Cours 4 Biochimie Microbienne

COURS 4 BIOCHIMIE MICROBIENNE
Catabolisme des glucides (suite)

Métabolisme aérobie du pyruvate
 Le cycle tricarboxylique de Krebs
 Le shunt glyoxylique
 Fermentations dérivées du cycle de Krebs et du shunt glyoxylique
 Importance de ces fermentations dérivées
 Le catabolisme des glucides chez les levures (anaérobie et aérobie,
applications).
Métabolisme aérobie du pyruvate
En présence d’air, les microorganismes aérobies stricts ou facultatifs

assurent l’oxydation complète du glucose.
Le pyruvate est oxydé par le cycle de Krebs et le shunt glyoxylate.
La décarboxylation oxydative du pyruvate pour former l'acétyl CoA est le

lien entre la glycolyse et le cycle de l'acide tricarboxylique (ou citrique).
Elle est catalysée par le complexe enzymatique pyruvate déshydrogénase.

Le cycle tricarboxylique de Krebs / acide citrique
Le cycle de Krebs est la voie d’oxydation aérobie de l’acétate (provenant

de la glycolyse ou du voie de pentose phosphate, ou la β-oxydation des
acides gras.
Les enzymes du cycle de Krebs sont situées dans le cytosol des

procaryotes et dans la matrice des mitochondries des eucaryotes.
Le cycle fournit des composés de départ des réactions d’anabolisme

(biosynthèse).
Le cycle tricarboxylique de Krebs
• Le bilan :
• Le rendement global en ATP (la glycolyse + cycle de Krebs + respiration) est

donc au maximum de 38 ATP.
• Chez les bactéries, il est difficile de connaitre le nombre réel d’ATP libérés, la
présence d’ATPase gêne la mise en évidence de l’ATP formé.
Cycle de Krebs
 Une séquence de réactions d’oxydation de l’acétyl-CoA en CO2.
 Commun chez les microorganismes aérobies stricts ou facultatifs.
 C’est un cycle, il commence par la condensation de l’oxaloacétate avec

l’acétyl-CoA et s’achève par la régénération de l’oxaloacétate.
 Dans le cytoplasme des procaryotes et dans les mitochondries des

eucaryotes.
 Ce cycle fournit également des précurseurs de certains acides aminés.

Le shunt glyoxylique
Certains microorganismes (E. coli, Pseudomonas et la majorité des

moisissures) sont capables de se développer à partir de l’acétate comme
seule source de carbone et d’énergie.
Ces organismes ont toutes les enzymes du cycle de Krebs, mais ont en plus
- l’isocitrase lyase, coupe l’isocitrate en succinate et glyoxylate.
- la malate synthétase condense le glyoxylate avec l’acétyl-CoA pour

former le malate.
Shunt glyoxylique
• Le shunt glyoxylique ne fournit pas de l’énergie. Il ne fonctionne que

lorsque le micro-organisme est cultivé sur acétate car le glucose
réprime ces deux enzymes.
• Les cellules décarboxylent l’oxaloacétate pour fournir du

phosphoénolpyruvate, point de départ de la biosynthèse des hexoses et
des pentoses.
shunt glyoxylique
 Le shunt du glyoxylate est une variante du cycle de Krebs.
 On le rencontre chez les microorganismes tels que les moisissures, les
bactéries et les levures.
 Réaction spécifique du shunt du glyoxylate : L’isocitrate au lieu d’être oxydé
en α cétoglutarate, est coupé en succinate et glyoxylate.
Bilan du cycle du glyoxylate
2 Acétyl-CoA + NAD+ + FAD  glyoxylate + 2 HSCoA + NADH, H+ +

FADH2 + 2 H2O
Rôle du cycle de glyoxylate
• Les organismes qui possèdent le cycle de glyoxylate, peuvent procéder à

une oxydation de l’acétyl-CoA en glyoxylate
La malate synthase, ils ont la capacité de condenser le glyoxylate et

l’acétyl-CoA pour former du malate (précurseur de la néoglucogenèse).
• En conclusion, ces organismes peuvent fabriquer du glucose à partir des

lipides.
• La seule voie métabolique permettant la synthèse des glucides à partir

d’acides gras.
Fermentations dérivées du cycle de Krebs et du shunt
glyoxylique
• Fermentations aérobies essentiellement réalisées par des moisissures,
• Aboutissent à la formation des acides organiques accumulés lorsque le

cycle est interrompu (variations des conditions : pH, présence
d’inhibiteurs des enzymes),
• Les acides organiques obtenus sont très variés (acide citrique, acide
itaconique, acide fumarique, acide oxalique, acide malique, acide
glutarique, acide succinique, acide époxysuccinique,…)
Importance des fermentations dérivées du cycle de
Krebs et du shunt glyoxylique
• La production de l’Acide citrique
utilisé dans l’industrie alimentaire : acidifiant, antioxydant, additif alimentaire (diminue le
pH à des valeurs empêchant le développement microbien). En pharmacie : sous forme
citrate de fer ou de calcium (utilisé comme agent conservateur ou anticoagulant du sang).
Il est produit par des souches d’Aspergillus niger ou d’Aspergillus wentii.
L’accumulation de citrate est obtenue à l'aide de mutants ou par des modifications de

milieu (carence en phosphate, équilibre en sels minéraux).
Le fer est inhibiteur alors que le cuivre active la production.

• La production de l’acide oxalique
Il est utilisé comme agent de blanchiment des textiles, du cuir, du bois et papier,
fabrication des encres et colorants, produit détartrant …. Il est produit par divers
souches fongiques, particulièrement des souches d’Aspergillus niger.
• La production de l’acide fumarique
utilisé dans l’industrie alimentaire comme additif alimentaire (régulateur

alimentaire de pH : E297) et surtout dans l’industrie des résines, est produit par de
nombreuses souches d’Aspergillus et de Rhizopus. .
La voie biochimique de l’acide oxalique et l’acide citrique
• Production de l’acide itaconique
Cet acide peut être produit par des souches d’Aspergillus (A. itaconucus, A.
terreus). Il provient de la décarboxylation de l’acide cis-aconitique. Cette
réaction est catalysée par la cis aconitate décarboxylase.
L’acide itaconique est utilisé dans l’industrie des peintures et des matières
plastiques.
Le catabolisme des glucides chez les levures :
Saccharomyces cerevisiae
• Anaérobies facultatives, l’orientation vers la respiration cellulaire ou la

fermentation dépend de 2 facteurs : la concentration en oxygène et en
glucose dans le milieu.
 En aérobiose avec de faibles concentrations en glucose, le métabolisme

est orienté vers les voies respiratoires (la glycolyse, le cycle de Krebs et la
chaîne terminale de transport d’électrons (38 ATP)).
 En aérobiose, avec de fortes concentrations en glucose, il y a

répression de la respiration, le métabolisme devient alors essentiellement
fermentaire  Effet Crabtree.
• Effet Crabtree : inhibition de la respiration par de fortes concentrations

en glucose (même en présence d’oxygène en excès).
• La déviation de la dégradation du glucose d’un métabolisme respiratoire

à un métabolisme fermentaire par de fortes concentration de substrat,
est appelée effet Crabtree,
• Elle est due à la répression (par le glucose) de la synthèse de certaines

enzymes du cycle de Krebs et du Shunt du glyoxylate.
• L’activité respiratoire de la levure se retrouve amoindrie et ses besoins

en énergie sont complétés par réduction du pyruvate en éthanol.
Effet Pasteur : Passage d’un mécanisme de production d’énergie par
fermentation à un mécanisme de respiration lorsqu’il y a passage
d’anaérobiose en aérobiose. L’effet Pasteur se manifeste lorsque des levures
en fermentation se trouvent en présence d’oxygène.
• Diminution de la production d’éthanol : diminution de la fermentation.
• Augmentation de la multiplication des levures : les levures se procurent leur

énergie par respiration.

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Catabolisme des glucides (suite)

En présence d’air, les microorganismes aérobies stricts ou facultatifs

Le pyruvate est oxydé par le cycle de Krebs et le shunt glyoxylate.

La décarboxylation oxydative du pyruvate pour former l'acétyl CoA est le

Elle est catalysée par le complexe enzymatique pyruvate déshydrogénase.

Le cycle de Krebs est la voie d’oxydation aérobie de l’acétate (provenant

Les enzymes du cycle de Krebs sont situées dans le cytosol des

Le cycle fournit des composés de départ des réactions d’anabolisme

• Le rendement global en ATP (la glycolyse + cycle de Krebs + respiration) est

 Une séquence de réactions d’oxydation de l’acétyl-CoA en CO2.

 Commun chez les microorganismes aérobies stricts ou facultatifs.

 C’est un cycle, il commence par la condensation de l’oxaloacétate avec

 Dans le cytoplasme des procaryotes et dans les mitochondries des

 Ce cycle fournit également des précurseurs de certains acides aminés.

Certains microorganismes (E. coli, Pseudomonas et la majorité des

- l’isocitrase lyase, coupe l’isocitrate en succinate et glyoxylate.

- la malate synthétase condense le glyoxylate avec l’acétyl-CoA pour

• Le shunt glyoxylique ne fournit pas de l’énergie. Il ne fonctionne que

• Les cellules décarboxylent l’oxaloacétate pour fournir du

Bilan du cycle du glyoxylate

2 Acétyl-CoA + NAD+ + FAD  glyoxylate + 2 HSCoA + NADH, H+ +

• Les organismes qui possèdent le cycle de glyoxylate, peuvent procéder à

La malate synthase, ils ont la capacité de condenser le glyoxylate et

• En conclusion, ces organismes peuvent fabriquer du glucose à partir des

• La seule voie métabolique permettant la synthèse des glucides à partir

• Fermentations aérobies essentiellement réalisées par des moisissures,

• Aboutissent à la formation des acides organiques accumulés lorsque le

Il est produit par des souches d’Aspergillus niger ou d’Aspergillus wentii.

L’accumulation de citrate est obtenue à l'aide de mutants ou par des modifications de

Le fer est inhibiteur alors que le cuivre active la production.

• La production de l’acide fumarique

utilisé dans l’industrie alimentaire comme additif alimentaire (régulateur

• Production de l’acide itaconique

• Anaérobies facultatives, l’orientation vers la respiration cellulaire ou la

 En aérobiose avec de faibles concentrations en glucose, le métabolisme

 En aérobiose, avec de fortes concentrations en glucose, il y a

• Effet Crabtree : inhibition de la respiration par de fortes concentrations

• La déviation de la dégradation du glucose d’un métabolisme respiratoire

• Elle est due à la répression (par le glucose) de la synthèse de certaines

• L’activité respiratoire de la levure se retrouve amoindrie et ses besoins

• Diminution de la production d’éthanol : diminution de la fermentation.

• Augmentation de la multiplication des levures : les levures se procurent leur

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