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    11 - Rôle Du Laboratoire

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    bouchakour meryem
    Ce document décrit les différentes étapes du diagnostic bactériologique, notamment la phase pré-analytique, la phase analytique à J0 et J0+N, et les limites du diagnostic. Il souligne l'importance de la qualité du prélèvement et des informations fournies par le médecin prescripteur.

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    11- Rôle du laboratoire

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    Ce document décrit les différentes étapes du diagnostic bactériologique, notamment la phase pré-analytique, la phase analytique à J0 et J0+N, et les limites du diagnostic. Il souligne l'importance de la qualité du prélèvement et des informations fournies par le médecin prescripteur.

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    Faculté de médecine d’Oran

    Département de médecine
    3eme année de doctorat en médecine
    UT microbiologie médicale
    Objectifs du cour
     Décrire la phase pré-analytique du diagnostic
    bactériologie des infections.

     Citer les différentes méthodes usuelles utilisé en


    bactériologie médical et leurs limites.
    Plan du cour
     Introduction.
     Plan diagnostic global.
    -Diagnostic direct.
    -Diagnostic indirect.
     Phase près-analytique.
     Phase analytique:
    -À J0.
    -À j0+N.
     Phase post analytique.
     Limite du diagnostic bactériologique.
     Conclusion.
    introduction
     Le diagnostic bactériologique est un ensemble de
    moyens permettant de:
    1. confirmer l’étiologie bactérienne de l’infection.
    2. Une orientation thérapeutique de l’antibiothérapie.

     Mais pour ce faire le médecin doit possédé un


    minimum de connaissance en bactériologie clinique
    pour pouvoir tiré un avantage maximal de cet outil.
    Plan diagnostic global
    Diagnostic bactériologique

    Diagnostique indirect: c’est


    Diagnostique direct : c’est la la mise en évidence de la
    mise en évidence de la bactérie, réponse spécifique de
    ou de l’un de ces constituants, il l’organisme luttant contre la
    s'agit le plus souvent de l’étude bactérie, le plus souvent par la
    cyto-bactériologique d’un mise en évidence des anticorps
    prélèvement dite « ECB ». spécifique ,dans ce cas on parle
    de diagnostic « sérologique ».
    Diagnostic indirect:
    Sérologie moyen et nature du
    prélèvement
     C’est principalement la recherche d’anticorps
    spécifique, à une bactérie responsable d’une infection
    donnée.
     On utilise principalement pour leur recherche les
    méthodes immunoenzymatique (ELISA),ou
    immunofluorescence (IFI).
     Cette recherche se fait majoritairement sur le sérum
    du patient.
    Diagnostic indirect:
    Sérologie indication
     Elle est particulièrement indiqué quand:
    ➢ le diagnostic direct n’est pas réalisable par
    exemple lorsque la bactérie, n’est pas cultivable
    comme pour Treponema pallidum (TPHA,VDRL) agent
    de la syphilis.
    ➢ culture lente comme pour Brucella militensis
    (jusqu’à 60jour).
     Toute fois le médecin doit impérativement connaitre la
    cinétique d’apparition des anticorps pour pouvoir
    effectué le prélèvement au moment opportun.
    Diagnostic directe:
    l’E C B
    C’est un trépied diagnostic:

     Renseignement clinique.

     Mise en évidence de: L’inflammation par la mise en


    évidence des leucocytes sur le prélèvement ,c’est le « C » .

     Mise en évidence de « là » bactérie pathogène : par la


    mise en évidence des caractères bactériologiques, c’est le
    «B».
    Diagnostic directe:
    l’E C B
     Les caractères bactériologique habituellement
    recherché sont:
     Les caractères microscopiques.
     Les caractères de culture (bactéries vivante) .
     Les caractères biochimiques (bactéries vivante) .
     Les caractères antigénique.
     La Sensibilité/résistance aux antibiotique (bactéries
    vivante) .
     Les caractères génomique.
    Phase près-analytique
     Elle est sous la responsabilité du médecin prescripteur.

    De la qualité du prélèvement dépendra la qualité du résultat.

     Le médecin à la charge d’effectuée ou de supervisé ,le déroulement du


    prélèvement, il devra donc:
    ➢ Veillé au recueil de l’échantillon ,avec un minimum de contamination,
    dans le support adéquat.
    ➢ Veillé aux bonnes conditions de conservation.
    ➢ Veillé aux bonnes conditions de transport, et d’acheminement de
    l’échantillon vers le laboratoire ( les deux T :température et temps).
    ➢ Et surtout mentionné tout les renseignement cliniques et paraclinique
    susceptible de permettre le diagnostic bactériologique. on mentionnant
    si le patient est sous antibiothérapie.
    ➢ Une attention particulière sera donnée au recherches spécifiques ,qui
    doivent être explicitement demandé.
     En cas de nécessité le médecin pourra toujours demandé au laboratoire
    concerné de plus amples renseignements pour le conditionnement de
    l’échantillon.
    Phase près-analytique
    De la qualité du prélèvement dépendra la qualité du
    résultat.

     Elle est sous la responsabilité du médecin prescripteur.

     Le médecin à la charge d’effectuée ou de supervisé ,le


    déroulement du prélèvement,
    Phase près-analytique
    recueil du prélèvement

    Veillé au recueil de l’échantillon ,avec un minimum de


    contamination, dans le support adéquat.
    Phase près-analytique
    conservation /transport

    ( les deux T :température et temps)

    ➢ Veillé aux bonnes conditions de conservation.

    ➢ Veillé aux bonnes conditions de transport, et


    d’acheminement de l’échantillon vers le laboratoire.
    Phase près-analytique
    renseignements cliniques
    Justifier/orienté/partagé

    ➢ mentionné tout les renseignement cliniques et paraclinique


    susceptible de permettre le diagnostic bactériologique
    ➢ tel que:
    ✓ motif de la demande.
    ✓ les antécédents et le terrain.
    ✓ L’immunodépression
    ✓ Le contexte liées au soins
    ✓ L’antibiothérapie
    République Algérienne démocratique et populaire
    Hôpital universitaire d’Oran Service :
    Service du laboratoire central
    Unité de microbiologie clinique

    Fiche de renseignement pour Etude microbiologique des prélèvements

    Le : __/__/____ Service de :

    Nom : Prènom : Age : Sexe :

    Motifs motivant la demande :______________________________________________________________________

    Immunodéprimé : <oui> <non> < ?> Infection nosocomial : <oui> <non> < ?>

    Terrain particulier : _______________________________________________________________ _______________

    Antibiothérapie en cours : <oui> <non> Laquelle : _______________________________Depuis :__________

    Nature du prélèvement :__________________________________________________________________________

    Site exact du prélèvement : ________________________________________________________________________

    Horaire exacte du prélèvement : __H__

    Prélèvement effectuée à l’aide de : <seringue> <écouvillon> autres: ___________________________________

    Recherche spécifique désiré : ______________________________________________________________________

    A remplir pour les E.C.B.U :

    Bandelette urinaire : Leucocyte : Nitrite :

    Patient sondé : <oui> <non> Grossesse : <oui> <non> Uropathie/néphropathie : <oui> <non>

    A remplir pour les Hémocultures :

    Température au moment du prélèvement___C°

    N° du Flacon (F) : Contexte de : <méningite> <Endocardite> <Cathéter> <autre> :____________________

    A remplir en cas de suspicion de tuberculose :

    Signes d’imprégnation : <oui> <non> IDR : <positive> <négative> <non faite>

    Téléthorax (description sommaire) :_________________________________________________________________

    Prise antérieur d’antituberculeux : <oui> <non>

    Cachet et signature du médecin prescripteur :


    Phase près-analytique
    renseignements cliniques
    ➢
    (suite)
    ➢ Une attention particulière sera donnée au recherches
    spécifiques ,qui doivent être explicitement demandé.

    ➢ La notion de germes banaux est à bannir

     En cas de nécessité le médecin pourra toujours demandé au


    laboratoire concerné de plus amples renseignements pour le
    conditionnement de l’échantillon.
    Phase pré-analytique
    récapitulatif
     Effectuée / supervisé le prélèvement
     Recueil du prélèvement
     Conservation du prélèvement
     Transport du prélèvement
     renseignement cliniques et paraclinique
     recherches spécifiques
    Phase analytique : l’ E C B J0
     Elle est sous la responsabilité du laboratoire de bactériologie
    clinique.
    À j0:
    1) Un examen microscopique recherchera:
    ➢ La présence de leucocyte:
    - Quantitative : avec seuil de
    positivité.
    -Qualitative: la prédominance de
    Lymphocyte ou de polynucléaires.
    ➢ La présence de bactérie (surtout pour les recherches
    spécifiques):
    ➢ 2) On peut effectué une PCR.
    Phase analytique : l’ E C B: J0 suite
    3) La mise en culture: elle doit être immédiate, et surtout
    adapté à la nature du prélèvement ,et à la demande du médecin
    prescripteur.

     Pour certain prélèvement, cette culture doit être quantifié


    pour affirmé sa positivité. Ex: l’ECBU.
     Le choix des milieux de cultures et des conditions
    d’incubation dépondront des renseignements cliniques

    NB: le prélèvement contaminé ,et l’antibiothérapie en cour sont


    les obstacles habituel à une culture permettant le diagnostic.
    Phase analytique: durée et résultat
    de la culture
     Le délais d’une culture positive dépendent avant tout du
    temps de génération de la souche. Il n’y a pas de délais
    prés-établis, c’est donc du cas par cas !!!

     Une culture négative n’élimine pas la présence de bactéries


    pathogène
    Phase analytique: J0+N
    Toute colonie devra subir une identification:

    Et surtout:
     Un test de sensibilité au antibiotique, tel que
    l’ANTIBIOGRAMME. Il existe des automates pour cette
    tache aussi.
     NB: l’Antibiogramme est soumis à une standardisation strict,
    national et international à savoir :l’AARN pour Algérian,
    Antimicrobial, Résistance ,Network, lui-même sous contrôle
    de l’OMS (Organisation Mondial de la Santé).
    Phase post-analytique
     Le microbiologiste confrontera l’ensemble des données
    déjà abordé ,aux données clinique du médecin prescripteur.
     La réponse comportera:
    ❑le nom des ou de l’espèce isolé.
    ❑l’antibiogramme.
     avec éventuellement une mention:
    ❑Confirmant le diagnostic si l’analyse ne souffre aucun
    doute.
    ❑Ou au contraire une réserve surtout si il y’a suspicion de
    contamination ,ou que l’espèce retrouvé est peu pathogènes.
     En cas de doute le microbiologiste pourrai être amenée à
    demandé un 2eme prélèvement au médecin prescripteur.
    Limite du diagnostic bactériologique
     La recherche d’une inflammation: non spécifique, et peu manqué dans
    certain cas.
     La microscopie: peu sensible surtout si elle est hors contexte, ou qui ne
    soit pas une coloration spécifique, elle demeure au final peu
    contributive.
     La culture: même si c’est la phase clef, elle peut être faussement
    négative si il s'agit de:
    ❑ Infection non bactérienne.
    ❑ Bactéries non cultivable.
    ❑ Patient sous antibiothérapie.
    ❑ Non respect des règles de la phase prés-analytique.
    ❑ Parfois la prédominance des contaminant empêche l’isolement de la
    bactérie pathogène.
    ❑ Parfois le délais de positivité est trop long(cas de la tuberculose par
    exemple).
     La PCR reste trop chère et souvent inabordable, pour une analyse de
    routine.
     L’Antibiogramme ≠ Antibiothérapie.
    Conclusion
    Le diagnostic
    bactériologique vous
    appartient ,à vous d’en
    prendre soin.

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