VIROLOGÍA CLÍNICA, Bioquímica UNAJ

BIBLIOGRAFÍA
Virología molecular, patogénesis, inmunidad, evolución, epidemiología
• Principles of Virology (2 Volúmenes) 5th Ed. 2020 Jane Flint, Vincent R. Racaniello, Glenn F. Rall,
Theodora Hatziioannou, Anna Marie Skalka - ASM Press.
• Principles of molecular virology. 5ta Edición. A.J. Cann. Academic Press, California, USA, 2012.
• Introduction to Modern Virology. 6ta Edición. Nigel Dimmock, Andrew Easton, Keith Leppard.
• Blackwell Publishing, 2007
• Fundamentals of Molecular Virology – ( 2006) Nicholas H. Acheson
• Viral Pathogenesis and Immunity. N. Nathanson. Academic Press. 2nd Ed. 2007
Clínica, Diagnóstico, Aplicaciones
• Lennette’s Laboratory Diagnosis of Viral Infections. Keith R. Jerome, Ed. Fourth Edition, 2010 by
Informa Healthcare USA, Inc.
• Clinical Virology. 4ta Edición. D. Richman, R. Whitley, F, Hayden Eds. ASM Press, Washington, DC.
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• Molecular Microbiology: Diagnostic Principles and Practice. D Persing. ASM, 2004
• Diagnostic Virology Protocols. 2da Edición. J Stephenson, A. Warnes, Eds. Humana Press. 2011.
• Vaccine Protocols 2nd Ed. Rep. 2010. A. Robinson, M Hudson, M Cranage, Eds. Humana Press.
• Viral vectors for gene therapy: Methods and Protocols. 2010. Curtis, A. Machida. Humana Press
Parte práctica, virología básica
• Virus Culture: A Practical Approach (Practical Approach Series) – (2000). Alan J. Cann
• Virology methods manual. B.W. Mahy; H.O. Kangro. Academic, London, UK, 1996.
• Virology: A Laboratory Manual. Florence G. Burleson, TM Chambers, DL Wiedbrauk. Academic Press,
1992
Consulta General
• Fields Virology, 5th Edition. Knipe, David M.; Howley, Peter M. Lippincott Williams & Wilkins, 2007 (en
biblioteca UNQ)
• Fields Virology, 6th Edition. Knipe, David M.; Howley, Peter M. Lippincott Williams & Wilkins, 2013 (en
pdf)
• Viral Pathogenesis. N. Nathanson. Lippincott-Raven Publishers, Philadelphia, USA, 1997.
Gmail: [email protected]
 Virología Clínica
Bioquímica, UNAJ

I. Elementos de Virología Molecular.

Introducción. Estructura viral
Adhesión y Entrada
Virus con genoma de RNA: producción
de mensajeros y replicación
1000-1500 AC

Siglo 17
Viruela

TMV

Polio
 Virus animales: sistemas de cultivo

Animal completo Cultivo de órganos Cultivo celular (años ´50s)

Fases del ciclo replicativo viral
 Genomas virales

polioma, papiloma,
adeno, herpes, pox,
hepadna
•dsDNA •Lineales
•Circulares

•ssDNA parvo, circo •Monomoleculares

•Segmentados (solo
RNAvirus: ej. ortomixo)
•dsRNA reo
•Multipartitos (vegetales)
picorna, flavi,
•ssRNA + corona, toga,
calici, retro

•ssRNA- rabdo, paramixo,

ortomixo, arena, bunya,
filo
Virus animales con genomas de RNA
 Virus
animales
con
genomas
de DNA
 Clasificación de Baltimore modificada (Clase 7,
“reversivirus”). Estrategias de prod. de mRNA y replicación.

Clase I Clase II Clase III Clase IV Clase V Clase VI Clase VII

Baltimore Clase I
Baltimore Clase II
Baltimore Clase III
Baltimore Clase IV
Baltimore Clase V
Baltimore Clase VI
Baltimore Clase VII
Estructura Viral
Cubiertas y proteínas estructurales de los
virus

Protegen los ácidos nucléicos

Contienen señales de reconocimiento para

la entrada (salvo virus de plantas)

Contienen el sistema de liberación del

genoma en el momento y localización
apropiados

En algunos casos incluye enzimas

esenciales para infectividad

Componente estructural es el que forma

parte de la partícula infecciosa o virión
Barril b (b barrel jelly roll)
Criomicroscopía electrónica
 Crio-tomografía electrónica

Electron cryotomography (cryoET) of herpes simplex virus Ertel et al. eLife 2017;6:e25940. DOI:
type 1 (A), vaccinia intracellular mature virion (B),and HIV-1 10.7554/eLife.25940
(C). Images in the left-hand column are single, projected
images; those in the middle column, slices through the
reconstructed tomogram; those on the right, cut-away
surface renderings of the threedimensional tomographic
reconstructions. (Adapted from Cyrklaff M, Risco C,
Fernandez JJ, et al. Cryoelectron tomography of vaccinia
virus. Proc Natl Acad Sci U S A 2005;102:2772–2777.)
Cristalografía
de Rayos X
 Estructuras regulares
Disposición regular de subunidades asimétricas (proteínas o conjuntos de proteínas)

1. Estructuras
elongadas o
filamentosas. Ejs.: Virus
vegetales filamentosos,
nucleocápsides de
virus RNA (-)

2. Estructuras
isométricas o
esferoides. Ejs.: virus
desnudos, cápsides de
virus envueltos
Virus filamentosos y nucleocápsides: Simetría helicoidal
Nucleocápsides con simetría helicoidal

Ortomixovirus

Paramixovirus
 Estructuras Isométricas
Hay un número infinito de polígonos regulares convexos, pero solo cinco poliedros
regulares, los sólidos Platónicos

Tetraedro Cubo Octaedro

Dodecaedro Icosaedro

Subunidades asimétricas repetitivas deberán formar las caras simétricas de

alguno de estos cuerpos para formar una estructura cerrada esferoide.
Muchos virus
isométricos responden
a la simetría
icosahédrica

Posibles razones:
1. Mayor número de
subunidades y por
lo tanto más
pequeñas lo que
implica economía
genética.
2. Restricciones físicas
al empaquetamiento
compacto de
subunidades en el
tetraedro y octaedro
Simetría icosahédrica
Tres subunidades por cara. 60 Facetando cada cara triangular se
subunidades: interacciones introducen nuevas subunidades y el
equivalentes pero tamaño muy volumen se puede aumentar usando
limitado (sólo visto en agentes ahora 240 subunidades.
satélites con unos 1000 nt como
genoma)
 Simetría icosahédrica
Quasiequivalencia

Subunidades interaccionando de a cinco (pentámeros) o de a seis (hexámeros): las interacciones ya no son

estrictamente equivalentes:
Principio de cuasi-equivalencia (Caspar & Klug, I962)
Restricción: T= h2+hk+k2

Satélite del MTV T=1

Restricción: T= h2+hk+k2

Picornavirus T= 3
 Restricción: T= h2+hk+k2

Fago P22 T= 7 Rotavirus T= 13

HSV (cápside) T= 16
 Restricción: T= h2+hk+k2

Adenovirus T= 25

Hexón

• T= 25 con 240 estructuras hexacoordinadas + 12 pentacoordinadas lo cual, según el principio de

cuasiequivalencia predice 1500 subunidades proteicas (60x25)
• Contando subunidades protéicas: 240 x 3 del hexón + 12 x 5 del pentón = 780 que sería T = 13 (en
general NO se cumple el principio de cuasiequivalencia)
Hexones: trímero de proteína II; pentones: pentámero de proteína III; fibra: trímero de proteína IV.
Estabilización por proteínas cementantes: IIIa, VI y IX, DNA complejado con proteína básica interna.
 Adenovirus
Poliomavirus
(Papilomavirus)
 Virus envueltos
Influenza (Ortomixoviridae)
Virus de la estomatitis vesicular (Rabdoviridae)
 Virus envueltos
En general las proteínas de la envoltura NO se
distribuyen siguiendo una simetría estricta en
posiciones fijas.
EXCEPCIÓN: TOGAVIRUS, virus con distribución
icosahédrica de las proteínas de envoltura (T=3
cápside, T=4 envoltura) . Glicoproteínas de
envoltura “anclan” en la cápside icosahédrica
 Virus con estructuras complejas
Bacteriófagos con estructuras de cabeza y cola
Poxviridae (Smallpox, Vaccinia)
Mecanismos de
empaque del
genoma:

1. Contacto con la
cápside

2. Empaque con
proteína
especializada de
unión a DNA o RNA

3. Empaque con
proteína celular
especializada de
unión a DNA
Componentes estructurales: Proteínas y glicoproteínas
Componentes
estructurales:

Enzimas,
proteínas
reguladoras de la
expresión génica,
ácidos nucléicos
no genómicos,
etc.
Adhesión y entrada a la
célula huésped
 Adhesión
• Fenómeno generalmente de alta
especificidad que permite la interacción
primaria y localización de los virus
animales y de procariotes a la célula
blanco
• No existe este tipo de interacción entre los
virus vegetales (penetración directa) y
virus de levaduras sin fase extracelular y
sus células blanco
 Receptores
• Los receptores de virus son moléculas celulares normales
• Funcionan como una señal de que el virus hizo contacto con una
célula adecuada para su replicación
• Une el virus a la superficie celular con diferentes grados de avidez
• El contacto es al azar (difusión simple, movimiento browniano)
• La unión firme dispara cambios conformacionales en la partícula
que llevarán a la liberación del genoma en el citoplasma (asociado
a proteínas)
• La unión y entrada a la célula frecuentemente es un proceso de
varias etapas que deben ser cumplidas sin error para que el ciclo
continúe
• El proceso puede involucrar una o varias moléculas distintas (hasta
tres, generalmente la avidez es creciente)
 Receptores: naturaleza y
características
• Usualmente proteínas, también carbohidratos y lípidos
• Interacción virus-receptor es altamente específica pero
una flía viral puede usar el mismo rec.
• Excepción: NANA (Ac. Siálico), ampliamente distribuído
y usado por varias flías.
• El virus une hasta tres tipos de moléculas en sucesión:
rec de baja afinidad, receptor primario y receptor
secundario (co-receptor)
• Los de baja afinidad son abundantes (heparano, ac.
Siálico). Aproximan al virus desde el fluído. Ej.: HIV-1:
Heparan→CD4→Rec.bquim.→Fusión
• Algunos V pueden usar Igs no-neutralizantes y
receptores de Igs (ADE: AntibodyDependentEnhancement).
Ej.: dengue
 Sitios de entrada más frecuentes
Epitelios: distribución diferencial de componentes entre
superficies apicales (relación con lumen, ambiente) y
basolaterales → Polarización de las células (relación con cél.
adyacentes, subyacentes)

•Si hay receptor→Cél. Susceptible

•Si hay Factores intracelulares que permiten
replicación→Cél. Permisiva
•El rec es un factor crucial que muchas veces
determina rango de huésped y tropismo tisular
MEMBRANA PLASMÁTICA
Hoja externa: >fosfatidil colina,
esfingomielina y glicolípidos
Hoja interna: >fosfatidil-etanolamina,
fosfatidil-serina y fosfatidil-inosiltol
Microdominios: composición diferencial
en lípidos y proteínas. Ej.: “lipid raft” (>
colesterol y ac. Grasos saturados, menos
fluído). Utilizados por V como sitios de
ensamblaje y entrada.
Proteínas: N-glicosiladas (Asn), O-
glicosiladas (Ser, Thr)
Estructura de algunos receptores virales

Integrinas: reconocen
secuencia RGD en prot de
matriz y en virus
(picornas, adenos)
Entrada, desnudamiento y transporte del genoma
Dependen de la usurpación de estructuras y procesos celulares
normales:
➢Tráfico vesicular
➢Endocitosis

➢Fusión de membranas
➢Importación al
núcleo
Desnudamiento: liberación del genoma de la cubierta proteica o
envoltura lipídica. Se produce en la membrana, en
endosomas o en el núcleo según el agente.
Desnudamiento: el proceso puede darse a pH neutro (membrana
plasmática) o depender de la acidificación en el interior de
endosomas y lisosomas

Procesos a pH neutro
(membrana plasmática)
Procesos dependientes de acidificación
(endosomas, lisosomas)
 Molécula única como receptor y disparo de entrada. Ej.:
Picornavirus, influenza

Influenza: Une ac. Siálico en glicoproteínas y

glicolípidos

Hemaglutinina (HA): Glicoproteína de membrana en

trímeros, Baja afinidad pero múltiple (↑avidez),
Amplia distribución del receptor en tejidos
(restringido por factores celulares)
Rinovirus 16: Une a ICAM-1
Mecanismos que requieren receptor y co-receptor. Ej.:
HIV-1, Adenovirus, coxackievirus, herpesvirus, etc
Ejemplo: Interacciones HIV-1 – CD4: induciría la
exposición de sitios de interacción con co-receptor

SU CD4 - SU
 Entrada y desnudamiento de virus envueltos:
Fusión de membranas

• Fusión a pH neutro (HIV,

paramixovirus: Sendai,
Sarampión, RSV)

• Fusión a pH ácido (Ortomixovirus:

Influenza A)

Proceso regulado para que se

produzca en el momento adecuado
(celulas y virus)
Proteínas de
fusión virales

• Sintetizadas como
precursores.
• El precursor
generalmente se activa
y pasa a proteína de
fusión por clivaje
proteolítico durante o
después del
ensamblaje.

En el virión infeccioso las

proteínas de fusión
adquirieron un “estado
metaestable”
Puede o no intervenir
un co-receptor (HIV)
Fusión a pH neutro, cambio conformacional disparado por interacciones
proteína-proteína. HIV
(1)
Fusión a pH neutro. HIV
(2)
 Fusión a pH ácido, cambio conformacional disparado por interacción proteína-
proteína y el cambio de pH.
Influenza A

•Endosoma tardío
•pH 5.0
•HA1 sufre cambio
conformacional
•Se expone el
péptido fusogénico
oculto hasta ese
momento en el
interior hidrofóbico
•Movimiento final
(hipotético) de
separación y
acercamiento de
membranas a
distancia de fusión
 Clase alternativa de
proteína de fusión (alfa,
flavi): péptido de fusión en
Característica estructural de un tipo de proteína loop entre hojas beta.
de fusión comun a varios virus: péptido de fusión Disparo por cambios
en N terminal. Tres hebras de alfa helices, conformacionales de otras
héptadas de aa hidrofóbicos cerca del N terminal proteínas o la misma de
fusión que como resultado
expone el loop de fusión
 Entrada y desnudamiento de genomas
1. Influenza A

RNA (-) de Flu complejado

con NP a intervalos de 10-
15 nt y RNA Pol =
RNProteína
Este complejo interacciona
con M1 en el virión→debe
separarse y lo hace por
disminución del pH
• M2 canal iónico (14-68
mol./virión),
homotetrámeros. Permite
la entrada de H+
• Separación de RNP-M1 y
desenmascaramiento de
las señales de importación
nuclear
• Entrada al
núcleo→Síntesis de
mensajero
 Entrada y desnudamiento de genomas
2. Alfavirus (intervención de ribosomas)
Ej.: Semliki Forest (alfavirus) RNA+,
envuelto.
•Proteínas de envoltura E1 y E2 en
heterodímeros en grupos de tres
(espícula)
•Disminución del pH→cambio conf de E1
y E2 →Fusión de membranas
•Nucleocápside en citoplasma: ribosomas
unen proteína C (3-6 mol./ribosoma)
•Traducción inmediata por los ribosomas
asociada a la membrana (prot C queda
unida al endosoma)
 Entrada y desnudamiento de genomas
3. Adenovirus (virus no envuelto)
Ej.: Adeno, Entrada por ruptura de
la membrana endosomal
•Endocitosis disparada por
interacción con rec y co-rec
•Pérdida gradual de prot en el
endosoma: fibra-IIIa-VIII (estab
hexones)
•Dism del pH, act proteasa L3 del
core que degrada VI, se libera
penton base y prot IX (cemento)
•Lisis membr del endosoma (prot
del penton?)
•Transporte por mtúbulos al poro
nuclear e importación 
 Entrada y desnudamiento de genomas
4. Picornavirus (virus no envuelto)
Partículas infecciosas: VP0 clivado a
VP2 y VP4 durante ensamblaje Ej.: Polio, formación de poro en la
membrana
•Unión a Pvr (Ig like)
•A Temp>33ºC se inducen cambios
conformacionales→partícula alterada (A)
•Se pierde VP4, N terminal lipofílico de VP1
se reorienta hacia la membrana y se
insertaría formando un poro
•Pasaje del RNA
 Estado, naturaleza y destino de
las estructuras ingresadas
• Genomas ssRNA (-): Nucleocápsides incluyendo
RNA polimerasa viral. Funciona como molde para la
síntesis de RNAs mensajeros y copias antigenoma.

• Genomas ssRNA (+) de virus clase IV (picorna, flavi,

etc): RNA desnudo que rápidamente de asocia a
ribosomas para ser traducido.

• Genomas ssRNA (+) de Retrovirus: Nucleocápsides

de estructura similar a las de RNAss(-) dentro de
estructuras de core y asociadas a Retrotranscriptasa
(RT). Molde para retrotranscripción seguido de
integración del DNAds
 Estado, naturaleza y destino de
las estructuras ingresadas
•Genomas dsRNA: partícula subviral con
actividad transcriptasa, generación de ssRNA
+ (tempranamente mensajero y tardíamente
primera cadena de genoma).

•Genomas DNA: generalmente con proteínas

asociadas entra al núcleo y funciona como
molde para mRNA

•Genomas DNA de virus con replicación

citoplasmática: (Poxvirus): core con DNA,
polimerasas y moléculas asociadas a los
distintos procesos).
Síntesis de RNA por virus a RNA

Replicación y producción de mRNA

 Clasificación de Baltimore modificada (Clase 7,
“reversivirus”). Estrategias de prod. de mRNA y replicación.

Clase I Clase II Clase III Clase IV Clase V Clase VI Clase VII

Estructura del genoma
 Virus a
RNA no
Retrovirus.
Clases III,
IV y V de
Baltimore
 Síntesis de RNA por RNA virus no retrovirus

• Procesos de transcripción y replicación

• No inhibida por:
1. Inhibidores de DNA Pol→No hay DNA intermediario
2. Actinomicina D (inhibe RNA pol celular)→No deriva de la
célula

RNA Polimerasa RNA Dependiente (RPRD) viral

✓ actividad específica ausente en la célula huesped→codificada
por el virus
✓ transportada en el virión o sintetizada poco después de la
entrada.
✓ Generalmente una subunidad catalítica cuya actividad
depende de proteínas accesorias
✓ Síntesis es típica: molde leído de 3’a 5’
✓ La actividad típicamente cambia durante el ciclo de
“transcriptasa” a “replicasa”
Naturaleza y diversidad de los genomas RNA
Características estructurales y funcionales de
RNAs genómicos virales

• Siempre lineales (excepciones Agentes subvirales:

viroides, satélite delta)
• Frecuentemente segmentados (No en DNA virus)
• Rango de tamaño: bacteriófago MS2 RNA+ de 3569 nt,
Picornas RNA+ de 7500 nt, hasta Coronas de 30000 nt
• RPRD No tienen proof-reading→tasas de error de 10-3 a
10-5 (limitante del tamaño de los genomas?) (Coronas
tienen act 3´-5´ exonucleasa: posible proof-Reading)
• Los genomas contienen señales de inicio de replicación
en 3’→muchos tendrán sec. complementarias en ambos
extremos de 12 a 50 nt aprox (Inverted Terminal
Repeats). Otras señales por ej. picornas poli A en 3’,
proteína unida a 5’, estr. secundarias.
 Polimerasas virales
• En general una subunidad catalítica y proteínas
accesorias (virales o celulares)
• Sitios específicos de iniciación y terminación de
la síntesis
• Muchas no requieren priming (existen ejs.de
sínt. no dep. de molde)
• Algunas requieren priming especial (proteínas,
RNAs capeados)
• Síntesis de RNA es altamente eficiente pero en
general dependiente de un complejo completo
de proteínas accesorias y, en algunos casos
unión a membranas.
 Polimerasas virales
• Los genes pueden identificarse por secuencias
relacionadas
• Hay zonas de homología entre los 4 tipos de
polimerasas virales y celulares
• Comparten topología: motivos A a E en RNA
dependientes
• RPRD de virus RNA(+): Gly-Asp-Asp en C
• Pol de RNA(-) segmentados, dsRNA y retros:
Asp-Asp
• RNA(-) unimoleculares: Gly-Asp-Asn
 Estructuras moleculares de la 3D polimerasa de polio (RPRD) pero también de
DPDD, RPDD y DPRD adoptan la forma descripta como de “mano derecha”

•Sitio activo:
“palma” (Regiones
A a D)
•Datos
estructurales se
usaron para
alinear las
secuencias y
buscar homologías
Polimerasas de Ac.
Nucleicos
comparten
topología y los
dominios de sitios
(supuestamente)
activos se pueden
alinear en base a
analogías
estructurales
 Naturaleza del templado
• RNA(-): nucleocápsides, proteínas
accesorias (ej. N a intervalos
regulares), complejo resistente a
RNAsas, RNA pol solo copia en
este contexto.
• RNA (+): debe traducirse, no unido a
proteínas virales (Excepción: retro!)
• Proteínas accesorias: Virales y
celulares
1. Nucleoproteínas: Unen ssRNA (evita
apareamiento templado-producto
2. Helicasas: Sintetizadas por muchos
V. RNA (+) (función parecida a
nucleoproteínas)
• Estructura secundaria: importantes
en traducción, síntesis y ensamblaje
de RNA. Se predicen por
computadora pero se confirman por
trat. RNAsa
 Proteínas accesorias
• Dirigen la polimerasa y complejo al sitio
intracelular correcto. Ej.: NP de Flu tiene Señal
de Loc. Nuclear , 2C y 3AB de polio dirige el
complejo a vesículas.
• Facilitan el reconocimiento del sitio de iniciación
sobre el molde (pseudoknot en 3’de picornas
reconocido por proteínas virales)
• Estimulan la actividad polimerasa (3AB de polio)
• Mantienen o crean hebra simple (helicasa de
HCV)
• Proteínas de origen celular suelen ser críticas
(PABP y PCBP en polio, proteínas del
citoesqueleto en paramixovirus anclan núcleos
de síntesis de mRNA)
 Priming
• La mayoría inicia sin
primers
• Picorna: proteína VPg
de polio unida a 5’
covalentemente (VPg-
pUpU inicia síntesis por
3Dpol)
• Influenza y bunyavirus:
fragmentos de 10-13 nt
de mRNA celular con
cap (“cap snatching”)
 Sítios de síntesis de RNA viral
Los virus usan localizaciones y
estructuras específicas para hacer el
proceso altamente eficiente:
concentración de toda la maquinaria en
puntos específicos, uso del molde por
varias polimerasas simultáneamente,
circularización del molde para unir los
sitios de fin e inicio (proceso contínuo)

Virus de replicación citoplasmática (la mayoría de

los Virus a RNA).
1. Virus RNA (-): Nucleocápsides asociadas a
estructura celular (generalmente
citoesqueleto).
2. Virus RNA (+): forman los complejos sobre
membranas.
3. Virus dsRNA: Partículas subvirales y
“viroplasmas” SARS-CoV-2 infected cells.
Red shows sites of viral replication and
Virus de replicación en núcleo: Ortomixovirus, spike protein is in green.
Discriminación RNA viral y celular. Ej.: síntesis
cadena negativa en polio

• Estructura y secuencia. Importante

tempranamente Ej.: cre (cis-acting replication
element) ubica 3CDpro, 3’pseudoknot ubica a
3Dpol
• Tardíamente aumenta la concentración local de
complejos disminuye la probabilidad de uniones
inespecíficas
• Circularización de los RNA en complejos
Poliovirus (Picornaviridae)

• Requiere VPg unido a 5’ y cola de poli

A en 3’
• Circularización por interacción de dos
proteínas celulares PABP (U cola
poliA) y PCBP (U estr. de “trebol” rica
en pyr)
• Complejos de replicación sobre
membranas
• La replicación requiere de síntesis
protéica contínua (inh sínt prot---inh
replicación)

CCTα, responsible for the rate-limiting step in phosphatidylcholine synthesis,

translocates from the nuclei to the cytoplasm upon infection and associates with the
replication membranes
 mRNA traducible por la célula:
Extremos 5´y 3´
Extremos 5´
Con Cap:
a. por síntesis por el complejo de la polimerasa viral
b. por “robo” de caps a los mensajeros celulares (Cap
snatching).
Sin Cap: Sitio interno de entrada del ribosoma: IRES
(internal ribosomal entry site)

Extremos 3´
Virus RNA (+)
a. La mayoría con cola de poli A en el genoma
b. Excepciones: Arena y Reovirus con secuencias
5´especiales.
Virus RNA (-) Copiado reiterativo de cortas secuencias
de U
 Clase 3 de Baltimore
• dsRNA.
• Ejs.: reovirus, rotavirus, blue tongue,
picobirnavirus
• Genomas segmentados
• Replicación conservativa (Schonberg, 1971)

Clase III

rotavirus 11 segmentos
Reoviridae

•10-12 segmentos de dsRNA perfectamente apareados

(no hay regiones sobrantes de ssRNA apareadas en los
extremos)
•Hay una copia de cada segmento en cada virión
infectivo
•Cada segmento es distinto en secuencia (no hay
homología)
•Cada segmento codifica en general para una proteína
•La actividad polimerasa de los dsRNA reside en las
partículas subvirales originadas a la entrada
•dsRNA externo no es transcripto (proceso intra-
partícula)
•Se copia la longitud completa de la hebra (-)
•Los mRNAs generados tienen cap (x actividad
enzimática viral) pero no poliA
•Las hebras (-) son sintetizadas en partículas virales
inmaduras con mRNA como molde y quedando ya
como dsRNA (nunca se encuentran libres)
 Reoviridae: partícula subviral con actividad transcriptasa

•Originada como resultado del

proceso de desnudamiento
asociado a la entrada.
•dsRNA nunca deja la partícula
(nunca hay desnudamiento Rotavirus
completo)
•El único RNA fuera de las
partículas subvirales es el mRNA (+)
•mRNA en partículas en formación
es el molde para genoma dsRNA
•Se reparte un segmento de cada
clase por mecanismo especial en
investigación
 Clase 4 de Baltimore

• ssRNA (+) Ejs.: picornavirus (HAV, polio, aftosa, rino), flavivirus (f.
amarilla, dengue, HCV), togavirus (alfavirus, rubeola), coronavirus
(SARS), calicivirus (norovirus).
• RNA desnudo es infeccioso
• Diferentes mecanismos de expresión genética pero similares de
replicación
• Se estima que hasta 5 complejos de replicación trabajan
simultáneamente (polio)
• Producción de cadena (-) completa es el molde para genoma
• Producción asimétrica: mucho más RNA (+) que (-). (+) RNA,
destinos: mRNA, Replicación, Empaque
 Dos tipos de producción de mRNA y expresión en virus
ssRNA (+) clase IV de Baltimore: IVa y IVb
Clase IVa. Ej. Picornavirus: todo el genoma traducido a una gran poliproteína. Control de
la expresión por proteólisis diferencial y tasa de degradación (ej 3D pol es inestable)
Clase IVb. Ej. Togaviridae: mRNAs subgenómicos con 5`cap y poliA, 42S polimerasas, 26S prot.
estructurales. Sólo un RNA (-): 42S que es molde para los dos (+). Sitio interno muy eficiente para
sintetizar altas cantidades de prot. estructurales
Clase IVb. Ej Coronaviridae: tienen los
genomas RNA más grandes (~30.000 nt). Cap
y poliA.

•Al entrar se traduce el genoma desde el 5´

end produciendose la proteína 1 A y cierta
proporción de la prot de fusión 1 A - 1 B por
frameshifting ribosomal.

•La polimerasa (1 B) produce sets de varios

RNAs (-) con extremos 3´ y 5´ iguales por
copia-“salto”-copia, lo que luego es copiado y
produce mRNAs “anidados” cada uno
codificando una proteína distinta.

•Cantidades de cada mRNA son distintas

(regulado por frecuencia de salto)

Genomic organization of mouse hepatitis virus (MHV 31.2 kb)

 Clase 5 de Baltimore
• ssRNA (-),
unimoleculares
(paramixo, rhabdo,
filo, borna)
• ssRNA (-)
segmentados
(ortomixovirus,
arena, bunya)
• Necesitan llevar la
polimerasa en el
virión
• Suelen tener
secuencias
complementarias en
los extremos
• La misma subunidad
catalítica produce
mRNA
(subgenómicos) y
RNA full→regulación
por proteínas virales
 Clase 5 de Baltimore

• ssRNA (-/+) RNA

ambisentido (bunya, arena)
• Funcionan como clase V
• Polimerasa en el virión
• Estructura secundaria que
regula la expresión
temprana y tardía Clase V
• Mensajeros tempranos:
proteínas de la replicación;
mensajeros tardíos:
estructurales
Ej.: VSV Clase V unimolecular
➢Modelo válido para mononegavirales y otros.
➢ssRNAs genómico o antigenómico siempre
asociado a proteínas en complejo helicoidal: N
(la + abund), P (fosfoprot), L (la – abund)
➢L es la subunidad catalítica pero NP y P son
esenciales para actividad
➢RNA—N—P—L = Complejo que
preferentemente transcribe o replica
dependiendo del momento
➢Circularización
➢Síntesis de mRNAs es un proceso secuencial
de parada y re-inicio. Regulación de la
expresión por eficiencia del re-inicio
➢Primero producción de mRNA, luego síntesis
de proteínas, finalmente comienza la
replicación (antigenoma completo y genoma
completo)
➢Replicación implica síntesis de antigenoma
completo: extremo 3’ con señal para comienzo
de síntesis de genoma
 VSV: Síntesis de mRNAs, proceso secuencial de parada y re-inicio. Regulación de la expresión por
eficiencia del re-inicio

VSV: Switch a Síntesis de RNAs antigenómico y genómico

 Ej.: VSV
mRNA producido por polimerasa 1L-3P
Virus a RNA (-) Síntesis •Comienza luego del lider, Agrega caps
de mRNA •Termina en regiones intergénicas
•Agrega cola de poliA por “resbalamiento”
•Reinicia luego de ig con 70-80% de eficiencia
 Síntesis
alternativa:
mRNA o
antigenoma.
Regulación por
diferentes
polimerasas

Ej.: VSV
 Ej.: VSV (cont.)
Regulación por RNA genómico producido por polimerasa L-N-P
diferentes •Supresión del mecanismo de start-stop y comienzo en 3’end
dependen de la síntesis de N y P
polimerasas •La cad naciente se compleja con N (asoc a P)
Virus a RNA (-)
•N asoc a P se une al lider y señala antiterminación
•N asoc a P unido al segmento A7 naciente bloquea
“resbalamiento”
•➔L-N-P Lee a través de las regiones intergénicas
•Complejo RNA con N cada 15-20 nt
Orthomixoviridae
Virus RNA(-) de
replicación en
NÚCLEO
 Virus RNA(-). Modelo Influenza
Síntesis de mRNA

Diferentes formas funcionales de la

polimerasa de flu: regulación
•Secuencia 5’ terminal (11nt) altamente
conservados en todos los segmentos
interaccionan con PB1→activa PB2 y PA
para cap snatching (cap binding por PB2 +
actividad endonucleasa por PA), capacita a
PB1 para unir 3’terminal (tb conservada).
•Una secuencia conservada luego de el
fragmento celular señaliza para evitar
“decapitar’ los mensajeros virales
•Extremo 5’ sigue unido a medida que
crece el mRNA, cerca del final copia
reiteradamente una secuencia U7 e
incorpora ≈150 A, cola de poli A.
Cap snatching
 Virus RNA(-). Modelo Influenza
Síntesis de mRNA y replicación

mRNA:
Priming por
cap snatching

Replicación:
Iniciación sin
priming
 Terminación y supresión de la
terminación en estructuras
secundarias Stem-loop

Ej.: Arenavirus
•Genomas ambisense
•Dos segmentos
•Regiónes 3’ hasta la estr sec: polaridad negativa
•Estas regiones se “transcriben” tempranamente
por polimerasa del virión
•mRNAs tempranos: L (pol) y NP (prot de
nucleocápside)
•Cuando se acumula NP la pol adquiere capacidad
de sintetizar a través del loop
•➔Se crea nuevo molde negativo del 5’ para la
síntesis de prot tardías
•mRNAs tardíos: GP (de superficie) Z (inh pol)
 Origen de la diversidad de los virus a RNA
➢Mutaciones puntuales: falta de proof-reading de la RP → un error en 103-104 nucleótidos
incorporados → deriva antigénica, quasispecies, modificaciones en virulencia, etc
➢Reasociación de segmentos (reassortment) → cambio antigénico
➢Recombinación
Reasociación de
Mutaciones segmentos
puntuales

Recombinación