En esta edición participaron 45 equipos, 3 menos que en la edición anterior y aparecieron por primera vez equipos de Bulgaria y Grecia.
El torneo se vio afectado por la intromisión de la UEFA, en que advirtió a los equipos clasificados para la Copa Europea y para la Recopa de Europa de fútbol que participaran en el torneo hasta el receso de verano, ya que si participaban en la ronda de eliminación directa de esta edición de la Copa Intertoto se les descalificaba de los torneos de la UEFA, o abandonaban la Copa Intertoto.
El Olympiakos jugó 2 partidos (de visita con el NK Dinamo y de local contra el Toulouse) antes de abandonar el torneo y cederle su lugar a sus compatriotas del Panionios.[2]
Se concedió la clasificación directa a los rivales de DWS y del Malmö FF por su participación en la European Cup de 1964/65, y no se les permitió participar en la Copa Intertoto tras el receso de verano.
Los clubes restantes fueron distribuidos en 3 series de eliminación directa y 3 clasificaron directamente a cuartos de final. Los clasificados directos fueron Hertha de Berlín, Lokomotive Leipzig y Polonia Bytom. Este mecanismo reemplazó al anterior de clasificar a los mejores perdedores de esta fase.
El Malmö FF fue eliminado en la European Cup 1964-65, y retornó al torneo; pero el DWS continuaba vivo en la Copa Europea, por lo que abandonaron el torneo.
Como resultado, los clubes restantes fueron divididos en 3 enfrentamientos a eliminación directa y uno avanzó directamente a semifinales, en este caso fue el Liège.