Replication - A La Proteine
Replication - A La Proteine
Replication - A La Proteine
I – Généralités
Lors de la division cellulaire, quand une cellule mère donne deux cellules filles,
il est essentiel que l’ADN présent dans ces cellules filles soit la copie identique
de l’ADN parental. On parle de réplication de l’ADN.
Ainsi, préalablement à la division cellulaire, la quantité d’ADN est multipliée par
2. Le mécanisme de réplication conditionne donc le déroulement de la division
cellulaire. Ce mécanisme chez les procaryotes come chez les eucaryotes,
comporte en générale trois étapes : Initiation, Elongation et Terminaison.
Fig.
Exo : Schématiser
1
3-2- Initiation de la réplication
Chez E. coli, il existe au niveau de l’ADN, une origine unique de la réplication
appelée Ori C. Ce locus Ori C est constitué d’une séquence de 245 bases. Cette
séquence contient :
- 3 séquences nucléotidiques presque identiques, faites de 13 nucléotides
chacune et riches en thymine.
- 4 sites de liaison comportant un motif de 9 paires de bases pour une protéine
appelée dna A qui est une protéine d’initiation de la réplication codée par
le gène du même nom dna A.
Au début de la réplication, des copies de cette protéine s’associent avec l’ADN à
l’origine de la réplication. Ces liaisons nécessitent de l’ATP. C’est une étape
indispensable à la transformation localisée de l’ADN double brins en ADN simple
brin. Ces complexes viennent ensuite fixer l’ADN hélicase ou protéine dna B,
enzyme qui catalyse le déroulement de la double hélice d’ADN en présence
d’ATP. Ce qui définira la future fourche de réplication. Une protéine appelée dna
C est indispensable à cette étape, mais elle sera ensuite relâchée après fixation de
la protéine dna B à la fourche de réplication.
Les brins séparés de l’ADN sont ensuite stabilisés sous forme de simples brins
grâce à la fixation d’autres protéines appelées SSB (Simple Strand Binding).
Il se formera ensuite un complexe appelé Primosome ou protéine dna G entre
l’hélicase et un autre enzyme appelé Primase ; complexe qui synthèse une amorce
d’ARN de 9 bases. Après synthèse de l’amorce, une enzyme dite ADN
polymérase III s’insère au niveau de la fourche de la réplication pour commencer
la synthèse de l’ADN à partir de l’extrémité 3’-OH de l’amorce. Le complexe de
protéines qui se déplacera le long de l’ADN pour catalyser la réplication est appelé
Réplisome.
4-2- Elongation
Sur le brin avancé, la progression de la réplication se fait dans le sens 5’-3’ en
utilisant comme modèle, le brin d’ADN parental orienté dans le sens 5’-3’.
Sur le brin retardé, de petits fragments d’ADN sont synthétisés : ce sont des
fragments d’Okazaki. Chaque fragment est synthétisé dans le sens 5’-3’. Le brin
modèle correspondant (de l’ADN) est orienté de manière antiparallèle 3’-5’.
*ADNp III et étape d’élongation
2
L’intervention de l’ADNp III est essentielle dans l’incorporation des nucléotides.
L’ADNp III synthétise un brin complémentaire à partir de l’extrémité 3’-OH de
l’amorce d’ARN, en utilisant les brins d’ADN comme matrice. Cet enzyme
comportant 10 polypeptides, synthétise le brin avancé et les fragments discontinus
sur le brin retardé et toujours dans le même sens 5’-3’.
En résumé, la copie d’un brin parental nécessite donc l’intervention d’une amorce
d’ARN, une synthétase qui synthétise l’amorce d’ARN puis l’ADNp III qui
allonge cette amorce d’ARN pour fabriquer le brin complémentaire du brin
parental.
7- Terminaison de la réplication
Il existe plusieurs sites de terminaison dans le génome bactérien. Une protéine
spécifique appelée Tus, se lie au site de terminaison. Cette liaison arrête la
protéine hélicase en même temps que la réplication.
2- Caractéristiques particulières
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• La réplication chez le Eucaryotes se fait en de nombreux points d’initiation.
Elle fait intervenir un nombre d’ADNp plus important et de nombreuses
protéines comme facteurs de réplication.
• Il existe au moins 05 ADNp chez les Eucaryotes qui sont ADN alpha, β,
gama, Δ, et epsilon.
• L’ADN simple brin au cours de la réplication est stabilisé par des protéines
SSB particulières.
• Les télomères : ce sont des extrémités des chromosomes d’eucaryotes
formées des séquences répétitives.
- A l’extrémité 3’ des chromosomes, on trouve des copies répétées de
séquences de type TTGGGG ou TTAGGG.
- A l’extrémité 5’, on a les séquences complémentaires riches en cytosine.
Ainsi, la réplication de l’ADN à l’extrémité des chromosomes eucaryotes fait
donc intervenir un enzyme spécifique : la Télomérase. Cet enzyme ajoute des
séquences spécifiques en 3’-OH des brins d’ADN. Il assure également la
protection de ces extrémités chromosomiques.
Figure résumé.
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LA TRANSCRIPTION
I – Généralités
La transcription constitue l’ensemble des mécanismes par lesquels l’ARNm est
synthétisé. L’ARNm est une copie d’une portion d’ADN.
Seules certaines parties de l’ADN sont transcrites. Ces séquences d’ADN sont
appelées des gènes.
Seul l’un des deux brins de l’ADN est copié en ARNm.
La transcription constitue l’étape préliminaire essentielle pour la biosynthèse des
protéines.
II – Caractères généraux
1- Règles de base
La synthèse d’un ARNm à partir d’un ADN s’effectue toujours :
- dans le sens 5’-3 de l’ARNm en synthèse
- de manière antiparallèle par rapport à la portion d’ADN copiée.
- de façon complémentaire c'est-à-dire G - C et A - U.
2- Eléments nécessaires
La synthèse d’ARNm nécessite :
- La présence de nucléotides propres aux ARN c'est-à-dire contenant des
bases A, C, G, U ;
- La présence d’un sucre : le ribose ;
- La présence d’ARNp et des sels de Mg2+ ;
- La présence d’une matrice d’ADN servant de modèle : on parle d’ARN
polymérase – ADN dépendant.
1- Initiation
a- Généralités
Par convention, on donne le chiffre +1 au 1er nucléotide à partir duquel commence
la transcription, puis le chiffre –1, au nucléotide qui le précède. Le signal pour
initier une transcription correcte est appelé Promoteur. Ce promoteur est situé en
avant et au début de la zone où commence la transcription.
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b- Promoteur des gènes procaryotes
Ils sont généralement situés en 5’ du site +1 d’initiation. Ces promoteurs ne sont
pas donc transcrits. Dans la plupart des cas, les séquences nucléotidiques des
promoteurs sont courtes et assez similaires. Deux de ces séquences sont
remarquables :
- Une première située entre -30 et -35 paires de bases en avant de l’origine
de la transcription. On l’appelle séquence -35, constituée de six paires de
bases.
- Une deuxième séquence dite séquence -10 située à environ dix nucléotides
par rapport à l’origine de la transcription +1.
Fig.
5’ TTGACA TATAAT II +1 3’
3’ AACTGT ATATTA 5’
- 35 - 10
2- Elongation
a- Mécanisme
La progression de la transcription se fait par formation de la liaison entre les
nucléotides. Les nucléotides à ajouter sont sous formes de nucléosides
triphosphates riches en énergie. Chaque nucléoside forme une liaison ester par
son extrémité 5’ avec l’extrémité 3’ de l’ARN en cours d’élongation. Le 1 er
nucléotide comporte toujours une base purique. Ce 1er nucléotide va conserver
son groupement triphosphate. La progression de la transcription se fait dans le
sens 5’-3’ de l’ARN en synthèse.
Au fur et à mesure qu’elle se réalise, les 2 brins d’ADN se séparent et un seul brin
est copié. L’ARN formé, initialement apparié au brin d’ADN, se détache par la
suite. Les liaisons hydrogènes des brins d’ADN se forme après passage de
l’ARNp. Puis les 2 brins de l’ADN matrice reprennent leur forme hélicoïdale.
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b- Identification de brins
Considérons la séquence d’ADN suivante comme matrice :
+1
5’ AGCTTAACGCGTA 3’
3’ TCGAATTGCGCAT 5’
Le chiffre +1 ci-dessus sur la base A, désigne le site d’initiation, c’est la 1ère base
transcrite.
Au cours de la transcription et dans le cas d’une ARNp progressant dans le sens
gauche - droit sur la séquence ci-dessus, l’ARNp synthétisera un ARNm dans le
sens 5’-3’ ; ce qui signifie que la séquence d’ARNm commerce par A soit
5’ –AACGCGUA- 3’
Par définition,
- le brin d’ADN qui a le même sens que l’ARN est appelé brin sens.
- Le brin d’ADN opposé est nommé brin non-sens ou brin antisens.
Le brin sens est aussi dit non transcrit c'est-à-dire qu’il ne sert pas de brin matrice
de lecture de l’ARNp. Par contre le brin d’ADN orienté 3’-5’ est appelé brin
transcrit.
Par référence à la synthèse protéique, on parlera de brin non transcrit (sens) ou
brin codant et de brin transcrit ou non codant.
5’-GCAATCG-3’
3’-CGTTAGC- 5’
Si l’ARNp progresse dans le sens gauche - droit, le brin sens est constitué par le
brin 5’-3’. Par contre si l’ARNp progresse dans le sens droit - gauche, le brin sens
est 3’- 5’.
3- Terminaison
L’arrêt de la transcription s’effectue par l’intervention des signaux de fin de
transcription.
Les signaux formés par les séquences de polyadénylation de type 5’AATAAAA3’
sur le brin sens annoncent la terminaison de la transcription chez les eucaryotes.
L’ARNp reconnaît ce signal sur l’ADN mais poursuit la transcription. (Dans ces
conditions les produits primaires de la transcription). Dans ces conditions les
produits primaires de la transcription sont appelés transcrits primaires.
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Chez les procaryotes la terminaison est caractérisée par un site dit Terminateur. Il
apparaît à l’extrémité de l’ARNm, des boucles qui déstabilisent la liaison ARNp
et matrice d’ADN.
4- Produits de la transcription
Ces produits peuvent être principalement :
- ARNm qui sera traduit en protéine et peut être polycistronique c'est-à-dire
pour plusieurs chaînes polypeptidiques (Procaryotes) avec un ARNm issu
de plusieurs gènes) ou monocistronique (Eucaryotes).
- ARNt, ARNr, sARN.
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* Les exons sont des séquences d’ARN qui seront traduites en protéine.
* Les introns sont des séquences non traduites intercalées par les exons.
c- Excision – épissage
L’excision-épissage est un mécanisme qui permet la maturation du transcrit
primaire en ARNm. Il se déroule dans le noyau des cellules eucaryotes.
* Mécanisme
L’excision-épissage fait intervenir deux réactions de tranestérification.
Considérons le schéma suivant :
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5’ 3’ A 5’ 3’
5’ 3’
Exon 1 2’-OH Exon 2
Intron
E1 E 2A’
1- Contrôle de la transcription
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Elle est assurée par un système de régulateur composé de protéines dites
régulatrices. Ces protéines sont caractérisées par :
- leur situation à proximité du promoteur
- leur interaction avec les protéines fixées sur le promoteur
- leur variation d’un gène à l’autre.
Ces protéines ne peuvent se rencontrer que très en amont ou en aval d’un site
d’initiation. On distingue deux grands groupes, le groupe des cis –régulateurs et
le groupe des trans – régulateurs. L’association des deux groupes de facteurs de
régulation joue un rôle quantitatif important dans la synthèse des ARNm.
a- Régulation quantitative
• Epissage alternatif
Une cellule peut épisser le pré – ARNm de diverses façons pour donner plusieurs
protéines différentes à partir d’un seul gène. Ce processus est appelé épissage
alternatif ou différentiel, et l’exon éliminé est dit optionnel.
• Edition
La correction d’un ARN concerne tout traitement par addition, suppression ou
substitution d’un ou plusieurs nucléotides aboutissant à la formation d’un ARNm
dont la séquence diffère de celle du brin d’ADN lu au cours de la transcription.
On distingue :
- Edition par insertion d’une base et décalage du cadre de lecture.
- Edition avec changement d’un codon ou triplet (substitution).
b- Régulation qualitative
Elle fait intervenir les facteurs régulateurs de :
- la stabilité de l’ARNm : cette stabilité peut être très variable et conditionne
la durée de vie de l’ARNm.
- Stockage de l’ARNm.
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TRADUCTION ET CODE GENETIQUE
I – Le Code Génétique
A – Définition
Le code génétique correspond à l’enchaînement ordonné de trois bases (triplet)
permettant de déterminer le code d’un acide aminé. Ce codage c'est-à-dire
"séquence nucléotidique" correspond à séquence protéique, est assuré par un
système de traduction présent dans le cytoplasme. Il faut noter qu’il existe dans la
nature 20 acides aminés et 04 bases susceptibles de former des codons. La
combinaison des bases donne 43 = 64 triplets. Ainsi un acide aminé peut être
déterminé par plus d’un triplet.
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B- Caractéristiques principales
1- Code génétique défini par trois lettres
Sur 64 codons disponibles 03 ne peuvent pas être traduits en acides aminés et sont
appelés codons non – sens ou codons stop. Il s’agit de : UAA, UAG et UGA.
2- Code universel
Le code génétique est le même dans tous les organismes vivants à quelques
exceptions près.
1 2 3 4 5 6 7 8 9
ACG ACG ACG ACG ACG ACG ACG ACG ACG
activation
E1 : acides aminés + ATP aminoacyl – AMP + 2Pi
Aminoacyl – synthétase
E2 : aminoacyl – AMP + ARNt aminoacyl – ARNt + AMP
II – Traduction
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*ARNm : Il est porteur du message de l’ADN et indique par un codage
nucléotidique, l’ordre des acides aminés dans la future chaîne polypeptidique.
* ARNt : ce sont des adaptateurs entre les ARNm et les acides aminés. Ils
transportent les acides aminés par leur extrémité 3’-OH et possèdent l’anticodon
permettant de reconnaître les codons correspondants sur l’ARNm.
1- Initiation
L’ARNm porte le codon initiateur en 5’-P, généralement le codon AUG codant
pour la méthionine. Toutes les chaînes polypeptidiques commencent alors par la
méthionine. Ainsi chez les procaryotes comme chez les eucaryotes, l’initiation
nécessite la reconnaissance du codon AUG et la présence de ribosome.
Au début de l’initiation de la traduction, les deux sous – unités du ribosome se
dissocient, puis la petite sous – unité forme au niveau du codon initiateur, un
complexe avec l’ARNm et l’ARNt portant la formyl –méthionine (procaryote) ou
la méthionine (eucaryote).
La grande sous – unité viendra par la suite s’ajouter à cet ensemble (fin initiation).
Exo : Schématiser ce mécanisme.
Les ribosomes possèdent deux sites de fixation des ARNt :
- Un site A où se fixe l’ARNt porteur des acides aminés.
- Un site P pour l’ARNt porteur de la chaîne peptidique en cours
d’élongation.
ARNm 5’ 3’
ARNm 5’ 3’
A la fin de cette phase, on a la formation d’un dipeptide qui est logé dans le site
A, le site P est alors libre.
5’ 3’
• Etape3 : Translocation
Le ribosome se déplace d’un cran sur l’ARNm dans le sens 5’-3’ d’une distance
de 03 paires de base. Ceci correspond à un déplacement de trois nucléotides. Un
nouveau codon (codon 3) est placé en face du site A des acides aminés ; et le
mécanisme recommence.
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La répétition de ce mécanisme, allonge la chaîne peptidique et conduit à l’étape
de terminaison.
Exo : traduire en schéma.
5’ 3’
3- Terminaison
La traduction est terminée quand le ribosome se déplaçant, se trouve en présence
d’un des trois codons stop sur l’ARNm. Ces trois codons ne codant pour aucun
acide aminé, il n’y a donc pas d’ARNt correspondant. Il se produit une rupture
entre le dernier ARNt et le dernier acide aminé de la chaîne polypeptidique. Puis
une molécule d’eau viendra former avec l’extrémité C terminal, le COOH de la
nouvelle protéine.
Exo : traduire en schéma.
5’ 3’
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