ECBU

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Faculté de Médecine de Constantine

Cours de microbiologie (residants)


Service de Microbiologie
Pr H.Laouar

Examen cytobactériologique des urines

PLAN

I. Introduction

II. Physiopathologie

A. Voies de contamination
B- Les facteurs prédisposant
III. Diagnostic au Laboratoire d’une infection urinaire
A. Contextes cliniques
B. Examen cytobactériologique des urines proprement dit

1. Le prélèvement.
1.1. Chez l’adulte non sondé
1.2. Chez le patient porteur d’une sonde urinaire
1.4. Chez le patient incontinent
1.5. La ponction sus pubienne
2.Transport et conservation
3. Examen direct
3.1.Leucocyturie
3.2 Bactériurie
4. La culture.
5. Interprétation.

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I. Introduction :

Les infections urinaires communautaires représentent le deuxième site d’infection bactérienne


après le tractus respiratoire. Les signes cliniques et la gravité de ces infections sont variables
allant d’une simple cystite non compliquée à une infection du haut appareil avec risque de
bactériémie et de sepsis grave.

II. Physiopathologie:

L’arbre urinaire est normalement stérile, à l’exception des derniers centimètres de l’urètre
distal qui sont colonisés par la flore périnéale.
A. Voies de contamination

Trois voies sont possibles :

• La voie ascendante (la plus fréquente): la contamination du méat urinaire se fait à


partir de la flore fécale et périnéale. Elle est beaucoup plus observée chez la femme en
raison d’un urètre court

• La voie hématogène (rare) : à pour origine une bactériémie (particulièrement à


staphylocoque ou à Candida).

• La voie iatrogène: fait suite à des manœuvres instrumentales (endoscopie, sondage) ou


interventions chirurgicales portant sur les voies urinaires.

B- Les facteurs prédisposant :


• Présence d’un obstacle sur les voies excrétrices (calcul rénal ou vésical)
• L’hypertrophie prostatique.
• Une malformation favorisant la stase urinaire (reflux urétral + + +)
• La grossesse.
• Le diabète.
• Le sujet âgé.
• Problèmes neurologiques avec retentissement sur la vessie.

III. Diagnostic au Laboratoire d’une infection urinaire :

A. Contextes cliniques

Le diagnostic d'une infection urinaire repose sur des signes cliniques évocateurs et sur
L’existence d'une bactériurie et d'une leucocyturie significatives. Les principales
circonstances amenant le clinicien à demander un ECBU sont consignées dans le tableau I.

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Tableau I : circonstances amenant le clinicien à demander un ECBU

Symptomatologie urinaire : Symptomatologie urinaire :


présente absente
Patente Trompeuse
• Dysurie •Protéinurie
• Pollakiurie • Hyperthermie isolée
• Pesanteur vésicale • Personne âgée
• Hématurie macroscopique • Diabétique
Evocatrice Systématique
• Incontinence urinaire • Femme enceinte
• Douleurs lombaires • Pré-opératoire urologique ou
• Hyperthermie associée à un autre signe gynécologique
• Leucocyturie et/ou NO3 réductase (bandelette) • Contrôle post-thérapeutique

Rq : L’ECBU n’est pas obligatoire en cas de cystite aiguë de la femme de moins de 65 ans
sans antécédents, en dehors de la grossesse.

B. Examen cytobactériologique des urines proprement dit :

1. Le prélèvement.
Le prélèvement des urines est une étape essentielle qui conditionne pour une grande part la
qualité et l’interprétation de l’examen. Le recueil des urines doit être précédé d'une hygiène
des mains et d'une toilette de la région urétrale ou vulvaire à l’aide de savon suivie de
l’application d’un antiseptique. Le prélèvement doit être pratiqué avant toute antibiothérapie
de préférence le matin ou au moins 4 heures après la miction précédente pour permettre un
temps de stase suffisant dans la vessie.
1.1. Chez l’adulte non sondé
La méthode de recueil la plus fréquemment utilisée est celle du «milieu de jet»: il s’agit
d’éliminer le premier jet (20 ml d'urines) pour ne recueillir que les 20-30 ml suivants dans un
flacon stérile.

1.2. Chez le patient porteur d’une sonde urinaire

Le recueil se fait par ponction après désinfection sur le site


Spécifique du dispositif de sonde (jamais à partir du sac collecteur, ni déconnecter la sonde du
sac pour prélever les urines.
1.3. Chez le nourrisson

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On utilise un sac collecteur après nettoyage de la région périnéale, ce dernier ne doit pas être
laissé en place plus de 30 mn.( à renouvler en absence de mictions).L’urine recueillie peut etre
transvasé dans un flacon stérile.
1.4. Chez le patient incontinent
le recueil se fait par sondage chez la femme et par collecteur pénien voire cathétérisme sus-
pubien chez l’homme.

1.5. La ponction sus pubienne


La ponction sus-pubienne (sous échographie) est la technique la plus fiable. C’est un acte
médical
qui expose à peu de risques, mais il est invasif, douloureux et ne doit être réalisé que si la voie
normale est impossible. Le germe isolé est pris en considération quelle que soit la numération.

2.Transport et conservation

L’urine est normalement stérile mais une fois contaminée constitue un bon milieu de culture
pour la plupart des bactéries. Elle doit être ensemencée rapidement ( dans les 20 minutes
suivants)et ne doit pas etre gardée plus de 12 heures à la température ambiante. Elle peut être
conservée 24 heures a + 4 °c sans modification de la bactériurie (en sachant que la
réfrigération ne préserve pas les leucocytes). La demande d’un ECBU doit être accompagné
de renseignement cliniques nécessaires à son interprétation :Nom et Prénom du patient,
modalités du prélèvement, contexte de prescription, terrain et prise eventuelle d’antibiotiques.

3. Examen direct
Le dénombrement des éléments figurés peut se faire manuellement à l’aide d’une cellule de
comptage type cellule de Malassez ou par des méthodes automatisées. A l'état physiologique,
l'urine contient moins de 10 000 leucocytes et 5 000 hématies par ml.

3.1.Leucocyturie
La leucocyturie traduit la réponse inflammatoire à la présence d’une infection du tractus
urinaire, elle est considérée comme significative si elle est ≥10/mm 3. la leucocyturie peut être
absente au cours d’authentiques IU, quand l’ECBU est fait précocement (la leucocyturie
pouvant être retardée de quelques heures), chez certains patients (neutropéniques),ou si les
urines ne sont pas traitées rapidement(lyse possible des leucocytes). Une leucocyturie même
importante n’est pas spécifique d'IU. Une leucocyturie même importante n’est pas spécifique
d’une IU. En effet, il existe de nombreuses autres causes pouvant

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être à l’origine d’une leucocyturie: vulvo-vaginite, maladie inflammatoire, urétrite, posthite,
tuberculose urinaire, et IU décapitée.
3.2 Bactériurie

La présence de bactéries à l’examen direct correspond le plus souvent à une bactériurie de


l’ordre de104 et 105 UFC/ml pour les urines centrifugées et non centrifugées respectivement.
L'examen du frottis réalisé à partir du culot de centrifugation et coloré au Gram permet
d'observer le caractère mono ou plurimicrobien de la bactériurie, d’orienter le choix des
milieux de culture et éventuellement celui d’un traitement antibiotique selon l’affinité
tinctoriale et de la morphologie du germes observé. La présence de cellules épithéliales
d’origine vaginale signe une contamination et entraîne le rejet de l’examen.
Une bactériurie sans leucocyturie peut se voir lors d’une contamination, une colonisation
urinaire, une IU débutante, et plus rarement une IU chez le patient neutropénique.
4. La culture.
Est une étape importante du diagnostic, elle permet d’identifier et de déterminer la sensibilité
aux antibiotiques du ou des germes isolés et de quantifier la bactériurie par l’une des
méthodes suivantes : dilution des urines ( méthode de Véron), technique de l'anse calibrée et
méthode de la lame immergée. Les milieux de cultures les plus utilisés sont la gélose
nutritive, milieu BCP et gélose au sang frais s’il y’a présence de cocci à l’examen
microscopique évoquant un streptocoque.
5. Interprétation.

Les critères d’une bactériurie significative ont évolué avec le temps. selon un groupe
microbiologistes européens experts, le seuil de bactériurie significative dépend du type de
micro-organismes impliqués dans les infections urinaires.

situation1 : bactéries considérées pathogènes même en cas de bactériurie faible (≥ 10 3


UFC/ml)
- Escherichia coli
- Staphylococcus saprophyticus
Situation2: bactéries souvent impliquées (notamment dans des infections
nosocomiales) .Seuil 104UFC/ml chez la femme et
103UFC/ml chez l’homme.
- entérobactéries autres que E. coli
- Staphylococcus aureus
- Entérocoques
- Corynebacterium urealyticum
- Pseudomonas aeruginosa

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Situation3: bactéries dont l’implication est peu probable ( seuil > 105 UFC)
- staphylocoques à coagulase négative autres que S. saprophyticus
- Streptococcus agalactiae
- Aerococcus urinae,
- Pseudomonaceae autres que P. aeruginosa
- Acinetobacter spp.
- Stenotrophomonas maltophilia
situation4: espèces appartenant aux flores uréthrales et génitales, à considérer en général
comme des contaminants (streptocoques alpha-hémolytiques, Gardnerella vaginalis,
Lactobacillus spp., bacilles corynéformes sauf C. urealyticum).

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