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    TP3. Annotation Du Génome Eucaryote: Genomic Sequence

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    Ce document décrit trois approches pour identifier les gènes dans les séquences génomiques eucaryotes: prédiction ab initio, recherche d'ESTs correspondants, et recherche de similarité de protéines. Il présente également des outils pour prédire les domaines protéiques, voies métaboliques et interactions protéine-protéine.

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    TP3.

    Annotation du génome eucaryote

    Objectif : identifier les gènes dans les séquences génomiques

    Nous voulons identifier des gènes dans une genomic sequence et déterminer les positions précises
    de leurs exons, introns, sites d'initiation de la traduction et sites de terminaison de la traduction.
    Nous utiliserons trois approches différentes pour identifier les gènes. Vous devrez comparer les
    résultats des trois méthodes, essayer de comprendre les écarts entre les différentes prévisions, et
    décider lequel est le plus fiable.

    1- Prédiction des gènes par les méthodes ab initio

    Utiliser ces liens

     FGENESH Mirror sites: FGENESH SoftBerry


     Genscan Mirror sites: Genscan (Heidelberg) , Genscan (Paris)

    2- Recherche des régions transcrites (EST, ADNc) dans l'ADN génomique

     Recherche des EST correspondant à la séquence génomique MEGABLAST (NCBI)


    (utilisez la base de données EST) https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?
    DATABASE=nr&PAGE=MegaBlast&FILTER=L&QUERY=CR926887
     Sélectionner toutes les EST (au moins 98% d'identité,> 70 pb) et extraire les séquences de
    la sortie NCBI BLAST
     Déterminer les emplacements de tous les exons et les introns
    Assembler les ESTs avec https://usegalaxy.eu/

     Chercher le tool CAP3 et cliquer sur le lien


     Cliquer sur upload data
     Cliquer sur choose local file et Télécharger votre fichier
     Cliquer sur run tool
     Récupérer les contigues

    Prédiction des gènes

     Chercher le programme Augustus


     Télécharger les contigues
     Cliquer sur run tool

    Donc le programme va te donner

    Augustus on data 12: GTF/GFF

    Augustus on data 12: Protein sequence

    Augustus on data 12 : Coding sequence

    Approche comparative : recherche de protéines codant des régions par


    similarité

     La recherche de similarité des protéines prédites par BlastP

    Prédiction des domaines conservés des protéines

    Pour confirmer les fonctions prédites des protéines par BLAST P

     Chercher le programme interproscan dans la plateforme Galaxy


     Télécharger les protéines prédites
     Chercher les domaines conservés
     Télécharger les résultats et les ouvrir par exel
     Donner les GO prédits de ces proteines

    Prédiction des voies métabolique dans une séquence génomique

    Copier coller la séquence génomique dans le serveur KAAS http://www.genome.jp/tools/kaas/

    Cliquer sur Request

    Cliquer sur compute

    Présenter les résultats

    Prédiction des interactions entres les protéines traduites et les autres protéines

    Cliquer sur https://string-db.org/cgi/input?


    sessionId=bTbY3CJ3zsMt&input_page_show_search=on

    Copier-coller chaque séquence protéine

    Chercher l’espèce

    Cliquer sur search

    Interpréter les résultats

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