Cours de Bactériologie-Virologie

L3 UFR SPB
Pr Ag Y.Z. Nanga
Pr Ag. T. Ouassa
Département de Bactériologie-Virologie
UFR SPB
Programme
• Chapitre 1 : Le monde microbien
• Chapitre 2 : Structure de la cellule bactérienne
• Chapitre 3 : Nutrition et croissance bactérienne
• Chapitre 4 : Métabolisme bactérien
• Chapitre 5 : Taxonomie bactérienne
• Chapitre 6 : Génétique bactérienne
• Chapitre 7 : Les antibiotiques
• Chapitre 8 : Structure et classification des virus
• Chapitre 9 : Méthodes d’étude des virus
• Chapitre 10 : Multiplication virale
• Chapitre 11 : L’infection virale, diagnostic et traitement
Chapitre 1 : Le monde
microbien
Plan

• Introduction

I. Historique

II. Place des microorganismes

III. Utilité des microorganismes

• Conclusion
Plan

• Introduction

I. Historique

II. Place des microorganismes

III. Utilité des microorganismes

• Conclusion
Introduction

• Microbiologie = sous-discipline de la biologie basée sur l'étude des micro-

organismes et des relations avec leur environnement
• Monde des microorganismes pendant longtemps resté inconnu car invisibles à
l’œil nu.
• Cependant, manifestation des effets de manière visible car rôle dans :
- Environnement
- Certaines activités de l’homme
- Maladies provoquées par certains d’entre eux (infections) et pouvant atteindre
plantes, animaux, homme.
Introduction

• Quatre groupes de microorganismes sont à l’origine des infections humaines :

- Parasites
- Eléments fongiques (champignons microscopiques et levures)
- Bactéries
- Virus
• Aux deux derniers groupes, sont également associés les prions
les différentes branches de la microbiologie
Plan

• Introduction

I. Historique

II. Place des microorganismes

III. Utilité des microorganismes

• Conclusion
I. Historique

1. Découverte du monde microbien

2. Les grandes découvertes de la microbiologie

3. Ere pasteurienne

4. Période moderne
I. Historique

1. Découverte du monde microbien

- Notion de contamination de l’air envisagée par les anciens Grecs et Romains.

Exple : Hypothèse de Marcus Terentius (116 av-JC) sur le paludisme.

- Terribles épidémies ayant bouleversé le monde au moyen âge et dépeuplé des

villes (peste, lèpre, variole, typhus, grippe, syphilis…).
I. Historique

1. Découverte du monde microbien

• Peste : 1ère épidémie confirmée en 542 av-JC dans le pourtour du bassin

méditerranéen (millions de morts) puis Kaffa (Crimée, 1347) suivies de plusieurs
autres vagues création de services de trentaine puis de quarantaine.
I. Historique
1. Découverte du monde microbien (suite)
• Syphilis
- 1ère épidémie d’Europe au début du XVe siècle avec le siège de Naples en 1498
- Contamination des armées Françaises puis transmission de la maladie dite « mal
de Naples » en France ou « morbo gallico » ou « mal français » dans toute
l’Europe.
- Description précise de la maladie par Girolamo Fracastoro (1483-1553) de
l’Université de Padoue, créateur de l’épidémiologie.
- Evocation du rôle fondamental de la contagion et affirmation de l’existence des
« seminaria contagionis », microorganismes infectants capables de se reproduire
et de se multiplier.
 I. Historique
2. Les grandes découvertes de la microbiologie
2. 1. Le microscope
- Invention restant obscure : Zacharias Jansen
(1590) ou Galilée (1610).
- 1er utilisateur : Robert Hooke (1665),
description de la structure de la cellule comme
base fondamentale des tissus. Formulation de
la théorie cellulaire selon laquelle la plus
petite unité structurale d’un organisme vivant
est la cellule.
- 1ère observation de bactéries par Antonie van
Leeuwenhoek (1632-1723).
 I. Historique

• Les grandes découvertes de la microbiologie

1.1. Le microscope
- Observation pour la 1ère fois 1673, par A. Van
Leeuwenhoeck, un drapier hollandais, à l’aide
d’un microscope photonique rudimentaire de
petits animaux qu’il nomma « animalcules ».
Ceux-ci se présentaient sous forme de sphères,
de bâtonnets ou de spires
 I. Historique

2. Les grandes découvertes de la microbiologie

2.2. La fermentation
• Démonstration par les études de Lavoisier (1789) que les levures (observées sous-
forme de globules par Van Leeuwenhoeck) étaient responsables de la fermentation
alcoolique.
• Détermination par Cagnar De La Tour 1837), du fait que les levures se multipliaient
par un processus de bourgeonnement.
 I. Historique

2. Les grandes découvertes de la microbiologie

2.3. La notion de génération spontanée
• 1ère théorie énoncée par le philosophe Aristote :
- les organismes vivants naissaient de végétaux et d’animaux en décomposition grâce à
une mystérieuse force vitale.
• « confirmation » avec la découverte des animalcules (Van Leeuwenhoek) de cette
théorie avec notamment les expériences de John Needham (1745) :
- Démonstration de la croissance des micro-organismes dans des flacons contenant des
bouillons de viande ou de maïs préalablement chauffés.
 I. Historique

2. Les grandes découvertes de la microbiologie

2.3. La notion de génération spontanée
- Cependant avec Lazzaro Spallanzani : fermeture des flacons avant chauffage, pour
montrer que les microorganismes provenaient de l’air aucune croissance ne fut
observée.
NB: Travaux de Spallanzani critiqués par Needham (« les bouchons avaient empêché
l’entrée de la force vitale ») et par Lavoisier (« la fermeture des flacons empêchait
l’entrée de l’oxygène, nécessaire à la vie »).
 I. Historique
2. Les grandes découvertes de la microbiologie
2.4. La stérilisation
• Découverte par Spalanzzani du rôle de la chaleur
dans la stérilisation mise au point d’un
appareil pour la stérilisation : l’autoclave par
Chamberland.
• Autoclavage : chauffage à 120°c pendant 15 min
permettant de détruire les bactéries et les formes
de résistance (spores).
• Découverte également de la tyndallisation :
chauffage à une température de 70°c en réalisant
plusieurs cycles de chauffage (réservée aux
produits fragiles).
 I. Historique
2. Les grandes découvertes de la microbiologie
2.5. Etudes bactériologiques
• Description par Bretonneau de la fièvre typhoïde et démonstration de son caractère
contagieux.
• Vers 1850 : découverte par Rayer-Daurine du bacille du charbon (bactérie immobile à
extrémité carrée retrouvée dans le sang des animaux présentant une maladie : le
charbon).
• Etude de l’antisepsie et de l’asepsie par Lister.
- Antisepsie : différents processus mis en œuvre pour combattre l’infection.
- Asepsie : prévention de l’introduction de microorganismes dans un milieu donné.
Découvertes importantes ayant permis de transformer le pronostic des interventions
chirurgicales.
 I. Historique

3. Ere pastorienne
• Essor de la microbiologie grâce au
travaux de Louis Pasteur (1822-1895).
• Reprise de la plupart des travaux sur
la fermentation et rejet de la théorie
de la génération spontanée.
 I. Historique
3. Ere pastorienne
3.1. Fermentations
- Début des études sur la fermentation lactique en
1854.
- 1857 : description du ferment lactique comme étant
un organisme vivant, globuleux, beaucoup plus petit
que la levure.
- Travaux sur les fermentations alcoolique (1858),
butyrique (1861) et sur les maladies qui les
affectent. Maladies dues à des contaminants
pouvant être détruits par chauffage à 56°C
Pasteurisation.
 I. Historique
3. Ere pastorienne
3.2. Réfutation de la génération spontanée
- Croyance selon laquelle animaux ou microbes
provenant d’éléments inanimés par génération
spontanée.
Démonstration par Pasteur qu'aucun micro-
organisme ne se développe dans un ballon fermé et
stérilisé contenant de la matière organique. Bref, que la
génération spontanée n'existe pas.
Affirmation que la biogenèse (apparition de vie dans
une solution non vivante) provenait de la contamination
par des micro-organismes présents dans l’air.
 I. Historique
3. Ere pastorienne
3.3. Bactériologie médicale
- L. Pasteur et Robert Koch (1843-1910) =
véritables fondateurs de la bactériologie
moderne.
- Nombreuses découvertes et innovations de
R. Koch. (bacille tuberculeux, vibrion
cholérique, bacille du charbon, spores
bactériennes…), mise au point de milieux
de culture solides.
- Hans Christian Gram, élève de Koch : mise
au point de a coloration portant son nom et
permettant de caractériser les bactéries.
 I. Historique
3. Ere pastorienne
3.3. Bactériologie médicale
• Postulats de R. Koch :
Pour démontrer qu’un microorganisme est responsable
d’une maladie, il faut :
- qu’il soit retrouvé dans tous les cas de maladies
semblables
- qu’il soit isolé en culture pure
- qu’il reproduise la maladie expérimentalement
- qu’il soit à nouveau isolé à partir d’animaux infectés
expérimentalement.
 I. Historique
3. Ere pastorienne
3.4. Vaccination
• Etude du cholera des poules culture et atténuation
de l’agent responsable poules inoculées avec
l’agent atténué résistant à l’injection d’une culture
virulente la vaccination était née.
• Application de la technique au bacille du charbon
éclatante confirmation.
• Prévention de la rage : mise au point de préparations
de moelle de lapin atténuées (virus fixé) qui permet
de sauver un jeune garçon (Joseph Meister) de la rage
et 1885.
 I. Historique
3. Ere pastorienne
3.5. Immunologie – Virologie – Parasitologie
• Metchnikoff (1845 – 1919) : établissement des bases
de l’immunité cellulaire en découvrant la phagocytose
• Behring et Kitasato montrent à la même époque que
l’organisme dispose d’autres moyens de défense :
c’est l’immunologie humorale
• Iwanowski établit en 1882 que la mosaïque du tabac
est due à un agent « filtrant » donc différent des
bactéries retenues par les filtres : la virologie est née.
• Parasitologie se développant en parallèle avec
notamment la découverte par Laveran du mode de
transmission du paludisme.
 I. Historique
4. Période moderne
4.1. Développement de la génétique
• 1944 : Démonstration par Avery, McLeod et
McCarty que dans le phénomène de transformation
découvert par Griffith en 1928, c’est l’ADN qui est
responsable en tant que support des caractères
héréditaires de la cellule première
démonstration du rôle de l’ADN dans l’hérédité.
• 1946 : Recombinaisons génétiques par Lederberg et
Tatum
• 1952 : Transduction par Zinder et Lederberg
• 1953 : Découverte du modèle de structure de l’ADN
par Watson et Crick puis découverte de la structure
en double hélice en 1962.
 I. Historique
4. Période moderne
4.1. Développement de la biologie moléculaire
• Née de la convergence de la génétique et de la biochimie
• La microbiologie fournit à la biologie moléculaire l’essentiel de son matériel d’étude
• Grâce au bactéries :
- découverte du mécanisme de synthèse protéique
- Décryptage du code génétique
- Analyse des mécanismes de régulation cellulaire
• Actuellement : essor du génie génétique et des biotechnologies
Plan

• Introduction

I. Historique

II. Place des microorganismes

III. Utilité des microorganismes

• Conclusion
 II. Place des microorganismes

Microorganismes = forme dominante de vie sur terre

- Les microbes ont dominé la terre pendant plus de 3 milliards d’années et
sont la source de toutes les autres formes de vie

- Les microbes représentent plus de 60% de toute la matière organique sur

terre.
II. Place des microorganismes
II. Place des microorganismes
II. Place des microorganismes
II. Place des microorganismes
Bactéries Archeae Protistes

Champignons Plantes Animaux

II. Place des microorganismes
II. Place des microorganismes
II. Place des microorganismes
II. Place des microorganismes
Plan

• Introduction

I. Historique

II. Place des microorganismes

III. Utilité des microorganismes

• Conclusion
III. Utilité des microorganismes

1. Rôle chez l’homme

• La flore bactérienne normale de la peau, des muqueuses et de l’intestin joue un
rôle très important.
• Le microbiote intestinal, autrefois appelé microflore intestinale, est l’ ensemble
des bactéries, virus, champignons qui vivent dans le tube digestif
• Chaque individu héberge 1010 à 1014 (100 000 milliards) bactéries vivantes dans
son intestin ce qui représente 10 à 100 fois le nombre de cellules du corps humain
III. Utilité des microorganismes

1. Rôle chez l’homme

• La microflore intestinale est en interrelation permanente avec les aliments et
l’organisme humain, l’ensemble constituant un écosystème complexe.

• Toute modification de l’un ou de l’autre de ses constituants est susceptible de

perturber l’équilibre et le fonctionnement de l’ensemble.
III. Utilité des microorganismes
1. Rôle chez l’homme (effet digestif)
III. Utilité des microorganismes
1. Rôle chez l’homme (effets nutritionnels)
III. Utilité des microorganismes
1. Rôle chez l’homme (apport vitaminique)
III. Utilité des microorganismes
1. Rôle chez l’homme (protection contre l’infection)
III. Utilité des microorganismes

2. Rôle dans l’environnement

• Toutes les substances organiques sont attaquées par les microbes : champignons
inférieurs (levures, moisissures) et bactéries. Cette attaque fournit à ces
microorganismes de l’énergie nécessaire à leur croissance.

• La décomposition de ces différentes substances organiques va assurer le retour à

la nature des différents éléments qui les constituaient. (C, N, S, P…). Tous ces
éléments minéraux sont indispensables à la vie des végétaux, des animaux et
des microbes.
III. Utilité des microorganismes
2. Rôle dans l’environnement
• L’attaque est due à des microorganismes vivant dans le sol et dans les eaux.
Ceux-ci jouent un rôle primordial dans le cycle des éléments biogènes (C, H, O, N…)
et sans ces bactéries la vie sur la terre serait impossible.

• Elles interviennent dans différent processus :

- La putréfaction
Il s’agit de la transformation des matières organiques complexes en composés plus
simples.
- La fermentation
A l’abri de l’air, ces bactéries vont transformer les hydrates de carbone en
molécules d’eau et de CO2.
III. Utilité des microorganismes
2. Rôle dans l’environnement
• Intervention dans des cycles importants tel que celui de l’azote
- Cycle passant par l’azote gazeux, les nitrates et les nitrites.
Existence de bactéries fixatrices d’azote présentes au niveau du sol (possibilité
d’utilisation à la place des engrais) après lavage du sol par les pluies, avec
entraînement de l’azote, d’où l’appauvrissement du sol.

- Présence de ces bactéries fixant l’azote permettant d’apporter des nitrates.

Ces nitrates vont servir d’accepteurs d’électron à la place de l’oxygène, permettant
le développement des bactéries.

- Ces bactéries permettent également d’oxyder les nitrites toxiques en nitrates.

III. Utilité des microorganismes

3. Rôle dans l’industrie (biotechnologie)

Les bactéries seront utilisées en microbiologie industrielle, science ayant pour
objet la recherche, l’orientation, le contrôle de l’activité des microorganismes
capables de réaliser la synthèse de produits intéressant l’économie, l’agriculture ou
la thérapeutique.

En industrie de la fermentation : synthèse d’acides organiques : acide lactique,

acétique, propionique…

Production de solvants organiques : acétone, butanol, isopropanol, butanediol…

Plan

• Introduction

I. Historique

II. Place des microorganismes

III. Utilité des microorganismes

• Conclusion
Conclusion

• Les microorganismes (« microbes », « germes ») constituent un groupe

extrêmement diversifié d‘ organismes microscopiques, unicellulaires et répartis
dans les trois domaines du vivant (bactérie, archées et eucaryote)

• Ils se distinguent les uns des autres par leur forme, leur taille et leur mode de vie

• Les microorganismes ne sont pas tous pathogènes, nombreux d’entre eux ayant un
intérêt pour l’homme et la vie sur terre en général.