Niemal całą swoją karierę Wauters spędził w klubie Royal Antwerp FC, w barwach którego zadebiutował w sezonie 1951/1952 w pierwszej lidze belgijskiej i grał w nim do 1965 roku. Wraz z Royalem wywalczył trzy wicemistrzostwa Belgii w sezonach 1955/1956, 1957/1958 i 1962/1963 oraz zdobył Puchar Belgii w sezonie 1954/1955. W sezonie 1956/1957 był wypożyczony do amerykańskiego klubu New York Hakoah.
W reprezentacji Belgii Wauters zadebiutował 1 marca 1959 w zremisowanym 2:2 towarzyskim meczu z Francją, rozegranym w Colombes. Od 1959 do 1960 rozegrał w kadrze narodowej 4 mecze.