Tese Motta, 2018
Tese Motta, 2018
Tese Motta, 2018
INSTITUTO DE VETERINÁRIA
PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM CIÊNCIAS VETERINÁRIAS
TESE
2018
UNIVERSIDADE FEDERAL RURAL DO RIO DE JANEIRO
INSTITUTO DE VETERINÁRIA
CURSO DE PÓS-GRADUAÇÃO EM CIÊNCIAS VETERINÁRIAS
e Coorientação da Professora
Shana de Mattos de Oliveira Coelho
Seropédica, RJ
Abril de 2018
“A vida não é fácil para
nenhum de nós. Temos que ter
persistência e, acima de tudo,
confiança em nós mesmos.”
(Marie Curie)
AGRADECIMENTOS
Agradeço a Deus pela minha vida e saúde para seguir esta caminhada.
À Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, pela incrível experiência de vida. Lugar
que por onze anos foi a minha segunda casa, onde amadureci, cresci profissionalmente e fiz
amizades para vida toda. Esse lugar mágico ficará gravado na alma e deixará marcas eternas em
mim.
Aos meus pais, meus maiores incentivadores, Humberto Machado da Motta e Tânia Lúcia
Gonçalves Couto da Motta, por me mostrarem que a maior herança que se deixa aos filhos é a
educação. Por nunca terem medido esforços para que eu pudesse ter acesso ao bom ensino, mesmo
nos momentos mais difíceis e, principalmente, pelo amor incondicional. Aos meus avós, o meu
muito obrigado pelo carinho, por participarem da minha educação e formação como ser humano.
Vocês estarão eternamente em meu coração.
Ao meu marido e companheiro há nove anos, Herbet Pereira dos Santos. Obrigada por todo
o amor, respeito e paciência. Pelos os anos que estamos juntos, fortalecendo e incentivando um ao
outro.
À minha orientadora, Dra. Miliane Moreira Soares de Souza, por ser meu exemplo de
profissional e pela confiança depositada. Muito obrigada por acreditar no meu trabalho e permitir
que ele fosse conduzido sob sua orientação.
À equipe do laboratório de Medicina Veterinária Preventiva da Iowa State University (ISU,
EUA), sob a orientação da Dr. Catherine Mary Logue, que me acolheu, possibilitando a realização
de parte deste estudo, e participou dos cinco meses mais especiais da minha vida.
À coorientadora, Dra. Shana de Mattos de Oliveira Coelho, pelos conselhos e incentivo.
Muito obrigada.
À professora Dra. Irene da Silva Coelho, pelo carinho, paciência e vontade desmedida em
cooperar para o sucesso deste trabalho! Muito obrigada.
Às amiga e companheira de laboratório Bianca Soares, pela amizade e colaboração com as
análises de diversidade, sendo fundamental para conclusão deste estudo.
Às amigas e companheiras de laboratório Dayanne Melo e Marisol Gómez, pela amizade
e colaboração. Vocês foram especialmente importantes ao longo deste estudo.
A todos os amigos e colegas de Pós-Graduação e laboratório, Bruno Oliveira, Daniel Paiva,
Felipe Carlos Dubenczuk, Greiciane Bronzato, Mário Makita, Mario Bonci e Ramon Pimenta.
Obrigada por tornarem o trabalho mais prazeroso e colaborativo.
A todos os estagiários do LABAC VET que colaboraram com este trabalho, em especial
Thomas Santos e Richard Garcia, por toda ajuda, disponibilidade e capacidade. Vocês foram
essenciais.
Aos ex e atuais residentes do Programa de Residência Multiprofissional em Medicina
Veterinária da UFRRJ, que não medem esforços para a realização de um bom trabalho. Obrigada
pelo suporte e colaboração para a realização deste estudo.
Aos professores e funcionários do Departamento de Microbiologia e Imunologia
Veterinária pela amizade e carinho.
A toda equipe do Laboratório de Diagnóstico Veterinário Vet Análises, pelo apoio,
amizade e pelo prazer que é trabalhar com vocês.
Ao Programa de Pós-Graduação em Ciências Veterinárias da UFRRJ e funcionários, pelas
condições que recebemos para trabalhar e estudar.
Ao Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) e à
Coordenação De Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) pelas bolsas de estudos,
patrocínios e fomentos agraciados durante o doutorado.
À Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro (FAPERJ) pelos
patrocínios e fomentos agraciados durante o doutorado.
Por fim, a todos que de alguma forma contribuíram para a conclusão deste ciclo. Meus
sinceros agradecimentos.
BIOGRAFIA
MOTTA, Cássia Couto da. Occurrence, resistance, virulence and genetic diversity of
Staphylococcus pseudintermedius originated from clinical specimens of companion animals.
2018. 90 p. Thesis (Ph.D. in Veterinary Science) Veterinary Institute, Department of Animal
Parasitology, Federal Rural University of Rio de Janeiro, Seropédica, RJ, 2018.
Pág.
Figura 1 Eletroforese em gel de agarose 2,0 % dos produtos de amplificação do 26
gene nuc (926 pb). M: Marcador de tamanho molecular (Hi-Lo Dna
Marker – 10.000 pb); 1: Controle positivo (Staphylococcus
pseudintermedius CD93); 2 – 9: Isolados positivos (Staphylococcus
pseudintermedius); Br: Branco.
Figura 2 Eletroforese em gel de agarose 2,0 % dos produtos de amplificação do 28
gene siet (359 pb). M: Marcador de tamanho molecular (Bionexus™
Hi-Lo DNA Marker – 10.000 pb); 1 – 3: Staphylococcus
pseudintermedius positivos para o gene siet; Br: Branco.
Figura 3 Eletroforese em gel de agarose 2,0 % dos produtos de amplificação do 29
gene se-int (874 pb). Br: Branco; 1 – 3: Staphylococcus
pseudintermedius positivos para o gene se-int; M: Marcador de
tamanho molecular (Bionexus™ Hi-Lo DNA Marker – 10.000 pb).
Figura 4 Eletroforese em gel de agarose 2,0 % dos produtos de amplificação do 29
gene lukE/D (269 pb). 1 – 3: Staphylococcus pseudintermedius
positivos para o gene lukE/D; 4 e 5: Staphylococcus pseudintermedius
negativos para o gene lukE/D; Br: Branco; M: Marcador de tamanho
molecular (Bionexus™ Hi-Lo DNA Marker – 10.000 pb).
Figura 5 Ensaio de difusão em disco (DD) de oxacilina (1 g). Isolado 31
Staphylococcus pseudintermedius resistente.
Figura 6 Ensaio de microdiluição em caldo para determinação da CIM. Br: 31
Branco (água mili-Q); CP: Controle Positivo (Staphylococcus aureus
subsp. aureus ATCC® 33591TM); 1-10: Isolados S. pseudintermedius
resistentes à oxacilina (diferentes concentrações).
Figura 7 Dendograma de similaridade gerado a partir da técnica de PFGE 37
através do método UPGMA e complemento do índice de Dice
(Bionumerics, Versão 6.6 Applied Math®, Austin, TX; 1% de
tolerância e otimização de 0,5%). Ponto de corte ao nível de 85% de
similaridade genética (linha de cor vermelha). Tipos de SCCmec, spa
e agrupamentos gerados a partir dos padrões de restrição enzimática.
a Sítio de infecção não informado; b não-tipável; c cepa não clivada
pela enzima SmaI.
Figura 8 (A) Gráfico de torta representando os tipos de sequência (STs) das 40
cepas MRSP avaliadas. (B) Aplicação do algoritmo PHILOViZ,
mostrando a estrutura populacional e retratando a distribuição clonal
das cepas MRSP investigadas. Cada tipo de sequência é representado
por um círculo e dentro de cada um estão inseridas as cepas
representantes. Os retângulos na cor verde destacam as cepas do grupo
III e os retângulos na cor azul destacam as do grupo X, de acordo com
o padrão de restrição obtido com a técnica de PFGE. As cepas que não
puderam ter o ST determinado e deverão gerar novos STs (NST) foram
demonstradas com por única cor (azul claro) e as que apresentaram
combinações exatas foram representadas pelo círculo azul escuro.
ÍNDICE DE QUADROS
Pág.
Quadro 1. Resultados esperados na identificação fenotípica das espécies de ECP 16
Quadro 2. Iniciadores e ciclos empregados para identificação genotípica 17
Quadro 3. Interpretação dos escores resultantes da avaliação proteômica por MALDI- 17
TOF MS
Quadro 4. Iniciadores e ciclos empregados para a amplificação dos genes de 19
virulência
Quadro 5. Iniciadores e ciclos empregados para a amplificação dos genes mec 21
Quadro 6. Iniciadores e ciclos empregados para a tipificação dos elementos SCCmec 22
Quadro 7. Iniciadores e ciclos empregados para a amplificação do gene spa 23
Quadro 8. Iniciadores e ciclos empregados para a amplificação por PCR dos sete loci 25
para tipificação por MLST
ÍNDICE DE TABELAS
Pág.
1
2 REVISÃO DE LITERATURA
2.1 Taxonomia
2.1.1 Gênero Staphylococcus sp.
8
O cassete mec pode carrear ainda outros elementos genéticos como Tn554, pUB110 e
pT181, que codificam resistência às outras classes de antimicrobianos. Por exemplo, os genes erm,
que são os responsáveis pela resistência cruzada, expressa de maneira constitutiva ou induzida, a
macrolídeos, lincosamidas e estreptogramina B (MLSB), estão localizados no Tn554, presente no
SCCmec tipos II e III (ITO et al., 2001; ROBERTS, 2008). A transferência horizontal do gene
mecA em estafilococos, e dos elementos genéticos inseridos no SCCmec, resultou então na
disseminação mundial de clones oxacilina e multirresistentes, tornando-se uma dificuldade
adicional para o controle de infecções causadas por esse agente (ITO et al., 2001). Essa
multirresistência é frequentemente observada em cepas MRSP (PERRETEN et al., 2010;
RUSCHER et al., 2010; MOODLEY et al., 2013), que também constituem um reservatório de
genes de resistência para outros estafilococos (POMBA et al., 2017).
Atualmente, existem 11 tipos de elementos SCCmec em MRSA, originados da
recombinação de oito diferentes complexos de genes ccr e seis diferentes genes do complexo mec
(International Working Group on the Staphylococcal Cassette Chromosome Elements – IWG-SCC,
2018). Em MRSP são descritos diferentes tipos de elementos SCCmec (II–III, III, IV, V, VII),
assim como elementos não tipáveis (NT) (DESCLOUX et. al., 2008; BLACK et al., 2009;
PERRETEN et al., 2010, 2013), com significativa variabilidade na sua distribuição dentre os clones
de MRSP mundialmente reportados (DOS SANTOS et al., 2016). No entanto, dados de frequência
e distribuição desses elementos em cepas brasileiras permanecem pouco conhecidos.
2.6.1 Eletroforese em Gel de Campo Pulsado (“Pulsed Field Gel Electrophoresis” – PFGE)
11
considerável de loci por isolado, custos esses que tendem a ser ainda mais elevados dependendo
do país onde o estudo é conduzido.
Cepas de Staphylococcus sp. também podem ser tipificadas através da detecção do cassete
mec por PCR. Os elementos que compõem o SCCmec são altamente diversos quanto à organização
estrutural e conteúdo genético, mas compartilham várias características, como: (i) carreamento do
gene mecA em um complexo-mec, (ii) carreamento do (s) gene (s) ccr em um complexo-ccr, (ii)
integração em um sítio específico no cromossomo estafilocócico, referido como sequência do sítio
de integração para SCC, que serve como alvo para recombinação mediada por ccr e (iv) a presença
de sequências de repetição direta de flanqueamento contendo a sequência do sítio de integração
(IWG-SCC, 2009). Esses elementos são classificados em tipos que são definidos pela combinação
de: (i) tipo do complexo-ccr, que é representado pelo alótipo do gene ccr e (ii) classe do complexo-
mec, que são os elementos-chave responsáveis pela integração e excisão do SCCmec e do fenótipo
de resistência a beta-lactâmicos, respectivamente (IWG-SCC, 2009).
Além dos complexos ccr e mec, SCCmec também possui três “regiões de junção”,
conhecidas como “regiões J”: J1 (anteriormente L-C) situa-se entre a junção cromossômica direita
e o complexo-ccr, J2 (C-M) está entre o complexo-ccr e o complexo-mec e J3 (I-R) entre o
complexo-mec e a junção cromossômica esquerda (IWG-SCC, 2009). Essas regiões constituem
componentes não essenciais do cassete, podem conter determinantes adicionais da resistência
antimicrobiana e suas variações dentro do mesmo complexo mec-ccr são usadas para definir os
subtipos de de cassete (IWG-SCC, 2009).
Diferentes protocolos de detecção desenvolvidos originalmente para tipificação do
SCCmec em cepas de MRSA (OLIVEIRA et al., 2001; ZHANG et al., 2005; KONDO et al., 2007;
MILHEIRIÇO et al., 2007) têm sido utilizados na caracterização de MRSP. Dez tipos de SCCmec
(I–X) têm sido identificados com base no perfil alélico do gene da recombinase (ccr) e na classe
do complex mec, além de subtipos dependendo das variações em três regiões de junção (J1-J3)
(BANNOEHR; GUARDABASSI, 2012). Alguns tipos de SCCmec observados em MRSP
correspondem a tipos previamente encontrados em MRSA (como o SCCmec V em ST68),
enquanto outros são encontrados somente em cepas MRSP (como o SCCmec II-III em ST71),
sendo esse elemento uma combinação do SCCmec II de S. epidermidis e III de S. aureus.
(DESCLOUX et al., 2008; BANNOEHR; GUARDABASSI, 2012). Outros, no entanto, não são
tipáveis quando os esquemas de tipagem desenvolvidos para essas espécies são utilizados (BLACK
et al., 2009; PERRETEN et al., 2010; RUSCHER et al., 2010)
Em estudos prévios, o sequenciamento do genoma confirmou seis tipos em cepas MRSP:
SCCmec tipo II-III e tipo VII (DESCLOUX et al., 2008); tipo V (BLACK et al., 2009);
ψSCCmec57395 (PERRETEN et al., 2013); tipo IV(MCCARTHY et al., 2015); e tipo AI16-
SCCczrAI16-CI (CHANCHAITHONG et al., 2016).
3 OBJETIVOS
12
3.1. Objetivo geral
4 MATERIAIS E MÉTODOS
13
4.1. Amostragem
O teste para detecção da coagulase foi realizado utilizando o crescimento bacteriano obtido
em 1 ml de caldo BHI BHI (HIMEDIA®) incubado a 35 ± 2oC por 24 horas. Uma alíquota de 200
μl de cada amostra foi adicionada a 200 μl de plasma de coelho (Larboclin®), seguida de incubação
35 ± 2 oC por 6 horas, para visualização do coágulo (KONEMAN et al., 2008). A cepa
Staphylococcus aureus subsp. aureus ATCC® 25923TM foi utilizada como controle (coagulase
positiva).
Uma suspensão direta da colônia equivalente à escala 0,5 de McFarland foi distribuída por
toda a superfície de uma placa de Petri contendo ágar Müeller Hinton (AMH – KASVI®) com o
auxílio de um “swab”. Os discos de bacitracina 0,04 UI e polimixina 300 µg (Sensifar, Cefar®)
foram depositados sobre a superfície do meio, contendo o inóculo. Após incubação por 24 horas a
35 ± 2oC, a zona de inibição ao redor do disco foi observada e medida. Os estafilococos são
resistentes à bacitracina e crescem até a borda do disco, enquanto que os micrococos são sensíveis
e apresentam halo de, no mínimo, 10 mm (KONEMAN et al., 2008; MARKEYet al., 2013).
Staphylococcus pseudintermedius é sensível à polimixina, apresentando halo 10 mm (MARKEY
et al., 2013). A cepa Staphylococcus aureus subsp. aureus ATCC® 25923TM foi utilizada como
controle (resistente à bacitracina e à polimixina).
15
Coagulase Bacitracina Polimixina VP Manitol Manose Maltose Identificação
+ R S - (+) + +/- S. pseudintermedius
+ R S fraco ND ND -/fraco S. intermedius
+ R ND - + + + S. delphini
+ R R + + + + S. aureus
+ R ND - +/- - + S. aureus subsp. anaerobicus
+ R ND + (+) + - S. schleiferi subsp. coagulans
+/- R R - - + - S. hyicus
ND: Não determinado; R: Resistente; S: Sensível; (+) 11 a 89% de isolados positivos.
Para liberação do DNA bacteriano, foi utilizada metodologia proposta por Velasco e
colaboradores (2015), com algumas modificações. Cada isolado foi cultivado em microtubos
contendo 1 ml de caldo Infuso de Cérebro e Coração (BHI – BD Difco™) a 35 ± 2oC por 24 horas.
Após incubação, os cultivos foram submetidos à centrifugação a 30.000 ×g durante 2 minutos e
30 segundos. O sobrenadante foi descartado, adicionou-se 200 µl de água ultrapura, seguida de
agitação em “vortex”, incubação a 100 oC por 10 minutos em bloco de aquecimento do tipo
termobloco (ou banho seco) e nova centrifugação a 30.000 ×g por 2 minutos e 30 segundos. Por
fim, 180 µl do DNA sobrenadante foi adicionado a um novo microtubo e armazenado a -20 oC.
16
(Tamanho do
fragmento)
95ºC 5 min (94°C
16S rRNA AAC TCT GTT ATT AGG GAA GAA CA 30 s, 58°C 30 s,
Staphylococcus spp.
(756pb) CCA CCT TCC TCC GGT TTG TCA CC 72°C 1 min) x 30 e
72 ºC 10 min
95°C 2 min (95°C
nuc TRG GCA GTA GGA TTC GTT AA 30 s, 56°C 35 s e
S. pseudintermedius
(926 pb) CTT TTG TGC TYC MTT TTG G 72°C 1 min) x 30 e
72°C 2 min
17
A formação de “slime” em microplaca foi avaliada quantitativamente através de
metodologia descrita por Marques et al. (2013). Os isolados testados foram repicados em ágar
Sangue de Carneiro 5% (AS) por 24 horas a 35 ± 2oC e as colônias crescidas foram inoculadas em
ágar BHI e também incubadas a 35 ± 2oC por 24 horas. As culturas bacterianas foram ajustadas a
escala 0,5 de McFarland e diluídas 1:10 em caldo Tripticase de Soja (TS) (MERCK®) com adição
de 0,24% de glicose. Alíquotas de 200 μl dessa suspensão foram inoculadas em microplacas de
poliestireno estéreis com 96 poços (Zellkultur-Testplatten, TPP®) e incubadas por 24 horas a 35 ±
2oC sem agitação. Após incubação, esse material foi desprezado e os poços foram lavados 2 vezes
com 200 μl de solução salina estéril, secos em estufa a 65oC por 1 hora e corado com 200μl de
safranina 1% por 15 minutos. Os poços foram lavados três vezes com água destilada e secos à
temperatura ambiente. A absorbância foi determinada à 490 nm em leitor de ELISA (Multiskan™
GO Microplate Spectrophotometer, Thermo Scientific™). Poços não inoculados contendo caldo
TSA com 0,24% de glicose serviram como branco. Os isolados foram testados em triplicata e a
média dos três valores de absorbância obtidos foi calculada para cada isolado avaliado. As cepas
foram classificadas quanto à intensidade de formação de biofilme de acordo com os seguintes
valores de absorbância obtidos: forte ≥ 0.3; moderado ≥ 0.2 e <0.3 e fraco ≥ 0.1 e <0.2 (MARQUES
et al., 2013).
18
(Tamanho do
fragmento)
sea TTG CAG GGA ACA GCT TTA GGC AAT C
(252 pb) TGG TGT ACC ACC CGC ACA TTG A
95 ºC 5 min (95°C 1min,
seb GAC ATG ATG CCT GCA CCA GGA GA 1 60 °C 1 min, 72 °C 1 min)
(355 pb) AAC AAA TCG TTA AAA ACG GCG ACA CAG x 35 e 72 ºC 10 min
sed GAA AGT GAG CAA GTT GGA TAG ATT GCG GCT AG
(830 pb) CCG CGC TGT ATT TTT CCT CCG AGA G
95°C 10 min (95ºC 1 min,
sec CTT GTA TGT ATG GAG GAA TAA CAA
2 68°C 45 s, 72°C 1 min) x
(283 pb) TGC AGG CAT CAT ATC ATA CCA
15 e 72ºC 10 min
97 ºC 5 min (92 ºC 30 s,
seccanine GTA ATT TTG ATA TTC GCA CT
3 40 ºC 1 min, 72 ºC 1 min)
(793 pb) TAT CAA AAT CGG ATT AAC A
x 45 e 72 ºC 5 min
95 ºC 5 min (95°C 30 s,
se-int TAT AGG TAC CCT TGG ACT TTT GGA TG
4 55 °C 30 s, 72 °C 2 min)
(874 pb) TGG CGA GCT CCA AAT CCA TTA GCC
x 30 e 72 ºC 10 min
lukS-PV–lukF- 94 ºC 5 min (94°C 30 s,
ATC ATT AGG TAA AAT GTC TGG ACA TGA TCC A
PV 5 55 °C 30 s, 72 °C 1 min)
GCA TCA AST GTA TTG GAT AGC AAA AGC
(433 pb) x 30 e 72 ºC 7 min
94 ºC 30 s (94°C 30 s, 55
lukE-lukD TGA AAA AGG TTC AAA GTT GAT ACG AG
°C 30 s, 72 °C 30 s) x 30
(269 pb) TGT ATT CGA TAG CAA AAG CAG TGC A
e 72 ºC 1 min
95 ºC 10 min (95°C 20 s,
lukM TGG ATG TTA CCT ATG CAA CCT AC
54 °C 30 s, 72 °C 30 s) x
(780 pb) GTT CGT TTC CAT ATA ATG AAT CAC TAC
30 e 72 ºC 5 min
hla CTG ATT ACT ATC CAA GAA ATT CGA TTG
(209 pb) CTT TCC AGC CTA CTT TTT TAT CAG T M-PCR 94 ºC 5 min
hlb GTG CAC TTA CTG ACA ATA GTG C (94°C 30 s, 63 °C 30 s, 72
(309 pb) GTT GAT GAG TAG CTA CCT TCA GT °C 1 min) x 30 e 72 ºC 7
6
hld AAG AAT TTT TAT CTT AAT TAA GGA AGG AGT G min
(111 pb) TTA GTG AAT TTG TTC ACT GTG TCG A
hlg GTC AYA GAG TCC ATA ATG CAT TTA A M-PCR 94 ºC 5 min
(535 pb) CAC CAA ATG TAT AGC CTA AAG TG (94°C 30 s, 48 °C 30 s, 72
hglv GAC ATA GAG TCC ATA ATG CAT TYG T °C 1 min) x 30 e 72 ºC 7
(390 pb) ATA GTC ATT AGG ATT AGG TTT CAC AAA G min
eta ACT GTA GGA GCT AGT GCA TTT GT
(190 pb) TGG ATA CTT TTG TCT ATC TTT TTC ATC AAC
95 ºC 5 min (95°C 30 s,
etb CAG ATA AAG AGC TTT ATA CAC ACA TTA C
55 °C 30 s, 72 °C 2 min)
(612 pb) AGT GAA CTT ATC TTT CTA TTG AAA AAC ACT C
x 30 e 72 ºC 10 min
etd AAC TAT CAT GTA TCA AGG
7
(376 pb) CAG AAT TTC CCG ACT CAG
94 ºC 3 min (94 °C 30 s,
siet ATG GAA AAT TTA GCG GCA TCT GG
8 56 °C 30 s, 72 °C 1 min)
(359 pb) CCA TTA CTT TTC GCT TGT TGT GC
x 30 e 72 ºC 5 min
94 ºC 5 min (94 °C 30 s,
exi AGT AAC AAA CTA TCA CAT AGC G
9 53 °C 30 s, 72 °C 1 min)
(455 pb) TTA ACA GGT TAT AAC GTC CCC
x 35 e 72 ºC 10 min
* 1. CAMPBELL et al., 2008; 2. MONDAY et al., 1999; 3. EDWARDS et al., 1997; 4. BEXLEY et al., 2013; 5. LINA et al., 1999;
6. JARRAUD et al., 2002; 7. YAMAGUCHI et al., 2002; 8. LAUTZ et al., 2006; 9. MELTER et al., 2017.
19
incubação por 18 horas a 35 ± 2oC, os halos (diâmetros) formados ao redor dos discos foram
observados e medidos em milímetros. Isolados que apresentaram halos 17 mm foram
classificados como resistentes (CLSI VET01S ED3, 2015). A cepa Staphylococcus aureus subsp.
aureus ATCC® 33591TM foi usada como controle positivo (resistente).
O Ágar “Screen” com vancomicina foi utilizado para a detecção de Staphylococcus spp.
resistentes ou com reduzida suscetibilidade a esse antimicrobiano. O teste foi realizado de acordo
com o Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI M100, 2017), através da inoculação de
isolados provenientes de suspensões diretas das colônias equivalentes à escala 0,5 de McFarland
sobre a superfície do ágar BHI (KASVI) suplementado com 6 μg/ml de vancomicina. Essas placas
foram incubadas a 35oC ± 2oC por 24 horas e após esse período, um exame cuidadoso foi realizado
para verificar a presença de pequenas colônias ou crescimento em filme, o que caracteriza
resistência. As cepas Enterococcus faecalis ATCC® 29212TM (sensível) e E. faecalis ATCC®
51299TM (resistente) foram usadas como controles.
20
Foi realizada a técnica de PCR para amplificação dos genes mecA (GEHA et al., 1994),
mecA variante (MELO et al., 2014) e mecC (STEEGER et al., 2012) (Quadro 5). Foram utilizadas
as seguintes concentrações de reagentes: Tampão 10X (Thermo Fischer Sientific), 0,5 µM de
cada iniciador, 0,5 mM de dNTP (Invitrogen), 1,25 mM de MgCl2, 0,5 U de Taq DNA Polimerase
(Thermo Fischer Sientific), água mili-Q para completar um volume total de reação de 25 µl e 2
µl do DNA total liberado. Os fragmentos foram avaliados por eletroforese em gel de agarose a 2%.
O marcador de tamanho molecular de 10.000 pb (Bionexus™ Hi-Lo DNA marker) foi utilizado.
Após a eletroforese, o gel foi corado em solução de brometo de etídio (1,5 μg/ml) por 20
minutos. A imagem do mesmo foi capturada pelo fotodocumentador Omega Lum™ G Imaging
System (Alpegen®). As cepas Staphylococcus aureus subsp. aureus ATCC® 33591TM,
Staphylococcus aureus MO48A e Staphylococcus aureus BAA 2312 foram usadas como controles
positivos para a presença dos genes mecA, mecA variante e mecC, respectivamente.
21
Iniciadores Tipo de
(Tamanho do Sequência dos iniciadores (5’ – 3’) SCCmec, Ciclo
fragmento) região
(1) CIF2 F2
TTC GAG TTG CTG ATG AAG AAG G
CIF2 R2 I, região J1
ATT TAC CAC AAG GAC TAC CAG C
(495 pb)
(2) ccrC F10
GTA CTC GTT ACA ATG TTT GG V, complexo
ccrC R13
ATA ATG GCT TCA TGC TTA CC ccr
(449 pb)
(3) RIF5 F10
TTC TTA AGT ACA CGC TGA ATC G
RIF5 R13 III, região J3
ATG GAG ATG AAT TAC AAG GG
(414 pb)
(4) SCCmec V J1 F
TTC TCC ATT CTT GTT CAT CC
SCCmec V J1 R V, região J1
AGA GAC TAC TGA CTT AAG TGG
(377 pb)
dcs F2
CAT CCT ATG ATA GCT TGG TC I, II, IV, e VI, 94ºC 12 min
(5) dcs R1
CTA AAT CAT AGC CAT GAC CG região J3 (94°C 30 s, 53°C
(342 pb)
30 s, 68°C 3 min)
(6) ccrB2 F2
AGT TTC TCA GAA TTC GAA CG II e IV, x 25 e 72ºC 10
ccrB2 R2
CCG ATA TAG AA[W] GGG TTA GC complexo ccr min
(311 pb)
(7) kdp F1
AAT CAT CTG CCA TTG GTG ATG C
kdp R1 II, região J1
CGA ATG AAG TGA AAG AAA GTG G
(284 pb)
(8) SCCmec III J1 F
CAT TTG TGA AAC ACA GTA CG
SCCmec III J1 R III, região J1
GTT ATT GAG ACT CCT AAA GC
(243 pb)
(9) mecI P2
ATC AAG ACT TGC ATT CAG GC II e III,
mecI P3
GCG GTT TCA ATT CAC TTG TC complexo mec
(209 pb)
(10) mecA P4 Controle
TCC AGA TTA CAA CTT CAC CAG G
mecA P7 positivo
CCA CTT CAT ATC TTG TAA CG
(162 pb) interno
A tipagem molecular pelo gene spa foi realizada conforme descrito por Moodley e
colaboradores (2009). Os isolados que foram negativos para o gene spa utilizando os iniciadores
descritos por Moodley e colaboradores (2009) foram submetidos à PCR para detecção desse gene
utilizando os iniciadores desenhados por Ruscher e colaboradores (2010). Os iniciadores e
condições utilizados para amplificação da região variável X do gene spa estão descritos no Quadro
7. Foram utilizadas as seguintes concentrações de reagentes nas reações de PCR: Tampão
DreamTaq 10X (2,0 mM MgCl2, Thermo Fischer Sientific), 0,5 mM de dNTP (Invitrogen®), 1,25
U DreamTaq DNA Polimerase (Thermo Fischer Sientific), 0,4 μM de cada iniciador, água mili-
Q para completar um volume total de reação de 25 µl e 2 µl do DNA total liberado. Os fragmentos
foram avaliados por eletroforese em gel de agarose a 2%. O marcador de tamanho molecular de
10.000 pb (Bionexus™ Hi-Lo DNA marker ) foi utilizado. Após a eletroforese, o gel foi corado
em solução de brometo de etídio (1,5 μg/ml) por 20 minutos. A imagem do mesmo foi capturada
pelo fotodocumentador Omega Lum™ G Imaging System (Alpegen®).
22
Quadro 7. Iniciadores e ciclos empregados para a amplificação do gene spa
Gene
(Tamanho do Sequência dos iniciadores (5’ – 3’) Referência* Ciclo
fragmento)
95 ºC 10 min (95 °C 30 s, 58
spa ACC TGC GCC AAG TTT CGA TGA AG
1 °C 30 s, 72 °C 1 min) x 30 e
(750 – 810 pb) CGT GGT TTG CTT TAG CTT CTT GGC
72 ºC 10 min
94 ºC 5 min (94 °C 30 s, 57
spa AAG TAG TGA TAT TCT TGC T
2 °C 30 s, 72 °C 30 s) x 25 e 72
(303 – 392 pb) CCA GGT TGA ACG ACA TGC AT
ºC 10 min
*1. MOODLEY et al., 2009; 2. RUSCHER et al., 2010.
O protocolo utilizado para a tipagem das amostras foi o preconizado para Staphylococcus
aureus pelo “Center for Disease and Control and Prevention” (CDC), com modificações (Velasco
et al., 2015). Os isolados foram inoculados em placas de ágar Tripticase de Soja (TSA), e
incubados a 37oC por 18 a 24 horas. A cepa Salmonella sorotipo Branderup H9812 foi utilizada
como controle e foram preparadas de acordo com “PulseNet One-Day (24-28h) Standardized by
Laboratory Protocol for Molecular Subtyping of Escherichia coli O157:H7, nonon-typhoidal
Salmonella serotypes and Shigella sonnei by Pulsed Field Gel Electrophoresis”.
Com o auxílio de um “swab”, as colônias dos isolados e do controle foram coletadas e
ressuspendidas em 2 ml de tampão de suspensão celular (“Cell Suspencion Buffer” – CSB; 100
mM Tris: 100 mM EDTA, pH 8,0) de autoclavado e posteriormente ajustados no
espectrofotômetro (Absorbância = 0,9 a 1,1 a 610 nm). Em seguida, 200 μl da suspensão de células
ajustadas foi transferida para um microtubo contendo 300 μl de TE (10 mM Tris HCl; 1 mM
EDTA, pH8,0) e 3 μl de lisostafina para os isolados de S. pseudintermedius e 10 μl de Proteínase
K para os controles de S. ser. Braenderup. Posteriormente adicionou-se 300 μl de SeaKem® Gold
Agarose equilibrados a temperatura de 55 oC à suspensão ajustada. Após homogeinização, a
mesma foi depositada nos moldes de “plugs”. Para cada isolado, foram preparados dois “plugs”.
Para o preparo da agarose, alguns aspectos foram considerados, uma vez que a concentração
da agarose depende do tipo de isolado. Para S. pseudintermedius, foi utilizada a concentração de
1,8% e, para os controles, 1% acrescido de 1% de SDS. Após a solidificação, os “plugs” dos
isolados de S. pseudintermedius foram transferidos em tubos Falcon contendo 3 ml de tampão de
Lise (6 mM Tris HCl; 1M NaCl; 100 mM EDTA; 0,5% de Brij-58; 0,2% Desoxilato de Sódio;
0,5% Lauril- sarcosina de sódio), e incubados a 37oC por 4 horas. Já os “plugs” dos controles de
Salmonella ser. Braenderup foram depositados em 3 ml de outro tampão de lise (50 mM Tris; 50
mM EDTA, pH = 8,0 + 1% sarcosil), foram incubados a 54oC em banho maria e agitados
vigorosamente por 2 horas.
23
Para a lavagem dos “plugs” dos isolados de S. pseudintermedius foram realizadas quatro
lavagens utilizando em cada uma 6 ml de TE (10 mM Tris HCl; 1 mM EDTA, pH8,0), num
intervalo de 30 minutos entre cada. Já nas lavagens dos “plugs” controles de S. ser. Braenderup
foram realizadas seis lavagens utilizando em cada 6 ml de água Mili-Q nas duas primeiras,
seguidas de quatro lavagens com TE (10 mM Tris HCl; 1 mM EDTA, pH8,0), num intervalo de
10 minutos entre cada. Após a lavagem dos “plugs”, os mesmos foram estocados em TE e
refrigerados a 4oC.
Para a digestão enzimática, uma porção de aproximadamente 2 mm de cada “plug” foi
cortada com o auxilio de bisturi estéril. Cada porção foi depositada posteriormente em microtubo
contendo 100 μl da mistura para a digestão enzimática (S. pseudintermedius: 1,5 μl de SmaI, 10 μl
de Tango Buffer e 88,5 μl de água Mili-Q; controles de Salmonella ser. Braenderup: 2,5 μl de
XbaI, 10 μl de Tango Buffer e 87,5 μl de água Mili-Q). Os isolados de S. pseudintermedius foram
incubados a 25oC e os controles a 37oC por 3 horas. Após o período de digestão, os “plugs” foram
lavados com TE (10 mM Tris HCl; 1 mM EDTA, pH8,0) e armazenados.
Para a Eletroforese em Gel de Campo Pulsado, os “plugs” foram acomodados na superfície
dos dentes do pente e deixados alguns minutos à temperatura ambiente para secar. Foi preparado
o tampão de eletroforese 0,5X TBE e essa concentração do tampão foi utilizada para o preparo do
gel 1% SeaKem® Gold Agarose.
Após a mistura do gel alcançar uma temperatura de 55oC a 60oC, o mesmo foi depositado
lentamente na cama contendo o pente com “plugs” aderidos aos dentes. Dessa forma, o gel
solidifica com os “plugs” já inseridos nos poços. Em seguida, foi realizada a Eletroforese em Gel
de Campo Pulsado, seguindo os parâmetros para CHEF DR-II, DR-III e CHEF Mapper (Volts =
200 (6v/cm; 14oC, transferência inicial = 5 segundos; transferência final = 40 segundos; tempo de
eletroforese 18 horas).
Após a eletroforese, o gel foi corado em solução de brometo de etídio (1,5 μg/ml) por 20
minutos e a imagem do mesmo foi capturada pelo fotodocumentador Omega Lum™ G Imaging
System (Alpegen®), que foi avaliada pelo programa Bionumerics (Versão 6.6 Applied Math®,
Austin, TX) para a determinação das bandas. Para o cálculo da similaridade, utilizou-se o
complemento do índice de Dice, com 1% de tolerância e otimização de 0,5%. Utilizou-se o método
UPGMA (“Unweighted-Pair Group Method”) para a construção do dendograma e, para o
agrupamento, foi considerado o ponto de corte ao nível de 85% de similaridade genética
(GRÖNTHAL et al., 2015). As cepas com diferenças em até três bandas foram consideradas
intimamente relacionadas (TENOVER et al., 1995).
24
Os produtos de PCR foram purificados através da ExoSAP-IT® (USB Corporation,
Cleveland, Ohio), conforme recomendação do fabricante. As fitas “foward” e “reverse” foram
sequenciadas (método de Sanger) pelo “DNA Facility of the Iowa State University Office of
Biotechnology”. As sequências foram alinhadas utilizando o programa MEGA versão 7.0 e os
números de alelos e tipo de sequência (ST) foram determinados através do site
http://pubmlst.org/spseudintermedius/ da Universidade de Oxford para S. pseudintermedius. Com
base nos dados do alelo, a árvore de extensão mínima foi construída usando o algorítimo
PHYLOViZ (http://www.phyloviz.net/) (FRANCISCO et al., 2012).
Quadro 8. Iniciadores e ciclos empregados para a amplificação por PCR dos sete loci para tipagem
por MLST
Gene
(Tamanho do Sequência dos iniciadores (5’ – 3’) Referência* Ciclo
fragmento)
tuf CAA TGC CAC AAA CTC G
(500 pb) GCT TCA GCG TAG TCT A
95 ºC 2 min (95°C 1min, 55 °C
cpn60 GCG ACT GTA CTT GCA CAA GCA
1 1 min, 72 °C 1 min) x 30 e 72
(552 pb) AAC TGC AAC CGC TGT AAA TG
ºC 7 min
pta GTG CGT ATC GTA TTA CCA GA AGG
(570 pb) GCA GAA CCT TTT GTT GAG AAG C
purA GAT TAC TTC CAA GGT ATG TTT
(490 pb) TCG ATA GAG TTA ATA GAT AAG TC
fdh TGC GAT AAC AGG ATG TGC TT
95°C 1 min e 30 s (52ºC 30 s,
(408 pb) CTT CTC ATG ATT CAC CGG C
2 72°C 1 min, 94°C 30 s) x 35, 52
ack CAC CAC TTC ACA ACC CAG CAA ACT
ºC 30 s e 72 ºC 5 min
(680 pb) AAC CTT CTA ATA CAC GCG CAC GCA
sar GGA TTT AGT CCA GTT CAA AAT TT
(521 pb) GAA CCA TTC GCC CCA TGA A
*1. BANNOEHR et al., 2007; 2. SOLYMAN et al., 2013
5 RESULTADOS E DISCUSSÃO
25
Das 169 amostras clínicas investigadas, 84,0% (142/169) eram oriundas de processos
infecciosos em cães e 16,0% (27/169) em gatos. Das 164 amostras (164/169) enviadas ao
Laboratório de Microbiologia do Programa de Residência em Microbiologia UFRRJ nos anos de
2014 e 2015, isolou-se 188 Staphylococcus spp. que foram preliminarmente identificados por
espectrometria de massa MALDI-TOF no LIMM/UFRJ. Desses, 87 (46,7%; 87/188) eram
pertencentes ao grupo SIG e foram selecionados para o presente estudo. Também foram estudados
cinco Staphylococcus spp. oriundos de cinco amostras clínicas (5/169) de processos infecciosos
em animais de companhia enviadas a um laboratório comercial na cidade do Rio de Janeiro no ano
de 2017, totalizando 92 isolados investigados. Desses, 81 (88,0%; 81/92) eram provenientes de
amostras de processos infecciosos em cães e 11 (12,0%; 11/92) em gatos.
Os 92 isolados foram confirmados quanto ao gênero e espécie através da técnica de PCR,
ao amplificarem fragmentos de 756 pb do gene 16S rRNA e de 926 pb compatíveis com o esperado
para o gene nuc de S. pseudintermedius (Figura 1).
M 1 2 3 4 5 6 7 8 9 Br
1000 pb
500 pb
Figura 1. Eletroforese em gel de agarose 2,0 % dos produtos de amplificação do gene nuc (926
pb). M: Marcador de tamanho molecular (Hi-Lo Dna Marker – 10.000 pb); 1: Controle positivo
(Staphylococcus pseudintermedius CD93); 2 – 9: Isolados positivos (Staphylococcus
pseudintermedius); Br: Branco.
26
Pele 43 (46,7) 42 (45,7) 1 (1,1)
Trato urinário 22 (23,9) 12 (13,0) 10 (10,9)
Ouvido 18 (19,6) 18 (19,6) 0 (0,0)
Osso 3 (3,3) 3 (3,3) 0 (0,0)
Vagina 2 (2,2) 2 (2,2) 0 (0,0)
Útero 1 (1,1) 1 (1,1) 0 (0,0)
Líquido sinovial 1 (1,1) 1 (1,1) 0 (0,0)
Pulmão 1 (1,1) 1 (1,1) 0 (0,0)
NI 1 (1,1) 1 (1,1) 0 (0,0)
Total 92 (100%) 81 (88%) 11 (12%)
NI: Não informado.
Foi possível determinar que a maioria dos isolados avaliados (93,0%; 81/87) produziu
biofilme em diferentes intensidades. Em relação ao percentual de produção, houve semelhança com
o reportado na literatura. Singh e colaboradores (2013) reportaram 96% de positividade ao
avaliarem a capacidade de formação de biofilme em 140 cepas canadenses e americanas de S.
pseudintermedius suscetíveis (MSSP) e resistentes (MRSP) à meticilina. Semelhantemente,
Bardiau e colaboradores (2013) encontraram 100% (200/200) de produção de biofilme dentre cepas
MSSP e MRSP oriundas do Japão. Osland e colaboradores (2012), ao avaliarem cepas MRSP da
Noruega, encontraram 100% (23/23) de produção de biofilme. Em outro estudo, com cepas
27
polonesas de S. pseudintermedius oriundas de cães saudáveis e infectados, Garbacz e colaboradores
(2013) também encontraram 100% (123/123) de produção de biofilme. A habilidade de S.
pseudintermedius, especialmente MRSP, em produzir biofilme já foi associada à maior persistência
e disseminação dessas cepas (OSLAND et al., 2012)
Quanto à intensidade, a maior parte dos isolados avaliados foi classificada como fraco
(50,6%) ou forte (25,3%) produtor de biofilme, o que difere da maioria dos relatos, que reportam
produção predominantemente forte ou moderada entre S. pseudintermedius (OSLAND et al., 2012;
BARDIAU et al., 2013; SINGH et al., 2013; GARBACZ et al., 2013). Isso pode ser explicado pela
diferença entre as metodologias utilizadas, uma vez que, no presente estudo, o ensaio empregado
foi padronizado para a detecção em S. aureus (MARQUES et al., 2013). Visando a uma detecção
mais adequada para S. pseudintermedius, os isolados serão, em etapa futura, submetidos à avaliação
da formação de biofilme de acordo com metodologia e critérios de interpretação descritos por
Stepanovic e colaboradores (2007).
Os 92 isolados foram submetidos a reações de PCR para detecção dos genes codificadores
dos diferentes fatores de virulência de S. pseudintermedius. Dentre os genes de virulência
pesquisados, 97,8% (90/92) dos isolados amplificaram o gene siet (Figura 2), que codifica uma
toxina esfoliativa de S. pseudintermedius, 87,0% (80/92) o gene se-int (Figura 3), relacionado à
produção de enterotoxina, e 12,0% (11/92) o gene que codifica o bicomponente da leucotoxina
LukE-LukD (lukE-lukD) (Figura 4). M 1 2 3 Br
1000 pb
500 pb
400 pb
300 pb
Figura 2. Eletroforese em gel de agarose 2,0 % dos produtos de amplificação do gene siet (359
pb). M: Marcador de tamanho molecular (Bionexus™ Hi-Lo DNA Marker – 10.000 pb); 1 – 3:
Staphylococcus pseudintermedius positivos para o gene siet; Br: Branco.
Br 1 2 3 M
28
1000 pb
750 pb
Figura 3. Eletroforese em gel de agarose 2,0 % dos produtos de amplificação do gene se-int (874
pb). Br: Branco; 1 – 3: Staphylococcus pseudintermedius positivos para o gene se-int; M: Marcador
de tamanho molecular (Bionexus™ Hi-Lo DNA Marker – 10.000 pb).
1 2 3 4 5 Br M
1000 pb
500 pb
300 pb
200 pb
Figura 4. Eletroforese em gel de agarose 2,0 % dos produtos de amplificação do gene lukE/D (269
pb). 1 – 3: Staphylococcus pseudintermedius positivos para o gene lukE/D; 4 e 5: Staphylococcus
pseudintermedius negativos para o gene lukE/D; Br: Branco; M: Marcador de tamanho molecular
(Bionexus™ Hi-Lo DNA Marker – 10.000 pb).
29
pseudintermedius isolados de pele/infecções teciduais e otite externa. No presente estudo, foi
possível detectar o gene siet em quase todos os isolados avaliados (90/92), em concordância com
Yoon e colaboradores (2010), que relataram a presença desse gene no genoma de todos os 74 S.
pseudintermedius investigados. Perreten e colaboradores (2010) também encontraram o gene siet
em todos os 146 S. pseudintermedius estudados, bem como AnandaChitra e colaboradores (2016)
em todos os 91 S. pseudintermedius. Não foi possível observar uma correlação entre o sítio de
origem da amostra com a presença do gene siet, uma vez que apenas dois isolados, um de ouvido
e outro de urina, foram negativos. O papel biológico e a relevância clínica desse fator de virulência
ainda não foram completamente esclarecidos (BANNOEHR; GUARDABASSI, 2012;
ANANDACHITRA et al., 2016)
Futagawa-Saito e colaboradores (2004) descreveram a presença do gene se-int e da
enterotoxina SE-int em todos os isolados de S. pseudintermedius oriundos de cães negativos para
o gene SEC e SECcanine. Demonstraram ainda significativa homologia entre essa proteína e as
enterotoxinas estafilocócicas SEC (59– 61% de identidade) e SEB (56,6% de identidade). De modo
similar, o presente estudo encontrou significativa prevalência (87,0%) do gene se-int, bem como a
ausência dos genes das demais enterotoxinas testadas.
Onze isolados investigados (12,0%) amplificaram o gene lukE/D, que codifica o
bicomponente da leucotoxina LukE-LukD, um importante fator de virulência envolvido na
letalidade das infecções sanguíneas (bacteremia) por S. aureus (ALONZO et al., 2012). LukED
age matando neutrófilos e facilitando a multiplicação bacteriana no sítio de infecção. Não foram
encontrados dados na literatura acerca da detecção desse fator de virulência em isolados de S.
pseudintermedius. Dentre os isolados de S. pseudintermedius avaliados por Gómez-Sanz e
colaboradores (2011) e por Gharsa e colaboradores (2013), nenhum amplificou esse gene. Desse
modo, até onde consta, esse é o primeiro relato da detecção do gene lukE/D na espécie estudada, o
que requer uma análise de sequenciamento genético complementar.
Nenhum isolado amplificou os demais genes de virulência pesquisados (sea, seb, sec,
seccanine, sed, lukS/F, lukM, hla, hlb, hld, hlg, hlgv, eta, etb, etd e exi) e outros estudos também
relatam a ausência desses em cepas de S. pseudintermedius. Yoon e colaboradores (2010), também
não encontraram os genes sea, seb, sec, sed e see, codificadores de toxinas estafilocócicas, bem
como o gene tst, responsável pela toxina da síndrome do choque tóxico, TSST-1. Gómez-Sanz e
colaboradores (2011), não detectaram os genes seccanine e exi, tampouco nenhum outro gene
relacionado à produção de toxinas e somente duas cepas carreavam o gene hlgv.
É notória a necessidade de mais pesquisas a fim de identificar e caracterizar melhor os
fatores de virulência presentes em S. pseudintermedius, buscando determinar a prevalência e o
papel biológico que desempenham na patogênese das doenças.
30
Figura 5. Ensaio de difusão em disco (DD) de oxacilina (1 g). Isolado Staphylococcus
pseudintermedius resistente.
Br CP 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
16 g/ml
8 g/ml
4 g/ml
2 g/ml
1 g/ml
0,5 g/ml
0,25 g/ml
0 g/ml
Figura 6. Ensaio de microdiluição em caldo para determinação da CIM. Br: Branco (água mili-Q);
CP: Controle Positivo (Staphylococcus aureus subsp. aureus ATCC® 33591TM); 1-10: Isolados S.
pseudintermedius resistentes à oxacilina (diferentes concentrações).
31
expressiva correlação fenogenotípica nessa espécie, sugerindo que em cepas MRSP não existem
variantes gênicas que impliquem na não-detecção do gene mecA. Tal hipótese é suportada pela
não-detecção da variante ao utilizar os iniciadores desenvolvidos por Melo e colaboradores (2014).
Como esperado, o gene mecC não foi detectado em nenhum dos 92 isolados testados. O
gene mecC (mecALGA251), um homólogo do gene mecA, foi descrito em 2011 em linhagens de S.
aureus associadas a bovinos (GARCIA-ALVAREZ et al., 2011). Esse gene, que compartilha 70%
de homologia com o gene mecA e foi encontrado em um novo SCCmec (tipo XI), estava presente
em isolados S. aureus fenotipicamente resistentes aos beta-lactâmicos porém sem o gene mecA
(GARCIA-ALVAREZ et al., 2011).
Buscando uma identificação molecular ainda mais acurada, os 22 isolados resistentes foram
submetidos à identificação pelo MALDI-TOF MS no Laboratório do Dr. Qijing Zhang (Veterinary
Microbiology & Preventive Medicine, College of Veterinary Medicine, Iowa State University –
ISU, EUA), que também os identificou como pertencentes à espécie S. pseudintermedius. A partir
desse resultado, esses isolados foram confirmados como S. pseudintermedius meticilina-resistentes
(MRSP) e submetidos ao protocolo de tipificação do cassete SCCmec, que revelou que o tipo II-
III foi o predominantemente identificado (81,8%; 18/22).
O percentual de SCCmec II-III encontrado neste estudo está em concordância com a
literatura, que relata prevalência desse tipo de cassete em cepas MRSP, especialmente as
pertencentes ao complexo clonal (CC)/sequência tipo (ST) 71 (VAN DUIJKEREN et al., 2011;
DOS SANTOS et al., 2016; KIZERWETTER-ŚWIDA et al., 2017). Neste estudo, 13,6% (3/22)
dos MRSP apresentaram SCCmec não-tipável e 4,5% (1/22) o tipo IV. Elementos SCCmec não
tipáveis têm sido relatados em cepas MRSP (SASAKI et al., 2007a; BLACK et al., 2009;
PERRETEN et al., 2010; RUSCHER et al., 2010; KANG et al., 2017). SCCmec tipo IV também
tem sido reportado e é significativamente associado ao CC258 (DOS SANTOS et al., 2016) e a
seis STs diferentes (71, 106, 111, 112, 113, 116, 265) (PERRETEN et al., 2010; DOS SANTOS et
al., 2016).
Cabe ressaltar o elevado nível de resistência encontrado (CIM 8 µg/ml) em associação
ao SCCmec II-III. Sasaki e colaboradores (2007) também relataram alto nível de resistência à
oxacilina (CIM 8 µg/ml) em 15 das 18 cepas MRSP estudadas e dessas, 10 possuíam o
SCCmec III e em cinco o SCCmec não pode ser tipificado (NT). Apesar desse relato, não foram
encontrados outros estudos relacionando o alto nível de resistência à oxacilina a um determinado
tipo de SCCmec em cepas MRSP. Sabe-se que os genes reguladores mecI e mecRI, quando intactos,
regulam a expressão do gene mecA e consequente produção da PBP2a em Staphylococcus spp.
(HIRAMATSU et al. 2014). No entanto, em cepas MRSA, a variação no nível de resistência entre
clones não pode ser explicada somente pela regulação transcricional do gene mecA através da
atividade dos elementos regulatórios mecI e mecRI ou blaI e blaRI, mas também pela ocorrência
de mutações em diferentes genes, como os relacionados à divisão celular e os associados a
diferentes aspectos do metabolismo intermediário (DORDEL et al., 2014). Esses diferentes loci
constituem um conjunto adicional de determinantes genéticos essenciais para a expressão de
elevados níveis de resistência em subpopulações de estafilococos e mutações nesses determinates
poderiam desencadear um mecanismo de resposta bacteriana ao estresse (“stringent stress
response”), promovendo o aumento da transcrição e tradução de PBP2a (KIM et al., 2013;
DORDEL et al., 2014; KIM et al., 2017; PARDOS DE LA GANDARA et al., 2018).
Os escores obtidos pela identificação proteômica, o perfil de resistência à meticilina e os
tipos de SCCmec encontrados para cada MRSP encontram-se descritos na Tabela 3.
Tabela 3. Identificação por MALDI-TOF MS, perfil de resistência à meticilina e tipos de SCCmec
32
Cepa MALDI-TOF MS / Escore DDS OXA CIM OXA (µg/ml) mecA SCCmec
C11 Staphylococcus pseudintermedius 1.97 R + II-III
C33 Staphylococcus pseudintermedius 2.25 R + II-III
C55 Staphylococcus pseudintermedius 2.17 R + II-III
C56 Staphylococcus pseudintermedius 2.07 R + II-III
C85 Staphylococcus pseudintermedius 2.22 R + II-III
C86 Staphylococcus pseudintermedius 2.07 R + II-III
C97 Staphylococcus pseudintermedius 2.14 R + II-III
C110 Staphylococcus pseudintermedius 2.21 R + II-III
C111 Staphylococcus pseudintermedius 2.10 R + II-III
C128 Staphylococcus pseudintermedius 1.80 R + II-III
C140 Staphylococcus pseudintermedius 1.81 R + II-III
C156 Staphylococcus pseudintermedius 2.04 R + II-III
VA1 Staphylococcus pseudintermedius 1.97 R + II-III
VA2 Staphylococcus pseudintermedius 1.93 R + II-III
VA6 Staphylococcus pseudintermedius 2.00 R + II-III
VA15 Staphylococcus pseudintermedius 2.03 R + II-III
VA27 Staphylococcus pseudintermedius 1.95 R + II-III
C57 Staphylococcus pseudintermedius 2.01 R 128 + II-III
C25 Staphylococcus pseudintermedius 2.07 R 0,5 + IV
C27 Staphylococcus pseudintermedius 2.04 R 0,5 + NT
C46 Staphylococcus pseudintermedius 2.21 R 0,5 + NT
C81 Staphylococcus pseudintermedius 2.02 R 0,5 + NT
DDS OXA: Difusão em disco simples de oxacilina; CIM OXA: Concentração inibitória mínima de oxacilina; R: Resistente;
NT: não-tipável.
Todas as cepas MRSP isoladas no presente estudo (100%, 22/22) exibiram perfis de
multirresistência, sendo resistentes aos antimicrobianos ciprofloxacina, eritromicina, gentamicina,
kanamicina, lincomicina, penicilina e tetraciclina. Além da resistência a esses antimicrobianos,
90,9% (20/22) foram também resistentes ao cloranfenicol e 9,1% (2/22) foram incluídas na
categoria intermediária.
Estudos anteriores desmontaram que cepas MRSP podem exibir resistência a várias classes
de antimicrobianos (DESCLOUX et al., 2008; SCHWARZ et al., 2008; WETTSTEIN et al., 2008;
DOS SANTOS et al., 2016). O padrão de multirresistência encontrado neste estudo foi resistência
a seis diferentes categorias: aminoglicosídeos, fluoroquinolonas, lincosamidas, macrolídeos,
fenicóis e tetraciclinas. De modo semelhante, Penna e colaboradores (2013) encontraram
percentual considerável de multirresistência em cepas MRSP oriundas de lesões de pele
(piodermite) e otite em cães do Rio de Janeiro. Esses achados são preocupantes, pois mostram a
provável disseminação de MRSP em animais de companhia, especialmente cães, reduzindo
drasticamente as opções terapêuticas disponíveis para o tratamento dessas infecções.
Quanto à suscetibilidade aos demais antimicrobianos testados (daptomicina, linezolida,
nitrofurantoína, tigeciclina, quinupristina/dalfopristina e vancomicina), 100% (22/22) das cepas
MRSP foram sensíveis. As 22 cepas MRSP também foram submetidas à detecção de resistência
33
ou redução da suscetibilidade à vancomicina através do Ágar “Screen” e todos (100%; 22/22)
foram classificadas como sensíveis, uma vez que não foram observadas colônias ou crescimento
em filme na superfície do ágar. As características das 22 cepas MRSP encontram-se resumidas na
Tabela 4.
As 22 cepas MRSP isoladas no presente estudo, além da MRSP S231 isolada de leite
bovino, foram submetidas à tipagem molecular através da amplificação, sequenciamento e análise
do gene spa. Dessas, seis (6/23) não puderam ser analisadas devido à baixa qualidade das
sequencias obtidas, totalizando 17 cepas (n=17) investigadas quanto ao perfil do gene spa.
Através dessa análise foi possível detectar quatro tipos diferentes de spa utilizando os
iniciadores desenhados por Moodley e colaboradores (2009) cujo tipo 2 (t02) foi o
predominantemente encontrado (76,5%; 13/17). Quanto às demais cepas analisadas, 11,8% (2/17)
possuíam o gene spa do tipo 15 (t15), 5,9% (1/17) o do tipo 5 (t05) e 5,9% (1/17) o do tipo 6 (t06).
A Tabela 5 resume os tipos de spa detectados nas cepas avaliadas. No Anexo B, encontram-se as
34
sequências obtidas e alinhadas pelo programa BioEdit versão 7.2 contendo as sequências de
repetições de 30 pb que determinam o tipo de spa.
Estudos relatam que o spa t02 é frequentemente associado a cepas MRSP da linhagem
europeia ST71 mundialmente disseminada (PERRETEN et al., 2010; FENG et al., 2012;
MOODLEY et al., 2013; HAENNI et al., 2014; WORTHING et al., 2018). A presença de padrões
similares de repetição entre os tipos t02, t05, t06 e t15 estes são intimamente relacionados, visto
que diferem apenas quanto ao número total de repetições r03 (RUSCHER et al., 2010; MOODLEY
et al., 2013; WORTHING et al., 2018).
Vinte e três cepas (n = 23), incluindo a MRSP S231, foram submetidas a tipagem através
da técnica de PFGE. Como os eventos relacionados a ocorrência de surtos não foram investigados
pelo presente estudo, a análise por PFGE concentrou-se na identificação de isolados geneticamente
relacionados.
35
Das 23 cepas, três (MRSP C25, C46 e C56) não foram clivadas pela enzima SmaI.
Metilação dos sítios de restrição no DNA é comumente reportada como razão para a falha na
digestão por certas endonucleases (BENS et al., 2006; BOSCH et al., 2010; GÓMEZ-SANZ et al.,
2010). Através da técnica de PFGE foi possível observar a considerável heterogeneidade genética
e agrupamento em 16 grupos (Figura 7).
36
cassia0817 cassia0817
Cepa Origem Amostra SCCmec spa Pulsotipos
C110 Cão “Swab” cutâneo II-III NT I
100
100
20
40
60
80
40
60
80
0
C110 C85 Cão . “Swab” cutâneo II-III t02 II
C85 S231 Vaca . Leite II-III t02
S231 C156 Cão . Fragmento cutâneo e linfonodo II-III t02 III
C156 C111 Gato . Urina II-III t02
C111 C128 Gato . Urina II-III t02 IV
C128 VA1 Gato . Urina II-III t02 V
VA1
C97 Cão . “Swab” de abscesso II-III NT VI
C97 .
VA15 Gato Urina II-III t02 VII
VA15 .
VA2 Cão Urina II-III NT VIII
O22A .
C33 Gato Urina II-III t02 IX
VA2 .
C57 Gato Urina II-II t02
C33 .
C57
VA6 Cão . Urina II-III NT X
VA6 C86 Cão . “Swab” cutâneo II-III t02
C86 C55 Cão . “Swab” cutâneo II-III t02 XI
C55
C155 C27 Cão . “Swab” cutâneo NT b t15 XII
C27 C140 Cão . “Swab” otológico II-III NT XIII
C140 C11 Cão . “Swab” cutâneo II-III t02 XIV
C11 C81 Cão . “Swab” cutâneo NT b t15 XV
C81 VA27 Cão . “Swab” a II-III t02 XVI
C90 C56 Cão . “Swab” cutâneo II-III t02 NC c
VA27
C25 Cão . “Swab” cutâneo IV NT NC c
C46 Cão “Swab” cutâneo NT b t02 NC c
Figura 7. Dendograma de similaridade gerado a partir da técnica de PFGE através do método UPGMA e complemento do índice de
Dice (Bionumerics, Versão 6.6 Applied Math®, Austin, TX; 1% de tolerância e otimização de 0,5%). Ponto de corte ao nível de 85%
de similaridade genética (linha de cor vermelha). Tipos de SCCmec, spa e agrupamentos gerados a partir dos padrões de restrição
enzimática. a Sítio de infecção não informado; b não-tipável; c cepa não clivada pela enzima SmaI.
37
As cepas MRSP S231 (isolada de amostra de leite bovino), C156 (fragmento cutâneo de
um cão) e C111 (urina de um gato) geraram pulsotipos (padrões de restrição) com similaridade de
no mínimo 85% e foram agrupadas no grupo III. MRSP S231 e C156 apresentaram ainda 90% de
similaridade. As três cepas, que possuem os mesmos tipos de SCCmec II-III, spa t02 e perfil de
multirresistência, diferem em três fragmentos e são consideradas intimamente relacionadas. A
diferença quanto à espécie hospedeira denota o potencial de disseminação de MRSP em populações
animais distintas.
As cepas MRSP C57 (isolada de amostra de urina de um cão), VA6 (urina de um gato) e
C86 (“swab” cutâneo de um cão) geraram pulsotipos com similaridade superior a 85%, sendo então
agrupadas em X. MRSP C57 e VA6 apresentaram o pulsotipo indistinguível (100% de
similaridade) e são consideradas idênticas. Ambas possuem o mesmo tipo de SCCmec II–III e o
mesmo perfil de multirresistência, no entanto, o tipo de spa da cepa VA6 não pôde ser determinado.
Já MRSP C86 (de SCCmec II–III; spa t02) é itimamente relacionada às cepas C57 e VA6, uma vez
que difere em apenas um fragmento (TENOVER et al., 1995).
Através da tipagem pela técnica MLST foi possível detectar cinco tipos diferentes de
ST/CC (Tabela 7), sendo a maioria das cepas (86,2%; 19/23) pertencentes ao ST/CC 71, seguido
dos STs 265 (4,3%; 1/23) e 282 (4,3%; 1/23). Uma cepa (4,3%; 1/23) não pôde ter o ST
determinado, uma vez que as sequências dos loci pta e purA apresentaram baixa qualidade de
sequenciamento e não puderam ser analisadas.
A linhagem de MRSP frequentemente encontrada neste estudo foi a ST71 (CC71), o que é
consistente com relatos em outros países (WORTHING et al., 2018; COUTO et al., 2016;
DAMBORG et al., 2016; HAENNI et al., 2014; BARDIAU et al., 2013; PERRETEN et al., 2010).
MRSP-ST71 foi primeiramente detectada em 2007 na Alemanha (LOEFFLER et al., 2007) e
rapidamente tornou-se uma linhagem prevalente em países europeus (PERRETEN et al., 2010).
Desde então, espalhou-se por outros países, sendo o clone de MRSP mais amplamente disseminado
e tendo sido isolado em 14 países diferentes na Europa, América do Norte e do Sul e Ásia (DOS
SANTOS et al., 2016). No Brasil, a Quitoco e colaboradores (2013), relataram a colonização por
MRSP-ST71 em um cão na cidade do Rio de Janeiro e, até o momento, o presente estudo é o único
no Brasil que avalia a ocorrência de MRSP-ST71 em amostras oriundas de diferentes processos
infecciosos de animais de companhia.
A linhagem ST265 (CC258) já foi detectada em cães na Dinamarca (DAMBORG et al.,
2016) e Holanda (DUIM et al., 2016), mas nunca fora do continente Europeu (DOS SANTOS et
al., 2016). Já a linhagem ST282 (CC45) foi relatada em mais de um continente (DOS SANTOS et
al., 2016) e, recentemente, foi detectada na Ásia (DUIM et al., 2018). Frente a esse contexto, a
detecção de duas cepas MRSP pertencentes ao ST265 e ST282 pelo presente estudo também
indicam um achado inédito no Brasil e, talvez, na América do Sul, sugerindo a disseminação global
de clones MRSP.
Para a cepa C27 (4,3%; 1/23), não foi possível atribuir um ST. Na busca por combinações
próximas, pôde-se observar que a cepa C27 variava em dois (ack e purA) dos sete loci do ST649.
Tendo em vista essa observação, as sequências dos sete loci serão cuidadosamente verificadas em
relação à diferenciação alélica para que sejam submetidas ao curador da base do banco de dados
do MLST (https://pubmlst.org/spseudintermedius/) e possa gerar um novo ST (NST). A Tabela 6
detalha os tipos de sequência para os diferentes loci e os STs obtidos.
38
Tabela 6. Perfil alélico gerado através da tipagem por MLST
Cepa Origem Amostra tuf cpn60 pta purA fdh ack sar ST
C11 Cão “Swab” cutâneo 1 9 2 1 1 3 2 71
C33 Gato Urina 1 9 2 1 1 3 2 71
C55 Cão “Swab” cutâneo 1 9 2 1 1 3 2 71
C56 Cão “Swab” cutâneo 1 9 2 1 1 3 2 71
C57 Gato Urina 1 9 2 1 1 3 2 71
C85 Cão “Swab” cutâneo 1 9 2 1 1 3 2 71
C86 Cão “Swab” cutâneo 1 9 2 1 1 3 2 71
C111 Gato Urina 1 9 2 1 1 3 2 71
C156 Cão Fragmento cutâneo e linfonodo 1 9 2 1 1 3 2 71
VA1 Gato Urina 1 9 2 1 1 3 2 71
VA2 Cão Urina 1 9 2 1 1 3 2 71
VA6 Cão Urina 1 9 2 1 1 3 2 71
VA15 Gato Urina 1 9 2 1 1 3 2 71
VA27 Cão “Swab” * 1 9 2 1 1 3 2 71
S231 Vaca Leite 1 9 2 1 1 3 2 71
C97 Cão “Swab” de abscesso 3 9 2 1 1 3 2 CC71
C110 Cão “Swab” cutâneo 1 9 2 1 1 - 2 CC71
C128 Gato Urina 1 9 2 1 1 - 2 CC71
C140 Cão “Swab” otológico 1 9 1 1 1 3 2 CC71
C25 Cão “Swab” cutâneo 2 13 1 3 4 5 1 265
C46 Cão “Swab” cutâneo 1 2 4 2 2 3 1 282
C27 Cão “Swab” cutâneo 2 3 4 7 5 1 1 NST
C81 Cão “Swab” cutâneo 2 3 - - 5 1 1 NT
*Sítio de infecção não informado.
NST: Novo ST; NT: não tipável
A Figura 8 ilustra a estrutura populacional das cepas avaliadas pela técnica de MLST, com
base na construção de uma árvore filogenética. Dos 19 MRSP que foram caracterizados com o
mesmo ST/CC71, a cepa C97 apresentava variação em um locus (tuf) e por esse motivo foi alocada
em um nodo (ou nó) diferente das demais. O mesmo foi observado para a cepa C140, que
apresentava variação em um locus (pta). Para as cepas C110 e C128, as sequências do locus ack
apresentavam baixa qualidade e não puderam ser utilizadas para a obtenção de um número de alelo
e consequente determinação do ST, sendo classificadas como pertencentes ao CC71 pela
combinação dos números de alelo obtidos para os demais loci.
39
A
Figura 8. (A) Gráfico de torta representando os tipos de sequência (STs) das cepas MRSP
avaliadas. (B) Aplicação do algoritmo PHILOViZ, mostrando a estrutura populacional e retratando
a distribuição clonal das cepas MRSP investigadas. Cada tipo de sequência é representado por um
círculo e dentro de cada um estão inseridas as cepas representantes. Os retângulos na cor verde
destacam as cepas do grupo III e os retângulos na cor azul destacam as do grupo X, de acordo com
o padrão de restrição obtido com a técnica de PFGE. As cepas que não puderam ter o ST
determinado e deverão gerar novos STs (NST) foram demonstradas com por única cor (azul claro)
e as que apresentaram combinações exatas foram representadas pelo círculo azul escuro.
40
5.5.4 Análise comparativa dos perfis genéticos gerados pelas técnicas de tipagem molecular
As 23 cepas estudadas foram divididas três perfis genéticos de virulência, três tipos de
SCCmec (incluindo NT), quatro tipos de spa, 16 pulsotipos (PFGE) e quatro STs/CC, incluindo
um novo ST (NST). A Tabela 7 detalha os resultados das técnicas de tipagem para cada cepa
avaliada.
41
Tabela 7. Origem, perfis de virulência, resistência e tipagem molecular das 24 cepas de Staphylococcus pseudintermedius investigadas
VIRULÊNCIA RESISTÊNCIA TIPAGEM MOLECULAR
Cepas Origem Amostra Perfil genético de
se-int siet Fenótipo de Resistência SCCmec spa PFGE MLST
virulência
C25 Cão “Swab” cutâneo + + 1 CLO, CIP, ERI, GEN, KAN, LIN, PEN, TET IV NT NC ST265
C27 Cão “Swab” cutâneo + + 1 CLO, CIP, ERI, GEN, KAN, LIN, PEN, TET NT t15 XII NST
C33 Gato Urina + + 1 CLO, CIP, ERI, GEN, KAN, LIN, PEN, TET II-III t02 IX ST71
C46 Cão “Swab” cutâneo + + 1 CLO, CIP, ERI, GEN, KAN, LIN, PEN, TET NT t05 NC ST282
C55 Cão “Swab” cutâneo + + 1 CLO, CIP, ERI, GEN, KAN, LIN, PEN, TET II-III t02 XI ST71
C56 Cão “Swab” cutâneo + + 1 CLO, CIP, ERI, GEN, KAN, LIN, PEN, TET II-III t02 NC ST71
C57 Gato Urina + + 1 CLO, CIP, ERI, GEN, KAN, LIN, PEN, TET II-III t02 X ST71
C81 Cão “Swab” cutâneo + + 1 CLO, CIP, ERI, GEN, KAN, LIN, PEN, TET NT t15 XV NT
C85 Cão “Swab” cutâneo + + 1 CLO, CIP, ERI, GEN, KAN, LIN, PEN, TET II-III t02 II ST71
C86 Cão “Swab” cutâneo + + 1 CLO, CIP, ERI, GEN, KAN, LIN, PEN, TET II-III t02 X ST71
C97 Cão “Swab” de abscesso + + 1 CLO, CIP, ERI, GEN, KAN, LIN, PEN, TET II-III NT VI CC71
C110 Cão “Swab” cutâneo + + 1 CLO, CIP, ERI, GEN, KAN, LIN, PEN, TET II-III NT I CC71
C128 Gato Urina + + 1 CLO, CIP, ERI, GEN, KAN, LIN, PEN, TET II-III t02 IV CC71
C156 Cão Fragmento cutâneo e linfonodo + + 1 CLO, CIP, ERI, GEN, KAN, LIN, PEN, TET II-III t02 III ST71
VA2 Cão Urina + + 1 CLO, CIP, ERI, GEN, KAN, LIN, PEN, TET II-III NT VIII ST71
C11 Cão “Swab” cutâneo - + 2 CLO, CIP, ERI, GEN, KAN, LIN, PEN, TET II-III t02 XIV ST71
C111 Gato Urina - + 2 CLO, CIP, ERI, GEN, KAN, LIN, PEN, TET II-III t02 III ST71
VA1 Gato Urina - + 2 CLO b, CIP, ERI, GEN, KAN, LIN, PEN, TET II-III t02 V ST71
VA6 Cão Urina - + 2 CLO, CIP, ERI, GEN, KAN, LIN, PEN, TET II-III NT X ST71
VA15 Gato Urina - + 2 CLO, CIP, ERI, GEN, KAN, LIN, PEN, TET II-III t02 VII ST71
VA27 Cão “Swab” a - + 2 CLO, CIP, ERI, GEN, KAN, LIN, PEN, TET II-III t06 XVI ST71
S231 Vaca Leite - + 2 CLO b, CIP, ERI, GEN, KAN, LIN, PEN, TET II-III t02 III ST71
C140 Cão “Swab” otológico - - 3 CLO, CIP, ERI, GEN, KAN, LIN, PEN, TET II-III NT XIII CC71
a Sítio de infecção não informado.
b Resistência intermediária ao cloranfenicol.
F: Forte, FR: Fraco, M: Moderado, NT: não tipável; NA: Não avaliado.
CLO: cloranfenicol, CIP: ciprofloxacina, ERI: eritromicina, GEN: gentamicina, KAN: kanamicina, PEN: penicilina; LIN: lincomicina, TET: tetraciclina.
42
O agrupamento das cepas de acordo com a distribuição dos genes de virulência produziu
três perfis distintos. O perfil 1 foi o predominantemente detectado (69,6%; 15/23) dentre as cepas
avaliadas e todas posuem o mesmo perfil de multirresistência. No entanto, apresentam diferenças
quanto ao hospedeiro, intensidade de produção de biofilme, tipos de SCCmec, pulsotipos e STs. O
perfil 2 foi detectado em sete cepas (29,2%; 7/24), que possuem o mesmo SCCmec do tipo II-III e
o mesmo ST/CC71. Já o perfil 3 foi detectado somente na cepa C140 (4,2%; 1/24). (definir esses
perfis). Em S. pseudintermedius, independentemente do “background” genético ou do perfil
resistência, uma variedade de fatores de virulência tem sido detectada (GHARSA et al., 2013). A
diferença quanto à presença ou não de genes de virulência dentro de um mesmo ST/CC poderia ser
explicada pelo fato dessas cepas estarem sob diferentes pressões ambientais, fato que já foi
observado em cepas de S. aureus (MELLES et al., 2004).
Quanto à tipagem do spa, foram detectados quatro diferentes tipos. O spa t02 foi o
predominantemente encontrado (76,5%; 13/17) e todas as cepas que possuem esse tipo, possuem
também o SCCmec II-III e fazem parte do ST/CC71. Esse achado está em concordância com a
literatura que relata o spa t02 e o SCCmec II-III frequentemente associados a cepas da linhagem
mundialmente disseminada MRSP-ST71 (PERRETEN et al., 2010; VAN DUIJKEREN et al.,
2011; FENG et al., 2012; MOODLEY et al., 2013; HAENNI et al., 2014; DOS SANTOS et al.,
2016; KIZERWETTER-ŚWIDA et al., 2017; WORTHING et al., 2018). As duas cepas que
possuem o spa t15 não puderam ter seus SCCmec determinados (NT) pela metodologia utilizada.
Dessas, a cepa MRSP C27 também não pôde ter o seu ST determinado, visto que varia em dois
loci do ST649 e, provavelmente, pertence a um novo ST (NST) que será depositado. Já a cepa C81
também não pôde ser atribuída a nenhum ST/CC, devendo ser submetida novamente ao protocolo
de tipificação por MLST. Os spa t05 e t06 foram observados em duas cepas MRSP: C46 (SCCmec
NT, ST282) e VA27 (SCCmec II-III, ST71), respectivamente. Estudos sugerem que os tipos t02,
t05, t06 e t15 são intimamente relacionados, uma vez que diferem somente quanto ao número total
de repetições r03 (RUSCHER et al., 2010; MOODLEY et al., 2013; WORTHING et al., 2018).
Além disso, o mesmo tipo de spa pode estar presente em STs e pulsotipos não relacionados
(PERRETEN et al., 2010), o que já foi reportado em MRSA e pode ser resultado de evolução
convergente e recombinação genética (STROMMENGER et al., 2008; GUARDABASSI et al.,
2009).
A técnica de PFGE gerou perfis distintos e revelou a heterogeneidade das cepas MRSP
avaliadas, em concordância com estudos prévios (SASAKI et al., 2007; BLACK et al., 2009;
NORSTRÖM et al., 2009; FENG et al., 2012; GRÖNTHAL et al., 2015; VENTRELLA et al.,
2017). Eventos genéticos como mutações pontuais, inserções e/ou deleções de DNA podem resultar
em diferenças no padrão de restrição no PFGE (TENOVER et al., 1995; ABOU-ELNAGA, 2017).
As cepas MRSP C57 e VA6 (grupo X) são idênticas pois apresentaram o mesmo pulsotipo. Além
disso, ambas possuem os mesmos SCCmec II-III, ST71 e perfil de multirresistência, diferindo
apenas quanto ao hospedeiro e perfil de genes de virulência. Cabe ressaltar que essas cepas foram
isoladas de dois animais diferentes, atendidos em locais diferentes (HVPA/UFRRJ em Seropédica
e clínica veterinária no Rio de Janeiro). Ainda nesse grupo, C86 é intimamente relacionada a C57
e VA6, diferindo em apenas um fragmento, o que pode ser resultado de um evento genético como
mutação ou inserção/deleção de DNA (TENOVER et al., 1995). Essa relação é evidenciada pelo
fato dessas três cepas possuírem os mesmos SCCmec II-III, spa t02, ST71 e basicamente o mesmo
perfil de multirresistência. MRSP S231, C156 e C111 fazem parte do grupo III e são intimamente
relaciondas, diferindo em três fragamentos. A cepa S231 (grupo III) é oriunda de amostra de leite
bovino e sabe-se que S. pseudintermedius não é a espécie de Staphylococcus spp. associada à
patogenia das mastites (ROBBERSON et al., 1996), sendo S. aureus o agente frequentemente
43
relatado (SAEI, 2012). No entanto, o único relato de S. pseudintermedius como causador de mastite
bovina caracterizou a cepa envolvida como MRSP-ST71, spa t02 e SCCmec II-III (PILLA et al.,
2013), curiosamente, os mesmos tipos de ST, spa e SCCmec caracterizados para S231. Esse achado
sugere o potencial de disseminação das cepas MRSP e a possível adaptação a diferentes
hospedeiros animais. Além disso, a presença de animais estranhos ao ambiente de ordenha, como
cães e gatos, pode contribuir para disseminação de S. pseudintermedius em bovinos.
Através da análise por MLST, detectou-se três diferentes tipos de ST/CC, além de um NST.
O ST/CC71 foi encontrado em 86,2% (19/23) das cepas e todas possuem o SCCmec do tipo II-III,
confirmando a conhecida associação entre esse cassete e o ST71 (DAMBORG et al., 2016). De
modo geral, as cepas apresentam o mesmo perfil de multirresistência e tipo de spa (t02), mas
diferem quanto ao hospedeiro, intensidade de produção de biofilme e perfil de virulência. A cepa
MRSP C25 (SCCmec IV) pertence ao ST265, cujo complexo clonal 258 (CC258) é
significativamente associado ao tipo de cassete encontrado neste estudo (DOS SANTOS et al.,
2016). A cepa MRSP C46 (ST282/CC45, spa t05) não pôde ter o SCCmec tipificado pela
metodologia utilizada. É interessante ressaltar que um novo tipo de SCCmec (ψSCCmec57395) foi
descrito especificamente em cepas MRSP (PERRETEN et al., 2013), sendo significativamente
associado ao CC45 (DOS SANTOS et al., 2016), de modo que a caracterização desse cassete por
metodologia adequada a sua detecção deverá ser realizada em etapa futura.
De todas as cepas MRSP oriundas de processos infecciosos em cães e gatos avaliadas,
56,5% (13/23) compartilham o mesmo ST71-spat02-SCCmecII-III e o mesmo perfil de
multirresistência, indicando que, assim como em outros países, essa é uma importante linhagem de
MRSP que pode estar presente nas populações de cães e gatos do Brasil. Além disso, sugere que
essas cepas podem ter evoluído de um ancestral comum. Em menor proporção, dois outros STs/CCs
foram encontrados. O CC258 tem sido frequentemente reportado na Europa e foi demonstrado,
através do MLST e agrupamento por eBURST, que esse CC pode estar substituindo o CC71 em
certos países europeus (DUIM et al., 2016; DOS SANTOS et al., 2016). Já CC45 é um clone bem
disseminado na Ásia (DOS SANTOS et al., 2016), o qual é associado ao ψSCCmec57395
(PERRETEN et al., 2013). A inédita detecção desses STs/CCs no Brasil sugere que essas cepas
podem ter sido introduzidas a partir de outros países. Entretanto, mais estudos são necessários para
inferir a dinâmica populacional e a prevalência desses e de outros CCs em cepas MRSP brasileiras.
As técnicas PFGE e MLST não tiverem uma boa correlação e esses resultados refletem que
a escolha do método de tipagem depende do tipo de estudo epidemiológico. Parte dessa não
correlação entre resultados de PFGE e MLST pode ser explicada pela diferença conceitual do termo
“clone”. De acordo com Tenover e colaboradores (1995), esse termo refere-se a isolados
relacionados, que são geneticamente indistinguíveis ou são tão similares que se presume que
derivam de um mesmo ancestral. Já pela técnica de MLST, um clone é definido com base no tipo
de sequência, portanto um isolado é definido como clone caso compartilhe o mesmo ST, permitindo
assim a identificação de linhagens genéticas que compartilham o mesmo ancestral (SOARES,
2017). Com base nessa definição, os clones incluem isolados com o mesmo tipo de sequência, mas
que não são necessariamente geneticamente idênticos (SPRATT, 2004). A diversificação do
genoma ancestral em decorrência de elevadas taxas de mutação e recombinação genética, bem
como o ganho ou a perda de elementos genéticos móveis pode resultar em um genoma altamente
variável, dificultando a definição de clone para esses microrganismos. Nesse sentido, a técnica de
PFGE permite a detecção de alterações genômicas mais frequentes e evidencia a diversidade entre
as cepas que partilham o mesmo ST (MURCHAN et al., 2003). A melhor compreensão do modo
como esses processos de evolução clonal contribui para a estruturação populacional pode ser
alcançada através de técnicas como o Sequenciamento Total do Genoma (“Whole Genome
44
Sequence” – WGS), que permite a investigação, em larga escala, dos mecanismos genéticos que
contribuem para a expansão clonal de certas linhagens de S. pseudintermedius (RILEY, 2016). No
entanto, deve-se ressaltar que para a realização de um estudo populacional, convém a combinação
de diferentes técnicas de tipagem.
A elevada prevalência de multirresistência (100%; 22/22) reportada neste e em outros
estudos (PERRETEN et al., 2010; BEN ZAKOUR et al., 2011; KADLEC et al., 2012; DUIM et
al., 2016; DOS SANTOS et al., 2016; VIDELA et al., 2017) evidencia que resistência a outras
classes de antimicrobianos é frequentemente encontrada em cepas MRSP. De modo geral, MRSP
exibem resistência à eritromicina, clindamicina, tetraciclina, sulfametoxazol + trimetoprim,
enrofloxacina, gentamicina, cloranfenicol e amicacina, mas com significativas diferenças quanto à
prevalência entre CCs diferentes, conforme demonstrado por dos Santos e colaboradores (2016).
Esses pesquisadores revelaram que MRSP-CC258 possui perfil de resistência diferente do que é
observado para cepas MRSP-CC71 e CC45. No entanto, no presente estudo, não foram observadas
variações nos perfis de resistência entre os STs/CCs detectados, sugerindo que a população MRSP
pode estar evoluindo para um perfil de resistência às mais variadas classes, restringindo ainda mais
as opções terapêuticas disponíveis. A rápida emergência de multirresistência tem sido associada ao
limitado número de elementos genéticos móveis e à pressão de seleção decorrente do uso de
inúmeras classes de antimicrobianos (MCCARTHY et al., 2015). Além dos impactos gerados para
o tratamento das infecções causadas por esses agentes, a emergência mundial de cepas MRSP
multirresistentes é uma preocupação para a saúde pública, seja pelos casos de infecção humana
resultantes da exposição a esses patógenos ou pela potencial transferência de elementos genéticos
entre espécies de Staphylococcus spp. de origem animal e humana (VIDELA et al., 2017).
MRSP é um patógeno nosocomial em ambientes veterinários de maneira comparável às
linhagens de MRSA adquiridas em hospitais na medicina humana (PERRETEN et al., 2010) e
embora um número considerável de estudos busque a compreensão da dinâmica populacional de
S. pseudintermedius, pouco se sabe sobre a distribuição de padrões clonais em cepas MRSP
brasileiras. Os resultados apresentados revelam a ocorrência de importantes linhagens de MRSP e
as principais características fenogenotípicas observadas que podem contribuir para sua expansão
clonal. Além disso, o perfil de multirresistência encontrado em STs não relacionados ressalta a
necessidade de vigilância epidemiológica contínua buscando determinar a prevalência de
populações clonais de MRSP e rastrear o surgimento de novas.
45
6 CONCLUSÕES
• Dois clones foram identificados pela técnica de PFGE, além de quatro cepas intimamente
relacionadas (grupos III e X).
46
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67
ANEXOS
68
1 ano e 7
C41 8.61.29 HVPA/UFRRJ Cão Pug F Pele “Swab” cutâneo
meses
C44 8.61.30 HVPA/UFRRJ Cão SRD F 6 anos Pele Abscesso
C45 8.61.31 HVPA/UFRRJ Cão Bulldog Francês F 2 anos Pele “Swab” cutâneo
C46 8.61.32 HVPA/UFRRJ Cão Teckel M 2 anos Pele “Swab” cutâneo
C47 8.61.33 HVPA/UFRRJ Cão SRD F 5 anos Pele “Swab” cutâneo
C48 8.61.34 HVPA/UFRRJ Cão Pitt Bull F 9 anos Pele Fragmento cutâneo
C50 8.61.35 HVPA/UFRRJ Cão Poodle F 5 anos Pele “Swab” cutâneo
C52 8.61.36 HVPA/UFRRJ Cão Bulldog Inglês F 7 anos Pele “Swab” cutâneo
C55 8.61.37 HVPA/UFRRJ Cão Bulldog Francês F 2 anos Pele “Swab” cutâneo
C56 8.61.38 HVPA/UFRRJ Cão Bulldog F 10 anos Pele Secreção purulenta de joelho
C57 8.61.39 HVPA/UFRRJ Gato PCB M 4 anos Trato urinário Urina
Fragmento de
C58 8.61.40 HVPA/UFRRJ Cão Pitt Bull M 11 anos Fragmento de nódulo
nódulo
C59 8.62.1 HVPA/UFRRJ Cão Golden Retriever F 5 anos Pele “Swab” cutâneo
C60 8.62.2 HVPA/UFRRJ Cão Bulldog F 10 anos Pele “Swab” de ferida
1 ano e 3
C61 8.62.3 HVPA/UFRRJ Gato SRD M Trato urinário Urina e coágulo
meses
C63 8.62.4 HVPA/UFRRJ Cão NI F 6 anos Ouvido “Swab” otológico
C65 8.62.5 HVPA/UFRRJ Cão Pastor Alemão M 3 meses Pulmão Secreção pulmonar
C66 8.62.6 HVPA/UFRRJ Cão SRD M 11 anos Ouvido “Swab” otológico
C67 8.62.7 HVPA/UFRRJ Cão Golden Retriever F 5 anos Pele “Swab” cutâneo
C70 8.62.8 HVPA/UFRRJ Gato SRD F 8 meses Trato urinário Urina
C72 8.62.9 HVPA/UFRRJ Cão SRD M 13 anos Ouvido “Swab” otológico
C73 8.62.10 HVPA/UFRRJ Cão Poodle F 13 anos Pele “Swab” cutâneo
C80 8.62.11 HVPA/UFRRJ Cão Pinscher M 11 anos Trato urinário Urina
C81 8.62.12 HVPA/UFRRJ Cão Poodle M 4 anos Pele “Swab” cutâneo
C83 8.62.13 HVPA/UFRRJ Cão SRD F 3 anos Ouvido “Swab” otológico
C85 8.62.14 HVPA/UFRRJ Cão Chow-Chow F 10 anos Pele “Swab” cutâneo
C86 8.62.15 HVPA/UFRRJ Cão Pitbull F 9 meses Pele “Swab” cutâneo
C87 8.62.16 HVPA/UFRRJ Cão SRD F 3 anos Pele “Swab” de lesão
C93 8.62.18 HVPA/UFRRJ Cão Pinscher F 11 anos Trato urinário Urina
69
C97 8.62.19 HVPA/UFRRJ Cão SRD M NI Pele “Swab” de abscesso
C99 8.63.1 HVPA/UFRRJ Cão SRD M 1 ano Pele “Swab” cutâneo
C100 8.62.20 HVPA/UFRRJ Cão Chowchow F 1 ano Ouvido “Swab” otológico
C102 8.62.21 HVPA/UFRRJ Cão SRD F 13 anos Osso “Swab” foco de fratura
C103 8.62.22 HVPA/UFRRJ Cão Labrador M 12 anos Pele “Swab” cutâneo
C104 8.62.23 HVPA/UFRRJ Cão Scooby M 3 anos Pele “Swab” de lesão
C105 8.63.2 HVPA/UFRRJ Cão Collie F 9 anos Pele “Swab” cutâneo
C106 8.62.24 HVPA/UFRRJ Cão SRD M 9 anos Pele Punção de abscesso
C110 8.62.25 HVPA/UFRRJ Cão Rottweiler M 4 meses Pele “Swab” cutâneo
C111 8.62.26 HVPA/UFRRJ Gato PCB F 2 anos Trato urinário Urina
C113 8.62.27 HVPA/UFRRJ Cão Pitt Bull M 1 ano Ouvido “Swab” otológico
C122 8.62.28 HVPA/UFRRJ Cão São Bernardo M 7 anos Trato urinário Urina
C125 8.62.29 HVPA/UFRRJ Cão Shih-Tzu F 5 anos Ouvido “Swab” otológico
C127 8.62.30 HVPA/UFRRJ Cão Yorkshire F 5 anos Trato urinário Urina
C128 8.62.31 HVPA/UFRRJ Gato SRD F 2 anos Trato urinário Urina
C130 8.62.32 HVPA/UFRRJ Cão Yorkshire Terrier F 3 anos Trato urinário Urina
C131 8.62.33 HVPA/UFRRJ Cão SRD M 9 anos Trato urinário Urina
C132 8.62.34 HVPA/UFRRJ Cão SRD M 7 anos Ouvido “Swab” otológico
1 ano 3
C133 8.62.35 HVPA/UFRRJ Cão Cane Corso F Vagina “Swab” vaginal
meses
C134 8.62.36 HVPA/UFRRJ Cão SRD F 13 anos Pele “Swab” cutâneo
C135 8.62.37 HVPA/UFRRJ Cão Beagle M 2 meses Trato urinário Urina
C137 8.62.38 HVPA/UFRRJ Cão SRD M 15 anos Trato urinário Urina
C140 8.62.39 HVPA/UFRRJ Cão SRD M 10 anos Ouvido “Swab” otológico
C141 8.62.40 HVPA/UFRRJ Cão SRD M 3 anos Ouvido “Swab” otológico
C142 8.63.3 HVPA/UFRRJ Cão SRD M 6 anos Ouvido “Swab” otológico
C144 8.63.4 HVPA/UFRRJ Cão SRD F 9 anos Pele Secreção de abscesso
C145 CR 8.63.5 HVPA/UFRRJ Cão SRD M 5 anos Pele “Swab” cutâneo
C149 8.63.6 HVPA/UFRRJ Cão SRD M 5 anos Trato urinário Urina
1 ano 7
C150 8.63.7 HVPA/UFRRJ Cão SRD F Ouvido “Swab” otológico
meses
70
C154 8.63.8 HVPA/UFRRJ Cão SRD M 8 anos Ouvido “Swab” otológico
Fragmento cutâneo e
C156 8.63.9 HVPA/UFRRJ Cão Pit Bull F 8 anos Pele
linfonodo
C157 8.63.10 HVPA/UFRRJ Cão SRD F 4 anos Pele Fragmento de cutâneo
C159 8.63.12 HVPA/UFRRJ Cão SRD M 10 anos Ouvido “Swab” otológico
C160 8.63.13 HVPA/UFRRJ Cão Labrador M 9 anos Pele Fragmento cutâneo
VA1 8.63.18 Laboratório Privado Gato Persa M 11 meses Trato urinário Urina
VA2 8.63.19 Laboratório Privado Cão SRD F 16 anos Trato urinário Urina
VA6 8.63.23 Laboratório Privado Cão Beagle M NI Trato urinário Urina
VA15 8.63.32 Laboratório Privado Gato PCB M 3 anos Trato urinário Urina
VA27 8.64.4 Laboratório Privado Cão SRD M NI NI “Swab”
PCB: Pelo Curto Brasileiro; SRD: Sem Raça Definida; F: Fêmea; M: Macho; NI: Não informado
71
ANEXO B – Alinhamento das sequências (BioEdit versão 7.2) do gene spa amplificado através
dos iniciadores descritos por Moodley e colaboradores (2009). Em destaque encontram-se as
sequências de repetições de 30 pb que determinam o tipo de spa.
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
C11 1 AAACTTAACTGAAGAACAACGTAACGGTTTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCAAGTGTAAGTAAAGATATCCTTGTTGAAGCTAAAAAGTTAAATGACAGCCAAGCAAAACCTGATTA
C33 1 ........................................................................................................................
C55 1 ........................................................................................................................
C56 1 ........................................................................................................................
C57 1 ........................................................................................................................
C85 1 ........................................................................................................................
C86 1 ........................................................................................................................
C111 1 ........................................................................................................................
C128 1 ........................................................................................................................
C156 1 ........................................................................................................................
S231 1 ...TC.T........G........................................................................................................
VA1 1 ........................................................................................................................
VA15 1 ........................................................................................................................
130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
72
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
C27 1 AACTTAACTGAAGAACAACGTAACGGTTTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCGAGTGTAAGTAGTGATATTCTTGCTGAAGCTAAGAAATTAAATGACAGCCAAGCGCCTAAAGAAGAC
C81 1 ........................................................................................................................
MO22A 1 ........................................................................................................................
130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
C46 1 TTACCAAATCTTACTGAAGAGCAACGTAACGGTTTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCAAGTGTAAGTAAAGATATCCTTGTTGAAGCTAAAAAGTTAAATGACAGCCAAGCAAAACCT
130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360
....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|....|
370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480
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73
10 20 10 30 20 40 30 50 40 60 50 70 60 80 70 90 80 100 90 100
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VA27SPA_1142761.seq 1 ACCAAATCTTACTGAAGAGCAACGTAACGGTTTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCAAGTGTAAGTAAAGATATCCTTGTTGAAGCTAAAAAGTTAAAT
VA27SPA_1142761.seq 1 ACCAAATCTTACTGAAGAGCAACGTAACGGTTTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCAAGTGTAAGTAAAGATATCCTTGTTGAAGCTAAAAAGTTAAAT
110 120 10
110 130 20
120 140 30
130 150 40
140 160 50
150 170 60
160 180 70
170 190 80
180 200 90
190 100
200
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210 220 10
110
210 230 20
120
220 240 30
130
230 250 40
140
240 260 50
150
250 270 60
160
260 280 70
170
270 290 80
180
280 300 90
190
290 100
200
300
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VA27SPA_1142761.seq
VA27SPA_1142761.seq 1
201 ACCAAATCTTACTGAAGAGCAACGTAACGGTTTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCAAGTGTAAGTAAAGATATCCTTGTTGAAGCTAAAAAGTTAAAT
201 TCCAAAGCCTTAAAGACGATCCAAGTGTAAGTAAAGATATCCTTGTTGAAGCTAAAAAGTTAAATGACAGCCAAGCAAAACCTGATTACAGTGAAGCGCA
101 GACAGCCAAGCAAAACCTGATTACAGTGAAGCGCAACAAAATGCATTTTATGAAATTTTACACCTTCCAAACTTAACTGAAGAACAACGTAACGGTTTCA
TCCAAAGCCTTAAAGACGATCCAAGTGTAAGTAAAGATATCCTTGTTGAAGCTAAAAAGTTAAATGACAGCCAAGCAAAACCTGATTACAGTGAAGCGCA
VA27SPA_1142761.seq
VA27SPA_1142761.seq 201
1 TCCAAAGCCTTAAAGACGATCCAAGTGTAAGTAAAGATATCCTTGTTGAAGCTAAAAAGTTAAATGACAGCCAAGCAAAACCTGATTACAGTGAAGCGCA
401 GATATTCTTGCTGAAGCTAAGAAATTAAATGACAGCCAAGCGCCTAAAGAAGACAACAACGTAAAAGACAATAATTCAGGTGAAAACAAAGCTGAAGACA
301 ACAAAATGCATTTTATGAAATTTTACACCTTCCAAACTTAACTGAAGAACAACGTAACGGTTTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCGAGTGTAAGTAGT
401 ACCAAATCTTACTGAAGAGCAACGTAACGGTTTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCAAGTGTAAGTAAAGATATCCTTGTTGAAGCTAAAAAGTTAAAT
101 GATATTCTTGCTGAAGCTAAGAAATTAAATGACAGCCAAGCGCCTAAAGAAGACAACAACGTAAAAGACAATAATTCAGGTGAAAACAAAGCTGAAGACA
GACAGCCAAGCAAAACCTGATTACAGTGAAGCGCAACAAAATGCATTTTATGAAATTTTACACCTTCCAAACTTAACTGAAGAACAACGTAACGGTTTCA
v
510 520 310
10
410
110
510
210 530 320
20
420
120
520
220 540 330
30
430
130
530
230 550 340
40
440
140
540
240 560 350
50
450
150
550
250 570 360
60
460
160
560
260 580 370
70
470
170
570
270 590 380
80
480
180
580
280 600 390
90
490
190
590
290 400
100
500
200
600
300
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VA27SPA_1142761.seq 301
1
401
101
201 ACAAAATGCATTTTATGAAATTTTACACCTTCCAAACTTAACTGAAGAACAACGTAACGGTTTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCGAGTGTAAGTAGT
501 ACCAAATCTTACTGAAGAGCAACGTAACGGTTTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCAAGTGTAAGTAAAGATATCCTTGTTGAAGCTAAAAAGTTAAAT
501 AAGGCAACAAAGAAAACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAAAGAAGACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAAAGAAGACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAA
GATATTCTTGCTGAAGCTAAGAAATTAAATGACAGCCAAGCGCCTAAAGAAGACAACAACGTAAAAGACAATAATTCAGGTGAAAACAAAGCTGAAGACA
GACAGCCAAGCAAAACCTGATTACAGTGAAGCGCAACAAAATGCATTTTATGAAATTTTACACCTTCCAAACTTAACTGAAGAACAACGTAACGGTTTCA
AAGGCAACAAAGAAAACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAAAGAAGACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAAAGAAGACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAA
TCCAAAGCCTTAAAGACGATCCAAGTGTAAGTAAAGATATCCTTGTTGAAGCTAAAAAGTTAAATGACAGCCAAGCAAAACCTGATTACAGTGAAGCGCA
v
610 620 410
110
510
210
610
10
310 630 420
120
520
220
620
20
320 640 430
130
530
230
630
30
330 650 440
140
540
240
640
40
340 660 450
150
550
250
650
50
350 670 460
160
560
260
660
60
360 680 470
170
570
270
670
70
370 690 480
180
580
280
680
80
380 700 490
190
590
290
690
90
390 500
200
600
300
700
100
400
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VA27SPA_1142761.seq
VA27SPA_1142761.seq 401
101
201
1
301 GATATTCTTGCTGAAGCTAAGAAATTAAATGACAGCCAAGCGCCTAAAGAAGACAACAACGTAAAAGACAATAATTCAGGTGAAAACAAAGCTGAAGACA
GACAGCCAAGCAAAACCTGATTACAGTGAAGCGCAACAAAATGCATTTTATGAAATTTTACACCTTCCAAACTTAACTGAAGAACAACGTAACGGTTTCA
601 AGAAGATAAAGCTAAAGACAAAGACAACAAAGAAGGCAAAGCTGCAGACAAAGGTATGGACAAAGCGAAAGATGCAATGCATGTCGTTCAACCTGGTGAA
501 AAGGCAACAAAGAAAACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAAAGAAGACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAAAGAAGACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAA
TCCAAAGCCTTAAAGACGATCCAAGTGTAAGTAAAGATATCCTTGTTGAAGCTAAAAAGTTAAATGACAGCCAAGCAAAACCTGATTACAGTGAAGCGCA
601 ACCAAATCTTACTGAAGAGCAACGTAACGGTTTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCAAGTGTAAGTAAAGATATCCTTGTTGAAGCTAAAAAGTTAAAT
AGAAGATAAAGCTAAAGACAAAGACAACAAAGAAGGCAAAGCTGCAGACAAAGGTATGGACAAAGCGAAAGATGCAATGCATGTCGTTCAACCTGGTGAA
ACAAAATGCATTTTATGAAATTTTACACCTTCCAAACTTAACTGAAGAACAACGTAACGGTTTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCGAGTGTAAGTAGT
v
710 720 10
510
210
610
310
710
110
410 730 20
520
220
620
320
720
120
420 740 30
530
230
630
330
730
130
430 750 40
540
240
640
340
740
140
440 760 50
550
250
650
350
750
150
450 770 60
560
260
660
360
760
160
460 780 70
570
270
670
370
770
170
470 790 80
580
280
680
380
780
180
480 90
590
290
690
390
790
190
490 100
600
300
700
400
200
500
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VA27SPA_1142761.seq
VA27SPA_1142761.seq
VA27SPA_1142761.seq 1
701 ACCAAATCTTACTGAAGAGCAACGTAACGGTTTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCAAGTGTAAGTAAAGATATCCTTGTTGAAGCTAAAAAGTTAAAT
501
201
601
301
101
401 AAGGCAACAAAGAAAACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAAAGAAGACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAAAGAAGACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAA
TCCAAAGCCTTAAAGACGATCCAAGTGTAAGTAAAGATATCCTTGTTGAAGCTAAAAAGTTAAATGACAGCCAAGCAAAACCTGATTACAGTGAAGCGCA
701 ACAGTAGAAAAAATTGCTAAAGCTAATAACACAACTGTAGAACAAATCGCTAAAGATAATCATTTAGAAGATAAAAACATGATTTTACCAGGTCAAAA
AGAAGATAAAGCTAAAGACAAAGACAACAAAGAAGGCAAAGCTGCAGACAAAGGTATGGACAAAGCGAAAGATGCAATGCATGTCGTTCAACCTGGTGAA
ACAAAATGCATTTTATGAAATTTTACACCTTCCAAACTTAACTGAAGAACAACGTAACGGTTTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCGAGTGTAAGTAGT
ACAGTAGAAAAAATTGCTAAAGCTAATAACACAACTGTAGAACAAATCGCTAAAGATAATCATTTAGAAGATAAAAACATGATTTTACCAGGTCAAAA
GACAGCCAAGCAAAACCTGATTACAGTGAAGCGCAACAAAATGCATTTTATGAAATTTTACACCTTCCAAACTTAACTGAAGAACAACGTAACGGTTTCA
GATATTCTTGCTGAAGCTAAGAAATTAAATGACAGCCAAGCGCCTAAAGAAGACAACAACGTAAAAGACAATAATTCAGGTGAAAACAAAGCTGAAGACA
110
610
310
710
410
210
510 120
620
320
720
420
220
520 130
630
330
730
430
230
530 140
640
340
740
440
240
540 150
650
350
750
450
250
550 160
660
360
760
460
260
560 170
670
370
770
470
270
570 180
680
380
780
480
280
580 190
690
390
790
490
290
590 200
700
400
500
300
600
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VA27SPA_1142761.seq 101
701 GACAGCCAAGCAAAACCTGATTACAGTGAAGCGCAACAAAATGCATTTTATGAAATTTTACACCTTCCAAACTTAACTGAAGAACAACGTAACGGTTTCA
601
301
401
201
501 AGAAGATAAAGCTAAAGACAAAGACAACAAAGAAGGCAAAGCTGCAGACAAAGGTATGGACAAAGCGAAAGATGCAATGCATGTCGTTCAACCTGGTGAA
ACAAAATGCATTTTATGAAATTTTACACCTTCCAAACTTAACTGAAGAACAACGTAACGGTTTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCGAGTGTAAGTAGT
ACAGTAGAAAAAATTGCTAAAGCTAATAACACAACTGTAGAACAAATCGCTAAAGATAATCATTTAGAAGATAAAAACATGATTTTACCAGGTCAAAA
GATATTCTTGCTGAAGCTAAGAAATTAAATGACAGCCAAGCGCCTAAAGAAGACAACAACGTAAAAGACAATAATTCAGGTGAAAACAAAGCTGAAGACA
TCCAAAGCCTTAAAGACGATCCAAGTGTAAGTAAAGATATCCTTGTTGAAGCTAAAAAGTTAAATGACAGCCAAGCAAAACCTGATTACAGTGAAGCGCA
AAGGCAACAAAGAAAACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAAAGAAGACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAAAGAAGACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAA
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710
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510
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580
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590
390
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700
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VA27SPA_1142761.seq 201
701 TCCAAAGCCTTAAAGACGATCCAAGTGTAAGTAAAGATATCCTTGTTGAAGCTAAAAAGTTAAATGACAGCCAAGCAAAACCTGATTACAGTGAAGCGCA
401
501
301
601 ACAGTAGAAAAAATTGCTAAAGCTAATAACACAACTGTAGAACAAATCGCTAAAGATAATCATTTAGAAGATAAAAACATGATTTTACCAGGTCAAAA
GATATTCTTGCTGAAGCTAAGAAATTAAATGACAGCCAAGCGCCTAAAGAAGACAACAACGTAAAAGACAATAATTCAGGTGAAAACAAAGCTGAAGACA
AAGGCAACAAAGAAAACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAAAGAAGACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAAAGAAGACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAA
ACAAAATGCATTTTATGAAATTTTACACCTTCCAAACTTAACTGAAGAACAACGTAACGGTTTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCGAGTGTAAGTAGT
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310
510
610
410
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420
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430
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440
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600
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500
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VA27SPA_1142761.seq 301
701 ACAAAATGCATTTTATGAAATTTTACACCTTCCAAACTTAACTGAAGAACAACGTAACGGTTTCATCCAAAGCCTTAAAGACGATCCGAGTGTAAGTAGT
501
601
401 AAGGCAACAAAGAAAACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAAAGAAGACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAAAGAAGACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAA
AGAAGATAAAGCTAAAGACAAAGACAACAAAGAAGGCAAAGCTGCAGACAAAGGTATGGACAAAGCGAAAGATGCAATGCATGTCGTTCAACCTGGTGAA
GATATTCTTGCTGAAGCTAAGAAATTAAATGACAGCCAAGCGCCTAAAGAAGACAACAACGTAAAAGACAATAATTCAGGTGAAAACAAAGCTGAAGACA
ACAGTAGAAAAAATTGCTAAAGCTAATAACACAACTGTAGAACAAATCGCTAAAGATAATCATTTAGAAGATAAAAACATGATTTTACCAGGTCAAAA
410
610
710
510 420
620
720
520 430
630
730
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VA27SPA_1142761.seq 401
701 GATATTCTTGCTGAAGCTAAGAAATTAAATGACAGCCAAGCGCCTAAAGAAGACAACAACGTAAAAGACAATAATTCAGGTGAAAACAAAGCTGAAGACA
601
501 AGAAGATAAAGCTAAAGACAAAGACAACAAAGAAGGCAAAGCTGCAGACAAAGGTATGGACAAAGCGAAAGATGCAATGCATGTCGTTCAACCTGGTGAA
ACAGTAGAAAAAATTGCTAAAGCTAATAACACAACTGTAGAACAAATCGCTAAAGATAATCATTTAGAAGATAAAAACATGATTTTACCAGGTCAAAA
AAGGCAACAAAGAAAACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAAAGAAGACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAAAGAAGACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAA
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710
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VA27SPA_1142761.seq 501
701 AAGGCAACAAAGAAAACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAAAGAAGACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAAAGAAGACAAAGCTGAAGATAAAGGCAGCAA
601 ACAGTAGAAAAAATTGCTAAAGCTAATAACACAACTGTAGAACAAATCGCTAAAGATAATCATTTAGAAGATAAAAACATGATTTTACCAGGTCAAAA
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701 AGAAGATAAAGCTAAAGACAAAGACAACAAAGAAGGCAAAGCTGCAGACAAAGGTATGGACAAAGCGAAAGATGCAATGCATGTCGTTCAACCTGGTGAA
ACAGTAGAAAAAATTGCTAAAGCTAATAACACAACTGTAGAACAAATCGCTAAAGATAATCATTTAGAAGATAAAAACATGATTTTACCAGGTCAAAA
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