Tema 5

Ligamiento y Recombinación
Mapas Genéticos
 Contenidos:
 Ligamiento y recombinación en eucariotas diploides
 Recombinación en bacterias.
 Base molecular de la recombinación.
Ligamiento y Recombinación
Mapas Genéticos

Alfred Henry Sturtevant, an early geneticist, developed the first

genetic map. [Institute Archives, California Institute of Technology.]
 Ligamiento y Recombinación
Mapas Genéticos

Sturtevant’s map included five genes on the X chromosome of Drosophila. The genes are yellow body (y), white
eyes (w), vermilion eyes (v), miniature wings (m), and rudimentary wings (r).
Concepto de ligamiento y de grupo de
ligamiento
 Morgan en 1910 con respecto al cromosoma X
 Dos loci están ligados cuando se encuentran situados
sobre el mismo cromosoma
Concepto de ligamiento y de grupo de
ligamiento
Concepto de ligamiento y de grupo de
ligamiento
 Morgan en
1910 con
respecto al
cromosoma X
 Dos loci están
ligados cuando
se encuentran
situados sobre
el mismo
cromosoma
Concepto de ligamiento y de grupo de
ligamiento

En fase de aclopamiento AB/ab

 Concepto de ligamiento y
de grupo de ligamiento

Transmisión no independiente del color de

las flores y la forma del polen en el guisante
El entrecruzamiento que ocurre en la meiosis
es el responsible de la recombinación
 Cruzamiento de
prueba

Cómo determinar la proporción de

gametos parentales y recombinantes
producidos por un individuo

Un cruzamiento de prueba revela los

efectos del ligamiento. Resultados de un
cruzamiento de prueba para dos loci de los
tomates, que determinan el tipo de hoja y
la altura de la planta.
 Cruzamiento de prueba
Cómo determinar la proporción de gametos
parentales y recombinantes producidos por un
individuo

Un cruzamiento de prueba revela los efectos del

ligamiento. Resultados de un cruzamiento de
prueba para dos loci de los tomates, que
determinan el tipo de hoja y la altura de la planta.
 Un entrecruzamiento produce el 50% de
gametos recombinantes

Un entrecruzamiento simple produce una mitad de gametos no recombinantes y

la otra mitad recombinante.
 Dobles o múltiples entrecruzamiento
producen el 50% de gametos recombinantes
 El entrecruzamiento entre genes
ligados produce descendencia no
recombinante y recombinante.

En este cruzamiento de prueba, los genes están

ligados pero hay cierto grado de
entrecruzamiento.
 Frecuencia de
recombinación

La frecuencia de recombinación es una medida de la distancia entre

genes ligados. Se determina como número de descendientes
recombinantes entre número total de descendientes.

MD/md x md/md

M D xm d
m d m d
 Frecuencia de
recombinación

La frecuencia de recombinación es una medida de la distancia

entre genes ligados. Se determina como número de descendientes
recombinantes entre número total de descendientes.

Frecuencia de recombinación = Número de progenie recombinante X 100%

Número total de progenie

En este caso la frecuencia de recombinación es del 12,2%

Fr = 8+7 = 12,2%
55 + 53 + 8 +7
 Recombinación en acoplamiento y repulsión

La disposición (acoplamiento o repulsión) de los genes ligados en un cromosoma afecta los resultados
de un cruzamiento de prueba. Los loci ligados de la mosca australiana de las ovejas, Lucilia cuprina,
determinan el color del tórax y del pupario.
 Intercambio físico entre cromosomas

Barbara McClintock (left) and Harriet Creighton (right) provided evidence that genes are located on chromosomes
and physical exchange between chromosomes.
Intercambio físico entre cromosomas

C = grano de maíz con color

c = grano de maíz sin color

Wx = granos amiláceos
wx = granos cerosos
Intercambio físico entre cromosomas
 Distancia física y frecuencia de
recombinación

Two examples of a single crossover

between two nonsister chromatids and the
gametes subsequently produced. In (a) the
exchange does not alter the linkage
arrangement between the alleles of the
two genes, only parental gametes are
formed, and the exchange goes
undetected. In (b) the exchange separates
the alleles, resulting in recombinant
gametes, which are detectable.
 Distancia física y frecuencia de
recombinación

The consequences of a single exchange between two nonsister chromatids occurring in the tetrad stage. Two
noncrossover (parental) and two crossover (recombinant) gametes are produced.
Distancia física y frecuencia de
recombinación
Distancia física y frecuencia de
recombinación

Mayor distancia entre genes

Mayor probabilidad de entrecruzamiento

Mayor frecuencia de recombinación

Obtención de mapas genéticos

 Distancia física y frecuencia de
recombinación
La frecuencia de recombinación oscila entre 0 y 50%.

La distancia genética se suele expresar en unidades de mapa o centi-

Morgans (cM), de manera que un cM equivale a un 1% de recombinación.
 Análisis del ligamiento

¿Cómo distinguir entre genes que se transmiten de forma

independiente y genes ligados?

En muchos casos el ligamiento es evidente por la baja frecuencia de

recombinantes, pero hay casos en los que no está claro.

p.ej. AaBb x aabb

54 AaBb; 56 aabb; 42 Aabb; 48 aaBb

¿Se ajusta a una transmisión independiente 1:1:1:1?

No exactamente, pero las diferencias podrían deberse al azar.

Para comprobarlo se hace un chi2 de independencia

chi2 de independencia

A chi-square test of independence can be used to determine

if genes at two loci are assorting independently.
chi2 de independencia

A chi-square test of independence can be used to determine

if genes at two loci are assorting independently.
chi2 de independencia

A chi-square test of independence can be used to determine

if genes at two loci are assorting independently.
chi2 de independencia

Grados de libertad = (nº de filas -1) x (nº de columnas – 1)

Grados de libertad = (2-1) x (2-1) = 1

30,73 > 3,841 (1 grado de libertad y p=0,05)

Luego no se acepta que la transmisión de estos genes es

independiente y por lo tanto están ligados
Análisis del ligamiento
 Planteamiento directo

The recombination frequency allows a

prediction of the proportions of offspring
expected for a cross entailing linked genes.
 Planteamiento
directo

The recombination frequency allows a

prediction of the proportions of offspring
expected for a cross entailing linked genes.
 Problemas

1. Una mosca de genotipo B R/ b r se utiliza en un cruzamiento prueba con una mosca

b r/ b r. En el 84% de las meiosis no se producen quiasmas entre las dos parejas
génicas ligadas; en el 16% de las meiosis se produce un quiasma entre dichas
parejas. ¿Qué proporción de los descendientes será Bbrr? Nota: los genes B,b y R,r
están ambos localizados en el cromosoma 1.

2. Los loci A, a y B, b están situados en el mismo cromosoma, y el locus C, c en un

cromosoma distinto. Al cruzar un individuo AaBbCc, uno de cuyos padres era aaBBcc,
con un individuo triple homocigoto recesivo, qué tipos de descendientes se
obtendrían, y en qué proporciones, si para los loci A y B hay una frecuencia de
recombinantes del 22%.
 Planteamiento directo:
genes ligados al cromosoma X

Dado el cruzamiento representado y si la distancia genética de los dos genes en el cromosoma X es 36,8
cM indicar las proporciones de cada tipo de individuos en una descendencia de 2441 individuos.
 Planteamiento directo:
genes ligados al cromosoma X
 Planteamiento directo:
genes ligados al cromosoma X

Gametos parentales en la hembra 100-36,8 = 63,2%

Por lo tanto habrá gametos WM ½ x 63,2 = 31,6% y lo mismo para
W+M+.

Gametos recombinantes en la hembra 36,8%

Por lo tanto habrá gametos W+M ½ x 36,8 = 18,4% y lo mismo para
WM+.

Los machos solamente pueden producir gametos WM 50% e Y 50%

 Planteamiento directo:
genes ligados al cromosoma X

Hay que referirlo a 2441, por lo tanto: 0,158 x 2441 = 385,678

0.092 x 2441 = 224,572
 Planteamiento inverso

La frecuencia de recombinación es una medida de la distancia

entre genes ligados. Se determina como número de descendientes
recombinantes entre número total de descendientes.

Frecuencia de recombinación = Número de progenie recombinante X 100%

Número total de progenie

En este caso la frecuencia de recombinación es del 12,2%, por

lo tanto estos genes están a 12,2 cM de distancia de mapa

Fr = 8+7 = 12,2%
55 + 53 + 8 +7
 Planteamiento inverso:
genes ligados al cromosoma X

En este caso, primero hay que determinar si hay ligamiento, para ello hacemos un chi2 de independencia y una vez
que nos sale rechazada la hipótesis de independencia, calculamos la distancia de mapa calculando la frecuencia de
recombinación.
 Planteamiento inverso:
genes ligados al cromosoma X

Parentales Recombinantes
 Planteamiento inverso:
genes ligados al cromosoma X
Parentales:

Machos 390 WM/Y y 353 W+M+/Y

Hembras 360 WM/WM y 438 W+M+/WM

Recombinantes:

Machos 236 WM+/Y y 211 W+M/Y

Hembras 219 WM+/WM y 234 W+M/WM

236 + 211 + 219 + 234

Frecuencia de recombinación = = 0,368
2441
 Análisis del ligamiento

Dobles eventos de recombinación restauran la combinación parental

 Análisis del ligamiento

Consequences of a double exchange occurring between two nonsister chromatids. Because the exchanges
involve only two chromatids, two noncrossover gametes and two double-crossover gametes are produced. The
photograph illustrates several chiasmata found in a tetrad isolated during the first meiotic prophase stage.
Análisis del ligamiento de tres puntos

Puede haber tres tipos de entrecruzamientos entre tres loci ligados

 Análisis del ligamiento de tres puntos

Los dobles recombinantes nos indican el orden relativo de los tres puntos

Los dobles recombinantes siempre son los menos frecuentes y por eso
son fáciles de determinar
 Análisis del
ligamiento de tres
puntos
A three-point mapping cross
involving the yellow (y or ),
white (w or ), and echinus
(ec or ) genes in Drosophila
melanogaster. NCO, SCO,
and DCO refer to
noncrossover, single-
crossover, and double-
crossover groups,
respectively. Because of the
complexity of this and
several of the ensuing
figures, centromeres have
not been included on the
chromosomes, and only two
nonsister chromatids are
initially shown in the left-
hand column.

Ejemplo con genes

ligados al cromosoma X
 Análisis del
ligamiento de tres
puntos
A three-point mapping cross
involving the yellow (y or ),
white (w or ), and echinus
(ec or ) genes in Drosophila
melanogaster. NCO, SCO,
and DCO refer to
noncrossover, single-
crossover, and double-
crossover groups,
respectively. Because of the
complexity of this and
several of the ensuing
figures, centromeres have
not been included on the
chromosomes, and only two
nonsister chromatids are
initially shown in the left-
hand column.

Ejemplo con genes

ligados al cromosoma X
 Análisis del ligamiento de
tres puntos

Se pueden utilizar los resultados de un cruzamiento de prueba de tres

puntos para cartografiar genes ligados.
• En este cruzamiento de prueba de tres puntos de Drosophila melanogaster,
las mutaciones recesivas que producen ojos de color escarlata (st), cuerpo
de color ébano (e) y cerdas sin espinas (ss) se encuentran en tres loci
ligados.
• El orden de los loci se asignó de manera arbitraria.
• Cada clase fenotípica incluye moscas macho y hembra; el sexo de las
moscas ilustradas es aleatorio

Ejemplo con genes autosómicos

Análisis del ligamiento de tres puntos
Análisis del ligamiento de
tres puntos

Writing the results of a three-point testcross with the loci in the

correct order allows the locations of crossovers to be determined.
These results are from the testcross with the loci shown in the correct
order. The location of a crossover is indicated by a slash (/). The sex of the
progeny flies has been designated arbitrarily.

Ejemplo con genes autosómicos

 Análisis del ligamiento de tres puntos
A Mapping Problem in Maize

No conocemos el orden de los genes ni si están en fase de

acoplamiento o de repulsión
Análisis del ligamiento de tres puntos
Análisis del ligamiento de tres puntos
Análisis del ligamiento de tres puntos
Interferencia y Coeficiente
de coincidencia

Dobles recombinantes observados 8

Dobles recombinantes esperados:

0,146 x 0,122 x 755 = 13,4
 Interferencia y Coeficiente de
coincidencia

Nº de dobles recombinantes observados

Coeficiente de coincidencia =
Nº de dobles recombinantes esperados

5+3 8
Coeficiente de coincidencia = = = 0,6
0,146 x 0,122 x 755 13,4

Esto indica que solamente se producen un 60% de los dobles

entrecruzamientos esperados

Interferencia = 1 – 0,6 = 0,4

En eucariotas: interferencia positiva (0 a 1)

 Problemas
3. En Tribolium hay tres caracteres determinados por los siguientes alelos recesivos:
l=ojos alargados, r=ojos rojos y c=cerdas cortas. La F1 de padres homocigóticos se
usa para el cruzamiento prueba, obteniéndose la siguiente descendencia:

401 ojos alargados

378 ojos rojos y cerdas cortas

157 con cerdas cortas

143 con ojos rojos y alargados

52 con ojos rojos

19 con ojos rojos alargados y cerdas cortas

12 tipo silvestre

58 con ojos alargados y cerdas cortas

Determinar los genotipos paternos, el mapa genético de estos tres genes y el valor
de la interferencia.
 Problemas
4. Se cruza una Drosophila homocigótica para tres genes con otra que presenta los caracteres
mutantes "purple" (ojos púrpura), "black" (cuerpo negro) y "curved" (alas curvadas), todos ellos
dependientes de los alelos recesivos. En la F1 todos los individuos son normales. Al cruzar hembras
de esta F1 con machos "purple" "black" "curved", se observa en su descendencia las siguientes
proporciones fenotípicas:

+++ 37,0%

pr b c 37,0%

pr b + 10,0%

++c 10,0%

+b+ 2,7%

pr + c 2,7%

+bc 0,3%

pr + + 0,3%

Determinar el orden de los tres genes.

Determinar el porcentaje de recombinación entre los tres genes, representando el mapa

correspondiente.

Determinar si hay interferencia y en qué grado.

 Mapas genéticos

Drosophila melanogaster tiene

cuatro grupos de ligamiento
correspondientes a sus cuatro
pares de cromosomas.
Estos genes fueron
cartografiados utilizando las
frecuencias de recombinación.
Las distancias entre genes dentro
de un grupo de ligamiento se
expresan en unidades de mapa.
Obsérvese que el 4° cromosoma
pequeño nunca presenta
recombinación.
 Mapas genéticos

La frecuencia de recombinación subestima la verdadera distancia física entre genes a distancias de mapa más altas.
 Mapeo con uso de marcadores
moleculares
Estudios de asociación genómica

Los estudios de asociación de todo el

genoma se basan en la asociación no
aleatoria de una mutación (D–) que
produce un rasgo y alelos estrechamente
ligados que constituyen un haplotipo.

Un grupo de alelos estrechamente ligados

se denomina haplotipo

La asociación no aleatoria entre alelos de

un haplotipo se denomina desequilibrio
de ligamiento.
 Mapeo con uso de marcadores
moleculares

Un haplotipo es un conjunto específico de SNP

y otras variantes genéticas observadas en un
único cromosoma o en parte de un cromosoma.

Los cromosomas 1a, 1b, 1c y 1d representan

copias diferentes de un cromosoma que podría
encontrarse en una población.
 Mapas físicos
Los mapas pueden ser genéticos (cuando se realizan exclusivamente por
análisis genético), citogenéticos (el estudio va acompañado de observaciones
citológicas) y físicos (se utiliza la fragmentación y secuenciación del ADN).

Deletion mapping can be used to determine the chromosomal location of a

gene. An individual homozygous for a recessive mutation in the gene of interest
(aa) is crossed with an individual heterozygous for a deletion.
 Mapas físicos

Somatic-cell hybridization can be used to determine which

chromosome contains a gene of interest.
 Mapas físicos

Somatic-cell hybridization can be used to determine which

chromosome contains a gene of interest.
Mapas físicos
 Mapas físicos

In situ hybridization is another technique for determining the chromosomal location of a gene. The red fluorescence
is produced by a probe for sequences on chromosome 9; the green fluorescence is produced by a probe for sequences on
chromosome 22.
 Recombinación mitótica

Demonstration of sister chromatid exchanges (SCEs) in mitotic chromosomes. Sometimes called harlequin chromosomes
because of their patchlike appearance, chromatids containing the thymidine analog BUdR in both DNA strands fluoresce less
brightly than do those with the analog in only one strand. These chromosomes were stained with 33258-Hoechst reagent and
acridine orange and then viewed under fluorescence microscopy.
Recombinación mitótica
 Recombinación
mitótica

The production of mutant tissue in a female Drosophila

heterozygous for the recessive yellow (y) and singed
(sn) alleles as a result of mitotic recombination.
 Recombinación en bacterias
Las bacterias también pueden intercambiar información genética entre ellas y
generar nuevos organismos recombinantes. Los virus también pueden recombinar
pero en este caso lo hacen por mecanismos muy variados.
 Genética bacteriana

Helicobacter pylori is the bacterium that causes peptic

ulcers.
 Genética bacteriana

Curva típica de crecimiento de la población bacteriana que ilustra la

fase de retraso inicial, la fase logarítmica posterior donde se produce
el crecimiento exponencial y la fase estacionaria que se produce
cuando se agotan los nutrientes.
Las bacterias pueden crecer en medio líquido
 Genética bacteriana

Las bacterias pueden crecer en medio sólido

 Genética bacteriana

Resultados de la técnica de dilución seriada y posterior cultivo de bacterias. Cada una de las diluciones varía en un
factor de 10. Cada colonia se formó a partir de una única célula bacteriana.
 Genética bacteriana

Las colonias bacterianas presentan una variedad de fenotipos.

(a) Serratia marcescens with color variation. (b) Bacillus cereus.

Genética bacteriana

MUTANTES BACTERIANOS

Mutantes nutricionales:

Bacterias PROTÓTROFAS
Bacterias AUXÓTROFAS

Resistencia a fagos.

Resistencia a antibióticos.
 Genética bacteriana

Se pueden aislar cepas bacterianas mutantes sobre la base de sus requisitos nutricionales.
 Genética
bacteriana
Mecanismos de transferencia
de ADN entre bacterias:

1. Conjugación.
2. Transformación.
3. Transducción.
Conjugación

El experimento de Lederberg y Tatum demostró que las bacterias

pueden realizar un intercambio genético.
Conjugación
Conjugación
Conjugación
 Conjugación

La conjugación bacteriana requiere

del contacto físico entre las
bacterias.

Experimento en tubo en U de Davis.

 Conjugación

Los pili sexuales conectan células F+ y F– durante la conjugación. Células de E. coli conjugando.
 Conjugación

Durante la conjugación, el factor F es transferido de una célula F+ a una célula F–.

 Conjugación

El factor F se integra en el cromosoma bacteriano de una célula Hfr.

 Conjugación

Los genes bacterianos pueden ser transferidos de una célula Hfr a una célula F– en la conjugación. En una célula
Hfr, el factor F se ha integrado en el cromosoma bacteriano.
 Conjugación

Una célula Hfr puede convertirse en una célula F’ cuando el factor F es escindido del cromosoma bacteriano y
transporta con él genes bacterianos. La conjugación entre una célula F’ y una célula F– produce un diploide parcial
(Merocigoto).
 Conjugación

En la conjugación bacteriana una bacteria actúa como donadora y la otra como receptora.
 Conjugación

_
 Conjugación

Plásmidos R

(a) Electron micrograph of a plasmid isolated from E. coli.

(b) Diagrammatic representation of an R plasmid containing resistance transfer factors (RTFs) and multiple r-determinants (Tc, tetracycline;
Kan, kanamycin; Sm, streptomycin; Su, sulfonamide; Amp, ampicillin; and Hg, mercury).
 Conjugación: mapa circular

Jacob y Wollman utilizaron la conjugación interrumpida para mapear genes bacterianos.

 Conjugación: mapa circular

El orden de transferencia de genes en una serie de diferentes cepas de Hfr indica que el cromosoma de E. coli es
circular.
 Transformación

Los genes se pueden transferir entre bacterias mediante transformación.

Transformación

La transformación puede usarse para cartografiar genes bacterianos.

 Transducción

La estructura del bacteriófago T4, que incluye una cabeza icosaédrica llena de ADN, una cola que consta de un collar, un tubo, una vaina,
una placa base y fibras de la cola. Durante el ensamblaje, los componentes de la cola se agregan a la cabeza y luego se agregan las fibras
de la cola.
 Transducción

Life cycle of bacteriophage T4.

 Transducción

Lisogenia

Los bacteriófagos tienen dos ciclos vitales alternativos: lítico y lisogénico.

 Transducción
Ensayo en placas, halos de lisis
 Transducción
The Lederberg and Zinder experiment.
 Transducción
The Lederberg and Zinder experiment.
LT-2a LT-22a LT-2a LT-22a

LT-22a es un lisógeno del fago P22

LT-2a es sensible a P22
 Tranducción

Transducción:

1.Generalizada.
2.Abortiva.
3.Especializada.
 Transducción

Los genes pueden ser transferidos de una bacteria a otra mediante transducción generalizada.
 Transducción

Se puede utilizar transducción generalizada para cartografiar genes.

Tranducción

Las bacterias pueden intercambiar genes mediante transducción

especializada. Los segmentos 1, 2 y 3 representan genes en el cromosoma
del fago.
Complementación
en fagos

Las pruebas de complementación se

utilizan para determinar si diferentes
mutaciones están en el mismo gen
funcional.
Complementación
en fagos
 Base molecular de la recombinación

 La recombinación tiene lugar mediante la rotura,

alineamiento y reparación de las hebras del
ADN
 Recombinación homóloga: el intercambio se
produce entre moléculas de ADN homólogas
durante el entrecruzamiento.

 Modelo de Holliday y rotura de una sola hebra.

 El modelo de recombinación de ruptura de doble

cadena.
Base molecular de la recombinación
 Base molecular de la recombinación

Modelo de Holliday y rotura de una sola hebra

The Holliday model of homologous recombination. In this model, recombination takes place through a single-strand break in
each DNA duplex, strand displacement, branch migration, and resolution of a single Holliday junction.
 Base molecular de la recombinación

Modelo de Holliday y rotura de una sola hebra

The Holliday model of homologous recombination. In this model, recombination takes place through a single-strand break in
each DNA duplex, strand displacement, branch migration, and resolution of a single Holliday junction.
 Base molecular de la recombinación

Modelo de Holliday y rotura de

una sola hebra

The Holliday model of homologous recombination. In this model, recombination takes place through a single-strand break in
each DNA duplex, strand displacement, branch migration, and resolution of a single Holliday junction.
 Base molecular de la recombinación
Modelo de Holliday y rotura de una sola hebra
 Base molecular de la
recombinación
El modelo de recombinación de ruptura de doble
cadena

El modelo de recombinación de doble cadena. En este modelo, la recombinación tiene

lugar mediante la rotura de una doble cadena en un dúplex de ADN, el desplazamiento de la
cadena, la síntesis de ADN y la resolución de dos uniones Holliday.
 Base molecular de la recombinación
El modelo de recombinación de ruptura de doble cadena

El modelo de recombinación de doble cadena. En este modelo, la recombinación tiene lugar mediante la rotura de una doble cadena
en un dúplex de ADN, el desplazamiento de la cadena, la síntesis de ADN y la resolución de dos uniones Holliday.
Base molecular de la recombinación

Conversión génica:

proceso de intercambio genético no recíproco

produce proporciones anormales de gametos

La conversión de genes surge a través de la formación

de heterodúplex.
 Base molecular de la recombinación
Conversión génica

Un mecanismo propuesto que explica el fenómeno de la conversión génica. Se produce un desapareamiento en el par de bases en uno
de los dos homólogos (que porta el alelo mutante) durante la formación del heterodúplex, que acompaña a la recombinación en la
meiosis. Durante la reparación por escisión, se elimina uno de las dos bases mal apareadas y se sintetiza la complementaria. En un caso,
se conserva el par de bases mutante. Cuando posteriormente se incluya en una espora recombinante, se mantendrá el genotipo mutante.
En el otro caso, el par de bases mutante se convierte en la secuencia de tipo salvaje. Cuando se incluye en una espora recombinante, se
expresará el genotipo de tipo salvaje, lo que dará lugar a una relación de intercambio no recíproco.
Base molecular de la recombinación
Conversión génica
 Base molecular de la recombinación
Enzimas implicadas en la recombinación en E. coli
 Base molecular de la recombinación
Enzimas implicadas en la recombinación en E. coli
 Base molecular de la recombinación
Enzimas implicadas en la recombinación en E. coli

Branch migration and resolution of Holliday structures depends on Ruv proteins

 Base molecular de la recombinación
Enzimas implicadas en la recombinación en E. coli

Branch migration and resolution of Holliday structures depends on Ruv proteins