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Structure of proteins

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Proteins : Structure and Function

Introduction
Le mot protéine est dérivé du mot grec « proteios » qui signifie primaire. Comme leur nom
l'indique, les protéines sont d'une importance primordiale pour les systèmes biologiques. Sur le poids
corporel sec total, les 3/4 sont constitués de protéines. Les protéines sont utilisées pour la musculation ;
tous les principaux aspects structurels et fonctionnels du corps sont assurés par des molécules de
protéines. Une anomalie dans la structure des protéines conduira à des maladies moléculaires avec de
profondes altérations des fonctions métaboliques. Les protéines contiennent du carbone, de l'hydrogène,
de l'oxygène et de l'azote comme composants principaux, tandis que le soufre et le phosphore sont des
composants mineurs.
L'azote est caractéristique des protéines. En moyenne, la teneur en azote des protéines ordinaires
est de 16% en poids. Toutes les protéines sont des polymères d'acides aminés.

I. Amino Acids are Linked by Peptide Bonds (Les acides aminés sont liés par des liaisons
peptidiques)
Les acides aminés sont liés par des liaisons peptidiques Le
groupe alpha carboxyle d'un acide aminé réagit avec le groupe
alpha amino d'un autre acide aminé pour former une liaison
peptidique ou un pont CO-NH (Fig. 1).
Les protéines sont fabriquées par polymérisation d'acides
aminés via des liaisons peptidiques. Deux acides aminés sont
combinés pour former un dipeptide ; trois acides aminés forment
un tripeptide ; quatre feront un tétrapeptide ; un quelques acides
aminés ensemble formeront un oligopeptide ; et la combinaison de
10 à 50 acides aminés est appelée polypeptide. Par convention, les Fig. 1 : Peptide bond formation
grandes chaînes polypeptidiques contenant plus de 50 acides
aminés sont appelées protéines.

II. Structure Of Proteins (Organisation Of Proteins)

Les protéines ont différents niveaux d'organisation structurelle ; primaire, secondaire, tertiaire
et quaternaire.
1. Primary Structure
1-A. Sequence of amino acids in proteins
La structure primaire indique le nombre et la séquence des acides aminés dans la protéine. Les
niveaux supérieurs d'organisation sont déterminés par la structure primaire. Chaque chaîne
polypeptidique a une séquence d'acides aminés unique déterminée par les gènes. La structure primaire
est maintenue par les liaisons peptidiques covalentes. Les élèves doivent avoir une idée claire du terme
« séquence ». Voir l'exemple suivant :
Gly - Ala - Val (1)
Gly - Val - Ala (2)
Les deux tripeptides indiqués ci-dessus contiennent les mêmes acides aminés ; mais leur séquence est
modifiée. Lorsque la séquence est modifiée, le peptide est également différent.
1-B. Characteristics of a Peptide Bond
a. La liaison peptidique est une double liaison partielle.
b. La liaison C – N est de nature «trans» et il n'y a pas de liberté de
rotation en raison du caractère partiel de la double liaison. (Fig.2)
c. La distance est de 1,32 Å, ce qui est à mi-chemin entre la liaison
simple (1,49 Å) et la double liaison (1,27 Å).
d. Les chaînes latérales sont libres de tourner de part et d'autre de la
liaison peptidique.
e. Les angles de rotation appelés angles de Ramachandran, déterminent donc l'orientation spatiale
de la chaîne peptidique (Fig. 1& 2).

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1-C. Numbering of Amino Acids in Proteins

a. Dans une chaîne polypeptidique, à une extrémité, il y aura un groupe alpha amino libre. Cette
extrémité est appelée extrémité amino-terminale (N-terminale) et l'acide aminé contribuant au
groupe alpha-amino est nommé premier acide aminé.
f. Habituellement, l'acide aminé N-terminal est écrit sur le côté gauche lorsque la séquence de la
protéine est indiquée. Par ailleurs, la biosynthèse de la protéine commence également à partir
de l'extrémité amino-terminale.
g. L'autre extrémité de la chaîne polypeptidique est l'extrémité carboxy-terminale (C-terminal), où
se trouve un groupe alpha carboxyle libre qui est apporté par le dernier acide aminé. Tous les
autres groupes alpha amino et alpha carboxyle sont impliqués dans la formation de liaisons
peptidiques.
h. Les résidus d'acides aminés dans les polypeptides sont nommés en changeant le suffixe "-ine"
en "-yl", par exemple, Glycine en Glycyl. Ainsi, les liaisons peptidiques formées par le groupe
carboxyle de la glycine avec le groupe amino de l'alanine, puis le groupe carboxyle de l'alanine
avec le groupe amino de la valine et sont appelées glycyl-alanyl-valine et abrégées en
NH2-Gly-Ala-Val-COOH ou Gly-Ala-Val ou simplement comme GAV
1-D. Branched and Circular Proteins
a. Généralement, les chaînes polypeptidiques sont linéaires. Cependant, des points de ramification
dans les chaînes peuvent être produits par des ponts disulfures interchaînes. Les liaisons
disulfures covalentes entre différentes chaînes polypeptidiques dans la même protéine
(interchaîne) ou des portions de la même chaîne polypeptidique
font également partie de la structure primaire.
b. Rarement, au lieu du groupe alpha COOH, le groupe gamma
carboxyle de l'acide glutamique peut entrer dans la formation de
liaisons peptidiques, par ex. Glutathion (gamma-glutamyl-
cystéinyl-glycine) (Fig.3). Le terme pseudopeptide (ou isopeptide)
est utilisé pour désigner une telle liaison peptidique formée par un
groupe carboxyle, autre que celui présent en position alpha.
c. Très rarement, les protéines peuvent se présenter sous une forme
circulaire, par ex. Gramicidine.
1. E. Primary Structure of Insulin Comme exemple de la structure primaire d'une protéine, celle de
l'insuline est illustrée à la Fig. 4. Cela a été initialement décrit par Sanger en 1955 qui a reçu le prix
Nobel en 1958.

a. L'insuline a deux chaînes polypeptidiques. La chaîne A (chaîne glycine) compte 21 acides

aminés et la chaîne B (phényl alanine) compte 30 acides aminés.
b. Ils sont maintenus ensemble par deux liaisons disulfures interchaînes (Fig. 4.4). Une chaîne 7e
cystéine et une chaîne B 7e cystéine sont connectées. De même, la 20e cystéine de la chaîne A
et la 19e cystéine de la chaîne B sont connectées. Il existe une autre liaison disulfure intrachaîne
entre les 6e et 11e résidus cystéine de la chaîne A.
c. La variation d'espèce est limitée aux acides aminés en position 8, 9 et 10 dans la chaîne A et en
C-terminal de la chaîne B (Fig. 5). La séquence d'acides aminés a été conservée dans une large
mesure au cours de l'évolution.
d. L'insuline porcine et l'insuline humaine sont structurellement similaires, à l'exception de l'acide
aminé terminal dans la chaîne B (Thr → Ala). L'insuline bovine peut produire des anticorps

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chez l'homme par des injections répétées. Mais l'insuline porcine dés-alanine, ne présentant
aucune différence antigénique par rapport à l'insuline humaine, ne produira pas d'anticorps chez
les patients diabétiques, même après une utilisation à long terme. De nos jours, l'insuline
humaine est produite par la technologie de l'ADN recombinant.
1-F. Pro-insuline
Les cellules bêta du pancréas synthétisent l'insuline en tant que prohormone. La proinsuline est
une chaîne polypeptidique unique de 86 acides aminés. L'insuline biologiquement active (2 chaînes)
est formée par élimination de la partie centrale de la pro-insuline avant sa libération. Le peptide C
(de connexion) est également libéré dans la circulation (Fig. 6).
1-G. La structure primaire détermine l'activité biologique
Une protéine avec une structure primaire spécifique, lorsqu'elle est
mise en solution, formera automatiquement sa forme
tridimensionnelle naturelle. Ainsi, les niveaux supérieurs
d'organisation dépendent de la structure primaire. Même un seul
changement d'acide aminé (mutation) dans la séquence linéaire peut
avoir des effets biologiques profonds sur la fonction. Par exemple,
dans l'HbA (hémoglobine normale), le 6ème acide aminé de la chaîne
bêta est l'acide glutamique ; il est changé en valine dans l'HbS (anémie
falciforme).
Détermination de la structure d'un peptide
La détermination de la structure primaire d'un peptide est conduite en deux étapes :
1. détermination de la composition en aminoacides
2. détermination de l'ordre des enchaînements des résidus
Ces deux étapes ont comme point commun l'hydrolyse de la liaison peptidique.
241- Hydrolyse de la liaison peptidique
La liaison peptidique est très stable, son hydrolyse spontanée est quasiment nulle.
Hydrolyse chimique complète
L'action de l'acide chlorhydrique (HCl) 6M sur un peptide, à ébullition pendant au moins 24 heures,
aboutit à un hydrolysat contenant les aminoacides avec toutefois les restrictions.
Hydrolyse chimique spécifique
Certains réactifs hydrolysent une liaison peptidique avec une spécificité sur un des aminoacides
participant à la liaison :
Le bromure de cyanogène (BrCN) hydrolyse la liaison peptidique du côté carboxyle de la
méthionine : cette dernière devient alors un résidu C-terminal transformé en résidu homosérine
lactone
le 2-nitro-5-thiocyanobenzoate (NTCB) hydrolyse la liaison peptidique du côté amine de la
cystéine.
Hydrolyse enzymatique
Exopeptidase L'enzyme n'hydrolyse que la première liaison peptidique (aminopeptidase) ou la
dernière liaison peptidique (carboxypeptidase) en libérant l'aminoacide terminal. Bien
évidemment, le processus recommence sur le peptide amputé d'un aminoacide (un temps
d'hydrolyse court permet de libérer un seul aminoacide).
A m in o p e p tid a s e
H 2N COOH
C a rb o x y p e p tid a s e
Certaines exopeptidases ont des spécificités secondaires particulières. Exemples :

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Endopeptidase : L'enzyme hydrolyse des liaisons peptidiques internes entre deux aminoacides
i, (i+1). Il peut être spécifique du résidu en position i ou (i+1). L'hydrolyse d'un peptide par une
endopeptidase donnera plusieurs fragments peptidiques : si on a m coupures (m liaisons
peptidiques hydrolysées), le peptide sera dégradé en (m+1) fragments peptidiques.

Exemples d'endopeptidases avec leurs spécificités :

2. Secondary Structure of Proteins

Le terme "structure secondaire" désigne la relation de configuration entre les résidus distants
d'environ 3 à 4 acides aminés dans la séquence linéaire. Les niveaux secondaires et tertiaires de la
structure protéique sont préservés par des forces ou des liaisons non covalentes comme les liaisons
hydrogène, les liaisons électrostatiques, les interactions hydrophobes et les forces de van der Waals.
a. Une liaison hydrogène est une faible attraction électrostatique entre un atome électronégatif
comme O ou N et un atome d'hydrogène lié de manière covalente à un deuxième atome
électronégatif. Les atomes d'hydrogène peuvent être donnés par -NH (imidazole, indole,
peptide) ; -OH (sérine, thréonine) et -NH2 (arginine, lysine). Les groupes accepteurs
d'hydrogène sont COO- (aspartique, glutamique), C=O (peptide); et S–S (disulfure).
b. Liaisons électrostatiques (liaisons ioniques) : les charges positives sont données par le groupe
epsilon amino de la lysine, le groupe guanidinium de l'arginine et le groupe imidazolium de
l'histidine. Les charges négatives sont fournies par les groupes bêta et gamma carboxyle des
acides aspartique et glutamique.
c. Les liaisons hydrophobes sont formées par des interactions entre les chaînes latérales
hydrophobes non polaires en éliminant les molécules d'eau. Cela sert à maintenir ensemble les
chaînes latérales lipophiles.
d. Les forces de van der Waals sont très faibles, mais contribuent collectivement au maximum à
la stabilité de la structure des protéines.

3-A. Alpha helix (Hélice alpha)

Pauling (prix Nobel, 1954) et Corey ont décrit les structures en feuillets plissés alpha et bêta des chaînes
polypeptidiques en 1951.

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a. L'hélice alpha est la conformation la plus courante et la plus stable pour une chaîne
polypeptidique. Dans des protéines comme l'hémoglobine et la myoglobine, l'hélice alpha est
abondante, alors qu'elle est pratiquement absente dans la chymotrypsine.
b. L'hélice alpha est une structure en spirale (Fig. 7). Les liaisons polypeptidiques forment le
squelette et les chaînes latérales des acides aminés s'étendent vers l'extérieur.
c. La structure est stabilisée par des liaisons hydrogène entre les groupes NH et C=O de la chaîne
principale.
d. Chaque tour est formé de 3,6 résidus. La distance entre chaque résidu d'acide aminé (traduction)
est de 1,5 Å
e. L'hélice alpha est généralement droitière. L'hélice alpha gaucher est rare, car les acides aminés
présents dans les protéines sont de variété L, ce qui exclut la gaucherie. La proline et
l'hydroxyproline ne permettront pas la formation d'hélice alpha.

FIGURE 6: Models of the α-helix, showing different aspects of its structure. (a) Balland stick model showing the intrachain
hydrogen bonds. The repeat unit is a single turn of the helix, 3.6 residues. (b) The α-helix viewed from one end, looking
down the longitudinal axis.
Note the positions of the R groups, represented by purple spheres. This ball-and-stick model, which emphasizes the helical
arrangement, gives the false impression that the helix is hollow, because the balls do not represent the van der Waals radii of
the individual atoms. (c) As this space-filling model shows, the atoms in the center of the α-helix are in very close contact. (d)
Helical wheel projection of an α-helix. This representation can be colored to identify surfaces with particular properties. The
yellow residues, for example, could be hydrophobic and conform to an interface between the helix shown here and another part
of the same or another polypeptide. The red (negative) and blue (positive) residues illustrate the potential for interaction of
oppositely charged side chains separated by two residues in the helix
3-B. Beta-pleated sheet (Feuille plissée bêta)
a. Les chaînes polypeptidiques dans la feuille
plissée bêta sont presque entièrement étendues.
La distance entre les acides aminés adjacents est
de 3,5 Å.
b. Il est stabilisé par des liaisons hydrogène entre les
groupes NH et C=O des segments
polypeptidiques voisins.
c. Les brins adjacents d'un feuillet peuvent s'étendre
dans le même sens par rapport aux extrémités
amino et carboxy terminales de la chaîne
polypeptidique (parallèle) ou dans le sens opposé
(feuillet bêta anti parallèle) (Fig. 8). La feuille
plissée bêta est le principal motif structurel des
protéines telles que la fibroïne de soie (anti
parallèle), la flavodoxine (parallèle) et
l'anhydrase carbonique (les deux).
d. Des coudes bêta peuvent être formés dans de nombreuses protéines par le brusque
repliement en U de la chaîne. Des ponts disulfures intrachaîne stabilisent ces courbures.
3-C. Collagen helix (Hélice de collagène)
Il s'agit d'une structure en triple hélice présente dans le collagène (avoir plus loin).

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3. Structure tertiaire
a. La structure secondaire désigne la relation de configuration entre les résidus distants d'environ
3 à 4 acides aminés ; ou le niveau secondaire définit l'organisation au voisinage immédiat des
acides aminés. La structure tertiaire désigne la structure tridimensionnelle de la protéine entière
(Fig. 9). La structure tertiaire définit la relation stérique d'acides aminés qui sont éloignés les
uns des autres dans la séquence linéaire, mais proches dans l'aspect tridimensionnel.
b. La structure tertiaire est maintenue par des interactions non covalentes telles que des liaisons
hydrophobes, des liaisons électrostatiques et des forces de van der Waals. La structure tertiaire
acquise par la protéine native est toujours thermodynamiquement la plus stable.
c. Le domaine est le terme utilisé pour désigner une unité fonctionnelle globulaire compacte d'une
protéine. Un domaine est une région relativement indépendante de la protéine et peut représenter
une unité fonctionnelle. Les domaines sont généralement reliés à des zones de protéines
relativement flexibles (voir immunoglobulines). L'enzyme phénylalanine hydroxylase contient
3 domaines, un régulateur, un catalytique et un domaine d'interaction protéine-protéine. Un
polypeptide de 200 acides aminés se compose normalement de deux domaines ou plus.

4. Structure quaternaire
a. Certains polypeptides s'associeront pour former une protéine fonctionnelle. C'est ce qu'on
appelle la structure quaternaire.
b. La protéine perdra sa fonction lorsque les sous-unités seront dissociées.
c. Les forces qui maintiennent la structure quaternaire sont les liaisons hydrogène, les liaisons
électrostatiques, les liaisons hydrophobes et les forces de van der Waals.
d. Selon le nombre de chaînes polypeptidiques, la protéine peut être qualifiée de monomère (1
chaîne), de dimère (2 chaînes), de tétramère (4 chaînes), etc. Chaque chaîne polypeptidique
est appelée sous-unité ou monomère. L'homodimère contient deux copies de la même
chaîne polypeptidique. L'hétérodimère contient deux types différents de polypeptides en
tant qu'unité fonctionnelle.
e. Par exemple, 2 chaînes alpha et 2 chaînes bêta forment la molécule d'hémoglobine. De
même, 2 chaînes lourdes et 2 chaînes légères forment une molécule d'immunoglobuline G.
La créatine kinase (CK) est un dimère. La lactate déshydrogénase (LDH) est un tétramère.

5. Relation structure-fonction
Les fonctions des protéines sont maintenues en raison de leur capacité à reconnaître et à interagir
avec une variété de molécules. La conformation structurelle tridimensionnelle fournit et maintient les
caractéristiques fonctionnelles. La structure tridimensionnelle, à son tour, dépend de la structure
primaire. Ainsi, toute différence dans la structure primaire peut produire une protéine qui ne peut pas
remplir sa fonction. Pour illustrer la relation structure-fonction, les trois types de protéines suivantes
sont considérés, chacun appartient, à une classe différente dans la classification fonctionnelle.
a. Enzymes : La première étape de la catalyse enzymatique est la liaison de l'enzyme au substrat.
Ceci, à son tour, dépend de la conformation structurelle du site actif de l'enzyme, qui est
précisément orienté pour la liaison au substrat. L'anhydrase carbonique catalyse l'hydratation
réversible du dioxyde de carbone. Cette enzyme permet le positionnement précis de la molécule
de CO2 et de l'ion hydroxyle (OH) pour la formation de l'ion bicarbonate. L'ion zinc est situé
dans une fente profonde coordonnée aux résidus d'histidine. Les résidus de liaison au CO2 sont
très proches de l'ion zinc. L'eau se lie à l'ion zinc, est ionisée en ion hydroxyle et se lie au CO2
qui est situé à proximité. Les substrats sont rapprochés pour que la réaction se déroule.
b. Protéines de transport : L'hémoglobine, le transporteur de l'oxygène est une protéine
tétramérique (alpha2, bêta2), chaque monomère ayant une unité hémique. La liaison de
l'oxygène à un hème facilite la liaison de l'oxygène par d'autres sous-unités. La liaison H+ et
CO2 favorise la libération d'O2 de l'hémoglobine. Cette interaction allostérique est
physiologiquement importante. Même une seule substitution d'acide aminé modifie la structure
et donc la fonction. Par exemple, dans l'anémie falciforme (HbS), le 6e acide aminé de la chaîne
bêta est altéré, entraînant des manifestations cliniques profondes.
c. Protéines structurelles : Le collagène est la protéine la plus abondante chez les mammifères et
constitue le principal composant fibreux de la peau, des os, des tendons, du cartilage et des

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dents. Le collagène forme un câble superhélicoïdal où les 3 chaînes polypeptidiques s'enroulent

sur elle-même. Dans le collagène, un résidu sur 3 est une glycine. Le seul acide aminé qui peut
s'insérer dans l'hélice triple brin est la glycine. La triple hélice du collagène est stabilisée par la
répulsion stérique des anneaux d'hydroxyproline et aussi par les liaisons hydrogène entre eux.
En cas de carence en vitamine C, l'échec de l'hydroxylation de la proline/lysine entraîne une
réduction des liaisons hydrogène et une faiblesse conséquente du collagène. La structure triple
hélicoïdale décalée en quart de tour sur du collagène est responsable de sa résistance à la
traction.

III. Protéines tissulaires dans la santé et la maladie

Tissue Proteins in Health and Disease
1. Collagène
La principale protéine structurelle présente dans le tissu conjonctif est le collagène. Le collagène
est un mot grec qui signifie la substance pour produire de la colle. C'est la protéine la plus abondante
dans le corps. Environ 25 à 30% du poids total des protéines dans le corps sont du collagène. Il sert à
maintenir ensemble les cellules dans les tissus.
1. a. Structure du collagène
Le tropocollagène, a un poids moléculaire de 285 kDa. Le tropocollagène est composé de trois
chaînes polypeptidiques. Selon les variations d'acides aminés, il existe 19 types de collagènes connu. Le
type I est la forme la plus abondante dans les tissus conjonctifs presque sur toutes les régions du corps.
Le type II est principalement observé dans le cartilage et l'humeur vitrée (Liquide gélatineux situé dans
la partie postérieure de l'œil), le type III est observé dans la peau, les poumons et les tissus vasculaires
et le type IV est observé dans les membranes basales. D'autres sont retrouvés en petites quantités.
Environ 30 gènes sont responsables de la synthèse du collagène et des enzymes nécessaires à la synthèse
du collagène.
Chaque chaîne polypeptidique du collagène a environ 1000 résidus d'acides aminés. La
composition en acides aminés du collagène est tout à fait unique. Environ 33% des acides aminés sont
de la glycine, c'est-à-dire qu'un résidu sur trois est de la glycine. La séquence d'acides aminés répétitive
peut être représentée par Gly - X - Y - Gly X - Y - ; où X et Y sont d'autres acides aminés, le plus souvent
la proline et l'hydroxyproline. Par ailleurs, la 4-hydroxy proline, la 3-hydroxy proline et la 5-hydroxy
lysine se retrouvent en proportions assez importantes dans le collagène. Les résidus d'acides aminés
hydroxylés ont une signification fonctionnelle particulière.
1. b. Synthèse du Collagène
Le collagène est synthétisé par les fibroblastes de manière intracellulaire, sous la forme d'un
grand précurseur, appelé procollagène (poids moléculaire 360 kDa). Il est ensuite sécrété. Le
procollagène extracellulaire est clivé par des peptidases spécifiques pour former le tropocollagène.
1. c. Modifications post-traductionnelles
L'hydroxylation des résidus proline et lysine du collagène est une modification post-
traductionnelle se déroulant de manière intracellulaire. La prolyl-hydroxylase et la lysyl hydroxylase
sont toutes deux des dioxygénases utilisant de l'oxygène moléculaire. L'enzyme contient également du
fer ferreux sur son site actif et nécessite un agent réducteur comme l'acide ascorbique pour conserver le
fer à l'état ferreux réduit. Ainsi, une carence en vitamine C entraîne une mauvaise hydroxylation. C'est
le défaut biochimique majeur du scorbut. L'hydroxylation est spécifique au site. La proline est
hydroxylée en position 4. La lysine est hydroxylée en position 5.
1. d. Glycosylation du procollagène
Les polypeptides hydroxylés sont ensuite glycosylés. Les résidus glucidiques courants ajoutés
sont le galactose et le glucose, qui sont ajoutés séquentiellement par les galactosyl et glucosyl
transférases. La glycosylation se produit uniquement sur les résidus hydroxy lysine. L'étendue de la
glycosylation est différente dans divers sites, par ex. le tropocollagène dans les tendons n'a que 6 résidus
glucidiques, alors que dans la capsule du cristallin, il y a environ 110 unités.
1. e. Maturation extracellulaire du collagène
À l'intérieur des fibroblastes ; les polypeptides sont synthétisés, les résidus proline et lysine sont
hydroxylés et la glycosylation de la lysine a lieu. Ensuite, les molécules de procollagène sont sécrétées.
En dehors de la cellule, le procollagène est clivé par des peptidases spécifiques des fibroblastes. Environ
150 acides aminés dans la zone N-terminale et 300 acides aminés dans la zone C-terminale sont clivés.

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Ensuite, les molécules de tropocollagène sont assemblées en collagène. Enfin, des liaisons croisées
covalentes sont formées. Une carence en peptidase conduit à une dermatosparaxis, où la peau a
tendance à se déchirer facilement
1. f. Hélice triple brin
Le collagène est une structure semblable à une tige.
Chacune des 3 chaînes polypeptidiques est maintenue dans une
conformation hélicoïdale en s'enroulant les unes autour des
autres. Cette disposition aide à la minéralisation. Le câble super-
hélicoïdal résultant est fabriqué de manière à ce que 3,3 résidus
d'acides aminés fassent un tour et chaque tour est séparé de 2,9
Å. Les trois brins sont liés l'un à l'autre par une liaison
hydrogène. La glycine, en raison de sa petite taille, peut s'insérer
dans l'intérieur encombré de la triple hélice de collagène (Fig.
10). Pour la même raison, la glycine produit également un sillon
peu profond dans lequel d'autres brins polypeptidiques sont
entrelacés.
Le collagène de type IV est une exception. Les trois hélices sont discontinues. Le type IV est
principalement observé dans les membranes basales, où il produit une formation semblable à un
maillage. Quand une solution de collagène est portée à ébullition, la viscosité de la solution diminue. La
structure en forme de bâtonnet natif est modifiée en une structure bobiné aléatoire appelée gélatine.
Les fibres de collagène sont renforcées par des liaisons covalentes entre les résidus
lysine et hydroxy lysine. Ces liaisons transversales sont formées par la lysyl-oxydase qui
convertit ces acides aminés en aldéhydes. Le site actif de la lysyl-oxydase contienne du cuivre.
Une carence en cuivre provoque une réticulation réduite du collagène. Plus le collagène est
ancien, plus les liens croisés sont étendus. Le processus se poursuit, surtout à un âge avancé, de
sorte que la peau, les vaisseaux sanguins et d'autres tissus deviennent moins élastiques et plus
raides, ce qui contribue dans une large mesure aux problèmes médicaux des personnes âgées.
1. e. Fonctions du collagène
a. Donner un soutien aux organes.
b. Pour assurer l'alignement des cellules, afin que l'ancrage des cellules soit possible. Ceci, à son
tour, contribue à la prolifération et à la différenciation des cellules.
c. Dans les vaisseaux sanguins, si le collagène est exposé, les plaquettes adhèrent et la formation
de thrombus est déclenchée.
1. f. Dégradation du collagène
a. Le collagène est une protéine résistante aux attaques des enzymes ordinaires mais il est dégradé
par les collagénases.
b. La collagénase produite par Clostridium histolyticum, l'agent pathogène responsable de la
production de la gangrène gazeuse, divise chaque chaîne polypeptidique au site indiqué ; X↓-
Gly - Pro - Y. Cette bactérie peut détruire les barrières du tissu conjonctif, ce qui explique son
caractère invasif.
c. Les collagénases tissulaires sont actives chez les animaux dont les tissus doivent subir un
important remodelage, par exemple les têtards. Les tissus humains adultes n'ont pas de quantité
appréciable d'activité de collagénase.
d. La dégradation du collagène est observée en cas de résorption osseuse et cartilagineuse,
d'ostéoporose, de métastases tumorales, lors de l'involution post-partum de l'utérus, de la
maladie de Paget, du rachitisme, de l'arthrose, de la polyarthrite rhumatoïde et du scorbut.

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2. Kératines : Les fibres présentes sont appelées

kératines alpha et la matrice sous forme de kératohyaline.
Ils ont principalement la structure alpha hélicoïdale.
Chaque fibrille possède 2 chaînes polypeptidiques et
chaque faisceau contient environ 10 à 12 fibrilles. La
matrice kératohyaline possède des chaînes
polypeptidiques riches en cystéine qui sont maintenues
ensemble par des liaisons disulfure. Plus le nombre de
liaisons disulfure est élevé, plus la kératine est dure. De
plus, des liaisons covalentes sont également observées
entre les résidus de lysine et d'acide glutamique des
chaînes polypeptidiques adjacentes, formant des liaisons amide (similaire à la formation d'un caillot
dur).

3. Élastine
L'élastine est une protéine présente dans le tissu conjonctif et est le composant principal des
fibres élastiques. Les fibres élastiques peuvent s'étirer et reprendre ensuite leur longueur initiale. Ils ont
une haute résistance à la traction. On les trouve aussi bien dans les ligaments que dans les parois des
vaisseaux sanguins, en particulier les gros vaisseaux comme l'aorte. Un tiers des résidus sont de la
glycine. La proline est présente en grande quantité, ainsi que l'alanine. L'hydroxyproline est présente en
petites quantités tandis que l'hydroxylysine et l'hydroxylysine glycosylée sont absentes. La structure en
triple hélice est également absente. Lorsque l'élastine mûrit, des liaisons croisées de desmosine sont
formées à partir de 4 résidus de lysine. (Le collagène a des liaisons croisées aldol, tandis que l'élastine
a des liaisons croisées desmosine). Une fois mature, l'élastine est très stable ; le taux de rotation est très
faible. Des Anomalies de l'elastine conduisent à :
a. Syndrome de Williams-Beuren : la suppression de gène de l’elastine (qui se trouve sur le chro7)
conduit à un état clinique avec de graves anomalies du développement dans les tissus conjonctifs
du corps.
b. Pseudoxanthoma elasticum : C'est un défaut héréditaire dans la formation de l'élastine. Les
manifestations cliniques sont similaires au syndrome d'Ehlers-Danlos.
c. Carence en cuivre : Une carence en cuivre bloque la formation d'aldéhydes, indispensables à la
réticulation. Certains résidus de lysine sont oxydés par du cuivre contenant de la lysyl-oxydase
et le dérivé aldéhydique résultant peut se condenser avec une lysine non modifiée pour former
de la lysino-norleucine. Le caractère élastique de la fibre d'élastine est dû à ces différentes
liaisons transversales.

4. Laminine
Il s'agit d'une protéine de membrane basale aux propriétés adhésives qui permet aux cellules
épithéliales de se fixer au tissu conjonctif sous-jacent. C'est la première protéine de la matrice
extracellulaire qui se manifeste au cours de l'embryogenèse. Il a un rôle essentiel à jouer dans
l'excroissance neuronale et la régénération nerveuse. C'est une glycoprotéine composée de trois chaînes
polypeptidiques. Des taux élevés de laminine ont été signalés chez des patients souffrant de la maladie
d'Alzheimer. L'augmentation de l'expression de la laminine est associée à des plaques séniles et à des
protéines amyloïdes.
La lame basale est composée de laminine, d'entactine, de collagène de type IV et de sulfate
d'héparane. La laminine est une molécule allongée d'un poids moléculaire de 850 kDa.

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IV. Properties of proteins

Propriétés des protéines

a. Solubilité : Les protéines forment des solutions colloïdales au lieu de vraies solutions dans l'eau.
Cela est dû à l'énorme taille des molécules de protéines.
b. Poids moléculaire : Les protéines varient dans leur poids moléculaire, qui, à son tour, dépend
du nombre de résidus d'acides aminés. Chaque acide aminé contribue en moyenne à un poids
moléculaire d'environ 110. La majorité des protéines/polypeptides peuvent être composés de 40
à 4 000 acides aminés avec un poids moléculaire allant de 4 000 à 440 000. Quelques protéines
avec leurs poids moléculaires sont listées ci-dessous : Insuline : 5,700 ; Myoglobine : 17 000 ;
Hémoglobine : 64 450 ; Albumine sérique : 69 000.
c. Forme : Il existe une grande variation dans la forme des protéines. Elle peut être globuleuse
(insuline), ovale (albumine) fibreuse ou allongée (fibrinogène).
d. pH isoélectrique : Le pH isoélectrique (pI) comme propriété des acides aminés a été décrit. La
nature des acides aminés (en particulier leurs groupements ionisables) détermine le pI d'une
protéine. Les acides aminés acides (Asp, Glu) et les acides aminés basiques (His, Lys, Arg)
influencent fortement le pi. À pH isoélectrique, les protéines existent sous forme de zwitterions
ou d'ions dipolaires. Ils sont électriquement neutres (ne migrent pas dans le champ électrique)
avec une solubilité minimale, une précipitabilité maximale et un pouvoir tampon minimal. Le
pH isoélectrique (pI) de certaines protéines est donné comme suit : Pepsin : 1,1 ; Caséine : 4,6 ;
Albumine humaine : 4,7 ; Uréase : 5,0 ; Hémoglobine : 6 ,7 ; Lysozyme : 11,0.
e. Protéines acides et protéines basiques : Les protéines dont le rapport (ε Lys + ε Arg)/(ε Glu + ε
Asp) est supérieur à 1 sont qualifiées de protéines basiques. Pour les protéines acides, le ratio
est inférieur à 1.
f. Précipitation des protéines : Les protéines existent en solution colloïdale en raison de
l'hydratation des groupes polaires –COO-, –NH3+, –OH. Les protéines peuvent être précipitées
par déshydratation ou neutralisation des groupes polaires.

Precipitation reactions of proteins

La purification d'enzymes et d'autres protéines commence généralement par leur précipitation à

partir d'une solution. La stabilité des protéines en solution dépendra essentiellement de la charge et de
l'hydratation. Les groupes polaires des protéines (groupes -NH2, COOH, OH) ont tendance à attirer les
molécules d'eau autour d'eux pour produire une enveloppe d'hydratation. Tout facteur neutralisant la
charge ou éliminant l'eau d'hydratation provoquera donc la précipitation des protéines. Les procédures
suivantes sont utilisées pour la précipitation des protéines :
1. Salinisation (Salting Out)
Lorsqu'un sel neutre tel que le sulfate d'ammonium ou le sulfate de sodium est ajouté à une
solution protéique, la coquille d'hydratation est enlevée et la protéine devient un coagulum blanc solide
précipité. C'est ce qu'on appelle le salage. En règle générale, plus le poids moléculaire d'une protéine est
élevé, moins le sel nécessaire à la précipitation est important. Ainsi, les globulines sont précipitées avec
une demi-saturation de sulfate d'ammonium. En revanche, l’albumine aura besoin d'une saturation totale
de sulfate d'ammonium pour une précipitation complète.
2. Précipitations isoélectriques
Les protéines sont moins solubles à leur point isoélectrique. Certaines protéines précipitent
immédiatement lorsqu'elles sont ajustées à leur pH isoélectrique. Le meilleur exemple est la caséine qui
forme un précipité de floculant à pH 4,6 et se redissout dans des solutions fortement acides ou alcalines.
Lorsque le lait est caillé, la caséine forme le caillé blanc, parce que l'acide lactique produit par le
processus de fermentation abaisse le pH jusqu'au point isoélectrique de la caséine.
3. Précipitation par des solvants organiques
Lorsqu'un solvant organique est ajouté à la solution de protéines, les molécules d'eau disponibles
pour les protéines sont réduites et une précipitation se produit. Les solvants organiques réduisent la
constante diélectrique du milieu ce qui favorise également la précipitation des protéines. Par conséquent,

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l'alcool est un puissant agent de précipitation des protéines. Cela peut expliquer l'effet désinfectant de
l'alcool.
4. Précipitation par les ions de métaux lourds (Precipitation by Heavy Metal Ions)
En milieu alcalin, les protéines ont une charge nette négative ou sont des anions. À une telle
solution, si des sels de métaux lourds sont ajoutés. Les ions métalliques chargés positivement peuvent
former des complexes avec des molécules de protéines et des protéinates métalliques sont précipités.
Les sels de cuivre, de zinc, de plomb, de cadmium et de mercure sont toxiques, car ils ont tendance à
précipiter les protéines normales de la paroi gastro-intestinale. Sur la base de ce principe, l'œuf cru est
parfois utilisé comme antidote à l'empoisonnement au mercure.

Classification des protéines

Il est presque impossible de classer correctement toutes les protéines. Les classifications
suivantes sont données uniquement pour introduire une idée plus large aux étudiants.

B. Classification basée sur la composition et la solubilité (Classification based on Composition and

Solubility)

B-1. Simple Proteins

Selon la définition, ils ne contiennent que des acides aminés.
a. Albumines : Elles sont solubles dans l'eau et coagulées par la chaleur. L'albumine sérique
humaine a un poids moléculaire de 69 000. D'autres exemples sont la lactalbumine de lait et
l'albumine d'œuf.
b. Scléroprotéines : Elles sont insolubles dans l'eau, dans les solutions salines et les solvants
organiques. Elles sont solubles uniquement dans les acides forts à chauds. Ils forment des tissus
de soutien. Exemples : le collagène d'os, de cartilage et de tendon ; kératine du poil, de la corne,
de l'ongle et du sabot.

B-2. Conjugated Proteins

Ce sont des combinaisons de protéines avec une partie non protéique, appelée groupe prosthétique
(tableau1).
Les protéines conjuguées peuvent être classées comme suit :
Glycoproteins
Lipoproteins
Nucleoproteins
Chromoproteins
Phosphoproteins
Metalloproteins

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V. Biologically Important Peptides

Lorsque 10 ou moins d'acides aminés sont réunis, on parle d'oligopeptide. Certains d'entre eux sont
biologiquement actifs. Quelques exemples sont donnés ci-dessous :

a. L'hormone thyréotrope (Thyrotropin releasing hormone = TRH) est une hormone peptidique
produite par l'hypothalamus qui stimule la synthèse et la libération de la thyréostimuline (TSH)
et de la prolactine par l'hypophyse antérieure. Il s'agit d'un tripeptide ayant pour séquence de
Glu-His-Pro ; mais le Glu est modifiée pour former de l'acide pyroglutamique.
b. Le glutathion (GSH) est un tripeptide formé par la condensation d'acide glutamique,
de cystéine et de glycine : γ-L-Glutamyl-L-cystéinyl-glycine (sans codant génétique, pas
d’ARNm). Il s'agit donc de gamma glutamyl cystéinyl glycine. Il est impliqué dans l'intégrité
de la membrane érythrocytaire et est important pour maintenir les enzymes à l'état actif. Lorsque
ces trois acides aminés sont combinés en glutathion, ils acquièrent la capacité de détoxifier les
radicaux libres dangereux, les médicaments toxiques et les métaux lourds. Ce mécanisme
protège notamment le corps contre les dysfonctionnements et les maladies.
c. L'ocytocine et l’arginine vasopressine (AVP) sont des neuropeptides de 9 acides aminés
synthétisés dans l'hypothalamus et sécrétés par l'hypophyse postérieure. L'ocytocine a été
décrite pour la première fois pour son rôle important dans la stimulation des contractions
utérines et de l'évacuation du lait après la naissance, tandis que l'AVP est au cœur de
l'homéostasie de l'eau en régulant la concentration d'urine au niveau des reins.
d. L'angiotensine I a 10 acides aminés et l'angiotensine II a 8 acides aminés. Ils provoquent
l'hypertension.
e. Gramicidine S, un antibiotique produit par Bacillus brevis, contient 10 acides aminés. Il est
circulaire et contient de la D-phénylalanine.

Estimation spectrophotométrique
Les protéines absorbent la lumière ultraviolette à 280 nm. Cela est dû aux résidus de tyrosine et
de tryptophane dans la protéine. La quantification est effectuée en comparant l'absorbance de la solution
d'essai avec un étalon connu.

Techniques d’étude des composés protéiques

A. Chromatographie
La chromatographie est l'un des outils les plus utiles et les plus populaires de la biochimie. Il
s'agit d'une technique analytique traitant de la séparation de composés étroitement apparentés d'un
mélange. Ceux-ci comprennent les protéines, les peptides, les acides aminés, les lipides, les glucides,
les vitamines et les médicaments.
Le mérite de la découverte de la chromatographie revient au botaniste russe Mikhail Tswett.
C'est en 1906 que Tswett décrit la séparation des pigments de feuilles végétales en solution par passage
sur une colonne d'adsorbants solides. Il a inventé le terme chromatographie (grec : chroma—couleur ;
graphein—écrire), puisque la technique traitait de la séparation des composés de couleur (pigments).
Par coïncidence, le terme Tswett signifie couleur en russe ! A vrai dire, la chromatographie est un terme
impropre, puisqu'elle ne se limite plus à la séparation des composés colorés.
B. Principes et classement
La chromatographie se compose généralement d'une phase mobile et d'une phase stationnaire.
La phase mobile fait référence au mélange de substances (à séparer), dissoutes dans un liquide ou un
gaz. La phase stationnaire est une matrice solide poreuse à travers laquelle percale l'échantillon contenu
dans la phase mobile. L'interaction entre les phases mobile et stationnaire entraîne la séparation des
composés du mélange. Ces interactions incluent les principes physico-chimiques tels que l'adsorption,
la partition, l'échange d'ions, le tamisage moléculaire et l'affinité.
L'interaction entre la phase stationnaire et la phase mobile est souvent utilisée dans la
chromatographie de classification, par ex. séparation, adsorption, échange d'ions. De plus, la
classification de la chromatographie est également basée soit sur la nature de la phase stationnaire
(papier, couche mince, colonne), soit sur la nature des deux phases mobile et stationnaire

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(chromatographie gaz-liquide). Un résumé des différentes méthodes (classes) de chromatographie est

donné à la figure suivante.

Chromatographie sur papier :

Cette technique est couramment utilisée pour la séparation des acides aminés, des sucres, des
dérivés de sucre et des peptides. En chromatographie sur papier, quelques gouttes de solution contenant
un mélange des composés à séparer sont appliquées (tachetées) à une extrémité, généralement à environ
2 cm au-dessus, d'une bande de papier filtre (Whatman). Le papier est séché et plongé dans un mélange
de solvants composé de butanol, d'acide acétique et d'eau dans un rapport 4 : 1 : 5 (pour la séparation
des acides aminés). Le composant aqueux du système solvant se lie au papier et forme une phase
stationnaire. Le composant organique qui migre sur le papier est la phase mobile. Lorsque la migration
du solvant est ascendante, on parle de chromatographie ascendante. En chromatographie descendante,
le solvant se déplace vers le bas. Au fur et à mesure que le solvant s'écoule, il entraîne avec lui les
substances inconnues. La vitesse de migration des molécules dépend des solubilités relatives dans la
phase stationnaire (aqueuse) et la phase mobile (organique).

Après une migration suffisante du front de solvant, le papier (chromatogramme) est retiré, séché
et développé pour l'identification des taches spécifiques. La ninhydrine, qui forme un complexe violet
avec les acides α-aminés, est fréquemment utilisée comme réactif colorant. La nature chimique des
taches individuelles peut être identifiée en comparaison avec une gamme de standards. La migration
d'une substance est fréquemment exprimée en valeur Rf (rapport des fronts) :

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Chromatographie gaz-liquide (GLC) :

C'est la méthode de choix pour la séparation des substances volatiles ou des dérivés volatils de
certaines substances non volatiles. En GLC, la phase stationnaire est un matériau solide inerte (terre de
diatomées ou brique réfractaire en poudre), imprégné d'un liquide non volatil (silicium ou polyéthylène
glycol). Celle-ci est conditionnée dans une colonne étroite et maintenue à haute température (environ
200°C). Un mélange de matières volatiles est injecté dans la colonne avec la phase mobile, qui est un
gaz inerte (argon, hélium ou azote). La séparation du mélange volatil est basée sur la répartition des
composants entre la phase mobile (gaz) et la phase stationnaire (liquide), d'où le nom de
chromatographie gaz-liquide. Les composés séparés peuvent être identifiés et quantifiés par un
détecteur. Le détecteur fonctionne sur les principes de l'ionisation ou de la conductivité thermique.
La chromatographie gaz-liquide est sensible, rapide et fiable. Il est fréquemment utilisé pour
l'estimation quantitative de matériaux biologiques tels que les lipides, les médicaments et les vitamines.

Chromatographie sur colonne d'adsorption :

Les adsorbants tels que le gel de silice, l'alumine, la poudre de charbon de bois et
l'hydroxyapatite de calcium sont conditionnés dans une colonne dans un tube de verre. Cela sert de phase
stationnaire. Le mélange d'échantillons dans un solvant est chargé sur cette colonne. Les composants
individuels sont adsorbés de manière différentielle sur l'adsorbant. L'élution est réalisée par un système
tampon (phase mobile). Les composés individuels sortent de la colonne à des vitesses différentes qui
peuvent être collectées et identifiées séparément. Par exemple, les acides aminés peuvent être identifiés
par la méthode calorimétrique à la ninhydrine. Un appareil automatisé de chromatographie sur colonne
—collecteur de fractions—est fréquemment utilisé de nos jours.

Électrophorèse
Le mouvement des particules chargées (ions) dans un champ électrique entraînant leur migration
vers l'électrode de charge opposée est appelé électrophorèse. Les molécules avec une charge positive
nette (cations) se déplacent vers la cathode négative tandis que celles avec une charge négative nette
(anions) migrent vers l'anode positive. L'électrophorèse est une technique analytique largement utilisée
pour la séparation de molécules biologiques telles que les protéines plasmatiques, les lipoprotéines et
les immunoglobulines.
La vitesse de migration des ions dans un champ électrique dépend de plusieurs facteurs,
notamment la forme, la taille, la charge nette et la solvatation des ions, la viscosité de la solution et
l'amplitude du courant utilisé.

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Photométrie colorimètre et spectrophotomètre

La photométrie traite globalement de l'étude du phénomène d'absorption de la lumière par des
molécules en solution. La spécificité d'un composé à absorber la lumière à une longueur d'onde
particulière (lumière monochromatique) est exploitée en laboratoire pour des mesures quantitatives. Du
point de vue du biochimiste, la photométrie constitue un outil de laboratoire important pour l'estimation
précise d'une grande variété de composés dans des échantillons biologiques. Le colorimètre et le
spectrophotomètre sont les instruments de laboratoire utilisés à cette fin. Ils fonctionnent sur les
principes discutés ci-dessous.

Lorsqu'une lumière à une longueur d'onde particulière traverse une solution (lumière incidente),
une certaine quantité de celle-ci est absorbée et, par conséquent, la lumière qui en sort (lumière
transmise) est diminuée. La nature de l'absorption de la lumière dans une solution est régie par la loi de
Beer-Lambert. La loi de Beer stipule que la quantité de lumière transmise diminue de façon
exponentielle avec une augmentation de la concentration de matériau absorbant (c'est-à-dire que la
quantité de lumière absorbée dépend de la concentration des molécules absorbantes). Et selon la loi de
Lambert, la lumière transmise diminue de façon exponentielle avec l'augmentation de l'épaisseur des
molécules absorbantes (c'est-à-dire que la quantité de lumière absorbée dépend de l'épaisseur du milieu).
En combinant les deux lois (loi de Beer-Lambert), la dérivation mathématique suivante peut être
obtenue : I = I0εct
où I = Intensité de la lumière transmise
I0 = Intensité de la lumière incidente
Ԑ = coefficient d'extinction molaire (caractéristique de la substance étudiée)
c = Concentration de la substance absorbante (moles /l ou g/dl)
t = L= Epaisseur du milieu traversé par la lumière.
Lorsque l'épaisseur du milieu absorbant est maintenue constante (c'est-à-dire la loi de Lambert),
l'intensité de la lumière transmise ne dépend que de la concentration du matériau absorbant. En d'autres
termes, la loi de Beer s'applique. Le rapport de la lumière transmise (I) à celle de la lumière incidente
(I0) est appelé transmittance (T).
L'absorbance (A) ou densité optique (DO) est très couramment utilisée dans les laboratoires. La
relation entre l'absorbance et la transmission est exprimée par l'équation suivante.

Log I0/I=A = Ԑ.L.C

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