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24 Los fundamentos de la bioquímica

NUEVA HAMPSHIRE2 FIGURA 1-26El trifosfato de adenosina (ATP) proporciona

energía.Aquí, cada P representa un grupo fosforilo. La
C
norte

O- O- O-
norte
eliminación del grupo fosforilo terminal (sombreado en rojo claro)
HC
- C CH del ATP, mediante la ruptura de un enlace fosfoanhídrido para
O PAGOPOPOCH2
O
norte
norte
generar difosfato de adenosina (ADP) y fosfato inorgánico.
O O O ion (H PO22
4), es altamente exergónico, y esta reacción es cou-
H H
H H debido a muchas reacciones endergónicas en la célula (como en
el ejemplo de la figura 1-27b). El ATP también proporciona energía
OH OH
para muchos procesos celulares al someterse a una escisión que
PAG PAG PAG Adenosina (adenosinatrifosfato, ATP)
libera los dos fosfatos terminales como pirofosfato inorgánico.
), a menudo abreviado PPi.
(H2PAG2O722
O-
-
O PAGOH - PAG PAG Adenosina (adenosinadifosfato, ADP)
O
Fosfato inorgánico (Pi)

OH O-
-
O PAGOP OH - PAG Adenosina (adenosinamononucleosis infecciosafosfato, AMP)
O O
Pirofosfato inorgánico (PPi)

energía (exergónicoreacciones), por lo que el proceso En cuanto al acoplamiento de energía, es útil considerar un
global es exergónico: elsumade los cambios de energía libre ejemplo mecánico simple, como se muestra enFigura 1-27a. Un
es negativa. objeto en la parte superior de un plano inclinado tiene cierta
La fuente habitual de energía libre en las reacciones cantidad de energía potencial como resultado de su elevación.
biológicas acopladas es la energía liberada por la ruptura Tiende a deslizarse por el plano, perdiendo su energía potencial
de los enlaces fosfoanhídrido, como los del trifosfato de de posición a medida que se acerca al suelo. Cuando un
adenosina (ATP;Figura 1-26) y trifosfato de guanosina dispositivo apropiado de cuerda y polea acopla el objeto que
(GTP). Aquí, cada P representa un grupo fosforilo: cae a otro objeto más pequeño, la caída espontánea

Aminoácidosnorteproteína DGRAMO1es positivo (endergónico) D

atpnorteAMPERIO1pag-pag GRAMO2es negativo (exergónico)

[o ATPnorteADP1 PAG ] (a)ejemplo mecanico

Cuando estas reacciones están acopladas, la suma deDGRAMO1y D

GRAMO>0 GRAMO<0
GRAMO2es negativo: el proceso general es exergónico. Mediante
esta estrategia de acoplamiento, las células pueden sintetizar y
Trabajar Pérdida de
mantener los polímeros ricos en información esenciales para la vida. hecho potencial
levantamiento energía de
objeto posición

Reacciones de enlaces de acoplamiento de energía en biología

El asunto central enbioenergética(el estudio de las transformaciones

de energía en los sistemas vivos) es el medio por el cual la energía
del metabolismo del combustible o la captura de luz se acopla a las
endergónico exergónico
reacciones que requieren energía de una célula. en pensar-

(b)Ejemplo químico
FIGURA 1-27Acoplamiento de energía en procesos mecánicos y químicos.
Reacción 2:
(a)El movimiento hacia abajo de un objeto libera energía potencial que puede atp→ADP-Pi
Reacción 3:
realizar un trabajo mecánico. La energía potencial disponible por el Glucosa - ATP→
glucosa 6-fosfato - ADP
movimiento descendente espontáneo, un proceso exergónico (rojo), puede
acoplarse al movimiento ascendente endergónico de otro objeto (azul).(b)En la
Energía gratis,GRAMO

Reacción 1:
reacción 1, la formación de glucosa 6-fosfato a partir de glucosa y fosfato Glucosa - Pi→
glucosa 6-fosfato
inorgánico (Pi) produce un producto de mayor energía que los dos reactivos. GRAMO2 GRAMO3

Para esta reacción endergónica,DGRAMOes positivo. En la reacción 2, la

descomposición exergónica del trifosfato de adenosina (ATP) tiene un gran
GRAMO1

cambio negativo de energía libre (DGRAMO2). La tercera reacción es la suma

GRAMO3=GRAMO1 -GRAMO2

de las reacciones 1 y 2, y el cambio de energía libre,DGRAMO3, es la suma

aritmética de DGRAMO1yDGRAMO2. PorqueDGRAMO3es negativa, la reacción
global es exergónica y procede espontáneamente. Reacción coordinada
 1.3 Fundamentos físicos 25

el movimiento del más grande puede levantar al más pequeño,

EJEMPLO RESUELTO 1-1 ¿Están ATP y ADP en equilibrio en las
realizando una cierta cantidad de trabajo. La cantidad de
energía disponible para realizar trabajo es lacambio de energía células?

libre,DGRAMO; esto siempre es algo menor que la cantidad

La constante de equilibrio,kequivalente, para la siguiente reacción
teórica de energía liberada, porque parte de la energía se disipa
es 23105 :
METRO

como calor de fricción. Cuanto mayor sea la elevación del objeto

más grande, mayor será la energía liberada (DGRAMO) a atp88nADP1HPO22 4
medida que el objeto se desliza hacia abajo y mayor es la
Si las concentraciones celulares medidas son [ATP]55 metrosMETRO,
cantidad de trabajo que se puede realizar. El objeto más grande
[ADP]50,5 metrosMETRO, y Pi]55 metrosMETRO¿Está esta reacción en
puede levantar al más pequeño solo porque, al principio, el
equilibrio en las células vivas?
objeto más grande fuelejos de su posición de equilibrio:en
algún momento anterior se había elevado sobre el suelo, en un Solución:La definición de la constante de equilibrio para esta
proceso que en sí mismo requería el aporte de energía. reacción es:
¿Cómo se aplica esto en las reacciones químicas? En sistemas
cerrados, las reacciones químicas proceden espontáneamente hasta kequivalente5 [ADP][Pi]/[ATP]

queequilibrioes alcanzado. Cuando un sistema está en equilibrio, la A partir de las concentraciones celulares medidas dadas anteriormente,
velocidad de formación del producto es exactamente igual a la podemos calcular la relación de acción de masas,q:
velocidad a la que el producto se convierte en reactivo. Por lo tanto,
q5 [ADP][Pi]/[ATP]5 [0,5 metrosMETRO][5 metrosMETRO]/[5 metrosMETRO]
no hay cambio neto en la concentración de reactivos y productos. El
cambio de energía a medida que el sistema pasa de su estado inicial 50,5 metrosMETRO5531024 METRO

al equilibrio, sin cambios de temperatura o presión, está dado por el Este valor eslejosde la constante de equilibrio de la
cambio de energía libre,DGRAMO. La magnitud deDGRAMOdepende reacción (23105 METRO), por lo que la reacción esmuy lejosde
de la reacción química particulary de qué tan lejos del equilibrio está equilibrio en las células. [ATP] es mucho más alto y [ADP] es
inicialmente el sistema. Cada compuesto involucrado en una mucho más bajo de lo que se espera en el equilibrio. ¿Cómo
reacción química contiene una cierta cantidad de energía potencial, puede una célula mantener su relación [ATP]/[ADP] tan lejos del
relacionada con el tipo y número de sus enlaces. En las reacciones equilibrio? Lo hace extrayendo continuamente energía (de
que ocurren espontáneamente, los productos tienen menos energía nutrientes como la glucosa) y usándola para producir ATP a
libre que los reactivos, por lo que la reacción libera energía libre, partir de ADP y P.i.
que luego está disponible para realizar trabajo. Tales reacciones son
exergónicas; la disminución de la energía libre de los reactivos a los
productos se expresa como un valor negativo. Las reacciones
endergónicas requieren un aporte de energía, y suDGRAMOlos EJEMPLO RESUELTO 1–2es la reacción de la hexoquinasa
valores son positivos. Al igual que en los procesos mecánicos, solo
en el Equilibrio en las Células?
una parte de la energía liberada en las reacciones químicas
exergónicas puede utilizarse para realizar trabajo. En los sistemas Para la reacción catalizada por la enzima hexoquinasa:
vivos, parte de la energía se disipa en forma de calor o se pierde
Glucosa1atp88nglucosa 6-fosfato1ADP
debido al aumento de la entropía.
la constante de equilibrio,kequivalente, es 7.83102. en vivirE. coli
células, [ATP]55 metrosMETRO; [ADP]50,5 metrosMETRO;
[glucosa]52 metrosMETRO; y [glucosa 6-fosfato]51 metroMETRO.
¿Está la reacción en equilibrio enE. coli?
kequivalenteyDGRAMO8Son medidas de la tendencia de una reacción
a proceder espontáneamente Solución:En equilibrio,
La tendencia de una reacción química a completarse se kequivalente57.831025 [ADP][glucosa 6-fosfato]/[ATP][glucosa]
puede expresar como una constante de equilibrio. Para la
reacción en la queamoles de A reaccionan conbmoles de B En las células vivas, [ADP][glucosa 6-fosfato]/[ATP] [glucosa]5 [
para darCmoles de C ydmoles de D, 0,5 metrosMETRO][1 metroMETRO]/[5 metrosMETRO][2 metrosMETRO]
50.05. La reacción es por lo tantolejosdel equilibrio: las
Automóvil club británico1cama y desayuno88nCC1dd
concentraciones celulares de los productos (glucosa 6-fosfato y
la constante de equilibrio,kequivalente, es dado por ADP) son mucho más bajas de lo esperado en el equilibrio, y las
de los reactivos son mucho más altas. Por lo tanto, la reacción
[C4C
tiende fuertemente a ir hacia la derecha.
equivalente[D4d
equivalente

kequivalente5
[A4a equivalente[B4b
equivalente

donde un]equivalentees la concentración de A, [B]equivalentela

concentración de B, y así sucesivamente,cuando el sistema ha Gibbs demostró queDGRAMO(el cambio real de energía
alcanzado el equilibrio. Un gran valor dekequivalentesignifica que la libre) para cualquier reacción química es una función de la
reacción tiende a continuar hasta que los reactivos se cambio de energía libre estándar,DGRAMO8—una constante
convierten casi por completo en productos. que es característica de cada reacción específica— y un término
26 Los fundamentos de la bioquímica

que expresa las concentraciones iniciales de reactivos y Estas dos reacciones químicas comparten un intermedio
productos: común, Pi, que se consume en la reacción 1 y se produce
[C]iC[D]di
en la reacción 2. Por lo tanto, las dos reacciones pueden
¢GRAMO5¢GRAMO8 1RTen (1-1) acoplarse en forma de una tercera reacción, que
[A]ia[B]bi
podemos escribir como la suma de las reacciones 1 y 2,
donde un]ies la concentración inicial de A, y así con el intermedio común, Pi, omitido de ambos lados de
sucesivamente;Res la constante de los gases; yTes la la ecuación:
temperatura absoluta.
DGRAMOes una medida de la distancia de un sistema desde su Reacción 3: Glucosa1atp88n
posición de equilibrio. Cuando una reacción ha alcanzado el equilibrio, no glucosa 6-fosfato1ADP
queda fuerza impulsora y no puede realizar trabajo: DGRAMO50. Para
este caso especial, [A]i5 [A]equivalente, y así sucesivamente, para todos los Debido a que se libera más energía en la reacción 2 que la que se
reactivos y productos, y consume en la reacción 1, el cambio de energía libre para la
d reacción 3,DGRAMO3, es negativo y, por lo tanto, la síntesis de
[C]iC[D]di [C]C [D]equivalente
5
equivalente

glucosa 6-fosfato puede ocurrir mediante la reacción 3.

[A]ia[B]bi [A]aequivalente[B]b
equivalente

Sustituyendo 0 porDGRAMOykequivalentepara [C]C i[D]di/[A]ai[B]bi

en
Ecuación 1-1, obtenemos la relación EJEMPLO RESUELTO 1–3Cambios estándar de energía libre
¢GRAMO8 5 2RTenkequivalente son aditivos

de donde vemos queDGRAMO8es simplemente una segunda Dado que el cambio de energía libre estándar para la
forma (además dekequivalente) de expresar la fuerza motriz de una glucosa de reacción1PAGi¡glucosa 6-fosfato es 13,8 kJ/
reacción. Porquekequivalentees medible experimentalmente, mol, y el cambio de energía libre estándar para la
tenemos una manera de determinarDGRAMO8,la constante reacción ATP¡ADP1PAGies230.5 kJ/mol, ¿cuál es el
termodinámica característica de cada reacción. cambio de energía libre para la glucosa de reacción1
las unidades deDGRAMO8yDGRAMOson julios por mol (o atp¡glucosa 6-fosfato1¿ADP?
calorías por mol). Cuando-equivalente.. 1,DGRAMO8es grande y
negativo; cuando-equivalente,, 1,DGRAMO8es grande y positivo. De Solución:Podemos escribir la ecuación de esta reacción como la
una tabla de valores determinados experimentalmente de suma de otras dos reacciones:
cualquierakequivalenteoDGRAMO8,podemos ver de un vistazo qué
reacciones tienden a completarse y cuáles no. (1) glucosa1PAGi¡glucosa 6-fosfatoDGRAMO18 513,8 kJ/mol
Una advertencia sobre la interpretación deDGRAMO8: (2) ATP¡ADP1PAGi DGRAMO28 5 230,5 kJ/mol

termodinámicaconstantes como esta muestran dónde se Suma:Glucosa1atp¡glucosa 6-fosfato1ADP

encuentra el equilibrio final de una reacción, pero no nos DGRAMOS8em5 216,7 kJ/mol
dicen qué tan rápido se logrará ese equilibrio. Las
velocidades de las reacciones se rigen por los parámetros El cambio de energía libre estándar para dos reacciones que suman
decinética, un tema que consideramos en detalle en el una tercera es simplemente la suma de las dos reacciones
Capítulo 6. individuales. Un valor negativo paraDGRAMO8 (–16.7 kJ/mol) indica
En los organismos biológicos, al igual que en el ejemplo que la reacción tenderá a ocurrir espontáneamente.
mecánico de la figura 1-27a, una reacción exergónica se puede
acoplar a una reacción endergónica para impulsar reacciones
desfavorables. La figura 1-27b (un tipo de gráfico llamado
El acoplamiento de reacciones exergónicas y endergónicas a
diagrama de coordenadas de reacción) ilustra este principio
través de un intermediario compartido es fundamental para los
para la conversión de glucosa en glucosa 6-fosfato, el primer
intercambios de energía en los sistemas vivos. Como veremos, las
paso en la vía de oxidación de la glucosa. La forma más sencilla
reacciones que descomponen el ATP (como la reacción 2 de la figura
de producir glucosa 6-fosfato sería:
1-27b) liberan energía que impulsa muchos procesos endergónicos
Reacción 1: Glucosa1PAGi88nglucosa 6-fosfato en las células. La descomposición del ATP en las células es
(endergónico;¢GRAMO1es positivo) exergónica porquetodas las células vivas mantienen una
concentración de ATP muy por encima de su concentración de
(Aquí, P.ies una abreviatura de fosfato inorgánico,
equilibrio. Es este desequilibrio el que permite que el ATP actúe
HPO422. No se preocupe por la estructura de
como el principal transportador de energía química en todas las
estos compuestos ahora; las describimos en detalle más adelante en
células. Como veremos con más detalle en el Capítulo 13, no es la
el libro.) Esta reacción no ocurre espontáneamente;DGRAMO1es
mera descomposición del ATP lo que proporciona energía para
positivo. Una segunda reacción muy exergónica puede ocurrir en
impulsar las reacciones endergónicas; más bien, es eltransferencia
todas las células:
de un grupo fosforilode ATP a otra molécula pequeña (glucosa en el
Reacción 2: atp88nADP1PAGi caso anterior) que conserva parte del potencial químico original del
(exergónico;¢GRAMO2es negativo) ATP.
 1.3 Fundamentos físicos 27

EJEMPLO RESUELTO 1–4 Costo energético de la

Barrera de activación
síntesis de ATP
(estado de transición, ‡)

Si la constante de equilibrio,kequivalente, por la reacción

Energía gratis,GRAMO
atp88nADP1PAGi
GRAMO ‡
desgatar
Reactivos (A)
gato
GRAMO ‡

es 2.223105 METRO, calcule el cambio de energía libre estándar,

DGRAMO8,Para elsíntesisde ATP de ADP y Pia los 258C.
GRAMO

Productos (B)
Solución:Primero calculaDGRAMO8para la reacción anterior.

¢GRAMO8 5 2RTenkequivalente
Coordenada de reacción (A B)
5 2(8.315 J/mol? K)(298 K)(ln 2.223105) 5 2
30,5 kJ/mol
FIGURA 1-28Cambios de energía durante una reacción química.Se debe superar
Este es el cambio estándar de energía libre para eldescomponer una barrera de activación, que representa el estado de transición (ver Capítulo 6), en

de ATP a ADP y Pi. El cambio de energía libre estándar para el la conversión de los reactivos (A) en productos (B), aunque los productos son más

contrarrestarde una reacción tiene el mismo valor absoluto, estables que los reactivos, como lo indica un gran número libre negativo. -cambio de

pero el signo opuesto. Por lo tanto, el cambio estándar de energía (DGRAMO). La energía requerida para superar la barrera de activación es la

energía libre para la inversa de la reacción anterior es de 30,5 energía de activación (DGRAMO‡). Las enzimas catalizan reacciones al reducir la

kJ/mol. Entonces, para sintetizar 1 mol de ATP en condiciones barrera de activación. Se unen fuertemente a los intermedios del estado de
transición, y la energía de unión de esta interacción efectiva
estándar (258C, 1METROconcentraciones de ATP, ADP, Pi), se
reduce progresivamente la energía de activación deDGRAMO‡ desgatar(curva azul) aDGRAMO‡ gato
deben suministrar al menos 30,5 kJ de energía. El cambio real
(curva roja). (Tenga en cuenta que la energía de activación esnorelacionado con el cambio de energía
de energía libre en las células (aproximadamente 50 kJ/mol) es
libre,DGRAMO.)
mayor que esto porque las concentraciones de ATP, ADP y Pien
las celdas no son el estándar 1METRO(consulte el Ejemplo
resuelto 13–2, pág. 519). deenzimas—biocatalizadores que, como todos los demás
catalizadores, mejoran en gran medida la velocidad de reacciones
químicas específicas sin consumirse en el proceso.
El camino desde el(los) reactivo(s) hasta el(los) producto(s)
EJEMPLO RESUELTO 1–5Cambio de energía libre estándar implica casi invariablemente una barrera de energía, llamada
para la síntesis de barrera de activación.(Figura 1–28), que debe superarse para
glucosa 6-fosfato que proceda cualquier reacción. La ruptura de los lazos
existentes y la formación de nuevos generalmente requiere,
¿Cuál es el cambio de energía libre estándar,DGRAMO8,en primero, una distorsión de los lazos existentes para crear una
condiciones fisiológicas (E. colicrece en el intestino humano, estado de transiciónde mayor energía libre que el reactivo o el
a los 378C) para la siguiente reacción? producto. El punto más alto en el diagrama de coordenadas de
reacción representa el estado de transición, y la diferencia de
Glucosa1atp88nglucosa 6-fosfato1ADP
energía entre el reactivo en su estado fundamental y en su
estado de transición es elenergía de activación, DGRAMO‡.
Solución:tenemos la relacionDGRAMO8 5 2RTenkequivalentey el
Una enzima cataliza una reacción proporcionando un ajuste
valor dekequivalentepara esta reacción, 7.83102. Sustituyendo
más cómodo para el estado de transición: una superficie que
los valores deR,T, ykequivalenteen esta ecuación da:
complementa el estado de transición en estereoquímica,
¢GRAMO8 5 2(8.315 J/mol? K)(310 K)(ln 7.83102)5 217 kJ/mol polaridad y carga. La unión de la enzima al estado de transición
es exergónica y la energía liberada por esta unión reduce la
Observe que este valor es ligeramente diferente al del
energía de activación de la reacción y aumenta
Ejemplo resuelto 1–3. En ese cálculo asumimos una
considerablemente la velocidad de reacción.
temperatura de 258C (298 K), mientras que en este cálculo
Otra contribución a la catálisis ocurre cuando dos o más
usamos la temperatura fisiológica de 378C (310 K).
reactivos se unen a la superficie de la enzima cerca uno del otro
y con orientaciones estereoespecíficas que favorecen la
reacción. Esto aumenta en órdenes de magnitud la probabilidad
Las enzimas promueven secuencias de reacciones químicas de colisiones productivas entre reactivos. Como resultado de
Todas las macromoléculas biológicas son mucho menos estables estos factores y varios otros, discutidos en el Capítulo 6, las
termodinámicamente que sus subunidades monoméricas, pero son reacciones catalizadas por enzimas comúnmente se desarrollan
cinéticamente estable: susin catalizarla descomposición ocurre tan a velocidades superiores a 1012veces más rápido que las
lentamente (durante años en lugar de segundos) que, en una escala reacciones no catalizadas. (Eso es unmillón de millonesveces
de tiempo importante para el organismo, estas moléculas son más rápido!)
estables. Prácticamente todas las reacciones químicas en una célula Los catalizadores celulares son, con algunas excepciones notables,
ocurren a una velocidad significativa solo debido a la presencia proteínas. (Algunas moléculas de ARN tienen actividad enzimática,
28 Los fundamentos de la bioquímica

como se analiza en los capítulos 26 y 27). Nuevamente, con almacenado Otro

algunas excepciones, cada enzima cataliza una reacción nutrientes trabajo celular
específica y cada reacción en una célula es catalizada por una
ingerido Complejo
enzima diferente. Por lo tanto, cada célula requiere miles de
alimentos biomoléculas
enzimas diferentes. La multiplicidad de enzimas, su
especificidad (la capacidad de discriminar entre reactivos) y su Solar Mecánico
susceptibilidad a la regulación dan a las células la capacidad de fotones trabajar

reducir las barreras de activación de forma selectiva. Esta Osmótico

selectividad es crucial para la regulación eficaz de los procesos trabajar

celulares. Al permitir que reacciones específicas avancen a

velocidades significativas en momentos particulares, las
enzimas determinan cómo la materia y la energía se canalizan
hacia las actividades celulares. NAD(P)-
Las miles de reacciones químicas catalizadas por enzimas
en las células están funcionalmente organizadas en muchas
ADP
secuencias de reacciones consecutivas, llamadascaminos, en el
catabólico Anabólico
que el producto de una reacción se convierte en el reactivo de la
reacción reacción
siguiente. Algunas vías degradan los nutrientes orgánicos en caminos caminos
productos finales simples para extraer energía química y (exergónico) (endergónico)

convertirla en una forma útil para la célula; juntas, estas atp

reacciones degradantes que producen energía libre se
denominancatabolismo. La energía liberada por las reacciones
catabólicas impulsa la síntesis de ATP. Como resultado, la NAD(P)H
concentración celular de ATP está muy por encima de su
concentración de equilibrio, de modo queDGRAMOporque la
descomposición de ATP es grande y negativa. De manera
similar, el catabolismo da como resultado la producción de
transportadores de electrones reducidos NADH y NADPH, los CO2
cuales pueden donar electrones en procesos que generan ATP o NH3
impulsar pasos reductores en vías biosintéticas.
H2O
Otras vías comienzan con pequeñas moléculas Si ors
pyam mCiturs
ogpi raogdtuCts, prag
metr
o

precursoras y las convierten progresivamente en moléculas

más grandes y complejas, incluidas proteínas y ácidos
nucleicos. Tales vías sintéticas, que invariablemente FIGURA 1-29Las funciones centrales de ATP y NAD(P)H en el metabolismo. El
ATP es el intermediario químico compartido que vincula los procesos celulares de
requieren la entrada de energía, se denominan
liberación y consumo de energía. Su papel en la célula es análogo al del dinero en
colectivamente anabolismo. La red global de vías
una economía: se “gana/produce” en las reacciones exergónicas y “se gasta/
catalizadas por enzimas, tanto catabólicas como anabólicas,
consume” en las endergónicas. NAD(P)H (nicotinamida adenina dinucleótido (fosfato))
constituye lametabolismo. ATP (y los nucleósidos trifosfato
es un cofactor transportador de electrones que recolecta electrones de las reacciones
energéticamente equivalentes citidina trifosfato (CTP),
oxidativas y luego los dona en una amplia variedad de reacciones de reducción en la
uridina trifosfato (UTP) y guanosina trifosfato (GTP)) es el
biosíntesis. Presentes en concentraciones relativamente bajas, estos cofactores
vínculo de conexión entre los componentes catabólicos y
esenciales para las reacciones anabólicas deben regenerarse constantemente
anabólicos de esta red (que se muestra esquemáticamente mediante reacciones catabólicas.
enFigura 1-29). Las vías de las reacciones catalizadas por
enzimas que actúan sobre los principales constituyentes de
las células (proteínas, grasas, azúcares y ácidos nucleicos) sors es muy reducido. Las enzimas clave en cada ruta
son prácticamente idénticas en todos los organismos vivos. metabólica se regulan para que cada tipo de molécula
precursora se produzca en una cantidad adecuada a los
requisitos actuales de la célula.
El metabolismo se regula para lograr el equilibrio y Considere el camino enE. colique conduce a la
la economía síntesis del aminoácido isoleucina, constituyente de las
Las células vivas no solo sintetizan simultáneamente miles de
proteínas. La vía tiene cinco pasos catalizados por cinco
diferentes tipos de moléculas de carbohidratos, grasas, proteínas y
enzimas diferentes (de la A a la F representan los
ácidos nucleicos y sus subunidades más simples, sino que lo hacen
intermedios de la vía):
en las proporciones precisas requeridas por la célula en cualquier
circunstancia dada. Por ejemplo, durante el rápido crecimiento
celular, los precursores de proteínas y ácidos nucleicos deben
enzima 1
producirse en grandes cantidades, mientras que en las células que A B C D mi F
no crecen, el requisito de estos precursores Treonina isoleucina
 1.4 Fundamentos genéticos 29

Si una célula comienza a producir más isoleucina de la que negativoDGRAMO). Muchas reacciones celulares endergónicas
necesita para la síntesis de proteínas, la isoleucina no son impulsadas por su acoplamiento, a través de un intermediario
utilizada se acumula y el aumento de la concentración común, a estas reacciones altamente exergónicas.
inhibe la actividad catalítica de la primera enzima de la vía, - El cambio de energía libre estándar para una reacción, D
lo que ralentiza inmediatamente la producción de GRAMO8,es una constante física que está relacionada con
isoleucina. Semejante inhibición por retroalimentación la constante de equilibrio por la ecuación
mantiene la producción y utilización de cada intermediario DGRAMO8 5 2RTenkequivalente.
metabólico en equilibrio. (A lo largo del libro, usaremos para
- La mayoría de las reacciones celulares proceden a velocidades
indicar la inhibición de una reacción enzimática).
útiles solo porque las enzimas están presentes para catalizarlas. Las
Aunque el concepto de vías discretas es una
enzimas actúan en parte estabilizando el estado de transición,
herramienta importante para organizar nuestra
reduciendo la energía de activación,DGRAMO‡, y aumentando la
comprensión del metabolismo, es una simplificación
velocidad de reacción en muchos órdenes de magnitud. La
excesiva. Hay miles de intermediarios metabólicos en una
actividad catalítica de las enzimas en las células está regulada.
célula, muchos de los cuales forman parte de más de una
vía. El metabolismo se representaría mejor como una red de
vías interconectadas e interdependientes. Un cambio en la - El metabolismo es la suma de muchas secuencias de reacción
concentración de cualquier metabolito iniciaría un efecto interconectadas que interconvierten metabolitos celulares.
dominó que influiría en el flujo de materiales a través de Cada secuencia está regulada para proporcionar lo que la
otras vías. La tarea de comprender estas interacciones célula necesita en un momento dado y gastar energía solo
complejas entre intermediarios y vías en términos cuando sea necesario.
cuantitativos es desalentadora, pero el nuevo énfasis en
Biologia de sistemas, discutido en el capítulo 15, ha
1.4 Fundamentos genéticos
comenzado a ofrecer información importante sobre la
regulación general del metabolismo. Quizás la propiedad más notable de las células y los organismos
Las células también regulan la síntesis de sus propios vivos es su capacidad para reproducirse durante incontables
catalizadores, las enzimas, en respuesta a una mayor o menor generaciones con una fidelidad casi perfecta. Esta continuidad
necesidad de un producto metabólico; éste es el contenido del de rasgos heredados implica la constancia, durante millones de
capítulo 28. La expresión de los genes (la traducción de la años, en la estructura de las moléculas que contienen la
información del ADN a la proteína activa en la célula) y la información genética. Muy pocos registros históricos de
síntesis de enzimas son otras capas del control metabólico de la civilización, incluso aquellos grabados en cobre o tallados en
célula. Todas las capas deben tenerse en cuenta al describir el piedra.(Figura 1–30), han sobrevivido durante mil años. Pero
control general del metabolismo celular. hay buena evidencia de que las instrucciones genéticas en los
organismos vivos se han mantenido casi sin cambios durante
períodos mucho más largos; muchas bacterias tienen casi el
RESUMEN 1.3Fundamentos físicos mismo tamaño, forma y estructura interna y contienen los
- Las células vivas son sistemas abiertos, intercambian mismos tipos de moléculas precursoras y enzimas que las
materia y energía con su entorno, extraen y canalizan bacterias que vivieron hace casi cuatro mil millones de años.
energía para mantenerse en un estado estacionario Esta continuidad de estructura y composición es el resultado de
dinámico alejado del equilibrio. La energía se obtiene la continuidad en la estructura del material genético.
de la luz solar o de combustibles químicos convirtiendo
la energía del flujo de electrones en enlaces químicos Entre los descubrimientos fundamentales de la biología
de ATP. en el siglo XX se encuentran la naturaleza química y la
- La tendencia de una reacción química a avanzar hacia el estructura tridimensional del material genético, ácido
equilibrio se puede expresar como el cambio de energía desoxirribonucleico,ADN. La secuencia de las subunidades
libre,DGRAMO, que tiene dos componentes: cambio de monoméricas, los nucleótidos (estrictamente,
entalpía,DHy el cambio de entropía,DS. Estas variables desoxirribonucleótidos, como se analiza más adelante), en
están relacionadas por la ecuación DGRAMO5DH2TDS. este polímero lineal codifica las instrucciones para formar
todos los demás componentes celulares y proporciona una
plantilla para la producción de moléculas de ADN idénticas
- CuandoDGRAMOde una reacción es negativa, la reacción
que se distribuirán a la progenie cuando un la célula se
es exergónica y tiende a completarse; cuandoDGRAMOes
divide. La perpetuación de una especie biológica requiere
positiva, la reacción es endergónica y tiende a ir en sentido
que su información genética se mantenga en forma estable,
inverso. Cuando se pueden sumar dos reacciones para
se exprese con precisión en forma de productos genéticos y
producir una tercera reacción, laDGRAMOpara esta
se reproduzca con un mínimo de errores. El
reacción global es la suma de los DGRAMOs de las dos
almacenamiento, la expresión y la reproducción eficaces del
reacciones separadas.
mensaje genético definen las especies individuales, las
- Las reacciones que convierten ATP en Piy ADP o a distinguen unas de otras y aseguran su continuidad a lo
AMP y PPison altamente exergónicos (grandes largo de generaciones sucesivas.
 13.2 Lógica química y reacciones bioquímicas comunes 511

El cambio de energía libre estándar general se obtiene - La bioenergética es el estudio cuantitativo de las relaciones
sumando elDGRAMO98valores para reacciones individuales: energéticas y las conversiones de energía en los sistemas
biológicos. Las transformaciones de energía biológica obedecen a
¢GRAMO¿8 513,8 kJ/mol1 (230,5 kJ/mol)5 216,7 kJ/mol
las leyes de la termodinámica.
La reacción global es exergónica. En este caso, la energía - Todas las reacciones químicas están influenciadas por dos
almacenada en ATP se utiliza para impulsar la síntesis de fuerzas: la tendencia a lograr el estado de enlace más
glucosa 6-fosfato, aunque su formación a partir de glucosa y estable (para el cual la entalpía,H, es una expresión útil) y
fosfato inorgánico (Pi) es endergónico. Elrutade la formación la tendencia a lograr el mayor grado de aleatoriedad,
de glucosa 6-fosfato a partir de glucosa por transferencia de expresada como entropía,S.La fuerza impulsora neta en
fosforilo desde ATP es diferente de las reacciones (1) y (2) una reacción es DGRAMO, el cambio de energía libre, que
anteriores, pero el resultado neto es el mismo que la suma representa el efecto neto de estos dos factores:¢GRAMO5
de las dos reacciones. En los cálculos termodinámicos, lo ¢H2T¢S.
único que importa es el estado del sistema al comienzo del
- El estándar transformó el cambio de energía libre, ¢
proceso y su estado al final; la ruta entre los estados inicial y
GRAMO¿8,es una constante física que es característica de
final es irrelevante.
una reacción dada y se puede calcular a partir de la
hemos dicho queDGRAMO98es una forma de expresar la
constante de equilibrio de la reacción:
constante de equilibrio de una reacción. Para la reacción (1)
¢GRAMO¿8 5 2RTenkmi¿q.
anterior,
- El cambio real de energía libre,DGRAMO, es una
[glucosa 6-fosfato]
- 53.931023 21 variable que depende deDGRAMO98y sobre las
¿5
mi 1 q METRO

[glucosa] [Pi] concentraciones de reactivos y productos: DGRAMO5D

Note que H2El O no está incluido en esta expresión, ya que su GRAMO98 1RTln ([productos]/[reactivos]).
concentración (55,5METRO) se supone que permanece sin - CuandoDGRAMOes grande y negativa, la reacción
cambios por la reacción. La constante de equilibrio para la tiende a avanzar; cuandoDGRAMOes grande y
hidrólisis de ATP es positiva, la reacción tiende a ir en dirección
contraria; y cuandoDGRAMO50, el sistema está en
[ADP] [Pi]
- mi¿ q5 52.03105 METRO equilibrio.
2
[ATP]
- El cambio de energía libre para una reacción es
La constante de equilibrio para las dos reacciones acopladas es independiente de la vía por la cual ocurre la reacción. Los
[glucosa 6-fosfato] [ADP] [P i]
cambios de energía libre son aditivos; la reacción química
- mi¿ q5 neta que resulta de reacciones sucesivas que comparten
3
[glucosa] [Pi] [ATP] 5 (
un intermediario común tiene un cambio total de energía
-mi¿q)(kmi1 ¿q)5 (3.931023 21
METRO )(2.03105 METRO)
2
libre que es la suma de las DGRAMOvalores para las
57.83102
reacciones individuales.
Este cálculo ilustra un punto importante sobre las
constantes de equilibrio: aunque laDGRAMO98los valores
para dos reacciones que suman una tercera reacción total 13.2 Lógica química y reacciones
sonaditivo, elkmi¿qpara la reacción global es elproductodel
individuokmi¿qvalores de las dos reacciones. Las constantes
bioquímicas comunes
de equilibrio sonmultiplicativo.Al acoplar la hidrólisis de ATP Las transducciones de energía biológica que nos ocupan en este
a la síntesis de glucosa 6-fosfato, elkmi¿qpara la formación de libro son reacciones químicas. La química celular no abarca todos
glucosa 6-fosfato a partir de glucosa ha aumentado en un los tipos de reacciones aprendidas en un curso típico de química
factor de aproximadamente 23105. orgánica. Las reacciones que tienen lugar en los sistemas biológicos
Esta estrategia de intermediario común es empleada por todas y las que no están determinadas por (1) su relevancia para ese
las células vivas en la síntesis de intermediarios metabólicos y sistema metabólico en particular y (2) sus velocidades. Ambas
componentes celulares. Obviamente, la estrategia funciona solo si consideraciones juegan un papel importante en la configuración de
los compuestos como el ATP están continuamente disponibles. En las vías metabólicas que consideramos a lo largo del resto del libro.
los siguientes capítulos consideramos varias de las vías celulares Una reacción relevante es aquella que utiliza un sustrato disponible
más importantes para producir ATP. y lo convierte en un producto útil. Sin embargo, incluso una reacción
potencialmente relevante puede no ocurrir. Algunas
transformaciones químicas son demasiado lentas (tienen energías
RESUMEN 13.1Bioenergética y Termodinámica de activación demasiado altas) para contribuir a los sistemas vivos,
- Las células vivas realizan trabajo constantemente. incluso con la ayuda de potentes catalizadores enzimáticos. Las
Requieren energía para mantener sus estructuras reacciones que ocurren en las células representan una caja de
altamente organizadas, sintetizar componentes celulares, herramientas que la evolución ha utilizado para construir vías
generar corrientes eléctricas y muchos otros procesos. metabólicas que evitan las reacciones "imposibles". Aprendiendo a
512 Tipos de reacciones bioenergéticas y bioquímicas

reconocer las reacciones plausibles puede ser de gran ayuda nucleófilos electrófilos
para desarrollar un dominio de la bioquímica.
:R
Aun así, la cantidad de transformaciones metabólicas que
O–: C
tienen lugar en una célula típica puede parecer abrumadora. La
Cargado negativamente
mayoría de las células tienen la capacidad de llevar a cabo miles O
oxígeno (como en un
átomo de carbono de un
de reacciones específicas catalizadas por enzimas: por ejemplo, hidroxilo no protonado
grupo carbonilo (el
grupo o un ácido
la transformación de un nutriente simple como la glucosa en más electronegativo
carboxílico ionizado)
aminoácidos, nucleótidos o lípidos; extracción de energía de los el oxígeno del grupo
carbonilo atrae electrones
combustibles por oxidación; y polimerización de subunidades S-:
lejos del carbón)
monoméricas en macromoléculas. Cargado negativamente

Para estudiar estas reacciones, cierta organización es esencial. sulfhidrilo :R

+
Hay patrones dentro de la química de la vida; no necesita aprender CN
cada reacción individual para comprender la lógica molecular de la C-:
H
bioquímica. La mayoría de las reacciones en las células vivas se
Carbanión grupo imina protonado
clasifican en una de cinco categorías generales: (1) reacciones que (activado para el ataque
forman o rompen enlaces carbono-carbono;

:
norte nucleofílico en el carbono
por protonación de la imina)
(2) reordenamientos internos, isomerizaciones y eliminaciones; (3)
descargado
reacciones de radicales libres; (4) transferencias grupales; y (5) oxidación- O–
grupo amina :R
reducción. Discutimos cada uno de estos con más detalle a continuación
– OPO
y nos referimos a algunos ejemplos de cada tipo en capítulos posteriores.
O–
Tenga en cuenta que los cinco tipos de reacción no son mutuamente hn norte:
fósforo de
excluyentes; por ejemplo, una reacción de isomerización puede implicar un grupo fosfato
imidazol
un intermedio de radicales libres.
:R
Sin embargo, antes de continuar, debemos revisar dos
HO-: H+
principios químicos básicos. Primero, un enlace covalente consiste
ion hidróxido Protón
en un par de electrones compartidos, y el enlace se puede romper
de dos maneras generales.(Figura 13–1). Enescisión homolítica, FIGURA 13-2Nucleófilos y electrófilos comunes en reacciones bioquímicas.Los
cada átomo sale del enlace como unradical, que lleva un electrón mecanismos de reacción química, que rastrean la formación y ruptura de enlaces

desapareado. Enescisión heterolítica, covalentes, se comunican con puntos y flechas curvas, una convención conocida
informalmente como "empuje de electrones". Un enlace covalente consiste en un par
compartido de electrones. Los electrones no enlazados importantes para el
homolítico ..
C H C - H mecanismo de reacción se designan con puntos (:). Las flechas curvas ( ) representan
escote
el movimiento de pares de electrones. Para el movimiento de un solo electrón (como

Carbón átomo de H en una reacción de radicales libres), se usa una flecha de una sola cabeza (tipo
radical anzuelo) ( ). La mayoría de los pasos de reacción implican un par de electrones no
compartido.
..
C C C- C
que es más común, un átomo retiene ambos electrones de
radicales de carbono
enlace. La especie que se genera con mayor frecuencia cuando
COC y COLos enlaces H se escinden y se ilustran en la figura
heterolítico 13-1. Los carbaniones, carbocationes y los iones de hidruro son
C H C:– - H+
escote muy inestables; esta inestabilidad da forma a la química de
estos iones, como veremos.
Carbanión Protón
El segundo principio básico es que muchas reacciones
bioquímicas implican interacciones entrenucleófilos
C H C+ - H:– (grupos funcionales ricos en y capaces de donar electrones)
yelectrófilos(grupos funcionales deficientes en electrones
carbocation hidruro que buscan electrones). Los nucleófilos se combinan y
ceden electrones a los electrófilos. Los nucleófilos y
electrófilos biológicos comunes se muestran enFigura 13–2.
C C C:– - +C Tenga en cuenta que un átomo de carbono puede actuar
como nucleófilo o electrófilo, según los enlaces y grupos
Carbanión carbocation funcionales que lo rodeen.
FIGURA 13–1Dos mecanismos para la escisión de una COC o COenlace H. En una
escisión homolítica, cada átomo conserva uno de los electrones de enlace, lo que da
Reacciones que crean o rompen enlaces carbono-carbonoHetero-

como resultado la formación de radicales de carbono (carbonos que tienen

escisión lítica de un COEl bono C produce uncarbanióny un
electrones desapareados) o átomos de hidrógeno sin carga. En una escisión carbocation(figura 13-1). Por el contrario, la formación de
heterolítica, uno de los átomos retiene ambos electrones de enlace. Esto puede una COEl enlace C implica la combinación de un carbanión
resultar en la formación de carbaniones, carbocationes, protones o iones de hidruro. nucleófilo y un carbocatión electrofílico. carbaniones
 13.2 Lógica química y reacciones bioquímicas comunes 513

y los carbocationes son generalmente tan inestables que su O2 R3 O2R3

H-
formación como intermediarios de reacción puede ser -
R1 CC CO R1 CCCOH
energéticamente inaccesible incluso con catalizadores enzimáticos.
H R4 HR4
A los efectos de la bioquímica celular, son reacciones imposibles a
Condensación aldólica
menos que se proporcione asistencia química en forma de grupos
funcionales que contengan átomos electronegativos (O y N) que
OH R1 OH R1
puedan alterar la estructura electrónica de los átomos de carbono H-HS-R2
adyacentes para estabilizar y facilitar la formación de carbaniones y CoA-S CC-CO CoA-S CCCO
carbocationes. intermedios. H S-R2 H
Los grupos carbonilo son particularmente importantes en las Condensación de éster de Claisen
transformaciones químicas de las rutas metabólicas. El carbono de
un grupo carbonilo tiene una carga positiva parcial debido a la OH OH
O H-
propiedad de extracción de electrones del oxígeno del carbonilo y,
RC C C RCCH-CO 2
por lo tanto, es un carbono electrofílico. (Figura 13-3a). Por lo tanto,
H O- H
un grupo carbonilo puede facilitar la formación de un carbanión en
Descarboxilación de unb-cetoácido
un carbono contiguo al deslocalizar la carga negativa del carbanión
(figura 13-3b). Un grupo imina (figura 1-16) puede cumplir una FIGURA 13-4Algunas reacciones comunes que forman y rompen COEnlaces C
función similar (figura 13-3c). La capacidad de los grupos carbonilo e en sistemas biológicos.Tanto para la condensación aldólica como para la
imina para deslocalizar electrones se puede mejorar aún más condensación de Claisen, un carbanión sirve como nucleófilo y el carbono de un
mediante un catalizador ácido general o mediante un ion metálico grupo carbonilo sirve como electrófilo. El carbanión está estabilizado en cada caso
como el Mg.21 por otro carbonilo en el carbono contiguo. En la reacción de descarboxilación, se
(Figura 13-3d). forma un carbanión en el carbono sombreado en azul como el CO2hojas. La reacción
La importancia de un grupo carbonilo es evidente en no ocurriría a una velocidad apreciable sin el efecto estabilizador del carbonilo
tres clases principales de reacciones en las que COLos adyacente al carbono carbaniónico. Siempre que se muestre un carbanión, se supone

enlaces C se forman o se rompen(figura 13-4): una resonancia estabilizadora con el carbonilo adyacente, como se muestra en la

condensaciones aldólicas, condensaciones de ésteres de figura 13-3b. Una imina (figura 13-3c) u otro grupo atractor de electrones (incluidos

Claisen y descarboxilaciones. En cada tipo de reacción, un ciertos cofactores enzimáticos como el piridoxal) pueden reemplazar al grupo

carbanión intermedio es estabilizado por un grupo carbonilo en la estabilización de los carbaniones.

carbonilo y, en muchos casos, otro carbonilo proporciona el

electrófilo con el que reacciona el carbanión nucleofílico.
Uncondensación aldólicaes una ruta común para la ciclo del ácido cítrico (véase la figura 16-9). La descarboxilación
formación de un COenlace C; la reacción de la aldolasa, que también suele implicar la formación de un carbanión estabilizado
convierte un compuesto de seis carbonos en dos compuestos por un grupo carbonilo; la reacción de la acetoacetato
de tres carbonos en la glucólisis, es una condensación aldólica a descarboxilasa que ocurre en la formación de cuerpos cetónicos
la inversa (figura 14-6). en uncondensación de claisen, el durante el catabolismo de los ácidos grasos es un ejemplo (figura
carbanión es estabilizado por el carbonilo de un tioéster 17-19). Rutas metabólicas completas se organizan en torno a la
adyacente; un ejemplo es la síntesis de citrato en el introducción de un grupo carbonilo en un lugar particular para que
se pueda formar o escindir un enlace carbono-carbono cercano. En
algunas reacciones, una imina o un cofactor especializado, como el
O- O O- fosfato de piridoxal, desempeña la función de extracción de
(a) C- (b) C C- Minnesota CC electrones del grupo carbonilo.
El carbocatión intermedio que ocurre en algunas reacciones
-
NUEVA HAMPSHIRE2 NUEVA HAMPSHIRE2
que forman o escinden COLos enlaces C se generan mediante la
eliminación de un grupo saliente muy bueno, como el pirofosfato
(C) CCC-Minnesota CCC
(consulte Reacciones de transferencia de grupo a continuación). Un
ejemplo es la reacción de la preniltransferasa.(figura 13-5), un paso
A mí2- JA temprano en el camino de la biosíntesis del colesterol.
ø

O O
(d) C C Reordenamientos internos, isomerizaciones y eliminaciones
Otro tipo común de reacción celular es un reordenamiento
FIGURA 13-3 Propiedades químicas de los grupos carbonilo. (a)el carbono
intramolecular en el que la redistribución de electrones da
El átomo de un grupo carbonilo es un electrófilo en virtud de la capacidad de
extracción de electrones del átomo de oxígeno electronegativo, lo que da como
como resultado alteraciones de muchos tipos diferentes sin un
resultado una estructura en la que el carbono tiene una carga positiva parcial.
cambio en el estado de oxidación general de la molécula. Por
(b)Dentro de una molécula, la deslocalización de electrones en un grupo carbonilo ejemplo, diferentes grupos en una molécula pueden sufrir
estabiliza un carbanión en un carbono adyacente, lo que facilita su formación. oxidación-reducción, sin cambio neto en el estado de oxidación
(C)Las iminas funcionan de manera muy similar a los grupos carbonilo al facilitar la de la molécula; los grupos en un doble enlace pueden sufrir un
extracción de electrones.(d)Los grupos carbonilo no siempre funcionan solos; su capacidad reordenamiento cis-trans; o las posiciones de los dobles enlaces
como sumideros de electrones a menudo aumenta mediante la interacción con un ion pueden transponerse. Un ejemplo de isomerización que implica
metálico (Me21, como magnesio21) o un ácido general (HA). oxidación-reducción es la formación de
514 Tipos de reacciones bioenergéticas y bioquímicas

CH3 fructosa 6-fosfato a partir de glucosa 6-fosfato en la glucólisis(

O O H figura 13-6); esta reacción se analiza en detalle en el Capítulo
C2 C

GRAMO
j 14): C-1 se reduce (aldehído a alcohol) y C-2 se oxida (alcohol a
GRAMO GRAMO

-
OPOPO C CH3
H cetona). La figura 13-6b muestra los detalles de los movimientos
O- O-
de electrones en este tipo de isomerización. Un reordenamiento
Pirofosfato de dimetilalilo
cis-trans se ilustra mediante la reacción de prolil cis-trans
isomerasa en el plegamiento de ciertas proteínas (figura 4-8).
isopentenilo PÁGINASi Una simple transposición de una CPAGEl enlace C ocurre
pirofosfato
durante el metabolismo del ácido oleico, un ácido graso común
(figura 17-10). Algunos ejemplos espectaculares de
CH3 reposicionamiento de doble enlace ocurren en la biosíntesis de
CH 3 -
H colesterol (véase la figura 21-33).
C2 C
H j
GRAMO GRAMO

O O C2 C C CH3 Un ejemplo de una reacción de eliminación que no afecta el

GRAMO
GRAMO

H
GRAMO

-
C CH2 estado de oxidación general es la pérdida de agua de un
j

OPOPO
GRAMO

GRAMO

alcohol, lo que resulta en la introducción de un CPAGenlace C:

O- O- H H
Pirofosfato de isopentenilo Carbocatión dimetilalílico H H H2O R H
RCCR1 CC
H- OH H 2O H R1
H

O O Reacciones similares pueden resultar de eliminaciones en aminas.

-
OPOPO
Reacciones de radicales libresUna vez que se pensó que era
O- O- raro, la escisión homolítica de los enlaces covalentes para generar
pirofosfato de geranilo radicales libres ahora se ha encontrado en una amplia gama de

FIGURA 13-5Carbocationes en la formación de enlaces carbono-carbono. procesos bioquímicos. Estos incluyen: isomerizaciones que hacen
En uno de los primeros pasos en la biosíntesis del colesterol, la enzima uso de adenosilcobalamina (vitamina B12) oS-adenosilmetionina, que
preniltransferasa cataliza la condensación de pirofosfato de isopentenilo y se inician con 59-radical desoxiadenosilo (véase la reacción de
pirofosfato de dimetilalilo para formar pirofosfato de geranilo (figura 21-36). metilmalonil-CoA mutasa en el cuadro 17-2); ciertas reacciones de
La reacción se inicia mediante la eliminación del pirofosfato del pirofosfato de descarboxilación iniciadas por radicales(figura 13-7); algunas
dimetilalilo para generar un carbocatión, estabilizado por resonancia con el C reacciones de reductasa, como la catalizada por la ribonucleótido
adyacente.PAGenlace C. reductasa (figura 22-41);

(a) H ohhh O- H ohhh O-

H 1 C 2C CCCCOPO- H 1C C
2 CCCCOPO-
fosfohexosa
O OH oh oh oh oh oh oh oh oh oh oh O isomerasa oh oh oh oh oh oh oh oh oh oh oh oh O
Glucosa 6-fosfato Fructosa 6-fosfato

(b)
B:1 1B 1 resúmenes de un
B1 B:1
protón.
H 5Un par de electrones se desplaza
desde elCCenlace para formar
H
H 2Esto permite que el aCHvínculo con
formación de unC C CC el protón donado C C
C C doble enlace.
O O por B1.
OH O
O OH H H
3electrones de 4B2resúmenes de un
H carbonilo forma un protón, lo que permite
H
OHvínculo con B:2 la formacion de
B2 el ion hidrogeno aCOvínculo.
B2
donado por B2.
Enodiol intermedio

FIGURA 13-6Reacciones de isomerización y eliminación. (a)La conversión sigue el camino de la oxidación de izquierda a derecha. B1y B2son grupos
de glucosa 6-fosfato a fructosa 6-fosfato, una reacción del metabolismo del ionizables en la enzima; son capaces de donar y aceptar protones (actuando
azúcar catalizada por la fosfohexosa isomerasa.(b)Esta reacción procede a como ácidos generales o bases generales) a medida que avanza la reacción.
través de un enodiol intermedio. Pantallas de color rojo claro
 13.2 Lógica química y reacciones bioquímicas comunes 515

- -
OOC OOC

•
X - H •
mi-
H3C R - XH-H3C R H3C R
NUEVA HAMPSHIRE NUEVA HAMPSHIRE
CO2 NUEVA HAMPSHIRE

R R R
Coproporfirinógeno III coproporfirinogenilo Protoporfirinógeno IX
III radicales

FIGURA 13-7Una reacción de descarboxilación iniciada por radicales libres.La descarboxilación a través del mecanismo de radicales libres que se muestra aquí. No
biosíntesis de hemo (ver Fig. 22-26) enEscherichia coliincluye un paso de descarboxilación en se conoce el aceptor del electrón liberado. Para simplificar, solo se muestran las
el que las cadenas laterales de propionilo en el intermedio de coproporfirinógeno III se porciones relevantes de las moléculas grandes de coproporfirinógeno III y
convierten en las cadenas laterales de vinilo del protoporfirinógeno IX. Cuando las bacterias protoporfirinógeno; las estructuras completas se dan en la figura 22-26. CuandoE.
se cultivan anaeróbicamente, la enzima coproporfirinógeno III oxidasa independiente de colise cultivan en presencia de oxígeno, esta reacción es una descarboxilación
oxígeno, también llamada proteína HemN, promueve oxidativa y es catalizada por una enzima diferente.

y algunas reacciones de reordenamiento, como la catalizada (a)

por la fotoliasa de ADN (figura 25-26). O- O
- O PAGO - O PAGO-
Reacciones de transferencia de grupoLa transferencia de
O- O-
grupos acilo, glucosilo y fosforilo de un nucleófilo a otro es común
en las células vivas. La transferencia de grupos acilo generalmente
implica la adición de un nucleófilo al carbono carbonilo de un grupo O- O-
acilo para formar un intermedio tetraédrico: - O PAGO- O PAGO-
O O-
O O- O (b)
C R C X C 3- O
O
R X Y R Y
:Y :X- O PAGO
tetraédrico
O PAG
intermedio O
O O
La reacción de la quimotripsina es un ejemplo de transferencia
de grupos acilo (figura 6-22). Las transferencias de grupos (C) O O O
glucosilo implican la sustitución nucleófila en C-1 de un anillo de adenina ribosa OPOPOPO- HO R
azúcar, que es el átomo central de un acetal. En principio, la Glucosa
O- O- O-
sustitución podría proceder por una Snorte1 o Snorte2, como se
atp
describe en la figura 6-28 para la enzima lisozima.
Las transferencias de grupos fosforilo juegan un papel O O O
especial en las rutas metabólicas y estas reacciones de -
adenina ribosa OPOPO-- OPO
transferencia se analizan en detalle en la Sección 13.3. Un tema
-
general en el metabolismo es la unión de un buen grupo O- O- O
saliente a un intermedio metabólico para "activar" el intermedio ADP Glucosa 6-fosfato,
un éster de fosfato
para la reacción posterior. Entre los mejores grupos salientes en (d)
las reacciones de sustitución nucleofílica se encuentran el
O O
ortofosfato inorgánico (la forma ionizada de H3correos4en
Z VP Z R OH
pH neutro, una mezcla de H2correos2 4y HPO22 4, comúnmente
W ADP
P abreviadai) y pirofosfato inorgánico (P2O42 7,
O
PP abreviadoi); los ésteres y anhídridos del ácido FIGURA 13-8Transferencias de grupos fosforilo: algunos de los participantes.
fosfórico se activan eficazmente para la reacción. La (a)En una representación (inadecuada) de Pi, tres oxígenos tienen un enlace simple al
sustitución nucleófila se hace más favorable mediante fósforo y el cuarto tiene un enlace doble, lo que permite las cuatro estructuras de
la unión de un grupo fosforilo a un grupo saliente resonancia diferentes que se muestran aquí.(b)Las estructuras de resonancia de Pise
pobre comoOOH. Sustituciones nucleófilas en puede representar con mayor precisión mostrando los cuatro enlaces fósforo-
que el grupo fosforilo (Ocorreos22 3) sirve como hoja oxígeno con algún carácter de doble enlace; los orbitales híbridos así representados
ing grupo ocurren en cientos de reacciones metabólicas. están dispuestos en un tetraedro con P en su centro.
El fósforo puede formar cinco enlaces covalentes. La (C)Cuando un nucleófilo Z (en este caso, elOOH en el C-6 de la glucosa) ataca al
representación convencional de Pi(Figura 13-8a), con ATP, desplaza al ADP (W). en este snorte2 reacción, un intermedio
tres POBonos O y un PPAGO bono, es un conveniente pentacovalente(d)se forma transitoriamente.
516 Tipos de reacciones bioenergéticas y bioquímicas

pero imagen inexacta. En pi, cuatro enlaces fósforo-oxígeno OH 2H--2mi- O

O O
equivalentes comparten algún carácter de enlace doble y el
CH3 CH C CH3 C C
anión tiene una estructura tetraédrica (figura 13-8b). Debido O- O-
a que el oxígeno es más electronegativo que el fósforo, el 2H--2mi-
reparto de electrones es desigual: el fósforo central tiene lactato lactato piruvato
deshidrogenasa
una carga positiva parcial y, por lo tanto, puede actuar como
electrófilo. en muchos FIGURA 13-10Una reacción de oxidación-reducción.Aquí se muestra la
reacciones metabólicas, un grupo fosforilo (Ocorreos22 3) es oxidación de lactato a piruvato. En esta deshidrogenación, se eliminan dos
transferido de ATP a un alcohol, formando un éster de electrones y dos iones de hidrógeno (el equivalente a dos átomos de
fosfato (figura 13-8c), o a un ácido carboxílico, formando un hidrógeno) del C-2 del lactato, un alcohol, para formar piruvato, una cetona. En
anhídrido mixto. Cuando un nucleófilo ataca el átomo de las células, la reacción es catalizada por la lactato deshidrogenasa y los

fósforo electrofílico en el ATP, se forma una estructura electrones se transfieren al cofactor nicotinamida adenina dinucleótido (NAD).

pentacovalente relativamente estable como intermedio de Esta reacción es completamente reversible; el piruvato se puede reducir

reacción (figura 13-8d). Con la salida del grupo saliente mediante electrones transferidos desde el cofactor.

(ADP), se completa la transferencia de un grupo fosforilo. La

gran familia de enzimas que catalizan las transferencias de
grupos fosforilo con ATP como donante se denominan
quinasas(Griegocineína, "para mover"). La hexocinasa, por el compuesto pierde dos electrones y dos iones de hidrógeno
ejemplo, “mueve” un grupo fosforilo del ATP a la glucosa. (es decir, dos átomos de hidrógeno); estas reacciones se
denominan comúnmente deshidrogenaciones y las enzimas
Los grupos fosforilo no son los únicos grupos que activan que las catalizan se denominan deshidrogenasas. (Figura
las moléculas para la reacción. Los tioalcoholes (tioles), en los 13-10). En algunas, pero no en todas, las oxidaciones biológicas,
que el átomo de oxígeno de un alcohol se reemplaza con un un átomo de carbono se une covalentemente a un átomo de
átomo de azufre, también son buenos grupos salientes. Los oxígeno. Las enzimas que catalizan estas oxidaciones se
tioles activan los ácidos carboxílicos formando tioésteres denominan generalmente oxidasas o, si el átomo de oxígeno se
(ésteres de tioles). En capítulos posteriores se analizan varias deriva directamente del oxígeno molecular (O2) oxigenasas.
reacciones, incluidas las catalizadas por las grasas acil sintasas
en la síntesis de lípidos (figura 21-2), en las que la sustitución Toda oxidación debe ir acompañada de una reducción, en la que un
nucleófila en el carbono carbonilo de un tioéster da como aceptor de electrones adquiere los electrones eliminados por la
resultado la transferencia del grupo acilo a otra fracción. oxidación. Las reacciones de oxidación generalmente liberan energía
(piense en las fogatas: los compuestos de la madera son oxidados por las
moléculas de oxígeno en el aire). La mayoría de las células vivas obtienen
Reacciones de Oxidación-ReducciónLos átomos de carbono pueden existir en la energía necesaria para el trabajo celular mediante la oxidación de
cinco estados de oxidación, dependiendo de los elementos con combustibles metabólicos como los carbohidratos o las grasas (los
los que comparten electrones(figura 13-9), y las transiciones organismos fotosintéticos también pueden atrapar y utilizar la energía
entre estos estados son de importancia crucial en el de la luz solar). Las vías catabólicas (generadoras de energía) descritas en
metabolismo (las reacciones de oxidación-reducción son el tema los capítulos 14 a 19 son secuencias de reacciones oxidativas que dan
de la Sección 13.4). En muchas oxidaciones biológicas, un como resultado la transferencia de electrones de las moléculas de
combustible, a través de una serie de transportadores de electrones, al
oxígeno. La alta afinidad de O2de electrones hace que el proceso general
de transferencia de electrones sea altamente exergónico,
proporcionando la energía que impulsa la síntesis de ATP, el objetivo
central del catabolismo.
CH2 CH3 alcano Muchas de las reacciones dentro de estas cinco clases son
CH2 CH2OH Alcohol facilitadas por cofactores, en forma de coenzimas y metales
(vitamina B12,S-adenosilmetionina, ácido fólico, nicotinamida y
O
CH2 C Aldehído (cetona)
hierro son algunos ejemplos). Los cofactores se unen a las enzimas
HORA) —en algunos casos de manera reversible, en otros de manera casi
irreversible— y les confieren la capacidad de promover un tipo
O
particular de química (p. 190). La mayoría de los cofactores
CH2 C Ácido carboxílico
OH participan en una estrecha gama de reacciones estrechamente
relacionadas. En los siguientes capítulos, presentaremos y
O CO Dióxido de carbono
discutiremos cada cofactor importante en el punto donde lo
FIGURA 13-9Los niveles de oxidación del carbono en biomoléculas.Cada encontramos por primera vez. Los cofactores proporcionan otra
compuesto se forma por oxidación del carbono rojo en el compuesto que se muestra forma de organizar el estudio de los procesos bioquímicos, ya que
inmediatamente arriba. El dióxido de carbono es la forma de carbono más oxidada las reacciones facilitadas por un cofactor dado generalmente están
que se encuentra en los sistemas vivos. relacionadas mecánicamente.
 13.3 Transferencias de grupos fosforilo y ATP 517

los intermedios son comunes y están estabilizados por

Las ecuaciones bioquímicas y químicas no son idénticas
grupos carbonilo adyacentes o, con menos frecuencia, por
Los bioquímicos escriben ecuaciones metabólicas de manera
iminas o ciertos cofactores.
simplificada, y esto es particularmente evidente para las
reacciones que involucran ATP. Los compuestos fosforilados - Una redistribución de electrones puede producir
pueden existir en varios estados de ionización y, como hemos reordenamientos internos, isomerizaciones y
señalado, las diferentes especies pueden unir Mg21. Por eliminaciones. Tales reacciones incluyen oxidación-
ejemplo, a pH 7 y 2 mMETROmagnesio21, ATP existe en las formas reducción intramolecular, cambio en la disposición
ATP42, HATP32, h2atp22, MgHATP2y magnesio2ATP. Sin embargo, cis-trans en un doble enlace y transposición de
al pensar en el papel biológico del ATP, no siempre estamos dobles enlaces.
interesados en todos estos detalles, por lo que consideramos - La escisión homolítica de enlaces covalentes para generar
al ATP como una entidad formada por una suma de especies, y radicales libres se produce en algunas vías, como en
escribimos su hidrólisis como la ecuación bioquímica ciertas reacciones de isomerización, descarboxilación,
reductasa y reordenamiento.
atp1H2O88nADP1PAGi
- Las reacciones de transferencia de fosforilo son un tipo de
donde ATP, ADP y Pison sumas de especies. La transferencia de grupo especialmente importante en las células,
correspondiente constante de equilibrio transformada necesarias para la activación de moléculas para reacciones que de
estándar, kmi¿q5 [ADP4 [PAGi4/[atp4,depende del pH y de la otro modo serían muy desfavorables.
concentración de Mg libre21. Tenga en cuenta que H1y - Las reacciones de oxidación-reducción implican la
magnesio21no aparecen en la ecuación bioquímica porque pérdida o ganancia de electrones: un reactivo gana
se mantienen constantes. Por lo tanto, una ecuación electrones y se reduce, mientras que el otro pierde
bioquímica no equilibra necesariamente H, Mg o carga, electrones y se oxida. Las reacciones de oxidación
aunque equilibra todos los demás elementos involucrados generalmente liberan energía y son importantes en el
en la reacción (C, N, O y P en la ecuación anterior). catabolismo.
Podemos escribir una ecuación química quehaceSaldo para
todos los elementos y para cargo. Por ejemplo, cuando el ATP
se hidroliza a un pH superior a 8,5 en ausencia de Mg21, la
reacción química está representada por
13.3 Transferencias de grupos fosforilo y ATP
atp421H2O88nADP321HPO22 4 1H1 Habiendo desarrollado algunos principios fundamentales de
los cambios de energía en los sistemas químicos y revisado
La constante de equilibrio correspondiente,kmi¿q5 [ADP32]
las clases comunes de reacciones, ahora podemos examinar
[HPO422][H1]/[ATP42], depende solo de la temperatura,
el ciclo de energía en las células y el papel especial del ATP
presión y fuerza iónica.
como la moneda de energía que vincula el catabolismo y el
Ambas formas de escribir una reacción metabólica
anabolismo (ver Fig. 1-29). ). Las células heterotróficas
tienen valor en bioquímica. Las ecuaciones químicas son
obtienen energía libre en forma química por el catabolismo
necesarias cuando queremos dar cuenta de todos los
de las moléculas de nutrientes, y utilizan esa energía para
átomos y cargas en una reacción, como cuando estamos
producir ATP a partir de ADP y P.i. Luego, el ATP dona parte
considerando el mecanismo de una reacción química. Las
de su energía química a procesos endergónicos, como la
ecuaciones bioquímicas se utilizan para determinar en qué
síntesis de intermediarios metabólicos y macromoléculas a
dirección procederá espontáneamente una reacción, dado
partir de precursores más pequeños, el transporte de
un pH específico y [Mg21], o para calcular la constante de
sustancias a través de membranas contra gradientes de
equilibrio de tal reacción.
concentración y el movimiento mecánico. Esta donación de
A lo largo de este libro usamos ecuaciones bioquímicas, a
energía del ATP generalmente implica la participación
menos que el enfoque esté en el mecanismo químico, y usamos
covalente del ATP en la reacción que se va a impulsar, con el
valores deDGRAMO98ykmi¿qdeterminado a pH 7 y 1 mMETRO
resultado final de que el ATP se convierte en ADP y P.io, en
magnesio21.
algunas reacciones, a AMP y 2 Pi. Discutimos aquí la base
química de los grandes cambios de energía libre que
acompañan a la hidrólisis de ATP y otros compuestos de
RESUMEN 13.2Lógica química y reacciones fosfato de alta energía, y mostramos que la mayoría de los
casos de donación de energía por ATP implican
bioquímicas comunes
transferencia de grupo, no una simple hidrólisis de ATP.
- Los sistemas vivos hacen uso de un gran número de Para ilustrar el rango de transducciones de energía en las
reacciones químicas que se pueden clasificar en cinco que el ATP proporciona la energía, consideramos la síntesis
tipos generales. de macromoléculas ricas en información, el transporte de
- Los grupos carbonilo juegan un papel especial en las solutos a través de las membranas y el movimiento
reacciones que forman o escinden CObonos C. Carbanión producido por la contracción muscular.