UNIVERSITE PAUL SABATIER

LICENCE 1 - SdV

CHIMIE

Responsables
Dr. Sophie FRANCESCHI, Bâtiment 2R1, Bureau 3058 -  05 61 55 73 82 -  [email protected]
Dr. Brigitte SOULA, Bâtiment CIRIMAT -  05 61 55 61 19 -  [email protected]
2
 PLAN DU COURS DE CHIMIE L1S1 SdV

INTRODUCTION : DE LA CHIMIE AUX CELLULES ET AU VIVANT

CHAPITRE I - NOTIONS FONDAMENTALES EN CHIMIE

SUR MOODLE - A REVISER POUR LE 1ER TD = TPD1
I. Grandeurs et unités
1- Mole
2- Quantité de matière
3- Fraction massique
4- Equation d’état des gaz parfaits
5- Masse volumique
6- Densité
7- Concentration molaire ou molarité
8- Concentration massique
II. Les chiffres significatifs
1- Définition
2- Chiffres significatifs pour présenter un résultat
III. Méthodes expérimentales
1- Préparation d’une solution par dissolution d’un solide
2- Préparation d’une solution par dilution

CHAPITRE II - LA MATIÈRE ET SES ÉTATS

I. Les différents états de la matière
II. Les changements d’états
III. Corps purs et mélanges

CHAPITRE III - LES ATOMES ET LES IONS

I. Les principaux atomes du vivant

II. Structure des atomes

1- Nomenclature
2- Isotopes et abondance naturelle

III. Les électrons dans l’atome

1- Les niveaux énergétiques
2- Les orbitales atomiques
3- Les nombres quantiques
4- Représentation des orbitales atomiques
5- Les électrons dans les orbitales atomiques

IV. Configuration électronique des éléments

3
CHAPITRE IV - TABLEAU PÉRIODIQUE ET PROPRIÉTÉS
I. Lien tableau périodique / électrons de valence
1- Exemple : atome d’azote
2- Atomes les plus courants

II. Lien entre propriétés des éléments et position dans le tableau périodique
1- Etat physique
2- Formation des ions
3- Electronégativité
4- Polarité des liaisons

CHAPITRE V - DES ATOMES AUX MOLÉCULES

I. La liaison covalente
II. Modèle de Lewis
III. Structure de Lewis
IV. Géométrie des molécules : VSEPR

CHAPITRE VI - LES BIOMOLÉCULES ET LEUR ENVIRONNEMENT

I. Exemples de molécules couramment rencontrées

II. L’eau et ses propriétés

III. Les interactions spécifiques
1- La liaison hydrogène
2- Organisation et solubilité des molécules dans l’eau
3- Point de fusion et température de transition de phase des molécules
IV. Les interactions non spécifiques
1- Interactions de Van Der Waals
2- Interactions hydrophobes
V. Conséquences en biologie
1- Structure et stabilité des membranes
2- Reconnaissance moléculaire et site actif
3- Structure de l’ADN

CHAPITRE VII - COMPORTEMENT DES MOLÉCULES ET DES IONS DANS L’EAU

I. Réactions de dissolution
1- Dissolution de solides ioniques
2- Dissolution de molécules organiques
II. Réactions chimiques
1- Constante d’équilibre K(T)
2- Tableau d’avancement
III. Réactions acide-base
1- Couple acide/base dans la théorie de Bronsted
2- Réaction entre un acide et une base
3- Détermination de la Réaction Prépondérante (RP)
4- Diagramme de Prédominance (DP)
4
 5- Solutions tampon
6- MEMO
CHAPITRE VIII - LES MOLÉCULES DU VIVANT
I. Structure des biomolécules organiques

II. Représentations des molécules

1- Représentations non spatiales
2- Représentations spatiales des molécules
III. Le squelette carboné
1- Les alcanes
2- Les alcènes
IV. Les principaux groupes fonctionnels

CHAPITRE IX - INTRODUCTION A LA RÉACTIVITÉ

I. La réaction chimique
II. Électrophile et Nucléophilie
III. Rupture de liaisons
IV. Types de réactions

CHAPITRE X - LES PRINCIPALES FONCTIONS ET LEUR RÉACTIVITÉ

I. Les Alcools
1- Caractéristiques
2- Propriétés physiques
II. Les Amines
1- Caractéristiques
2- Propriétés physiques
III. Les Aldéhydes et les Cétones
1- Caractéristiques
2- Réactivité
IV. Les Acides Carboxyliques et Dérivés
1- Caractéristiques
2- Propriétés physiques
3- Réactivité
V. Les Triglycérides
VI. Les Cires
VII. Les Acides Aminés

5
DOCUMENTS DE COURS

6
 CHAPITRE II- La matière et ses états

DOCUMENT II-1
SCHEMATISATION DES DIFFERENTS ETATS DE LA MATIERE

DOCUMENT II-2
LES CHANGEMENTS D’ETATS

7
CHAPITRE III- Les atomes et les ions

DOCUMENT III-1
STRUCTURE DES ATOMES

8
 DOCUMENT III-2
CLASSIFICATION PERIODIQUE DES ELEMENTS

5
À T = 298K et sous P = 1 atm (10 Pa), tous les éléments sont à l’état solide
sauf 11 gaz et 2 liquides.

9
 DOCUMENT III-3
NIVEAUX ENERGETIQUES, ORBITALES ATOMIQUES ELECTRONS
DANS L’ATOMES

10
 DOCUMENT III-4
LES NOMBRES QUANTIQUES ET LES ORBITALES ATOMIQUES

Nom du nombre quantique Valeurs possibles

n : nombre quantique principal 1≤n≤∞
l : nombre quantique secondaire 0 ≤ l ≤ (n-1)
ml : nombre quantique magnétique -l ≤ ml ≤ +l

Valeur de l 0 1 2 3 4
Nom de l'orbitale s p d f g

11
 DOCUMENT III-5
LES ORBITALES ATOMIQUES

 LES ORBITALES ATOMIQUES DE TYPE S

 LES ORBITALES ATOMIQUES DE TYPE P

12
 DOCUMENT III-6
NOMBRES QUANTIQUES ET ORBITALES ATOMIQUES

13
CHAPITRE IV- Tableau périodique et propriétés

DOCUMENT IV-1
ATOMES LES PLUS COURANTS

DOCUMENT IV-2
CLASSIFICATION PERIODIQUE DES ELEMENTS

14
 DOCUMENT IV-2
CLASSIFICATION PERIODIQUE DES ELEMENTS

5
À T = 298K et sous P = 1 atm (10 Pa), tous les éléments sont à l’état solide
sauf 11 gaz et 2 liquides.

15
 DOCUMENT IV-3
FORMATION DES IONS

GROUPE 1 : 2Li, 11Na, 19K

Eléments de configuration électronique de type ns1 sur couche valence.

Ces éléments perdent facilement les 1 électron s pour former un cation

monovalent M+ qui aura la même configuration électronique que le gaz rare

de la période précédente.

 GROUPE 2 : 4Be, 12Mg, 20Ca

Eléments de configuration électronique de type ns2 sur couche valence

Ces éléments perdent facilement les 2 électrons s pour former un cation

divalent M2+ qui aura la même configuration électronique que le gaz rare

de la période précédente.

 GROUPE 17 : 9F, 17Cl, 35Br

Eléments de configuration électronique de type ns2np5 sur couche valence.

Ces éléments fixent facilement un électron sur leur couche de valence

pour former un anion monovalent X- qui aura la même configuration

électronique que le gaz rare qui le suit dans la classification périodique.

16
 DOCUMENT IV-4
L’ELECTRONEGATIVITE DANS CLASSIFICATION PERIODIQUE

Grandeur  qui qui caractérise la capacité d’un élément à

attirer à lui le doublet d’électrons lors de la formation d’une
liaison chimique avec un autre élément.

 Dans une période : l’EN augmente de gauche à droite.

 Dans un groupe : l’EN augmente de bas en haut.

17
 DOCUMENT IV-5
QUELQUES VALEURS D’ELECTRONEGATIVITE

18
 DOCUMENT IV-6
POLARISATION DES LIAISONS

C’est une conséquence de l’électronégativité. Elle traduit l’attraction

préférentielle des électrons par un des 2 atomes.

19
CHAPITRE V- Des atomes aux molécules

DOCUMENT V-1
NOTATION DE LEWIS

20
 DOCUMENT V-2
METHODOLOGIE ET EXEMPLES

Représentation à 2 dimensions de la structure électronique

externe des atomes composant une molécule.

 METHODOLOGIE

- Formation de H2 :

- Formation de Cl2

- NH3

21
 DOCUMENT V-3
GEOMETRIE DES MOLECULES : VSEPR

 Géométrie = arrangement spatial des liaisons et doublets

non-liants autour de l’atome central.
 L’arrangement le plus probable est celui qui éloigne au
maximum les paires d’électrons les unes des autres, en
minimisant ainsi la répulsion électronique entre ces
doublets (liants ou non liants).
 A = atome central ; X = liaisons ; E = Doublets non-liants

AX2 - LINEAIRE AX3 AX4

TRIANGULAIRE TETRAEDRIQUE

AX5 AX6
BIPYRAMIDE TRIGONALE OCTAEDRIQUE

22
 DOCUMENT V-4
GEOMETRIE DES MOLECULES : VSEPR

23
CHAPITRE VI- Les biomolécules et leur environnement

DOCUMENT VI-1
EXEMPLES DE BIOMOLECULES

24
 DOCUMENT VI-2
L’EAU ET SES PROPRIETES

DOCUMENT VI-3
25
 DOCUMENT VI-3
LA LIAISON HYDROGENE

 ADN  Interaction
Enzyme-Substrat

26
 DOCUMENT VI-4
SOLUBILITE DANS L’EAU

DOCUMENT VI-4
SOLUBILITE DANS L’EAU

27
 DOCUMENT VI-5
LIAISON INTRA OU INTERMOLECULAIRE

28
 DOCUMENT VI-6
LES INTERACTIONS NON SPECIFIQUES

 VAN DER WAALS

 HYDROPHOBES

29
 CHAPITRE VII- Comportement des molécules et des ions
dans l’eau

DOCUMENT VII-1 : REACTION CHIMIQUE

aA + bB ? cC + dD
A et B sont les réactifs, C et D sont les produits,
a, b, c et d sont les coefficients stœchiométriques respectifs.

DOCUMENT VII-3
CONSTANTE D’EQUILIBRE ET PREVISION DE L’ETAT FINAL

30
 DOCUMENT VII-2 :
EXPRESSION DE LA CONSTANTE D’EQUILIBRE

Tout équilibre est caractérisé par une constante d’équilibre à une température donnée
(notée K(T)) :

[𝐂] 𝐜 [𝐃] 𝐝
( 𝐂° ) ( 𝐂° ) [𝐂]𝐜 [𝐃]𝐝
𝐊 (𝐓) = =
[𝐀] 𝐚 [𝐁] 𝐛 [𝐀]𝐚 [𝐁]𝐛
( 𝐂° ) ( 𝐂° )

avec [X]: concentration molaire à l’équilibre de l’espèce X en mol.L-1 et

C° = 1 mol.L-1 : concentration molaire standard d’un soluté

Les solides ou liquides purs ainsi que le solvant H2O (en large excès), qui apparaissent
dans l’équation chimique, ne figurent pas dans l’expression de K(T) (ou sont remplacés
par “1”).

- Concentration en soluté : ne pas confondre [X] et [X]0 !

La concentration de X à la préparation (ou concentration initiale) est notée CX ou C0 ou [X]0.
La composition de la solution obtenue peut être différente du fait de la réaction de X
avec l’eau ou avec d’autres espèces déjà présentes en solution.
On notera [X]éq ou [X] la concentration de X lorsque toutes les réactions envisageables
sont à l’équilibre.

31
 DOCUMENT VII-4 : TABLEAU D’AVANCEMENT

Avancement de la réaction : x en mol ou en mol.L1

xfinal
Taux d’avancement : 𝛕=
xmax

a) Réaction totale K > 104 xfinal = xmax et  = 1

On cherche le réactif limitant. Il aura totalement disparu à la fin de la réaction

On cherche x pour (nA)0 – a xf = 0 et pour (nB)0 – b xf =0
La plus petite valeur de x calculée correspond à l’avancement final (= maximal)

b) Réaction non totale K = 10-3,8 < 104 xfinal = xéq < xmax et  < 1

32
 DOCUMENT VII-5 :
COUPLES ACIDE / BASE USUELS

R-COOH / R-COO acide carboxylique / ion carboxylate

R=H acide méthanoïque / ion méthanoate
R = CH3 acide éthanoïque / ion éthanoate
R = C2H5 acide propanoïque / ion propanoate

R-NH3+ / R-NH2 ion ammonium / amine

NH4+ / NH3 ion ammonium / ammoniaque
CH3NH3+ / CH3NH2 ion méthyl ammonium / méthyl amine

Couples acide/base
CO32  : ion carbonate
HCO3  : ion hydrogénocarbonate H2CO3 / HCO3
H2CO3 : acide carbonique HCO3 / CO32 

PO43  : ion phosphate

HPO42  : ion hydrogénophosphate H3PO4 / H2PO4
H2PO4  : ion dihydrogénophosphate H2PO4 / HPO42 
H3PO4 : acide phosphorique HPO42  / PO43 

33
 DOCUMENT VII-6
AUTO-IONISATION OU AUTO-PROTOLYSE DE L’EAU

On mesure une légère conductivité de l’eau pure :  = 5,5.10-6 S.m-1 à 25 °C.

Puisque les molécules neutres ne contribuent pas au passage du courant, cette
conductivité mesurable expérimentalement est la preuve de l’existence d’ions.

A 25°C

Produit ionique de l’eau Ke = [H3O+][HO] Ke = 1014 << 104

Réaction quasi-négligeable

pKe =  log Ke pKe = 14

Ke = 10pKe

2 couples acide/base de l’eau : H2O / HO

H3O+ / H2O

L’eau est acide dans un couple et base dans un autre couple :

c’est un ampholyte ou une espèce amphotère.

34
 DOCUMENT VII-7
REACTIONS DES ACIDES ET DES BASES AVEC L’EAU

On introduit un acide dans l’eau : à défaut de base, l’eau jouera le rôle de base.


[A− ]×[H3 O+ ]
HA + H2O ⇄ A +
+ H3O Ka = [HA]

Ka : constante d’acidité

pKa = - log Ka

On introduit une base dans l’eau : à défaut d’acide, l’eau jouera le rôle d’acide.

 
[HA]×[HO− ]
A + H2O ⇄ HA + HO Kb = [A − ]

Kb : constante de basicité

pKb = - log Kb

 Relation entre Ka et Kb Ka Kb = Ke = 1014 à 25°C

 Relation entre pKa et pKb pKa + pKb = pKe = 14 à 25°C

35
 DOCUMENT VII-8
FORCE DES ACIDES ET DES BASES DANS L’EAU (1)

 Un acide fort (AF) en solution aqueuse est totalement converti ou dissocié

en H3O+.

Solution aqueuse d’acide chlorhydrique = ( H3O+(aq) , Cl(aq) )

HCl(g) + H2O ⟶ H3O+(aq) + Cl(aq)

Solution aqueuse d’acide nitrique = ( H3O+(aq) , NO3 (aq) )

HNO3 (l) + H2O ⟶ H3O+(aq) + NO3 (aq)

Solution aqueuse d’acide sulfurique = ( H3O+(aq) , HSO4 (aq) , SO42 (aq) )

H2SO4 (l) + H2O ⟶ H3O+(aq) + HSO4 (aq)
HSO4 (aq) + H2O ⇄ H3O+(aq) + SO42 (aq)

H3O+ : acide le plus fort pouvant exister dans l’eau

H3O+ + H2O ⇄ H2O + H3O+ Ka = 1 pKa (H3O+/H2O) = 0

𝐩𝐇 = −𝐥𝐨𝐠[𝐇𝟑 𝐎+ ] = −𝐥𝐨𝐠𝐂𝐀𝐅 Il faut trouver un pH acide < 7

sinon c’est que pH = 7

36
 DOCUMENT VII-8
FORCE DES ACIDES ET DES BASES DANS L’EAU (2)

 Un acide faible (Af) en solution aqueuse n’est que partiellement converti

ou dissocié en H3O+.

[A− ]×[H3 O+ ]
HA + H2O ⥄ A- + H3 O+ Ka = [HA]

Si l’on compare 2 Af à la même concentration initiale

+ un Af est dissocié , + Ka est élevée , + pKa est petit

Composition de la solution à l’équilibre : tableau d’avancement

HA + H2 O ⥄ A - + H 3 O+
EI : C0 excès 0 0
EE : C0 - x excès - x x x

[𝐀− ][𝐇𝟑 𝐎+ ] 𝐱𝟐
𝐊𝐚 = [HA]
= (𝐂𝟎 −𝐱)
avec x = [H3O+] = [A-]

Coefficient de dissociation (pourcentage d’acide dissocié) :

𝐱
𝛂=
𝐂𝟎

37
 DOCUMENT VII-8
FORCE DES ACIDES ET DES BASES DANS L’EAU (3)

 Une base forte (BF) en solution aqueuse est totalement convertie en

OHou totalement protonée

Solution aqueuse d’hydroxyde de sodium = ( Na+(aq) , HO-(aq) )

NaOH(s) ⟶ Na+(aq) + HO-(aq)

Solution aqueuse d’hydroxyde de potassium = ( K+(aq) , HO-(aq) )

KOH(s) ⟶ K+(aq) + HO-(aq)

Solution aqueuse de dihydroxyde de baryum = ( Ba2+(aq) , 2 HO-(aq) )

Ba(OH)2 (s) ⟶ Ba2+(aq) + 2 HO-(aq)

OH : base la plus forte pouvant exister dans l’eau

HO + H2O ⇄ H2O + HO Kb = 1 pKb (H2O/HO) = 0

pKa (H2O/HO) = 14

𝐩𝐇 = 𝟏𝟒 + 𝐥𝐨𝐠[𝐇𝐎− ] = 𝟏𝟒 + 𝐥𝐨𝐠𝐂𝐁𝐅 Il faut trouver un pH basique > 7

sinon c’est que pH = 7

38
 DOCUMENT VII-8
FORCE DES ACIDES ET DES BASES DANS L’EAU (4)

 Une base faible (Bf) en solution aqueuse n’est que partiellement convertie
en OH- ou partiellement protonée

[HA]×[HO− ]
A + H2O ⥄ HA + HO Kb = [A − ]

Si l’on compare 2 Bf à la même concentration initiale

+ une Bf est protonée , + Kb est élevée , + pKb est petit , + pKa est grand

Composition de la solution à l’équilibre : tableau d’avancement

A + H2 O ⥄ HA + HO
EI : C0 excès 0 0
EE : C0 - x excès - x x x

[𝐇𝐀][𝐇𝐎− ] 𝐱𝟐
𝐊𝐛 = [𝐀− ]
= (𝐂𝟎 −𝐱)
avec x = [HO-] = [HA]

Coefficient de protonation (pourcentage de base protonée) :

𝐱
𝛂=
𝐂𝟎

39
 DOCUMENT VII-9
ECHELLE DES pKa (T=25°C)

L’échelle des pKa dans l’eau s’étend de 0 à 14.

pKa (H3O+ / H2O) = 0

pKa (H2O / OH) = 14

40
 DOCUMENT VII-10
LA REACTION PREPONDERANTE (RP)

a) Principe de la RP
Contexte : plusieurs réactions possibles
On supposera que la composition d’un mélange à l’équilibre (concentrations des espèces
à l’équilibre) dépend essentiellement de la réaction la plus favorable dite Réaction
Prépondérante (RP) entre espèces introduites à l’état initial (EI) en quantités suffisamment
« grandes ».
C’est la réaction qui aura la plus grande constante thermodynamique KRP.
Toutes les autres réactions seront appelées réactions secondaires (RS) (KRS < KRP)

b) Recherche de la RP à l’aide de l’échelle des pKa

1) On dresse la liste des espèces présentes à l’Etat Initial (EI), au moment de la
préparation de la solution, avant toute réaction
2) On trace l’échelle des pKa avec les couples de l’eau et ceux des espèces de l’EI
3) On entoure les espèces de la liste (présentes à l’EI)
4) La RP est la réaction entre l’acide le plus fort et la base la plus forte des espèces
entourées.

41
 DOCUMENT VII-11
DETERMINATION DE LA REACTION PREPONDERANTE

EXEMPLE 1 : On prépare une solution aqueuse en introduisant dans l’eau du chlorure

d’ammonium NH4Cl , de l’acide acétique CH3COOH et de l’hydroxyde de sodium NaOH.

1) EI : H2O, NH4+, (Cl-) , CH3COOH, HO-, (Na+)

2) Echelle des pKa

RP : CH3COOH + HO → CH3COO- + H2O gamma direct

KRP = 10+pKa = 10+(14 – 4,8) = 109,2 ; KRP = 109,2 >> 104 donc réaction totale

EXEMPLE 2 : On prépare une solution aqueuse en introduisant dans l’eau du chlorure

d’ammonium NH4Cl.

1) EI : H2O, NH4+, (Cl-)

2) Echelle des pKa

RP : NH4+ + H2O ⥄ NH3 + H 3O + gamma indirect

KRP = 10pKa = 10 (9,2 – 0) = 109,2 ; KRP = 109,2 << 104 donc réaction quasi-négligeable

RS : 2 H2O ⥄ H3O+ + OH KRS = Ke = 1014 gamma indirect

KRS = 10pKa = 10 (14 – 0) = 1014 ; KRS = 1014 << 104 donc réaction quasi-négligeable
42
 DOCUMENT VII-12
CALCUL RAPIDE DE LA CONSTANTE À PARTIR DE L’ECHELLE DES pKa
REGLE DU GAMMA 


pKa = pKa2 - pKa1 > 0

Pour dessiner le gamma, on part de l’acide réactif (en haut) et on rejoint la base réactif (en
bas) et pour obtenir les produits, sans lever la pointe du stylo, on rejoint à l’horizontale la
base conjuguée de l’acide réactif puis l’acide conjugué de la base réactif.

 

 

direct indirect ou inverse

Réaction en faveur des produits Réaction en faveur des réactifs

HA1 + A2 ⥂ A1 + HA2 HA2 + A1 ⥄ A2 + HA1

K>1 K<1

K = 10 + pKa K = 10  pKa 
puissance de 10 positive puissance de 10 négative

43
 DOCUMENT VII-13
DIAGRAMME DE PREDOMINANCE (DP)

a) DP des ions H3O+ et OH à 25°C

b) DP d’un couple HA/A

44
 DOCUMENT VII-14
EXEMPLES DE DIAGRAMMES DE PREDOMINANCE (1)

EXEMPLE 1 : DP du couple CH3COOH / CH3COO- (pKa = 4,8 à 25°C)

EXEMPLE 2 : DP du polyacide H2CO3 (acide carbonique)

Couples : H2CO3 / HCO3 HCO3 / CO32

pKa1 = 6,4 pKa2 = 10,3

45
 DOCUMENT VII-14
EXEMPLES DE DIAGRAMME DE PREDOMINANCE (2)

EXEMPLE 3 : DP d’un acide aminé (AA)

En solution aqueuse, à pH physiologique, les AA sont sous forme de zwitterion
càd que la fonction amine est protonée et le groupe carboxyle a perdu son
proton.

AA le plus simple (R=H) : la glycine

46
 DOCUMENT VII-14
EXEMPLES DE DIAGRAMME DE PREDOMINANCE (3)

Les 20 acides aminés de base

47
 DOCUMENT VII-14
EXEMPLES DE DIAGRAMME DE PREDOMINANCE (4)

Le corps humain peut produire 10* des 20 acides aminés nécessaires. Les autres, appelés
acides aminés essentiels, proviennent de votre diète et doivent être consommés
régulièrement.

Constantes d’acidité et points isoélectriques des 20 acides aminés à 25°C

Acide Aminé pKa pI

Chaîne latérale
-COOH -NH3+ R-COOH ou R-NH3+
ou R-SH
Acide aspartique* 2,0 9,9 3,9 2,95
Acide glutamique* 2,1 9,5 4,1 3,10
Cystéine* 1,9 10,7 8,4 5,15
Asparagine* 2,1 8,7 5,40
Thréonine 2,1 9,1 5,60
Glutamine* 2,2 9,1 5,65
Méthionine 2,1 9,3 5,70
Sérine* 2,2 9,2 5,70
Tyrosine* 2,2 9,2 10,5 5,70
Phénylalanine 2,2 9,3 5,75
Tryptophane 2,5 9,4 5,95
Valine 2,3 9,7 6,00
Leucine 2,3 9,7 6,00
Isoleucine 2,3 9,8 6,05
Glycine* 2,4 9,8 6,10
Analine* 2,4 9,9 6,15
Proline* 2,0 10,6 6,30
Histidine 1,8 9,3 6,0 7,65
Lysine 2,2 9,1 10,5 9,80
Arginine 1,8 9,0 12,5 10,75
48
 DOCUMENT VII-14
EXEMPLES DE DIAGRAMME DE PREDOMINANCE (5)

Utilisation des DP

 pour séparer plusieurs acides aminés dans un mélange par électrophorèse

L’électrophorèse est une méthode de séparation basée sur les différences de charges des
éléments dans une solution aqueuse à un pH donné sous l’effet d’un champ électrique.

La charge globale (effective) d’un acide aminé est fonction du pH et donc de son
environnement.

À un pH choisi (pH du tampon dans les cuves),

- l’acide aminé dont la charge effective est nulle ne migrera pas ;
- l’acide aminé dont la charge effective est négative migrera vers l’anode (+) ;
- l’acide aminé dont la charge effective est positive migrera vers la cathode (-).

 pour calculer le point isoélectrique (pI) d’un AA

Le point isoélectrique d’un AA noté pI est le pH pour lequel la charge électrique globale
de l’AA est nulle. Il est calculé comme étant la demi-somme des 2 pKa de part et d’autre
de la forme globalement neutre.

EXEMPLE : la cystéine

𝟏,𝟗+𝟖,𝟒
𝐩𝐈 = = 𝟓, 𝟏𝟓
𝟐

49
 DOCUMENT VII-15
LES SOLUTIONS TAMPON (1)

a) Définition : Pour avoir une solution tampon, il faut avoir, à l’équilibre, un acide faible
HA et sa base faible conjuguée A , tous deux à des concentrations voisines.

b) Recherche de la RP à l’aide de l’échelle des pKa

EI : H2O , HA , A-

RP : HA + A- ⇌ A- + HA

[A− ][HA]
KRP = [HA][A−] = 1

Equilibre parfait : la réaction laisse la composition du milieu inchangée

[HA]  [HA]0 et [A-]  [A-]0

c) pH d’une solution tampon

50
 DOCUMENT VII-15
LES SOLUTIONS TAMPON (2)

d) Propriétés d’une solution tampon : Une solution tampon est une solution dont le pH
varie peu par dilution et par addition modérée d’acide fort ou de base forte.

Influence de la concentration du tampon

Plus une solution tampon est concentrée, plus elle est efficace vis-à-vis des propriétés.
Au-dessous de [HA] = [A-] = 103 mol.L1, une solution tampon n’est pas très efficace.

e) Trois méthodes de préparation d’une solution tampon

 Introduire l’acide faible et sa base faible conjuguée

en quantités voisines.

 Ajouter une base forte à l’acide faible jusqu'à avoir pH ≈ pKa

HA + OH  A + H2O
càd jusqu’au voisinage de la ½ équivalence.

 Ajouter un acide fort à la base faible jusqu'à avoir pH ≈ pKa

A + H3O+  HA + H2O
càd jusqu’au voisinage de la ½ équivalence.

51
 DOCUMENT VII-15
LES SOLUTIONS TAMPON (3)

f) Exemple de préparation d’un tampon phosphate

pKa1 (H3PO4/H2PO4) = 2,1 ; pKa2 (H2PO4/HPO42) = 7,2 ; pKa3 (HPO42/PO43) = 12,4

Une solution tampon phosphate est un tampon pratique à avoir, en particulier pour les
applications biologiques.

1. Décidez du couple acide/base en fonction du pH du tampon. Le pH du tampon doit se

situer à moins d'une unité de pH du pKa du couple choisi.
Par exemple, si vous voulez que le pH de votre tampon soit 7, alors utilisez le pKa de 7,2 et
donc le couple H2PO4-/HPO42-

2. Décidez de la concentration C (molarité) et du volume V du tampon.

La molarité du tampon est la somme des molarités de l'acide et de la base conjuguée :
C = [Acide] + [Base]
Pour un tampon de 1 M càd à 1 mol.L-1 sélectionné pour faciliter le calcul,
[Acide] + [Base] = 1
Si vous préparez une solution tampon concentrée, vous pourrez la diluer au besoin. Vous
pouvez simplifier le calcul si vous faites V = 1 L de tampon.

3. Utilisez l'équation de Henderson-Hasselbach pour calculer la quantité d'acide et de

base dont vous avez besoin.
[Base] [𝐁𝐚𝐬𝐞]
pH = pK a + log [Acide] pour en déduire le rapport [𝐀𝐜𝐢𝐝𝐞]
[𝑩𝒂𝒔𝒆]
Dans notre exemple : [𝑨𝒄𝒊𝒅𝒆] = 𝟎, 𝟔𝟑𝟏

Puis on résout le système à 2 équations : [Acide] + [Base] = 1 et [𝑩𝒂𝒔𝒆]

[𝑨𝒄𝒊𝒅𝒆]
= 𝟎, 𝟔𝟑𝟏

4. Préparez la solution en mélangeant 0,613 mole de NaH2PO4 et 0,387 mole de Na2HPO4

dans un peu moins d'un litre d'eau.

5. Vérifiez le pH à l'aide d’un pH-mètre et ajustez-le si nécessaire avec de l'acide

phosphorique ou de l'hydroxyde de sodium.
6. Une fois que vous avez atteint le pH souhaité, ajoutez de l'eau pour porter le volume
total de tampon à V (= 1 L dans notre exemple).
52
 DOCUMENT VII-16
MEMO SUR LES DIFFERENTS TYPES DE SOLUTIONS AQUEUSES

a) Solution d’un AF et solution d’une BF

b) Solution d’un Af , solution d’une Bf et solution tampon

53
 DOCUMENT VII-17
TABLEAU DES pKa À 25°C DANS L’EAU

L’échelle des pKa dans l’eau à 25°C s’étend de 0 à 14.

acides forts
HI, HBr, HCl, HNO3, HClO4, bases indifférentes
HClO3, H2SO4
hydronium H3O + H2O eau 0
-
trichloroéthanoïque CCl3COOH CCl3COO trichloroéthanoate 0,7
-
dichloroéthanoïque CHCl2COOH CHCl2COO dichloroéthanoate 1,3
-
oxalique HOOC-COOH HOOC-COO hydrogénooxalate 1,3
-
sulfureux H2SO3 HSO3 hydrogénosulfite 1,8
- 2-
hydrogénosulfate HSO4 SO4 sulfate 2,0
-
chloreux HClO2 ClO2 chlorite 2,0
phosphorique H3PO4 H2PO4- dihydrogénophosphate 2,1
hexaqua fer(III) Fe(H2O)63+ Fe(OH)(H2O)5 2+
pentaqua hydroxo fer(III) 2,2
+ + -
Acide conjugué (diacide) H3N -CH2-COOH H3N -CH2-COO glycine 2,3
-
fluoréthanoïque CH2FCOOH CH2FCOO fluoréthanoate 2,57
-
chloroéthanoïque CH2ClCOOH CH2ClCOO chloroéthanoate 2,86
-
bromoéthanoate CH2BrCOOH CH2BrCOO bromoéthanoate 2,90
hexaqua fer(III) Fe(H2O)63+ Fe(OH)(H2O)5 2+
pentaqua hydroxo fer(III) 3,0
-
iodoéthanoïque CH2ICOOH CH2ICOO iodoéthanoate 3,16
-
fluorhydrique HF F fluorure 3,17
-
nitreux HNO2 NO2 nitrite 3,30
-
cyanique HOCN OCN cyanate 3,66
-
méthanoïque HCOOH HCOO méthanoate 3,75
-
lactique CH3CHOHCOOH CH3CHOHCOO lactate 3,86
-
benzoïque C6H5COOH C6H5COO benzoate 4,20
+
anilinium C6H5NH3 C6H5NH2 aniline 4,62
-
éthanoïque CH3COOH CH3COO éthanoate 4,75
-
propanoïque CH3CH2COOH CH3CH2COO propanoate 4,87
hexaqua aluminium(III) Al(H2O)63+ Al(OH)(H2O)52+ pentaqua hydroxo aluminium(III) 4,95
+
pyridinium C5H5NH C5H5N pyridine 5,16
3+ +
fer(II) Fe Fe(OH) hydroxo fer(II) 5,7
+
hydroxylammonium NH3OH NH2OH hydroxylamine 6,0
-
dioxyde de carbone CO2 + H2O HCO3 hydrogénocarbonate 6,4
-
sulfhydrique H2S HS hydrogénosulfure 7,0
dihydrogénophosphate H2PO4- HPO4 2-
hydrogénophosphate 7,2
-
hypochloreux HClO ClO hypochlorite 7,3
- 2-
hydrogénosulfite HSO3 SO3 sulfite 7,6
+
hydrazinium NH2 NH3 NH2 NH2 hydrazine 8,2

54
hexaqua zinc(II) Zn(H2O)62+ Zn(OH)(H2O)5+ pentaqua hydroxo zinc(II) 8,96
+
ammonium NH4 NH3 ammoniac 9,2
-
borique H3BO3 H2BO3 borate 9,23
-
cyanhydrique HCN CN cyanure 9,31
+ - -
glycine H3N -CH2-COO H2N-CH2-COO Base conjuguée (dibase) 9,6
+
triméthylammonium (CH3)3NH (CH3)3N triméthylamine 9,9
-
phénol C6H5OH C6H5O phénolate 10,0
-
hydrogénocarbonate HCO3 CO32- carbonate 10,3
+
éthylammonium C2H5NH3 C2H5NH2 éthylamine 10,7
+
méthylammonium CH3NH3 CH3NH2 méthylamine 10,7
+
diéthylammonium (C2H5)2NH2 (C2H5)2NH diéthylamine 11,0
+
diméthylammonium (CH3)2NH2 (CH3)2NH diméthylamine 11,0
2- 3-
hydrogénophosphate HPO4 PO4 phosphate 12,3
- 2-
hydrogénosulfure HS S sulfure 12,9
-
eau H2O OH hydroxyde 14

bases fortes
acides indifférents
O 2-, NH2-, alcoolate

55
 CHAPITRE VIII- Les molécules du vivant

DOCUMENT VIII-1
REPRESENTATION PLANE DES MOLECULES

 FORMULE BRUTE = Indique l’ensemble des atomes de la

molécule.

 FORMULE DEVELOPPEE = Enchainement entre les différents

atomes qui constituent la molécule.

 FORMULE SEMI-DEVELOPPEE = Idem en formule

développée mais les liaisons impliquant les atomes
d’hydrogène ne sont pas représentées sauf pour les
fonctions.

 FORMULE TOPOLOGIQUE = Atomes d’hydrogène et de

carbone des liaisons C-H de la chaîne carbonée non
représentés. Seuls les atomes autres que C et H sont
représentés.

56
 DOCUMENT VIII-1 (suite)
REPRESENTATION DES MOLECULES

 DANS LE PLAN

 DANS L’ESPACE

57
 DOCUMENT VIII-2
LE SQUELETTE CARBONE

LES ALCANES

58
 DOCUMENT VIII-3
LES PRINCIPALES FONCTIONS DES BIOMOLECULES

59
 DOCUMENT IX-1
EQUATION CHIMIQUE ET MECANISME REACTIONNEL

60
 DOCUMENT IX-2
RUPTURES DE LIAISONS

61
 DOCUMENT IX-3
QUATRE GRANDES CATEGORIES DE REACTIONS

62
 DOCUMENT X-1
HYDRATATION ET ACETALISATION

63
 DOCUMENT X-2
ESTERIFICATION ET MECANISME

64
 DOCUMENT X-3
FORMATION D’AMIDE

65