I Haapajärvi känner man till närmare 30 stenåldersboplatser. Antalet beror på att man där har att göra med en befolkning som ofta flyttade. Området besöktes åtminstone sedan medeltiden av tavaster, men även andra som kväner och birkarlar besökte dessa erämarker. Den tidigaste informationen om Haapajärvis bofasta befolkning härstammar från 1543. Då nämns tre män, Pekka Ronkainen, Pekka Rautia och Paavo Herrainen i dokumenten. Under 1500-talets senare hälft koloniserades Haapajärvi av savolaxiska nybyggare,[5] trots att det var tavasternas erämark. I Gustav Vasas brev 1551 och 1552 framgår att tavasterna företog krigståg till Haapajärvi och Pyhäjärvi för att angripa savolaxiska bosättningar. Efter att fram till 1540-talet ha befolkat Norra Savolax trängde savolaxarna västerut. Enligt Gustav Vasa tillhörde all mark kungen, inte erämarksmännen. Det vilade på idén att kronan egentligen var rätte ägare till all jord, bönderna hade enbart brukningsrätten. Man fick äganderätt genom att bosätta sig där, vilket savolaxarna gjort. År 1607 fanns i Haapajärvi by 20 hushåll, varav en fjärdedel var ödeshemman.
[6] Efter 1550-talets tavastiska fälttåg fick Haapajärvi vara ifred fram till tiden efter klubbekriget (1596-97), fram till 1599 då Sigismunds anhängare i mars 1599 under Ambrosius Henriksson angrep bosättningarna i Pyhäjärvi, Haapajärvi, Reisjärvi och Lestijärvi. Haapajärvi besparades klubbekriget och 25-åriga kriget mot Ryssland (1570-95). Under stora ofreden krävdes ett okänt antal dödsoffer. Även missväxter på 1720- och 1740-talen besvärade bosättningen, samt lilla ofreden.[7] Två tredjedelar av ortens befolkning beräknas ha östligt (savolaxiskt) ursprung, en tredjedel västligt. Dialekten har uppstått som en blandning mellan savolaxiska och västliga dialekter.[8]
1910 hade Haapajärvi officiellt 6.400 invånare, varav 900 ändå bodde i Amerika.[9]Emigrationen till Sverige berörde också Haapajärvi; 1970 var utflyttningen som störst då över 380 personer flyttade.[10]
Av Haapajärvi stads 6 687 invånare den 31 december 2022 var 163 (2,44 %) födda utomlands. Personer födda i länder med färre än 10 invånare i kommunen är dolda av sekretesskäl.[16]
Befolkningen efter språk (modersmål) den 31 december 2022. Finska, svenska och samiska räknas som inhemska språk då de har officiell status i landet. Resten av språken räknas som främmande. För språk med färre än 10 talare är siffran dold av Statistikcentralen på grund av sekretesskäl.[17][4]