Université Saad Dahlab- Blida-1.

Licence : Biotechnologie et santé

Matière : Microbiologie industrielle
Dr. Lounaci L.

Chapitre III : Procédés de Biotransformation

1- Introduction

Le secteur de la transformation et de la distribution des produits agricoles et alimentaires est un

secteur industriel primordial dont l'activité touche toute la société. Ce secteur, qui a toujours eu
beaucoup d'importance dans les activités humaines, a pris au cours de ces deux derniers siècles,
une dimension industrielle.

Cette importance économique a été gagnée, grâce au développement de technologies

spécifiques qui permettent de valoriser au mieux les produits de l'agriculture. La chaîne de
transformation qui, à partir des produits agricoles, aboutit aux produits commercialisés dans les
linéaires des détaillants possède des caractéristiques qui la distinguent des autres industries.

Les matières premières de cette industrie sont majoritairement des produits végétaux ou
animaux. Produits d'origine biologique, ils sont par nature variables, quels que soient les efforts
du producteur pour les homogénéiser. Pourtant, l'industriel se doit comme dans tous les autres
secteurs de mettre sur le marché des produits ayant des caractéristiques constantes afin de
satisfaire les attentes des consommateurs.

Ces matières premières sont des denrées périssables. Leur conservation est le problème majeur
que doit résoudre l'industrie alimentaire. On entend par conservation le maintien des propriétés
chimiques et physiques des aliments, ce qui permet, en conséquence, la conservation de leurs
propriétés fonctionnelles, nutritionnelles et organoleptiques. La détérioration des produits
alimentaires est causée par des agents biologiques (petits animaux, micro-organismes, activités
enzymatiques de la matière première...), chimiques (contamination), ou physiques (chaleur,
rayonnement...).

On distingue les détériorations qui ne mettent pas en danger la santé du consommateur

(altérations) de celles qui peuvent rendre malade et ne permettent plus de considérer le produit
comme un aliment. Les méthodes des industries alimentaires vont donc chercher à limiter ces

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facteurs de détérioration de la matière première et à maîtriser les transformations chimiques ou
enzymatiques pendant les processus de transformation et de stockage.

Les transformations qui permettent à un produit alimentaire de se conserver constituent le

premier service rendu par les industries alimentaires aux consommateurs. Malgré l'importance
de la stabilisation de la qualité du produit, les principes des techniques de conservation validées
par l'industrie ne sont pas très variés. C'est l'amélioration de la qualité nutritionnelle ou
organoleptique des aliments qui a justifié l'émergence de nouvelles technologies de
conservation comme, par exemple, les techniques de stérilisation par hautes pressions, ou de
déshydratation osmotique, plutôt que le seul besoin d'amélioration des qualités bactériologiques
des produits traités. Ce problème demeure néanmoins pour certains produits frais ou fermentés.

2- Les différents types de fermentation

On distingue les fermentations selon le type de produits libérés par le microorganisme

fermentaire, par exemple :

a. Fermentation alcoolique :

C’est une réaction biochimique qui résulte de l’action des levures (Saccharomyces cerevisiae),
qui vont décomposer les sucres en alcool et en dioxyde de carbone CO2. Elle intervient dans la
fabrication du vin, de la bière, du cidre et de diverses boissons fermentées.

Cette fermentation est aussi utilisée en boulangerie, ou le facteur essentiel est la production de
CO2qui fait lever la pâte.

b. Fermentation acétique :

Elle intervient dans la fabrication du vinaigre et est due aux bactéries appartenant au genre
Acetobacter. Cette bactérie transforme tout liquide alcoolisé en acide acétique.

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 c. Fermentation lactique :

Elle correspond à la transformation du lactose du lait en acide lactique, sous l'action des
bactéries lactiques (Streptococcus thermophilus et Lactobacillus delbrueckii sub sp
bulgaricus). Elle constitue une étape essentielle dans la fabrication des fromages et yaourts,
mais aussi de nombreux produits végétaux fermentés (ensilages, olives, cornichons, etc.).

LDH : Lactate deshydrogénase

Les fermentations lactiques outre leur rôle organoleptique (acidification, sous-produits

aromatiques), jouent un grand rôle de stabilisation (par la baisse du pH et des phénomènes
d’antibiose) et surtout un grand rôle sur la qualité alimentaire : les ferments lactiques sont
sources de facteurs de croissance.

3- Principaux produits industriels (Aliments, agents de sapidité, compléments

alimentaires, vitamines et boissons)

Les microorganismes peuvent servir d’aliments en tant que tels, mais ils sont très généralement
utilisés comme agents pour convertir des aliments de bases tels que le lait ou la viande en
produits plus élaborés.
Les microorganismes peuvent également produire des agents de sapidité ou des exhausteurs de
goût et contribuer dans ce cas à la qualité des aliments.

Les compléments alimentaires obtenus par des fermentations peuvent servir d’agents
conservateurs ou d’agents permettant d’augmenter la valeur nutritionnelle de l’aliment.

3-1- Aliments : Protéines d’organismes unicellulaires

La biomasse microbienne brute, qualifiée de protéines d’organismes unicellulaires, ou SCP (de

l’anglais Single-Cell Protein), peut être utilisée comme source d’alimentation humaine et
animale. Les SCP sont intéressantes dans les régions où les conditions climatiques sont
défavorables aux cultures, où les terres arables sont rares, et pour les populations soumises à un
risque élevé de famine.

Une source potentielle de nourriture consiste alors à cultiver des bactéries ou des levures en
présence de substrats non comestibles pour l’homme, ces microorganismes servant alors
directement de nourriture.

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Les microorganismes constituent des sources alimentaires attractives pour différentes raisons :

✓ Croissance rapide ;
✓ Croissance généralement indépendante du climat ;
✓ Faible encombrement des unités de production ;
✓ Substrats peu coûteux pour leur croissance.

Les sources potentielles de SCP sont la biomasse de levures et de bactéries. Les levures et les
champignons filamenteux sont plus prometteurs comme source d’alimentation humaine
potentielle que les bactéries. Les levures, qui se multiplient en présence de substrats contenant
peu d’azote et riches en carbone seront riches en lipides. Elles présentent un taux protéique plus
élevé si elles se multiplient, à l’inverse, en présence de substrats riches en azote. Les cellules
de levures sont riches en vitamines B essentielles.

Cependant, les protéines de levure contiennent peu d’acides aminés soufrés, et ne sont pas
suffisamment équilibrées pour les besoins alimentaires humains ou animaux. Les levures sont
également riches en acides nucléiques, et, consommées en quantité, elles sont susceptibles de
causer des problèmes de goutte ou d’autres affections. Cependant, elles peuvent être
additionnées à la farine de blé ou de maïs pour fournir des vitamines B, certains acides aminés,
et constituer ainsi un aliment plus équilibré d’un point de vue nutritionnel.

Certaines bactéries ont été cultivées dans un premier temps pour l’alimentation animale. Par
exemple, l’utilisation de méthanol, substrat peu coûteux, par les bactéries oxydant ce substrat a
permis leur production dans de grands fermenteurs en Grande-Bretagne pour servir comme SCP
dans l’alimentation des poulets.

3-2- Fromages et yaourts

➢ Le yaourt

Les yaourts et les autres produits laitiers fermentés sont des aliments couramment utilisés à
travers le monde. Les yaourts commercialisés sont fabriqués à partir de lait pasteurisé écrémé
par perte d’eau ou l’ajout de lait en poudre. Ce lait épaissi est inoculé par un mélange de
Streptococcus thermophilus et de Lactobacillus bulgaricus et incubé à 45°C pendant 12 heures.
La croissance de S. thermophilus produit de l’acide lactique et L. bulgaricus contribue à l’apport
en acide lactique et en arômes pour apporter son goût caractéristique au yaourt.

➢ Le fromage

C’est un aliment ancien dont les premières utilisations précèdent sans doute les premiers écrits
de l’histoire. La fabrication du fromage a pour origine le Moyen-Orient. Elle s’est répandue
ensuite par la Grèce et Rome dans l’Europe du Nord et l’Angleterre et enfin dans le reste du
monde.

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Plusieurs centaines de variétés de fromages sont fabriquées, dont plusieurs sont très semblables
et ne diffèrent que par le nom. Les fromages sont généralement classés en fonction de leur
texture, comme l’indique le Tableau 1.

Tableau 1 : Les principaux types de fromage.

Pâte molle Pâte semi-molle Pâte dure Pâte très dure
Frais (non Fromage blanc Bleu(Roquefort) Cheddar Parmesan
affiné) Mozzarella Limburger Gouda
Crème Münster Gruyère
Affiné Brie
Coulommiers
Camembert

La fabrication du fromage peut se diviser en quatre étapes successives :

✓ La coagulation du lait pour former le lait caillé ;

✓ La séparation du lait caillé du petit lait ;
✓ La mise en forme du caillé ;
✓ La maturation (ou affinage) pour former la saveur et la texture.

La réalisation de chacune de ces étapes et la nature du lait ont une influence considérable sur le
produit fini. La majorité des fromages sont fabriqués à partir de lait de vache, mais de
nombreuses variétés sont réalisées à partir de lait de chèvre, de brebis, de jument, de chamelle,
et de buffle.

La première étape de la production du fromage est la coagulation des protéines du lait pour
former un caillé semi-solide. Ce dernier comprend des globules gras et des matières solubles
dans l’eau.

La coagulation s’effectue en ajustant le pH du lait au point isoélectrique de la caséine, ou en

ajoutant des enzymes de coagulation du lait. Ces enzymes (productrices de lait caillé) sont des
protéases acides telles que la rénine ou présure, une enzyme obtenue à l’origine de l’estomac
(caillette) des veaux, et actuellement produite par de microorganismes génétiquement modifiés.

L’acidification du lait peut être obtenue en ajoutant des cultures sélectionnées de bactéries. Le
lait frais non pasteurisé contient une population de bactéries qui vont acidifier le milieu si celui-
ci est maintenu à température ambiante.

Des bactéries qui fermentent le lactose en acide lactique sont ajoutées au lait. Ces
microorganismes acidifiants sont des souches de Streptococcus lactis, Lactobacillus cremoris,
Lactobacillus bulgaricus ou Streptococcus bulgaricus. Certaines de ces bactéries sont piégées
dans le caillé et restent dans le fromage où elles sont alors impliquées dans le processus de
maturation ou affinage. Le caillé, une fois séparé du petit-lait (lactosérum), est mis en forme.

Ce processus implique un ajustement du pH, un salage, et une mise en forme physique pour
assurer un contenu en humidité et une production acide convenable, tous ces éléments
contribuant aux caractéristiques finales du fromage.

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Le processus de maturation, avec ou sans l’ajout de microorganismes, affecte également les
propriétés du fromage. Des champignons ou des bactéries peuvent être ajoutés au caillé en
maturation, pour ajouter des saveurs ou obtenir une texture particulière.

Le fromage communément appelé « bleu » est inoculé par exemple, avec des spores de
Penicillium roquefortii. L’examen en coupe d’un fromage de Roquefort révèle des « veines
bleues », témoins de l’inoculation du fromage par des spores de champignons.

Pour la maturation du camembert, Penicillium camembertii est ajouté à la surface du fromage.

Ces champignons produisent des protéases qui donnent au fromage une consistance crémeuse.

Les fromages à pâte molle sont affinés durant quelques semaines, les semi-durs durant quelques
mois et les fromages à pâte dure, comme le parmesan, pendant au moins un an. Certaines
caractéristiques spécifiques des fromages sont les résultats de la croissance bactérienne.

Les bactéries productrices d’acide propionique sont responsables des trous caractéristiques
présents sur les fromages « suisses » (emmental, gruyère) et l’acide propionique est responsable
du goût fort de ces fromages (Fig. 1).

Figure 01 : digramme de fabrication des différents types de fromages.

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3-3- Levures

Les cellules de levure peuvent être des sources de SCP ou employées en tant que complément
alimentaires. Un certain nombre de composés biochimiques commerciaux, tels que des
enzymes, des nucléotides ou des vitamines naturelles, sont obtenus à partir de levures. Un
composant commun des milieux de culture microbienne est l’extrait de levure, constitué de la
fraction soluble dans l’eau de levures autolysées. Cet extrait est une source de vitamines B,
d’acides aminés et d’autres facteurs de croissance.
Plus de 100 000 tonnes de levures de boulangerie sont produites chaque année aux Etats-Unis.
L’utilisation la plus courante des cellules de levure est dans l’industrie boulangère. La très
grande majorité des pains « levés » fabriqués partout dans le monde est le résultat des réactions
métaboliques normales des levures.

Les levures sont ajoutées à la pâte à pain pour permettre sa levée avant la cuisson. Au cours du
pétrissage la pâte manipulée pour faciliter la fermentation des levures. Le pétrissage permet
également d’obtenir que le CO2 soit présent sous forme de petites bulles. Les ferments levuriens
convertissent le sucre en éthanol et CO2. Le CO2 libéré est alors emprisonné dans le gluten du
blé et entraîne l’expansion de la pâte, généralement appelée levée de la pâte. Au cours de la
cuisson, le CO2 et l’éthanol s’échappent, laissant des alvéoles caractéristiques dans le produit
cuit.

Les levures utilisées en boulangerie ou comme compléments alimentaires sont cultivées dans
de grands fermenteurs. Un petit inoculum est transféré dans des fermenteurs de plus en plus
grands. Avant l’inoculation du dernier fermenteur(S-3), les cellules de levures sont concentrées
et ajoutées sous la forme d’une pâte épaisse. Le sucre de betterave ou de canne (sous forme de
mélasse) constitue alors la source de carbone et d’énergie. Le fermenteur est vigoureusement
aéré pour assurer une croissance rapide. L’addition de sucre est suivie avec précision pour
garantir son utilisation rapide et éviter la formation d’éthanol aux dépens de la formation de
biomasse. Les levures sont vendues pour la boulangerie sous la forme de blocs compacts, en
tant que levures humides ou levures activées déshydratées. Un bloc de levures contient environ
70% d’humidité et doit être maintenu réfrigéré pour conserver son activité. Les levures
déshydratées sont produites par lyophilisation pour assurer une longue conservation.

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3-4- Les viandes fermentées

Des spécialités à bases de viandes sont fabriquées par fermentation bactérienne, comme les
saucissons, les salamis, les cervelats...Les organismes généralement impliqués dans les
fermentations de la viande sont des souches de Pediococcus cetevisiae et Lactobacillus
plantarum. Des inocula commerciaux de ces microorganismes sont disponibles pour être
ajoutés à la viande. Certains jambons ont leur goût et leur texture améliorés par l’action de
champignons qui sont des contaminants naturels de surface. Ces champignons appartiennent
aux genres Aspergillus et Penicillium.

3-5- Autres produits alimentaires

D’autres aliments résultent de la fermentation microbienne et sont énumérés dans le Tableau 2.

L’acidification du chou par la fermentation lactique pour produire la choucroute constitue une
méthode ancienne de conservation des choux à long terme. Traditionnellement, la choucroute
est préparée en plaçant le chou, coupé en lamelle, dans un récipient profond. Du sel (NaCl) est
ajouté à la concentration de 2,2% à 2,8% pour restreindre la croissance de la plupart des
bactéries Gram-négatives et absorber l’eau pour la fermentation. Le milieu devient rapidement
anoxique, et la microflore endogène du chou, productrice d’acide lactique, devenue
prédominante dans ces conditions, effectue une fermentation.

Dans l’industrie alimentaire actuelle, Lactobacillus mesenteroides et Lactobacillus plantarum

sont ajouté sous la forme d’inoculum pour fabriquer la choucroute. L’acide lactique ainsi
produit diminue le pH à un niveau où la décomposition est limitée et le produit fini est stable
pendant de longues périodes de temps. Cette fermentation nécessite généralement trente jours.

Tableau 02 : Quelques aliments produits par fermentation

Produits Microorganisme fermentaire
Grains de cacao Candida spp, Geotrichum spp, Leuconostoc mesenteroides, autres
Grains de café Erwinia spp, Saccharomyces
Choucroute Leuconostoc mesenteroides, Lactobacillus plantarum
Sauce au soja Rhizopus oligosporus, Rhizopus oryzae
Olives Leuconostoc mesenteroides, Lactobacillus plantarum
Cornichons Pediococcus cerevisiae, Lactobacillus plantarum

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 ➢ Les cornichons

Sont produits en plaçant de petits concombres dans une saumure contenant de l’aneth et d’autres
agents de saveur. La concentration en sel (NaCl), initialement de 5%, est augmentée à 15,9%
sur une période allant de 6 à 9 semaines. La forte concentration en sel permet d’extraire les
sucres des concombres pour fermenter en acide lactique. Ainsi, la production artisanale des
cornichons est le résultat de la fermentation lactique par la biomasse endogène des concombres.
La production commerciale est accomplie après stérilisation des concombres et ajout de cultures
de Pediococcus cerevisiae et L. plantarum pour assurer l’obtention d’un produit uniforme.

➢ Les grains de café

Se développent sous forme de baies ou cerises avec une enveloppe externe pulpeuse et
mucilagineuse qui doit être ôtée avant la torréfaction. La pulpe peut être retirée mécaniquement,
mais les pectines contenues dans le mucilage sont dégradées par la bactérie pectinolytique
Erwinia dissolvens. Des champignons sont également impliqués dans ce processus.
Apparemment, les microorganismes contribuent assez peu au goût et à l’arôme du grain de café
fini.

➢ Le chocolat

Est dérivé du caco, une graine ou fève contenue dans les fruits d’une plante qui pousse en Asie,
en Afrique et en Amérique du sud. Les fèves sont extraites du fruit et fermentées en tas ou en
caisses durant plusieurs jours. La fermentation a lieu en deux étapes :

(a) les sucres de la pulpe sont convertis en alcool ;

(b) l’alcool est oxydé en acide acétique.

Les levures impliquées dans la production d’alcool au cours de la première étape sont
essentielles pour le développement du goût et de l’arôme du chocolat.

➢ Les olives

La fermentation des olives a lieu après un traitement par 1,6 à 2% de lessive de soude à 24°C
durant 4 à 7 heures. Ce traitement retire le principe amer (oleuropéine) de l’olive verte. La
lessive est retirée par rinçage et les olives sont placées dans des tonneaux en chêne avec un
ajout de 7% de sel. L’ensemble est inoculé par Lactobacillus plantarum et fermenté pendant 8
à 10 mois.

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 ➢ La sauce au soja

Est préparée en mélangeant des grains de soja trempés et chauffés à la vapeur avec du blé écrasé
en présence d’Aspergillus oryzae ou A. soyae. Ce mélange est incubé plusieurs jours au cours
des quels les grains libèrent les sucres fermentescibles, les peptides et les acides aminés.

Ces grains couverts de champignons sont ensuite placés en milieu liquide et du sel est
graduellement ajouté jusqu’à une concentration finale de 18%. La période d’incubation totale
est d’un an à température ambiante.

L’addition de sel conduit au remplacement des champignons filamenteux par des bactéries
productrices d’acide lactique et de levures. Les bactéries et les levures prédominantes sont
respectivement des souches de Lactobacillus delbrueckii, et de Saccharomyces rouxii. Le
liquide résultant de cette longue fermentation est la sauce au soja. Les solides sont pressés et
utilisés pour l’alimentation humaine ou animale.

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