UNIVERSITE MARIEN NGOUABI

FACULTE DES SCIENCES ET TECHNIQUES

Année : 2023 N°
d'ordre :

THESE
Pour l'obtention du Diplôme de Doctorat Unique
Domaine : Sciences Naturelles et Exactes
Formation doctorale : Sciences Biologiques
Parcours/option : Biologie cellulaire et Moléculaire
Spécialité : Microbiologie, Biologie Moléculaire et Immunologie Appliquée

Présentée et soutenue publiquement

Par
GANGOUE Léa Gwladys
Titulaire d’un Master en Biologie Moléculaire et Immunologie Appliquée
TITRE
ANALYSE GENETIQUE DE LA RESISTANCE AUX QUINOLONES/
FLUOROQUINOLONES DES SOUCHES DE STAPHYLOCOQUES
ISOLEES A BRAZZAVILLE, REPUBLIQUE DU CONGO
DIRECTEUR DE THESE
Etienne NGUIMBI, Professeur Titulaire CAMES, Université Marien
NGOUABI
JURY

President Joel LOUMETO Professeur Titulaire CAMES, Université

Marien NGOUABI (Congo)
Rapporteur externe Jean Fabrice YALA Maître de Conferences CAMES,
Université des Sciences et Techniques de
MASUKU (Gabon)
Rapporteur interne Alain Brice VOUIDIBIO MBOZO Maître de Conférences CAMES,
Université Marien NGOUABI (Congo)

Examinateur Donatien Moukassa Professeur Titulaire CAMES, Université

Marien NGOUABI (Congo)
Directeur de These Etienne NGUIMBI Professeur Titulaire CAMES, Université
Marien NGOUABI (Congo)
Université Marien NGOUABI REPUBLIQUE DU CONGO

Travail* Progrès*Humanité Unité* Travail* Progrès

Faculté des Sciences et Techniques

ANNEE ACADEMIQUE 2021-2022

LISTES DES ENSEIGNANTS –CHERCHEURS ET CHERCHEURS DE RANG A

PERMANENTS EN MISSION A LA FACULTE DES SCIENCES ET TECHNIQUE

A. ENSEIGNANTS PERMANENTS
A .1. PROFESSEURS TITULAIRES (11)
1 ABENA Ange Antoine Pharmacologie
2 ATTIBAYEBA Physiologie végétale
BOSSOTO Guy Basile
3 Mathématiques pures : Géométrie
Richard
4 LENGA Arsène Biologie et Ecologie Animales
Didactique des disciplines scientifiques Mathématiques
5 LOUMOUAMOU Aubin
Appliquées
MAKANY ROGER
6 Statistiques
Armand
7 NGUIMBI Etienne Biochimie - Microbiologie - Biologie cellulaire
MOUSSOUNDA Paul
8 Physique Théorique
Sand
9 NZIKOU Mathurin Génie des procédés
10 LILONGA Désiré Electronique, Electromagnétisme
ELENGA Raymond
11 Physique des matériaux
Gentil
A.2. PROFESSEURS TITULAIRES SOUS CONTRAT (02)
KOBAWILA Simon
1 Microbiologie
Charles
2 AHOMBO Gabriel Biochimie, Microbiologie et Biologie moléculaire

A.3. MAÎTRES DE CONFERENCES (27)

i
1 MAKOMO Hubert Chimie
2 AMPA Raoul Physiologie Animale
3 BATCHI Macaire Mathématiques appliquées Mécanique des fluides
ELION ITOU Romaric
4 Pharmacologie
De Garde
5 ELENGA Michel Nutrition Humaine
6 ELENGA Hilaire Géologie
7 ONZONGA Saturnin Physique
8 ETOU OSSIBI Wilfrid Pharmacologie
9 ISSALI Auguste Génétique
10 LOUMETO Jean-Joël Ecologie végétale
MOUTOU Joseph-Marie
11 Saint-Chimie des matériaux organiques
Bastia
12 MPIKA Joseph Physiologie végétale
13 N'GOKA Victor Chimie organique
14 BOUNZOUMOU Florent Géoscience
15 NIAMA Roch Fabien Virologie
NSONDE NTANDOU
16 Physiologie Animale - Pharmacologie
Gélase Freddy
17 MOYEN Rachel Biochimie - Microbiologie
18 MBILOU Urbain Géologie
MALONDA BOUNGOU
19 Physique
Brice Rodrigue
20 YOKA Joseph Physiologie végétale
PEMBEMAYENGUE
21 Biologie moléculaire
ISSAMOU
22 AMPINI Dieudonné Mathématiques
23 LANGA Franck Mathématiques
24 TCHOUMOU Martin Chimie
25 ONDAMI Bienvenu Mathématiques
26 KAYATH Christian Aimé Biochimie
VOUIDIBIO MBOZO
27 Microbiologie-Sécurité des aliments
Alain Brice

ii
B. CHERCHEURS PERMANENTS DE LA DELEGATION GENERALE A LA
RECHERCHE SCIENTIFIQUE ET TECHNOLOGIQUE (CONGO)
B.1. MAÎTRES DE RECHERCHES (3)
1 MABANZA Joseph Physiologie végétale
2 TATI Jean-Pierre Physicochimie de l’environnement
3 DIAMOUANGANA Directeur de Recherche, Ecologie
B.2. ENSEIGNANTS EN MISSION (55)
ADJOVI CODJO Titulaire CMEPS, Génie civil, Université Polytechnique
1
Edmond d’Abomey (Benin)
2 AFFATON Pascal Professeur, Géologie, Aix Marseille Université (France)
Maître de Conférences, Chimie des Substances Naturelles,
3 AGNANIET Huguette
Université des Sciences et Techniques de Masuku (Gabon)
Maître de Conférences CAMES, Physiologie, Toxicologie,
4 AGBONON Amegnona
Université de Lomé (Togo)
Professeur Titulaire CAMES, Télédétection, Université de
5 BACHIR Saley
Cocody (Cote d’Ivoire)
Maître de Conférences CAMES, Mathématiques, Université
6 BAKARI Abbo
de N’Djaména (Tchad)
Maître de Conférences CAMES, Mathématiques, Université
7 BARRO Dakarya
d’Ouagadougou (Burkina Faso)
BASHWIRA Professeur Titulaire CAMES, Chimie, Université Catholique
8
SANVURA Augustin de Bukavu (RD-Congo)
Professeur des Universités, Génie civil, Université Pierre et
9 BERTRAND Yves
Marie Curie, Paris (France)
Professeur, Mathématiques, Université de Yaoundé I
10 BITJONG NDOMBOL
(Cameroun)
BONOSE-CROSNIER Maître de Conférences, Chimie Analytique Instrumentale,
11
DE Bellaisre Myriam Université Paris Sud 11 (France)
Ingénieur Recherche et Développement, CRIPT-Horticole,
12 BRUNET Christine
Rochefort –France
CHALCHAT Jean- Maître de Conférences, Chimie organique, Université de
13 Claude Clermont
Ferrand II (France)

iii
 CHAMINADE Pierre Professeur, Chimie Analytique Instrumentale, Université
14
Paris Sud 11 (France)
CHALARD Pierre Maître de Conférences, Chimie organique, Ecole Nationale
15
Supérieure de Chimie de Clermont Ferrand (France)
Professeur Titulaire CAMES, Chimie de l’eau,
16 CODOU Mar Diop Environnement, Université Cheikh Anta Diop, Dakar
(Sénégal)
Professeur, Agro-Zoologie, Université de Gand, Faculté
17 DE CLERCQ Patrick
Biosciences Engineering Gent-Belgique
BIKANDE Alain Maître de Conférences, Physique théorique, Université de
18
Buea
DURAND Jacques- Docteur en Géologie, Total E & P Congo, Pointe-Noire
19
Pierre (Congo)
20 EPRON Daniel Professeur, Ecophysiologie, Université de Nancy I (France)
Professeur Titulaire CAMES, Génie civil, Université de
21 FALL Meissa
Thiès (Sénégal)
Professeur de Total Professeurs Associés, Géologue,
22 FLAMENT Jean-Marie
(France)
Directeur de Recherche Emérite, Discipline, ICPEES-UMR
23
GARIN François 7515 (France)
24 GIRESSE Pierre Professeur, Géologie, Université de Perpignan (France)
Maître de Conférences HDR, Chimie Analytique
25
HERON Sylvie Instrumentale, Université Paris Sud 11 (France)
Professeur, Mathématiques appliquées, Institut National
26
HILI OUAGNINA Polytechnique Houphouët Boigny (Côte d’Ivoire)
Maître de conférences HDR, Bio- informatique, Université
27
HINGAMP Pascal Aix Marseille (France)
Professeur Titulaire CAMES, Physique, Université
28
HONTINFINDE Félix d'Abomey- Calavi (Bénin)
HOUNHOUIGAN Professeur, Biologie Moléculaire, Université d'Abomey-
29
Joseph Calavi (Bénin)
Professeur, Génie des Procédés, Université de N’Gaoundéré
30
KAPSEU Cesar (Cameroun)

iv
 Professeur Titulaire CAMES, Mathématiques, Université
31
LO SAMB Gane Gaston Berger de Saint-Louis – Sénégal
Professeur, Radioactivité et effets ionisants, Université de
32
LUBO MUSONGELA Kinshasa (RDC)
Professeur Titulaire CAMES, Chimie de l’eau,
33 Environnement, Université Cheikh Anta Diop, Dakar
MAHMOUT YAYA (Sénégal)
MALUMBA
34
MUKAYA Augustin Professeur, Chimie, Université de Kinshasa (RD Congo)
MBAYA NTUMBULA Professeur, Biologie végétale, Université Pédagogique
35
Alexandre Nationale de Kinshasa (RD Congo)
Professeur Titulaire CAMES, Hydrologie, Université Cheikh
36
MALOU Raymond Anta Diop, Dakar (Sénégal)
MONZAMBE
37
MAPUNZU K. Paul Professeur, Zootechnie, Université de Kinshasa (RD Congo)
Professeur, Mathématiques appliquées, Université de
38
MORGAN Pierre Poitiers (France)
MOULOUNGUI Directeur de Recherches INRA, Lipo-Protéo-Oléochimie,
39
Zéphyrin INRA/INPT-ENSIACET, Toulouse (France)
Maître de Conférences, Physique des Matériaux, Université
40
NDJAKA Jean-Marie de Yaoundé I (Cameroun)
NIKIEMA Jean- Professeur Titulaire CAMES, Discipline, Université
41
Baptiste d’Ouagadougou (Burkina Faso)
Qualité Discipline Université Pédagogique Nationale de
42
NJAMEN Dieudonné Kinshasa (RD Congo)
43 NOACK Yves Directeur de Recherche, Géologie, CNRS/CEREGE, France
44 OUOBA LABIA Irène Senior Research Scientist, Biochimie et Microbiolologie
45 RIHET Pascal Professeur, Immunogénétique
SEDDOH Francisco Professeur Titulaire CAMES, Géologie, Université de Lomé
46
Komlanvi (Togo)
SIFFERMAN Jean-
47
Marc Professeur, Chimie, Ecole Agrotech Paris (France)
Professeur, Analyse numérique, Université d’Ouagadougou
48
SOME Blaise (Burkina Faso)

v
 Maître de Conférences, Analyse numérique, Université de
49
SOME Longin Ouagadougou (Burkina Faso)
Professeur, Géologie, Université Cheikh Anta Diop, Dakar
50
SOW EL HADJI (Sénégal)
Professeur Emérite, Chimie Analytique Instrumentale,
51
TCHAPLA Alain Université Paris Sud 11 (France)
Professeur, Chimie organique, Chimie verte, Université de la
52
THIERY Valérie Rochelle (France)
THIBAUDEAU Maître de Conférences, Chimie de Synthèses, Université de
53
Sébastien Poitiers (France)

Professeur, Ethnobotanique, Université de Gand, Faculté

54
VAN DAMME Patrick Biosciences Engineering Gent– Belgique

vi
 DÉDICACE
Je dédie ce travail.
• A mon père GANGOUE Marcel et à ma mère GANGOUE née NDZELE
Madeleine.
Je n’ai pas assez de mots pour vous exprimer toute la gratitude que j’ai pour vous. Merci
à vous d’avoir toujours cru en moi. En reconnaissance de vos immenses sacrifices
consentis, recevez ce travail comme signe de ma dévotion éternelle.
• A mes frères GANGOUE MOUKANA Gildas Martial, GANGOUE
MOUKANA Richard Arnaud, GANGOUE Noel Cyriaque et ma sœur
GANGOUE Bienvenue
Chers frères et sœur vous avez beaucoup contribué et participé à la réalisation de ce travail.
Votre dévouement me comble. Que Dieu vous accorde une longue et heureuse vie. Que
nos liens perdurent.
• A la mémoire de ma sœur GANGOUE Prisca Félicité.
Toi que la mort a arraché à mon affection. Les mots ne suffiront jamais pour exprimer ce
que tu représentes pour moi. Peu importe l’endroit où tu te trouves, je sens le sourire sur
tes lèvres en me voyant aujourd’hui soutenir ma Thèse de Doctorat. J’ai en mémoire la
ferme volonté que t’animait de me voir persévérer et réussir à l’école. Que ton âme repose
en paix ma sœur.
• A ma fille AHOMBO ASSOUNGA Diane Gwladys, mon fils PANGHOUD
Roger Clark Yvel et mes neveux et nièces.
Votre affection, vos encouragements et votre soutien étaient des moyens pour moi pour
me ressourcer dans les moments difficiles lors de ce travail. Vous avez toujours supporté
mes humeurs. Que ce travail vous serve de guide et que le Dieu tout puissant vous protège.
• A Madame ELION ASSIANA Darrel Ornelle.
Je bénis le Seigneur de t’avoir mis sur mon chemin, car tu es une perle à mes yeux. C’est
en partie grâce à toi, ton soutien, ton réconfort que ce travail a abouti. Qu’il plaise à Dieu
de te combler au-delà de tes attentes.

GANGOUE Léa Gwladys

vii
 REMERCIEMENTS
• A notre Maître et directeur de thèse.
Monsieur NGUIMBI Etienne, Professeur Titulaire CAMES, Enseignant - Chercheur à la
Faculté des Sciences et Techniques, Université Marien NGOUABI, Brazzaville Congo, de
m’avoir accueilli dans son unité de recherche et donné l’opportunité d’y réaliser ma thèse.
Cette expérience fut enrichissante à de nombreux égards, et je lui suis très reconnaissante
de m’avoir fait confiance pour travailler sur ce projet de recherche.
• A notre Maître et encadreur de thèse
Monsieur OKAMBA ONDZIA Faust René, Maitre-assistant CAMES, Enseignant -
Chercheur à la Faculté des Sciences et Techniques, Université Marien NGOUABI,
Brazzaville Congo, pour votre encadrement malgré vos multiples occupations.
• A notre Maître et Président du jury de Thèse
Monsieur LOUMETO Jean Joël, Professeur Titulaire CAMES, Enseignant - Chercheur
à la Faculté des Sciences et Techniques, Université Marien NGOUABI, Brazzaville
Congo, nous sommes très sensibles à l’honneur que vous nous faites en acceptant
spontanément de présider ce jury de thèse. Veuillez trouver ici l’expression de notre
profonde gratitude et de nos sincères remerciements.
• A nos Maîtres et Rapporteurs de la thèse
Messieurs VOUIDIBIO MBOZO Alain Brice, Maître de Conférences CAMES,
Enseignant - Chercheur à la Faculté des Sciences et Techniques, Université Marien
NGOUABI, Brazzaville Congo et YALA Jean Fabrice, Maître de Conférences CAMES,
Université des Sciences et Techniques de MASUKU (Gabon), pour vos remarques et
contributions. Chers Maîtres, veuillez accepter nos sincères remerciements.
• A notre Maître et Examinateur de la thèse
Monsieur MOUKASSA Donatien, Professeur Titulaire CAMES, Enseignant - Chercheur
à la Faculté des Sciences de la Santé, Université Marien NGOUABI, nous sommes très
sensibles à l’honneur que vous nous faites en acceptant d’examiner ce travail. Cher Maître,
soyez rassuré de notre profonde gratitude. Nous sommes très sensibles à l’honneur que
vous nous faites.
• A Monsieur NIAMA Rock Fabien
Maître de Conférences CAMES, Enseignant - Chercheur à la Faculté des Sciences et
Techniques, Université Marien NGOUABI, Brazzaville Congo, directeur du Laboratoire
National de Santé Publique, pour nous avoir offert l’opportunité de réaliser une partie de

viii
ma thèse dans votre unité de recherche. J’ai pu bénéficier de vos précieux conseils, de
votre sens critique et de votre rigueur dans le travail.

• A Monsieur AHOMBO Gabriel

Professeur Titulaire CAMES, Enseignant - Chercheur à la Faculté des Sciences et
Techniques, Université Marien NGOUABI, Brazzaville Congo. Grand merci pour
l’orientation et les conseils si précieux pour la réussite de ce travail. Je t’exprime toute ma
profonde gratitude. Que Dieu te garde.

• A Madame ONTSIRA NGOYI Esther Nina,

Maître de Conférence CAMES, Enseignant- Chercheur à la Faculté des Sciences de la
Santé, Université Marien NGOUABI, Brazzaville Congo, Chef de service du laboratoire
de Bactériologie -Virologie au CHU de Brazzaville et son équipe pour nous avoir autant
aidé pour l’isolement, l’identification et la conservation des souches. Veuillez trouver ici,
l’expression de notre très haute considération et notre profonde gratitude.
• A Tous ceux qui ont contribué de près ou de loin dont je n’ai pas cité les noms.
C’est grâce à vous que cette étude s’est réalisée, veuillez trouver ici, l’expression de notre
très haute considération et notre profonde gratitude.

ix
 PRESENTATION DES STRUCTURES D’ACCUEIL
• Le Centre Hospitalier Universitaire de Brazzaville (CHU-B)
Le CHUB est un établissement public administratif de santé doté de la personnalité morale
et de l’autonomie financière. Il a pour mission la prestation des soins, la formation et la
recherche. Son laboratoire compte cinq services (le service de Biochimie, d’hématologie,
d’anatomie-pathologie, de parasitologie et le service de Bactériologie-Immunologie-
Virologie). Le laboratoire de Bactériologie-Immunologie-Virologie est structuré et
organisé pour les analyses microbiologiques et de biologie moléculaires.
• Le Laboratoire National de Santé Publique (LNSP).
Le LNSP est une structure pilote d’exécution de la politique sanitaire du Congo en ce qui
concerne l’orientation du diagnostic des infections bactériennes ,parasitaires et virales et
la surveillance épidémiologique .Il est doté d’une personnalité morale et d’une autonomie
de gestion avec pour missions essentielles : la recherche , le diagnostic biomédical et la
vaccination à travers quatre directions parmi lesquelles la direction de la Recherche et de
la Production , avec son Unité de Biologie Moléculaire dont les activités menées tournent
autour du diagnostic moléculaire et le suivi biologique de différentes maladies
infectieuses, l’évaluation des nouveaux outils de diagnostic et la formation.
• La clinique des Nations Unies.
La clinique des Nations Unies est un établissement privé de santé du PNUD Congo
Brazzaville qui est le principal organisme des Nations Unies pour le développement
international. Elle a pour mission la prestation des soins du personnel de l’organisation.
La structure possède un laboratoire d'analyse médicale où se font des examens de
parasitologie, de biochimie, d’hématologie, de virologie et de bactériologie.
• Laboratoire de Biologie Cellulaire et Moléculaire de la Faculté des Sciences et
Technique (BCM/FST)
Le Laboratoire de BCM/FST est l’un des laboratoires de la FST qui a pour mission la for-
mation pratique des étudiants et la recherche en biologie.

x
 LISTE DES FIGURES
Figure 1 : Aspect microscopique d’une culture pure de Staphylococcus après coloration
…………………………………………………………………………………………….8
Figure 2 : Aspect macroscopique d’une culture pure de Staphylococcus sur gélose…. ...8
Figure 3: Expression temporelle des facteurs de virulence chez S. aureus ..................... 11
Figure 4: Génome de Staphylococcus aureus. ................................................................ 13
Figure 5 : Différents modes d’action des antibiotiques ................................................... 16
Figure 6 : Structure générale des fluoroquinolones ......................................................... 17
Figure 7 : Structure chimique des quinolones. ................................................................ 18
Figure 8 : Schéma des trois formes de l'ADN plasmidique ……………………………21
Figure 9 : Structure schématique de la gyrase…………………………………………21
Figure 10 : Mécanisme d'action des quinolones .............................................................. 21
Figure 11 : Activité de la gyrase et interaction avec une fluoroquinolone……………..22
Figure 12: Schéma des mécanismes génétiques de dissémination de la résistance aux
antibiotiques………………………………………………………………………..........23
Figure 13 : Mécanismes plasmidiques de résistance aux quinolones.............................. 27
Figure 14: Réalisation de l’état frais……………………………………………………31
Figure 15: Test de la catalase avec présence de S.aureus ……………………………..32
Figure 16 : Test de coagulase en tube …………………………………..………………..33
Figure 17 : Galerie Api Staph…………………………………………………………..34
Figure 18 :Disque antibiotique (Norfloxacine)…………………………………………38
Figure 19 : Outil de BLAST de séquences……………………………………………...43
Figure 20 : Outil de traduction de séquences…………………………………………...43
Figure 21 : Outil de modélisation des séquences……………………………………….44
Figure 22 : Répartition des souches de staphylocoques isolées en fonction des liquides
biologiques………………………………………………………………………………45
Figure 23: Répartition des souches de staphylocoques cliniques et communautaires ...46
Figure 24: Répartition des souches de staphylocoques cliniques et communautaires en
fonction du sexe ………………………………………………………………………..46
Figure 25 : Répartition des souches de staphylocoques cliniques et communautaires par
tranche d’âge…………………………………………………………………………….47
Figure 26 : Répartition des souches de staphylocoques en fonction service
Hospitaliers……………………………………………………………………………...47
Figure 27 : Répartition des souches de S. aureus et de SCN isolées………………....... 48

xi
Figure 28 : Répartition des souches de S. aureus et de SCN cliniques et communautaires
isolées……………………………………………………………………………………48
Figure 29: Répartition des souches de S. aureus et SCN en fonction des liquides
biologiques………………………………………………………………………………49
Figure 30 : Répartition des souches de S. aureus en fonction des services
hospitaliers........................................................................................................................50
Figure 31 : Répartition des souches de SCN en fonction des services hospitaliers…….50
Figure 32 : Electrophorèse sur gel d'agarose à 1% des produits d'amplification par PCR
du gène de l'ARNr16S des dix souches de Staphylocoques…………………………….51
Figure 33 : Partie de l’alignement multiple des séquences du gène codant l’ARNr 16S
des souches identifiées et les homologues dans la base des données…………………..54
Figure 34 : Relation de parenté des souches identifiées………………………………..55
Figure 35 : Profil de sensibilité des souches de Staphylocoques sur milieu Mueller
Hinton……………………………………………………………………………………56
Figure 36 : Electrophorèse sur gel d’agarose à 0,5 % des extraits de DNA génomique
des souches de Staphylocoques S95, S24, S91, S49, S55, S51, S15, S35, S60, S77,
S21………........................................................................................................................61
Figure 37 : Electrophorèse sur gel d’agarose à 0,5 % des extraits de DNA génomique
des souches de Staphylocoques S3, S18, S79, S100, S34, S90, S95, S85, S11, S91,S92 ,
S53,S96……………………………………………………………………………………
…………………………………………………………………………………………...62
Figure 38 : Electrophorèse sur gel d’agarose à 2,5% % d’amplicon PCR du gène norA
obtenu avec l’ADN des souches de Staphylocoques S79,S9,S11,S3,S15et
S55………………………………………………………………………………………62
Figure 39 : Electrophorèse sur gel d’agarose à 2% % d’amplicon PCR du gène grLA
obtenu avec l’ADN des souches de Staphylocoques S100,S54,S53,S51,S35,S49,S39
S95……………………………………………………………………………………...63
Figure 40 : Electrophorèse sur gel d’agarose à 2% % d’amplicon PCR du gène gyrA
obtenu avec l’ADN de souches de staphylocoques
S60,S21,S18,S49,S9,S84,S51,S77,S90,S24,S61………………………………………..63
Figure 41: Alignement multiple des séquences nucléiques des gènes norA des souches
S55, S3, S79………………………………………………………………………….....66
Figure 42 : Alignement multiple des séquences protéiques des gènes norA des souches
S55,S3, S79……………………………………………………………………………...66

xii
Figure 43: Relations évolutives des taxons (gène norA)……………………………….67
Figure 44: Alignement multiple des séquences nucléiques des gènes gyrA des souches
S49, S24, S51……………………………………………………………………………68
Figure 45: Alignement multiple des séquences protéiques des gènes gyrA des souches
S49,S24,S51……………………………………………………………………………..69
Figure 46: Relations évolutives des taxons (gène gyrA)………………………………70
Figure 47 : Alignement multiple des séquences nucléiques des gènes grLA des souches
S100, S18, S95, S35, S53………………………………………………………………..71
Figure 48 : Alignement multiple des séquences protéiques des gènes grLA des souches
S100,S18,S95,S35,S53…………………………………………………………………..72
Figure 49: Relations évolutives des taxons (gène grLA)……………………………….73
Figure 50 : Alignement de la séquence protéique du gène norA de la souche S3 et de la
séquence 7107.1A ………………………………………………………………………74
Figure 51: Complexes NorA -Fab25……………………………………………………75
Figure 52: Structure cristallisée de 4ckj.2. ………………………..................................76
Figure 53; Alignement de la séquence protéique du gène gyrA de la souche S51 et de la
séquence 6waa.1A……………………………………………………………………….77
Figure 54 : Structure cristallisée de 6Waa.1A………………………………………….78
Figure 55: Alignement de la séquence protéique du gène grLA de la souche S95 et de la
séquence 2nov.2.A………………………………………………………………………79
Figure 56 : Dimère biologique ParC55 de Streptococcus pneumoniae ………………..80

xiii
 LISTE DES TABLEAUX

Tableau I : Classification phénotypique des espèces et sous espèces du genre

staphylococcus.................................................................................................................... 6
Tableau II : Staphylococcus retrouvés chez l'Homme ................................................. ….6
Tableau III : Classification des quelques espèces de Staphylococcus en fonction de la
coagulase et de l’environnement ........................................................................................ 7
Tableau IV : Liste des antibiotiques testés……………………………………………..29
Tableau V : Les amorces utilisées pour la PCR………………………………………...40
Tableau VI : Protocole des PCR suivant le type de gène................................................ 41
Tableau VII : Résultats de l’identification des souches par Blastn en fonction du
pourcentage de similarité………………………………………………………………..52
Tableau VIII: Séquences des isolats identifiés par l’analyse du gène de l’ARNr 16S par
Blastn …………………………………………………………………………...............53
Tableau IX: Distribution des souches de Staphylocoques en fonction de l'origine et de
la sensibilité aux antibiotiques ………………………………………………………….57
Figure X: Distribution des souches de S.aureus cliniques et communautaires en
fonction de l'origine et de la sensibilité aux antibiotiques………………………………58
Figure XI: Distribution des souches de SCN cliniques et communautaires en fonction
de l’origine et de la sensibilité aux antibiotiques………………………………………..59
Tableau XII Profils de sensibilité des souches de Staphylococcus spp aux antibiotiques
en fonction de l’origine ................................................................................................ 60
Tableau XIII: Repartition des souches résistantes utilisées pour l’identification des
gènes de résistance aux antibiotiques en fonction de l’origine …………………………61
TableauXIV: Repartition des gènes de résistance détectés selon l'espèce ……….........64
Tableau XV: Repartition des gènes impliqués dans la résistance des souches. .............. 65

xiv
 LISTE DES SIGLES ET ACRONYMES
ADN : Acide DésoxyriboNucléique
ARN : Acide Ribonucléique
ARNr 16S : constituant ARN de la petite sous-unité ribosomale du 30S des procaryotes
ATB : Antibiotique
CA-SFM : Comité de l’Antibiogramme de la Société française de Microbiologie
CHUB : Centre Hospitalier et Universitaire de Brazzaville
DNTPS : Desoxyribonuclétides triphosphates
ECBU : Examen Cytobactériologique des Urines
HC : Hémoculture
KDa : Kilodalton
KOH : Hydroxyde de potassium
LB : Lysogeny broth
LP : Liquide pleural
Mg2+ : ion magnésium
M.H : Mueller Hinton
ORF : Open Reading Frame (cadre ouvert de lecture)
Pb : paire de bases
PV : Prélèvement Vaginal
PCR : Polymerase Chain Reaction
PDB: Protein Data Bank
Q/F : Quinolone/Fluoroquinolone
QRDR : Région de Détermination de la Résistance à la Quinolone
R : Résistance
S. aureus : Staphylococcus aureus
SCN : Staphylococcus à coagulase négative
S : Sensible
TBE : Tris -Borate –EDTA
UFC : Unité formant colonie
UV : Ultra violet
µg : microgramme
mL : millilitre
% : pourcentage
°C : Degré Celsius

xv
µL : Microlitres
≥ : Supérieur ou égal
< : Inferieur
≥ : Supérieur ou égale
Antibiotique
MXF : Moxifloxacine
NOR: Norfloxacine
CIP: Ciprofloxacine
OFL: Ofloxacine
AN : Acide Nalidixique
LEV : Levofloxacine
Acides aminés
A ou Ala : Alanine
C ou Cys : Cystéine
D ou Asp : Acide aspartique
E ou Glu : Acide glutamique
F ou Phe : Phénylalanine
G ou Gly : Glycine
H ou His : Histidine
I ou Ile : Isoleucine
K ou Lys : Lysine
L ou Leu : Leucine
M ou Met : Méthionine
N ou Asn : Asparagine
P ou Pro : proline
Q ou Gln : Glutamine
R ou Arg : Arginine
S ou Ser : Sérine
V ou Val : Valine
T ou Thr : Thréonine
W ou Trp : Tryptophane
Y ou Tyr : Tyrosine
Bases azotées
T : Thymine

xvi
G : Guanine
C : Cytosine
A : Adénine

xvii
 TABLE DES MATIERES
Dédicace ....................................................................................................................................... vii

Remerciements ............................................................................................................................ viii

Presentation des structures d’accueil……………………………………………………………………………………………………..x

Liste des figures ............................................................................................................................ xi

Liste des tableaux ........................................................................................................................ xiv

Liste des sigles et acronymes ....................................................................................................... xv

Induction ........................................................................................................................................ 1

Chapitre I : Revue Bibliographique

I.1.Généralités sur les Staphylocoques ........................................................................................... 4

I.1.1. Historique et taxonomie ................................................................................................. 4

I.1.2. Habitat…………………………………………………………………………………………………………………………………7

I.1.3. Caractères bactériologiques ........................................................................................... 7

I.1.3.1. Caractères morphologiques……………………………………………………7

I.1.3.2. Caractères culturaux …………………………………………………………..8
I.1.4. L’espèce Staphylococcus aureus ................................................................................... 8

I.1.4.1. Taxonomie ......................................................................................................... 8

I.1.4.2. Habitat………………………………………………………………………….9

I.1.4.3. Caractéristiques .................................................................................................. 9

I.1.4.4. Pouvoir Pathogène ............................................................................................. 9

I.1.4.5. Les facteurs de virulence ................................................................................. 10

I.1.4.6. Génome de Staphylococcus aureus ................................................................. 11

I.15. Espèces Staphylocoques à Coagulase Négative…... .................................................. 13

I.2. Antibiotiques .......................................................................................................................... 15

I.2.1. Définition et Historique .............................................................................................. 15

I.2.2. Classification et mode d’action des antibiotiques....................................................... 16

I.2.3. Les Quinolones/ fluoroquinolones .............................................................................. 16

I.2.3.1. Historique…………………………………………………………………………………………………………..16

xviii
 I.2.3.2. Caractéristiques ……………………………………………………………..17

I.2.3.3. Description Structurale……………………………………………………....17

I.2.3.4. Classification………………………………………………………………..18

I.2.3.5. Mécanisme d’action des Quinolones………………………………………..19

I.2.4. Mécanismes de résistance et phénotype de résistance ................................................. 22

I.2.4.1. Mécanismes de résistance .............................................................................. 22

I.2.4.1.1. Notion de résistance………………………………………………22

I.2.4.1.2. Types de résistance………………………………………………..23
I.2.4.1.3. Support génétique de la résistance…………………………………24
I.2.4.1.3.1. Résistance chromosomique…………………………...24
I.2.4.1.3.2. Résistance extra chromosomique……………………..24
I.2.4.1.4. Mécanisme de résistance des staphylocoques aux fluoroquinolones.25
I.2.4.1.4.1. Résistance chromosomique…………………………...25
I.2.4.1.4.2. Résistance plasmidique ………………………………26
I.2.4.2. Phénotype de résistance……………………………………………………..27

Chapitre II .Materiel et méthodes

II.1. Cadre d’étude ........................................................................................................................ 28

II.2. Matériel biologique .............................................................................................................. 28

II.3. Matériel de laboratoire.......................................................................................................... 28

II.4. Echantillonnage…………………………………………………………………………….29

II.5. Isolement des souches .......................................................................................................... 29

II.5. 1. Choix et caractéristique du milieu…………………………………………………..29

II.5.2. Préparation du milieu Chapman…………………………………………………….29

II.5.3. Ensemencement et obtention des colonies ................................................................ 30

II.6. Purification des souches ....................................................................................................... 30

II.7. Identification des souches..................................................................................................... 30

II.7.1. Identification phénotypique………………………………………………………...30

II.7.1.1. Caractères culturaux……………………………………………………….30

xix
 II.7.1.2. Morphologie cellulaire…………………………………………………….30
II.7.1.2.1. Examen à l'état frais…………………………………………....30
II.7.1.2.2. Coloration de Gram……………………………………………31
II.7.1.3. Caractères biochimiques…………………………………………………..31
II.7.1.3.1. Test de catalase………………………………………………...31
II.7.1.3.2. Test de coagulase……………………………………………....32
II.7.1.3.3. Test d'Api 20 Staph…………………………………………….33
II.7.2. Identification moléculaire .......................................................................................... 34

II.7.2.1. Analyse du gène de l'ARNr 16S …………………………………………34

II.7.2.1.1. Extraction de l'ADN génomique …………………………........35
II.7.2.1.2. Amplification de l’ADN par PCR……………………………...35
II.7.2.1.3. Electrophorèse des produits PCR……………………………....36
II.7.2.1.4. Séquençage……………………………………………………..37
II.8. Antibiogramme (CA-SFM, 2019)…………………………………………………………..37

II.8.1. Principe de l’antibiogramme ..................................................................................... 37

II.8.2. Choix et conservation des antibotiques ..................................................................... 38

II.8.3. Préparation du milieu M H ........................................................................................ 38

II.8.4. Préparation de l’inoculum ......................................................................................... 38

II.8.5. Ensemencement ......................................................................................................... 38

II.8.6. Technique de dépôt des disques (la méthode des disques : boite de Pétri) ............... 39

II.8.7. Lecture et interprétation ............................................................................................. 39

II.9. Déterminisme génétique de la résistance aux Quinolones /Fluoroquinolones ..................... 39

II.9.1. Choix des gènes de résistance à étudier ................................................................... 39

II.9.2. Extraction de l'ADN génomique…………………………………………………...39

II.9.3. Amplification par PCR des gènes codant pour la résistance aux Quinolones
/Fluoroquinolones ........................................................................................................................ 40

II.9.4.Electrophorèse des produits PCR…………………………………………………...41

II.9.5. Séquençage et assemblage de produits PCR ........................................................... 42

II.10. Analyse des résultats .......................................................................................................... 42

xx
 II.10.1. Analyse statistique ................................................................................................. 42

II.10.2. Analyse in silico des séquences ............................................................................. 42

II.10.2.1. Analyse in silico des séquences du gène de l’ARNr16S ........................ 42

II.10.2.2. Analyse in silico des séquences des gènes codant pour la résistance aux
Quinolones/Fluoroquinolones…………………………………………………………………...43
Chapitre III. Résultats
III.1 Isolement des souches en fonction des liquides biologiques ……………………………..45
III.1.1. Repartition des souches de Staphylocoques en fonction des liquides biologiques
…………………………………………………………………………………………………..45
III.1.2. Repartition des souches de staphylocoques selon la provenance ..........................45
III.1.3. Repartition des souches de staphylocoques selon le sexe ………………………46
III.1.4. Repartition des souches de staphylocoques selon l'âge …………………………46
III.1.5. Repartition des souches de staphylocoques selon les services ………………... .47
III.2.Identification des souches de Staphylocoques …………………………………………….47
III.2.1. Identification Phénotypique ………………………………………………………47
III.2.1.1. Repartition des souches S.aureus et SCN isolées……………………….48
III.2.1.2. Repartition des souches S.aureus et SCN en fonction de la provenance .48
III.2.1.3. Repartition des souches S.aureus et SCN en fonction des liquides
biologiques ……………………………………………………………………………………...49
III.2.1.4. Repartition des souches de S.aureus selon les services hospitaliers …...49
III.2.15. Repartition des souches de SCN selon les services hospitaliers ……….50
III.2.2. Identification moléculaire par l'analyse du gène codant l'ARNr 16S .……………50
III.2.2.1. Electrophorèse sur gel d’Agarose à 10% des fragments PCR du gène de
l’ARNr16S………………………………………………………………………………………50
III.2.2.2. Analyse par Blastn des Séquences………………………………………51
III.2.2.3. Alignement multiple des séquences …………………………………….53
III.2.2.4. Interférence phylogénétique des souches de Staphylocoques ………….54
III.3. Sensibilité des souches de Staphylocoques aux antibiotiques. …………………………...55
III.3.1. Résistance des souches de Staphylocoques cliniques et communautaires………...57
III.3.2. Résistance des souches S. aureus cliniques et communautaires…………………...57
III.3.3. Résistance des souches SCN cliniques et communautaires………………………..58

xxi
III.4. Identification des gènes de résistance aux antibiotiques………………………………….61
III.4.1. Electrophorèse sur Gel d’Agarose à 0,5% de l’ADN génomique des souches de
Staphylocoques………………………………………………………………………………….61
III.4.2. Electrophorèse des résultats de la PCR…………………………………………...62
III.4.2.1. Le gène norA…………………………………………………………..62
III.4.2.2. Le gène grLA…………………………………………………………..62
III.4.2.3. Le gène gyrA…………………………………………………………..63
III.4.3. Synthèse des résultats de la PCR…………………………………………………64
III.4.4. Analyse bio-informatique des gènes amplifiés ................................................ …..65
III.4.4.1. Le gène norA…………………………………………………………..65
III.4.4.2. Le gène gyrA…………………………………………………………..68
III.4.4.3. Le gène grLA…………………………………………………………..70
III.4.5. Structure 3D des séquences proteiques .................................................................. 73
III.4.5.1. Les protéines norA……………………………………………………..73
III.4.5.2. Les protéines gyrA……………………………………………………..76
III.4.5.3. Les protéines grLA…………………………………………………….79
Chapitre IV. Discussion
Discussion ……………………………………………………………………………................81
Conclusion, perspectives et recommandations
Conclusion.................................................................................................................................... 85
Perspectives .................................................................................................................................. 86
Recommandations ........................................................................................................................ 86
Références bibliographiques et webographie
Références bibliographiques……………………………………………………… ……………87
Webographie …………………………………………………………………………………..100
Annexes…………………………………………………………………………………………..I

xxii
INTRODUCTION
 Induction
L’organisme humain héberge plusieurs microorganismes, qui peuvent être commensaux ou
pathogènes. Dès lors qu’ils deviennent pathogènes, ils sont responsables de nombreuses maladies
infectieuses (Lays, 2012). C’est le cas des bactéries Staphylocoques responsables de nombreux
foyers infectieux pouvant être disséminés et provoquer des septicémies, des endocardites
(infection de l'endocarde), des ostéomyélites (infection du tissu osseux), (Lachance,2015 ;
Johson,2011). La prévalence des Staphylocoques varie en fonction des pays, des régions, de la
période d’étude, des services et les conditions de vie des populations concernées (Benouda &
Elhamzaui ,2009). La prise en charge de ces infections est basée sur l’utilisation de plusieurs
familles d’antibiotiques, qui sont des molécules capables de tuer la bactérie (bactéricide) ou
d’empêcher sa multiplication (bactériostatique). Ces infections ne sont pas du tout faciles à traiter,
des échecs thérapeutiques surviennent malgré un arsenal assez fourni d'antibiotiques et
d'antiseptiques puissants. Cette prise en charge est mise à mal par la problématique mondiale de
santé publique des résistances aux antibiotiques auxquelles le système sanitaire du Congo
n’échappe guère. Un chiffre alerte les chercheurs sur les conséquences du risque
d’antibiorésistance sur la Santé Publique : 42,3 milliards de dose quotidiennes d’antibiotiques ont
été consommées dans le monde en 2015 (Maurin,2018). Actuellement on observe une croissance
de la résistance atteignant des niveaux alarmants vis- à -vis des antibiotiques (Bambeke et al,
2002). Les bactéries ont su développer de nombreux mécanismes de résistance aux antibiotiques.
Parmi eux, on distingue l’inactivation enzymatique de l’antibiotique avec sécrétion d’enzymes
telles que les bêta-lactamases à spectre étendu (Cattoir, 2004), la modification ou le remplacement
de la cible de l’antibiotique, la réduction de la perméabilité à l’agent antimicrobien et l’expulsion
de l’antibiotique à l’extérieur de la cellule bactérienne grâce aux pompes à efflux. L’émergence,
l’amplification et la diffusion des mécanismes de résistance acquise limitent les indications d’un
certain nombre d’antibiotiques. Ce qui entraine une augmentation de la morbidité et de la
mortalité. Environ 700.000 personnes décèdent chaque année dans le monde des suites d’une
infection à bactérie résistante (www.lesechos.fr). En 2019 Plus de 1,2 million de personnes dans le
monde sont mortes des infections causées par des bactéries résistantes aux ATBs (Roxby, 2022).
En effet depuis comme les autres bactéries, les staphylocoques ont su développer des résistances
à chaque nouvel antibiotique mis sur le marché , ces résistances pourraient être dues à l'acquisition
d’une part d'un nombre croissant de déterminants de résistances à de multiples antibiotiques parmi
lesquels on cite les mutations génomique, responsables de la production des enzymes détruisant
les antibiotiques et d’autre part leur pouvoir invasif et toxinogène dû à la sécrétion d’enzymes et
toxines leur permettant d’échapper au contrôle du système immunitaire.

1
Il existe plusieurs familles d’antibiotiques, les principales sont les béta –lactamines, les
macrolides, les aminosides, les cyclines et les quinolones/Fluoroquinolones. La famille des
Quinolones/Fluoroquinolones, bien qu’étant constituée des antibiotiques dont l’usage en derniers
recours tant en médecine humaine qu’en médecine vétérinaire aurait dû être privilégié, n’ont
d’ailleurs pas été épargnées par le phénomène de résistance (Muylaert &Mainil,2013).
Chez les staphylocoques, ces ATBs ont une action bactéricide à concentration dépendant, des
concentrations plasmatiques trop faibles sont un risque de sélection de mutants résistants
(Vincent- Richard, 2019) et bactériostatiques. L’utilisation fréquente et large des
Fluoroquinolones (FQ) est la cause de l’émergence et diffusion de souches de staphylocoques
résistantes d’une part et toute prise de FQ est un risque individuel plus élevé d’être infecté par des
bactéries résistantes à ces molécules d’autres, (Boutiba,2002).
Les cibles des Quinolones /Fluoroquinolones chez les bactéries sont les enzymes sécrétées par les
gènes localisés au niveau du chromosome à savoir, les topoisomérases bactériennes de l'ADN de
type II (DNA gyrase et topoisomérase IV). Les gyrases sont codées par les gènes gyrA et gyrB et
les topoisomérases IV par les gènes parC, parE et grlA et grlB (Katie et al.,2014).
Trois mécanismes sont impliqués essentiellement dans la résistance des souches de
staphylocoques aux Quinolones /Fluoroquinolones à savoir la modification de la cible qui
implique une mutation au niveau des gènes chromosomique grlA ou grlB de la topoisomérase IV
; l’altération des sous-unités A ou B de la gyrase par introduction d’une mutation au sein des gènes
gyrA ou gyrB ; (Mainardi ,www.infectiologie.com) ; et le mécanisme de résistance par l’efflux qui
se fait grâce à une protéine transmembranaire codée par le gène norA chromosomique
(Quincampoix &Mainardi,2001).Les gènes de résistance peuvent être apportés aussi par les
plasmides ou autres éléments génétiques mobiles comme les transposons (Malachowa
&DeLeo,2010).
Plusieurs études ont été réalisées sur les mécanismes de résistances des staphylocoques aux
antibiotiques (Cattoir,2012 ; DRLICA et al., 2008 ; Leclercq,2002 ; Quincampoix et al.,2001).
En République du Congo, les cas de résistance aboutissant aux échecs thérapeutiques ont été
observés durant le traitement des infections à Staphylocoques aux quinolones /Fluoroquinolones
en milieu hospitalier et dans la communauté. Etant donné que l’acquisition des données sur la
résistance bactérienne aux antibiotiques est nécessaire pour une meilleure prise en charge
thérapeutique des infections et pour élaborer une stratégie de contrôle de la résistance
antimicrobienne. Plusieurs études phénotypiques de résistance par méthode d’antibiogramme ont
été réalisées et ont permis de confirmer la résistance des souches de staphylocoques à ces
molécules (Baloki et al., 2019 ; Ahombo et al., 2019 ; Ontsira et al., 2015 ; Moyen et al., 2013).

2
Cependant pour expliquer les causes de différentes résistances des souches de staphylocoques aux
antibiotiques observés dans notre pays, deux études sont citées actuellement. Ces études se
limitent aux familles des Macrolides et apparentés (Baloki et al., 2019) et des Béta- lactamine
(Ahombo et al., 2019. A notre connaissance, dans notre pays, aucune étude pour déterminer les
gènes et les mécanismes de la résistance des staphylocoques aux Quinolones/Fluoroquinolones
n’a été réalisée à ce jour.
Nous nous sommes proposés de réaliser cette étude dont l’objectif général est d’étudier le
déterminisme génétique de la résistance aux Quinolones/Fluoroquinolones des staphylocoques
notamment pour la prévalence, la compréhension des mécanismes liés à la résistance et en fin
pour une meilleure prise en charge des infections à staphylocoques en République du Congo.
Les objectifs spécifiques suivants ont été formulés :
1. Identifier par phénotypage et par analyse du gène codant pour l’ARNr16S, les souches de
staphylocoques isolées en milieu hospitalier et communautaire au Centre Hospitalier et
Universitaire de Brazzaville (CHUB) et à la clinique des Nations Unies ;
2. Déterminer la Prévalence des souches de staphylocoques en milieu hospitalier et
communautaire au Centre Hospitalier et Universitaire de Brazzaville (CHUB) et à la
clinique des Nations Unies ;
3. Evaluer le taux de résistance des staphylocoques aux Quinolones /Fluoroquinolones ;
4. Comparer les gènes et les mécanismes de résistance des souches Staphylocoques cliniques
à ceux des souches communautaires.
Les hypothèses de recherche suivantes ont été émises :
• Dans le milieu hospitalier et communautaire de Brazzaville circulent des souches de
staphylocoques appartenant à diverses espèces ;
• La prévalence des souches de staphylocoques dans ces milieux est élevée ;
• Certaines souches de staphylocoques communautaires et cliniques sont résistantes aux
Quinolones/Fluoroquinolones ;
• Les gènes et les mécanismes de résistance aux Quinolones /FQ retrouvés chez les souches
Staphylocoques cliniques sont les mêmes que chez les souches communautaires.
Ce travail s’articule autour de trois parties : la première partie est consacrée à la revue
bibliographique des connaissances axées sur les Staphylocoques et les antibiotiques. Dans la
deuxième, sont décrites le matériel et les méthodes mis en œuvre dans le cadre de la réalisation
de ce travail. Les résultats obtenus y sont relatés et discutés. Enfin, une conclusion récapitule les
principaux résultats de ce travail, suivie de la présentation des différentes perspectives envisagées
pour la poursuite de notre thématique de recherche.

3
CHAPITRE I : REVUE BIBLIOGRAPHIQUE
: Revue Bibliographique
I.1.Généralités sur les Staphylocoques
I.1.1. Historique et taxonomie
I.1.1.1. Historique
Lors des communications à l’académie des sciences en 1876 et 1880, Louis Pasteur a
révélé et insisté sur l’existence d’une bactérie, qu’il avait isolée à la fois du pus de l’anthrax
et de l’ostéomyélite et aussi des eaux de la seine (Aouati, 2009). Les bactéries, disposés
en grappes de raisin à l'examen microscopique, ont été décrits par Robert Koch en 1878
(Spicer ,2003). En 1882 le nom "Staphylocoque" a été donné par le chirurgien Ogston pour
décrire ces bactéries (Aouati,2009 ; Eykin, 1996). En 1884, Rosenbach a obtenu des
cultures pures de ces bactéries, il a scindé le genre Staphylococcus en deux groupes selon
que les colonies étaient blanches ou dorées (Aouati, 2009 ; Avril et al.,2003).
La même année, les staphylocoques étaient classés parmi les Cocci Gram positif par
Gram.
I.1.1.2. Taxonomie
Du point de vue taxinomique, le genre staphylococcus fait partie du phylum des
Firmicutes regroupant les bactéries à Gram positif, à la classe des Bacilli, et à l’ordre des
Bacillales.Les espèces du genre staphylocoque appartiennent à la famille des
Staphylococcaceae (Joffin,2006). Cette famille regroupe 5 genres, Gemella,
Jeotgalicoccus, Macrococcus, Salinicoccus et Staphylococcus. Les quatre premiers ne
contiennent pas plus de deux espèces alors que le genre Staphylococcus en contient plus
d’une quarantaine (Wattam et al., 2014).
Phylum XIII: Firmicutes
▪ Classe I: Clostridia
▪ Classe II : Mollicutes
▪ Classe III : Bacilli
➢ Ordre I : Bacillales
▪ Famille I : Bacillaceae
Genre : Bacillus
▪ Famille II : Planococcaceae
Genre : Planococcus
▪ Famille III : Listeriaceae
Genre : Listeria
▪ Famille IV : Staphylococcaceae
Genre : Staphylococcus

4
Le genre Staphylococcus est composé de 44 espèces et sous espèces qui se distinguent par
leurs caractères phénotypiques dont l’espèce type est Staphylococcus aureus (S. aureus)
(Bes & Brun, 2002). Les espèces du genre Staphylococcus sont classées en deux groupes
selon qu’elles produisent ou non une coagulase libre active sur le plasma oxalate de lapin.
Le critère de base de la classification des espèces de staphylocoques est la production de
coagulase libre, enzyme responsable de la coagulation des sérums humain et cunicole. On
distingue ainsi sept espèces et sous-espèces à coagulase positive à savoir : Staphylococcus
aureus, Staphylococcus delphini, Staphylococcus hyicus, Staphylococcus intermedius,
Staphylococcus lutrae, Staphylococcus pseudintermedius et Staphylococcus schleiferi.et
les Staphylocoques à coagulase négative (SCN) (Isabelle Verdier ) ; parmi lesquelles on
cite les Staphylococcus equorum, Staphylococcus xylosus, Staphylococcus vitulinus,
Staphylococcus lentus, Staphylococcus fleurettii et Staphylococcus sciuri, Staphylococcus
epidermidis, Staphylococcus haemolyticus et Staphylococcus lugdunensis peu virulentes
mais peuvent être impliquées dans des infections nosocomiales (Grundmann et al., 2002).

5
 Tableau I : Classification phénotypique des espèces et sous espèces du genre
staphylococcus (d’après J. P. Euzéby,1997)

Espèces et sous-espèces à coagulase négative

Espèces et sous-espèces
à coagulase positive Novobiocine sensibles et Novobiocine résistantes et Novobiocine résistantes
à à et à
Oxydase négative Oxydase négative Oxydase positive
S. aureus subsp. S. auricularis S. fleurettii
S. arlettae
S. capitis subsp. capitis
anaerobius S. cohnii subsp. cohnii
S. capitis subsp. ureolyticus S. lentus
S. aureus subsp. aureus S. cohnii subsp. urealyticum
S. caprae
S. equorum subsp. equorum
S. delphini S. carnosus subsp. carnosus S.sciuri subsp.carnaticus
S. carnosus subsp. utilis S. equorum subsp. linens
S. hyicus
S. chromogenes S. gallinarum S.sciuri subsp.rodentium
S. intermedius
S. condimenti S. hominis subsp.
S. lutrae S. epidermidis novobiosepticus S. sciuri subsp. sciuri
S. felis S. kloosii
S. schleiferi subsp.
S. haemolyticus S. vitulinus
coagulans S. nepalensis
S. hominis subsp. hominis
S. saprophyticus subsp.
S. lugdunensis
bovis
S. muscae
S. pasteuri S.saprophyticus
subsp.saprophyticus
S. piscifermentans
S. succinus subsp. casei
S. saccharolyticus
S. schleiferi subsp. schleiferi S. succinus subsp. succinus

S. simulans S. xylosus

S. warneri

Tableau II : Staphylococcus retrouvés chez l'Homme

Staphylococcus retrouvés chez l’homme
S. aureus subspecies aureus S. haemolyticus
S. auricularis S. intermedius
S. capitis subspecies capitis S. lugdunensis
S. caprae S. pasteuri
S. cohnii subspecies cohnii S. saccharolyticus
S. epidermidis S.saprophyticus subspecies
saphrophyticus
S. schleiferi.subspecies schleiferi S. xylosus
S. simulans S. warneri
S. hominis subspecies hominis

6
 Tableau III : Classification des quelques espèces de Staphylococcus en fonction de la
coagulase et de l’environnement

Nom Coagulase Environnement

S.agnetis -/+ Bovin
S. arlettae - Volaille
S.aureus subsp. anaerobius Ovin
-
subsp. aureus Homme, Animaux, Environnement Homme
+
S. auricularis

S. capitis subsp. capitis Homme

subsp. ureolyticus Homme, Primates - Homme, Caprin
S. caprae

S. carnosus subsp. carnosus Produits carnés

subsp. utilis Aliments - Animaux, Lait
S. chromogenes

S. cohnii subsp. cohnii Homme

- Sauce soja
subsp. urealyticum Homme, S. condimenti

S. delphini + Dauphin
S. devriesei - Bovins, Lait
S. epidermidis - Homme, Animaux, Environnement
S. equorum subsp. equorum - Cheval, Bétail
subsp. linens - Fromage
S. felis - Chat
S. fleurettii - Fromages au lait de chèvre

I.1.2. Habitat
Le réservoir naturel des staphylocoques est l’homme et les animaux. Cependant,
éliminées dans le milieu extérieur, ces bactéries très résistantes sont fréquemment
retrouvées dans l’environnement.
I.1.3. Caractères bactériologiques
I.1.3.1. Caractères morphologiques
Les Staphylocoques sont des Cocci à gram positif, isolés en diplocoques, en courtes
chainettes ou en amas ayant la forme de grappe de raisin, non sporulés mais encapsulés.
Ils mesurent 0.8 à 1 μm de diamètre (Tchougouene, 2007).

7
 Figure 1 : Aspect microscopique d’une culture pure de Staphylococcus après coloration
(Spicer,2003).
I.1.3.2. Caractères culturaux
Les staphylocoques cultivent abondamment sur milieu gélosé (colonies de 1 à 2 mm de
diamètre) ; certaines souches produisent un pigment jaune- orange, mais cette production
est irrégulière. La culture est obtenue en 18 à 24 heures à 37 °C (culture possible de 10 à
45 ° C) sur des milieux ordinaires. S. aureus cultive en présence des fortes concentrations
salines (milieux sélectifs à 7,5% de chlorure de sodium). Le pH optimal est de 7,0 à 7,5.
Il existe des variants exigeants en facteurs de croissance : thiamine, acide pantothénique.
Pour les produits monomicrobiens, l’isolement est facile en bouillon, ou en milieu solide
non sélectif (Trypticase- soja, Muller Hinton, gélosé au sang). Pour les produits
pathologiques polymicrobiens ou les aliments, on doit recourir à des milieux sélectifs
comme le milieu Chapman (milieu hypersalé + mannitol) ou milieu Baird – Parker au
tellurite (utilisé surtout en microbiologie alimentaire) (Baloki et al.,2019).

Figure 2 : Aspect macroscopique d’une culture pure de Staphylococcus sur gélose.

I.1.4. L’espèce Staphylococcus aureus (S. aureus)
I.1.4.1. Taxonomie
S. aureus appartient à la famille portant son nom : Staphylococcaceae, attenante au phylum
des Firmicutes, à la classe des Bacilli et à l’ordre des Bacillales :
Règne : Bacteria

8
Division : Firmicutes
Classe : Bacilli
Ordre : Bacillales
Famille : Staphylococcaceae
Genre : Staphylococcus
Espèces : Staphylococcus aureus.
I.1.4.2. Habitat
Le site de colonisation préférentielle de S. aureus chez l’homme est la muqueuse nasale.
En effet, 30% des adultes hébergent S. aureus de façon permanente, 50% de façon
intermittente et 20% ne sont jamais porteurs. A partir des sites de portage, S. aureus
colonise les territoires cutanés en particulier, les zones humides (aisselles, périnée) et les
mains.
I.1.4.3. Caractéristiques
S. aureus est un microorganisme ubiquitaire, commensal, pathogène, halophile, aero-
anaérobie facultatif, thermosensible et mutant. Il est dit ubiquitaire du fait de sa capacité à
se maintenir tant comme flore bactérienne commensale chez de nombreux individus, que
comme flore saprophyte dans les sols, et possède une bonne résistance aux mécanismes
d'épuration naturels comme la dessiccation. 27% de ce germe se trouve dans la fosse
nasale, sur la peau et aussi au niveau des muqueuse chez les patients sains voilà pourquoi
il est qualifié de Commensal. Il est également retrouvé en faible quantité dans le tube
digestif et souvent au niveau du périnée. À partir du rhinopharynx, la bactérie est
disséminée sur la peau du visage et des mains par aérosols. Il est retrouvé dans les lésions
eczémateuses sévères (Intagliata, 2017). Il est aussi capable de se développer dans les
milieux contenant une forte concentration en sel, raison pour laquelle, il infecte des
aliments mal préparés dans ce cas, il est qualifié d’halophile et se multiplie en présence et
en absence de l’air qualifié d’aero-anaérobie-facultatif. En raison de sa plus forte
résistance, S. aureus résiste au froid et il est parfois conservé au congélateur à -80°C
(thermorésistant), Il est donc qualifié de thermosensible à des hautes températures une
minute à 78°C et dix minutes à 64°C qui les tues sévèrement. Cette bactérie est, avant tout,
une bactérie pyogène responsable de la plupart des infections suppurées de la peau et des
muqueuses. S. aureus est présent chez 15-30% des porteurs sains et n’est toujours pas
pathogène.
I.1.4.4. Pouvoir Pathogène
S. aureus est capable de se multiplier et de se disséminer dans l'organisme, son pouvoir
pathogène résulte de la sécrétion d’enzymes (catalase, coagulase, désoxyribonucléases,

9
phosphatases, hyaluronidases, fibrinolyses, lipases et protéolysines) et de toxines
(hémolysines, leucocidines, entérotoxines, exfoliatines) qui lui confèrent respectivement
son pouvoir invasif et toxinogène. Les principales staphylococcies cutanées sont dues à la
pénétration et la multiplication de la bactérie dans les annexes de la peau qui provoquent
un large panel d’infections : anthrax, orgelets, panaris, impétigo ou abcès. Les infections
toxiniques sont dues à la diffusion dans les tissus de toxines spécifiques qui provoquent
plusieurs types d’infections : le choc toxique staphylococcique, le syndrome d’exfoliation,
l’impétigo bulleux ou encore des toxi-infections alimentaires (Avril et al.,2003).
I.1.4.5. Les facteurs de virulence
Comme d’autres bactéries pathogènes (Escherichia coli, Clostridium perfringens, Bacillus
cereus), S. aureus exprime une pléthore de facteurs de virulence participant à l’ensemble
des étapes de virulence, De l’adhésion à la pénétration dans les tissus, la bactérie est
capable de mettre en place les acteurs de la virulence au moment opportun. Ainsi des
protéines de surface synthétisées en début de croissance initialisent la colonisation des
tissus de l'hôte, en inhibant la phagocytose puis, laissent alors la place à la synthèse de
toxines (Figure 3) (Jin et al., 2004 ; Dunman, et al., 2001 ;), qui lèsent les cellules et
provoquent les syndromes pathologiques (Buckingham et al., 2004). Chaque type
d'infection par le germe nécessite une combinaison particulière de facteurs de virulence.
La clé de voûte de ce système est le système de quorum sensing Agr (pour Accessory Gene
Regulator) qui régule bon nombre de ces facteurs de virulence de manière temporelle. Les
facteurs de virulence peuvent être répartis en 4 catégories : les facteurs de virulence
associés à la paroi (MSCRAMMs), les facteurs d’échappement au système immunitaire
(capsule, protéine A), les facteurs de virulence sécrétés comme les exotoxines ou les
SERAMs, et les facteurs de persistance. L'expression coordonnée des facteurs de virulence
en fonction des signaux extra-cellulaire est contrôlée par un régulateur, le système agr. A
faible densité bactérienne, le système n'est pas actif, permettant l'expression des facteurs
de virulence impliqués dans l'adhésion. La multiplication bactérienne s'accompagne de
l'activation du système agr, avec une diminution de l'expression des facteurs d'adhésion et
une stimulation de l'expression des facteurs d'invasion et de dissémination de l'infection.
Ainsi, le système agr fonctionnerait comme un quorum sensing, informant la bactérie sur
la densité de staphylocoques dans son environnement (Benzeggouta et al.,2021).

10
 Figure 3 : Expression temporelle des facteurs de virulence chez S. aureus
(D’après Ferry,2015).
I.1.4.6. Génome de Staphylococcus aureus
Comme toute autre bactérie, le génome de S. aureus est un chromosome circulaire
comprenant 2,7.106 à 2,9.106 paires de bases (pb). Le contenu en GC est de 33% (donc
riche en adénines et thymines,) 84% du génome est codant, entre 2592 à 2748 gènes ont
été identifiés (Kuroda et al., 2001).
Le génome de S. aureus peut être divisé en deux : le ‘core’ génome (génome cœur) et le
génome accessoire (O'Neill et al., 2007 ; Stoodley et al., 2002). Le premier (core) est
l’ensemble des gènes communs à toutes les souches de S. aureus. Ce génome contient
différents gènes de ménage, gènes nécessaires à la croissance ainsi que quelques gènes
codant pour des facteurs de virulence (O'Neill et al., 2007 ; Stoodley et al., 2002). Le
génome accessoire de S. aureus est l’ensemble des gènes présents uniquement dans une
souche étudiée ainsi que ceux présents dans deux ou plusieurs souches. Il est variable et
peut contenir des gènes codant pour des résistances aux antibiotiques et des facteurs de
virulence comme des exotoxines ou des super antigènes (O’Neill et al., 2007 ; Stoodley et
al., 2002). Pratiquement tous les éléments du génome accessoire sont localisés sur
différents vecteurs tels des plasmides et des bactériophages et peuvent influencer le
comportement de la souche de S. aureus dont la niche écologique de ce dernier (Novick et
al.,2003 ; Stoodley et al.,2002). La bactérie de S. aureus comporte également un génome
plasmidique. Il contient en général un plasmide de 20 000 à 25 000 pb contenant une
trentaine de gènes (Kuroda et al., 2001).

11
Les facteurs de virulence pouvant être portés par S. aureus ont différents rôles permettant
à cette bactérie de survivre et de créer une infection chez son hôte via l’attachement,
l’évasion du système immunitaire, l’invasion, et la toxémie (Kehrenberg, et al.,2009 ;
Nemati et al.,2009.)
Les gènes impliqués dans l’attachement aux surfaces codent pour des protéines telles des
8 protéines de liaison à la fibronectine (fnbpA, fnbpB), au fibrinogène (clfA, clfB), et au
collagène (cna) (Kehrenberg et al., 2009 ; Nemati et al.,2009). Une autre composante
génétique ayant été associée à la colonisation de certaines souches de S. aureus chez
l’humain est l’élément mobile catabolisant l’arginine (ACME) (Stoodley et al., 2002 ;
Mehrotra et al., 2000). Le locus ACME a aussi été associé à l’évasion du système
immunitaire (Stoodley et al., 2002 ; Mehrotra, et al.,2000). Le locus ACME permettrait à
la bactérie de neutraliser l’acidité produite par les acides gras de la peau et favoriserait
ainsi le catabolisme de l’arginine, le seul élément disponible pour produire de l’oxyde
nitrique vitale pour les macrophages (Mehrotra et al., 2000). Cependant, des tests
supplémentaires semblent nécessaires pour bien comprendre le rôle de ce locus chez S.
aureus, (Stoodley et al., 2002). Selon la souche, les protéines d’attachement aux surfaces
peuvent varier, ce qui explique en partie la grande variété d’infections causées par S.
aureus (Kehrenberg et al 2009). Une fois adhéré aux tissus ou surfaces, S. aureus peut
produire du biofilm et ceci lui permet, entre autres, d’échapper au système immunitaire
Mulders et al.,2010 ; Kehrenberg et al.,2009. L’évasion du système immunitaire est aussi
favorisée par la présence de plusieurs facteurs de virulence tels des capsules aux propriétés
anti phagocytaires (cap5, cap8), les leucocidines de Panton Valentin (lukS-PV, lukF-PV),
et la protéine A (spa) fixant le fragment Fc des immunoglobulines et prévenant ainsi
l’opsonisation de la bactérie Kehrenberg et al.,2009 ; Nemati, et al.,2009).Le complexe
d’immun évasion (IEC) est un élément important de l’évasion du système immunitaire
dans les cas d’infections chez l’humain (Kehrenberg et al.,2009). Ce complexe code pour
une protéine inhibitrice du complément (scn), une protéine inhibitrice de la chimiotaxie
(chip) et la staphylokinase (sak), mais aussi certaines entérotoxines (A, Q, P, K) (Cuny C
et al., 2011 ; Enright et al., 2000). Une fois la colonisation effectuée, la bactérie peut
envahir le tissu ou l’organisme qu'elle infecte. Lors de cette phase, la bactérie peut activer
différents gènes (V8, hysA, 9 hla, plc, sepA) codant pour des protéases, phospholipases,
lipases, nucléases, hyaluronate lyases et élastases lui permettant de détruire et d’envahir le
tissu Kehrenberg et al.,2009. En plus des toxines de Panton-Valentin, S. aureus peut
produire plusieurs autres toxines Kehrenberg et al.,2009 ; Nemati, et al.,2009. Il peut,

12
entre autres, produire la toxine du choc toxique-1 (tst) responsable d’intoxication
alimentaire (Zhang et al.,2005). C’est une bactérie pouvant aussi posséder plusieurs gènes
codant pour diverses entérotoxines (sea, seb, sec, sed, see, seg, seh, sei, sej, sek, sel, sem,
sen, seo, sep, seq, ser, et seu) (Nemati et al.,2009). La toxine du choc toxique ainsi que
toutes les entérotoxines retrouvées chez S. aureus sont considérées comme des
superantigènes (Nemati et al.,2009). Afin d’éviter des pertes énergétiques, la régulation
des différents facteurs de virulence est primordiale. Chez S. aureus, le système Agr joue
un rôle important dans la régulation de l’expression de plusieurs facteurs de virulence
(Kehrenberg et al.,2009 ; Mulvey et al., 2001). Récemment, l’opéron msaABCR a aussi
été associé à la régulation de facteur de virulence chez S. aureus (Moore et al., 2013).

Figure 4 : Génome de Staphylococcus aureus.

(Https://images.app.goo.gl/hciEyVALisst76Np8).

I.15. Espèces Staphylocoques à Coagulase Négative

Les staphylocoques coagulase-négative (SCN) sont des bactérie Gram+, ne possédant pas
de coagulase. On compte plus d’une cinquantaine d’espèces dans ce groupe
(Massoz,2020). Ces différentes espèces de staphylocoques ont des caractéristiques
différentes notamment concernant la gravité et la persistance des infections.
Les SCN représentent les principaux commensaux de la peau avec les corynébactéries et
les propionibactéries. La densité de colonisation est plus importante au niveau des zones
humides comme la partie antérieure des narines, le périnée, les creux axillaires et les plis

13
inguinaux. Ils peuvent aussi être isolés des muqueuses. Staphylococcus épidermidis peut
contaminer les prélèvements superficiels ou les prélèvements obtenus par ponction
transcutanée comme les hémocultures. (Isabelle Verdier. www.microbes-edu-org.).
Les SCN les plus fréquemment rencontrés sont le Staphylococcus chromogenes et
Staphylococcus epidermidis avec un profil plutôt mammaire (mammifères), le
Staphylococcus haemolyticus et Staphylococcus simulans qui ont plutôt un profil
environnemental (Massoz, 2020).
Les SCN sont divisés en trois groupes suivant leur sensibilité à la novobiocine et leur
activité oxydasique. On peut toutefois noter que l’espèce S. schleiferi constitue un cas
particulier, car la sous-espèce S. schleiferi subsp. Coagulans fait partie des Staphylocoques
à Coagulase Positive (SCP), tandis que la sous-espèce S. schleiferi subsp. Schleiferi est
classée dans les SCN à oxydase négative et sensibles à la novobiocine. En outre, parmi
les SCN, on trouve quelques espèces pathogènes opportunistes pour l’homme et les
mammifères, telles que S. caprae, S. epidermidis, S. hominis et S. saprophyticus.
Ainsi, depuis la découverte de l’implication de certaines espèces de SCN dans des
infections humaines, l’identification plus précise des membres du groupe des SCN
présente un intérêt majeur.
Les espèces staphylocoques à coagulase négative sont couramment impliqués au cours des
infections nosocomiales ou associées aux soins, en particulier sur matériel (bactériémies
sur cathéter, endocardites sur prothèse, infections de site opératoire). Leur implantation
dans le microbiote cutanéo-muqueux et leur capacité à synthétiser un biofilm protecteur
vis-à-vis des défenses de l’hôte sont les principaux déterminants du pouvoir pathogène de
ces bactéries opportunistes. (Barbier ,2015).
Chez les mammifères, les SCN peuvent être inoffensifs à la surface de la peau mais lorsque
le germe passe le sphincter il va provoquer une inflammation responsable d’une élévation
du taux cellulaire du lait, et sont généralement considérés comme des pathogènes
opportunistes à faible virulence (Massoz,2020). Cependant, des études antérieures ont
rapporté une pathogénicité de certaines souches similaire à celle observée chez S. aureus
ce qui laisse supposer l’expression de facteurs de virulence.
On trouve les SCN sur la peau saine du pis, sur les muqueuses et dans l’environnement de
l’étable. Les staphylocoques à coagulase négative sont largement répandus dans la nature
et sont couramment isolés de la flore commensale cutanée, des glandes et des muqueuses
des mammifères et des oiseaux. Ils sont parfois retrouvés dans la bouche, le sang, les
glandes mammaires ainsi qu’au niveau des appareils intestinal, génital et respiratoire de

14
ces hôtes (Nagase et al., 2002). Les staphylocoques peuvent subsister dans
l’environnement de leurs hôtes, comme les primates, qui constitueraient les hôtes naturels
majeurs de ce genre bactérien. Certaines espèces sont isolées de divers hôtes comme S.
kloosii, S. pasteuri, d’autres semblent inféodées à une espèce-hôte particulière, comme S.
felis qui n’a été isolé que chez le chat.
I.2. Antibiotiques
I.2.1. Définition et historique
I.2.1.1. Définition
Un antibiotique est une substance soit élaborée par des micro-organismes (champignons
microscopiques et bactéries), soit de synthèse chimique et qui est capable d'agir à faible
dose sur une étape du métabolisme bactérien en inhibant la croissance ou en provoquant
la lyse de la bactérie sans exercer habituellement d’effets toxiques pour les organismes
supérieurs (Baloki et al.,2019 ;Boukhatem, 2013).Les antibiotiques sont à l’origine des
molécules chimiques produites naturellement par une grande diversité d’organismes. Les
antibiotiques (ATBs) sont des molécules chimiques capables d’inhiber sélectivement
certaines voies métaboliques bactériennes dans le but d’empêcher leur multiplication et/ou
leur croissance. A l’heure actuelle, les antibiotiques représentent l’un des groupes de
médicaments les plus employés en médecine pour traiter les infections bactérienne (Brian
,2020).
I.2.1.2. Historique
La fabrication des antibiotiques a commencé depuis 1920. La pénicilline a été découverte
en 1928 par Alexander Fleming, la médecine moderne a révolutionné les stratégies
thérapeutiques face aux infections bactériennes (https://www.universalis.fr/encyclopedie
/fleming-decouverte-de-la-penicilline). Après la mise sur le marché de la pénicilline en
1940, la même année les scientifiques observent une résistance des bactéries à la
pénicilline G. En 1944, Selman Waksman découvre la Streptomycine (Albert Schatz et
al.,1944), en 1945, le professeur BROTZU initie la mise en évidence le premier
antibiotique de la famille des céphalosporines. En 1958 Georges Lesher découverte la
première quinolone l’acide nalidixique, indiquée à partir de 1962 dans les infections du
tractus urinaire. Entre 1959-1960, la découverte d’un autre antibiotique au nom de la
Méticilline, fut un espoir pour la disparition des maladies infectieuses.
Après la diffusion des S. aureus résistant à la Méticilline (SARM) vers les années 70, en
1980, les scientifiques mettent en place les antibiotiques de la famille des

15
fluoroquinolones. Ils découvrent aussi des carbapénèmes en 1985 par la suite une 1ère
épidémie hospitalière entérobactéries productrices de béta-lactamases à spectre étendu.
I.2.2. Classification et mode d’action des antibiotiques
Les antibiotiques peuvent être classés en fonction de leurs origines, structures, Leurs
mécanismes d’action). On distingue quatre grands modes d’action d’antibiotiques
(Figure 5) :
• Action sur la synthèse de la paroi bactérienne ;
• Action sur la synthèse protéique ;
• Action sur la synthèse des acides nucléiques ;
• Action inhibitrice sur la membrane cytoplasmique (Alami et al., 2005).

Figure 5 : Différents modes d’action des antibiotiques

(Antibiotique .eu).
I.2.3. Les Quinolones/ fluoroquinolones
I.2.3.1. Historique
La première quinolone, l’acide Nalidixique dérivée de la chloroquine a été découverte par
Georges Lesher en 1962, une molécule ayant des propriétés antibactériennes et agissant
sur les bactéries Gram négatif. L’ajout d’une molécule de fluor dans la structure chimique
des Quinolones a permis la mise en place d’une grande famille d’antibiotiques à partir de
1980 appelée Fluoroquinolones (Dentan,2015) favorisant ainsi l’augmentation de

16
l’activité antibactérienne et élargissement du spectre d’action de ces molécules aux
bactéries gram positif.
I.2.3.2. Caractéristiques
Les Quinolones/Fluoroquinolones sont des antibiotiques entièrement synthétiques, qui
sont proches des antibiotiques naturels en termes d'étendue du spectre de l'action
antimicrobienne, de l’activité, des indications d’utilisation et différents d'eux par leur
structure chimique et leur mécanisme d’action. Ceux sont des molécules bactéricides et
bactériostatiques d'origine biologique capables d’inhiber la synthèse de l’ADN et la
production des bactéries.
Les Quinolones/Fluoroquinolones agissent sur l’ADN notamment sur l’ADN gyrase (ou
topoisomérase II) et sur la topoisomérase IV en empêchant la réplication et transcription
de l'ADN bactérien. Elles atteignent ces molécules par diffusion passive à travers le
peptidoglycane chez les bactéries Gram positif, par la voie des porines et la voie auto-
induite chez les bactéries Gram négatif.
L’efflux de fluoroquinolones et l’expression de multiples transporteurs de drogue
démontrés pour les entérocoques ont été mieux documentés chez S. aureus, l’un des agents
pathogènes humains les plus importants dont le rôle majeur dans l’efflux de la
fluoroquinolone est joué par le transporteur de membrane nommé norA (Quincampoix &
Mainardi,2001).
Dans cette famille d’antibiotiques, les différentes classes d’antibiotiques sont classées en
fonction des générations.
1.2.3.3. Description Structurale
Les quinolones sont des molécules chimiques qui ont une structure générale dérivant de
l'acide dihydro 1,4 oxo 4 quinoleine carboxylique et composée de 2 noyaux aromatiques,1
fonction cétone, 1fonction d’acide carboxylique, assez souvent un groupe pipérazine (en
position 7) et d’1 atome de fluor (F) pour les Fluoroquinolones en position 6 (Faure,
2008) (Figure 6).

Figure 6 : Structure générale des Fluoroquinolones

(Faure ,2008).

17
 Norfloxacine Moxifloxacine
Figure 7 : Structure chimique des quinolones
(Adaptation d’après Aldred et al. 2014).
I.2.3.4. Classification
Les antibiotiques de la famille des quinolones/Fluoroquinolones peuvent être classés selon
plusieurs critères : l'origine, la nature chimique, le mécanisme d'action et le spectre
d'action.
Sur la base de l'étendue du spectre antibactérien et la nature fluorée ou non du squelette on
peut classer les quinolones en quatre générations (Dentan, 2015) :
I.2.3.4.1. Les quinolones de première génération
Ceux sont des substances actives sur les bactéries Gram négatif excepté les Pseudomonas,
elles ne sont guère actives sur les Gram positif.
On retrouve dans ce groupe :
❖ L'Acide Nalidixique : Negram

18
 ❖ L’Acide Oxolinique : Urotrate
❖ L’Acide Pipemidique : Pipram
❖ L’Acide Piromidique : Purim
I.2.3.4.2. Les fluoroquinolones de la première génération

Dans cette génération, la première molécule identifiée est la Norfloxacine, qui est une
molécule dérivée de l’Acide Nalidixique par l’introduction d’un atome de fluor en position
C6 et d’un groupe pipérazine en position C7. On cite :

Fluoroquinolones urinaires
❖ Lémofloxacine
❖ Péfloxacine : Peflacine
❖ Norfloxacine : Noroxine
Fluoroquinolones systématiques
❖ Ofloxacine : Oflocet
❖ Ciprofloxacine : Ciflox
I.2.3.4.3. Les fluoroquinolones de la deuxième génération
❖ Lévofloxacine : FR Tavanic ; USA Levaquin ; Asie Cravit.
❖ Pazufloxacine : Asie Pasil, Pazucross.
❖ Sparfloxacine : FR Zagam ; USA Zagam.
❖ Témafloxacine : USA Omnifllox.
❖ Tosufloxacine : Asie Ozex, Tosacin.
❖ Moxifloxacine : FR Izilox ; USA ‡Avelox
❖ Gémifloxacine : USA Factive
I.2.3.4.4. Les fluoquinolones de la trosième et dernière génération
❖ . Trovafloxacine
I.2.3.5. Mécanisme d’action des Quinolones
Les Quinolones/Fluoroquinolones ont une action bactéricide sur certaines bactéries
(Ciprofloxacine) et bactériostatiques sur d’autres bactéries (Lévofloxacine) (Aldred et al.,
2014). La pénétration de ces antibiotiques dépend de la structure de la bactérie. Chez les
bactéries Gram négatif les Q/F pénètrent par la voie des porines (le cas des
fluoroquinolones hydrophiles de faible poids moléculaire : Norfloxacine et ciprofloxacine)
et par voie auto-induite (cas des FQ hydrophobes comme l’Ofloxacine, la Pefloxacine et
Lévofloxacine) par Chélation du Mg2+, désorganisation structurale et diffusion à travers
la couche lipidique de la membrane externe.

19
Chez les bactéries Gram positif les antibiotiques pénètrent dans la bactérie par diffusion
passive à travers peptidoglycane pour être emmagasiné dans la cellule, l'ADN doit être
condensé dans une forme très compacte qui est définie par le terme de superenroulement
(Figure 8). Cet état super enroulé est contrôlé en grande partie par une catégorie spéciale
d’enzymes appelées ‘ topoisomérases’. Ces enzymes modifient le superenroulement de
l'ADN en le coupant puis en le recollant jouant ainsi un rôle important lors la réplication
et la transcription de l'ADN en favorisant l'accès des différentes enzymes de transcription
ou de la réplication (Bisognano,2020).
Les topoisomérases sont classées en trois grands groupes (Bisognano,2020) :
• Les topoisomérases de type I qui permettent la relaxation de superenroulements
négatifs et ne coupent qu'un seul des deux brins de la double hélice d'ADN,
• Les topoisomérases de type II (la gyrase encore appelée ADN gyrase et
topoisomérase IV) sont impliquées dans le relâchement, et le désenchevêtrèrent de
l’ADN et coupent les deux brins de la double hélice.
• Les topoisomérases particulières qui sont impliquées dans la transposition et
l’excision de phages de l'ADN.
Les Q/F ont une action ciblée sur les topoisomérases de type II (Bisognano,2020).
La gyrase (figure 9) possède 4 sous-unités : deux sous unités A (gyrA), et deux sous unités
B (gyrB). La gyrB a une activité ATPasique qui est inhibée par la Novobiocine. Au sein
de la gyrA, le résidu Tyr en position 122 est responsable de la coupure transitoire dans
l'ADN. Il en résulte une phospho-tyrosine-gyrase sur chacun des brins permettant le
passage d'une double hélice au travers de cette double coupure (Bisognano,2020).
La topoisomérase IV contribue à la décaténation des deux chromatides filles et à leur
répartition dans les deux cellules filles. Les Q/F pénètrent dans la cellule hôte, diffusent
dans celle-ci se fixe sur la topoisomérase IV et gyrase ; inhibent l'activité de ces enzymes
en s'intercalant sous une forme auto-assemblée dans la poche ménagée localement entre
les brins d'ADN par l'action de l'enzyme et en interagissant avec le complexe enzyme-
ADN. (Figure10), les complexes Topoisomérase II-fluoroquinolones sont libérés laissant
des bouts d'ADN clivés (Katie et al.,2014).
La première conséquence survenue pendant l’interaction, c’est l’inhibition de la religature
des cassures d’ADN double brin. L’interaction entre les Q/F et le complexe de clivage,
enzyme-ADN, stabilise le complexe ternaire : Quinolone-enzyme-ADN ou
Fluoroquinolone-enzyme-ADN. La seconde conséquence de cette interaction est le
blocage du complexe stable quinolone ou fluoroquinolone- enzyme-ADN au site de la

20
cassure. Ce phénomène provoque des collisions avec la fourche de réplication et/ou la
machinerie transcriptionnelle, transformant ces cassures transitoires en cassures
permanentes (Drlica et al., 2009).
A cet effet, la cellule fait appel aux mécanismes de réparation de l’ADN afin de ré-ligaturer
le double brin d’ADN. Par contre, une inefficacité de réparation rapide des lésions, peut
causer la mort cellulaire. Ceci explique l’activité bactéricide des Q/F (Muylaert et al.,
2013).
Les quinolones/ fluoroquinolones peuvent aussi s’auto-associent et stabilisent le complexe
Gyrase-ADN, empêchent ainsi la re ligation de l'ADN coupé par la gyrase. Ceci
désorganise la réplication du chromosome bactérien et peut mener à la mort cellulaire par
des mécanismes encore mal définis (Figure 11).

Figure 8 : Schéma des trois formes de l'ADN plasmidique

(Https://www.researchgate.net).

Figure 9 : Structure schématique de la gyrase

(https://www.wikiwand.com/en/Type_II_topoisomerase).

Figure 10 : Mécanisme d'action des quinolones

(adapté de Kohanski MA et al., 2010).

21
 Figure 11 : Activité de la gyrase et interaction avec une fluoroquinolone
(Charlotte Dentan,2015).
I.2.4. Mécanismes de résistance et phénotype de résistance
I.2.4.1. Mécanismes de résistance
Pour être efficace, un antibiotique doit pénétrer dans la bactérie, sans n’être détruit ni être
modifié, se fixer sur une cible et perturber la physiologie bactérienne. Il peut être
caractérisé par son spectre d’action (Jehl et al., 2003). Depuis l’émergence de nouvelles
molécules d’antibiotiques dans la thérapeutique, on constate que beaucoup de bactéries,
appartenant au spectre d’action d’un ATB, ne sont plus sensibles à ce dernier (Baquero,
2009).
I.2.4.1.1. Notion de résistance
La résistance aux antibiotiques est la capacité d’un microorganisme de résister aux effets
des antibiotiques. Elle se développe via la sélection naturelle par des mutations aléatoires
ou des échanges de gènes de résistance entre les bactéries. Elle est aussi liée à un ou
plusieurs mécanismes biochimiques qui impliquent l’étude des interactions entre
l’antibiotique et les voies métaboliques de la bactérie.
Plusieurs définitions de la résistance des bactéries aux antibiotiques ont été retenues selon
certains auteurs.
Une souche est « dite résistante » lorsqu’elle supporte une concentration d’antibiotique,
notamment plus élevée que celle qui inhibe le développement de la majorité des autres
souches de la même espèce, ou lorsque la concentration d’antibiotique qu’elle est capable
de supporter est notamment plus élevée que la concentration pouvant être atteinte in vivo.

22
Une bactérie résiste à un antibiotique lorsqu’une modification de son capital génétique lui
permet de croître en présence d’une concentration significativement plus élevée de cet
antibiotique (Pfersdorff,2015).
I.2.4.1.2. Types de résistance
I.2.4.1.2.1. Résistance naturelle
C’est la résistance exprimée lorsqu’une souche « sauvage » résiste naturellement à certains
antibiotiques. Le mécanisme sur le génome bactérien est constant dans un taxon et est
généralement chromosomique. Elle correspond à la résistance de toutes les souches d’une
même espèce bactérienne à un antibiotique, et est due soit à une absence de cible soit à
une imperméabilité de la paroi à cet antibiotique (Veyssiere ,2019).
I.2.4.1.2.2. Résistance acquise
La résistance acquise se définie donc comme étant une propriété nouvelle apparaissant
chez les espèces bactériennes jusqu’alors sensibles aux antibiotiques. Elle n’apparaît que
chez quelques souches d’une espèce donnée normalement sensible (Davis et al., 2007), à
l’inverse de la résistance naturelle qui est caractéristique de l’espèce.
La résistance acquise est évolutive, elle varie en fonction du temps, de la localisation
(épidémie), de l’utilisation des antibiotiques Cette résistance peut être liée par l’acquisition
d'ADN étranger par le biais de plasmides (plutôt fréquent), de bactériophages ou de
transposons (AFSSA, 2006). On parle de transfert horizontal de gènes de résistance et les
mécanismes utilisés sont la conjugaison, la transduction et la transformation (Figure 12).

Figure 12 : Schéma des mécanismes génétiques de dissémination de la résistance aux

antibiotiques (adapté de Levy et al., 2004).
23
I.2.4.1.2.3. Résistance clinique
Elle se traduit par l’échec thérapeutique. Plusieurs facteurs entrent en cause dans ce type
de résistance à savoir les facteurs environnementaux (cations, protéines inhibitrices etc…)
la pharmacocinétique, le choix judicieux de l’antibiotique et enfin les mécanismes
développés par les bactéries.
I.2.4.1.3. Support génétique de la résistance
Au plan génétique, la résistance acquise peut survenir par mutation ponctuelle, par
remaniement du génome ou par acquisition de matériel génétique étranger. Il existe deux
supports essentiels.
I.2.4.1.3.1. Résistance chromosomique
I.2.4.1.3.1.1. Résistance chromosomique par mutation
Il peut s’agir d’une mutation ponctuelle dans un gène de résistance entraînant par exemple
une hypersécrétion d’enzyme inactivant les antibiotiques ou dans un gène de structure qui
modifie le spectre d’une enzyme. Une mutation se caractérise par la rareté, la spontanéité,
la discontinuité la spécificité et l’indépendance, et la stabilité.
I.2.4.1.3.1.2. Résistance chromosomique par remaniement
Il peut s’agir d’un remaniement du génome ; à titre d’exemple de l’insertion de séquences
apportant un promoteur permettant d’exprimer des gènes silencieux ou alors de
l’acquisition de fragments de chromosomes étrangers par transformation.
I.2.4.1.3.2. Résistance extra chromosomique
Il existe différentes structures d’ADN par lesquels les gènes de résistance aux antibiotiques
peuvent être mobilisés horizontalement à savoir les plasmides, les éléments génétiques
transposables et les intégrons (Alibayov et al., 2014).
I.2.4.1.3.2.1. Les plasmides
Les plasmides sont des molécules circulaires d'ADN extra chromosomiques capables de
réplication autonome, et pouvant conférer une résistance aux principales classes
d'antibiotiques (Carattoli, 2009). Une même bactérie peut porter un ou plusieurs plasmides
selon leur compatibilité mutuelle et chacun d’eux peut contenir un ou plusieurs gènes de
résistance (Harbottle et al., 2006). Les plasmides peuvent également se transmettre à une
souche sensible principalement par conjugaison mais aussi par transformation ou
transduction. Les plasmides, en fonction de leur efficacité de conjugaison, vont permettre
le transfert horizontal de ces composantes à d’autres bactéries de différentes espèces,
genres et familles (Thomas & Nielsen, 2005). Les plasmides peuvent acquérir d’autres

24
gènes de résistance par l’intermédiaire d’éléments transposables et d’intégrons par
exemple.
Les plasmides de S. aureus sont regroupés en trois catégories (Alibayov et al., 2014). La
première catégorie contient les petits plasmides (1 300 - 4 600 pb) non codant ou codant
rarement pour plus d’un facteur de virulence ; La deuxième catégorie contient de plus gros
plasmides (15 000 - 46 000 pb). Cette catégorie de plasmides peut porter, entre autres, des
gènes de résistance aux antibiotiques, aux métaux lourds et aux détergents. La troisième
catégorie contient les plus gros plasmides retrouvés chez S. aureus (30000 - 60000 pb),
Ce type de plasmide code pour un déterminant de transfert par conjugaison (tra) en
combinaison avec plusieurs marqueurs de résistances aux antibiotiques.
I.2.4.1.3.2.2. Éléments génétiques transposables (Transposons)
Les éléments transposables sont des séquences d’ADN ayant la capacité de se déplacer et
de s’insérer à différents endroits dans un chromosome ou un plasmide par un processus de
transposition au moyen d’une transposase. Il existe différents types d’éléments
transposables dont les séquences d’insertion (IS). Les IS sont de courtes séquences
génétiques de 800 à 2000 pb qui codent uniquement pour la transposition. Les transposons
codent également pour les déterminants de la transposition ainsi que pour d’autres
fonctions, notamment celle de conférer la résistance aux antibiotiques (Salabi et al., 2013).
I.2.4.1.3.2.3. Les intégrons
L'ampleur de la diffusion de la résistance est attribuable en majeure partie par le
déplacement des gènes de résistance par le biais d’intégrons (Espedido et al., 2005). Les
intégrons sont des éléments génétiques mobiles avec une structure spécifique composée
de deux segments conservés encadrant une région centrale appelée « cassette ». Les
intégrons constituent un système de capture et d’expression de gènes, dont les gènes de
résistance, sous forme de cassettes. Les cassettes sont des éléments mobiles capables d’être
intégrés ou excisés par recombinaison spécifique. Les intégrons peuvent être associés à
des SI, des transposons ou des plasmides pouvant leur conférer une mobilité Les intégrons
de classe 1 sont dominants parmi les quatre classes associées à la résistance aux
antibiotiques, et les plasmides sont des vecteurs importants pour leur transmission entre
les bactéries (Espedido et al., 2005).
I.2.4.1.4 Mécanisme de résistance des staphylocoques aux fluoroquinolones
I.2.4.1.4.1. Résistance chromosomique (Quincampoix & Mainardi, 2001).
Les mécanismes impliqués essentiellement dans la résistance des staphylocoques aux
fluoroquinolones sont :

25
 • La modification de la cible qui implique une mutation au niveau des gènes
chromosomique grlA ou grlB et ParC ou ParE de la topoisomérase IV.
• L’altération des sous-unités A ou B de la gyrase par introduction d’une mutation
au sein des gènes gyrA ou gyrB ;
• L’efflux de la drogue.
Chez Staphylococcus aureus (S. aureus) le principal mécanisme de résistance est dû à des
mutations au niveau des gènes gyrA, à l’origine de l’ADN gyrase et grLA de la
topoisomérase IV.
Ces mutations se produisent généralement dans une région précise nommée région de
détermination de la résistance à la quinolone (QRDR) (Alexia Delville.2021). Les
fluoroquinolones bloquent la réaction catalysée par l’enzyme en piégeant l’ADN gyrase
ou la topoisomérase sur l’ADN en formant un complexe létal antibiotique-enzyme-ADN
suivi de la libération consécutive de fragments d’ADN double brin (Drlica et al. 2009).
D’autres phénomènes permettent aussi la résistance des S. aureus aux fluoroquinolones, il
s’agit d’une augmentation de l’expression du gène norA (Quincampoix & Mainardi 2001),
un gène qui code pour un transporteur à large spectre dont les fluoroquinolones et d’autres
agents antimicrobiens ; de la réduction de la production des porines dans le milieu
intracellulaire et de la modification des nombreuses pompes à efflux (des protéines
membranaires) qui ont pour fonction la détoxification
I.2.4.1.4.2. Résistance plasmidique
Comme toute autre bactérie, S. aureus contient non seulement un support chromosomique
mais aussi un support plasmidique qui participe fortement à la résistance des antibiotiques
(Figure 13). La résistance plasmidique est rendue possible par les mécanismes de transfert
et de réception des gènes de résistance aux antibiotiques. Tous ces gènes de résistance
plasmidique sont regroupés sous l’appellation PMQR (Plasmid-Mediated Quinolones
Resistance). Cette figure montre les trois PMQR.

26
 Figure 13 : Mécanismes plasmidiques de résistance aux quinolones.
I.2.4.2. Phénotypes de résistance
C’est un groupe, un ensemble d’antibiotiques permettant au mieux, avec le plus de
précision possible de préjuger des mécanismes de résistance dont dispose une bactérie
donnée et notamment, mais pas exclusivement de son équipement enzymatique. Au sein
de chaque espèce, on distingue le phénotype sauvage ou sensible, déterminé par les
mécanismes naturels de résistance et les phénotypes résistants déterminés par de
mécanismes acquis de résistance.

27
CHAPITRE II : MATERIEL ET METHODES
Méthodes
II.1. Cadre d’étude
Il s’agit d’une étude prospective descriptive réalisée en République du Congo (RC), pays
situé sur la rive droite du fleuve Congo avec une superficie de 342000km2. Avec douze
(12) départements. L’étude a été menée dans le département de Brazzaville, capitale
politique du pays, située sur la rive droite du fleuve Congo en aval du Stanley Pool
découpée en 9 arrondissements, et couvrant une superficie de 110Km2 en une période
allant Avril 2019 et Mars 2022.
La collecte des souches de staphylocoques s’est effectuée :
• Pendant la période allant d’avril 2019 à Mai 2020 au laboratoire biomédical du
Centre Hospitalier et Universitaire de Brazzaville (CHUB) plus précisément au
service de Bactériologie-Immunologie-Virologie sur les malades externes et
hospitalisés dans les services de Néonatologie, Bloc d’accouchement, Maladies
infectieuses, Pédiatrie et des Urgences chirurgicales.
• Pendant la période Juin 2020 à Juillet 2020 au laboratoire de la clinique des Nations
Unies sur les malades externes.
Les souches isolées des malades hospitalisés au CHUB ont constitué les souches
hospitalières ou cliniques, tandis que celles isolées des malades externes du CHUB et de
la clinique des Nations Unies des souches communautaires.
Les analyses des souches ont été faites dans trois laboratoires à savoir, le laboratoire de
Biologie Cellulaire et Moléculaire de la Faculté des Sciences et Techniques (BCM/FST)
de l’Université Marien NGOUABI de Brazzaville pour les analyses microbiologiques
pendant la période Octobre 2020 à décembre 2020 ,au laboratoire National de Santé
Publique (LNSP pour les Réactions de Polymérisation en Chaîne (PCR) d’avril 2021 à
juin 2021 et le séquençage a été réalisé au Laboratoire de la société Macrogène en France
en février 2022.
Pour le transfert des souches des sites de collecte vers le Laboratoire de BCM/FST et le
LNSP, les colonies de chaque souche ont été repiquées dans un milieu liquide (contenant
900 microlitres du milieu lysogeny borth et 100 microlitres du glycérol) contenu dans un
tube Eppendorf préalablement identifié (numéro de la souche, nature du milieu) et
conservées à -20°C.
II.2. Matériel biologique
Il s’agit des souches de staphylocoques isolées à partir de différents produits biologiques
(urine, pus, prélèvement vaginal, sang, et liquide pleural).

28
II.3. Matériel de laboratoire
Le petit matériel, les appareils, les réactifs, les milieux de culture ainsi que la composition
chimique et l’usage de chaque milieu utilisé sont présentés en annexe 1.
Les antibiotiques utilisés sont consignés dans le tableau IV.

Tableau IV : Liste des antibiotiques testés (CA-SFM, 2019)

Famille Génération Antibiotiques Sigles Charges en µg

1ère Ciprofloxacine CIP 5

1ère Ofloxacine OFL 5

Fluoroquinolones 1ère Norfloxacine NOR 10

2ème Lévofloxacine LEV 5

2ème Moxifloxacine MXF 5

Quinolone 1ère Acide Nalidixique AN 30

II.4. Echantillonnage
Des échantillons de liquides biologiques (urines, prélèvements vaginaux, sang, pus, et
liquide pleural) ont été collectés au laboratoire d’analyse biomédicale du Centre
Hospitalier et Universitaire de Brazzaville (CHU-B) et à la clinique des Nations Unies.
Les liquides biologiques collectés, et considérés dans cette étude ont été ceux destinés aux
examens suivants : Examen Cytobactériologique des Urines (ECBU), Prélèvement
Vaginal (PV), Hémoculture (HC), examen du pus encore appelé Pyo culture prélevés des
patients hospitalisés et non hospitalisés.
II.5. Isolement des souches
II.5. 1. Choix et caractéristique du milieu
Pour l’isolement des bactéries du genre staphylococcus, un milieu gélosé sélectif et
différentiel nommé Chapman ou Mannitol Salt Agar a été utilisé.
II.5.2. Préparation du milieu Chapman
La préparation du milieu a été réalisé selon la formule décrite par Chapman.
Nous avons dissous 111g du milieu déshydraté (poudre conservée dans un flacon et
préalablement homogénéisé) dans un litre d’eau distillée stérile en mélangeant jusqu’à
obtention d’une suspension homogène. Nous avons ensuite chauffé le mélange lentement
en agitant fréquemment la suspension homogène obtenue, et porté à ébullition jusqu'à

29
dissolution complète. Au moyen de l'autoclave nous avons stérilisé la suspension à 121°C
pendant 15 minutes puis réparti en boîtes de Petri.
II.5.3. Ensemencement et obtention des colonies
Nous avons étalé quelques gouttes du produit biologique sur milieu gélosé Chapman à
l’aide d’un öse de 10 µl, par la méthode de quadrant ou en réalisant des stries serrées
horizontales. Après 24h d’incubation à 37 °C à en aérobiose, les colonies des
staphylocoques pathogènes apparaissent jaune, mais celles non pathogènes sont rouges.
II.6. Purification des souches
Nous avons repiqué successivement en stries sur gélose Chapman les souches jusqu’à
l’obtention de colonies bien distinctes et homogènes.
II.7. Identification des souches
II.7.1. Identification phénotypique
L’identification des souches a été entamée par l’application des techniques classiques de
microbiologie, basées sur la recherche d’un certain nombre de caractères culturaux,
morphologiques et biochimiques. Notamment, l’aspect des colonies, la morphologie
cellulaire, le type de Gram, la production de catalase et de coagulase (Dia et al., 2014 ;
Moyen et al., 2014). Les souches cliniques ont été identifiées par la galerie API Staph au
CHUB.
II.7.1.1. Caractères culturaux
La détermination des caractères culturaux a été faite par observation à la loupe des colonies
obtenues sur le milieu de purification.
II.7.1.2. Morphologie cellulaire
II.7.1.2.1. Examen à état frais
Ce test permet de déterminer la forme, l’arrangement et surtout la mobilité des bactéries.
II.7.1.2.1.1. Principe
Le test consiste en l’observation d’une goutte de suspension bactérienne, préparée avec
de l’eau physiologique et placée entre lame et lamelle. L’observation se fait sur microscope
optique.
II.7.1.2.1.2. Mode opératoire (Colonie en milieu solide)
Nous avons déposé une goutte d’eau physiologique prélevée à l’aide d’une pipette pasteur
au centre d’une lame stérilisée et trompé une colonie de la bactérie que nous avons prélevé
sur milieu solide au moyen d’une anse dans la goutte d’eau en remuant légèrement pour
faire passer la colonie de l’anse sur la lame et recouvert avec une lamelle couvre objet de

30
manière oblique. Nous avons observé la préparation au microscope optique (objectif x40,
condenseur non relevé au maximum, diaphragme non complètement ouvert).

Dépôt sur la lame Préparation microscopique

Pose de la
d’une goutte d’eau Observation l’objectif x 40
lamelle
physiologique et
une colonie
bactérienne
Figure 14 : Réalisation de l’état frais (Boussena 2020).

II.7.1.2.2. Coloration de Gram

Les étapes suivies dans cette technique se résument à :
• 1ère étape : Préparation de frottis :
Sur une lame, nous avons déposé une goutte d’eau, et y avons ajouté une goutte de la
colonie isolée, le tout étalé et fixé à la chaleur.
• 2ème étape : La coloration du frottis.
Nous avons effectué une première coloration du frottis par le violet de gentiane et avons
laissé agir pendant 2 min. rincé à l'eau courante et nous avons recouvert le frottis par la
solution de Lugol et laissé agir pendant 30 secondes suivie par un rinçage et versé goutte
à goutte l'alcool sur la lame inclinée obliquement en surveillant la décoloration pendant 15
secondes et rincé à l’eau. Nous avons recoloré le frottis à la Fuchsine pendant une minute
suivie d’un rinçage à l’eau et terminer en faisant séché la lame. L’observation de la lame
a été faite avec une goutte d'huile à immersion à l’objectif 100X avec un éclairage
important.
II.7.1.3. Caractères biochimiques
II.7.1.3.1. Le test de catalase
Les staphylocoques produisent tous l’enzyme catalase, qui est une enzyme qui catalyse la
dégradation du peroxyde d’hydrogène (H2O2).
Le test consiste à mettre en contact une colonie de la souche test avec une goutte fraîche
d’eau oxygénée à 10 volumes. La présence de l’enzyme se traduit par une effervescence
due à un dégagement gazeux (O2). (Freney, 2007)
II.7.1.3.1.1. Mode opératoire

31
Nous avons déposé une goutte d’eau oxygénée (peroxyde d’hydrogène) sur une lame en
verre à l’aide d’une pipette Pasteur et avons dissout dans la goutte d’eau une colonie
bactérienne prélevée sur milieu solide à l’aide d’une anse.
II.7.1.3.1.2. Interprétation
Présence des bulles d’oxygène : la bactérie possède la catalase, elle est dite : Catalase +.
Absence des bulles d’oxygène : la bactérie ne possède pas la catalase, elle est dite :
Catalase –

Figure 15 : Test de la catalase avec présence de S. aureus (Davido 2010).

II.7.1.3.2. Le test de coagulase
Le test de coagulase est un test de différenciation des espèces du genre Staphylococcus, ce
test apparait positif qu’uniquement pour les Staphylococcus aureus possédant une enzyme
appelée coagulase. La coagulase joue un rôle important dans le pouvoir pathogène de la
bactérie. La coagulase est capable de coaguler en quelques heures (18-24h) le plasma
humain (ou de lapin) prélevé sur héparine, oxalate ou EDTA. La coagulase est une protéine
d'origine chromosomique chez les bactéries.
Elle est produite pendant la phase exponentielle de croissance du germe. Sa synthèse
nécessite la présence d’acide glutamique, d’histidine et de lysine. Son Poids Moléculaire
(PM) varie selon les souches de 31 à 58 kDas et son point Isoélectrique est de 5,5. La
coagulase permet à S. aureus de provoquer l’infection grâce à la présence d'une globuline
plasmatique voisine ou analogue à la prothrombine.
Elle joue certainement un rôle important dans le pouvoir pathogène, elle recouvre les corps
bactériens d'une coque de fibrine, ce qui les protège et inhibe leur phagocytose et favorise
leur dissémination.
II.7.1.3.2.1. Principe
Il consiste à coaguler in vitro le plasma sanguin en présence d’oxygène. Au-cours de cette
étape, il y a transformation d’une protéine du plasma sanguin (fibrinogène) en fibrine ce
qui entraine une coagulation. Nous pouvons donc dire qu’il s’agit d’une coagulase libre.
A la différence de la coagulase liée qui ne dégrade pas le fibrinogène en fibrine. Ce test
est réalisé au laboratoire de CHU-B.

Fibrinogène + H2O = Fibrine +peptides

32
N.B : Ce test différencie les souches à coagulase positive encore appelée S. aureus aux
souches à coagulase négative (Staphylococcus à coagulase négative).
II.7.1.3.2.2. Protocole
Nous avons mis dans un tube à essai contenant 100µL du bouillon cœur-cervelle une
colonie jeune de 24h de la souche étudiée et incubé à 37°C. Apres 18h d’incubation, nous
avons transféré 50µL de la culture incubée dans un tube à hémolyse contenant 50µL du
plasma reconstitué, puis incubé à 37°C pendant 24h.

Figure 16 : Test de la coagulase en tube (Davido 2010).

II.7.1.3.3. Test d’API 20 Staph
Les souches cliniques ont été identifiées par le test de la galerie API 20 Staph (Biome
rieux). Il s’agit d’un test constitué d’un ensemble de réaction biochimique standardisée se
faisant en absence et/ou en présence de l’oxygène dans le but d’identifier le micro-
organisme. Elle comporte 20 micro tubes contenant des substrats déshydratés. Les micro
tubes sont inoculés avec une suspension bactérienne de 0.5 Mc Farland préparée au
préalable avec du sérum physiologique.
II.7.1.3.2.1. Préparation de la galerie
Nous avons versé de l’eau distillée stérile sur le fond de la boîte (partie alvéolée) afin de
permettre la fixation de la galerie, et placé la galerie sur le fond de la boîte et nous l’avons
recouverte avec son couvercle tout en inscrivant la nature du prélèvement sur la languette
latérale de la boîte.
II.7.1.3.2.2. Préparation de l’inoculum
Nous avons préparé une suspendue bactérienne dans un flacon contenant 0,5 ml d’eau
distillée. Nous avons calibré la suspension à une turbidité à voisinant celle de l’étalon 0,5
de la gamme Mc Farland, ce qui équivaut à une densité comprise entre 0,08 - 0,1 à 625 nm
au spectrophotomètre, correspondant à une turbidité d’environ 1 à 2.108 UFC/ml.

33
II.7.1.3.2.3. Inoculation de la galerie
Nous avons mis 0,5 ml de la suspension bactérienne dans les micro tubes de la galerie, et
rempli certains micro tubes par l’huile de paraffine.et incubé la galerie à 36°C pendant 24
heures.
II.7.1.3.4.4. Lecture de la galerie
Les réactions produites pendant la période d’incubation à 36°C pendant 24 heures se
traduisent par des virages colorés spontanés ou révélés par l’addition de réactifs (Figure
17). Après 10minutes l’ajout d’une goutte les réactifs (VP 1 et VP 2 dans le micro tube
VP pour la réaction de Voges Proskauer ; NIT 1 et NIT 2 dans NIT pour la recherche d’un
nitrate réductase ; ZYM A et ZYM B pour la Recherche d’une phosphatase alcaline :
Nous avons fait la lecture en se référant au tableau de lecture (la notice API Staph),
l’identification est ensuite obtenue à l’aide du catalogue analytique. Les souches de S.
aureus sont hémolytiques et ont la capacité de fermenter de nombreux sucres.

Figure 17 : Galerie Api Staph.

II.7.2. Identification moléculaire
II.7.2.1. Analyse du gène de l’ARNr16S
Dix souches de Staphylocoques cliniques dont 6 de S. aureus (S2, S18, S9, S23, S48, S60)
et 4 à Coagulase Négative (S51, S24, S33, S85) identifiées par les méthodes de
bactériologie classique ont fait l’objet d’une analyse moléculaire pour confirmer et
compléter l’identification sur l’analyse du gène codant pour ARNr16S.
II.7.2.1.1. Extraction de l’ADN génomique
II.7.2.1.1.1. Principe
L’extraction consiste à isoler l’ADN endogène des autres constituants de la cellule. Elle
se fait en trois différentes étapes, la lyse de la cellule, l’élimination des protéines et des
autres acides nucléiques fixées sur ADN d’intérêt, et enfin la précipitation de l'ADN par
l'alcool, afin d’obtenir un ADN pur.

34
II.7.2.1.1.2. Procédure opératoire
Nous avons isolé des extraits d’ADN des souches de staphylococcus résistantes aux
quinolones en utilisant le ZR DNA Card extraction Kit tout en suivant les instructions du
fabricant.
II.7.2.1.2. Amplification de l’ADN par PCR (Réaction en chaine de polymérisation)
II.7.2.1.2.1. Principe de la PCR
La PCR, Polymerase Chain Reaction ou réaction de polymérisation en chaîne, est une
technique d'amplification enzymatique permettant d'obtenir un grand nombre de copies
identiques d'un fragment d'ADN. Inventée par Kary Mullis en 1985.Elle est utilisée pour
plusieurs fins parmi lesquelles, la détection de micro-organismes pathogènes, et la
détection des gène résistance aux antibiotiques nécessaire pour cette étude.
Grâce à la PCR, des millions de copies d'une séquence d'ADN sont fabriquées en quelques
heures. Cette technique s'effectue en 3 étapes : dénaturation thermique de l'ADN à 95°C,
hybridation des amorces à 50-65°C, élongation à 72°C. Les différentes étapes
sont réalisées à plusieurs températures dans un appareil appelé thermocycleur. En
appliquant de la chaleur, les deux brins de la molécule d'ADN sont séparés et les éléments
constitutifs de l'ADN qui ont été ajoutés sont liés à chaque brin. Avec l'aide de l'enzyme
ADN polymérase, de nouvelles chaînes d'ADN se forment et le processus peut ensuite être
répété. L'ADN polymérase est l'élément essentiel du processus de réplication de l'ADN,
au cours duquel une molécule d'ADN à double brin est copiée en deux molécules
d'ADN identiques. L'ADN polymérase "lit" les brins d'ADN existants pour créer deux
nouveaux brins qui correspondent à ceux existants.
II.7.2.1.2.2. Procédure opératoire
Nous avons utilisé, les amorces universelles désignées par Weisburg et al.1997 et aussi
utilisées par Soloka et al., 2020, Ngo- Itsouhou et al., 2019 pour l’amplification des
extraits de DNA du gène de l’ARN16S. Les séquences et les sens des amorces sont : fD
(Forward) 5’-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3’, rP (reverse) 5’-
ACGGCTACCTTGTTACGACTT-3’. Nous avons utilisé pour la réaction PCR un volume
total de 50 microlitres comprenant 39,5 µL d’eau PCR (Nuclease-free water), 2µL (20µM)
de chacune amorce, 1µL(10µM) des dNTPs, 5µLde tampon (10X), 2µl (20ng) d’ADN
génomique et 0,5µL (5Unité/ µl) de Taq polymérase. La réaction PCR a été réalisée dans
le Thermocycleur T100 (Thermal Cycler) selon les conditions suivantes : pré dénaturation
95°C à 5min, suivi de 30 cycles, chaque cycle comprenant dénaturation 95°C à 30 s,

35
hybridation 55°C, 30 s et élongation 72°C, 1 min 30s et enfin une élongation finale 72°C,
5 min.
II.7.2.1.3. Electrophorèse des produits PCR
L’électrophorèse en gel d’agarose est la méthode utilisée pour la lecture des résultats de la
PCR. La technique de l’électrophorèse en gel d’agarose est basée sur la séparation des
acides nucléiques chargés négativement sous l’effet d’un champ électrique. Cette
séparation s’effectue à travers la matrice du gel d’agarose : les molécules de plus petite
taille se déplacent plus rapidement et migrent plus loin que les molécules de taille
supérieure.
II.7.2.1.3.1. But de l’électrophorèse
C’est de séparer les différentes molécules d’ADN en fonction de la charge et du poids
moléculaire et de la conformation de la molécule (Cas des plasmides).
II.7.2.1.3.2. Principe de l’électrophorèse
C’est une méthode d’analyse et/ou de purification de l’ADN : des échantillons d’ADN
sont déposés dans un gel d’agarose immergé dans un tampon TBE (Tris-Borate-EDTA)
pH8,3 et mis à migrer sous l’effet d’un champ électrique (l’ADN est un poly anion).
L’ADN est visualisé en ajoutant le Midori (colorant d’ADN qui fluoresce en s’intercalant
entre les bases d’ADN). Un marqueur de taille est utilisé pour déterminer la taille des
fragments.
II.7.2.1.3.3. Préparation du gel d’agarose
Nous avons préparé le gel en fonction de la taille du gène à visualiser : Cas du gel d’agarose
à 2%. Nous avons dissous 2g d’agarose dans 100 ml de tampon TBE, chauffé jusqu’à
dissolution complète de l’agarose puis laissé refroidir jusqu’à une température de 50 à
60°C. Nous avons ajouté 5 µl de BET (Bromure d’éthidium dans la solution d’agarose
Après avoir placé le peigne dans la moule, le gel a été coulé dans la moule. 30 minutes à
une heure après la polymérisation du gel, nous avons retiré le peigne. Les puits se sont
formés dans le gel et ce dernier a été placé dans la cuve à électrophorèse contenant la
solution tampon TBE de façon à ce que les puits du gel soient situés du côté de la cathode
(car l’ADN étant chargé négativement, la migration se fera de la cathode vers l’anode),
tout en s’assurant que le gel est complètement immergé dans le tampon.
II.7.2.1.3.4. Traitement des produits PCR
Nous avons mélangé 5 µL de produits PCR à 2 µL de Buffer Dye (Colorant de charge)
Dye. Dans les différents puits du gel, nous avons déposé chaque mélange ainsi que celui
du marqueur et le colorant de charge.

36
II.7.2.1.3.5. Procédure
L’électrophorèse sur gel d'agarose 1% à 100 volts pendant 45 minutes avec du tampon
TBE nous a permis de mettre en évidence les produits de PCR et avons visualisé le gel
sous une lampe UV, par fluorescence. La taille du gène recherché était autour de 1500-
1300 pb.
II.7.2.1.4. Séquençage
II.7.2.1.4.1. Principe
Le séquençage de l'ADN constitue une méthode dont le but est de déterminer la succession
linéaire des bases A, C, G et T prenant part à la structure de l'ADN. La lecture de
cette séquence permet d'étudier l'information biologique contenue par celle-ci.
Le séquençage de l'ADN est inventé dans la deuxième moitié des années 1970. Deux
méthodes sont développées indépendamment, l'une par l'équipe de Walter Gilbert,
aux États-Unis, et l'autre par celle de Frederick Sanger (en 1977), au Royaume-Uni. Ces
deux méthodes sont fondées sur des principes diamétralement opposés : l'approche de
Sanger est une méthode par synthèse enzymatique sélective, tandis que celle de Maxam et
Gilbert est une méthode par dégradation chimique sélective.
II.7.2.1.4.2. Procédure
Les produits de PCR issus de l'amplification du gène codant pour l'ARNr ont été purifiés
en utilisant la plaque PCR NucleoFast 96 (Macherey-Nagel EURL, France). Le
séquenceur Automate ABI 3730 (Applied Biosystems) a été utilisé pour le séquençage de
ces produits selon la méthode de Sanger modifiée, avec le kit Big Dye Terminator v3.1
Matrix Standard Kit (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA selon les
recommandations du constructeur.
II.8. Antibiogramme (CA-SFM, 2019)
II.8.1. Principe de l’antibiogramme
L’antibiogramme consiste à placer la culture des staphylocoques (milieu MUELLER
HINTON :MH) en présence d’un antibiotique (ATB) incuber en atmosphère normale,
35±2ºC pendant 20±4H, et à observer les conséquences sur le développement et la survie
de ceux- ci (Vedel, 2005 ; Boukhatem, 2013). La lecture et l’interprétation des résultats se
font en mesurant avec précision les différents diamètres des zones d’inhibition. Comparer
ces résultats aux valeurs critiques préétablies par le (CA-SFM) et classer les
staphylocoques dans l’une des catégories : Sensible Intermédiaire et Résistant (CA-SFM,
2019)

37
II.8.2. Choix et conservation des antibiotiques
Les disques d’antibiotiques utilisés sont ceux de la famille des quinolones des quatre
générations pour la première génération Acide Nalidixique (AN) 30 µg, Ciprofloxacine
(CIP) 5 µg, Norfloxacine (NOR) 10 µg, et Ofloxacine (OFL) 5 µg, de deuxième génération
Lévofloxacine de troisième génération (LEV), 5 µg et Moxifloxacine de quatrième et
dernière génération (MXF) 5 µg.
Chaque disque est imprégné d’un antibiotique sélectionné permettant de tester la
sensibilité d'une souche bactérienne vis-à-vis de celui-ci. Le principe consiste à placer la
culture de bactéries en présence de ou des antibiotiques et à observer les conséquences sur
le développement et la survie de celle-ci. On peut par exemple placer plusieurs pastilles
imbibées d'antibiotiques sur une souche bactérienne déposée dans une boîte de Pétri.
Les antibiotiques sous forme de disques de papier se conservent environ 6 mois à 4°C.

Figure 18 : Disque antibiotique (Norfloxacine).

II.8.3. Préparation du milieu M H

Après avoir homogénéisé le milieu déshydraté (poudre) conservé dans un flacon, nous
avons dissous 3,8 g de la poudre dans un litre d’eau distillée en mélangeant jusqu’à
obtention d’une suspension homogène. Nous avons chauffé lentement en agitant
fréquemment la suspension homogène obtenue, puis porté à ébullition jusqu'à dissolution
complète. Au moyen de l’autoclave nous avons stérilisé la suspension à 121° C pendant
15 minutes et l’avons réparti en boîtes de Petri.
II.8.4. Préparation de l’inoculum
Un inoculum a été préparé à partir d’une colonie bien isolée d’une culture jeune de 24h.
pour se faire, nous avons fait suspendre une colonie dans un tube contenant 0,5mL d’eau
distillée stérille.et calibré cette dernière à une turbidité à voisinant celle de l’étalon 0,5 de
la gamme Mc Farland, ce qui équivaut à une densité comprise entre 0,08 - 0,1 à 625 nm
au spectrophotomètre, ce qui correspond à une turbidité d’environ 1 à 2.108 UFC/ml.
II.8.5. Ensemencement

38
La méthode d’ensemencement du milieu, préconisée par CLSI (Clinical and Laboratory
Standard Institute) est la méthode par écouvillonnage ou méthode KIRBY-BAUER.
15 minutes après sa préparation, nous avons étalé l’inoculum uniformément à l’aide d’un
écouvillon stérile sur une boite de pétri contenant le milieu Mueller – Hinton
préalablement coulé.
II.8.6. Technique de dépôt des disques (la méthode des disques : boite de Pétri)
Elle consiste en une diffusion sur milieu solide. Sur une gélose qui aura été préalablement
ensemencée avec la bactérie à étudier, un support (disque de papier buvard) contenant les
antibiotiques (à différentes concentrations) à tester sera déposé par-dessus.
La méthode par diffusion en milieu gélosé ou « méthode des disques » : est réalisée à partir
d'une gélose de Mueller-Hinton sur laquelle nous avons déposés 6 disques de
fluoroquinolones chargés à 5-10µg (Sanofi Diagnostics Pasteur).
Après ensemencement, les boites ont été laissée à température ambiante pendant 10
minutes. Nous avons déposé les disques d’antibiotiques sur la gélose à l’aide d’une pince
stérile, et enfin avons incubé les boites à 37°C pendant 18 heures.
II.8.7. Lecture et Interprétation
Nous avons mesuré le diamètre des zones d’inhibition au double décimètre, et interprété
les résultats conformément aux recommandations du comité de l’antibiogramme de la
société française de microbiologie CA-SFM (2019).
II.9. Déterminisme génétique de la résistance aux Quinolones /Fluoroquinolones
II.9.1. Choix des gènes de résistance à étudier
Compte tenu de la diversité des gènes codant pour la résistance des staphylocoques aux
quinolones /Fluoroquinolones, nous avons mené une revue bibliographique afin de
sélectionner quelques gènes.
Les gènes sélectionnés pour l’étude sont : les gènes chromosomiques parC, grLA, gyrA,
et le gène norA.
II.9.2. Extraction d’ADN génomique
II.9.2.1. Principe (Confère. II.7.2.1.1.).
II.9.2.2. Procédure opératoire Standard
A partir d’un embout ou une pipette pasteur nous avons raclé et transféré dans un tube
Eppendorf contenant 500µl de PBS les colonies de la gélose (une bonne quantité).
Nous avons effectué le lavage des cellules par centrifugation à 10000rpm/5min et le
surnagent écarté, y avons ajouté 100 µl (20 mg/l) de lysozyme et 200 µl du tampon

39
 FARB(Bos) en homogénéisant vigoureusement le mélange (vortex (Bos). Après ajout de
50 µl du SDS à 10 % nous avons incubé le mélange 1h à 37°C pendant 45min.
Après l’incubation nous avons ajouté 200 µl du tampon de lyse et 400 µl du tampon GX,
le mélange obtenu Homogénéisé rapidement et le tout incubé pendant 25 min à 80°C dans
le bain marie suivi d’une deuxième incubation dans la glace ou à -20 C pendant 8 min. Les
étapes d’homogénéisation et d’incubation à 80 °C ont été répétées suivi de celle de -20°.
Nous avons centrifugé le mélange à 14000rpm/15 min, et le surnageant transféré dans un
nouveau tube (Eppendorf) et le culot jeté.
Enfin nous avons ajouté 600-700 µl d’alcool frais (95 -100) au surnageant puis incubé
dans la glace ou à -20°C (20 à 30 min). Le mélange Centrifugé (14000rpm/20min) et le
surnageant délicatement jeté. La solution alcoolique de 70 (éthanol 70%) nous a permis
d’effectuer le lavage de l’ADN suivi d’une centrifugation à 13000 rpm /10min. Le
surnageant jeté, le tube séché pendant 15 min à l’air libre. Nous avons élué L’ADN avec
60 µl du tampon TE et Conservé à -20° C. (Fanny Demay. http://fdanieau.free.fr › cours ›
bts › bcm ›).
II.9.3. Amplification par PCR des gènes codant pour la résistance aux Quinolones
/Fluoroquinolones
II.9.3.1. Désignation des amorces
Nous avons fait une revue bibliographique pour déterminer les amorces à utiliser, les
références y afférentes sont consignées dans le tableau V, et réalisé une étude in silico des
amorces en utilisant Blastn pour confirmer que ces amorces peuvent être utilisées chez les
Staphylocoques.
Tableau V : Les amorces utilisées pour la PCR
Gène
Amorces Séquences (5’ - 3’) Taille (pb) (Position) Références
s
Hiep N_Guyen
ParC-F +ACTTGAAGATGTTTTAGGTGAT 559 2402
parC Trong, (2005) ;
ParC-R -TTAGGAAATCTTGATGGCAA 559 2961
Schmitz et al 1998

Hiep N_Guyen
gyrA-F +AATGAACAAGGTATGACACC 223 2311
gyrA Trong, (2005) ;
gyrAR -TACGCGCTTCAGTATAACGC 223 2533
Schmitz et al 1998

TTCCGTAAAAGTGCGAAAACAG
176 178 to 199 TONG WANG et al
grLA grLA CGCATTGCCGCTGGCGGATCCTT
176 323 to353 (1997)
ATCGATAC
TTTGTTTTCAGTGTCAGAATTTA
NorA-F Mohammed et al.
TGTTTG 140
norA (2015), Patel et al
GGCTTGGTGAAATATCAGCTATT 140
Nor A-R (2010)
AAAC

40
II.9.3.2. Dilution des amorces et Préparation du Mix
Les amorces étant lyophilisées, nous avons ajouté un volume d’eau stérile selon les
recommandations du fabricant afin d’obtenir les amorces concentrées à 100 µM.
Le mélange réactionnel d'amplification par PCR (25μl) contenait 4 μl de matrice d'ADN
et 21µl du mix. Pour tous les types de gènes, le mix a été constitué de 4 µl d’eau de PCR,
1 µ d’amorce F, 1 µl d’amorce R, et de 15 µl de max mix.
Nous avons multiplié chaque constituant de ce mix par le nombre d’échantillons étudiés,
et distribué 21μl de ce mélange (mix) dans chaque tube Eppendorf PCR stériles contenant
▪ 4 μ l d’eau distillé stérile pour le témoin négatif ;
▪ 4 μl de DNA de notre échantillon à analyser ;

II.9.3.3. Réaction PCR

Les conditions et durée des PCR selon les gènes sont représentées dans le tableau ci-
dessous.
Tableau VI : Protocole des PCR suivant le type de gène

Elongation Nombre
Gènes Pré-dénaturation Dénaturation Hybridation Elongation
Finale de cycles

parC 94°C, 10min 94°C, 20s 55°C, 20s 72°C, 20s 72°C ,50s 25

gyrA 94°C, 10min 94°C, 20s 55°C, 20s 72°C, 20s 72°C ,50s 25

norA 94° C ,2min 95°C , 15 sec 55°C , 20 sec 72°C ,20 sec 72°C ,10 min 25

grLA 94°C, 30 s 52C, 30 s 70°C ,1 min 30

Les extraits de DNA ont été amplifiés par PCR en utilisant des amorces spécifiques aux
différents gènes (parC, grLA, gyrA, et le gène norA) (Tableau V). La réaction PCR a été
utilisée dans un volume total de 25µl, et réalisée dans un thermocycleur (Thermocycleur
T100Thermal Cycler) selon les conditions résumées dans le tableau VI.
II.9.4. Electrophorèse des produits PCR
L’électrophorèse sur différents gels d'agarose en fonction de la taille du gène à visualiser
(0,5%, 1%, 1,5%, 2% et 2,5%) à 100 volts pendant 40 minutes avec du tampon TBE nous
ont permis de mettre en évidence les produits de PCR. Nous avons coloré les gels avec une
solution à 1 µg/ml de bromure d'éthidium, et visualisé les gels sous une lampe UV, par
fluorescence.

41
II.9.5. Séquençage et assemblage de produits PCR
Onze fragments PCR des gènes gyrA, grLA et norA des souches cliniques et
communautaires différentes, résistantes aux quinolones /Fluoroquinolones ont été purifiés
en utilisant la plaque PCR NucleoFast 96 (Macherey-Nagel EURL, France) et séquencés
en utilisant la chimie du terminateur BigDye sur un séquenceur ABI3730 (Applied
Biosystems, Foster City, Californie, États-Unis). Les séquences obtenues ont été
assemblées au moyen de l’assembleur de séquence ADN Baser.
Les fragments PCR des gènes des souches ont été constitués de souches SCN (S4S9, S51et
S2l) pour le gène gyrA (223 pb), des Souches S. aureus (S100, S18, S95, S35, S53 pour
le gène grLA (176 Pb) et des souches S. aureus (S55, S3, S79) pour le gène norA (140
Pb).
II.10. Analyse des résultats
II.10.1. Analyse statistique
Les données de la prévalence et de la résistance des staphylocoques isolées, ont été
analysées via le logiciel SPSS.22. Le test de Chi carré (X²) a été utilisé pour comparer les
fréquences de prévalence d’isolement des souches et leur résistance aux divers
antibiotiques testés. La différence entre les fréquences était considérée comme
significative lorsque la valeur de la p-value (p) était inférieure à 0,05. Microsoft Excel a
été utilisé pour l’élaboration des graphiques.
II.10.2. Analyse in silico des séquences
II.10.2.1. Analyse in silico des séquences du gène de l’ARNr16S
L'assembleur de séquences ADN Baser a été utilisé pour l’assemblage des séquences,
l’outil BLASTN (Figure 19) a été utilisé pour identifier à partir des séquences assemblées
les espèces de Staphylocoques (Ngo-Itsouhou et al.,2019) (Higamp,2008). BLASTN est
un algorithme de la famille des BLAST développé par Altschul et al., 1990 pour rechercher
les segments similaires entre une séquence nucléotide requête (ou séquence "query") et
l'ensemble des séquences présentes dans la banque nucléique.
Les séquences sont classées en fonction d'un "score" qui dépend de l'homologie avec la
séquence requête, de la taille de la banque et de la valeur du "E-Value". Plus celui-ci est
petit, plus l'homologie entre la séquence requête et celle de la banque est grande. Les
séquences nucléiques sont soumises en format FASTA. L’alignement des séquences et de
leur homologue dans la banque nucléique été fait sur CLUSTALW, des analyses
phylogénétiques et évolutives moléculaires ont été réalisées à l'aide de MEGA version 7
(Kumar et al., 2016).

42
 Figure 19 : Outil de BLAST de séquences.
II.10.2.2. Analyse in silico des séquences des gènes codant pour la résistance aux
Quinolones /Fluoroquinolones
L’analyse des séquences a été effectuée à l'aide de l'outil de recherche d'alignement local
de base (BLAST) disponible sur le site de la base de données nationale, centre
d'information sur la biotechnologie (http://www.ncbi.nlm.nih.gov). Les séquences des
gènes étant codantes, nous avons utilisé SMS-ORF Finder (NCBI) (Figure 20) pour
traduire la séquence nucléique en séquence protéique en utilisant le cadre de lecture 1,2 et
3 sur le brin direct et inverse. Nous avons choisi les protéines les plus longues pour faire
la suite des analyses, c’est-à-dire celles formées par le plus grand nombre d’acides aminés
(Confère annexes).
Pour l’alignement des séquences protéiques ainsi que des séquences nucléiques ainsi que
la réalisation des analyses phylogénétiques et évolutives moléculaires nous avons utilisé
respectivement les outils CLUSTAL W et MEGA version 7 (Kumar et al., 2016).

Figure 20 : Outil de traduction de séquences.

Pour déterminer les structures 3D des protéines, nous nous sommes concentrés sur les
méthodes comparatives de modélisation des protéines, également appelées « modélisation
par homologie » au moyen du serveur SWISS-MODEL
(http://swissmodel.expasy.org/).Par cette technique, la structure d'une protéine inconnue
est interpolée à partir de structures de protéines apparentées connues. (Figure21).

43
Figure 21 : Outil de modélisation des séquences.

44
CHAPITRE III : RESULTATS
III.1. Isolement des souches en fonction des liquides biologiques
Cent deux (102) souches de Staphylococcus ont été isolées à partir deux cent soixante-
deux (262) échantillons de liquides biologiques (urine, sang, prélèvement vaginal, liquide
pleural et du pus) et analysées durant cette étude.
III.1.1. Répartition des souches de staphylocoques en fonction des liquides
biologiques
La figure 22 montre la répartition des souches de staphylocoques isolées en fonction des
liquides biologiques. Les souches ont été isolées dans tous les liquides biologiques utilisés.
26 souches soit 25,5 % souches ont été isolées du sang, 38 (37,25% du pus, 28 (27,45%)
d’urine, 8 (7,84%) du prélèvement vaginal et 2 (1,96%) du liquide pleural. Les souches
ont été plus isolées du pus suivi d’urine et du sang, et moins isolées du prélèvement vaginal
et du liquide pleural.

Figure 22 : Répartition des souches de staphylocoques isolées en fonction des liquides

biologiques.
*P-value =1. ˃0,005

III.1.2. Répartition des souches de staphylocoques selon la provenance

La figure 23 montre répartition des souches de staphylocoques cliniques et
communautaires. 70 soit 68,62% de souches ont été isolées en milieu hospitalier et 32
(31,37%) en milieu communautaire. Les souches ont été isolées en milieu clinique et
communautaire avec une prédominance des souches cliniques.

45
 Souches
communautair
es 31,37%

Souches
cliniques
68,62%

Souches cliniques Souches communautaires

Figure 23 : Répartition des souches de staphylocoques cliniques et communautaires.

*P-value = 0.020 ˃ 0,005
III.1.3. Répartition des souches de staphylocoques selon le sexe
L’analyse de l’ensemble des souches isolées en fonction du sexe des patients prélevés en
milieu hospitalier ainsi que communautaire, a montré dans les deux cas une prédominance
des souches isolées du sexe féminin, avec 20 soit 62,5 %) de souches en milieu
communautaire et 54 (77,14 %) en milieu hospitalier. (Figure 24).

90
77,14
Pourcentage d'isolement des

80
70 62,5
60
souches (% I)

50
37,5
40
30 22,86
20
10
0
Souches cliniques Souches communautaires
M F
Figure 24.: Répartition des souches staphylocoques cliniques et communautaires
en fonction du sexe.
*P-value =0.015 ˃0,005
III.1.4. Répartition des souches de staphylocoques selon l’âge
L’analyse de l’ensemble des souches isolées en fonction de l’âge des patients prélevés en
milieu hospitalier ainsi que communautaire, a montré dans les deux cas une prédominance
d’isolement des souches chez la tranche d’âge de 16- plus, avec 60 (85,71) souches en

46
milieu hospitalier et 25 (78,12%) en milieu hospitalier. La figure 25 représente la
répartition des souches cliniques et communautaires isolées en fonction de l’âge.

Pourcentage d'isolement des souches

90
80
70
60
50
(%)

40
30
20
10
0
Souches cliniques Souches communautaires
Titre de l'axe cliniques et communautaires par
Figure 25 : Répartition des souches de Staphylocoques
tranche d’âge.
0-15 16-Plus
*P-value =0.010 ˃ 0,005
III.1.5. Répartition des souches de staphylocoques selon les services hospitaliers
La figure 26 montre la répartition des souches clinques selon les services. Les souches ont
été isolées dans tous les services. La majorité des souches isolées proviennent du service
de pédiatrie avec 21 soit (30%) souches, suivi du service de néonatologie avec 15 (21,42%)
souches et de chirurgie générale avec 12(17,14%). 10 (14,28%), 9 (12,85%), 3 (4,28%)
souches ont été respectivement isolées dans le service des maladies infectieuses, au service
des urgences et au bloc d’accouchement.

35
30
Pourcentage d'isolement des souches

30

25
21,42
20 17,14
14,28
(% I)

15 12,85

10
4,28
5

0 : Répartition des souches de staphylocoques selon les services hospitaliers.

Figure 26
*P-value =0.010 ˃ 0,005 Services hospitaliers

III.2. Identification des souches de Staphylocoques

III.2.1. Identification phénotypique

47
Toutes les souches isolées ont été des bactéries Gram positif, catalase positive et des Cocci
en amas immobiles, les espèces S. aureus et SCN ont été identifiées.
III.2.1.1. Répartition des souches de S. aureus et SCN isolées
La figure 27 montre la répartition des espèces S. aureus et SCN isolées. 63 soit 61,76% de
souches S. aureus et 39 souches SCN (38,23%) ont été isolées. L’espèce S. aureus a été la
plus isolées au cours de l’étude.

38,23%

61,76%

S.aureus SCN

Figure 27 : Répartition des souches de S. aureus et SCN isolées.

*P-value = 0.003 < 0,005
III.2.1.2. Répartition des souches S. aureus et SCN en fonction de la provenance
La Figure 28 montre la répartition des S. aureus et SCN cliniques et communautaires. 55
soit 87,30% S. aureus ont été isolées en milieu hospitalier et 8 (12,69%) en milieu
communautaire, tandis que 15 (38,46%) SCN ont été isolées en milieu clinique et 24
(61,53%) en milieu communautaire. Les deux espèces ont été isolées en milieu
communautaire et clinique, avec une prédominance de l’espèce S. aureus en milieu
clinique et SCN en milieu communautaire.
Pourcentage d'isolementdes

100 87,3
80
61,53
souches (%I)

60
38,46
40

20 12,69

0
Souches cliniques Souches
communautaires

S. aureus SCN

Figure 28 : Répartition des souches de S. aureus et SCN cliniques et communautaires

isolées.

48
 *P-value = 0.01 ˃0,005
III.2.1.3. Répartition des souches de S. aureus et SCN en fonction des liquides
biologiques
La figure 29 montre la répartition des souches S. aureus et SCN en fonction des liquides
biologiques. 20 (51,28%) SCN ont été isolées du pus, 10 (25,64%) du sang et 9 (23%) des
urines. 19 (30,15%) souches de S. aureus ont été isolées des urines, 18 (28,57%) du pus,
16 (25,39% du sang, 8 (12,69%) du prélèvement vaginal et 2 (3,17%) S. aureus du liquide
pleural. L’espace S. aureus a été isolée dans tous les liquides biologiques et les souches
SCN dans les urines, le pus et le sang.

60
Poucentage des souches isolées

51,28
50

40
30,15
(% I)

28,57
30 25 25,64 25,39

20
12,69
10
3,17
0 0
0
SCN S. aureus
Urine Sang Pus Prélèvement vaginal Liquide pleural

Figure 29 : Répartition des souches de S. aureus et SCN en fonction des liquides

biologiques.
*P-value= 0,001 < 0,005
III.2.1.4. Répartition des souches de S. aureus selon les services hospitaliers
L’espèce S. aureus a été isolée dans tous les services, les services les plus colonisés par S.
aureus sont les services de néonatologie, pédiatrie et chirurgie générale avec 17 soit 30,
90 %, 14(25,45 %) et 10 (18,18%) de souches isolées. 8 (14,54%), 4 (7,27%) et 2 (3,63%)
souches ont été respectivement isolées dans services de maladies infectieuses, Bloc
d’accouchement et au service des urgences (Figure 30).

49
 40
30,9

souches isolées (% I)
Pourcentage des
30 25,45
18,18
20 14,54

10 7,27
3,63

Figure 30 : Répartition des souches de S. aureus en fonction des services hospitaliers.

*P-value 0,020 ˃ 0,005
III.2.1.5. Répartition des souches de SCN selon les services hospitaliers
La Figure 31 montre la répartition des SCN en fonction des services. Les services les plus
colonisés par les souches SCN sont les services de néonatologie et de pédiatrie avec
respectivement 9 soit 60% et 6 (40%) des souches isolées.
70
60
Pourcentage d'isolement

60
des souches (%)

50
40
40
30
20
10
0
Néonatologie Pédiatrie
Service hospitaliers

Figure 31 : Répartition des souches de SCN en fonction des services hospitaliers.

*P-value = 0.012 ˃0,005
III.2.2. Identification moléculaire par l’analyse du gène codant l’ARNr 16S
Dix souches de Staphylocoques cliniques dont 6 S. aureus et 4 à SCN identifiées par les
méthodes de bactériologie classique ont fait l’objet d’une analyse moléculaire pour
confirmation sur l’analyse du gène codant pour ARNr16S.
Les extraits de DNA de chaque souche ont été amplifiés par PCR en utilisant des amorces
spécifiques au gène ARNr16S.
III.2.2.1. Electrophorèse sur gel d’Agarose à 10% des fragments PCR du gène de
l’ARNr16S
La figure 32 montre le profil électrophorétique sur gel d’agarose à 1% des dix souches.
Les fragments de DNA (gène codant pour l’ARN16S) (bandes) obtenus ont une taille
d'environ 1500 Pb, taille caractéristique du gène de l’ARN16S conservé chez toutes les
bactéries (groupe des procaryotes).

50
Figure 32 : Electrophorèse sur gel d'agarose à 1% des produits d’amplification par PCR
du gène de l'ARNr16S des dix souches de Staphylocoques. S. aureus (S2, S18, S9, S23,
S48, S60) ; SCN (S51, S24, S33, S85) ; M : Marqueur moléculaire, C- : Contrôle négatif.
III.2.2.2. Analyse par BLASTN des Séquences
Les fragments PCR ont été séquencés, et assemblés. Le tableau VII représente le résultat
de l’analyse par Blastn des séquences du gène codant pour l’ARN16S des dix souches
A1(S60), A2 (S18), A3 (S9), A4 (S2), A5 (S23), A6(S48), A7 (24), A8 (51), A9 (S33),
A10(S85) et de leurs homologues dans GenBank. L’analyse de ce tableau montre de
faibles % de similarité et des E value de 0.0 pour toutes les séquences. En fonction du
pourcentage de similarité une diversité d’espèces des souches ont été identifiées. 94,47%
avec A1 Staphylococcus. sp (OM281812.1), A2 94,48% S. aureus (MW308320.1), A3
94,04% S. aureus (MW308321.1), A4 91,19 % S. aureus (OP067888.1), A5 91,23% S.
aureus (MK809243.1), A6 92,03% S. aureus (MK809241.1), A7 93,38% Staphylococcus
haemolyticus (KY218856.1), A8 92,39% Staphylococcus haemolyticus (MK934564.1),
A9 93,50% Clone de bactérie non cultivé nbw618g09c1(GQ110719.1), et A10 94,48% S.
aureus (AF815929.1.). L’E valu ainsi que les pourcentages de similarité ont permis
d’inférer l’appartenance des souches aux espèces S. aureus, Staphylococcus haemolyticus
et à un clone de bactérie.

51
Tableau VII : Résultats de l’identification des souches par Blastn en fonction du
pourcentage de similarité.

52
 Tableau VIII : Séquences des isolats identifiés par l’analyse du gène de l’ARNr 16S
par Blastn

III.2.2.3. Alignement multiple des séquences

La Figure 33 représente une partie de l’alignement multiple des séquences du gène de
l’ARN16S correspondant à toutes les souches de Staphylocoques identifiées et les
homologues dans la base de données notamment en utilisant l’algorithme CLUSTAL W.
Ces résultats mettent en évidence les régions très conservées au niveau de toutes les
séquences des souches en raison du motif T-T-T-T-T-T présent au niveau des séquences
de toutes les souches et absent au niveau de la séquence de la souche (clone non identifié
A9), ainsi que des indels.

53
 Figure 33 : Partie de l’alignement multiple des séquences du gène codant l’ARNr 16S
des souches identifiées et les homologues dans la base des données.
III.2.2.4. Interférence phylogénétique des souches de Staphylocoques
L'histoire évolutive a été déduite à l'aide de la méthode UPGMA (Sneath et al.,1973).
L'arbre optimal avec la somme de la longueur des branches = 0,05737535 est affiché.
L'arbre est dessiné à l'échelle, avec des longueurs de branches (à côté des branches) dans
les mêmes unités que celles des distances évolutives utilisées pour déduire l'arbre
phylogénétique. Les distances évolutives ont été calculées à l'aide de la méthode du
maximum de vraisemblance composite (Tamura et al., 2004) et sont exprimées en nombre
de substitutions de base par site. L'analyse a porté sur 15 séquences nucléotidiques. Les
positions de codon incluses étaient 1st+2nd+3rd+Noncoding. Toutes les positions
contenant des lacunes et des données manquantes ont été éliminées. Il y avait un total de

54
1173 positions dans l'ensemble de données final. Des analyses évolutives ont été menées
dans MEGA7 (Kumar et al., 2016).
La figure 34 montre l'arbre phylogénétique des dix souches identifiées et les homologues
(5) dans la base de données. Cet arbre montre que les souches (losanges en vert) et les
homologues ont un ancêtre commun., les souches sont proches et appartiennent au même
genre (Staphylococcus).

Figure 34 : Relation de parenté des souches identifiées.

III.3. Sensibilité des souches de Staphylocoques aux antibiotiques

Six (6) antibiotiques de la famille des quinolones ont servi pour le test de sensibilité des
antibiotiques des souches isolées : La ciprofloxacine (CIP), la levofloxacine (LEV), la
norfoflloxacine (NOR), l’ofloxifloxacine (OFX), la moxifloxacine (MXF) et L’acide
nalidixique (AN). Les souches ont montré différents niveaux de résistance et de sensibilité
vis-à-vis des antibiotiques testés (Figure 35). Les figures 35 a et 35 d montrent que les
souche S8, S40 ont été sensibles à la Ciprofloxacine, l’Ofloxacine, la Levofloxacine,
l’Ofloxacine, la Moxifloxacine et résistantes à l’Acide Nalidixique. Les figures 35 b et 35
c montrent que les souches S4 et S24 ont été sensibles à la Moxifloxacine et résistantes à
l’Ofloxacine, la Levofloxacine, la Norfloxacine, l’Acide Nalidixique. La figure 35 e
montre que la souche a été sensible à la Moxifloxacine et résistante à la Ciprofloxacine, à
l’Ofloxacine, la Levofloxacine, la Norfloxacine et l’Acide Nalidixique.

55
 Figure 35 : Profil de sensibilité des souches de Staphylocoques sur milieu Mueller Hinton.
S : Souche, NOR : Norfloxacine, CIP : Ciprofloxacine, MXF : Moxifloxacine, LEV : Levofloxacine,
OFX : Ofloxacine, AN : Acide Nalidixique.

56
 III.3.1. Résistance des souches staphylocoques cliniques et communautaires
Le tableau IX présente la distribution des souches de staphylocoques en fonction de
l’origine et de la sensibilité aux antibiotiques. Soixante- dix (70) souches cliniques et
trente- deux souches (32) communautaires ont été testées aux différents antibiotiques.
97,14% de souches cliniques ont été résistantes à l’AN, 70% à la CIP et la NOR ,58,57%
à la LEV,77,14% à l’OFL et 45,71% à la MXF. 59,37% de souches communautaires ont
été résistantes à la CIP ,46,87% à la NOR, 56,25% à la LEV, 75% à l’OFL, 93,75 % à
l’AN et 31,25% à la MXF. Les souches staphylocoques cliniques et communautaires ont
présenté une résistance à tous antibiotiques, La résistance varie en fonction de la molécule
utilisée. Un taux de résistance élevé des souches vis-à-vis de l’AN a été observée, la MXF
a été la molécule plus active sur les bactéries dans les deux milieux. L’analyse statistique
révèle que le test a été significatif pour les antibiotiques avec une P value ˂0,05.
Tableau IX : Distribution des souches de staphylocoques en fonction de l’origine
et de la sensibilité aux antibiotiques.
Souches communautaires
Souches cliniques (N=70)
(N=32)
ATBs R S R S
testés n (%) n (%) n(%) n(%)
CIP 49(70) 21(30) 19(59,37) 13(40,62)

NOR 49(70) 21(30) 17(53,12) 15(46,87)

LEV 41(58,57) 29(41,42) 18(56,25) 14(43,75)
54 16
OFL 24(75) 8(25)
(77,14) (22,85)
MXF 32(45,71) 38(54,28) 10(31,25) 22(68,75)
68
AN 2 (2,85) 30(93,75) 2 (6,25)
(97,14)
N : effectifs ; R= résistant ; S= sensible.
* P-value < 0,005, ddl=5

III.3.2. Résistance des souches S. aureus cliniques et communautaires

Le Tableau X présente la distribution des souches S. aureus cliniques et communautaires
en fonction de l'origine et de la sensibilité aux antibiotiques. Cinquante- cinq (55) souches
S. aureus cliniques et huit (8) communautaires ont été testées. 87,5% des souches
communautaires ont été résistantes à l’A N, 12,50% à la MXF, 62,5% à la CIP, la LEV, la
NOR, et l’OF. 78,18% de souches S. aureus cliniques ont été résistantes à l’OFL, 70,90%
à la NOR et à la CIP, 63,63% à la Levofloxacine,45,45% à la MXF ont été observés et le
taux le plus élevé 94,54% avec l’Acide Nalidixique. Les souches S. aureus cliniques et
communautaires ont présenté une résistance aux molécules utilisées. Les souches isolées
en milieu clinique ont été plus résistantes aux antibiotiques que celles isolées en milieu

57
 communautaire et la résistance a été fonction de la molécule utilisée. Un taux de résistance
élevé des souches vis-à-vis de l’AN a été observée et la MXF a été la molécule plus active
sur les souches S. aureus. L’analyse statistique révèle que le test a été significatif avec une
*P value ˂0,05.
Tableau X : Distribution des souches S. aureus cliniques et communautaires en fonction
de l'origine et de la sensibilité aux antibiotiques.
S. aureus clinique(N=55) S. aureus communautaire (N=8)
ATBs R S R S
testés n(%) n(%) n (%) n (%)
39
CIP 16(29) 5(62,5) 3(37,5)
(70 ,90)
NOR 39(70,90) 16(29) 5(62,5) 3(37,5)

LEV 35(63,63) 20(36,36) 5(62,5) 3(37,5)

OFL 43(78,18) 12(21,18) 5(62,5) 3(37,5)
MOX 25(45,45) 30(54,54) 1(12,5) 7(87,5)
AN 52(94,54) 3(5,45) 7(87,5) 1(12,5)

N : effectifs ; R= résistant ; S= sensible P-value < 0,005, ddl=5

III.3.3. Résistance des souches SCN cliniques et communautaires
Le tableau XI présente la distribution des souches de SCN cliniques et communautaires en
fonction de l’origine et de la sensibilité aux antibiotiques. Quinze (15) souches SCN cliniques et
vingt et quatre (24) communautaires ont été testées aux 6 ATBs. Chez les souches SCN cliniques
des taux de résistance de 93,33% ,46,66%, 60%, 66,66% ont été respectivement observés à l’AN,
la CIP, la NOR, OFL ; 80% à la Lev et la MOX. Chez les SCN communautaires la MOX, CIP,
NOR ont été des molécules actives avec respectivement des taux de (33,33% ,83,33%,91,66%).
Par ailleurs, des taux de résistance de 75% ont été observés à la LEV, 83,33% à l’OFL.
Les souches SCN cliniques et communautaires ont présenté une résistance aux molécules
utilisées. Les souches isolées en milieu clinique ont été moins résistantes aux antibiotiques que
celles isolées en milieu communautaire et la résistance a été fonction de la molécule utilisée. Un
taux de résistance élevé des souches vis-à-vis de l’AN a été observée dans les deux cas, et la MXF
a été la molécule plus active qu’en milieu communautaire. L’analyse statistique révèle que le test
a été significatif pour les antibiotiques avec P value ˂0,05.

58
Tableau XI : Distribution des souches de SCN cliniques et communautaires en fonction
de l’origine et de la sensibilité aux antibiotiques.
SCN clinique (N=15) SCN communautaire (N =24)
ATBs R S R S
testés n (%) n(%) n (%) n(%)
CIP 7(46,66) 8(53,33) 20(83,33) 4(16,66)
NOR 9(60) 6(40) 22(91,66) 2(8,33)

LEV 12(80) 3(20) 18(75) 6(25)

10
OFL 5(33,33) 20(83,33) 4(16,66)
(66,66)
MOX 12(80) 3(20) 8(33,33) 16(66,66)

AN 14(93,33) 1(7,14) 23(95,83) 1(4,16)

N : effectifs ; R= résistant ; S= sensible,
*P-value < 0,005, ddl=5

59
 Le tableau XII présente la synthèse des profils de sensibilité des souches de Staphylococcus spp aux antibiotiques en fonction de l’origine
Tableau XII : Profils de sensibilité des souches de Staphylococcus spp aux antibiotiques en fonction de l’origine

AN CIP OFL NOR LEV MXF

R S R S R S R S R S R S
N
n(%) n(%) n(%) n(%) n(%) n(%) n(%) n(%) n(%) n(%) n(%) n(%)
Souches 68 2 49 21 54 16 49 21 41 29 32 38
70
cliniques (97,14) (2,85) (70,00) (30,00) (77,14) (22,85) (70,00) (30,00) (58,57) (41,42) (45,71) (54,28)
52 3 39 16 43 12 39 16 35 20 25 30
S. aureus 55
(94,54) (5,45) (70,90) (29,00) (78,18) (21,18) (70,90) (29,00) (63,63) (36,37) (45,45) (54,55)
14 1 7 8 10 5 9 6 12 3 12 3
SCN 15
(93,33) (6,67) (46,67) (53,33) (66,67) (33,33) (60,00) (40,00) (80,00) (20,00) (80,00) (20,00)
Souches
30 2 19 13 24 8 17 15 18 14 10 22
communautai 32
(93,75) (6,25) (59,37) (40,62) (75,00) (25,00) (53,12 (46,87) (56,25) (43,75) (31,25) (68,75)
res
7 1 5 3 5 3 5 3 5 3 1 7
S. aureus 8
(87,50) (12,50) (62,50) (37,50) (62,50) (37,50) (62,50) (37,50) (62,50) (37,50) (12,50) (87,50)
23 1 20 4 20 4 22 2 18 6 8 16
SCN 24
(95,83) (4,16) (83,33) (16,67) (83,33) (16,67) (91,67) (8,33) (75,00) (25,00) (33,33) (66,67)
R : résistant ; S : sensible ; N : effectifs

60
III.4. Identification des gènes de résistance aux antibiotiques
Trente (30) souches S. aureus et quatre (4) souches SCN résistantes aux Q/F (la CIP,
NOR, LEV, MXF, OFL et AN), isolées en milieu clinique communautaire ont été
utilisées pour l’identification des gènes de résistance (Tableau XIII).
Tableau XIII : Répartitions des souches résistantes utilisées pour l’identification des
gènes de résistance aux ATBs en fonction de l’origine
N Souches résistantes aux ATBs
Souches
23
cliniques
S16 ; S29 ; S3 ; S10 ; S5 ; S34 ; S9 ; S55 ; S15 ; S90 ;
S. aureus 21 S77 ; S9 ; S89 ; S89 ; S8, ; S95 ; S101 ; S97 ; S93, S91 ;
S96
SCN 2 S49 ; S51
Souches
communaut 11
aires
S. aureus 9 S18 ; S29 ; S35, ; S39 ; S54 ; S60 ; S61 ; S79
SCN 2 S24 ; S53

III.4.1. Electrophorèse sur Gel d’Agarose à 0,5% de l’ADN génomique des souches
de Staphylocoques
Trente-quatre (34) fragments de DNA ont été extraits des 34 souches résistantes aux
antibiotiques utilisés. Les figures 36 et 37 montrent les profils électrophorétiques sur gel
d’agarose à 0,5% des fragments de DNAs génomiques des souches de staphylocoques.

Figure 36 : Electrophorèse sur gel d’agarose à 0,5 % des extraits de DNA génomique
des souches de Staphylocoques (S95, S24, S91, S49, S55, S51, S15, S35, S60, S77,
S21).
M= marqueur labder DNA.

61
Figure 37 : Electrophorèse sur gel d’agarose à 0,5 % des extraits de DNA génomique des souches de
Staphylocoques (S3, S18, S79, S100, S34, S90, S95, S85, S11, S91,S92 , S53,S96).
M= marqueur labder DNA (100).
III.4.2. Electrophorèse des résultats de la PCR
III.4.2.1. Le gène norA
La figure 38 montre le profil électrophorétique sur gel d’agarose à 2,5% % d’amplicon
PCR du gène norA de 6 souches de S. aureus. Les souches présentent les bandes de taille
140 Pb.

Figure 38 : Electrophorèse sur gel d’agarose à 2,5% % d’amplicon PCR du gène norA
obtenu avec l’ADN des souches staphylocoques. M= marqueur labder DNA (100) ; T=
témoin négatif. ; S79, SS9, S11, S3, S15 et S55 = fragments de souches de S. aureus.
III.4.2.2. Le gène grLA
La figure 39 montre le profil électrophorétique sur gel d’agarose à 2 % d’amplicon PCR
du gène grLA de 8 souches de S. aureus et d’1 souche SCN. Les souches présentent les
bandes de taille 176 Pb.

62
Figure 39 : Electrophorèse sur gel d’agarose à 2% % d’amplicon PCR du gène grLA
obtenu avec l’ADN des souches de staphylocoques .M= marqueur labder DNA (100) ; T=
témoin négatif ; S100, S54, S53, S49, S18, S39, S95, et S35= fragments de souches de S.
aureus. S51= fragments de souche SCN.

III.4.2.3. Le gène gyrA

La figure 40 montre le profil électrophorétique sur gel d’agarose à 2 % d’amplicon PCR
du gène grLA de 9 souches de S. aureus et de 3 souches SCN. Les souches présentent les
bandes de taille 223 Pb.

S100 S54 S53 S51 S35 S49 S18 S39 S95 M

Figure 40 : Electrophorèse sur gel d’agarose à 2% d’amplicon PCR du gène gyrA

obtenu avec l’ADN de souches de staphylocoques. M= marqueur labder DNA (100).
S60, S9, S18, S90, S84, S21, S77 et S61= fragments de souches de S. aureus. S24, S49
et S51 = fragments de souche SCN.

63
III.4.3. Synthèse des résultats de la PCR
L’analyse des fragments de DNA obtenus par électrophorèse sur gel d’agarose d’amplicon
PCR des différents gènes obtenu ont montré que les gènes gyrA, grLA et norA ont été
détectés sauf le gène parC. Le gène norA a été détecté uniquement chez les souches S.
aureus (Tableau XIV).
Tableau XIV : Répartition des gènes de résistance détectés selon l’espèce.

Souches Gènes

gyrA grLA norA Par C

S. aureus oui oui oui non

SNC oui oui non non

L’analyse des fragments de DNA obtenus par électrophorèse sur gel d’agarose d’amplicon
PCR des gènes norA, gyrA et grLA a permis la détection un (1) des gènes (mono-
détection) et deux ou trois gènes (poly-détection) dans les souches résistantes aux
antibiotiques. Le Tableau XV présente la répartition des gènes impliqués dans la résistance
des souches. Le gène norA a été détecté dans les S16, S55, grLA dans les souches S19,
S34, S61, S92, S97 et S100, soit un taux de détection du gène dans les souches de 23,52
%. (N=8 souches). La mono-détection du gène gyrA dans les souches n’a été observée.
Des poly-détections gyrA- grLA ont été observées dans les souches S18 ; S35 ; S39 ; S49
; S51 ; S53 ; S54 ; S60 ; S77 ; S84 ; S89 ; S90 ; gyrA-norA dans les souches les S24 ; S85
et gyrA -grLA-norA dans les souches S3 ; S9 ; S11 ; S15 ; S79 ; S95, soit un taux de
détection des gènes dans les souches de 58,82 % (N= 20 souches). Aucun gène n’a été
détecté dans les souches S3 ; S9 ; S11 ; S15 ; S79 et S95. Les taux de détection de 70,57
%, 58,81% ,29,40 % ont été respectivement observés pour les gènes grLA, gyrA et norA
dans les souches.

64
 Tableau XV : Répartition des gènes impliqués dans la résistance des souches.

Pourcentage
Gènes Souches N=34
(%)
S5 ; S29 ; S91 ; S93 ;
6 17,64
S96 ; S101
Mono-
- 8 23,52
détection
gyrA - 0 0,00
S19 ; S34 ; S61 ; S92 ;
grLA 6 17,64
S97 ; S100

norA S16 ; S55 2 5,88

Poly-
- 20 58,82
détection
S18; S35; S39; S49; S51;
gyrA- grLA S53; S54; S60; S77; S84; 12 35,29
S89; S90
gyrA-norA S24 ; S85 2 5,88
grLA-norA - 0 0,00
gyrA-grLA- S3 ; S9 ; S11 ; S15 ;
6 17,64
norA S79 ; S95
N : effectif.

III.4.4. Analyse bio-informatique des gènes amplifiés

L’analyse des séquences nucléiques des gènes norA, gyrA et grLA des souches à l'aide de
l'outil Blastn qui a permis l’identification des espèces Staphylococcus aureus,
Staphylococcus haemolyticus et Staphylococcus épidermidis (Confère annexes 4). Ces
séquences ont été traduites en séquences protéiques par SMS-ORF Finder (Confère annexe
5). Les séquences nucléiques des gènes et les séquences protéiques correspondantes ont
été utilisées dans la suite des analyses.

III.4.4.1. Le gène norA

III.4.4.1.1. Alignement multiple des séquences nucléotides des gènes norA des
souches et de la séquence de référence téléchargée dans GenBank.
La Figure 41., représente un extrait de l’alignement multiple des séquences nucléotides
des gènes norA isolés des souches S. aureus S79, S3 cliniques et S55 communautaire et la
séquence de référence NC_016941.1 en utilisant l’algorithme CLUSTALW. L’analyse de
ces résultats met en évidence des régions conservées, tel en position 270-274, région
fortement conservée au niveau de toutes les souches en raison du motif T-T-T-T-T. Des
mutations ponctuelles (substitutions) aux niveaux des séquences nucléotides des souches
(S79, S3, S55). Des remplacements de :

65
T-> A (243,324), T ->C (267) ;
C -> T (318,333,342,258), C -> A (258) ;
A -> T (261), A -> C264,348), A -> G (276,277,282,291,295,297,335,336).

Figure 41 : Alignement multiple des séquences nucléiques des gènes norA des souches
S55, S3, et S79.
III.4.4.1.2. Alignement multiple des séquences protéiques des gènes norA des
souches et la séquence protéique de référence téléchargée dans GenBank.
La figure 42 représente l’extrait de l’alignement multiple des séquences protéiques des
gènes norA isolés des souches S. aureus S79, S3 cliniques et S55 communautaires et de la
séquence protéique du gène norA de référence téléchargée dans GenBank sur le numéro
WP_001041324.1 sur CLUSTALW. L’analyse de ces résultats met en évidence des
régions conservées entre les séquences protéiques tel en des position 81-92 ; 94-98 et 100-
117. Des mutations ponctuelles plus précisément des substitutions d’un acide aminé par
un autre ont été observées. Ces mutations ont été communes à toutes les souches. Une
mutation non conservative Al (80) Val (Al remplacé par la Val en position 80), et des
mutations semi-conservatives, Ile (93 et 99) Val. Les mutations n’affectent pas les
domaines N-terminale, C-terminale.

Figure 42 : Alignement multiple des séquences protéiques du gène norA des souches
S55, S3, et S79.

66
III.4.4.1.3. Arbre phylogénétique
L'histoire évolutive a été déduite à l'aide de la méthode UPGMA (Saitou et al.,1987).
L'arbre optimal est affiché. L'arbre est dessiné à l'échelle, avec des longueurs de branche
dans les mêmes unités que celles des distances évolutives utilisées pour déduire l'arbre
phylogénétique. Les distances évolutives ont été calculées à l'aide de la méthode de
correction de Poisson (Zuckerkandl et al.,1965) et sont exprimées en nombre de
substitutions d'acides aminés par site. La proportion de sites où au moins 1 base non
ambiguë est présente dans au moins 1 séquence pour chaque clade descendant est indiquée
à côté de chaque nœud interne dans l'arbre. L'analyse a porté sur 8 séquences d'acides
aminés. Toutes les positions contenant des lacunes et des données manquantes ont été
éliminées. Il y avait un total de 38 positions dans l'ensemble de données final. Des analyses
évolutives ont été menées dans MEGA7 (Kumar et al.,2016).
La figure 43 montre l’arbre phylogénétique établi entre les séquences protéiques des gènes
norA des souches S. aureus S79, S3 cliniques et S55 communautaires et les homologues
dans Gen Bank. L’analyse de l’arbre montre que les souches ont un ancêtre commun et
sont très proches.

Figure 43 : Relations évolutives des taxons (gènes norA).

67
III.4.4.2. Le gène gyrA
III.4.4.2.1. Alignement multiple des séquences nucléiques des gènes des souches et de
la séquence de référence téléchargée dans GenBank.
La Figure 44, représente l’alignement multiple des séquences nucléiques des gènes gyrA
isolés des souches SCN S51, S49 cliniques et S24 communautaire et la séquence de
référence NC_000913.3 en utilisant l’algorithme CLUSTALW. L’analyse de ces résultats
met en évidence des régions conservées, mutations ponctuelles (substitutions) communes
à toutes les souches et celles qui sont spécifiques à chaque souche.

Figure 44 : Alignement multiple des séquences nucléiques des gènes gyrA des souches
(S49, S24, S51).

68
III.4.4.2.2. Alignement multiple des séquences protéiques des gènes gyrA des souches
et la séquence protéique de référence téléchargée dans GenBank.
La figure 45 représente l’extrait de l’alignement multiple des 3 séquences protéiques des
gènes gyrA isolés chez les souches SCN cliniques (S51, S49) et communautaires (S24) et
de la séquence protéique du gène gyrA de référence téléchargée dans GenBank sur
CLUSTALW sur le numéro WP_003723770.1.
L’analyse des résultats montre des régions conservées entre les séquences, des mutations
non conservatives, conservatives, semi- conservatives et des indels (pertes d’acides
aminés). Certaines mutations ont été communes aux S49, S24, S51 on cite la Ser (60) Pro,
Glu (73) Met, Thr (84) Ser, Ala (85) Ser, Val (86) Ile. D’autres mutations ont été
spécifiques à la souche S24 et S51 : Ala (63) Pro, Val (113) Met et la S49 : Ala (63) Ser,
Gly (108) Asp, Ala (104) Val, Asn (109) Lys, Met (121) Leu.

Figure 45 : Alignement multiple des séquences protéiques des gènes gyrA des souches
S51, S24, S49.

III.4.4.2.3. Arbre phylogénétique

L'histoire évolutive a été déduite à l'aide de la méthode UPGMA (Saitou et al.,1987).
L'arbre optimal avec la somme de la longueur des branches = 0,24734247 est affiché. Les
distances évolutives ont été calculées à l'aide de la méthode de correction de Poisson

69
(Zuckerkandl et al.,1965) et sont exprimées en nombre de substitutions d'acides aminés
par site. L'analyse a porté sur 12 séquences d'acides aminés. Toutes les positions contenant
des lacunes et des données manquantes ont été éliminées. Il y avait un total de 60 positions
dans l'ensemble de données final. Des analyses évolutives ont été menées dans
MEGA7(Kumar et al.,2016).
La figure 46 montre l’arbre phylogénétique établi entre les séquences protéiques des gènes
gyrA des souches SCN (S51, S49) cliniques et S24 communautaires et les homologues
dans Gen Bank. L’analyse de l’arbre montre que les souches ont un ancêtre commun et
sont proches.

Figure 46 : Relations évolutives des taxons (gènes gyrA).

III.4.4.3. Le gène grLA
III.4.4.3.1. Alignement multiple des séquences nucléotides des gènes grLA des
souches et de la séquence de référence téléchargée dans GenBank.
La Figure 47, représente l’alignement multiple des séquences nucléiques des gènes grLA
isolées des souches S. aureus S79, S100, S18, S95, S35, et SCN S53 cliniques et
communautaires et la séquence de référence NC_002695.2 en utilisant l’algorithme
CLUSTALW. L’analyse des résultats met en évidence des régions conservées et des
mutations ponctuelles aux niveau des séquences des souches. Des pertes de nucléotides

70
ont été observées en position 150,174, de 205-207, de 260-269 et des substitutions des
nucléotides.

Figure 47 : Alignement multiple des séquences nucléiques des gènes grLA des souches
S100, S18, S95, S35, et S53.

III.4.4.3.2. Alignement multiple des séquences protéiques des gènes des souches et la
séquence protéique du gène grLA de référence téléchargée dans GenBank
L’analyse de la figure 48 montre que les mutations n’affecte pas les domaines N-terminale,
C-terminale. On observe des régions conservées, des pertes d’acides aminés, une mutation
non conservative, des mutations conservatives et semi- conservatives.Une mutation
conservative, Asn (111) Lys a été observée dans les séquences protéiques de toutes les
souches (S18, S95, S35, S53 et S100). Dans les séquences protéiques des souches S100,
S53, S35 on observe la mutation Ser (80) Tyr, tandis que dans les séquences protéiques
des S95 on observe des mutations Glu (84) Asp, Asp (92) Gly et His (103) Gln.

71
 Figure 48 : Alignement multiple des séquences protéiques des gènes grLA des souches
S100, S53, S35, S18, S95.

III.4.4.3.3. Arbre phylogénétique

L'histoire évolutive a été déduite à l'aide de la méthode UPGMA (Saitou et al.,1987).
L'arbre optimal avec la somme de la longueur des branches = 0,14963294 est affiché.
L'arbre est dessiné à l'échelle, avec des longueurs de branches (à côté des branches) dans
les mêmes unités que celles des distances évolutives utilisées pour déduire l'arbre
phylogénétique. Les distances évolutives ont été calculées à l'aide de la méthode de
correction de Poisson (Zuckerkandl et al.,1965) et sont exprimées en nombre de
substitutions d'acides aminés par site. L'analyse a porté sur 10 séquences d'acides aminés.
Toutes les positions contenant des lacunes et des données manquantes ont été éliminées.
Il y avait un total de 52 positions dans l'ensemble de données final. Des analyses évolutives
ont été menées dans MEGA7 (Kumar et al.,2016).
La figure 49 montre l’arbre phylogénétique établi entre les séquences protéiques des gènes
grLA des souches S. aureus (S100, S35, S18, S95) et SCN (S53) cliniques et
communautaires et les homologues dans Gen Bank. L’analyse de l’arbre montre que les
souches ont un ancêtre commun et sont proches.

72
 W
P
17
87
93
88
S35
5.1

3
S5
grLA 0)
(S18 (S10
) grLA

760.1 EVZ
BW0976 0592
3.1
M

M
VI
56
15
5
S9

4.1
AQK77211.1
Figure 49 : Relations évolutives des taxons (gène grLA).

III.4.5. Structure 3D des séquences protéiques

III.4.5.1. Les protéines norA
Les trois séquences protéiques des souches S55, S3 et S79 ont fait l’objet d’une analyse
dans Swiss Model. Durant cette analyse, les séquences protéiques des souches (S55, S3,
S79) ont été alignées avec la séquence protéique 7107.1A disponible dans la Protein Data
Bank (PDB). Ces protéines ont présenté des homologies de 97,87%(S55) ,100%(S3) et
97,96%(S79). Les pourcentages homologies sont très élevés (≥ 97%) pour toutes les
protéines avec la protéine 7107.1A. La structure cristallisée des trois protéines est presque
la même avec celle de la séquence sauvage cristallisée et disponible dans PDB. La figure
50 représente l’alignement de la séquence protéique de la souche S3 et la séquence
protéique 7107.1A dans Swiss Model, les deux séquences ont présenté une homologie de
100%.

73
 Figure 50 : Alignement de la séquence protéique du gène norA de la souche
S3 et de la séquence 7107.1A.
Model_01 : Séquence protéique du gène norA (S3)
7lo7.1. A : séquence protéique norA homologue dans PDB
La structureRégions encerclées
de la protéine : hélice
norA α
homologue à nos séquences selon Douglas N .et
al.,2022(Figure 51) à l'aide du cryomicroscopie électronique (Cryo-EM) a été résolue en
complexe avec Fab25 à 3, 74 Å. La Fab25 possède une chaine lourde (colorée en rose) et
une légère (en gris). Les hélices TM de norA (colorées en arc-en-ciel.) TM1 – TM6 et
TM7 – TM12 définissent respectivement les domaines N et C du transporteur (A). (B),
montre l’interaction CDRH3 pour Fab25 dans la poche de liaison au substrat de NorA. Les
distances (en ångströms) sont affichées sous forme de lignes noires pointillées. La
séquence primaire de CDRH3 de Fab25 est présentée entre la vue agrandie avec le motif
tryptophane-arginine surligné en gris.

74
Figure 51 : Complexes NorA – Fab25 (Nature Chemical Biology volume 18,
pages706–712.(2022)

75
III.4.5.2. Les protéines gyrA
Les trois séquences protéiques des souches S49, S51et S24 ont fait l’objet d’une analyse
dans Swiss Model. Durant cette analyse, les séquences protéiques des souches (S51, et
S24) ont été alignées avec la séquence protéique 6Waa.1A et la séquence protéique de la
souche S49 avec la séquence protéique 4ckj.2. A et disponible dans la Protein Data Bank
(PDB). Ces protéines ont présenté respectivement des pourcentages d’homologie de
70,67% 70,42% et 66,67% avec les séquences protéiques de la PDB. Les structures
cristallisées des trois protéines sont peu différentes à celles des séquences sauvages
cristallisées et disponibles dans PDB. Les structures cristallisées des protéines des souches
S51 et S24 sont homologues à celle de 6Waa.1A et celle de la S49 à la séquence protéique
4ckj.2. A.
La séquence protéique de 4ckj.2. A, homodimère d'ADN gyrA d'E. coli (fragment N-
terminal de 55 kDas) séquence homologue à la séquence de la souche S49 selon Mc
Nicholas et al., 2011 (Figure 52) est liée avec deux molécules de SD8 ; a deux sous-unités,
une colorée en bleu et l'autre en jaune ; les molécules SD8 sont représentées en deux
nuances de vert (numéro d'accession PDB 4CKL). Un duplex d'ADN tiré d'une structure
superposée d'un complexe Staphylococcus aureus gyrase-ADN-médicament (numéro
d'accession PDB : 2XCS) est également affiché en rose pour illustrer que SD8 bloquerait
l'interaction de l'ADN du segment G avec la selle de liaison à l'ADN (a).

Figure 52 : Structure cristallisée de 4ckj.2. (Mc Nicholas et al., 2011).

76
La figure 53 représente l’alignement la séquence protéique de souche S51 et la séquence
protéique 6waa.1A dans Swiss Model, les deux séquences ont présenté une homologie de
66,67%.

Figure 53 : Alignement de la séquence protéique du gène gyrA de la souche S51 et de la

séquence 6waa.1A.
Model_01A : Séquence protéique du gène gyrA (69)

77
 Model_01B : Séquence protéique gyrA 6Waa.1A homologue dans PDB
Régions encerclées : hélice α
Régions non encerclées : hélice β
La séquence protéique 6Waa.1A, séquence homologue aux séquences des souches S51 et
S24, selon Skepper, CK et al., 2020 (Figure 54) par dif²²fraction des rayons X 3,20 Å est
un homodimère constitué de deux sous-unités liées à quatre ligands non fonctionnels
,3MPD (a), 1Cl-,5 Mg+ et 2 TNJ(b).

(a)

MPD : (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
(b)

TNJ :7-[(1S,5R)-1-amino-3-azabicyclo[3.1.0]hexan-3-yl]-4-(aminométhyl)-1-
cyclopropyl-3,6-difluoro-8-méthylquinoléine-2 (1H)-one.

Figure 54 : Structure cristallisée de 6Waa.1A (Skepper, CK et al., 2020).

78
III.4.5.3. Les protéines grLA
Les cinq séquences protéiques des souches S100 (61 acides aminés), S18(54 acides
aminés) et S53(53 acides aminés), S35(55 acides aminés) et la S95(54 acides aminés) ont
fait l’objet d’une analyse dans Swiss Model. Durant cette analyse, les séquences protéiques
des souches ont été alignées avec la séquence protéique 2noV.2. A disponible dans la
Protein Data Bank (PDB). Ces protéines ont présenté des homologies de 66,10%(S100)
,70,33%(S18),78,92% (S53), 79,09% (S35) et 70,37 % (S 95). La structure cristallisée des
cinq protéines est presque la même avec celle de la séquence sauvage cristallisée et
disponible dans PDB.
La figure 55 représente l’alignement de la séquence protéique de la souche S95 et la
séquence protéique 2noV.A dans Swiss Model, les deux séquences ont présenté une
homologie de 70,37%.

Figure 55 : Alignement de la séquence protéique du gène grLA de la souche S95 et de la

séquence 2nov.2. A.
Model_01A : Séquence protéique du gène grLA (95)
Model_01B : Séquence protéique grLA 2nov.2.A homologue dans PDB
Régions encerclées : hélice α
Régions non encerclées : hélice β

79
La séquence protéique 2nov.2.A, séquence homologue aux séquences des souches S100,
S18, S53, S35, et la S95 selon Laponogov et al., 2007 (Figure 56) par diffraction des
rayons X2,67 å est un homodimère dont les « tours » et les domaines de type CAP
représentés en bleu glacier ; les « queues » ainsi que les hélices adjacentes α14, α18 et α19
sont en ocre ; l'hélice α4 en rouge ; l'hélice α3 en cyan et la boucle 100-122 en jaune. Les
tyrosines du site actif sont représentées en vert. Les résidus Ser 79 et Asp 83 responsables
de la résistance aux médicaments lors de la mutation sont en violet.

Figure 56 : Dimère biologique ParC55 de Streptococcus pneumoniae (Laponogov et al.,

2007).

80
CHAPITRE IV : DISCUSSION
Notre travail s’est axé principalement sur, l’isolement des souches de staphylocoques des
liquides biologiques en vue d’identifier les espèces du genre Staphylococcus, évaluer leur
profil de résistance aux Quinolones /Fluoroquinolones, et déterminer les mécanismes de
résistances des souches pour une meilleure prise en charge des infections
staphylococciques.
Les staphylocoques sont des pathogènes rencontrés dans les prélèvements d’origine
diverses, mais particulièrement dans les prélèvements septiques (sang, et pus) ; les
prélèvements urinaires occupent aussi une place privilégiée de colonisation par des
Staphylocoques. Ceci a été le cas lors de notre étude, où tous les prélèvements
comportaient la présence des souches staphylococciques avec une prédominance dans le
pus (37,25%) suivi d’urine (27,45%) et du sang (25,50%) comme cela a été rapporté dans
l’étude de Hadj Mohamed ,2014 où des taux d’isolement 60,65% du pus,24,59% d’urine
et 14,75% du sang ont été rapportées. L’écart des fréquences d’isolement observé entre les
deux études pourrait s’expliquer par l’isolement en plus dans notre étude des souches du
prélèvement vaginal et du liquide pleural. L’isolement des souches en milieu hospitalier
et communautaire caractérisé par une prédominance en milieu clinique (68,62%) a été
aussi rapporté par Baloki et al., 2019 (73,34%), néanmoins une prédominance en milieu
communautaire avec un taux d’isolement de 71,79% a été rapportée par Ahombo et al.,
2019. L’analyse des données de la prévalence des souches avec le logiciel SPSS.22 a
révélé une P-value ˃ à 0,05 ce qui prouve que l’infection Staphylococcique ne dépend pas
du milieu. Cette prédominance peut s’explique par le fait que l’étude a été menée dans un
milieu hospitalier, ce qui nous a permis de récolter plus des souches cliniques que
communautaires.
Bien que les patients âgés de 16-plus et de sexe féminin étaient les plus touchés par
l’infection à staphylocoques, les facteurs âge et sexe ne sont pas impliqués comme facteurs
à risque d’infection des souches staphylocoques comme prouvée par la P-value ˃ à 0,05
mais dépendent de l’échantillonnage (de la période et des patients).
Les services de néonatologie et de pédiatrie ont été les plus colonisés par les
staphylocoques Les taux d’isolement des souches par service sont très difficilement
comparés du fait que les proportions des souches isolées dans différents services varient
selon le type activités des services hospitaliers.
La prédominance des souches S. aureus dans les prélèvements des infections hospitalières
(87,30%) et la tendance inversée concernant les SCN (61,53%) en milieu communautaire

81
observé, montre que bien les espèces circulent en milieu hospitalier ; l’espèce S. aureus
circule plus en milieu hospitalier et les SCN en milieu communautaire.
Aussi ces espèces sont reparties différemment selon les liquides biologiques et les
différents services. L’espace S. aureus a été récoltée dans tous les liquides biologiques et
les souches SCN dans les urines, le pus et le sang. Les résultats obtenus peuvent
s’expliquer par le fait que les souches ont été isolées des liquides biologiques humains
(réservoir naturel des S. aureus) et que les souches de SCN en tant que souches largement
répandues dans la nature, dans l’environnement de l’étable ont été faiblement isolées que
comme bactéries opportunistes essentiellement responsables d'infections nosocomiales.
Bien que l’espèce S. aureus reste la souche présente dans tous les services et SCN
particulièrement en néonatologie et en pédiatrie, tous les types de services restent
colonisées par les staphylocoques. Cette dissémination est associée aux soins de santé et
peut s’expliquer par le manque d’hygiène et le manque de contrôle des soins paramédicaux
par le personnel de santé (le changement de gant, le contrôle d’asepsie sur le chariot de
soin et le lavage correct et multiple des mains). Elle peut aussi être due à l’utilisation des
cathéters veineux lors d’administration des soins ; car ceux-ci apparaissent comme un
facteur de risque ‘d’infection des staphylocoques dans le sang lorsqu’ils sont insérés dans
une veine et y restent en place pendant longtemps (Larry ,2019). Toute fois les données à
ce sujet varie dans la littérature (Lévesque et al., 2014).
Bien que l’identification moléculaire des souches S. aureus et S. haemolyticus avec des
pourcentages de similarité de moins de 98% entre les souches isolées et leur homologues
dans Gen Bank a confirmé l’identification par la méthode standard , des résultats
différents ont été présentés par podglaje,2014 au cours de la 15eme JNI sur les limites et
les indications de la PCR universelle de ADNr16S,inférant l’appartenance des souches S.
aureus et S. épidermidis pour un pourcentage de similarité ˃ 98%.Ces pourcentages de
moins de 98% peuvent s’expliquer par des mutations au niveau des séquences nucléiques
des souches. L’identification des S. haemolyticus vient élargir notre connaissance du
monde bactérien aussi bien au niveau des espèces que des genres (Schlaberg et al., 2012),
montrant ainsi les limites de la méthode standard dans l’identification complète des
souches et vient révéler une meilleure prise en charge des infections à staphylocoques
cliniques et communautaires.
Comme la plupart des médicaments, les Quinolones/fluoroquinolones se sont avérés avoir
un profil d’innocuité favorable face aux Staphylocoques, ce qui a été vérifiable aux
différentes classes de Quinolones/Fluoroquinolones utilisées dans cette étude.

82
Le profil de résistance des souches cliniques et communautaires aux antibiotiques testés
(l’AN, la LEV, la CIP, NOR et l’OFL) observé caractérisé par de différents niveaux de
résistance vis-à-vis des antibiotiques à savoir les taux élevés de résistance au niveau des
souches cliniques pour les souches S.aureus et le profil inverse pour les souches SCN
peuvent s’expliquer par le fait que la résistance soit un phénomène acquis, évolutif et qui
varie en fonction du temps et par la large utilisation des Fluoroquinolones (Reller et al.,
2007). Ces résultats sont accord avec ceux de Baloki et al., 2019 pour NOR et CIP. Les
taux de résistances élevés des souches cliniques (97,14%) et communautaires (93,75%) à
l’AN confirment la résistance naturelle du genre Staphylococcus à cet antibiotique
(Boutiba ; Boisset, 2020) par compte la sensibilité des souches à la Moxifloxacine
observée s’explique par le fait que cet antibiotique est parmi les derniers ATBs synthétisés
dans la famille des Fluoroquinolones (Dentan, 2015). La variabilité du taux de résistance
d’un antibiotique à un autre au sein de la famille des Fluoroquinolones observée s’explique
par l’impact de l’activité de l’antibiotique contre le germe et dépend de la génération à
laquelle appartient l’antibiotique (Boutiba ; Boisset, 2020).
Les analyses moléculaires et bio-informatiques ont permis d’identifier les gènes et les
mécanismes de résistances des souches du genre Staphylococcus isolées en milieu
hospitalier et communautaires au cours de l’étude. Les résultats de la PCR ont montré que
la topoisomérase parC codée par le gène parC n’est pas la cible des quinolones
/Fluoroquinolones chez le genre staphylococcus, mais plutôt les protéines codées par les
gènes gyrA, norA grLA qui sont les cibles de ces molécules (Mohammed et al., 2015 ;
Katie et al.,2014 ; Quincampoix & Mainardi, 2001) et que ces résultats permettent ainsi
d’impliquer les gènes grLA, gyrA et norA dans la résistance des souches SCN et S. aureus
isolés en milieu clinique et communautaire.
Pour les analyses du déterminisme génétique de la résistance, étant donné que les gènes
norA, gyrA et grLA soient des gènes codants, nous avons à comparer l’arbre
phylogénétique avec les séquences nucléiques d’une part et celui obtenu avec les
séquences protéiques, or les mutations au niveau des séquences nucléiques ne sont pas
toujours présentes au niveau des séquences protéiques avec la notion des codants
synonymes. Il est donc intéressant de comparer l’arbre avec les séquences protéiques que
nucléiques. Ainsi les caractéristiques des mutations observées (la nature, la position de
l’acide aminé lors de la substitution, et la perte d’un acide aminé au niveau des séquences
protéiques des souches observées lors de l'analyse bio-informatique des gènes norA, gyrA
et grLA traduit les changements évolutifs adoptés par différentes espèces de

83
Staphylocoques étudiées pour pouvoir résister aux antibiotiques. Ces changements
évolutifs sont confirmés par les arbres phylogénétiques de chaque gène et nous renseignent
que la résistance des Staphylocoques aux Quinolones/Fluoroquinolones isolés dans l’étude
est due à l ’altération, la modification des enzymes cibles des antibiotiques, les protéines
gyrA, grLA et l’altération qui limite la perméation des antibiotiques avec une
augmentation de l’expression du gène norA.
Etant donné que le gène norA a été détecté uniquement chez l’espèce S. aureus
(Mohammed et al., 2015), la résistance des souches S. aureus cliniques et communautaires
aux Q/F est due à l’altération des protéines gyrA, à la modification des protéines grLA et
par les pompes à efflux codées par le gène norA ; tandis que l’altération des protéines
gyrA, et la modification des protéines grLA définissent les mécanismes de la résistance
des SCN à ces molécules.
D’autre part la non détection des gènes norA, gyrA et grLA dans les souches S5 ; S29 ;
S91 ; S93 ; S96 ; S101 observée impliquerait une résistance des certaines souches S. aureus
soit à l’altération des protéines gyrB, la modification des protéines grLB et par
l’acquisition des gènes de résistance extra chromosomiques (plasmiques avec gènes Qnr).
Les pourcentages d’homologie entre les structures cristallisées des protéines des souches
résistantes aux Q/ F et celles de la PDB pour les différents gènes obtenus lors des analyses
dans Swiss Model montrent que les mutations n’ont pas modifié le site actif des protéines,
les différentes formes des protéines observées (traduites par différents pourcentages)
peuvent s’expliquer par la différence de tailles de séquences analysées.

84
CONCLUSION, PERSPECTIVES ET
RECOMMANDATION
Conclusion
Conclusion
Nous nous sommes proposés de réaliser cette étude dans le but d’étudier le déterminisme
génétique de la résistance aux Quinolones/Fluoroquinolones des souches Staphylocoques,
notamment pour la prévalence, la compréhension des mécanismes liés au déterminisme
génétique et en fin pour une meilleure prise en charge des infections à staphylocoques en
République du Congo.102 souches de staphylocoques ont été isolées au laboratoire
d’analyse biomédicale du Centre Hospitalier et Universitaire de Brazzaville (CHU-B) et
de la clinique des Nations Unies au moyen de 262 échantillons (urines, prélèvements
vaginaux, sang, pus, et liquide pleural) des patients hospitalisés (souches hospitalières) et
non hospitalisés (souches communautaires).
L’étude nous a permis de montrer que les staphylocoques sont des pathogènes rencontrés
dans divers liquides biologiques. Les liquides biologiques humains sont un réservoir
naturel pour les espèces S. aureus et bien que les espèces SCN soient des bactéries que
l’on trouve généralement dans la nature, dans l’environnement de l’étable, ces
microorganismes colonisent aussi certains liquides biologiques comme bactéries
opportunistes. Les souches S. aureus et SCN ont été isolées en milieu hospitalier ainsi
qu’en milieu communautaire avec une prédominance d’isolement de l’espèce S. aureus
(taux d’isolement de 61,76% pour les espèces S. aureus de contre 38,23% SCN).
L’identification moléculaire par l’analyse du gène codant pour ARNr16S a permis
l’identification de 6 souches de S. aureus, 2 souches Staphylococcus haemolyticus, 1Clone
de bactérie non cultivé nbw618g09c1, et une souche Staphylococcus sp .Ces résultats ont
permis de confirmer et de compléter l’identification phénotypique tout en démontrant
d’une part les limites de cette méthode dans l’identification complète des bactéries et vient
d’autre part révéler une meilleure prise en charge des infections à staphylocoques cliniques
et communautaires.
Les résultats de l’étude de la sensibilité des souches de staphylocoques aux antibiotiques
(CIP, NOR, LEV, MXF, OFL et AN) montrent que les espèces SCN et S. aureus ont
présenté une variabilité du taux de résistance d’un antibiotique à un autre au sein de la
famille des Fluoroquinolones. Les souches S. aureus cliniques ont été plus résistantes que
les souches S. aureus communautaires aux six antibiotiques ; tandis que les SCN
communautaires ont été plus résistances que les SCN cliniques sauf à la MXF. La MXF a
été l’antibiotique le plus sensible et l’AN le plus résistant.

85
L’étude moléculaire ainsi que l’analyse bio-informatique ont permis d’impliquer les
gènes gyrA grLA et norA dans la résistance des souches aux Q/F ces molécules par des
mutations ponctuelles conservatives, semi -conservatives , des pertes d’acides aminés à
l’origine de l’altération des protéines gyrA, de la modification des protéines grLA et par
les pompes à efflux codées par le gène norA pour l’espèce S. aureus ; tandis que seules
l’altération des protéines gyrA, et la modification des protéines grLA définissent les
mécanismes de la résistance des SCN aux Q/F ceci tant en milieu clinique que
communautaire . Les diverses mutations observées au niveau des séquences protéines des
souches staphylocoques résistantes aux Q/F n’affectent pas la structure tertiaire des
protéines cibles des ATBs (site actif des protéines).

Perspectives
Nous souhaitons poursuivre nos travaux en :
• Prenant des échantillons dans plusieurs hôpitaux du pays ;
• Identifiant les gènes de résistance extra chromosomique (Mutations
plasmidiques) ;
• Identifiant les gènes responsables de la virulence chez S. aureus.

Recommandations
• Aux personnels de la santé
✓ Stérilisation et désinfection correctes du matériel, lavage des mains,
✓ Adapter l’antibiothérapie à un antibiogramme.
• Aux populations
✓ Eviter l’automédication en vue d’une diminution de la fréquence des souches de
Résistantes.
• Aux Pharmaciens
La vente et l’achat des antibiotiques doivent être conditionnée par la présentation d’une
ordonnance.

86
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ET WEBOGRAPHIE
Références Bibliographiques
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102
ANNEXES

103
 Annexes 1

Petit matériel et appareils

-Spectrophotomètre (Fisher Scientific) - Écouvillons ;

-Cuve à électrophorèse (Bio-Rad) - Verrerie
-Lecteur de gel (Bio base) - Peigne
-Thermocycleur T100Thermal Cycler - Embout
-Séquenceur (ABI3730) - Micropipette (Eppendorf, Thermo
-Etuve (Fisher Thermo) fisher)

-Centrifugeuse (Micro Star 17R) - Anse métallique

- Bec bunsen (fisher Scientific)
- Autoclave (Geneq)
Milieux de culture et réactifs

-Chapman Agar
-Muller Hinton Agar - ADN-2 log Labder
-Lysogeny broth (LB) -Lysozyme
-Eau physiologique à 0.9% -Tampon FARB
- Tampon TBE -Amorces
- Agarose -Tampon de lyse
-Bromure d’éthidium -Bleu de charge
-Tampon GX -Tampon PBS
-Kit d’extraction D’ADN (Qiagen) - Ethanol
-ZR DNA Card extraction Kit
(Zimo Recherche)

I
 Usage et composition chimique des milieux de culture exprimées en g/L d’eau distillée

Gélose Mueller-Hinton : milieu de culture standard pour la réalisation des antibiogrammes.

Infusion de viande de bœuf ............................................................................................... 300 g
Hydrolysat de caséine ........................................................................................................ 17,5 g
Agar ..................................................................................................................................... .17 g
Eau distillée .................................................................................................................... 1000 ml
PH =7,4
Gélose Chapman
Peptone ……………………………………………………………………………………. 10 g
Extrait de viande de bœuf........................................................................................................ 1g
Chlorure de Sodium .............................................................................................................. 75g
Mannitol …………………………………………………………………………………… 10g
Rouge de phénol…………………………………………………………………………0.025g
Agar…………………………………………………………………………………………15g
Eau distillée ....................................................................................................................1000 ml
PH =7,4± 0.2
Milieu LB
Tryptone.................................................................................................................................10g
Extrait de levure .....................................................................................................................5g
Chlorure de Sodium………………………………………………………………………..10g
Eau distillée ..................................................................................................................1000 ml
PH =7,0± 0.2

II
 Annexes 2
Tableau des résultats d’antibiogrammes
Les diamètres de résistance
Résistantes en jaune
Sensibles en vert

Souche CI NO LE OF MO A
s P R V L X N
H68 R <6 <6 <6 <6 <6
S1
PY058. 29 30 29 29 34 20
S2
PY095. 14 28 25 23 24 <6
S3
PY068. R 16 21 16 40 12
S4
H60. 11 9 14 9 23 <6
S5
PY017. 11 10 15 9 21 <6
S6
PY050. S 19 26 19 32 14
S7
LP09. 25 24 24 22 29 9
S8
H85 21 14 25 17 33 10
S9
H83. 30 27 32 25 40 10
S10
R98. 15 15 19 12 26 <6
S11
H02. R 18 25 15 40 14
S12
R20. R 14 17 10 37 11
S13
H106. R 13 14 9 30 <5
S14
PV 209. 8 8 11 8 19 14
S15
U172. 11 12 16 9 23 <6
S16
U9. 12 10 15 10 23 6
S17
PY044. 8 8 12 18 29 <6
S18

III
H83. 30 27 32 25 40 10
S19
H1. 32 25 27 22 30 27
S20
H64. 11 27 28 8 32 14
S21
H7. R 10 16 10 23 <6
S22
H338. S 40 40 35 45 12
S23
H112. <6 <6 <6 <6 23 <6
S24
U68. 10 10 13 9 19 <6
S25
H19. 10 <6 10 7 15 <6
S26
R60. 13 12 12 9 21 <6
S27

PV 119 17 14 17 12 23 <6
S28
PV175 10 10 12 8 20 16
S29
PV229 33 35 34 28 40 16
S30
U144 R 12 21 10 35 <6
S31
U11 R <6 <6 <6 35 <6
S32
PV891 28 22 27 20 35 14
S33
PV 168 10 10 15 7 21 <6
S34
PV 12 12 30 11 22 <6
S35
U808 12 11 14 10 23 <6
S36
U891 12 11 14 10 23 <6
S37
U404 22 22 22 18 26 10
S38
H120 10 9 12 9 20 6
S39
U865 30 30 28 25 39 6
S40

IV
2020 10 9 13 9 20 <6
S41
PV 26 20 23 18 29 <6
S42
13-07 7 6 10 6 17 7
S43
22-05 25 S S 20 35 <6
S44
X 28-1- 23 20 22 17 28 <6
20 S45
16-07 23 23 24 18 30 11
S46
X 3-07- 27 25 24 20 29 7
20
S47
16-07- 28 20 25 18 28 8
20
S48
X21-08- 9 6 29 6 15 <6
20 S49
21-08- 25 22 25 21 29 <6
20 S50
X03-07- 28 25 25 20 32 <6
20 0S51
10-07- 26 22 29 21 35 9
20
S52
PV170 12 26 14 10 30 <6
S53
PY005 15 14 15 11 20 <6
S54
U170 13 24 27 25 33 <6
S55
S56 20 16 18 13 22 <6
S57 17 12 16 10 15 <6
S58 21 13 20 14 24 <6
S59 29 25 28 27 27 9
H10 26 22 26 27 25 9
S60
U9 12 8 29 25 16 <6
S61
S62 11 10 25 20 15 <6
S63 30 27
S64 10 13 8 6 15 <6
S65 20 19 18 14 24 <6
S66 22 17 18 13 25 <6
S67 21 15 16 13 22 <6

V
S68 10 13 8 6 15 <6

PV 119 17 14 17 12 23 <6
S69
PV17 10 10 12 8 20 16
S70
PV229 33 35 34 28 40 16
S71
U14 R 12 21 10 35 <6
S72
U11 R <6 <6 <6 35 <6
S73
PV91 28 22 27 20 35 14
S74
PV 18 10 10 15 7 21 <6
S75
PV 12 12 11 11 22 <6
S76
U808 12 11 14 10 23 <6
S77
U891 R 11 14 10 23 <6
S78
U44 9 22 22 18 26 10
S79
S80 23 20 26 <6
H4. R 18 25 15 40 14
S81
R10. R 14 16 10 37 11
S82
H16. R 13 14 9 30 <5
S83
PV 20. 8 9 10 8 19 14
S84
U17. 11 12 15 9 23 <6
S85
S86 14 10 12 10 36 10
S87 11 8 13 11 32 <6
S88 8 12 6 10 28 10
PV109 9 10 12 8 19 <6
S89
PV15 10 11 14 10 23 <6
S90
11-08- R 11 11 9 24 <6
20S
91

VI
 R68 12 11 14 12 22 <6
S92
H7 15 13 10 11 20 <6
S93
S94 23 23 24 18 30 11
H20 29 25 24 20 29 7
S95
PV12 28 20 25 17 28 8
S96
10-06- 9 6 6 6 15 <6
20
S97
S98 29 24 26 17 28 8
S99
30-07- 15 30 23 10 15 <10
20
S100
21-08- 17 13 17 12 23 <6
20
S101
S102 28 25 27 27 27 9

Tableau CA-SFM 2019 : Catalogue de mesure des diamètres (S. aureus)

Les ATBs de la Charge Diamètres Critiques (mm)

famille du
S≥ R<
Quinolones / disque
fluoroquinolones (µg)
Ciprofloxacine 5 21 21
Lévofloxacine 5 22 22
Moxifloxacine 5 25 25
Norfloxacine 10 17
Acide 30 20 15
Nalidixique
Ofloxacine 5 20 20

VII
 Tableau CA-SFM 2019 : Catalogue de mesure des diamètres (SCN)
Les ATBs de la Charge Diamètres Critiques (mm)
famille du
S≥ R<
Quinolones / disque
fluoroquinolones (µg)
Ciprofloxacine 5 24 24
Lévofloxacine 5 24 24
Moxifloxacine 5 28 28
Norfloxacine 10 17
Acide 30 20 15
Nalidixique
Ofloxacine 5 24 24

VIII
 Annexe 3

• Séquences des gènes de l’ARNr16S des dix souches de staphylocoques

A1
>SCN (S63)
TTAAAAAGGGAAACTTGGGAACGGAGCTTACCG
GTAATTTTTGAACCCCTGGTTAAAAATAAAGACGTCTTGCTGTAATAAAGAGGATCCCGCTCCTAAGTAG
TTGTAAGTAAGGTTACCAGGCAACGAGGATGCCGACTGAGAGGTGATGGCCACACGGAACTAGACACG
TC
CAGACTCTACGGGGGCAGCAGTAGGGATCTTCCGCAATGGCGAAAGCCTGAAGGAGCAACGCCGCGTG
AG
TGATGAAGTCTTCGGATCGTAAAACTCTGTTATTAGGGAAGAAAATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCT
TGACGGTACCTAATCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATAAGTAGGTGGCAA
GCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACG
GCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGT
GTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTG
ACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGAT
GAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGG
AGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTT
TAATTCGAAGCAACGCGAAAAACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTC
CCCTTCGGGGGACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAAATGTTGGGTTAA
GTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCATCATTAATTGGGACTCTAATTGACTGCCGGTACA
ACCGAAGAAAGGTGGGATGACTCAATCATCAGCCCCTTATGATTTGGCTACACCTGCTACATGAACATAC
AAGGGCACCAAACCGCGGGTCAGCAATCCAAAAATTGTTCTCATTCGATTAATCCGCACTCCACACTAAA
CTGAACCCTATAACCTAATAACAGCTACGGAAAAATTCCCGGTTTGTACCCCCCCTCACACCAAATTTTAA
CCCAACCCGTGAAACCTTTAGGAGCTAGCCGTAGAAGTAGACGACCTGGT
A2
>S. aureus (S2)
TGGAAACTTGGGAACGGAGCTAACCGGATGATTTTTGAACCCCTGTTAAAATGAAAGACGGTCTGCTGT
AATTAAAAGGATCCGGCTCCTAACTAGTTGTAAGGTAAGGTTACCAGGCAACGAGGATGCCGACTGAG
AGGGTATCGGCCACACGGAACTAGACACGGTCCAGACTCCTACGGAGGCAGCAGTAGGGATCTTCCGC
AATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGTCTTCGGATCGTAAAACTCTGTTAT
TAGGGAAGAAAATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCTTGACGGTACCTAATCAGAAAGCCACGGCTAAA
TACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCG
CGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAA
AACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGA
ACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAAC
AGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTT
AGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAA
TTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAAAACCTTACCAA
ATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGGACAAATGACAGGTGGTGCAT
GGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCTTAGCTTATTGC
ATCATTAATTGGGCATCTAATTGACTGCCGTGACAACCGAAGAAAGGTGGGATGACTCAATCACAGCCC
CTAAGATTGGCTACACCTGCTACATGGACATACAAGGGACCAAACCGCGGGTCAGCAATCCCAAAATGT
TCTCATTCGAATGATCCGCACTCCCAACTAAACTGAACCCTTTCCTAATAAACAGCTCGGAAAAATTCCCG
GGTTTGACACACCCCCCCCCAAATTTTAACCCAACCCGGAAACCTTTAACCCAGGAAAAGGGGACAACC
GTCGG

IX
A3
>S. aureus (S23)
ACGGGAAACCCACCTATAAGAATGAAAAATCGGGAAACGGAACTAAACCGGATATATTTTAACCCCAGG
GTTAAAAAGGAAAGAGGTCTTGCTGTCAATTAAAGAGGATCCCGCGCACTAGCTGTGGTAAGGTAACG
GTTACCAAGGCAACGATGCAAAGCCAACCTGAAGGGGATCGGCCACACGGGAACTGGACACGGTCCAA
ACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGATCTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGAAACGCCCCGTG
AATGATGAAGTCTTCGGATCGTAAAACTCTGTTATTAGGGAAGAACATATGTGTAAGTAACTGTGCACAT
CTGGACGGTACCTAATCAAAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGC
AAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCA
CGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCAT
GTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCAACTTTCTGGTCTGTAAC
TGACGCTAATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACG
ATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGG
GGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTG
GTTTAATTCGAAGCAACGCGAAAAACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCC
TTCCCCTTCGGGGACAAATGACAGGTGGTGCAGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAA
GTCCCGCAACGAGCGCAACCTAAGCTTATTGCATCATAATTGGGCCTCTAATTGACTGCCGTGACAACCG
AAGAAGGTGGGATGACTCAATCACAGCCCCTTAAGATTGGCTACCAGTGCTACATGGACATACAAGGCA
CCAAACCGCGGGTCAGCAATCCAAAAGTTTTTCATTCGATTGATCCGCACTGACACTGAACTGAACCCTA
TATCAAAAAAACGCCCGGTAAAATTCCGGTTTTACCCCCCCTCACCCCAGTTTTAACCCCCCGTAAAACTT
TAACTACCCGGAAAAAGACGACCGGGG
A4
>S. aureus(S9)
GATTAGCGGCGGGGGGGAAACAGCGAAAAACACCTAAAAACGGGAACTTGGGAACGGAGCTAACCGG
TTATTTTGACCCCTGTTAAAAATAAAGACGGTCTGCTGTAATTAAGAGGATCCGCGTCCTAGCTGTTGTA
AGTAAGGTTACCAGGCAACGATGATAGCCGACTGAGGGGTGATCGGCCACACGGAACTAGACACGTCC
AGACTCTACGGGAGCAGCAGTAGGGATCTTCGCAATGGCGAAAGCTGAAGGAGCAACGCCGCGTGAGT
GATGAAGTCTTCGGATCGTAAAACTCTGTTATTAGGGAAGAAAATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCTT
GACGGTACCTAATCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAG
CGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGG
CTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTG
TAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGA
CGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATG
AGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGA
GTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTT
AATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCC
CCTTCGGGGGACAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGT
CCCGCAACGAGCGCACCCTTAAGCTTATTGCCATCATTAATTGGGCCTCTAATTGACTGCCGTGACAACC
GAGAAAGGTGGGATGACGTCAATCATCAGCCCCTAAGATTGGGCTACCACGTGCTACATGGACATACAA
GGGACCAAACCGCGGGTCAGCAATCCATAAGTTTTCCATTCGATTGAGTCGCACTCGACACTGAACTGG
AACGCTATATCGAAAAAACAGCTCGGTAAAATTCCCGGGTTTTACACCCGCCGCCCCAAATTTTAACCCA
AACCCGGAAAGTAACCTTTAGGAGCTAGCCGTAGAAGTGACGTACGTTGC
>A5
>S. aureus (S48)
TCTTGTTAGGGGGGGGGGAAACGGGAAACCCCTTAAGTGGGAACTTGGGAACGGAGCTAACCGGTTAT
TTTGAACGCAGGTTCAAATGAAAGACGGTCTGCTG
TAATTAAGAGGATCCCCTGCATAAGCTAGTGGTAAGGAAACGGTTACCAGGCAACGAGGAAAGCCAAC
TGAGGGGTGATCGGCCACACGGAAATGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGAGGCAGCAGTAGGGATCT
TCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCCCGTGAGTGATGAAGTCTTCGGATCGTAAAACTCT

X
GTTATTAGGGAAAAAATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCTGGACGGTACCTAATCAAAAAGCCACGGC
TAAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGC
GCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTG
GAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGA
GGAACACCAGTGGCGAAGGCAACTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTAATGTGCGAAAGCGTGGGGATCA
AACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACAATAAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCC
CTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACAACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGG
AATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAAAACCTTACC
AAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGGACAAATGACAGGTGGTG
CAGGGTTGTCGTCACCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTAACCTTA
TTGCCATCATAAGTTGGGCACTCTAATTGACTGCCGTAACAACCGGAAGAAGGTGGGGATGACGTCAAT
CATCAGGCCCCTTAAGATTGGGCTACAACGTGCTACATGGACAAACAAGGGCACCAAACCGCGGGTCAG
CAATCCAAAATTGTTCCATTCGAATTGAGTCGCACTCACCACTGAACTGAACCTTAACCTAAAAAAAGCC
ACGAAAAAATTCCGGTCTTTACACCCCCCTCACCCAAATTTGTAACACCCGAAGCCGGTGGAGTAACCTT
TAGGAGCTAGCCGTAGAAGTGACCGTCCGTGGG
A6
>S. aureus (S18)
GGGGGGGGGAAAACGAAACCCTAAAGGGAACTTGGACGGAGAAACGGTAATTTGACGCAGTTAAAGA
AAGGGTTTGGTTTATAAAAGGATCCGGCGCATAACTAGTGTAAGTAAGGTTACCAGGAACGATGAAAG
CCAACTGAGGGGTATCGGCCACACGGAACTGGACACGTCCAAACTCTACGGGAGCAGCAGTAGGGATC
TTCCGCAATGGCGAAAGCCTGACGAGCAACGCCCCGTAATGATGAAGTCTTCGGATCGTAAAACTCTGT
TATTAGGGAAAAACATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCTGGACGGTACTAATCAAAAAGCCACGGCAA
ACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCG
CGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGG
AAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAG
GAACACCAGTGGCGAAGGCAACTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTAATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAA
ACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACAATAAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCC
TTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGA
ATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCA
AATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGGACAAAGTGACAGGTGGTGC
ATGGTTGTCGTCACCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAG
TTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAATTGACTGCCGGTGACAACCGGAGAAAGGTGGGGATGACGTCA
ATCATCAGCCCCTTAAGATTGGGCTACCACGTGCTACATGGACATACAAAGGGACCAAACCGCGGGTCA
ACAATCCCAAAATTGTTCCAGTTCGATGTATCGGCAACCCCACCTAAACTGAACCCCTATATCTAAAAAAA
CAGCTACGTAAAAACTTCCGGGTCTTTAACACCCCCCCCCACCCAAAGTTTGTAACACCCGAAGCCGGTG
GAGTAACCTTTAGGAGCTAGCCGTAGAATTGACGTCCCGGGC
A7
>SCN (18)
GAGGACGGCCTAATAAGGGGAAAACAGGCTTTCTTGGATGCGGCGGAGGGGAAACGGGGACCCCCTT
AGATGGAAAATTGGAAACGGAGCTAAACGGTAAATTTGAACCCCTGTTCAAATGAAAGAGGTTTGCTAT
CATTAAGAAGGACCCGGCCGTTTAGCTATTGTAAGTAACGGTTACCAGGCGACGTAAGTAGCCGACCTG
AGAGGTGATGGCCACACGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGATCTTCC
GCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGTCTTCGGATCGTAAAACTCTGT
TATTAGGGAAGAACATACGTGTAAGTAACTATGCACGTCTTGACGGTACCTAATCAGAAAGCCACGGCT
AAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGC
GCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTG
GAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGA
GGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCA
AACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCC

XI
CTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGG
AATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACC
AAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGGACAAAGTGACAGGTGGT
GCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCT
TAATTGCCATCATTAAGTTGGCACTCTAATTGACTGCCGGTGACAACCGGAGAAAGGTGGGATGACGTC
AATCATCTGCCCTTATGATTGGGCTACCACGTGCTACATGGACATACAAGGGCACCAAACCGCAGGTCA
GCAATCCCAAAAGTTGTTCCATTCGAATGAATCCGCACTGACAACTGAACTGGAACCCTGAAACTAAATA
ACAGCTCGGGAAAAATTCCGGTTGTAAACCCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGCCGGT
GGAGTAACCATTGGAGCTAGCCGGAATAGTTAGACCGTACTGGGT

A8
>SCN (S33)
GGGGTTTTCTGGGCAGGGACGCGCCCTACGAAGGAGACACAAGAGTTTCTTGAGAGCGGCGGAGGGG
AGAACAGTGGTAACCACCTTAAGATGGAAATTGGGAACGGAGCTAACCGGTAATTTTGAACCCCTGTTC
AAATGAAAGAGGTTTGCTTCATAAAAAGGACCCGGCCGTATTAGTAGTTGTAAGTAACGGTTACCAGGC
GACGTAAGTAGCCGACCTGAAGGGTGATCGCCACACGGAACTAGACACGTCCAGACTCTACGGAGGCA
GCAGTAGGGATCTTCCGCAATGGCGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGTCTTCGG
ATCGTAAAACTCTGTTTTAGGGAAGAACATACGTGTAAGTAACTATGCACGTCTTGACGGTACCTAATCA
GAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTAT
TGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGG
TCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCG
CAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAA
GCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAG
GGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGT
TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGC
GAAGAACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGACAAGT
GACAGGTGGTGCAGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAA
CCTTAGCTTATTGCCATCATTAATTGGGCATCTAATTGACTGCCGTGACAACCGAAGAAGGTGGGATGAC
TCAATCACAGCCCCTTAGATTGGGCTACACCTGCTACATGGACATACAAGGGCACCAAACCGCGAGTCA
GCAATCCATAATTGTTCTCATTCGAATTGATCCGCACTCCAACTGAACGGAACCCTGTATCTAAATAAACA
TGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGA
AGCCGGTGGAGTAACCATTGGAGCTAGCCGGCAGAAGTTAGACGAACCGGGC
A9
>SCN (85)
CTTCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAACATTTGGAACCGCATGGTTCTAAAGTGAAAGATGGTTTT
GCTGTCACTTATAGATGGACCCACGCCGTATAGCTATTGTACGTAGCGTACACGACGATCGTAGCACTG
GAGGGCATCGCACTGACTGAACGTCGATCTACGAGCAGCAGTAGGATCTCGCATGCGAAGCTGACGAG
CAACGCGCTGATGATGAAGGTTCGGATCGTAAACTCGTATAGGAAGACAAACGTGTAGTACTGTGCACG
TCTGACGTACCTATCAGAAGCAGCTACTACGTGCAGCAGCGCGTATACGTAGTGCAGCGTATCCGAATA
TGGGCGTAAGCGCGCGTAGGCGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACCGCTCAACCGTGGAGGGTCA
TTGGAAACTGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGAATTCCATGTGTAGCCGTGAAATGCGCAGAG
ATATGGAGGAACAACAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTG
GGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAAGTGTTAGGGGGTT
TCCGCCCCTTAGTGCTGCAACTAACGCATTAAACACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAAC
TCAAAGGAAATGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAA
CCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGAAAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGGACAAAGTGACA
GGTGGTGCATGGTTGTCGTCACCTCCTGTCTGAGATGTTGGGTTAATCCGCCACCACCGCAACCCTTAAG

XII
CTTAGTTCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGTTGACCGCCGCTGACAACCGGAAGAAGGTGGGGATGA
CGTCCAATCATCATGCCCCTTAGGATTTGGCTACCACCTGCTCCATGACCATACAAAGGGAGCTAAACCG
CAGGTCAGCAATCCCAAAGGTGTTCCGATTCGAATGGATTGCACTCGACACCTAACCGGAACCCTAAAA
TCAAAATACATGCCCGGTAAAACTTCCCCGGTTTTTACCCCCCCCCCCCCCCCTTTCCCCCCCAACCCGGA
AACTTACCTTTATCGAGCTAGCCCGAAGAGTAAACCGGTACTCGT
A10
>S. aureus (S60)
GCGGACGGGGGAGGAAACGGGGAAACCCCCTAAGACGGGAAACTTGGGAAACGGAGCTAATACCGGA
TATTTTTGACCCCATGTTAAAAAGAAAGACGGTCTGTGTCATTATGAGGATCCCGCTCATAGCTAGTTGT
AAGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGTGATCGGCACATGGAACTGAGAC
ACGTCCAGACTCTACGGAGGCAGCAGTAGGAATCTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAACGC
CGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTGTTATTAGGGAAGAACATATGTGTAAGTAACT
GTGCACATCTTGACGGTACCTAATCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGT
AGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGA
AAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGG
AATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGG
TCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCC
GTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTC
CGCCTGGCGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGA
GCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGA
TAGAGCCTTCCCCTTCGGGCGACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCACCTCGTGTCGTGAGAT
GTTGAGTTAAGTCCCGCAACACCGCACCCTTAGCTTAGTTGCATCATTAATTGGGAATCTAAGTTACTGC
CGTGACAAACCGAAGAAGGTGGGGATGACGTCAATCTCATGCCCTTATGATTTGGCTAAAAAGTGCTAC
ATGGACATACAAGGGCGCGAAACCGGAGGTCAGCAAATCCATAATTGTTCTCAGTTCGGATTGTGTCTG
CAACTACACATAAAACGGAAACCAGAAAAGAAAATAAATGTACGGGAAAAAAATCCCCGGTCTTTACAC
ACCCCCCCCCCCCACCACACCCCCAAAAACCCGAACCCGGTCGACTAACGCGAGACAAGACAAGCCGGC
AGAAAAGAACAGAAAAGAAGGGTAGGGGGCGGTGAAAACAT

• Séquences des souches de staphylocoques des dix souches identifiées

(BLASTn)

A1
>OM281812.1 Staphylococcus sp. strain PYCC 8078 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
CTATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGT
AA
CACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTT
G
AACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTA
G
TTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGG
AA
CTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGA
CG
GAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTGTTATTAGGGAAGAACATATGTG
T
AAGTAACTGTGCACATCTTGACGGTACCTAATCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGG
T

XIII
AATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCT
G
ATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAA
AG
TGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTC
TG
GTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGC
C
GTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTC
C
GCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAG
CAT
GTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTGGAGATAGA
GCCTTCCCCTTCGGGGGACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTG
G
GTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAATTTGGGCACTCTAATTGACTG
CCGTGACAACCGAAGAAAGGTGGGGATGACGTCAATCATCAGCCCCTTATGATTGGGCTACCACCTGCT
A
CATGGACATACAAAGGCACCAAACGCGAGTCAGCAATCCCAAAAGT

A2
>MW308320.1 Staphylococcus aureus strain s17 16S ribosomal RNA gene, partial sequence
TGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCCGGG
AA
ACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTCGAAAGACGGTCTTGCTGTCACT
TATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCC
G
ACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAG
GG
AATCTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTA
AA
ACTCTGTTATTAGGGAAGAACATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCTTGACGGTACCTAATCAGAAAGCC
ACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGT
A
AAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAA
A
CTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATG
GA
GGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCA
AA
CAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCT
T
AGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAA
TT
GACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAAT
CT
TGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCTTTCCCCTTCGGGGGACAAGTGACAGGTGGTGCATGGT
T

XIV
GTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCC
A
TCATTAAGTTGGGCACTCTAAGTTGACTGCCGGTGACAACCGGAAGAAAGGTGGGGATGACGTCAATC
AT
ATGCCCCTATGATTGGGCTACCACGTGCTACATGGACATACAAGGGAGCGAAACCGGAGGTCAGCAATC
C
CTAAATGTTCCCATTCGATTGATCCGCAC

A3
>MW308321.1 Staphylococcus aureus strain s18 16S ribosomal RNA gene,
partial sequence
CTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAA
CTTCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTG
CTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATG
CATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAG
CAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGG
ATCGTAAAACTCTGTTATTAGGGAAGAACATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCTTGACGGTACCTAATC
AGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTAT
TGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTC
ATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGA
GATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGG
GGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTC
CGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCA
AAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTA
CCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGGACAAAGTGACAGGTGG
TGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCTTAAGCTT
AGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAGTTGACTGCCGTGACAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCA
ATCTCATGCCCTTATGATTGGGCTACACGTGCTACATGGACATACAAGGGCACCAAACGCGAGGTCAGCA
ATCCCTAAATTGTT

A4
>OP067888.1 Staphylococcus aureus strain 28QC3O2 16S ribosomal RNA
gene, partial sequence
GGCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAG
TAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATT
TTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGC
TAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTG
GAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTG
ACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTGTTATTAGGGAAGAACATATG
TGTAAGTAACTGTGCACATCTTGACGGTACCTAATCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGC
GGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGT
CTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGA
AAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTT
CTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCAC
GCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCAC
TCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAG
CATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGAT
AGAGCCTTCCCCTTCGGGGGACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGT
TGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGTTG
ACTGCCGGTGACAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAATCATCAGCCCCTATGATTTGGGCTACACAC
GTGCTACAATGGACAATACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTCAAGCAAATCCCATAAAGTTGTTCTCAG
TTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGCATGCTACG
GTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGCCGGT
GGAGTAACCTTTTAGGAGCTAGCCGTTCGAAGGTTGGACAAA

A5

XV
>MK809243.1 Staphylococcus aureus strain RM_AST_SA012 16S ribosomal RNA
gene, partial sequence
AGACGGCCTGCTATACATGCAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACG
GGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGAT
AATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGC
ATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCC
ACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGGCGAA
AGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTGTTATTAGGGAAGAA
CATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCTTGACGGTACCTAATCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGC
AGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTT
TTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGA
AGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGC
GACTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTA
GTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATT
AAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCG
GTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCT
AGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGGACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTG
AGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCT
AAGTTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTG
GGCTACACACGTGCTACAATGGACAATACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTCAAGCAAATCCCATAAAG
TTGTTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCA
GCATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACC
CGAAGCCGGTGGAGTAACCTTTAGGAGCTAGCCGTCGAAGTGACAAA

A6
>MK809241.1 Staphylococcus aureus strain RM_AST_SA006 16S ribosomal RNA gene, partial
sequence
AAGGCGGGTGCTATACATGCAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGA
CG
GGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGGAGCTAATACCGG
AT
AATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGC
ATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGG
CC
ACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGGCG
AA
AGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTGTTATTAGGGAAG
AA
CATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCTTGACGGTACCTAATCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGC
AGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTT
TT
TTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCA
GA
AGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAA
GGC
GACTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGT
A
GTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCAT
T
AAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAG
CG
GTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCT
AGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGGACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGT
G

XVI
AGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCT
AAGTTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTT
G
GGCTACACACGTGCTACAATGGACAATACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTCAAGCAAATCCCATAA
AG
TTGTTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCA
GCATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACC
CGAAGCCGGTGGAGTAACCTTTAGGAGCTAGCCGTCGAAGTGACAAAA
A7
>KY218856.1 Staphylococcus haemolyticus strain IIF2SW-P4 16S ribosomal
RNA gene, partial sequence
GCAGTCGAGCGAACAGACAAGGAGCTTGCTCCTTTGACGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGT
AACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTCGAACCGCATG
GTTCGATAGTGAAAGATGGTTTTGCTATCACTTATAGATGGACCCGCGCCGTATTAGCTAGTTGGTAAGG
TAACGGCTTACCAAGGCGACGATACGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGAACTGAGACAC
GGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAACGC
CGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTGTTATTAGGGAAGAACATACGTGTAAGTAACTA
TGCACGTCTTGACGGTACCTAATCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAG
GTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAG
CCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCC
ATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAAC
TGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGAT
GAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGA
GTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAA
TTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCC
TTCGGGGGACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCC
CGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGTTGACTGCCGGTGAC
AAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACA
ATGGACAATACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTCAAGCAAATCCCATAAAGTTGTTCTCAGTTCGGATT
GTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGCATGCTACGGTGAATAC
GTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGCCGGTGGAGTAAC
CATTGGAGCTAGC

A8
>MK934564.1 Staphylococcus haemolyticus strain AP BFT16 16S ribosomal
RNA gene, partial sequence
GCTATACATGCAAGTCGAGCGAACAGACAAGGAGCTTGCTCCTTTGACGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTA
ACACGTGGGTAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTC
GAACCGCATGGTTCGATAGTGAAAGATGGTTTTGCTATCACTTATAGATGGACCCGCGCCGTATTAGCTA
GTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCGACGATACGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGA
ACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGAC
GGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTGTTATTAGGGAAGAACATACGTG
TAAGTAACTATGCACGTCTTGACGGTACCTAATCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGG
TAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCT
GATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAA
GTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCT
GGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGC
CGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTC
CGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCA
TGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAG
AGCCTTCCCCTTCGGGGGACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTG
GGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGTTGAC
TGCCGTGACAACCGGAGAAAGGTGGGGATGACGTCAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACG
TGCTACAATGGACAATACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTCAAGCAAATCCCATAAAGTTGTTCTCAGT
TCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGCATGCTACGG
TGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGCCGGTG
GAGTAACCATTTGGAGCTAGCCGTCGAAGGTGGGACAAATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAA

A9

XVII
>GQ110719.1 Uncultured bacterium clone nbw618g09c1 16S ribosomal RNA
gene, partial sequence
GATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACAGATAAGGAGCTTGCTCCTTTGACGT
TAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGGAG
CTAATACCGGATAACATTTGGAACCGCATGGTTCTAAAGTGAAAGATGGTTTTGCTATCACTTATAGATG
GACCCGCGCCGTATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCGACGATACGTAGCCGACCTGAGA
GGGTGATCGGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCC
GCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGGTTTCGGCTCGTAAAACTCTGTT
ATTAGGGAAGAACAAACGTGTAAGTAACTGTGCACGTCTTGACGGTACCTAATCAGAAAGCCACGGCTAA
CTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGC
GTAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAAA
CTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACC
AGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTA
GATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGC
AGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGA
CCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAATCTTGACATCC
TTTGAAAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGGACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCA
GCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAA
GTTGGGCACTCTAAGTTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCC
CCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAATACAAAGGGCAGCTAAACCGCGAGGTCATGCA
AATCCCATAAAGTTGTTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACCCGACCACATGAAGCTGGAATCGCTAGT
AATCGTAGATCAGCATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGTCT

A10
>KY218824.1 Staphylococcus aureus strain IF4SW-P5 16S ribosomal RNA
gene, partial sequence
CAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTGCTTCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATA
ACCTACCTATAAGACTGGGATAACTTCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGG
TTCAAAAGTGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAAGGT
AACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGAACTGAGACACG
GTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGGCGAAAGCCTGACGGAGCAACGCC
GCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTGTTATTAGGGAAGAACATATGTGTAAGTAACTGT
GCACATCTTGACGGTACCTAATCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGG
TGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGC
CCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCA
TGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTAACT
GACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATG
AGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAG
TACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAAT
TCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCT
TCGGGGGACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCC
GCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGTTGACTGCCGGTGACA
AACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAAT
GGACAATACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTCAAGCAAATCCCATAAAGTTGTTCTCAGTTCGGATTGT
AGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGCATGCTACGGTGAATACGT
TCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGCCGGTGGAGTAACCT
TT

XVIII
 • Alignements multiples des séquences du gène codant l’ARN16S des souches
identifiées et des homologues dans la base des données.

10 20 30 40 50 60
| | | | | |
BMGLG21A7 -----------------------------GCA-GTCGAGCGAACAGACAAGGAGCTTGCT
LC6478171 ----------------GGCTGCTATACATGCAAGTCGAGCGAACAGACAAGGAGCTTGCT
BMGLG21A8 --------------------GCTATACATGCAAGTCGAGCGAACAGACAAGGAGCTTGCT
BMGLG21A5 -----------AGACGGCCTGCTATACATGCA-GTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTGCT
BMGLG21A10 ------------------------------CA-GTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTGCT
BMGLG21A3 ------------------------------------------------------CTTGCT
BMGLG21A6 -----------AAGGCGGGTGCTATACATGCA-GTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTGCT
MT0906721 ---------------------CTATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTGCT
BMGLG21A4 ------------------GGCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACGGACGAGAAGCTTGCT
MW3083131 ------------------------------------------------------------
BMGLG21A2 ------------------------------------------------------------
MW3083251 ------------------------------------------------------CTTGCT
BMGLG21A1 ------------------------------------------------------------
HM3099791 ------------------------------------------------------------
BMGLG21A9 GATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACAGATAAGGAGCTTGCT
70 80 90 100 110 120
| | | | | |
BMGLG21A7 CCTTTGACGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTACCTATAAGACTGGG
LC6478171 CCTTTGACGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTACCTATAAGACTGGG
BMGLG21A8 CCTTTGACGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTACCTATAAGACTGGG
BMGLG21A5 TCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGG
BMGLG21A10 TCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGG
BMGLG21A3 TCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGG
BMGLG21A6 TCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGG
MT0906721 TCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGG
BMGLG21A4 TCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGG
MW3083131 -CTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGG
BMGLG21A2 ----TGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGG
MW3083251 TCTCTGATGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGG
BMGLG21A1 -------------------------------CACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGG
HM3099791 ----------TAGCGGCGGACGGGGGAGTAACACGTGGATAACCTACCTATAAGACTGGG
BMGLG21A9 CCTTTGACGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTACCTATAAGACTGGG
******* *********************
130 140 150 160 170 180
| | | | | |
BMGLG21A7 ATAACTTC-GGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTCGAACCGCATGGTTCGATAG

XIX
LC6478171 ATAACTTC-GGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTCGAACCGCATGGTTCGATAG
BMGLG21A8 ATAACTTC-GGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTCGAACCGCATGGTTCGATAG
BMGLG21A5 ATAACTTC-GGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAG
BMGLG21A10 ATAACTTC-GGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAG
BMGLG21A3 ATAACTTC-GGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAG
BMGLG21A6 ATAACTTC-GGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAG
MT0906721 ATAACTTC-GGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAG
BMGLG21A4 ATAACTTC-GGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAG
MW3083131 ATAACTTC-GGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAG
BMGLG21A2 ATAACTTCCGGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAG
MW3083251 ATAACTTC-GGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAG
BMGLG21A1 ATAACTTC-GGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAG
HM3099791 ATAACTTC-GGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAATATTTTGAACCGCATGGTTCAAAAG
BMGLG21A9 ATAACTTC-GGGAAACCGGAGCTAATACCGGATAACATTTGGAACCGCATGGTTCTAAAG
******** ************************** **** ************** * **

190 200 210 220 230 240

| | | | | |
BMGLG21A7 T-GAAAGATGGTTTTGCTATCACTTATAGATGGACCCGCGCCGTATTAGCTAGTTGGTAA
LC6478171 T-GAAAGATGGTTTTGCTATCACTTATAGATGGACCCGCGCCGTATTAGCTAGTTGGTAA
BMGLG21A8 T-GAAAGATGGTTTTGCTATCACTTATAGATGGACCCGCGCCGTATTAGCTAGTTGGTAA
BMGLG21A5 T-GAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAA
BMGLG21A10 T-GAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAA
BMGLG21A3 T-GAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAA
BMGLG21A6 T-GAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAA
MT0906721 T-GAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAA
BMGLG21A4 T-GAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAA
MW3083131 T-GAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAA
BMGLG21A2 TCGAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAA
MW3083251 T-GAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAA
BMGLG21A1 T-GAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAA
HM3099791 T-GAAAGACGGTCTTGCTGTCACTTATAGATGGATCCGCGCTGCATTAGCTAGTTGGTAA
BMGLG21A9 T-GAAAGATGGTTTTGCTATCACTTATAGATGGACCCGCGCCGTATTAGCTAGTTGGTAA
* ****** *** ***** *************** ****** * ****************
250 260 270 280 290 300
| | | | | |
BMGLG21A7 GGTAACGGCTTACCAAGGCGACGATACGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTG
LC6478171 GGTAACGGCTTACCAAGGCGACGATACGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTG
BMGLG21A8 GGTAACGGCTTACCAAGGCGACGATACGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTG
BMGLG21A5 GGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTG
BMGLG21A10 GGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTG
BMGLG21A3 GGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTG
BMGLG21A6 GGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTG
MT0906721 GGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTG
BMGLG21A4 GGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTG
MW3083131 GGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTG
BMGLG21A2 GGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTG
MW3083251 GGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTG
BMGLG21A1 GGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTG
HM3099791 GGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATGCATAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTG
BMGLG21A9 GGTAACGGCTTACCAAGGCGACGATACGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTG
******************* ***** * ********************************
310 320 330 340 350 360
| | | | | |
BMGLG21A7 GAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGG
LC6478171 GAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGG
BMGLG21A8 GAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGG

XX
BMGLG21A5 GAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGG
BMGLG21A10 GAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGG
BMGLG21A3 GAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGG
BMGLG21A6 GAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGG
MT0906721 GAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGG
BMGLG21A4 GAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGG
MW3083131 GAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGG
BMGLG21A2 GAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGG
MW3083251 GAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGG
BMGLG21A1 GAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGG
HM3099791 GAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGG
BMGLG21A9 GAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGG
************************************************************

370 380 390 400 410 420

| | | | | |
BMGLG21A7 CGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTG
LC6478171 CGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTG
BMGLG21A8 CGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTG
BMGLG21A5 CGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTG
BMGLG21A10 CGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTG
BMGLG21A3 CGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTG
BMGLG21A6 CGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTG
MT0906721 CGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTG
BMGLG21A4 CGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTG
MW3083131 CGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTG
BMGLG21A2 CGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTG
MW3083251 CGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTG
BMGLG21A1 CGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTG
HM3099791 CGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATCGTAAAACTCTG
BMGLG21A9 CGAAAGCCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGGTTTCGGCTCGTAAAACTCTG
*************************************** ***** *************
430 440 450 460 470 480
| | | | | |
BMGLG21A7 TTATTAGGGAAGAACATACGTGTAAGTAACTATGCACGTCTTGACGGTACCTAATCAGAA
LC6478171 TTATTAGGGAAGAACATACGTGTAAGTAACTATGCACGTCTTGACGGTACCTAATCAGAA
BMGLG21A8 TTATTAGGGAAGAACATACGTGTAAGTAACTATGCACGTCTTGACGGTACCTAATCAGAA
BMGLG21A5 TTATTAGGGAAGAACATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCTTGACGGTACCTAATCAGAA
BMGLG21A10 TTATTAGGGAAGAACATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCTTGACGGTACCTAATCAGAA
BMGLG21A3 TTATTAGGGAAGAACATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCTTGACGGTACCTAATCAGAA
BMGLG21A6 TTATTAGGGAAGAACATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCTTGACGGTACCTAATCAGAA
MT0906721 TTATTAGGGAAGAACATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCTTGACGGTACCTAATCAGAA
BMGLG21A4 TTATTAGGGAAGAACATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCTTGACGGTACCTAATCAGAA
MW3083131 TTATTAGGGAAGAACATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCTTGACGGTACCTAATCAGAA
BMGLG21A2 TTATTAGGGAAGAACATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCTTGACGGTACCTAATCAGAA
MW3083251 TTATTAGGGAAGAACATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCTTGACGGTACCTAATCAGAA
BMGLG21A1 TTATTAGGGAAGAACATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCTTGACGGTACCTAATCAGAA
HM3099791 TTATTAGGGAAGAACATATGTGTAAGTAACTGTGCACATCTTGACGGTACCTAATCAGAA
BMGLG21A9 TTATTAGGGAAGAACAAACGTGTAAGTAACTGTGCACGTCTTGACGGTACCTAATCAGAA
**************** * ************ ***** **********************
490 500 510 520 530 540

XXI
 | | | | | |
BMGLG21A7 AGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGG
LC6478171 AGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGG
BMGLG21A8 AGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGG
BMGLG21A5 AGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGG
BMGLG21A10 AGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGG
BMGLG21A3 AGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGG
BMGLG21A6 AGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGG
MT0906721 AGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGG
BMGLG21A4 AGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGG
MW3083131 AGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGG
BMGLG21A2 AGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGG
MW3083251 AGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGG
BMGLG21A1 AGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGG
HM3099791 AGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGG
BMGLG21A9 AGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGG
************************************************************

550 560 570 580 590 600

| | | | | |
BMGLG21A7 AATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGC
LC6478171 AATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGC
BMGLG21A8 AATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGC
BMGLG21A5 AATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGC
BMGLG21A10 AATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGC
BMGLG21A3 AATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGC
BMGLG21A6 AATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGC
MT0906721 AATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGC
BMGLG21A4 AATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGC
MW3083131 AATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGC
BMGLG21A2 AATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGC
MW3083251 AATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGC
BMGLG21A1 AATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGC
HM3099791 AATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGC
BMGLG21A9 AATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGC
********************************* **************************
610 620 630 640 650 660
| | | | | |
BMGLG21A7 TCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATT
LC6478171 TCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATT
BMGLG21A8 TCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATT
BMGLG21A5 TCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATT
BMGLG21A10 TCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATT
BMGLG21A3 TCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATT
BMGLG21A6 TCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATT
MT0906721 TCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATT
BMGLG21A4 TCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATT
MW3083131 TCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATT
BMGLG21A2 TCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATT
MW3083251 TCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATT
BMGLG21A1 TCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATT
HM3099791 TCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGAAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATT
BMGLG21A9 TCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGGAAACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATT
**************************** *******************************
670 680 690 700 710 720
| | | | | |

XXII
BMGLG21A7 CCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTT
LC6478171 CCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTT
BMGLG21A8 CCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTT
BMGLG21A5 CCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTT
BMGLG21A10 CCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTT
BMGLG21A3 CCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTT
BMGLG21A6 CCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTT
MT0906721 CCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTT
BMGLG21A4 CCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTT
MW3083131 CCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTT
BMGLG21A2 CCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTT
MW3083251 CCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTT
BMGLG21A1 CCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTT
HM3099791 CCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTT
BMGLG21A9 CCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTT
************************************************************

730 740 750 760 770 780

| | | | | |
BMGLG21A7 CTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCT
LC6478171 CTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCT
BMGLG21A8 CTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCT
BMGLG21A5 CTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCT
BMGLG21A10 CTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCT
BMGLG21A3 CTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCT
BMGLG21A6 CTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCT
MT0906721 CTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCT
BMGLG21A4 CTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCT
MW3083131 CTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCT
BMGLG21A2 CTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCT
MW3083251 CTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCT
BMGLG21A1 CTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCT
HM3099791 CTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCT
BMGLG21A9 CTGGTCTGTAACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCT
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790 800 810 820 830 840
| | | | | |
BMGLG21A7 GGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCT
LC6478171 GGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCT
BMGLG21A8 GGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCT
BMGLG21A5 GGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCT
BMGLG21A10 GGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCT
BMGLG21A3 GGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCT
BMGLG21A6 GGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCT
MT0906721 GGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCT
BMGLG21A4 GGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCT
MW3083131 GGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCT
BMGLG21A2 GGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCT
MW3083251 GGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCT
BMGLG21A1 GGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCT
HM3099791 GGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCT
BMGLG21A9 GGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCT
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850 860 870 880 890 900
| | | | | |
BMGLG21A7 GCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGG

XXIII
LC6478171 GCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGG
BMGLG21A8 GCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGG
BMGLG21A5 GCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGG
BMGLG21A10 GCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGG
BMGLG21A3 GCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGG
BMGLG21A6 GCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGG
MT0906721 GCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGG
BMGLG21A4 GCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGG
MW3083131 GCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGG
BMGLG21A2 GCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGG
MW3083251 GCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGG
BMGLG21A1 GCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGG
HM3099791 GCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGG
BMGLG21A9 GCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGG
************************************************************

910 920 930 940 950 960

| | | | | |
BMGLG21A7 AATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGA
LC6478171 AATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGA
BMGLG21A8 AATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGA
BMGLG21A5 AATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGA
BMGLG21A10 AATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGA
BMGLG21A3 AATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGA
BMGLG21A6 AATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGA
MT0906721 AATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGA
BMGLG21A4 AATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGA
MW3083131 AATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGA
BMGLG21A2 AATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGA
MW3083251 AATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGA
BMGLG21A1 AATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGA
HM3099791 AATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGA
BMGLG21A9 AATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGA
************************************************************
970 980 990 1000 1010 1020
| | | | | |
BMGLG21A7 ACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGG
LC6478171 ACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGG
BMGLG21A8 ACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGG
BMGLG21A5 ACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGG
BMGLG21A10 ACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGG
BMGLG21A3 ACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGG
BMGLG21A6 ACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGG
MT0906721 ACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGG
BMGLG21A4 ACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGG
MW3083131 ACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGG
BMGLG21A2 ACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCTTTCCCCTTCGGGGG
MW3083251 ACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGG
BMGLG21A1 ACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTGGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGG
HM3099791 ACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGACAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGG
BMGLG21A9 ACCTTACCAAATCTTGACATCCTTTGAAAACTCTAGAGATAGAGCCTTCCCCTTCGGGGG
*************************** ****** ********** **************
1030 1040 1050 1060 1070 1080
| | | | | |
BMGLG21A7 ACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGT

XXIV
LC6478171 ACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGT
BMGLG21A8 ACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGT
BMGLG21A5 ACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGT
BMGLG21A10 ACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGT
BMGLG21A3 ACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGT
BMGLG21A6 ACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGT
MT0906721 ACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGT
BMGLG21A4 ACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGT
MW3083131 ACAA-GTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGT
BMGLG21A2 ACAA-GTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGT
MW3083251 ACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGT
BMGLG21A1 ACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGT
HM3099791 ACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGT
BMGLG21A9 ACAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGT
**** *******************************************************

1090 1100 1110 1120 1130 1140

| | | | | |
BMGLG21A7 CCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGTTG
LC6478171 CCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGTTG
BMGLG21A8 CCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGTTG
BMGLG21A5 CCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGTTG
BMGLG21A10 CCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGTTG
BMGLG21A3 CCCGCAACGAGCGCAACC-TTAAGCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTA-GTTG
BMGLG21A6 CCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGTTG
MT0906721 CCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGTTG
BMGLG21A4 CCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGTTG
MW3083131 CCCGCAACGAGCGCAACC-TTAAGCTTAGTTGCCATCATTAAGT-GGGCACTCTAAGTTG
BMGLG21A2 CCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGTTG
MW3083251 CCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGTTG
BMGLG21A1 CCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAATTTGGGCACTCTA-ATTG
HM3099791 CCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGTTG
BMGLG21A9 CCCGCAACGAGCGCAACCCTTAAGCTTAGTTGCCATCATTAAGTTGGGCACTCTAAGTTG
****************** *********************** * ********** ***
1150 1160 1170 1180 1190 1200
| | | | | |
BMGLG21A7 ACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAA-GGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATG
LC6478171 ACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAA-GGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATG
BMGLG21A8 ACTGCCG-TGACAA-CCGGAGAAA-GGTGGGGATGACGTCAA-TCATCATGCCCCTTATG
BMGLG21A5 ACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAA-GGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATG
BMGLG21A10 ACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAA-GGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCC-TTATG
BMGLG21A3 ACTGCCG-TGACAA-CCGGAGGAA-GGTGGGGATGACGTCAATC--TCATGCCC-TTATG
BMGLG21A6 ACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAA-GGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATG
MT0906721 ACTGCCGGTGACAAACCGGAGAAA-GGTGGGGATGACGTCAA-TCATCATGCCCCTTATG
BMGLG21A4 ACTGCCGGTGACAA-CCGGAGGAA-GGTGGGGATGACGTCAA-TCATCAGCCCC--TATG
MW3083131 ACTGCCG-TGACAA-CCGGAGGAA-GG-GGGGATGACGTCAA-TCTTCTGCCCC--TATG
BMGLG21A2 ACTGCCGGTGACAA-CCGGAAGAAAGGTGGGGATGACGTCAA-TCATATGCCCC-T-ATG
MW3083251 ACTGCCGGTGACAA-CCGGAGGAA-GGTGGGGATGACGTCAA-TCATCTGCCCC-TTATG
BMGLG21A1 ACTGCCG-TGACAA-CCGAAGAAA-GGTGGGGATGACGTCAA-TCATCAGCCCC-TTATG
HM3099791 ACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAA-GGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATG
BMGLG21A9 ACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAA-GGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATG
******* ****** *** * ** ** ************** * *** ***
1210 1220 1230 1240 1250 1260
| | | | | |
BMGLG21A7 ATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAATACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTCAA

XXV
LC6478171 ATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAATACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTCAA
BMGLG21A8 ATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAATACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTCAA
BMGLG21A5 ATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAATACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTCAA
BMGLG21A10 ATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAATACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTCAA
BMGLG21A3 ATT-GGGCTACA--CGTGCTACA-TGGACA-TACAA-GGGCACCAAA--CGCGAGGTCA-
BMGLG21A6 ATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAATACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTCAA
MT0906721 ATT-GGGCTACCC-CGTGCTACA-TGGACA-TACAA-GGGCAGCGAA-CCGC-AGGTCA-
BMGLG21A4 ATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAATACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTCAA
MW3083131 ATT-GGGCTAC-CACGTGCTACA-TGGACA-TACAA-GGGCA-CGAAACC-CGAGGTCA-
BMGLG21A2 ATT-GGGCTAC-CACGTGCTACA-TGGACA-TACAAGGGAGCG-AAA-CCGG-AGGTCA-
MW3083251 ATT-GGGCTAC-CACGTGCTACA-TGGACA-ATCAAAGGGCAGCAAA-CCGC-AGGTCA-
BMGLG21A1 ATT-GGGCTAC-CACCTGCTACA-TGGACA-TACAA-AGGCACCAAA--CGC-GAGTCA-
HM3099791 ATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAATACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTCAA
BMGLG21A9 ATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAATACAAAGGGCAGCTAAACCGCGAGGTCAT
*** ******* * ******* ****** *** * ** * ****

1270 1280 1290 1300 1310 1320

| | | | | |
BMGLG21A7 GCAAATCCCATAAAGTTGTTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGC
LC6478171 GCAAATCCCATAAAGTTGTTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGC
BMGLG21A8 GCAAATCCCATAAAGTTGTTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGC
BMGLG21A5 GCAAATCCCATAAAGTTGTTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGC
BMGLG21A10 GCAAATCCCATAAAGTTGTTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGC
BMGLG21A3 GCAATCCCTAAATTGTT-------------------------------------------
BMGLG21A6 GCAAATCCCATAAAGTTGTTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGC
MT0906721 GCAA--TCCCTAAAGTTGTCCC--ATTCGGAT-GTA-TCTGCA-CTC-ACTAC-TGAA-C
BMGLG21A4 GCAAATCCCATAAAGTTGTTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGC
MW3083131 GCAATCCCTAAAGTGT--------------------------------------------
BMGLG21A2 GCAA--TCCCTAAA--TGTTCCC-ATTCGATT-G-A-TCCGCA-C---------------
MW3083251 GCAAA-TCCCTAAAGTTGTTCCA-GTTCGAAT-GGA-TCTGCA-CTCCACTAC-TGAACC
BMGLG21A1 GCAA--TCCCAAAAGT--------------------------------------------
HM3099791 GCAAATCCCATAAAGTTGTTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGC
BMGLG21A9 GCAAATCCCATAAAGTTGTTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACCCGACCACATGAAGC
**** * *
1330 1340 1350 1360 1370 1380
| | | | | |
BMGLG21A7 TGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGCATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTAC
LC6478171 TGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGCATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTAC
BMGLG21A8 TGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGCATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTAC
BMGLG21A5 TGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGCATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTAC
BMGLG21A10 TGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGCATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTAC
BMGLG21A3 ------------------------------------------------------------
BMGLG21A6 TGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGCATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTAC
MT0906721 TGGAT-------------------------------------------------------
BMGLG21A4 TGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGCATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTAC
MW3083131 ------------------------------------------------------------
BMGLG21A2 ------------------------------------------------------------
MW3083251 GGAACCCTGAAATC----------------------------------------------
BMGLG21A1 ------------------------------------------------------------
HM3099791 TGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGCATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGTCT-----
BMGLG21A9 TGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGCATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGTCT-----

1390 1400 1410 1420 1430 1440

| | | | | |
BMGLG21A7 ACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGCCGGTGGAGTAACCATT-GG

XXVI
LC6478171 ACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGCCGGTGGAGTAACCATT-GG
BMGLG21A8 ACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGCCGGTGGAGTAACCATTTGG
BMGLG21A5 ACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGCCGGTGGAGTAACCTTTAGG
BMGLG21A10 ACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGCCGGTGGAGTAACCT-----
BMGLG21A3 ------------------------------------------------------------
BMGLG21A6 ACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGCCGGTGGAGTAACCTTTAGG
MT0906721 ------------------------------------------------------------
BMGLG21A4 ACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGCCGGTGGAGTAACCTTTTAG
MW3083131 ------------------------------------------------------------
BMGLG21A2 ------------------------------------------------------------
MW3083251 ------------------------------------------------------------
BMGLG21A1 ------------------------------------------------------------
HM3099791 ------------------------------------------------------------
BMGLG21A9 ------------------------------------------------------------

1450 1460 1470 1480 1490

| | | | |
BMGLG21A7 AGCTAGC-----------------------------------------
LC6478171 AGCTAGCCGTCGAAGGTGAC----------------------------
BMGLG21A8 AGCTAGCCGTCGAAGGTGGGACAAATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAA
BMGLG21A5 AGCTAGCCGTCGAAGTGACAAA--------------------------
BMGLG21A10 ------------------------------------------------
BMGLG21A3 ------------------------------------------------
BMGLG21A6 AGCTAGCCGTCGAAGTGACAAAA-------------------------
MT0906721 ------------------------------------------------
BMGLG21A4 GAGCTAGCCGTTCGAAGGTTGGACAAA---------------------
MW3083131 ------------------------------------------------
BMGLG21A2 ------------------------------------------------
MW3083251 ------------------------------------------------
BMGLG21A1 ------------------------------------------------
HM3099791 ------------------------------------------------
BMGLG21A9 ------------------------------------------------

XXVII
 Annexe 4

Blast(n) des séquences nucléiques

S100 Staphylococcus aureus

S18 Staphylococcus….

XXVIII
S95 Staphylococcus aureus

S35 Staphylococcus aureus

XXIX
S53 Staphylococcus aureus

gyrA

S49 Staphylococcus….

XXX
S51 Staphylococcus aureus---heamolyticus

S24 Staphylococcus épidermidis

XXXI
NorA

S55 Staphylococcus aureus

XXXII
S3 Staphylococcus aureus

S79 Staphylococcus aureus

XXXIII
 Annexes 5
Tableau : Séquences nucléiques des gènes de résistance et la traduction en des séquences protéiques
• Gène norA
Souches Séquences nucléiques Séquences protéiques

>norA(S55) >Translation of ORF number 1 in reading

TTTGTTTTCAGTGTCAGAATTTATGTTTGCAGTTGGCCACAATT frame 2 on the direct strand.
S55 TTTCGGTATTGATGTTATCGAGAGTGATTGGTGGTATGAGTGCT LFSVSEFMFAVGHNFSVLMLSRVIGGMSAGMVMPGVTGLIADI
GGTATGGTAATGCCTGGTGTGACAGGTTTAATAGCTGATATTTC SPSQ
ACCAAGCCAA

>norA(S03) >Translation of ORF number 1 in reading

GTGTCAGAATTTATGTTTGCAGTTGGCCACAATTTTTCGGTATT frame 1 on the direct strand.
S3 GATGTTATCGAGAGTGATTGGTGGTATGAGTGCTGGTATGGTAA VSEFMFAVGHNFSVLMLSRVIGGMSAGMVMPGVTGLIA
TGCCTGGTGTGACAGGTTTAATAGCTGA

>norA(S79) >Translation of ORF number 1 in reading

TTTGTTTTCAGTGTCAGAATTTATGTTTGCAGTTGGCCACAATT frame 2 on the direct strand.
TTTCGGTATTGATGTTATCGAGAGTGATTGGTGGTATGAGTGCT LFSVSEFMFAVGHNFSVLMLSRVIGGMSAGMVMPGVTGLIADI
S79
GGTATGGTAATGCCTGGTGTGACAGGTTTAATAGCTGATATTTC SPSHEK
ACCAAGCCACGAAAAA

XXVII
 • Gène gyrA
Souches Séquences nucléiques Séquences protéiques

>gyrA (S49) >Translation of ORF number 1 in reading

AGGTATGACACCAGACAAGTCATACAAGAAATCTGCGCGTATTG frame 2 on the direct strand.
TTGGGGACGTAATGGGTAAATATCACCCACATGGTGACTCATCA GMTPDKSYKKSARIVGDVMGKYHPHGDSSIYEAMVRMAQDFSY
S49 ATTTATGAAGCAATGGTTAGAATGGCACAAGACTTCAGCTATCG RYPLLMDKVTLVLWMAM
ATATCCCTTGTTGATGGACAAGGTAACTTTGGTTCTATGGATGG VRLRCVILK
CGATGGTGCGGCTGCGATGCGTTATACTGAAGC

>gyrA(S51) >Translation of ORF number 1 in reading

AGGTATGACACCTGATAAACCATATAAAAAATCAGCACGTATCG frame 2 on the direct strand.
S51 TTGGGGATGTAATGGGTAAATATCACCCTCACGGAGACTCATCA GMTPDKPYKKSARIVGDVMGKYHPHGDSSIYDAMVRMAFQTSY
ATCTATGATGCCATGGTCAGAATGGCACAAACATTCAGTTATCG RYPLVDGQGNFGSMDGDGAAAMRYTE
TTATCCACTTGTCGATGGTCAAGGTAACTTTGGTTCAATGGACG
GCGATGGTGCCGCTGCCATGCGTTATACTGAAGC

>gyrA(S24)
ACAAGGTATGACACCCGATAAACCTTATAAGAAATCTGCACGTA >Translation of ORF number 1 in reading
TAGTCGGGGATGTCATGGGTAAATATCACCCTCATGGTGATTCT frame 2 on the direct strand.
S24 QGMTPDKPYKKSARIVGDVMGKYHPHGDSSIYEAMVRMAQDFS
TCAATTTATGAAGCAATGGTAAGAATGGCCCAAGACTTTAGTTA
TCGTTATCCACTTGTAGATGGTCAAGGTAACTTTGGCTCTATGG YRYPLVDGQGNFGSMDGDGAAAMRYTEAR
ATGGTGACGGTGCAGCCGCAATGCGTTATACTGAAGCACGTAGA

XXVIII
 • Gène grLA

Souches Séquences nucléiques Séquences protéiques

S100 >grLAS100
TTTCCGTAAAAGTGCGAAAACAGTCGGTGATGTTATTGGTCAATATCATCCA >Translation of ORF number 1 in reading frame 2 on
CATGGAGACTACTCAGTGTACGAAGCAATGGTCCGTTTAAGTCAAGACTGGA the direct strand.
AGTTACGACATGTCTTAATAGAAATGCATGGTAATAATGGTAGTATCGATAA
GGATCCGCCAGCGGCAAGCGGCGCACGAA FRKSAKTVGDVIGQYHPHGDYSVYEAMVRLSQDWKLRHVLIEMHGNNGSID
KDPPAASGAR

>grLAS18
S18 >Translation of ORF number 1 in reading frame 3 on
AAAAGTGCGAAAACAGTCGGTGACGTAATTGGACAGTATCACCCTCATGGCGACT
the direct strand.
CATCTGTGTATGATGCTATGGTAAGACTCAGTCAGGGATGGAAGCTGCGTCATGT SAKTVGDVIGQYHPHGDXSVYEAMVRLSQDWKLRHVLIEMHGNNGSIDKDPP
GCTCATAGAAATGCAAGGGAATAACGGTAGTATCGATAAGGATCCGCCAGCGG

S95 >grLAS95 >Translation of ORF number 1 in reading frame 1 on

AAGTGCGAAAACAGTCGGTGATGTTATTGGTCAATATCATCCACATGGAGACTCC the direct strand.
TCAGTGTACGAAGCAATGGTCCGTTTAAGTCAAGACTGGAAGTTACGACATGTCT KSAKTVGDVIGQYHPHGDSSVYDAMVRLSQGWKLRHVLIEMQGNNGSIDKDPP
TAATAGAAATGCATGGTAATAATGGTAGTATCGATAAGGATCCGCCAGCG A

>Translation of ORF number 1 in reading frame 1 on

S35 >grLAS35
the direct strand.
AAAAGTGCGAAAACAGTCGGTGATGTTATTGGTCAATATCATCCACATGGAGACT
KSAKTVGDVIGQYHPHGDYSVYEAMVRLSQDWKLRHVLIEMHGNNGSIDKDPP
ACTCAGTGTACGAAGCAATGGTCCGTTTAAGTCAAGACTGGAAGTTACGACATGT
AA
CTTAATAGAAATGCATGGTAATAATGGTAGTATCGATAAGGATCCGCCAGCGGCA
AGCG

>grLAS53
AAAGTGCGAAAACAGTCGGTGATGTTATTGGTCAATATCATCCA >Translation of ORF number 1 in reading frame 3 on
the direct strand.
CATGGAGACTACTCAGTGTACGAAGCAATGGTCCGTTTAAGTCA
S53 SAKTVGDVIGQYHPHGDYSVYEAMVRLSQDWKLRHVLIEMHGNNGSIDKDPPA
AGACTGGAAGTTACGACATGTCTTAATAGAAATGCATGGTAATA
ATGGTAGTATCGATAAGGATCCGCCAGCGGC

XXIX
 Annexe 6
a. Alignement des séquences nucléiques des gènes de résistance et les
Séquence homologues

• norA

Figure 66 : Alignement multiple des séquences nucléiques des souches (S79, S3, S55).
• gyrA
Figure 65 : Alignement multiple des séquences nucléiques des souches (S49, S24, S51).
• grLA

Figure 68 : Alignement multiple des séquences nucléiques des souches (S100, S18, S95,
S35, S53) sur Clustal W.
b. Aligement des séquences protéiques des gènes de résistance et les séquences
de références
• Séqunce norA
 • gyrA

• grLA
10 20 30 40 50 60
| | | | | |
grLAS100 ------------------------------------------------------------
grLAS53 ------------------------------------------------------------
grLAS35 ------------------------------------------------------------
grLAS18 ------------------------------------------------------------
WP_0012895691 MSEIIQDLSLEDVLGDRFGRYSKYIIQERALPDVRDGLKPVQRRILYAMYSSGNTHDKNF
grLAS95 ------------------------------------------------------------

70 80 90 100 110 120

| | | | | |
grLAS100 RKSAKTVGDVIGQYHPHGDYSVYEAMVRLSQDWKLRHVLIEMHGNNGSIDKDPPAAS---
grLAS53 --SAKTVGDVIGQYHPHGDYSVYEAMVRLSQDWKLRHVLIEMHGNNGSIDKDPPA-----
grLAS35 -KSAKTVGDVIGQYHPHGDYSVYEAMVRLSQDWKLRHVLIEMHGNNGSIDKDPPAA----
grLAS18 --SAKTVGDVIGQYHPHGDXSVYEAMVRLSQDWKLRHVLIEMHGNNGSIDKDPP------
WP_0012895691 RKSAKTVGDVIGQYHPHGDSSVYEAMVRLSQDWKLRHVLIEMHGNNGSIDNDPPAAMRYT
grLAS95 -KSAKTVGDVIGQYHPHGDSSVYDAMVRLSQGWKLRHVLIEMQGNNGSIDKDPPA-----
***************** ***:*******.**********:*******:***

Annexe 6
 Résumé
Les staphylocoques sont des bactéries à gram positif, responsables de diverses infections dont les
suppurations cutanées. Les quinolones sont des antibiotiques parfois utilisées en dernier dans les infections à
Staphylocoques. L’objectif de cette étude était d’étudier le déterminisme génétique de la résistance aux
Quinolones/Fluoroquinolones des souches Staphylocoques en République du Congo. Un total de 120 souches de
Staphylocoques issues de produits biologiques prélevés au laboratoire de la clinique des Nations Unies et au laboratoire
biomédical du CHUB des patients hospitalisés et externes ont été isolées et identifiées par phénotypage et par l’analyse
du gène codant pour l’ARNr16S. La résistance des différents isolats vis-à-vis des antibiotiques
(Quinolones/Fluoroquinolones) a été déterminée par la méthode de diffusion sur milieu solide. Le nombre d’isolats
provenant des patients hospitalisés a été supérieur à celui des patients de la communauté avec des taux respectivement
de 68,62% et de 31,37%. Une prédominance d’isolement a été observée chez les femmes avec 77,14% des souches
cliniques et 62,5% de souches communautaires. L’âge moyen des personnes infectées était la tranche d’âge de 16ans à
plus. L’espèce Staphylococcus aureus a été prédominante (61,76%). L’analyse bio-informatique des séquences des
produits de l'amplification du gène codant pour l'ARNr 16S de 10 souches Staphylocoques cliniques (6 S. aureus et
4SCN) a permis d’identifier 6 souches de S. aureus, 2 souches Staphylococcus haemolyticus, 1Clone de bactérie non
cultivé nbw618g09c1, et une souche Staphylococcus sp. Ces résultats ont permis de montrer l’efficacité de la méthode
moléculaire dans l’identification complète des bactéries. Les résultats des antibiogrammes des souches ont révélé des
différents niveaux de résistance et de sensibilité des souches vis-à-vis des antibiotiques testés (CIP, LEV, MXF, OFL,
AN NOR). Les souches S. aureus cliniques ont été plus résistantes que les souches S. aureus communautaires aux six
antibiotiques ; tandis que les SCN communautaires ont été plus résistances que les SCN cliniques. Les souches ont été
plus résistantes à l’AN,
la MXF a été l’antibiotique le plus sensible pouvant ainsi être recommandé pour le traitement des infections dues aux
Staphylocoques. L’analyse bio-informatique de onze séquences des fragments PCR des gènes norA, gyrA et grLA
détectées des souches cliniques et communautaires différentes résistantes aux Q/F par méthode PCR a montré que les
gènes norA, gyrA et grLA sont impliqués dans la résistance des souches par mécanisme d’efflux, et par des mutations
ponctuelles (substitutions et délétions) et que ces mutations n’ont aucune influence sur la structure tertiaire des cibles
des antibiotiques.
Mots clés : Prévalence, gène, résistance, Quinolone /Fluoroquinolones, Staphylocoques.

Summary
Staphylococci are gram-positive bacteria responsible for various infections including skin suppuration. Quinolones are
antibiotics sometimes used last in Staphylococcal infections. The objective of this study was to study the genetic
determinism of resistance to Quinolones / Fluoroquinolones of Staphylococci strains in the Republic of Congo. A total
of 120 strains of Staphylococci from biological products collected at the United Nations clinic laboratory and the CHUB
biomedical laboratory from inpatients and outpatients were isolated and identified by phenotyping and analysis of the
gene coding for 16S rRNA. The resistance of the different isolates to antibiotics (quinolones/fluoroquinolones) was
determined by the solid medium diffusion method. The number of isolates from hospitalized patients was higher than
that from community patients with rates of 68.62% and 31.37% respectively. A predominance of isolation was observed
in women with 77.14% of clinical strains and 62.5% of community strains. The average age of those infected was the
age range of 16 years and above. The species Staphylococcus aureus was predominant (61.76%). Bioinformatics analysis
of the sequences of the products of the amplification of the gene coding for the 16S rRNA of 10 clinical Staphylococci
strains (6 S. aureus and 4SCN) made it possible to identify 6 strains of S. aureus, 2 strains Staphylococcus haemolyticus,
1 uncultured bacterium clone nbw618g09c1, and a Staphylococcus sp. These results have shown the effectiveness of the
molecular method in the complete identification of bacteria. The results of the antibiograms of the strains revealed
different levels of resistance and sensitivity of the strains to the antibiotics tested (CIP, LEV, MXF, OFL, AN NOR).
Clinical S. aureus strains were more resistant than community S. aureus strains to all six antibiotics; while community
SCNs were more resistant than clinical SCNs. The strains were more resistant to AN,
MXF was the most sensitive antibiotic that could thus be recommended for the treatment of Staphylococcal infections.
The bioinformatics analysis of eleven sequences of the PCR fragments of the norA, gyrA and grLA genes detected from
different clinical and community strains resistant to Q/F by the PCR method showed that the norA, gyrA and grLA genes
are involved in the resistance of strains by efflux mechanism, and by point mutations (substitutions and deletions) and
that these mutations have no influence on the tertiary structure of antibiotic targets.

Keywords : Prévalence, gene, resistance, Quinolone / Fluoroquinolone, staphylococcus.