2º BIOQUÍMICA MACRO II PAULA MENDOZA SALIDO

TEMA 10: ESTRUCTURA SECUNDARIA Y TERCIARIA DEL RNA

✓ La doble hélice tipo A del RNA.
✓ Diferencias con la estructura secundaria del DNA.
✓ Tipos de RNA y estructura terciaria: RNA mensajero, RNA ribosómico, RNA de
transferencia y ribozimas.

EST RUCT URA DEL RNA

C ONFORMACI ÓN DE LA PE NTOSA

Recordemos que el RNA difiere del DNA en dos aspectos químicos principales:

✓ Por un lado, la sustitución por lo general de las timinas por uracilos.

✓ Y por otro, que el azúcar es una ribosa en lugar de una desoxirribosa
con un grupo hidroxilo en la posición 2’. La presencia
de este grupo introduce pequeñas modificaciones en la
preferencia conformacional del azúcar, que hace que
prevalezca la conformación C3’‐endo en lugar de la
C2’‐ endo, que ya vimos que es la más frecuente en el
DNA.

E STR UC TURA SE CUNDARIA

A diferencia del DNA, las moléculas de RNA son de cadena

simple y no suelen formar dobles hélices extensas. No
obstante, el RNA se pliega sobre sí mismo debido a la
presencia de regiones cortas complementarias más o menos
distantes dentro de la misma cadena, que permiten el
apareamiento intramolecular de bases, dándole la máxima
estabilidad a la molécula. Es por ello que en la estructura
secundaria del RNA aparecen numerosas protuberancias
(bulge), bucles internos y horquillas, como resultado de las
regiones no apareadas o incorrectamente pareadas. Las
horquillas se forman entre secuencias complementarias
cercanas, siendo las dobles hélices en horquilla el tipo de
estructura secundaria más común en el RNA.

DOBL E H ÉLICE TI PO A DEL R NA

Estas doble hélices de las regiones apareadas se adaptan muy bien a la conformación A que
vimos para el DNA de doble cadena. De hecho, los parámetros de este dúplex son idénticos a
los parámetros del DNA‐A con 11 pares de bases por vuelta. En condiciones de alta fuerza

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iónica, la forma A cambia a una forma denominada A’, que es una forma más compacta que la
hélice A, ya que tiene 12 pares de bases por vuelta.

Nota: También, aunque menos común, la doble hélice de RNA puede adoptar conformación Z
en las regiones cuya secuencia lo permita.

T IP OS DE RNA

El RNA al igual que el DNA se puede clasificar en codificante y no codificante. Como sabéis, el
mRNA es el RNA que codifica la secuencia de
nucleótidos que determina la secuencia de la proteína y
por eso es el RNA codificante. El resto de RNAs se
denominan no codificantes o funcionales, y tienen
funciones tanto estructurales como catalíticas. Estos a
su vez se pueden dividir en RNAs que participan en la
traducción, como el rRNA y el tRNA; y RNAs que no
participan en la traducción, o RNA pequeños que como
veremos más adelante participan en el procesamiento
de otros RNA y en el control de la expresión génica.

m RNA

• Estructura del mRNA

En las bacterias una molécula de mRNA puede codificar una o varias cadenas polipeptídicas:

✓ Si únicamente contiene información para la síntesis de un sólo polipéptido, el mRNA es

monocistrónico.
✓ Si codifica dos o más polipéptidos diferentes, el mRNA es policistrónico.

Los mRNA eucarióticos son en su mayoría

monocistrónicos. En ambos casos los mRNA son
siempre algo más largos de lo estrictamente
necesario para codificar la secuencia o secuencias
polipeptídicas. El RNA no codificante (resaltado en
gris en la figura) adicional incluye secuencias que
regulan la síntesis proteica.

• Estructura del mRNA eucariótico

Las secuencias que codifican para una proteína en el transcrito primario de un mRNA
eucariótico no están contiguas. Como sabéis, los fragmentos que interrumpen la región
codificante del transcrito se denominan intrones y los segmentos codificantes se llaman
exones. Mediante el corte y empalme en el proceso denominado splicing, los intrones se
eliminan y los exones se unen para formar la secuencia continua del mRNA maduro que dará
lugar al péptido funcional.

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Los mRNA eucarióticos también se modifican en ambos extremos:

- En el extremo 5’ se añade un residuo de 7‐metilguanosina, denominado

caperuza o casquete 5’, a través de un enlace 5’‐5’‐ trifofosfato poco
común. Esta caperuza protege al mRNA de las RNasas y participa en la
unión de este al ribosoma para iniciar la traducción. A menudo se
encuentran además grupos metilos (resaltados en rosa en el panel
derecho) en la posición 2’ de la ribosa del primer y segundo nucleótido
del mRNA. Las levaduras no tienen metiladas estas posiciones, los
invertebrados sólo la primera, y los vertebrados las dos (ver pie de
figura).
- El extremo 3’ se corta y se le añaden de 50 a 80 residuos de adenina
para formar una cola de poli‐A, que , aunque aún no se conoce su
función en detalle, se cree que interviene en el transporte del mRNA al
citoplasma, en la determinación del tiempo de vida media del mRNA y
en la traducción.

t RNA

• Estructura secundaria del Trna

Pasando a los RNA no codificantes, vamos a ver en primer lugar la

estructura secundaria de los tRNA.

Los tRNA tienen entre 73 y 93 nucleótidos en función de si son de bacterias

y citosol de eucariotas, que son los más grandes, o de mitocondrias y
cloroplastos, que son los más pequeños. Existen entre 32 y 50 tRNA
distintos para reconocer los 61 codones (64 codones y 3 codifican para
terminación) correspondientes a los 20 aminoácidos que componen las
proteínas. El número de tRNA varía en función del tipo celular. No obstante,
todos ellos tienen una estructura general común que es lo que explica que
puedan integrarse en el proceso común de la síntesis de proteínas. La

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estructura secundaria general del tRNA es en forma de hoja de trébol con cuatro brazos más
un quinto brazo corto adicional presente solo en los tRNA más largos. Estos brazos, que se
estabilizan por puentes de H entre las bases apareadas, son los siguientes:

✓ En primer lugar, el brazo aceptor, que tiene 7 pares de bases y termina en el sitio de
unión del aminoácido, que es siempre el triplete CCA en la dirección 5’‐3’. Los
aminoácidos se unen al OH 3’ de esta adenina a través de su grupo carboxilo.

Forma en que se une el aminoácido al extremo 3’ de

un tRNA.

En la imagen vemos el éster que forma el alfa-carboxilo

del aminoácido con la ribosa de la adenina, a través del
C3 de esta.

✓ El brazo D, llamado así porque contiene 2 o 3 residuos del nucleótido poco frecuente D
(5,6‐dihidrouridina) en diferentes posiciones de la horquilla, que en general tiene una
longitud variable de 6 a 11 nucleótidos. El tallo de este brazo tiene una longitud de 3 a
5 nucleótidos según el tRNA.
✓ El brazo anti codón que tiene siempre 5 pares de bases en el tallo y acaba en la
horquilla anti codón (7 bases en total), donde están las 3 bases del anti codón que
reconocen al triplete de bases, es decir el codón del mRNA, mediante interacción
semi‐especifica debido al balanceo o tambaleo (wobble) del primer nucleótido del 5’
del anti codón.
✓ El brazo extra que tiene una longitud muy variable de 3 a 21 nucleótidos y no está
presente en todos los tRNA (sólo en los más largos).
✓ Y el brazo T psi C con un tallo de 5 pares de bases, que se denomina así porque
contiene ribotimidina que no se encuentra normalmente en el RNA, pseudouridina
(psi) y citosina, en las 3 posiciones que se observan en la figura (posiciones inferiores);
y un tallo que siempre tiene 7 nucleótidos. Este brazo interacciona con el rRNA de la
subunidad grande o mayor del ribosoma. Por tanto, la diferencia de tamaño entre los
diferentes tRNAs se debe a los nucleótidos extras en el tallo y la horquilla del brazo D,
así como en el brazo extra.

En la figura superior aparecen resaltados en rosa los nucleótidos invariables comunes a todos
los tRNA que como se observa están ubicados por lo general en las horquillas.

• Algunas de las bases modificadas presentes en el tRNA

En esta imagen podemos ver algunas de las 96 bases nucleotídicas modificadas presentes en
general en los diferentes tipos de RNA, con 81 tipos diferentes conocidos en los tRNA. Estas
bases son modificadas en reacciones post‐transcripcionales. Observen el inusual enlace
carbono‐carbono entre la base y la ribosa en el caso de la pseudouridina (psi), que ya
habíamos comentado en el tema de estructura secundaria del DNA.

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• Puentes de H entre bases distantes en la estructura terciaria del Trna

La estructura terciaria del tRNA se forma mediante la interacción, a

través de puentes de H, entre numerosas bases distantes
fundamentalmente del brazo D con bases del brazo T psi C, como
pueden ver en la figura. Observen que en estos puentes de H están
involucrados principalmente los nucleótidos invariables resaltados en
verde y naranja, lo que demuestra la importancia de estos residuos en
el establecimiento de la estructura terciaria del tRNA, y en general en la
función de este.

Los puentes de H de la estructura terciaria del tRNA son básicamente

del tipo Hoogsteen. Muchos de estos puentes de hidrogeno involucran
grupos que no son los habituales de los pares de bases A:U y G:C. Por
ejemplo, observen en este tRNA de fenilalanina de levadura la
participación de un oxígeno de un enlace fosfodiéster en un puente de
hidrógeno, y de un grupo hidroxilo 2’ de una ribosa en otro. Básicamente estos puentes de
hidrógeno son del tipo Hoogsteen. El tRNA se pliega en el espacio dando una estructura
terciaria en forma de L, que se estabiliza además de por los puentes de H, por las interacciones
de apilamiento entre las bases.

• Estructura terciaria del tRNA

En los extremos de dicha L se ubican el brazo aceptor y el brazo

anticodón, resaltados en naranja y rojo, respectivamente, en la figura;
mientras que el brazo D y el brazo T psi C forman la esquina de la L (es
decir, el núcleo que da lugar a la estructura terciaria), y aparecen
resaltados en amarillo y azul, respectivamente, en la figura.

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rR NA

• Estructura secundaria del rRNA

Pasando a otro tipo de RNA, el rRNA es el RNA que compone a los ribosomas. Los ribosomas
están formados por ensamblajes supramoleculares en los que aproximadamente el 65% de la
masa total es rRNA, y el 35% restante proteínas.

Las moléculas de rRNA se pliegan en una estructura secundaria compleja, con numerosas
horquillas, como resultado de los puentes de H intracatenarios. Aquí podemos ver las
estructuras secundarias de los rRNA de E. coli denominados 16S, 23S y 5S, según sus
coeficientes de sedimentación. El 16S por ejemplo, tiene una estructura que algunos autores
describen en forma de orquídea con 4 dominios representados en diferentes colores en la
figura, con alrededor de la mitad de las bases apareadas formando tallos cortos de menos de 8
pb. Los 4 dominios del rRNA 16 S son: el dominio central, el dominio 5’, el dominio 3’ menor y
el dominio 3’ mayor.

• Comparación de la estructura secundaria del rRNA entre diferentes especies

La estructura secundaria de este rRNA 16S es similar entre las diferentes especies, tanto
procariotas como eucariotas (en eucariotas es 16S‐like porque realmente es el 18S), a pesar de
que la secuencia nucleotídica en cada especie es bastante diferente, con lo cual parece que la
selección evolutiva ha actuado a nivel de la estructura secundaria y no de la secuencia
nucleotídica. Esto mismo se ha observado al analizar los otros rRNA tanto procariotas como
eucariotas, con lo cual parece ser que todos los ribosomas de las diferentes especies se han
formado a partir de un diseño común y funcionan de una manera similar.

C OM P OSICI ÓN DEL RI BOSOMA

Los ribosomas están compuestos por dos subunidades de diferentes tamaños que se disocian
una de la otra cuando la concentración de Mg2+ es muy baja (menor de 1 mM). Las
subunidades ribosomales de E. coli tienen coeficientes de sedimentación de 30S, la subunidad
pequeña o menor, y 50S la subunidad grande o mayor; mientras que las eucarióticas son algo
más grandes con coeficientes de sedimentación de 40S y 60S, respectivamente.

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✓ La subunidad 30S de E. coli contiene una única molécula de rRNA con un coeficiente
de sedimentación de 16S, mientras que la subunidad mayor contiene dos moléculas
de rRNA de 23 y 5S, respectivamente.
✓ Los ribosomas eucariotas contienen una única molécula de rRNA de 18S en la
subunidad pequeña, y 3 moléculas de rRNA en la subunidad grande de 28S, 5.85 y 5S,
respectivamente.

El 35% de la masa de los ribosomas corresponde a proteínas, para un total de más de 50

proteínas en procariotas en función de la especie (57 en E. coli) y 82 proteínas en eucariotas,
distribuidas entre las dos subunidades tal como se observa en la diapositiva.

• Estructura terciaria del rRNA procariota

Al determinar la estructura terciaria de los rRNA de la bacteria Thermus thermophilus, se ha

visto que cada uno de los 4 dominios de la estructura secundaria del rRNA 16S forman una
región diferenciada de la subunidad 30S:

✓ El dominio 5’ forma la mayor parte del cuerpo.

✓ El dominio central forma la plataforma.
✓ El dominio 3’ mayor forma toda la cabeza.
✓ El dominio 3’ menor se ubica en la interface entre esta subunidad y la otra subunidad
50S.

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Por el contrario, los 6

dominios del rRNA 23S se
entrelazan de forma
intrincada en la subunidad
50S y no forman regiones
diferenciadas en la estructura
terciaria.

E STR UC TURA DEL RI BOSOMA

Los ribosomas más conocidos son los procariotas. Precisamente la dilucidación de

su estructura en bacterias, específicamente en Thermus thermophilus, les mereció
el premio Nobel de Química de 2009 a 3 investigadores. Las dos subunidades
ribosómicas encajan formando una hendidura a través de la cual pasa el mRNA
a medida que se mueve el ribosoma durante la traducción.

La determinación de la estructura del ribosoma ha revelado que las subunidades

ribosómicas son grandes moléculas de RNA en las que las proteínas son sólo
elementos secundarios que decoran la superficie, desempeñando un papel
estructural. En la segunda figura podemos ver el rRNA de las subunidades 50S y
30S bacterianas, resaltados en verde y gris, respectivamente, mientras que las
proteínas de cada subunidad aparecen resaltadas en azul y amarillo. Observen
como las proteínas aparecen en la periferia con dominios globulares en su
mayoría. Estas proteínas exhiben escasa similitud de secuencia entre sí, son ricas en los
aminoácidos básicos Lys y Arg, y contienen pocos residuos aromáticos, como es de esperar
para proteínas periféricas estrechamente asociadas con moléculas de RNA polianiónicas.
Muchas de estas proteínas tienen una larga cola rica en residuos básicos que se infiltran entre
las hélices de RNA hacia el interior de las subunidades.

RIBOZIMAS

Gran parte del RNA de las bacterias, y prácticamente la

totalidad del de los eucariotas, son modificados después
de su síntesis. Curiosamente, algunas de las enzimas que
catalizan estas reacciones están compuestas por RNA.

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Desde que en 1926 se purificó la primera enzima ("ureasa") y se demostró su naturaleza

proteica, se concluyó que todas las enzimas eran proteínas. Este dogma cambió cuando en
1982, en el laboratorio de Thomas Cech, estudiando el procesamiento del RNA en el protozoo
Tetrahymena thermophila, se observó que el splicing de un intrón del pre‐rRNA era
autocatalítico.

Paralelamente Altman encontró que la subunidad RNA de la RNasa P de E. coli, una

ribonucleoproteína que cataliza el procesamiento de los tRNA inactivos a tRNA activos, fue
capaz de hidrolizar el precursor de tRNA en ausencia completa de la parte proteica. Como la
característica principal de estas moléculas de RNA era que hidrolizaban otras cadenas de RNA,
se les llamó ribozimas.

En general las ribozimas son aquellas enzimas cuyas subunidades de RNA llevan a cabo
reacciones catalíticas. El sustrato de las ribozimas es a menudo una molécula de RNA, que
incluso puede ser parte de la propia enzima (autocatalítica). En 1989 se les otorgó a Cech y a
Altman el premio Nobel de Química por el descubrimiento de estos catalizadores biológicos no
proteicos.

El descubrimiento de las ribozimas ha representado una revolución en las concepciones sobre

la función del RNA, y sobre el origen de la vida, surgiendo así la teoría del "mundo de RNA"
que propone que el RNA fue la primera forma de vida en la Tierra. La hipótesis del "mundo de
RNA" propone que la evolución basada en la replicación del RNA precedió a la aparición de la
síntesis proteica. Es decir, que al inicio de la evolución la continuidad genética fue asegurada
por la replicación del RNA, sin involucrar como catalizadores a las proteínas codificadas
genéticamente, siendo el apareamiento de bases descubierto por Watson y Crick la clave para
la replicación. Las evidencias que sustentan esta teoría están basadas en las múltiples
funciones que pueden cumplir el RNA o los ribonucleótidos.

FUNCI ONE S QUE PUE DE N C UM PLIR EL R NA O L OS RI BONUCL E ÓTI DOS

1. El RNA es capaz de almacenar información genética. Numerosos virus llevan como

único material genético RNA de simple o doble cadena.
2. Sirve de molde para la síntesis de cadenas complementarias de polinucleótidos.
3. Puede actuar como biocatalizador (ribozima), llegando a catalizar hasta la formación
de enlaces peptítidos.
4. Puede regular la expresión génica a través de los riboswitches (región 5’ de los
transcritos primarios de mRNA bacterianos que sensan metabolitos).
5. Las moléculas de RNA pequeño nuclear (snRNA) participan en la edición del RNA, en el
complejo denominado espliceosoma.
6. Nucléotidos de RNA actúan como coenzimas en muchas reacciones biológicas.
7. Los desoxirribonucleótidos precursores del DNA son sintetizados a partir de los
ribonucléotidos.

Durante la evolución, a medida que el metabolismo celular se fue sofisticando, el

requerimiento de biocatalizadores con distinta especificidad hizo que las proteínas, con mayor
versatilidad que el RNA, asumieran el rol de biocatalizadores; mientras que el DNA
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presumiblemente adquirió la función de guardar y transmitir la información genética, dada su

mayor estabilidad. De ahí la teoría de que los descendientes de la era dominada por el RNA en
la actualidad permanecen en forma de ribozimas que están presentes en todos los organismos
desde las bacterias hasta el hombre.

TIP OS DE RIBOZI MAS

Existen 5 tipos de ribozimas caracterizadas:

• Intrones de autoempalme del grupo I

El mecanismo de corte y empalme de los intrones

del grupo I incluye dos reacciones de
transesterificación, en las que el grupo 3’‐OH de la
ribosa de un nucleósido o nucleótido de guanina,
actúa de nucleófilo, atacando el enlace fosfodiéster
del límite exón‐intrón.

El grupo hidroxilo 3’ de la guanosina forma un enlace

3’,5’‐fosfodiéster con el extremo 5’ del intrón.
Seguidamente, el hidroxilo 3’ del exón desplazado actúa como nucleófilo, en una reacción
similar con la unión entre el extremo 3’ del intrón y el extremo 5’ del exón 3’. El resultado es la
eliminación exacta del intrón y la ligación de los exones.

En cada paso se forma un nuevo enlace fosfodiéster a expensas del anterior, con lo cual no se
necesita energía.

Los intrones del grupo I se encuentran en algunos genes nucleares, mitocondriales y de

cloroplastos, que codifican rRNA, mRNA y tRNA.

Estructura tridimensional del sitio catalítico de los intrones de

autoempalme del grupo I de Tetrahymena thermophila

El sitio catalítico de estos intrones del grupo 1 en Tetrahymena

thermophila está formado por dos dominios: el dominio P4‐P6 y el
dominio P3‐P9, que envuelve al anterior a través de numerosas
interacciones. El sitio de unión de la guanosina que actúa como
agente nucleofílico se ubica en la región P7 del dominio P3‐P9.

• Intrones de autoempalme del grupo II

En los intrones del grupo II el mecanismo es similar al del grupo I, con la diferencia de que el
nucleófilo del primer paso es el 2’‐OH de un residuo de A situado dentro del intrón, que forma
un enlace fosfodiéster 2’‐ 5’ con el nucleótido del extremo 5’ del intrón, produciéndose un
intermediario con estructura en forma de lazo. Aunque tanto los intrones del grupo I como los
del grupo II no son enzimas auténticas, porque solamente realizan un ciclo de reacción, llevan
a cabo reacciones catalíticas y por eso se les considera ribozimas.

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Los intrones del grupo II se encuentran en los transcritos

primarios de los mRNA de mitocondrias o cloroplastos, en
hongos, algas y plantas, y en raros ejemplos en bacterias.

Nota: La mayoría de los intrones no experimentan autocorte. La

tercera y más numerosa clase de intrones se encuentra en los
transcritos primarios del mRNA nuclear. Se denominan intrones
del espliceosoma, porque su eliminación ocurre por acción de
un gran complejo proteico denominado espliceosoma
compuesto por ribonucleoproteínas que contienen RNA
pequeño nuclear (snRNA).

• RNA autocortable (ribozima en cabeza de martillo)

El tercer tipo de ribozima es el RNA autocortable que se

encuentra en el RNA genómico satélite o virusoide de algunos virus, es decir, en virus cuya
partícula viral completa incluye el virusoide y el virus asistente que lo hospeda.

La estructura mejor conocida es la del RNA autocortable de un virus de plantas que forma la
estructura conocida como “ribozima en cabeza de martillo” por la forma de su estructura
secundaria. También se ha visto RNA autocortable, con una estructura diferente, en el virus
delta de la hepatitis, un pequeño virus RNA que co‐infecta con el virus de la hepatitis B.

Estos RNA se cortan a sí mismos durante la generación de las moléculas de RNA genómico
individuales, a partir de grandes precursores multiméricos. Se ha
determinado que la secuencia mínima para la catálisis de la ribozima
en cabeza de martillo está compuesta por 2 cadenas de RNA con un
total de sólo 41 nucleótidos. Aunque el mecanismo catalítico no se
conoce, se sabe que la citosina señalada en la imagen, ubicada en el
sitio de autocorte, juega un papel esencial en la catálisis, al igual que
el resto de los nucleótidos encuadrados que están muy conservados.
Esta ribozima es en realidad una metaloenzima porque requiere iones Mg2+ para su actividad.

• Ribonucleasa P (RNasa P)

La RNasa P, el cuarto tipo de ribozima, reconoce la estructura tridimensional del sustrato de

pre‐tRNA, cortando los extremos 5’ de diversos tRNA. Es decir, es una auténtica enzima, que a
diferencia de las anteriores ribozimas que hemos visto, sí realiza varios ciclos de reacción.

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• Ribosomas

Por último, la estructura tridimensional del ribosoma bacteriano ha revelado que este
también es una ribozima. El centro activo del ribosoma se encuentra en la subunidad 50S, y
se ha visto que no hay grupos funcionales de la parte proteica suficientemente próximos para
catalizar la formación del enlace peptídico, con lo cual alguna parte de la cadena de RNA debe
servir de catalizador.

Además, el número de ribozimas conocidas continúa expandiéndose año tras año, como
podemos ver en el PubMed si introducimos el termino ribozyme. Así, la reacción de corte y
empalme en el espliceosoma parece que tiene lugar en un centro catalítico formado por tres
snRNA.

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