GENOMICA
GENOMICA
GENOMICA
1-2%
• En los tallos de los brazos cortos de los cromosomas acrocentricos humanos se localizan: las regiones NOR
• La región distal de los brazos largos del cromosoma Y contiene: heterocromatina constitutiva
• Cual de los siguientes programas usarías para comparar una secuencia de aa vs una base de datos de
secuencias de proteínas: BLASTP
• Los genes que codifican para RNAt son un ejemplo de: genes de RNA no codificantes
• Los exones de los genes eucariontes constituyen regiones : no codificantes, presentes en el RNAm maduro,
transcritas y no traducidas
• El genoma mitocondrial humano se caracteriza por: tener una tasa de mutacion mayor a la del genoma
nuclear
• Potencialmente cuantos ORF puede tener un segmento de doble cadena de aprox 15 kb: 6
• La densidad génica en areas ricas en contenido de AT en el genoma nuclear humano es: baja
• Diga cuales de las siguientes bases nitrogenadas son derivadas de la pirimidina en el DNA: adenina y
timina, citosina y guanina, citosina y timina, citosina timina y uracilo, adenina y uracilo
• El genoma de un gameto humano contiene : 23 cromosomas haploides aprox 21 000 genes
• En los organismos eucariontes en general los intrones de un gen corresponden a las secuencias: removidas
para formar los RNAm maduros
• Una mutacion de sentido equivocado en la región codificante de un gen produce: el cambio de un aa por
otro en la proteína
• Los genes que solo se transcriben dependiendo del tipo celular se incluyen dentro de la cromatina de tipo:
heterocromatina facultativa
• Los snoRNA participan en la : procesamiento de rRNA
• Las regiones eucromaticas del genoma eucarionte se caracterizan por : estar descondensadas y ser
transcripcionalmente activas
• El análisis Cot basado en tiempos de reasociacion del DNA indica: el grado de repetición en un genoma
• A la secuencia de DNA que tiene capacidad de moverse de un sitio a otro en el genoma mediante la
formación de moléculas intermediarias de RNA se les conoce como: replicones, transposones de
DNA, retrotransposones
• Un ejemplo de secuencias altamente repetidas en tándem son los : microsatelites
• Una super familia génica se define como un grupo de genes que: muestran débil homología en su
secuencia pero con productos relacionados en estructura y función
• La secuencia telomerica humana TTAGGG es un ejemplo de: minisatelite
• Cual de las siguientes secuencias corresponde a un DNA microsatelite subraye la unidad de repetición
• Los elementos LINE son autónomos por: “ existir un mayor numero de copias de LINE en el genoma
humano (20%) “
• Son un ejemplo de genes ortólogos : genes de mioglobina de Mus musculus y de Equus caballus
• El gen mas grande del genoma humano es: el gen que codifica para distrofina con 78 exones
• Se tiene una muestra de material genético de una especie con genoma de DNA de doble cadena como se
determina que contiene 20% de adenina . cual será su contenido de guanina? : A=20, T=20, C=30,
G=30
• Existen individuos portadores de un alelo con 10 copias del gen CCL3L1 y esto le confiere resistencia al
virus del VIH , de que secuencia estamos hablando , es secuencial o estructural? : minisatelite de
secuencia, CNV de secuencia, SNP de secuencia
• En general los genomas mitocondriales codifican para sus RNAt y RNAr y para: 13 polipeptidos
implicados en fosforilación oxidativa
• Un mecanismo importante en la evolución es la duplicación de un gen lo que permite que de lugar a genes
confunciones diferentes o que uno de ellos se inactive , este ultimo se conoce como: pseudogen
• Corresponde a la definición actual de un gen: es una secuencia proteica que codifica para uno o varios
productos proteicos funcionales potencialmente traslapantes
• El DNA satélite se caracteriza por : estar agrupado exclusivamente en los extremos de todos los
cromosomas
• Una proteína tiene 130 aa y es codificante por una secuencia de DNA de 390 nucleotidos , debido a una
mutacion puntual en el codón AGG que codifica para el residuo 105 se inserta una G, como será la
proteína codificada por el DNA que tiene esta mutacion : resultara en un corrimiento del marco de
lectura de la proteína
• Cuando señalamos que hay conservación de sintenia entre un segmento del cromosoma 22 humano y uno
del cromosoma 16 de raton nos referimos a que : sus secuencias corresponden a las mismas familias
génicas agrupadas
• Cuales de los siguientes genes son un ejemplo de paralogos : genes para las cadenas alfa y beta globinas en
el humano
• El segmento de DNA mayor a 1kb que se presenta en diferente numero de copias y que representa
aproximadamente el 12% del genoma humano es: CNV
• Las secuencias ALU se caracterizan por : ser de los elementos SINE mas abundantes del genoma humano
• Un polimorfismo genético se define como: una secuencia de DNA que presenta al menos 1% de la
población
• El genoma humano difiere en un 2% de su secuencia nucleotidica con el de : pan troglodytes
• Seleccione la frase correcta respecto a la distribución de genes en el cromosoma humano : los genes no se
distribuyen de manera regular a lo largo de todos los cromosomas
• Los pseudogenes procesados presentes en el genoma humano se caracterizan por : generarse por
retrotransposicion y no tener intrones
• Para algunos genes que producen enfermedades humanas , se han realizado alineamientos multiples de
secuencias de aa con proteínas ortólogas des especies variadas como hongos, levaduras, etc. Estos
muestran que la posición de los aa implicados en las mutaciones que causan enfermedades
generalmente corresponden a residuos que : están altamente conservados en otros organismos
• Que porcentaje del genoma humano son elementos transponibles: 20% ¿, dice 3%
• La cromatina transcripcionalmente inactiva se caracteriza por: estar condensada y tener histonas
desacetiladas
• Cual de las siguientes bases de datos usarías para buscar enfermedades monogenicas humanas: OMIM
• Diga 4 ejemplos de RNAnc: miRNA, snRNA, XISTRNA, snoRNA
• Mencione un ejemplo de familia génica : la familia alfa y beta globinas
• Diga 4 mecanismos por los cuales la secuencia de DNA de doble cadena del genoma humano puede
codificar para varios productos funcionales :
• Porque una mutacion puntual que produce un cambio sinónimo no es una mutacion silenciosa:
• El termino proteomica se aplica al estudio de : la colección completa de proteínas en una
celula/tejido/especie en un tiempo particular
• Para la separación de proteínas en una electroforesis bidimensional , la segunda se basa en: peso molecular
de las proteínas
• Un método para estudiar el proteoma: espectrometría de masas
• Cual de los siguientes métodos emplearías para estudiar la expresión de genes implicados en la enfermedad
de tumor de páncreas: análisis de expresión en serie SAGE
• El tipo de estudios que se utiliza para analizar simultáneamente un gran numero de . para comparar
muestras de tejido sano y afectado para obtener información del estado de la enfermedad seria:
microarreglos de expresión
• Un mapa físico se basa en : la secuencia de DNA del genoma
• Un limitante de los mapas genéticos en el genoma es : necesita la identificación de genes responsables de
enfermedades ¿
• La distancia en un mapa genético es una expresión de: las distancias relativas por los eventos de
recombinación ocurridos en la región cromosómica que los contiene , la probabilidad de que haya
un evento recombinación meiotica entre 2 genes
• Las mutaciones de perdida de función :
• Si en el árbol genealógico de una familia con una enfermedad hereditaria se observa la transmisión varon-
varon el patrón de herencia que puede desacartar es: holandrico
• El gen de vello facial se localiza en un autosoma , sin embargo solo se expresa en niveles altos de
interferencia esta situación es un ejemplo de herencia: limitada por el sexo
• La segregación distinta de 2 o mas alelos de genes contiguos con una frecuencia mayor a la esperada de
acuerdo a las frecuencias individuales en una población se denomina: desequilibrio de ligamiento
• Si en un organismo heterocigoto para un par de alelos se observa en el fenotipo la expresión de ambos
alelos se denomina: codominancia
• La medida estadística de la probabilidad relativa de que dos loci estén ligados se denomina: valor LOD
• Se dice que dos genes están ligados si: están en el mismo cromosoma y se heredan juntos
• Marcador utilizado para la creación de un mapa físico constituido por un pequeño fragmento de DNA de
cientos de pares de bases con secuencias y localización cromosómica conocida : STR
**Herencia poligenica: tiene que ver con mas de un gen y con cuestiones ambientales
Factores que influyen en los efectos de mutaciones génicas severidad dependen del numero de
repetidos
a)Heterogeneidad genética alelica = en el mismo gen o locus distrofia muscular dmd y dmb
b)Heterogeneidad alelica y de locus= dif genes en dif loci enf parkinson, epistaxis, alternancia, hot spots
c)Penetrancia=prob de que un gen mutante se manifieste en todos los individuos portadores de este gen
d)expresividad variable= medida del nivel en que un genotipo se expresa fenotípicamente en los
individuos pacientes con dif síntomas q portan el mismo alelo
e)anticipación= tendencia de algunas condiciones para ser mas severas o tener menor edad de inicio en
las generaciones sucesivas , el individuo puede ser portador de una premutacion que se expanda en la
siguiente generación
f)genes modificadores= son genes de localización diferente al determinado de una enf, modifican la
expresión de la enf, para enf monogenicas existe un gen que es primariamente responsable de la
patogénesis, también existe uno o mas genes modificadores que influyen en el fenotipo
*Falta de penetrancia= es la ausencia de cualquier manifestación del gen en el portador. *Enf hungtintong:
herencia dominante, dominancia intermedia, anticipación dada por el padre, penetrancia dependiente de la
edad según repeticiones, permutaciones 29-35CAG **Alelos letales= no existe un mecanismo universal por
el cual actúen los alelos dominantes o recesivos, los alelos dominantes no dominan o reprimen a los alelos
recesivos, esto depende del producto proteico que codifican. *Anemia de células falciformes=presentan enf
Autosómica recesiva y son resistentes a malaria autosómico recesiva. *Tipos de mutaciones= se clasifican
por 1)su efecto en la secuencia de ADN , 2)o su efecto en la fn de la proteína modificada= perdida de fn,
ganancia de fn, haploinsuficiencia, dominancia negativa *Mecanismos alelos recesivos= perdida de fn afecta
a homocigotos recesivos aa . *Mecanismos de dominancia= haploinsuficiencia, dominancia negativa y
ganancia de fn. *que alteración puede experimentar para presentar un cuadro clínico= pérdida total o parcial
de fn. *Causas de perdida a nivel de proteína=no se sintetiza la proteína, alelos nulos, se sintetiza de
manera alterada, se sintetiza en menor cantidad y no cumple su fn*depende de que se altere o no la
proteína= del sitio donde ocurre el cambio,del tipo de mutacion que lo este generando *Causas a nivel de
gen=sustitución de un aa por otro, codón de paro prematuro, delecion o inserción. *Recesivo=alelo que se
expresa en edo homocigoto, también en un heterocigoto compuesto dos mutaciones dif una en cada alelo pero
en el mismo gen o locus.
*Perdida de fn= en estas mutaciones el efecto en el fenotipo depende del nivel residual del producto
génico
el tipo de herencia es recesiva
la cantidad de producto necesaria no es critica para la fn normal (haploinsuficiencia en edo heterocigoto)
La mayoría de los genes codifican para enzimas
Heterocigoto: no siempre tiene 50% de actividad regulación a alto nivel
Enf: dmd, fenilcetonuria clásica, fibrosis quística, sx de waaderburg tipo 1
*Mecanismos de dominancia= haploinsuficiencia,1)la cantidad de producto de un gen 50% si es suficiente
(haplosuficiencia) para una fn normal fenotipo recesivo,2)la cantidad de producto de un gen 50% no es
suficiente haploinsuficiencia. *Ganancia de fn= implica estrictamente el desarrollo de nuevas fn anormales
para el producto del gen .ej Acondroplasia=afecta la forma en que un gen o su producto reacciona a señales
regulatoria, causa + frecuente de enanismo, mutacion en el gen 3 del factor de crecimiento de fibroblastos
fgfr3, dominio trasnmembranal, ganancia de función 80%, mutaciones nuevas y 100% de penetrancia, g1138a
98% mutacion de sentido equivocado.
a)Sobreexpresion 1)adquisición de un nuevo sustrato alelo pi αtripsina,2)agregación de proteínas anormales
por tractos de poliglutaminas=hungtigtina,3)formación de un gen por traslocacion cromosómica= leucemia
mieloide crónica. *Dominancia negativa= ocurre cuando el producto de un gen defectuoso interfiere en la
acción del alelo normal, solo se observa en edo heterocigoto, causan efectos + severos que alelos nulos del
mismo gen 50% de proteína restante, en general la proteína es un multimero para ser activa, un producto
anormal insertado ej osteogenesis imperfecta. **Patologia molecular . Herencia multifactorial o
compleja= es poligenica + el factor ambiental, mayoría de rasgos normales y de enf comunes: talla, peso,
color de piel, inteligencia, cáncer, diabetes, hipertensión, asma etc. En esta herencia las variantes de DNA no
son ni necesarias ni suficientes y depende de multiples factores ambientales. *Efectos de los genes y el
ambiente= en la mayoría están + influenciados por factores ambientales que genéticos pero la mayoría esta
influenciado por ambos. *H multifactorial vs H mendeliana= la primera tiene características continuas o
cuantitativas, la segunda son dicotómicas son características discontinuas o cualitativas.
*H mul característica cuantitativa o continua
*Distribucion continua= cualquier característica que depende de la acción aditiva de un # de causas
pequeñas independientes genéticas o no, muestra una distribución normal Gaussiana en la poblacion
*Modelo umbral= extensión de la teoría poligenica para abarcar características dicotómicas o
discontinuas, sumarse todas las características y cruzar el umbral , ejemplo 3 fenotipos con un loci
*Caracteristicas= ocurren como casos aislados o esporádicos aunque puede haber agregación familiar ,
factores ambientales pueden aumentar o disminuir el riesgo de presentar enf , no esta ligado al sexo, la enf
puede presentarse + en un grupo étnico.
*Enf: enf arterial coronaria mayor frecuencia en hombres, factores que aumentan riesgo
:dieta,obesidad,LDL alta, fumar , mayor riesgo en afroamericanos que en caucásicos
*El grado de parentesco tiene efecto en el riesgo de recurrencia, a mayor # de individuos afectados
mayor riesgo de recurrencia ej enf alzheimer
*Heredabilidad= proporción de la variabilidad fenotípica de una característica cuantitativa en una
población que es debida a factores genéticos, indica en que medida los factores genéticos influyen a una
característica o enfermedad. *Se estudia para= estudios de adopción, gemelos, estudios de
comparaciones, aportan un segundo significado de la estimación de la influencia de los genes
*Donde están los genes? Estudios de ligamiento
*concordancia= medida de la proporción en que ambos gemelos presenten enf, entre gemelos monozigoticos
y dizigoticos *Gwas= estudios de asociación de genomas complejos, se hace entre casos vs controles, tamaño
de n muy grande, valores de or y de p. **Anomalias cromosómicas Numericas
Múltiplos exactos del # haploide. Ej haploide
Euploidias solo es el # multiplicado por la n
n=23, diploide=2n, + de 4n es popliploidia
Múltiplos inexactos del # haploide. Ej
Aneuploidias aquí n = a 20 mas se le resta o suma
nulisomia=n-1,monosomia=2n-1, disomia=n+1
algo terminacion “somia”
(24), trisomia= 2n+1
Tip: celula somatica es diploide entonces se le
sumara 2n=40 o 3n etc + algo mas. Gameto es n +
algo mas. Ej 1)celula somatica trisomica=2n+1=41,
2)celula somatica triploide=3n=60,3)gameto
disomico=n+1=21, 4)celula somatica
monosomica=2n-1=39, 5)gameto nulisomico=n-
1=19,6)gameto diploide=2n=40
*Mixoploidias= dos o mas líneas celulares genéticamente diferentes en el mismo individuo (mosaicismo y
quimerismo). *Euploidias= siempre es letal las poliploidias abortos en 1er semestre de embarazo, triploidias
1-3% embarazos, en plantas es común la poliploidia se originan por dispermia *Aneuploidias=perturban el
balance de los genes, tienen un # anormal de los cromosomas, la mayoría es incompatible con la vida a
excepción en cromosomas sexuales monosomia del cromosoma X, trisomias letales excepción de sx down,
sx patau y sx Edwards y cromosomas sexuales 47xxx, 47xxy, 47xyy *Como se forman?= mecanismo de no
disyunción( cromosomas apareados no se separan en anafase 1, cromatidas hermanas no se separan en
anafase2 o en mitosis) o anafase lag (un cromosoma o cromatida se retrasa en su movimiento en la anafase y
no se incorpora en el nucleo de una celula hija, tambien puede originarse por rescatar un producto trisomico .
*Gonadas=testiculos
*Sx Down= recurrencia 1/800 nacimientos, trisomia 47xx+21 99% de los casos, 88% no disyunción
materna , región critica 21q22.1-q22.3
*Trisomia 18 o Sx de Edward= 1/8000-1200 rnv, 98% abortan, mayoría fallece a los 2 meses, retraso
mental, multiples anomalías congénitas, edad materna avanzada
*Trisomia 13 o Sx Patau= 1/20000-25000 sobreviven menos de 2 dias, retraso mental, malformaciones
severas en snc, asociada a edad avanzada paterna por no disyunción materna
*Sx Turner= 1/4000 niñas monosomia, falta un cromosoma X, todas son mujeres,99% abortan, el 70%
retiene el cromosoma X materno, error en meiosis paterna, tienen talla baja, infertilidad, estrias fibrosas,
cuello alado, tambien por mosaicismos
*Sx Klinefelter= infértiles, hipogonadismo, tienen un cromosoma X de mas, se da por errores en meiosis
paterna, por no recombinación entre par xp/yp, errores en m1 y m2 materna y errores post cigoticos
*Disgenesia gonadal mixta= 45x/46xy, fenotipo femenino de Turner a masculino con estigma de sx de
Turner
*Polisomias X y Y= 47xxx, 48xxxx 1/1000 niñas infértiles, 70% problemas de aprendizaje, errores en
m1 materna , tetra y pentasomia= retraso mental. 47xyy 1/1000 niños errores en meiosis 2 gametos yy,
altos y fértiles no tienen mayor conducta agresiva
*Alteracion en el sexo gonadal= Sx de reversión sexual varones XX y mujeres XY, hermafrodismo
verdadero 46XX y 46XY
*Sx de Cri su Chat= maullido de gato, monosomia 5p delecion, microcefalia, retraso de crecimiento,
problemas de aprendizaje, 90% delecion novo
*Sx Wolf Hirschhorn= monosomia 4p, 87% delecion novo, microcefalia, micrognatia, hipertelorismo
ocular
Insercion= tipo de traslocacion no reciproca que ocurre cuando un segmento de un cromosoma se inserta
en otro dif
Traslocacion= individuo portador de una traslocacion reciproca balanceada entre 2 autosomas no
homologos: fenotipo normal y problemas de fertilidad
**Analisis Citogenetico= malformaciones, problemas de fertilidad, historia familiar sugestiva, asignación de
sexo, neoplasias leucemias. *Mosaicismo= empieza como un cigoto , son errores post cigoticos, resultado
individuo que posee dos líneas celulares genéticamente diferentes derivadas de un mismo cigoto puede ser el
mecanismo de: gemelos, sx de Turner, sx Down. La severidad es menor cuando son mosaicos pero depende
de la celula que provenga. *como se dan los mosaicos? Mosaico trisomico es el mas frecuente en el
diagnostico prenatal *Mecanismo de formación de un trisomico= no disyunción mitótica entre cromatidas
hermanas de un cigoto normal de 46 cromosomas, o en anafase lag de un cigoto anormal de 47 cromosomas
casi siempre pasa en cromosomas sexuales puede ser resultado de mutaciones durante el desarrollo de la vida
de una persona*Dif genotipos en la misma persona, todas las mujeres son mosaicos por la inactivación
del cromosoma X al azar. * El mosaicismo es la forma en que ocurre el cáncer.*Mosaicismo
germinal= SE HEREDA, sospecha multiples hijos afectados y padres sanos, ej acondroplasia, osteogenesis
imperfecta. *Mosaicismo somatico= NO SE HEREDA. *Quimerismo= fusión de dos cigotos dif para formar
un embrión , el reverso de los gemelos no idénticos. Resultado: individuo que posee 2 o mas líneas celulares
genéticamente dif derivadas de 2 cigotos . *Mecanismo de determinación sexual= a)ambientales peces,
reptiles, b)dosis génica drosophila melanogaster,c) génica mamífero presencia de un gen dominante Sry.
*Etapas de la diferenciación sexual: 1- sexo genético xx o xy, 2- inductores sexo gonadal, hormonas, 3-
sexo fenotípico diferenciación de genitales internos y externos, 4-sexo asignación,5- sexo psicológico,6-sexo
social legal. *Mecanismos de compensación de dosis génica= mecanismo regulatorio para igualar la
expresión fenotípica de los genes en el cromosoma X y en el cromosoma Y. Varia entre dif especies ej
mamíferos placentados inactivación de un cromosoma X en células somaticas de las hembras (Se
encuentra en la heterocromatina facultativa) *Cromosoma X inactivo o cuerpo de Barr= cambio
epigenetico y es clonal, gatos calicós son hembras se inactiva el cromosoma X . *Cromatina X=
#cromosomas X menos 1 *Cromatina Y= # de cromosomas y presentes. *Mecanismo de inactivación del
cromosoma X = 1) Xic: es el centro de inactivación del cromosoma X, 2) Gen XIST: transcrito especifico
del cromosoma X inactivo solo se expresa en Xi, 3) transcrito actua en cis y crea micro ambiente para
silenciamiento de genes RNAsi, recluta factores proteicos para organizar a la cromatina en una conformación
cerrada, transcripcionalmente inactiva, 4)Xi: altos niveles de DNA metilado, bajos niveles de histonas
acetiladas, bajos niveles de histona H3 metilada en lisina 4, altos niveles de H3 metilada en lisina 9. *La
inactivación no es total 65% genes son inactivados, 20% de los genes se inactivan solo parcialmente y 15%
escapan totalmente de la inactivación. *Brazo largo de los cromosomas tiene menos genes por lo cual es
donde ocurre normalmente la inactivación . *Sry= importante para la diferenciación. *Tdf= factor
estimulante testicular **Epigenetica= cualquier factor que afecta el fenotipo sin afectar el genotipo, cambios
epigeneticos alteran la expresión de los genes sin cambiar su secuencia, no hay cambio a nivel de
secuencia de DNA. *Epigenetica def= regulación génica mediada por modificaciones de la estructura de la
cromatina, o como aquellos cambios heredables en la expresión genética que son independientes de la
secuencia de nucleótidos que ocurren sin cambios en la secuencia de DNA. *Definicion actual de
epigenetica= cambios heredables mitótica o meioticamente en la expresión génica que son independientes de
cambios en la secuencia de DNA. *Cambios epigeneticos alteran la expresión de los genes sin alterar su
secuencia, son cambios químicos en el DNA y en las histonas , los cambios epigeneticos son dinamicos y
reversibles . *Estan implicados en el desarrollo y progresión de tumores cancerosos. *Epigenoma=
conjunto de todas las marcas epigeneticas, se aplica al estudio de las complejas modificaciones que
experimenta la cromatina tanto en su modificación química como en cambio topológicos condicionados por
efectos internos y ambientales. *La epigenetica participa en = desarrollo embrionario, inactivación de
cromosoma X, desarrollo patológico, impronta génica, acido fólico, represión de DNA parasito , papel menor
en la regulación de islas Cpg. *Regulacion epigenetica= metilación de DNA, modificaciones post
traduccionales de histonas, acetilación, metilación, fosforilación, ubiquitinacion, sumoilacion etc. *En
humanos hay 2 mecanismos principales= metilación de citocinas( metilación apaga genes) y modificación
de histonas (enciende genes). * Alelos no activos= no metilados *Alelos silenciados= metilados. *La
metilación = causa supresión de la transcripción por dos mecanismos , 1) evita la unión de RNA polimerasa y
factores de transcripción a la región promotora y 2) convierte a la cromatina de una conformación abierta a
una cerrada . *La metilación se altera durante= el desarrollo embrionario y en la gametogénesis .
*Maquinaria enzimática de metilación de DNA= herencia de patrones de metilación, DNA metil
transferasas y proteínas de unión a cpg metiladas. *Acetilacion de histonas= se correlaciona con actividad
transcripcional , el grupo acetilo neutraliza la carga positiva de las histonas y hace mas accesible al DNA .
*Genes acetilados= genes activos *Genes desacetilados= genes inactivos *Islas CpG= en promotores de
genes de mantenimiento generalmente no metiladas tambien en genes tejido-especifico , ej de epigenetica
diferenciación celular. *Epigenetica y cáncer= las células malignas van acompañadas de una hipometilacion
(inestabilidad cromosómica) global del 20-60% y una hipermetilacion (silenciamiento de genes
supresores) local islas CpG ambos sucesos son graduales. **Impronta Genomica= es la expresión
diferencial de los alelos dependiendo del sexo del progenitor del cual se hereda, un gen improntado es un gen
silenciado es decir inactivo transcripcionalmente . *Permanece durante toda la vida pero se borra y
regenera al pasar a la línea germinal a la siguiente generación . *Aproximadamente el 1% del genoma
humano esta improntado *Gen XIST gen ligado al X improntado * Impronta Genomica= es la expresión
exclusiva de genes especificos de un progenitor , y puede ser a nivel de un gen, de un cromosoma o de una
región cromosómica. *Mecanismos de alteración= a) genéticos: mutacion de genes improntados,
aberraciones cromosómicas, b)epigeneticos: disomia uniparental ambas copias de un cromosoma se heredan
de un mismo progenitor , # de cromosomas normal, mayoría de genes no improntados por lo que no tiene
efecto en el fenotipo . *Genes improntados= frecuentemente agrupados en clusters, Sx prader willi
microdelecion paterna madre pasa improntados a padres y ellos lo prenden , madre reciben gen prendido de
padre, Sx angelman microdelecion materna perdida de fn gen ube3a padre pasa gen improntado a hija y ella
lo prende tienen la misma delecion . **Herencia Mitocondrial = para que se manifieste se requiere que se
rebase el umbral, expresividad variable, puede haber salto de generaciones . *Mutaciones en el mtDNA se
rigen por las leyes de la herencia materna. *Hemoplasmia= todas las moléculas de mtDNA son idénticas
*Heteroplasmia= existen dif poblaciones de mtDNA *Efecto umbral= expresión clínica de una mutacion
mitocondrial *Todas las hijas de una madre portadora o afectada serán afectadas *Todos los hijos de un
varon afectado serán sanos **Cancer= es una enf de los genes que ocurre de manera esporádica o hereditaria
, no es una sola enf , si no un conjunto de padecimientos . *Se originan por línea germinal hereditaria o línea
somatica . *En el cáncer hay proliferación celular y con una celula mutada se va a generar una nueva celula
con la mutacion que tenga, es decir la celula se divide incontrolablemente , son secundarias a errores en la
replicación . *Etapas del cáncer= una vez iniciado se siguen acumulando mas mutaciones en genes que
reparan el DNA dañado y mantienen la normalidad citogenética . *Genes que pueden causar cáncer=
oncogenes, genes supresores de tumores ( perdida de fn, se hereda de forma autosomica recesiva), genes de
telomerasa, gend e reparación de DNA . *Loh= perdida del alelo materno o paterno debido a retinoblastoma
*GEN tp53 = guardian del genoma porque suprime la progresión del cicli celular e inicia la apoptosis
*Gen: es la unión de secuencias genómicas que codifican un conjunto coherente de productos funcionales
sobrelapados . *Genoma: conjunto de genes que contiene el programa maestro para las estructuras celulares y
actividades enzimáticas de la celula u organismo *División Celular:G0= fase de reposo o quiescencia (no
hay división), G1= fase pre-síntesis de DNA (6-12 hrs) ,S=fase de síntesis de DNA (replicación 8-10hrs),
G2=fase post- síntesis de DNA(4-6 hrs), M= fase de mitosis (1-3hrs).
*Mitosis: met=46 cromosomas cada uno con 2 cromatidas y cada cromatida compuesta por 2 hebras de DNA,
ana= 1) primero esta normal el cromosoma y se quiere como separar por el centromero da un total de 46x2, 2)
se alinean las 92 cromatidas (4n) y están separadas, 3) luego esas cromatidas están como cuando eran
cromosomas con esa forma curva pero separadas cada una hacia un lado opuesto 46+46, 4) se forman dos
nucleos hijos y en cada uno hay 46 cromosomas (2n), cada uno con una cromatida.
Caract Eu Hetero
Apariencia en interfase descondensada condensada
Localizacion cromos Brazos distales Peri y centromerica
Replicacion Fase S temprana Fase S tardia
Tip de secuencias Copia unica Secuencias repetidas
Densid genica alta Baja
Silenciamiento de genes Genes individuales Grandes dominios
Metilación de DNA Islas CpG hipometiladas Hipermetilada qrpo de BArr
Acetilacion histonas alta Baja
Espaciamiento de nucleosomas irregular Regular
Caracte Nuclear Mito
Tamaño 3.1Gb 16.6kb
#de mol DNA diferentes 23(células XX) 24 (XY) Una mol de DNA circular
# de mol x célula 46diploide, 23 en gametos Varios mils varia x tipo
Varias pro clases de histonas y
Prote asociadas Casi libre de pro
no histona
#genes q codifikn para pro ͂ 21000 13
# genes para ncRNA Desconocido actual ͂6000 24
Densidad genica ͂1/120kb no conocido 1/0.45kb
DNA repetitvo Mayor al 50% del genoma Muy poco
Transcritos multigenicos se
Individual de la mayoría de los
Transcripcion procucen de ambas cadenas high
genes
and light
Presentes en la mayoría de los
intrones Ausentes
genes
% DNA q codifik pro ͂1.1% ͂66%
61 codones para a.a y 3 de paro 60 codones para a.a y 4 de paro
Uso de codones
UAG,UAA,UGA UAG,UAA,AGA,AGG
Al mnos un evento c/par
recombinacion No evidente
homologo durante meiosis
Mendeliana para X y autosomas,
Herencia Preincipalmente materna
paterna para los gns de Y
Mitoc Nuclear
*Codificante genético: 1)estructural=polipeptido y
RNAnc, 2)regulador
*No codificante (extragenico) : intragenico e
intergenico
Codifica para 37 genes: 22tRNA, 13 polip ep de
*DNA repetitivo: 1) disperso= transposones de
fosforila oxida y 2 rRNA. Alta tasa de mutaci on
DNA y retrotransposones (LINE,SINE,LTR),
2)repetido en tándem= DNA satélite
(macrosatelite), minisatelite(VNTRs),
microsatelite (STRs)
*Genoma humano: genes q codifican cadenas polipeptidicas, genes que codifican para RNAnc, Pseudogenes
y genes procesados, DNA no codificante altamente repetido, DNA repetido en tándem, DNA repetido
disperso
*Tipos de secuencias en el genoma H. bp=pares de bases kb=kilo pb
Clase # copias distribucio %
Secuencia de copia A lo largo de la
1 50
unica cromatina
Repetido de bajo # de A lo largo de la
2-20 10
copias cromatina
DNA modradamnt Disperso a lo largo del
Aprox 500 25
repetido genoma
Agrupado en la
heterocro como DNA
DNA altamnt repetido 10mil a 500 mil satélite pero también 15
disperso en el genoma
(ej secuencias ALU)
*Secuencias repetidas en tándem 7% del genoma humano
clase tamaño Localización
Asociado a heterocromatina
6.5% del genoma unidades de 5- constitutiva
DNA satelite 171kb αDNA alfoide de 171kb esta en
Cientos de kb hetero centromerica de todos los
cromosomas
En o cerca de los telomeros ej.
Telomerico e hipervariable en
DNA mini 0.1-20kb
todos los c
romosomas
Mayor a 100 bp secuencias de 1- Distribuido a lo largo de todos
DNA micro
4bp los cromosomas
*secuencias repetidas dispersas ͂45% del genoma
clase #copias en el genoma % Localización cromosomica
Preferente en bandas G oscuras
LINE 20%
ricas en A-T
Preferente en bandas G claras
SINE 13% Familia ALU12%
ricas en G-C
Dispersas en todos los
Transposo nes LTR 9%
cromosomas
Dispersas en todos los
Transposo nes DNA 3%
cromosomas
*Tipos de variaciones observadas en la secuencia y estructura del genoma humano: 1)polimorfismo de
nucleótido sencillo =SNP ej. CC cambia a TC, *Polimorfismo=es una variación de DNA en la cual cada
secuencia posible está presente en al menos el 1% de la población. GH más de 10 millones de SNPs 1.8 en
exones *Mutacion: variación de DNA en la cual cada secuencia positiva está presente en menos del 1% de la
población. *Haplotipo: 3SNPs pueden arreglarse 2^3=8 combinaciones diferentes son haplotipos posibles, es
decir a cada combinación se le llama haplotipo
Tipo SNPs Consecuencia
En región codificante q altera seqnci a.a Causa la mayoría de las enf monogenica
En región codificante q no altera sqnci a.a Puede afectar splicing
Puede afectar el nivel, loklización o tiempo de
En regiones promotoras o de regulación
xpresion dl gen
No hay impacto conocido, sirven como
En otras regiones
marcadores
* 2)inserción-delecion= INDEL ej. GAT cambia a se elimina GA y solo queda T. tamaño de 1-10000 nt,
zonas exonicas ricas en esto generan productos con actividades de regulación a nivel de transcripción y
traducción, 7.2 kb G.H. 3)variación en # de copias=CNV existen varios #s de copias de un mismo gen G.H
12% para detectar se utiliza met CGH es hibridación (fluorocromo) genómica comparativa proporcion de
emisión en software.*Genomica comparativa: estudio de los genomas de dif especies para identificar
regiones similares u homologas. Ventajas= facilita la identificación de secuencias homologas en otro ,
identificación de polimorfismos en genes asociados a enf, bloques sintenicos= bloques DNA ortólogos
*Filogenetica molecular: relaciones evolutivas entre individuos, poblaciones y especies utilizando datos
moleculares , comparación de DNA o de proteínas, secuenciación de genomas. *alineación de secuencias:
para inferir la relacion evolutiva de varias especies utilizando datos moleculares( secuencia de nt o a.a).
*arboles filogenéticos: análisis estadístico comparativo entre dif especies permite inferir el árbol
filogenético. Raiz o nodo basal= representa el ancestro común, nodos internos=puntos de ramificación evnto
de spciacio, ramas internodos=tamaño de las ramas es proporcional al tiempo evolutivo. *Genes homologos=
derivan de un ancestro común. *Ortologos=genes homologos con fn idéntica en dif especies ej mioglobinas
de huma y caballo. *Paralogos=genes homologos con función dif en el mismo organismo, son copias
duplicadas dentro de un genoma ej cadenas alfa y beta globinas en el humano *sintenia: representa la
preservación del orden en pequeñas regiones de un cromosoma. *genes sintenicos= se localizan en el mismo
cromosoma * genes ligados= segregan juntos a menos que haya recombinación .*Tamaño de los genomas
vs complejidad . valor C= cantidad total DNA en genoma haploide de un organismo es característico de
cada especie , aumenta respecto a la complejidad del organismo *Paradoja del valor C: no existe correlacion
entre la cantidad de DNA de un organismo con el # de genes y su complejidad , ya que por ejemplo en el
humano no existe correlacion entre tamaño ,# de genes y su complejidad porque se tiene procesamiento
alternativo, mas del 50% son secuencias repetidas , existen duplicaciones , genes discontinuos (exones e
intro),
RNA Función
Regulación génica post- transcripcio y metilación
miRNA
DNA
Mediadores del proceso de transferencia sin
siRNA provocar apoptosis pueden inhibir síntesis de
mRNA
Soladadura de exones durante formación de
snRNA
mRNA, esplasiosoma
snoRNA Ayudan a procesar el pre rRNA 45S
Implicado en la inactivación del cromosoma X
XIST RNA
mediante alto empaquetamiento de cromatina
Mutación Implica
sustituciones de una pirimidina por una pirimidina
Transición
(C-T) o purina por purina (A-G)
sustituciones de una pirimidina por una purina o al
Transversiones
revez
Sinónimas No cambia la secuencia del producto génico
No sinonimas Cambian la secuencia del producto génico
Delecion/ insercion Pueden ocasionar cambio en el marco de lectura
*Estudia el Transcriptoma mediante tecnología de gran escala para análisis de los transcritos y nos puede dar
información de= población de transcritos de RNA funcionales, mecanismos de regulación de la producción
de transcritos de RNA, dinámica del Transcriptoma (tiempo, tipo de célula, genotipo, estímulos externos).
Que nos dice el Transcriptoma? Que está haciendo la célula, entonces son genes que se están expresando
activamente en un momento dado.
*Utilidades: identificar genes marcadores para diagnostico de enf como cáncer, medida aproximada de los
cambios en el proteoma y metaboloma, entendimiento de los genes y vías involucradas en procesos biológicos
ANALISIS:
1)información de la secuencia primaria (secuencia 2) nivel de transcrito presente
nucleótidos) Son para estudiar expresión de un gen 1),2)
-Clasicas , hibridacion tipo Northerm y PCR
-Purificacion de RNAm de células a tejidos,
cuantitativo (no aptas para análisis a gran escala),
Transcripcion reversa de RNAm o DNAc,
Para transcriptoma: Microarreglos de DNA,
Estructura de DNAc, PCR-RT y secuenciación del
SAGE síntesis de SST de 10-14 pb cuantificacion ,
cDNA, Secuencias parciales o completas.
# de veces. MPSS
**Proteoma: conjunto completo de proteínas expresado por el genoma en una célula o un tejido en un tiempo
particular y bajo ciertas condiciones ambientales
*Proteómica: estudio del proteoma mediante tecnología de gran escala para el análisis de las proteínas
presentes en una célula o tejido. En el humano *el proteoma es mayor que el genoma debido a que existe
procesamiento alternativo, estabilidad de proteína,modificaciones post traduccionales: fosforilación,
glicosilación etc.* Metodos de estudio de proteoma: 1) separación de proteínas (electroforesis en 2D, 1dim
pto isoeléctrico, 2adim masa molecular de la proteína), 2) identificación y secuencia parcial de proteínas
(espectrometría de masas), 3) detección de interacción proteína-proteína (Micro arreglos de proteína).*
Información de la estructura detallada de transcritos no se obtiene de la secuenciación de los transcritos si no
de los cDNAs, Genoma misma conc. naturaleza estatica, Transcriptoma y proteoma naturaleza dinámica .
**Mapa genético o de ligamiento; define distancias relativas entre los genes lo hace por eventos de
recombinación ocurridos en la región cromosómica que los contiene en cromatidas hermanas se recombinan
para variabilidad genética y para reconocerse. *Sirven para:1) mostrar posición relativa de los genes en los
cromosomas locus de una especie,2) necesario para localizar genes mediante un fenotipo observable que no
podrían identificarse por secuenciación de DNA, 3)permite buscar genes asociados con una enfermedad o
detectar variaciones entre individuos. *Marcadores genéticos: Vntrs, strs, snps *Genes ligados: genes que se
heredan juntos (segregan juntos a menos que haya recombinación) *Genes sintenicos: que se encuentran en
el mismo cromosoma *Entrecruzamiento entre cromatidas :Para llevarse a cabo debe haber por lo menos
un evento de recombinación entre cromatidas no hermanas de cromosomas homologos apareados *Solo 2/4
cromatidas están involucradas en un entrecruzamiento particular *El entrecruzamiento tiene como
consecuencia el intercambio de segmentos y la formación de cromosomas recombinados *Analisis de
pedigrí: revela el resultados de los entrecruzamientos como recombinación genética *Ligamiento genético:
tendencia de ciertos loci o alelos para heredarse juntos puede ser *2 genes que están muy cercanos en el
mismo par de cromosomas no segregan independientemente en la meiosis *2 genes muy apartados en el
mismo cromosoma también pueden segregar independientemente en la meiosis *2 genes en cromosomas
separados segregan independientemente en la meiosis *Distancia entre genes: cuando 1/100 producto es
recombinante *1% de recombinación= 1 evento de recombinación en 100 meiosis (1cM=1m.u map unit)
*Genes muy lejanos en el mismo cromosoma o en dif cromosoma tienen la misma probabilidad de segregar
juntos o separados *50% indica recombinación *Menor al 50% indica ligamiento *A mayor distancia
mayor frecuencia de recombinación *Cuando los genes están ligados hay mayor # de progenie parenteral
que progenie recombinante *Se necesita meiosis informativas (si podemos decir que el gameto es
recombinante o no) *Valor LOD = log de la probabilidad de que 2 loci estén ligados se asume que están
ligados si LOD es mayor o =3 *Pba X2 permite calcular los cromosomas recombinados vs no recombinados
*Quiasma= entrecruzamiento entre cromatidas homologa no hermanas *Limitaciones: 1) depende del # de
quiasmas o entrecruzamiento, 2)hot spots regiones de baja recombinación 3) cambia la distinción /
marcadores **Mapa físico: basados en el análisis directo de moléculas de DNA genómico (pb), determinan
el orden y espacio de los segmentos de DNA c/u identificado para una secuencia especifica. *en el genoma
humano:
Mapa fis de resolución más bajo: es el patrón de Mapa fis de más alta resolución: es la secuencia
bandas en los 24 cromosomas completa de nucleótidos en cromosoma
Metodos de mapeo físico:
1)Mapas de restricción se ponen enzimas de 2)uso de marcadores genéticos polimórficos
restricción RFLPs, mini y microsatelites (STR,SNPs)
4)células somaticas hibridas roedorvshuma
3)FISH hibridacion in situ fluorescente
secuenciacion donde está ubicado cada nucleótido
**Patrones de herencia Mendeliana: 1ª Ley de Mendel segregación característica observable por cada
par de alelos, cada gameto contiene un alelo . 2ª Ley de Mendel ley de la segregación independiente
variabilidad gracias a recombinación proporción 9:3:3:1 1)alelo = forma alternativa de un gen ,
2)homocigoto= mismos alelos de un gen, 3)heterocigoto=dif alelos de un gen, 4)alelo dominante= alelo que
se expresa en el heterocigoto, 5)alelo recesivo=alelo que se expresa en el homocigoto pero no en el
heterocigoto, 6)GENOTIPO= conjunto de alelos en la constitución génica de un individuo con todos los loci
en un solo locus 7)FENOTIPO= característica observable o medible de un gen *Heterogeneidad alelica (un
gen): dif mutaciones en el mismo locus ej enf duchenne/Becker *Heterogeneidad de locus: mutaciones en
genes en dif loci ej osteogenesis imperfecta tipo2 *Dominancia completa: el fenotipo de un homocigoto para
el alelo dominante es indistinguible del fenotipo del heterocigoto, el fenotipo del individuo heterocigoto es el
de uno de los progenitores ej Rr liso,Vv amarillo *Dominancia incompleta: para 2 alelos que muestran
dominancia incompleta el fenotipo muestra un fenotipo intermedio entre los 2 padre homocigotos , el fenotipo
de un heterocigoto es dif del fenotipo de ambos fenotipos parentales ej flores rojas x flores blancas= flores
rosas *Codominancia: no hay alelo dominante y el fenotipo de ambos alelos se encuentra completamente
expresado ej grupo sanguíneo AB0 *Autosomico dominante: individuos afectados general heterocigotos,
patrón de herencia vertical ind afectados en todas las generaciones, cada persona afectado tiene un padre
afectado, cada hijo de un afectado tiene 50% , afecta por = a hombres y mujeres ej acondroplasia (enanismo,
mecanismo ganancia de fn del FGFR3, homo dominan), enf de Huntington ( falta de penetrancia, perdida
selectiva de neuronas, neurodegenerativa Gen HTT, IT15 huntingtina 4p16.3), polidactilia,
hipercolesterolemia familiar.
*Penetrancia: probabilidad de que un gen mutante se manifieste *Mutaciones de novo: puede afectar a la
línea germinal( el individuo lo adquiere por herencia de padres, pueden ocurrir de novo en una célula
germinal de alguno de los padres, todas las células del cuerpo que las hereda tienen la misma mutación, ej enf
hereditarias) o a la línea somática ( mutaciones adquiridas en el transcurso de la vida, se producen en
cualquier celula del cuerpo menos en células germinales que dan origen a gametos, no se heredan a su
descendencia, es portada únicamente por la celula afectada y sus hijas son clonas, el individuo es un mosaico,
ej cáncer) , en el 1er caso el individuo no manifestara la enf pero transmitirá el alelo mutado, 2do caso el
individuo manifiesta la enf pero no transmite el alelo mutado, 3er caso el grado de manifestación dependerá
del # de células somáticas afectadas y del tipo de mutación *Autosómica recesiva : patrón de herencia
horizontal, uno o + hijos afectados, padres de hijos afectados son generalmt normales, hijos afectados posible
resultado de uniones consanguíneas, afecta = homb y muje. Ej fibrosis quística CFTR 250kb, 27 exones
insuficiencia pancreática. *AR Herencia ligada al X: afecta a varones, no hay transmisión de padre a hijo ,
padres de hijos varones afectados son sanos, madres portadoras, ej ceguera al color, hemofilia (mutacion se
genera una proteína truncada con baja/nula actividad), distrofia muscular de duchenne/Becker, sx Hunter.
*Herencia dominante ligada al X: no hay transmisión varon varon , varon afectado + pareja sana= 100% hijas
afectadas y 100% hijos sanos, puede ser letal en varon , ej sx de Rett ( 1:12500 niñas neurodegenerativo
materia gris del cerebro, letal en varon MECP2 Xq28 , 95% mutacion de novo *Holandrica: ligada al Y, se
manifiesta independientemente si sean dominantes o recesivos, de padre a todos los hombres , deleciones
intesticiales Yq son causa importante de infertilidad pero no hay hijos. *Herencia limitada por el sexo: están
determinadas por genes situados en el segmento homologo de los cromosomas sexuales. La calvicie es
dominante en los hombres y recesivo en mujeres, canc cervicouteri. *Haploinsuficiencia: algunos genes
expresan un fenotipo anormal cuando no se encuentran en la dosis génica adecuada, la proteína que produce
el alelo normal no es suficiente para garantizar una fn normal. *Dominancia negativa: el producto de un gen
defectuoso interfiere (alelo mutante) con la fn del alelo normal puede destruir la actividad *Ganacia de fn:
hay varios pero solo vemos 1 , se sobreexpresa un gen