APnº3 B Estrproteicasyramachandran

Estructuras Biomoleculares.
Licenciatura en Bioinformática.
Actividad Práctica nº 3 B:
El enlace peptídico. Estructuras de
péptidos y de proteínas. Diagrama de
Ramachandran.
1
Ejercicios prácticos usando software
Como usted sabe de materias anteriores hay varias formas de clasificar a las proteínas
según su estructura contemplada; es decir que las estructuras que podemos encontrar en las
mismas se pueden clasificar en varios niveles de conformación según las particularidades
de interacción a diferentes grados de complejidad y organización de las mismas (esto es, lo
que se define como: primaria, secundaria, terciaria y cuaternaria).
Por otro lado, dos de las clasificaciones más conocidas son las de SCOP (Structural
Classificacion Of Proteins) y CATH (Class Arquitecture Topology Homologous).
http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/
http://www.cathdb.info/
Ingrese a los sitios de estas Bases de Datos para ver más detalles acerca de los criterios de
clasificación que se usan. Así, de forma genérica podemos dividir a las proteínas en 4
grandes ramas:
1. Principalmente alfa: Mayor % de hélices alfa en la estructura terciaria/cuaternaria

Ejemplo: 1dlw (pdb).
2. Principalmente beta: Mayor % de hojas beta en la estructura terciaria/cuaternaria

Ejemplo: 1bww (pdb).
3. Alfa/Beta: Contiene estructuras alfa y beta contiguas (alfa-beta-alfa)

Ejemplo: 1j6u (pdb).
4. Alfa + Beta: Contiene estructuras alfa y beta no contiguas.

Ejemplo: 2c4b (pdb)
Ejercicio 1:
Descargue los archivos correspondientes a los ejemplos mencionados para cada una de las
clases nombradas antes, desde la página de Protein Data Bank (PDB) y visualícelas
utilizando un programa para dicho fin (Pymol, RasMol, VMD u otro que sea de su agrado).
Manipule de esta forma las moléculas, coloreando diferencialmente a los distintos tipos de
Estructuras Secundarias para poder observar bien la disposición de las mismas dentro de la
molécula, luego realice un informe utilizando screenshots del programa, en el cual verá que
se pueda apreciar la forma a la que pertenece cada molécula y de este modo clasificarlas.
2
Ayúdese de flechas sobre las imágenes para señalar los detalles de la estructura que le
parecen importantes a los fines de mostrar la pertenencia de la proteína a cada clasificación.
Ejercicio 2:
Vaya a la página de SCOP. Entre a la parte donde dice Top of the Hierarchy. Una vez ahí
dentro verá que se enlistan las clasificaciones que se nombraron anteriormente y algunas
otras clasificaciones extra que se obviaron a propósito. Navegue dentro de las dos primeras
categorías (all alpha proteins y all beta proteins) y elija 3 moléculas, obtenga el PDB Id
(se encuentra al lado del nombre de la molécula y es de 4 caracteres) y luego genere,
usando el programa VMD, el diagrama de Ramachandran correspondiente, empleando para
ello la consola con la sentencia ramaplot.
¿Qué conclusiones puede obtener de los Diagramas de Ramachandran, si UD no contara

inicialmente con la información de la estructura cristalina de la molécula? Justifique sus
respuestas.
Repita el mismo procedimiento para las últimas dos clasificaciones mencionadas

anteriormente.
Ejercicio 3
Ingrese a la página de CATH y vaya a la sección using CATH a browse. Una vez dentro,
observará las 4 principales categorías que usa CATH para clasificar a las proteínas.
Ingrese luego a cada una de estas 4 categorías desplazándose hasta el final de la pagina y
así verá un cuadro que tendrá por título: Arquitecture Entries in Class. Allí hallará los
dominios más usuales correspondientes a cada clasificación. Para mainly alfa hay 5, para
mainly beta hay 20, para mixed alpha – beta hay 15, y para few secondary structure hay
solo 1.
Elija de las 3 primeras clasificaciones 5 dominios de cada una y descargue el archivo pdb
correspondiente.
Genere para cada dominio el diagrama de Ramachandran correspondiente y pegue para

cada dominio un screenshot de la estructura y al lado el diagrama de Ramachandran
correspondiente. Escriba en un informe, las conclusiones de sus búsquedas e indagaciones.
3
Realice un informe escrito con las respuestas de todos estos ítems y envíelo al Profesor a
cargo de la asignatura.
Responda las siguientes preguntas teóricas
1) Indique la diferencia entre conformación y configuración. Dé un ejemplo de

configuración utilizando de ayuda a la estructura química de un aminoácido simple.
2) Cómo se establecen los puentes de hidrógeno en una hélice alfa y en una estructura beta.
3 ¿A que nos referimos cuando mencionamos los Dominios en una proteína? Dé ejemplos
de los mismos que se encuentren en proteínas conocidas.
4) ¿Que significa cuando nos referimos al Motivo de una proteína? ¿Hay alguna diferencia
entre Dominio y Motivo proteico? Establezca ejemplificaciones.
Bibliografía
Methods in Modern Biophysics - Bengt Nölting – Springer – 2005.
Computacional Biochemistry and Biophysics – Oren Becker - 2001
Theoretical Biophysics - Dieter W. Heermann - Universitat Heidelberg – 2006
Termodinámica e Introducción a la Mecánica Estadística - Julio Gratton –Eudeba- 2003
Applied Biophysics – Tom Waigh – J. Wiley & Sons – 2007.
Biophysics - Vasantha Pattabhi & N. Gautham – Kluwer Pub. – 2002.
Introduction To Molecular Biophysics – J. Tuszynski & M. Kurzynski – CRC Press – 2003.
Modelling Molecular Structures – A. Hinchliffe - J. Wiley & Sons – 2003

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Estructuras Biomoleculares.

1. Principalmente alfa: Mayor % de hélices alfa en la estructura terciaria/cuaternaria

2. Principalmente beta: Mayor % de hojas beta en la estructura terciaria/cuaternaria

3. Alfa/Beta: Contiene estructuras alfa y beta contiguas (alfa-beta-alfa)

4. Alfa + Beta: Contiene estructuras alfa y beta no contiguas.

¿Qué conclusiones puede obtener de los Diagramas de Ramachandran, si UD no contara

Repita el mismo procedimiento para las últimas dos clasificaciones mencionadas

Genere para cada dominio el diagrama de Ramachandran correspondiente y pegue para

Responda las siguientes preguntas teóricas

1) Indique la diferencia entre conformación y configuración. Dé un ejemplo de

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