IACC COVID-19 Webinar.

May 16th 2020

Preanalitic In SARS CoV-2 RT-PCR

DR. Dr. Anggraini Iriani, SpPK
Hasil RT-PCR SARS CoV-2 Dipengaruhi Oleh

• Waktu pengambilan yang tepat: saat jumlah virus banyak di target organ
• Waktu pengambilan: tidak terlalu dini, tidak terlambat, pada masa infeksi
• Jenis spesimen: saluran nafas atas, saluran nafas bawah
• Teknik pengambilan: NP, OP, sputum
• Kualitas sampel yang baik: penangan sampel, identitas sampel, transportasi & penyimpanan
• Proses ekstraksi yang baik
Preanalitik Pemeriksan PCR SARS CoV2

Waktu Jenis Teknik

Pengambilan Spesimen Pengambilan

Media & Transportasi &

Dekontaminasi
Bahan Penyimpanan
1. Waktu Pengambilan
 Waktu Pengambilan

• Kapan spesimen swab PCR diambil?

à Sesegera mungkin
• Siapa yang memerlukan swab PCR?
à Orang dengan status klinis OTG, ODP, PDP;
gejala ringan, sedang, berat

Pedoman Pencegahan dan pengendalian infeksi Covid-19. Revisi ke-4. Maret 2020. Kementrian Kesehatan RI
 Waktu Pengambilan

• False negative result mainly occurred due to

inappropriate timing of sample collection in
relation to illness onset and deficiency in
sampling technique, especially of
nasopharyngeal swabs.
• False positive results may occur due to technical
errors and reagent contamination.

Lippi G, Simundic AM, Plebani M. Potential preanalitic and analytical vulnerabilities in

the laboratory diagnosis of Covid 19. Clin Chem Lab Med 2020.
Sethuraman, MD, Jeremiah SS, Ryo A. Interpreting diagnostic test for sars cov 2.
JAMA. Publish online May 6, 2020.
 Viral Load Kinetics

• Viral loads peaking ± 10 days after symptom onset

• Higher viral loads detected in the nose than in the
throat.
• The viral load that was detected in the asymptomatic
patient was similar to that in the symptomatic patients,
which suggests the transmission potential of
asymptomatic or minimally symptomatic patients.

Zou L, Ruan F, Huang M, et al. SARS-CoV-2 viral load in upper respiratory specimens of infected patients. N Engl J Med 2020. 382 (12). Published online Feb 19. DOI:10.1056/NEJMc200173.
 Viral Load Kinetics

• Mild cases were found to have an early viral

clearance, with 90% of these patients repeatedly
testing negative on RT-PCR by day 10 post-onset.
• All severe cases still tested positive at or beyond day
10 post onset.

PCR Positive Serial Test

25

20

OTG, ODP, PDP gelaja 15

ringan, sedang* 10

0
D0 D7 D 14

Liu Y, Yan LM, Wan L, et al. Viral dinamics in mild and severe cases of covid 19. Lancet Infect Dis 2020. https://doi.org/10.1016/ S1473-3099(20)30232-2
*Anggraini Iriani, Fitri Yanti. Unpublish. Secondary data. Jakarta Islamic Hospital May 2020
2. Jenis Spesimen
 Jenis Spesimen

Upper Respiratory Specimens: Lower Respiratory Specimens:

• Nasopharyngeal specimen (NP) • Patients with more severe complications
• Oropharyngeal specimen (OP) • Sputum à Patient who develop a productive
• Nasal mid turbinate swab cough

• Nasal swab (anterior nares) • Induction sputum is not recommended

• Bronchiolvelor lavage à patient who receiving
• Nasopharyngeal wash or aspirate
invasive mechanical ventilation
 Spesimen Saluran Nafas Atas

• Swab nasofaring (NP) à direkomendasikan CDC

• Swab orofaring (OP)
• NP dan OP dapat dilakukan keduanya dan dimasukan ke 1 media VTM untuk meningkatkan
sensitivitas à direkomendasikan CDC, WHO, PAHO
• Swab nasal mid turbinate (NMT)
• Swab nasal /anterior nares (NS) à onsite, self collected

CDC. Interim guidelines for collecting, handling, and testing clinical specimen for Covid-19. 5 Mei 2020
CDC. Interim guidelines for collecting, handling, and testing clinical specimen for Covid-19. 14 April 2020
 Hasil Positive Berdasarkan Jenis Sampel

NP +OP

* Type of Oropharyng Nasopharyng Nasopharyng +

Specimens swab (OP) swab (NP) Oropharyng (NP+OP)

6/176 96/445 57/160

Positive 18.9 %
3.4 % 21,5 % 26.2 % 7.6 %
result

Wang W, Xu Y, Gao R. Detection of SARS CoV2 in different type of clinical specimen. JAMA. 2020; 323(18):184
Wang X, Tan L, Wang X, et al. Comaprison od nasopharyngeal and oropharyngeal swab for SARS CoV 2 detection. Int J Inf Dis 2020. 94: 107-9
*Anggraini Iriani, Fitri Yanti. Unpublish. Secondary data. Jakarta Islamic Hospital May 2020
 Spesimen Saluran Nafas Bawah

• Spesimen saluran nafas bawah /sputum: untuk pasien yang batuk dengan produksi sputum
• Induksi sputum tidak direkomendasikan
• Pasien berkumur dengan air, pasien mengeluarkan dahak dengan dibatukkan. Pastikan yang
dikeluarkan sputum, bukan liur.
• Masukan sputum dalam wadah bermulut lebar, dengan tutup berulir
• Prosedur ini potensi aerosol, Lakukan di ruangan khusus (dengan tekanan negatif)
• Pada pasien dengan ventilasi mekanik, sampel saluran nafas bawah dapat diambil bilasan
bronkus

CDC. Interim guidelines for collecting, handling, and testing clinical specimen for Covid-19. 5 Mei 2020
3. Teknik Pengambilan
 Teknik Pengambilan Sampel

• Pengambilan swab yang baik memberikan hasil PCR yang baik

• Staf harus terlatih, mengisi log book
• Pada anak, bisa dilakukan sampel nasal swab (NS) / nasal mid turbinate (NMT) / OP, NP
• Perkirakan panjang swab dari hidung ke lobulus aurikularis
• Anak bisa dipangku oleh orang tua nya
• Swab post mortem: dilakukan sesegera mungkin < 2 jam (sebelum rigor mortis)
 Teknik Swab Nasofaring

• Masukan batang swab melalui nares, sejajar palatum,

hingga mencapai dinding nasofaring.
• Putar berlahan, biarkan beberapa detik untuk menyerap
sekresi.
• Tarik batang swab sambil diputar
• Lakukan pada kedua lubang hidung, menggunakan swab
yang sama
• Kontraindikasi:
Trauma hidung/ operasi daerah hidung; deviasi septum;
obstruksi cavum nasal; koagulopati berat

Marty F, Chen K, Verrill KA. How to obtain a nasopharyngeal swab specimen. NEJM 2020.
 Teknik Swab Orofaring

• Masukan lidi swab ke area posterior faring dan

area tonsil
• Usapkan swab beberapa kali pada daerah arkus
(5 panah merah), diantara kedua tonsil dan
bagian belakang orofaring
• Hindari menyentuh lidah, gigi, dan gusi
• Dapat dibantu dengan spatel tongue

Public health England. Gov UK. April 2020.

 Nasal Swab Mid Turbinate Swab

• Dapat dilakukan sendiri / drive thru • Dapat dilakukan pada anak, sesuaikan
ukuran cincin pembatas
• Masukan 1 cm flocked swab ke dalam
membran hidung • Tengadahkan Kepala 70O, masukan swab
hingga cincin pembatas (± 2 cm)
• Putar melingkar 2x dan diamkan selama
15 detik • Putar melingkar 2-3 x, diamkan selama 5
detik
• Lakukan pada kedua hidung,
menggunakan swab yang sama • Lakukan pada kedua hidung, menggunakan
swab yang sama
 Lokasi Sampling

• Ruangan khusus terpisah, jangan di ruang sampling

laboratorium
• Tidak perlu ruangan bertekanan negatif
• Ruang pengambilan swab PCR : Red zone
• Zona merah: akses terbatas, APD level 3,
dekontaminasi
• Posko, tenda, drive thru
4. Media & Bahan
 Media

• Viral transport media (VTM)

• Universal transport media (UTM)
• Volume 1 ml, atau 3 ml
• Jangan mengunakan media transport cair/ gel untuk kultur bakteri
• Dapat menggunakan saline steril bila tidak tersedia VTM, harus langsung segera
dikerjakan/ segera dikirim
• Indikator mutu VTM: warna pink à media baik; warna orange à media tidak baik
• Penyimpanan VTM dalam waktu lama -20OC, turunkan ke suhu 4OC saat akan dipakai
 Bahan

• Swab steril, sintetik dengan bahan dacron, nilon, rayon

• Batang plastik/ kawat lentur, steril, bisa dipatahkan batang nya
• Jangan gunakan swab calcium alginate atau swab kapas dengan batang kayu à inaktivasi
virus & menghambat reaksi PCR
• Sputum: pot sputum steril, bermulut lebar dan tutup berulir.

Oropharing swab

Mini tip Nasopharing swab

Floked swab
5. Transportasi dan Penyimpanan Spesimen
 Transportasi Spesimen

• Sampel dalam VTM, bisa disimpan

• Sampel dalam media NaCl (harus segera)
• Kirim sesegera mungkin
• Kirim dalam rantai dingin suhu 4-8OC
• Kirim ke laboratorium rujukan dalam ice pack/ dry ice
• Seal dengan parafilm
• Triple layer packing

CDC Schematic for packaging, UN 3373, Category B

 Triple Layer Packing

Lapis 3:
Lapis 1: Lapis 2:
- Sampel dimasukan dalam cold box
- Swab dimasukan dalam tabung - Masing masing tabung
berisi ice pack
media VTM VTM dibungkus plastik
- Letakan sampel diantara kertas
- Tabung di tutup bersegel
aluminum
- Diberi identitas pada badan tabung
- Dikirim dengan memperhatikan
- Disegel dengan parafilm
suhu pengiriman
Penyimpanan Spesimen

• Sampel segera dikerjakan atau segera kirim

ke lab rujukan
• Sampel dapat disimpan pada suhu 2-8OC
(posisi packing layer 2)
• Bisa disimpan sampai 5 hari pasca swab
• Jika > 72 jam atau memerlukan pengiriman
luar daerah, freezing -20 OC atau -70OC
• Hindari cair dan beku berulang
 Identitas Spesimen

• ID pasien (Nama, No Rekam Medis)

• Label identitas dilakukan disamping pasien
• Cantumkan RS pengirim
• Jenis spesimen: NP/OP
• Tanggal pengambilan sampel
• Sertakan fomulir Penyelidikan Epidemiologi (PE)
dari Kemkes
• Formulir Inform concent

CDC Schematic for packaging, UN 3373, Category B

6. Dekontaminasi
 Desinfektan Untuk Sampel SARS CoV-2

• Dekontaminasi dengan larutan disinfektan yang dapat bekerja pada enveloped virus
• Rekomendasi CDC:
• Sodium hypochlorite (bleach) (e.g. 1,000 ppm (0.1%) untuk desinfektan permukaan,
dan 10,000 ppm (1%) untuk disinfektan tumpahan spesimen
• Etanol 62-71%
• Hydrogen peroxide 0.5%
• Quaternary ammonium compounds and phenolic compounds
• Waktu kontak 10 menit
• Limbah laboratorium pemeriksaan spesimen SARS CoV-2 : limbah infeksius, masukan kantong kuning, tidak
ada perlakuan khusus

CDC. Interim recommendation for community facility with suspected/ confirmed Covid 19. April 1 2020.
List N disinfectant for use against sars cov 2. United state environmental protection agency. May 14 2020.
Thank You