I) Constituants des nucléotides :

1) Les bases azotées :

A- Les bases pyrimidiques : (petites bases)

B- Les bases puriques : (grandes bases)

2) Les nucléosides :

II) Biosynthèse des nucléotides :

1) Généralités

2) Biosynthèse de novo des nucléotides pyrimidiques :

3) La biosynthèse de novo des nucléotides puriques :

III- Les polynucléotides :

IV- ARN : Les caractères généraux :

I) Constituants des nucléotides :
1) Les bases azotées :

Il existe deux grandes familles de bases : puriques et pyrimidiques :

A- Les bases pyrimidiques : (petites bases)

Elles dérivent du noyau pyrimidine, noyau hétérocycle azoté (autres atomes de carbone) dont la
structure et la numérotation sont sur le schéma. Il y a deux atomes d’azote.

La numérotation s’effectue dans le sens horaire en partant de l’azote 1.

Si on remplace les atomes d’hydrogène en 2, 4 et 5 par des radicaux on obtient les 3 bases pyrimidiques :
Uracile, Thymine et Cytosine (U, T et C)

• Uracile : 2-4 dioxypyrimidine

Il existe deux formes tautomériques (deux formes qui se différencient par la position des hydrogènes) : une
forme céto et une forme énol.

À pH physiologique, c’est la forme céto qui prédomine (intervient dans les liaisons hydrogène entre bases
complémentaires).

Les formes tautomériques peuvent présenter des mésappariements (liaison entre A et C par exemple) qui
créent des mutations donc la céto prédomine.
• Cytosine : 2-oxy, 4-aminopyrimidine.

Le groupe aminé en 4 peut exister sous deux formes tautomériques :

- la forme amino ou amine primaire

- la forme imino ou imine.
À pH physiologique, c’est la forme amino qui l’emporte.

Forme céto et amino importante, sinon cela pourrait créer des liaison H illégitimes entre molécules et ainsi
produire des tautomères mutagènes.
Désamination oxydative (de la cytosine) :

Elle conduit à l’uracile, cette réaction chimique est catalysée par des désaminases, enzymes qui échangent le
radical amine contre une fonction céto.

Comme le nom l’indique : remplacement de la fonction amine par une fonction céto. Ainsi toutes les bases qui
contiennent des groupements aminés peuvent être transformées.

Cette désamination oxydative n’est pas propre aux bases pyrimidiques. Les bases pyrimidiques
sont appelées « petites bases ».

Ce n’est pas une réaction spécifique, on la retrouve également pour les bases puriques
B- Les bases puriques : (grandes bases)

Elles dérivent du noyau purique (ou purine) qui est aussi un hétérocycle azoté
constitué de l’accolement de deux cycles azotés :
- un cycle pyrimidine à 6 sommets et à 2 atomes d’azotes
- un cycle imidazole à 5 sommets et à 2 atomes d’azote également.

La numérotation est :
- anti-horaire dans le cycle pyrimidine
- horaire dans le cycle imidazole.

Les flèches indiquent les substituants possibles pour la création de la guanine et de

l’adénine.
 Il existe deux formes tautomériques.

Au pH physiologique c’est la forme céto qui prédomine.

Pour l’adénine, la forme amino prédomine et pour la guanine, la forme céto prédomine !

Adénine et guanine se retrouvent à la fois dans l’ADN et l’ARN.

• Désamination oxydative :

Il existe des dérivés de ces bases puriques :

- Hypoxantine = 6-oxypurine : désamination oxydative de l’Adénine

- Xanthine = 2,6-dioxypurine : désamination oxydative de la Guanine

- Acide urique = 2,6,8-trioxypurine

2) Les nucléosides :

Ils résultent de l’association d’une base (purique ou pyrimidique) avec un pentose (sucre à 5 atomes de
carbone). Ce pentose est sous forme furanose qu’on appelle le D-ribose.

Chez les eucaryotes c’est la forme « D » qui prédomine.

Deux types de pentoses sont présents dans les acides nucléiques: ils diffèrent par l’existence d’une
fonction alcool en 2’ :

D-ribose dans l’ARN et D-désoxyribose dans l’ADN. (pas OH en 2’). On a rajouté un suffixe prime (‘) pour
les différencier des bases.

La liaison entre la base et le pentose est une liaison covalente N-β-osidique soit entre le carbone 1’ du
pentose et un azote de la base : N1 (azote n°1) dans le cas des bases pyrimidiques et le N9 dans le cas des
bases puriques.

On dit β-osidique car la base est au dessus du plan de l’ose (du pentose) (le sucre stabilisé en β-D-
ribose).

D car c’est l’épimère qui prédomine.

 Désoxyguanosine :

Il existe dans les nucléosides naturels 2 conformations : SYN ou ANTI qui sont dues à la rotation de la liaison
N-β-osidique. On dit aussi que les bases sont en conformation SYN ou ANTI par rapport à l’ose.

Dans l’ADN, la forme ANTI est favorisée car son encombrement est moindre. C’est elle qui est présente
en majorité dans les acides nucléiques (ADN ou ARN).

ADN : On a une sorte « d’empilement d’assiettes » des bases, et il est plus facile de les empiler en forme anti.
 Base Ribonucléoside Désoxyribonucléoside

Adénine Adénosine Désoxyadénosine

Purines
Guanine Guanosine Désoxyguanosine

Cytosine Cytidine Désoxycytidine

Pyrimidiques Uracile Uridine NÉANT

Thymine Thymidine (rare) (ARNt) Désoxythymidine

- Osines pour les bases puriques

- Idines pour les bases pyrimidiques

L’uracile n’est présent que dans l’ARN et ne forme jamais de nucléoside avec le désoxyribose.

La Thymidine est retrouvée en petite quantité dans certains ARN (surtout dans l’ARN de transfert), base
inhabituelle pour l’ARN mais la majorité de la Thymine est présente dans l’ADN sous forme de
désoxythymidine.
 • Formation d’un nucléotide :

Un nucléotide est un composé résultant de l’estérification de la fonction alcool d’un nucléoside (5’) par une
molécule d’acide orthophosphorique (un phosphore + 4 atomes d’oxygène). C’est donc une liaison ester.

C’est donc un ester phosphorique de nucléoside.

Cette liaison ester se situe entre la fonction alcool primaire en 5’ du pentose et le résidu OH du phosphate car
le résidu OH en 3’ du pentose est déjà engagé dans la chaîne polynucléotidique.
Le nucléotide est un nucléoside 5’ monophosphate.

À pH physiologique, il porte deux charges négatives portées pas les deux atomes d’oxygène du phosphate.

β-osidique

Ac.Phosphorique pentose base

NUCLEOSIDE

NUCLEOTIDE

Ils suivent eux aussi une nomenclature précise :

Acide adénylique = adénylate = 5‘AMP

Acide uridylique = uridylate = 5’ UMP

Les nucléotides sont essentiels dans de nombreux processus cellulaires :

-Ce sont des unités élémentaires des acides nucléiques. Indispensables pour la
réplication et la transcription

- Ce sont des transporteurs d’énergie (l’ATP unité universelle d’énergie et GTP : Adénosine-3P et
Guanosine-3P)

- Ce sont des transporteurs d’acides aminés (S-adénosyl méthionine) ou d’oses ou lipides (UDP-glucos =
uridyl-diphosphate-glucose)

- L’ATP agit comme un donneur de groupes phosphoryl transférés par les protéines kinases. Ce sont les
kinases qui phosphorylent (rajout de groupement phosphate)

- Ce sont des seconds messagers constituants essentiels des voies de transduction (GMPc, AMPc =
Guanosine monophosphate cyclique et Adénosine monophosphate cyclique)

- Ils font partie de la structure de coenzyme comme le NAD, FAD.

II) Biosynthèse des nucléotides :
1) Généralités

Mécanisme de rétro-inhibition : les produits finaux de la réaction (AMP, GMP etc) vont inhiber les premières
enzymes de la réaction.

A)L’étapcommune pour la biosynthèse des bases puriques et pyrimidiques: (poly) synthèse du 5’-
phosphoribosyl-1’-pyrophosphate (PRPP).
B)e
Cette synthèse est catalysée en présence d’ATP par une PRPP synthétase à partir du
ribose 5’-phosphate (synthétase ou synthase).
Le PRPP est celui qui apporte le ribose lors de la synthèse des nucléotides.

B) Cette biosynthèse est très finement régulée par rétroinhibition pour s’ajuster aux besoins cellulaires en
énergie et en fonction de la prolifération cellulaire et du métabolisme cellulaire. Les produits terminaux de
cette biosynthèse vont aller réguler les étapes en amont. (La PRPP synthétase pourra être inhibée par les
produits finaux de la réaction).
 2) Biosynthèse de novo des nucléotides pyrimidiques :
Dans la synthèse DE NOVO des pyrimidines, le cycle pyrimidique est d’abord synthétisé puis attaché au
ribose pour former un nucléotide pyrimidique. (poly)
Problème de cette biosynthèse : très consommatrice en énergie, peu rentable.

• 1ère étape : Les cycles pyrimidiques sont assemblés à partir du bicarbonate (HCO3-), deux molécules d’ATP et
de l’ammoniac NH3 (provient habituellement de la glutamine).

Cette première étape est la synthèse du carbamyl phosphate par une carbamyl phosphate synthétase de type II
à partir du bicarbonate, de l’ATP et de l’ammoniac (provenant de la glutamine).
• 2ème étape : Le carbamyl phosphate réagit avec
l’aspartate pour former le carbamyl aspartate au cours
d’une réaction catalysée par l’aspartate
transcarbamylase.

• 3ème étape : Fermeture du noyau pyrimidine pour former

le dihydroorotate par la
dihydroorotase. (départ d’une molécule d’eau)

• 4ème étape : C’est une déshydrogénation du

dihydroorotate par le NAD+ qui conduit à l’orotate. C’est
une étape mitochondriale (dihydroorate
deshydrogénase)

• 5ème étape : L’orotate acquiert un cycle ribose du

PRPP et sous l’action d’une orotate-phospho-ribosyl-
transférase (= pyrimidine-phospho-ribosyl-
transférase) pour donner l’orotidylate ou OMP (orotidite
mono-phosphate).

• 6ème étape : L’orotidylate ou OMP est ensuite

décarboxylé en uridylate (UMP=uridine monophosphate)
s’effectue par une orotidylate-décarboxylase.
• 7ème et 8ème étape : L’UMP est ensuite phosphorylé (par des nucléosides
monophosphates kinases en présence d'ATP) en UDP puis en UTP. Ces kinases sont
spécifiques de chaque base et ne font pas de différence entre le ribose et le
désoxyribose.

• 9ème étape : L’UTP est transformé en CTP (=cytosine triphosphate) par une amination
en C4 par la citydilate-synthétase. (remplace l’atome d’oxygène par une fonction
amine)
- Formation des désoxyribonucléotides :

La réduction du ribose en C2’ est réalisée par la ribonucléotide-réductase et elle se fait dans des réactions
similaires pour les nucléotides puriques et pyrimidiques. (même enzyme)

Dernière étape nécessaire pour créer le désoxythymidylate à partir de l’Uracile. Pour ça le

désoxyuridilate (dUMP = désoxyuridyl monophosphate) est méthylé en désoxythymidylate (dTMP).

L’enzyme est la thymidylate synthétase avec comme co-facteur un dérivé folate qui apporte le
groupement méthyl. On a un processus de méthylation.
Cette enzyme est une cible de médicaments anticancéreux.
La sensibilité des cellules à l’inhibition de la synthèse en dTMP a été exploitée par la
chimiothérapie : le fluoro-uracile est converti in vivo en fluoro-désoxyuridilate (F-DUMP)
qui est un puissant agent anti-prolifératif et va permettre une inhibition irréversible de la
thymidylate synthétase.

On a donc blocage du cancer (mais aussi des autres cellules, non

spécifiques utilisées principalement en chimio).
- Régulation de la biosynthèse des nucléotides pyrimidiques :

Les deux premières enzymes sont régulées par voie allostérique :

• la carbamyl-phosphate-synthétase-II qui est inhibée par l’UTP (rétro inhibition) mais

activée par la présence du PRPP.

• L’aspartate-trans-carbamylase qui est inhibée par le CTP (rétro inhibition) et activée

par l’ATP.
 3) La biosynthèse de novo des nucléotides puriques :
Contrairement aux nucléotides pyrimidiques, dans la synthèse de novo des nucléotides
puriques, les bases puriques sont assemblées, synthétisées directement sur le cycle
du ribose.

Dans cette synthèse du noyau purine:

• L’azote en 1 provient de l’aspartate.

• Les carbones 2 et 8 proviennent du formyl-tétrahydrofolate.
• Les azotes en position 3 et 9 proviennent de la glutamine.
• Les carbones 4 et 5 et l’azote 7 sont issus de la glycine.
• Le carbone 6 est amené par le CO2
Ce noyau purine se constitue en 10 étapes menant à l’IMP : inosine monophosphate ou
inosinate.

• Ceci à partir du PRPP qui représente donc la première étape (à la différence des pyrimidiques)

• La deuxième étape est représentée par l’amidation du C1’ du ribose sous l’action d’une PRPP-
glutamyl-amino-transférase pour donner le 5’ phosphoribosylamine.
Le donneur de la fonction amine est la glutamine. Cette étape est régulée de façon importante par
les produits terminaux de la réaction, notamment l’AMP et le GMP.
 Création de l’AMP (adénylate) et du GMP (guanylate) :

➜L’adénylate (AMP) est synthétisé à partir de l’IMP (inositate) par l’addition d’aspartate qui donne l’adényl-succinate.

Le GTP (et non pas l’ATP) sert de substrat, et il est le donneur du groupement phosphoryl dans cette synthèse. (pour AMP)

➜Le guanylate est synthétisé par oxydation de l’inositate en xanthylate suivie de l’incorporation d’un groupement amine en C2 au
cours de laquelle l’ATP sert de substrat. (non GTP)

Pour pouvoir participer à la synthèse des acides nucléiques, les nucléosides monophosphates doivent être transformés en nucléosides
triphosphates et ceci est réalisé grâce à des nucléosides monophosphates kinases spécifiques de chaque base.

Ces kinases ne font pas de différence si le résidu est ribose ou désoxyribose comme substrat.
- Contrôle de la biosynthèse des nucléotides puriques :

Les voies impliquées dans le métabolisme des acides nucléiques sont régulées par
rétroinihbition pour s’ajuster au besoin cellulaire en énergie et en fonction de la
prolifération cellulaire.

Le principal régulateur de la biosynthèse DE NOVO des nucléotides puriques est la

concentration en PRPP.

Cette concentration dépend de la concentration en ribose-5-phosphate et de l’activité

de la PRPP-synthétase.
Cette PRPP-synthétase est une enzyme allostérique régulée par la concentration
ribonucléotide à la fois pyrimidique mais surtout purique: IMP, AMP, GMP
On a une régulation cumulative

La voie de l’IMP est aussi régulée au niveau de la PRPP-glutamyl-amino-transférase

(2ème étape) par rétro-inhibition par l’IMP, l’AMP le GMP.

L’AMP et le GMP contrôlent leurs formations respectives.

C’est à dire que l’AMP contrôle l’adénylate-succinate-synthétase et le GMP contrôle

l’IMP-déshydrogénase.

D’autre part, le GTP sert de substrat dans la synthèse de l’AMP tandis que l’ATP est un
substrat dans la synthèse du GMP (régulation croisée).

Cette relation réciproque entre substrats tend à équilibrer la synthèse des nucléotides
adényliques et guanylique.

Ces synthèses consomment énormément d’énergie, que l’on récupère par apport exogène
(en nous alimentant par exemple).
- Voie de récupération des nucléotides puriques :

C’est à la fois une voie de récupération et de catabolisme.

Les bases puriques libérées par la dégradation des acides nucléiques et des nucléotides
peuvent être récupérées et recyclées dans le foie et l’intestin.

Ces voies de récupérations sont remarquables par leur économie d’énergie par rapport à
la biosynthèse de novo.

Le catabolisme des nucléotides puriques aboutissent à l’acide urique excrété dans les
urines. (goutte = excès d’acide urique).

• La 5’ nucléotidase catalyse l’hydrolyse des ribo ou des désoxyribo nucléosides 5’

monophosphates pour former des nucléosides et libérer des phosphates
inorganiques.

• La purine nucléoside phosphorylase (PNP) permet la rupture des liaisons

β-glycosidiques des nucléosides puriques, et libère la base purique et le ribose-1-
phosphate.
Il existe 2 enzymes qui permettent la synthèse de nucléotides monophosphates à partir de
bases puriques:

-L’adénine-phospho-ribosyl-transférase (APRTase). On transfère un phosphoribosyl

sur la base, à partir de l’adénine on retourne à l’adénosine monophosphate.

- L’hypoxanthine guanine phospho-ribosyl-transférase (HGPRTase).

— > à partir de l’hypoxanthine ou de la guanine.

Elles sont à peu près équivalentes : elles permettent la transformation de la base en

nucléotide monophosphate en présence de PRPP.
• Les déficit APRTase :

Maladie donnant des Hyperuricémies (excès en acide urique) : dans des maladies avec
un grand renouvellement cellulaire : Exemple le cancer.

- Soit par une lyse cellulaire importante.

- Soit par un apport exogène excessif (mange beaucoup)

Le déficit HGPRTase, accumulation d’hypoxanthine et guanine et donc en acide

urique qui donne une autre maladie : le syndrome de Lesch-Nyhan

Maladie génétique rare et grave liée à l’X : les hommes sont malades mais les femmes
sont juste porteuses.

Normal à la naissance, mais retard psychomoteur à l’âge de 3 à 6 mois (hypotonie,

automutilation)

Urines sablonneuses ou cristallurie par surproduction d’acide urique.

• Les déficits en adénosine désaminase (ADA) : donnent déficit immunitaire combiné
sévère

Décès précoce avant 13 ans et entraîne la mort vers 2 ans pour les premiers cas

Infections opportunistes graves et récurrentes dans la petite enfance

Thérapie génique ex-vivo « enfants bulles ».

Accumulation d’ATP arrêt de la synthèse d’ADN en particulier dans les lymphocytes

Essais de thérapie génique ex-vivo : On effectue un transfert du gène de l’adénosine

désaminase (ex vivo) par un rétrovirus. Ce sont les cellules hématopoïétiques qui sont
corrigées.

On obtient les premiers essais positifs de la thérapie génique.

- Les voies de récupération des nucléotides pyrimidiques :

Les voies de récupération existent, elles impliquent des kinases (grandes quantités
d’énergie).

Les voies de récupération permettent d’importantes économies d’énergie (consommation

d’1 ATP pour récupération, pour 5 ATP pour production à titre de comparaison).

Contrairement aux puriques, le catabolisme des pyrimidines est peu présent en

pathologie humaine.

Il n’existe pas d’accumulation de déchet métabolique comme pour les bases puriques
(acide urique) !

Le catabolisme donne :
- la β-alanine pour la Cytosine et l’Uracile
- l’acide propionique pour la Thymine.
III- Les polynucléotides :
Les acides nucléiques : ARN ET ADN

Les nucléotides (ADN/ARN) sont unis entre eux par une liaison 3’-5’ phosphodiester.
Les sous-unités sont liées de manière covalente par la formation d’un ester de phosphate entre le
groupement 3’ hydroxyle du ribose d’un nucléotide et le groupement 5’ phosphate du nucléotide
suivant.

Il y a plus qu’une charge négative au niveau de chaque liaison phosphodiester. Deux charges
négatives à l’extrémité 5’ phosphate.

Les deux extrémités de la chaîne sont désignées par 5’ phosphate et 3’ OH.

L’écriture suit une convention absolue : extrémité 5’ toujours à gauche et 3’ toujours à droite.

Si T : ADN Si U : ARN
IV- ARN : Les caractères généraux :

Il contient les bases A, G, C, U. Chez les eucaryotes, il est présent aussi bien au niveau du noyau qu’au
niveau du cytoplasme.

Ce sont des molécules monocaténaires (alors que l’ADN est bi-caténaire) donc fragiles, mais cette chaîne
unique peut se replier sur elle-même dans certaine région en formant des structures en épingle à cheveux
(tige-boucle).
 Elle ressemble beaucoup à l’hélice de l’ADN mais attention à ne pas confondre.

Cette structure est stabilisée par des liaisons hydrogènes entre bases complémentaires

G avec C et A avec U ( G  C et A = U ).

Dans certaines régions double brin, les bases ne sont pas appariées ou donnent lieu à
des appariements imparfaits comme GU (G-U) au lieu de G  C comportant une seule
liaison hydrogène.

• Des boucles sont observées au niveau des nucléotides non appariés, elles peuvent
être terminales ou non-terminales.
• L’ARN de ces régions double brin en épingles à cheveux (tiges) peut former des
doubles hélices (= pseudo double hélice) dans les ARNt par exemple.

En fait, l’ARN peut adopter des structures encore plus complexes que tige/boucle à
l’origine d’une structure secondo-tertiaire.

En 3D la structure de l’ARN peut être très compacte.

L’ARN est moins stable que l’ADN vis à vis de l’hydrolyse.

Ceci est dû au résidu OH en C2’ du ribose qui augmente d’un facteur 100 le risque
d’hydrolyse.

Dans les ARN : AGCU mais parfois T dans ARNt mais on peut parfois trouver des bases
ou des nucléotides inhabituels.
Dans les ARN : AGCU mais parfois T dans ARNt mais on peut parfois trouver des bases
ou des nucléotides inhabituels.
Il existe différents types d’ARN nécessaires pour la synthèse protéique :

- Les ARN codants : Les ARNm ( 2 à 4 % du total). Ce sont eux qui donnent les
protéines.

- Les ARN non codants :

- Les ARN transcriptionnels (nécessaires à la traduction) :

* Les ARNr (ribosomiques): représentent environ 80-85% des ARN total

les ARNt (transfert) 15%

- Les petits ARN nucléaires :

ARNsn (small nuclear RNA: essentiel à la maturation des ARNm).

Petits ARN interférents double brin: les ARNsi (régulation de la traduction et de la

transcription). C’est le seul ARN double brin tous les autres sont mono-caténaires.

• Les ARNmi (simple brin, interagissent avec leur cible pour inhiber la transcription ou la
traduction) (25 nucléotides) Futur marqueur en pathologie humaine, très stable.
synthétisé à partir du génome nucléaire

• Enfin des ARN de trans-épissage. (maturation )

Seuls les ARNm sont codants.

 ARNs

ARNs codants ARNs non codants

ARNs
Petits ARNs
transcriptionnels

ARNm ARNr ARNt

ARNsi ARNmi ARNsno ARNsn ARN de
trans-épissage