TD de description quantique des atomes et des liaisons

Sommaire :

TD1 - LA PARTICULE PIÉGÉE DANS UNE BOITE.....................................................................................4

TD2 - L’EFFET TUNNEL...................................................................................................................................... 5
TD3 - LES ORBITALES HYDROGENOÏDES..................................................................................................7
TD4 - THÉORIE DES PERTURBATIONS ET PRINCIPE VARIATIONNEL..........................................8
TD5 - SPECTROSCOPIE DE L’ION EU3+ : EFFET DU COUPLAGE SPIN-ORBITE..........................10
TD6 - L’ION MOLÉCULAIRE H2+................................................................................................................... 12
TD7 - ORBITALES MOLÉCULAIRES DE LA MOLÉCULE DE HEH+....................................................13
TD8 – MOMENT DIPOLAIRE DE LIH.......................................................................................................... 14
TD 9 – CALCULS DE CHIMIE QUANTIQUE................................................................................................... 15
INSTALLATION ET UTILISATION DU LOGICIEL GABEDIT COUPLÉ AU CODE DE CALCUL FIREFLY................................15
FIREFLY...................................................................................................................................................................................... 16
OBJECTIF DE L’EXERCICE :...................................................................................................................................................... 17
CONSTRUCTION DE LA MOLÉCULE.........................................................................................................................................18
LANCEMENT DU CALCUL......................................................................................................................................................... 19
VISUALISATION DES ORBITALES MOLÉCULAIRES (OM)....................................................................................................19

1
Formulaire

Solution d’une équation différentielle du 2nd ordre sans second membre.

Soit l’équation différentielle du 2nd ordre suivante :
'' '
a f ( x )+ b f ( x )+ cf ( x ) =0
L’équation caractéristique s’écrit :
2
a x +b x +c=0
Soit cette équation possède deux solutions réelles différentes (notées r 1 et r2). Alors la solution de
l’équation différentielle s’écrit :
r1x r2 x
f ( x )= A e + B e
Soit cette équation possède une solution réelle double (notées r). Alors la solution de l’équation
différentielle s’écrit :
rx
f ( x )=e ( Ax+ B )
Soit cette équation possède deux solutions complexes (notées r ± is). Alors la solution de
l’équation différentielle s’écrit :
f ( x )=e ( A cos ( sx )+ B sin ( sx ) )
rx

Primitives de fonctions trigonométriques

x sin ( 2 ax )
∫ sin ( ax )2 dx= 2 − 4a
+C

2
cos ( 2 ax ) x sin ( 2 ax )
∫ x sin ( ax )2 dx= x4 − 8a
2
−
4a
+C

2 2
x 3 x cos ( 2 ax ) (2 a x −1) sin ( 2 ax )
∫ x sin ( ax ) dx = 6 − 4 a2 −
2 2

8a
3
+C

2
−cos ( 2 ax )
∫ sin (ax )cos (ax )dx= 2a
+C

Intégrales de fonctions exponentielles

+∞

∫ r e−ar dr= a12

0

+∞

∫ r 2 e−ar dr = a23
0

+∞

∫ r 3 e−ar dr= a64

0

2
 TD1 - La particule piégée dans une boite
Supposons une particule ne pouvant se déplacer que dans une direction, l’axe x, et piégée
dans un puits de longueur L tel que le potentiel ressenti par la particule est nul dans le puits
et infini à l’extérieur.
1- Représentez graphique ce système.
2- Donnez le Hamiltonien du système et proposez une solution de l’équation de
Schrödinger pour ce système.
3- En supposant des probabilités de présence nulle aux limites du puits donnez la forme
finale de la fonction d’onde et de l’énergie du système. Montrez que l’énergie est
quantifiée.
4- Représentez graphiquement les trois premiers niveaux d’énergie et les fonctions
d’onde associée.
5- Normalisez la fonction d’onde.
6- Calculez la position moyenne de la particule, <x>, dans l’état fondamental.

En chimie du solide, il est parfois possible de piéger un électron dans une lacune
(généralement anionique). On parle de centre coloré (ou centre-F de l’allemand
Farbzentrum). La figure suivante donne le spectre d’absorption d’un centre-F dans NaCl.
7- A partir de ce spectre, expliquez pourquoi on parle de centre coloré.
8- En supposant que la transition observée en absorption dans ce spectre correspond à la
transition entre l’état fondamental et le premier état excité d’un électron piégé,
déduire la dimension caractéristique du piège.

Figure 1 : absorption spectrum of F-center in NaCl (from Nucl. Instr. and Meth. in Phys. Res. B 245 (2006) 204–
209)

3
9- Le paramètre de maille de NaCl est de 5,6 Å. Comment cela peut se comparer au
résultat de la question précédente ?

4
 TD2 - L’effet tunnel

Repartons d’un puits de potentiel similaire au précédent, à la différence que cette fois le potentiel
n’est pas infini à l’extérieur mais prend une valeur finie (que nous noterons V 0). Cette fois, le
puits sera centré en 0 et sera d’une largeur 2a (cf Figure 2). Nous allons nous intéresser au cas
d’une particule piégée dans ce puits (donc son énergie est inférieure au potentiel V 0, E<V0)

Figure 2 : Forme du puits de potentiel de profondeur finie.

1- Montrez que la solution de l’équation de Schrödinger dans chacune des trois zones (I, II
et III) peut s’écrire de la manière suivante. Pour y arriver, prenez en compte la nécessité
d’avoir une fonction d’onde normalisable.
Zone I : ψ ( x )=Ae Kx (1)

Zone II : ψ ( x )=B cos ( kx ) +C sin ( kx ) (2)

Zone III : ψ ( x )=D e−Kx (3)

2- Le système est centrosymétrique, la théorie des groupes (que vous verrez au second
semestre) nous indique que les solutions peuvent se répartir un deux groupes : Celles qui
seront symétriques (aussi dites paires) et celles qui seront antisymétriques (impaires).
Proposez une simplification des équations précédentes dans le cas des solutions paires.
3- Toujours dans le cas des solutions paires, en imposant la continuité de la fonction d’onde
et de sa dérivée première aux bords du puits, montrez que l’on peut obtenir les équations
suivantes :
− Ka (4)
B cos ( ka )= Ae

5
 − Ka (5)
Bk sin ( ka )= AKe
4- En combinant ces deux équations, montrez que l’on obtient la relation suivante reliant
directement k et K :
k tan ( ka )=K (6)

5- A partir des formules de k et K déterminées dans la question 1, montrez que la somme k 2

+ K2 est une constante qui ne dépend pas de l’énergie de la particule.
6- A partir de la relation trouvée dans la question 5 et l’équation (6), proposez une
construction graphique pour déterminer les valeurs de k et K qui respectent ces deux
équations. Montrez que cela conduit à une quantification de l’énergie. Déduisez de cette
construction graphique que le nombre d’états « liés » est finis.
7- Comment varie le nombre d’états liés en fonction de la valeur de V0 ?
8- On observe que la fonction s’étend dans les zones I et III alors que l’énergie de la
particule est inférieure à V0. Comment interpréter ce résultat ?
9- Proposez une formule pour la distance caractéristique d’évanescence de la fonction
d’onde dans les zones I et III. Comment cette distance évolue en fonction de la masse de
la particule ?
10- L’effet tunnel peut accélérer une réaction chimique. Intéressons-nous au transfert de
proton entre les groupements hydroxyle et carbonyle de la molécule d’acétylacétone.
Nous assimilerons le chemin de réaction à un double puits quantique. A partir des
informations données dans la Figure 3, estimez si l’effet tunnel peut intervenir dans le ce
transfert de proton.
11- Que devient la distance caractéristique associée à cette barrière si ce n’est pas un proton
qui saute mais un électron ?

Figure 3. Surface d’énergie associée au transfert de proton de l’acétylacétone.

6
 TD3 - Les orbitales hydrogenoïdes

1- En utilisant les coordonnées sphériques, calculez le volume d’une sphère de rayon R.

2- Montrez que l’orbitale 1s de l’hydrogène est normalisée.

( ) ( )
3/ 2 (7)
1 1 −r
ψ 1 s ( r ,θ , φ )= exp
√ π a0 a0
3- Montrez que les orbitales 1s et 2s sont orthogonales.

( )( ) ( )
3 /2 (8)
1 1 r −r
ψ 2 s ( r ,θ ,φ )= 2− exp
4 √2 π a 0 a0 2 a0
4- Pour un hydrogénoïde Z, la valeur moyenne de r dépend de n et l et est donnée par la
relation suivante. Vérifiez que cette formule donne le bon résultat pour l’orbitale 1s de H.

( ( ))
n2 a0 l ( l+ 1 ) (9)
1
⟨ r ⟩n , l= 1+ 1− 2
Z 2 n
5- A partir de cette formule, expliquez pourquoi les orbitales 4f des lanthanides sont souvent
assimilées à des orbitales de cœur.

7
 TD4 - Théorie des perturbations et principe variationnel

Nous allons nous intéresser à l’atome d’hélium (Z=2) et à l’effet de la répulsion interélectronique
sur son énergie.
1- Rappelez les valeurs des unités de distance, d’énergie et les constantes physiques usuelles
dans le système des unités atomiques.
2- Écrivez le Hamiltonien de l’atome d’hélium dans le système des unités atomiques (nous
noterons (1) les coordonnées de l’électron 1 et (2) les coordonnées de l’électron (2)).
3- Quelle est la configuration électronique de l’atome d’hélium dans son état fondamental ?
A cause du terme 1/r12, l’équation de Schrödinger ne peut être résolue. Nous allons appliquer
dans un premier temps théorie des perturbations afin d’évaluer l’énergie de cet atome. Nous
appliquerons ensuite le principe vibrationnel et nous concluerons sur l’approche donnant les
résultats le plus proche de l’expérience. Nous écrirons la fonction d’onde du système comme un
produit de Hartree : Ψ ( 1 ,2 )=φ1 s ( 1 ) φ1 s ( 2 ) (le spin ne sera pas considéré dans cet exercice) avec
3 /2
Z −Zr
φ 1 s ( r )= e .
√π
4- Décomposez le hamiltonien de l’atome d’hélium en un Hamiltonian sans perturbation
(noté ^
H 0) dit mono-électronique et un Hamiltonien perturbatif (noté ^
H 1).
5- Donnez l’énergie de l’atome d’hélium sans la perturbation. Sachant que l’énergie
expérimentale de l’atome d’hélium est de -2.905 u.a., donnez l’erreur de l’approximation
monoélectronique sur l’énergie du système.
6- Déterminez l’énergie du système en traitant le Hamiltonien ^
H 1 comme une perturbation
au premier ordre. Pour simplifier les calculs, nous admettrons que
5
⟨ Ψ ( 1 ,2 )|1 /r 12|Ψ ( 1 ,2 ) ⟩ = 8 Z.
Nous allons maintenant chercher une solution à l’équation de Schrödinger de l’atome d’hélium
en utilisant le principe variationnel. Nous allons utiliser la même forme mathématique d’orbitale
atomique (une orbitale 1s) mais ressentant une charge nucléaire modifiée notée Z*.
7- Réécrivez l’Hamiltonien total de l’atome d’hélium en fonction de Z* et Z en faisant
apparaitre un Hamiltonien monoélectronique ne dépendant que de Z*.
8- Calculez l’énergie du système en fonction de Z*.
9- Déterminez la valeur optimale de Z*.

8
10- Comparez l’énergie que vous avez obtenue à la valeur expérimentale et à la valeur de
celle obtenue par théorie des perturbations.
11- Comparez la valeur de Z* obtenue par principe variationnel à celle obtenue par la
méthode de Slater.

9
 TD5 - Spectroscopie de l’ion Eu3+ : effet du couplage spin-orbite

Exercice inspiré de d’un article scientifique (J. Phys. Chem. B 2005, 109, 5774) et proposé par
Martin Vérot.

1- Donnez la configuration électronique de l’ion 63Eu3+.

2- Nous allons nous intéresser aux états 7F et 5D de cet ion. Expliquez ces notations.
3- Proposez une notation sous forme de cases quantiques d’un micro-état pour chacun de
ces deux états électroniques.
4- Quelle interaction est responsable de la différence de notation entre la question (1) et la
question (2) et responsable de la différence d’énergie entre 7F et 5D ?
5- Lequel de ces deux états, entre 7F et 5D, est l’état fondamental de l’ion 63Eu3+ ?

Lorsque les atomes ont un numéro atomique élevé, des effets relativistes commencent à se
manifester. Le couplage spin-orbite est l’un d’entre eux. Dans le cas de l’atome d’hydrogène, le
Hamiltonien de ce couplage peut s’écrire sous la forme de l’équation (10) où α représente la
constante de structure fine (qui vaut 1/135), E 0 le niveau fondamental de l’atome d’hydrogène, a 0
L le moment cinétique, ⃗S le moment de spin, ℏ la constante de Planck réduite et r la
le rayon de Borh, ⃗
distance électron-noyau.
a0 ⃗^L . ^⃗S (10)
3
^ 2
H S OC =α E0 3 2
r ℏ
6- A partir d’une analyse en ordre de grandeur qualitative, montrez que le couplage spin-
orbite n’est qu’une perturbation au regard des autres interactions du système.

Lorsque le numéro atomique devient important (par exemple Z > 40), cette interaction ne peut
plus être traitée comme une perturbation et joue un rôle important dans les états électroniques.
Nous allons supposer que le Hamiltonien prend la forme générale suivante, appelée Hamiltonien
de Russel-Sanders.
^ ^ ^ (11)
H SOC = λ ⃗L . ⃗S

10
Nous allons introduire la notion de moment cinétique totale, notée ⃗J tel que ⃗J = ⃗
L + ⃗S . Les valeurs
J sont notées j et satisfont la relation : ^⃗J 2| j ⟩ =ℏ2 J ( J +1 )| j ⟩ (on peut omettre par la suite le ℏ2
propres de ⃗

).

7- Exprimez le terme ^⃗ ^
L . ⃗S en fonction de ⃗J , ⃗
L et ⃗S. En déduire les valeurs propres de
l’Hamiltonien de couplage spin-orbite à partir de J, L et S, les valeurs propres respectives de ⃗
J, ⃗
L
et ⃗
S.
8- Sachant que la valeur de J est comprise entre L+ S et |L−S| , combien de valeur de J sont
possibles pour l’état 7F. Calculez l’énergie de couplage spin-orbite pour tous ces états.
9- Faites la même chose pour l’état 5D.
10- Représentez sur un diagramme énergétique l’éclatement des niveaux induits
successivement par l’interaction électron-électron et par le couplage spin-orbite.
11- A partir du spectre d’émission de la Figure 4, proposez une valeur de λ .

Figure 4 : Spectre de luminescence du système La2O2S:Eu3+ obtenu à 77K. (J. Phys. Chem. B 2005, 109, 5774)

12- Que signifie le terme λex dans cette figure ?

13- A quel phénomène est dû l’éclatement des niveaux 7F1 et 7F2 sur la Figure 4 ?

11
 TD6 - L’ion moléculaire H2+

Soit une molécule faite de deux noyaux d’hydrogène, notés A et B, et d’un électron. La
Figure 6 présente les différentes notations utilisées dans l’exercice.

Figure 6 : Définition des paramètres de l’exercice.

1- Donnez l’expression analytique des orbitales moléculaires notées σ get σ u en fonction

des deux orbitales atomiques de type 1s des deux atomes d’hydrogène φ Aet φ B.
2- Dans l’approximation de Born-Oppenheimer, exprimez l’énergies E g et Eu de ces deux
orbitales moléculaires en fonction de :
EH : l’énergie de l’atome d’hydrogène.
R : La distance internucléaire
S= ⟨ φ A|φB ⟩ : l’intégrale de recouvrement

⟨| | ⟩
J= φ A
−1
φ : l’intégrale coulombienne
rB A

⟨| |⟩
K= φ A
−1
φ : L’intégrale d’échange
rA B

3- On donne les évolutions des grandeurs précédentes en fonction de la distance

internucléaire :

( )
2
−R R
S=e + R+1
3

J=e−2 R 1+ ( 1R )− R1
−R
K=−e ( 1+ R )
Que deviennent les valeurs de S, J et K si R tend vers l’infini ? En déduire les valeurs
limites de Eg et Eu.

12
4- Calculez l’énergie de dissociation du système si R=2 u.a. (distance d’équilibre).
L’énergie expérimentale est de 0,102 Ha. Quelles sont les sources d’erreur de notre
approche ?

13
 TD7 - Orbitales moléculaires de la molécule de HeH+

Un calcul de chimie quantique réalisé sur la molécule de HeH+ aboutit à l’expression suivante
pour les orbitales moléculaires.

Ψ 1=−0,638 φ1 sHe +1,083 φ 1 sH (12)

Ψ 2=0,898 φ1 sHe +0,202 φ 1 sH (13)

1- Attribuez à chacune de ces orbitales le charactère liant et anti-liant.

2- Justifiez la taille relative des coefficients.
3- Ces orbitales sont normalisées. Déterminez la valeur du recouvrement entre les deux
orbitales atomiques.
Nous allons évaluer les charges partielles au moyen de la méthode de partition de Mulliken.
Dans cette méthode, on définit les grandeurs suivantes :
OM occup é es (14)
∑
2
pi = N k |C ki| la population nette de l’OA φ i
k

OM occup é es (15)
Rij =2 ∑ N k C ki C¿kj S ij la population de recouvrement entres les OA φ i et φ j
k

OA (16)
1
P i = pi + ∑ R la population globale de l’OA φ i
2 j ≠i ij
Avec Nk le nombre d’électron dans l’OM numéro k.
4- Quelle signification donnez-vous à ces trois grandeurs ?
5- Si N est le nombre total d’électrons du système. Exprimez N en fonction de Pi.
6- Donnez les populations électroniques nettes, les populations électroniques de
recouvrement et les populations électroniques globales du système.
7- En déduire les charges partielles sur les atomes.
8- Commentez les limites de la partition de Mulliken.

14
 TD8 – Moment dipolaire de LiH

Considérons la molécule de LiH. Un calcul de chimie quantique a déterminé les orbitales

moléculaires en appliquant le principe variationnel à l’approximation CLOA en considérant
comme orbitales atomiques les 1s de H et Li et la 2s de Li.
1- Ecrivez la forme générique d’une orbitale moléculaire de LiH dans ce cadre.

L’énergie de la molécule de LiH a été calculée en fonction de la distance Li-H. Le résultat est
présenté sur la figure 7.
2- Comment appelle-t-on cette forme de courbe ?
3- Quelle est la distance d’équilibre de LiH ?
4- Quelle est l’énergie de la liaison LiH (en kJ/mol) ?

Figure 7 : Variation de l’énergie de LiH en fonction de la distance internucléaire.

A la distance d’équilibre, les orbitales molécules ont la structure et les énergies suivantes :
Ψ 1=0.991 φ1 sLi +0.037 φ 2 sLi ε 1=−1,955 Ha
Ψ 2=0,654 φ1 sH −0.207 φ1 sLi +0.556 φ2 sLi ε 2=−0,189 Ha
Ψ 3=−0,876 φ1 sH −0.189 φ1 sLi +0.974 φ2 sLi ε 3=+0,087 Ha
5- Représentez le diagramme orbitalaire de LiH et la forme approximative des orbitales
moléculaires.
6- Caractérisez le charactère liant, non-liant et anti-liant des orbitales moléculaires.
7- Sachant que les recouvrements entre orbitales atomiques sont les suivants :
S1 sH ,1 sLi =0,072 S1 sH ,2 sLi =0,403 S1 sLi , 2 sLi=0,237
Déterminez la charge Mulliken de l’atome de H. Déduisez-en la charge de l’atome de Li.
8- Pourquoi parle-t-on d’hydrure pour LiH ?

15
 9- Calculez le moment dipolaire de la molécule LiH.

TD 9 – Calculs de chimie quantique

Installation et utilisation du logiciel Gabedit couplé au code de calcul Firefly

L'objectif principal de cette partie est de se familiariser avec les outils de calculs de modélisation
disponibles dans les 2 logiciels Gabedit/FireFly (FireFly est un logiciel gratuit de calcul de
chimie quantique. Gabedit servira comme interface graphique pour ce logiciel). Pour cela, des
exemples simples de molécules seront traités afin de focaliser le TD sur les méthodes et de
limiter les temps de calculs.
Copier les 2 fichiers FireFly.zip et setupGabedit.exe, fournis par l'enseignant, sur votre disque
W. Décompresser le fichier firefly.zip. Cliquer sur setupGabedit.exe. Dans la fenêtre
d'installation choisissez W:\Gabedit comme dossier d'installation.
Une fois l'installation terminée, vous pouvez lancer gabedit en cliquant sur gabedit.exe qui se
trouve dans le dossier W:\Gabedit. Cliquer sur le bouton 'Continue' jusqu'à la fin de la
procédure, d'installation 'Gabedit User Installation'. La première fois que vous lancez Gabedit,
vous devrez indiquer à Gabedit le dossier d'installation de FireFly : Dans le menu choisir
Settings/Preferences/Other et changer le dossier en cliquant sur le bouton qui se trouve en face
de « FireFly Directory ».

Figure 8. Capture d’écran montrant comment rentrer le chemin d’accès à Firefly

16
Firefly
C'est un programme de calcul semi-empirique et ab-initio, disponible gratuitement, sous Linux,
Windows et Mac OS X : http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html
Le manuel est disponible sur http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/index.html

Le fichier de données (input) et le fichier de sortie (output) sont des fichiers « texte ». Gabedit
vous aidera à préparer le fichier de données, à lancer le calcul et à analyser les résultats en lisant
le fichier de sortie de FireFly.
Gabedit
Voici un récapitulatif des icônes disponibles dans Gabedit, je vous renvoie à l’aide disponible
dans la page web du logiciel pour une meilleure prise en main.

Figure 9. Récapitulatif des icones de la page d’accueil de Gabedit.

Dans ces TD nous utiliserons exclusivement le code FireFly, gratuit mais il faut s'enregistrer.
Pour lancer un calcul avec Gabedit, il faut d'abord créer une nouvelle géométrie, en la dessinant à
l'aide de l'icône ‘Draw’. Quand on clique sur cette icône, une nouvelle fenêtre s'ouvre, qui
contient le menu suivant sur la gauche.

17
 Figure 10. Récapitulatif des icones du menu ‘Draw’ de Gabedit.

Et surtout, comme indique en bas de la fenêtre, le 'clic droit' est votre menu : nous y reviendrons
au cours de ces TD.
Pour regarder les OM, il faut utiliser le mode 'Visualisation de la densité, des OM et des
vibrations', accessible soit par l'icône, soit lorsque l'on regarde le fichier de sortie d'un calcul en
cliquant sur 'Dens. Orb.'. On fait alors apparaître une fenêtre 'Orbitals/Density/Vibration' qui
contient un menu similaire au menu 'Dessin' :

Objectif de l’exercice :
Nous allons réaliser un calcul de chimie quantique pour déterminer l’énergie d’une molécule
d’eau et l’énergie des orbitales moléculaires (OM). L’énergie sera calculée en supposant que les
OM sont des combinaisons d’orbitales atomiques (OA) dont les coefficients seront optimisés
pour minimiser l’énergie (principe vibrationnel).

1- Rappelez le principe de l’approximation de « combinaison linéaire d’orbitales

atomiques » (CLOA).

18
 2- En notant les divers OA du système de la manière suivante : φ O1 s=φ 1, φ O2 s=φ 2, φ O2 px =φ3…,
H
φ 1 s=φ 7, écrivez la combinaison linéaire avec des coefficients notés Ci.
3- Combien y aura-t-il d’orbitales occupées ?

Construction de la molécule.

Cliquer sur l'icône ‘Draw Geometry’. Dans la Nouvelle fenêtre, cliquer sur l'icône
‘Insert fragment’. Sélectionner la molécule 'Water'. Les coordonnées de la molécule sont
maintenant stockées en mémoire.

Figure 11. Capture d’écran lors de la construction de la molécule d’eau

Vous pouvez fermer la fenêtre ‘Draw Geom’ pour passer à l'étape suivante : Création du fichier
de données pour FireFly.
4- Quelle distance OH et quel angle Gedit donne-t-il par construction à la molécule d’eau ?
Cela vous semble-t-il être des paramètres géométriques raisonnables ?

Création du fichier de données pour FireFly

Cliquer sur l'icône «FireFly input file».

Cliquer sur le bouton ‘OK’.

19
Gabedit créera alors le fichier de données pour FireFly.

Lancement du calcul
Cliquer sur l'icône «Run».
Sélectionner le dossier où les fichiers d'entrée et de sortie seront enregistrés (sur le disque).
Choisir un nom pour votre fichier (H2O par exemple) Puis sur le bouton OK.
Cliquer sur l'icône 'H2O.log'. Gabedit affichera alors le fichier de sortie.

Cliquer sur le bouton ‘Update/End’ (A droite de la fenêtre) pour relire le fichier et aller à la fin.
Vérifier qu'à la fin du fichier vous avez un message de style « EXECUTION OF GAMESS
TERMINATED NORMALLY ». Sinon le calcul n'est pas encore terminé.
Attendre quelques secondes et refaire l'opération « Update/End » Dès que le calcul est terminé
passer à l'étape suivante.

Visualisation des orbitales moléculaires (OM)

Cliquer sur le bouton « Dens. Orb. » ou sur l'icône « Display Orbital/Vibration... » .
Lire les OM par clic-droit → Orbitals → Read geometry and orbitals from a FireFly output file'.
Une fois le fichier ouvert (normalement, Gabedit sélectionne directement votre fichier). La
fenêtre de sélection des OM apparait. Si ce n'est pas le cas, faites clic-droit → Orbitals →
Selection. Si vous double-cliquer sur un numéro d'OM, Gabedit la calcule et l'affiche.
5- Reportez sur votre copie le diagramme orbitalaire de l’eau avec les énergies des orbitales.
Est-ce que le nombre d’orbitales occupées correspond à ce qui est attendu ?
6- L’orbitale la plus basse en énergie est notablement plus basse que toutes les autres.
Pourquoi ?
7- Commentez les charactères liant/non-liant/anti-liant des orbitales occupées.
On peut visualiser les charges partielles calculées par la méthode de Mulliken de la manière
suivante : Faites un clic droit et sélectionnez “Render”→ « Label » → « show charges »
8- Que valent les charges sur chaque atome ? Est-ce que cela correspond à votre intuition
chimique.

20