Bitacora Deextracción Biotecnología Ambiental

Instituto Politécnico Nacional
Unidad Profesional Interdisciplinaria de Biotecnología.
Unidad: Laboratorio De Biotecnología Ambiental.
Practica 1: EXTRACCIÓN Y ANÁLISIS ADN genómico de suelo.
Alumno:
 Salas Irene José Jair.
Carrera: Ingeniería Ambiental.
Profesoras:
 Dra. García Peña Elvia Ines
 Fajardo Labra Bernando Alfonso
Fecha: 24/08/2022.
Grupo: 4AM1.
Ciclo Escolar: 22-2

EXTRACCIÓN Y ANÁLISIS ADN genómico de suelo.
Objetivo General: Extraer ADN genómico de suelo y conocer la utilidad de la ingeniería

genética para el desarrollo de organismos útiles para el ambiente.
Objetivos Específicos
A. Comprender los fundamentos del proceso de extracción de ADNg

B. Analizar la calidad del DNAg a través de la electroforesis en gel de agarosa.
C. Analizar la pureza y concentración del DNAg.
D. Obtener el Peso Molecular del DNAg
E. Discutir la importancia de la Ing. Genética en el desarrollo de organismos
genéticamente modificados y estudio de poblaciones en sistemas con estrés
biótico o abiótico.
Metodología
CUESTIONARIO PREVIO (Entregar junto con la bitácora al inicio de la
práctica)
1. Lleve a cabo un diagrama de proceso en donde coloque el fundamento de

todos los reactivos utilizados en el proceso de obtención de ADN y
electroforesis.
2. ¿Cuál es la importancia de conocer las poblaciones microbianas del suelo?
El suelo representa un hábitat favorable para los microorganismos, entre los

que se incluyen algas, hongos, actinomicetos y bacterias. La actividad y
diversidad de la microbiota condiciona la fertilidad del suelo, la estabilidad y
funcionamiento de ecosistemas naturales y los agroecosistemas. La actividad
y diversidad de la microbiota condiciona la fertilidad del suelo, la estabilidad
y funcionamiento de ecosistemas naturales y los agroecosistemas.
Reyes, L. L., Montiel, M. C., Hernández, A. T., Salgado, T. J., & Gutiérrez, A. M. (2015, 10 febrero).
Importancia de la diversidad microbiana en el suelo. Saberes y Ciencias. Recuperado 10 de

febrero de 2022, de https://saberesyciencias.com.mx/2015/02/10/importancia-de-la-diversidad-
microbiana-en-el-suelo/
3. ¿Qué otra aplicación podrías obtener del estudio del ADNg obtenido en ésta
práctica?
 Aplicaciones del ADN ambiental en humedales(1)

 Capturar ADN del Aire(2)
 Actualmente, muchos países están estableciendo el biomonitoreo
acuático utilizando ADNe(3)
1- Aplicaciones del ADN ambiental en humedales. (s. f.). Museo de Historia Natural de Valparaíso.
Recuperado 10 de febrero de 2022, de https://www.mhnv.gob.cl/noticias/aplicaciones-del-adn-ambiental-
en-humedales
2- Cañizares, E. (2022, 10 febrero). Los científicos que capturan ADN del aire (y cómo pueden
revolucionar las investigaciones biológicas). El Universo. Recuperado 10 de febrero de 2022, de
https://www.eluniverso.com/larevista/salud/los-cientificos-que-capturan-adn-del-aire-y-como-
pueden-revolucionar-las-investigaciones-biologicas-nota/?modulo=lo-ultimo&plantilla=home
3- Reyes, L. L., Montiel, M. C., Hernández, A. T., Salgado, T. J., & Gutiérrez, A. M. (2015, 10 febrero).
Importancia de la diversidad microbiana en el suelo. Saberes y Ciencias. Recuperado 10 de
febrero de 2022, de https://saberesyciencias.com.mx/2015/02/10/importancia-de-la-diversidad-
microbiana-en-el-suelo/
4. ¿Existen otros colorantes además del Rojo Texas para hacer visible el ADN
en el gel de agarosa?
 Bromuro de etidio
 Azul de metileno
 Seguimiento de tintes
A. (2019b, noviembre 12). La biotecnología es una ciencia que se suele clasificar en diversos colores.
Read more. Centro de Biotecnología. Recuperado 7 de febrero de 2022, de
https://www.centrobiotecnologia.cl/investigacion/colores-de-la-biotecnologia/
Método: Gel de electroforesis Agarosa. (2017, 27 octubre). Conogasi. Recuperado 10 de febrero de 2022,
de https://conogasi.org/articulos/metodo-gel-de-electroforesis-agarosa/
5. ¿Por qué se utilizan celdas de cuarzo y no de plástico para leer ADN en el

espectrofotómetro?
Hacer es el uso de celdas de cuarzo en lugar de celdas o tubos de vidrio

o plástico. El vidrio y el plástico absorben la luz UV y por lo tanto son
inapropiados para el uso en un espectrofotómetro.
Jorge Contreras Pineda Bioquímica Médica I Práctica: Espectrofotometría. Recuperado el 10 de febrero

del 2022 de https://jorge-contreras.webs.com/guia-espectrofotometria.pdf
6. ¿Por qué se lee el ADN a una absorbancia de 260 y 280 para valorar su
pureza?
La relación A260/280 es muy estable y se considera que un ADN de pureza óptima

tiene un valor entre 1.8-2.0. Un ADN de pureza aceptable debe tener al menos una
relación A260/280 > 1.6. Un valor A260/280 < 1.6 indica una posible contaminación
por compuestos aromáticos como fenoles y proteínas. Un radio A260/280 > 2.1 podría
deberse a la presencia de ARN en la muestra.
Departamento de control de calidad del Banco Nacional de ADN (Octubre 2010) PROGRAMA DE
CONTROL DE CALIDAD DE MUESTRAS DE ADN Y ARN, Bancoand. Recuperado 10 de Febrero
del 2022 de https://www.bancoadn.org/docs/programa-control-calidad-muestras.pdf
7. ¿Cómo se llama el equipo que te permite visualizar el DNAg?
Estofotometro y Luz UV.
8. ¿Cuál es el porcentaje adecuado de agarosa para realizar tu gel de acuerdo

al PM (pb)? ¿Por qué?
De 100 a 200 pb a una concentración 2-3% polisacárido es el límite de tamaño máximo.

La agarosa esta constituida por unidades de agarobiosa, que es sustituida en grupo de
sulfato, acido pirúvico cetal y esteres metílicos.
Montalvo Navarro C. y Lugo Flores M.(2016). Electroforesis: Fundamentos, avances y

aplicaciones. Recuperado 10 de febrero del 2022 de
file:///C:/Users/Katylu/Downloads/96-Texto%20del%20art%C3%ADculo-149-1-10-
20200131.pdf
9. Investiga que es un marcador de peso molecular y pega la imagen del

patrón de bandeo del MPM que utilizaste en esta práctica.
10. Cálcula el PM de tu banda a través de una regresión lineal en donde

obtengas una ecuación en donde X (distancia a cada banda en cm midiendo a
partir dela parte superior del gel a cada banda) y Y (log10 de cada peso
molecular de tu marcador de PM)
REACTIVOS
REACTIVO FUNCIÓN
Buffer de extracción CTAB (Bromuro Es un detergente catiónico que tiene la
de cetiltrimetilamonio) propiedad de precipitar ácidos nucléicos y
polisacaridos ácidos en soluciones de baja
concentración iónica
Cloroformo:Octanol Purifica el ADN

Fenol:Cloroformo Purifica el ADN
Isopropanol frío Concentrar y desalinizar preparaciones de

ácidos nucleicos en soluciones acuosas.
NaCl 5.0 M pH 5.2 Las sales aumentan el poder iónico de la

solución y ocasionan la precipitación del
ADN.
EtOH El etanol es un inhibidor competitivo de la

enzima alcohol deshidrogenasa (ADH)
que se utiliza como tratamiento en caso de
intoxicaciones por alcoholes
Solución de lavado 1: 76% EtOH, 0.2 M Elimina la capa hidratante del ADN y expone
NaOAc sus grupos fosfato,
Solución de lavado 2: 76% EtOH, 10 mM Elimina la capa hidratante del ADN y expone
NH4OAc sus grupos fosfato,
Buffer TE (10 mM Tris-HCl, 1 mM Se espera a que el ADN se hidrate, se
Na2EDTA, pH 8.0) centrifuga para recuperarlo de la matriz y
resuspenderlo.
Buffer de corrimiento TAE 50X Recupera el DNA, el acetato ajusta el pH
(Trisbase, Ac. acético glacial, Na2EDTA
pH 8.0)
Buffer de carga (Tris, azul de Recupera el DNA, el acetato ajusta el pH
bromofenol y glicerol)
CTAB (Bromuro de hexadeciltrimetilamonio). (s. f.). Probiotek.
https://www.probiotek.com/productos/reactivos/detergentes/ctab/#:%7E:text=El%20CTAB%20es%20un%
20detergente,polisac%C3%A1ridos%20neutros%20permanecen%20en%20soluci%C3%B3n.&text=Efectiv
o%20como%20buffer%20en%20extracci%C3%B3n%20de%20DNA%2C%20detergente%20o%20antis%
C3%A9ptico.
A(2018, 24 mayo). Precipitación de DNA con Etanol vs. Isopropanol. Abyntek Biopharma. Recuperado
11 de febrero de 2022, de https://www.abyntek.com/precipitacion-de-dna-con-etanol-vs-
isopropanol/#:%7E:text=La%20precipitaci%C3%B3n%20de%20DNA%20con,%C3%A1cidos%20nuclei
cos%20en%20soluciones%20acuosas.
Etanol | Asociación Española de Pediatría. (s. f.). comite de medicamentos.
https://www.aeped.es/comite-
medicamentos/pediamecum/etanol#:%7E:text=Descripci%C3%B3n%3A,no%20se%20
dispone%20de%20fomepizol.

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 Salas Irene José Jair.

Carrera: Ingeniería Ambiental.

 Fajardo Labra Bernando Alfonso

Ciclo Escolar: 22-2

Objetivo General: Extraer ADN genómico de suelo y conocer la utilidad de la ingeniería

A. Comprender los fundamentos del proceso de extracción de ADNg

1. Lleve a cabo un diagrama de proceso en donde coloque el fundamento de

2. ¿Cuál es la importancia de conocer las poblaciones microbianas del suelo?

El suelo representa un hábitat favorable para los microorganismos, entre los

Importancia de la diversidad microbiana en el suelo. Saberes y Ciencias. Recuperado 10 de

 Aplicaciones del ADN ambiental en humedales(1)

Recuperado 10 de febrero de 2022, de https://www.mhnv.gob.cl/noticias/aplicaciones-del-adn-ambiental-

revolucionar las investigaciones biológicas). El Universo. Recuperado 10 de febrero de 2022, de

Importancia de la diversidad microbiana en el suelo. Saberes y Ciencias. Recuperado 10 de

febrero de 2022, de https://saberesyciencias.com.mx/2015/02/10/importancia-de-la-diversidad-

Read more. Centro de Biotecnología. Recuperado 7 de febrero de 2022, de

5. ¿Por qué se utilizan celdas de cuarzo y no de plástico para leer ADN en el

Hacer es el uso de celdas de cuarzo en lugar de celdas o tubos de vidrio

Jorge Contreras Pineda Bioquímica Médica I Práctica: Espectrofotometría. Recuperado el 10 de febrero

La relación A260/280 es muy estable y se considera que un ADN de pureza óptima

7. ¿Cómo se llama el equipo que te permite visualizar el DNAg?

Estofotometro y Luz UV.

8. ¿Cuál es el porcentaje adecuado de agarosa para realizar tu gel de acuerdo

De 100 a 200 pb a una concentración 2-3% polisacárido es el límite de tamaño máximo.

Montalvo Navarro C. y Lugo Flores M.(2016). Electroforesis: Fundamentos, avances y

9. Investiga que es un marcador de peso molecular y pega la imagen del

10. Cálcula el PM de tu banda a través de una regresión lineal en donde

Cloroformo:Octanol Purifica el ADN

Isopropanol frío Concentrar y desalinizar preparaciones de

NaCl 5.0 M pH 5.2 Las sales aumentan el poder iónico de la

EtOH El etanol es un inhibidor competitivo de la

11 de febrero de 2022, de https://www.abyntek.com/precipitacion-de-dna-con-etanol-vs-

Etanol | Asociación Española de Pediatría. (s. f.). comite de medicamentos.

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