Questões de Biologia Molecular I – Transcrição e tradução.

Discutir em grupos de no máximo 4 alunos. Entregar relatório.

1. A sequência de DNA abaixo será transcrita. A região contida no Box 01 codifica um sítio de ligação ao ribossomo,
enquanto as sequências do Box 2 e 3 (negrito) se referem aos íntrons deste gene. Com base nestas informações
responda as questões abaixo.

Box 01 Box 02 Box 03

5’-ATAGCCGGCTACATGCGTGGCGCGCGTATGCGCTGATAGGGATGATGCCGGCTTGAGCCTGAGACT-3’-Sense
3’-TATCGGCCGATGTACGCCCCGCGCGCATACGCGACTATCCCTACTACGGCCGAACTCGGACTCTGA-5’-Antisense

a) Qual a sequência do RNAm maduro? (0,02)

b) Qual a sequência de aminoácidos da proteína? (0,02)

c) Qual será a sequência da proteína se ocorrer uma deleção do 15º par de bases do DNA (seta vermelha) deste gene?
E se ocorrer uma inserção de um par A/T logo após esta posição, qual será a sequência da proteína codificada por
este gene? Qual mutação será potencialmente mais danosa à função da proteína? (0,0

d) De que forma uma mutação no sítio de ligação ao ribossomo pode afetar a expressão do gene? Explique. (0,5)

e) De que forma uma mutação no intron (Box 2 ou 3) pode alterar a expressão de um gene? (0,05)

2. A proteína (hipotética) sorrisina é encontrada apenas em algumas pessoas alegres. Verifica-se que as pessoas de
uma família que vivem de mau humor não sintetizam sorrisina. Analisando algumas pessoas dessa família, você
encontra que, em comparação às pessoas alegres, o RNAm que codifica essa proteína em indivíduos mal
humorado é 173 bases menor. Caracterizando este gene, você observou que a região deletada é interna no RNAm.
Na análise do DNA, você verifica que a diferença entre os alegres e mau humorados é de apenas um nucleotídeo, e
essa alteração ainda está dentro de um intron. (0,1)
A. Elabore uma hipótese para explicar o mecanismo molecular de como uma mutação de um único nucleotídeo
pode gerar uma deleção interna do RNA de 173 nucleotídeos?
B. Assumindo que essa região de 173 nucleotídeos é parte da região codificadora da proteína, qual deve ser a
consequência dessa deleção para a proteína sorrisina?

3. O gene da tropomiosina humana apresenta processamento (splicing) alternativo para produzir várias moléculas
de RNAm em diferentes tecidos (figura 3). Para todas as formas de RNAm, a sequência da proteína é a mesma para
o exons 1 e 10. Os exons 2 e 3, assim como os exons 7 e 8, são alternados dependendo da célula. (0,1)

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 Figura 3: Representação do gene da tropomiosina humana. (A) estrutura do gene, sendo que as regiões maiores
representam os introns e as numeradas os exons; (B) esquema alguns dos RNAs mensageiros produzidos,
indicando os RNA removidos pelo processamento com a linha mais fina.

A. Indique qual a sequência de exons finais na molécula do RNAs 1 e 2. (0,02)

B. Que características devem ter os exons 2 e 3, e também os éxons 7 e 8, para que as sequências das proteínas
codificadas pelos dois RNAs sejas similares no início (exon 1) e final (exon 10)? Por quê? (0,08)

4. Quando as RNA polimerases de eucariontes foram inicialmente caracterizadas, 3 picos (picos 1, 2 e 3) de atividade
de polimerização eram normalmente observados a partir de extratos celulares fracionados em colunas de
cromatografia (figura 4A). Não estava claro se esses picos representavam 3 proteínas distintas, ou 3 formas da
mesma RNA polimerase. Experimentos de medida de atividade de polimerase com 1 µg/ml ou 10 µg/ml da
substância α-amanitina (obtida a partir do cogumelo venenoso Amantia phalloides - figura 4B) tiveram os
resultados mostrados na figura 4. Esses resultados indicam que os eucariontes apresentam diferentes RNA
polimerases, ou diferentes formas de uma mesma polimerase? Explique sua resposta. (0,1)

Figura 4. Caracterização de atividades de RNA polimerase de célula eucarionte. (A) Após fracionamento em uma
coluna de cromatografia, perfil proteico e de atividade de RNA polimerase em diferentes concentrações de
amanitina. (B) figura representando o cogumelo de onde é extraída essa substância.

5. A estrutura de exons-introns de genes eucariontes foi uma informação inesperada pelos pesquisadores da época.
Os dados mais convincentes eram visuais como o representado na figura abaixo, imagem da hibridação de um
longo pedaço de DNA do gene da ovoalbumina, com o respectivo RNA mensageiro. Para pesquisadores habituados
a diferenciar moléculas duplas e simples fitas, a’ imagem demonstrava a descontinuidade do gene. Quantos
íntrons e quantos éxons este gene possui? (0,04)

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 Híbrido entre o gene da ovoalbumina DNA e RNA mensageiro correspondente. (A) foto de microscópio eletrônico;
(B) mesma foto com a eliminação de background.

Esses problemas foram elaborados tendo como base o livro: Molecular Biology of the Cell, fifth edition. The Problems
Book. John Wilson e Tom Hunt.

6. Indicar a tradução da sequência de RNA abaixo em aminoácidos, nos três quadros de leitura possível (use o código
genético apresentado no final desses exercícios). Este quadro de leitura é na verdade a parte interna de uma
proteína grande. Qual desses quadros de leitura é provavelmente o correspondente para essa proteína? Por que?
(0,05)

5’-AGUCUAGGCACUGA-3’

7. Após o tratamento de bactérias com um agente mutagênico, você seleciona dois mutantes em um determinado
gene. Na mesma posição da proteína codificada por este gene, um deles carrega uma alanina e outro carrega
metionina, nos dois casos substituindo uma valina na proteína selvagem. Você faz novamente o tratamento desses
mutantes com agente mutagênico e obtém dois novos mutantes, agora com treonina (figura 1). (0,06)
a. Usando a Tabela do código genético, e assumindo que essas mutações envolvem em cada passo substituição
de um único nucleotídeo, deduza os códons de cada um dos quatro mutantes.
b. Em cada caso indique que tipos de mutações foram essas (transição ou transversão)?
c. Seria possível obter uma mutação que gerasse treonina (a partir de valina) em apenas um passo? Por que?

Figura 1. Geração de duas etapas de mutagênese e a alteração de aminoácidso em uma única posição de uma
proteína.

8. O código genético foi decifrado em parte por experimentos nos quais polinucleotídeos de sequencias repetitivas
foram usadas como RNA mensageiros para direcionar a síntese proteica em extratos celulares. No tubo de ensaio,
condições artificiais permitem que as proteínas sejam iniciadas em qualquer posição da molécula de RNA, sem
necessidade do códon de início (start codon), como é necessário na célula. Que tipo de polipeptídeos você
esperaria obter se fossem usados os seguintes polinucleotídeos em tais condições? (0,05)
a. UUUUUUUUUUUUUUUUUUUU...
b. AUAUAUAUAUAUAUAUAUAUA....
c. AUCAUCAUCAUCAUCAUC....

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9. Imagine uma mutação que envolva substituição (troca de um por outro nucleotídeo) em um único nucleotídeo de
um gene. Em qual posição de um códon (1ª, 2ª ou 3ª base) há mais chances de se obter troca de aminoácido e por
que? (0,05)

10. O gene supressor bacteriano supF codifica um RNA-transportador (t-RNA) que codifica uma tirosina no códon de
parada UAG (âmbar). Isso permite a célula suprimir uma mutação em outros genes, eventualmente revertendo o
fenótipo selvagem. (0,1)
a. Explique que tipo de mutação é revertido e como pode funcionar esse tipo de supressão genética.
b. Que tipo de mutação ocorre na molécula do t-RNA supF?
c. Quais as consequências da presença de um t-RNA supF na tradução das proteínas normais da bactéria?

11. Codons de terminação em bactéria são decodificados pelas proteínas RF1 (release factor 1, que reconhece UAG e
UAA) e RF2 (release factor 2, que reconhece UGA e UAA). Quando foi identificada a sequência do gene RF2, a
comparação com a sequência de aminoácidos revelou uma surpresa, contida na figura 2. As sequencias foram
checadas minuciosamente para eliminar possíveis artefatos. (0,1)
a. Qual a surpresa?
b. Formule uma hipótese de regulação da síntese de RF2, que possa explicar porque foi evolutivamente
selecionado esse tipo de observação.

Figura 2. Representação esquemática do gene que codifica a proteína RF2. A sequência codificadora é
representada com uma linha mais forte, e são mostradas as sequencias de início e fim da proteína.

O código genético:

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Esses problemas foram elaborados tendo como base o livro: Molecular Biology of the Cell, fifth edition. The Problems
Book. John Wilson e Tom Hunt.