Universidad de Guayaquil

Facultad de Ciencias Naturales 2022-

2023
Carrera de Biología
Biotecnología

Aplicación de la
secuenciación masiva
y la bioinformática
TAREA #8
ALICE NICOLE CORTEZ GAVILANES
Aplicación de la secuenciación masiva y la bioinformática

• En el siguiente trabajo, utilice el link; https://ugye-

my.sharepoint.com/:b:/g/personal/telmo_escobart_ug_edu_ec/EacQyKcJ
u0ZKn8UD8nekPc4BDgYEYXKFcfEAbRJfzU44uQ?e=aFMbUE
- Realice una representación esquemática y, con los respectivos
descriptores textuales sobre cómo se desarrolló de los
biomarcadores a partir de la secuenciación masiva.
- Realice un cuadro sinóptico, donde señale todos los resultados
de las tablas y figuras que forman parte de los resultados del
trabajo.(diapositivas)

Desarrollo de la secuenciación masiva

La secuenciación del ADN es una herramienta crucial en el campo de la

biología y la microbiología. Desde su descubrimiento en 1975 por Sanger y
Coulson, la secuenciación del ADN ha evolucionado y mejorado de manera
significativa. En 1995, se completó la secuencia del primer genoma bacteriano
y hoy en día hay más de 120.000 genomas de especies bacterianas
depositados en diferentes bases de datos.

Con la aparición de la tecnología de secuenciación masiva, también conocida

como High-Throughput Sequencing (HTS), se han producido avances
significativos en el análisis de los genomas. La tecnología de secuenciación
masiva genera una gran cantidad de información, lo que ha cambiado el modo
de investigación en microbiología y ha impulsado el uso de la bioinformática en
el diagnóstico y análisis microbiológico.

La bioinformática aplica las matemáticas, la estadística y la computación al

estudio biológico, lo que requiere conocimientos básicos en lenguajes de
programación y en el uso de sistemas operativos basados en UNIX®. Con la
aplicación de la secuenciación masiva, se ha producido una duplicación de la
capacidad de secuenciar cada 6 a 9 meses, lo que demuestra la rapidez con la
que esta tecnología está evolucionando.
 Figura 1Sistema MiSeq

Esta tecnología ha permitido la secuenciación de genomas de una gran

cantidad de organismos, lo que ha ayudado a entender mejor la biología de los
microorganismos y su papel en la salud y la enfermedad. Además, la
secuenciación masiva también ha sido aplicada en la identificación y
caracterización de patógenos, lo que ha ayudado a mejorar la prevención y el
tratamiento de enfermedades infecciosas.

Hay diferentes tipos de tecnologías de secuenciación masiva disponibles,

incluyendo secuenciación por ligación, secuenciación por síntesis y
semiconducción, y secuenciación de molécula única. Cada una de estas
tecnologías tiene sus propias fortalezas y debilidades, lo que las hace
adecuadas para diferentes aplicaciones en microbiología. Por lo que además
se han desarrollado sistemas informáticos con programas preinstalados y con
su propio lenguaje informático para facilitar el trabajo al investigador.

Figura 2 MinION de Oxford Nanopore Technologies

En conclusión, la secuenciación del ADN y la tecnología de secuenciación

masiva han revolucionado la investigación en microbiología y han tenido un
impacto significativo en el ámbito clínico.
Análisis de la microbiota de una muestra

En el mundo de la microbiología, la secuenciación masiva ha revolucionado la

forma en que se pueden estudiar los microorganismos. La secuenciación
masiva puede realizarse a través de dos aproximaciones: la secuenciación
objetivo y la secuenciación shotgun. La secuenciación objetivo implica la
secuencia de pequeños fragmentos previamente amplificados de ADN,
mientras que la secuenciación shotgun implica la secuencia de todo el ADN
previamente fragmentado de forma aleatoria.

La secuenciación objetivo es útil para analizar la composición microbiana de

cada muestra, especialmente cuando se trata de genes considerados "relojes
moleculares". Por otro lado, la secuenciación shotgun permite la obtención del
genoma completo de una bacteria, aunque en algunos casos, debido a la
longitud corta de las secuencias generadas, puede ser una tarea compleja o
incluso imposible. Por lo tanto, es necesario ensamblar las lecturas
secuenciadas en un borrador del genoma.

La información obtenida del genoma es muy valiosa en la identificación de

mecanismos de resistencia a antibióticos, estudios de epidemiología molecular
y dinámica de transmisión, filogenética y filogeografía, así como en la
estimación de la velocidad de mutación.

Un experimento de secuenciación masiva consiste en cuatro etapas

principales: extracción de ADN, preparación de bibliotecas, secuenciación
propiamente dicha y análisis bioinformático. La preparación de bibliotecas
implica fragmentar el ADN, marcar los fragmentos con índices y ensamblarlos
con adaptadores para ser secuenciados en un secuenciador. La secuenciación
puede realizarse en un solo sentido o en ambos sentidos, siendo la última
opción más recomendable en microbiología.
 Figura 3 Etapas a seguir en el proceso de identificación bacteriana mediante
secuenciación del ADNr 16S

El análisis de datos consiste en tres etapas: el análisis primario, el secundario y

el terciario. El análisis primario implica la generación y control de calidad de los
datos, mientras que el secundario incluye el alineamiento contra bases de
datos específicas y el ensamblado de referencia o de novo. La etapa terciaria
implica la generación de datos a partir de los resultados obtenidos en la etapa
de análisis secundario, incluyendo la anotación, la búsqueda de SNPs y la
identificación de factores de resistencia y/o virulencia.

Análisis del genoma bacteriano completo

Después de purificar el ADN microbiano de la muestra, es necesario someterlo

a fragmentación física o bioquímica, seguido de la preparación de librerías y la
secuenciación. La secuenciación produce un archivo FASTQ que contiene las
secuencias, o lecturas, que luego pueden ser ensambladas en unidades
mayores o contigs.
 Figura 4 Flujograma del proceso analítico para analizar el genoma bacteriano

Hay varios ensambladores, que se pueden dividir en aquellos que requieren un

genoma de referencia y aquellos que son de novo. La tecnología de
secuenciación también juega un papel importante en la eficacia del
ensamblado, y actualmente se considera que ambas tecnologías son
complementarias. El resultado final es un draft genome en formato FASTA que
cubre entre el 95 y el 99% del genoma.

Hay software disponible para analizar la eficiencia del ensamblado y la Depth

de cobertura, y para visualizar los contigs y ordenarlos frente a un genoma de
referencia. Además, existen programas que pueden funcionar directamente
desde las reads para identificar taxonómicamente una especie, detectar
contaminaciones, polimorfismos, genes de resistencia a antibióticos y otros
elementos importantes.

Una vez que los contigs han sido ordenados en un borrador de genoma más o
menos cerrado, se procede a la asignación de funciones, es decir, la anotación.
Este proceso incluye la búsqueda de posibles genes, la identificación de
operones y la anotación funcional.

En resumen, el análisis de secuencias de genomas bacterianos completos es

un proceso complejo que implica varios pasos y herramientas diferentes. La
calidad del ensamblado es un factor clave en el éxito de este proceso, y existen
diversas tecnologías y software disponibles para mejorar la eficiencia y la
precisión de los resultados.
Conclusiones y perspectivas futuras

El impacto transformador de la secuenciación masiva en microbiología, es

posible gracias a la reducción de costos y tiempos de análisis y al desarrollo de
la bioinformática. La generación de grandes cantidades de datos requerirá
inversiones en grandes centros de supercomputación y programas de análisis
de código abierto, pero también habrá paquetes de bioinformática disponibles
comercialmente que requieren un conocimiento técnico mínimo. La
secuenciación masiva permitirá estudiar la epidemiología y los
microorganismos individuales en pacientes, hospitales, comunidades y el
planeta en su conjunto, así como su evolución. La tecnología también puede
ayudar a estudiar la interacción de enfermedades infecciosas tanto en
humanos como en animales, y su impacto en el medio ambiente. El desarrollo
de nuevos antibióticos, factores de virulencia y otras funciones celulares
también es posible gracias a la secuenciación masiva. Sin embargo, la
estandarización y validación de los métodos utilizados son necesarios para
garantizar que los resultados sean fiables y comparables. En general, la
integración de la microbiología humana y veterinaria es necesaria para
comprender las implicaciones para la salud mundial de las enfermedades
infecciosas.

• Realice un cuadro sinóptico, donde señale todos los resultados de

las tablas y figuras que forman parte de los resultados del trabajo.

En la figura se muestra el proceso

de análisis de la microbiota desde
las reads a la taxonomía, describe
que después de la purificación del
ADN de la muestra, el PCR t la
librería, se procede a la
secuenciación de amplicones para
obtener el archivo FASTQ. Después
se realiza un análisis
bioinformático(exact sequence
variants (ESVs)) y se introduce en
un software que lea el formato y
arroje gráficos a partir de su filtrado
Describe el proceso analítico para
analizar el genoma bacteriano,
parecido en sus primeros pasos al
microbiano, pero este presenta
“cuello de botella” en el
ensamblado, por lo que ciertos
programas pueden funcionar a partir
de los reads, mapeándolos. O con
contigs ordenados se pueden
anotar el genoma para buscar
genes de interés mediante otro
programa.
Se muestran los: Tipos y
características de los principales
secuenciadores masivos.
Mostrando mayor rendimiento por
carrera Proton de Life Technologies
y se registra mayor longitud de
lectura (6-8 kb) a PacBio de Pacific
Biosciences
 Se presenta un Glosario de
terminología básica de la
secuenciación masiva que permite
entender los nuevos softwares
bioinformáticos y su lenguaje

Se presentan distintos Softwares

de uso libre para el análisis de
datos de secuenciación masiva,
mediante comparación con la base
de datos hecha para identificar
taxones microbianos o por el
ensamblado y anotación de los
genes, que permita visualizar el
mismo y detectar así las diferencias
o seleccionar los genes de interés

Referencia

Hernández M, et al. Aplicación de la secuenciación masiva y la bioinformática

al diagnóstico microbiológico clínico. Rev Argent Microbiol. 2019.
https://doi.org/10.1016/j.ram.2019.06.003

• Describa de manera gráfica y, con los respectivos descriptores

textuales sobre lo que considere relevante en la siguiente
plataforma.
 https://patricbrc.org/view/Taxonomy/234#view_tab=overview

El BV-BRC es un sistema creado para ayudar a los investigadores biomédicos

en su trabajo sobre enfermedades infecciosas bacterianas y virales. Integra
información esencial sobre patógenos con datos y herramientas para el
análisis. BV-BRC reúne a dos centros bien establecidos, PATRIC para
bacterias e IRD/ViPR para virus, y ofrece cientos de miles de genomas
bacterianos y más de un millón de genomas virales, así como datos sobre
estructura y función de proteínas, estudios clínicos, medicamentos objetivos y
resistencia, epidemiología y otras características. El sistema también
proporciona herramientas de código abierto para el análisis de datos y la
anotación genómica.

Figura 5 información general de la bacteria Brucella

En la página de resumen podemos observar la taxonomía general de la

bacteria Brucella, y el cuadro inferior se anotan los genomas asociados a la
misma a partir de los 1278 genomas registrados. Además, representa la data
simplificada del genoma con respecto al huésped, año de registro, y país de
obtención.
 Figura 6 Categoría de Genes especiales

Esta pestaña proporciona una tabla de todos los "genes especiales" anotados
(factores de virulencia, genes de resistencia a antibióticos, dianas de fármacos,
homólogos humanos, transportadores y genes esenciales) correspondientes al
conjunto de genomas al nivel taxón definido por el usuario. Desde esta página,
al seleccionar un genoma se muestra toda la información útil del mismo
 Figura 7 árbol filogenético

Puede observarse un árbol filogenético con 300 genes de alta calidad

secuenciados. Además, los mismos llevan etiquetados las cepas a las que
pertenecen y su código genético único así como el nombre del microorganismo.

Figura 8 Tabla de Secuencias

Esta pestaña enumera todas las secuencias contiguas (cromosoma, contig,

plásmido) que componen el conjunto de genomas correspondientes al nivel de
taxón seleccionado. Además, que es el recurso donde se puede obtener la data
FASTA de todo el contig.