In deze belangrijkste Pyreneeënrit, over zes cols, ontstond al vroeg een leidersgroep van 24 renners, met Bauke Mollema als enige vertegenwoordiger van de Lage Landen. Ze liepen tot negen minuten uit.
In de afdaling van de Col de la Core reden Sandy Casar (die een tijdje virtueel de gele trui draagt), Julien El Fares en David Millar weg uit de kopgroep. Maar bij de beklimming van de Col d'Agnes reden weer elf renners vooraan. In de afdaling kwam Jens Voigt tweemaal na elkaar ten val en verdween uit de kopgroep. In het peloton ging ook Laurens ten Dam spectaculair over de kop en moest zwaar geblesseerd aan neus en aangezicht zijn weg verderzetten.
Na de Col d'Agnes ging Gorka Izagirre Insausti er alleen vandoor. Hij nam meer dan een minuut, maar uiteindelijk kon hij niet weerstaan aan de talrijke medevluchters die om beurt hun kans waagden.
Intussen had in het peloton Team Leopard-Trek de leiding genomen. Aan de voet van het Plateau de Beille bedroeg het verschil met de vluchters nog maar 2'35". Tijdens de slotklim naar Plateau de Beille werden deze een voor een opgeslokt door het peloton. Enkel Sandy Casar bleef moedig alleen in de spits. In het peloton van de favorieten zorgden verschillende prikjes van de Schlecks ervoor dat deze groep steeds meer uitdunde. Toch kon geen beslissende kloof geslagen worden. Thomas Voeckler hield dapper stand net als Jelle Vanendert. Deze rook zijn kans, trok even stevig door en was weg. Vermits hij geen gevaar vormde voor de favorieten liet men hem begaan. Vlug ging hij over Casar heen en nam meer dan een halve minuut. Enkel Samuel Sanchez zag zijn kans op de bolletjestrui in gevaar komen en ging achter Vanendert aan. Maar dichter dan een twintigtal seconden kwam hij niet meer. De voorheen nauwelijks bekende Jelle Vanendert bezorgde België de eerste overwinning in een bergetappe in de Tour, precies 30 jaar na Lucien Van Impe in 1981 in Saint-Lary-Soulan. Meteen nam hij ook de bolletjestrui. Thomas Voeckler bleef in het geel. De omvangrijke gruppetto met niet-klimmers met onder andere Mark Cavendish en de ongelukkige Laurens ten Dam kwam net binnen de tijdlimiet over de streep.