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Montrer l¶importance de la diversité du métabolisme anaérobie

Donner des exemples de dégradation de substances considérées récalcitrantes en anaérobiose
 

      

 

http://www.sou.edu/biology/courses/bi214/lect7.htm

 
  


http://www.bact.wisc.edu/Microtextbook/modules.php?op=modload&name=Sections&file=inde
x&req=viewarticle&artid=56&page=1
  
 

http://www.bact.wisc.edu/Microtextbook/modules.php?op=modload&name=Sections&file=inde
x&req=viewarticle&artid=7&page=1

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http://www.wordiq.com/definition/Hydrocarbon

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Les environnements anoxiques sont répandus dans la nature. En effet, de tels environnements
sont fréquents dans les sédiments et les eaux, et même dans les sols bien aérés où des micro-
niches anaérobies sont présentes. Les conditions anaérobies apparaissent dans les biotopes
naturels lorsque la consommation d¶oxygène par les microorganismes est supérieur à sa
diffusion. Dans un sédiment par exemple l¶oxygène n¶est souvent présent que dans les premiers
millimètres (cf. figure 1).
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Dans les environnements anoxiques la biodégradation de la matière organique est effectuée par
des mécanismes métaboliques différents de la respiration aérobie, à savoir fermentations et
respirations anaérobies. La répartition des respirations anaérobies est liée à la disponibilité des
accepteurs d¶électrons et à la compétition entre microorganismes pour ces accepteurs d¶électrons.
Les principaux accepteurs finaux d¶électrons sont, par ordre de préférence en fonction de la
thermodynamique, le nitrate, le manganèse, le fer, le sulfate, et le dioxyde de carbone.
Les hydrocarbures constituent un exemple de matière organique, et peuvent être présents dans
des environnements anoxiques. L¶origine de ces hydrocarbures peut être biogène (les alcènes et
monoterpènes sont par exemple des hydrocarbures biogènes) ou pétrolière. Des pollutions
importantes par les hydrocarbures des environnements naturels sont liées au transport et au
stockage du pétrole et des produits dérivés.

Exemple de la pollution d¶un aquifère suite à une fuite d¶un conteneur et localisation des
différents métabolismes qui peuvent intervenir dans la dégradation des hydrocarbures (cf. figure
2).
Suite à une consommation rapide de l¶oxygène liée à l¶apport d¶hydrocarbures au niveau du site
pollué, des conditions anoxiques apparaissent qui favorisent la dégradation anaérobie des
hydrocarbures. Dans ces conditions différents métabolismes anaérobies se succèdent. Cette
séquence est la conséquence de l¶épuisement progressif des différents accepteurs finaux
d¶électrons.

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L¶oxydation des hydrocarbures en absence d¶oxygène a été sujet à controverse jusqu¶à

récemment. Ce n¶est que depuis la fin des années 80 que des travaux ont démontré que diverses
bactéries anaérobies sont capables de se développer avec des hydrocarbures comme source de
carbone et d¶énergie, c¶est-à-dire de dégrader des hydrocarbures. La démonstration de la
dégradation des hydrocarbures a été apportée au cours de l¶étude de cultures d¶enrichissement ou
de cultures pures de bactéries.

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La mise en évidence de la dégradation d¶un hydrocarbure peut être effectuée indirectement en

dosant un produit bactérien en présence et en absence de l¶hydrocarbure.

Exemples de cultures d¶enrichissement réalisées en conditions de sulfato-réduction et en

conditions de méthanogenèse.
Exemple 1 : en conditions de sulfato-réduction

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Cercles pleins : essais avec hydrocarbure, cercles blanc : témoins sans hydrocarbure. La flèche
indique une addition de sulfate dans les essais et témoins.

Au cours de cette expérience (figure 3), l¶utilisation d¶un milieu réduit contenant du sulfate
favorise le développement des bactéries sulfato-réductrices.
Les résultats présentés (figure 3) montrent que la production de sulfure est liée à la présence de
l¶hydrocarbure. Ainsi, la dégradation de l¶hydrocarbure est soit directement liée à l¶activité des
bactéries sulfato-réductrices, soit à l¶activité d¶une communauté bactérienne qui fournit des
nutriments aux bactéries sulfato-réductrices.

Exemple 2 : en conditions de méthanogenèse

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Les conditions de méthanogenèse sont caractérisées par l¶absence d¶accepteur final d¶électrons
autre que le carbonate dans un milieu de culture réduit.
Le suivi de la production de gaz dans les cultures d¶enrichissement est présenté dans la figure 4.
L¶analyse des gaz produits révèle la présence de méthane et de CO2. Cette production de gaz est
liée à la présence de l¶hydrocarbure. Dans cette expérience, la méthanogenèse stimulée par la
présence de l¶hydrocarbure témoigne de la dégradation de ce substrat.

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Les expériences précédentes mettent en évidence une dégradation d¶hydrocarbures en absence
d¶oxygène. Il est cependant nécessaire de démontrer que l¶hydrocarbure est réellement dégradé.
Cette démonstration peut être effectuée par des dosages de l¶hydrocarbure, du donneur et de
l¶accepteur d¶électrons, au début et en fin d¶incubation d¶une culture d¶enrichissement ou d¶une
culture d¶une souche bactérienne. Les résultats expérimentaux sont ensuite confrontés à
l¶équation théorique de l¶oxydation de l¶hydrocarbure qui peut être calculée (bilan énergétique ne
tenant pas compte de la biomasse formée).
Exemple pour l¶oxydation du toluène (C7H8) :
en conditions de dénitrification : C7H8 + 7.2 NO3- + 0.2 H+ --> 7 HCO3- + 3.6 N2+ 0.6 H2O

en conditions de sulfato-réduction : C7H8 + 4.5 SO42- + 3 H2O --> 7 HCO3- + 4.5 HS- + 2.5 H+
L¶utilisation d¶un hydrocarbure marqué radioactivement permet de confirmer la dégradation.

La dégradation d¶hydrocarbures en absence d¶oxygène a pu être ainsi démontrée avec des

cultures d¶enrichissement et des cultures pures de bactéries. Les microorganismes impliqués ont
des types trophiques très divers (cf. figure 5). L¶essentiel des travaux concerne la dégradation en
conditions de dénitrification et de sulfato-réduction. Un travail relativement récent (1999)
démontre la dégradation du toluène par une souche pure de bactéries phototrophes
anoxygéniques. Cette souche, Blastochloris sulfoviridis ToP1, utilise le toluène en absence
d¶oxygène avec la lumière comme source d¶énergie (le toluène représente le donneur
d¶électrons). Par ailleurs plusieurs travaux ont démontré la dégradation d¶hydrocarbures en
conditions de méthanogenèse. Les bactéries méthanogènes sont incapables d¶oxyder des
molécules complexes, ainsi l¶oxydation de ces hydrocarbures impliquerait un transfert inter-
espèces d¶électrons appelé syntrophie. Dans une telle syntrophie, une souche bactérienne oxyde
l¶hydrocarbure avec par exemple production d¶hydrogène. Cet hydrogène doit alors être
impérativement consommé par une souche de bactéries méthanogènes pour que la réaction soit
rentable sur le plan énergétique.

Qu'est ce que la syntrophie ? Voir The Prokaryotes

Les souches bactériennes connues pour leur capacité à dégrader des hydrocarbures sont peu
nombreuses (tableau 1). Ces souches dégradent soit des hydrocarbures aliphatiques soit des
hydrocarbures aromatiques. Le spectre d¶hydrocarbures dégradés par chaque souche est très
restreint. En revanche les hydrocarbures connus pour être dégradés sont très nombreux (cf.

tableau 2).

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Les organismes chimiotrophes oxydent une fraction de l¶hydrocarbure pour la production

d¶énergie et une fraction pour la production de biomasse. Les flèches en forme d¶éclair
représentent l¶étape d¶activation de l¶hydrocarbure. Cette étape est bien connue dans le cas des
microorganismes chimiotrophes aérobies lesquels attaquent l¶hydrocarbure par fixation
d¶oxygène.

Tableau 1 : Souches bactériennes anaérobies capables d¶utiliser des hydrocarbures comme

source de carbone

Tableau 2 : Hydrocarbures biodégradés en absence d¶oxygène

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En présence d¶oxygène, les microorganismes convertissent l¶hydrocarbure, molécule apolaire, en

une molécule polaire en introduisant dans la chaîne carbonée une fonction hydroxyle suite à une
réaction d¶oxygénation (figure 5). En absence d¶oxygène d¶autres stratégies de dégradation de
l¶hydrocarbure sont utilisées.

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Jusqu¶à présent quatre mécanismes d¶activation d¶hydrocarbures en absence d¶oxygène ont été
mis en évidence (figure 6). L¶addition de fumarate semble être la stratégie la plus commune. En
effet, cette stratégie est utilisée par des bactéries dénitrifiantes et sulfato-réductrices pour
l¶attaque de quelques hydrocarbures monoaromatiques, polyaromatiques et également
d¶hydrocarbures aliphatiques linéaires et alicycliques (figure 6a-e). La carboxylation, autre
mécanisme d¶activation, a été mise en évidence chez les bactéries sulfato-réductrices dans le cas
de l¶attaque d¶hydrocarbures polyaromatiques et d¶un hydrocarbure aliphatique linéaire,
l¶hexadécane (figure 6f-h). La deshydrogénation a été démontrée dans le cas de souches de
bactéries dénitrifiantes dégradant l¶éthylbenzène et le propylbenzène (figure 6i). Récemment (en
2002), un quatrième mécanisme d¶activation qui consiste en une hydratation a été mis en
évidence chez une souche dénitrifiante oxydant le squalène, un alcène ramifié biogène (figure
6j).
Un même hydrocarbure peut donc être oxydé de différentes manières en fonction des bactéries

impliquées.

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(a ± e), mécanisme d¶activation par réaction radicalaire de l¶hydrocarbure avec le fumarate, pour
former des succinates substitués ;
(f ± h), étape initiale de dégradation caractérisée par une carboxylation ; (i) déshydrogénation et
(j) hydratation comme premières étapes d¶oxydation en anaérobiose.

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L¶hypothèse historique concernant la dégradation des alcanes en absence d¶oxygène est la

suivante : l¶alcane est réduit en alcène, puis la double liaison ainsi introduite est hydratée avec
formation d¶un alcool. L¶alcool est ensuite oxydé en aldéhyde puis en acide gras, lequel est
dégradé par bêta-oxydation.
Cette hypothèse a été remise en question en 1998. Des études réalisées avec quelques souches
pures de bactéries anaérobies ont en effet montré que les alcènes ne sont pas des intermédiaires
de la dégradation des alcanes. Par la suite, l¶étape initiale d¶attaque des alcanes a été élucidée.
Une carboxylation (addition de CO2) sur un carbone en position 3 (C3) de l¶alcane représente
cette étape initiale pour une souche bactérienne alors que pour d¶autres souches, il s¶agirait d¶une
addition de fumarate. En résumé, en absence d¶oxygène, des voies différentes d¶attaque des
alcanes sont utilisées (carboxylation ou addition de fumarate) en fonction des bactéries
impliquées. Les voies peuvent être différentes même pour des souches bactériennes
phylogénétiquement proches.

Oour information : un exemple de voie proposée pour la dégradation des alcanes par une souche
de bactéries sulfato-réductrices, Desulfatibacillum aliphaticivorans CV2803 (figure 7).
Pour la souche CV2803, la réaction initiale de l¶attaque de l¶alcane est une addition de fumarate.
L¶alkylsuccinate formé subit un réarrangement et une décarboxylation d¶où l¶obtention d¶un
acide gras ramifié avec un groupement méthyle en C4. Ce dernier est transformé par bêta-
oxydation en acide gras ramifié avec un groupement méthyle en position C2. Cet acide gras
méthylé en C2 subit une séquence de bêta-oxydation pour former un acide gras linéaire avec
vraisemblablement régénération du fumarate, l¶acide gras linéaire étant complètement oxydé par

bêta-oxydation.

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La connaissance du métabolisme des hydrocarbures permet de mettre en évidence la présence

directe ou indirecte de bactéries capables de dégrader des hydrocarbures in situ.
La benzylsuccinate synthase, enzyme responsable de l¶attaque anaérobie du toluène et des
xylènes (par addition de fumarate) a été caractérisée et le gène correspondant a été identifié en
1998 (gène bssA). La mise en évidence de ce gène catabolique in situ permet de conclure à la
présence de bactéries capables de dégrader des hydrocarbures. Actuellement, c¶est le seul gène
fonctionnel permettant de cibler quelques bactéries dégradant les hydrocarbures en anaérobiose,
bactéries possèdant le gène catabolique de la benzylsuccinate synthase.
Les possibilités de biorémédiation peuvent être évaluées par une seconde stratégie qui consiste à
mettre en évidence dans les milieux naturels les métabolites de la dégradation d¶hydrocarbures.
Une étude récente (2002), effectuée sur 6 aquifères contaminés montre la présence
d¶alkylsuccinates et d¶alkylbenzylsuccinates, indicateurs de la dégradation d¶alcanes et des TEX
(toluène, ethylbenzène, xylènes) respectivement. De plus, d¶autres acides comme l¶acide 2
naphtoïque, intermédiaire de la dégradation du naphtalène par carboxylation, a pu être mis en
évidence dans cette même étude.

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La biorémédiation in situ d¶un environnement peut être favorisée par biostimulation. Dans les
aquifères par exemple, les accepteurs finaux d¶électrons sont souvent limitant et les activités
microbiennes peuvent être stimulées par injection d¶accepteurs d¶électrons comme l¶oxygène, le
nitrate ou le sulfate. Une injection d¶oxygène est coûteuse et peu efficace en raison de la faible
solubilité de l¶oxygène dans l¶eau. Des injections d¶accepteurs finaux d¶électrons plus solubles
comme le nitrate et le sulfate ont été testées. Des études montrent que l¶injection simultanée de
nitrate et de sulfate est plus efficace qu¶une injection d¶un seul accepteur d¶électrons. Par ce
biais, d¶une part le pool d¶accepteurs finaux d¶électrons est considérablement augmenté, sans
dépasser le seuil raisonnable d¶introduction de chacun de ces produits dans un aquifère, et,
d¶autre part, des communautés microbiennes différentes sont stimulées ce qui laisse présager une
meilleure dégradation. En effet, il a été montré, par exemple, que l¶ajout de sulfate dans un
aquifère favorise la dégradation des xylènes parmi les hydrocarbures mono-aromatiques, et que
le nitrate favorise celle de l¶éthylbenzène.
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