Jurnal Biologi Indonesia 14(1): 133-141 (2018)

Deteksi Keragaman Genotip Hibrid Ikan Lele Sangkuriang, Mutiara Transgenik dan
Non Transgenik Pada Keturunan Pertama
(The genotypic diversity of Sangkuriang, Mutiara Transgenic and Non Transgenic Cat
Fish on First Generation)

Ibnu Dwi Buwono1), Asri Ulfah Lathifah1) & Ujang Subhan1)

1)
Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Padjadjaran
Jl. Raya Bandung Sumedang Km. 21 Jatinangor, Telp.+6222-87701519 Fax. +6222-87701518
Telp. +62818616058

Memasukkan: Desember 2017, Diterima: Juni 2018

ABSTRACT
The genotypic diversity showed by the hybrid crossbreed of transgenic Mutiara (carrying African catfish
growth hormone) with non-transgenic catfish (Mutiara or Sangkuriang strain) high enough (many polymorphic
fragments) in the first offspring. The aims of the study were to detect genotypic diversity from Sangkuriang
catfish, transgenic Mutiara, non-transgenic Mutiara and first offspring (hybrid F1) with RAPD (Random
Amplified Polymorphic DNA) marker using 2 primary types (OPA-03 and OPA-06). Experimental method is
exploratively used in this research with qualitative descriptive analysis. The amplification results show the
OPA-03 primer (5'-AGTCAGCCAC-3 ') is the best primer that visualizes fragments (polymorphic and
monomorphic) in all samples. The genetic relationship of the test fish using the NTSYSpc program shows that
the OPA-03 phenogram in the first progeny of crossing the transgenic Mutiara male and Sangkuriang female
has more genotypic diversity than other crosses. The first offspring of the broodstock crosses of the same strain
(Sangkuriang and Sangkuriang) had a kinship of 70%, the crosses between non-transgenic Mutiara with
Sangkuriang had 79% genetic similarity. The highest genetic similarity index (82%) was obtained from the first
progeny of crossing transgenic Mutiara with Sangkuriang.

Keywords: polymorphism, RAPD, phenogram, crossing, transgenesis

ABSTRAK
Keragaman genotip yang ditunjukkan dari hasil persilangan hibrid lele Mutiara transgenik (pembawa gen
hormon pertumbuhan lele dumbo) dengan lele non-transgenik (strain Sangkuriang atau Mutiara non-
transgenik) cukup tinggi (fragmen polimorfik banyak) pada keturunan pertama. Tujuan penelitian untuk
mendeteksi keragaman genotip dari lele Sangkuriang, Mutiara transgenik, Mutiara non-transgenik dan
keturunan pertama (hybrid F1) dengan marka RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) menggunakan 2
macam primer (OPA-03 dan OPA-06). Metode eksperimental secara eksploratif digunakan dalam penelitian ini
dengan analisis deskriptif kualitatif. Hasil amplifikasi menunjukkan primer OPA-03 (5’-AGTCAGCCAC-3’)
merupakan primer terbaik yang memvisualisasikan fragmen (polimorfik dan monomorfik) pada seluruh
sampel. Hubungan kekerabatan dari ikan uji menggunakan program NTSYSpc, menunjukkan bahwa fenogram
OPA-03 pada keturunan pertama hasil persilangan lele jantan Mutiara transgenik dan betina Sangkuriang
memiliki keragaman genotip lebih banyak dibanding persilangan lainnya. Keturunan pertama dari hasil
persilangan induk dari strain yang sama (Sangkuriang dan Sangkuriang) memiliki kekerabatan sebesar 70%,
hasil persilangan antara Mutiara non-transgenik dengan Sangkuriang memiliki kesamaan genetik 79%. Indeks
kesamaan genetik tertinggi (82%) diperoleh dari keturunan pertama hasil persilangan Mutiara transgenik
dengan Sangkuriang.

Kata Kunci: polimorfisme, RAPD, fenogram, persilangan, transgenesis

PENDAHULUAN sekerabat (inbreeding) yang menjurus pada

peningkatan abnormalitas keturunan dan menurunnya
Perkembangan budidaya lele (jenis dumbo pertumbuhan ikan. Hal ini berpengaruh terhadap
atau Sangkuriang) dewasa ini cenderung berpola lamanya pemeliharaan ikan yang berdampak pada
intensif karena dibutuhkan sebagai bahan pangan peningkatan biaya produksi dan berkurangnya
masyarakat perkotaan maupun pedesaan keuntungan yang diperoleh.
mengakibatkan tingginya frekuensi pemijahan induk Salah satu jalan keluar untuk mengatasi

133
Buwono dkk.

masalah pertumbuhan lambat pada ikan lele, lebih cepat dibandingkan ikan lele Mutiara non-
dengan memperbaiki genetika pertumbuhan transgenik.
menggunakan hibridisasi dan teknologi transgenesis Identifikasi keturunan pertama hasil
dalam upaya perbaikan pertumbuhan lele ke arah hibridisasi lele Mutiara transgenik dengan lele
yang lebih menguntungkan menghasilkan ikan Sangkuriang menggunakan teknik molekuler
transgenik dengan pertumbuhan ikan yang dengan metode RAPD (Random Amplified
berlipat dibandingkan ikan non-transgenik Polymorphic DNA). Keragaman genetik yang
(Buwono dkk. 2016). Pemanfaatan teknologi tinggi pada F1 akan dipengaruhi oleh hasil
transgenesis telah diterapkan pada spesies ikan persilangan tetua-tetua yang memiliki genotip
nila, salmon dan catfish dengan pertumbuhan 3 berbeda (Sa’diyah et al. 2013). Pembuktian ikan
kali lipat dari ikan non-transgenik (Kobayashi et hasil hibrid secara genetik dilihat melalui
al. 2007). Transfer gen hormon pertumbuhan deteksi polimorfisme ikan hibrid F1 keturunan
(Growth Hormone / GH) suatu spesies ikan ke Mutiara transgenik dengan menggunakan uji
dalam ikan inang yang sekerabat dengan teknik molekuler pada tingkat DNA (Popoola et al.,
elektroforasi sperma akan memberikan tambahan 2014) merupakan tujuan akhir penelitian.
gen sehingga produksi hormon GH lebih banyak
dan akhirnya meningkatkan pertumbuhan ikan. BAHAN DAN CARA KERJA
Stabilitas keragaman sifat pertumbuhan ikan
transgenik ini dapat dipertahankan melalui uji Metode penelitian menggunakan metode
keturunan hasil persilangan ikan transgenik dengan elsploratif tanpa rancangan percobaan dan
ikan non-transgenik untuk melihat pewarisan dianalisis secara deskriptif kualitatif. Ikan uji
keragaman sifat tersebut (Imron et al. 2010). merupakan induk ikan lele strain Sangkuriang,
Hibridisasi pada ikan dapat dilakukan Mutiara transgenik, Mutiara non-transgenik (F0/
antara strain dalam satu spesies, antara strain founder) dan ikan hibrid F1 sebagai keturunannya.
dalam satu genus, antara genus dalam strain satu Data yang diperoleh dari uji Polymerase Chain
famili atau berbeda famili dapat diterapkan pada Reaction (PCR)–RAPD berupa fragmen
persilangan lele transgenik dengan lele non- polimorfik sebagai representasi genotip sampel
transgenik. Hasil hibridisasi ini dapat dilihat ikan diolah menggunakan program NTSYS.
pada lele Mutiara (Clarias sp.) hasil pemuliaan DNA genom ikan sampel diisolasi menggunakan
Balai Penelitian Pemuliaan Ikan pada tahun Wizard Genomic Purification Kit (Promega,
2014 sebagai ikan unggul yang merupakan USA). Amplifikasi menggunakan 2 macam
persilangan dari empat strain lele (strain Mesir, arbitrary primer berukuran 10 nukleotida yang
Paiton, Sangkuriang dan Dumbo lokal) melalui diproduksi oleh Operon Technology (Alameda,
seleksi individu dengan target karakter utama Callifornia) yaitu OPA-03 (Diani 2013) dan
berupa peningkatan laju pertumbuhan bobot. OPA-06 (Sathik et al., 2016). Komponen
Seiring dengan berkembangnya bioteknologi larutan yang digunakan untuk reaksi PCR yaitu
dalam perikanan budidaya yang semakin GoTaq ® master mix 2G fast 12,5 µl, Nuclease
modern dengan adanya teknologi transgenik, Free Water (NFW) 9,5 µl, Primer RAPD 1,0 µl
ikan lele Mutiara transgenik telah berhasil (OPA-03 dan OPA-06), DNA template ikan uji
dirakit BBPI Sukamandi oleh Marnis dkk. 2,0 µl. Seluruh bahan dimasukkan ke dalam
(2015) dengan menyisipkan PhGH (Pangasius tabung microtube steril 0,2 ml. Reaksi PCR
hypophthalmusGrowth Hormone) atau hormon dilakukan menggunakan thermal cycler
pertumbuhan dari ikan patin siam. Buwono dkk. sebanyak 45 siklus. Setiap siklus terdiri dari
(2016) dengan menggunakan prinsip yang sama denaturasi pada suhu 94C selama 1 menit,
merakit lele Mutiara transgenik dengan annealing pada suhu 36C selama 1 menit dan
menyisipkan gen hormon pertumbuhan (Growth
ekstensi pada suhu 72C selama 2 menit. Setelah 45
Hormone) dari lele dumbo (CgGH). Transgenesis
siklus tersebut diakhiri dengan ekstensi akhir pada
pada ikan lele Mutiara telah dilakukan dengan
suhu 72C selama 5 menit. Produk amplifikasi ini
menyisipkan gen CgGH ke sperma ikan lele
Mutiara jantan dengan laju pertumbuhan relatif kemudian dielektroforesis selama 65 menit pada
tegangan 75 V pada gel agarose 1,4 %.

134
 Deteksi Keragaman Genotip Hibrid Ikan Lele Sangkuriang, Mutiara Trans

HASIL sesuai untuk menghasilkan fragmen DNA (tidak

ada amplikon). Berdasarkan hasil elektroforegram
Isolasi DNA Genom dalam amplifikasi ini, primer OPA-03 menghasilkan
Kualitas hasil isolasi DNA genom dapat fragmen DNA pada setiap sampel uji (Gambar
diketahui dari uji kualitatif dan kuantitatif. Nilai 2). Beberapa sampel isolasi DNA genom (F0
kemurnian sampel uji (ikan lele Sangkuriang, Mutiara betina Sangkuriang 2, F0 betina Sangkuriang 3,
transgenik, Mutiara non-transgenik dan hibrid F1 F1 JMNT x BS duplo, dan JS x BS) tidak
menunjukkan nilai kemurnian yang berbeda-beda.
Tingkat kemurnian DNA hasil isolasi berkisar
antara 1,5 – 2,0 (Tabel 1).
Konsentrasi DNA yang diperoleh dari hasil
pengukuran spektrofotometer menunjukkan
nilai yang berbeda pada masing-masing sampel.
Nilai konsentrasi DNA berkisar antara 100 –
854,5 ng/µl atau setara dengan 0,1 – 0,85 µg/ml
(Tabel 1).
Uji kualitatif yang dilakukan untuk
mengetahui keberadaan dan kualitas DNA
genom hasil isolasi yaitu dengan menggunakan
elektroforesis gel agarose 1,4 % (Gambar 1).
Gambar 1. Hasil Elektroforesis DNA Genom Ikan
Ukuran DNA genom pada semua sampel diatas Lele
10.000 bp (10 kb), yang relatif panjang Keterangan: DNA Genom, M= Marker DNA
dibanding ukuran RNA genom, oleh karena Ladder 1kb, 1=F0 Betina Sangkuriang1, 2=
F0 Jantan Mutiara Non Transgenik, 3= F0 Jantan
DNA mengandung ekson dan intron, sebaliknya Mutiara Transgenik , 4= F0 Betina Sangkuriang2,
RNA hanya mengandung ekson-ekson yang 5=F0 Jantan Sangkuriang, 6= F0 Betina Sangku-
riang3, 7= F1 Jantan Mutiara Non Transgenik x
ukurannya relatif lebih pendek dibanding DNA. Betina Sangkuriang (JMNTxBS), 8= F1 Jantan
Mutiara Transgenik x Betina Sangkuriang
Deteksi Keragaman Genotip (JMTxBS), 9=F1 Jantan Sangkuriang x Betina
Sangkuriang (JSxBS), 10=F1 Jantan Mutiara Non
Hasil amplifikasi dari 12 sampel uji yang Transgenik x Betina Sangkuriang, (JMNTxBS)
digunakan hanya primer OPA-03 yang menghasilkan (duplo), 11=F1Jantan Mutiara Transgenik x Betina
Sangkuriang (JMTxBS) (duplo), 12=F1 Jantan
produk PCR, sedangkan primer OPA-06 tidak Sangkuriang x Betina Sangkuriang (JSxBS) (duplo)

Tabel 1. Nilai kemurnian DNA genom sampel ikan lele dan hibrid F1

Konsentrasi
No Sampel Abs260 Abs280 Rasio
(ng/µl)
1 F0 Betina Sangkuriang1 0,042 0,022 1,909 100.60
2 F0 Jantan Mutiara Non Transgenik 0,133 0,064 2,078 125.70
3 F0 Jantan Mutiara Transgenik 0,473 0,301 1,571 283.35
4 F0 Betina Sangkuriang2 0,024 0,013 1,846 163.00
5 F0 Jantan Sangkuriang 0,046 0,025 1,840 170.97
6 F0 Betina Sangkuriang3 0,037 0,022 1,682 104.70
7 F1 JMNTxBS 0,130 0,089 1,461 546.45
8 F1 JMTxBS 0,164 0,093 1,763 430.30
9 F1 JSxBS 0,075 0,045 1,667 854.50
10 F1 JMNTxBS (duplo) 0,128 0,065 1,969 583.20
11 F1 JMTxBS (duplo) 0,115 0,060 1,917 130.45
12 F1 JSxBS (duplo) 0,044 0,024 1,833 155.45
Keterangan: F0= Founder/ tetua, F1= Keturunan pertama (generasi 1), JMNTxBS= Hasil persilangan jantan Mutiara non-
transgenik dengan betina Sangkuriang, JMTxBS = Hasil persilangan jantan Mutiara transgenik dengan betina
Sangkuriang, JSxBS= Hasil persilangan jantan Sangkuriang dengan betina Sangkuriang, Abs260= absorbance
pada panjang gelombang 260 nm, Abs280= absorbance pada panjang gelombang 260 nm

135
Buwono dkk.

diikutkan dalam proses PCR karena sampel ukuran tubuh, warna serta bentuk sirip pektoral
yang sama sudah cukup mewakili. (Tabel 3).

Fragmen DNA polimorfik PEMBAHASAN

Fragmen polimorfik sebagai representasi
variasi genotip dalam komunitas spesies ikan uji Berdasarkan hasil elektroforesis pada
ditunjukkan pada Gambar 2 dan Tabel 2 yang Gambar 1 masih terdapat smear (kontaminasi
terdapat hanya pada satu sampel dan tidak ada DNA hasil isolasi oleh sisa hasil ekstraksi
dalam sampel lain. Sebaliknya fragmen dengan DNA) pada sumur ke 2, 3, 8 dan 5. Keberadaan
ukuran yang sama yang terdapat pada setiap smear ini dapat menghambat proses amplifikasi
sampel uji menunjukkan fragmen monomorfik. (PCR) dikarenakan adanya kontaminan sisa protein

Analisis kekerabatan genetik induk ikan lele

dan hibrid F1
Berdasarkan hasil PCR (Gambar 2), data
keberadaan fragmen polimorfik dan monomorfik
dapat diolah menjadi matriks biner menggunakan
program NTSYS dan analisis UPGMA (Unweighted
Pair Group Method with Arithmetic mean)
menghasilkan pohon kekerabatan (fenogram)
(Gambar 3).

Perbedaan morfologi hibrid keturunan pertama

(F1)
Hibrid F1 dari hasil persilangan induk
jantan Mutiara transgenik (JMT) F0 dan induk
betina Sangkuriang (BS) F0, induk jantan Mutiara non
-transgenik (JMNT) dan induk betina Sangkuriang Gambar 2. Hasil amplifikasi dengan primer OPA-03
(BS) F0 maupun induk jantan Sangkuriang (JS) Keterangan : 2= Marker DNA Ladder 1 kb, 4= F0 Jantan
Mutiara Non Transgenik, 5= F0 Jantan Mutiara
F0 dan induk betina Sangkuriang (BS) F0 Transgenik, 6= F0 Jantan Sangkuriang, 7= F0
menunjukkan perbedaan fenotip, khususnya Betina Sangkuriang1, 8= F1 JMT X BS, 9= F1
JMNT X BS, 10= F1 JMT X BS’, 11= F1 JS X BS

Tabel 2. Fragmen polimorfik dan monomorfik lele hasil amplifikasi dengan OPA-03
Jarak
F1JMT F1JMNT F1JMT F1JS
Fragmen dari F0JMNT F0JMT F0JS F0BS
BS BS BS' BS
Sumur (bp)
2811 -- --
1965 --*
1274 -- -- -- -- -- -- --
1204 --** --** --** --** --** --** --** --**
1127 -- -- -- --
997 -- -- -- -- -- --
766 -- -- --
710 -- --
646 -- -- --
516 -- -- -- -- -- --
448 -- -- --
396 -- -- -- -- -- -- --

Keterangan: -- fragmen yang muncul pada gel agarose

--* fragmen polimorfik
--** fragmen monomorfik

136
 Deteksi Keragaman Genotip Hibrid Ikan Lele Sangkuriang, Mutiara Trans

dan RNA yang ikut terisolasi ketika proses ekstraksi baik dari sebelumnya dan memenuhi syarat
DNA (Fatchiyah et al. 2011). Smear dapat untuk digunakan sebagai templet dalam proses
berupa molekul-molekul dengan ukuran PCR.
bervariasi yang dapat berasal dari DNA yang Seperti sampel-sampel yang telah diisolasi
terdegradasi ataupun materi ikutan lain yang sebelumnya, pada sampel yang diisolasi ulang
tidak diketahui (Purwanto 2011). Sampel yang juga dilakukan pengujian kualitas DNA genom
terlihat memiliki smear yang relatif banyak secara kuantitaif (Tabel 4). Berikut hasil
yaitu F0 Jantan Mutiara Non Transgenik, F0 pengukuran spektrofotometer pada hasil isolasi
Jantan Mutiara Transgenik, F0 Jantan Sangkuriang ulang DNA genom dari beberapa sampel ikan
dan F1 Jantan Mutiara Transgenik x Betina lele uji.
Sangkuriang dilakukan isolasi DNA ulang Sampel F0 jantan mutiara non transgenik,
(Gambar 4). F0 jantan mutiara transgenik, F0 jantan
DNA genom hasil elektroforesis diatas telah sangkuriang dan F1 jantan mutiara transgenik x
tervisualisasikan dan jelas terlihat perbedaan sampel betina sangkuriang memiliki nilai kemurnian
yang diisolasi ulang sebelumnya memiliki smear masing-masing sebesar 1,778; 1,720; 1,716 dan
yang cukup tebal, namun pada isolasi 1,709. Nilai kemurnianyang diperoleh mendekati
berikutnya tidak terlalu banyak smear, hal ini nilai minimal (1,8) kemurnian DNA dan laak
menunjukkan bahwa DNA genom sampel hasil digunakan dalam tahap amplifikasi DNA
isolasi ulangan memiliki kualitas yang lebih (Tenriulo dkk., 2009). Nilai konsentrasi DNA

Tabel 3. Perbedaan fenotip ikan lele keturunan pertama Lele hasil hibridisasi

F1 hasil hibrid
JMNT x BS JMT x BS JS x BS
Fenotip
Besar 1 dari 28 ekor (3,57%) 17 dari 46 ekor (36,96%) 1 dari 24 ekor (4,17%)
Ukuran Sedang 22 dari 28 ekor (78,57%) 26 dari 46 ekor (56,52%) 8 dari 24 ekor (33,33%)
Kecil 5 dari 28 ekor (17,86%) 3 dari 46 ekor (6,52%) 15 dari 24 ekor (62,50%)
Abu Kehitaman 17 dari 64 ekor (26,56%) 4 dari 33 ekor (12,12%) 6 dari 30 ekor (20%)
Warna Abu Corak Putih 43 dari 64 ekor (67,19%) 28 dari 33 ekor (84,85%) 16 dari 30 ekor (53,33%)
Abu Polos 4 dari 64 ekor (6,25%) 1 dari 33 ekor (3,03%) 8 dari 30 ekor (26,67%)
Sirip Membulat 6 dari 64 ekor (9,38%) 4 dari 33 ekor (12,12%) 15 dari 30 ekor (50%)
Pektoral Meruncing 58 dari 64 ekor (90,63%) 29 dari 33 ekor (87,88%) 15 dari 30 ekor (50%)

Gambar 3. Fenogram kekerabatan genetik ikan lele uji menggunakan OPA-03

Keterangan : F0 JMNT= Induk Jantan Mutiara Non Transgenik, F0 JMT= Induk Jantan Mutiara Transgenik, F0 JS=
Induk Jantan Sangkuriang, F0 BS= Induk Betina Sangkuriang, F1 JMTBS= Jantan Mutiara Transgenik x Betina
Sangkuriang, F1 JMNTBS= Jantan Mutiara Non Transgenik x Betina Sangkuriang, F1 JMTBS’= Jantan Mutiara
Transgenik x Betina Sangkuriang (duplo), F1 JSBS= Jantan Sangkuriang x Betina Sangkuriang

137
Buwono dkk.

yang terukur berturut-turut 338,25 ngul-1, fragmen inilah yang dijadikan dasar untuk
148,95 ngul-1, 236,20 ngul-1, 406,60 ngul-1 menarik garis hubungan kekerabatan pada induk
ngul-1 tersebut masih layak untuk dapat lele F0 dengan keturunannya (hibrid F1),
dilanjutkan ke tahapan selanjutnya yaitu sedangkan fragmen polimorfik dijadikan
amplifikasi. Hal ini dikarenakan Nilai konsentrasi pedoman untuk melihat variasi genotip ikan
DNA genom pada Tabel 4 masih layak digunakan (Neekhra et al. 2014). Baik fragmen polimorfik
dalam proses amplifikasi untuk menghasilkan maupun monomorfik terkopi oleh primer OPA-
amplikon (Gray et al. 2008). Batas minimal 03, menunjukkan bahwa primer tersebut
konsentrasi DNA template dalam reaksi PCR komplementer dengan fragmen-fragmen pada
150ng/µl atau setara dengan 0,15 µg/ml akan setiap sampel uji. Variasi genotip yang
menghasilkan produk amplifikasi yang baik. direpresentasikan oleh fragmen polimorfik
Hasil produk amplifikasi DNA genom ditunjukkan pada sampel F1 jantan Mutiara
dengan primer OPA-03 yang ditunjukkan oleh transgenik x betina Sangkuriang (1 fragmen
Gambar 2 diatas memberikan variasi fragmen berukuran 1965 bp). Pada sampel duplo (F1
monomorfik dan fragmen polimorfik. Fragmen JMTBS’) untuk persilangan yang sama,
DNA dalam RAPD dikelompokkan menjadi dua fragmen polimorfik tidak terkopi primer yang
yaitu fragmen polimorfik dan monomorfik. menunjukkan adanya perbedaan genetik pada
Fragmen monomorfik merupakan fragmen tingkat individu. Sampel lele hibrid F1 hasil
DNA yang terkopi primer pada seluruh sampel persilangan jantan Mutiara transgenik dan
ikan pada ukuran yang sama (1204 bp) seperti betina Sangkuriang (F1 JMTBS) memiliki
yang ditunjukkan pada Gambar 2. Keberadaan warna yang lebih cerah (abu-abu kemerahan)
dengan ukuran yang lebih besar (Gambar 5a),
sedangkan warna ikan pada sampel duplo (F1
JMTBS’) cenderung lebih gelap dan ukuran
tubuhnya lebih kecil (Gambar 5b). Fragmen
polimorfik pada sampel F1 JMTBS tersebut
mungkin dapat mengekspresikan sifat genotip
yang berbeda dengan sampel F1 JMTBS’ yang
tidak menghasilkan fragmen polimorfik (Tabel
2).
Fragmen monomorfik yang muncul yaitu
pada ukuran 1204 bp menunjukkan adanya
kekerabatan dekat antara sampel ikan uji.
Trijoko et al. (2013) mengatakan bahwa
sekuens nukleotida yang monomorfik ini
Gambar 4. Hasil elektroforesis ulang DNA genom kemungkinan mengekspresikan kemiripan
Keterangan : tanda panah = DNA Genom, M= Marker
DNA Ladder 1kb, 1= F0 Jantan Mutiara Non fenotip pada populasi tersebut, kemungkinan
Transgenik 2= F0 Jantan Mutiara Transgenik, 3= fenotip yang sama ini dapat diketahui dari segi
F0 Jantan Sangkuriang, 4= F1 Jantan Mutiara morfologis, anatomis, maupun fisiologis.
Transgenik x Betina SangkuriangJMT x BS
Primer OPA-03 dapat mengenali DNA
Tabel 4. Nilai kemurnian DNA sampel uji
Konsentrasi
No Sampel Abs260 Abs280 Rasio
(ng/µl)
1 F0 Jantan Mutiara Non Transgenik 6,826 3,865 1,778 338.25
2 F0 Jantan Mutiara Transgenik 2,981 1,734 1,720 148.95
3 F0 Jantan Sangkuriang 4,751 2,780 1,716 236.20
F1 Jantan Mutiara Transgenik x
4 8,318 4,945 1,709 406.60
Betina Sangkuriang
Keterangan : Abs260 = absorbance pada panjang gelombang 260 nm, Abs280 = absorbance pada panjang gelombang
260 nm

138
 Deteksi Keragaman Genotip Hibrid Ikan Lele Sangkuriang, Mutiara Trans

genom ikan lele Sangkuriang, Mutiara transgenik pada penelitian ini berasal dari sperma dan telur
dan Mutiara non-transgenik serta ikan hybrid yang sama dengan lele Mutiara non-transgenik.
F1, sehingga dapat memunculkan beberapa Sub kelompok kedua memiliki nilai koefisien
fragmen yang memiliki ukuran berbeda. 0,86 yang menunjukkan bahwa induk jantan
Menurut Poerba & Martanti (2008), sebaran Sangkuriang dengan induk betina Sangkuriang
situs penempelan primer pada cetakan DNA dan berkerabat cukup dekat dengan kesamaan
adanya kompetisi tempat penempelan primer genetik sebesar 86%.
pada cetakan DNA menyebabkan satu fragmen Kelompok kedua yaitu keturunan pertama
diamplifikasi dalam jumlah banyak dan fragmen dari hasil persilangan jantan Mutiara transgenik
lainnya sedikit. Proses amplifikasi mungkin saja dengan betina Sangkuriang dan hasil persilangan
diinisiasi pada beberapa tempat, namun hanya jantan Mutiara non-transgenik dengan betina
beberapa set yang dapat dideteksi sebagai pita Sangkuriang. Nilai koefisien dari kelompok
sesudah diamplifikasi. Pemilihan primer pada kedua ini adalah 0,79 yang artinya sampel
analisis RAPD berpengaruh terhadap polimorfisme tersebut memiliki kesamaan genetik sebesar
fragmen DNA yang dihasilkan, karena setiap 79%, hmenunjukkan kekerabatan dekat. Secara
primer memiliki situs penempelan tersendiri, fenotip, F1 jantan Mutiara transgenik x betina
akibatnya pita DNA polimorfik yang dihasilkan Sangkuriang dan F1 jantan Mutiara non-
setiap primer menjadi berbeda, baik dalam transgenik x betina Sangkuriang memiliki
ukuran banyaknya pasang basa maupun jumlah banyak kesamaan seperti warna tubuh abu corak
fragmen DNA. putih dan sirip pektoral meruncing.
Hasil analisis UPGMA pada Gambar 3 Kelompok ketiga adalah hibrid jantan
diperoleh 3 kelompok besar. Kelompok pertama Mutiara transgenik x betina Sangkuriang
terdiri dari induk jantan Mutiara non-transgenik, (F1JMTBS) duplo dan hasil persilangan dari
induk jantan Mutiara transgenik, induk jantan jantan Sangkuriang dengan betina Sangkuriang.
Sangkuriang dan induk betina Sangkuriang Nilai indeks kesamaan dari kelompok ini yaitu
dengan nilai indeks kesamaan sebesar 0,86. sebesar 0,70 yang artinya nilai koefisien
Nilai koefisien ini menunjukkan bahwa keempat tersebut menunjukkan bahwa kelompok ketiga
sampel ini memiliki 86% kesamaan genetik, memiliki 70% kesamaan genetik dengan
dengan demikian keempat sampel ini memiliki kelompok pertama dan kelompok kedua.
tingkat kekerabatan yang dekat. Pada kelompok Berdasarkan nilai indeks kesamaan pada
ini terbagi menjadi dua sub kelompok, yaitu sub fenogram OPA-03 diatas menunjukkan bahwa
kelompok pertama adalah induk jantan Mutiara sampel indukan yang digunakan memiliki
non-transgenik dan induk jantan Mutiara kekerabatan yang dekat dengan keturunannya
transgenik, kemudian sub kelompok kedua (hibrid F1) yaitu dengan nilai indeks kesamaan
adalah induk jantan Sangkuriang dan induk berkisar antara 70%-82%. Induk jantan Mutiara
betina Sangkuriang. Nilai koefisien pada sub transgenik dan induk jantan Mutiara non-
kelompok pertama adalah 1,00 yang artinya transgenik yang digunakan memiliki kesamaan
kedua sampel tersebut memiliki 100% genetik sebesar 100% yang artinya kedua induk
kesamaan genetik. Hal tersebut disebabkan jantan ini berkerabat sangat dekat karena berasal
karena lele Mutiara transgenik yang digunakan dari induk yang sama (sperma dan telur yang
sama). Sedangkan kesamaan genetik pada induk
jantan Sangkuriang dan induk betina Sangkuriang
kekerabatannya sebesar 86%. Indeks kesamaan
yang dimiliki oleh sampel hibrid F1 berbeda-
(a) F1 Jantan Mutiara Transgenik x Betina Sangkuriang beda yaitu 79% dan 70%. Hal tersebut
menunjukkan bahwa kegiatan hibridisasi yang
dilakukan berpengaruh terhadap keragaman
(b) F1 Jantan Mutiara Transgenik x Betina genetik keturunan hibrid F1.
Sangkuriang(duplo)
Ikan lele merupakan spesies ikan yang
Gambar 5. (a) F1 JMTBS ; (b) F1 JMTBS’ memiliki keragaman performa pertumbuhan

139
Buwono dkk.

dalam suatu populasi. Perbedaan fenotip dalam DAFTAR PUSTAKA

satu populasi pada ikan hasil hibrid antara
jantan Sangkuriang x betina Sangkuriang, jantan Buwono, ID, M. Iskandar, UK. Agung, & U.
Mutiara non- transgenik x betina Sangkuriang Subhan. 2015. Production larva local
serta jantan Mutiara transgenik x betina catfish (Clarias batrachus) transgenic with
Sangkuriang mengindikasikan bahwa keragaman sperm electroporation techniques for the
genotip pada ikan lele bervariasi (Tabel 3). introduction of aquaculture in Cirata. The
Variasi ukuran dalam populasi hasil hibrid F1 final report leading research universities
antara lele Sangkuriang, Mutiara transgenik dan (PUPT). LPPM Unpad. 76 p.
Mutiara non-transgenik menunjukkan bahwa Diani AF. 2013. Analisis Kekerabatan Strain
hasil hibrid jantan Mutiara transgenik dengan Lele (Clarias Spp.) Menggunakan Penanda
betina Sangkuriang memiliki ukuran besar Genetik Berbasis RAPD-PCR. Skripsi.
terbanyak dalam satu populasi. Berdasarkan Universitas Padjadjaran. Jatinangor.
deteksi keragaman genotip, fragmen polimorfik Fatchiyah, AEL., Widyarti, & S. Rahayu. 2011.
hanya muncul pada ikan hasil hibrid jantan Biologi Molekular. Prinsip Dasar
Mutiara transgenik dengan betina Sangkuriang. Analisis Penerbit Erlangga. Jakarta.
Hal tersebut menunjukkan bahwa keturunan Gray, WL., L. Mullis, SE. LaPatra, JM. Groff,
pertama yang terbaik terdapat dalam populasi and A. Goodwin. 2008. Detection of Koi
hasil persilangan jantan Mutiara transgenik Herpes Virus DNA in Tissue of Infected
dengan betina Sangkuriang. Fish. Journal of Fish Disease (25) : 171 –
178.
KESIMPULAN Kobayashi, SI., Alimuddin, T. Morita, M.
Miwa, J. Lu, M. Endo, T. Takeuchi, & G.
Berdasarkan hasil penelitian dapat ditarik Yoshizaki. 2007. Transgenic Nile Tilapia
kesimpulan bahwa keragaman genotip cukup (Oreochromisniloticus) Over-expressing
tinggi dihasilkan dari persilangan induk jantan Growth Hormone Showed Reduced Ammonia
Mutiara transgenik dengan betina Sangkuriang Excretion. Aquaculture 270: 427-435.
berdasar primer OPA-03. Hubungan kekerabatan Liu, ZJ. P. Li, B. Argue, & R. Dunham, R.,
genetik antara induk lele Sangkuriang, Mutiara 1998. Inheritance of RAPD Markers In
transgenik, Mutiara non-transgenik dengan Channel Catfish (Ictalurus punctatus),
keturunannya (hibrid F1) dapat dideteksi Blue Catfish (I.furcatus) and Their F1, F2
dengan primer OPA-03. %. Indeks kesamaan And Backcross Hybrids. Animal Genetics.
genetik tertinggi (82%) diperoleh dari keturunan 29:58-62.
pertama hasil persilangan Mutiara transgenik Marnis, H., B. Iswanto, R. Suprapto, Imron &
dengan Sangkuriang, diikuti oleh persilangan RRSPS. Dewi. 2015. Pertumbuhandan
antara Mutiara non-transgenik dengan Sangkuriang sigositas ikan lele Afrika (Clarias
79% dan persilangan induk dari strain yang sama gariepinus) Transgenik F-2 yang membawa
(Sangkuriang dan Sangkuriang) sebesar 70%. gen hormone pertumbuhan ikan patin Siam
(Pangasianodon hypophthalmus). Balai
UCAPAN TERIMA KASIH Penelitian Pemuliaan Ikan. Sukamandi,
Subang.
Penulis mengucapkan terima kasih sebesarnya Neekhra, B, AA. Mansoori, S. Verma, RK.
kepada Bapak Dirjen Penguatan Riset dan Koiri & SK. Jain 2014. RAPD-PCR
Pengembangan Riset dan Pengabdian Masyarakat based biomarker study in fish species
Kementerian Riset, Teknologi Dan Pendidikan (family : Cyprinidae) of Madhya Pradesh,
Tinggi yang telah membiayai penelitian ini India. Austin Journal Mollucular Cell of
dengan Dana DP2M Kemenristek Dikti Tahun Biology 1 : 1-7.
2015. Demikian pula diucapkan terima kasih Poerba, YS & D. Martanti. 2008. Keragaman
kepada tim peneliti serta semua pihak yang genetic bedasarkan marka Random
telah membantu penelitian hingga selesai. Amplified Polymorphic DNA padaA

140
 Deteksi Keragaman Genotip Hibrid Ikan Lele Sangkuriang, Mutiara Trans

morphophallus muelleriblume di Jawa. Sa’diyah, Nyimas., W. Maylinda, & Ardian.

Biodiversitas 9(4): 245-249. 2013. Keragaan, keragaman dan heritabilitas
Popoola, OM., EA. Fasakin, & JI. Awopetu karakter argonomi kacang panjang (Vigna
2014. Genetic variability in cultured and unguiculata) generasi F1 hasil persilangan
wild populations of Clarias gariepinus tiga genotipe. Jurnal Agrotek Tropika 1
(Osteichthys: Clariidae) using Random (1): 32 – 37.
Amplified Polimorphic DNA (RAPD) Tenriulo, A., E. Suryati., A. Parenrengi &
marker. Croatian Journal of Fisheries 72: Rosimat. 2001. Ekstraksi DNA rumput
5-11. laut Kappaphycusal varezii dengan
Purwanto, A. 2011. Perbandingan beberapa metode fenol kloroform. Marina Chimica
metode isolasi DNA untuk deteksi dini Acta 2 (2): 6-10.
Koi Herpes Virus (KHV) pada ikan mas Trijoko, NSN., Handayani, & A. Feranisa. 2013.
(Cyprinus carpio L.). Skripsi. Program Karakterisasi morfologidan diversitas genetik
Studi Perikanan Fakultas Perikanan dan hasil persilangan Macrobrachium rosebergii
Ilmu Kelautan Universitas Padjadjaran. (De Man, 1879) populasi Samas, Bone dan
Jatinangor. Sintesis.Fakultas Biologi Universitas Gadjah
Sathik, SJ., MA. Haniffa, YA. Kumar, & D. Mada. Yogyakarta.
Manikandaraja. 2016. A Molecular approach
to detect the genetic variation of induced
bred intraspecific hybrids of Channa
striatus by using RAPD markers. Jurnal
Biologi Innovasi 5(2): 206 – 216.

141