5 Folding Delle Proteine 2016
5 Folding Delle Proteine 2016
5 Folding Delle Proteine 2016
DiSTABiF
Insegnamento di
CHIMICA BIOLOGICA
Antimo DiParente
Prof. Augusto Maro
Attivit enzimatica
0 %
DENATURAZIONE DELLE PROTEINE
- Le forze che stabilizzano le strutture delle proteine:
interazioni idrofobiche, Legami ionici, legami idrogeno,
forze di van der Waals.
DENATURANTI
C12H25SO4Na
SDS
2-Me
DTT
Comunque qual la corretta struttura di una
proteina o enzima quale ?
a pH 8,0
Esperimento
di Anfinsen
allaria
Intrappolata in
conformeri non
nativi
La dialisi per rimuovere sali o per campi di tamponi
Dopo aver stabilito che la struttura primaria
contiene le informazioni per il folding (almeno per
quanto riguarda lesperimento di Anfinsen)
Come possiamo studiare il fenomeno:
G=H-TS
Legami coinvolti
Legami covalenti <209 kjoule mol-1
Legami elettrostatici 8- 13 kjoule mol-1
Legami ad idrogeno 4,18 17,8 kjoule mol-1
Legami Van der Waals 2 4,18 kjoule mol-1
Per la termodinamica si occupa
dellUniverso cio del sistema e
dellambiente in cui trova il sistema.
Con tale nuova visione le cose cambiano
.
Leffetto idrofobico .
Leffetto idrofobico dovuto al
solvente..(acqua)
Soluti apolari
Un ordine enorme per le molecole dacqua
LEGAMI A IDROGENO
INTERAZIONI IDROFOBICHE
FORZE DI WAN DER WAALS
LEGAMI IONICI Interazioni Idrofobiche, molecole dacqua
Legami covalenti libere (disordine)
CONTRIBUTO CONTRIBUTO
ENTALPICO ENTROPICO
G = H - T S
Lo stabilirsi di legami di una serie di contatti e di legami che impegnano i gruppi
peptidici e i gruppi R della catena proteica, mentre fornisce un contributo decisivo
alla diminuzione dellenergia libera del sistema costituito dalla proteina, limita in
misura significativa la libert dei gruppi interagenti. Ci in termini termodinamici in
una diminuzione della sua entropia in contraddizione col Secondo Principio della
termodinamica ma
TERMODINAMICA DELLA STRUTTURA TERZIARIA:
IL SISTEMA PROTEINA-SOLVENTE
..Lanalisi della struttura terziaria di una proteina va allargato al sistema
proteina-solvente, costituito oltre che dalla catena polipeptidica, anche dallacqua
con cui essa interagisce.
Effetto idrofobico
Visto il meccanismo alla base del
ripiegamento, ai denaturanti detti
in precedenza: urea, guanidina,
SDS e riducenti, possiamo
aggiungere anche i solventi organici
(ambiente non acquoso) ?
Ad oggi dopo 40 anni, ancora vero
il principio dellesperimento di
Anfinsen con la ribonucleasi?
Cio la struttura primaria contiene
gi tutte le informazioni per un
corretto folding (forma nativa)?.
ma le proteine di membrana?
La termodinamica e gli esperimenti di Anfinsen
dicono che un determinato tipo di processo, il
folding , per ottenere lo stato nativo avviene
perch favorito,
ma in quanto tempo??
Il paradosso di Levinthal
Il folding non pu avvenire attraverso una
esplorazione di tutte le possibili conformazioni
verso la ricerca della conformazione pi stabile.
Non c abbastanza tempo. Se infatti
consideriamo che per ogni legame peptidico ci
siano almeno 9 conformazioni possibili, una
ipotetica proteina con 100 amminoacidi pu, in
linea teorica, assumere 9100 possibili
conformazioni. Il tempo impiegato per passare
da una conformazione allaltra circa 10-13 s e
quindi il tempo necessario per analizzare tutte le
conformazioni sarebbe dellordine di 1072 anni.
Molten globule,
intermedio stabile spesso
isolabile, si forma
velocemente ma di cui ad
oggi non si sanno principi
della sua formazione
(processo troppo veloce)
Intermedi
Visione dinsieme
B
A
Esempio semplice di folding
Nativa Tossica