La RNA polimerasa se une al DNA por promotores

Las RNA polimerasas se unen al DNA e inician la transcripcin en los promotores, sitios generalmente cercanos a los puntos donde empieza la sntesis de RNA en el molde de DNA. La regulacin del inicio de la transcripcin a menudo comporta cambios en que la RNA polimerasa interacciona con un promotor. Las secuencias de nucletidos de los promotores varan considerablemente, lo cual influye en la afinidad de la unin de las RNA polimerasas, y por lo tanto, en la frecuencia del inicio de la transcripcin. Las tres RNA polimerasas eucariticas requieren normalmente una serie de factores de transcripcin generales para unirse a un promotor.

El inicio de transcripcin est regulado por protenas que se unen a los promotores o cerca de ellos.
Al menos 3 tipos de protenas regulan el inicio de transcripcin de la RNA polimerasa: Los factores de especificidad: modifican la especificidad de la RNA polimerasa por un promotor determinado o un conjunto de promotores. Los represores: impiden el acceso del RNA polimerasa al promotor. Los activadores: que potencian la interaccin RNA polimerasapromotor.

La mayora de los genes procariticos estn agrupados y se regulan en operones.

Muchos de los principios de la expresin gentica procariotica fueron definidos por primera vez por los estudios del metabolismo de la lactosa E. coli, que puede utilizar la lactosa como nica fuente de carbono. El grupo de genes y el promotor, mas secuencias adicionales que funcionan conjuntamente en la regulacin, se denomina opern.

 El opern lac est sujeto a regulacin negativa

El opern de la lactosa (lac) incluye los genes de la -galactosidasa (Z), la galactsido (Y) y la tiogalactsido (A). En ausencia de lactosa, los genes del opern lac estn inhibidos.

Para inhibir el opern, el represor lac parece que se une tanto al operador principal como a uno de los dos sitios secundarios, con el DNA interpuesto formando un lazo. Cuando se suministra lactosa a las clulas, el opern lac se induce. El inductor en el sistema operon lac no es propia lactosa si no la alolactosa. Un inductor particularmente efectivo y no metabolizable del opern lac, que a menudo se utiliza experimentalmente, es el isopropiltiogalactsido (IPTG).

Las protenas reguladoras tienen dominios independientes de unin al DNA

Para unirse especficamente a las secuencias del ADN, las protenas reguladoras tienen que reconocer caractersticas de superficie en el DNA. La mayora de los grupos qumicos que distinguen las 4 bases y permiten la discriminacin entre pares de bases son grupos dadores y aceptores de enlaces de hidrogeno que se encuentran expuestos en el surco mayor del DNA.

 Las protenas reguladoras tambin tienen dominios de interaccin protena-protena

Las protenas reguladoras contienen dominios no solo para la unin al DNA sino tambin para interacciones protena-protena, ejemplo: RNA polimerasa, otras protenas reguladoras u otras subunidades de la misma protena reguladora. Entre ellas cuentan factores de transcripcin eucarioticos que funcionan como activadores gnicos que a menudo se unen al DNA como dmeros, utilizando dominios de unin al DNA que contienen dedos de zinc.

Regulacin de la expresin gentica en los procariotas. Regulacin de la expresin gnica

la regulacin gnica procariotica son tambin aplicables a la expresin gnica en clulas eucarioticas.

Muchos genes de los enzimas de la biosntesis de aminocidos se regulan por atenuacin de la transcripcin.
Los 20 aminocidos estndar se requieren en grandes cantidades para la sntesis de protenas y E. coli puede sintetizarlos todos. Los genes de los enzimas requeridos para sintetizar un aminocido dado estn agrupados generalmente en un operon y se expresan siempre que la disponibilidad de ese aminocido sea inadecuada para cubrir las necesidades celulares.

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La induccin de la respuesta SOS requiere de la induccin de protenas represoras.

Una lesin externa en el DNA del cromosoma bacteriano provoca la induccin de muchos genes situados a gran distancia. Esta respuesta denominada SOS, es otro buen ejemplo de regulacin gentica coordinada. Muchos de los genes inducidos estn implicados en la reparacin del DNA. Los elementos de regulacin clave son la protena RecA y el represor LexA. El represor LexA inhibe la transcripcin de todos los genes SOS, por lo que la induccin de la respuesta SOS requiere de la eliminacin de LexA. El represor LexA

se inactiva cuando cataliza su propia rotura en un enlace peptdico Ala-Gly especifico, produciendo dos fragmentos proteicos aproximadamente iguales. LA protena RecA proporciona la conexin fundamental entre la seal biolgica (lesin de DNA) y la induccin de los genes SOS Durante la induccin de la respuesta SOS en una clula severamente daada, RecA tambin hidroliza y, por tanto inactiva, los represores que permiten la propagacin de ciertos virus en un estado lisognico latente dentro del husped bacteriano

La sntesis de protenas ribosmicas est coordinada con la sntesis de rRNA.

En general, el nmero de ribosomas aumenta a medida que aumenta la tasa de crecimiento celular. las protenas ribosmicas (protenas r) y el RNA (rRNA). Esta regulacin tiene lugar principalmente a nivel de traduccin. Los 52 genes que codifican las protenas r se encuentran en 20 operones como mnimo, cada uno con 1 a 11 genes. Algunos de estos operones tambin contienen los genes para las subunidades de la DNA primasa, la RNA polimerasa y los factores de elongacin de la sntesis proteica, lo que explica el estrecho acoplamiento de la replicacin, la transcripcin y la sntesis proteica durante el crecimiento celular. Una protena r codificada por cada opern tambin acta como represor traduccional, unindose al mRNA transcrito de su propio opern y bloqueando as la traduccin de todos los genes codificados por el mensajero. El sitio de unin del mRNA para el represor traduccional est cerca del sitio de inicio de la traduccin de uno de los genes del opern, generalmente el primer gen.

Algunos genes se regulan por recombinacin gentica

Salmonella typhimurium , que viven en los intestinos de los mamferos, se mueve rotando los flagelos de su superficie celular. Las mltiples copias de la protena flagelina (Mr 53.000) que forman los flagelos son dianas preferentes de los sistemas inmunitarios de los mamferos. La inversin es una reaccin de recombinacin especifica de sitio en la que acta la recombinasa denominada Hin sobre secuencias especificas de 14 pares de bases (secuencias hix) en cada extremo del segmento de ADN La recombinasa Hin, codificada por el gen hin en el segmento de ADN que sufre la inversin, se expresa cuando el segmento de ADN esta en cualquiera de las dos orientaciones; por tanto, siempre es posible cambiar de un estado a otro.

Regulacin de la expresin gentica en los eucariotas

La transcripcin basal in vivo puede definirse como la actividad inherente de los promotores y del mecanismo transcripcional en ausencia de secuencias de regulacin. Esta diferencia fundamental da lugar al menos a cuatro caractersticas importantes que distinguen la regulacin de la expresin gnica en eucariotas y bacterias. 1) El acceso a los promotores eucaroticos est restringido por la estructura de la cromatina y la activacin de la transcripcin est asociada con mltiples cambios en la estructura de la cromatina en la regin transcrita. 2) Los mecanismos positivos predominan en todos los sistemas caracterizados, dado que el sistema transcripcional basal es restrictivo. 3) Las clulas eucarioticas tienen protenas reguladoras multimericas mas grandes y complejas que las bacterias. 4) La transcripcin en el ncleo eucariotico est separada tanto en el espacio como en el tiempo de la traduccin en el citoplasma.

La cromatina transcripcionalmente activa es estrucutralmente diferente de la cromatina inactiva

En el ciclo celular de los eucariotas, los cromosomas interfasicos tienen a primera vista una apariencia dispersa y amorfa. En esta forma, la heterocromatina, es transcripcionalmente inactiva. La cromatina transcripcionalmente activa tiende a ser deficiente en histona, que se une al ADN internucleosomica.

La cromatina se remodela por acetilacion nucleosomas

desplazamiento de los

Los mecanismos detallados para los cambios estructurales de la cromatina asociados con la transcripcin, denominados remodelacin de la cromatina se descubren en la identificacin de enzimas directamente implicados en el proceso, entre los que se encuentran los enzimas que acetilan y desacetilan las histonas internas del nucleosoma y otros que utilizan la energa qumica del ATP para remodelar nucleosomas en el ADN

Donde la cromatina est siendo activada para la transcripcin, las histonas del nucleosoma se acetilan por HAT nucleares. La acetilacin de mltiples residuos de Lys en los dominios amino-terminales de las histonas H3 y H4 puede reducir la afinidad del nucleosoma por ADN, la acetilacin tambin puede impedir o promover interacciones con otras protenas implicadas en la transcripcin o en su regulacin.

Transactivadores y coactivadores que se unen al DNA facilitan el ensamblaje de los factores de transcripcin generales. Transactivadores de union al DNA
Los requisitos respecto a los transactivadores varan mucho de un promotor a otro. Se conocen algunos transactivadores que facilitan a transcripcion de centenares de promotores, mientras que otros son especficos de unos pocos promotores. Muchos transactivadores son sensibles a la unin de molculas seal, que proporcionan la capacidad de activar o desactivar la transcripcin en respuesta a un cambio en el ambiente celular.

Complejos proteicos coactivadores

La transcripcin requiere casi siempre la presencia de complejos proteicos adicionales. Algunos de los complejos proteicos reguladores principales que interaccionan con la pol II se han definido tanto genetica como bioquimicamente. Estos complejos coactivadores actuan como intermediarios entre los transactivadores de unin al DNA y el complejo de Pol II.

Los genes del metabolismo de la galactosa en las levaduras estn sujetos tanto a regulacin positiva como negativa.

Los enzimas necesarios para la importacin de galactosa y su metabolismo en levaduras estn codificados por genes diversos en varios cromosomas. Cada uno de los genes GAL se transcribe por separado y las clulas de levadura no tienen operones como los de las bacterias.

Los promotores para los genes GAL consisten en la caja TATA y las secuencias Inr, asi como en una secuencia activadora en el lado 5 reconocida por un activador transcripcional de unin al DNA denominado protena Gal4 (Gal4p).

Los transactivadores de unin al DNA tienen una estructura modular

Los transactivadores de unin al DNA tienen normalmente un domino estructural distinto para la unin especifica al DNA y uno o ms dominios adicionales para la activacin de la transcripcin o para la interaccin con otras protenas reguladoras. Aqu consideramos tres tipos distintos de dominios estructurales utilizados en la activacin por transactivadores de unin al DNA: Gal4p, Sp1 y CTF1.

La expresin gnica eucaritica por seales intercelulares e intracelulares

puede

ser

regulada

A diferencia de otros tipos de hormonas, las hormonas de tipo esteroideo no se unen a receptores de la membrana plasmtica, en cambio, interaccionan con receptores intracelulares que son en si mismos transactivadores transcripcionales.

La fosforilacin de los factores de transcripcin nucleares puede contribuir a su regulacin

la transcripcin de una serie de genes, los cuales se encuentran cerca de una secuencia especifica de DNA denominada elemento de respuesta al cAMP.

Este mecanismo es el responsable de los efectos de muchas hormonas no esteroideas, por ejemplo: la va B-adrenergica, que produce niveles altos de cAMP citoslico, el cual acta como un segundo mensajero tanto en eucariotas como en procariota.

Muchos mRNA eucarioticos estn sometidos a represin traduccional.

La regulacin a nivel de traduccin asume un papel mucho mas destacado en los eucariotas que en las bacterias y se observa en una variedad de situaciones celulares. La regulacin de la traduccin puede desempear un papel especialmente importante en la regulacin de ciertos genes eucariticos muy largos, en los que la transcripcin y la modificacin del mRNA pueden requerir muchas horas. Algunos genes se regulan tanto en las etapas de transcripcin como de traduccin, estas ltimas implicadas en el ajuste preciso de los niveles de protenas celulares. Los eucarioticos tienen al menos 3 mecanismos principales de regulacin de a traduccin: 1. Los factores de inicio estn sujetos a fosforilacin por diversas protenas quinasa. Las formas fosforiladas son a menudo menos activas y provocan una depresin general de la traduccin de la clula. 2.-Algunas protenas se unen directamente al mRNA y actan como represores traduccionales; muchas de ellas se unen a sitios especficos de la regin 3 no traducida (3UTR). 3.-La variedad de mecanismos de regulacin traduccional proporciona una gran flexibilidad, permitiendo la represin de solo algunas mRNA o la regulacin global de toda la traduccin celular.

El silenciamiento postranscripcional de los genes se produce por interferencia del RNA.

En los eucariotas superiores, se ha descubierto una clase de pequeos RNA que participan en el silenciamiento de determinados genes. Estos RNA actan interaccionando con los mRNA, provocando la degradacin del mRNA o la inhibicin de

la traduccin. En ambos casos, el mRNA, y por tanto el gen que lo produce es silenciado. Silenciamiento de genes por RNA de interferencia