Anatomie structurale et fonctionelle

Des bactéries

- INTRODUCTION-

LE MONDE BACTÉRIEN
2ème année de Médecine - FMPA
2022-2023

[email protected]
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Quelques évènements historiques

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 Anthonie van Leewenhoek 1632-1723
1673 : fut le premier à observer les bactéries
animalcules

3
 1822-1895
1843-1910 Louis pasteur
Robert Koch

1861 : La fermentation du lait , les maladies infectieuses ,la transmission des maladies

4
1968, R.G.E.Murray

5
Principaux caractères distinctifs des procaryotes et des eucaryotes :

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 Caractères Procaryotes Eucaryotes
Taille habituelle 0,1-10 µm 2-200µm
Noyau avec membrane Non Oui

Nombre de chromosome 1 >1

Réplication par mitose Non (scission) Oui

Position de l’ADN Nucléoide Noyau

ou plasmide et organites intracellulaires
Organite intra-cellulaires Non Mitochondrie, Golgi,
chloroplastes
Membranes avec sterols Non souvent
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 Agents infectieux chez l’homme
Élément Microorganisme Microorganisme Animaux
biologique Procaryote Eucaryote
subcellulaire
Prions (molécule Bactéries classiques Champignons Helminthe: vers
protéinique) Levures parasites
(mm à +++ m)

Virus (20-200nm) Mycoplasmes Protozoaires Arhropodes :

(1-150µm invertébrés
(de mm à qq cm)
Chlamydiae

Prions : molécules protéiques qui occasionnent des maladies dégénératives du SNC

(ex : encéphalopathie spongiforme transmissible )
8
9
La taille des microorganismes

10
Les bactéries

ANATIOMIE
FONCTIONNELLE
STRUCTURALLE

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Objectifs pédagogiques :

❖Comprendre les fonctions des composants

bactériens .
❖Comprendre le rôle de chaque élément de la cellule
bactérienne dans la physiopathologie des infections
humaines .

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Plan

•Définition
•Structure générale de la bactérie
-Structures obligatoires
-Structures facultatives

•Méthodes d’études

• Conclusion
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Définition d’une bactérie :
uni-cellulaire, procaryote,
de petite taille ,
de formes différentes ,

doués d’un pouvoir de multiplication autonome.

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A- Structure générale d’une bactérie

Ribosomes
Paroi Pili
on distingue :

✔ Des structures obligatoires

✔ Des structures facultatives

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Structures obligatoires :

- Paroi (sf chez Mollicutes) Enveloppe

- Membrane cytoplasmique Enveloppe
- Cytoplasme (ribosomes) intracytoplasmique
- Appareil nucléaire information génétique

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Structures facultatives :
- Capsule Enveloppe

- Plasmides information génétique

- Flagelles appendices filamenteux
- Pili ou fimbriae appendices filamenteux

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1- les Enveloppes:
1-1 La capsule:
*structure bien organisé,
* condensé, aspect d’un gel
* constituée de polysaccharides acides (exo-polysaccharide de surface )
*mise en évidence possible par Gram ou par encre de chine

Pneumocoque (Gram)

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* Rôle de la capsule :
* empêche la phagocytose ↔ virulence des bactéries
*antigénique (Ag K) → formation d’anticorps protecteurs
→ une base de certains vaccins : Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae

* peut se trouver à l'état soluble dans les liquides de l'organisme

→ emploi dans le diagnostic = recherche d'antigène soluble.

* intervient dans l'identification infra-spécifique (typage )

> une des méthodes d’investigation des épidémies

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21
1-2 : la paroi
Enveloppe rigide
Assure l'intégrité de la bactérie,
Responsable de sa forme

Elle est absente chez les Mollicutes (Mycoplasma)

le peptidoglycane

Structure variable (-/+/Mycobactéries)

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23
 1-2 : la paroi

1-2-1 : le peptidoglycane

* macromolécule réticulée faite de chaînes

polysaccharides et de pentapeptides reliés entre eux.

intérêt médical : Certaines étapes de biosynthèse

peuvent être entravées par certains antibiotiques ou
encore par certains enzymes (lysozyme).

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Peptidoglycane de

Gram négatif →

Peptidoglycane de
Gram positif →

25
26
PLP « Protéines Liant la Pénicilline » 27
 1-2-2 : paroi des bactéries à Gram positif

* principal constituant = peptidoglycane associé à divers

constituants (peu protéines, polysaccharides, acides teïchoiques ((=
antigènes importants), acides lipoteichoiques …)
* d’aspect homogène
* paroi épaisse 20-80 nm

*pauvre en lipides (1-2%)

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 1-2-3 : paroi des bactéries à Gram négatif

* couche mince de peptidoglycane : 2.5 nm

* la membrane externe comporte :

** des lipopolysaccharides (LPS) avec un lipide A++++

+ 1 partie polysaccharidique externe qui porte les antigènes O
(spécifique de sous-espèces ou de types)
** Phospholipides
40% ** des protéines formant des canaux (porines):
fonctions diverses de perméabilité (sélective ou non).
* espace périplasmique : peut contenir des enzymes
inactivant certains ATB (hydrolytiques ,bétalactamases …)
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30
1-2-3 : paroi des bactéries à Gram négatif

1-2-3-1 : la membrane externe :

-Role dans la physiologie bactérienne de la membrane externe :
-permet la diffusion des nutriments
-empeche la pénétration de certaines grosses molécules
-Résistance aux facteurs de défense de l’organisme (lysozymes )
- Protège les entérobactéries du tube digestif contre les sels biliaires
et les enzymes digestives
- Interet médical :
- Contient l’endotoxine : +++ choc septique

- Immunogène (Ag O) : diagnostic direct et indirect

- sensibilité aux antiseptiques ( lipidique )

- sensibilité aux antibiotiques polypeptidiques

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 Bactéries à Gram positif Bactéries à Gram négatif
Aspect en microscopie Une couche épaisse amorphe Deux couches séparées par un espace clair
électronique
Présence d’une membrane Non Oui
externe

Présence d’un espace Non Oui

périplasmique
peptidoglycane Épais (10 à 80 nm), Mince (2 à 6nm),
représente 40 % du poids représente moins de 10 % du poids sec,
sec ,détermine la morphologie détermine la morphologie bactérienne
bactérienne
Acides téchoiques Présents Absents
Présence de protéines Possible: liaissons covalentes Fréquente
avec le peptidoglycane ,role
éventuel dans le pouvoir
pathogène,role éventuel dans
l’antigénicité spécifique

Présence de Possible: antigènes spécifiques Possible

polysaccharides de groupe pour certaines
espèces

Lipopolysaccharides Absents Présents

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 1-2-4 : paroi des Mycobactéries

peptidoglycane important recouvert de lipides complexes

(acides mycoliques et cires) liés à des polysaccharides et des protéines

Enveloppe cireuse
acido-alcoolo-
résistance

Ziehl-Neelsen

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 1-2- 5 : propriétés de la paroi
a - elle détermine la forme des bactéries
2 types principaux de morphologie :
→ sphérique = cocci (diplocoques, chaînettes, amas)

→ en bâtonnets = bacilles ( courts ou longs, réguliers ou non, fusiformes,

incurvés)

Brucella V.cholerae
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 b - coloration de Gram

- coloration par le violet de gentiane

action combinée du violet de gentiane et du Lugol
→ le cytoplasme de toutes les bactéries est coloré en violet

- décoloration par l’alcool :

# de structure paroi Gram +/ Gram - → perméabilité des bactéries
Gram - à l'alcool permet la décoloration→ bactéries Gram – st incolores,
les bactéries Gram + restent colorées en violet ou mauve.

- contre-coloration par la Fuschine :

permet de visualiser à nouveau, les corps cellulaires des bactéries à
Gram négatif en rose.

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L'intérêt de cette coloration est de donner une information rapide et médicalement importante.
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Forme de la bactérie + coloration de GRAM → classification des bactéries en

Cocci à Gram positif →

Cocci à Gram négatif →

Bacilles à Gram positif →

Bacilles à Gram négatif →

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 c- protécteur ,Résistance ,Echanges
contre variations de pression osmotique
contre les agressions physicochimiques
contrôle l’entrée de nutriments et le rejet des composés nocifs dans le
milieu extérieur
d – rôle dans l’antigénicité : Ag O des BGN

→ apparition d’anticorps spécifiques chez l’homme ⇒ sérodiagnostic

→ définition de sérogroupes, sérotypes ou sérovars ⇒ épidémiologie

e – récepteurs de bactériophages

→ lysotypes ⇒ épidémiologie

f – action de certains ATB : cible

ß-lactamines, glycopeptides, fosfomycine
38
39
 1-3 : la membrane cytoplasmique
* = interface entre cytoplasme et structures externes
* couche lipidique semi-perméable dont les pôles hydrophobes
sont face à face, entourant des protéines (perméases, enzymes respiratoires,
PLP = Protéines de Liaison aux Pénicillines )

GRAM + GRAM –
(selon V. JARLIER)

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 Pales fonctions :
* perméabilité sélective et transport actif des substances solubles à l'intérieur de la
bactérie (perméases) .
* fonction respiratoire

* support d'enzymes et de transporteurs (enzymes impliqués dans la biosynthèse de l'ADN

et polymères de la paroi (peptidoglycane – PLP)

* excrétion d'enzymes hydrolytiques ( qui dégradent les polymères en sous-unités

suffisamment petites pour pouvoir traverser la membrane cytoplasmique et être importés
dans la bactérie)

* cible de substances antibactériennes : antiseptiques , antibiotiques (polymyxines )

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2- le cytoplasme :

= gel colloïdal, + simple que les Eucaryotes

qui contient 80 % d'eau et
des substances organiques et minérales,
à une pression interne considérable (5 à 20 atmosphères)

* pas de mitochondries
* très riche en ARN solubles, +++ ribosomal :
environ 15000 ribosomes/bactérie ↔
40% du pds sec et 90% de l’ARN total.

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 * les ribosomes sont constitués de protéines(33%)
et d'ARN (66%)

Ils sont classiquement divisés en 2 sous-unités :

- la sous-unité 30S contient de l'ARNr16S
(cible des aminosides et des cyclines )

- la sous-unité 50S est constituée d'ARNr23S

( cible des macrolides et apparentés)

Ils n'ont pas la structure des ribosomes de cellules supérieures

expliquant la spécificité propre au monde bactérien
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 3 : l’ADN bactérien
3-1 : l’appareil nucléaire « nucléoide »

* = support de l’information génétique

double hélice d’ADN circulaire , déplié
↔ 1000 fois la longueur de la bactérie

*= ADN 80 % (le chromosome)

cible des antibiotiques :

Les quinolones inhibent les topoisomérases,
les rifamycines inhibent les ARN polymérases,
les nitromidazolés entraînent la fragmentation de l'ADN chez les anaérobies stricts
 3-2 : l’ADN extrachromosomique : plasmides

éléments génétiques (ADN) , de petite taille (0,5 à 5 % du chromosome

bactérien), = réplication autonome .
généralement circulaires

Les + connus :
* les plasmides de résistance aux ATB (facteurs R)
La R codée par les gènes plasmidiques est svt liée à la production
d’enzyme qui inactivent les ATB.

* le facteur sexuel ou facteur F : assure le transfert de

fragments de chromosome bactérien par conjugaison.

* les autres plasmides : responsables de la virulence (ex : production

de toxines)……….
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4 - Les flagelles

Structure complexe
nbx monomères d’1 seule protéine
= la flagelline

les flagelles↔ Ag H bactérien

Rôle des flagelles :

- mobilité
- chimiotactisme
- ds le sérodiagnostic et la classification(Ag H)
ex : fiévre de la thyphoide 46
47
4 - Les flagelles
4 types de ciliature
* A=monotriche : 1 seul flagelle polaire
(déplacement en flèche)
Pseudomonas aeruginosa

* c=lophotriche : plusieurs flagelles

polaires (déplacement flèchant
+ oscillant)
Stenotrophomonas maltophilia

* b=amphitriche : 1 flagelle à chaque pôle

(déplacement oscillant)

* D=péritriche : flagelles entourant la bie

(déplacement fléchant hélicoïdal)
Entérobactéries (E. coli, Proteus,…)
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les spirochètes ont un flagelle interne dénommé filament axial
5 - Les pili ou fimbriae (incsts)

= Appendices se situant à la surface de la paroi de nbx BGN

(et exceptionnellement chez les BGP)
*structure fibrillaire protéique (piline)
- pili communs:
2 à 3000/bactérie
rôle ds l’adhésion de certains bactéries
(E.coli, V.choléra)
facteurs de pathogénicité :
- adhésion aux cellules eucaryotes
(la colonisation des muqueuses )
-protection contre la phagocytose (gonocoque)
- pili sexuels:
3 à 5 /bactérie
rôle essentiel ds la conjugaison bactérienne
sites de fixation de certains bactériophages
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6 - Spore bactérienne

Spore= forme de survie de certaines bies,

métaboliquement inactive et non pathogène
forme végétative =métaboliquement active et potentiellement pathogène.

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 6 - Spore bactérienne

la sporulation = forme végétative → spore

Temps : 6 à 8 heures à 37°C pour Bacillus subtilis.
Conditions : déclenchée par des modifications de l'environnement
tel épuisement en matières nutritives.
. Etapes : déshydratation progressive du cytoplasme, densification
des structures nucléaires et
synthèse d'une paroi sporale épaisse et imperméable, donc hautement
résistante (chaleur).
La spore intra-bactérienne ou endospore est libérée dans le milieu
extérieur et y survit des années.
La germination = spore → forme végétative
quand conditions redevenues favorables (nutritives, thermiques et
chimiques).
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Propriétés de la spore :
Résistance à la chaleur, aux radiations, au temps, aux fortes pressions. ,
aux rayons UV , aux désinfectants chimiques, à la dessiccation

* La spore peut être : * ronde ou ovale

* centrale, subterminale ou terminale
* déformante ou non
↔ intérêt taxonomique +++
exemples :

B. anthracis spore ovale, centrale, non déformante

C.tetani (spore ovale, terminale, déformante)
* Intérêt médical +++
* botulisme (conserves familiales)
* tétanos ( plaies souillées par de la terre)
* charbon 52
B - Méthodes d‘étude de la cellule bactérienne :

Compte tenu de leur taille (de l'ordre du micron), elles seront

visualisées par le microscope optique
1 - Microscopie optique à fond clair (G x 1000 -1500 fois)

La présence de bactéries est habituellement recherchée

avec un microscope optique sans coloration (état frais) ou après
coloration
- état frais : sans coloration cytologie (evaluation semi quantitative ) et
bactéries (x 400 fois) (forme ,Mobilité)

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 - aprèscoloration (la forme des bactéries)
réalisation d’un frottis mince, séchage, fixation et coloration
* Bleu de méthylène:
pr la cytologie
les cellules et les bactéries st
colorées en bleu
pus urétral avec diplocoques
phagocytés
* MGG (May Grünwald Giemsa):
pour la cytologie surttout

pneumocoques (capsule)

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 * coloration de Gram :

=
permet d’individualiser les bactéries à Gram positif (violettes)
des bactéries à Gram négatif (roses)
Gram , la taille , la forme ; l’arrangement
principe : cf chapître sur la paroi.

*coloration de Ziehl-Neelsen:
spécifique des Mycobactéries
mise en évidence des Bacilles Acido-Alcoolo-Résistants =
Les bacilles retiennent le colorant malgré l'action combinée
de l'acide dilué et de l'alcool.
Ils apparaissent comme des fins bâtonnets rouges
BAAR
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Morphologie bactérienne:
l’étude de la morphologie bactérienne est le premier acte diagnosique
bactériologique

❖Trois critères morphologiques : taille,forme et mode de groupement:

- La taille : variable de 0,1 à 600µm
- la forme : coque , bacille droit,bacille incurvé …
- le mode de groupement : chaine , amas , palissade….

56
57
 2 - microscopie optique à fond noir :

permet d'améliorer le contraste d'échantillons

transparents
→ image de points ou traits très lumineux Leptospira interrogans

ex : Treponema pallidum, agent de la syphilis

3 - microscopie optique à fluorescence

utisation d’un fluorochrome pour

la mise en évidence de bactéries
ou d’anticorps.

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ex : inclusions de Chlamydia trachomatis
 4 - microscopie électronique (G x >10.000 fois)
Faisceau d’électrons accélérés dans
un champ magnétique à la place de la lumière visible

Pseudomonas aeruginosa

mettre en évidence trois régions architecturales

-Cytoplasme qui contient le génome cellulaire (ADN) ,les
ribosomes et différentes inclusions
-Une enveloppe qui consiste en une paroi et une
membrane plasmique
-Des structures externes: capsule,cils,flagelles et fimbriae
5- Fractionnement des bactéries puis séparation par techniques physicochimiques 59
Conclusion
• la connaissance de la structure bactérienne est primordiale pour la
compréhension :

⮚ De l’interaction hôte/bactérie
⮚De l’interaction bactérie/antibiotiques
⮚ Pour le diagnostic bactériologique

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QSM-Bactériologie

•La paroi des bactéries Gram négatif :

-A. Est formée d’une mince couche de peptidoglycane
- B. Comporte une membrane externe
- C. Est la cible d’activité des aminosides
- D. Permet des échanges nutritifs avec le milieu extérieur
- E. Est responsable de leur pathogénicité

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QSM-Bactériologie

Le peptidoglycane :
- A.Est composé de protéines et de lipides
- B.Est présent uniquement chez les bactéries
- C. Peut étre un site d’action d’antibiotiques
- D. Est traversé par des chaines d’acides teichoiques et lipoteichoiques chez les bactéries à Gram négatif

- E. Est présent sous forme de couche mince chez les bactéries à Gram positif

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QSM-Bactériologie

Les bactéries :
- A.Possèdent un ADN entouré par une membrane nucléaire
- B.Sont des etres vivants pluricellulaires
- C. Se divisent par mitose classique
- D. Possèdent des mitochondries dans leur cytoplasme

- E. Sont de taille microscopique

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QSM-Bactériologie

Les pili sexuels :

- A.Participent à un transfert génétique entre les bactéries
- B.sont des structures inconstantes
- C. Permettent aux bactéries de se déplacer
- D. sont disposés en grand nombre autour de la bactérie

- E. sont codés par des gènes plasmidiques

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QSM-Bactériologie

Le chromosome bactérien :
- A.Est un élément constant de la structure bactérienne
- B.Est entouré par une membrane nucléaire
- C. Est situé dans une région appelée nucléoide
- D. Se présente sous forme d’un filament unique d’ADN

- E. Est un filament circulaire surenroulé

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QSM-Bactériologie

Les plasmides sont des structures bactériennes :

- A.de nature protéique
- B.présentes obligatoirement chez toutes les bactéries
- C. Situées dans le chromosome bactérien
- D. Douées de réplication autonome

- E. Circulaires

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QSM-Bactériologie

Le pilis communs :
- A.Sont des facteurs de pathogénicité bactérienne
- B.Sont constitués de protéines
- C. Sont des sites de fixation de certains bactériophages
- D. Sont disposés en grand nombre autour des bactéries à Gram négatif

- E. Comportent des adhésines

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QSM-Bactériologie

La capsule :
- A.Est présente chez les bactéries
- B.Peut etre visualisée avec la coloration de Gram
- C. Participe à la virulence de la bactérie
- D. Est présente chez Streptococcus pneumoniae

- E. Est formée de peptidoglycane

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QSM-Bactériologie

La spore :
- A.Est une forme d’adaptation de la bactérie à son milieu
- B.Permet à la bactérie une meilleure résistance
- C. Intervient dans le transfert génétique entre les bactéries
- D. Permet une meilleure mobilité bactérienne

- E. Est une structure bactérienne inconstante

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