del ribosoma. Esta elF2 es una
RHEB y que no pueda activar a M-TOR. proteína G que se une a GTP o GDP
Cuando la célula se une a factores de (cuando se une con GTP se encuentra de
crecimiento , se fosforila a TSC1/TSC2 manera activa, permitiendo llevar al
en sitios inhibidores evitando que bloque ARN de transferencia al ribosoma).
al complejo REBH/GTP, permitiendo así Cuando se une el ARN de transferencia,
el crecimiento de la célula. al subunidad pequeña ribosomal
Cuando disminuye los nutrientes de la interacciona con el elF4 que se encuentra
célula, al no poder formar tanto ATP, unido al extremo 5’de ARNm que se
pero como los ATP existentes se debe traducir. Una vez unidos la
hidrolizan a AMP , entonces aumenta las subunidad pequeña se comienza a mover
concentraciones de AMP. Enzimas sobre el ARNm en dirección 3’buscando
sensibles al aumento de AMP llamadas el codón de iniciación AUG para que se
AMP cinasas se activan y fosforilan al apare con el ARN de transferencia que se
TSC1/TSC2 en sus sitios de activación, encuentra unido en su sito p (la
esta a su vez fosforila el GTP unido a subunidad pequeña tiene un sitio llamada
RHEB inhibiéndola. Ya no se activa M- SITIO P donde se une el arn de
TOR y se deprime la traducción proteica. transferencia). Cuando se da el
Gracias a eso al célula puede ahorrar apareamiento con el codón AUG , se
sustratos metabólicos en condiciones de hidroliza el GTP unido a elF2 , haciendo
estrés. (la hipoxia también activa a la que se forme GDP. elF2/GDP se
TSC1/TSC2). disocian y esto luego permitirá que la
subunidad ribosomal pequeña se asocie recurso s formando globinas que no
con la subunidad GRANDE ribosomal. formarán hemoglobinas.
Los elF2 pueden ser reutilizados en otros
proceso de traducción pero primero 4. PROTEINCINASA ACTIVADA
tienen que volver a su estado GTP. ElF2 POR ARN (PKR): Cuando se da
B permite que el GDP del elf2 pueda infecciones virales esta proteína
volver a ser GTP. Justo en este proceso reconoce los ARN de doble hebra
es donde la célula puede dar la formados por la transcripción de ADN
regulación. Para inhibir la síntesis viral. Gracias a eso bloquea la
proteica la célula tiene cinasas que transcripción proteínica para evitar que
fosforilan la subunidad ALFA del elF2, se creen los vibriones de los virus. S un
esto no impide que pueda actuar en al mecanismo de protección para las
traducción pero lo que si hace es que células vecinas. Los adenovirus para
cuando venga la elF2B , esta se quede protegerse de la PKR tienen secuencias
atrapada con el elF2 impidiéndole así ir llamadas VA-ARN que se transcriben
con otros elF2 para evitar que vuelvan a por la POL 3 . Esta sale del núcleo hacia
ser reactivados, inhibiendo después de el citoplasma y se une fuertemente al
tiempo al traducción. Los arn mensajeros PKR inhibiéndolo. Gracias a eso no se
que codiMcan chaperonas son bloque la síntesis proteica y el
particulares, estos tienen regiones en sus adenovirus puede formar sus estructuras
extremos 5’ que si pueden interactuar para contagiar a mas células.
con los elF2 unidos a elF2B ya que en
estos elF2 si se realizo la conversión a PROTEINAS DE UNION AL ARN
GTP. DE SECUENCIA ESPECIFICA
Cinasas que fosforilan elf2: CONTROLA LA TRADUCCION
DEL ARNm ESPECIFICO.
1.GCN2: Cuando disminuyen las
concentraciones de aminoácidos en la Otros mecanismos de control de la
celula, los ARN de transferencia traducción se dan por unión de proteínas
celulares se quedan sin aminoácidos. al ARN pudiendo bloquear o promover
GCN2 detecta esto y fosforila a los elF2 la traducción
para inhibir la síntesis proteica
EJEMPLOS:
2.CINASA PACREATICA (PEK):
Cuando en el reoculo endoplasmático 1. La célula debe controlar de
hay grandes concentraciones de manera precisa los hierros que se
carbohidratos o hay mutaciones en las encuentran en su interior.
chaperonas, comienzan a aparecer Muchas enzimas utilizan como
proteínas mal plegadas. La PEK detecta cofactores al hierro, sin embargo
esto y fosforila a elF4 inhibiendo la un exceso de hierro hace que
síntesis proteica quede como un ion LIBRE
pudiendo ser dañino para
3.INHIBIDOR HEMIRREGULADO estructuras celualres. El hierro se
(HRI): Se encuentra en precursores de almacena dentro de als células
eritrocitos. Cuando no se forman una por la ferritina. El arn mensajero
suMciente cantidad de de grupos de la ferritina en su extremo 5’
HEMO, Los HRI bloquean la formación tiene unas secuencias llamadas
de globinas con el objetivo de eperar a ELEMENTOS DE
que aumenten la cantidad de grupos RESPUESTA AL HIERRO
hemo para que no se desperdicien (IRE), los cuales se unen con las
IRE-PB, proteínas sensibles a la célula, caso contrario, cuando
cantidad de hierro hay grandes cantidades de hierro
citoplasmática. Cuando hay poco en la célula esta bloquea la
hierro, las IRE-BP se activan y se producción de receptores
dirigen a unirse con los IRE. evitando así que más hierro entre.
Cuando se une a 5pb del IRE,
bloquea a la subunidad ribosomal
pequeña impidiendo que se de la
traducción. En cambio a altas
cantidades de hierro IRE-BP no
se activa, y se da la transcripción
de la FERRITINA. Esto se debe
a que en pequeñas cantidades de
hierro la celula debe aprovechar
esas cantidades par la unión a
enzimas de las rutas metabólicas
por lo que bloquea la ferritina
para evitar su almacenamiento.
En cambio a altas cantidades,
todas las enzimas ya tienen su
cofactor hierro, por lo que el
excedente estará en forma de
ME CANISMOS DE VIGILIA EVITAN LA
radicales libres. La célula TRADUCCION DE LOS ARNm PROCESADOS
produce ferritina para guardar INADECUADAMENTE.

ese excedente. Existen mecanismos en las cuales se


2. Para el transporte de hierro por el vigila a los arn mensajeros, y los que
torrente circulatorio se necesita tienen un corte y empalme equivocado
de la TRANSFERINA. El gen son degradados.
del receptor de transferrina tiene Degradación mediada por mutaciones
su región 3’ el IRE. Cuando hay sin sentido: Tras el empalme y corte
bajas concentraciones de hierro equivocado de exones, se agregan
se activa el IRE-BP uniéndose al codones de terminación tempranos en
IRE en el extremo 3’. Gracias a pleno marco de lectura del arn, haciendo
esto se estabiliza el ARN de que se degraden rápidamente . Esto se
receptor transferrina y se evita su identifica por los COMPEJOS DE
degradación aumentando la UNIONES DE EXONES. Estos se
cantidad de receptores de complejos se unen en las uniones de los
transferrina. Cuando hay altas exones empalmados que ayudan también
concentraciones se inactiva el al transporte del ARN al núcleo PTC en
IRE-BP y la región 3’ queda el grafico es el codón de terminación. Un
desestabilizada haciendo complejo llamado SURF (formado por
susceptible a la degradación por las proteínas cinas SMG1 , UPF1 y Erf1,
exonucleasas, evitando así el ERF3) se forma en las uniones de los
aumento de receptores en la codones. Gracias a su formación se
membrana de transferrina. Esto fosforila UPF1 haciendo que este se una
se debe a que cuando hay pocas a UPF2 y UPF3 se asocien con los
cantidades de hierro en la célula, CUERPOS P y se elimine el ARN con el
esta busca aumentar los codón de terminación incorrecto.
receptores para permitir que mas
hierro ingrese al interior de la
La síntesis y el procesamiento del pre
ARN r se reliza en el nucleolo. Esto es
porque el propio pre ARNr induce a la
formación de un nucleolo pequeño,
siendo un sitio para que los ARNr
formados se unan con proteínas
ribosómicas

LOS ARN NUCLEOLARES PEQUEÑOS


ASISTGEN EN EL PROCESAMIENTO DE LOS
PRE ARNr

Los transcritos primarios de pre arn


ribosómicos se unen a proteínas
llamadas en conjunto PARTICULAS
DE RIBONUCLEOPROTEINAS
PRERIBOSOMICAS (pre-r RNP). El
pre-ARN ribosómico en lavaduras adura
en transcribirse alrededor de 6 minutos
sin embargo sus modificaciones pos
transcripcionales en donde se corta los
ARN ribosómicos y se modifica sus
8.5 PROCESAMIENTO DEL ARN RIBOSOMICO Y
ribosas dura muy pocos segundos
DE TRANSFERENCIA permitiendo que salgan muchas
moléculas maduras de ARNr del núcleo
El 80% del ARN total es ARN al citoplasma. El transcrito primario de 7
ribosómico y el 15 % es ARN de kpb va a sufrir consecuentes escisiones
transferencia. El ARNm es una pequeña en sus extremos que formaran los ARN
parte. ARN POL 1 sintetiza: ARNr 18s y ribosómicos, además, en las ribosas de
5.8s de la subunidad mayor ribosómica y sus nucleótidos se metilara en los
18s de la subunidad menor. La POL 3 hidroxilos No2 y sus uridinas serán
sintetiza el ARN r 5S de la subunidad transformadas en PSEUDOURIDINAS,
mayor del ribosoma, y la POL 2 trascribe todas importantes para que cuando
las proteínas que también forman parte formen parte de los ribosomas, se pueda
de su estructura. dar la síntesis de proteínas.
LOS GENES PRE ARN RIBOSOMICOS FUNCIONAN
COMO ORGANIZADORE NUCLEOLARES Y SON
SIMILARES EN TODOS LSO EUCARIONTES.

En las células humanas la POL 1 realiza


un solo transcrito primario llamado PRE-
ARN ribosómico 45 S el cual cuando se
procesa da los 3 ARN ribosómicos: 28s,
18 s y 5.8s. Este transcrito primario tiene
sus genes en TANDEM largas
(repeticiones de secuencias de
nucleotios) que están separadas por
secuencias que no se transcriben que
tienen una longitud de 2kpb. El orden de
los genes de 5’-> 3’es de 18s -> 5.8s ->
28s
extremo 5’ para que la proteína MRP
realizar el corte. Las secuencias que son
liberadas se degradan por el EXOSOMA
o por RATX1-Xrn 1 que tienen actividad
de exoribunucleasa 5’-> 3’.
Los snoRNA vienen de los intrones de
arn m que codifican para proteínas de los
ribosomas o para proteínas de
traducción.

Los ARNr 5S son procesados por la POL


3 en el nucleoplasma, de aquí van al
nucleolo donde se asociaran con el pre
ARNr en procesamiento para dar el
precursor de la subunidad ribosómica
mayor.
Las proteínas de la subunidad
ribosómica menor 40 s se asocian con el
pre arn ribosómico, para formar el RNP
90S, pasos posteriores me permiten
En los nucleolos también existen
separar el 90s en 40 s y 60 s. 40s saldrá
secuencias de ARN que se asocian a
del nucleolo para viajar por el
proteínas permitiendo la metilación de
nucleoplasma, atravesar los poros
los OH 2’ de las ribosas de los ARN
nucleares y salir al citoplasma, luego este
ribosómicos. Estas se denominan ARN
se convertirá el ARNr 20s para luego por
NUCLEOLARES PEQUEÑOS
exoribunucleasas convertirse en 18s y di
(snoARN). Estos snoARN se asocian a
metilación de adeninas del extremo 3’.
proteínas formando complejos son RNP.
Para la maduración de la subunidad 60 s
Para el proceso de metilación primero se
se necesita de muchas más proteínas que
deben aparear las secuencias de arn
interaccionan con esta, entre ellas
ribosómicos con las de snoARN. Una
helicasas, proteínas G, GTP asas, ATP
vez apareadas, las proteínas que se
asas AAA. Para pasar por el poro
asociaron a los snoARN llaman a una
nuclear, la subunidad mayor necesita de
metilltransferasa que realiza el proceso
la proteína Nmd3, para unirse con la
de metilación. Los snoARN que realizan
EXPORTINA 1. También NXT1 que se
este proceso tienen secuencias llamadas
va a asociar con las proteínas FG del
C y D.
poro nuclear para lograr asi penetrar y
Otro Son ARN se une también a los pre
pasar al citoplasma. Una vez en el
ARNr en regiones donde hay
citoplasma, se disocian los factores de
protuberancias para posicionar la enzima
exportación.
que convierte las uridinas en
suedouridinas, la sudouridina se LOS INTRONES DEL GRUPO 1 DE
proyecta sobresaliendo. Estos son ARN AUTOPROCESAMIENTO FUERON LOS
tienen las secuencias H y ACA PRIMEROS EJEMPLSO DEL ARN
CATALITICO

El snoRNA U3 se une a los snoRNP El corte y empalme de genes que


grande que es una subunidad del codifican proteínas de traducción y
PROCEOSOMA, para especificar el ribosómicos generan intrones que serán
corte en el extremo 5’ de el pre ARN los próximos ARN ribosómicos. Se ha
ribosómico debido a que este snoRNA visto que las secuencias que generan
U3 se aparea con una región en el estos arn ribosómicos se procesan ellos
mismo sin necesidad de otras proteínas. nucleótidos. Sus precursores son grandes
Las secuencias que permiten esto se y su transcripción se da por las POL 3.
denominan INTRONES DEL GRUPO 1 Sufren cambios de bases en su forma
los cuales utilizan un nucleótido que madura y también pueden sufrir de corte
catalice la reacción de procesamiento y empalme.
que es un nucleótido guanosina. Similar
a un corte y empalme, esta guanosina se MODIFICACIONES DE UN PRE
ataca al fosforo 5’ del intrón formando ARNt A UN ARNt MADURO
una estructura lineal, para que luego los
exones del gen puedan unirse por 1.El pre-ARN de transferencia sufre un
separación del intrón. Funcionando estos corte en el extremo 5’, retirando así una
intrones como una enzima catalítica , que secuencia de nucleótidos. Este corte se
gracias a asociarse con iones Mg , puede realiza por la RIBONUCLEASA P (RN
realizar las reacciones de asa P)/endonucleasa. Para cumplir su
transesterificación. Los INTRONES función utiliza el Mg
DEL GRUPO 2 se encargan de formar 2. El extremo 3’ del pre ARN de
ARN de transferencia. transferencia con URACILOS, se
reemplazan por la secuencia CCA,
importante para que la enzima
AMINOACIL-ARNt coloque el
aminoácido en este extremo.

LOS CUERPOS NUCLEARES SON DOMINIOS


NUCLEARES FUNCIONALMENTE
ESPECIALIZADOS

El núcleo tiene regiones especializadas


llamadas CUERPOS NUCLEARES, que
son zonas ricas en proteínas y ARN. Los
mas prominentes son los NUCLEOLOS
donde se forman los ribosomas. En estas
regiones hay una constante interacción
de proteínas que viajan por el
nucleoplasma, es decir, se unen pero
laxamente, creando así en el núcleo una
región muy dinámica con gran movilidad
molecular y comunicación entre sus
CUERPOS NUCLEARES.

CUERPOS DE CAJAL: Los cuerpos


de cajal so n estructuras similares a los
nucleolos que tienen la función de
codiMcar a los SnARN como
transformación de uridina en seudo
uridina o la metilación de los OH 2’ para
LOS PRE-TRNA SUFREN UNA
luego formar los Sn RNP de los
MODIFICACIÓN AMPLIA EN EL espliceosomas, dándole las
NÚCLEO características para realizar el corte y
Los ARN de transferencia son ARNs que empalme adecuadamente. Dentro del
tienen una longitud de 75-80 cuerpo de cajal existen son ARN que
dirigen estos procesos llamados sca
ARN. Aquí también se reensamblan los
COMPLEJOS Sn RNP U4/U5/U6
cuando se encuentran separados
individualmente tras la salida de un
intrón por un corte y empalme

MANCHAS NUCLEARES: Son sitios


para almacenamiento de los SnRNP y
proteínas involucradas en el
procesamiento del pre ARNm

CUERPOS NUCLEARES DE LA
LEUCEMIA PROMIELOCITICA:
Son sitios de ensamblaje y modificación
de complejos proteicos encargados de la
reparación y de inducción de la
APOPTOSIS. Por ejemplo P53 es
modificada mediante fosforilación y
acetilación en este lugar . En estos sitios
también se modiMcan y controla la
actividad de ciertas proteínas mediante la
adición de la proteína SUMO 1 que suele
inhibir a las proteínas que se unen a ella

FUNCION NUCLEOLAR ADEMAS DE LA


SINTESIS E LA SUBUNIDAD
RIBOSOMICA

-La proteína fosfatasa Cdc 14 que actúa


en la mitosis se encuentra atrapada aquí
-Cuando hay daño de ADN se libera la
proteína supresora de tumores llamada
ARF
-Se piensa que el nucleolo ayuda a la
formación de la heterocromatina ya que
esta se forma en al superficie de los
nucleolos.
CAPITULO 8 la guanosina y el 2 de la ribosa gracias a
transferasas que lo sacan del S adenosil
8.1 PROCESAMIENTO DEL PRE-ARN metionina del ambiente. Una vez formada el
MENSAJERO EUCARIONTE casquete una cinasa dependiente de ciclina
llamada CDK 9 ciclina T fosforila las serinas
Cuando apenas comienza a salir el extremo 2’ del CTD permitiendo que la polimerasa
5’ del transcrito de la Pol 2 unas proteínas se vuelva a elongar rápidamente.
encarga de ponerle un casquete 5’, después
mientras sigue saliendo el arn varias El objetivo del casquete es evitar que las 5’
proteínas se asocian varias proteínas exoribonucleasas degraden el extremo 5’.
encargadas del corte y del empalme eliminan
así las regiones intronicas y una vez
terminado la transcripción vienen otras
proteínas uniéndose en extremo poli A que
me pondrán la colapoli A. El objetivo de
cubrir los extremos es para evitar que las
enzimas del núcleo me degraden el arn
recién sinte+zado . Además la cola poli a y
el casquete me permiten identificar el
ARNm de todos los ARNm del núcleo. Una
vez formado el ARNm maduro este sale del
núcleo por los poros nucleares asociado a
proteínas transportadoras. En ningún
momento de todo este proceso el arn m se a
mantenido libre, siempre se a mantenido
asociado a estos complejos de proteínas
llamadas COMPLEJO DE
RIBONUCLEOPROTEINA.

LA CAPERUZA 5’ SE AÑADE A LOS UN GRUPO DIVERSO DE PROTEINAS


ARN NACIENTES POCO TIEMPO CON DOMINIOS DE UNIN AL ARN
DESPUES DE LA INICIACION DE LA CONSERVADOS SE ASOCIAN CON
TRANSCRIPCION LOS PRE-ARNm

Cuando comienza a salir el transcrito se Las proteínas que se mantiene unidos al arn
añade el casquete 5’. Se da gracias a que al mensajero durante todo su estadio en la
inicio la Pol 2 tiene una actividad lenta célula se denominan PARITUCLAS DE
gracias a la unión del NELF y DSIF. Cuando RIBONUCLEOPROTEINA
se llega a los 25 nucleótidos se comienza a HETEROGENEAS (hnRNP) que contienen
formar el casquete. PROCESO: arn heterogéneo nuclear (pre ARN
mensajero unido a otros arn nucleares).
La enzima dimerica encargada es la Contribuyen a los proceso del corte y
FORMADORA DEL CAPUCHON, que empalme, poli adenilizacion y la exportación
primer se une al CTD fosforilado por TF2H de arn al citoplasma. Las proteínas HnRNP
del RTRB 1 de la POL 2. Una vez que se une tiene dominios de unión al ARN y dominios
la enzima se activa, esta reconoce el extremo para interactuar con otras proteínas
5’ trifosfato del arn naciente (es trifosfato
porque antes de el no hubo un nucleótido FUNCIONES DE LAS PROTEINAS hnRNP:
para formar un enlace fosfoester), en donde
su unidad FOSFO HIDROLASA RETIRA Gracias a la unión de estas proteínas, el pre
el fosfato Y (el ultimo fosfato). Luego una ARNm se mantiene de manera uniforme y se
GUANIL TRANSFERASA trae un GMP evita la creación de horquillas con bases
para que su extremo 5’ se una con el extremo complementaria en el ARN , permitiendo
5’ del arn. Luego se metila el carbono 7 de que las proteínas que actúen en su
preparación puedan actuar sin ningún EL PROCE DE CORTE Y EMPALME
problema. Los HnRNp tienen diferentes SE PRODUCE EN SECUENCIAS
zonas de unión al pre ARN: CORTAS, CONSERVADAS EN LOS
PRE-ARNm A TRAVES DE DOS
HnRNP A1, C, D: interactúan con regiones REACCIONES DE
ricas en pirimidinas (uracilo y citosina) de TRANSESTERIFICACION.
los extremos 3’ de los intrones. Tambien
otras se unen a las regiones que permiten Para que se el arn m funcional maduro se
identificar donde se debe realizar le corte y deben eliminar los intrones y los exones se
empalme para eliminar intrones. Y otras se deben unir, proceso conocido como CORTE
ha visto que ayudan al transporte hacia el y EMPALME. Cuando se trata de un
citosol del ARN. transcrito corto, primero se da la agregación
de la cola poli A y luego se realiza el corte y
MOTIVOS DE UNION AL ARN: Son las empalme. En cambio, cuando es un
regiones de los HnRNP que se unen al ARN, transcrito largo el corte y el empalme se da
llamados también RPM. Tienen el antes de que se complete la transcripción
generalmente 80 aminoácidos y de estos del ARN, es decir, en medio proceso de
salen 2 secuencias altamente conservadas elongación.
RNP1 y 2.
Las secuencias de ARN que se encuentran en
Uno de los dominios de estas proteínas los extremos 5’ y 3’ se mantienen el ARN
HnRNP llamado RRM, se compone de una maduro. Las secuencias que indican donde
lamina B formada por 4 hebras de se debe realizar los cortes van a ser
aminoácidos que están rodeadas de 2 helices secuencias pequeñas: El intrón siempre
alfa. En las 2 hebras centrales que forman la comienza con una Guanina y un Uracilo en
lamina B se encuentran las secuencias RNP el extremo 5’, en cambio en el extremo 3’ va
1 y 2 que gracias a sus cadenas laterales a estar una adenina y una citocina. En el
cargadas positivamente pueden centro del intrón va a encontrarse la
interaccionar con los fosfatos del arn secuencia CURAY, llamada así por los
cargados negativamente. nucleótidos que la forman: C/citocina;
U/uracilo; R/purina ( Guanina o Adenina);
A/adenina; Y/pirimidina ( citosina o
Uracilo). La adenina de la secuencia
CURAY se denomina PUNTO DE
RAMIFICACION ya que este será el lugar
donde se una las G/U del extremo 5’ cuando
se despegue el intrón formando un Lazo
cuando se una la guanina.

También en el intrón hay una región rica en


Otro motivo estructural que permite unirse a pirimidinas (importante) en dirección 3’del
los ARN es el KH ( 45 aa) de las proteínas K intrón del extremo 5’a la Adenina del
hn-RNP. Es similar a los RRM, pero más extremo 3’ , la guanina se une al carbono 2’
pequeños. Tienen una lamina B del azúcar de la adenina formando un enlace
(formada de 3 hebras de aminoácidos) y 2 2’5’ fosfodiéster.
helices alfa. Aquí el ARN se va a unir a
aminoácidos hidrfobos de las hélices alfa y
de la B.

Otro motivo que tienen las proteinas HnRNP


son son las cajas RGG que tienen 5
repeticiones de esta secuencia
(arginina-glicina-glicina) que permiten la El corte y empalme se realiza por
unión al ADN. REACCIONES DE
TRANSESTERIFICACION 3. Los Sn RNP U5, U4,U6 se unen
SECUENCIALES formando un complejo , para unirse
a los U1 U2 y pre arn m ya
DURANTE EL RPCESO DE CORTE Y establecidos formando ahora si el
EMPALME LOS snARN FORMAN ESPLICEOSOMA
APAREAMIENTOS DE BASES CON 4. Comienzan a haber cambios en los
EL PRE-ARNm reordenamientos de los SnRNP que
hacen que SnRNP U1 y U4 se
Los arn nucleares pequeños (Sn ARN) desestabilicen y salgan haciendo
tienen la función de aparearse con algunas que el espliceosoma se vuelva
bases del pre-ARNm para que se de el corte catalíticamente activo. U6 y U2 son
y el empalme. Estos son ricos en uracilos , y los sitios catalíticos que realizan las
hay varios tipos: U1,U2,U4,U5,U6. Se reacciones de
asocian a paroculas de ribo nucleoproteína TRANSESTERIFICACION que
nucleares pequeñas (snRNP). Van de 107- son las siguientes:
200 nucleótidos.
• Primero el grupo Hidroxilo 2’del
Para que se de el corte y empalme , se deben sitio de ramificación A se une al
unir el extremo 5’de un pre ARN mensajero Fosfato 5’ de del exón que se
y la región 5; del snARN U1. Sn RNA U2 se encuentra en dirección 5’ formando
aprea con la secuencia del PUNTO DE un enlace 2’-5’fosfodiester. Luego
RAMIFICACION del curay el OH 3’ del exón en dirección 5’
ataca al fosfato 5’ del exón en
dirección 3’ formando un enlace 3’
5’ fosfodiéster y permitiendo así que
ambos exones se unan y el intrón
liberado en forma de lazo se
eliminara por ARN asas y enzimas
desramiMcantes
LOS ESPLICEOSOMAS
ENSAMBLADOS APARTIR DE LOS SN 5. Las SnRNP se disocian rápidamente
RNP Y UN PRE ARNm , LLEVAN A del intrón y pueden participar en
CABO EL PROCESO DE CORTE Y otro ciclo de corte y empalme
EMPALME.

Cuando se va a realizar el proceso de corte y


empalme vienen a unirse las Sn ARN junto
con varias proteínas formando encima del
pre ARNm un complejo llamado
ESPLICEOSOMA (muy grande con una
masa similar a un ribosoma). Proceso de
ensamblaje, corte y empalme:

1. Las snARN U1 se aparea en el


extremo 5’ del intrón. Luego viene
una proteína llamada SF1 que se une
en el punto de ramificación A (del
curay) y la proteína U2AF que se
une al tramo de pirimidina ubicado
en el extremo 3’ del intrón y también
a las pares AG 3’del intrón.
2. SnARN U2 desplaza a SF1 para
unirse al punto de ramificación A COMPLEJOS DE UNION A EXON. Uno
de ellos es el factor de exportación de ARN
(REF) que transporta al Arn mensajero hacia acelerar el proceso de transcripción. Gracias
el núcleo. Otras proteínas evalúan la calidad a esto la transcripción solo se da cuando
del corte y empalme y si no es correcto lo existen las proteinas encargadas de procesar
llevan a la degradación de ese arn mensajero, el ARN, y si no las hay, la transcripción
proceso llamado DECAIMIENTO PARA.
MEDIADO POR SECUENCIAS SIN
SENTIDO. LAS PROTEINAS SR CONTRIBUYEN
A LA DEFINICIACION DEL EXON EN
Hay pre ARN mensajeros que no tiene las LOS PRE ARN mensajeros LARGOS.
secuencias GU-AC normales entre intrones ,
sino AU-AC, que utilizan un mecanismo Los exones tambien ayudan a que las
similar al descrito. proteinas Sn RNP U1 y 2 a encontrar los
sitios de corte y empalme. Esto se da gracias
a que dentro de los exones hay secuencias
llamadas AMPLIFICADORES DE CORTE
y EMPALME EXONICOS, lugares en
donde se unen las PROTEINAS SR ( on
proteínas HnRNP que tienen dominios de
unión al ARN que son los RRM y de unión
a proteínas llamados dominios RS). Una vez
que las proteínas SR se unen permiten que
las snRNP U1 se unan al sitio de corte y
empalme 5’ gracias a que interactúa con
estas por sus dominios RS. También ayuda a
que la Sn RNP U2 encuentre el PUNTO DE
RAMIFICACION A, debido a que
interactúa con las proteína U2AF (que tiene
una subunidad liviana de 35 Kd que se une
al sitio de corte y empalme en el extremo 3’
que interactúa directamente con las
proteínas SR, una vez que interactúa, la
subunidad liviana estimula a la subunidad
pesada de 65 KD que se encuentra unida al
sitio de pirimidinas para que permita que la
SnRNP U2 se una al PUNTO DE
ELONGACION DE LA CADENA POR RAMIFICACION). Gracias a esto se a
LA ARN POLIMERASA 2 ESTA podido especificar claramente donde se
ACOPLADA A LA PRECENCIA DE encuentran los exones en transcritos largos y
FACTORES DE PROCESAMIENTO se delimita muy bien als regiones que deben
DE ARN sufrir el corte.

El proceso de transcripción y los procesos LOS INTRONES DEL GRUPO II DE


postraduccionales se asociación AUTO PROCESAMIENTO
perfectamente gracias al dominio CTD de la PROPORCIONAN PISTAS DE LA
pol 2. Esto se debe a que como este dominio EVOLUCION DE LOS SnARN
es muy largo pueden unirse varias proteínas
a sus residuos de serina fosforilados como
Experimentos han demostrado que existen
las proteínas que ponen el casquete 5’ , las
intrones que realizan por ellas mismas el
encargadas de la poliadenilizacion, y las corte y empalme de los exones, es decir todo
proteínas HnRNP encargadas del corte y
el proceso anteriormente mencionado pero
empalme para que todo se lleve acabo de
sin proteínas. Estas se han llamado
manera coordinada. Resulta que cuando las
INTRONES DE AUTO
HnRNP se unen al CTD, estas aumentan la
PROCESAMIENTO y hay de dos tipos: El
aMnidad de la CTD por las proteinas DSIF
1 se encuentra en protozoos, y el 2 se
y la CDK9 ciclina T (PTEF b), permitiendo
encuentra en mitocondrias y cloroplastos. SIMPLEKINA que crea una plataforma para
Estos intrones se pliegan sobre ellos mismos el ensamblaje de estos factores de
formando BUCLES. Realizan su auto escicion/poliadenilacion.Y por ultimo viene
procesamiento de manera igual a la que lo la POLI A POLIMERASA (PAP) a unirse.
hace el espliceosoma: con reacciones de Una vez ensamblado se corta la cadena en
transesterificación. Se piensa que los dirección 5’ 10-35 nucleótidos de las señales
intrones de los pre ARNm que utilizan el poli A G/U. Una vez escindido, se separan
espliceosoma, evolucionaron de estos los factores CStF, CF 1 y 2 y la polimerasa
intrones de auto procesamiento, en donde se A actúa en 2 fases: La primera es LENTA,
perdió secuencias intronicas que serian los en donde se añaden 12 adeninas al nuevo
futuros Sn ARN , ya que cuando se unen extremo 3’ generado por el corte. Luego
estos a los sitios de corte y empalme, forman viene una proteína que tiene la función de
estructuras similares a los bucles que forman potenciar a la polimerasa que es la PABP 2
los intrones de auto procesamiento. haciendo que rápidamente termine de
agregar de 200 a 250 adeninas.

Los ARN mensajeros que codifican para


histonas no tienen una cola poli A, sino se
unen proteínas al extremo 3’.

También se piensa que los encargados de las


reacciones de corte y empalme son los Sn
ARN y las SnRNP solo estabilizan la
estructura tridimensional. Similar los
intrones auto procesantes de tipo 2 , que
utilizan proteínas llamadas MATURASAS
para realizar el corte y empalme.

LA ESCISION 3’ Y LA
POLIADENILACION DE LOS PRE-
ARNm ESTAN ESTRECHAMENTE
ACOPLADAS.

Para colocar la cola poli A , primero se debe


reconocer la secuencia AAUAAA que se
encuentra en el extremo 3’ del pre ARN
mensajero gracias a la proteína CPSF. Luego
vendrán 3 proteínas a estabilizar esta unión:
FACTOR ESTIMUANTE DEL CORTE
(CStF ) va a unirse a la secuencia rica en G/U
que se encuentra corriente abajo de la
secuencia AAUAAA; FACTOR DE
CORTE 1 (CF1) y otro llamado CF2. Todos
estas proteínas se ensamblan gracias a la
Cuando se elimina un ARN mensajero con
un mal empalme y corte se da por un
complejo de 11 exonucleasas llamada
EXOSOMA. El cual elimina en dirección 3’-
5’. También tiene este complejo ARNs
HELICASAS para evitar que proteínas se
unan a este ARNm pudiendo evitar que actúa
el EXOSOMA.

Los ARNm normales evitan la degradación


por exonucleasas gracias a: EXTREMO 5’
en donde se añade un CASQUETE y el
EXTREMO 3’ en la elongación es protegido
por la POLIMERASA 2 , y luego por la
COLA POLI A que se le pone.

8.2 REGULACION DEL


PROCESAMIENTO DEL PRE
ARNm

Cuando se dan transcritos simples, el corte y


el empalme genera solo un tipo de ARN m
maduro. En cambio en los transcritos
complejos, el corte y empalme se puede dar
de muchas formas generando diferentes
ARN m que formaran proteínas diferentes.

EL CORTE Y EMPALM
ALTERNATIVO GENERA
TRANSCRITOS ON DIFERENTES
COMBINACIONES DE EXONES

El corte y empalme de exones


(reordenamiento de la posición de exones en
el ARNm ) es el principal mecanismo que
los eucariontes utilizan para expresar
diferentes proteínas que provienen de un
solos gen.
LAS EXONUCLEASAS NUCLEARES Varios tipos celulares pueden utilizar este
DEGRADAN EL ARN QUE ES mecanismo para producir proteínas diferente
PROCESADO Y ELIMINANDO DE
so isoformas de una proteínas par atender a
LOS PRE ARNm. sus necesidades. También una sola célula
puede realizar diferentes cortes y empalmes,
Los intrones que son sacados del arn que se dan por estimulos externos,
mensajero sufren un proceso de destrucción. produciendo proteínas que se adapten a su
Primero el enlace 2’-5’ FOSFODIESTER se entorno.
elimina por la ENZIMA
DESRAMIFICANTE , permitiendo que este UNA CASCADA REGULADA DE
intrón se encuentre de manera lineal, en vez CORTE Y EMPALME DE ARN
de forma de lazo. Luego se ataca por CONTROLA LA DIFERENCIACION
exonucleasas. SEXUAL EN DROSOPHILA
Para ver como se da el proceso de corte y TRANSFORMER. La proteína SxL
empalme alternativo en una secuencia de se une a una secuencia silenciadora
cascadas, se utiliza el ejemplo de las del corte y empalme ubicada en el
drosophilas, en donde se ve como varia el extremo 3’ del intrón que se
corte y empalme en los géneros hembra y encuentra entre el exón 1 y 2
macho , por presencia de una proteína que se evitando así la unión de U2AF.
encuentra activa en hembras. Gracias a esto se da el corte y
empalme con los U2AF y U2
PROCESO SnRNP del intrón que se encuentra
entre el exón 2 y 3, ignorando en el
1. La proteína Sxl (formada por el gen Arn m maduro al exón 2, que
SEX-LETHAL) se expresa en también tiene un codón de
etapas tempranas en hembras. terminación temprana. Gracias a
Luego el promotor de este gen se esto se produce la proteína TRA
paga, y se activa tanto en hembras funcional en hembras, pero en
como en machos un nuevo promtor machos, debido a la ausencia de la
para SEX LETHAL. Pero gracias a SxL , si se incorpora el exón 2, y en
que los machos no tienen la Sxl ya la traducción no dará una proteína
formada, en el arn m maduro, no se funcional.
elimina un codón de detención,
haciendo que ese arn m no produzca
la proteína Sxl, a diferencia de la
hembra.
2. Esto se da ya que la Proteína SxL se
une al intrón en su extremo 3’ (al
intrón que se ubica entre el exón 2 y
3) haciendo que no se unan en este
lugar U2AF, ni U2 SnRNP. Como
no se unen entonces el U1 SnRNP
del exón 2 se va a unir con los U2AF
y U2SnRNP del siguiente intrón
(que se encuentra entre el exón 3 y 4 4. La proteína TRA forma un complejo
) haciendo que se de un corte y con las proteínas RBP1 y TRA 2
empalme donde se elimine el exón para que se unan al EXON 4 en una
3, y se unan el exón 2 y 4. El sitio secuencia llamada
donde se une la proteína SxL se POTENCIADOR DEL CORTE Y
llama SILENCIADOR DEL EMPALME EXONICO, para
CORTE Y EMPALME estimular el corte y empalme entre
INTRONICO. En machos no se da los exones 3 y 4, además de
este proceso y se agrega al ARN m es+mular el corte y poli adenilación
maduro el exón 3 , el cual tiene el en el extremo 3’ del exón. Sin esta
codón de terminación temprano, por
eso aunque transcriba el gen SEX
LETHAL, no producirá una
proteína funcional

proteína, en machos el corte y empalme se


ignora al exón 4 y el exon 3se une con el
3. La proteína SxL no solo interviene EXON 5. El exón 5se unirá con el 6 debido
en el corte y empalme del gen SEX a que tiene el sitio de corte y poli adenilación
LETHAL, sino también en el gen produciendo una versión mas larga.
Produciendo así en cada sexo genes DSX estos canales de k se agrupan en varias zonas
diferentes que cada proteína DSX resultante de la cóclea, dejando así ver que el
suprimirá los genes para evitar el desarrollo aparecimiento o de isoformas que respondan
del sexo opuesto. a frecuencias sonoras similares depende de
medios externos de la célula. Se piensa que
LOS REPRESORES Y ACTIVADORES las actividades sinápticas que ocurren de los
DEL PROCESO DE CORTE Y nervios que inervan la cóclea, podrían en
EMPALME CONTROLAN ESTE ocasiones activar una proteína-cinasa
PROCESO EN SITIOS cuando hay despolarizaciones, haciendo que
ALTERNATIVOS. esta fosforile represores del corte y del
empalme, bloqueando cualquiera de las 8
Se ha visto que en seres humanos existen regiones que codiMcan la proteína.
proteínas similares a SxL que evitan el corte
y empalme de un exón , haciendo que no se
tome en cuenta para el arn m maduro, y
proteínas como TRA que permiten incluir a
exones en el corte y empalme, para que se
expresen en el arn mensajero maduro.
Gracias a esto se pueden formar isoformas
de proteínas en diferentes células del
organismo. Ejemplo de esto seria la
supresión del corte y empalme de los exones
E3A y E3B, de parte de proteínas
silenciadoras (generalmente HnRNp), para
formar un ARN de fibronectina sin ellos en
los hepatocitos. En cambio en fibroblastos
una proteína activadora
( generalmente proteínas SR) si incluiría a
E3 A y B para formar una fibronectina
diferente.

• Expresión de las proteínas del canal


de K+ en las células pilosas de
vertebrados en el oído interno.
Expresión de las isoformas DSCAM en las
CELULAS PILOSAS
neuronas reonales de la DROSOPHILA.
En la cóclea de los vertebrados existen
El gen DSCAM permiten determinar de que
células las cuales son las encargadas de
manera los exones realizaran al sinapsis con
percibir los sonidos y enviarlos por le nervio
dendritas, haciendo que mutaciones de este
vesobulo coclear. Son ciliadas llamadas
afecten a la sinapsis. El gen tiene 95 exones
células ciliadas. Dependiendo en donde se
los cuales realizan corte y empalme
ubiquen pueden idetificar sonidos a una baja
alternativo, formando alrededor de 38 mil
o a una alta frecuencia, en donde abrirán
isoformas posibles. Haciendo que se den
canales de K+ dependiendo de los cambios
formas de sinapsis diferentes en cada una.
de Ca+ en el interior de la célula. La
variación a las secuencias en las que
responden se debe al corte y empalme LA EDICION DEL ARN ALTERA LAS
alternativo de diferentes exones que dan SECUENCIAS DE ALGUNOS PRE
como resultado isoformas del canal de K, ARNm.
haciendo que cada una se abra a diferentes
concentraciones de calcio producto del Tras estudios en diferentes especies, se
cambio de las frecuencias que percibimos encontró que hay otras manera diferente de
del ambiente. Se a visto que las formas de procesamiento de ARN, llamado EDICION
DE ARN, en el cual se cambia las plasma o al citoplasma, son ricas en
secuenciación de nucleótidos del ARN fenilalanina y glicina (HIDROFOBAS).
mensajero, es decir, el ARN m no tendrá la Sustancias de hasta 40 a 60 kilo daltons
misma secuencia de nucleótidos que los pueden ingresar. Moléculas mayores a este
exones del gen. Se da mucho en las peso deben unirse a proteínas solubles del
mitocondrias de protozoos. En seres nucleoplasma para interactuar con las núcleo
eucariontes superiores como nosotros, es porinas FG.
discil ver la EDICION DEL ARN, pero las
veces que se da, cambia solo un nucleótido, Los complejos mRNP se unen a proteínas
pero ese cambio si se puede ver retejado en solubles para interactuar con el poro,
las proteínas producidas. Esto se da en la llamados EXPORTADORES DE mRNP.
formación de la proteína APO B que forma Uno de ellos es el heterodímero NXF1
los transportadores de colesterol (subunidad grande) /NXT1 (subunidad
plasmáticos. Dos células producen la apo B: pequeña). NXF1 se une al ARN y a proteinas
Hepatocitos y Enterocitos. Gracias a este del complejo Mrnp como REF (factor de
mecanismo hay dos isoformas de la APO B. exportación de ARN) que se une 20
Los hepatocitos producen la forma APO B- nucleótidos corriente arriba de lo sitios
100 en donde no se altera el gen en el donde se unen exones. También
nucleótido 6666. En cambio, los enterocitos NXF1/NXT1 se asocia a las proteínas SR
producen la forma APO B-48 , por edición que en el corte y empalme son
del nucleótido 6666 de C a U, haciendo que potenciadores, siendo así que también
el codón de glutamina CAA se convierta en cumple funciones en el transporte del
un codón de detención UAA. Por eso la apo ARNm al citoplasma. Estos NXF1/NXT1
B 48 es más pequeña ya que en la traducción son los que interactúan con los filamentos de
terminara de manera mas temprana. las nucleoporinas FG para poder pasar por el
poro.
8.3 TRANPROTE DEL ARN mensajero
A TRAVES DE LA ENVOLTURA Los filamentos proteicos se extienden hacia
NUCLEAR el nucleoplasma formando una cresta y
también llegan al citoplasma. También GLE
Cuando se termina de procesar un ARN 2, ayuda en este proceso al unirse a la NFX1
mensajero este se mantiene unido a los para que esta interactúe con la cresta nuclear
HnRNP , formando el complejo mRNP, los permitiendo que los complejos mRNP
cuales saldrán a través de poros nucleares del unidos a los NFX1/NXT1 logren
núcleo celular. La membran nuclear también introducirlo al poro. Luego se da el proceso
es bilipídica con proteínas en ella, donde se REMODELACION DEL m-RNP en
algunas forman poros. donde estos filamentos proteicos (no son los
de la nucleoporina FG) interactúan con una
LAS MACROMOLECULAS ENTRAN ARN helicasa ( Dbp5) para disociar
Y SALEN DEL NUCLEO A TRAVES DE NXF1/NXT1 y otras proteínas. De las
LOS COMPLEJOS DEL PORO proteínas que se disocian con el complejo
NUCLEAR. hay una división dependiendo en que etapa
se disociaran: Unas se disocian en etapas
Los poros nucleares se encuentran formados tempranas de este proceso para que se
por complejos de al enos 30 proteinas queden en el núcleo y esperar a otro
llamados NUCLEOPORINAS que se complejo m RNP, en cambio otros se
conforman en una estructura de manera disocian una vez el arn m llega al citoplasma
cilíndrica. Una de estas proteínas llamada enseguida (NXF1/NXT1- complejo de unión
NUCLEOPORINA FG, forma una barrera a la caperuza 5’-PAPB2 unida a la cola poli
impidiendo el paso de moléculas grandes, A). Todas gracias a la helicasa Dbp5 que se
pero si permite el de moléculas pequeñas. Su encuentra unida a los filamentos proteicos
dominio globular se encuentra anclado en la citoplasmáticos del poro). Una vez sale, los
estructura donde manda filamentos dentro filamentos citoplasmáticos del poro nuclear
del canal que incluso pueden ir al núcleo se separan del complejo m-RNP gracias a
que el factor de iniciación de la traducción
de unión a la caperuza elF4-E se une y en
lugar de la PAPB2 que se separo vendrá
PAPB1 a unirse.

EXPORTACION NUCLEAR DE LOS m


RNP DE LOS ANILLOS DE BALBIANI.

Los transcritos del insecto chironomous para


la producción de proteínas que permiten su
fijación en las hojas de las plantas. Se vio en
PROTEINA SR EN LEVADURAS
ellos que los complejos de m RNP al pasar
por el poro nuclear, gracias a las helicasas y
También hay un control de calidad para
a la fosforilación de las cinasas en el extremo
evitar que un ARNm mal procesado pase por
citoplasmático permite que arn m se estire y
los poros. Las proteínas SR (Nlp3) que se
desenrollen, proceso importante para unirse
unen en los exones del pre ARN m se unen
a los ribosomas.
en sus formas FOSFORILADAS. Una vez
que se de la poli adenilación, unas
FOSFATASAS NUCLEARES
desfosforilan a las proteínas SR
(fundamental para poder interactuar con el
exportador NXF1/NXT1). Si la fosfatasa
reconoce que esta incorrectamente formado
el ARNm, no se des fosforila la proteína SR
y luego vendrá un exosoma a degradarlo. En
caso de que este correctamente formado se
da todo los pasos anteriores permitiéndolo
pasar al citoplasma. En el citoplasma una
LOS PRE ARN MENSAJEROS CON
CINASA
ESPLICEOSOMAS NO SON
fosforila nuevamente a la proteína SR
EXPORTADOS DESDE EL NUCLEO
permitiendo que se disocia tanto ella, como
NFX1/NXT1. Esto es importante debido a
que gracias al desacoplamiento abra menor Que los pre-ARNm con intrones salgan
cantidad de complejos m-RNP/ exportadores fuero del núcleo es algo negativo para la
NFT1-NXT1 permitiendo que estos célula ya que se puede llegar a traducir las
complejos ubicados en el núcleo al estar a secuencias intronicas que provocaría que
una mayor concentración puedan pasar por aminoácidos que no deberían estar, se
difusión simple por los poros. encuentren formando proteínas que no
cumplan las funciones que la célula requiere.
Para evitar esto se evita que los pre-ARN
unidos con espliceosomas pasen los poros
nucleares.
Se hizo un experimento para verificar esta 1. Un arn mensajero sin cortar y
capacidad de los poros de rechazar pre- empalmar de 9 KB
ARNm unidos a espliceosomas. Se cogió un 2. Un ARN mensajero de 4 kb por la
gen que tenia un solo intrón y se hizo 2 eliminación de un intrón
pruebas: 3. Un ARN mensajero de 2 kb
formado por la eliminación de 2 o
- En una se altero una de las regiones más intrones
consenso que permiten el corte y
empalme, evitando así que se de el Cuando se forma los transcritos 1 y 2 del
corte por ese extremo, bloqueando VIH en la primera instancia de la infección
el proceso. El resultado fue que este estas no pueden salir del núcleo debido a que
pre ARNm nunca salió del núcleo. tienen intrones todavía. Sin embargo cuando
Se debe a que al alterar una de las se da el transcrito numero 3, este al estar
secuencias, no se unió uno de los completamente cortado y empalmado (sin
SnRNP que forman el intrones) logra salir del núcleo. Esta se
espliceosoma, pero los demás traduce en una proteína llamada REV. La
componentes si se unieron. Esto fue cual ingresa nuevamente al núcleo al unirse
detectado por el poro nuclear y evito en sus regiones de LEUCINA a la
su paso. EXPORTINA 1 que la introduce dentro del
- En la segunda prueba se indujeron núcleo. Una vez dentro, esta proteína se une
mutaciones en ambas secuencias a secuencias del ARN m del VIH llamadas
consenso. Se vio que si paso el pre ELEMENTOS DE RESPUESTA REV
ARNm hacia el citoplasma que (RRE) , lo que permiten lugo a este ARN con
conservaba su intrón. Se debe a que intrones atravesar los poros nucleares. Una
al alterar las secuencias consenso, vez afuera los ARN 1 y 2 pueden formar las
las proteínas SnRNP no proteínas de los viriones o en caso de la de 9
reconocieron las secuencias y no se kpb, introducirse en viriones para luego salir
unieron por lo que no tenia el por gemación.
espliceosoma. Por eso pudo pasar.
Otros retrovirus tienen secuencias en sus
CORRELACION: En las talasemias, que transcritos llamados ELEMENTOS DE
son enfermedades hemáticas, donde hay TRANSPORTE CONSTITUTIVOS (Cte)
concentraciones bajas de globinas, se que se unen al NFX1/NTX1 con gran
producen por mutaciones de uno de los sitios afinidad, permitiendo así su salida del
consensos de corte y empalme, por lo que núcleo.
muchos de los ARN mensajero de globina al
no disociarse del espliceosoma se eliminan
en el núcleo al no poder pasar.

LA PROTEINA REV REGULA EL


TRANSPORTE DE LOS ARNm
VIRALES NO PROCESADOS.

El VIH logra sacar del núcleo su transcrito


de arn sin procesar gracias a una proteína
que evita los controles celulares que
normalmente evitan sacar arn m no cortados
y empalmados.

Cuando se integra el código genético del


VIH a la célula. Contene solo una unidad de
transcripción que es transcrito por la POL 2
de la célula. Hay tres maneras en las cuales
se corta y empalma

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