LOS GENOMAS EUCARIOTAS: ASPECTOS

GENERALES
Josefina Mndez y Ana Ma Gonzlez-Tizn
Departamento de Biologa Celular y Molecular
Universidad de La Corua

l.

CARACTERISTICAS GENERALES DEL GENOMA

EUCARIOTA

Si observamos a los seres vivos, nos encontramos con dos aspectos

aparentemente contradictorios, por un lado, la variabilidad entre especies y
dentro de una especie, y por otro, la constancia de los caracteres que definen las
especies, familias o grupos. Esta paradoja se explica por la presencia, en cada
uno de los seres vivos de un material gentico que contiene la informacin
necesaria para construir un nuevo indivduo.
Histricamente, la extraordinaria diversidad de Jos seres vivos fue un
obstculo para el descubrimiento de principios unificadores de la Biologa en
general y de la herencia en particular.
La investigacin en gentica formal comenz en el siglo XIX. Se estudi
la herencia de los caracteres variables y surgi el concepto abstrato de gen
indivisible como la unidad fundamental de la herencia. Hasta la mitad del siglo
XX no se comenz a explorar la identidad qumica de los genes comenzando el
desarrollo de la nueva gentica molecular.
Tres clases de molculas juegan un papel esencial en los procesos
genticos: el ADN, el ARN y las proteinas. Su relacin se puede representar
como el Dogma de la Biologa Molecular, en el que actualmente se describe la
direccin de la transferencia de informacin entre el ADN, ARN y proteinas,
sealando la transcripcin inversa y la propiedad de autoreplicacin del ADN y
delARN.
En un primer perodo, Jos grandes descubrimientos se centran en que los
genes son ADN, se describe su estructura y como sta especifica un determinado
carcter. La comprensin de la estructura del ADN permiti asegurar las

13

IIl SIMPOSIO CIENTFICO EN BIOLOGA CELULAR Y MOLECULAR

observaciones de todos los aspectos de la Biologa y defini la unidad

fundamental para la interpretacin de la enorme diversidad de la vida.
En estos avances quedaba implcito el concepto de que los genes son
informacin, que la almacenan y la transmiten de padres a hijos, o lo que es lo
mismo, la unidad de herencia que regula la aparicin de un carcter particular.

1.1. TAMAO DEL GENOMA

En 1920, Winkler, utiliz la palabra genoma para indicar la suma de
genes de un organismo; sin embargo, fue preciso llegar hasta 1948 en donde se
descubre que la cantidad de ADN por clula de una especie es constante y los
gametos estaban constituidos por la mitad.
A esta cantidad constante de ADN de una clula haploide se le denomin
tamao del genoma o valor-C. Hoy en da definimos genoma como toda la
informacin gentica contenida en una clula incluyendo a los genes y a otras
secuencias de ADN.
Los primeros clculos estimativos del tamao del genoma fueron
aportados por Mirsky y Ris (1951) midiendo el contenido de ADN celular de
una variedad de especies animales y aportando conclusiones fundamentales y
sobre todo paradjicas. En la tabla I se muestran ejemplos generales de diversas
especies. Datos recogidos del libro Tratar con Genes (Berg & Singer,1994).
TABLA!
Ejemplos de tamaos de genomas
Especies
Saccharomyces cerevisae
Caenorhabditis elegans
Drosophila melanogaster
Xenopus laevis
Gallus domesticus
Mus musculus
Hamo sapiens

Tamao genoma
haploide
14
80
170
3000
1200
3000
3000

N haploide de
cromosomas
16
12
4
18
39
18
23

Este valor-C, resulta ser de un orden de magnitud mayor que el que

podra predecirse a partir del nmero de genes que codifican para protenas
(Cavalier-Smith, 1985). Por ejemplo se puede estimar que el genoma haploide
de la especie humana contiene entre 50.000 a 100.000 genes que codifican para
protenas. Suponiendo que el tamao medio de las protenas es de 500
aminocidos y sabiendo que el genoma haploide humano tiene 2,8 pg de ADN,
quiere decir que un 2,5% a un 5% del genoma humano codifica para protenas.
Qu significado gentico tiene el 95% restante?.

14

Josefina Mndez Fe/peto y Ana M" Gonzlez Tizn

Desde los primeros estudios se han acumulado gran cantidad de datos

cada vez ms precisos y de una amplia diversidad de organismos y en ellos, los
tamaos de los genomas eucariticos mostraron que supera con mucho al
nmero de genes precisos para la formacin de un organismo y se ha llegado a
comprobar que:
- No hay correlacin entre valor-e y complejidad gentica del
organismo.
- Hay una fuerte relacin positiva entre valor-e y el tamao de las clulas
de diferentes especies.
- Existe una fuerte correlacin entre tamao del genoma y volumen
nuclear.
- No existe correlacin entre el nmero de genes y el tamao del
genoma.- El nmero cromosmico no refleja la complejidad evolutiva de los
organismos.
Las caractersticas moleculares de los sistemas genticos y su
organizacin dentro del ADN eran un misterio y la abundancia de secuencias de
ADN muy repetidas, observada en la mayora de eucariotas, contribua ms a
una srie de paradojas.
Era imprescindible un anlisis detallado de la anatoma molecular de los
genomas eucariotas ya que segn se iba conociendo la organizacin y expresin
de la informacin gentica en procariotas, la complejidad de eucariotas
impactaba, fue preciso una metodologa general que facilitara el anlisis
molecular de genomas eucarioticos.
Este fue el camino de las nuevas tecnologas o del llamado segundo
perodo que comenz con el desarrollo de los mtodos que se han agrupado bajo
la denominacin comn de tcnicas de ADN recombinante o ingeniera gentica.
Estos mtodos revolucionarios permiten el aislamiento y caracterizacin de
genes de cualquier organismo, conocer las diferencias en las estructuras de los
genes que dan lugar a variaciones en un caracter o enfermedad.

2.

ANATOMA MOLECULAR DEL GENOMA

EUCARIOTA

La observacin de que en todos los genomas de organismos superiores la

cantidad de ADN que poseen es muy superior a la necesaria para codificar sus
protenas celulares, hizo pensar que en el genoma existira una mayora de ADN
no codificante y de funcin desconocida. Los estudios de la cintica de
reasociacin molecular han permitido separar distintas fracciones dentro del
ADN genmico total, que pueden clasificarse segn el nmero de repeticiones
de las secuencias que las componen. Bsicamente, existen dos tipos de
secuencias: secuencias de ADN de copia nica y secuencias de ADN repetitivo.
El 50% o ms del genoma eucariota est constitudo por repeticiones de

15

/lJ SIMPOSIO CIENTFICO EN BIOLOGA CELULAR Y MOLECULAR

segmentos de ADN, mientras que la proporcin de segmentos de ADN de copia

nica es muy escasa.
El ADN de copia nica o de bajo nmero de copias est constitudo por la
fraccin de ADN que renaturaliza lentamente. A partir de los estudios de
cintica de renaturalizacin es muy difcil distinguir entre secuencias presentes
en una sola copia de las que lo estn en 2 3 copias, por lo que al referirse a
ADN de copia nica se habla de ADN presente en una o en pocas copias por
genoma haploide. Una parte de este ADN de copia nica est constitudo por
genes que se expresan para dar protenas y parte por secuencias con funciones
reguladoras o desconocidas.

2.1. EL ADN REPETITIVO

Hay un extraordinario grado de variacin en el tamao del genoma entre
diferentes eucariotas que guarda poca relacin con las diferencias en la
complejidad del organismo, nivel de ploida o nmero de genes que codifican
para protenas. Por ejemplo, el tritn Trturus crstatus tiene seis veces ms
ADN que los humanos. Mucha de esta variacin se debe a las secuencias de
ADN no codificante repetitivo. En eucariotas el nmero de unidades de
secuencias repetitivas es enormemente variable: desde 2 a millones de pares de
bases. El nmero de copias es diferente segn se trate de genomas de especies
diferentes.
Una de las teoras que explican el origen de las secuencias repetitivas en
un genoma se basa en el proceso gentico de amplificacin por duplicacin de
una secuencia. Amplificacin en un trmino que engloba cualquier mecanismo
que produzca incrementos a gran escala del nmero de copias de una secuencia.
Uno de los ejemplos ms conocidos es el de la amplificacin de los genes ADNr
en Xenopus, el cual es amplificado cerca de 1000 veces durante la oognesis. La
amplificacin permite que un oocito acumule aproximadamente 10 12 ribosomas.
El ADN amplificado est en forma de pequeas molculas circulares de ADN
extracromosmico. En el hombre, existen, aproximadamente, 200 copias del gen
principal del ARNr y 2000 copias del gen ARNr 5S.
La amplificacin puede causar la generacin de copias en tndem o bien
de copias dispersas en nuevos loci del genoma. Las secuencias que estn
relacionadas, dentro de un mismo genoma, podran tener un origen
independiente o podran originarse a pattir de un nico segmento de ADN
original. La probabilidad de que dos secuencias se originen independientemente
es menor cuanto mayor es la similitud entre ellas y el tamao de la regin
homloga. Si una nica secuencia "fundadora" es suficiente para el genoma, la
acumulacin de copias adicionales no ofrece ninguna ventaja adicional. Las
copias de ella pueden acumular mutaciones (inserciones y deleciones) que
pueden tener efectos diferentes: o bien la copia puede dejar de ser funcional o
bien puede adquirir una funcin nueva. Si estos cambios mutacionales son tiles
la seleccin actuar positivamente sobre ellas; por el contrario, si los cambios no
son tiles estas copias son clasificadas de pseudogenes (segmentos genmicos
similares estructuralmente a los genes funcionales, pero incapaces de generar

16

los;fina Mndez Felpe/O y Ana M" Gonzlez Tizn

productos gnicos funcionales). La amplificacin de las secuencias de ADN es la

materia prima para que acte la evolucin.
Dentro de las secuencias de ADN repetitivo pueden distinguirse dos
grandes categoras: secuencias de ADN moderadamente repetitivo y secuencias
de ADN altamente repetitivo.

2.2. EL ADN MODERADAMENTE REPETITIVO

El ADN moderadamente repetitivo est constitudo por la fraccin de
ADN con una velocidad de renaturalizacin intermedia que incluye una serie
muy heterognea de secuencias repetidas en un moderado nmero de copias
dentro de un genoma (entre 10 y 1000 veces por genoma). En eucariotas, el
ADN medianamente repetitivo se encuentra, al menos, en tres clases:disperso
(probablemente ADN que no se transcribe, como es el caso de la familia Alu);
genes transcritos en muchas copias prcticamente idnticas (ARN ribosmico y
genes de las histonas) y genes transcritos en muchas copias que han divergido
unas de otras (genes de los anticuerpos, colgeno y genes de las globinas). El
trmino familia gnica se refiere a los genes que han surgido por duplicacin,
con o sin divergencia, a partir de un gen ancestral.
Una gran parte del ADN moderadamente repetitivo disperso (secuencias
de ADN repetitivo dispersas entre secuencias de copia nica de longitud
variable) est representado por los elementos transponibles, que son secuencias
capaces de insertar copias de ellas mismas en otras regiones del genoma. En
eucariotas, las familias de transposones se integran en dos grupos llamados clase
I y clase II. Los elementos mviles de clase I, o retrotransposones, se movilizan
a travs de ARN, y los de clase II saltan directamente a travs del ADN. La
mayor parte de las familias conocidas pertenecen al grupo de los
retrotransposones. El nmero de copias de cada familia presente en el genoma
vara de unos individuos a otros y de unos tipos de elementos mviles a otros.
Las inserciones de elementos transponibles originan una elevada proporcin de
mutaciones con grandes efectos a nivel de fenotipo. Estas mutaciones que
pueden tener importantes efectos a nivel de desarrollo y a nivel evolutivo. La
mayor parte de las familias gnicas con secuencias de ADN repetitivo dispersas
contienen uno o muy pocos genes activos y un gran nmero de pseudogenes.
En muchos mamferos, una gran proporcin de este ADN est compuesta
por muchas copias de una corta secuencia dispersa por el genoma. Por ejemplo,
en el hombre, hay aproximadamente 300.000 copias de una secuencia de 300
pares de bases denominada familia Alu. No se conoce con exactitud la funcin
de esta familia, pero posiblemente algunos miembros sean transcritos en ARN
7S pequeos, los cuales estn implicados en la secrecin de polipptidos recin
sintetizados a travs del retculo endoplasmtico. Tambin se cree que la
secuencia Alu pueda estar implicada en los numerosos orgenes de replicacin
del ADN a lo largo del cromosoma eucariota o bien en la generacin de
estructuras secundarias de los ARN mensajeros.
Dentro de los genes que se transcriben en mltiples copias prcticamente
idnticas se encuentran los genes cuyo producto final es una molcula de ARN

17

IJ1 SIMPOSIO CIENTFICO EN BIOLOGA CELULAR Y MOLECULAR

(las familias multignicas ms repetitivas dentro del genoma), tanto de ARN

ribosmico como de ARN transferente. El nmero y la localizacin de los genes
repetidos se realiza mediante pruebas de hibridacin con sondas marcadas. As,
se sabe, por ejemplo, que en el hombre existen ms de 1300 copias de los genes
ARNt.
Los genes que codifican para los ARNs ribosmicos estn presentes en
mltiples copias organizadas en tndem dentro del genoma y muestran un
elevado contenido en Guanina-Citosina. Por medio de la aplicacin de diferentes
tcnicas moleculares, incluyendo la hibridacin in situ, se ha demostrado que los
genes ADNr se sitan en las regiones cromosmicas conocidas como NOR
(Regiones Organizadoras del Nucleolo). Sin embargo, los genes de las protenas
ribosmicas son genes de bajo nmero de copias: 1 a 10 copias por genoma de
genes funcionales de las protenas ribosmicas individuales. Los genes de los
ARNr ISS, 5'8S y 28S estn agrupados en una nica unidad de transcripcin. El
transcrito de mayor longitud es el precursor a partir del cual, por medio de una
serie de reacciones intermedias, se generan los tres ARNs. La unidad de
transcripcin completa contiene dos segmentos de ADN espaciadores, no
codificantes, llamados espaciadores transcritos internos (ITS), que separan a las
tres regiones codificantes unas de otras. Los ITS difieren muchsimo en
secuencia y en organizacin de una especie a otra. La nica caracterstica comn
de las secuencias ITS entre distintas especies es la presencia de repeticiones
directas organizadas en tndem; la secuencia de la unidad de repeticin es propia
de cada organismo.
Existen, tambin, espaciadores transcritos externos (ETS), que preceden
al primer gen (el de ARNr ISS) y siguen al ltimo (el de ARNr 28S).Ya que el
tamao y la secuencia de los ARNr estn muy conservados entre los diferentes
eucariotas, las diferencias interespecficas en los tamaos de las unidades de
transcripcin son el reflejo directo de los diferentes tamaos de las regiones
espaciadoras transcritas. Estas caractersticas hacen de los ITS y ETS unos
excelentes marcadores moleculares para poder realizar, entre otros, estudios
filogenticos.
Separando las unidades de transcripcin de los ADNr de cada una de
estas agrupaciones, se encuentran los espaciadores intergnicos (IGS).
Por otra parte, las unidades de transcripcin de ADNr aparecen en
mltiples copias organizadas en tndem que se repiten, con mucha frecuencia,
en varios cromosomas diferentes.
Los genes que codifican para el ARNr 5S no se encuentran ligados a los
del ISS, 5'8S y 28S (excepto en los hongos y en los protozoos). Estn repetidos
muchas veces y organizados en tndem. La regin codificante es rica en
Guanina-Citosina, y el resto, que es el espaciador no transcrito, es rico en
Adenina-Timina. En el caso de D. melanogaster existen 160 unidades repetidas
agrupadas e ininterrumpidas.En las distintas especies de Xenopus, en otros
anfibios y en peces, existen 2 familias de genes ARNr de 5S. Una de las familias
contiene miles de copias gnicas que slo se expresan durante la oognesis, y la
otra contiene muchas menos copias y se expresa tanto en los oocitos como en las
clulas somticas a lo largo del proceso de desarrollo. Las unidades de repeticin

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Josefina Mndez Fe/peto y Ana M" Gonzlez Tizn

de SS de los oocitos son bastante complejas y difieren mucho incluso entre

especies relacionadas; las de los ARNr SS somticos son sencillas:. existe una
regin espaciadora larga alternando con una unidad de transcripcin corta.
Los genes de ARNt muestran una organizacin desordenada,
aparentemente aleatoria: pueden estar agrupados o dispersos en los cromosomas.
Por ejemplo, en Drosophila se han detectado unos 50 loci diferentes en los que
existen varios genes agrupados. Cada uno de estos loci contiene genes que
codifican para varios tipos de ARNt.
En el caso de los genes codificadores de histonas las secuencias de los
diferentes miembros de la familia multignica son prcticamente idnticas; las
estructuras primarias estn enormemente conservadas. Si pensamos en el papel
que estas molculas desempean en la estructura y organizacin del cromosoma
eucariota, tal situacin no resulta nada sorprendente.Las secuencias de las
histonas Hl son las ms divergentes, mientras que las de las H3 y H4 son las
ms conservadas. No obstante, existen algunas variaciones: dentro de una misma
especie, las molculas de histonas que se sintetizan pueden ser distintas (aunque
con mnimas variaciones) dependiendo del ciclo celular, del tejido o del estado
de desarrollo. Entre especies diferentes, el nmero y la organizacin de los genes
que codifican para las histonas son,tambin,bastante diferentes. Esto confirma el
hecho de que la conservacin de secuencias codificadoras no est
necesariamente asociada a la conservacin del nmero de copias o de la
organizacin del genoma. Los genes de las histonas tienden a estar ligados, si
bien se transcriben independientemente unos de otros. Adems, el orden de
ligamiento no es siempre el mismo de una especie a otra, e incluso hay
variaciones dentro de una especie. En aves y mamferos los genes codificadores
de histonas estn dispersos por el genoma. En los erizos de mar los genes de
histonas pueden ser "tempranos" y "tardos": antes de la blastulacin se expresan
unos y despus de ella, los otros. En Drosophila,durante la embriognesis, existe
una modulacin en la expresin de los genes de las histonas: de ms alto a ms
bajo. En Xenopus, existen varios grupos ligados de los cinco genes de histonas,
con un ordenamiento de los genes diferente. Al menos dos de estos grupos
poseen genes de Hl diferentes. En general, los animales de sangre caliente
tienen relativamente pocos genes de histonas.
En cuanto a los genes que codifican para polipptidos, suelen estar
representados en el genoma slo una vez, existiendo un nico gen funcional y
otros genes homlogos con la secuencia de dicho gen. De esta forma, los genes
de copia nica suelen formar parte, con bastante frecuencia, de familias gnicas,
cuyos miembros pueden incluir a genes que codifican para protenas muy
similares, o que se asocien con seales reguladoras diferentes, lo cual permite
que los distintos miembros de la familia se expresen en otros tejidos o en otros
momentos del desarrollo.
Una extensin al concepto de familia gnica es lo que se denomina
superfamilia gnica, como por ejemplo la superfamilia de las inmunoglobulinas,
la cual comprende muchas familias de genes con funciones diferentes pero
interrelacionadas unas con otras. En cuanto a la secuencia, los miembros de las
superfamilias son ms similares entre s que los de las familias gnicas.

19

1// SIMPOSIO CIENTFICO EN BIOLOGA CELULAR Y MOLECULAR

Los microsatlites y minisatlites representan secuencias de ADN

moderadamente repetitivo que normalmente se repiten en tndem (familias
multignicas en tndem). Genricamente tambin se les denomina VNTRs
(variable number of tndem repeats). Son secuencias cortas de nucletidos -de 2
a 5 pares de bases los microsatlites y de, aproximadamente, 15 pares de bases
los minisatlites-. Los microsatlites suelen ser repeticiones de Adenina- Timina,
y en mucha menor proporcin de Guanina-Citosina. En el caso del genoma
humano existen, al menos, 30.000 loci de secuencias microsatlites localizados
en la eucromatina. Los minisatlites comprenden secuencias altamente
hipervariables. Sin embargo, aunque pueden variar en tamao, presentan un core
secuencial comn a todas las familias que lo componen. Esta secuencia core est
constituda en su mayor parte por repeticiones Guanina-Citosina. En los
cromosomas suelen aparecer localizadas en los telmeros y en regiones
eucromatnicas prximas a ellos.
En funcin del nmero de copias en que estas secuencias aparecen en un
genoma, pueden clasificarse como secuencias moderadamente repetitivas o
como secuencias altamente repetitivas (ADN satlite). En humanos, por ejemplo,
minisatlites y microsatlites se incluyen dentro del ADN altamente repetitivo,
ya que aparecen entre 2-3xl04 copias (microsatlite) y 3xl06-10 copias
(minisatlite). (Tambin la familia Alu, en humanos, se incluye dentro del ADN
satlite). En otros genomas eucariotas estos tipos de secuencias se consideran
moderadamente repetidas. Ambos tipos de secuencias presentan herencia
mendeliana simple y son extraordinariamente polimrficas (variabilidad de la
secuencia en los miembros de una misma familia). Constituyen, por tanto,
familias polimrficas. Cuando esto ocurre, si la diferencia es en pocas
posiciones, es conveniente identificar a los miembros de la familia mediante una
secuencia consenso que representa la base o nucletido ms frecuente de cada
posicin.
En humanos, los minisatlites poseen elevadas tasas de mutacin,
mientras que los microsatlites muestran una tasa mutacional media-baja. Estas
caractersticas hacen que dichas secuencias sean enormemente utilizadas en
Medicina legal.

2.3. EL ADN SATLITE

Las secuencias de ADN altamente repetitivo constan, por lo general, de
secuencias cortas de ADN repetidas muchas miles de veces en el genoma, y que
se encuentran dispersas y dispuestas en tndem formando grandes clusters (ADN
satlite) a lo largo del ADN. En el genoma eucariota estas secuencias
constituyen una parte importante del mismo.
Existe una gran variabilidad para el ADN satlite, variabilidad que se
observa en la longitud de las unidades que lo componen, en el nmero de copias
de dichas unidades, en su localizacin y en las secuencias en s mismas. El
tamao de las secuencias que se repiten (monmeros) en un ADN satlite oscila
entre unos pocos pares de bases (caso de Drosophila) a varios miles (cetceos,
bovinos). Sin embargo, el tamao medio de los monmeros de ADN satlite

20

Jvs~fina

Mndez Fe/peto y Ana M" Gonzlez Tizn

suele oscilar entre 100 y 300 pares de bases. La proporcin vara segn los
distintos taxones. As, por ejemplo, en la levadura el ADN altamente repetitivo
constituye el 20% del genoma, en mamferos es del orden del 60% y en plantas y
anfibios est representado por ms del 80%.
El ADN satlite est constitudo por familias de secuencias cortas que se
repiten cientos de miles de veces, e incluso millones de veces, formando clusters
o Joci cromosmicos en Jos genomas eucariotas. Las secuencias de ADN satlite
dispuestas en tndem se localizan generalmente en las regiones centromrica y
telomrica de los cromosomas (zonas de heterocromatina constitutiva), mientras
que las secuencias dispersas de ADN altamente repetitivo se localizan en
intrones (secuencias intercalares), flanqueando otros genes, formando parte de
genes no codificantes o pseudogenes o de genes en copias mltiples. Las
unidades de repeticin de Jos ADNs satlites pueden ser similares en longitud a
las de los microsatlites y minisatlites (5-10 pares de bases) o mucho ms largas
(lOO pares de bases), pero se diferencian de estas en que se organizan como
grandes clusters de hasta 100 megabases en las regiones heterocromatnicas de
Jos cromosomas. Aparentemente no son tan variables en tamao dentro de las
poblaciones como Jos micro- y los minisatlites.
En Jo que se refiere a la variabilidad a nivel de secuencia hay que
distinguir entre variabilidad intraespecfica y divergencia interespecfica. La
variabilidad entre las secuencias de una familia de ADN satlite dentro de una
especie, es como mucho del 15%. Sin embargo las diferencias pueden ser
mayores, como ocurre con la familia del satlite alfa centromrico humano
donde pueden ser superiores al 30%. Por lo general, las variaciones a nivel
intraespecfico son menores del 15% y, a veces, mnimas. Si bien cada familia de
ADN satlite tiene una unidad monomrica perfectamente definida, cuando se
analizan sus secuencias se pueden detectar periodicidades internas, reflejo de la
evolucin de este ADN satlite. Estas periodicidades consisten en repeticiones
directas o inversas, por ejemplo, el ADN satlite menor, centromrico, de Mus
musculus, est formado por monmeros de 234 pares de bases. Sin embargo,
cuando se analiza su secuencia se puede observar que la longitud actual de las
unidades monomricas se ha originado a partir de ciclos alternantes de mutacin
y amplificacin de un nonanucletido.
Considerando el tamao de la unidad de repeticin, las secuencias
dispersas de ADN satlite se clasifican en: SINES, secuencias repetitivas
dispersas cortas y LINES, secuencias repetitivas dispersas largas. SINES y
LINES fueron descritas originalmente como secuencias que evolucionaron por
mecanismos de transposicin, intercambio desigual y conversin gnica.
Generalmente se localizan flanqueando genes,formando parte de intrones,
insertadas en las repeticiones del ADN satlite, en lugares intragnicos no
codificantes y de secuencias que no se traducen. Las SINES parecen ser
pseudogenes procesados derivados de genes que codifican para ARN pequeos,
incluyendo los transferentes. La secuencia SINE ms conocida es una secuencia
Alu de los monos del Viejo Mundo. Dentro de una especie las secuencias A!u
pueden divergir entre s hasta un 15%. Comparando los monos del Viejo Mundo
entre s la diversidad en las secuencias Alu es casi igual a la detectada a nivel de
una nica especie. En humanos, la familia Alu presenta un alto contenido en

21

lll SIMPOSIO CIENTFICO EN BIOLOGA CELULAR Y MOLECULAR

Guanina-Citosina, mientras que la secuencia LINE ms estudiada es la LlHs,

presente en, al menos, 100.000 copias, y dispersas en muchos lugares
cromosmicos.
SINES y LINES representan el 10% o ms de los genomas de mamferos.
No se conoce la funcin de estos tipos de secuencias en el genoma, pero se cree
que estas secuencias o sus transcritos estn implicados en la regulacin de la
expresin gnica o bien que no tienen funcin alguna dentro del genoma.
Posiblemente los pseudogenes y genes procesados sean secuencias de este tipo.
Este ADN sera el llamado ADN egosta: su abundancia en el genoma podra ser
la consecuencia directa de su capacidad de multiplicarse y dispersarse. No
obstante estas caractersticas hacen de l un agente potencial para producir
mutaciones por insercin en secuencias reguladoras o codificadoras importantes.

2.4. EL ADN DE LOS TELMEROS Y CENTRMEROS

La mayor concentracin de ADN satlite organizado en tndem aparece
en los centrmeros y telmeros de los cromosomas animales y vegetales. Debido
a su elevado nmero de copias, se encuentran entre las secuencias que se
reasocian muy rpidamente que, incluso, pueden aparecer como bandas
individuales tras la centrifugacin en gradiente de densidad del ADN. Los
satlites pueden diferenciarse unos de otros por el tamao y por la secuencia
nucleotdica de la unidad de repeticin. Su estructura es la repeticin de bases
Adenina-Timina y su tamao de 2 a varios miles de pares de bases.
2.4.1. TELMEROS
Los telmeros son entidades moleculares necesarias para garantizar la
replicacin y la estabilidad de los extremos cromosmicos. Marcan la
terminacin lineal del cromosoma y tienen diversas funciones especficas:
protegen a los extremos cromosmicos de su tendencia a adherirse y de la
degradacin por las exonucleasas (durante el proceso de replicacin de la
molcula lineal de ADN), y permiten que dichos extremos sean perfectamente
replicados. El ADN telomrico consiste en repeticiones de secuencias de 5 a 8
pares de bases dispuestas en tndem. En vertebrados la secuencia telomrica es
TTAGGG, y est repetida varios cientos de veces. Por pruebas de hibridacin in
situ , esta secuencia no slo ha sido detectada en los telmeros si no tambin en
alguna otra regin cromosmica (fundamentalmente pericentromrica, -intersticial-). Es una secuencia altamente conservada, que adems de encontrarse
en todos los vertebrados estudiados, aparece tambin en los tripanosomas
unicelulares. Se han hallado secuencias similares en otros eucariotas como, por
ejemplo, los ciliados y las levaduras. En numerosas especies de vertebrados, la
distribucin de las secuencias TTAGGG en regiones no telomricas es ms
frecuente que en los telmeros. Se desconoce el origen de las secuencias
telomricas en regiones cromosmicas intersticiales. Algunos autores han
sugerido que la mayor parte de estas secuencias telomricas intersticiales sean
originadas por la fijacin de alteraciones cromosmicas durante la evolucin
cariotpica. Ya que las fusiones y fisiones cromosmicas en las zonas de las

22

Josefina Mndez Fe/peto y Ana M" Gonzlez Tizr5n

unidades de repeticin TTAGGG, son los mecanismos ms comunes mediante

los que tienen lugar los cambios cariotpicos, las regiones pericntricas son los
lugares lgicos para que "surjan" nuevos telmeros.
La conservacin de una secuencia repetida indica a priori que dicha
secuencia pueda tener una funcin. Por ejemplo, parece estar bastante claro que
la conservacin de la secuencia telomrica (TTAGGG)n, en todos los
vertebrados, sugiere que esa secuencia est implicada en la funcin telomrica
(estabilidad cromosmica y terminacin completa de la replicacin sin prdidas
de nucletidos en el proceso).
2.4.2. CENTRMEROS
Cada especie contiene un conjunto distintivo de satlites centromricos,
incluso si se comparan especies muy prximas dentro del mismo gnero. Existen
ADNs satlites centromricos cuyas secuencias estn conservadas en distintos
grupos evolutivos como la secuencia (GGAAT)n del satlite III de humanos o el
satlite dodeca de Drosophila melanogaster, aunque se desconoce el papel que
estas secuencias podran desempear en la funcin centromrica. En el caso de
D. melanogaster, existen cuatro satlites (16% del genoma) centromricos
diferentes. Cada uno de ellos ocupa locus especficos. En bovinos existen ocho
satlites centromricos diferentes (23% del genoma) que se organizan en
secuencias moderadamente y altamente repetitivas. Son enormemente
divergentes aunque cinco de ellos comparten subsecuencias: Las unidades de
repeticin tienen generalmente una longitud superior a 1 kpb. Los primates
contienen varios tipos de satlites, formados por repeticiones tanto de unidades
largas como de unidades cortas.
En humanos existen al menos dos tipos de satlites: el ADN alfoide y el
ADN satlite clsico. El ADN alfoide se localiza en todas las regiones
centromricas de los cromosomas y est compuesto por unidades de repeticin
de unos 170 pares de bases con una homologa del 60% al 95%. Estos
monmeros de 170 pares de bases se organizan en unidades de repeticin de
orden superior que estn presentes en mltiples copias dentro de las
constricciones primarias de un pequeo grupo de cromosomas. Estn, adems,
altamente metilados. El ADN satlite clsico se localiza en las regiones de
heterocromatina constitutiva de los cromosomas 1, 9, 16 e Y; estn tambin
altamente metilados y se agrupan en tres clases principales: satlite 1
(caracterstico del cromosoma Y y compuesto de una unidad de repeticin de
2'47 kilobases), Y satlites 2 y 3 ( compuestos por variaciones de la secuencia
ATTCC).

2.5. SIGNIFICADO BIOLGICO DEL ADN REPETITIVO

Las secuencias de ADN repetitivo constituyen una gran proporcin del
ADN genmico de eucariotas. Los ADNs satlites son, generalmente,
especficos de especie, pero no est nada claro para qu sirve, cul es su funcin
en el genoma. Su usual inactividad transcripcional, la ausencia de funcin

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II1 SIMPOSIO CIENTFICO EN BIOLOGA CELULAR Y MOLECULAR

codificadora y la gran divergencia en la secuencia nucleotdica y en el nmero

de copias entre especies (incluso entre especies muy emparentadas), son las
razones por las que ha sido considerado como ADN egosta, parasitario, trivial o
basura. No obstante se han propuesto algunas hiptesis para explicar su funcin
en el genoma, as como su localizacin en los centrmeros y telmeros de los
cromosomas eucariotas. Se le han atribudo funciones relacionadas con la
organizac10n cromosom1ca, el metabolismo celular, el apareamiento
cromosmico y la evolucin cariotpica y especiacin; sin embargo, ninguna de
estas supuestas funciones han sido demostradas. Lo que s parece estar claro es
la de su papel modificador del entrecruzamiento meitico. Recientemente se ha
comprobado que el ADN satlite humano (localizado en las regiones
centromricas de todos los cromosomas humanos) es una parte funcional del
centrmero necesaria para regular la segregacin de los cromosomas durante la
mitosis.
La hiptesis del ADN egosta propone que estas secuencias se mantienen
dentro del genoma por su habilidad para replicarse dentro de l. El
comportamiento de dichas secuencias puede originar mutaciones (causantes de
enfermedades genticas) y conferir una prdida significativa de fitness a los
organismos. Se ha propuesto, con bastante frecvencia, que las secuencias
repetitivas son funcionalmente importantes para el organismo hospedador, o son
mantenidas porque sus actividades mutagnicas toman parte en el proceso
evolutivo de la poblacin. Otros autores sugieren que estas secuencias no
reportan beneficio alguno para el genoma hospedador; dentro de estas
secuencias se incluiran las secuencias transponibles y las altamente repetidas
dispersas. Sin embargo, quizs, lo ms factible sea el papel que el ADN satlite
pueda jugar a nivel de organizacin y comportamiento cromosmicos,
especialmente en los efectos fsico-mecnicos que pueda tener en el ciclo
celular. Se asume que el ADN satlite puede jugar un papel importante en la
condensacin de la cromatina en la metafase, as como en la condensacin de la
heterocromatina debida a las estructuras secundaria y terciaria.
El intercambio desigual en combinacin con la deriva gentica y la
seleccin pueden tener un gran efecto en la acumulacin en el genoma de
secuencias repetitivas organizadas en tndem. En concreto, es de esperar que la
acumulacin de secuencias altamente repetitivas tenga lugar solo en regiones
con una recombinacin muy baja y una fuerza selectiva dbil. Es el caso de
centrmeros y telmeros (regiones cromosmicas donde la recombinacin es
muy baja y donde suelen localizarse secuencias altamente repetidas). Parece
lgico pensar que la supresin de la recombinacin origine la acumulacin de
secuencias repetidas; adems, las secuencias que inherentemente no tengan
tendencia a recombinar sern ms abundantes. Sin embargo, los minisatlites,
que constan de secuencias menos repetitivas pero mucho ms variables en
nmero de copias que los satlites, aparecen en las regiones eucromatnicas de
los cromosomas, donde el intercambio de material gentico (crossing.over) es
ms frecuente. Las unidades de repeticin tienden a ser eliminadas por deriva
gentica cuando no existan "fuerzas genticas" que aumenten el tamao de las
unidades de repeticin.

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Josefina Mndez Fe/peto y Ana M" Gonzlez Tizn

Otra caracterstica diferencial entre los ADNs de los satlites y de los

minisatlites es la mayor tendencia a encontrar unidades de repeticin
multimricas en los satlites. La formacin de unidades de repeticin de orden
superior (ms de 200 kilobases) se ha detectado con mucha frecuencia. El
ejemplo ms conocido es el de la familia de los ADN satlite alfa, que consiste
en una unidad bsica de repeticin de 171 pares de bases que se combina en
varias estructuras de orden superior, que van desde dmeros hasta
hexadecmeros. Los estudios de simulaciones por computador incorporando
intercambio desigual y seleccin, sugieren que las unidades de repeticin de
orden superior se forman en regiones de baja recombinacin y fuerza selectiva
dbil, y que los intercambios entre unidades de repeticin dependen ms del
tamao de las secuencias (cortas) que de la homologa de las mismas.
Gran parte de los ADNs satlites estn restringidos a un grupo o a unos
pocos grupos de especies relacionadas, lo que implica que pueden tener un
origen relativamente reciente. Los ADN satlites muestran frecuentemente
cambios rpidos entre las especies, incluso entre especies emparentadas. Pueden
perderse o aparecer nuevas familias de ADN satlite en un perodo de tiempo
evolutivo relativamente corto. Es decir, el ADN satlite cambia, aparece y
desaparece a un ritmo mucho ms elevado que cualquier otra parte del genoma.
As, por ejemplo, existen ADNs satlites que slo aparecen en una especie,
teniendo por tanto un origen muy reciente, como es el caso de los satlites Cgo
A y Cgo B de una especie de primates, o ADNs satlites especficos de un grupo
de especies relacionadas, como ocurre con el gnero Equus. Otros ADNs
satlites muestran un grado de conservacin mayor, como es el ADN satlite de
la familia Cebidae. El ADN satlite alfoide centromrico de primates est
ampliamente extendido entre las especies de un orden completo, pudiendo llegar
a tener una antigedad de 40-50 millones de aos.
Finalmente, debemos resear que la utilidad del ADN satlite en el
anlisis de las relaciones filogenticas entre especies emparentadas es muy
cuestionado por diferentes autores, debido a la rpida evolucin que este tipo de
ADN presenta. Sin embargo,una familia de ADN satlite resulta el mejor
marcador filogentico cuando se trata de agrupar las especies que la comparten
en un ciado (grupo monofiltico). As, el simple anlisis de presencia/ausencia
de un ADN satlite en distintas especies ha resuelto, por ejemplo, sobre la
monofilia de los cetceos o de los pinnpedos; ha permitido discriminar entre los
distintos linajes dentro de la familia Equidae, entre especies de la familia
Cervidae, etc. Adems, cuando una especie o grupos de especies comparten
distintas familias de ADN satlite, se puede aumentar el poder de resolucin en
el estudio de las relaciones de parentesco entre las mismas, ya que alguna de las
familias puede ser comn a un grupo completo, mientras que otras son nicas
para un linaje determinado. En este sentido, por ejemplo, se ha utilizado la
aparicin de distintas familias SINES a lo largo de los diferentes estados de la
evolucin de los salmnidos. Un anlisis similar con UNES se ha utilizado con
xito en la filo genia de los pinnpedos.
Pueden conocerse aspectos sobre la divergencia gentica entre los ADNs
satlites de distintas especies, y utilizar estos datos en la inferencia filogentica.
Debido a la rpida evolucin del ADN satlite, las distintas especies que

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JI/ SIMPOSIO CIENTFICO EN BIOLOGA CELULAR Y MOLECULAR

comparten una familia del mismo pueden exhibir patrones de restriccin

especficos. Estos patrones pueden ser utilizados para establecer agrupamientos
entre especies de acuerdo a criterios de proximidad entre las mismas. Este
mtodo se ha empleado en ciervos, lagartos, aves o murcilagos, por ejemplo.
Los patrones de divergencia entre los ADNs satlites de un grupo de
especies tambin se ha analizado mediante la comparacin de las secuencias de
cada uno de ellos: o bien comparando las secuencias consenso del ADN satlite
en cada especie o bien un nmero determinado de secuencias monmero de cada
especie (variabilidad intraespecfica). Sin embargo, los datos de secuenciacin
del ADN hay que manejarlos con precaucin, teniendo en cuenta los
mecanismos que intervienen en la evolucin del ADN satlite. Se puede inferir
una filogenia a partir de secuencias consenso, pero puede ocurrir que la
divergencia entre secuencias consenso sea menor que la variabilidad
intraespecfica. Esto se explica si se tiene en cuenta que los lugares variables en
los monmeros de una especie pueden ser sitios en estado de transicin en el
proceso de fijacin de los mismos, mientras que los lugares totalmente
homogenizados y fijados en cada especie se vern reflejados en esa secuencia
consenso y analizados como lugares divergentes entre las dos especies que se
comparan. Cuando se comparan distintas unidades monomricas de cada
especie, la existencia de lugares variables (estados de transicin) puede llevar a
la paradoja de que secuencias monomricas de dos especies distintas presenten
mayor identidad que cuando se comparan cada una con unidades de la misma
especie. Dado que la vida media de un ADN satlite supera la vida media de una
especie, puede ocurrir que la variabilidad exista ya en el ancestro de las especies
que se analizan. En este caso, si el tiempo que hace que divergieron las especies
que se comparan es relativamente reciente, o la homogenizacin y fijacin de las
variantes es un proceso relativamente lento, puede darse la paradoja mencionada.
As, las filogenias basadas en ADN satlite han de considerar no slo las tasas de
mutacin, sino tambin las de homogenizacin y fijacin, distinguiendo entre
lugares en estado de transicin y lugares totalmente homogenizados.

3.

EL GENOMA EXTRANUCLEAR

En eucariotas, el particular modo de herencia de algunos genes ha

revelado su presencia fuera del ncleo. La existencia del genoma extranuclear se
reconoce genticamente por la existencia de transmisin fenotpica uniparental.
A nivel celular, mediante tcnicas genticas y bioqumicas han demostrado que
este genoma es ADN y se situa en mitocondrias (ADNmt) o en cloroplastos
(ADNcp), constituyendo un nico cromosoma.
Los genes extranucleares o citoplsmicos son bastante menos que los
genes cromosmicos normales pero desempean papeles altamente
especializados en el control de los fenotipos eucariticos.

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Jos~fina

Mndez Fe/peto y Ana M" Gonzlez Tizn

3.1. GENOMA MITOCONDRIAL

Estos tipos de anlisis han sido posibles gracias a los estudios del genoma
mitocondrial de la levadura Saccharomyces cerevisiae mostrndose como un
ejemplo del poder de resolucin del anlisis gentico cuando se combina con las
modernas tcnicas de biologa molecular.
El mapa de levaduras se ha analizado con detalle, se ha establecido su
secuencia la cual contiene algunas sorpresas. La ms llamativa es la presencia de
intrones en algunos genes, ya que son raros en el genoma nuclear. Otra sorpresa
es la presencia de largas fases de lecturas desconocidas (URF). Son secuencias
con codones de iniciacin correctos y que no estn interrumpidas por codones de
terminacin. Estos "genes en busca de funcin" son en la actualidad objeto de
intensas investigaciones (podran cifrar protenas importantes para la eliminacin
de los propios intrones en el ARN).
La visin general del genoma mitocondrial pone de manifiesto dos
funciones principales:
1.- que cifra protenas implicadas en la cadena de transporte de electrones y
otras protenas,
2.- y todos los ARNts y ARNrs necesarios para la sntesis de las protenas
mitocondriales.
Lo sorprendente es que el resto de los componentes necesarios para estas
funciones sean cifrados por los genes nucleares.
El mecanismo de esta forma tan peculiar de trabajo entre ADN
mitocondrial y celular se desconoce. Se indica que quizs en estos orgnulos ha
debido existir una transposicin evolutiva de informacin.
Sus patrones de organizacin y herencia bastante distintos de los
cromosomas nucleares.

3.2. GENOMA DE CLOROPLASTOS

Gran parte de lo que hoy sabemos sobre la organizacwn del ADN
cloroplstico proviene de los estudios moleculares. De igual forma que el
ADNmt, el ADNcp coopera con el ADN nuclear aportando subunidades para
formar protenas funcionales usadas dentro del orgnulo. Recientemente se ha
secuenciado este genoma en Marchanta cuyo contenido es de 12lkb, en la que
se han detectado 136 genes, 4 de ARNr, 31 de ARNt y unos 90 de protenas. De
estos ltimos, 20 determinan funciones fotosintticas y de transporte de
electrones. La presencia de genes se deduce a partir de las fases de lectura
abiertas (ORF), que son largas secuencias que comienzan con un codn de
iniciacin y que no estn interrumpidad por codones de terminacin, salvo al
final. Adems se ha utilizado tcnicas de hibridacin utilizando sondas de genes
conocidos de otros organismos (ARNt y ARNr).

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fii SIMPOSIO CIENTFICO EN BIOLOGA CELULAR Y MOLECULAR

Los genes relacionados con las funciones de traduccin ocupan casi la

mitad del genoma del cloroplasto, y entre ellos estn los de las proteinas y RNA
necesarios para que se produzca la traduccin en los orgnulos.

3.3. PLSMIDOS EXTRAGENMICOS EN EUCARIOTAS

La presencia de plsmidos es algo comn en bacterias. En eucariotas
tambin se pueden encontrar, aunque son poco frecuentes y no suelen afectar al
fenotipo. Su patrn de herencia es no mendeliana, similar a la de los orgnulos.
El ms conocido es el 2 n (crculo de 2 n) de levaduras cuyo papel en biologa
molecular ha sido espectacular porque se ha manipulado y se ha convertido en
un vehculo gentico para transformar clulas.
Sin embargo, la mayora de plsmidos eucariticos son mitocondriales.
Un plsmido interesante y bien estudiado est asociado a la esterilidad masculina
citoplsmica del maiz.
La existencia y posicin evolutiva de los plsmidos eucariticos es
todava un misterio, pero el estudio de su estructura y comportamiento
proporcionar sin duda claves importantes sobre las propiedades fundamentales
del material gentico.

4. REFERENCIAS
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evolutionary significanze. J. Gen. Physiol. 34: 451-462.

4.1. LECTURAS RECOMENDADAS

ARTICULOS:
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321: 209-213.
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Carracedo, A. (1996). La variabilidad gentica de los micro y minisatlites y su
aplicacin en medicina legal. En: La gentica molecular en el diagnstico de

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Josefina Mndez Felpeto y Ana M" Gonzlez Tizn

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Congresos y Simposios, vol. 21). Ed. Universidad de La Corua. pp. 63-73.
Cavalier-Smith, T. (1980). How selfish is DNA?. Nature 285: 617-618.
Cavalier-Smith, T. (1985). Cell volume and the evolution of eukaryote genome
size. En: The evolution of genome size. (T. Cavalier-Smith, ed.). John Wiley
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Charlesworth, B.; Langley, C.H. y Stephan, W. (1986). The evolution of
restricted recombination and the accumulation of repeated DNA sequences.
Genetics 112: 947-962.
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