LAS PROTEINAS

La palabra protena procede de la palabra griega proteios, que significa primer elemento. Las protenas son elementos
esenciales para el crecimiento y la reparacin, el buen funcionamiento y la estructura de todas las clulas vivas. Son las
macromolculas ms abundantes y estn presentes en todos los organismos vivos. Presentan gran variedad tanto en su
estructura como en su funcin biolgica. Son polmeros constituidos por unidades fundamentales denominados
aminocidos. Mediante ellas se expresa la informacin gentica que est contenida en la molcula de ADN.
ESTRUCTURA DE LOS AMINOCIDOS: Hay unos 300 aminocidos de origen natural de diferentes especies, pero
las protenas solamente utilizan 20 para la biosntesis. Estos son llamados aminocidos proteicos. Casi todos son alfa
aminocidos. Tienen in grupo ( NH3+) amino, y un grupo ( COO-) carboxilo; unidos al tomo de carbono alfa.

El carcter diferente de cada aminocido se debe a la estructura del grupo R (radical cadena de carbonos).
De acuerdo a la estructura del grupo R a los a.a los clasificamos as:
Alifaticos, hidroxilados ( -OH); azufrados (- S -); Aromticos ( ciclos de benceno); cidos,(COOH adicional), amidicos,
bsicos o alcalinos.
Por su polaridad se los clasifica como: Apolares, polares sin carga y polares cargados
A continuacin se presentan las estructuras de los aminocidos, indicando su polaridad y sus caractersticas cido
bsicas.
ALIFATICOS: se muestra su forma inica ( PH = 7 )

Glicina
(Gly, G)

Alanina
(Ala, A)

Valina
(Val, V)

Leucina
(Leu, L)

Isoleucina
(Ile, I)

Prolina
(Pro, P)

PROPIEDADES: Polaridad caractersticas cido bsicas y por su actividad en el organismo humano.

Glicina: apolar, neutro, no esencial
Alanina: apolar- neutro - no esencial
Valina: apolar neutro esencial
Leucina: apolar - neutro esencial
Isoleucina: apolar - neutro - esencial
HIDROXILADOS:

Serina
(Ser, S)

Treonina
(Thr, T)

Serina: polar neutro - no esencial

Treonina: polar neutron - esencial
SULFURADOS:

Cistena
(Cys, C)

Metionina
(Met, M)

Cisteina: polar - debidamente acido - no esencial

Metionina: apolar neutron - esencial
AROMTICOS:

Fenilalanina Tirosina
(Phe, F)
(Tyr, Y)

Fenilalanina: apolar - neutron esencial

Tirosina: polar - debilmente acido - no esencial
Triptofano: polar - debilmente cido - esencial

Triptofano
(Trp, W)

ACIDOS Y AMIDAS NEUTRAS

Aspartato
(Asp, D)

Glutamato
(Glu, E)

pKa=4.0

pKa=4.3

Asparagina
(Asn, N)

Glutamina
(Gln, Q)

cido aspartico: polar cido - no esencial

Asparagina: polar neutro - no esencial
cido glutmico: polar cido - no esencial
Glutamina: polar - neutro - no esencial
BSICOS:

Lisina
(Lys, K)

Arginina
(Arg, R)

Histidina
(His, H)

pKa=10.8

pKa=12.5

pKa=6.0

Arginina: polar bsico - esencial

Histidina: polar - dbilmente bsico esencial
Lisina: polar - bsico - esencial
AMINOACIDOS ESENCIALES.
valina
leucina
isoleucina
treonina
metionina
fenilalanina
triptofano
arginina
histidina

lisina
Son aquellos que es necesario tomarlos en los alimentos, pues el organismo animal no es capaz de sintetizarlos. Aunque
los dietistas recomiendan un consumo de protenas de 50 a 100 gr. al da o ms, el ser humano puede mantenerse bien
con una dieta que contenga solamente 20 gr. al da, si estas protenas son de alta calidad nutricional, es decir si contienen
proporciones adecuadas de los aminocidos esenciales. En general, cuanto ms prxima sea la composicin de los
aminocidos de la protena ingerida a la composicin de aminocidos del animal que ingiere la protena, mayor es la
calidad nutricional de esa protena. En el caso del ser humano, las protenas de los mamferos son las de mayor calidad
nutricional, seguida de las del pescado y aves, y luego las de frutas y verduras. Las protenas de las plantas a menudo
presentan un dficit de lisina, metionina o triptfano.
ESTEREOISOMERIA DE AMINOCIDOS.
El tomo de carbono alfa esta fijo en forma tetradrica. Este tipo de tomo se denomina asimtrico (unido a diferentes
tomos), esto da diferentes configuraciones estereoisomericas. Por cada tomo de carbono da dos estreo ismeros
llamadas configuraciones L y D. estas representan estructuras de imgenes especulares que no se superponen, stos se
denominan enantimeros.

En las protenas solo se conocen la existencia de L aminocidos aunque hay en los seres vivos D aminocidos como
bacterias.
La Interconvercin de los enantromeros D y L se denominan racemizacion. D L los a.a tienen estas conversiones con
tendencia a L.
Propiedades cido-base
Todos los aminocidos tienen por lo menos dos grupos ionizables, y por lo tanto, su carga neta depende del pH del
entorno. Los grupos carboxilo del C tienen valores de pKa entre 1.8 y 2.8, siendo ms cidos que los cidos
monocarboxlicos simples. Los valores de pKa de los grupos -amino varan entre 8.8 y 10.6. A pH neutro, los
aminocidos en disolucin se encuentran como iones dipolares (zwitteriones), es decir, el grupo amino se encuentra
protonado y el grupo carboxilo disociado. Los aminocidos cidos y bsicos tambin tienen grupos ionizables en su
cadena lateral.
Para ilustrar la dependencia de la carga neta de un aminocido con respecto al pH del entorno, se considerar al
aminocido histidina. Adems de los grupos carboxilo y amino en el C, (valores de pKa de 1.8 y 9.2, respectivamente),
la histidina tiene un anillo de imidazol en su cadena lateral con un valor de pKa de 6.0. Por lo tanto, la carga neta (la
suma de las cargas positivas y negativas) cambia de +2 a -1 a medida que se incrementa el pH. A pH de 7.6, la carga
neta es cero aunque la molcula contiene dos grupos casi completamente ionizados bajo estas condiciones. Al valor de
pH donde la carga neta es cero, se llama punto isoelctrico.

.
Curva de titulacin de la histidina

ENLACE COVALENTE ENTRE AMINOCIDOS

Dos molculas de aminocidos pueden unirse para formar un enlace covalente, a tavs de un enlace amidico al que se lo
denomina enlace peptdico. En este enlace se produce una unin entre el nitrgeno del NH3+ con el C del COO- , con
eliminacin de agua, as:

De esta manera se pueden unir muchos aminocidos mediante enlaces peptdicos dando como resultado una cadena, que
cuando es corta se denomina oligopptido y cuando son muchos aminocidos que se unen se llama polipptido.
El esqueleto de una cadena polipeptdica consiste en tres tomos de cada residuo de la cadena. N-C-C, que su repeticin
forma el esqueleto central de las cadenas proteicas. Las cadenas laterales de los aminocidos quedan por fuera de este
esqueleto y son las que dan la caracterstica especial a cada cadena. Las unidades de aminocidos que conforman la
cadena usualmente se denominan residuos de aminocidos.
El enlace peptdico tiene 1.32 A de distancia, intermedio entre el enlace covalente doble y el enlace covalente sencillo.
Esto sugiere que este enlace tiene CIERTO CARCTER DE ENLACE DOBLE.
NOMENCLATURA:
Una cadena de hasta 10 residuos de a.a se llama oligopeptido que puede denominarse como: dipptido, tripeptido,
tretapeptido etc. Cuando es una cadena de ms de 10 residuos de a.a es llamada polipptido.
Para abreviar los enlaces peptdicos, se utilizan guiones o tambin comas entre cadenas de a.a que no es muy conocida
su secuencia. Se cambia la terminacin: ina o ico por il o ilo. Eje:
Arginil alanil ( glicil, glutaril, alanil, metionil, lisina)
Arg ala gli glu ala met lis
Hoy en da se identifica a los aminocidos sobre todo por el cdigo de una letra, la cual se utiliza para indicar la
secuencia de aminocidos en la cadena Ej. RAGEAMKILVTSW
CLASIFICACION DE LAS PROTEINAS.
POR SUS FUNCIONES:
Las protenas poseen muy diversas funciones biolgicas diferentes. Como por ejemplo:
Catalticas: como las enzimas, que son las que permiten la multitud de reacciones en la clula viva. Se conocen cerca de
dos millares de enzimas diferentes. Por ejemplo la hexoquinasa, que fosforila la glucosa; lactato deshidrogenasa, que
deshidrogena el cido lctico; el citocromo c que transfiere electrones hacia el oxgeno en la cadena respiratoria. Las
enzimas digestivas, que son enzimas hexgenas que actan a nivel del tracto digestivo como la tripsina, quimotripsina,
pepsina, etc.
Protenas de reserva: Almacenan aminocidos como elementos nutritivos, como la ovoalbmina de la clara de huevo,
la casena de la leche y la gliadina de las semillas de trigo, la cena protena de las semillas de maz, ferritina como
reserva de hierro en el baso.
Protenas transportadoras: Son capaces de unirse y transportar molculas especiales por la sangre, como por ejemplo
la seroalbmina, que se une estrechamente a los cidos grasos libres, y de ste modo transporta sus molculas, entre el
tejido adiposo y otros rganos de los vertebrados. Las lipoprotenas del plasma, como LDL, VLDL, etc, transportan

lpidos entre el intestino, el hgado y los tejidos adiposos. La hemoglobina de los glbulos rojos, transporta oxgeno
desde los pulmones a los tejidos. En los invertebrados est la hemocianina, que tambin es transportadora de oxgeno.
Protenas contrctiles: La actina y la miosina son los dos elementos proteicos principales en la contraccin muscular.
Otra en los unicelulares como la dinena en los cilios y flagelos.
De defensa: Las protenas de la sangre trombina y fibringeno participan en la coagulacin de la sangre e impiden de
este modo la prdida de sangre. Los anticuerpos o inmunoglobulinas son las ms importantes, las cuales se combinas
con protenas extraas (antgenos) y as las neutralizan.
Toxinas: Son sustancias que son extremadamente txicas para los animales superiores en cantidades muy pequeas, por
ejemplo la ricina de la semilla del ricino, la gosipina de las semillas de algodn, la toxina de la Clostridium botulinum
que es responsable de algunos envenenamientos por alimentos en descomposicin. Las toxinas de los venenos de las
serpientes y animales ponzoosos que actan sobre todo sobre las enzimas del sistema respiratorio.
Hormonales: Son muy importantes por todos los procesos secundarios que desencadenan en la regulacin de las
funciones de los animales y vegetales. Por ejemplo las hormonas como la oxitocina que estimula el msculo uterino en
las hembras preada y estimulan la produccin de leche. La vasopresina, que se produce en la hipfisis, produce
efectos atidiurticos. La Angiotensina que regula la presin arterial. La somatostatina que se produce en el hipotlamo,
que inhibe la produccin del crecimiento producida en la hipfisis. La insulina que controla el metabolismo de la
glucosa. Algunos factores de crecimiento, que aumentan la velocidad de crecimiento celular en algunos tejidos, como
por ejemplo la somatotropina producida en la adenohipfisis, la EGF o hormona del crecimiento epidrmico.
Neurotransmisores: como la acetilcolina, las encefalinas, que estn presentes en las sinapsis de las neuronas, que
ayudan a la transmisin de los impulsos nerviosos.
Antibiticos peptdicos: Como la penicilina, bactricina, gramicidina, como medicamentos que actan en combatir
bacterias causantes de enfermedades. La ciclosporina que es un inmunosupresor que evita el rechazo de rganos en los
transplantes.
Protenas estructurales. En los vertebrados tenemos el colgeno, que es la principal protena estructural extracelular en
el tejido conectivo y en el hueso. La elastina del tejido amarillo como en los tendones y cartlagos. La alfa queratina,
que est presente en la estructura de uas, pelo, plumas, cuernos, etc. La fibrona, producida por los gusanos de seda y
las araas, que es una protenas que se solidifica rpidamente formando hilos resistentes.
Protenas del ADN. Algunas como la ADN polimerasa participa en la replicacin del ADN y otras que participan en la
expresin de los genes como la
ARN polimerasa, la helicasa, topoisomerasa, etc.. Las protenas cromosmicas
como las histonas, que estn presentes en el superenrrollamiento del ADN.
Protenas de la visin: Como la opsina y la rodopsina, que actan como molculas que absorben los rayos de luz y
transmiten impulsos por el nervio ptico.
POR SUS COMPOSICIONES
1.

CONJUGADAS: tienen un componente polipptido asociado a componentes no peptdicos llamados grupo

prosttico. Eje:
Glicoprotenas - grupo - carbohidratos
Metaloproteinas - grupo - metal ( Ca, Mg, Cu, K, Co)
Hempoproteinas -
- heme
Flavoproteinas
- flavina
Fosfoprotenas
- fosfato
Lipoprotenas
- lipidito
Nucleoprotenas -
- cido nucleico

2.

NO CONJUGADAS: solo tienen material polipptido

POR SUS FORMAS Y SOLUBILIDADES

1.
2.

FIBROSAS: tienen forma de fibras que se integran en hilos poli moleculares generalmente insolubles en el
agua, tienen variadas texturas y ductilidad, tenacidad, elasticidad, fragilidad, variadas.
GLOBULARES: son mucho ms compactas que las fibrosas, se debe a su factor complicado de curvaturas,
dobleces y torcimientos a lo largo de la cadena polipeptdica, van desde: esfricas, crpticas o con otras formas,
son ms solubles y mucho ms frgiles; existen en mayor variedad y nmero.

POR SU NMERO DE CADENAS

1.
3.

MONOMRICAS: Son las que nicamente estn formadas por una cadena de aminocidos, por ejemplo la
mioglobina, insulina, casena.
OLIGOMRICAS: Son protenas que estn conformadas por dos o ms cadenas polipeptdicas, las cuales se
relacionan mediante interacciones no covalentes. Por ejemplo, la hemoglobina, la glutamato deshidrogenasa,
fosfofructoquinasa, etc.

NIVELES ESTRUCTURALES
NIVEL PRIMARIO:

Hace referencia a la cantidad relativa y a la secuencia exacta de los aminocidos presentes en la cadena o cadenas de
polipptidos. Tambin si hay algn grupo prosttico. Por ejemplo: A-V-W-T-K-Y-R-L.
Segn la cantidad y la calidad, pero sobre todo la secuencia de aminocidos presentes en una cadena polipeptdica,
dependen las caractersticas tridimensionales de la molcula, lo que determinara su funcin.
En la estructura primaria la secuencia de aminocidos puede sufrir cambios. Si estas sustituciones de un aminocido por
otro en la misma posicin no son grandes, la funcin de la protena no cambia, pero si el cambio es drstico la estructura
tridimensional se ve afectada y consecuentemente su funcin. Las sustituciones de aminocidos por otros de la misma
clase se denominan modificaciones conservativas, por ejemplo el cambio de la valina por la isoleucina, o del cido
asprtico por el cido glutmico, etc. Los cambios que se dan entre aminocidos de diferente clase se denominan
modificaciones No conservativas y son estas las que pueden producir cambio en la funcin proteica, por ejemplo el
cambio de la valina (aminocido apolar) por el cido glutmico (aminocido polar con carga negativa).
Para determinar la secuencia de aminocidos de un polipptido se siguen tcnicas diversas, directas o indirectas. Eje:
DIRECTAS: reactivo de Edman ( fenilisotiocianato n = c = s. Identifica los aminocidos conforme se desprenden uno
por uno del N terminal.
INDIRECTAS: se deduce a partir de la secuencia de nucletidos del DNA gnico.
ESTRUCTURA SECUNDARIA.
La estructura secundaria se refiere a la capacidad del esqueleto de asumir orientaciones ordenadas y estabilizadas por
puentes de hidrgeno. Los tomos del enlace peptdico estn en el mismo plano espacial. Los grupos H y R de los
carbonos alfa se proyectan hacia fuera del plano.

Los dipolos C = O y N H estn en direcciones opuestas al plano del enlace C N. O sea estn en alineamiento TRANS
de los diplodos. Los tomos de C alfa tienen alineamiento TRANS.
Los R estn dispuestos de manera TRANS repetitiva.
Los enlaces C - C () y N C ()presentan una rotacin libre en el esqueleto permitiendo un cambio en la
orientacin de la cadena. La rotacin en torno al eje del enlace peptdico C N esta limitado por su carcter doble.
Para enlaces C alfa C se denomina ( psi ) al valor rotacional
Para enlaces N C alfa se denomina ( fi ) al valor rotacional
Si gira a la derecha ( horario ) visto desde N terminal es signo +
Si gira ( anti horario ) es negativo.
La combinacin de los enlaces fi y psi tienen ciertas limitaciones rotacionales. las conformaciones de los pptidos se
definen por los valores y . Basndose en los clculos en los que se utilizan radios de Van der Waals y los ngulos de
enlace conocidos, las conformaciones consideradas posibles son las que tienen poca o ninguna interferencia estrica (es
decir de espacio).
Representacin de Ramachandran.

Solo unas cuantas estructuras secundarias son muy estables y estn ampliamente distribudas en las protenas. Las mas
destacables son de tres tipos:
Helice
Laminar
Giros
ESTRUCTURA HELICOIDAL
La orientacin ms comn del L aminocidos en la cadena peptdica es la estructura de alfa hlice dextrgira.
Cada enlace psi = -60 y cada fi = -57, esta disposicin es muy estable. En esta estructura el esqueleto polipeptdico se
encuentra compactamente enrollado alrededor del eje longitudinal imaginario de la molcula y los grupos R de los
residuos de aminocidos sobresalen del esqueleto helicoidal. Cada vuelta de la hlice ocupa alrededor de 5,4 amstons y
tiene un promedio de 3,6 aminocidos.

En esta disposicin no hay o hay poco amontonamiento de los tomos de los grupos R. los dipolos C = O y N H de los
enlaces vecinos tienen orientacin optima y hay una interaccion dipolo dipolo mxima. Lo que produce una trama de
PUENTES DE HIDRGENO COOPERATIVOS INTRACATENARIOS.
Los puentes de hidrgeno son una consecuencia de la orientacin TRANS del enlace peptdico coplanar.
En las protena globulares hay el 0% hasta el 80 90% del contenido de doble hlice cadena mas larga de doble hlice
una cadena polipeptdica globular es de 35 residuos o sea mas de 10 vueltas completas de la hlice.
La presencia de prolina o hidroxiprolina induce a un dobls natural en el esqueleto del polipptido lo que hace que el
dobls de hlice acabe.
La presencia de repulsiones electroestticas, debido a presencia de grupos R cargados positivamente como lisina y
arginina o R cargados negativamente como glutamilo o aspartilo, hacen que no sea posible un doble hlice.
ESTRUCTURAS BETA LAMINARES.

Existen dos combinaciones que dan origen a orientaciones ordenadas no helicoidales. Son las estructuras beta laminares.
Adquieren estabilidad gracias a los puentes de hidrgeno entre dipolos C = O y N H.
Estas estructuras ocurren entre dos o mas segmentos de distintas cadenas o puentes o laminas intercaterias o tambin
entre segmentos diferentes de la misma cadena.

Las intracaternarias ocurren en protenas globulares.

Las intercaternarias ocurren en protenas fibrosas.
Si los segmentos se alinean en la misma direccin, la disposicin es una beta lamina paralela.
Si estn en direcciones opuestas la disposicin es una beta lamina antiparalela.
La antiparalela es un poco mas estable porque los dipolos C = O y N H estn mejor orientados.
ESTRUCTURAS ALEATORIAS.
Cuando un elemento de la cadena polipeptdica carece de una combinacin repetitiva, la estructura resultante carece de
un patrn geomtrico repetitivo. Se dice que es aleatoria.
Los segmentos aleatorios en una protena globular siguen designndose como si estuvieran ordenados. Esto se debe a las
interacciones ordenadas de los grupos R o a las limitaciones de uno o mas puentes disulfuro o quiz a las orientaciones
con un grupo prosttico.
DOBLECES PRONUNCIADOS.

Es una de las caractersticas de las protenas globulares, los cambios de direccin que tiene un esqueleto polipeptdica.
Esos cambios de direccin (casi 180|) se llaman dobleces pronunciados. Estos abarcan generalmente 4 residuos de a.a
sucesivos.
Generalmente la glicina, prolina o residuos hidrofilicos.
El grupo H de la glicina no es interferencia esterica
La prolina porque es cclica y cambia naturalmente la direccin de la cadena
Los residuos hidrofilicos, porque los dobleces pronunciados estn cerca de la superficie de la molcula, que
interacta con las molculas disolventes del agua.
ESTRUCTURA TERCIARIA

Se refiere al modo como la cadena polipeptdica se curva o se pliega para formar la estructura estrechamente plegada y
compacta de las protenas globulares. Se puede conocer esta estructura por la difraccin de rayos X cristalizando la
protena. Se puede introducir tomos de metales pesados para tener puntos de referencia y construir matemticamente la
estructura.
Hoy se ha podido conocer las estructuras terciarias de la mioglobina, hemoglobina, lisozima, la ribonucleasa,
quimotripsina, carboxipeptidasa, citocromo c, lactato deshidrogenasa, la subtilisina ( bacteriana) y muchas otras ms.

En las protenas fibrosas como la queratina y el colgeno se presenta una conformacin enteramente laminar o
helicoidal. 2 o 3 o varias cadenas forman conjuntos policatenarios. Eje: la fibroina de la seda forma varias cadenas beta
laminares, antiparalelas dispuestas al lado y lado y unas enzima de otras.
El colgeno tiene fibras de unos 3000 A de longitud, PM 300000, y tiene una triple hlice formada por las fibras de
tropo colgeno. Tienen una estructura helicoidal levgira.
Cada 3 a.a es de glicina, pero contiene prolina e hidroxiprolina lo que hace que la hlice se alargue hasta 9 por cada
vuelta, diferente a la hlice doble que es de 5.4 .
EN LAS PROTEINAS GLOBULARES
EN 1960 J.C Kendrew y H.F Perutz se determinaron la estructura tridimensional completa de una molcula proteinica.
Se utilizo un proceso de anlisis de la difraccin de rayos X que estudia la estructura, tomo a tomo con una resolucin
de 1.5 . Las conformaciones globulares suelen ser casi esfricas o tener formas eclpticas.
La conformacin natural mas comn o representativa que una protena esta su individualidad estructural interior lo que a
la vez es causa de su individualidad funcional. La conformacin natural de una protena es la de menor energa o sea la
de mayor estabilidad. Una protena puede tener cierto numero de conformaciones de mnima energa ntimamente
relacionados entre si y fcilmente nter convertibles, este es uno de los pilares de la bioqumica moderna.
ESTABILIZACIN DE LA ESTRUCTURA TERCIARIA
Las fuerzas no covalentes que estabilizan la cadena polipeptdica en su estructura terciaria son:
Fuerzas de atraccin Ion Ion entre cadenas laterales que tienen grupos inicos con cargas opuestas. Eje:
lis (+) / glu (-) arg (+) / asp (-).
Fuerzas de atraccin Ion dipolo entre grupos R cargados y diversas funciones dipolo en la molcula. Eje:
glu (-) / S+ delion OH de tre, lis (+) / S- de un radical C = O de un enlace peptdico.
Puentes de hidrgeno de los enlaces peptdicos que ocurren en regiones helicoidales y laminares
Puentes de hidrgeno no peptdicos en los que no participan diversas funciones dipolo de los grupos R.
Eje: ser (OH) / his (imidazol)
Interacciones con grupos prostticos. Eje: Ion metlico con R de asp glu.
Interacciones hidrofbicas entre cadenas laterales apolares de los residuos: fen, lev, val, ile y otros no
polares.
Estas interacciones no covalente presentan una fuerza de enlace muy baja, por lo que se pueden llamar como
interacciones dbiles. Estas interacciones que cooperan a su estabilizacin son de cuatro los tipos principales:
1.
2.
3.
4.

los enlaces de hidrgeno, como enlaces de doble hlice

los puentes de hidrgeno entre grupos
interacciones hidrofbicas entre grupos no polares
enlaces inicos entre grupos cargados positiva y negativamente como el COO-.grupo R del aspartato y del
glutamato y el NH3 de la lis

Se percibe que las acciones hidrofbicas entre los grupos R no polares son los mas importantes. La mayora tiene entre
el 30 y 50 % de a.a no polares. El anlisis de difraccin de los rayos X demuestra que casi todos estos grupos R se
encuentran en el interior de las protenas globulares nativas, protegidas de su exposicin al agua. Se podra pensar que la
formacin natural de las cadenas polipeptdicas globulares es una conformacin de orden superior, en el que
aparentemente disminuye la entropa. Seria esto una violacin de la segunda ley de termodinmica? No, porque en el
equilibrio cuando la cadena anrquica esta totalmente plegada, el incremento de la entropa las molculas de agua del

entorno es mayor que el decremento en la entropa de la cadena polipeptdica, que se encuentra ahora correctamente
enrrollada.
No se ha valorado la segunda ley porque la combinacin del sistema (polipeptidico) y su entorno (agua) han
experimentado un incremento neto de la entropa, la molcula de protena siempre tiene tendencia a empaquetarse o sea
a ocupar el menor espacio posible y expulsar las molculas de agua.

NIVEL SUPERSECUNDARIO:
Entre el nivel secundario y terciario hay una forma intermedia de estructura que es importante comprenderla porque ella
contribuye a aclarar el nivel terciario de la protena. Ese nivel se llama NIVEL SUPERSECUNDARIO. Este nivel sirve
para designar las formas posibles de asociaciones secundarias que se repiten en forma frecuente y que son
termodinmicamente estables. Estas son:
MOTIVOS:
Un motivo es un elemento conservado en la secuencia de aminocidos, que habitualmente se asocia con una funcin
concreta. Los motivos se generan a partir de alineamientos mltiples de regiones con elementos funcionales o
estructurales conocidos, por lo que son tiles para predecir la existencia de esos mismos elementos en otras protenas de
funcin y estructura desconocida.
1.
2.
3.
4.

ORGANIZACIN : Es una estructura antiparalela de hlices dobles, la misma cadena tiene hlices dobles
que van acercndose.
UNIDAD BETA ALFA BETA: donde hay plegamientos laterales paralelos que estn unidos del comienzo al
final por una doble hlice
LA GRECA: con plegamientos laterales antiparalelos unidos por unidades aleatorias o dobleces que sueltan
MEADRO: estructura en que se combina una lamina con una aleatoria alternadamente.

Estos plegamientos se pueden combinar para obtener la organizacin tridimensional de la molcula polipeptdica as:

PARALELA ALFA BETA: esta estructura puede formar un barril por ejemplo, la de triosa fosfato ismeras.
COJINETE DOBLADO: donde hay laminas beta paralelas y antiparalelas con algunos elementos helicoidales.
Eje: la carboxipeptidasa
ANTIPARALELAS BETA: en esta estructura supersecundaria se pueden dar algunas clases de proteinas desde el
punto de vista estructural.
Todos los motivos proteicos estn incluidos en un banco de datos denominado Structural Classification of Proteins
(SCOP).
FINGERPRINTs
Un fingerprint es un conjunto de motivos que se usan para predecir la presencia de motivos similares, bien en una
secuencia concreta o en una base de datos. Un fingerprint contiene un nmero de motivos consecutivos tomados de
distintos puntos de un alineamiento mltiple. Las secuencias que pertenecen a la misma familia contienen todos los
motivos del mismo fingerprint, mientras que las subfamilias comparten slo parte del fingerprrint.
DOMINIOS
Un dominio es la posibilidad de una cadena polipeptdica de organizarse con otras cadenas polipeptdicas, en forma
independiente, pero formando parte de la misma protena. No designa a un segmento de la cadena polipeptdica sin tener
en cuenta el resto, que puede ser otro dominio u otros. El dominio puede tener muchos motivos estructurales. Una
protena globular puede tener varios dominios los cuales es posible separarlos en forma estructural, pero no en forma
funcional.
La funcin es el resultado del entorno entre los dominios estructurales. Eje: la enzima alcohol desidrogenasa heptica.
Tiene varios dominios pero cada uno por separado no acta, mientras que otra si lo hace.
Otro ejemplo es la mioglobina que fue la primera protena de quien se conoci su estructura tridimensional. Tiene 8
segmentos diferentes de beta alfa beta asociada con un grupo prosttico heme. Su contenido helicoidal es de 80 % y con
estructuras aleatorias y con dobleces pronunciados. En cada protena se ve una mezcla de estructura secundaria, donde
cada dominio depende del nmero de a.a de la molcula.
En la estructura tridimensional pueden surgir regiones moleculares y la molcula total es el resumen de la unin de todas
estas estructuras.
ESTRUCTURA CUATERNARIA:

Es una asociacin de dos o mas cadenas polipeptdicas unidas tan solo por fuerzas de atraccin no covalentes entre los
grupos R de la superficie de las cadenas. No hay formacin de enlaces covalentes como los puentes S S -, entre las
cadenas.
Es una interaccin de componentes tridimensionales ya establecidos. Es el arreglo espacial de subunidades integradas a
una forma geomtricamente especifica que origina una protena como una multisubunidad.

En estas protenas se presentan sitios o centros que permiten la unin con otra idntica o diferente. Ella si tiene otra que
tenga los puntos de contacto forma una multisubunidad y si no la hay se queda independiente, pero generalmente la hay.
Las protenas de este grupo se conocen como oligomeros (dimeros, trimeros y tetrmeros etc.) las cadenas individuales
suelen llamarse subunidades, cada subunidad es un protomero. Si las cadenas subunitarias son idnticas, la protena es
un oligomero homogneo. Si las cadenas subunitarias son diferentes es un oligomero heterogneo.
Una estructura cuaternaria es la de la hemoglobina. Est formada por 4 cadenas polipeptdicas cada un de las cuales se
asocia a un grupo heme. Tiene dos y dos . Hay una homologa de aproximadamente 40% entre las cadenas y .
Cada una de ellas es codificada por un gen distinto y los tres genes est situados en cromosoma distintos. Es un
oligmero (dmero) de la subunidad . Un oligmero formado por dos protmeros.
Una de las funciones exhibidas por algunos oligmeros es la regulacin de la actividad por interconvercin entre estados
asociados y disociados. La estructura oligomrica puede generar formas hbridas. Las protenas oligomricas confieren a
la clula un espectro de actividad proteica, es decir, no se trata de un espectro de actividades diferentes sino de distintos
grados de una misma actividad o de diversas respuestas ante inhibidores, activadores u otras seales ( como temperatura)
que controla dicha actividad. Es un mecanismo eficaz que tienen las clulas para adaptarse a las condiciones cambiantes,
a distintas necesidades o a ambas cosas.
Las protenas hbridas de asocian en diferentes proporciones y forman estructuras oligomricas hbridas, que realizan la
misma funcin. Esto se observa en algunas enzimas que tienen formas hbridas y se llaman isoenzimas o isozimas.
DESNATURALIZACIN:
Cuando las protenas con dos o ms subunidades de cadenas polipeptdicas se someten a acciones que provocan
desnaturalizacin, es decir, a acidez elevada, calor o concentraciones altas de urea, mercaptoetanol o cloruro de
guanidina, etc. Experimentan cambios conformacionales hacia formas ms anrquicas en dos etapas.
1. Disociacin de las cadenas entre si.
2. Desplegamiento de las cadenas separadas produciendo arrollamiento al azar.

La prdida de la estructura de la protena es un proceso reversible cuando dichas acciones desnaturalizantes no son
extremas. Se supone que puede haber un estado intermedio entre el estado nativo y desplegado, para que el proceso sea
reversible.
Nativa

Desnaturalizada o desplegada

inactiva

Si el tratamiento se realiza muy cuidadosamente, las cadenas polipeptdicas de un protena oligomrica pueden a veces
separarse unas de otras sin alterar su estructura terciaria normal. Si se emplean condiciones ms drsticas, las
subunidades polipeptdicas no solamente se separan, sino que tambin se despliegan para formar arrollamientos
anrquicos.

Algunas protenas oligomricas totalmente desnaturalizadas y desplegadas, pueden volver a su forma nativa. Entre ms
pequea la protena puede producirse un cambio reversible. La secuencia de aminocidos en la cadena es determinante
en la conformacin nativa. Un ejemplo de ello nos lo dan los experimentos de F. White y C. Anfinsen, sobre la
ribonucleasa, la cual despus de haber desplegado su cadena por agentes desnaturalizantes, vuelve a producir su estado
nativo al separar el agente que produjo su desplegamiento.
Existe un estadio entre la forma nativa y la desplegada, el cual es un estadio intermedio semiordenado, que se denomina
Glbulo Fundido. A partir de ste estadio, la renaturalizacin tiene varios pasos, como son la formacin de hlices,
estabilizacin del interior apolar, agrupacin de motivos, aparicin de dominios, aparicin de la protena nativa.
MTODOS DE PURIFICACIN DE PROTENAS
Se aprovechan las propiedades de las protenas en solucin para separar mezclas de stas basndose en su: Tamao
(peso) molecular; Solubilidad; Carga elctrica; Afinidad biolgica por otras molculas.
1. PROCEDIMIENTOS DE SEPARACIN BASADOS EN EL TAMAO MOLECULAR
A. Dilisis y Ultrafiltracin.
Las protenas globulares en disolucin pueden separarse fcilmente de los solutos de bajo peso molecular por dilisis, en
la cual se utiliza una membrana semipermeable para retener molculas de protena, permitiendo que las molculas
pequeas de soluto y de agua las atraviesen. En la ultrafiltracin se utiliza la presin de la fuerza centrfuga para hacer
pasar por una membrana semipermeable agua y molculas pequeas, reteniendo a las protenas.
Centrifugacin en gradiente de densidad.
Se usa una solucin de sacarosa cuya concentracin vara de 20 al 60%, se puede separar una mezcla de protenas, que al
centrifugar, se separaran en bandas, segn su tamao, forma y densidad.
B. Cromatografa de exclusin molecular.
Tambin se le conoce como filtracin en gel. Se utiliza una columna empaquetada con esferas porosas de un polmero
inerte (Sephadex , Bio-Gel ) Las molculas de protena muy grandes no pueden penetrar en los poros de las
partculas y por lo tanto son las primeras en salir (excludas), mientras que las protenas ms pequeas penetran y salen
de los poros retardando su salida de la columna y as se separan.
2. PROCEDIMIENTOS DE SEPARACIN BASADOS EN DIFERENCIAS DE SOLUBILIDAD.
Las protenas en solucin muestran cambios de solubilidad en funcin del pH, la fuerza inica, propiedades dilectricas
del solvente y la temperatura.
A. Precipitacin isoelctrica.
Las protenas muestran un mnimo de solubilidad a su pH isoelctrico, que es el valor de pH en el cual la protena no
posee carga elctrica. En estas condiciones, no existe repulsin electrosttica entre molculas de protenas vecinas y
tienden a coalescer y precipitar. Cada protena tiene un pI y estos van desde 1.5 hasta 11.0.
B. Solubilizacin y precipitacin de protenas por salado.
Las sales neutras afectan la solubilidad de las protenas globulares: a bajas concentraciones, las sales incrementan la
solubilidad de las protenas ya que se induce la ionizacin de los grupos R disociables de la protena. Por otra parte,
conforme aumenta la fuerza inica, se puede precipitar una protena ya que la concentracin elevada de sales puede
eliminar el agua de hidratacin de las molculas de protena. El sulfato de amonio es usado frecuentemente para este
propsito.
C. Fraccionamiento con disolventes.
La adicin de solventes orgnicos miscibles con el agua, como lo son el etanol y la acetona disminuye la solubilidad de
la mayor parte de las protenas globulares, de tal forma que precipitan. El efecto del solvente es incrementar la fuerza de
atraccin entre cargas opuestas, disminuyendo el grado de ionizacin de los grupos R de la protena. As, las molculas
de protena tienden a agregarse y precipitan.
D. Efecto de la temperatura en la solubilidad.

Entre los 0 y los 40 C, la solubilidad de la mayora de las protenas aumenta conforme aumenta la temperatura. A partir
de los 50 C, comienza la desnaturalizacin en muchas protenas, que se agregan y precipitan.
3. PROCEDIMIENTOS DE SEPARACION BASADOS EN LA CARGA ELECTRICA.
A. Cromatografa de Intercambio Inico.
Se utilizan columnas empacadas con derivados sintticos de la celulosa. Por ejemplo: dietilaminoetil celulosa (DEAE)
contiene grupos cargados positivamente a pH 7.0 y es por lo tanto un intercambiador aninico, ya que protenas con
carga neta negativa van a interaccionar con esta columna. Por otro lado, la carboximetil-celulosa tiene carga negativa a
pH neutro y es un intercambiador catinico que retiene a protenas con carga neta positiva. La elucin sucesiva de las
protenas se logra haciendo pasar soluciones amortiguadoras con pH decreciente o aumentando la fuerza inica.
B. Mtodos electroforticos.
La mezcla de protenas que se va a analizar se somete a un campo elctrico en un gel soporte poroso que generalmente
es la poliacrilamida. La migracin va a depender de la carga elctrica de la protena. Una variacin de este mtodo es el
electroisoenfoque en que se separan las protenas en un gel donde se ha establecido un gradiente de pH y al aplicar el
campo elctrico, las protenas van a migrar hasta la zona del gel donde el pH sea igual a su punto isoelctrico y en ese
punto se detendr.
4. SEPARACION BASADA EN LA ESPECIFICIDAD DE LIGANDOS.
A. Cromatografa de Afinidad.
Esta tcnica se basa en la capacidad biolgica las protenas de unirse no covalentemente a otra molcula llamada
ligando. La naturaleza qumica de los ligandos es muy diversa ya que pueden ser metales, molculas orgnicas de bajo
peso molecular u otras protenas.
COMPILADO POR:
JESUS ADRIANO ROMO R.
Profesor Dpto Qumica
Universidad de Nario