Cinética Enzimática
Cinética Enzimática
Cinética Enzimática
DISCIPLINA
BIOQUMICA
Ano Lectivo de 2013/2014
Aula n 12
28 MAR
Laboratrio 46
Cintica enzimtica
Reaes enzimticas com um substrato e com mais de um substrato. Equao de MichaelisMenten. Equaes cinticas e definio de parmetros cinticos. Mtodos de clculo dos
parmetros cinticos.
Regulao da atividade enzimtica. Inibio reversvel e irreversvel; mecanismos cinticos de
inibio.
Efeitos cooperativos e alostricos. Enzimas (protenas) alostricas, caractersticas estruturais e
conformao das enzimas alostricas. Regulao alostrica.
Problemas sobre cintica enzimtica.
Material de estudo: diapositivos das aulas, bibliografia recomendada e textos de apoio.
Principais factores que afectam a velocidade das reaces catalisadas por enzimas:
- Concentrao de enzima
- Concentrao do substrato
- Temperatura
- pH
O melhor mtodo de investigar o efeito de cada um destes factores ser fazer variar
cada um de per si (mantendo os outros constantes) e determinar a alterao
produzida na velocidade da reaco enzimtica como consequncia dessa variao.
= k [E]
a temperatura exerce dois efeitos antagnicos sobre o sistema enzimtico. Por um lado
aumenta a velocidade inicial (ou verdadeira actividade cataltica) da enzima, por outro conduz
a uma progressiva inactivao das molculas da enzima. A conjugao dos dois efeitos
conduz definio de uma temperatura ptima.
Binding of substrate to
enzyme
The ionization states of the
amino acid residues involved
in the catalytic activity of the
enzyme
The ionization of the
substrate
The variation of protein
structure (significant at
extremes of pH)
Teoria de Michaelis-Menten
Para uma reacao enzimtica que segue a cintica de Michaelis-Menten, o grfico da velocidade inicial da
reao (v) em funo da concentrao de substrato (S) e uma hiprbole rectangular da forma
De acordo com a teoria de Michaelis e Menten, para uma reaco enzimtica com um nico substrato,
a enzima livre (E) e o substrato (S) esto permanentemente em equilbrio com o complexo ES durante a
reaco:
(1)
De acordo com esta teoria, a primeira equao traduz uma simples dissociao e a transformao de ES
(segunda equao) ser um processo muito mais lento do que aquela dissociao. Por outras palavras, a
constante k2 ser muito mais baixa do que k1. Portanto, a velocidade de formao do produto
(velocidade da reaco enzimtica, v) no estar dependente da velocidade de formao do complexo
ES, mas apenas da taxa de decomposio deste complexo, isto ,
(2)
A constante de dissociao de ES, Ks, pode facilmente ser determinada a partir de cima, pois corresponde
ao inverso da constante de equilbrio desta equao e viria a receber a designao de constante
de Michaelis (Km). Portanto ser:
(3)
A conjugao das equaes (2) e (3) permite obter a equao de Michaelis-Menten do seguinte modo:
(4)
Substituindo [ E ] na equao (3) fica
(5)
Resolvendo em ordem a [ ES ] fica
(6)
Substituindo agora o valor de [ ES ] na equao (2) vir
(7)
Repare-se no significado de k2 [ET] nesta equao. Quando a concentrao do subtrato for muito elevada,
todas as molculas da enzima estaro ligadas a molculas do substrato ([ET] = [ES], enzima saturada)
e a enzima estar funcionando ao mximo da sua velocidade; portanto, do ponto de vista terico, poder
escrever-se nessas condies - ver equao (2):
(8)
A substituio deste valor na equao (7) fornecer finalmente a equao de Michaelis-Menten:
(9)
Uma vez que a relao entre a varivel independente S e a varivel dependente v e no-linear, Michaelis e
Menten (1913) reconheceram desde logo que no era prtica a determinao de Vmx e Km a partir da
equao da hiprbole. Para tal,contribuia o facto de haverem restries de natureza fIsica, as quais tornam
apenas posslvel a medio de v para valores positivos e finitos de S. No era assim fcil determinar com
rigor aqueles parmetros, j que as assimptotas no podem ser localizadas com preciso; alm disso, era
difIcil traar com rigor uma hiprbole rectangular.
A equao de Michaelis-Menten pode hoje ser representada de maneira diferente para a determinao de
Vmx e Km, a partir de uma srie de medies da velocidade inicial a diferentes concentraes de substrato:
uns mtodos so simples, rpidos e expeditos, mas de menor preciso; outros so mais precisos e
complexos, complexidade esta apenas aparente dada a possibilidade de utilizao de computadores cada
vez mais exactos e rpidos. De todos eles, apenas faremos referncia a cinco, por serem talvez os de
utilizao mais corrente. Dentro destes, os trs mais conhecidos resultam de transformaes lineares da
equao de Michaelis-Menten.
A teoria/equao de Michaelis-Menten aplica-se apenas a reaces qumicas catalisadas por enzimas com
um s substrato.
Contudo, a maioria das reaces enzimticas do metabolismo celular so reaces com mais de um
substrato. A cintica enzimtica destas reaces consideravelmente mais complexa. Por este motivo, e
apenas no caso das enzimas que seguem a cintica de Michaelis-Menten, utiliza-se comummente um
truque: satura-se a enzima relativamente a todos os seus substratos com excepo daquele que se
pretende estudar, ficando assim a velocidade da reaco a depender da concentrao de um nico
substrato.
poder nunca chegar a verificar-se na prtica. Briggs e Haldane, em 1925, consideraram no ser
necessrio admitir a existncia de um equilbrio de dissociao entre ES e E + S, mas aceitar antes
o princpio de que as concentraes dos intermedirios do processo enzimtico (ES nas reaces de um
s substrato) permaneciam constante durante a reaco. Portanto, era sugerido que durante a reaco
enzimtica
Usando o postulado acabado de referir, Briggs e Haldane desenvolveram uma teoria em que relacionaram
a velocidade da reaco enzimtica com a concentrao do substrato, obtendo uma equao idntica de
Michaelis-Menten. A diferena fundamental entre as duas equaes refere-se ao significado da constante
Km. Enquanto que segundo a teoria de Michaelis-Menten Km uma constante de dissociao igual a k-1/k1,
segundo a teoria de Briggs-Haldane a nova constante, Km1, tem o valor:
ou
Vindo Km1 a igualar Km quando k2 for muito mais pequeno do que k1. Relembre-se que esta foi a premissa
admitida por Michaelis e Menten, o que mostra ser a sua teoria um caso particular da teoria do steady-state.
Sendo a equao 9 a expresso matemtica de ambas as teorias, e no se fazendo normalmente distino
grfica entre as constantes Km1 e Km, deve-se pois ter cuidado em exprimir correctamente o valor de Km
quando tal for necessrio.
Mtodos de clculo de
Vmx e Km
Michaelis-Menten theory
Maud Menten
Leonor Michaelis
Esta equao mostra que a representao grfica de 1/v em funo de 1/S uma recta, com derivada
igual a Km/Vmx, ordenada na origem igual a 1/Vmx e abcissa na origem igual a -1/Km
Comentrios
-Grande popularidade.
- No deve ser utilizado. imperfeito do ponto de vista
estatstico. o pior de todos os mtodos.
- Principal defeito: tomando o inverso de v, os menores
valores de v (que so precisamente aqueles valores
que tm maior percentagem de erro) desempenham um
papel exageradamente importante na determinao da
posio da recta ajustada ilustrado pelas barras
verticais da figura, as quais correspondem todas mesma
amplitude de erro em v.
Grfico de Lineweaver-Burk ou "double reciprocal
plot". As barras verticais correspondem a um erro
de 0,05.Vmx em v.
Enzymes can be inhibited competitively, when the substrate and inhibitor compete for binding to the same
active site or noncompetitively, when the inhibitor binds somewhere else on the enzyme molecule
reducing its efficiency.
The distinction can be determined by plotting enzyme activity with and without the inhibitor present.
Competitive Inhibition
In the presence of a competitive inhibitor, it takes a higher substrate concentration to achieve the same
velocities that were reached in its absence. So while Vmax can still be reached if sufficient substrate is
available, one-half Vmax requires a higher [S] than before and thus Km is larger.
Noncompetitive Inhibition
With noncompetitive inhibition, enzyme molecules that have been bound by the inhibitor are taken out of the
game, so enzyme rate (velocity) is reduced for all values of [S], including Vmax and one-half Vmax but
Km remains unchanged because the active site of those enzyme molecules that have not been inhibited is
unchanged.
2 - Mtodo de Hanes
Multiplicando ambos os membros da equao de Lineweaver-Burk por S obtm-se a equao de Hanes:
Esta equao mostra que a representao grfica de S/v em funo de S uma recta, com derivada igual
a 1/Vmx, ordenada na origem igual a -Km/Vmx e abcissa na origem igual a Km.
Comentrios
- imperfeito do ponto de vista estatstico. Melhor que o mtodo
de Lineweaver-Burk porque os erros em v reflectem-se mais
homogeneamente em S/v do que em 1/v.
- Tal como no mtodo anterior, tomando o inverso de
V, d-se nfase exagerado aos valores mais baixos de v, que
so precisamente os valores que tm maior percentagem de
erro.
- A varivel independente, S, aparece em ambos os membros da
equao, de tal modo que um grfico de S/v em funo de S
mostra um certo grau de correlao inevitvel - inevitvel no
sentido em que, mesmo se v e S
fossem variveis aleatrias independentes, as variveis S/v e S
estariam correlacionadas entre si. Esta correlao inevitvel,
sendo positiva,tende a fortalecer a correlao observada entre
as duas variveis porque a relao terica contida na equao
Grfico de Hanes. As barras verticais
correspondem a um erro de 0,05.Vmx em v. de Hanes tambm positiva.
- Este mtodo tem o inconveniente de no separar as variveis S
e v.
3 - Mtodo de Eadie-Hofstee
Multiplicando ambos os membros da equao de Lineweaver-Burk por v.Vmx e rearranjando a equao,
obtm-se a 3 transformao linear da equao de Michaelis-Menten: a equao de Eadie-Hofstee:
Esta equao mostra que a representao grfica de v em funo de v/S uma recta, com derivada igual
a -Km, ordenada na origem igual a Vmx e abcissa na origem igual a Vmx/Km.
Comentrios
- imperfeito do ponto de vista estatstico.
- Sofre, em menor extenso, do mesmo inconveniente
estatstico que o mtodo de Lineweaver-Burk, com a
complicao adicional de que ambas as variveis so
afectadas pela variabilidade experimental em v.
- O facto de v aparecer em ambos os membros da equao
provoca um certo grau de correlao inevitvel entre as
variveis v e v/S de tal modo que, mesmo quando S e v so
duas variveis aleatrias independentes, as variveis v e v/S
esto relacionadas entre si. Esta correlao, sendo positiva,
tende a enfraquecer a correlao observada entre as
variveis no grfico, j que a relao terica dada pela
equao entre v e v/S negativa.
Grfico de Eadie-Hofstee. As barras oblquas
correspondem a um erro de 0,05.Vmx em v.
Ento, se tratarmos Vmx e Km como sendo variveis e v e S como constantes, esta equao define uma
linha reta, com derivada v/S, ordenada na origem v e abcissa na origem -S. Cornish-Bowden (1979) refere
que isto no to estranho como pode parecer primeira vista - com efeito, uma vez S e v medidos
experimentalmente, eles passam a ser constantes j que qualquer anlise dos resultados os mantm
inalterados; em relao a Vmx e Km, eles podem ser tratados como variveis enquanto no forem
estimados os seus valores.
Assim, neste mtodo, cada par de valores experimentais (Si,vi) origina uma recta num grfico que
representa Vmx em funo de Km.
Modelo terico
Modelo real
Na prtica, como as observaes esto sujeitas a
erro, no h um nico ponto, comum
interseco de todas as rectas. O grfico que
normalmente se obtm est representado na
figura. Neste caso, cada interseco fornece uma
estimativa inicial de Km e de Vmx. Estas
estimativas so marcadas em ambos os eixos
coordenados. As melhores estimativas
a tomar para Km e Vmx sero as medianas das
respectivas estimativas iniciais.
As melhores estimativas dos parmetros Km e
Vmx so dadas por:
Km*= mediana dos valores de Km i,j
Vmax* = mediana dos valores de Vmax i,j
Este mtodo foi intitulado de "direct linear plot
porque representa cada observao por uma recta
e porque fornece directamente os valores de
Vmx e Km, isto , a representao grfica linear
e a sua leitura directa.
5 - Ajustamento directo de uma hiprbole rectangular aos pontos experimentais, pelo mtodo dos mnimos quadrados
A equao de Michaelis-Menten tal como usualmente escrita est incompleta, j que ignora o efeito do erro
experimental. Por isso, mais correcto escrev-la sob a forma:
com i = 1, 2, ..., n, em que ei mede o desvio relativo do valor observado vi do valor calculado
Vmx.Si/(Km+Si). O erro (1+ei) aparece na equao como um factor e no como um erro aditivo, pois tal
parece corresponder a uma situao mais exacta.
Quando a equao de Michaelis-Menten expressa sob esta forma, fcil concluir porque que as
transformaes lineares atrs referidas originam resultados pouco precisos.
Pondo a expresso de cima em funo de ei vir:
Interessa-nos pois obter a equao da hiprbole rectangular que faa ei o mnimo possvel - basta para
isso aplicar o mtodo dos mnimos quadrados.
Problemas de Enzimologia
Solues
FIM